https://wiki.fkkt.uni-lj.si/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=Vito+Francic 2026-04-06T06:26:17Z User contributions MediaWiki 1.39.3 https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Priprava_bispecifi%C4%8Dnih_IgG_protiteles_s_pomo%C4%8Djo_ustvarjanja_strukturno_baziranega_ortogonalnega_Fab_vmesnika.&diff=9143 2014-04-05T16:43:18Z

<p>Vito Francic: New page: Človeška monoklonska protitelesa imajo visoko specifičnost do določenega antigena. So pa v nekaterih terapevtskih aplikacijah bolj uporabna bispecifična protitelesa. To so protitelesa...</p> <hr /> <div>Človeška monoklonska protitelesa imajo visoko specifičnost do določenega antigena. So pa v nekaterih terapevtskih aplikacijah bolj uporabna bispecifična protitelesa. To so protitelesa, ki lahko vežejo dva različna antigena. Eden izmed možnih načinov uporabe takih protiteles je, da delujejo kot povezovalni most med površinskima proteinoma na tumorski celici in celici T ubijalki. Je pa priprava bispecifičnih protiteles zahtevna tudi, če že imamo na voljo monoklonski protitelesi z želeno specifičnostjo. <br /> <br /> Pred kratkim pa sta bili objavljeni metodi, ki precej olajšata izražanje bispecifičnih protiteles. Pri prvi (Spiess in sod.) gre za ločeno izražanje »polovic« protiteles v periplazmi bakterij E. coli, pri drugi metodi (Lewis in sod.) pa gre za izboljšanje produkcije bispecifičnih protiteles v evkariontskih celicah. Glavna težava pri produkciji bispecifičnih protiteles je, da prihaja do povezovanja napačnih lahkih in težkih verig med sabo, če jih izražamo v isti celici. Medtem, ko so Spiess in sodelavci specifičnost povezovanja težke in lahke verige (polovice protitelesa) zagotovili z ločenim izražanjem težke in lahke verige za eno specifičnost v enem tipu E. coli in druge v drugem tipu, so Lewis in sodelavci morali v evkariontskem sistemu najti drugačen način.<br /> <br /> Uporabili so kombinacijo računalniškega načrtovanja, tarčne mutageneze in x-žarkovne kristalografije za identifikacijo mutacij. Te mutacije so vnesli na aminokisline, kjer se povezujejo V(H)-V(L) in C(H)1-C(L) domene težke in lahke verige. Delujejo podobno metodi za specifično povezovanje težkih verig protiteles z različno specifičnostjo (dveh različnih »polovic«), ki jo je razvil Paul Carter v 90. letih. Tu gre za vnos specifičnih aminokislinskih parov v C(H)3 domene težkih verig. Ti favorizirajo povezovanje izbranih težkih verig med sabo. <br /> Lewis in sod. so za dizajniranje primernih mutacij uporabili program Rosetta, ki izračuna vezavne energije interakcij med proteini in omogoča iskanje mutacij, ki povečajo energijsko razliko med zaželenimi in nezaželenimi interakcijami med proteini, obenem pa ohranijo stabilnost dobljenih kompleksov. Tako so za C(H)1-C(L) domene pripravili več kot 40 različnih aminokislinskih zaporedij in jih testirali v laboratoriju. Da so lahko izvedli teste, so morali pripraviti konstrukte IgG protiteles z mutiranimi zaporedji brez variabilnih delov. Z SDS-PAGE so ugotovili, da se ti konstrukti pravilno sestavljajo in so stabilni (preverili z DSC). Le 10 izmed takih mutiranih konstruktov pa se je v HEK239 celicah izražalo na isti ravni kot WT konstrukti brez variabilnih delov. Konstrukti z manj mutacijami so se nasplošno izražali bolje in so jih zato uporabili za testiranje povezovanja med različnimi mutiranimi težkimi in lahkimi verigami. Tako so dobili tri pare mutiranih težkih in lahkih verig, ki so se med sabo bolj stabilno povezovali kot z WT variantami. Mutacije iz dveh izmed konstruktov, C(L)_L135F/C(H)1_V190F_F174T in C(L)_K129D/C(H)1_D146K, so združili v skupni konstrukt, ki so ga poimenovali CRD1. Rešili so tudi kristalno strukturo tega konstrukta in ugotovili, da se zelo dobro sklada s predvidenim modelom. Tretji par mutiranih težkih in lahkih verig pa so poimenovali CRD2. Preden je bil uporaben, so ga morali v njega vnesti še dodatne mutacije, da so odpravili neskladanja s predvidenim modelom. <br /> Nato so izražali mutirane težke verige z mutiranimi ali WT lahkimi verigami in obratno v vseh možnih kombinacijah. Z masno spektrometrijo so preverili, katere verige se najbolje povezujejo med sabo. Iz rezultatov analize so ugotovili, da se pari mutiranih verig, med sabo bolje povezujejo kot z ostalimi WT ali mutiranimi verigami in so tudi bolj stabilne. Ker pa pri testiranju teh parov mutiranih verig na IgG, ki je vseboval variabilne regije pertuzumaba, niso dobili pričakovanih rezultatov, so se odločili vnesti še mutacije v V(H) in V(L) domeni. <br /> Mutacije so vnesli na ohranjena mesta variabilnih domen, da bi bile uporabne v čim več protitelesih. Konstrukts V(L)_Q38D-V(H)_Q39K/V(L)_D1R-V(H)_R62E so poimenovali VRD1 in konstrukta V(L)_Q38R-V(H)_Q39Y VRD2. Oba para konstruktov sta se pri testiranju medsebojnega povezovanja in stabilnosti odrezala precej bolje, kot če so ju poskusili povezati z WT variabilnimi domenami. <br /> <br /> Nato so preizkusili delovanje svojih konstruktov na celotnem IgG. VRD1 in VRD2 so kombinirali s CRD2 in ugotovili, da je v obeh primerih s kombiniranjem prišlo do bolj specifičnega in stabilnega povezovanja. Ugotovili so, da najboljše rezultate dobijo, če izražajo taka bispecifična protitelesa, pri katerih vsebuje ena polovica protitelesa mutacije VRD2 in druga VRD1_CRD2.<br /> <br /> Sedaj so lahko preizkusili ali njihova metoda deluje tudi na realnih protitelesih, ki se uporabljajo v zdravstvu. S kombiniranjem šestih različnih monoklonskih protiteles so pripravili 5 bispecifičnih protiteles, ki bi bila potencialno bolj uporabna kot protitelesa z eno samo specifičnostjo. S testiranjem izražanja v celicah HEK293 so ugotovili, da se je ena polovica protitelesa večinoma izražala močneje kot druga, zato so morali transficirati večje količine plazmidov, ki so zapisovali za polovico z nižjo stopnjo izražanja. Pokazali so, da se taka protitelesa izražajo pravilno sestavljena, z malo neželjenimi produkti. Tudi stabilnost in farmakokinetične lastnosti (test na miškah BALB/c) so bile primerljive tistim, ki jih imajo WT monoklonska protitelesa.<br /> <br /> Kljub temu, da so Lewis in sod. z načrtnimi mutacijami uspešno sestavili metodo za pripravo bispecifičnih protiteles v evkariontskih sistemih pa ta metoda, ravno zaradi teh mutacij, verjetno ne bo primerna za klinično uporabo. Vnesene mutacije bi namreč lahko predstavljale nove epitope na protitelesih, ki so imunogeni. Potrebno bo izvesti še dodatne raziskave, da se potrdi primernost takih protiteles za (klinično) uporabo.</div>

Vito Francic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2014&diff=9142 2014-04-05T16:42:20Z

<p>Vito Francic: </p> <hr /> <div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2013/14'''<br /> <br /> V študijskem letu 13/14 izvajamo predmet Molekularna biotehnologija (in s tem tudi seminarje) prvič.<br /> Tabela za razpored po tednih bo objavljena v spletni učilnici, vanjo pa se vpišite tudi za kratke predstavitve novic (5 min). Na tej strani bo samo seznam odobrenih člankov za seminar in povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje tri dni pred predstavitvijo (petek).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> # The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2014<br /> (slovenski naslov povežete z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> <br /> Naslovi odobrenih člankov:<br /> <br /> # A plant factory for moth pheromone production (B-J. Ding ''et al''.; Nature Communications 5, 3353, 2014; http://www.nature.com/ncomms/2014/140225/ncomms4353/full/ncomms4353.html) [[Proizvodnja feremonov vešče v rastlinah]]. Filip Kolenc, 24. marca 2014<br /> # Introduction of the rd29A:AtDREB2A CA gene into soybean (Glycine max L. Merril) and its molecular characterization in leaves and roots during dehydration (C. Engels ''et al''.; Genetics and Molecular Biology 36(4): 556–565, 2013; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3873188/) [[Vstavitev gena rd29A:AtDREB2A CA v sojo in njegova molekulska karakterizacija v listih in koreninah med dehidracijo]]. Aleksander Krajnc, 24. marca 2014<br /> # Enantioselective lactic acid production by an Enterococcus faecium strain showing potential in agro-industrial waste bioconversion: Physiological and proteomic studies (A. Pessione ''et al''.; Journal of Biotechnology 173, 31–40, 2014; http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2014.01.014) [[Produkcija optično čiste mlečne kisline v sevu enterococcus faecium kaže potencial v biopretvorbi odpadkov kmetijske industrije: fiziološka in proteomska študija]]. Žan Železnik, 31. marca<br /> # Isolation and characterization of formaldehyde-degrading fungi and its formaldehyde metabolism (D. Yu ''et al''.; Environmental Science and Pollution Research 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1007/s11356-014-2543-2) [[Glive, sposobne razgradnje formaldehida: izolacija, karakterizacija in njihov metabolizem formaldehida.]] Sara Sajko, 31. marca<br /> # Generation of bispecific IgG antibodies by structure-based design of an orthogonal Fab interface (S. M. Lewis et al.; Nature Biotechnology 32, 191–198, 2014; http://www.nature.com/nbt/journal/v32/n2/full/nbt.2797.html) [[Priprava bispecifičnih IgG protiteles s pomočjo ustvarjanja strukturno baziranega ortogonalnega Fab vmesnika.]] Vito Frančič, 7. aprila<br /> # Generation of protective immune response against anthrax by oral immunization with protective antigen plant-based vaccine (J. Gorantala, ''et al''; Journal of Biotechnology, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0168165614000571) - [[Pridobitev zaščitnega imunskega odziva proti antraksu preko oralne imunizacije z zaščitnim antigenom kot cepivom, pridobljenim na osnovi rastlin]]. Sabina Kolar, 7. aprila<br /> # Development of influenza H7N9 virus like particle (VLP) vaccine: Homologous A/Anhui/1/2013 (H7N9) protection and heterologous A/chicken/Jalisco/CPA1/2012 (H7N3) cross-protection in vaccinated mice challenged with H7N9 virus (G. E. Smith ''et al''.; Vaccine 31, 4305-4313, 2013; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0264410X13009870). Razvoj cepiva za virus gripe H7N9 na osnovi virusu podobnih delcev ter primer uporabe cepiva pri miših. Ana Dolinar, 14. aprila<br /> # Generation of tumor-targeted human T lymphocytes from induced pluripotent stem cells for cancer therapy (M. Themeli ''et al.''; Nature Biotechnology 31, 928–933, 2013; http://www.nature.com/nbt/journal/v31/n10/full/nbt.2678.html). [[Iz induciranih pluripotentnih izvornih celic pripravljeni človeški limfociti T za terapijo raka]]. Urban Bezeljak, 14. aprila<br /> # Engineering ''Escherichia coli'' for selective geraniol production with minimized endogenous dehydrogenation (J. Zhou; Journal of Biotechnology 169, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S016816561300494X) Inženiring ''Escherichie coli'' za selektivno produkcijo geraniola z minimalno endogeno dehidrogenacijo. Maja Remškar, 5. maja<br /> # Identifying producers of antibacterial compounds by screening for antibiotic resistance. (M. N. Thaker et al.; Nature Biotechnology 31, 922-927; 2013)Špela Podjed, 5. maja<br /> # Consolidated conversion of protein waste into biofuels and ammonia using Bacillus subtilis (K-Y. Choi ''et al''.; Metabolic Engineering 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1016/j.ymben.2014.02.007). Elmina Handanović, 12. maja 2014<br /> # Transcriptional comparison of the filamentous fungus Neurospora crassa growing on three major monosaccharides D-glucose, D-xylose and L-arabinose (J. Li ''et al''.; Biotechnology for Biofuels 7:31, 2014; http://www.biotechnologyforbiofuels.com/content/7/1/31/abstract). Luka Bevc, 12. maja<br /> # Influence of valine and other amino acids on total diacetyl and 2,3-pentanedione levels during fermentation of brewer’s wort. Jernej Mustar, 19. maja<br /> # Xylanase and cellulase systems of Clostridium sp.: An insight on molecular approaches for strain improvement (L. Thomas ''et al''.; Bioresource Technology 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1016/j.biortech.2014.01.140) Luka Grm, 19. maja<br /> # M Cell-Targeting Ligand and Consensus Dengue Virus Envelope Protein Domain III Fusion Protein Production in Transgenic Rice Calli (Tae-Geum K.''et al''.; Molecular Biotechnology 54, 880-887, 2013; http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs12033-012-9637-1 ) Veronika Jarc, 26. maja<br /> # Negative selection and stringency modulation in phage-assisted continuous evolution (Jacob C. Carlson, Ahmed H. Badran, Drago A. Guggiana-Nilo &amp; David R. Liu; Nature chemical biology 10, 216–222, 2014; http://www.nature.com/nchembio/journal/v10/n3/full/nchembio.1453.html) Negativna selekcija in spreminjanje striktnosti pri zvezni evoluciji s pomočjo fagov. Valter Bergant, 26. maja</div>

Vito Francic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MBT_seminarji_2014&diff=9027 2014-03-16T10:47:53Z

<p>Vito Francic: </p> <hr /> <div>'''Seznam seminarjev iz Molekularne biotehnologije v študijskem letu 2013/14'''<br /> <br /> V študijskem letu 13/14 izvajamo predmet Molekularna biotehnologija (in s tem tudi seminarje) prvič.<br /> Tabela za razpored po tednih bo objavljena v spletni učilnici, vanjo pa se vpišite tudi za kratke predstavitve novic (5 min). Na tej strani bo samo seznam odobrenih člankov za seminar in povezave do člankov in do povzetkov, ki jih morate objaviti najkasneje tri dni pred predstavitvijo (petek).<br /> <br /> Način vnosa:<br /> <br /> # The importance of ''Arabidopsis'' glutathione peroxidase 8 for protecting ''Arabidopsis'' plant and ''E. coli'' cells against oxidative stress (A. Gaber; GM Crops &amp; Food 5(1), 2014; http://dx.doi.org/10.4161/gmcr.26979) Pomen glutation peroksidaze 8 iz repnjakovca za zaščito rastline ''Arabidopsis thaliana'' in bakterije ''Escherichia coli'' pred oksidativnim stresom. Janez Novak, 15. marca 2014<br /> (slovenski naslov povežete z novo stranjo, na kateri bo povzetek)<br /> <br /> <br /> Naslovi odobrenih člankov:<br /> <br /> # A plant factory for moth pheromone production (B-J. Ding ''et al''.; Nature Communications 5, 3353, 2014; http://www.nature.com/ncomms/2014/140225/ncomms4353/full/ncomms4353.html). Filip Kolenc, 24. marca 2014<br /> # Introduction of the rd29A:AtDREB2A CA gene into soybean (Glycine max L. Merril) and its molecular characterization in leaves and roots during dehydration (C. Engels ''et al''.; Genetics and Molecular Biology 36(4): 556–565, 2013; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3873188/) Aleksander Krajnc, 24. marca 2014<br /> # Generation of protective immune response against anthrax by oral immunization with protective antigen plant-based vaccine. Sabina Kolar<br /> # Influence of valine and other amino acids on total diacetyl and 2,3-pentanedione levels during fermentation of brewer’s wort. Jernej Mustar<br /> # Development of influenza H7N9 virus like particle (VLP) vaccine: Homologous A/Anhui/1/2013 (H7N9) protection and heterologous A/chicken/Jalisco/CPA1/2012 (H7N3) cross-protection in vaccinated mice challenged with H7N9 virus (G. E. Smith ''et al''.; Vaccine 31, 4305-4313, 2013; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0264410X13009870). Razvoj cepiva za virus gripe H7N9 na osnovi virusu podobnih delcev ter primer uporabe cepiva pri miših. Ana Dolinar<br /> # Generation of tumor-targeted human T lymphocytes from induced pluripotent stem cells for cancer therapy (M. Themeli ''et al.''; Nature Biotechnology 31, 928–933, 2013; http://www.nature.com/nbt/journal/v31/n10/full/nbt.2678.html). [[Iz induciranih pluripotentnih izvornih celic pripravljeni človeški limfociti T za terapijo raka]]. Urban Bezeljak<br /> # Negative selection and stringency modulation in phage-assisted continuous evolution (Jacob C. Carlson, Ahmed H. Badran, Drago A. Guggiana-Nilo &amp; David R. Liu; Nature chemical biology 10, 216–222, 2014; http://www.nature.com/nchembio/journal/v10/n3/full/nchembio.1453.html) Negativna selekcija in spreminjanje striktnosti pri zvezni evoluciji s pomočjo fagov. Valter Bergant<br /> # Generation of bispecific IgG antibodies by structure-based design of an orthogonal Fab interface (S. M. Lewis et al.; Nature Biotechnology 32, 191–198, 2014; http://www.nature.com/nbt/journal/v32/n2/full/nbt.2797.html) Priprava bispecifičnih IgG protiteles s pomočjo ustvarjanja strukturno baziranega ortogonalnega Fab vmesnika. Vito Frančič<br /> # Engineering ''Escherichia coli'' for selective geraniol production with minimized endogenous dehydrogenation (J. Zhou; Journal of Biotechnology 169, 2014; http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S016816561300494X) Inženiring ''Escherichie coli'' za selektivno produkcijo geraniola z minimalno endogeno dehidrogenacijo. Maja Remškar<br /> # M Cell-Targeting Ligand and Consensus Dengue Virus Envelope Protein Domain III Fusion Protein Production in Transgenic Rice Calli (Tae-Geum K.''et al''.; Molecular Biotechnology 54, 880-887, 2013; http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs12033-012-9637-1 ) Veronika Jarc<br /> # ... Špela Podjed<br /> # Transcriptional comparison of the filamentous fungus Neurospora crassa growing on three major monosaccharides D-glucose, D-xylose and L-arabinose (J. Li ''et al''.; Biotechnology for Biofuels 7:31, 2014; http://www.biotechnologyforbiofuels.com/content/7/1/31/abstract). Luka Bevc<br /> # Xylanase and cellulase systems of Clostridium sp.: An insight on molecular approaches for strain improvement (L. Thomas ''et al''.; Bioresource Technology 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1016/j.biortech.2014.01.140) Luka Grm<br /> # Consolidated conversion of protein waste into biofuels and ammonia using Bacillus subtilis (K-Y. Choi ''et al''.; Metabolic Engineering 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1016/j.ymben.2014.02.007). Elmina Handanović <br /> # Isolation and characterization of formaldehyde-degrading fungi and its formaldehyde metabolism (D. Yu ''et al''.; Environmental Science and Pollution Research 2014 - v tisku; http://dx.doi.org/10.1007/s11356-014-2543-2) Sara Sajko<br /> # Enantioselective lactic acid production by an Enterococcus faecium strain showing potential in agro-industrial waste bioconversion: Physiological and proteomic studies (A. Pessione ''et al''.; Journal of Biotechnology 173, 31–40, 2014; http://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2014.01.014) Žan Železnik</div>

Vito Francic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Mehanizem_metilacije_DNA&diff=6154 2011-04-18T20:51:14Z

<p>Vito Francic: </p> <hr /> <div>==Uvod ==<br /> <br /> <br /> ===DNA metilacija je pomemben epigenetski marker, ki nadzoruje izražanje genov===<br /> <br /> Metilacija DNA je pravzorčni epigenetski marker. Prenaša se z genetskim materialom, ampak pri tem ne vpliva na zaporedje. Lahko regulira genomsko aktivnost in obstoji skozi cepitev, mitozo in mejozo.<br /> <br /> DNA metilacija je ključna pri sesalcih; izguba vodi do ustavitve rasti ali apoptoze v normalnih celicah, kot tudi v rakavih. Prisotnost metilacije DNA je nujno potrebna za embriološki razvoj. Ključna vloga metilacije DNA je nadzorovati izražanje genov; tako so metilirana zaporedja represirana. <br /> <br /> ==Metilacija DNA pri prokariontih==<br /> <br /> Do metilacije DNA pri prokariontih prihaja na nukleotidih adeninu in citozinu. Metilacijo katalizirata dva različna tipa encimov, metilaze in metiltransferaze. Za obe skupini encimov je donor metilnih skupin [http://en.wikipedia.org/wiki/S-Adenosyl_methionine S-adenozil metionin] (SAM; v nekaterih člankih AdoMet).<br /> <br /> ===Metilaze===<br /> <br /> Med te spada DAM metilaza (DNA adenin metilaza), ki katalizira prenos metilne skupine s SAM na adenin. Prepoznava nukleotidno zaporedje 5'-GATC-3' in metilira adenin v tem zporedju. Specifično prepoznava na novo sintetizirano verigo DNA, ki še ni metilirana, in jo metilira. To, da je nova veriga za kratek čas nemetilirana, omogoča celici, da razlikuje med staro in novosintetizirano verigo. Celica lahko zato uporabi [http://en.wikipedia.org/wiki/Mismatch_repair mismatch repair] pot za popravilo morebitnih mutacij na DNA, ki so nastale pri replikaciji.<br /> <br /> DAM metilaza sodeluje tudi pri regulaciji replikacije in regulaciji ekspresije proteinov (oboje je dobro raziskano na bakteriji E. coli). Del regulacije replikacije pri E. coli opravljata ATP in DnaA. Svojo vlogo pri tem pa igra tudi DAM metilaza. OriC pri E. coli vsebuje 11 ponovitev 5'-GATC-3', ki jih metilaza prepoznava. Takoj po replikaciji je oriC hemimetiliran in je odstranjen iz nadaljnjih interakcij tako, da je vezan na membranski protein. Šele ko se sprosti, ga DAM metilaza popolnoma metilira in tako omogoči vezavo DnaA, ki sproži replikacijo.<br /> <br /> DAM metilaza lahko metilira tudi zaporedja vzdolž DNA, ne le na mestu oriC. Metilirana mesta spodbujajo transkripcijo.<br /> <br /> ===Metiltransferaze===<br /> <br /> Drugi tip encimov so metiltransferaze. V naravi obstajata dva razreda prokariontskih metiltrasferaz. En razred metilira C-atome znotraj obročev in tako tvori C5-metilcitozin (M.HhaI). Drug razred metilira eksociklične dušike in tvori N4-metilcitozin (M.PvuII) ali N6-metiladenin (M.TaqI). Oba razreda uporabljata kot donor metilnih skupin SAM in vse metiltransferaze znotraj teh razredov delujejo kot monomeri.<br /> <br /> Med prokariontskimi metiltransferazami je bilo največ raziskav opravljenih na M.HhaI. Med drugim je prav na tem encimu bil določen mehanizem delovanja metiltransferaz. <br /> M.HhaI je encim pridobljen iz bakterije Haemophilus haemolyticus. Ta encim na dvoverižni DNA prepozna zaporedje 5′-G(C)GC-3′ in metilira tisti citozin znotraj tega zaporedja, ki je v oklepaju.<br /> <br /> ===Mehanizem reakcije metilacije===<br /> <br /> V reakciji sodelujejo metiltrasferaza, dvoverižna DNA in SAM. Najprej metilaza pripravi DNA na reakcijo. Pri tem tarčni citozin obrne tako, da sedaj štrli ven iz verige in je najbliže aktivnemu mestu. Ker mora biti cistein v aktivnem mestu, ki deluje kot nukleofil, pred napadom na mesto C6 citozina deprotoniran, potrebuje bazo, ki mu odvzame proton. Izkaže se, da kot baza deluje negativno nabita fosfatna skupina na DNA, ki se nahaja v bližini mesta metilacije. (Proton se nato najbrž prenese na molekule vode v okolici.) Tako DNA vbistvu igra vlogo substrata in kofaktorja. V naslednjem koraku deprotonirani cistein napade citozinski obroč na mestu 6 (Michaelova adicija) in tvori z njim kovalentno vez. V tem kovalentnem aduktu je aktiviran nukleofilni značaj mesta C5 citozina in lahko sedaj napade SAM. Pri tem se prenese metilna skupina na C5 citozina. Sledita še deprotonacija mesta C5 in eliminacija encimskega nukleofila (cisteina). Ko postane afiniteta metiltransferaze manjša, se metilcitozin zasuka nazaj navznoter v verigo DNA.<br /> <br /> ==Metilacija DNA pri evkariontih==<br /> <br /> ===Vloga metilacije DNA===<br /> <br /> DNA metilacija igra ključno vlogo v nadzorovanju celičnih procesov, vključno z embrionalnim razvojem, transkripcijo, deaktivacijo X kromosomov in genomskim »imprintigom«. Pri ljudeh se metilacija zgodi na C5 poziciji citozinov, ki so pred gvaninom; te imenujemo dinukleotidni CpG. Približno 1% baz v človeškem genomu je metil-citozinov, kar nanese. V normalnih celicah se metilacija zgodi predvsem na ponavljajočih se genomskih regijah. CpG-ji niso naključno porazdeljeni v genomu; namesto tega so znane CpG bogate regije, imenovane kot CpG otočki, ki so na 5´̀ koncih mnogih človeških genov (56%). Večina (94%) CpG otočkov ostane ne metiliranih v normalnih celicah.<br /> <br /> V splošnem je metilacija CpG otočkov je povezana z utišanjem genov. Dokazano je bilo, da metilirani otočki vežejo histonske deacetilaze in ostale faktorje, ki so vpleteni v transkripcijo in utišanje. Vendar se ta enostaven pogled zakomplicira z odkritjem, da vsaj eden CpG vezavni protein, MeCP2, lahko deluje kot transkripcijski aktivator v redkih primerih CpG metilacije. Po analogiji s CpG otočki, ki se nahajajo na tkivno specifičnih genih, jih mnogo ostane ne metiliranih v vseh stopnjah razvoja . Tako morajo biti v igri drugi mehanizmi, da so ti geni utišani. Majhen, a pomemben del CpG-jev se metilira med razvojem. <br /> <br /> Genomski »imprinting« potrebuje tudi hipermetilacijo DNA na enem izmed dveh starševskih alelov gena, da zagotovi monoalelno ekspresijo.<br /> <br /> ===Proteini pri metilaciji DNA pri evkariontih===<br /> <br /> Pri večceličnih evkariontih je metilacija, ki se pojavi takoj po replikaciji omejena na citozinske baze. Metilacija poteka z zamikom, tako da je omogočeno tudi njeno popravljanje. Poznana sta dva glavna načina poteka metiliranja.<br /> <br /> Osnova obeh procesov je vezava metilne skupine na verigo DNA. Reakcijo katalizirajo DNA metiltransferaze (DNMTs), tako da s kovalentno adicijo na C6 preko Cys81 aktivira C5 atoma citozina za elektrofilni napad S-adenozil-L-metionina (AdoMet) in prenos metilne skupine na mesto 5 v citozinskem obroču. Po končani reakciji pride do odcepa encima in deprotonacije C5. <br /> <br /> Ločimo tri vrste DNA metil transferaz glede na stopnjo metilacije, vse pa se med seboj ujemajo v 6 strukturnih motivih, od katerih se 5 nahaja v aktivnem mestu za AdoMet, kar nakazuje da se vsi delujejo po istem principu.<br /> <br /> Prvi tip metilacije ti. maintaince metilacijo izvaja DNMT1. Izvede hemimetilacijo DNA, kar se sklada z njeno funkcijo vzdrževanja saj metilira le komplementarno verigo. Tako je zagotovljeno, da bo hčerinska veriga pravilno metilirana, položaj metil citozina v prepoznavnih zaporedjih transkrpcijskih faktorjev pa prepreči njihovo vezavo na verigo DNA.<br /> <br /> DNMT3a in DNMT3b lahko metilirata popolnoma nove dele genoma po procesu de novo. Proces de novo metilacije je drugi tip inhibicije ekspresije genov, ki se prične z vezavo metil CpG vezavnih proteinov (MBD) na metilirane citozine v promotorski regiji. MBD kompleksi nato na promotorsko regijo vežejo histon, s pomočjo histon deacetilaze (HDAC) (npr. NurD kompleks) in histonmetiltransferaze (HMTaze), ter tako deaktivirajo kromatin na mestih kjer se nahajojo geni. Metilacija histonskih repov vpliva tudi na strukturo histonskega jedra. Pomembna je predvsem reakcija na Lys. <br /> <br /> MBD proteini imajo klinasto strukturo sestavljeno iz ß ravnin, ki se nahajajo nad α vijačnico. Stranske verige aminokislin pri dveh ß ravninah, skupaj z N-koncem α heliksa interagirajo z metiliranimi citozini na glavni verigi DNA in tako zagotovijo strukturno osnovo za selektivno prepoznavanje CpG dinukleotidov.<br /> <br /> <br /> ==Viri==<br /> <br /> Egor Prokhortchouk, Pierre-Antoine Defossez. The cell biology of DNA methylation in mammals, Biochimica et Biophysica Acta 1783 (2008) 2167–2173<br /> <br /> Casadesús J, Low D. The great GATC: DNA methylation in E. coli. Microbiology and Molecular Biology Reviews 70 (September 2006) 830–856<br /> <br /> Ronen Zangi, Ana Arrieta, Fernando P. Cossío. Mechanism of DNA Methylation: The Double Role of DNA as a Substrate and as a Cofactor. J. Mol. Biol. (2010) 400, 632–644<br /> <br /> Fa-Kuen Shieh and Norbert O. Reich. AdoMet-dependent Methyl-transfer: Glu119 Is Essential for DNA C5-Cytosine Methyltransferase M.HhaI. J. Mol. Biol. (2007) 373, 1157–1168<br /> <br /> Moshe Szyf. DNA methylation and demethylation probed by small molecules. Biochimica et Biophysica Acta 1799 (2010) 750–759<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Vito Francic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Mehanizem_metilacije_DNA&diff=5795 2011-04-18T08:45:44Z

<p>Vito Francic: </p> <hr /> <div>==Uvod ==<br /> <br /> <br /> ===DNA metilacija je pomemben epigenetski marker, ki nadzoruje izražanje genov===<br /> <br /> Metilacija DNA je pravzorčni epigenetski marker. Prenaša se z genetskim materialom, ampak pri tem ne vpliva na zaporedje. Lahko regulira genomsko aktivnost in obstoji skozi cepitev, mitozo in mejozo.<br /> <br /> DNA metilacija je ključna pri sesalcih; izguba vodi do ustavitve rasti ali apoptoze v normalnih celicah, kot tudi v rakavih. Prisotnost metilacije DNA je nujno potrebna za embriološki razvoj. Ključna vloga metilacije DNA je nadzorovati izražanje genov; tako so metilirana zaporedja represirana. <br /> <br /> ==Metilacija DNA pri prokariontih==<br /> <br /> Do metilacije DNA pri prokariontih prihaja na nukleotidih adeninu in citozinu. Metilacijo katalizirata dva različna tipa encimov, metilaze in metiltransferaze. Za obe skupini encimov je donor metilnih skupin [http://en.wikipedia.org/wiki/S-Adenosyl_methionine S-adenozil metionin] (SAM; v nekaterih člankih AdoMet).<br /> <br /> ===Metilaze===<br /> <br /> Med te spada DAM metilaza (DNA adenin metilaza), ki katalizira prenos metilne skupine s SAM na adenin. Prepoznava nukleotidno zaporedje 5'-GATC-3' in metilira adenin v tem zporedju. Specifično prepoznava na novo sintetizirano verigo DNA, ki še ni metilirana, in jo metilira. To, da je nova veriga za kratek čas nemetilirana, omogoča celici, da razlikuje med staro in novosintetizirano verigo. Celica lahko zato uporabi [http://en.wikipedia.org/wiki/Mismatch_repair mismatch repair] pot za popravilo morebitnih mutacij na DNA, ki so nastale pri replikaciji.<br /> <br /> DAM metilaza sodeluje tudi pri regulaciji replikacije in regulaciji ekspresije proteinov (oboje je dobro raziskano na bakteriji E. coli). Del regulacije replikacije pri E. coli opravljata ATP in DnaA. Svojo vlogo pri tem pa igra tudi DAM metilaza. OriC pri E. coli vsebuje 11 ponovitev 5'-GATC-3', ki jih metilaza prepoznava. Takoj po replikaciji je oriC hemimetiliran in je odstranjen iz nadaljnjih interakcij tako, da je vezan na membranski protein. Šele ko se sprosti, ga DAM metilaza popolnoma metilira in tako omogoči vezavo DnaA, ki sproži replikacijo.<br /> <br /> DAM metilaza lahko metilira tudi zaporedja vzdolž DNA, ne le na mestu oriC. Metilirana mesta spodbujajo transkripcijo.<br /> <br /> ===Metiltransferaze===<br /> <br /> Drugi tip encimov so metiltransferaze. V naravi obstajata dva razreda prokariontskih metiltrasferaz. En razred metilira C-atome znotraj obročev in tako tvori C5-metilcitozin (M.HhaI). Drug razred metilira eksociklične dušike in tvori N4-metilcitozin (M.PvuII) ali N6-metiladenin (M.TaqI). Oba razreda uporabljata kot donor metilnih skupin SAM in vse metiltransferaze znotraj teh razredov delujejo kot monomeri.<br /> <br /> Med prokariontskimi metiltransferazami je bilo največ raziskav opravljenih na M.HhaI. Med drugim je prav na tem encimu bil določen mehanizem delovanja metiltransferaz. <br /> M.HhaI je encim pridobljen iz bakterije Haemophilus haemolyticus. Ta encim na dvoverižni DNA prepozna zaporedje 5′-GCGC-3′ in metilira tisti citozin znotraj tega zaporedja, ki je podčrtan.<br /> <br /> ===Mehanizem reakcije metilacije===<br /> <br /> V reakciji sodelujejo metiltrasferaza, dvoverižna DNA in SAM. Najprej metilaza pripravi DNA na reakcijo. Pri tem tarčni citozin obrne tako, da sedaj štrli ven iz verige in je najbliže aktivnemu mestu. Ker mora biti cistein v aktivnem mestu, ki deluje kot nukleofil, pred napadom na mesto C6 citozina deprotoniran, potrebuje bazo, ki mu odvzame proton. Izkaže se, da kot baza deluje negativno nabita fosfatna skupina na DNA, ki se nahaja v bližini mesta metilacije. (Proton se nato najbrž prenese na molekule vode v okolici.) Tako DNA vbistvu igra vlogo substrata in kofaktorja. V naslednjem koraku deprotonirani cistein napade citozinski obroč na mestu 6 (Michaelova adicija) in tvori z njim kovalentno vez. V tem kovalentnem aduktu je aktiviran nukleofilni značaj mesta C5 citozina in lahko sedaj napade SAM. Pri tem se prenese metilna skupina na C5 citozina. Sledita še deprotonacija mesta C5 in eliminacija encimskega nukleofila (cisteina). Ko postane afiniteta metiltransferaze manjša, se metilcitozin zasuka nazaj navznoter v verigo DNA.<br /> <br /> ==Metilacija DNA pri evkariontih==<br /> <br /> ===Vloga metilacije DNA===<br /> <br /> DNA metilacija igra ključno vlogo v nadzorovanju celičnih procesov, vključno z embrionalnim razvojem, transkripcijo, deaktivacijo X kromosomov in genomskim »imprintigom«. Pri ljudeh se metilacija zgodi na C5 poziciji citozinov, ki so pred gvaninom; te imenujemo dinukleotidni CpG. Približno 1% baz v človeškem genomu je metil-citozinov, kar nanese. V normalnih celicah se metilacija zgodi predvsem na ponavljajočih se genomskih regijah. CpG-ji niso naključno porazdeljeni v genomu; namesto tega so znane CpG bogate regije, imenovane kot CpG otočki, ki so na 5´̀ koncih mnogih človeških genov (56%). Večina (94%) CpG otočkov ostane ne metiliranih v normalnih celicah.<br /> <br /> V splošnem je metilacija CpG otočkov je povezana z utišanjem genov. Dokazano je bilo, da metilirani otočki vežejo histonske deacetilaze in ostale faktorje, ki so vpleteni v transkripcijo in utišanje. Vendar se ta enostaven pogled zakomplicira z odkritjem, da vsaj eden CpG vezavni protein, MeCP2, lahko deluje kot transkripcijski aktivator v redkih primerih CpG metilacije. Po analogiji s CpG otočki, ki se nahajajo na tkivno specifičnih genih, jih mnogo ostane ne metiliranih v vseh stopnjah razvoja . Tako morajo biti v igri drugi mehanizmi, da so ti geni utišani. Majhen, a pomemben del CpG-jev se metilira med razvojem. <br /> <br /> Genomski »imprinting« potrebuje tudi hipermetilacijo DNA na enem izmed dveh starševskih alelov gena, da zagotovi monoalelno ekspresijo.<br /> <br /> ===Proteini pri metilaciji DNA pri evkariontih===<br /> <br /> Pri večceličnih evkariontih je metilacija, ki se pojavi takoj po replikaciji omejena na citozinske baze. Metilacija poteka z zamikom, tako da je omogočeno tudi njeno popravljanje. Poznana sta dva glavna načina poteka metiliranja.<br /> <br /> Osnova obeh procesov je vezava metilne skupine na verigo DNA. Reakcijo katalizirajo DNA metiltransferaze (DNMTs), tako da s kovalentno adicijo na C6 preko Cys81 aktivira C5 atoma citozina za elektrofilni napad S-adenozil-L-metionina (AdoMet) in prenos metilne skupine na mesto 5 v citozinskem obroču. Po končani reakciji pride do odcepa encima in deprotonacije C5. <br /> <br /> Ločimo tri vrste DNA metil transferaz glede na stopnjo metilacije, vse pa se med seboj ujemajo v 6 strukturnih motivih, od katerih se 5 nahaja v aktivnem mestu za AdoMet, kar nakazuje da se vsi delujejo po istem principu.<br /> <br /> Prvi tip metilacije ti. maintaince metilacijo izvaja DNMT1. Izvede hemimetilacijo DNA, kar se sklada z njeno funkcijo vzdrževanja saj metilira le komplementarno verigo. Tako je zagotovljeno, da bo hčerinska veriga pravilno metilirana, položaj metil citozina v prepoznavnih zaporedjih transkrpcijskih faktorjev pa prepreči njihovo vezavo na verigo DNA.<br /> <br /> DNMT3a in DNMT3b lahko metilirata popolnoma nove dele genoma po procesu de novo. Proces de novo metilacije je drugi tip inhibicije ekspresije genov, ki se prične z vezavo metil CpG vezavnih proteinov (MBD) na metilirane citozine v promotorski regiji. MBD kompleksi nato na promotorsko regijo vežejo histon, s pomočjo histon deacetilaze (HDAC) (npr. NurD kompleks) in histonmetiltransferaze (HMTaze), ter tako deaktivirajo kromatin na mestih kjer se nahajojo geni. Metilacija histonskih repov vpliva tudi na strukturo histonskega jedra. Pomembna je predvsem reakcija na Lys. <br /> <br /> MBD proteini imajo klinasto strukturo sestavljeno iz ß ravnin, ki se nahajajo nad α vijačnico. Stranske verige aminokislin pri dveh ß ravninah, skupaj z N-koncem α heliksa interagirajo z metiliranimi citozini na glavni verigi DNA in tako zagotovijo strukturno osnovo za selektivno prepoznavanje CpG dinukleotidov.<br /> <br /> <br /> ==Viri==<br /> <br /> Egor Prokhortchouk, Pierre-Antoine Defossez. The cell biology of DNA methylation in mammals, Biochimica et Biophysica Acta 1783 (2008) 2167–2173<br /> <br /> Casadesús J, Low D. The great GATC: DNA methylation in E. coli. Microbiology and Molecular Biology Reviews 70 (September 2006) 830–856<br /> <br /> Ronen Zangi, Ana Arrieta, Fernando P. Cossío. Mechanism of DNA Methylation: The Double Role of DNA as a Substrate and as a Cofactor. J. Mol. Biol. (2010) 400, 632–644<br /> <br /> Fa-Kuen Shieh and Norbert O. Reich. AdoMet-dependent Methyl-transfer: Glu119 Is Essential for DNA C5-Cytosine Methyltransferase M.HhaI. J. Mol. Biol. (2007) 373, 1157–1168<br /> <br /> Moshe Szyf. DNA methylation and demethylation probed by small molecules. Biochimica et Biophysica Acta 1799 (2010) 750–759<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Vito Francic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Mehanizem_metilacije_DNA&diff=5794 2011-04-18T08:43:14Z

<p>Vito Francic: </p> <hr /> <div>=Metilacija DNA=<br /> <br /> <br /> ==Uvod ==<br /> <br /> <br /> ===DNA metilacija je pomemben epigenetski marker, ki nadzoruje izražanje genov===<br /> <br /> Metilacija DNA je pravzorčni epigenetski marker. Prenaša se z genetskim materialom, ampak pri tem ne vpliva na zaporedje. Lahko regulira genomsko aktivnost in obstoji skozi cepitev, mitozo in mejozo.<br /> <br /> DNA metilacija je ključna pri sesalcih; izguba vodi do ustavitve rasti ali apoptoze v normalnih celicah, kot tudi v rakavih. Prisotnost metilacije DNA je nujno potrebna za embriološki razvoj. Ključna vloga metilacije DNA je nadzorovati izražanje genov; tako so metilirana zaporedja represirana. <br /> <br /> ==Metilacija DNA pri prokariontih==<br /> <br /> Do metilacije DNA pri prokariontih prihaja na nukleotidih adeninu in citozinu. Metilacijo katalizirata dva različna tipa encimov, metilaze in metiltransferaze. Za obe skupini encimov je donor metilnih skupin [http://en.wikipedia.org/wiki/S-Adenosyl_methionine S-adenozil metionin] (SAM; v nekaterih člankih AdoMet).<br /> <br /> ===Metilaze===<br /> <br /> Med te spada DAM metilaza (DNA adenin metilaza), ki katalizira prenos metilne skupine s SAM na adenin. Prepoznava nukleotidno zaporedje 5'-GATC-3' in metilira adenin v tem zporedju. Specifično prepoznava na novo sintetizirano verigo DNA, ki še ni metilirana, in jo metilira. To, da je nova veriga za kratek čas nemetilirana, omogoča celici, da razlikuje med staro in novosintetizirano verigo. Celica lahko zato uporabi [http://en.wikipedia.org/wiki/Mismatch_repair mismatch repair] pot za popravilo morebitnih mutacij na DNA, ki so nastale pri replikaciji.<br /> <br /> DAM metilaza sodeluje tudi pri regulaciji replikacije in regulaciji ekspresije proteinov (oboje je dobro raziskano na bakteriji E. coli). Del regulacije replikacije pri E. coli opravljata ATP in DnaA. Svojo vlogo pri tem pa igra tudi DAM metilaza. OriC pri E. coli vsebuje 11 ponovitev 5'-GATC-3', ki jih metilaza prepoznava. Takoj po replikaciji je oriC hemimetiliran in je odstranjen iz nadaljnjih interakcij tako, da je vezan na membranski protein. Šele ko se sprosti, ga DAM metilaza popolnoma metilira in tako omogoči vezavo DnaA, ki sproži replikacijo.<br /> <br /> DAM metilaza lahko metilira tudi zaporedja vzdolž DNA, ne le na mestu oriC. Metilirana mesta spodbujajo transkripcijo.<br /> <br /> ===Metiltransferaze===<br /> <br /> Drugi tip encimov so metiltransferaze. V naravi obstajata dva razreda prokariontskih metiltrasferaz. En razred metilira C-atome znotraj obročev in tako tvori C5-metilcitozin (M.HhaI). Drug razred metilira eksociklične dušike in tvori N4-metilcitozin (M.PvuII) ali N6-metiladenin (M.TaqI). Oba razreda uporabljata kot donor metilnih skupin SAM in vse metiltransferaze znotraj teh razredov delujejo kot monomeri.<br /> <br /> Med prokariontskimi metiltransferazami je bilo največ raziskav opravljenih na M.HhaI. Med drugim je prav na tem encimu bil določen mehanizem delovanja metiltransferaz. <br /> M.HhaI je encim pridobljen iz bakterije Haemophilus haemolyticus. Ta encim na dvoverižni DNA prepozna zaporedje 5′-GCGC-3′ in metilira tisti citozin znotraj tega zaporedja, ki je podčrtan.<br /> <br /> ===Mehanizem reakcije metilacije===<br /> <br /> V reakciji sodelujejo metiltrasferaza, dvoverižna DNA in SAM. Najprej metilaza pripravi DNA na reakcijo. Pri tem tarčni citozin obrne tako, da sedaj štrli ven iz verige in je najbliže aktivnemu mestu. Ker mora biti cistein v aktivnem mestu, ki deluje kot nukleofil, pred napadom na mesto C6 citozina deprotoniran, potrebuje bazo, ki mu odvzame proton. Izkaže se, da kot baza deluje negativno nabita fosfatna skupina na DNA, ki se nahaja v bližini mesta metilacije. (Proton se nato najbrž prenese na molekule vode v okolici.) Tako DNA vbistvu igra vlogo substrata in kofaktorja. V naslednjem koraku deprotonirani cistein napade citozinski obroč na mestu 6 (Michaelova adicija) in tvori z njim kovalentno vez. V tem kovalentnem aduktu je aktiviran nukleofilni značaj mesta C5 citozina in lahko sedaj napade SAM. Pri tem se prenese metilna skupina na C5 citozina. Sledita še deprotonacija mesta C5 in eliminacija encimskega nukleofila (cisteina). Ko postane afiniteta metiltransferaze manjša, se metilcitozin zasuka nazaj navznoter v verigo DNA.<br /> <br /> ==Metilacija DNA pri evkariontih==<br /> <br /> ===Vloga metilacije DNA===<br /> <br /> DNA metilacija igra ključno vlogo v nadzorovanju celičnih procesov, vključno z embrionalnim razvojem, transkripcijo, deaktivacijo X kromosomov in genomskim »imprintigom«. Pri ljudeh se metilacija zgodi na C5 poziciji citozinov, ki so pred gvaninom; te imenujemo dinukleotidni CpG. Približno 1% baz v človeškem genomu je metil-citozinov, kar nanese. V normalnih celicah se metilacija zgodi predvsem na ponavljajočih se genomskih regijah. CpG-ji niso naključno porazdeljeni v genomu; namesto tega so znane CpG bogate regije, imenovane kot CpG otočki, ki so na 5´̀ koncih mnogih človeških genov (56%). Večina (94%) CpG otočkov ostane ne metiliranih v normalnih celicah.<br /> <br /> V splošnem je metilacija CpG otočkov je povezana z utišanjem genov. Dokazano je bilo, da metilirani otočki vežejo histonske deacetilaze in ostale faktorje, ki so vpleteni v transkripcijo in utišanje. Vendar se ta enostaven pogled zakomplicira z odkritjem, da vsaj eden CpG vezavni protein, MeCP2, lahko deluje kot transkripcijski aktivator v redkih primerih CpG metilacije. Po analogiji s CpG otočki, ki se nahajajo na tkivno specifičnih genih, jih mnogo ostane ne metiliranih v vseh stopnjah razvoja . Tako morajo biti v igri drugi mehanizmi, da so ti geni utišani. Majhen, a pomemben del CpG-jev se metilira med razvojem. <br /> <br /> Genomski »imprinting« potrebuje tudi hipermetilacijo DNA na enem izmed dveh starševskih alelov gena, da zagotovi monoalelno ekspresijo.<br /> <br /> ===Proteini pri metilaciji DNA pri evkariontih===<br /> <br /> Pri večceličnih evkariontih je metilacija, ki se pojavi takoj po replikaciji omejena na citozinske baze. Metilacija poteka z zamikom, tako da je omogočeno tudi njeno popravljanje. Poznana sta dva glavna načina poteka metiliranja.<br /> <br /> Osnova obeh procesov je vezava metilne skupine na verigo DNA. Reakcijo katalizirajo DNA metiltransferaze (DNMTs), tako da s kovalentno adicijo na C6 preko Cys81 aktivira C5 atoma citozina za elektrofilni napad S-adenozil-L-metionina (AdoMet) in prenos metilne skupine na mesto 5 v citozinskem obroču. Po končani reakciji pride do odcepa encima in deprotonacije C5. <br /> <br /> Ločimo tri vrste DNA metil transferaz glede na stopnjo metilacije, vse pa se med seboj ujemajo v 6 strukturnih motivih, od katerih se 5 nahaja v aktivnem mestu za AdoMet, kar nakazuje da se vsi delujejo po istem principu.<br /> <br /> Prvi tip metilacije ti. maintaince metilacijo izvaja DNMT1. Izvede hemimetilacijo DNA, kar se sklada z njeno funkcijo vzdrževanja saj metilira le komplementarno verigo. Tako je zagotovljeno, da bo hčerinska veriga pravilno metilirana, položaj metil citozina v prepoznavnih zaporedjih transkrpcijskih faktorjev pa prepreči njihovo vezavo na verigo DNA.<br /> <br /> DNMT3a in DNMT3b lahko metilirata popolnoma nove dele genoma po procesu de novo. Proces de novo metilacije je drugi tip inhibicije ekspresije genov, ki se prične z vezavo metil CpG vezavnih proteinov (MBD) na metilirane citozine v promotorski regiji. MBD kompleksi nato na promotorsko regijo vežejo histon, s pomočjo histon deacetilaze (HDAC) (npr. NurD kompleks) in histonmetiltransferaze (HMTaze), ter tako deaktivirajo kromatin na mestih kjer se nahajojo geni. Metilacija histonskih repov vpliva tudi na strukturo histonskega jedra. Pomembna je predvsem reakcija na Lys. <br /> <br /> MBD proteini imajo klinasto strukturo sestavljeno iz ß ravnin, ki se nahajajo nad α vijačnico. Stranske verige aminokislin pri dveh ß ravninah, skupaj z N-koncem α heliksa interagirajo z metiliranimi citozini na glavni verigi DNA in tako zagotovijo strukturno osnovo za selektivno prepoznavanje CpG dinukleotidov.<br /> <br /> <br /> ==Viri==<br /> <br /> Egor Prokhortchouk, Pierre-Antoine Defossez. The cell biology of DNA methylation in mammals, Biochimica et Biophysica Acta 1783 (2008) 2167–2173<br /> <br /> Casadesús J, Low D. The great GATC: DNA methylation in E. coli. Microbiology and Molecular Biology Reviews 70 (September 2006) 830–856<br /> <br /> Ronen Zangi, Ana Arrieta, Fernando P. Cossío. Mechanism of DNA Methylation: The Double Role of DNA as a Substrate and as a Cofactor. J. Mol. Biol. (2010) 400, 632–644<br /> <br /> Fa-Kuen Shieh and Norbert O. Reich. AdoMet-dependent Methyl-transfer: Glu119 Is Essential for DNA C5-Cytosine Methyltransferase M.HhaI. J. Mol. Biol. (2007) 373, 1157–1168<br /> <br /> Moshe Szyf. DNA methylation and demethylation probed by small molecules. Biochimica et Biophysica Acta 1799 (2010) 750–759<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Vito Francic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Mehanizem_metilacije_DNA&diff=5793 2011-04-18T08:41:16Z

<p>Vito Francic: </p> <hr /> <div>=Metilacija DNA=<br /> <br /> <br /> ==Uvod ==<br /> <br /> <br /> ===DNA metilacija je pomemben epigenetski marker, ki nadzoruje izražanje genov===<br /> <br /> Metilacija DNA je pravzorčni epigenetski marker. Prenaša se z genetskim materialom, ampak pri tem ne vpliva na zaporedje. Lahko regulira genomsko aktivnost in obstoji skozi cepitev, mitozo in mejozo.<br /> <br /> DNA metilacija je ključna pri sesalcih; izguba vodi do ustavitve rasti ali apoptoze v normalnih celicah, kot tudi v rakavih. Prisotnost metilacije DNA je nujno potrebna za embriološki razvoj. Ključna vloga metilacije DNA je nadzorovati izražanje genov; tako so metilirana zaporedja represirana. <br /> <br /> ==Metilacija DNA pri prokariontih==<br /> <br /> Do metilacije DNA pri prokariontih prihaja na nukleotidih adeninu in citozinu. Metilacijo katalizirata dva različna tipa encimov, metilaze in metiltransferaze. Za obe skupini encimov je donor metilnih skupin [http://en.wikipedia.org/wiki/S-Adenosyl_methionine S-adenozil metionin] (SAM; v nekaterih člankih AdoMet).<br /> <br /> ===Metilaze===<br /> <br /> Med te spada DAM metilaza (DNA adenin metilaza), ki katalizira prenos metilne skupine s SAM na adenin. Prepoznava nukleotidno zaporedje 5'-GATC-3' in metilira adenin v tem zporedju. Specifično prepoznava na novo sintetizirano verigo DNA, ki še ni metilirana, in jo metilira. To, da je nova veriga za kratek čas nemetilirana, omogoča celici, da razlikuje med staro in novosintetizirano verigo. Celica lahko zato uporabi mismatch repair pot za popravilo morebitnih mutacij na DNA, ki so nastale pri replikaciji.<br /> <br /> DAM metilaza sodeluje tudi pri regulaciji replikacije in regulaciji ekspresije proteinov (oboje je dobro raziskano na bakteriji E. coli). Del regulacije replikacije pri E. coli opravljata ATP in DnaA. Svojo vlogo pri tem pa igra tudi DAM metilaza. OriC pri E. coli vsebuje 11 ponovitev 5'-GATC-3', ki jih metilaza prepoznava. Takoj po replikaciji je oriC hemimetiliran in je odstranjen iz nadaljnjih interakcij tako, da je vezan na membranski protein. Šele ko se sprosti, ga DAM metilaza popolnoma metilira in tako omogoči vezavo DnaA, ki sproži replikacijo.<br /> <br /> DAM metilaza lahko metilira tudi zaporedja vzdolž DNA, ne le na mestu oriC. Metilirana mesta spodbujajo transkripcijo.<br /> <br /> ===Metiltransferaze===<br /> <br /> Drugi tip encimov so metiltransferaze. V naravi obstajata dva razreda prokariontskih metiltrasferaz. En razred metilira C-atome znotraj obročev in tako tvori C5-metilcitozin (M.HhaI). Drug razred metilira eksociklične dušike in tvori N4-metilcitozin (M.PvuII) ali N6-metiladenin (M.TaqI). Oba razreda uporabljata kot donor metilnih skupin SAM in vse metiltransferaze znotraj teh razredov delujejo kot monomeri.<br /> <br /> Med prokariontskimi metiltransferazami je bilo največ raziskav opravljenih na M.HhaI. Med drugim je prav na tem encimu bil določen mehanizem delovanja metiltransferaz. <br /> M.HhaI je encim pridobljen iz bakterije Haemophilus haemolyticus. Ta encim na dvoverižni DNA prepozna zaporedje 5′-GCGC-3′ in metilira tisti citozin znotraj tega zaporedja, ki je podčrtan.<br /> <br /> ===Mehanizem reakcije metilacije===<br /> <br /> V reakciji sodelujejo metiltrasferaza, dvoverižna DNA in SAM. Najprej metilaza pripravi DNA na reakcijo. Pri tem tarčni citozin obrne tako, da sedaj štrli ven iz verige in je najbliže aktivnemu mestu. Ker mora biti cistein v aktivnem mestu, ki deluje kot nukleofil, pred napadom na mesto C6 citozina deprotoniran, potrebuje bazo, ki mu odvzame proton. Izkaže se, da kot baza deluje negativno nabita fosfatna skupina na DNA, ki se nahaja v bližini mesta metilacije. (Proton se nato najbrž prenese na molekule vode v okolici.) Tako DNA vbistvu igra vlogo substrata in kofaktorja. V naslednjem koraku deprotonirani cistein napade citozinski obroč na mestu 6 (Michaelova adicija) in tvori z njim kovalentno vez. V tem kovalentnem aduktu je aktiviran nukleofilni značaj mesta C5 citozina in lahko sedaj napade SAM. Pri tem se prenese metilna skupina na C5 citozina. Sledita še deprotonacija mesta C5 in eliminacija encimskega nukleofila (cisteina). Ko postane afiniteta metiltransferaze manjša, se metilcitozin zasuka nazaj navznoter v verigo DNA.<br /> <br /> ==Metilacija DNA pri evkariontih==<br /> <br /> ===Vloga metilacije DNA===<br /> <br /> DNA metilacija igra ključno vlogo v nadzorovanju celičnih procesov, vključno z embrionalnim razvojem, transkripcijo, deaktivacijo X kromosomov in genomskim »imprintigom«. Pri ljudeh se metilacija zgodi na C5 poziciji citozinov, ki so pred gvaninom; te imenujemo dinukleotidni CpG. Približno 1% baz v človeškem genomu je metil-citozinov, kar nanese. V normalnih celicah se metilacija zgodi predvsem na ponavljajočih se genomskih regijah. CpG-ji niso naključno porazdeljeni v genomu; namesto tega so znane CpG bogate regije, imenovane kot CpG otočki, ki so na 5´̀ koncih mnogih človeških genov (56%). Večina (94%) CpG otočkov ostane ne metiliranih v normalnih celicah.<br /> <br /> V splošnem je metilacija CpG otočkov je povezana z utišanjem genov. Dokazano je bilo, da metilirani otočki vežejo histonske deacetilaze in ostale faktorje, ki so vpleteni v transkripcijo in utišanje. Vendar se ta enostaven pogled zakomplicira z odkritjem, da vsaj eden CpG vezavni protein, MeCP2, lahko deluje kot transkripcijski aktivator v redkih primerih CpG metilacije. Po analogiji s CpG otočki, ki se nahajajo na tkivno specifičnih genih, jih mnogo ostane ne metiliranih v vseh stopnjah razvoja . Tako morajo biti v igri drugi mehanizmi, da so ti geni utišani. Majhen, a pomemben del CpG-jev se metilira med razvojem. <br /> <br /> Genomski »imprinting« potrebuje tudi hipermetilacijo DNA na enem izmed dveh starševskih alelov gena, da zagotovi monoalelno ekspresijo.<br /> <br /> ===Proteini pri metilaciji DNA pri evkariontih===<br /> <br /> Pri večceličnih evkariontih je metilacija, ki se pojavi takoj po replikaciji omejena na citozinske baze. Metilacija poteka z zamikom, tako da je omogočeno tudi njeno popravljanje. Poznana sta dva glavna načina poteka metiliranja.<br /> <br /> Osnova obeh procesov je vezava metilne skupine na verigo DNA. Reakcijo katalizirajo DNA metiltransferaze (DNMTs), tako da s kovalentno adicijo na C6 preko Cys81 aktivira C5 atoma citozina za elektrofilni napad S-adenozil-L-metionina (AdoMet) in prenos metilne skupine na mesto 5 v citozinskem obroču. Po končani reakciji pride do odcepa encima in deprotonacije C5. <br /> <br /> Ločimo tri vrste DNA metil transferaz glede na stopnjo metilacije, vse pa se med seboj ujemajo v 6 strukturnih motivih, od katerih se 5 nahaja v aktivnem mestu za AdoMet, kar nakazuje da se vsi delujejo po istem principu.<br /> <br /> Prvi tip metilacije ti. maintaince metilacijo izvaja DNMT1. Izvede hemimetilacijo DNA, kar se sklada z njeno funkcijo vzdrževanja saj metilira le komplementarno verigo. Tako je zagotovljeno, da bo hčerinska veriga pravilno metilirana, položaj metil citozina v prepoznavnih zaporedjih transkrpcijskih faktorjev pa prepreči njihovo vezavo na verigo DNA.<br /> <br /> DNMT3a in DNMT3b lahko metilirata popolnoma nove dele genoma po procesu de novo. Proces de novo metilacije je drugi tip inhibicije ekspresije genov, ki se prične z vezavo metil CpG vezavnih proteinov (MBD) na metilirane citozine v promotorski regiji. MBD kompleksi nato na promotorsko regijo vežejo histon, s pomočjo histon deacetilaze (HDAC) (npr. NurD kompleks) in histonmetiltransferaze (HMTaze), ter tako deaktivirajo kromatin na mestih kjer se nahajojo geni. Metilacija histonskih repov vpliva tudi na strukturo histonskega jedra. Pomembna je predvsem reakcija na Lys. <br /> <br /> MBD proteini imajo klinasto strukturo sestavljeno iz ß ravnin, ki se nahajajo nad α vijačnico. Stranske verige aminokislin pri dveh ß ravninah, skupaj z N-koncem α heliksa interagirajo z metiliranimi citozini na glavni verigi DNA in tako zagotovijo strukturno osnovo za selektivno prepoznavanje CpG dinukleotidov.<br /> <br /> <br /> ==Viri==<br /> <br /> Egor Prokhortchouk, Pierre-Antoine Defossez. The cell biology of DNA methylation in mammals, Biochimica et Biophysica Acta 1783 (2008) 2167–2173<br /> <br /> Casadesús J, Low D. The great GATC: DNA methylation in E. coli. Microbiology and Molecular Biology Reviews 70 (September 2006) 830–856<br /> <br /> Ronen Zangi, Ana Arrieta, Fernando P. Cossío. Mechanism of DNA Methylation: The Double Role of DNA as a Substrate and as a Cofactor. J. Mol. Biol. (2010) 400, 632–644<br /> <br /> Fa-Kuen Shieh and Norbert O. Reich. AdoMet-dependent Methyl-transfer: Glu119 Is Essential for DNA C5-Cytosine Methyltransferase M.HhaI. J. Mol. Biol. (2007) 373, 1157–1168<br /> <br /> Moshe Szyf. DNA methylation and demethylation probed by small molecules. Biochimica et Biophysica Acta 1799 (2010) 750–759<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Vito Francic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Mehanizem_metilacije_DNA&diff=5792 2011-04-18T08:39:04Z

<p>Vito Francic: </p> <hr /> <div>=Metilacija DNA=<br /> <br /> <br /> ==Uvod ==<br /> <br /> <br /> ===DNA metilacija je pomemben epigenetski marker, ki nadzoruje izražanje genov===<br /> <br /> Metilacija DNA je pravzorčni epigenetski marker. Prenaša se z genetskim materialom, ampak pri tem ne vpliva na zaporedje. Lahko regulira genomsko aktivnost in obstoji skozi cepitev, mitozo in mejozo.<br /> <br /> DNA metilacija je ključna pri sesalcih; izguba vodi do ustavitve rasti ali apoptoze v normalnih celicah, kot tudi v rakavih. Prisotnost metilacije DNA je nujno potrebna za embriološki razvoj. Ključna vloga metilacije DNA je nadzorovati izražanje genov; tako so metilirana zaporedja represirana. <br /> <br /> ==Metilacija DNA pri prokariontih==<br /> <br /> Do metilacije DNA pri prokariontih prihaja na nukleotidih adeninu in citozinu. Metilacijo katalizirata dva različna tipa encimov, metilaze in metiltransferaze. Za obe skupini encimov je donor metilnih skupin S-adenozil metionin (SAM; v nekaterih člankih AdoMet).<br /> <br /> ===Metilaze===<br /> <br /> Med te spada DAM metilaza (DNA adenin metilaza), ki katalizira prenos metilne skupine s SAM na adenin. Prepoznava nukleotidno zaporedje 5'-GATC-3' in metilira adenin v tem zporedju. Specifično prepoznava na novo sintetizirano verigo DNA, ki še ni metilirana, in jo metilira. To, da je nova veriga za kratek čas nemetilirana, omogoča celici, da razlikuje med staro in novosintetizirano verigo. Celica lahko zato uporabi mismatch repair pot za popravilo morebitnih mutacij na DNA, ki so nastale pri replikaciji.<br /> <br /> DAM metilaza sodeluje tudi pri regulaciji replikacije in regulaciji ekspresije proteinov (oboje je dobro raziskano na bakteriji E. coli). Del regulacije replikacije pri E. coli opravljata ATP in DnaA. Svojo vlogo pri tem pa igra tudi DAM metilaza. OriC pri E. coli vsebuje 11 ponovitev 5'-GATC-3', ki jih metilaza prepoznava. Takoj po replikaciji je oriC hemimetiliran in je odstranjen iz nadaljnjih interakcij tako, da je vezan na membranski protein. Šele ko se sprosti, ga DAM metilaza popolnoma metilira in tako omogoči vezavo DnaA, ki sproži replikacijo.<br /> <br /> DAM metilaza lahko metilira tudi zaporedja vzdolž DNA, ne le na mestu oriC. Metilirana mesta spodbujajo transkripcijo.<br /> <br /> ===Metiltransferaze===<br /> <br /> Drugi tip encimov so metiltransferaze. V naravi obstajata dva razreda prokariontskih metiltrasferaz. En razred metilira C-atome znotraj obročev in tako tvori C5-metilcitozin (M.HhaI). Drug razred metilira eksociklične dušike in tvori N4-metilcitozin (M.PvuII) ali N6-metiladenin (M.TaqI). Oba razreda uporabljata kot donor metilnih skupin SAM in vse metiltransferaze znotraj teh razredov delujejo kot monomeri.<br /> <br /> Med prokariontskimi metiltransferazami je bilo največ raziskav opravljenih na M.HhaI. Med drugim je prav na tem encimu bil določen mehanizem delovanja metiltransferaz. <br /> M.HhaI je encim pridobljen iz bakterije Haemophilus haemolyticus. Ta encim na dvoverižni DNA prepozna zaporedje 5′-GCGC-3′ in metilira tisti citozin znotraj tega zaporedja, ki je podčrtan.<br /> <br /> ===Mehanizem reakcije metilacije===<br /> <br /> V reakciji sodelujejo metiltrasferaza, dvoverižna DNA in SAM. Najprej metilaza pripravi DNA na reakcijo. Pri tem tarčni citozin obrne tako, da sedaj štrli ven iz verige in je najbliže aktivnemu mestu. Ker mora biti cistein v aktivnem mestu, ki deluje kot nukleofil, pred napadom na mesto C6 citozina deprotoniran, potrebuje bazo, ki mu odvzame proton. Izkaže se, da kot baza deluje negativno nabita fosfatna skupina na DNA, ki se nahaja v bližini mesta metilacije. (Proton se nato najbrž prenese na molekule vode v okolici.) Tako DNA vbistvu igra vlogo substrata in kofaktorja. V naslednjem koraku deprotonirani cistein napade citozinski obroč na mestu 6 (Michaelova adicija) in tvori z njim kovalentno vez. V tem kovalentnem aduktu je aktiviran nukleofilni značaj mesta C5 citozina in lahko sedaj napade SAM. Pri tem se prenese metilna skupina na C5 citozina. Sledita še deprotonacija mesta C5 in eliminacija encimskega nukleofila (cisteina). Ko postane afiniteta metiltransferaze manjša, se metilcitozin zasuka nazaj navznoter v verigo DNA.<br /> <br /> ==Metilacija DNA pri evkariontih==<br /> <br /> ===Vloga metilacije DNA===<br /> <br /> DNA metilacija igra ključno vlogo v nadzorovanju celičnih procesov, vključno z embrionalnim razvojem, transkripcijo, deaktivacijo X kromosomov in genomskim »imprintigom«. Pri ljudeh se metilacija zgodi na C5 poziciji citozinov, ki so pred gvaninom; te imenujemo dinukleotidni CpG. Približno 1% baz v človeškem genomu je metil-citozinov, kar nanese. V normalnih celicah se metilacija zgodi predvsem na ponavljajočih se genomskih regijah. CpG-ji niso naključno porazdeljeni v genomu; namesto tega so znane CpG bogate regije, imenovane kot CpG otočki, ki so na 5´̀ koncih mnogih človeških genov (56%). Večina (94%) CpG otočkov ostane ne metiliranih v normalnih celicah.<br /> <br /> V splošnem je metilacija CpG otočkov je povezana z utišanjem genov. Dokazano je bilo, da metilirani otočki vežejo histonske deacetilaze in ostale faktorje, ki so vpleteni v transkripcijo in utišanje. Vendar se ta enostaven pogled zakomplicira z odkritjem, da vsaj eden CpG vezavni protein, MeCP2, lahko deluje kot transkripcijski aktivator v redkih primerih CpG metilacije. Po analogiji s CpG otočki, ki se nahajajo na tkivno specifičnih genih, jih mnogo ostane ne metiliranih v vseh stopnjah razvoja . Tako morajo biti v igri drugi mehanizmi, da so ti geni utišani. Majhen, a pomemben del CpG-jev se metilira med razvojem. <br /> <br /> Genomski »imprinting« potrebuje tudi hipermetilacijo DNA na enem izmed dveh starševskih alelov gena, da zagotovi monoalelno ekspresijo.<br /> <br /> ===Proteini pri metilaciji DNA pri evkariontih===<br /> <br /> Pri večceličnih evkariontih je metilacija, ki se pojavi takoj po replikaciji omejena na citozinske baze. Metilacija poteka z zamikom, tako da je omogočeno tudi njeno popravljanje. Poznana sta dva glavna načina poteka metiliranja.<br /> <br /> Osnova obeh procesov je vezava metilne skupine na verigo DNA. Reakcijo katalizirajo DNA metiltransferaze (DNMTs), tako da s kovalentno adicijo na C6 preko Cys81 aktivira C5 atoma citozina za elektrofilni napad S-adenozil-L-metionina (AdoMet) in prenos metilne skupine na mesto 5 v citozinskem obroču. Po končani reakciji pride do odcepa encima in deprotonacije C5. <br /> <br /> Ločimo tri vrste DNA metil transferaz glede na stopnjo metilacije, vse pa se med seboj ujemajo v 6 strukturnih motivih, od katerih se 5 nahaja v aktivnem mestu za AdoMet, kar nakazuje da se vsi delujejo po istem principu.<br /> <br /> Prvi tip metilacije ti. maintaince metilacijo izvaja DNMT1. Izvede hemimetilacijo DNA, kar se sklada z njeno funkcijo vzdrževanja saj metilira le komplementarno verigo. Tako je zagotovljeno, da bo hčerinska veriga pravilno metilirana, položaj metil citozina v prepoznavnih zaporedjih transkrpcijskih faktorjev pa prepreči njihovo vezavo na verigo DNA.<br /> <br /> DNMT3a in DNMT3b lahko metilirata popolnoma nove dele genoma po procesu de novo. Proces de novo metilacije je drugi tip inhibicije ekspresije genov, ki se prične z vezavo metil CpG vezavnih proteinov (MBD) na metilirane citozine v promotorski regiji. MBD kompleksi nato na promotorsko regijo vežejo histon, s pomočjo histon deacetilaze (HDAC) (npr. NurD kompleks) in histonmetiltransferaze (HMTaze), ter tako deaktivirajo kromatin na mestih kjer se nahajojo geni. Metilacija histonskih repov vpliva tudi na strukturo histonskega jedra. Pomembna je predvsem reakcija na Lys. <br /> <br /> MBD proteini imajo klinasto strukturo sestavljeno iz ß ravnin, ki se nahajajo nad α vijačnico. Stranske verige aminokislin pri dveh ß ravninah, skupaj z N-koncem α heliksa interagirajo z metiliranimi citozini na glavni verigi DNA in tako zagotovijo strukturno osnovo za selektivno prepoznavanje CpG dinukleotidov.<br /> <br /> <br /> ==Viri==<br /> <br /> Egor Prokhortchouk, Pierre-Antoine Defossez. The cell biology of DNA methylation in mammals, Biochimica et Biophysica Acta 1783 (2008) 2167–2173<br /> <br /> Casadesús J, Low D. The great GATC: DNA methylation in E. coli. Microbiology and Molecular Biology Reviews 70 (September 2006) 830–856<br /> <br /> Ronen Zangi, Ana Arrieta, Fernando P. Cossío. Mechanism of DNA Methylation: The Double Role of DNA as a Substrate and as a Cofactor. J. Mol. Biol. (2010) 400, 632–644<br /> <br /> Fa-Kuen Shieh and Norbert O. Reich. AdoMet-dependent Methyl-transfer: Glu119 Is Essential for DNA C5-Cytosine Methyltransferase M.HhaI. J. Mol. Biol. (2007) 373, 1157–1168<br /> <br /> Moshe Szyf. DNA methylation and demethylation probed by small molecules. Biochimica et Biophysica Acta 1799 (2010) 750–759<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Vito Francic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:Mehanizem_metilacije_DNA&diff=5790 2011-04-18T08:38:16Z

<p>Vito Francic: New page: Uvod in vloga metilacije dna; Aleksander Krajnc Metilacija dna pri prokariontih; Vito Frančič Proteini pri metilaciji dna pri evkariontih; Žan Caf-Feldin</p> <hr /> <div>Uvod in vloga metilacije dna; Aleksander Krajnc<br /> <br /> Metilacija dna pri prokariontih; Vito Frančič<br /> <br /> Proteini pri metilaciji dna pri evkariontih; Žan Caf-Feldin</div>

Vito Francic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Mehanizem_metilacije_DNA&diff=5789 2011-04-18T08:37:58Z

<p>Vito Francic: New page: =Metilacija DNA= ==Uvod == ===DNA metilacija je pomemben epigenetski marker, ki nadzoruje izražanje genov=== Metilacija DNA je pravzorčni epigenetski marker. Prenaša se z genetskim...</p> <hr /> <div>=Metilacija DNA=<br /> <br /> <br /> ==Uvod ==<br /> <br /> <br /> ===DNA metilacija je pomemben epigenetski marker, ki nadzoruje izražanje genov===<br /> <br /> Metilacija DNA je pravzorčni epigenetski marker. Prenaša se z genetskim materialom, ampak pri tem ne vpliva na zaporedje. Lahko regulira genomsko aktivnost in obstoji skozi cepitev, mitozo in mejozo.<br /> <br /> DNA metilacija je ključna pri sesalcih; izguba vodi do ustavitve rasti ali apoptoze v normalnih celicah, kot tudi v rakavih. Prisotnost metilacije DNA je nujno potrebna za embriološki razvoj. Ključna vloga metilacije DNA je nadzorovati izražanje genov; tako so metilirana zaporedja represirana. <br /> <br /> ==Metilacija DNA pri prokariontih==<br /> <br /> Do metilacije DNA pri prokariontih prihaja na nukleotidih adeninu in citozinu. Metilacijo katalizirata dva različna tipa encimov, metilaze in metiltransferaze. Za obe skupini encimov je donor metilnih skupin S-adenozil metionin (SAM; v nekaterih člankih AdoMet).<br /> <br /> ===Metilaze===<br /> <br /> Med te spada DAM metilaza (DNA adenin metilaza), ki katalizira prenos metilne skupine s SAM na adenin. Prepoznava nukleotidno zaporedje 5'-GATC-3' in metilira adenin v tem zporedju. Specifično prepoznava na novo sintetizirano verigo DNA, ki še ni metilirana, in jo metilira. To, da je nova veriga za kratek čas nemetilirana, omogoča celici, da razlikuje med staro in novosintetizirano verigo. Celica lahko zato uporabi mismatch repair pot za popravilo morebitnih mutacij na DNA, ki so nastale pri replikaciji.<br /> <br /> DAM metilaza sodeluje tudi pri regulaciji replikacije in regulaciji ekspresije proteinov (oboje je dobro raziskano na bakteriji E. coli). Del regulacije replikacije pri E. coli opravljata ATP in DnaA. Svojo vlogo pri tem pa igra tudi DAM metilaza. OriC pri E. coli vsebuje 11 ponovitev 5'-GATC-3', ki jih metilaza prepoznava. Takoj po replikaciji je oriC hemimetiliran in je odstranjen iz nadaljnjih interakcij tako, da je vezan na membranski protein. Šele ko se sprosti, ga DAM metilaza popolnoma metilira in tako omogoči vezavo DnaA, ki sproži replikacijo.<br /> <br /> DAM metilaza lahko metilira tudi zaporedja vzdolž DNA, ne le na mestu oriC. Metilirana mesta spodbujajo transkripcijo.<br /> <br /> ===Metiltransferaze===<br /> <br /> Drugi tip encimov so metiltransferaze. V naravi obstajata dva razreda prokariontskih metiltrasferaz. En razred metilira C-atome znotraj obročev in tako tvori C5-metilcitozin (M.HhaI). Drug razred metilira eksociklične dušike in tvori N4-metilcitozin (M.PvuII) ali N6-metiladenin (M.TaqI). Oba razreda uporabljata kot donor metilnih skupin SAM in vse metiltransferaze znotraj teh razredov delujejo kot monomeri.<br /> <br /> Med prokariontskimi metiltransferazami je bilo največ raziskav opravljenih na M.HhaI. Med drugim je prav na tem encimu bil določen mehanizem delovanja metiltransferaz. <br /> M.HhaI je encim pridobljen iz bakterije Haemophilus haemolyticus. Ta encim na dvoverižni DNA prepozna zaporedje 5′-GCGC-3′ in metilira tisti citozin znotraj tega zaporedja, ki je podčrtan.<br /> <br /> ===Mehanizem reakcije metilacije===<br /> <br /> V reakciji sodelujejo metiltrasferaza, dvoverižna DNA in SAM. Najprej metilaza pripravi DNA na reakcijo. Pri tem tarčni citozin obrne tako, da sedaj štrli ven iz verige in je najbliže aktivnemu mestu. Ker mora biti cistein v aktivnem mestu, ki deluje kot nukleofil, pred napadom na mesto C6 citozina deprotoniran, potrebuje bazo, ki mu odvzame proton. Izkaže se, da kot baza deluje negativno nabita fosfatna skupina na DNA, ki se nahaja v bližini mesta metilacije. (Proton se nato najbrž prenese na molekule vode v okolici.) Tako DNA vbistvu igra vlogo substrata in kofaktorja. V naslednjem koraku deprotonirani cistein napade citozinski obroč na mestu 6 (Michaelova adicija) in tvori z njim kovalentno vez. V tem kovalentnem aduktu je aktiviran nukleofilni značaj mesta C5 citozina in lahko sedaj napade SAM. Pri tem se prenese metilna skupina na C5 citozina. Sledita še deprotonacija mesta C5 in eliminacija encimskega nukleofila (cisteina). Ko postane afiniteta metiltransferaze manjša, se metilcitozin zasuka nazaj navznoter v verigo DNA.<br /> <br /> ==Metilacija DNA pri evkariontih==<br /> <br /> ===Vloga metilacije DNA===<br /> <br /> DNA metilacija igra ključno vlogo v nadzorovanju celičnih procesov, vključno z embrionalnim razvojem, transkripcijo, deaktivacijo X kromosomov in genomskim »imprintigom«. Pri ljudeh se metilacija zgodi na C5 poziciji citozinov, ki so pred gvaninom; te imenujemo dinukleotidni CpG. Približno 1% baz v človeškem genomu je metil-citozinov, kar nanese. V normalnih celicah se metilacija zgodi predvsem na ponavljajočih se genomskih regijah. CpG-ji niso naključno porazdeljeni v genomu; namesto tega so znane CpG bogate regije, imenovane kot CpG otočki, ki so na 5´̀ koncih mnogih človeških genov (56%). Večina (94%) CpG otočkov ostane ne metiliranih v normalnih celicah.<br /> <br /> V splošnem je metilacija CpG otočkov je povezana z utišanjem genov. Dokazano je bilo, da metilirani otočki vežejo histonske deacetilaze in ostale faktorje, ki so vpleteni v transkripcijo in utišanje. Vendar se ta enostaven pogled zakomplicira z odkritjem, da vsaj eden CpG vezavni protein, MeCP2, lahko deluje kot transkripcijski aktivator v redkih primerih CpG metilacije. Po analogiji s CpG otočki, ki se nahajajo na tkivno specifičnih genih, jih mnogo ostane ne metiliranih v vseh stopnjah razvoja . Tako morajo biti v igri drugi mehanizmi, da so ti geni utišani. Majhen, a pomemben del CpG-jev se metilira med razvojem. <br /> <br /> Genomski »imprinting« potrebuje tudi hipermetilacijo DNA na enem izmed dveh starševskih alelov gena, da zagotovi monoalelno ekspresijo.<br /> <br /> ===Proteini pri metilaciji DNA pri prokariontih===<br /> <br /> Pri večceličnih evkariontih je metilacija, ki se pojavi takoj po replikaciji omejena na citozinske baze. Metilacija poteka z zamikom, tako da je omogočeno tudi njeno popravljanje. Poznana sta dva glavna načina poteka metiliranja.<br /> <br /> Osnova obeh procesov je vezava metilne skupine na verigo DNA. Reakcijo katalizirajo DNA metiltransferaze (DNMTs), tako da s kovalentno adicijo na C6 preko Cys81 aktivira C5 atoma citozina za elektrofilni napad S-adenozil-L-metionina (AdoMet) in prenos metilne skupine na mesto 5 v citozinskem obroču. Po končani reakciji pride do odcepa encima in deprotonacije C5. <br /> <br /> Ločimo tri vrste DNA metil transferaz glede na stopnjo metilacije, vse pa se med seboj ujemajo v 6 strukturnih motivih, od katerih se 5 nahaja v aktivnem mestu za AdoMet, kar nakazuje da se vsi delujejo po istem principu.<br /> <br /> Prvi tip metilacije ti. maintaince metilacijo izvaja DNMT1. Izvede hemimetilacijo DNA, kar se sklada z njeno funkcijo vzdrževanja saj metilira le komplementarno verigo. Tako je zagotovljeno, da bo hčerinska veriga pravilno metilirana, položaj metil citozina v prepoznavnih zaporedjih transkrpcijskih faktorjev pa prepreči njihovo vezavo na verigo DNA.<br /> <br /> DNMT3a in DNMT3b lahko metilirata popolnoma nove dele genoma po procesu de novo. Proces de novo metilacije je drugi tip inhibicije ekspresije genov, ki se prične z vezavo metil CpG vezavnih proteinov (MBD) na metilirane citozine v promotorski regiji. MBD kompleksi nato na promotorsko regijo vežejo histon, s pomočjo histon deacetilaze (HDAC) (npr. NurD kompleks) in histonmetiltransferaze (HMTaze), ter tako deaktivirajo kromatin na mestih kjer se nahajojo geni. Metilacija histonskih repov vpliva tudi na strukturo histonskega jedra. Pomembna je predvsem reakcija na Lys. <br /> <br /> MBD proteini imajo klinasto strukturo sestavljeno iz ß ravnin, ki se nahajajo nad α vijačnico. Stranske verige aminokislin pri dveh ß ravninah, skupaj z N-koncem α heliksa interagirajo z metiliranimi citozini na glavni verigi DNA in tako zagotovijo strukturno osnovo za selektivno prepoznavanje CpG dinukleotidov.<br /> <br /> <br /> ==Viri==<br /> <br /> Egor Prokhortchouk, Pierre-Antoine Defossez. The cell biology of DNA methylation in mammals, Biochimica et Biophysica Acta 1783 (2008) 2167–2173<br /> <br /> Casadesús J, Low D. The great GATC: DNA methylation in E. coli. Microbiology and Molecular Biology Reviews 70 (September 2006) 830–856<br /> <br /> Ronen Zangi, Ana Arrieta, Fernando P. Cossío. Mechanism of DNA Methylation: The Double Role of DNA as a Substrate and as a Cofactor. J. Mol. Biol. (2010) 400, 632–644<br /> <br /> Fa-Kuen Shieh and Norbert O. Reich. AdoMet-dependent Methyl-transfer: Glu119 Is Essential for DNA C5-Cytosine Methyltransferase M.HhaI. J. Mol. Biol. (2007) 373, 1157–1168<br /> <br /> Moshe Szyf. DNA methylation and demethylation probed by small molecules. Biochimica et Biophysica Acta 1799 (2010) 750–759<br /> <br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</div>

Vito Francic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetsko_uravnavanje_izra%C5%BEanja_genov&diff=5783 2011-04-18T08:17:29Z

<p>Vito Francic: </p> <hr /> <div>== Predstavitev seminarja 2010/11 ==<br /> Seminarska tema pri predmetu Molekularna biologija (Biokemija, 2. letnik) v študijskem letu 2010/11 je Epigenetika.<br /> Študenti se bodo razporedili v več skupin (po 3 študente) in obdelali isto temo z več vidikov. Pripravili bodo kratka predavanja znotraj letnika in napisali povzetek v obliki wiki-strani. Naslovi poglavij so:<br /> <br /> # Mehanizem metilacije DNA<br /> # Mehanizem modifikacije histonov<br /> # Analiza metilacijskih vzorcev na DNA<br /> # Analiza posttranslacijskih sprememb histonov<br /> # Dedovanje metilacijskih vzorcev (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/inheritance/)<br /> # Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - prehrana (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/nutrition/)<br /> # Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - psihološki dejavniki (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/rats/)<br /> # Ksenobiotiki in epigenetske spremembe<br /> # Epigenetske spremembe in rak<br /> # Epigenetske spremembe in debelost<br /> # Epigenetski status in motnje delovanja možganov (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/brain/)<br /> # Epigenetska regulacija celičnega cikla<br /> # Epigenetika in staranje<br /> # Projekt Čovekov epigenom<br /> # (rezervna tema) ''Epigenetsko dogajanje pri rastlinah''<br /> <br /> <br /> Vsako temo obdelajo trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo 8-10 min., ki bo na vrsti v projektnem tednu sredi aprila (po 7 predstavitev v 2 urah).<br /> <br /> Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 18.4. opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 7 bodo 20.4., ostalih seminarjev pa 22.4. Vsaka skupina ima za predstavitev do 10 minut časa, sledi pa razprava (2-5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion').<br /> <br /> <br /> === Skupine ===<br /> <br /> ''Skupine za projektno nalogo - po trije za vsako poglavje (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):''<br /> <br /> # ''[[Mehanizem metilacije DNA]]'' (Vito Frančič, Aleksander Krajnc, Žan Caf-Feldin)<br /> # ''[[Mehanizem modifikacije histonov]]'' (Filip Kolenc, Nataša Simonič,Đorđe Dimitrijević)<br /> # ''Analiza metilacijskih vzorcev na DNA'' (Veronika Rovanšek, Žan Železnik, Eva Tolar)<br /> # ''Analiza posttranslacijskih sprememb histonov'' (Barbara Berki, Maruša Bratuš, Kaja Rupar)<br /> # ''Dedovanje metilacijskih vzorcev'' (Brigita Razboršek, Tisa Primc, Urban Bezeljak)<br /> # ''Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - prehrana'' (Luka Bevc, Janja Juvančič, Tjaša Bigec)<br /> # ''Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - psihološki dejavniki'' (Nives Naraglav,Urška Žbogar, Špela Podjed)<br /> # ''Ksenobiotiki in epigenetske spremembe'' (Daša Janeš, Alenka Mikuž, Špela Baus)<br /> # ''Epigenetske spremembe in rak'' (Tjaša Berčič, Dino Ščuk,Nejc Perme)<br /> # ''[[Epigenetske spremembe in debelost]]'' (Kristina Bremec, Petra Gorečan, Špela Umek)<br /> # ''Epigenetski status in motnje delovanja možganov'' (Sabina Kolar, Elmina Handanovič, Tonja Pavlovič)<br /> # ''Epigenetska regulacija celičnega cikla'' (Janez Meden, Primož Bembič, Uroš Stupar)<br /> # ''[[Epigenetika in staranje]]'' (Margareta Žlajpah, Maja Kogoj, Zala Rot)<br /> # ''Projekt Čovekov epigenom'' (Blaž Svetic, Kaja Tadić, Sabina Mavretič)<br /> # (rezervna tema) ''Epigenetsko dogajanje pri rastlinah'' (Damjana Hriberšek, Laura Ogrin)<br /> <br /> Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:&lt;nowiki&gt;<br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]&lt;/nowiki&gt;</div>

Vito Francic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetsko_uravnavanje_izra%C5%BEanja_genov&diff=5746 2011-03-31T16:59:01Z

<p>Vito Francic: /* Skupine */</p> <hr /> <div>== Predstavitev seminarja 2010/11 ==<br /> Seminarska tema pri predmetu Molekularna biologija (Biokemija, 2. letnik) v študijskem letu 2010/11 je Epigenetika.<br /> Študenti se bodo razporedili v več skupin (po 3 študente) in obdelali isto temo z več vidikov. Pripravili bodo kratka predavanja znotraj letnika in napisali povzetek v obliki wiki-strani. Naslovi poglavij so:<br /> <br /> # Mehanizem metilacije DNA<br /> # Mehanizem modifikacije histonov<br /> # Analiza metilacijskih vzorcev na DNA<br /> # Analiza posttranslacijskih sprememb histonov<br /> # Dedovanje metilacijskih vzorcev (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/inheritance/)<br /> # Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - prehrana (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/nutrition/)<br /> # Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - psihološki dejavniki (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/rats/)<br /> # Ksenobiotiki in epigenetske spremembe<br /> # Epigenetske spremembe in rak<br /> # Epigenetske spremembe in debelost<br /> # Epigenetski status in motnje delovanja možganov (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/brain/)<br /> # Epigenetska regulacija celičnega cikla<br /> # Epigenetika in staranje<br /> # Projekt Čovekov epigenom<br /> # (rezervna tema) ''Epigenetsko dogajanje pri rastlinah''<br /> <br /> <br /> Vsako temo obdelajo trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo 8-10 min., ki bo na vrsti v projektnem tednu sredi aprila (po 7 predstavitev v 2 urah).<br /> <br /> Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 18.4. opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 7 bodo 20.4., ostalih seminarjev pa 22.4. Vsaka skupina ima za predstavitev do 10 minut časa, sledi pa razprava (2-5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion').<br /> <br /> <br /> === Skupine ===<br /> <br /> ''Skupine za projektno nalogo - po trije za vsako poglavje (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):''<br /> <br /> # ''Mehanizem metilacije DNA'' (Vito Frančič, Aleksander Krajnc, Žan Caf-Feldin)<br /> # ''Mehanizem modifikacije histonov'' (Filip Kolenc, Nataša Simonič,Đorđe Dimitrijević)<br /> # ''Analiza metilacijskih vzorcev na DNA'' (Veronika Rovanšek, Žan Železnik, Eva Tolar)<br /> # ''Analiza posttranslacijskih sprememb histonov'' (Barbara Berki, Maruša Bratuš, Kaja Rupar)<br /> # ''Dedovanje metilacijskih vzorcev'' (Brigita Razboršek, Tisa Primc, Urban Bezeljak)<br /> # ''Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - prehrana'' (Luka Bevc, Janja Juvančič, Tjaša Bigec)<br /> # ''Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - psihološki dejavniki'' (Nives Naraglav,Urška Žbogar, Špela Podjed)<br /> # ''Ksenobiotiki in epigenetske spremembe'' (Daša Janeš, Alenka Mikuž, Špela Baus)<br /> # ''Epigenetske spremembe in rak'' (Tjaša Berčič, Dino Ščuk,Nejc Perme)<br /> # ''Epigenetske spremembe in debelost'' (Kristina Bremec, Petra Gorečan, Špela Umek)<br /> # ''Epigenetski status in motnje delovanja možganov'' (Sabina Kolar, Elmina Handanovič, Tonja Pavlovič)<br /> # ''Epigenetska regulacija celičnega cikla'' (Janez Meden, Primož Bembič, Uroš Stupar)<br /> # ''Epigenetika in staranje'' (Margareta Žlajpah, Maja Kogoj, Zala Rot)<br /> # ''Projekt Čovekov epigenom'' (Blaž Svetic, Kaja Tadić, Sabina Mavretič)<br /> # (rezervna tema) ''Epigenetsko dogajanje pri rastlinah''<br /> <br /> Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:&lt;nowiki&gt;<br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]&lt;/nowiki&gt;</div>

Vito Francic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Epigenetsko_uravnavanje_izra%C5%BEanja_genov&diff=5420 2011-02-22T16:41:28Z

<p>Vito Francic: </p> <hr /> <div>Seminarska tema pri predmetu Molekularna biologija (Biokemija, 2. letnik) v študijskem letu 2010/11 je Epigenetika.<br /> Študenti se bodo razporedili v več skupin (po 3 študente) in obdelali isto temo z več vidikov. Pripravili bodo kratka predavanja znotraj letnika in napisali povzetek v obliki wiki-strani. Naslovi poglavij so:<br /> <br /> # Mehanizem metilacije DNA<br /> # Mehanizem modifikacije histonov<br /> # Analiza metilacijskih vzorcev na DNA<br /> # Analiza posttranslacijskih sprememb histonov<br /> # Dedovanje metilacijskih vzorcev (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/inheritance/)<br /> # Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - prehrana (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/nutrition/)<br /> # Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - psihološki dejavniki (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/rats/)<br /> # Ksenobiotiki in epigenetske spremembe<br /> # Epigenetske spremembe in rak<br /> # Epigenetske spremembe in debelost<br /> # Epigenetski status in motnje delovanja možganov (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/brain/)<br /> # Epigenetska regulacija celičnega cikla<br /> # Epigenetika in staranje<br /> # Projekt Čovekov epigenom<br /> <br /> Vsako temo obdelajo trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Pripravite tudi predstavitev, dolgo 8-10 min., ki bo na vrsti v projektnem tednu v začetku aprila 2011 (po 7 predstavitev v 2 urah).<br /> <br /> ----<br /> <br /> ''Skupine za projektno nalogo - po trije za vsako poglavje (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):''<br /> # ''Mehanizem metilacije DNA'' (Vito Frančič, Aleksander Krajnc, Žan Caf-Feldin)<br /> # ''Mehanizem modifikacije histonov''<br /> # ''Analiza metilacijskih vzorcev na DNA''<br /> # ''Analiza posttranslacijskih sprememb histonov'' (Barbara Berki, Maruša Bratuš, Kaja Rupar)<br /> # ''Dedovanje metilacijskih vzorcev'' (Brigita Razboršek, Tisa Primc, Urban Bezeljak)<br /> # ''Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - prehrana'' (Luka Bevc, Janja Juvančič, Tjaša Bigec)<br /> # ''Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - psihološki dejavniki'' (Nives Naraglav,...)<br /> # ''Ksenobiotiki in epigenetske spremembe'' (Daša Janeš, Alenka Mikuž, Špela Baus)<br /> # ''Epigenetske spremembe in rak'' (Tjaša Berčič, Dino Ščuk,Nejc Perme)<br /> # ''Epigenetske spremembe in debelost'' (Kristina Bremec, Petra Gorečan, ...)<br /> # ''Epigenetski status in motnje delovanja možganov'' (Sabina Kolar, Elmina Handanovič, Tonja Pavlovič)<br /> # ''Epigenetska regulacija celičnega cikla''<br /> # ''Epigenetika in staranje'' (Margareta Žlajpah, Maja Kogoj, Zala Rot)<br /> # ''Projekt Čovekov epigenom'' (Blaž Svetic, Kaja Tadić...)<br /> <br /> Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:&lt;nowiki&gt;<br /> [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]&lt;/nowiki&gt;</div>

Vito Francic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar-geslo&diff=5232 2011-01-11T19:05:50Z

<p>Vito Francic: </p> <hr /> <div>*G proteini : Brigita Razboršek, Špela Podjed<br /> *[[Verižna reakcija s polimerazo (PCR)]] : Maja Kogoj, Margareta Žlajpah<br /> *[[Šaperoni]] : Tjaša Bigec, Janja Juvančič<br /> *[[Lastnosti aminokislin]] : Tjaša Berčič, Sabina Kolar<br /> *[[Mišična distrofija]] : Elmina Handanović, Dino Šćuk<br /> *Ionski kanalčki : Nives Naraglav, Zala Rot<br /> *[[Celična stena rastlin]] : Kaja Rupar, Maruša Bratuš<br /> *[[&quot;Sebični gen&quot;]] : Eva Tolar, Sara Primec<br /> *[[Epilepsija]] : Luka Bevc, Filip Kolenc<br /> * [[Receptorji TLR]] : Špela Umek, Đorđe Dimitrijević<br /> *[[Sindrom pridobljene imunske pomanjkljivosti (AIDS)]] : Urška Žbogar, Nejc Perme<br /> *[[Nevrotransmiterji]] : Tanja Korpar, Nataša Simonič<br /> *[[Receptorji]] : Aleksander Kranjc, Uroš Stupar<br /> *[[Peptidna vez in peptidi]] : Vito Frančič, Žan Caf-Feldin<br /> *[[Zaznavanje okusov]]: Tisa Primc, Urban Bezeljak<br /> *[[Eritropoetin]]: Kristina Bremec, Petra Gorečan<br /> *[[Poškodbe s prostimi radikali]]: Tonja Pavlovič, Tjaša Flis<br /> *[[Splošna zgradba imunoglobulinov]] : Veronika Rovanšek<br /> *[[Značilnosti genomov]] : Barbara Berki, Žan Železnik<br /> *[[Polimeri nukleinskih kislin]] : Laura Ogrin, Damjana Hriberšek</div>

Vito Francic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Receptorji&diff=5230 2011-01-11T19:04:26Z

<p>Vito Francic: New page: Receptorji so proteini na celični membrani ali redkeje v citoplazmi ali celičnem jedru na katero se specifično vežejo telesu lastne snovi (hormoni, živčni prenašalci) ali substance,...</p> <hr /> <div>Receptorji so proteini na celični membrani ali redkeje v citoplazmi ali celičnem jedru na katero se specifično vežejo telesu lastne snovi (hormoni, živčni prenašalci) ali substance, vnešene v telo (na primer: strupi, zdravila) ter posledično sprožijo nek signalni mehaniznem.<br /> <br /> Signalni mehanizmi lahko intergirajo specifično biološko funkcijo, kot je prenos živčnega signala; odgovarjajo na hormone in rastne faktorje; zaznavajo signale za svetlobo, vonj, okus; in kontrolirajo celični cikel. Pogosto je končen rezultat prenesenega signala fosforilacija nekaj specifični tarčnih proteinov, ki spremenijo svojo aktivnost in s tem aktivnost cele celice. <br /> <br /> Ko je signal nenehno prisoten, se receptorski sistem lahko adaptira/desenzitivira na signal; ko le-ta pade pod določeno mejo, receptorski sistemi postanejo nazaj aktivni. Pomislite, kaj se zgodi vašemu vidnemu sistemu, ko iz močne svetlobe stopite v temno sobe, ali obratno, iz teme na svetlobo. <br /> <br /> Molekularne detajle različnih signalnih poti delimo glede na tip receptorjev. Sprožilec vsakega sistema je drugačen, a vendar imajo vsi iste splošne značilnosti: signal interagira z receptorjem; aktiviran receptor interagira z celično mašinerijo, ki proizvede sekundarni signal, ali spremembo v aktivnosti celičnih proteinov; in nato se signal prekine. Za ilustracijo splošnih značilnosti signalih sistemov, si bomo na hitro pogledali šest osnovnih tipov receptorjev.<br /> <br /> 1. Z G-proteinom sklopljeni receptorji, ki indirektno aktivirajo (skozi GTP vezavne proteine, ali G proteine) encime, ki generirajo intracelularni sekundarni obveščevalec, najpogosteje cAMP. Ciklični AMP stimulira cAMP odvisno protein kinazo, da ta fosforilira ključne tarčne encime in spremeni aktivnost. Ti tipi receptorjev so najlažje ilustrirani z β-adrenergničim receptorskim sistemom, ki zaznava epinefrin (adrenalin).<br /> <br /> [http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/f/f7/Adrenoceptor-Signal_transduktion.PNG]<br /> <br /> 2. Receptor tirozin kinaza, receptorji, ki so v plazemski membrani in so hkrati encimi. Aktivirani so z ekstracelularnim ligandom, ki sproži fosforilacijo cele kaskade citosolnih ali membranskih proteinov. Dobra primera sta inzulinski receptor (INS-R) in receptor za epidermalni rastni faktor (EGF-R).<br /> <br /> [http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8c/Insulin_glucose_metabolism.jpg]<br /> <br /> 3. Receptor gvanilil ciklaza, ki je membranski receptor z encimatsko citosolno domeno. Intracelularni sekundarni obveščevalec teh receptorjev, ciklični gvanozin monofosfat (cGMP), aktivira citosolno protein kinazo (PKG), ki fosforilira citosolne proteine in s tem spremeni njihove aktivnosti.<br /> <br /> <br /> <br /> 4. Ionski kanali so v plazmalemi in se odpirajo in zapirajo kot odziv na vezavo kemičnih ligandov, ali sprememb v transmembranskem potencialu. Ključni so pri signaliziranju v nevronih. To so najenostavnejši prenašalci signala. Acetilholin receptorski ionski kanal je primer tega mehanizma.<br /> <br /> [http://upload.wikimedia.org/wikipedia/en/5/5c/LGIC.png]<br /> <br /> 5. Adhezijski receptorji, so receptorji, ki interagirajo z makromolekulskimi komponentami v ekstracelularnem matriksu (kot je kolagen) in posredujejo ukaze citoskeletnemu sistemu o migraciji celice, ali adheziji na matriks. Integrini, ki predstavljajo glavni tip in igrajo pomembno vlogo pri imunskem odzvanju, strjevanju krvi, angiogenezi in v tumorski metasazi.<br /> <br /> 6. Jedrni receptorji (steroidni receptorji), ki vežejo specifične ligande (kot je hormon estrogen) in spremenijo hitrost transkripcije in translacije specifičnih. Steroidni hormoni delujejo po mehanizmih, ki so z roko v roki povezani z regulacijo ekspresije genov.<br /> <br /> [http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/3/3e/Nuclear_Receptor_Structure.png]<br /> <br /> Viri<br /> <br /> David L. Nelson, Michale M. Cox ''Lehninger; Principles of biochemistry'' 5. izdaja, W. H. Freeman and company, 2008.</div>

Vito Francic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Leksikon_BMB&diff=5228 2011-01-11T19:01:37Z

<p>Vito Francic: </p> <hr /> <div>==Biološke molekule==<br /> * [[Aminokisline in proteini]]<br /> ** [[Lastnosti aminokislin]]<br /> ** [[Peptidna vez in peptidi]]<br /> ** [[Šaperoni]]<br /> ** [[Ravni proteinske strukture]]<br /> *** [[Kolageni]]<br /> **[[Glikozilacija]]<br /> * Lipidi<br /> ** [[Maščobne kisline]]<br /> ** [[Membranski lipidi]]<br /> ** Lipidi kot zaloga energije<br /> ** [[Holesterol]]<br /> * Ogljikovi hidrati<br /> ** [[Monosaharidi]]<br /> ** [[Disaharidi in oligosaharidi]]<br /> ** Polisaharidi<br /> *** [[Škrob]]<br /> *** [[Glikogen]]<br /> * [[Nukleinske kisline]]<br /> ** [[Nukleozidi in nukleotidi]]<br /> ** Polimeri nukleinskih kislin<br /> ** Parjenje baz<br /> * [[Vitamini]]<br /> * Hormoni<br /> ** [[Eritropoetin]]<br /> <br /> ==Metabolizem==<br /> * [[Pregled metabolizma]]<br /> **Metabolizem aminokislin<br /> **Metabolizem lipidov<br /> **Metabolizem ogljikovih hidratov<br /> **Metabolizem nukleotidov<br /> **Kofaktorji<br /> **[[Termogeneza]]<br /> <br /> ==Prenos signalov==<br /> * [[Receptorji]]<br /> * G-proteini<br /> * Načini prenosa signalov<br /> **[[Z encimom povezani receptorji]]<br /> **[[Z G-proteini povezani receptorji]]<br /> * Sekundarni prenašalci<br /> *[[Transport majhnih molekul skozi membrano]]<br /> * [[Nevrotransmiterji]]<br /> <br /> ==Prenos genske informacije==<br /> * [[Podvojevanje DNA]]<br /> ** [[Semikonzervativno podvajanje]]<br /> ** DNA-polimeraze pri prokariontih in evkariontih<br /> ** Vodilna in zastajajoča veriga<br /> ** [[Telomeri]]<br /> * [[Prepisovanje DNA v RNA]]<br /> * [[Sinteza proteinov]]<br /> * Uravnavanje izražanja genov<br /> * Organizacija kromatina pri evkariontih<br /> * Značilnosti genomov<br /> * &quot;Sebični gen&quot;<br /> * Prenos genske informacije pri retrovirusih<br /> * [[Mutacije]]<br /> <br /> ==Molekularna biotehnologija==<br /> * Kloniranje genov<br /> * Hibridizacija<br /> * Izražanje genov<br /> * Določanje nukleotidnih zaporedij<br /> * Verižna reakcija s polimerazo (PCR)<br /> * [[Biočipi]]<br /> * [[Genetsko spremenjeni organizmi]]<br /> <br /> ==Celična in fiziološka biokemija==<br /> * [[Celični skelet]]<br /> **[[Bički in migetalke]]<br /> * Celične membrane<br /> ** Plazmalema<br /> ** Bakterijska celična membrana<br /> *** Zgradba celične ovojnice gramnegativnih bakterij<br /> *** Zgradba celične ovojnice grampozitivnih bakterij<br /> *** Zgradba peptidoglikanskega sloja<br /> ** Celična membrana arhej<br /> ** Celična stena rastlin<br /> ** Jedrna membrana in jedrna pora<br /> ** Mitohondrijska membrana<br /> ** Membrana kloroplastov <br /> * [[Motorni proteini]]<br /> * [[Celična smrt]]<br /> * Poškodbe s prostimi radikali<br /> * [[Medcelični stiki]]<br /> <br /> ==Biokemija bolezni==<br /> * [[Rak]]<br /> * [[Sladkorna bolezen tipa I in II]]<br /> * [[Parkinsonova bolezen]]<br /> * [[Zvijanje proteinov in prionske bolezni]]<br /> * [[Alzheimerjeva bolezen]]<br /> * [[Huntingtonova bolezen]]<br /> * Mišična distrofija<br /> * Sepsa<br /> * [[Levkemija]]<br /> * Želodčna razjeda<br /> * Debelost<br /> ** [[Leptin]]<br /> * [[Sindrom pridobljene imunske pomanjkljivosti (AIDS)]]<br /> * Metabolični sindrom<br /> * [[Epilepsija]]<br /> <br /> ==Posebna poglavja==<br /> * [[Uvod v imunologijo]]<br /> ** Prirojeni odgovor<br /> *** [[Receptorji TLR]]<br /> ** Pridobljeni odgovor<br /> *** Predstavitev antigenov<br /> *** Aktivacija limfocitov B<br /> *** [[Aktivacija limfocitov T]]<br /> ** Splošna zgradba imunoglobulinov<br /> *** Imunoglobulinski tip zvitja<br /> *** Predstavitev imunoglobulinskih razredov<br /> * Biokemija čutil<br /> ** Zaznavanje vonjev<br /> ** [[Zaznavanje okusov]]<br /> ** Tip in bolečina<br /> ** Sluh<br /> * Proteinsko inženirstvo<br /> <br /> <br /> ----<br /> [[Biokemijski_seminar]] -- nazaj na Seminarje</div>

Vito Francic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Peptidna_vez_in_peptidi&diff=5205 2011-01-11T16:23:13Z

<p>Vito Francic: </p> <hr /> <div>Peptidna vez in peptidi<br /> <br /> <br /> == Peptidi so verige sestavljene iz aminokislin ==<br /> <br /> Dve molekuli aminokislin se lahko med sabo kovalentno povežeta preko [http://en.wikipedia.org/wiki/File:Peptide_bond.png peptidne vezi], ki je posebna oblika amidne vezi. Tako nastane dipeptid. Taka povezava nastane pri izstopu atomov, ki sestavljajo vodo, (dehidraciji) iz alfa karbonilne skupine ene aminokisline in alfa amino skupine druge aminokisline. [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.bothbrainsandbeauty.com/wp-content/uploads/2009/12/PeptideBond-HiRes.JPEG&amp;imgrefurl=http://www.bothbrainsandbeauty.com/page/3&amp;usg=__50VDcKLDKVWD87yBi5QlV-JILGU=&amp;h=992&amp;w=798&amp;sz=227&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=lwuPnlY1QuQNRM:&amp;tbnh=173&amp;tbnw=139&amp;prev=/images%3Fq%3Dpeptide%2Bbond%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1366%26bih%3D643%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=405&amp;ei=UYIsTfyQAs2Eswb8sYnSBw&amp;oei=UYIsTfyQAs2Eswb8sYnSBw&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=17&amp;ved=1t:429,r:0,s:0&amp;tx=130&amp;ty=50 Nastanek peptidne vezi je primer reakcije pri kateri poteče kondenzacija]. Te reakcije so pogoste v živih celicah. Pri standardnih biokemijskih pogojih je ravnotežje za reakcijo med dvema aminokislinama pomaknjeno v smer dveh posameznih aminokislin. Reakcija sama ni termodinamsko ugodna. To pomanjkljivost se odpravi tako, da se hidroksilna skupina aktivira ali modificira. Tako se ta skupina lažje eliminira. <br /> <br /> == Lastnosti peptidne vezi ==<br /> <br /> Alfa ogljikovi atomi so v peptidih ločeni s tremi kovalentnimi vezmi razporejenimi na naslednji način C(alfa)-C-N-C(alfa). Kristalna struktura dipeptidov je razkrila, da je peptidna vez krajša od drugih vezi C-N in da so atomi, ki so vključeni v peptidno vez razporejeni na isti ravnini. To nakazuje na to, da prihaja do resonance oziroma do delne delitve dveh parov elektronov karbonilnega kisika in amidnega dušika. Kisik ima delno negativni naboj dušik pa delno pozitvini naboj, kar ima za posledico, da nastane majhen električni dipol. Šest atomov, ki sestavljajo peptidno skupinoleži isti ravnini. Pri tem je karbonilni kisik v trans položaju glede na amidni dušik. Zaradi teh lastnosti, ki kažejo na delni značaj dvojne vezi, je rotacija okoli peptidne vezi onemogočena. Je pa mogoča rotacija okoli vezi N-C(alfa) in C(alfa)-C. Ogrodje polipeptidov si zato lahko predstavljamo kot serijo rigidnih ravnin pri katerih si dve zaporedni ravnini delita točko rotacije pri C(alfa).<br /> Kljub temu, da je hidroliza peptidne vezi eksergonski reakcija, poteka le počasi, ker ima visoko aktivacijsko energijo. Posledica je, da so peptidne vezi v peptidih in proteinih zelo stabilne. Njihovi razpolovni časi so približno sedem let.<br /> <br /> == Tripeptidi, polipetidi, proteini ==<br /> <br /> Tri aminiokisline se lahko povežejo preko dveh peptidnih vezi in tako tvorijo tripeptid. Na podoben način se lahko povežejo štiri aminokisline v tetrapeptid in tako naprej. Ko se nekaj aminokislin poveže na tak način se struktura imenuje oligopeptid. Ko pa se veliko aminokislin poveže se produkt imenuje polipeptid. Proteini pa so lahko sestavljeni iz tisoče aminokislinskih ostankov. Po dogovoru imenujemo molekule sestavljene iz aminokislin, ki imajo molekulsko maso nižjo od 10000, polipeptidi. Tiste molekule z večjo molekulsko maso pa imenujemo proteini.<br /> <br /> == Peptide lahko ločimo po njihovih ionizacijskih lastnostih ==<br /> <br /> Peptidi vsebujejo samo eno prosto alfa amino skupino in eno sprosto karboksilno skupino na nasprotnih straneh verige. Te skupine lahko ionizirajo tako kot v prostih aminokislinah, ampak so njihove ionizacijske konstante različne kot v aminokislinah, ker ni nasprotno nabite skupine na drugi strani C(alfa) atoma. Vse alfa amino in alfa karboksilne skupine aminokislin, ki niso končne, so kovalentno povezane v peptidne vezi in tako ne prispevajo k skupnemu kislo-bazično obnašanju peptidov. Lahko pa ionozirajo nakatere stranske skupine R in prispevajo k celotnemu kislo-bazično obnašanju. Torej na ionizacijske lastnosti peptidov vplivajo prosta alfa amino, alfa karboksilna in stranske skupine R. <br /> Tako kot proste aminokisline imajo tudi peptidi karakteristične titracijske krivulje in karakterističen izoelektričen pH pri katerem se ne premikajo v električnem polju. Te lastnosti uporabimo pri nekaterih tehnikah za ločevanje peptidov in proteinov. <br /> Potrebno je poudariti, da se pKa za ionizirajočo stransko skupino R lahko spremeni, ko aminokislina postane del petida. Izguba naboja na alfa amino in alfa karboksilnih skupinah ter interakcije z ostalimi stranskimi skupinami R lahko vplivajo na pKa.<br /> <br /> == Viri ==<br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Peptide_bond http://en.wikipedia.org/wiki/Peptide_bond]<br /> <br /> David L. Nelson, Michale M. Cox ''Lehninger; Principles of biochemistry'' 5. izdaja, W. H. Freeman and company, 2008.</div>

Vito Francic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar-geslo&diff=5204 2011-01-11T16:22:31Z

<p>Vito Francic: </p> <hr /> <div>*G proteini : Brigita Razboršek, Špela Podjed<br /> *[[Verižna reakcija s polimerazo (PCR)]] : Maja Kogoj, Margareta Žlajpah<br /> *[[Šaperoni]] : Tjaša Bigec, Janja Juvančič<br /> *[[Lastnosti aminokislin]] : Tjaša Berčič, Sabina Kolar<br /> *[[Mišična distrofija]] : Elmina Handanović, Dino Šćuk<br /> *Ionski kanalčki : Nives Naraglav, Zala Rot<br /> *[[Celična stena rastlin]] : Kaja Rupar, Maruša Bratuš<br /> *[[&quot;Sebični gen&quot;]] : Eva Tolar, Sara Primec<br /> *[[Epilepsija]] : Luka Bevc, Filip Kolenc<br /> * [[Receptorji TLR]] : Špela Umek, Đorđe Dimitrijević<br /> *[[Sindrom pridobljene imunske pomanjkljivosti (AIDS)]] : Urška Žbogar, Nejc Perme<br /> *[[Nevrotransmiterji]] : Tanja Korpar, Nataša Simonič<br /> *Receptorji : Aleksander Kranjc, Uroš Stupar<br /> *[[Peptidna vez in peptidi]] : Vito Frančič, Žan Caf-Feldin<br /> *[[Zaznavanje okusov]]: Tisa Primc, Urban Bezeljak<br /> *[[Eritropoetin]]: Kristina Bremec, Petra Gorečan<br /> *[[Poškodbe s prostimi radikali]]: Tonja Pavlovič, Tjaša Flis<br /> *Splošna zgradba imunoglobulinov : Veronika Rovanšek, Tina Gregorin<br /> *[[Značilnosti genomov]] : Barbara Berki, Žan Železnik<br /> *[[Polimeri nukleinskih kislin]] : Laura Ogrin, Damjana Hriberšek</div>

Vito Francic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Peptidna_vez_in_peptidi&diff=5203 2011-01-11T16:20:36Z

<p>Vito Francic: New page: Peptidna vez in peptidi == Peptidi so verige sestavljene iz aminokislin == Dve molekuli aminokislin se lahko med sabo kovalentno povežeta preko [http://en.wikipedia.org/wiki/File:Pepti...</p> <hr /> <div>Peptidna vez in peptidi<br /> <br /> <br /> == Peptidi so verige sestavljene iz aminokislin ==<br /> <br /> Dve molekuli aminokislin se lahko med sabo kovalentno povežeta preko [http://en.wikipedia.org/wiki/File:Peptide_bond.png peptidne vezi], ki je posebna oblika amidne vezi. Tako nastane dipeptid. Taka povezava nastane pri izstopu atomov, ki sestavljajo vodo, (dehidraciji) iz alfa karbonilne skupine ene aminokisline in alfa amino skupine druge aminokisline. [http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.bothbrainsandbeauty.com/wp-content/uploads/2009/12/PeptideBond-HiRes.JPEG&amp;imgrefurl=http://www.bothbrainsandbeauty.com/page/3&amp;usg=__50VDcKLDKVWD87yBi5QlV-JILGU=&amp;h=992&amp;w=798&amp;sz=227&amp;hl=sl&amp;start=0&amp;zoom=1&amp;tbnid=lwuPnlY1QuQNRM:&amp;tbnh=173&amp;tbnw=139&amp;prev=/images%3Fq%3Dpeptide%2Bbond%26um%3D1%26hl%3Dsl%26sa%3DN%26biw%3D1366%26bih%3D643%26tbs%3Disch:1&amp;um=1&amp;itbs=1&amp;iact=rc&amp;dur=405&amp;ei=UYIsTfyQAs2Eswb8sYnSBw&amp;oei=UYIsTfyQAs2Eswb8sYnSBw&amp;esq=1&amp;page=1&amp;ndsp=17&amp;ved=1t:429,r:0,s:0&amp;tx=130&amp;ty=50 Nastanek peptidne vezi je primer reakcije pri kateri poteče kondenzacija]. Te reakcije so pogoste v živih celicah. Pri standardnih biokemijskih pogojih je ravnotežje za reakcijo med dvema aminokislinama pomaknjeno v smer dveh posameznih aminokislin. Reakcija sama ni termodinamsko ugodna. To pomanjkljivost se odpravi tako, da se hidroksilna skupina aktivira ali modificira. Tako se ta skupina lažje eliminira. <br /> <br /> == Lastnosti peptidne vezi ==<br /> <br /> Alfa ogljikovi atomi so v peptidih ločeni s tremi kovalentnimi vezmi razporejenimi na naslednji način C(alfa)-C-N-C(alfa). Kristalna struktura dipeptidov je razkrila, da je peptidna vez krajša od drugih vezi C-N in da so atomi, ki so vključeni v peptidno vez razporejeni na isti ravnini. To nakazuje na to, da prihaja do resonance oziroma do delne delitve dveh parov elektronov karbonilnega kisika in amidnega dušika. Kisik ima delno negativni naboj dušik pa delno pozitvini naboj, kar ima za posledico, da nastane majhen električni dipol. Šest atomov, ki sestavljajo peptidno skupinoleži isti ravnini. Pri tem je karbonilni kisik v trans položaju glede na amidni dušik. Zaradi teh lastnosti, ki kažejo na delni značaj dvojne vezi, je rotacija okoli peptidne vezi onemogočena. Je pa mogoča rotacija okoli vezi N-C(alfa) in C(alfa)-C. Ogrodje polipeptidov si zato lahko predstavljamo kot serijo rigidnih ravnin pri katerih si dve zaporedni ravnini delita točko rotacije pri C(alfa).<br /> Kljub temu, da je hidroliza peptidne vezi eksergonski reakcija, poteka le počasi, ker ima visoko aktivacijsko energijo. Posledica je, da so peptidne vezi v peptidih in proteinih zelo stabilne. Njihovi razpolovni časi so približno sedem let.<br /> <br /> == Tripeptidi, polipepditi, proteini ==<br /> <br /> Tri aminiokisline se lahko povežejo preko dveh peptidnih vezi in tako tvorijo tripeptid. Na podoben način se lahko povežejo štiri aminokisline v tetrapeptid in tako naprej. Ko se nekaj aminokislin poveže na tak način se struktura imenuje oligopeptid. Ko pa se veliko aminokislin poveže se produkt imenuje polipeptid. Proteini pa so lahko sestavljeni iz tisoče aminokislinskih ostankov. Po dogovoru imenujemo molekule sestavljene iz aminokislin, ki imajo molekulsko maso nižjo od 10000, polipeptidi. Tiste molekule z večjo molekulsko maso pa imenujemo proteini.<br /> <br /> == Peptide lahko ločimo po njihovih ionizacijskih lastnostih ==<br /> <br /> Peptidi vsebujejo samo eno prosto alfa amino skupino in eno sprosto karboksilno skupino na nasprotnih straneh verige. Te skupine lahko ionizirajo tako kot v prostih aminokislinah, ampak so njihove ionizacijske konstante različne kot v aminokislinah, ker ni nasprotno nabite skupine na drugi strani C(alfa) atoma. Vse alfa amino in alfa karboksilne skupine aminokislin, ki niso končne, so kovalentno povezane v peptidne vezi in tako ne prispevajo k skupnemu kislo-bazično obnašanju peptidov. Lahko pa ionozirajo nakatere stranske skupine R in prispevajo k celotnemu kislo-bazično obnašanju. Torej na ionizacijske lastnosti peptidov vplivajo prosta alfa amino, alfa karboksilna in stranske skupine R. <br /> Tako kot proste aminokisline imajo tudi peptidi karakteristične titracijske krivulje in karakterističen izoelektričen pH pri katerem se ne premikajo v električnem polju. Te lastnosti uporabimo pri nekaterih tehnikah za ločevanje peptidov in proteinov. <br /> Potrebno je poudariti, da se pKa za ionizirajočo stransko skupino R lahko spremeni, ko aminokislina postane del petida. Izguba naboja na alfa amino in alfa karboksilnih skupinah ter interakcije z ostalimi stranskimi skupinami R lahko vplivajo na pKa.<br /> <br /> == Viri ==<br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Peptide_bond http://en.wikipedia.org/wiki/Peptide_bond]<br /> <br /> David L. Nelson, Michale M. Cox ''Lehninger; Principles of biochemistry'' 5. izdaja, W. H. Freeman and company, 2008.</div>

Vito Francic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Leksikon_BMB&diff=5202 2011-01-11T16:00:41Z

<p>Vito Francic: </p> <hr /> <div>==Biološke molekule==<br /> * [[Aminokisline in proteini]]<br /> ** [[Lastnosti aminokislin]]<br /> ** [[Peptidna vez in peptidi]]<br /> ** [[Šaperoni]]<br /> ** [[Ravni proteinske strukture]]<br /> *** [[Kolageni]]<br /> **[[Glikozilacija]]<br /> * Lipidi<br /> ** [[Maščobne kisline]]<br /> ** [[Membranski lipidi]]<br /> ** Lipidi kot zaloga energije<br /> ** [[Holesterol]]<br /> * Ogljikovi hidrati<br /> ** [[Monosaharidi]]<br /> ** [[Disaharidi in oligosaharidi]]<br /> ** Polisaharidi<br /> *** [[Škrob]]<br /> *** [[Glikogen]]<br /> * [[Nukleinske kisline]]<br /> ** [[Nukleozidi in nukleotidi]]<br /> ** Polimeri nukleinskih kislin<br /> ** Parjenje baz<br /> * [[Vitamini]]<br /> <br /> ==Metabolizem==<br /> * [[Pregled metabolizma]]<br /> **Metabolizem aminokislin<br /> **Metabolizem lipidov<br /> **Metabolizem ogljikovih hidratov<br /> **Metabolizem nukleotidov<br /> **Kofaktorji<br /> **[[Termogeneza]]<br /> <br /> ==Prenos signalov==<br /> * Receptorji<br /> * G-proteini<br /> * Načini prenosa signalov<br /> **[[Z encimom povezani receptorji]]<br /> **[[Z G-proteini povezani receptorji]]<br /> * Sekundarni prenašalci<br /> *[[Transport majhnih molekul skozi membrano]]<br /> * [[Nevrotransmiterji]]<br /> <br /> ==Prenos genske informacije==<br /> * [[Podvojevanje DNA]]<br /> ** [[Semikonzervativno podvajanje]]<br /> ** DNA-polimeraze pri prokariontih in evkariontih<br /> ** Vodilna in zastajajoča veriga<br /> ** [[Telomeri]]<br /> * [[Prepisovanje DNA v RNA]]<br /> * [[Sinteza proteinov]]<br /> * Uravnavanje izražanja genov<br /> * Organizacija kromatina pri evkariontih<br /> * Značilnosti genomov<br /> * &quot;Sebični gen&quot;<br /> * Prenos genske informacije pri retrovirusih<br /> * [[Mutacije]]<br /> <br /> ==Molekularna biotehnologija==<br /> * Kloniranje genov<br /> * Hibridizacija<br /> * Izražanje genov<br /> * Določanje nukleotidnih zaporedij<br /> * Verižna reakcija s polimerazo (PCR)<br /> * [[Biočipi]]<br /> * [[Genetsko spremenjeni organizmi]]<br /> <br /> ==Celična in fiziološka biokemija==<br /> * [[Celični skelet]]<br /> **[[Bički in migetalke]]<br /> * Celične membrane<br /> ** Plazmalema<br /> ** Bakterijska celična membrana<br /> *** Zgradba celične ovojnice gramnegativnih bakterij<br /> *** Zgradba celične ovojnice grampozitivnih bakterij<br /> *** Zgradba peptidoglikanskega sloja<br /> ** Celična membrana arhej<br /> ** Celična stena rastlin<br /> ** Jedrna membrana in jedrna pora<br /> ** Mitohondrijska membrana<br /> ** Membrana kloroplastov <br /> * [[Motorni proteini]]<br /> * [[Celična smrt]]<br /> * Poškodbe s prostimi radikali<br /> * [[Medcelični stiki]]<br /> <br /> ==Biokemija bolezni==<br /> * [[Rak]]<br /> * [[Sladkorna bolezen tipa I in II]]<br /> * [[Parkinsonova bolezen]]<br /> * [[Zvijanje proteinov in prionske bolezni]]<br /> * [[Alzheimerjeva bolezen]]<br /> * [[Huntingtonova bolezen]]<br /> * Mišična distrofija<br /> * Sepsa<br /> * [[Levkemija]]<br /> * Želodčna razjeda<br /> * Debelost<br /> ** [[Leptin]]<br /> * Sindrom pridobljene imunske pomanjkljivosti (AIDS)<br /> * Metabolični sindrom<br /> * [[Epilepsija]]<br /> <br /> ==Posebna poglavja==<br /> * [[Uvod v imunologijo]]<br /> ** Prirojeni odgovor<br /> *** [[Receptorji TLR]]<br /> ** Pridobljeni odgovor<br /> *** Predstavitev antigenov<br /> *** Aktivacija limfocitov B<br /> *** [[Aktivacija limfocitov T]]<br /> ** Splošna zgradba imunoglobulinov<br /> *** Imunoglobulinski tip zvitja<br /> *** Predstavitev imunoglobulinskih razredov<br /> * Biokemija čutil<br /> ** Zaznavanje vonjev<br /> ** [[Zaznavanje okusov]]<br /> ** Tip in bolečina<br /> ** Sluh<br /> * Proteinsko inženirstvo<br /> <br /> <br /> ----<br /> [[Biokemijski_seminar]] -- nazaj na Seminarje</div>

Vito Francic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar-geslo&diff=4426 2010-12-09T20:36:10Z

<p>Vito Francic: </p> <hr /> <div>*G proteini : Brigita Razboršek, Špela Podjed<br /> *[[Verižna reakcija s polimerazo (PCR)]] : Maja Kogoj, Margareta Žlajpah<br /> *Šaperoni : Tjaša Bigec, Janja Juvančič<br /> *[[Lastnosti aminokislin]] : Tjaša Berčič, Sabina Kolar<br /> *[[Mišična distrofija]] : Elmina Handanović, Dino Šćuk<br /> *Ionski kanalčki : Nives Naraglav, Zala Rot<br /> *[[Celična stena rastlin]] : Kaja Rupar, Maruša Bratuš<br /> *&quot;Sebični gen&quot; : Eva Tolar, Sara Primec<br /> *[[Epilepsija]] : Luka Bevc, Filip Kolenc<br /> * [[Receptorji TLR]] : Špela Umek, Đorđe Dimitrijević<br /> *[[Sindrom pridobljene imunske pomanjkljivosti (AIDS)]] : Urška Žbogar, Nejc Perme<br /> *[[Nevrotransmiterji]] : Tanja Korpar, Nataša Simonič<br /> *Receptorji : Aleksander Kranjc, Uroš Stupar<br /> *Peptidna vez in peptidi : Vito Frančič, Žan Caf-Feldin</div>

Vito Francic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Seminar-geslo&diff=4425 2010-12-08T19:43:41Z

<p>Vito Francic: </p> <hr /> <div>*G proteini : Brigita Razboršek, Špela Podjed<br /> *[[Verižna reakcija s polimerazo (PCR)]] : Maja Kogoj, Margareta Žlajpah<br /> *Šaperoni : Tjaša Bigec, Janja Juvančič<br /> *[[Lastnosti aminokislin]] : Tjaša Berčič, Sabina Kolar<br /> *[[Mišična distrofija]] : Elmina Handanović, Dino Šćuk<br /> *Ionski kanalčki : Nives Naraglav, Zala Rot<br /> *[[Celična stena rastlin]] : Kaja Rupar, Maruša Bratuš<br /> *&quot;Sebični gen&quot; : Eva Tolar, Sara Primec<br /> *[[Epilepsija]] : Luka Bevc, Filip Kolenc<br /> * [[Receptorji TLR]] : Špela Umek, Đorđe Dimitrijević<br /> *[[Sindrom pridobljene imunske pomanjkljivosti (AIDS)]] : Urška Žbogar, Nejc Perme<br /> *[[Nevrotransmiterji]] : Tanja Korpar, Nataša Simonič<br /> *Receptorji : Aleksander Kranjc, Uroš Stupar</div>

Vito Francic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_2010_Seminar&diff=4090 2010-10-18T17:41:37Z

<p>Vito Francic: </p> <hr /> <div>= Biokemijski seminar =<br /> <br /> Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.<br /> <br /> Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.<br /> <br /> == Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili==<br /> {| {{table}}<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Ime in priimek'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Naslov članka'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za oddajo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Rok za recenzijo'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Datum predstavitve'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent1'''<br /> | align=&quot;center&quot; style=&quot;background:#f0f0f0;&quot;|'''Recenzent2'''<br /> |-<br /> | Gregor Gunčar||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Gregor_Gun.C4.8Dar:_Naslov_seminarja|Naslov seminarja]]||||||||<br /> |-<br /> | DIMITRIJEVIĆ ĐORĐE||PLC regulation: emerging pictures for molecular mechanisms||20.10.||25.10.||29.10.||Berčič Tjaša||Berki Barbara<br /> |-<br /> | KRAJNC ALEKSANDER||Oligomeric forms of G protein-coupled receptors (GPCRs)||20.10.||25.10.||29.10.||Bevc Luka||Bezeljak Urban<br /> |-<br /> | FRANČIČ VITO||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Vito_Fran.C4.8Di.C4.8D:_Proteini_WD40:_sredi.C5.A1.C4.8Da_v_omre.C5.BEju_celi.C4.8Dnih_biokemijskih_interakcij|Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij]]||20.10.||25.10.||29.10.||Bigec Tjaša||Bratuš Maruša<br /> |-<br /> | CAF - FELDIN ŽAN||Glycolysis: a bioenergetic or a survival pathway?||20.10.||27.10.||3.11.||Simonič Nataša||Bremec Kristina<br /> |-<br /> | ŽELEZNIK PETER||The biochemical and structural basis for trans-to-cis isomerization of retinoids in the chemistry of vision||28.10.||2.11.||5.11.||Caf-Feldin||Dimitrijević<br /> |-<br /> | PRIMC TISA||Instant decisions: transcription-independent control of death-receptor-mediated apoptosis||28.10.||2.11.||5.11.||Frančič||Hadanović<br /> |-<br /> | MIKUŽ ALENKA||Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors||28.10.||3.11.||10.11.||Hriberšek||Juvančič<br /> |-<br /> | SIMONIČ NATAŠA||Botulinum and tetanus neurotoxins: structure, function and therapeutic utility||29.10.||5.11.||12.11.||Kogoj||Kolar<br /> |-<br /> | OGRIN LAURA||Cooperative and uncooperative cyclic-nucleotide-gated ion channels||29.10.||5.11.||12.11.||Kolenc||Krajnc<br /> |-<br /> | MEDEN JANEZ||||3.11.||10.11.||17.11.||Naraglav||Mikuž<br /> |-<br /> | PERME NEJC||||5.11.||12.11.||19.11.||Meden||Ogrin<br /> |-<br /> | PODJED ŠPELA||||5.11.||12.11.||19.11.||||<br /> |-<br /> | ŽBOGAR URŠKA||||10.11.||17.11.||24.11.||||<br /> |-<br /> | NARAGLAV NIVES||||12.11.||19.11.||26.11.||||<br /> |-<br /> | RAZBORŠEK BRIGITA||||12.11.||19.11.||26.11.||||<br /> |-<br /> | KOLAR SABINA||||17.11.||24.11.||1.12.<br /> |-<br /> | HANDANOVIĆ ELMINA||||19.11.||26.11.||3.12.<br /> |-<br /> | BRATUŠ MARUŠA||||19.11.||26.11.||3.12.<br /> |-<br /> | RUPAR KAJA||||24.11.||1.12.||8.12.<br /> |-<br /> | BERKI BARBARA||||||||10.12.<br /> |-<br /> | JUVANČIČ JANJA||||||||10.12.<br /> |-<br /> | ROT ZALA||||||||15.12.<br /> |-<br /> | KOLENC FILIP||||||||17.12.<br /> |-<br /> | ŠČUK DINO||||||||17.12.<br /> |-<br /> | BEVC LUKA||||||||22.12.<br /> |-<br /> | ROVANŠEK VERONIKA||||||||24.12.<br /> |-<br /> | BERČIČ TJAŠA||||||||24.12.<br /> |-<br /> | BIGEC TJAŠA||||||||5.1.<br /> |-<br /> | KOGOJ MAJA||||||||7.1.<br /> |-<br /> | BREMEC KRISTINA||||||||7.1.<br /> |-<br /> | STUPAR UROŠ||||||||12.1.<br /> |-<br /> | TOLAR EVA||||||||14.1.<br /> |-<br /> | BEZELJAK URBAN||||||||14.1.<br /> |-<br /> | ŽELEZNIK ŽAN||||||||19.1.<br /> |-<br /> | HRIBERŠEK DAMJANA||||||||21.1.<br /> |-<br /> | KORPAR TANJA||||||||21.1.<br /> |-<br /> | PAVLOVIČ TANJA||||||||<br /> |-<br /> | GOREČAN PETRA||||||||<br /> |-<br /> | GREGORIČ TINA||||||||<br /> |}<br /> <br /> == &lt;span style=&quot;background:#00FF00&quot;&gt;Gradivo za seminarje &lt;/span&gt;==<br /> Gradivo za seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/<br /> username: bio2<br /> password: samozame<br /> <br /> ==Naloga==<br /> '''Vaša naloga za seminar je:&lt;br&gt;'''<br /> A) v skupini še z enim kolegom pripraviti opis enega gesla v poglavju Biokemijski leksikon&lt;br&gt;<br /> B) samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek, ki ga določi docent<br /> <br /> ===A: Leksikografsko geslo===<br /> Za vpis gesla veljajo naslednja pravila:&lt;br&gt;<br /> * Geslo je lahko iz katere od že vpisanih kategorij ali pa izberete svoje. Če geslo še ni vpisano v [[Leksikon_BMB | kazalu]], ga smiselno uvrstite vanj.<br /> * Do 7. novembra 2010 do 12. ure vpišite v tabelo skupin [[BIO2 Seminar-geslo]], katero temo ste si izbrali. Preden se odločite za svojo temo, preverite, da si ni iste izbral že kdo drug.<br /> * Razlaga gesla naj obsega med 500 in 600 besed in vsaj eno povezavo na slikovno gradivo drugje na internetu. Ne nalagajte slik, ki so avtorsko zaščitene! <br /> * Opis pod A morate dokončati do 1. decembra 2010 do 12. ure.<br /> <br /> ===B: Seminar===<br /> Za pripravo seminarja velja naslednje:&lt;br&gt;<br /> * Docent določi članek, ki ga boste obravnavali v okviru seminarja<br /> * [[BIO2 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje 14 dni pred predstavitvijo. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.<br /> * Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.<br /> * Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-8 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2800 do 3000 besed), vsebovati mora vsaj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. <br /> * Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).<br /> * Recenzenti v enem tednu določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.<br /> * Ustna predstavitev sledi na dan, ki ste si ga izbrali in ga vpisali v seznam. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.<br /> * Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve.<br /> * Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.<br /> * Seminarska naloga, povzetek in opis gesla morajo biti v slovenskem jeziku!<br /> <br /> ==Ocenjevanje seminarjev==<br /> ... še ni dokončano<br /> <br /> ==Urejanje spletnih strani na wikiju==<br /> Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''<br /> <br /> ==Citiranje virov==<br /> Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.<br /> Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.<br /> Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.&lt;br&gt;<br /> '''Citiranje knjig:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica.&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.&lt;br&gt;<br /> <br /> Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005.&lt;br&gt;<br /> Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.&lt;br&gt;<br /> Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). <br /> <br /> '''Citiranje člankov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.<br /> <br /> Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.&lt;br&gt;<br /> Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.<br /> <br /> Revija Science uporablja skrajšani zapis:&lt;br&gt;<br /> C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007)&lt;br&gt;<br /> <br /> V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).<br /> <br /> <br /> '''Citiranje spletnih virov:'''&lt;br&gt;<br /> Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov&lt;br&gt;<br /> strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life&lt;br&gt;<br /> Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.<br /> <br /> ==Ocenjevanje predstavitev==<br /> Za ocenjevanje uporabite [http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/Biokemija/Formular_OcenaSeminarja09.pdf formular]. Na vsakem listu sta dva formularja, saj bo vsak študent ocenjeval dva kolega. Pri recenziranju pisnega dela izpolnite del A in ga en teden pred predstavitvijo seminarja vrnete docentu. Na predstavitvi ga dobite vrnjenega, da izpolnite še del B.</div>

Vito Francic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4089 2010-10-18T17:33:20Z

<p>Vito Francic: </p> <hr /> <div>== Gregor Gunčar: Naslov seminarja ==<br /> Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Sed tempus euismod mi et aliquam. Integer quis risus nunc, non pharetra erat. Maecenas sollicitudin aliquet ultrices. Nullam pretium dapibus lacus, in dignissim tortor aliquam ac. Sed quis mi in augue egestas ultricies at nec diam. Nulla aliquet, purus vitae consequat imperdiet, tortor lacus ullamcorper libero, tincidunt interdum nulla velit sit amet dolor. Fusce tempor, justo nec dictum vulputate, nisi purus congue nibh, sit amet posuere turpis magna sit amet purus. Proin viverra auctor augue, quis pulvinar purus imperdiet et. Pellentesque habitant morbi tristique senectus et netus et malesuada fames ac turpis egestas. Aenean tempus placerat nisi, eget tincidunt velit mollis vel. Integer pharetra urna id felis pharetra porttitor. Morbi mollis hendrerit felis. Cras convallis sem eget tortor laoreet nec porttitor urna ornare. Quisque laoreet mollis massa a molestie. Sed dapibus consectetur fringilla. Ut tristique, lacus id accumsan pulvinar, metus sem malesuada felis, ut gravida nulla turpis at magna. Proin bibendum odio ac neque pretium interdum. Maecenas sed libero at urna porta euismod. Sed vulputate iaculis quam a tincidunt. Nulla in aliquet quam. Curabitur in est quis lacus sodales varius. Sed vestibulum, tellus et rhoncus congue, odio quam egestas risus, in scelerisque tellus ante nec ipsum. Integer consequat diam tincidunt lacus pretium vel sollicitudin eros euismod. Nam nunc turpis, suscipit id pretium fringilla, tincidunt sed metus. Etiam vitae erat dui, id hendrerit felis. Phasellus enim nisl, pretium vel posuere nec, mattis sit amet eros. Integer mollis mollis varius. Praesent tellus leo, consectetur ac condimentum ac, pulvinar quis lorem. Vestibulum ac augue magna.<br /> <br /> == Ime Priimek: Naslov seminarja ==<br /> Integer egestas blandit augue. Sed quis pulvinar mauris. Etiam elementum turpis ac velit dapibus non vulputate purus eleifend. Nam ultrices eleifend metus, eu faucibus elit adipiscing eget. Donec gravida, mauris ac vulputate rutrum, sapien magna consectetur sapien, at ullamcorper lectus quam et dolor. Suspendisse tempus felis suscipit enim mattis sit amet molestie mi sagittis. Integer ultricies dolor sit amet lectus ultrices eu volutpat erat viverra. Maecenas non rutrum massa. Etiam porta ultrices accumsan. Maecenas a eros vel arcu porta dignissim sed eu metus. Proin blandit turpis varius risus dignissim condimentum tincidunt tortor cursus. Integer cursus, lorem convallis ultricies blandit, augue sem scelerisque nisi, ut laoreet urna lacus ut orci. Duis nec sem est. Vivamus eget ipsum leo. Suspendisse a eleifend neque. Aliquam nec nunc neque. Morbi mi arcu, egestas at ullamcorper eget, sagittis a nunc. Aliquam gravida consequat nulla, nec faucibus sapien commodo ac. Etiam sed turpis sem, et mollis augue. Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit.In fermentum aliquet odio, a hendrerit odio blandit a. Nullam elementum erat in nisi convallis a adipiscing urna congue. Mauris ac pulvinar nulla. Vestibulum lobortis diam in arcu accumsan lobortis. Vestibulum molestie sapien eget urna lobortis vestibulum. In enim sem, rhoncus facilisis laoreet sed, rhoncus malesuada eros. Proin consectetur lectus ornare lorem ullamcorper venenatis. Nam vel odio at elit mollis congue. Duis a metus ante, eget accumsan mauris. Phasellus orci lorem, rhoncus vitae scelerisque et, feugiat quis orci. Etiam consequat nunc nec justo tincidunt et condimentum diam tristique. Sed semper tortor non augue luctus sit amet feugiat mauris aliquam.<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Ime in priimek: Naslov seminarja ==<br /> Maecenas vitae consequat nunc. Curabitur erat mi, pulvinar vitae gravida eu, varius id justo. Sed vestibulum laoreet tortor, varius mattis magna gravida adipiscing. Nunc venenatis velit ac lectus cursus tincidunt. Sed congue, orci vel rutrum rhoncus, nulla tellus vestibulum magna, ut bibendum lectus lectus id lacus. Praesent enim diam, lobortis quis auctor et, blandit vel nunc. Quisque arcu ipsum, vestibulum vel consequat eget, porttitor pellentesque risus. Integer ut nunc nunc, nec pellentesque nulla. Etiam nunc neque, congue at mattis sit amet, vulputate eget ipsum. Maecenas ac massa nisi. Nam ut sem quis orci cursus dictum. Donec vestibulum quam ligula, elementum pretium nisl. Morbi pretium ullamcorper libero at vehicula. In sit amet nibh lacus. Vivamus ac tortor quis nisi rhoncus pretium. In vel ante dapibus lorem viverra tempor vitae sed metus. Nullam lorem nulla, bibendum et sagittis a, condimentum in mi. Duis commodo, velit sit amet porta ornare, enim magna consequat purus, vitae mattis est risus nec massa. Nam at mauris ante, in sagittis lorem. Suspendisse potenti.</div>

Vito Francic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=BIO2_Povzetki_seminarjev&diff=4088 2010-10-18T17:32:48Z

<p>Vito Francic: </p> <hr /> <div>== Gregor Gunčar: Naslov seminarja ==<br /> Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Sed tempus euismod mi et aliquam. Integer quis risus nunc, non pharetra erat. Maecenas sollicitudin aliquet ultrices. Nullam pretium dapibus lacus, in dignissim tortor aliquam ac. Sed quis mi in augue egestas ultricies at nec diam. Nulla aliquet, purus vitae consequat imperdiet, tortor lacus ullamcorper libero, tincidunt interdum nulla velit sit amet dolor. Fusce tempor, justo nec dictum vulputate, nisi purus congue nibh, sit amet posuere turpis magna sit amet purus. Proin viverra auctor augue, quis pulvinar purus imperdiet et. Pellentesque habitant morbi tristique senectus et netus et malesuada fames ac turpis egestas. Aenean tempus placerat nisi, eget tincidunt velit mollis vel. Integer pharetra urna id felis pharetra porttitor. Morbi mollis hendrerit felis. Cras convallis sem eget tortor laoreet nec porttitor urna ornare. Quisque laoreet mollis massa a molestie. Sed dapibus consectetur fringilla. Ut tristique, lacus id accumsan pulvinar, metus sem malesuada felis, ut gravida nulla turpis at magna. Proin bibendum odio ac neque pretium interdum. Maecenas sed libero at urna porta euismod. Sed vulputate iaculis quam a tincidunt. Nulla in aliquet quam. Curabitur in est quis lacus sodales varius. Sed vestibulum, tellus et rhoncus congue, odio quam egestas risus, in scelerisque tellus ante nec ipsum. Integer consequat diam tincidunt lacus pretium vel sollicitudin eros euismod. Nam nunc turpis, suscipit id pretium fringilla, tincidunt sed metus. Etiam vitae erat dui, id hendrerit felis. Phasellus enim nisl, pretium vel posuere nec, mattis sit amet eros. Integer mollis mollis varius. Praesent tellus leo, consectetur ac condimentum ac, pulvinar quis lorem. Vestibulum ac augue magna.<br /> <br /> == Ime Priimek: Naslov seminarja ==<br /> Integer egestas blandit augue. Sed quis pulvinar mauris. Etiam elementum turpis ac velit dapibus non vulputate purus eleifend. Nam ultrices eleifend metus, eu faucibus elit adipiscing eget. Donec gravida, mauris ac vulputate rutrum, sapien magna consectetur sapien, at ullamcorper lectus quam et dolor. Suspendisse tempus felis suscipit enim mattis sit amet molestie mi sagittis. Integer ultricies dolor sit amet lectus ultrices eu volutpat erat viverra. Maecenas non rutrum massa. Etiam porta ultrices accumsan. Maecenas a eros vel arcu porta dignissim sed eu metus. Proin blandit turpis varius risus dignissim condimentum tincidunt tortor cursus. Integer cursus, lorem convallis ultricies blandit, augue sem scelerisque nisi, ut laoreet urna lacus ut orci. Duis nec sem est. Vivamus eget ipsum leo. Suspendisse a eleifend neque. Aliquam nec nunc neque. Morbi mi arcu, egestas at ullamcorper eget, sagittis a nunc. Aliquam gravida consequat nulla, nec faucibus sapien commodo ac. Etiam sed turpis sem, et mollis augue. Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit.In fermentum aliquet odio, a hendrerit odio blandit a. Nullam elementum erat in nisi convallis a adipiscing urna congue. Mauris ac pulvinar nulla. Vestibulum lobortis diam in arcu accumsan lobortis. Vestibulum molestie sapien eget urna lobortis vestibulum. In enim sem, rhoncus facilisis laoreet sed, rhoncus malesuada eros. Proin consectetur lectus ornare lorem ullamcorper venenatis. Nam vel odio at elit mollis congue. Duis a metus ante, eget accumsan mauris. Phasellus orci lorem, rhoncus vitae scelerisque et, feugiat quis orci. Etiam consequat nunc nec justo tincidunt et condimentum diam tristique. Sed semper tortor non augue luctus sit amet feugiat mauris aliquam.<br /> <br /> == Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==<br /> Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD40 ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.<br /> == Ime in priimek: Naslov seminarja ==<br /> Maecenas vitae consequat nunc. Curabitur erat mi, pulvinar vitae gravida eu, varius id justo. Sed vestibulum laoreet tortor, varius mattis magna gravida adipiscing. Nunc venenatis velit ac lectus cursus tincidunt. Sed congue, orci vel rutrum rhoncus, nulla tellus vestibulum magna, ut bibendum lectus lectus id lacus. Praesent enim diam, lobortis quis auctor et, blandit vel nunc. Quisque arcu ipsum, vestibulum vel consequat eget, porttitor pellentesque risus. Integer ut nunc nunc, nec pellentesque nulla. Etiam nunc neque, congue at mattis sit amet, vulputate eget ipsum. Maecenas ac massa nisi. Nam ut sem quis orci cursus dictum. Donec vestibulum quam ligula, elementum pretium nisl. Morbi pretium ullamcorper libero at vehicula. In sit amet nibh lacus. Vivamus ac tortor quis nisi rhoncus pretium. In vel ante dapibus lorem viverra tempor vitae sed metus. Nullam lorem nulla, bibendum et sagittis a, condimentum in mi. Duis commodo, velit sit amet porta ornare, enim magna consequat purus, vitae mattis est risus nec massa. Nam at mauris ante, in sagittis lorem. Suspendisse potenti.</div>

Vito Francic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Stabilnost_in_dinamika_zvijanja_proteina_posneta_v_%C5%BEivi_celici&diff=3450 2010-03-23T19:38:57Z

<p>Vito Francic: </p> <hr /> <div>Do nedavnega so znanstveniki lahko opazovali večino fizikalnih procesov na proteinih le in vitro. Sedaj obstaja nova metoda opazovanja proteinov, ki jo lahko uporabimo tudi na živih celicah. Skupini znanstvenikov z University of Illinois je namreč uspelo izvesti prvi eksperiment, pri katerem so opazovali dinamiko zvijanja proteina [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoglycerate_kinase PGK] v živi celici. Rezultate raziskave so objavili 28. februarja v znanstevni reviji Nature Methods pod naslovom Protein folding stability and dynamics imaged in a living cell.<br /> <br /> V raziskavi so uporabili novo metodo imenovano Fast relaxation imaging (FreI), ki združuje fluorescenčno mikroskopijo in temperaturna nihanja, ki so jih dosegli z infrardečim diodnim laserjem (infrared diode laser 2200 nm). Metodo so preizkusili tako, da so z njo poskušali ugotoviti, ali obstajajo razlike med stabilnostjo in dinamiko proteina PGK označenega s tehniko [http://en.wikipedia.org/wiki/F%C3%B6rster_resonance_energy_transfer FRET] na C in N koncu z AcGFP1 (green donor) in mCherry (red acceptor), če poskus izvedejo ''in vitro'' ali ''in vivo''. Za raziskavo so uporabili celice celičnih linij U2OS in HeLa. <br /> <br /> Ugotovili so, da se proteini obnašajo drugače znotraj živih celic kot ''in vitro''. Domnevajo, da je to verjetno zaradi tega, ker citoplazma vsebuje veliko količino makromolekul, ki lahko prispevajo k stabilnosti nativne strukture proteina. Prav tako so pokazali, da je metoda učinkovita in bi jo lahko s pridom uporabili za raziskave celičnih procesov, ki vključujejo proteine.</div>

Vito Francic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Stabilnost_in_dinamika_zvijanja_proteina_posneta_v_%C5%BEivi_celici&diff=3353 2010-03-17T16:03:44Z

<p>Vito Francic: New page: Do nedavnega so znanstveniki lahko opazovali večino fizikalnih procesov na proteinih le in vitro. Sedaj obstaja nova metoda opazovanja proteinov, ki jo lahko uporabimo tudi na živih celi...</p> <hr /> <div>Do nedavnega so znanstveniki lahko opazovali večino fizikalnih procesov na proteinih le in vitro. Sedaj obstaja nova metoda opazovanja proteinov, ki jo lahko uporabimo tudi na živih celicah. Skupini znanstvenikov z University of Illinois je namreč uspelo izvesti prvi eksperiment, pri katerem so opazovali dinamiko zvijanja proteina [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoglycerate_kinase PGK] v živi celici. Rezultate raziskave so objavili 28. februarja v znanstevni reviji Nature Methods pod naslovom Protein folding stability and dynamics imaged in a living cell.<br /> <br /> V raziskavi so uporabili novo metodo imenovano Fast relaxation imaging (FreI), ki združuje fluorescenčno mikroskopijo in temperaturna nihanja, ki so jih dosegli z infrardečim diodnim laserjem (infrared diode laser 2200 nm). Metodo so preizkusili tako, da so z njo poskušali ugotoviti, ali obstajajo razlike med stabilnostjo in dinamiko proteina PGK označenega s tehniko [http://en.wikipedia.org/wiki/F%C3%B6rster_resonance_energy_transfer FRET] na C in N koncu z AcGFP1 (green donor) in mCherry (red acceptor), če poskus izvedejo in vitro ali in vivo. Za raziskavo so uporabili celice celičnih linij U2OS in HeLa. <br /> <br /> Ugotovili so, da se proteini obnašajo drugače znotraj živih celic kot in vitro. Domnevajo, da je to verjetno zaradi tega, ker citoplazma vsebuje veliko količino makromolekul, ki lahko prispevajo k stabilnosti nativne strukture proteina. Prav tako so pokazali, da je metoda učinkovita in bi jo lahko s pridom uporabili za raziskave celičnih procesov, ki vključujejo proteine.</div>

Vito Francic https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Biokemijski_seminar_1_-_2009/10&diff=3204 2010-03-03T19:25:38Z

<p>Vito Francic: /* Seminarski roki: */</p> <hr /> <div>Temo za seminar pošljite na naslov profesorice [mailto:brigita.lenarcic@fkkt.uni-lj.si] najkasneje 1 mesec pred datumom predstavitve, novica, ki jo boste obdelali, pa na dan predstavitve ne sme biti starejša kot 2 meseca. Na zgornji naslov pošljite tudi ~ dvostranski seminar (1000-1200 besed) do roka, ki je vpisan kot 'rok za oddajo 1. verzije' in to najkasneje do polnoči dneva, ki je naveden. Seminar morata do tega roka dobiti tudi oba recenzenta.<br /> <br /> Če si ne predstavljate, kako naj bi ta seznam bil oblikovan, si oglejte [[BiokemSeminar-SkupineNovica-B09 | seznam letošnjih 2. letnikov]].&lt;br&gt;<br /> Slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri nato opišite novico (200 besed). Hkrati vpišite slovenski naslov, svoje ime in datum predstavitve v [[Biokemijski seminar 1 - 2009/10 - Kazalo | kazalo]] in to v kategorijo, ki se vam zdi najustreznejša. Vpišete lahko tudi novo kategorijo.<br /> <br /> Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.'' Recenzente bomo vpisali, ko bo seznam končan. Na posamezni uri so lahko na vrsti največ tri predstavitve.<br /> <br /> ----<br /> <br /> <br /> == Seminarski roki: ==<br /> <br /> '''Predstavitev 15.3.''' {rok za oddajo 1. verzije 4.3., recenzenti popravijo do 8.3.}&lt;br&gt;<br /> 1. Adamič Bojan &lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: Ogrin L., Draščič S.&lt;br&gt;''<br /> 2. Dimitrijević Đorđe - [[ Cerebralne in periferne spremembe, ki so nastale med dušikovo oksidno (NO) sintezo v modelu spalne bolezni podgane; Identifikacija možganskih iNOS ekspresivnih celic.]] [http://elitestv.com/pub/2010/02/cerebral-and-peripheral-changes-occurring-in-nitric-oxide-no-synthesis-in-a-rat-model-of-sleeping-sickness-identification-of-brain-inos-expressing-cells]<br /> &lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: Pavlovič T., Ferkolj M.&lt;br&gt;''<br /> 3. Belšak Karmen - [[3-D struktura virusa s potencialom za boj proti raku in virusu HIV]] [http://www.newsroom.ucla.edu/portal/ucla/ucla-researchers-reveal-3d-structure-153580.aspx]&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: Bevc L., Flis T.&lt;br&gt;''<br /> 4. Debeljak Mirjam - [[Proteini jedrnih por direktno stimulirajo izražanje genov celičnega cikla in razvojnih genov znotraj nukleoplazme]] [http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2810%2900012-7]&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: Bezeljak U., Stupar U.&lt;br&gt;''<br /> <br /> '''Predstavitev 18.3.''' {rok za oddajo 1. verzije 8.3., recenzenti popravijo do 12.3.}&lt;br&gt;<br /> 1. Bole Urša&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: Bigec T., Ščuk D.&lt;br&gt;''<br /> 2. Razboršek Brigita - [[Okvarjene vezave PINK1 in parkina so lahko vzrok Parkinsonove bolezni]] [http://www.medicalnewstoday.com/articles/179203.php]&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: Kaneuskaya L., Šterbal I.&lt;br&gt;''<br /> <br /> '''Predstavitev 25.3.''' {rok za oddajo 1. verzije 11.3., recenzenti popravijo do 18.3.}&lt;br&gt;<br /> 1. Umek Špela&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 2. Kolar Sabina &lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 3. Kranjc Aleksander&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 4. Bosilj Monika&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 5. Bezeljak Urban [[Tvorba priona z rekombinantnim prionskim proteinom]] [http://www.eurekalert.org/pub_releases/2010-01/osu-soe012710.php]&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 6. Primc Tisa [[Dosežena aksonska regeneracija in vitro]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/07/090724113546.htm]&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> <br /> '''Predstavitev 1.4.''' {rok za oddajo 1. verzije 18.3., recenzenti popravijo do 25.3.}&lt;br&gt;<br /> 1. Banič Teja&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 2. Simonič Nataša&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 3. Rovanšek Veronika&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 4. Železnik Žan&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 5. Ferkolj Maja&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 6. Draščič Sara&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> <br /> '''Predstavitev 8.4.''' {rok za oddajo 1. verzije 25.3., recenzenti popravijo do 1.4.}&lt;br&gt;<br /> 1. Caf Feldin Žan&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 2. Frančič Vito [[Stabilnost in dinamika zvijanja proteina posneta v živi celici]] [http://www.scientificamerican.com/blog/post.cfm?id=scientists-observe-protein-folding-2010-02-28]&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 3. Stupar Uroš&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> <br /> '''Predstavitev 12.4.''' {rok za oddajo 1. verzije 29.3., recenzenti popravijo do 5.4.}&lt;br&gt;<br /> 1. Kanevskaya Liza&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 2. Ščuk Dino&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 3. Kolenc Filip&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> <br /> '''Predstavitev 15.4.''' {rok za oddajo 1. verzije 1.4., recenzenti popravijo do 8.4.}&lt;br&gt;<br /> 1. Handanović Elmina&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 2. Flis Tjaša&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 3. Pavlovič Tanja&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 4. Bratuš Maruša&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 5. Primec Sara&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 6. Naraglav Nives&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 7. Kogoj Maja&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 8. Žbogar Urška&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> <br /> '''Predstavitev 22.4.''' {rok za oddajo 1. verzije 8.4., recenzenti popravijo do 15.4.}&lt;br&gt;<br /> 1. Bevc Luka&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 2. Bigec Tjaša&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 3. Žlajpah Margareta&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> <br /> '''Predstavitev 6.5.''' {rok za oddajo 1. verzije 22.4., recenzenti popravijo do 29.4.}&lt;br&gt;<br /> 1. Juvančič Janja&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 2. Berčič Tjaša&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 3. Gregorič Tina&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 4. Gubanec Vesna&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 5. Ogrin Laura&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 6. Tolar Eva&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> <br /> '''Predstavitev 13.5.''' {rok za oddajo 1. verzije 29.4., recenzenti popravijo do 6.5.}&lt;br&gt;<br /> 1. Korpar Tanja&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 2. Šterbal Ines&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 3. Berki Barbara&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> <br /> '''Predstavitev 27.5.''' {rok za oddajo 1. verzije 13.5., recenzenti popravijo do 20.5.}&lt;br&gt;<br /> 1. Podjed Špela&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 2. Rot Zala&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 3. Hriberšek Damjan&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> <br /> '''Predstavitev 31.5.''' {rok za oddajo 1. verzije 17.5., recenzenti popravijo do 24.5.}&lt;br&gt;<br /> 1. Perme Nejc&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 2. Merljak Matevž&lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 3. &lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> <br /> '''Predstavitev 3.6.''' {rok za oddajo 1. verzije 18.5., recenzenti popravijo do 25.5.}&lt;br&gt;<br /> 1. &lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 2. &lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 3. &lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 4. &lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 5. &lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 6. &lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 7. &lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''<br /> 8. &lt;br&gt;<br /> ''Recenzenta: &lt;br&gt;''</div>

Vito Francic