https://wiki.fkkt.uni-lj.si/api.php?action=feedcontributions&feedformat=atom&user=WikiSysop 2026-04-24T17:22:43Z User contributions MediaWiki 1.39.3 https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Registracija&diff=25198 2025-11-27T14:40:25Z

<p>WikiSysop: </p> <hr /> <div>Za ustvarjanje novih strani in urejanje obstoječih se morate najprej registrirati. Da se na wikiju, katerega logika je sicer odprtost in sodelovanje, ne bi nabirala neželena vsebina, brez prijave ni mogoče niti dodajanje niti spreminjanje prispevkov. Za vsebino, ki jo vpišete na wiki, ste sami odgovorni. Prispevki morajo biti strokovno in etično korektni. Žaljivo, sovražno, neresnično pisanje in nestrokovne vsebine niso dovoljene. Za vsako stran obstaja evidenca urejanja, pri čemer so shranjene vse spremembe, ki so bile kadar koli vpisane in jih lahko vsak preveri na zavihku 'history'. <br /> <br /> Registracijo izvede [mailto:wiki.sysop@fkkt.uni-lj.si administrator], ki mu po e-pošti pošljete potrebne podatke. Ti so:<br /> * ime in priimek,<br /> * želeno uporabniško ime* (če tega ne boste navedli, bo enako imenu in priimku),<br /> * e-naslov,<br /> * za študente vpisna številka, študijska smer in letnik,<br /> * za zaposlene katedra. <br /> <br /> Pri izbiri uporabniškega imena se zavedajte, da bo v zgodovini vsake strani, ki jo boste ustvarili ali sodelovali pri urejanju vsebine, vaše uporabniško ime izpisano. V znanosti je običajno, da avtorstvo ni anonimno, pač pa javno, zato domišljijska imena in vzdevki niso zaželeni (vseeno pa to ne pomeni, da na tem wikiju niso dovoljeni). Administrator lahko vedno ugotovi, kdo je avtor posameznega prispevka, saj hrani vse registracijske podatke. Možna je samo naknadna zamenjava gesla, ne pa uporabniškega imena.<br /> <br /> Po e-pošti boste na naslov, ki ga boste navedli, dobili sporočilo o uporabniškem imenu in povezavo do strani, na kateri boste določili geslo. Tega sporočila ne boste dobili takoj, pač pa (med semestrom) v enem do dveh delovnih dneh. Geslo in uporabniško ime (ki pa ni tajno) omogočata neomejeno možnost objavljanja vsebin na wiki straneh UL FKKT, zato je na geslo treba paziti, če sumite, da bi lahko prišlo do kakšnih zlorab, pa takoj obvestite administratorja, da blokira uporabniški račun.<br /> <br /> Če ste pozabili geslo, si ga lahko ponastavite na povezavi [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Special:PasswordReset Reset].<br /> <br /> '''* POZOR:''' ''Pri prijavi je pomembno pravilno pisanje velikih in malih črk. Prva črka uporabniškega imena MORA biti velika črka. Podčrtaji niso dovoljeni.''</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Registracija&diff=25197 2025-11-27T14:38:39Z

<p>WikiSysop: </p> <hr /> <div>Za ustvarjanje novih strani in urejanje obstoječih se morate najprej registrirati. Da se na wikiju, katerega logika je sicer odprtost in sodelovanje, ne bi nabirala neželena vsebina, brez prijave ni mogoče niti dodajanje niti spreminjanje prispevkov. Za vsebino, ki jo vpišete na wiki, ste sami odgovorni. Prispevki morajo biti strokovno in etično korektni. Žaljivo, sovražno, neresnično pisanje in nestrokovne vsebine niso dovoljene. Za vsako stran obstaja evidenca urejanja, pri čemer so shranjene vse spremembe, ki so bile kadar koli vpisane in jih lahko vsak preveri na zavihku 'history'. <br /> <br /> Registracijo izvede [mailto:wiki.sysop@fkkt.uni-lj.si administrator], ki mu po e-pošti pošljete potrebne podatke. Ti so:<br /> * ime in priimek,<br /> * želeno uporabniško ime* (če tega ne boste navedli, bo enako imenu in priimku),<br /> * e-naslov,<br /> * za študente vpisna številka, študijska smer in letnik,<br /> * za zaposlene katedra. <br /> <br /> Pri izbiri uporabniškega imena se zavedajte, da bo v zgodovini vsake strani, ki jo boste ustvarili ali sodelovali pri urejanju vsebine, vaše uporabniško ime izpisano. V znanosti je običajno, da avtorstvo ni anonimno, pač pa javno, zato domišljijska imena in vzdevki niso zaželeni (vseeno pa to ne pomeni, da na tem wikiju niso dovoljeni). Administrator lahko vedno ugotovi, kdo je avtor posameznega prispevka, saj hrani vse registracijske podatke. Možna je samo naknadna zamenjava gesla, ne pa uporabniškega imena.<br /> <br /> Po e-pošti boste na naslov, ki ga boste navedli, dobili sporočilo o uporabniškem imenu in povezavo do strani, na kateri boste določili geslo. Tega sporočila ne boste dobili takoj, pač pa (med semestrom) v enem do dveh delovnih dneh. Geslo in uporabniško ime (ki pa ni tajno) omogočata neomejeno možnost objavljanja vsebin na wiki straneh UL FKKT, zato je na geslo treba paziti, če sumite, da bi lahko prišlo do kakšnih zlorab, pa takoj obvestite administratorja, da blokira uporabniški račun.<br /> <br /> '''* POZOR:''' ''Pri prijavi je pomembno pravilno pisanje velikih in malih črk. Prva črka uporabniškega imena MORA biti velika črka. Podčrtaji niso dovoljeni.''</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Mw:Special:MyLanguage/Help:Reset_password&diff=24035 2024-12-04T08:15:56Z

<p>WikiSysop: Created page with &quot;Pri vseh tistih uporabnikih, ki ste prejeli avtomatsko generirano geslo (v glavnem od štud. leta 2023/24 naprej), je pot do ponastavitve gesla enostavna: https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Special:PasswordReset. Če boste vpisali uporabniško ime in e-poštni naslov, s katerim ste se prijavili prvič, boste nanj dobili povratno sporočilo z navodili. Če ste se prvič registrirali pred oktobrom 2023, poiščite med staro pošto sporočilo, v katerem ste prejeli gesl...&quot;</p> <hr /> <div>Pri vseh tistih uporabnikih, ki ste prejeli avtomatsko generirano geslo (v glavnem od štud. leta 2023/24 naprej), je pot do ponastavitve gesla enostavna: https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Special:PasswordReset. Če boste vpisali uporabniško ime in e-poštni naslov, s katerim ste se prijavili prvič, boste nanj dobili povratno sporočilo z navodili.<br /> <br /> Če ste se prvič registrirali pred oktobrom 2023, poiščite med staro pošto sporočilo, v katerem ste prejeli geslo. Samo v izjemnih primerih pišite administratorju, da vam ponovno pošlje geslo, ki ga vam je dodelil pri prvi prijavi.</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Diplome_-_kontrolni_seznam&diff=23683 2024-05-16T10:25:23Z

<p>WikiSysop: </p> <hr /> <div>Kontrolni seznam temelji na najpogostejših napakah in pomanjkljivostih, ki smo jih doslej opazili pri diplomskih nalogah, smiselno pa veljajo tudi za magistrske in doktorske disertacije s področja biokemije na FKKT UL. Odgovori na vsa spodnja vprašanja morajo biti da, če niso, članom komisije utemeljite, zakaj ne.<br /> <br /> == Splošno ==<br /> - Ali so poglavja oštevilčena na način, da za zadnjo številko ni pike (pravilno: 1.1.2 - napačno: 1.1.2.)?&lt;br&gt;<br /> - Ali imajo vse tabele naslov in kratek opis na vrhu in vse slike naslov in kratek opis spodaj?&lt;br&gt;<br /> - Ali imajo vse slike naslov in opis (legendo) v celoti na isti strani kot je slika?&lt;br&gt;<br /> - Ali imajo vse slike, ki jih niste pripravili sami, v opisu naveden vir?&lt;br&gt;<br /> - Ali imajo vse slike, tabele, enačbe in sheme sklic v besedilu? &lt;br&gt;<br /> - Ali imajo vse slike zgoraj in spodaj vsaj za 2 vrstici prostora pod/nad besedilom?&lt;br&gt;<br /> - Ali ste povsod uporabili decimalno vejico, ne pike?&lt;br&gt;<br /> - Ali ste povsod uvedli presledek med vrednost in enoto? (velja tudi za enoto °C in za znak %)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste vsa števila, večja od 9999, zapisali s presledkom oz. piko za tisočicami (npr. 15.000 g)?&lt;br&gt; <br /> - Če ste vire v besedilu označili s številkami, ali se te pojavljajo v vrstnem redu citiranja? (npr. vira 5 ne smete citirati pred virom 4)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste se v kar največji meri izognili uporabi pasiva? (npr. 'je bil določen' --&gt; 'smo določili')&lt;br&gt;<br /> - Ali ste se v kar največji meri izognili uporabi tujk? (npr. nivo --&gt; raven, medij --&gt; gojišče, regulacija --&gt; uravnavanje, produkcija --&gt; proizvodnja, kit --&gt; komplet reagentov)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste se izognili vsem žargonskim izrazom? (epica, falkonka, bend, štok, primer, pelet,...)&lt;br&gt;<br /> - Ali delo vsebuje izjavo o avtorstvu? (izjava mora biti tudi podpisana)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste uporabili pravilno spolno obliko v izjavi o avtorstvu in na notranji naslovnici (torej mentorica, avtorica, ipd.)?<br /> - Ali se vsako novo poglavje začne na desni (neparni) strani?&lt;br&gt;<br /> - Ali so vsi viri citirani znotraj stavka (torej pred piko, ne za njo)?<br /> - Ali zaključna naloga ne presega 30 oštevilčenih strani (na magistrski stopnji 60 strani)? Dovoljeno je odstopanje do 20 % (torej največ 36 strani na 1. stopnji in 72 strani na magistrski stopnji). Seznam virov in dodatki v to vsoto ne štejejo.&lt;br&gt;<br /> - Ste pripravili seznam nebesedilih sestavin in v njem navedli, katero gradivo ste pridobili v skladu s spoštovanjem avtorskih pravic? (za to obstaja poseben formular &lt;nowiki&gt;[http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/Seznam nebesedilnih sestavin 2022c.xlsx])&lt;/nowiki&gt;?<br /> <br /> == Oblikovanje naslovnice ==<br /> - Ali je naslovnica pripravljena po predlogi v [https://fkkt.uni-lj.si/fileadmin/user_upload/studij/pravilniki_in_obrazci/Vzorec_diploma_magisterij_2024.docx prilogi 2] pravilnika?&lt;br&gt;<br /> <br /> == Povzetek ==<br /> - Ali sta tako slovenski kot angleški povzetek dolga največ eno stran (zadošča tudi pol strani)?&lt;br&gt;<br /> - Ali je angleški povzetek opremljen tudi s prevedenim naslovom diplomske naloge (napišete ga na vrhu povzetka)?&lt;br&gt;<br /> - Ali je pod vsakim od povzetkov seznam 3 - 5 ključnih besed?<br /> <br /> == Seznam okrajšav ==<br /> - Ali je seznam razvrščen po abecedi?&lt;br&gt;<br /> - Ali so vse okrajšave razložene v slovenščini (angleški izrazi so dovoljeni samo v oklepaju in samo, kjer je to nujno)&lt;br&gt;<br /> - Ali seznam res ne vsebuje standardnih enot in kemijskih formul (okrajšave g - gram, s - sekunda, NaCl,... ne sodijo v seznam)&lt;br&gt;<br /> - Ali so v seznam vključene vse kratice in okrajšave, ki se pojavljajo v besedilu?<br /> <br /> == Uvod ==<br /> - Ali uvod ne presega tretjine celotne naloge?&lt;br&gt;<br /> - Ali je vsaka trditev podprta z virom?<br /> <br /> == Namen dela in hipoteze ==<br /> - Ali je namen napisan kot predstavitev problema? (Namen dela ne sme biti napisan kot povzetek.)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste definirali eno ali več hipotez, ki so zapisane kot trditve?&lt;br&gt;<br /> <br /> == Materiali in metode ==<br /> - Ali so seznami (npr. kemikalij) razvrščeni po abecedi? (npr. agaroza pred CNBr) &lt;br&gt;<br /> - Ali seznam opreme in potrošnega materiala vsebuje samo tisto, kar ne sodi v osnovno opremo (bio)kemijskega laboratorija? (ne navajajte hladilnikov, inkubatorjev, tehtnic, plastičnih nastavkov, centrifugirk ipd.)&lt;br&gt;<br /> - Ali so za vse kemikalije navedene kataloške številke? (velja tudi za morebiten potrošni material, od katerega bi bil lahko odvisen izid poskusov)&lt;br&gt; <br /> <br /> == Rezultati ==<br /> - Ali je vsak rezultat, ki ga prikažete s sliko, preglednico, ali kako drugače, tudi opisan v tekstu, skupaj s sklicem na sliko oz. preglednico?&lt;br&gt;<br /> - Ali so sklici na slike in preglednice pravilno zapisani (z malo začetnico)?&lt;br&gt;<br /> - Ali ste grafom zbrisali naslove in okvire, ki jih generira program za risanje grafov? (Naslov grafa mora biti pod grafom, skupaj z legendo oz. opisom slike, zato je dodaten naslov nad grafom nepotreben.)<br /> <br /> == Razprava ==<br /> - Ali v razpravi navajate opažanja in rezultate drugih skupin in objave drugih raziskovalcev?&lt;br&gt;<br /> - Ali v razpravi citirate objavljena dela? (najmanj 5)<br /> <br /> == Zaključek ==<br /> - Ali je poglavje Zaključek kratko in informativno, hkrati pa ni samo preoblikovan povzetek?<br /> <br /> == Viri ==<br /> - Ali so vse revije citirane na enak način? (Citirate lahko s priimkom avtorja in letnico ali pa z zaporedno številko vira. V prvem primeru uporabljajte standard ISO 690; navedba strani v tekstu ni nujna, če gre za članek.)&lt;br&gt;<br /> - Ali so navedeni vsi avtorji člankov? (če jih je več kot 10, zadošča, da navedete prve tri in dodate 'in sodel.')&lt;br&gt;<br /> - Ali je naslov dela zapisan v stavčni obliki? (samo prva beseda z veliko začetnico)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste vse morebitne angleške besede pri opisu vira zamenjali z ustreznimi slovenskimi? (npr. 'and', 'edition', 'editor')&lt;br&gt;<br /> <br /> == Ostalo ==<br /> * Vrstni red besed<br /> Pri sestavljenih izrazih, kjer je del izraza kratica, postavite kratični del izraza na desno, npr. celice HEK293 (ne HEK293 celice). Če je neka besedna zveza že zelo uveljavljena z levo kratico, oba dela izraza povežite z vezajem (PCR-produkt = produkt PCR).<br /> * 's pomočjo'<br /> Izogibajte se izrazu 's pomočjo', če za njegovo rabo nimate resnega razloga (res gre za pomoč). Najpogosteje je bolj pravilno reči 'z' (npr. indukcija s pomočjo IPTG --&gt; indukcija z IPTG) ali 'preko' (npr. prenos signala s pomočjo receptorja --&gt; prenos signala preko receptorja); pravopis sicer odsvetuje rabo 'preko', če ne gre za posredno delovanje.<br /> * 'klonirati v', 'transformirati v'<br /> 'Klonirati' pomeni ustvariti identične kopije. Ko govorite o vnosu vključka v vektor, ne smete uporabiti izraza 'klonirati v vektor', pač pa uporabite 'vstaviti v vektor' ali 'ligirati v vektor'. <br /> 'Transformirati' pomeni genetsko spremeniti (celice). Ko govorite o vključitvi vektorja v gostiteljsko celico, ne smete uporabiti izraza 'transformirati (vektor) v celice', pač pa 'transformirati celice (z vektorjem)'.<br /> * Zahvala<br /> Zahvala ni obvezen del diplome, če pa jo želite vključiti, pa to naredite med izjavo o avtorstvu in kazalom.<br /> * Kazali slik in preglednic<br /> Na nekaterih fakultetah je s pravili določeno, da pisni izdelki vsebujejo tudi kazalo slik, kazalo preglednic in kazalo prilog. To na UL FKKT ni predpisano. Sami presodite, ali so posebna kazala za slike in tabele v kakšno pomoč tistim, ki bodo (po vaših predvidevanjih) brali vašo diplomsko nalogo.<br /> * Priloge<br /> Če ste med diplomskim raziskovalnim delom izvedli veliko zelo podobnih analiz in bi bilo nepregledno, če bi vse dobljene rezultate predstavili v osrednjem delu diplome, lahko v osrednjem delu predstavite značilne rezultate za le nekatere meritve, ostale pa vključite kot prilogo na koncu zaključne naloge.<br /> * Slikovno gradivo<br /> V kar največji možni meri slikovno gradivo pripravite sami. Samo kompleksne slike prevzemajte iz objavljenih virov, za te pa morate obvezno predhodno pridobiti dovoljenje založnika oz. lastnika avtorskih pravic. Vse oznake na slikah morajo biti v slovenskem jeziku. Če ne gre za naslove, naj imajo oznake na slikah male začetnice.</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Diplome_-_kontrolni_seznam&diff=23682 2024-05-16T10:19:43Z

<p>WikiSysop: </p> <hr /> <div>Kontrolni seznam temelji na najpogostejših napakah in pomanjkljivostih, ki smo jih doslej opazili pri diplomskih nalogah, smiselno pa veljajo tudi za magistrske in doktorske disertacije s področja biokemije na FKKT UL. Odgovori na vsa spodnja vprašanja morajo biti da, če niso, članom komisije utemeljite, zakaj ne.<br /> <br /> == Splošno ==<br /> - Ali so poglavja oštevilčena na način, da za zadnjo številko ni pike (pravilno: 1.1.2 - napačno: 1.1.2.)?&lt;br&gt;<br /> - Ali imajo vse tabele naslov in kratek opis na vrhu in vse slike naslov in kratek opis spodaj?&lt;br&gt;<br /> - Ali imajo vse slike naslov in opis (legendo) v celoti na isti strani kot je slika?&lt;br&gt;<br /> - Ali imajo vse slike, ki jih niste pripravili sami, v opisu naveden vir?&lt;br&gt;<br /> - Ali imajo vse slike, tabele, enačbe in sheme sklic v besedilu? &lt;br&gt;<br /> - Ali imajo vse slike zgoraj in spodaj vsaj za 2 vrstici prostora pod/nad besedilom?&lt;br&gt;<br /> - Ali ste povsod uporabili decimalno vejico, ne pike?&lt;br&gt;<br /> - Ali ste povsod uvedli presledek med vrednost in enoto? (velja tudi za enoto °C in za znak %)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste vsa števila, večja od 9999, zapisali s presledkom oz. piko za tisočicami (npr. 15.000 g)?&lt;br&gt; <br /> - Če ste vire v besedilu označili s številkami, ali se te pojavljajo v vrstnem redu citiranja? (npr. vira 5 ne smete citirati pred virom 4)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste se v kar največji meri izognili uporabi pasiva? (npr. 'je bil določen' --&gt; 'smo določili')&lt;br&gt;<br /> - Ali ste se v kar največji meri izognili uporabi tujk? (npr. nivo --&gt; raven, medij --&gt; gojišče, regulacija --&gt; uravnavanje, produkcija --&gt; proizvodnja, kit --&gt; komplet reagentov)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste se izognili vsem žargonskim izrazom? (epica, falkonka, bend, štok, primer, pelet,...)&lt;br&gt;<br /> - Ali delo vsebuje izjavo o avtorstvu? (izjava mora biti tudi podpisana)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste uporabili pravilno spolno obliko v izjavi o avtorstvu in na notranji naslovnici (torej mentorica, avtorica, ipd.)?<br /> - Ali se vsako novo poglavje začne na desni (neparni) strani?&lt;br&gt;<br /> - Ali so vsi viri citirani znotraj stavka (torej pred piko, ne za njo)?<br /> - Ali zaključna naloga ne presega 30 oštevilčenih strani (na magistrski stopnji 60 strani)? Dovoljeno je odstopanje do 20 % (torej največ 36 strani na 1. stopnji in 72 strani na magistrski stopnji). Seznam virov in dodatki v to vsoto ne štejejo.&lt;br&gt;<br /> - Ste pripravili seznam nebesedilih sestavin in v njem navedli, katero gradivo ste pridobili v skladu s spoštovanjem avtorskih pravic? (za to obstaja poseben [http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/Seznam_nebesedilnih_sestavin_2022c.xlsx formular]?<br /> <br /> == Oblikovanje naslovnice ==<br /> - Ali je naslovnica pripravljena po predlogi v [https://fkkt.uni-lj.si/fileadmin/user_upload/studij/pravilniki_in_obrazci/Vzorec_diploma_magisterij_2024.docx prilogi 2] pravilnika?&lt;br&gt;<br /> <br /> == Povzetek ==<br /> - Ali sta tako slovenski kot angleški povzetek dolga največ eno stran (zadošča tudi pol strani)?&lt;br&gt;<br /> - Ali je angleški povzetek opremljen tudi s prevedenim naslovom diplomske naloge (napišete ga na vrhu povzetka)?&lt;br&gt;<br /> - Ali je pod vsakim od povzetkov seznam 3 - 5 ključnih besed?<br /> <br /> == Seznam okrajšav ==<br /> - Ali je seznam razvrščen po abecedi?&lt;br&gt;<br /> - Ali so vse okrajšave razložene v slovenščini (angleški izrazi so dovoljeni samo v oklepaju in samo, kjer je to nujno)&lt;br&gt;<br /> - Ali seznam res ne vsebuje standardnih enot in kemijskih formul (okrajšave g - gram, s - sekunda, NaCl,... ne sodijo v seznam)&lt;br&gt;<br /> - Ali so v seznam vključene vse kratice in okrajšave, ki se pojavljajo v besedilu?<br /> <br /> == Uvod ==<br /> - Ali uvod ne presega tretjine celotne naloge?&lt;br&gt;<br /> - Ali je vsaka trditev podprta z virom?<br /> <br /> == Namen dela in hipoteze ==<br /> - Ali je namen napisan kot predstavitev problema? (Namen dela ne sme biti napisan kot povzetek.)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste definirali eno ali več hipotez, ki so zapisane kot trditve?&lt;br&gt;<br /> <br /> == Materiali in metode ==<br /> - Ali so seznami (npr. kemikalij) razvrščeni po abecedi? (npr. agaroza pred CNBr) &lt;br&gt;<br /> - Ali seznam opreme in potrošnega materiala vsebuje samo tisto, kar ne sodi v osnovno opremo (bio)kemijskega laboratorija? (ne navajajte hladilnikov, inkubatorjev, tehtnic, plastičnih nastavkov, centrifugirk ipd.)&lt;br&gt;<br /> - Ali so za vse kemikalije navedene kataloške številke? (velja tudi za morebiten potrošni material, od katerega bi bil lahko odvisen izid poskusov)&lt;br&gt; <br /> <br /> == Rezultati ==<br /> - Ali je vsak rezultat, ki ga prikažete s sliko, preglednico, ali kako drugače, tudi opisan v tekstu, skupaj s sklicem na sliko oz. preglednico?&lt;br&gt;<br /> - Ali so sklici na slike in preglednice pravilno zapisani (z malo začetnico)?&lt;br&gt;<br /> - Ali ste grafom zbrisali naslove in okvire, ki jih generira program za risanje grafov? (Naslov grafa mora biti pod grafom, skupaj z legendo oz. opisom slike, zato je dodaten naslov nad grafom nepotreben.)<br /> <br /> == Razprava ==<br /> - Ali v razpravi navajate opažanja in rezultate drugih skupin in objave drugih raziskovalcev?&lt;br&gt;<br /> - Ali v razpravi citirate objavljena dela? (najmanj 5)<br /> <br /> == Zaključek ==<br /> - Ali je poglavje Zaključek kratko in informativno, hkrati pa ni samo preoblikovan povzetek?<br /> <br /> == Viri ==<br /> - Ali so vse revije citirane na enak način? (Citirate lahko s priimkom avtorja in letnico ali pa z zaporedno številko vira. V prvem primeru uporabljajte standard ISO 690; navedba strani v tekstu ni nujna, če gre za članek.)&lt;br&gt;<br /> - Ali so navedeni vsi avtorji člankov? (če jih je več kot 10, zadošča, da navedete prve tri in dodate 'in sodel.')&lt;br&gt;<br /> - Ali je naslov dela zapisan v stavčni obliki? (samo prva beseda z veliko začetnico)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste vse morebitne angleške besede pri opisu vira zamenjali z ustreznimi slovenskimi? (npr. 'and', 'edition', 'editor')&lt;br&gt;<br /> <br /> == Ostalo ==<br /> * Vrstni red besed<br /> Pri sestavljenih izrazih, kjer je del izraza kratica, postavite kratični del izraza na desno, npr. celice HEK293 (ne HEK293 celice). Če je neka besedna zveza že zelo uveljavljena z levo kratico, oba dela izraza povežite z vezajem (PCR-produkt = produkt PCR).<br /> * 's pomočjo'<br /> Izogibajte se izrazu 's pomočjo', če za njegovo rabo nimate resnega razloga (res gre za pomoč). Najpogosteje je bolj pravilno reči 'z' (npr. indukcija s pomočjo IPTG --&gt; indukcija z IPTG) ali 'preko' (npr. prenos signala s pomočjo receptorja --&gt; prenos signala preko receptorja); pravopis sicer odsvetuje rabo 'preko', če ne gre za posredno delovanje.<br /> * 'klonirati v', 'transformirati v'<br /> 'Klonirati' pomeni ustvariti identične kopije. Ko govorite o vnosu vključka v vektor, ne smete uporabiti izraza 'klonirati v vektor', pač pa uporabite 'vstaviti v vektor' ali 'ligirati v vektor'. <br /> 'Transformirati' pomeni genetsko spremeniti (celice). Ko govorite o vključitvi vektorja v gostiteljsko celico, ne smete uporabiti izraza 'transformirati (vektor) v celice', pač pa 'transformirati celice (z vektorjem)'.<br /> * Zahvala<br /> Zahvala ni obvezen del diplome, če pa jo želite vključiti, pa to naredite med izjavo o avtorstvu in kazalom.<br /> * Kazali slik in preglednic<br /> Na nekaterih fakultetah je s pravili določeno, da pisni izdelki vsebujejo tudi kazalo slik, kazalo preglednic in kazalo prilog. To na UL FKKT ni predpisano. Sami presodite, ali so posebna kazala za slike in tabele v kakšno pomoč tistim, ki bodo (po vaših predvidevanjih) brali vašo diplomsko nalogo.<br /> * Priloge<br /> Če ste med diplomskim raziskovalnim delom izvedli veliko zelo podobnih analiz in bi bilo nepregledno, če bi vse dobljene rezultate predstavili v osrednjem delu diplome, lahko v osrednjem delu predstavite značilne rezultate za le nekatere meritve, ostale pa vključite kot prilogo na koncu zaključne naloge.<br /> * Slikovno gradivo<br /> V kar največji možni meri slikovno gradivo pripravite sami. Samo kompleksne slike prevzemajte iz objavljenih virov, za te pa morate obvezno predhodno pridobiti dovoljenje založnika oz. lastnika avtorskih pravic. Vse oznake na slikah morajo biti v slovenskem jeziku. Če ne gre za naslove, naj imajo oznake na slikah male začetnice.</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Diplome_-_kontrolni_seznam&diff=23681 2024-05-16T10:18:58Z

<p>WikiSysop: </p> <hr /> <div>Kontrolni seznam temelji na najpogostejših napakah in pomanjkljivostih, ki smo jih doslej opazili pri diplomskih nalogah, smiselno pa veljajo tudi za magistrske in doktorske disertacije s področja biokemije na FKKT UL. Odgovori na vsa spodnja vprašanja morajo biti da, če niso, članom komisije utemeljite, zakaj ne.<br /> <br /> == Splošno ==<br /> - Ali so poglavja oštevilčena na način, da za zadnjo številko ni pike (pravilno: 1.1.2 - napačno: 1.1.2.)?&lt;br&gt;<br /> - Ali imajo vse tabele naslov in kratek opis na vrhu in vse slike naslov in kratek opis spodaj?&lt;br&gt;<br /> - Ali imajo vse slike naslov in opis (legendo) v celoti na isti strani kot je slika?&lt;br&gt;<br /> - Ali imajo vse slike, ki jih niste pripravili sami, v opisu naveden vir?&lt;br&gt;<br /> - Ali imajo vse slike, tabele, enačbe in sheme sklic v besedilu? &lt;br&gt;<br /> - Ali imajo vse slike zgoraj in spodaj vsaj za 2 vrstici prostora pod/nad besedilom?&lt;br&gt;<br /> - Ali ste povsod uporabili decimalno vejico, ne pike?&lt;br&gt;<br /> - Ali ste povsod uvedli presledek med vrednost in enoto? (velja tudi za enoto °C in za znak %)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste vsa števila, večja od 9999, zapisali s presledkom oz. piko za tisočicami (npr. 15.000 g)?&lt;br&gt; <br /> - Če ste vire v besedilu označili s številkami, ali se te pojavljajo v vrstnem redu citiranja? (npr. vira 5 ne smete citirati pred virom 4)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste se v kar največji meri izognili uporabi pasiva? (npr. 'je bil določen' --&gt; 'smo določili')&lt;br&gt;<br /> - Ali ste se v kar največji meri izognili uporabi tujk? (npr. nivo --&gt; raven, medij --&gt; gojišče, regulacija --&gt; uravnavanje, produkcija --&gt; proizvodnja, kit --&gt; komplet reagentov)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste se izognili vsem žargonskim izrazom? (epica, falkonka, bend, štok, primer, pelet,...)&lt;br&gt;<br /> - Ali delo vsebuje izjavo o avtorstvu? (izjava mora biti tudi podpisana)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste uporabili pravilno spolno obliko v izjavi o avtorstvu in na notranji naslovnici (torej mentorica, avtorica, ipd.)?<br /> - Ali se vsako novo poglavje začne na desni (neparni) strani?&lt;br&gt;<br /> - Ali so vsi viri citirani znotraj stavka (torej pred piko, ne za njo)?<br /> - Ali zaključna naloga ne presega 30 oštevilčenih strani (na magistrski stopnji 60 strani)? Dovoljeno je odstopanje do 20 % (torej največ 36 strani na 1. stopnji in 72 strani na magistrski stopnji). Seznam virov in dodatki v to vsoto ne štejejo.&lt;br&gt;<br /> - Ste pripravili seznam nebesedilih sestavin in v njem navedli, katero gradivo ste pridobili v skladu s spoštovanjem avtorskih pravic? (za to obstaja poseben [http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/Seznam nebesedilnih sestavin 2022c.xlsx formular]?<br /> <br /> == Oblikovanje naslovnice ==<br /> - Ali je naslovnica pripravljena po predlogi v [https://fkkt.uni-lj.si/fileadmin/user_upload/studij/pravilniki_in_obrazci/Vzorec_diploma_magisterij_2024.docx prilogi 2] pravilnika?&lt;br&gt;<br /> <br /> == Povzetek ==<br /> - Ali sta tako slovenski kot angleški povzetek dolga največ eno stran (zadošča tudi pol strani)?&lt;br&gt;<br /> - Ali je angleški povzetek opremljen tudi s prevedenim naslovom diplomske naloge (napišete ga na vrhu povzetka)?&lt;br&gt;<br /> - Ali je pod vsakim od povzetkov seznam 3 - 5 ključnih besed?<br /> <br /> == Seznam okrajšav ==<br /> - Ali je seznam razvrščen po abecedi?&lt;br&gt;<br /> - Ali so vse okrajšave razložene v slovenščini (angleški izrazi so dovoljeni samo v oklepaju in samo, kjer je to nujno)&lt;br&gt;<br /> - Ali seznam res ne vsebuje standardnih enot in kemijskih formul (okrajšave g - gram, s - sekunda, NaCl,... ne sodijo v seznam)&lt;br&gt;<br /> - Ali so v seznam vključene vse kratice in okrajšave, ki se pojavljajo v besedilu?<br /> <br /> == Uvod ==<br /> - Ali uvod ne presega tretjine celotne naloge?&lt;br&gt;<br /> - Ali je vsaka trditev podprta z virom?<br /> <br /> == Namen dela in hipoteze ==<br /> - Ali je namen napisan kot predstavitev problema? (Namen dela ne sme biti napisan kot povzetek.)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste definirali eno ali več hipotez, ki so zapisane kot trditve?&lt;br&gt;<br /> <br /> == Materiali in metode ==<br /> - Ali so seznami (npr. kemikalij) razvrščeni po abecedi? (npr. agaroza pred CNBr) &lt;br&gt;<br /> - Ali seznam opreme in potrošnega materiala vsebuje samo tisto, kar ne sodi v osnovno opremo (bio)kemijskega laboratorija? (ne navajajte hladilnikov, inkubatorjev, tehtnic, plastičnih nastavkov, centrifugirk ipd.)&lt;br&gt;<br /> - Ali so za vse kemikalije navedene kataloške številke? (velja tudi za morebiten potrošni material, od katerega bi bil lahko odvisen izid poskusov)&lt;br&gt; <br /> <br /> == Rezultati ==<br /> - Ali je vsak rezultat, ki ga prikažete s sliko, preglednico, ali kako drugače, tudi opisan v tekstu, skupaj s sklicem na sliko oz. preglednico?&lt;br&gt;<br /> - Ali so sklici na slike in preglednice pravilno zapisani (z malo začetnico)?&lt;br&gt;<br /> - Ali ste grafom zbrisali naslove in okvire, ki jih generira program za risanje grafov? (Naslov grafa mora biti pod grafom, skupaj z legendo oz. opisom slike, zato je dodaten naslov nad grafom nepotreben.)<br /> <br /> == Razprava ==<br /> - Ali v razpravi navajate opažanja in rezultate drugih skupin in objave drugih raziskovalcev?&lt;br&gt;<br /> - Ali v razpravi citirate objavljena dela? (najmanj 5)<br /> <br /> == Zaključek ==<br /> - Ali je poglavje Zaključek kratko in informativno, hkrati pa ni samo preoblikovan povzetek?<br /> <br /> == Viri ==<br /> - Ali so vse revije citirane na enak način? (Citirate lahko s priimkom avtorja in letnico ali pa z zaporedno številko vira. V prvem primeru uporabljajte standard ISO 690; navedba strani v tekstu ni nujna, če gre za članek.)&lt;br&gt;<br /> - Ali so navedeni vsi avtorji člankov? (če jih je več kot 10, zadošča, da navedete prve tri in dodate 'in sodel.')&lt;br&gt;<br /> - Ali je naslov dela zapisan v stavčni obliki? (samo prva beseda z veliko začetnico)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste vse morebitne angleške besede pri opisu vira zamenjali z ustreznimi slovenskimi? (npr. 'and', 'edition', 'editor')&lt;br&gt;<br /> <br /> == Ostalo ==<br /> * Vrstni red besed<br /> Pri sestavljenih izrazih, kjer je del izraza kratica, postavite kratični del izraza na desno, npr. celice HEK293 (ne HEK293 celice). Če je neka besedna zveza že zelo uveljavljena z levo kratico, oba dela izraza povežite z vezajem (PCR-produkt = produkt PCR).<br /> * 's pomočjo'<br /> Izogibajte se izrazu 's pomočjo', če za njegovo rabo nimate resnega razloga (res gre za pomoč). Najpogosteje je bolj pravilno reči 'z' (npr. indukcija s pomočjo IPTG --&gt; indukcija z IPTG) ali 'preko' (npr. prenos signala s pomočjo receptorja --&gt; prenos signala preko receptorja); pravopis sicer odsvetuje rabo 'preko', če ne gre za posredno delovanje.<br /> * 'klonirati v', 'transformirati v'<br /> 'Klonirati' pomeni ustvariti identične kopije. Ko govorite o vnosu vključka v vektor, ne smete uporabiti izraza 'klonirati v vektor', pač pa uporabite 'vstaviti v vektor' ali 'ligirati v vektor'. <br /> 'Transformirati' pomeni genetsko spremeniti (celice). Ko govorite o vključitvi vektorja v gostiteljsko celico, ne smete uporabiti izraza 'transformirati (vektor) v celice', pač pa 'transformirati celice (z vektorjem)'.<br /> * Zahvala<br /> Zahvala ni obvezen del diplome, če pa jo želite vključiti, pa to naredite med izjavo o avtorstvu in kazalom.<br /> * Kazali slik in preglednic<br /> Na nekaterih fakultetah je s pravili določeno, da pisni izdelki vsebujejo tudi kazalo slik, kazalo preglednic in kazalo prilog. To na UL FKKT ni predpisano. Sami presodite, ali so posebna kazala za slike in tabele v kakšno pomoč tistim, ki bodo (po vaših predvidevanjih) brali vašo diplomsko nalogo.<br /> * Priloge<br /> Če ste med diplomskim raziskovalnim delom izvedli veliko zelo podobnih analiz in bi bilo nepregledno, če bi vse dobljene rezultate predstavili v osrednjem delu diplome, lahko v osrednjem delu predstavite značilne rezultate za le nekatere meritve, ostale pa vključite kot prilogo na koncu zaključne naloge.<br /> * Slikovno gradivo<br /> V kar največji možni meri slikovno gradivo pripravite sami. Samo kompleksne slike prevzemajte iz objavljenih virov, za te pa morate obvezno predhodno pridobiti dovoljenje založnika oz. lastnika avtorskih pravic. Vse oznake na slikah morajo biti v slovenskem jeziku. Če ne gre za naslove, naj imajo oznake na slikah male začetnice.</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Diplome_-_kontrolni_seznam&diff=23680 2024-05-16T10:17:47Z

<p>WikiSysop: </p> <hr /> <div>Kontrolni seznam temelji na najpogostejših napakah in pomanjkljivostih, ki smo jih doslej opazili pri diplomskih nalogah, smiselno pa veljajo tudi za magistrske in doktorske disertacije s področja biokemije na FKKT UL. Odgovori na vsa spodnja vprašanja morajo biti da, če niso, članom komisije utemeljite, zakaj ne.<br /> <br /> == Splošno ==<br /> - Ali so poglavja oštevilčena na način, da za zadnjo številko ni pike (pravilno: 1.1.2 - napačno: 1.1.2.)?&lt;br&gt;<br /> - Ali imajo vse tabele naslov in kratek opis na vrhu in vse slike naslov in kratek opis spodaj?&lt;br&gt;<br /> - Ali imajo vse slike naslov in opis (legendo) v celoti na isti strani kot je slika?&lt;br&gt;<br /> - Ali imajo vse slike, ki jih niste pripravili sami, v opisu naveden vir?&lt;br&gt;<br /> - Ali imajo vse slike, tabele, enačbe in sheme sklic v besedilu? &lt;br&gt;<br /> - Ali imajo vse slike zgoraj in spodaj vsaj za 2 vrstici prostora pod/nad besedilom?&lt;br&gt;<br /> - Ali ste povsod uporabili decimalno vejico, ne pike?&lt;br&gt;<br /> - Ali ste povsod uvedli presledek med vrednost in enoto? (velja tudi za enoto °C in za znak %)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste vsa števila, večja od 9999, zapisali s presledkom oz. piko za tisočicami (npr. 15.000 g)?&lt;br&gt; <br /> - Če ste vire v besedilu označili s številkami, ali se te pojavljajo v vrstnem redu citiranja? (npr. vira 5 ne smete citirati pred virom 4)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste se v kar največji meri izognili uporabi pasiva? (npr. 'je bil določen' --&gt; 'smo določili')&lt;br&gt;<br /> - Ali ste se v kar največji meri izognili uporabi tujk? (npr. nivo --&gt; raven, medij --&gt; gojišče, regulacija --&gt; uravnavanje, produkcija --&gt; proizvodnja, kit --&gt; komplet reagentov)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste se izognili vsem žargonskim izrazom? (epica, falkonka, bend, štok, primer, pelet,...)&lt;br&gt;<br /> - Ali delo vsebuje izjavo o avtorstvu? (izjava mora biti tudi podpisana)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste uporabili pravilno spolno obliko v izjavi o avtorstvu in na notranji naslovnici (torej mentorica, avtorica, ipd.)?<br /> - Ali se vsako novo poglavje začne na desni (neparni) strani?&lt;br&gt;<br /> - Ali so vsi viri citirani znotraj stavka (torej pred piko, ne za njo)?<br /> - Ali zaključna naloga ne presega 30 oštevilčenih strani (na magistrski stopnji 60 strani)? Dovoljeno je odstopanje do 20 % (torej največ 36 strani na 1. stopnji in 72 strani na magistrski stopnji). Seznam virov in dodatki v to vsoto ne štejejo.&lt;br&gt;<br /> - Ste pripravili seznam nebesedilih sestavin in v njem navedli, katero gradivo ste pridobili v skladu s spoštovanjem avtorskih pravic? (za to obstaja poseben [http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/Seznam%2520nebesedilnih%2520sestavin%25202022c.xlsx formular]?<br /> <br /> == Oblikovanje naslovnice ==<br /> - Ali je naslovnica pripravljena po predlogi v [https://fkkt.uni-lj.si/fileadmin/user_upload/studij/pravilniki_in_obrazci/Vzorec_diploma_magisterij_2024.docx prilogi 2] pravilnika?&lt;br&gt;<br /> <br /> == Povzetek ==<br /> - Ali sta tako slovenski kot angleški povzetek dolga največ eno stran (zadošča tudi pol strani)?&lt;br&gt;<br /> - Ali je angleški povzetek opremljen tudi s prevedenim naslovom diplomske naloge (napišete ga na vrhu povzetka)?&lt;br&gt;<br /> - Ali je pod vsakim od povzetkov seznam 3 - 5 ključnih besed?<br /> <br /> == Seznam okrajšav ==<br /> - Ali je seznam razvrščen po abecedi?&lt;br&gt;<br /> - Ali so vse okrajšave razložene v slovenščini (angleški izrazi so dovoljeni samo v oklepaju in samo, kjer je to nujno)&lt;br&gt;<br /> - Ali seznam res ne vsebuje standardnih enot in kemijskih formul (okrajšave g - gram, s - sekunda, NaCl,... ne sodijo v seznam)&lt;br&gt;<br /> - Ali so v seznam vključene vse kratice in okrajšave, ki se pojavljajo v besedilu?<br /> <br /> == Uvod ==<br /> - Ali uvod ne presega tretjine celotne naloge?&lt;br&gt;<br /> - Ali je vsaka trditev podprta z virom?<br /> <br /> == Namen dela in hipoteze ==<br /> - Ali je namen napisan kot predstavitev problema? (Namen dela ne sme biti napisan kot povzetek.)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste definirali eno ali več hipotez, ki so zapisane kot trditve?&lt;br&gt;<br /> <br /> == Materiali in metode ==<br /> - Ali so seznami (npr. kemikalij) razvrščeni po abecedi? (npr. agaroza pred CNBr) &lt;br&gt;<br /> - Ali seznam opreme in potrošnega materiala vsebuje samo tisto, kar ne sodi v osnovno opremo (bio)kemijskega laboratorija? (ne navajajte hladilnikov, inkubatorjev, tehtnic, plastičnih nastavkov, centrifugirk ipd.)&lt;br&gt;<br /> - Ali so za vse kemikalije navedene kataloške številke? (velja tudi za morebiten potrošni material, od katerega bi bil lahko odvisen izid poskusov)&lt;br&gt; <br /> <br /> == Rezultati ==<br /> - Ali je vsak rezultat, ki ga prikažete s sliko, preglednico, ali kako drugače, tudi opisan v tekstu, skupaj s sklicem na sliko oz. preglednico?&lt;br&gt;<br /> - Ali so sklici na slike in preglednice pravilno zapisani (z malo začetnico)?&lt;br&gt;<br /> - Ali ste grafom zbrisali naslove in okvire, ki jih generira program za risanje grafov? (Naslov grafa mora biti pod grafom, skupaj z legendo oz. opisom slike, zato je dodaten naslov nad grafom nepotreben.)<br /> <br /> == Razprava ==<br /> - Ali v razpravi navajate opažanja in rezultate drugih skupin in objave drugih raziskovalcev?&lt;br&gt;<br /> - Ali v razpravi citirate objavljena dela? (najmanj 5)<br /> <br /> == Zaključek ==<br /> - Ali je poglavje Zaključek kratko in informativno, hkrati pa ni samo preoblikovan povzetek?<br /> <br /> == Viri ==<br /> - Ali so vse revije citirane na enak način? (Citirate lahko s priimkom avtorja in letnico ali pa z zaporedno številko vira. V prvem primeru uporabljajte standard ISO 690; navedba strani v tekstu ni nujna, če gre za članek.)&lt;br&gt;<br /> - Ali so navedeni vsi avtorji člankov? (če jih je več kot 10, zadošča, da navedete prve tri in dodate 'in sodel.')&lt;br&gt;<br /> - Ali je naslov dela zapisan v stavčni obliki? (samo prva beseda z veliko začetnico)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste vse morebitne angleške besede pri opisu vira zamenjali z ustreznimi slovenskimi? (npr. 'and', 'edition', 'editor')&lt;br&gt;<br /> <br /> == Ostalo ==<br /> * Vrstni red besed<br /> Pri sestavljenih izrazih, kjer je del izraza kratica, postavite kratični del izraza na desno, npr. celice HEK293 (ne HEK293 celice). Če je neka besedna zveza že zelo uveljavljena z levo kratico, oba dela izraza povežite z vezajem (PCR-produkt = produkt PCR).<br /> * 's pomočjo'<br /> Izogibajte se izrazu 's pomočjo', če za njegovo rabo nimate resnega razloga (res gre za pomoč). Najpogosteje je bolj pravilno reči 'z' (npr. indukcija s pomočjo IPTG --&gt; indukcija z IPTG) ali 'preko' (npr. prenos signala s pomočjo receptorja --&gt; prenos signala preko receptorja); pravopis sicer odsvetuje rabo 'preko', če ne gre za posredno delovanje.<br /> * 'klonirati v', 'transformirati v'<br /> 'Klonirati' pomeni ustvariti identične kopije. Ko govorite o vnosu vključka v vektor, ne smete uporabiti izraza 'klonirati v vektor', pač pa uporabite 'vstaviti v vektor' ali 'ligirati v vektor'. <br /> 'Transformirati' pomeni genetsko spremeniti (celice). Ko govorite o vključitvi vektorja v gostiteljsko celico, ne smete uporabiti izraza 'transformirati (vektor) v celice', pač pa 'transformirati celice (z vektorjem)'.<br /> * Zahvala<br /> Zahvala ni obvezen del diplome, če pa jo želite vključiti, pa to naredite med izjavo o avtorstvu in kazalom.<br /> * Kazali slik in preglednic<br /> Na nekaterih fakultetah je s pravili določeno, da pisni izdelki vsebujejo tudi kazalo slik, kazalo preglednic in kazalo prilog. To na UL FKKT ni predpisano. Sami presodite, ali so posebna kazala za slike in tabele v kakšno pomoč tistim, ki bodo (po vaših predvidevanjih) brali vašo diplomsko nalogo.<br /> * Priloge<br /> Če ste med diplomskim raziskovalnim delom izvedli veliko zelo podobnih analiz in bi bilo nepregledno, če bi vse dobljene rezultate predstavili v osrednjem delu diplome, lahko v osrednjem delu predstavite značilne rezultate za le nekatere meritve, ostale pa vključite kot prilogo na koncu zaključne naloge.<br /> * Slikovno gradivo<br /> V kar največji možni meri slikovno gradivo pripravite sami. Samo kompleksne slike prevzemajte iz objavljenih virov, za te pa morate obvezno predhodno pridobiti dovoljenje založnika oz. lastnika avtorskih pravic. Vse oznake na slikah morajo biti v slovenskem jeziku. Če ne gre za naslove, naj imajo oznake na slikah male začetnice.</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Diplome_-_kontrolni_seznam&diff=23679 2024-05-15T15:38:24Z

<p>WikiSysop: </p> <hr /> <div>Kontrolni seznam temelji na najpogostejših napakah in pomanjkljivostih, ki smo jih doslej opazili pri diplomskih nalogah, smiselno pa veljajo tudi za magistrske in doktorske disertacije s področja biokemije na FKKT UL. Odgovori na vsa spodnja vprašanja morajo biti da, če niso, članom komisije utemeljite, zakaj ne.<br /> <br /> == Splošno ==<br /> - Ali so poglavja oštevilčena na način, da za zadnjo številko ni pike (pravilno: 1.1.2 - napačno: 1.1.2.)?&lt;br&gt;<br /> - Ali imajo vse tabele naslov in kratek opis na vrhu in vse slike naslov in kratek opis spodaj?&lt;br&gt;<br /> - Ali imajo vse slike naslov in opis (legendo) v celoti na isti strani kot je slika?&lt;br&gt;<br /> - Ali imajo vse slike, ki jih niste pripravili sami, v opisu naveden vir?&lt;br&gt;<br /> - Ali imajo vse slike, tabele, enačbe in sheme sklic v besedilu? &lt;br&gt;<br /> - Ali imajo vse slike zgoraj in spodaj vsaj za 2 vrstici prostora pod/nad besedilom?&lt;br&gt;<br /> - Ali ste povsod uporabili decimalno vejico, ne pike?&lt;br&gt;<br /> - Ali ste povsod uvedli presledek med vrednost in enoto? (velja tudi za enoto °C in za znak %)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste vsa števila, večja od 9999, zapisali s presledkom oz. piko za tisočicami (npr. 15.000 g)?&lt;br&gt; <br /> - Če ste vire v besedilu označili s številkami, ali se te pojavljajo v vrstnem redu citiranja? (npr. vira 5 ne smete citirati pred virom 4)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste se v kar največji meri izognili uporabi pasiva? (npr. 'je bil določen' --&gt; 'smo določili')&lt;br&gt;<br /> - Ali ste se v kar največji meri izognili uporabi tujk? (npr. nivo --&gt; raven, medij --&gt; gojišče, regulacija --&gt; uravnavanje, produkcija --&gt; proizvodnja, kit --&gt; komplet reagentov)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste se izognili vsem žargonskim izrazom? (epica, falkonka, bend, štok, primer, pelet,...)&lt;br&gt;<br /> - Ali delo vsebuje izjavo o avtorstvu? (izjava mora biti tudi podpisana)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste uporabili pravilno spolno obliko v izjavi o avtorstvu in na notranji naslovnici (torej mentorica, avtorica, ipd.)?<br /> - Ali se vsako novo poglavje začne na desni (neparni) strani?&lt;br&gt;<br /> - Ali so vsi viri citirani znotraj stavka (torej pred piko, ne za njo)?<br /> - Ali zaključna naloga ne presega 30 oštevilčenih strani (na magistrski stopnji 60 strani)? Dovoljeno je odstopanje do 20 % (torej največ 36 strani na 1. stopnji in 72 strani na magistrski stopnji). Seznam virov in dodatki v to vsoto ne štejejo.<br /> <br /> == Oblikovanje naslovnice ==<br /> - Ali je naslovnica pripravljena po predlogi v [https://fkkt.uni-lj.si/fileadmin/user_upload/studij/pravilniki_in_obrazci/Vzorec_diploma_magisterij_2024.docx prilogi 2] pravilnika?&lt;br&gt;<br /> <br /> == Povzetek ==<br /> - Ali sta tako slovenski kot angleški povzetek dolga največ eno stran (zadošča tudi pol strani)?&lt;br&gt;<br /> - Ali je angleški povzetek opremljen tudi s prevedenim naslovom diplomske naloge (napišete ga na vrhu povzetka)?&lt;br&gt;<br /> - Ali je pod vsakim od povzetkov seznam 3 - 5 ključnih besed?<br /> <br /> == Seznam okrajšav ==<br /> - Ali je seznam razvrščen po abecedi?&lt;br&gt;<br /> - Ali so vse okrajšave razložene v slovenščini (angleški izrazi so dovoljeni samo v oklepaju in samo, kjer je to nujno)&lt;br&gt;<br /> - Ali seznam res ne vsebuje standardnih enot in kemijskih formul (okrajšave g - gram, s - sekunda, NaCl,... ne sodijo v seznam)&lt;br&gt;<br /> - Ali so v seznam vključene vse kratice in okrajšave, ki se pojavljajo v besedilu?<br /> <br /> == Uvod ==<br /> - Ali uvod ne presega tretjine celotne diplomske naloge?&lt;br&gt;<br /> - Ali je vsaka trditev podprta z virom?<br /> <br /> == Namen dela in hipoteze ==<br /> - Ali je namen napisan kot predstavitev problema? (Namen dela ne sme biti napisan kot povzetek.)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste definirali eno ali več hipotez, ki so zapisane kot trditve?&lt;br&gt;<br /> <br /> == Materiali in metode ==<br /> - Ali so seznami (npr. kemikalij) razvrščeni po abecedi? (npr. agaroza pred CNBr) &lt;br&gt;<br /> - Ali seznam opreme in potrošnega materiala vsebuje samo tisto, kar ne sodi v osnovno opremo (bio)kemijskega laboratorija? (ne navajajte hladilnikov, inkubatorjev, tehtnic, plastičnih nastavkov, centrifugirk ipd.)&lt;br&gt;<br /> <br /> == Rezultati ==<br /> - Ali je vsak rezultat, ki ga prikažete s sliko, preglednico, ali kako drugače, tudi opisan v tekstu, skupaj s sklicem na sliko oz. preglednico?&lt;br&gt;<br /> - Ali so sklici na slike in preglednice pravilno zapisani (z malo začetnico)?&lt;br&gt;<br /> - Ali ste grafom zbrisali naslove in okvire, ki jih generira program za risanje grafov? (Naslov grafa mora biti pod grafom, skupaj z legendo oz. opisom slike, zato je dodaten naslov nad grafom nepotreben.)<br /> <br /> == Razprava ==<br /> - Ali v razpravi navajate opažanja in rezultate drugih skupin in objave drugih raziskovalcev?&lt;br&gt;<br /> - Ali v razpravi citirate objavljena dela? (najmanj 5)<br /> <br /> == Zaključek ==<br /> - Ali je poglavje Zaključek kratko in informativno, hkrati pa ni samo preoblikovan povzetek?<br /> <br /> == Viri ==<br /> - Ali so vse revije citirane na enak način? (Citirate lahko s priimkom avtorja in letnico ali pa z zaporedno številko vira. V prvem primeru uporabljajte standard ISO 690; navedba strani v tekstu ni nujna, če gre za članek.)&lt;br&gt;<br /> - Ali so navedeni vsi avtorji člankov? (če jih je več kot 10, zadošča, da navedete prve tri in dodate 'in sodel.')&lt;br&gt;<br /> - Ali je naslov dela zapisan v stavčni obliki? (samo prva beseda z veliko začetnico)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste vse morebitne angleške besede pri opisu vira zamenjali z ustreznimi slovenskimi? (npr. 'and', 'edition', 'editor')&lt;br&gt;<br /> <br /> == Ostalo ==<br /> * Vrstni red besed<br /> Pri sestavljenih izrazih, kjer je del izraza kratica, postavite kratični del izraza na desno, npr. celice HEK293 (ne HEK293 celice). Če je neka besedna zveza že zelo uveljavljena z levo kratico, oba dela izraza povežite z vezajem (PCR-produkt = produkt PCR).<br /> * 's pomočjo'<br /> Izogibajte se izrazu 's pomočjo', če za njegovo rabo nimate resnega razloga (res gre za pomoč). Najpogosteje je bolj pravilno reči 'z' (npr. indukcija s pomočjo IPTG --&gt; indukcija z IPTG) ali 'preko' (npr. prenos signala s pomočjo receptorja --&gt; prenos signala preko receptorja); pravopis sicer odsvetuje rabo 'preko', če ne gre za posredno delovanje.<br /> * 'klonirati v', 'transformirati v'<br /> 'Klonirati' pomeni ustvariti identične kopije. Ko govorite o vnosu vključka v vektor, ne smete uporabiti izraza 'klonirati v vektor', pač pa uporabite 'vstaviti v vektor' ali 'ligirati v vektor'. <br /> 'Transformirati' pomeni genetsko spremeniti (celice). Ko govorite o vključitvi vektorja v gostiteljsko celico, ne smete uporabiti izraza 'transformirati (vektor) v celice', pač pa 'transformirati celice (z vektorjem)'.<br /> * Zahvala<br /> Zahvala ni obvezen del diplome, če pa jo želite vključiti, pa to naredite med izjavo o avtorstvu in kazalom.<br /> * Kazali slik in preglednic<br /> Na nekaterih fakultetah je s pravili določeno, da pisni izdelki vsebujejo tudi kazalo slik, kazalo preglednic in kazalo prilog. To na UL FKKT ni predpisano. Sami presodite, ali so posebna kazala za slike in tabele v kakšno pomoč tistim, ki bodo (po vaših predvidevanjih) brali vašo diplomsko nalogo.<br /> * Priloge<br /> Če ste med diplomskim raziskovalnim delom izvedli veliko zelo podobnih analiz in bi bilo nepregledno, če bi vse dobljene rezultate predstavili v osrednjem delu diplome, lahko v osrednjem delu predstavite značilne rezultate za le nekatere meritve, ostale pa vključite kot prilogo na koncu zaključne naloge.<br /> * Slikovno gradivo<br /> V kar največji možni meri slikovno gradivo pripravite sami. Samo kompleksne slike prevzemajte iz objavljenih virov, za te pa morate obvezno predhodno pridobiti dovoljenje založnika oz. lastnika avtorskih pravic. Vse oznake na slikah morajo biti v slovenskem jeziku. Če ne gre za naslove, naj imajo oznake na slikah male začetnice.</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Diplome_-_kontrolni_seznam&diff=23678 2024-05-15T15:31:25Z

<p>WikiSysop: </p> <hr /> <div>Kontrolni seznam temelji na najpogostejših napakah in pomanjkljivostih, ki smo jih doslej opazili pri diplomskih nalogah, smiselno pa veljajo tudi za magistrske in doktorske disertacije s področja biokemije na FKKT UL. Odgovori na vsa spodnja vprašanja morajo biti da, če niso, članom komisije utemeljite, zakaj ne.<br /> <br /> == Splošno ==<br /> - Ali so poglavja oštevilčena na način, da za zadnjo številko ni pike (pravilno: 1.1.2 - napačno: 1.1.2.)?&lt;br&gt;<br /> - Ali imajo vse tabele naslov in kratek opis na vrhu in vse slike naslov in kratek opis spodaj?&lt;br&gt;<br /> - Ali imajo vse slike naslov in opis (legendo) v celoti na isti strani kot je slika?&lt;br&gt;<br /> - Ali imajo vse slike, ki jih niste pripravili sami, v opisu naveden vir?&lt;br&gt;<br /> - Ali imajo vse slike, tabele, enačbe in sheme sklic v besedilu? &lt;br&gt;<br /> - Ali imajo vse slike zgoraj in spodaj vsaj za 2 vrstici prostora pod/nad besedilom?&lt;br&gt;<br /> - Ali ste povsod uporabili decimalno vejico, ne pike?&lt;br&gt;<br /> - Ali ste povsod uvedli presledek med vrednost in enoto? (velja tudi za enoto °C in za znak %)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste vsa števila, večja od 9999, zapisali s presledkom oz. piko za tisočicami (npr. 15.000 g)?&lt;br&gt; <br /> - Če ste vire v besedilu označili s številkami, ali se te pojavljajo v vrstnem redu citiranja? (npr. vira 5 ne smete citirati pred virom 4)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste se v kar največji meri izognili uporabi pasiva? (npr. 'je bil določen' --&gt; 'smo določili')&lt;br&gt;<br /> - Ali ste se v kar največji meri izognili uporabi tujk? (npr. nivo --&gt; raven, medij --&gt; gojišče, regulacija --&gt; uravnavanje, produkcija --&gt; proizvodnja, kit --&gt; komplet reagentov)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste se izognili vsem žargonskim izrazom? (epica, falkonka, bend, štok, primer, pelet,...)&lt;br&gt;<br /> - Ali delo vsebuje izjavo o avtorstvu? (izjava mora biti tudi podpisana)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste uporabili pravilno spolno obliko v izjavi o avtorstvu in na notranji naslovnici (torej mentorica, avtorica, ipd.)?<br /> - Ali se vsako novo poglavje začne na desni (neparni) strani?&lt;br&gt;<br /> - Ali so vsi viri citirani znotraj stavka (torej pred piko, ne za njo)?<br /> - Ali zaključna naloga ne presega 30 oštevilčenih strani (na magistrski stopnji 60 strani)? Dovoljeno je odstopanje do 20 % (torej največ 36 strani na 1. stopnji in 72 strani na magistrski stopnji). Seznam virov in dodatki v to vsoto ne štejejo.<br /> <br /> == Oblikovanje naslovnice ==<br /> - Ali je naslovnica pripravljena po predlogi v [https://fkkt.uni-lj.si/fileadmin/user_upload/studij/pravilniki_in_obrazci/Vzorec_diploma_magisterij_2024.docx prilogi 2] pravilnika?&lt;br&gt;<br /> <br /> == Povzetek ==<br /> - Ali sta tako slovenski kot angleški povzetek dolga največ eno stran (zadošča tudi pol strani)?&lt;br&gt;<br /> - Ali je angleški povzetek opremljen tudi s prevedenim naslovom diplomske naloge (napišete ga na vrhu povzetka)?&lt;br&gt;<br /> - Ali je pod vsakim od povzetkov seznam 3 - 5 ključnih besed?<br /> <br /> == Seznam okrajšav ==<br /> - Ali je seznam razvrščen po abecedi?&lt;br&gt;<br /> - Ali so vse okrajšave razložene v slovenščini (angleški izrazi so dovoljeni samo v oklepaju in samo, kjer je to nujno)&lt;br&gt;<br /> - Ali seznam res ne vsebuje standardnih enot in kemijskih formul (okrajšave g - gram, s - sekunda, NaCl,... ne sodijo v seznam)&lt;br&gt;<br /> - Ali so v seznam vključene vse kratice in okrajšave, ki se pojavljajo v besedilu?<br /> <br /> == Uvod ==<br /> - Ali uvod ne presega tretjine celotne diplomske naloge?&lt;br&gt;<br /> - Ali je vsaka trditev podprta z virom?<br /> <br /> == Namen dela in hipoteze ==<br /> - Ali je namen napisan kot predstavitev problema? (Namen dela ne sme biti napisan kot povzetek.)<br /> - Ali ste definirali eno ali več hipotez, ki so zapisane kot trditve?&lt;br&gt;<br /> <br /> == Materiali in metode ==<br /> - Ali so seznami (npr. kemikalij) razvrščeni po abecedi? (npr. agaroza pred CNBr) <br /> <br /> == Rezultati ==<br /> - Ali je vsak rezultat, ki ga prikažete s sliko, preglednico, ali kako drugače, tudi opisan v tekstu, skupaj s sklicem na sliko oz. preglednico?&lt;br&gt;<br /> - Ali so sklici na slike in preglednice pravilno zapisani (z malo začetnico)?&lt;br&gt;<br /> - Ali ste grafom zbrisali naslove in okvire, ki jih generira program za risanje grafov? (Naslov grafa mora biti pod grafom, skupaj z legendo oz. opisom slike, zato je dodaten naslov nad grafom nepotreben.)<br /> <br /> == Razprava ==<br /> - Ali v razpravi navajate opažanja in rezultate drugih skupin in objave drugih raziskovalcev?&lt;br&gt;<br /> - Ali v razpravi citirate objavljena dela? (najmanj 5)<br /> <br /> == Zaključek ==<br /> - Ali je poglavje Zaključek kratko in informativno, hkrati pa ni samo preoblikovan povzetek?<br /> <br /> == Viri ==<br /> - Ali so vse revije citirane na enak način? (Citirate lahko s priimkom avtorja in letnico ali pa z zaporedno številko vira. V prvem primeru uporabljajte standard ISO 690; navedba strani v tekstu ni nujna, če gre za članek.)&lt;br&gt;<br /> - Ali so navedeni vsi avtorji člankov? (če jih je več kot 10, zadošča, da navedete prve tri in dodate 'in sodel.')&lt;br&gt;<br /> - Ali je naslov dela zapisan v stavčni obliki? (samo prva beseda z veliko začetnico)&lt;br&gt;<br /> - Ali ste vse morebitne angleške besede pri opisu vira zamenjali z ustreznimi slovenskimi? (npr. 'and', 'edition', 'editor')&lt;br&gt;<br /> <br /> == Ostalo ==<br /> * Vrstni red besed<br /> Pri sestavljenih izrazih, kjer je del izraza kratica, postavite kratični del izraza na desno, npr. celice HEK293 (ne HEK293 celice). Če je neka besedna zveza že zelo uveljavljena z levo kratico, oba dela izraza povežite z vezajem (PCR-produkt = produkt PCR).<br /> * 's pomočjo'<br /> Izogibajte se izrazu 's pomočjo', če za njegovo rabo nimate resnega razloga (res gre za pomoč). Najpogosteje je bolj pravilno reči 'z' (npr. indukcija s pomočjo IPTG --&gt; indukcija z IPTG) ali 'preko' (npr. prenos signala s pomočjo receptorja --&gt; prenos signala preko receptorja); pravopis sicer odsvetuje rabo 'preko', če ne gre za posredno delovanje.<br /> * 'klonirati v', 'transformirati v'<br /> 'Klonirati' pomeni ustvariti identične kopije. Ko govorite o vnosu vključka v vektor, ne smete uporabiti izraza 'klonirati v vektor', pač pa uporabite 'vstaviti v vektor' ali 'ligirati v vektor'. <br /> 'Transformirati' pomeni genetsko spremeniti (celice). Ko govorite o vključitvi vektorja v gostiteljsko celico, ne smete uporabiti izraza 'transformirati (vektor) v celice', pač pa 'transformirati celice (z vektorjem)'.<br /> * Zahvala<br /> Zahvala ni obvezen del diplome, če pa jo želite vključiti, pa to naredite med izjavo o avtorstvu in kazalom.<br /> * Kazali slik in preglednic<br /> Na nekaterih fakultetah je s pravili določeno, da pisni izdelki vsebujejo tudi kazalo slik, kazalo preglednic in kazalo prilog. To na UL FKKT ni predpisano. Sami presodite, ali so posebna kazala za slike in tabele v kakšno pomoč tistim, ki bodo (po vaših predvidevanjih) brali vašo diplomsko nalogo.<br /> * Priloge<br /> Če ste med diplomskim raziskovalnim delom izvedli veliko zelo podobnih analiz in bi bilo nepregledno, če bi vse dobljene rezultate predstavili v osrednjem delu diplome, lahko v osrednjem delu predstavite značilne rezultate za le nekatere meritve, ostale pa vključite kot prilogo na koncu zaključne naloge.<br /> * Slikovno gradivo<br /> V kar največji možni meri slikovno gradivo pripravite sami. Samo kompleksne slike prevzemajte iz objavljenih virov, za te pa morate obvezno predhodno pridobiti dovoljenje založnika oz. lastnika avtorskih pravic. Vse oznake na slikah morajo biti v slovenskem jeziku. Če ne gre za naslove, naj imajo oznake na slikah male začetnice.</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Main_Page&diff=23674 2024-05-15T15:01:50Z

<p>WikiSysop: Reverted edits by Ena Kartal (talk) to last revision by WikiSysop</p> <hr /> <div>== Wiki Fakultete za kemijo in kemijsko tehnologijo Univerze v Ljubljani ==<br /> <br /> Dobrodošli na glavni strani wikija [http://www.fkkt.uni-lj.si/ FKKT UL]!<br /> <br /> Namen tega [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wiki wikija] je, da učiteljem in študentom omogoči interaktivno sodelovanje pri vsebinah, ki sodijo v sklop kemije, biokemije, kemijskega inženirstva in tehnologije. Wiki lahko uporabljate za opise študijskih predmetov in vsebin, za leksikone posameznih področij, za opise tehnik in tehnologij, za laboratorijske priročnike in dnevnike in še marsikaj drugega.<br /> <br /> Za vpisovanje novih podatkov in ustvarjanje novih strani se morate najprej [[Registracija|registrirati]]. Registracija je ročna, vpisane registracijske podatke pa [mailto:wiki.sysop@fkkt.uni-lj.si administrator] preverja.<br /> <br /> Wiki FKKT UL poganja [http://en.wikipedia.org/wiki/MediaWiki Mediawiki], ki je verjetno najbolj znano programje v svetu wikijev in ki ga uporablja tudi [http://sl.wikipedia.org/wiki/Glavna_stran Wikipedija]. O njegovi uporabi boste zlahka našli vse tiste informacije, ki so potrebne za osnovno delo z wikijem; nekaj jih je zbranih na strani [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Help:Contents Pomoč].<br /> <br /> Želimo vam veliko veselja z uporabo novega wikija!<br /> <br /> <br /> == Povezave do kazal po področjih: ==<br /> <br /> * [[Kazalo KEM|Kemija]]<br /> * [[Kazalo BMB|Biokemija in molekularna biologija]]<br /> * [[Kazalo KIT|Kemijsko inženirstvo in tehnologija]]<br /> * [[Kazalo TEV|Tehniška varnost]]<br /> <br /> == Uporabno ==<br /> * [[Leksikon KEM|(Bio)kemijski leksikon]]<br /> * [[Tabela odpornosti materialov]] (proti kemikalijam, avtoklaviranje, mikrovalovi)<br /> * [http://delloyd.50megs.com/moreinfo/buffers2.html Priprava pufrskih raztopin] (tabele, recepti)</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Koordinacijska_kemija&diff=20986 2022-10-06T07:36:20Z

<p>WikiSysop: New page: ==Opis predmeta== Pripravite projektno nalogo iz področja</p> <hr /> <div>==Opis predmeta==<br /> Pripravite projektno nalogo iz področja</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Kem-2&diff=20985 2022-10-06T07:34:08Z

<p>WikiSysop: New page: Koordinacijska kemija (izbirni predmet)</p> <hr /> <div>[[Koordinacijska kemija]] (izbirni predmet)</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Main_Page&diff=14954 2019-01-14T15:22:14Z

<p>WikiSysop: </p> <hr /> <div>== Wiki Fakultete za kemijo in kemijsko tehnologijo Univerze v Ljubljani ==<br /> <br /> Dobrodošli na glavni strani wikija [http://www.fkkt.uni-lj.si/ FKKT UL]!<br /> <br /> Namen tega [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wiki wikija] je, da učiteljem in študentom omogoči interaktivno sodelovanje pri vsebinah, ki sodijo v sklop kemije, biokemije, kemijskega inženirstva in tehnologije. Wiki lahko uporabljate za opise študijskih predmetov in vsebin, za leksikone posameznih področij, za opise tehnik in tehnologij, za laboratorijske priročnike in dnevnike in še marsikaj drugega.<br /> <br /> Za vpisovanje novih podatkov in ustvarjanje novih strani se morate najprej [[Registracija|registrirati]]. Registracija je ročna, vpisane registracijske podatke pa [mailto:wiki.sysop@fkkt.uni-lj.si administrator] preverja.<br /> <br /> Wiki FKKT UL poganja [http://en.wikipedia.org/wiki/MediaWiki Mediawiki], ki je verjetno najbolj znano programje v svetu wikijev in ki ga uporablja tudi [http://sl.wikipedia.org/wiki/Glavna_stran Wikipedija]. O njegovi uporabi boste zlahka našli vse tiste informacije, ki so potrebne za osnovno delo z wikijem; nekaj jih je zbranih na strani [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Help:Contents Pomoč].<br /> <br /> Želimo vam veliko veselja z uporabo novega wikija!<br /> <br /> <br /> == Povezave do kazal po področjih: ==<br /> <br /> * [[Kazalo KEM|Kemija]]<br /> * [[Kazalo BMB|Biokemija in molekularna biologija]]<br /> * [[Kazalo KIT|Kemijsko inženirstvo in tehnologija]]<br /> * [[Kazalo TEV|Tehniška varnost]]<br /> <br /> == Uporabno ==<br /> * [[Leksikon KEM|(Bio)kemijski leksikon]]<br /> * [[Tabela odpornosti materialov]] (proti kemikalijam, avtoklaviranje, mikrovalovi)<br /> * [http://delloyd.50megs.com/moreinfo/buffers2.html Priprava pufrskih raztopin] (tabele, recepti)</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Analiza_transkritoma_Acremonium_chrysogenum_in_Penicillium_chrysogenum,_dveh_nesorodnih_gliv,_ki_proizvajata_%CE%B2-laktame._Klju%C4%8Dne_tar%C4%8De_v_programih_izbolj%C5%A1ave_sevov_so_velvet-regulirani_geni&diff=12730 2017-04-25T08:40:13Z

<p>WikiSysop: Analiza transkritoma Acremonium chrysogenum in Penicillium chrysogenum, dveh nesorodnih gliv, ki proizvajata β-laktame. Ključne tarče v programih izboljšave sevov so velvet-regulirani geni moved to [[Analiza transkriptoma Acremonium chrysogenum in</p> <hr /> <div>#REDIRECT [[Analiza transkriptoma Acremonium chrysogenum in Penicillium chrysogenum, dveh nesorodnih gliv, ki proizvajata β-laktame. Ključne tarče v programih izboljšave sevov so velvet-regulirani geni]]</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Analiza_transkriptoma_Acremonium_chrysogenum_in_Penicillium_chrysogenum,_dveh_nesorodnih_gliv,_ki_proizvajata_%CE%B2-laktame._Klju%C4%8Dne_tar%C4%8De_v_programih_izbolj%C5%A1ave_sevov_so_velvet-regulirani_geni&diff=12729 2017-04-25T08:40:13Z

<p>WikiSysop: Analiza transkritoma Acremonium chrysogenum in Penicillium chrysogenum, dveh nesorodnih gliv, ki proizvajata β-laktame. Ključne tarče v programih izboljšave sevov so velvet-regulirani geni moved to [[Analiza transkriptoma Acremonium chrysogenum in</p> <hr /> <div><br /> == Uvod ==<br /> <br /> Cefalosporini in penicilini so najpogosteje uporabljeni β-laktamski antibiotiki za zdravljenje različnih okužb pri človeku. V industriji za proizvodnjo teh antibiotikov uporabljajo predvsem dva seva gliv – ''A. chrysogenum'' in ''P. chrysogenum'', filamentozni glivi iz debla askomicete, ki sta le šibko taksonomsko povezani. Obe glivi sta predmet intenzivnega programa izboljševanja sevov, katerih cilj je s številnimi koraki naključne mutageneze vplivati na povišanje β-laktamskih titrov v proizvodnji. Raziskovalci so v članku ugotavljali, do kakšnih genetskih prilagoditev je tekom izboljševanja sevov prišlo.<br /> <br /> == Filogenetska analiza ==<br /> <br /> Na podlagi aminokislinskih zaporedij za encim izopenicilin N sintetazo (PcbC) - enega izmed ključnih encimov v sintezi β-laktamov - so pri 18 pro- in evkariontskih mikroorganizmih izrisali filogenetsko drevo. Z izrisom filogenetskega drevesa so raziskovalci prikazali (šibko) sorodnost med ''A. chrysogenum'' in ''P. chrysogenum''. V nadaljevanju jih je zanimalo, ali je v obeh glivah tekom izboljševanja sevov prišlo do podobnih genetskih prilagoditev, zato so primerjali transkriptom divjih ter industrijskih sevov ''A. chrysogenum'' in ''P. chrysogenum''. <br /> <br /> == Sevi ==<br /> <br /> Uporabili so šest sevov, po tri različice za vsako izmed gliv. Pri ''P. chrysogenum'' so primerjali seva NRRL 1951 (divji tip) in P2niaD18 (industrijski sev), pri ''A. chrysogenum'' pa ATCC 11550 (divji tip) in A3/2 (industrijski sev). Uporabili so tudi sev z delecijo gena ''velvet'' vsake izmed gliv.<br /> <br /> == Metode ==<br /> <br /> Vse seve so najprej gojili v optimalnih pogojih za merjenje aktivnosti genov, ki sodelujejo v biosintezi β-laktamskih antibiotikov. Po treh dneh so sevi dosegli zgodnjo fazo β-laktamske produkcije. V njej pride do spremembe v izražanju genov – zniža se izražanje genov, ki vplivajo na vegetativno rast in poviša izražanje genov v sekundarnem metabolizmu. Iz gliv so izolirali RNA in jo sekvenirali. S primerjano analizo izražanja genov so spremljali razliko v ravneh izražanja genov divjega tipa ter industrijskega seva. Ker so v predhodnih raziskavah ugotovili, da naj bi bilo izražaje genov v biosintezni poti β-laktamov močno regulirano preko produktov gena ''velvet'', so preverili raziskovalci preverili tudi, kakšen je transkriptom sevov z delecijo tega gena. Na podlagi pridobljenih podatkov so nato gene razdelili v štiri funkcionalne skupine in nadalje v podskupine.<br /> <br /> <br /> == Rezultati in zaključek ==<br /> <br /> Pri ''P. chrysogenum'' so identificirali 748 genov, katerih izražanje se je v divjem tipu in industrijskem sevu razlikovalo. To predstavlja 6,7 % vseh anotiranih protein-kodirajočih genov. 357 (47.7%) genom se je raven izražanja povišala, 391(52.3%) pa znižala. Pri ''A. chrysogenum'' so identificirali 1572 genov s spremembo v izražanju, kar ustreza 17% anotiranih protein-kodirajočih genov. Odstotki ravni povišanega in znižanega izražanja so bili podobni kot pri P. chrysogenum; 797 (50.7%) se je raven izražanja povišala, 775 (49.3%) pa znižala. Primerjava sevov z delecijo gena velvet je potrdila njegovo pomembno vlogo v celičnem metabolizmu. Gen zapisuje za podenote kompleksa Velvet, ki sodeluje v približno polovici procesov sekundarnega celičnega metabolizma obeh gliv. Raziskovalci so po analizi zaključili, da kompleks pri ''P. chrysogenum'' približno v enaki meri deluje kot pozitivni in negativni regulator metabolizma, pri ''A. chrysogenum'' pa je v 89% genom raven izražanja znižala, zato je v tem sevu bolj v vlogi negativnega regulatorja sekundarnega metabolizma.<br /> Funkcijska analiza je pokazala, da je v obeh glivah v industrijskih sevih prišlo do spremenjenega izražanja genov primarnega in sekundarnega metabolizma (npr. v metabolizmu aminokislin), kar bi lahko bila posledica spremenjenih potreb sevov v zagotavljanju energije za produkcijo β-laktamov. Pri teh sevih je prav tako prišlo do znižanih ravni izražanja genov, povezanih s celičnim transportom, obrambo in virulenčnostjo. Ker industrijski sevi rastejo v stalnih pogojih, imajo lahko manjše izražanje genov za različne transporterje in proteine, ki drugače sodelujejo v celičnem odzivu na stres. <br /> <br /> Raziskava je nakazala smernice za usmerjeno mutagenezo in pripravo novih industrijskih genov.</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:Zna%C4%8Dilnosti_s_kromosomom_X_povezanih_geni&diff=10439 2015-05-05T09:10:00Z

<p>WikiSysop: Talk:Značilnosti s kromosomom X povezanih geni moved to Talk:Značilnosti s kromosomom X povezanih genov: napaka v naslovu</p> <hr /> <div>#REDIRECT [[Talk:Značilnosti s kromosomom X povezanih genov]]</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:Zna%C4%8Dilnosti_s_kromosomom_X_povezanih_genov&diff=10438 2015-05-05T09:10:00Z

<p>WikiSysop: Talk:Značilnosti s kromosomom X povezanih geni moved to Talk:Značilnosti s kromosomom X povezanih genov: napaka v naslovu</p> <hr /> <div>Neža Brezovar, Tina Šimunović: povzetek sva napisali skupaj</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Zna%C4%8Dilnosti_s_kromosomom_X_povezanih_geni&diff=10437 2015-05-05T09:10:00Z

<p>WikiSysop: Značilnosti s kromosomom X povezanih geni moved to Značilnosti s kromosomom X povezanih genov: napaka v naslovu</p> <hr /> <div>#REDIRECT [[Značilnosti s kromosomom X povezanih genov]]</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Zna%C4%8Dilnosti_s_kromosomom_X_povezanih_genov&diff=10436 2015-05-05T09:10:00Z

<p>WikiSysop: Značilnosti s kromosomom X povezanih geni moved to Značilnosti s kromosomom X povezanih genov: napaka v naslovu</p> <hr /> <div>Geni na kromosomu X sesalcev so pri samcih prisotni v eni kopiji, pri samicah pa v dveh. Živali, ki imajo XX samice in XY ali X0 samce, imajo pri vsakem spolu različne količine genov, ki so povezani s kromosomom X. Regulacija kromosoma X vključuje več mehanizmov, eden od teh pa je tudi inaktivacija X kromosoma (to je, utišanje enega X kromosoma pri samicah sesalcev v somatskih celicah). Inaktivacija kromosoma je naključna, zato so samice finozrnat mozaik celic, ki izražajo alel zapisan na enem od kromosomov. Vsi mehanizmi izenačijo izražanje genov, ki so povezani s kromosomom X, neuspešno izenačenje pa običajno vodi v smrt že v začetku razvoja.<br /> <br /> Zahtevni mehanizmi vodijo v evolucijske in fizične razlike v izražanju genov med vrstami, spoloma, posamezniki, razvojnimi stopnjami, tkivi in tipi celic. X inaktivacija lahko odstrani spolne razlike zaradi izražanja genov povezanih s kromosomom X, ki jih povzročijo razlike v številu kopij gena. Pri nekaterih vrstah pa je v zgodnjem razvoju zakasnjena in nepopolna inaktivacija X kromosoma povzročila razlike v izražanju genov.<br /> <br /> Da bi razumeli regulacijo in funkcijo kromosoma X, moramo najprej definirati gensko sestavo tega kromosoma.<br /> <br /> == Različni tipi s kromosomom X povezanih genov == <br /> <br /> S kromosomom X povezane gene lahko kategoriziramo na podlagi števila kopij gena, zgodovine evolucije, način zvišanja ravni X izražanja in status inaktivacije X kromosoma (XCI).<br /> <br /> === Število kopij ===<br /> S kromosomom X povezani geni se delijo na gene z eno kopijo, z več kopijami (z najmanj dvema kopijama, ki nista prisotni na amplikonski regiji) in amplikonske gene (to so geni, ki so prisotni v segmentnih podvojitvah z več kot 10 kb po dolžini in si delijo več kot 99% enakih nukleotidov). Podobno kot avtosomni geni, tudi s kromosomom X povezani geni z eno kopijo in z več kopijami ne kažejo posebnega vzorca izražanja v testisih. Amplikonski s kromosomom X povezani geni pa se izražajo pretežno pri zarodnih celicah mod.<br /> <br /> === Zgodovina evolucije ===<br /> »Stari« s kromosomom X povezani geni so tisti, ki jih najdemo na ortolognih avtosomih 1 in 4 piščanca, medtem ko so »novi« tisti, ki so bili pridobljeni med evolucijo kromosoma X sesalca. Genska sestava X kromosoma višjih sesalcev je visoko ohranjena. Kartiranje genov na X kromosomu pri sesalcih v daljnem sorodstvu je pokazalo, da je le del kromosoma ohranjenega med višjimi sesalci in vrečarji (zadnji so se od višjih sesalcev »odcepili« 180 milijonov let nazaj). Daljša ročica in osrednja regija X kromosoma je ekvivalentna X kromosomu vrečarjev, kar pomeni da je ta del star vsaj 180 milijonov let. Ta regija je znana tudi kot ohranjena regija X kromosoma – XCR. Geni na kratki ročici pa so avtosomni pri vrečarjih, kar pomeni da se je ta regija dodala na spolne kromosome nekje od 130 do 80 milijonov let nazaj. Ta regija se imenuje dodana regija – XAR. Večino s kromosomom X povezanih genov z eno kopijo in več kopijami imamo ljudje in miši enake, medtem ko je bila večina s kromosomom X povezanih amplikonskih genov pridobljena neodvisno pri teh vrstah sesalcev.<br /> <br /> Leta 2012 je bila objavljena analiza izražanja genov na kromosomu X v 6 različnih somatskih tkivih miši na podlagi spolov. Rezultati kažejo, da je X kromosom miši obogaten z geni, ki so pri samicah drugače izraženi, osiromašen pa z geni, ki so drugače izraženi pri samcih. Iz tega sklepamo, da se feminizacija, prav tako kot tudi de-maskulinizacija X kromosoma pojavi ob pogojih genskega izražanja v ne-razmnoževalnih tkivih. Pobeg X inaktivaciji je eden izmed glavnih mehanizmov, ki naj bi bili odgovorni za nadzor izražanja genov, ki so pri ženskah drugače izraženi. Pobeg je bil potrjen v primeru Tmem29, v katerem je bila uporabljena RNA-FISH analiza. Prav tako so odkrili, da že znani pobegli geni le delno obrazložijo preveliko zastopanje s kromosomom X povezanih genov, ki so pri samicah drugače izraženi, predvsem za tkivno-specifične gene.<br /> <br /> Analiza starosti genov je pokazala, da so evolucijsko stari geni, ki so povezani s kromosomom X, pogosteje geni, ki se drugače izražajo pri samicah, kot pa mlajši geni. Kot zaključek analize pa je podano, da imajo njihovi rezultati vpliv na razumevanje regulacije in evolucije genov kromosoma X sesalcev.<br /> <br /> === Način zvišanja ravni X izražanja ===<br /> Do sedaj sta bila opisana dva mehanizma zvišanja kromosoma X: s histon-acetiltransferaza KAT8 posredovan mehanizem za izboljšano iniciacijo transkripcije in mehanizem, ki poviša razpolovni čas RNA. Nekateri geni so bolj občutljivi na regulacijo KAT8, nekateri pa na regulacijo stabilnosti RNA. Geni, ki so povezani v mreže in velike proteinske komplekse so občutljivi za dozo.<br /> <br /> === XCI status ===<br /> S kromosomom X povezani geni se ali izognejo ali pa doživijo XCI do različne stopnje. Geni, ki se izognejo XCI, so definirani kot tisti, ki kažejo več kot 10 % izražanja iz neaktivnega X alela v primerjavi z aktivnim. Pobegli geni se lahko izražajo izključno iz neaktivnega kromosoma X, na primer X inaktiven specifičen transkript (XIST). Nekateri pobegli geni so pripadniki X-Y genskega para s paralogom na Y kromosomu, ki ima lahko isto funkcijo kot X paralog. Drugi pobegli geni so svoj Y paralog izgubili ali pa se je ta razvil ločeno, večinoma za testise specifično funkcijo. <br /> <br /> == Geni značilni za samce ==<br /> <br /> Kopičenje genov na X kromosomu sesalcev, ki so koristni za samce, razloži veliko teorij, vključno s spolnim antagonizmom (to je, evolucija alelov, ki so koristni enemu spolu in škodljivi drugemu), X hemizigotnostjo pri samcih in X prenosom, ki je drugačen pri samicah(to je, dvojen prenašalni čas pri samicah glede na samce). Kromosom X je obogaten s kodirajočimi geni za proteine in miRNA, ki se izražajo v testisih. Večina s kromosomom X povezanih genov specifičnih za samce je pretežno ali izključno izražena v testisih v stopnjah pred in po mejozi, kar podpira hipotezo o spolnem antagonizmu. Med tema stopnjama inaktivacija mejoznih spolnih kromosomov (MSCI) utiša s kromosomom X povezane gene – popolno utišanje genov na XY bivalentu v profazi mejoze.<br /> <br /> Poleg genov, ki se izražajo v testisih, obstaja tudi veliko amplikonskih genov, ki predstavljajo 13 % s kromosomom X povezanih genov pri človeku in 17 % pri miših. Po razhodu skupnega prednika človeka in miši, je večina s kromosomom X povezanih amplikonskih genov pridobljenih neodvisno pri obeh vrstah. Nasprotno pa je več kot 94 % s kromosomom X povezanih genov z eno kopijo ohranjenih med temi vrstami.<br /> <br /> Ker imata razvoj zarodne celice in funkcija mod podobne značilnosti pri človeku in miših, so si funkcije amplikonskih s kromosomom X povezanih genov verjetno podobne in se prekrivajo, ne glede na njihov različen izvor. Nasprotno pa so fenotipske razlike v funkciji mod med vrstami lahko delno določene z neodvisno pridobitvijo iz različnih družin genov.<br /> <br /> == Geni značilni za samice ==<br /> <br /> Pri človeku so stara skupina s kromosomom X povezani geni pogosto taki, da so pri samicah drugače izraženi in imajo visoke stopnje izražanja v jajčnikih v primerjavi s kontrolno skupino starih avtosomnih genov.S kromosomom X povezani geni preživijo dvakrat več svojega razvojnega časa pri samicah kot pri samcih. Zato so lahko aleli, ki so dobri za samice privilegirani na X kromosomu, če niso slabi za samce. Geni, ki so dobri za samce in slabi za samice, pa težje preživijo na X kromosomu.Povečano izražanje s kromosomom X povezanih genov je nujno za normalno delovanje jajčnikov. To podpira dejstvo, da posamezniki s Turnerjevim sindromom, ki imajo samo en X kromosom, kažejo na motnje v razvoju jajčnikov.V genski sestavi je X kromosom različen po spolu, vendar v določenih primerih lahko ta različnost favorizira gene, ki koristijo obema spoloma.<br /> <br /> == Geni značilni za možgane ==<br /> <br /> Poleg genov, ki so pomembni za razmnoževanje, je X kromosom sesalcev obogaten tudi z geni povezanimi z nevrološkimi funkcijami. Veliko istih genov, ki se izraža v modih, se izraža tudi v možganih. Ti s kromosomom X povezani geni so pomembni pri razvoju možganov in njihovem delovanju, zato lahko mozaicizem polimorfnih X alelov prispeva h spolnim razlikam pri delovanju možganov - vplivajo na spolno dimorfen razvoj možganov. Lahko imajo vlogo pri spolni diferenciaciji, če so bolj izraženi pri ženskah kot pri moških, zaradi nepopolne X inaktivacije.<br /> <br /> X kromosom sesalcev vsebuje okoli 1800 genov, med katerimi so geni pomembni pri delovanju možganov in pri razmnoževanju zastopani nesorazmerno. Delež teh genov je znatno višji kot pri drugih somatskih tkivih. Da ima X kromosom pomembno vlogo pri razvoju možganov in njihovem delovanju, dokazuje visoka vsebnost genov, katerih mutacija povzroča umsko prizadetost. S kromosomom X povezane oblike umske prizadetosti so 3,5-krat bolj pogoste kot avtosomske oblike. Pri takem prizadetem posamezniku ima skoraj 100 človeških s kromosomom X povezanih genov mutacije. Učinki teh mutacij se razlikujejo pri ženskah, zaradi nenaključne inaktivacije X kromosoma ali pobega pri XCI. Občutljivost moških na mutacije s kromosomom X povezanih genov pa je očiten vir spolnih razlik pri boleznih. Že več kot stoletje je znano da je umska prizadetost bolj pogosta pri moških kot pri ženskah.<br /> <br /> <br /> == Viri ==<br /> <br /> * Deng, X. D., Berletch, J.B., Nguyen, D.K., Disteche, C. M.: X chromosome regulation: diverse patterns in development, tissues and disease, Nat Rev Genet., [online] 6, (10), 2014, 367-378<br /> * Reinius, B., Johansson M. M., Radomska1 K.J., Morrow, E.H., Pandey, G.K, Kanduri, C. , Sandberg, R., Williams, W.R., Jazin, E. : Abundance of female-biased and paucity of male-biased somatically expressed genes on the mouse X-chromosome, Reinius et al. BMC Genomics, [online] 2012, 13-607<br /> * Mueller, J., L., Mahadevaiah, S., K., Park, P., J., Warburton, P., E., Page, D., C., Turner, J., M., A.: The mouse X chromosome is enriched for multicpy testis genes showing postmeiotic expression, Nature Genetics., [online] 6, (40), 2008, 794-799<br /> * Xu, J., Disteche, C., M.: Sex differences in brain expression of X- and Y-linked genes, Brain Research., [online] 1126, 2006, 50-55<br /> * Meller, V., H.: Dosage compensation: making 1x equal 2X, Cell Biology., [online] 10, 2000, 54-59<br /> * Delbridge, M., L., McMillan, D., A., Doherty, R., J., Deakin, J., E., Graves, J., A., G.: Origin and evolution of candidate mental retardation genes on the human X chromosome (MRX), BMC Genomics., [online] 9, (65), 2008, 1-10<br /> * Zheng, K., Yang, F., Wang, P., J.: Regulation of Male Fertility by X-Linked Genes, Journal of andrology., [online] 1, (31), 2010, 79-85<br /> * Arnold, A., P.: Sex chromosomes and brain gender, Nature Reviews, Neuroscience., [online] (5), 2004, 1-8<br /> <br /> [[Category:SEM]][[Category:BMB]]</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Talk:Tioredoksin&diff=7457 2012-11-27T10:38:58Z

<p>WikiSysop: New page: seminar Eve Štrakl, 2011</p> <hr /> <div>seminar Eve Štrakl, 2011</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Tioredoksin&diff=7456 2012-11-27T10:38:22Z

<p>WikiSysop: New page: Tioredoksin je protein, ki sodeluje v redoks reakcijah z drugimi proteini. Najdemo ga v vseh živih organizmih. V rastlinah tioredoksin regulira delovanje oz. aktiviranje in inaktiviranje ...</p> <hr /> <div>Tioredoksin je protein, ki sodeluje v redoks reakcijah z drugimi proteini. Najdemo ga v vseh živih organizmih. V rastlinah tioredoksin regulira delovanje oz. aktiviranje in inaktiviranje encimov. Aktivno mesto tioredoksina sestavljata dva sosednja cisteina, ki se lahko spreminjata iz aktivne (reducirane) v oksidirano disulfidno obliko. Oksidirana oblika tioredoksina vsebuje disulfidno vez. Kadar pa se tioredoksin reducira z reducuiranim [[feredoksin|feredoksinom]], se disulfidna vez pretvori v dve prosti SH- skupini. Reducirani tioredoksin lahko cepi disulfidne vezi v proteinih in jih tako lahko aktivira ali inaktivira. Aktivira lahko na primer encime Calvinovega cikla, inaktivira pa razgradne encime. V kloroplastih se oksidiran tioredoksin reducira z [[feredoksin|feredoksinom]], reakcijo pa katalizira [[katalaza]]. Usklajevanje aktivnosti med reakcijami, odvisnimi od svetlobe in teme (Calvinov cikel), izvaja prenos elektrona s [[feredoksin|feredoksina]] na tioredoksin. Takrat se prav tako regulirajo tudi drugi encimi ki imajo oksidirane sulfidne skupine (disulfidne mostove). V aktivnem stanju tioredoksin deluje kot učinkovit reducent. <br /> <br /> <br /> VIRI: <br /> <br /> http://www.chem.pmf.hr/_download/repository/110bk-p25.pdf <br /> <br /> http://sl.wikipedia.org/wiki/Antioksidant <br /> <br /> http://en.wikipedia.org/wiki/Thioredoxin</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Selenoproteini&diff=7455 2012-11-27T10:26:07Z

<p>WikiSysop: </p> <hr /> <div>Selenoproteini vsebujejo enega ali več ostankov aminokisline [[selenocistein]], ki je analog [[cisteina]]. Atom [[žvepla]] v modificirani tiolni skupini v cisteinu je nadomeščen z [[atomom]] [[selena]] v selenocisteinu. Selenocistein je označen kot enaindvajseta [[aminokislina]].<br /> [http://bioinformatica.upf.edu/2008/projectes08/By/selenocisteina.bmp Slika selenocisteina.]<br /> ----<br /> <br /> == '''Funkcije selenoproteinov''' ==<br /> <br /> Večina selenoproteinov katalizira oksidacije ali redukcije. Modificirana tiolna skupina, ki namesto žvepla vsebuje selen, je v selenoproteinu vezana v [[aktivno mesto encima]] in sodeluje pri reakciji. Prednost selena, vezanega na molekulo cisteina, pred tiolno skupino oziroma žveplom, je v tem, da ta poveča encimom kinetično energijo. Prisotnost selena v selenocisteinu je pomembna, ker le ta sodeluje v vsakem od štirih katalitičnih centrov encima glutamin peroksidaze.<br /> V nekaterih bioloških sistemih imajo selenoproteini strukturno vlogo, ker imajo možnost dioligomerizirati proteine, tako da formirajo diselenide ali disulfid-selenidne mostičke.<br /> <br /> ----<br /> <br /> == '''Sinteza selenoproteinov''' ==<br /> <br /> Biosinteza selenoproteinov je zelo specifična in se razlikuje od sinteze ostalih proteinov, ker se selen vgradi kotranslacijsko in ne posttranslacijsko.<br /> Vstavljanje selenocisteina je koordinirano z [[DNA]] in zahteva analogno funkcijo [[tRNA]] in specifičen [[elongacijski faktor]] (elongacijski faktor SelB), ki se razlikuje od [[elogancijski faktor Tu|elongacijskega faktorja TU]].<br /> <br /> ----<br /> <br /> == '''Vrste selenoproteinov''' ==<br /> <br /> Pri sesalcih so do sedaj odkritili 30 različnih selenoproteinov, najbolj raziskani pa so:<br /> &lt;h3&gt;Glutamin peroksidaza&lt;/h3&gt; je encim sestavljen iz štirih identičnih podenot, pri čemer vsaka vsebuje en selenocistein v aktivnem mestu. Delovanje encima ni še dobro raziskano, vendar domnevajo, da bi lahko deloval ''in vivo'' tako, da odstranjuje [[peroksid]] iz celice in tako preprečuje peroksidacijo membran in oksidativne poškodbe.<br /> &lt;h3&gt;Selenoproteini&lt;/h3&gt;<br /> Selenoprotein P je protein, ki so ga ekstrahirali iz podganje in človeške plazme in je povezan oziroma ga povezujejo z endotelijskimi celicami. Njegova vloga še ni znana, naj bi pa imel zunajcelično oksidacijsko-obrambno vlogo.<br /> Selenoprotein W so našli v mišicah in drugih tkivih; njegova vloga še ni najbolj raziskana.<br /> &lt;h3&gt;Tioredoksin reduktaza&lt;/h3&gt; Tioredoksin reduktaza je [[flavoencim]] odvisen od [[NADPH]]. Ta encim reducira [[disulfide]] na [[tioredoksin|tioredoksinu]].<br /> <br /> ----<br /> <br /> == '''Viri''' ==<br /> &lt;h3&gt;Literatura&lt;/h3&gt;<br /> J. Lennarz, William, Lane, M. Daniel. Encyclopedia of Biological Chemistry (S-Z, volume 4). Elsevier Academic Press. 2004, first edition, ISBN: 978-0-12-443710-4<br /> &lt;h3&gt;Zunanje povezave&lt;/h3&gt;<br /> [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11839807]<br /> [http://www.springer.com/biomed/cancer/book/978-0-387-33826-2]<br /> [http://www.elsevier.com/wps/find/bookdescription.cws_home/703167/description#description]<br /> [[Category:LEX]]</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Category:LEX&diff=7454 2012-11-27T10:10:46Z

<p>WikiSysop: </p> <hr /> <div>Gesla v slovarjih so večinoma obdelali študenti dodiplomskih študijev v okviru seminarjev pri različnih predmetih, predvsem Biokemije in Molekularnih osnov ved o življenju. Učitelji so pregledali večino, ne pa vseh opisov gesel, zato vsebine ni mogoče jemati kot nujno pravilne.</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Wiki_FKKT_talk:Community_Portal&diff=7453 2012-11-27T10:07:40Z

<p>WikiSysop: Removing all content from page</p> <hr /> <div></div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=User:Mateia&diff=7414 2012-10-29T16:23:22Z

<p>WikiSysop: User:Mateia moved to Vitamin K: objavljeno pod neustreznim naslovom &#039;User:Mateia&#039;</p> <hr /> <div>#REDIRECT [[Vitamin K]]</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Vitamin_K&diff=7413 2012-10-29T16:23:22Z

<p>WikiSysop: User:Mateia moved to Vitamin K: objavljeno pod neustreznim naslovom &#039;User:Mateia&#039;</p> <hr /> <div>== Vitamin K ==<br /> <br /> Vitamin K je v maščobah topen. Včasih se je imenoval vitamin koagulacije (od tod tudi oznaka K), saj je ena njegovih glavnih vlog sodelovanje pri strjevanju krvi.<br /> Vitamin K ima dve naravni pojavni obliki:filokinon (vitamin K1) in menakinon (vitamin K2). Poleg teh dveh poznamo še sintetične oblike, ki imajo oznake od K3 do K7. Od teh je najaktivnejši vitamin K3 oz. menadion.<br /> <br /> <br /> K1 [http://www.shrani.si/f/2q/7u/JocGldd/2/800px-phylloquinonestruc.png]<br /> <br /> K2 [http://www.shrani.si/f/1E/VD/2S5ZPm3N/800px-menaquinone2svg.png]<br /> <br /> <br /> '''Pomen vitamina K'''<br /> <br /> Telesni procesi, pri katerih sodelujejo od vitamina K odvisne beljakovine, so:<br /> <br /> - koagulacija / strjevanje krvi<br /> <br /> - mineralizacija kosti: s kostmi so povezane 3 od vitamina K odvisne beljakovine. Zadolžene so za normalno presnovo, rast in razvoj kosti ter preprečevanje kalcifikacije (nalaganje kalcija in posledična otrditev) hrustanca in mehkih tkiv<br /> <br /> - rast celic.<br /> <br /> <br /> '''Viri vitamina K'''<br /> <br /> ''Hrana''<br /> <br /> Filokinona (vitamin K1) je največ v vrtni solati, špinači, cvetači, brokoliju, ohrovtu, zelju, soji in jetrih, pa tudi v sojinem in olivnem olju. Menakinon (vitamin K2) se nahaja v živalskih maščobah.<br /> <br /> ''Črevesne bakterije''<br /> <br /> Bakterije, ki se nahajajo v debelem črevesju, proizvajajo menakinon.<br /> <br /> <br /> '''Pomanjkanje vitamina K'''<br /> <br /> Glavni vzroki pri odraslih so:<br /> <br /> - jemanje zdravil proti strjevanju krvi iz skupine antagonistov vitamina K;<br /> <br /> - dolgotrajna uporaba antibiotikov;<br /> <br /> - bolezni jeter; Ker je vitamin K topen v maščobah, vsaka motnja absorpcije maščob pomeni tudi motnjo absorpcije vitamina K. Razne bolezni jeter lahko vodijo do zmanjšane proizvodnje žolča.<br /> <br /> <br /> '''Priporočene dnevne doze vitamina K so:'''<br /> <br /> Moški (25 let) = 120µg/dan<br /> <br /> Ženske (od 30 let) = 90 µg/dan<br /> <br /> Dojenčki (0-12 mesecev)=10-20 µg/dan<br /> <br /> Mladostniki = 15-100 µg/dan<br /> <br /> <br /> '''Predoziranje vitamina K'''<br /> <br /> Čeprav je vitamin K topen v maščobah, do danes še ni znanih primerov zastrupitve razen s sintetično obliko K3 (menadion), ki pri novorojenčkih s še nerazvitimi funkcijami jeter lahko povzroči hemolitično anemijo, povišano količino bilirubina v krvi in kernikterus (obarvanje in okvara jeder možganskega debla zaradi hude zlatenice).<br /> <br /> <br /> '''Viri'''<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Vitamin_K]<br /> <br /> - Medić - Šarić Marica, Ines Buhač, Vlasta Bradamante: Vitamini in minerali (resnice in predsodki), Ptuj: In obs medicus, 2002<br /> <br /> <br /> [[Category:LEX]]</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Jedrni_faktor_kappa_b&diff=5325 2011-02-04T08:46:33Z

<p>WikiSysop: Jedrni faktor kappa b moved to Jedrni faktor kapa B: napaka v naslovu</p> <hr /> <div>#REDIRECT [[Jedrni faktor kapa B]]</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Jedrni_faktor_kapa_B&diff=5324 2011-02-04T08:46:33Z

<p>WikiSysop: Jedrni faktor kappa b moved to Jedrni faktor kapa B: napaka v naslovu</p> <hr /> <div>'''Jedrni faktor kappa Beta''' ('''NF-kB''') je proteinski kompleks, ki kontrolira transkripcijo DNA. NF-kB lahko najdemo v skoraj vseh živalskih celicah saj igra ključno vlogo pri reguliranju imunskega odziva na infekcije, ki prihajajo iz okolja. [1]<br /> Je faktor hitrega odziva, ki je v celicah vključen v imunske in vnetne reakcije in doseže svoj učinek z izražanjem citokinov ([[cytokines]]), kemokinov ([[chemokines]]), adhezijskih molekul celic ([[cell adhesion molecules]]), rastnim faktorjem in imunoreceptorjev. [2]<br /> Ti jedrni faktorji so pogosto prisotni v velikem številu bolezni kot so rak, artritis, kronična vnetja, astma in srčne bolezni. [3]<br /> <br /> NF-κB je bil prvič odkrit v laboratoriju z Nobelovo nagrado nagrajenega Davida Baltimore. Odkrit je bil preko njegove povezave z 11-bazo zaporednega para v ojačevalcu imunoglobina lahkih verig celic B.[4]<br /> <br /> Za inhibitor NF-kappa B je bilo ugotovljeno, da je pomemben mehanizem pri delovanju steroidov, nesteroidnih proti-vnetnih zdravilih in naravnih in sintetičnih sestavinah, ki kažejo terapevtske in preventivne aktivnosti. [5]<br /> <br /> Jedrni faktor kappa B je sestavljen iz različnih kombinacij članov družine Rel transkripcijskih faktorjev.[6]<br /> <br /> <br /> == VIRI ==<br /> <br /> #[1] http://en.wikipedia.org/wiki/NF-%CE%BAB#Structure <br /> #[2] Gilbert J., Burckart.(2010). Nuclear Factor Kappa B: Important Transcription Factor and Therapeutic Target. The Journal of Clinical Pharmacology. (http://jcp.sagepub.com/content/38/11/981.short)<br /> #[3] Venket C. (2003). Role in Immune Response and Cancer. CLL Topics.(http://www.clltopics.org/ChronInflam/NFkB.htm)<br /> #[4] Sen R, Baltimore D (1986). &quot;Multiple nuclear factors interact with the immunoglobulin enhancer sequences&quot;. Cell 46 (5): 705–16<br /> #[5] Van Waes C. (2007) Nuclear factor – KappaB in development, prevention, and therapy of cancer. Clinical cancer research. (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17317814)<br /> #[6] NF – KappaB Family Pathway. IMGENEX. (http://www.imgenex.com/nfkb_tech_article.php) <br /> <br /> <br /> <br /> == ZUNANJE POVEZAVE ==<br /> <br /> #http://alfin2100.blogspot.com/2006/05/nf-kappa-b-update-interactions-with.html <br /> #http://en.wikipedia.org/wiki/NF-%CE%BAB<br /> #https://www.sigmaaldrich.com/life-science/your-favorite-gene-search/pathway-overviews/nf-kappab-p50-p65-pathway.html<br /> <br /> <br /> [[Category:LEX]]</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Ribonukleotidi&diff=5025 2010-12-15T08:17:32Z

<p>WikiSysop: RIBONUKLEOTIDI moved to Ribonukleotidi: velike začetnice</p> <hr /> <div>Ribonukleotidi so nukleotidi, ki so sestavljeni iz purinske ali pirimidinske baze, vezane na ribozo, ki je z estrsko vezjo vezana na fosfatno skupino. Riboza je sladkor s petimi atomi ogljika. Take monomerne enote s polimerizacijo dajejo RNA (ribonukleinsko kislino). Vsak ribonukleotid ima eno od štirih organskih baz: gvanin(G),citozin(C),adenin(A) ali uracil(U) - slednji je po zgradbi in vlogi podoben timinu (T),ki ga najdemo samo v DNA, v RNA pa ne.<br /> <br /> Nukleotidi so organske spojine, ki so sestavljene iz treh struktur: dušikove baze, sladkorja in fosfatne skupine. So strukturne enote RNA in DNA, sodelujejo pa tudi pri sintezi drugih makromolekul. So sestavni deli koencimov (NAD, FAD, CoA) in vitaminov.<br /> <br /> Viri:&lt;br&gt;<br /> http://en.wikipedia.org/wiki/ribonucleotide &lt;br&gt;<br /> http://worldlingo.com/ma/enwiki/de/ribonucleotide&lt;br&gt;<br /> http://www.bfro.uni-lj.si/gost/smd/mikroslo/vsebina/r/rib&lt;br&gt;<br /> <br /> <br /> [[Category:LEX]]</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Flavinadenindinukleotid&diff=5023 2010-12-15T08:16:38Z

<p>WikiSysop: FLAVINADENINDINUKLEOTID moved to Flavinadenindinukleotid: velike začetnice</p> <hr /> <div>'''Flavinadenindinukleotid (FAD)''' je v biokemiji redoks kofaktor, vključen v posamezne pomembne reakcije v metabolizmu. FAD obstaja v dveh različnih redoks stanjih, katera se spreminjata s sprejemanjem ali oddajanjem elektronov. Molekula je sestavljena iz riboflavina (vitamin B2), ki je vezan na fosfatno skupino ADP molekule. Lahko bi tudi rekli, da je sestavljen iz adenozin monofosfata (AMP), na katerega je vezan flavin mononukleotid (FMN). FAD predstavlja prostetično skupino encimov, kot je d-aminokislinska oksidaza ali ksantin oksidaza.<br /> <br /> <br /> '''Struktura in kemijske lastnosti'''<br /> <br /> (Strukturna formula molekule)[http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/ef/Flavin_adenine_dinucleotide.png]<br /> <br /> Oksidiran FAD gre po sprejemu dveh protonov (H +) in dveh elektronov (e−) v reducirano obliko FADH2.[http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/5/5d/FAD_FADH2_equlibrium.png]. <br /> FAD (čista oksidirana oblika ali kinonska oblika) sprejme dva elektrona in dva protona, ter tako postane FADH2 (hidrokinonska oblika). FADH2 lahko nato oksidiramo v polreducirano obliko (semikinonska oblika) FADH, z donacijo enega elektrona in enega protona. Semikinon je potem ponovno oksidiran ter izgubi en elektron in en proton, ter se tako vrne v prvotno kinonsko obliko (FAD). <br /> FAD je aromatski obročni sistem, medtem ko FADH2 ni. To pomeni, da ima FADH2 značilno višjo energijo, brez stabilizacije, ki jo omogočajo aromatske strukture. FADH2 je energijsko – transportna molekula, saj bo, ko je oksidirana, zopet pridobila aromatičnost ter izpustila vso energijo pridobljeno s to stabilizacijo.<br /> Katerikoli encim oksidoreduktaze, ki uporablja FAD kot prenašalca elektronov, se imenuje flavoprotein.<br /> <br /> Raztopina flavinadenindinukleotida v vodi (10 g/L) ima pH vrednost približno 6.<br /> O molekuli:<br /> Molska masa molekule je 785,55 g/mol.<br /> Molekula FAD je topna v vodi <br /> Molekulska formula flavinadenindinukleotida je C27H31N9O15P2.<br /> <br /> '''Viri:'''<br /> <br /> Slovenski medicinski e-slovar[http://www.lek.si/si/skrb-za-zdravje/medicinski-slovar/]<br /> <br /> Katalog znanj[http://www.katalog-znanj.bf.uni-lj.si/vsebina/f/fig_fla.htm]<br /> <br /> De wiki[http://de.academic.ru/dic.nsf/dewiki/421178]<br /> <br /> Principles of biochemistry (3rd edition), Donald Voet, Judith G. Voet, Charlotte W. Pratt; 2008; Hoboken (New Jersey) : J. Wiley &amp; sons (str. 469, 470)<br /> <br /> Biokemija, Karlson Peter; 1980; Ljubljana: Državna založba Slovenije (100, 105, 193, 215, 372, 375)<br /> <br /> '''Zunanje povezave:'''<br /> <br /> Websters dictionary[http://www.websters-online-dictionary.org/definitions/fad?cx=partner-pub-0939450753529744%3Av0qd01-tdlq&amp;cof=FORID%3A9&amp;ie=UTF-8&amp;q=fad&amp;sa=Search#906]<br /> <br /> <br /> [[Category: LEX]]</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Celuloza&diff=5021 2010-12-15T08:15:46Z

<p>WikiSysop: CELULOZA moved to Celuloza: velike začetnice v naslovu</p> <hr /> <div>Je organska molekula,ki spada med strukturne [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Disaharidi_in_oligosaharidi polisaharide]. Sestavljena je iz 15000 molekul [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Glukoza D-glukoze], ki so med seboj povezane z β-1,4-glikozidno vezjo. Takšen način vezave daje celulozi vlaknasto strukturo, ki je izredno kompaktna, kar je tudi posledica vodikovih vezi, ki se tvorijo med OH-skupinami vzporednih verig in tvorijo linearno strukturo. <br /> <br /> <br /> V sredini 19. stoletja jo je odkril in izoliral francoski kemik Anselme Payen. Je netopljiva v vodi in večini organskih topil. Topi se le v posebnih topilih, na primer v Schweizerjevem reagentu (amonijak in baker Cu&lt;sup&gt;2&lt;/sup&gt;&lt;sup&gt;+&lt;/sup&gt; ) ali v mešanici dimetilacetamida in litijevega klorida. V močnih kislinah se polimer razgradi; v koncentriranih kislinah dobimo pri povišani temperaturi posamezne molekule glukoze Človeški organizem celuloze ne more razgraditi, saj ne vsebuje encimov-celulaze, ki razgrajujejo celulozo, zato jo v prehrani štejemo med balastne snovi. Prežvekovalci lahko razgradijo celulozo in druge sorodne polisaharide, saj imajo v vampu mikroorganizme, ki cepijo vezi β-1,4. Podobno velja tudi za konje in vodne ptice, pri katerih poteka prebava celuloze s pomočjo mikroorganizmov v debelem črevesu. Je gradnik celičnih sten rastlin, kjer nastaja v procesu fotosinteze. Celuloza lahko uporabljamo za pisanje (papir), gretje (les), oblačenje (bombaž).... <br /> <br /> <br /> Njena kemijska formula je (C&lt;sub&gt;6&lt;/sub&gt;H&lt;sub&gt;10&lt;/sub&gt;O&lt;sub&gt;5&lt;/sub&gt;)n (n pomeni število monomernih enot,ki je splošen izraz in vedno predstavlja najmanjšo enoto iz katere je sestavljena mnogo večja enota, v našem primeru celuloza) Kemijski dokaz celuloze petaka z dodatkom joda, pri čemer pride do modrega obarvanja.<br /> <br /> <br /> <br /> <br /> <br /> <br /> Viri:<br /> <br /> 1. Veliki splošni leksikon, stran 613, DZS, 2006<br /> <br /> 2. Young, Raymond (1986). Cellulose structure modification and hydrolysis. New York: Wiley. ISBN 0471827614.<br /> <br /> 3. [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Celi%C4%8Dna_stena celična stena] <br /> <br /> 4. http://sl.wikipedia.org/wiki/Celuloza<br /> <br /> 5. [http://www.minet.si/kemija/lekcije.php?c=2&amp;id=193 slikovna povezava]<br /> <br /> 6. Boyer, R. Temelji biokemije. Ljubljana: Študentska založba, 2005<br /> <br /> 7. http://www.zbirka.si/celuloza/ <br /> <br /> <br /> <br /> [[Category:LEX]]</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Wiki_FKKT:Current_events&diff=5020 2010-12-15T08:14:43Z

<p>WikiSysop: </p> <hr /> <div>Na wikiju je najbolj aktiven leksikon. Uporaba na lastno odgovornost, saj vsa gesla niso uredniško pregledana.<br /> --[[User:WikiSysop|WikiSysop]] 09:13, 15 December 2010 (UTC)</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Wiki_FKKT:Current_events&diff=5019 2010-12-15T08:14:24Z

<p>WikiSysop: </p> <hr /> <div>Na wikiju je najbolj aktiven leksikon. Uporaba na lastno odgovornost, saj vsa gesla niso uredniško pregleana.<br /> --[[User:WikiSysop|WikiSysop]] 09:13, 15 December 2010 (UTC)</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Molekularne_osnove_ved_o_%C5%BEivljenju&diff=4302 2010-11-08T11:43:39Z

<p>WikiSysop: /* Izpitni roki */</p> <hr /> <div>Obvezni predmet prvostopenjskega študija Kemija in študija Kemijsko inženirstvo na Fakulteti za kemijo in kemijsko tehnologijo Univerze v Ljubljani.&lt;br&gt;<br /> Nosilec predmeta: doc. dr. [mailto:marko.dolinar@fkkt.uini-lj.si Marko Dolinar], Katedra za biokemijo FKKT&lt;br&gt;<br /> Šifra predmeta: KE105 / IN104&lt;br&gt;<br /> Celoten [http://www.fkkt.uni-lj.si/attachments/2762/ke105-sl.pdf opis] na strani FKKT.&lt;br&gt; <br /> <br /> [3.10.] V zimskem semestru so govorilne ure ob četrtkih ob 15. uri, lahko pa se <br /> najavite na konzultacije v času, ko sem prisoten - okvirni razpored zasedenosti <br /> je na mojem [http://openwetware.org/wiki/User:Marko_Dolinar koledarju]. <br /> <br /> <br /> == Zasnova predmeta ==<br /> 5 ECTS, 45 h predavanj, 15 h [[MOVZ_seminarji|seminarjev]], 15 h [[MOVZ_vaje|laboratorijskih vaj]]&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> === Študijska literatura === <br /> Izbrana poglavja iz učbenika Temelji biokemije (R. Boyer, Študentska založba) in dodatna gradiva (a voljo v spletni učilnici).&lt;br&gt;<br /> Sprotno učenje bo lažje v [http://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/ Spletni učilnici FKKT], kjer potekajo tudi razprave, najdete pa tudi sprotne informacije in nekaj kvizov iz [http://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/course/view.php?id=13 MOVŽ].&lt;br&gt;<br /> <br /> === Ocenjevanje ===<br /> Poročila z vaj 10 %, sodelovanje pri seminarju 10 %, izpitna vprašanja 80 % (kolokvijski del 15 %, teoretični del 65 %). <br /> <br /> Pogoj za prijavo na izpit so opravljene vaje in oddana poročila z vaj.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> Teoretični del izpita bo mogoče opraviti z dvema delnima izpitoma. Prvi bo v drugi polovici novembra (Kiemijsko inženirstvo: v začetku decembra), drugi pa v drugem tednu januarja. Kolokvijski del (torej preverjanje znanja iz vaj) bo mogoče opraviti ločeno, v posebnem terminu, sicer pa bo vključen v drugi delni izpit in končne izpite. Če želite opraviti izpit po delih, je treba pri vsakem od dveh delnih izpitov doseči vsaj 55 % točk iz teorije. Kdor ne opravi izpita v dveh delih, bo izpit opravljal v zimskem izpitnem roku v enem delu. Na voljo bosta dva termina, razpisana kot dva ločena izpitna roka. Naslednja možnost opravljanja izpita bo v junijskem roku (1 termin) in zadnja v jesenskem roku (1 termin). Skupaj bodo na voljo samo štirje izpitni roki.<br /> <br /> Izpitne ocene bom zaključeval po naslednjem ključu:<br /> - če iz teorije ne boste dosegli meje 50 %: 0-9: ocena 1; 10-19: ocena 2; 20-29: ocena 3; 30-39: ocena 4; 40-49: ocena 5;<br /> - če boste zbrali iz teorije vsaj 50 % točk: seštevek točk po formuli (poročila z vaj / seminar / kolokvij / izpit) 50-59: ocena 6; 60-68: ocena 7; 69-77: ocena 8; 78-86: ocena 9; &gt;86: ocena 10. V sistem E-študent bom vpisoval vse ocene, tudi negativne, ki jih dobite na končnih izpitih (ne pa tudi tistih, ki bi jih dobili s seštevkom delnih izpitov). <br /> <br /> ''1. primer ocenjevanja (povprečen študent): ocena za poročila z vaj 7 od 10 možnih točk, ocena za seminarje 7 od 10 točk, izpit: kolokvijski del 67 % (10 od 15 točk), teoretični del 69 % (45 od 65 točk), skupaj 7 + 7 + 10 + 45 = 69 točk, ocena 7. V indeks se vpiše enotna ocena predmeta, to je dobro (7). Isti študent bi s samo za dobre 3 odstotne točke boljšim teoretičnim znanjem (72,3 % ali 47 točk od 65) zbral skupaj 71 točk, kar bi zadoščalo za oceno 8.''<br /> <br /> ''2. primer (zelo dober študent): ocena za poročila 9 (od 10), seminarji 9 (od 10), kolokvijski del izpita 87 % (13 od 15), teoretični del 91 % (59 od 65), skupaj 90 %, ocena 10.''<br /> <br /> ''3. primer (podpovprečen študent): poročila z vaj 6 (od 10), seminarji 5 (od 10), kolokvij 60 % (9 od 15), teorija 50 % (37,5 od 65), skupaj 57,5 %, ocena 6.''<br /> <br /> ''4. primer (nezadostno znanje): poročila z vaj 3 (od 10), seminarji 1 (od 10), kolokvij 50 % (7,5 od 15), teorija 45 % (29 od 65), skupaj 40,5 %, ocena 5.''<br /> <br /> ==== Ocenjevanje leksikografskih gesel ====<br /> Za objavljen prispevek, ki ustreza formalnim kriterijem glede dolžine, oznake (LEX), virov in vsaj ene povezave dobi študent od 1 do 5 točk. Za 5 točk mora biti prispevek strokovno brez napak, trditve morajo biti utemeljene z ustreznimi viri, viri morajo biti verodostojni (po možnosti ne komercialni), opisi morajo biti relevantni s stališča naravoslovja (to pomeni, da ni poudarek na npr. prehranjevanju, življenjskih navadah ipd.), da so pri geslih, ki so že drugje obsežneje razložena, izbrane tiste lastnosti molekul, ki so ključne za njihovo aktivnost v celicah oz. organizmih. Viri morajo biti ustrezno citirani. Za vsako odstopanje od tega ideala odbijem nekaj točk(e).<br /> <br /> ==== Ocenjevanje razprav na forumu ====<br /> Sodelovanje v razpravah lahko prinese vsakič največ 2 točki, vendar skupaj upoštevam za oceno največ 5 točk. To pomeni, da študentom ni treba sodelovati na vseh razpravah oz. da je lahko njihov prispevek tudi manj pomemben, pa vseeno dobijo polno vsoto točk. Za 2 točki je treba napisati odgovor, ki je utemeljen, strokoven, ni samo ponovitev tistega, kar smo omenili pri predavanjih, je napisan samostojno (ni zgolj fragmentarno prepisan ali prekopiran s spleta ali iz knjige) in po možnosti izviren. Seveda tak odgovor tudi ne sme vsebovati strokovnih napak. Takih je bilo v št. letu 2009/10 ~5 % vseh odgovorov. Če prispevek ne izpolnjuje vseh omenjenih kriterijev, ga ocenim z manj kot polnim številom točk.<br /> <br /> === Izpitni roki ===<br /> Delna izpita bosta:&lt;br&gt;<br /> - za študente Kemijskega inženirstva 6.12.2010 ob xx. uri in 17.1.2011 ob yy. uri&lt;br&gt;<br /> - za študente Kemije 25.11.2010 ob zz. uri in 17.1.2011 ob qq. uri &lt;br&gt;<br /> <br /> Zaključni izpiti (če izpita ne opravite z delnima izpitoma) bodo za vse študente:&lt;br&gt;<br /> - 28. 1. 2011 ob aa. uri&lt;br&gt;<br /> - 14. 2. 2011 ob bb. uri&lt;br&gt;<br /> - 1. 7. 2011 ob cc. uri&lt;br&gt;<br /> - 24. 8. 2011 ob dd. uri&lt;br&gt;<br /> <br /> Študenti se morajo za vsakega od izpitnih rokov prijaviti na e-študentu najmanj 5 delovnih dni pred izpitom. Odjava je možna še 3 dni pred izpitom, izjemoma pa po e-pošti ali osebno do začetka izpita. Med izpitom odjava ni možna.<br /> <br /> V zimskem izpitnem obdobju sta razpisana dva roka. Prijava na prvi rok ne pomeni, da se ne smete prijaviti tudi na drugega.<br /> <br /> Zaključni izpiti imajo po 35 vprašanj, na posebnih polah pa še vprašanja z vaj (7-10). Odgovore na vprašanja z vaj popravljajo asistenti, zato morate na izpit vpisati ime asistenta. Na izpitih je časa za pisanje skupaj 90 minut (priporočamo, da 20 min. namenite za vaje, ostalo za teorijo). Negativnih točk ni. Če je obkroženih več kot je pravilnih odgovorov, je za to vprašanje ocena 0.<br /> <br /> Ogled izpitov je mogoč po objavi rezultatov po predhodni najavi po e-pošti.<br /> <br /> == Vsebina ==<br /> ''Predmet je razdeljen na tri sklope. Študijski viri so učbenik in dodatna gradiva (skripta v pripravi). Strani v učbeniku so pri vsaki temi navedene v oklepaju. Nekatere vsebine so v učbeniku razložene nekoliko bolj podrobno kot jih bo treba znati na izpitu.''&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> '''Življenje'''&lt;br&gt;<br /> 1. Življenje in vede o življenju.&lt;br&gt;<br /> 2. Značilnosti celic: prokarionti in evkarionti. Celična komunikacija. [B13-21 + skripta]&lt;br&gt;<br /> 3. Organi in fiziologija večceličnih organizmov (rastline, živali). [skripta]&lt;br&gt;<br /> 4. Evolucija in filogenija. [skripta]&lt;br&gt;<br /> 5. Organizmi in okolje. [skripta]&lt;br&gt;<br /> '''Biološke makromolekule'''&lt;br&gt;<br /> 6. Aminokisline, peptidi in proteini. [B70-79]&lt;br&gt;<br /> 7. 3D zgradba proteinov in njihova biološka vloga. [B80-91,B98-120]&lt;br&gt;<br /> 8. Encimi: reakcije, kinetika, inhibicija, koencimi. [B126-145, B156-169]&lt;br&gt;<br /> 9. Ogljikovi hidrati: zgradba in biološka vloga. [B180-201]&lt;br&gt;<br /> 10. Lipidi, biološke membrane in transport. [B208-237]&lt;br&gt;<br /> 11. DNA in RNA: zgradba in vloga. [B244-260,B306-322]&lt;br&gt;<br /> '''Molekularne osnove celičnih procesov'''&lt;br&gt;<br /> 12. Ohranjanje in prenos biološke informacije. [B272-297,B306-332]&lt;br&gt;<br /> 13. Rekombinantna DNA in biotehnologija. [B338-358]&lt;br&gt;<br /> 14. Celični ciklus in celična smrt. Oksidativni stres. Rak. [skripta]&lt;br&gt;<br /> 15. Osnove bioenergetike in celičnega metabolizma. [B366-387]&lt;br&gt;<br /> 16. Molekularni motorji. [skripta]&lt;br&gt;<br /> 17. Protitelesa in imunski odgovor. [skripta]&lt;br&gt;<br /> 18. Biokemija čutil. [skripta]&lt;br&gt;<br /> <br /> == Razpored tem po tednih ==<br /> ''(vsak teden ima 4 kontaktne ure predavanj in seminarjev)''<br /> <br /> I. Življenje in vede o življenju. Značilnosti celic. Komuniciranje med celicami. Organi in fiziologija večceličarjev.<br /> <br /> II. Fiziologija človeka. Evolucija. Filogenija.<br /> <br /> III. Aminokisline in peptidi. Proteini. 3D zgradba proteinov. Encimi.<br /> <br /> IV. Uravnavanje encimskih procesov. Kinetika encimskih reakcij. Ogljikovi hidrati.<br /> <br /> V. Lipidi in biološke membrane.<br /> <br /> VI. Nukleinske kisline. Zgradba kromosomov in zunajkromosomskih nukleinskih kislin. <br /> <br /> VII. Podvojevanje DNA. Rekombinacija in popravljanje mutacij. Mutagena sredstva. Prepisovanje DNA.<br /> <br /> VIII. [1. delni izpit] Zorenje RNA. Genetski kod in tRNA. Prevajanje RNA. Zorenje in usmerjanje proteinov.<br /> <br /> IX. Razgradnja proteinov v organizmu. Uravnavanje izražanja genov. Primeri uravnavanja izražanja. Tehnike rekombinantne DNA.<br /> <br /> X. Molekularna biotehnologija. Celični cikel. Mehanizmi celične smrti.<br /> <br /> XI. Oksidativni stres in antioksidanti. Rak in pristopi k zdravljenju raka.<br /> <br /> XII. Osnove bioenergetike in celičnega metabolizma. Fotosinteza in kroženje snovi v naravi. Ekologija.<br /> <br /> XIII. Simbioza. Pesticidi. Bioremediacija. Molekularni motorji. Imunski sistem in imunski odgovor.<br /> <br /> XIV. Zgradba in biosinteza protiteles. Imunološke tehnike. [2. delni izpit]<br /> <br /> XV. Biokemija čutil.<br /> <br /> == Spletna učilnica ==<br /> Nekatere študijske aktivnosti bodo potekale v [http://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/|Spletni učilnici FKKT] z vmesnikom Moodle. Naš predmet ima svojo vstopno stran na naslovu http://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/course/view.php?id=13, za delo v spletni učilnici pa se boste morali najprej registrirati.</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Molekularne_osnove_ved_o_%C5%BEivljenju&diff=4301 2010-11-08T11:40:09Z

<p>WikiSysop: /* Ocenjevanje */</p> <hr /> <div>Obvezni predmet prvostopenjskega študija Kemija in študija Kemijsko inženirstvo na Fakulteti za kemijo in kemijsko tehnologijo Univerze v Ljubljani.&lt;br&gt;<br /> Nosilec predmeta: doc. dr. [mailto:marko.dolinar@fkkt.uini-lj.si Marko Dolinar], Katedra za biokemijo FKKT&lt;br&gt;<br /> Šifra predmeta: KE105 / IN104&lt;br&gt;<br /> Celoten [http://www.fkkt.uni-lj.si/attachments/2762/ke105-sl.pdf opis] na strani FKKT.&lt;br&gt; <br /> <br /> [3.10.] V zimskem semestru so govorilne ure ob četrtkih ob 15. uri, lahko pa se <br /> najavite na konzultacije v času, ko sem prisoten - okvirni razpored zasedenosti <br /> je na mojem [http://openwetware.org/wiki/User:Marko_Dolinar koledarju]. <br /> <br /> <br /> == Zasnova predmeta ==<br /> 5 ECTS, 45 h predavanj, 15 h [[MOVZ_seminarji|seminarjev]], 15 h [[MOVZ_vaje|laboratorijskih vaj]]&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> === Študijska literatura === <br /> Izbrana poglavja iz učbenika Temelji biokemije (R. Boyer, Študentska založba) in dodatna gradiva (a voljo v spletni učilnici).&lt;br&gt;<br /> Sprotno učenje bo lažje v [http://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/ Spletni učilnici FKKT], kjer potekajo tudi razprave, najdete pa tudi sprotne informacije in nekaj kvizov iz [http://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/course/view.php?id=13 MOVŽ].&lt;br&gt;<br /> <br /> === Ocenjevanje ===<br /> Poročila z vaj 10 %, sodelovanje pri seminarju 10 %, izpitna vprašanja 80 % (kolokvijski del 15 %, teoretični del 65 %). <br /> <br /> Pogoj za prijavo na izpit so opravljene vaje in oddana poročila z vaj.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> Teoretični del izpita bo mogoče opraviti z dvema delnima izpitoma. Prvi bo v drugi polovici novembra (Kiemijsko inženirstvo: v začetku decembra), drugi pa v drugem tednu januarja. Kolokvijski del (torej preverjanje znanja iz vaj) bo mogoče opraviti ločeno, v posebnem terminu, sicer pa bo vključen v drugi delni izpit in končne izpite. Če želite opraviti izpit po delih, je treba pri vsakem od dveh delnih izpitov doseči vsaj 55 % točk iz teorije. Kdor ne opravi izpita v dveh delih, bo izpit opravljal v zimskem izpitnem roku v enem delu. Na voljo bosta dva termina, razpisana kot dva ločena izpitna roka. Naslednja možnost opravljanja izpita bo v junijskem roku (1 termin) in zadnja v jesenskem roku (1 termin). Skupaj bodo na voljo samo štirje izpitni roki.<br /> <br /> Izpitne ocene bom zaključeval po naslednjem ključu:<br /> - če iz teorije ne boste dosegli meje 50 %: 0-9: ocena 1; 10-19: ocena 2; 20-29: ocena 3; 30-39: ocena 4; 40-49: ocena 5;<br /> - če boste zbrali iz teorije vsaj 50 % točk: seštevek točk po formuli (poročila z vaj / seminar / kolokvij / izpit) 50-59: ocena 6; 60-68: ocena 7; 69-77: ocena 8; 78-86: ocena 9; &gt;86: ocena 10. V sistem E-študent bom vpisoval vse ocene, tudi negativne, ki jih dobite na končnih izpitih (ne pa tudi tistih, ki bi jih dobili s seštevkom delnih izpitov). <br /> <br /> ''1. primer ocenjevanja (povprečen študent): ocena za poročila z vaj 7 od 10 možnih točk, ocena za seminarje 7 od 10 točk, izpit: kolokvijski del 67 % (10 od 15 točk), teoretični del 69 % (45 od 65 točk), skupaj 7 + 7 + 10 + 45 = 69 točk, ocena 7. V indeks se vpiše enotna ocena predmeta, to je dobro (7). Isti študent bi s samo za dobre 3 odstotne točke boljšim teoretičnim znanjem (72,3 % ali 47 točk od 65) zbral skupaj 71 točk, kar bi zadoščalo za oceno 8.''<br /> <br /> ''2. primer (zelo dober študent): ocena za poročila 9 (od 10), seminarji 9 (od 10), kolokvijski del izpita 87 % (13 od 15), teoretični del 91 % (59 od 65), skupaj 90 %, ocena 10.''<br /> <br /> ''3. primer (podpovprečen študent): poročila z vaj 6 (od 10), seminarji 5 (od 10), kolokvij 60 % (9 od 15), teorija 50 % (37,5 od 65), skupaj 57,5 %, ocena 6.''<br /> <br /> ''4. primer (nezadostno znanje): poročila z vaj 3 (od 10), seminarji 1 (od 10), kolokvij 50 % (7,5 od 15), teorija 45 % (29 od 65), skupaj 40,5 %, ocena 5.''<br /> <br /> ==== Ocenjevanje leksikografskih gesel ====<br /> Za objavljen prispevek, ki ustreza formalnim kriterijem glede dolžine, oznake (LEX), virov in vsaj ene povezave dobi študent od 1 do 5 točk. Za 5 točk mora biti prispevek strokovno brez napak, trditve morajo biti utemeljene z ustreznimi viri, viri morajo biti verodostojni (po možnosti ne komercialni), opisi morajo biti relevantni s stališča naravoslovja (to pomeni, da ni poudarek na npr. prehranjevanju, življenjskih navadah ipd.), da so pri geslih, ki so že drugje obsežneje razložena, izbrane tiste lastnosti molekul, ki so ključne za njihovo aktivnost v celicah oz. organizmih. Viri morajo biti ustrezno citirani. Za vsako odstopanje od tega ideala odbijem nekaj točk(e).<br /> <br /> ==== Ocenjevanje razprav na forumu ====<br /> Sodelovanje v razpravah lahko prinese vsakič največ 2 točki, vendar skupaj upoštevam za oceno največ 5 točk. To pomeni, da študentom ni treba sodelovati na vseh razpravah oz. da je lahko njihov prispevek tudi manj pomemben, pa vseeno dobijo polno vsoto točk. Za 2 točki je treba napisati odgovor, ki je utemeljen, strokoven, ni samo ponovitev tistega, kar smo omenili pri predavanjih, je napisan samostojno (ni zgolj fragmentarno prepisan ali prekopiran s spleta ali iz knjige) in po možnosti izviren. Seveda tak odgovor tudi ne sme vsebovati strokovnih napak. Takih je bilo v št. letu 2009/10 ~5 % vseh odgovorov. Če prispevek ne izpolnjuje vseh omenjenih kriterijev, ga ocenim z manj kot polnim številom točk.<br /> <br /> === Izpitni roki ===<br /> Delna izpita bosta:&lt;br&gt;<br /> - za študente Kemijskega inženirstva XX.11.2010 ob xx. uri in YY.1.2011 ob yy. uri&lt;br&gt;<br /> - za študente Kemije ZZ.11.2010 ob zz in QQ.1.2011 ob qq. uri &lt;br&gt;<br /> <br /> Zaključni izpiti (če izpita ne opravite z delnima izpitoma) bodo za vse študente:&lt;br&gt;<br /> - AA. 1. 2011 ob aa. uri&lt;br&gt;<br /> - BB. 2. 2011 ob bb. uri&lt;br&gt;<br /> - CC. 6. 2011 ob cc. uri&lt;br&gt;<br /> - DD. 8. 2011 ob dd. uri&lt;br&gt;<br /> <br /> Študenti se morajo za vsakega od izpitnih rokov prijaviti na e-študentu najmanj 5 delovnih dni pred izpitom. Odjava je možna še 3 dni pred izpitom, izjemoma pa po e-pošti ali osebno do začetka izpita. Med izpitom odjava ni možna.<br /> <br /> V zimskem izpitnem obdobju sta razpisana dva roka. Prijava na prvi rok ne pomeni, da se ne smete prijaviti tudi na drugega.<br /> <br /> Zaključni izpiti imajo po 35 vprašanj, na posebnih polah pa še vprašanja z vaj (7-10). Odgovore na vprašanja z vaj popravljajo asistenti, zato morate na izpit vpisati ime asistenta. Na izpitih je časa za pisanje skupaj 90 minut (priporočamo, da 20 min. namenite za vaje, ostalo za teorijo). Negativnih točk ni. Če je obkroženih več kot je pravilnih odgovorov, je za to vprašanje ocena 0.<br /> <br /> Ogled izpitov je mogoč po objavi rezultatov po predhodni najavi po e-pošti.<br /> <br /> == Vsebina ==<br /> ''Predmet je razdeljen na tri sklope. Študijski viri so učbenik in dodatna gradiva (skripta v pripravi). Strani v učbeniku so pri vsaki temi navedene v oklepaju. Nekatere vsebine so v učbeniku razložene nekoliko bolj podrobno kot jih bo treba znati na izpitu.''&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> '''Življenje'''&lt;br&gt;<br /> 1. Življenje in vede o življenju.&lt;br&gt;<br /> 2. Značilnosti celic: prokarionti in evkarionti. Celična komunikacija. [B13-21 + skripta]&lt;br&gt;<br /> 3. Organi in fiziologija večceličnih organizmov (rastline, živali). [skripta]&lt;br&gt;<br /> 4. Evolucija in filogenija. [skripta]&lt;br&gt;<br /> 5. Organizmi in okolje. [skripta]&lt;br&gt;<br /> '''Biološke makromolekule'''&lt;br&gt;<br /> 6. Aminokisline, peptidi in proteini. [B70-79]&lt;br&gt;<br /> 7. 3D zgradba proteinov in njihova biološka vloga. [B80-91,B98-120]&lt;br&gt;<br /> 8. Encimi: reakcije, kinetika, inhibicija, koencimi. [B126-145, B156-169]&lt;br&gt;<br /> 9. Ogljikovi hidrati: zgradba in biološka vloga. [B180-201]&lt;br&gt;<br /> 10. Lipidi, biološke membrane in transport. [B208-237]&lt;br&gt;<br /> 11. DNA in RNA: zgradba in vloga. [B244-260,B306-322]&lt;br&gt;<br /> '''Molekularne osnove celičnih procesov'''&lt;br&gt;<br /> 12. Ohranjanje in prenos biološke informacije. [B272-297,B306-332]&lt;br&gt;<br /> 13. Rekombinantna DNA in biotehnologija. [B338-358]&lt;br&gt;<br /> 14. Celični ciklus in celična smrt. Oksidativni stres. Rak. [skripta]&lt;br&gt;<br /> 15. Osnove bioenergetike in celičnega metabolizma. [B366-387]&lt;br&gt;<br /> 16. Molekularni motorji. [skripta]&lt;br&gt;<br /> 17. Protitelesa in imunski odgovor. [skripta]&lt;br&gt;<br /> 18. Biokemija čutil. [skripta]&lt;br&gt;<br /> <br /> == Razpored tem po tednih ==<br /> ''(vsak teden ima 4 kontaktne ure predavanj in seminarjev)''<br /> <br /> I. Življenje in vede o življenju. Značilnosti celic. Komuniciranje med celicami. Organi in fiziologija večceličarjev.<br /> <br /> II. Fiziologija človeka. Evolucija. Filogenija.<br /> <br /> III. Aminokisline in peptidi. Proteini. 3D zgradba proteinov. Encimi.<br /> <br /> IV. Uravnavanje encimskih procesov. Kinetika encimskih reakcij. Ogljikovi hidrati.<br /> <br /> V. Lipidi in biološke membrane.<br /> <br /> VI. Nukleinske kisline. Zgradba kromosomov in zunajkromosomskih nukleinskih kislin. <br /> <br /> VII. Podvojevanje DNA. Rekombinacija in popravljanje mutacij. Mutagena sredstva. Prepisovanje DNA.<br /> <br /> VIII. [1. delni izpit] Zorenje RNA. Genetski kod in tRNA. Prevajanje RNA. Zorenje in usmerjanje proteinov.<br /> <br /> IX. Razgradnja proteinov v organizmu. Uravnavanje izražanja genov. Primeri uravnavanja izražanja. Tehnike rekombinantne DNA.<br /> <br /> X. Molekularna biotehnologija. Celični cikel. Mehanizmi celične smrti.<br /> <br /> XI. Oksidativni stres in antioksidanti. Rak in pristopi k zdravljenju raka.<br /> <br /> XII. Osnove bioenergetike in celičnega metabolizma. Fotosinteza in kroženje snovi v naravi. Ekologija.<br /> <br /> XIII. Simbioza. Pesticidi. Bioremediacija. Molekularni motorji. Imunski sistem in imunski odgovor.<br /> <br /> XIV. Zgradba in biosinteza protiteles. Imunološke tehnike. [2. delni izpit]<br /> <br /> XV. Biokemija čutil.<br /> <br /> == Spletna učilnica ==<br /> Nekatere študijske aktivnosti bodo potekale v [http://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/|Spletni učilnici FKKT] z vmesnikom Moodle. Naš predmet ima svojo vstopno stran na naslovu http://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/course/view.php?id=13, za delo v spletni učilnici pa se boste morali najprej registrirati.</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Tehnologija_rekombinantne_DNA&diff=4300 2010-11-08T08:01:52Z

<p>WikiSysop: /* Teme po datumih v štud. letu 2010/11 */</p> <hr /> <div>=TEHNOLOGIJA REKOMBINANTNE DNA=<br /> &lt;br&gt;<br /> <br /> ===NOVO===<br /> [8.11.] Predavanje prof. Katje Drobnič (tema H1: DNA-forenzika) bo 3. decembra.<br /> <br /> [20.10.] Naslednji izpitni rok bo 8. decembra ob 13:15 v predavalnici 223 na Aškerčevi.<br /> <br /> [5.10.] V tem semestru bodo govorilne ure ob četrtkih ob 15. uri, lahko pa se najavite na konzultacije v času, <br /> ko sem prisoten - okvirni razpored zasedenosti je na mojem [http://openwetware.org/wiki/User:Marko_Dolinar koledarju]. <br /> <br /> [8.6.'09] Za vse, ki ne veste, kje so stara izpitna vprašanja - [http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/TrDNA/TrDNA_izpiti06.pdf tule] so.<br /> <br /> ===Odgovori na vprašanja===<br /> (1) Na konzultacijah se je pojavilo vprašanje, zakaj retrovirusi ne morejo okužiti celic, ki se ne delijo (poglavje o genskem zdravljenju).<br /> Problem je v tem, da pri celicah, ki se ne delijo, ne pride do integracije z reverzno transkriptazo prepisanega virusnega genoma v genom okužene celice. Obstajajo tri možne razlage, zakaj to ni možno. Po prvi naj bi bila integracijska mesta v normalnem kromatinu nedostopna, po drugi naj bi v procesu podvojevanja DNA in delitve celice integracijski kompleks lažje dostopal do tarčnih mest, po tretji pa naj bi celični proteini, ki se vežejo na DNA med podvojevanjem, omogočili sestavljenemu integracijskemu kompleksu usmerjen dostop do vključitvenih mest. Proces integracije retrovirusne DNA v genom gostiteljske celice je natančno razložen v [http://www.cell.com/trends/genetics/abstract/S0168-9525(06)00148-X članku] v Trends in Genetics (2006). <br /> <br /> (2) Pri predavanjih nisem dobro razložil postopka onkolize z adenovirusi. Za ilustracijo si oglejte slike v sklopu L2. Ključno za razumevanje je, da veste, da je protein p53 tumorski supresor, ki je v tumorskih celicah najpogosteje nefunkcionalen. Okužba zdravih celic (p53 deluje normalno) z divjim tipom adenovirusa povzroči od p53-odvisno apoptozo, ki pa se izrazi tako počasi, da se medtem virus še lahko namnoži. Za tako zakasnjeno sprožitev apoptoze mora priti do interakcije med virusnim proteinom E1B in celičnim p53. Če pripravimo viruse z delecijo gena E1B, potem zakasnitve apoptoze v zdravih celicah ne bo, kar pomeni, da se v zdravih celicah virus ne bo mogel razmnoževati. V tumorskih celicah pa protein p53 ni funkcionalen, torej do apoptoze ne more priti, zato se adenovirus lahko namnoži, celico uniči, hkrati pa namnoženi virusi lahko okužijo sosednje celice. O izkušnjah z adenovirusnimi in drugimi onkolitičnimi virusnimi preparati si lahko več preberete v kratkem [http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0140673605714070 članku] iz Lanceta, o [http://www.nature.com/onc/journal/v19/n56/pdf/1204094a.pdf mehanizmu delovanja] pa precej natančno v reviji Oncogene. Vedeti je treba, da je adenovirus treba injicirati čimbolj natančno v tumor, tako da je škoda za okoliške zdrave celice, ki do neke mere res odmrejo, kar najmanjša.<br /> <br /> <br /> <br /> ===Podatki o predmetu===<br /> {|border=&quot;1&quot;<br /> |-<br /> |'''Izvedba predmeta'''<br /> |'''Predavanja:''' 60 ur, zimski semester 4. letnika univerzitetnega študija biokemije; skupni predmet (za vse sklope)&lt;br&gt; [[TrDNA-vaje|'''Vaje:''']] 60 ur, druga polovica poletnega semestra 4. letnika univerzitetnega študija biokemije; predmet samo za študente sklopa A.<br /> |-<br /> |'''Predavatelj'''<br /> |doc. dr. [mailto:marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si Marko Dolinar]<br /> |-<br /> |'''Urnik 2010/11'''<br /> |zimski semester: sreda 15:00 do 17:00 in petek 12:30 do 14:30 v predavalnici D30 na dekanatu&lt;br&gt;<br /> Dvourna predavanja imajo ~10 minutni odmor.<br /> |-<br /> |'''Govorilne ure'''<br /> |V času semestra vsak četrtek od 15h do 16h in/ali po predhodnem dogovoru po telefonu (01) 2419-480; oglasite se na Jamovi 39 ( Institut &quot;Jožef Stefan&quot;), stavba B, soba 109. <br /> |-<br /> |'''Izpitni roki 2010/11'''<br /> |<br /> * zimsko izpitno obdobje: okrog 25. januarja 2011&lt;br&gt;<br /> * poletno izpitno obdobje: okrog 10. junija 2011&lt;br&gt;<br /> * jesensko izpitno obdobje: okrog 30. avgusta 2011&lt;br&gt;<br /> <br /> (Vsak absolventski letnik si lahko izbere en rok po lastni izbiri - to velja za vsakokratni tekoči absolventski letnik samo enkrat in pri tem predmetu. V št. letu 2008/9 je bil ta rok 26.7.2010.)&lt;br&gt;<br /> '''Samo absolventom''' bosta namenjena dva roka zunaj izpitnih obdobij:&lt;br&gt;<br /> * 8. decembra 2010&lt;br&gt;<br /> * sredina aprila 2011&lt;br&gt;<br /> <br /> Od 4. opravljanja dalje je treba izpit plačati, zato se na izpitni rok prijavite samo, če ste prepričani, da ste se snov dobro naučili in ste jo sposobni tudi kritično uporabiti na primerih. Prijavnic študentom, ki ne bodo prišli na izpit, ne nameravam vračati, saj za to ne vidim nobenega razloga. Odjave pred izpitom pa upoštevam - ne glede na razlog za odpoved - do trenutka, ko začnem deliti izpitne pole.&lt;br&gt;<br /> V preteklem študijskem letu so bili izpiti: 1.12., 19.2., 20.4., 21.6., 26.7. in 30.8.&lt;br&gt;<br /> |-<br /> |'''Diplomska dela'''<br /> |Teme in pogoji za opravljanje [http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/TrDNA/Teme_DIPL_2009-10.pdf diplomskih nalog] s področja tehnologije rekombinantne DNA na Katedri za biokemijo v študijskem letu 2009/10: priprava evkariontskega ekspresijskega vektorja, izražanje in analiza rekombinantnih fuzijskih proteinov, razvoj sinteznobiološkega sistema za mutagenezo, vpliv N-končnih zaporedij na raven izražanja in topnost rekombinantnih proteinov. &lt;br&gt;<br /> Na Institutu &quot;Jožef Stefan&quot; obstaja možnost priprave več diplomskih nalog na treh odsekih s področja biokemije in molekularne biologije [http://bio.ijs.si/prot/ B1], [http://bio.ijs.si/tox/ B2], [http://bio.ijs.si/biotech/index.html B3].&lt;br&gt;<br /> |-<br /> |'''Študijska literatura'''<br /> |Bernard R. Glick, Jack J. Pasternak: [http://estore.asm.org/viewItemDetails.asp?ItemID=309 Molecular Biotechnology], Principles and applications of recombinant DNA, 3rd edition, ASM Press, Washington, 2003 [ISBN 1-55581-269-4] &lt;br&gt;<br /> &lt;i&gt;Par izvodov 2. izdaje je bilo naročenih za knjižnico (FKKT/CTK). Cena pri založbi je bila 57 USD. V knjigi je biotehnološki del razložen bolj obširno, kot je potrebno za ta predmet. &lt;/i&gt;&lt;i&gt;Študirate še lahko po 2. izdaji; tudi strani zgoraj, v opisu tem, se nanašajo na 2. izdajo, ki&amp;nbsp; je na voljo v CTK (2 izvoda) in na Veterinarski fakulteti (piše v Cobissu). &lt;/i&gt;&lt;br&gt;<br /> Pomožni učbenik: Sandy Primrose, Richard Twyman, Bob Old: [http://www.blackwellpublishing.com/primrose/ Principles of Gene Manipulation], 6th edition, Blackwell Science, Oxford, 2001 (cena pri založbi je 29.50 GBP; moj osebni izvod si lahko sposodite za kakšen dan, če želite). Povezava zgoraj vas pripelje na domačo stran učbenika, kjer je tudi nekaj slikovnega gradiva in vprašanj za ponavljanje snovi (v glavnem so lahka).&lt;br&gt;<br /> Ker idealnega učbenika ni, bo nekaj poglavij povzetih po drugih virih - te bom navedel na predavanjih in po možnosti sproti dopolnjeval na tej<br /> strani.<br /> |-<br /> |'''Cilji'''<br /> |Pričakujem, da boste po opravljenem izpitu znali po stopnjah razložiti, kako ustvarimo rekombinantni organizem, da boste razumeli biokemijsko naravo postopkov in reakcij, ki so za to potrebni, da boste (z nekaj občutka za živi svet) zagovarjali svoje mnenje o etičnih in strokovnih vidikih genske tehnologije. Po opravljenem izpitu bi morali biti sposobni razumeti metodološki del dobro napisanega strokovnega članka s področja molekularne biologije, ki vključuje gensko-tehnološke pristope. Prav tako mislim, da bi študenti morali znati sami sestaviti zaporedje reakcij, ki so potrebne za določen poskus. Za študente, ki bodo opravljali tudi vaje, pa pričakujem, da bi nekatere osnovne tehnike bili sposobni tudi ponoviti po članku/patentu in da bi znali sami načrtati nekaj osnovnih poskusov (vključno z mikrolitri posameznih reagentov v reakciji).<br /> |-<br /> |'''Potek predavanj'''<br /> |Teme po datumih so v spodnji tabeli. Vsebine tematskih sklopov so na dnu strani.&lt;br&gt;<br /> Predavanja bodo po urniku: po 2 uri z vmesnimi ~10 minutami odmora.&lt;br&gt;<br /> Večina predavanj bo v obliki razlag. Zadnji 2 uri pred izpitom sem si predstavljal kot klasični [http://www.perseus.tufts.edu/cgi-bin/ptext?doc=Perseus%3Atext%3A1999.04.0059%3Aentry%3D%239098 ''colloquium''] - pogovor o stvareh, ki se vam ne zdijo dorečene, dobro razložene, ki vas mučijo strokovno, etično, kakorkoli. Ta pogovor se po navadi ne posreči v celoti kot si ga predstavljam, vsekakor pa je to priložnost, da razjasnimo stvari, ki so bile morda nejasne med predavanji. Zadnji dve leti za izvedbo tega razgovora ni bilo časa.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> Če vnaprej veste, da ne boste mogli priti (kot letnik) na kakšno predavanje, mi to prosim sporočite vnaprej. V takem primeru se bomo dogovorili, ali temo predelamo samo shematsko ali jo nadomestimo kasneje oz. v drugem terminu. Predavanj je 60 šolskih ur in toliko jih moram/želim tudi imeti. Izjeme so seveda ure, ki padejo na dneve, ki jih fakultetni koledar vnaprej določi za proste. Če vas bo na predavanja prišlo manj kot 5, teme ne bom podrobno razlagal, pač pa samo orisal glavne značilnosti.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> Na predavanjih želim, da me prekinete, čim vam razlagana snov ni jasna. Teme niso zapletene, računanja pri teoretičnem delu praktično ne bo,<br /> tudi ne kakšnih izpeljav in podobnega. Upam, da boste o temah razmišljali pred in/ali po predavanjih, ne samo na koncu, med izpitom.&lt;br&gt;<br /> Po koncu predavanj bo pisni izpit s kratkim ustnim zagovorom (praviloma ne več kot 1 teden po pisnem izpitu) za vse študente, ki so opravili pisni del. Teoretični sklopi (A-G) so osnova za razumevanje aplikativnih tem (H-M); vprašanja bodo z obeh področij. Teme iz sklopa N ne pridejo v poštev za izpit (kar ne pomeni, da vas ne pričakujem na teh predavanjih), zato se za prvi rok lahko začnete pripravljati že med novoletnimi prazniki. V pomoč pri preverjanju učenja so vam lahko tudi vprašanja s prejšnjih rokov.&lt;br&gt;<br /> |-<br /> |'''Ocenjevanje&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;Statistika&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;Fakultativni seminarji in končna ocena predmeta&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;Popravljanje ocene&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;Absolventi&lt;br&gt;'''<br /> |<br /> Ob vsakem izpitnem vprašanju bo navedeno število točk, ki jih dobite za povsem pravilen odgovor, tako da se lahko bolj posvetite vprašanjem, ki prinašajo več točk. Tudi kriterij za ocenjevanje je znan vnaprej in je povsem aritmetičen in neodvisen od raznih statističnih razrezov. Iz dosedanjih izkušenj lahko rečem, da se študentom pisni izpit zdi težji, kot so pričakovali. Na ustni del izpita lahko pride samo, kdor zbere pri pisnem izpitu vsaj 55 % vseh možnih točk (ocena 6). &lt;br&gt;<br /> <br /> Statistka za leto 2010 kaže, da je pozitivno oceno dobilo (na posameznih rokih) med 54 % in 75 % prijavljenih študentov. Povprečje doseženih točk na posameznih rokih je bilo med 49 % in 63 %, povprečje končnih ocen na vseh 5 rokih v tem letu pa je bilo 7,37 (to je nekoliko bolje kot leta 2006 in zelo podobno kot leta 2008, a precej slabše kot npr. leta 2007, ko je bila povprečna ocena 8,04). Ocene so bile 1-krat 10, 2-krat 9, 7-krat 8, 7-krat 7 in 11-krat 6.&lt;br&gt;<br /> <br /> Kdor bi želel predstaviti kakšen seminar (15-20 minut), naj se javi pri meni, da se dogovoriva za temo in termin. Uspešna predstavitev prinese do 5 % točk, ki se dodajo točkam pisnega izpita (teoretično lahko torej s tem zberete 105 %). Pri ustnem delu izpita (ki naj ne bi bil daljši kot 20 minut) lahko oceno s pisnega dela popravite ali poslabšate za do 2 oceni (primer 1: pisali ste 61 %, to bi bilo 6, odgovarjate izjemno dobro, popravite na največ 8; primer 2: pišete 81 %, kar je 8, pripravili ste še kar dober seminar, zato dobite še 4 %, skupaj 85 % (to bo že 9), nato pa izrečete veliko neumnost na zagovoru in končna ocena bo 7).&lt;br&gt;<br /> <br /> V preteklosti je bilo nekaj nejasnosti glede ocenjevanja, zato poudarjam, da je uspeh pri pisnem delu osnova za končno oceno; na zagovoru lahko preverim manj tem, zato ta del šteje manj. Pričakujem pa, da bo zagovor v okviru znanja na pisnem delu - v tem primeru se ocena ne spremeni, če pa pri zagovoru pokažete boljše ali slabše znanje, kot je kazalo pri pisnem delu, lahko to oceno spremeni za eno, pri ZELO slabem ali ZELO dobrem znanju pa za dve oceni.&lt;br&gt;<br /> <br /> Oceno z izpita je mogoče popraviti. Popravljanje je mogoče samo enkrat in samo na enem od razpisanih izpitnih rokov. V skladu s priporočilom<br /> Rektorata UL (spomladi 2002) velja ocena, ki je višja. Ocene s komisijskega roka ni mogoče popravljati (sklep Študijske komisije FKKT iz leta 2007).&lt;br&gt;<br /> <br /> Absolventi opravljajo izpit na rednih rokih za študente 4. letnika in po programu tekočega letnika. Razen tega sem letos za absolvente razpisal še dva izredna, t.im. absolventska roka. Ker morate absolventi znati tekočo snov, bom občasno objavljal, katere teme so spremenjene/dodane. &lt;br&gt;<br /> |-<br /> |'''Ostalo'''<br /> |Koristne povezave&lt;br&gt; Komentarji, vprašanja in odgovori&lt;br&gt;<br /> ''glej spodaj na tej strani''<br /> |}<br /> &lt;br&gt;<br /> <br /> ===Teme po datumih v štud. letu 2010/11===<br /> &lt;i&gt;(teme so opisane pod tabelo v predmetniku)&lt;/i&gt;<br /> &lt;table border=&quot;1&quot; cellpadding=&quot;2&quot; width=&quot;60%&quot;&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;datum&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;tema&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;datum&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;tema&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;6. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;A1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;8. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;A2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;13. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;A2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;15. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;B1&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;20. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;B2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;22. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;B2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;27. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;C1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;29. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;C2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;3. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;C2,D1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;5. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;D1&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;10. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;D2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;12. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;D2,E1&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;17. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;E1,E2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;19. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;E2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;24. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;F1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;26. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;F2&lt;br&gt;<br /> &lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;1. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;H1-2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;3. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;predvidoma '''H1''' - predava K. Drobnič&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;8. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;G1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;10. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;G2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;15. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;I1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;17. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;I2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;22. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;J1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;24. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;J2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;29. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;ni predavanj&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;31. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;ni predavanj&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;5. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;K1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;7. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;K1,K2&lt;br&gt;<br /> &lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;12. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;K2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;14. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;L1&lt;br&gt;<br /> &lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;17. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;L2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;19. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;M1&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;24. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;M2&lt;br&gt;<br /> &lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;25. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;N1-2&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;/table&gt;<br /> <br /> ===Predmetnik===<br /> oznake: MB...Glick &amp; Pasternak: [http://www.amazon.com/Molecular-Biotechnology-Principles-Applications-Recombinant/dp/1555812694/ref=ed_oe_p/104-6946145-5875937?ie=UTF8 Molecular Biotechnology] (strani se nanašajo na starejšo 2. izdajo, ki je tudi v CTK), PGM...Primrose, Twyman &amp; Old (pomožni učbenik; številke so strani, ki obsegajo določeno temo): [http://www.amazon.com/gp/product/0632059540/sr=1-4/qid=1154531443/ref=sr_1_4/104-1519085-8307111?ie=UTF8&amp;s=books Principles of gene manipulation], 'Maniatis'...Sambrook&amp;Russel: Molecular cloning. A laboratory manual.<br /> &lt;br&gt;<br /> Razdelitev po 2-urnih sklopih in osnovna literatura:&lt;br&gt;<br /> &lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;[http://openwetware.org/wiki/FCCT_Biochemistry_Lab:Courses:TrDNA:A1 A1]&lt;/b&gt; Namen predmeta, potek predavanj; osnove tehnologije rekombinantne DNA, zgodovina [MB 3-12] (več kot malo tudi na [http://www.accessexcellence.org/AB/BC/ WWW]), zakonodaja (SI: [http://www2.gov.si/zak/Zak_vel.nsf/067cd1764ec38042c12565da002f2781/c12563a400338836c1256bf4002324e9?OpenDocument Zakon o ravnanju z GSO]; [http://www.biosafety.be/Menu/BiosEur.html predpisi EU]; [http://www2.gov.si/zak/Zak_vel.nsf/067cd1764ec38042c12565da002f2781/c12563a400338836c125668d0026ce05?OpenDocument konvencija] o člov. pravicah v zvezi z biomedicino in protokol o prepovedi kloniranja človeških bitij); &lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;A2&lt;/b&gt; Laboratorijski organizmi [MB 13-18]; varnost [http://www.biotechnology-gmo.gov.si/ Slovenski portal biološke varnosti]; ameriški standardi: [http://www4.od.nih.gov/oba/rac/guidelines/guidelines.html navodila NIH]&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;B1 &lt;/b&gt;Elektroforezne metode (nekatere [http://arbl.cvmbs.colostate.edu/hbooks/genetics/biotech/gels/principles.html osnove]<br /> na straneh Colorado State University). Encimi v tehnologiji rekombinantne DNA [MB 45-51 + 'Maniatis', PGM 26-42]&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;B2 &lt;/b&gt;Vektorji [MB 51-59; 68-74; PGM 43-84]. Reporterski geni [http://www.the-scientist.com/article/display/12529/ pregled] reporterskih sistemov v reviji The Scientist 7/2001).&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;C1 &lt;/b&gt;Sinteza cDNA, priprava knjižnic [MB 59-68; PGM 83-119]. Transformiranje celic [MB 74-75]. &lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;C2 &lt;/b&gt;Sinteza DNA &lt;i&gt;in vitro&lt;/i&gt;. Različne izvedbe PCR. [MB 79-108; PGM 19-25] &lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;D1 &lt;/b&gt;Hibridizacija, sonde – načini označevanja [MB 59-66 + označevanje sond]. Določanje nukleotidnega zaporedja [MB120-132].&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;D2 &lt;/b&gt; DNA-mikromreže [http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_microarray sestavek] v Wikipediji, na [http://www.gene-chips.com/ gene-chips.com] in [http://www.the-scientist.com/article/display/15684/ pregled] (2005) v reviji The Scientist; [http://science-education.nih.gov/newsnapshots/TOC_Chips/toc_chips.html gradivo] za ameriške srednje šole.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;E1 &lt;/b&gt; Ekspresijski sistemi - splošno ([http://www.embl-heidelberg.de/ExternalInfo/geerlof/draft_frames/frame_flowchart_ext.htm opisi nekaterih metod] na straneh EMBL - &lt;i&gt;deluje v programu Internet Explorer&lt;/i&gt;).&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;E2 &lt;/b&gt; Izražanje v prokariontih: vektorji, fuzije, optimizacija proizvodnje; usmerjena lokalizacija, topnost, stabilnost in renaturacija ([MB 109-143 + renaturacije: [http://www.embl-heidelberg.de/ExternalInfo/geerlof/draft_frames/flowchart/extraction_clarification/denaturation_refolding.html kratek pregled]; PGM 139-155).&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;F1 &lt;/b&gt; Izražanje v kvasovkah in nitastih glivah [MB 145-154; PGM 156-173].&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;F2 &lt;/b&gt; Izražanje v gojenih živalskih in človeških celicah [MB 154-169; PGM 174-220].&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;G1 &lt;/b&gt; Mutageneza – pristopi; proteinsko inženirstvo. [MB171-195; PGM 132-138] &lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;G2 &lt;/b&gt; Predstavitev na fagih ([MB122-124 + [http://www.imbf.ku.dk/Bill_Willats/PMB%20phage%20display1%20nw.pdf pregledni članek] W.G.T. Willats, Plant Mol. Biol., 2002). Dvohibridni sistem kvasovk - nekaj [http://proteome.wayne.edu/YTHnetworks.html podrobnosti]; princip dvohibridnega sistema [http://bio.ijs.si/TrDNA/Y2H_Jenks.ppt PPT] in uporaba pri iskanju proteinov, ki interagirajo [http://bio.ijs.si/TrDNA/Y2H_fishing_Jenks.ppt PPT] - avtor [http://www.celanphy.sci.kun.nl/jenks.htm Bruce Jenks], Univ. Nijmegen, Nizozemska.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;H1 &lt;/b&gt; Forenzična genetika / prstni odtis DNA (glej tudi [http://en.wikipedia.org/wiki/Genetic_fingerprinting poglavje] v Wikipediji, za začetek morda tudi [http://www.kemija.org/index.php?option=com_content&amp;amp;task=view&amp;amp;id=71&amp;amp;Itemid=1 sestavek] na kemija.org). Predavala bo predvidoma [http://www.mladina.si/tednik/200030/clanek/i-drobnic/ prof. dr. Katja Drobnič] s Centra za kriminalistično-tehnične preiskave MNZ.&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;H2 &lt;/b&gt; DNA-diagnostika [MB206-224]. Uporaba TrDNA v sistematiki in ekologiji (teorija in preprost [http://www.cdc.gov/ncidod/eid/vol3no3/pienz.htm primer]). Proizvodnja rekombinantnih reagentov [MB227-276].&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;I1 &lt;/b&gt; Molekularna biotehnologija: uporaba rekombinantnih organizmov [MB 277-309], uporaba biomase [MB 311-345]. &lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;I2 &lt;/b&gt; Rekomb. bakterije v agronomiji [MB 347-397]. Rekombinantna DNA v rastlinskih sistemih [MB227-276, PGM 221-246]. &lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;J1 &lt;/b&gt; Uporaba rastlin v molekularni biotehnologiji (MB 445-477; kratek poljudni uvod tudi na [http://www.colostate.edu/programs/lifesciences/TransgenicCrops/how.html WWW]). Gensko spremenjena hrana (dileme: glej [http://www.connectotel.com/gmfood/ novice] nasprotnikov GSH na WWW).&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;J2 &lt;/b&gt; Izvorne celice ([http://stemcells.nih.gov/info/scireport/2006report.htm uvod] in osnovni pojmi na strani NIH; [http://www.newscientist.com/hottopics/cloning/ izvorne celice] na Kimball's Biology Pages; poljudni članek Nejca Jelena o izvornih celicah in njihovi uporabi - na kemija.org: [http://www.kemija.org/index.php?option=com_content&amp;amp;task=view&amp;amp;id=90&amp;amp;Itemid=37&quot; 1. del], [http://www.kemija.org/index.php?option=com_content&amp;amp;task=view&amp;amp;id=89&amp;amp;Itemid=37&quot; 2. del]). Transgenske živali [MB 479-505, PGM 247-273].&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;K1 &lt;/b&gt; Tehnologija izbijanja genov ([http://www.the-scientist.com/article/display/11976/ splošen uvod] na straneh revije The Scientist). Utišanje genov z RNAi (osnove v [http://www.nature.com/nrg/journal/v2/n2/animation/nrg0201_110a_swf_MEDIA1.html animaciji] revije Nature Reviews Genetics - &lt;i&gt;zahteva pripomoček FlashPlayer&lt;/i&gt;; Nobelova nagrada za fiziologijo 2006 - [http://nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/2006/adv.html razlaga]. Kloniranje sesalcev [http://news.bmn.com/hmsbeagle/103/notes/feature3 splošno], [http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_animals_that_have_been_cloned seznam] doslej kloniranih sesalcev in [http://en.wikipedia.org/wiki/Cloning#Animals poglavje] o kloniranju živali na Wikipediji; [http://www.nature.com/news/2007/070219/full/445800a.html povzetek] v reviji Nature: 10 let po objavi članka o ovci Dolly). &lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;K2 &lt;/b&gt;Projekt Človekov genom [http://www.sciencemag.org/content/vol291/issue5507 posebna ševilka revije Science] ob objavi zaporedja človekovega genoma, [http://www.nature.com/nature/journal/v409/n6822/full/409814a0.html novica] v reviji Nature in povezave). Določanje zaporedij drugih genomov [http://en.wikipedia.org/wiki/Genome_project genomski projekti] na Wikipediji).&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;L1 &lt;/b&gt; Genomika – proteomika ([http://www.nature.com/genomics/post-genomics/action.html o ~ómikah] v reviji Nature; [http://en.wikipedia.org/wiki/Proteomics proteomika] na Wikipediji). Farmakogenomika [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/primer/pharm.html sestavek]<br /> na NCBI).&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;L2 &lt;/b&gt; Tehnologija rekombinante DNA v medicini. Gensko zdravljenje [MB555-590]. Aptameri [http://en.wikipedia.org/wiki/Aptamer na Wikipediji]&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;M1 &lt;/b&gt; Patentiranje, dileme, možnosti. (MB 591-620; [http://www.uil-sipo.si/uploads/media/uil_seznam-predpisov_03-2007.pdf slovenska] zakonodaja (v formatu PDF), [http://www.european-patent-office.org/legal/epc/index.html evropska] patentna konvencija).&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;M2 &lt;/b&gt; Etika ter družbena sprejemljivost. [http://www.ornl.gov/hgmis/elsi/patents.html Patentiranje v genetiki] in [http://www.ornl.gov/hgmis/elsi/elsi.html Etični, sociološki in zakonodajni] vidiki na straneh programa Človekov genom; [http://www.accessexcellence.org/AB/IE/ Etična vprašanja] v biotehnologiji; UNESCO: [http://portal.unesco.org/en/ev.php-URL_ID=13177&amp;amp;URL_DO=DO_TOPIC&amp;amp;URL_SECTION=201.html Svetovna deklaracija] o človekovem genomu in človekovih pravicah).&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;N1-2 &lt;/b&gt; Novi pristopi v tehnologiji rekombinantne DNA (nove tehnike, reagenti in pristopi pri kloniranju in čiščenju rekomb. proteinov; pregled novih sistemov na trgu)&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;O1 &lt;/b&gt; ponovitve, poglabljanje, odprta vprašanja&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;O2 &lt;/b&gt; zaključni pisni izpit in zagovor&lt;br&gt;<br /> __<br /> &lt;p&gt;*(&lt;i&gt;za prebiranje WWW strani se morate prijaviti v BioMedNet, je pa zastonj in vam omogoča dostop do še več drugih virov in informacij s področja molekularne biologije in biomedicine&lt;/i&gt;).&lt;/p&gt;<br /> <br /> &lt;p&gt;&lt;u&gt;'Maniatis':&lt;/u&gt; &lt;i&gt;tako na kratko imenujemo laboratorijski priročnik, ki je bil pred leti številka 1 v laboratorijih, saj vsebuje osnovne razlage in veliko postopkov za delo. Pravi vir je: Sambrook, J., Fritsch, E.F., Maniatis, T., Molecular Cloning. A laboratory manual. 2nd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press 1989. Obstaja tudi 3. izdaja. Ne poskušajte si te knjige izposoditi v knjižnicah, ker jo povsod rabijo v laboratorijih. Tudi kupovati je nima smisla, razen če nameravate odpreti lasten laboratorij. Enako uporabna in (ne)dostopna je '&lt;/i&gt;&lt;i&gt;&lt;u&gt;rdeča knjiga&lt;/u&gt;&lt;/i&gt;&lt;i&gt; ', uradno F.M. Ausubel et al.: Current Protocols in Molecular Biology, J. Wiley &amp;amp; Sons - trenutno 5 debelih map protokolov in razlag. &lt;/i&gt;&lt;font size=&quot;2&quot;&gt;&lt;b&gt;&lt;i&gt;Ker<br /> boste res rabili samo nekaj strani, se pri študiju tehničnih postopkov lahko oprete na kopije slik s predavanj, ki vam jih bom dal.&lt;/i&gt;&lt;/b&gt;&lt;/font&gt;&lt;br&gt;<br /> &lt;br&gt;<br /> &lt;/p&gt;<br /> <br /> ===Stara izpitna vprašanja===<br /> (2002/03, 2. rok)&lt;br&gt;<br /> &lt;i&gt;1. (3) Kaj pomenita pojma homologen in heterologen ekspresijski sistem?&lt;br&gt;<br /> 2. (3) Katere so prednosti in slabosti izražanja genov v insektnih celicah v primerjavi z drugimi gostiteljskimi organizmi?&lt;br&gt;<br /> 3. (2) Kakšno je skupno število baznih parov v genomu riža?&lt;br&gt;<br /> 4. (9) Opiši vektor (čemu služijo posamezni zapisi in regije na vektorju)! Za katere gostiteljske organizme ga lahko uporabimo? Kako lahko induciramo izražanje rekombinantne sintetaze? (slike ni on-line, ker je iz nekega članka – šlo je za ekspresijski vektor za E. coli)&lt;br&gt;<br /> 5. (4) Naštej 4 primere uporabe mestno-specifične mutageneze?&lt;br&gt;<br /> 6. (3) Zakaj pride do zaustavitve podaljševanja verige pri dodatku terminatorjev v sekvenčni reakciji?&lt;br&gt;<br /> 7. (6) V blatu ob jezeru Turkana so našli mumificirani trupli dveh osebkov, enega odraslega in enega otroka. Kako bi na osnovi njune DNA ugotovili, ali gre za starša z otrokom ali ne?&lt;br&gt;<br /> 8. (4) Opiši postopek hibridizacije fragmentov genomske DNA E. coli! Sonda je že pripravljena in detekcija bo potekla po navodilih proizvajalca – pripraviti je treba samo genomsko DNA za analizo.&lt;br&gt;<br /> 9. (6) Opiši princip delovanja dvohibridnega sistema na osnovi proteina Gal4!&lt;br&gt;<br /> 10. (5) Kaj vse lahko usmerjeno spreminjamo pri sončnicah za večji hektarski donos in kvaliteto semen?&lt;br&gt;<br /> 11. (4) Kaj pomeni oznaka His-tag, kje se pojavlja in katere so lastnosti rekombinantnih proteinov, ki vključujejo to oznako?&lt;br&gt;<br /> 12. (5) Kako bi lahko detektirali točkovno mutacijo v genu za laktalbumin s pomočjo 3 začetnih oligonukleotidov in fluorescenčnim označevanjem produktov?&lt;br&gt;<br /> 13. (3) Naštej 3 lastnosti episomskih vektorjev za kvasovke!&lt;br&gt;<br /> 14. (3) Po katerem principu poteka ločevanje nastalih produktov pri avtomatskih sekvenatorjih DNA?&lt;br&gt;<br /> &lt;br&gt;<br /> &lt;/i&gt;<br /> ===Rezultati pisnega dela izpita ===<br /> (tabela pripravljena za vnos podatkov)&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;table style=&quot;text-align: left; width: 677px; height: 302px;&quot;<br /> border=&quot;1&quot; cellpadding=&quot;2&quot;&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;'''vpisna številka (3001xxxx)'''&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;'''doseženih % (ocena)'''&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;'''ustni del izpita'''&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> <br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;/table&gt;<br /> <br /> &lt;em&gt;Kriterij za ocene iz pisnega dela je: 56%-65% za 6, 66%-74% za 7, 75%-82% za 8, 83%-90% za 9, &amp;gt;90% za 10. &lt;br&gt;<br /> V sistem e-študent vpisujem tudi negativne ocene po kriteriju: 0%-11% za 1, 12%-23% za 2, 24%-34% za 3, 35%-45% za 4, 46%-55% za 5.&lt;/em&gt;&lt;br&gt;<br /> ==================&lt;br&gt;<br /> <br /> ===Koristne povezave===<br /> &lt;ul&gt;<br /> &lt;li&gt;Kako čemu rečemo po slovensko? [http://bio.ijs.si/SBD/terminologija.html Terminološka komisija] pri [http://web.bf.uni-lj.si/bi/biokemija/SBD/sbd.htm Slovenskem biokemijskem društvu]&lt;/li&gt;<br /> &lt;li&gt;[http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/ Katedra za biokemijo] Fakultete za kemijo in kem. tehnologijo Univerze v Ljubljani&lt;/li&gt;<br /> &lt;li&gt;Razlage nekaterih osnovnih pojmov, novice, strani za študente in predavatelje s področja molekularne biologije, biotehnologije,<br /> tehnologije rekombinantne DNA: [http://www.accessexcellence.org/ Access Excellence] - tudi [http://www.accessexcellence.org/AB/GG/ slikovno gradivo].&lt;/li&gt;<br /> &lt;li&gt;Slovar [http://biotechterms.org/sourcebook/index.phtml biotehnoloških] izrazov (vsi slovarji so v angleščini).&lt;/li&gt;<br /> &lt;li&gt;Slovar [http://www.weihenstephan.de/%7Eschlind/genglos.html?list=1 genetskih izrazov]&lt;/li&gt;<br /> &lt;li&gt;Slovar [http://www.mblab.gla.ac.uk/dictionary/graphic.html celične biologije];&lt;/li&gt;<br /> &lt;li&gt;Slovar [http://www.fao.org/biotech/index_glossary.asp biotehnologije in genetskega inženirstva] (FAO)&lt;/li&gt;<br /> &lt;/ul&gt;<br /> &lt;p&gt;&lt;b&gt;Komentarji, vprašanja in odgovori:&lt;/b&gt;&lt;br&gt;<br /> &lt;br&gt;<br /> Na &lt;u&gt;strokovna vprašanja&lt;/u&gt; bom poskušal odgovoriti na predavanjih, če pa niste moji študenti, pa na kratko tudi po e-pošti.&lt;br&gt;<br /> Pišite mi tudi, če katera od povezav na tej strani ne deluje več ali če veste za kakšno drugo dobro povezavo, ki bi jo veljalo vključiti.&lt;/p&gt;</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Tehnologija_rekombinantne_DNA&diff=4299 2010-11-08T07:57:37Z

<p>WikiSysop: /* NOVO */</p> <hr /> <div>=TEHNOLOGIJA REKOMBINANTNE DNA=<br /> &lt;br&gt;<br /> <br /> ===NOVO===<br /> [8.11.] Predavanje prof. Katje Drobnič (tema H1: DNA-forenzika) bo 3. decembra.<br /> <br /> [20.10.] Naslednji izpitni rok bo 8. decembra ob 13:15 v predavalnici 223 na Aškerčevi.<br /> <br /> [5.10.] V tem semestru bodo govorilne ure ob četrtkih ob 15. uri, lahko pa se najavite na konzultacije v času, <br /> ko sem prisoten - okvirni razpored zasedenosti je na mojem [http://openwetware.org/wiki/User:Marko_Dolinar koledarju]. <br /> <br /> [8.6.'09] Za vse, ki ne veste, kje so stara izpitna vprašanja - [http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/TrDNA/TrDNA_izpiti06.pdf tule] so.<br /> <br /> ===Odgovori na vprašanja===<br /> (1) Na konzultacijah se je pojavilo vprašanje, zakaj retrovirusi ne morejo okužiti celic, ki se ne delijo (poglavje o genskem zdravljenju).<br /> Problem je v tem, da pri celicah, ki se ne delijo, ne pride do integracije z reverzno transkriptazo prepisanega virusnega genoma v genom okužene celice. Obstajajo tri možne razlage, zakaj to ni možno. Po prvi naj bi bila integracijska mesta v normalnem kromatinu nedostopna, po drugi naj bi v procesu podvojevanja DNA in delitve celice integracijski kompleks lažje dostopal do tarčnih mest, po tretji pa naj bi celični proteini, ki se vežejo na DNA med podvojevanjem, omogočili sestavljenemu integracijskemu kompleksu usmerjen dostop do vključitvenih mest. Proces integracije retrovirusne DNA v genom gostiteljske celice je natančno razložen v [http://www.cell.com/trends/genetics/abstract/S0168-9525(06)00148-X članku] v Trends in Genetics (2006). <br /> <br /> (2) Pri predavanjih nisem dobro razložil postopka onkolize z adenovirusi. Za ilustracijo si oglejte slike v sklopu L2. Ključno za razumevanje je, da veste, da je protein p53 tumorski supresor, ki je v tumorskih celicah najpogosteje nefunkcionalen. Okužba zdravih celic (p53 deluje normalno) z divjim tipom adenovirusa povzroči od p53-odvisno apoptozo, ki pa se izrazi tako počasi, da se medtem virus še lahko namnoži. Za tako zakasnjeno sprožitev apoptoze mora priti do interakcije med virusnim proteinom E1B in celičnim p53. Če pripravimo viruse z delecijo gena E1B, potem zakasnitve apoptoze v zdravih celicah ne bo, kar pomeni, da se v zdravih celicah virus ne bo mogel razmnoževati. V tumorskih celicah pa protein p53 ni funkcionalen, torej do apoptoze ne more priti, zato se adenovirus lahko namnoži, celico uniči, hkrati pa namnoženi virusi lahko okužijo sosednje celice. O izkušnjah z adenovirusnimi in drugimi onkolitičnimi virusnimi preparati si lahko več preberete v kratkem [http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0140673605714070 članku] iz Lanceta, o [http://www.nature.com/onc/journal/v19/n56/pdf/1204094a.pdf mehanizmu delovanja] pa precej natančno v reviji Oncogene. Vedeti je treba, da je adenovirus treba injicirati čimbolj natančno v tumor, tako da je škoda za okoliške zdrave celice, ki do neke mere res odmrejo, kar najmanjša.<br /> <br /> <br /> <br /> ===Podatki o predmetu===<br /> {|border=&quot;1&quot;<br /> |-<br /> |'''Izvedba predmeta'''<br /> |'''Predavanja:''' 60 ur, zimski semester 4. letnika univerzitetnega študija biokemije; skupni predmet (za vse sklope)&lt;br&gt; [[TrDNA-vaje|'''Vaje:''']] 60 ur, druga polovica poletnega semestra 4. letnika univerzitetnega študija biokemije; predmet samo za študente sklopa A.<br /> |-<br /> |'''Predavatelj'''<br /> |doc. dr. [mailto:marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si Marko Dolinar]<br /> |-<br /> |'''Urnik 2010/11'''<br /> |zimski semester: sreda 15:00 do 17:00 in petek 12:30 do 14:30 v predavalnici D30 na dekanatu&lt;br&gt;<br /> Dvourna predavanja imajo ~10 minutni odmor.<br /> |-<br /> |'''Govorilne ure'''<br /> |V času semestra vsak četrtek od 15h do 16h in/ali po predhodnem dogovoru po telefonu (01) 2419-480; oglasite se na Jamovi 39 ( Institut &quot;Jožef Stefan&quot;), stavba B, soba 109. <br /> |-<br /> |'''Izpitni roki 2010/11'''<br /> |<br /> * zimsko izpitno obdobje: okrog 25. januarja 2011&lt;br&gt;<br /> * poletno izpitno obdobje: okrog 10. junija 2011&lt;br&gt;<br /> * jesensko izpitno obdobje: okrog 30. avgusta 2011&lt;br&gt;<br /> <br /> (Vsak absolventski letnik si lahko izbere en rok po lastni izbiri - to velja za vsakokratni tekoči absolventski letnik samo enkrat in pri tem predmetu. V št. letu 2008/9 je bil ta rok 26.7.2010.)&lt;br&gt;<br /> '''Samo absolventom''' bosta namenjena dva roka zunaj izpitnih obdobij:&lt;br&gt;<br /> * 8. decembra 2010&lt;br&gt;<br /> * sredina aprila 2011&lt;br&gt;<br /> <br /> Od 4. opravljanja dalje je treba izpit plačati, zato se na izpitni rok prijavite samo, če ste prepričani, da ste se snov dobro naučili in ste jo sposobni tudi kritično uporabiti na primerih. Prijavnic študentom, ki ne bodo prišli na izpit, ne nameravam vračati, saj za to ne vidim nobenega razloga. Odjave pred izpitom pa upoštevam - ne glede na razlog za odpoved - do trenutka, ko začnem deliti izpitne pole.&lt;br&gt;<br /> V preteklem študijskem letu so bili izpiti: 1.12., 19.2., 20.4., 21.6., 26.7. in 30.8.&lt;br&gt;<br /> |-<br /> |'''Diplomska dela'''<br /> |Teme in pogoji za opravljanje [http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/TrDNA/Teme_DIPL_2009-10.pdf diplomskih nalog] s področja tehnologije rekombinantne DNA na Katedri za biokemijo v študijskem letu 2009/10: priprava evkariontskega ekspresijskega vektorja, izražanje in analiza rekombinantnih fuzijskih proteinov, razvoj sinteznobiološkega sistema za mutagenezo, vpliv N-končnih zaporedij na raven izražanja in topnost rekombinantnih proteinov. &lt;br&gt;<br /> Na Institutu &quot;Jožef Stefan&quot; obstaja možnost priprave več diplomskih nalog na treh odsekih s področja biokemije in molekularne biologije [http://bio.ijs.si/prot/ B1], [http://bio.ijs.si/tox/ B2], [http://bio.ijs.si/biotech/index.html B3].&lt;br&gt;<br /> |-<br /> |'''Študijska literatura'''<br /> |Bernard R. Glick, Jack J. Pasternak: [http://estore.asm.org/viewItemDetails.asp?ItemID=309 Molecular Biotechnology], Principles and applications of recombinant DNA, 3rd edition, ASM Press, Washington, 2003 [ISBN 1-55581-269-4] &lt;br&gt;<br /> &lt;i&gt;Par izvodov 2. izdaje je bilo naročenih za knjižnico (FKKT/CTK). Cena pri založbi je bila 57 USD. V knjigi je biotehnološki del razložen bolj obširno, kot je potrebno za ta predmet. &lt;/i&gt;&lt;i&gt;Študirate še lahko po 2. izdaji; tudi strani zgoraj, v opisu tem, se nanašajo na 2. izdajo, ki&amp;nbsp; je na voljo v CTK (2 izvoda) in na Veterinarski fakulteti (piše v Cobissu). &lt;/i&gt;&lt;br&gt;<br /> Pomožni učbenik: Sandy Primrose, Richard Twyman, Bob Old: [http://www.blackwellpublishing.com/primrose/ Principles of Gene Manipulation], 6th edition, Blackwell Science, Oxford, 2001 (cena pri založbi je 29.50 GBP; moj osebni izvod si lahko sposodite za kakšen dan, če želite). Povezava zgoraj vas pripelje na domačo stran učbenika, kjer je tudi nekaj slikovnega gradiva in vprašanj za ponavljanje snovi (v glavnem so lahka).&lt;br&gt;<br /> Ker idealnega učbenika ni, bo nekaj poglavij povzetih po drugih virih - te bom navedel na predavanjih in po možnosti sproti dopolnjeval na tej<br /> strani.<br /> |-<br /> |'''Cilji'''<br /> |Pričakujem, da boste po opravljenem izpitu znali po stopnjah razložiti, kako ustvarimo rekombinantni organizem, da boste razumeli biokemijsko naravo postopkov in reakcij, ki so za to potrebni, da boste (z nekaj občutka za živi svet) zagovarjali svoje mnenje o etičnih in strokovnih vidikih genske tehnologije. Po opravljenem izpitu bi morali biti sposobni razumeti metodološki del dobro napisanega strokovnega članka s področja molekularne biologije, ki vključuje gensko-tehnološke pristope. Prav tako mislim, da bi študenti morali znati sami sestaviti zaporedje reakcij, ki so potrebne za določen poskus. Za študente, ki bodo opravljali tudi vaje, pa pričakujem, da bi nekatere osnovne tehnike bili sposobni tudi ponoviti po članku/patentu in da bi znali sami načrtati nekaj osnovnih poskusov (vključno z mikrolitri posameznih reagentov v reakciji).<br /> |-<br /> |'''Potek predavanj'''<br /> |Teme po datumih so v spodnji tabeli. Vsebine tematskih sklopov so na dnu strani.&lt;br&gt;<br /> Predavanja bodo po urniku: po 2 uri z vmesnimi ~10 minutami odmora.&lt;br&gt;<br /> Večina predavanj bo v obliki razlag. Zadnji 2 uri pred izpitom sem si predstavljal kot klasični [http://www.perseus.tufts.edu/cgi-bin/ptext?doc=Perseus%3Atext%3A1999.04.0059%3Aentry%3D%239098 ''colloquium''] - pogovor o stvareh, ki se vam ne zdijo dorečene, dobro razložene, ki vas mučijo strokovno, etično, kakorkoli. Ta pogovor se po navadi ne posreči v celoti kot si ga predstavljam, vsekakor pa je to priložnost, da razjasnimo stvari, ki so bile morda nejasne med predavanji. Zadnji dve leti za izvedbo tega razgovora ni bilo časa.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> Če vnaprej veste, da ne boste mogli priti (kot letnik) na kakšno predavanje, mi to prosim sporočite vnaprej. V takem primeru se bomo dogovorili, ali temo predelamo samo shematsko ali jo nadomestimo kasneje oz. v drugem terminu. Predavanj je 60 šolskih ur in toliko jih moram/želim tudi imeti. Izjeme so seveda ure, ki padejo na dneve, ki jih fakultetni koledar vnaprej določi za proste. Če vas bo na predavanja prišlo manj kot 5, teme ne bom podrobno razlagal, pač pa samo orisal glavne značilnosti.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> Na predavanjih želim, da me prekinete, čim vam razlagana snov ni jasna. Teme niso zapletene, računanja pri teoretičnem delu praktično ne bo,<br /> tudi ne kakšnih izpeljav in podobnega. Upam, da boste o temah razmišljali pred in/ali po predavanjih, ne samo na koncu, med izpitom.&lt;br&gt;<br /> Po koncu predavanj bo pisni izpit s kratkim ustnim zagovorom (praviloma ne več kot 1 teden po pisnem izpitu) za vse študente, ki so opravili pisni del. Teoretični sklopi (A-G) so osnova za razumevanje aplikativnih tem (H-M); vprašanja bodo z obeh področij. Teme iz sklopa N ne pridejo v poštev za izpit (kar ne pomeni, da vas ne pričakujem na teh predavanjih), zato se za prvi rok lahko začnete pripravljati že med novoletnimi prazniki. V pomoč pri preverjanju učenja so vam lahko tudi vprašanja s prejšnjih rokov.&lt;br&gt;<br /> |-<br /> |'''Ocenjevanje&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;Statistika&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;Fakultativni seminarji in končna ocena predmeta&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;Popravljanje ocene&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;Absolventi&lt;br&gt;'''<br /> |<br /> Ob vsakem izpitnem vprašanju bo navedeno število točk, ki jih dobite za povsem pravilen odgovor, tako da se lahko bolj posvetite vprašanjem, ki prinašajo več točk. Tudi kriterij za ocenjevanje je znan vnaprej in je povsem aritmetičen in neodvisen od raznih statističnih razrezov. Iz dosedanjih izkušenj lahko rečem, da se študentom pisni izpit zdi težji, kot so pričakovali. Na ustni del izpita lahko pride samo, kdor zbere pri pisnem izpitu vsaj 55 % vseh možnih točk (ocena 6). &lt;br&gt;<br /> <br /> Statistka za leto 2010 kaže, da je pozitivno oceno dobilo (na posameznih rokih) med 54 % in 75 % prijavljenih študentov. Povprečje doseženih točk na posameznih rokih je bilo med 49 % in 63 %, povprečje končnih ocen na vseh 5 rokih v tem letu pa je bilo 7,37 (to je nekoliko bolje kot leta 2006 in zelo podobno kot leta 2008, a precej slabše kot npr. leta 2007, ko je bila povprečna ocena 8,04). Ocene so bile 1-krat 10, 2-krat 9, 7-krat 8, 7-krat 7 in 11-krat 6.&lt;br&gt;<br /> <br /> Kdor bi želel predstaviti kakšen seminar (15-20 minut), naj se javi pri meni, da se dogovoriva za temo in termin. Uspešna predstavitev prinese do 5 % točk, ki se dodajo točkam pisnega izpita (teoretično lahko torej s tem zberete 105 %). Pri ustnem delu izpita (ki naj ne bi bil daljši kot 20 minut) lahko oceno s pisnega dela popravite ali poslabšate za do 2 oceni (primer 1: pisali ste 61 %, to bi bilo 6, odgovarjate izjemno dobro, popravite na največ 8; primer 2: pišete 81 %, kar je 8, pripravili ste še kar dober seminar, zato dobite še 4 %, skupaj 85 % (to bo že 9), nato pa izrečete veliko neumnost na zagovoru in končna ocena bo 7).&lt;br&gt;<br /> <br /> V preteklosti je bilo nekaj nejasnosti glede ocenjevanja, zato poudarjam, da je uspeh pri pisnem delu osnova za končno oceno; na zagovoru lahko preverim manj tem, zato ta del šteje manj. Pričakujem pa, da bo zagovor v okviru znanja na pisnem delu - v tem primeru se ocena ne spremeni, če pa pri zagovoru pokažete boljše ali slabše znanje, kot je kazalo pri pisnem delu, lahko to oceno spremeni za eno, pri ZELO slabem ali ZELO dobrem znanju pa za dve oceni.&lt;br&gt;<br /> <br /> Oceno z izpita je mogoče popraviti. Popravljanje je mogoče samo enkrat in samo na enem od razpisanih izpitnih rokov. V skladu s priporočilom<br /> Rektorata UL (spomladi 2002) velja ocena, ki je višja. Ocene s komisijskega roka ni mogoče popravljati (sklep Študijske komisije FKKT iz leta 2007).&lt;br&gt;<br /> <br /> Absolventi opravljajo izpit na rednih rokih za študente 4. letnika in po programu tekočega letnika. Razen tega sem letos za absolvente razpisal še dva izredna, t.im. absolventska roka. Ker morate absolventi znati tekočo snov, bom občasno objavljal, katere teme so spremenjene/dodane. &lt;br&gt;<br /> |-<br /> |'''Ostalo'''<br /> |Koristne povezave&lt;br&gt; Komentarji, vprašanja in odgovori&lt;br&gt;<br /> ''glej spodaj na tej strani''<br /> |}<br /> &lt;br&gt;<br /> <br /> ===Teme po datumih v štud. letu 2010/11===<br /> &lt;i&gt;(teme so opisane pod tabelo v predmetniku)&lt;/i&gt;<br /> &lt;table border=&quot;1&quot; cellpadding=&quot;2&quot; width=&quot;60%&quot;&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;datum&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;tema&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;datum&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;tema&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;6. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;A1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;8. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;A2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;13. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;A2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;15. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;B1&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;20. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;B2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;22. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;B2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;27. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;C1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;29. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;C1, C2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;3. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;C2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;5. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;D1&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;10. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;D1,D2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;12. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;D2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;17. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;E1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;19. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;E2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;24. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;F1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;26. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;F2&lt;br&gt;<br /> &lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;1. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;G1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;3. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;G2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;8. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;H1-2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;10. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;predvidoma '''H1''' - predava K. Drobnič&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;15. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;I1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;17. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;I2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;22. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;J1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;24. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;J2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;29. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;ni predavanj&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;31. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;ni predavanj&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;5. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;K1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;7. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;K1,K2&lt;br&gt;<br /> &lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;12. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;K2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;14. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;L1&lt;br&gt;<br /> &lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;17. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;L2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;19. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;M1&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;24. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;M2&lt;br&gt;<br /> &lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;25. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;N1-2&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;/table&gt;<br /> <br /> ===Predmetnik===<br /> oznake: MB...Glick &amp; Pasternak: [http://www.amazon.com/Molecular-Biotechnology-Principles-Applications-Recombinant/dp/1555812694/ref=ed_oe_p/104-6946145-5875937?ie=UTF8 Molecular Biotechnology] (strani se nanašajo na starejšo 2. izdajo, ki je tudi v CTK), PGM...Primrose, Twyman &amp; Old (pomožni učbenik; številke so strani, ki obsegajo določeno temo): [http://www.amazon.com/gp/product/0632059540/sr=1-4/qid=1154531443/ref=sr_1_4/104-1519085-8307111?ie=UTF8&amp;s=books Principles of gene manipulation], 'Maniatis'...Sambrook&amp;Russel: Molecular cloning. A laboratory manual.<br /> &lt;br&gt;<br /> Razdelitev po 2-urnih sklopih in osnovna literatura:&lt;br&gt;<br /> &lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;[http://openwetware.org/wiki/FCCT_Biochemistry_Lab:Courses:TrDNA:A1 A1]&lt;/b&gt; Namen predmeta, potek predavanj; osnove tehnologije rekombinantne DNA, zgodovina [MB 3-12] (več kot malo tudi na [http://www.accessexcellence.org/AB/BC/ WWW]), zakonodaja (SI: [http://www2.gov.si/zak/Zak_vel.nsf/067cd1764ec38042c12565da002f2781/c12563a400338836c1256bf4002324e9?OpenDocument Zakon o ravnanju z GSO]; [http://www.biosafety.be/Menu/BiosEur.html predpisi EU]; [http://www2.gov.si/zak/Zak_vel.nsf/067cd1764ec38042c12565da002f2781/c12563a400338836c125668d0026ce05?OpenDocument konvencija] o člov. pravicah v zvezi z biomedicino in protokol o prepovedi kloniranja človeških bitij); &lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;A2&lt;/b&gt; Laboratorijski organizmi [MB 13-18]; varnost [http://www.biotechnology-gmo.gov.si/ Slovenski portal biološke varnosti]; ameriški standardi: [http://www4.od.nih.gov/oba/rac/guidelines/guidelines.html navodila NIH]&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;B1 &lt;/b&gt;Elektroforezne metode (nekatere [http://arbl.cvmbs.colostate.edu/hbooks/genetics/biotech/gels/principles.html osnove]<br /> na straneh Colorado State University). Encimi v tehnologiji rekombinantne DNA [MB 45-51 + 'Maniatis', PGM 26-42]&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;B2 &lt;/b&gt;Vektorji [MB 51-59; 68-74; PGM 43-84]. Reporterski geni [http://www.the-scientist.com/article/display/12529/ pregled] reporterskih sistemov v reviji The Scientist 7/2001).&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;C1 &lt;/b&gt;Sinteza cDNA, priprava knjižnic [MB 59-68; PGM 83-119]. Transformiranje celic [MB 74-75]. &lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;C2 &lt;/b&gt;Sinteza DNA &lt;i&gt;in vitro&lt;/i&gt;. Različne izvedbe PCR. [MB 79-108; PGM 19-25] &lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;D1 &lt;/b&gt;Hibridizacija, sonde – načini označevanja [MB 59-66 + označevanje sond]. Določanje nukleotidnega zaporedja [MB120-132].&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;D2 &lt;/b&gt; DNA-mikromreže [http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_microarray sestavek] v Wikipediji, na [http://www.gene-chips.com/ gene-chips.com] in [http://www.the-scientist.com/article/display/15684/ pregled] (2005) v reviji The Scientist; [http://science-education.nih.gov/newsnapshots/TOC_Chips/toc_chips.html gradivo] za ameriške srednje šole.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;E1 &lt;/b&gt; Ekspresijski sistemi - splošno ([http://www.embl-heidelberg.de/ExternalInfo/geerlof/draft_frames/frame_flowchart_ext.htm opisi nekaterih metod] na straneh EMBL - &lt;i&gt;deluje v programu Internet Explorer&lt;/i&gt;).&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;E2 &lt;/b&gt; Izražanje v prokariontih: vektorji, fuzije, optimizacija proizvodnje; usmerjena lokalizacija, topnost, stabilnost in renaturacija ([MB 109-143 + renaturacije: [http://www.embl-heidelberg.de/ExternalInfo/geerlof/draft_frames/flowchart/extraction_clarification/denaturation_refolding.html kratek pregled]; PGM 139-155).&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;F1 &lt;/b&gt; Izražanje v kvasovkah in nitastih glivah [MB 145-154; PGM 156-173].&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;F2 &lt;/b&gt; Izražanje v gojenih živalskih in človeških celicah [MB 154-169; PGM 174-220].&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;G1 &lt;/b&gt; Mutageneza – pristopi; proteinsko inženirstvo. [MB171-195; PGM 132-138] &lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;G2 &lt;/b&gt; Predstavitev na fagih ([MB122-124 + [http://www.imbf.ku.dk/Bill_Willats/PMB%20phage%20display1%20nw.pdf pregledni članek] W.G.T. Willats, Plant Mol. Biol., 2002). Dvohibridni sistem kvasovk - nekaj [http://proteome.wayne.edu/YTHnetworks.html podrobnosti]; princip dvohibridnega sistema [http://bio.ijs.si/TrDNA/Y2H_Jenks.ppt PPT] in uporaba pri iskanju proteinov, ki interagirajo [http://bio.ijs.si/TrDNA/Y2H_fishing_Jenks.ppt PPT] - avtor [http://www.celanphy.sci.kun.nl/jenks.htm Bruce Jenks], Univ. Nijmegen, Nizozemska.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;H1 &lt;/b&gt; Forenzična genetika / prstni odtis DNA (glej tudi [http://en.wikipedia.org/wiki/Genetic_fingerprinting poglavje] v Wikipediji, za začetek morda tudi [http://www.kemija.org/index.php?option=com_content&amp;amp;task=view&amp;amp;id=71&amp;amp;Itemid=1 sestavek] na kemija.org). Predavala bo predvidoma [http://www.mladina.si/tednik/200030/clanek/i-drobnic/ prof. dr. Katja Drobnič] s Centra za kriminalistično-tehnične preiskave MNZ.&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;H2 &lt;/b&gt; DNA-diagnostika [MB206-224]. Uporaba TrDNA v sistematiki in ekologiji (teorija in preprost [http://www.cdc.gov/ncidod/eid/vol3no3/pienz.htm primer]). Proizvodnja rekombinantnih reagentov [MB227-276].&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;I1 &lt;/b&gt; Molekularna biotehnologija: uporaba rekombinantnih organizmov [MB 277-309], uporaba biomase [MB 311-345]. &lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;I2 &lt;/b&gt; Rekomb. bakterije v agronomiji [MB 347-397]. Rekombinantna DNA v rastlinskih sistemih [MB227-276, PGM 221-246]. &lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;J1 &lt;/b&gt; Uporaba rastlin v molekularni biotehnologiji (MB 445-477; kratek poljudni uvod tudi na [http://www.colostate.edu/programs/lifesciences/TransgenicCrops/how.html WWW]). Gensko spremenjena hrana (dileme: glej [http://www.connectotel.com/gmfood/ novice] nasprotnikov GSH na WWW).&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;J2 &lt;/b&gt; Izvorne celice ([http://stemcells.nih.gov/info/scireport/2006report.htm uvod] in osnovni pojmi na strani NIH; [http://www.newscientist.com/hottopics/cloning/ izvorne celice] na Kimball's Biology Pages; poljudni članek Nejca Jelena o izvornih celicah in njihovi uporabi - na kemija.org: [http://www.kemija.org/index.php?option=com_content&amp;amp;task=view&amp;amp;id=90&amp;amp;Itemid=37&quot; 1. del], [http://www.kemija.org/index.php?option=com_content&amp;amp;task=view&amp;amp;id=89&amp;amp;Itemid=37&quot; 2. del]). Transgenske živali [MB 479-505, PGM 247-273].&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;K1 &lt;/b&gt; Tehnologija izbijanja genov ([http://www.the-scientist.com/article/display/11976/ splošen uvod] na straneh revije The Scientist). Utišanje genov z RNAi (osnove v [http://www.nature.com/nrg/journal/v2/n2/animation/nrg0201_110a_swf_MEDIA1.html animaciji] revije Nature Reviews Genetics - &lt;i&gt;zahteva pripomoček FlashPlayer&lt;/i&gt;; Nobelova nagrada za fiziologijo 2006 - [http://nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/2006/adv.html razlaga]. Kloniranje sesalcev [http://news.bmn.com/hmsbeagle/103/notes/feature3 splošno], [http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_animals_that_have_been_cloned seznam] doslej kloniranih sesalcev in [http://en.wikipedia.org/wiki/Cloning#Animals poglavje] o kloniranju živali na Wikipediji; [http://www.nature.com/news/2007/070219/full/445800a.html povzetek] v reviji Nature: 10 let po objavi članka o ovci Dolly). &lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;K2 &lt;/b&gt;Projekt Človekov genom [http://www.sciencemag.org/content/vol291/issue5507 posebna ševilka revije Science] ob objavi zaporedja človekovega genoma, [http://www.nature.com/nature/journal/v409/n6822/full/409814a0.html novica] v reviji Nature in povezave). Določanje zaporedij drugih genomov [http://en.wikipedia.org/wiki/Genome_project genomski projekti] na Wikipediji).&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;L1 &lt;/b&gt; Genomika – proteomika ([http://www.nature.com/genomics/post-genomics/action.html o ~ómikah] v reviji Nature; [http://en.wikipedia.org/wiki/Proteomics proteomika] na Wikipediji). Farmakogenomika [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/primer/pharm.html sestavek]<br /> na NCBI).&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;L2 &lt;/b&gt; Tehnologija rekombinante DNA v medicini. Gensko zdravljenje [MB555-590]. Aptameri [http://en.wikipedia.org/wiki/Aptamer na Wikipediji]&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;M1 &lt;/b&gt; Patentiranje, dileme, možnosti. (MB 591-620; [http://www.uil-sipo.si/uploads/media/uil_seznam-predpisov_03-2007.pdf slovenska] zakonodaja (v formatu PDF), [http://www.european-patent-office.org/legal/epc/index.html evropska] patentna konvencija).&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;M2 &lt;/b&gt; Etika ter družbena sprejemljivost. [http://www.ornl.gov/hgmis/elsi/patents.html Patentiranje v genetiki] in [http://www.ornl.gov/hgmis/elsi/elsi.html Etični, sociološki in zakonodajni] vidiki na straneh programa Človekov genom; [http://www.accessexcellence.org/AB/IE/ Etična vprašanja] v biotehnologiji; UNESCO: [http://portal.unesco.org/en/ev.php-URL_ID=13177&amp;amp;URL_DO=DO_TOPIC&amp;amp;URL_SECTION=201.html Svetovna deklaracija] o človekovem genomu in človekovih pravicah).&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;N1-2 &lt;/b&gt; Novi pristopi v tehnologiji rekombinantne DNA (nove tehnike, reagenti in pristopi pri kloniranju in čiščenju rekomb. proteinov; pregled novih sistemov na trgu)&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;O1 &lt;/b&gt; ponovitve, poglabljanje, odprta vprašanja&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;O2 &lt;/b&gt; zaključni pisni izpit in zagovor&lt;br&gt;<br /> __<br /> &lt;p&gt;*(&lt;i&gt;za prebiranje WWW strani se morate prijaviti v BioMedNet, je pa zastonj in vam omogoča dostop do še več drugih virov in informacij s področja molekularne biologije in biomedicine&lt;/i&gt;).&lt;/p&gt;<br /> <br /> &lt;p&gt;&lt;u&gt;'Maniatis':&lt;/u&gt; &lt;i&gt;tako na kratko imenujemo laboratorijski priročnik, ki je bil pred leti številka 1 v laboratorijih, saj vsebuje osnovne razlage in veliko postopkov za delo. Pravi vir je: Sambrook, J., Fritsch, E.F., Maniatis, T., Molecular Cloning. A laboratory manual. 2nd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press 1989. Obstaja tudi 3. izdaja. Ne poskušajte si te knjige izposoditi v knjižnicah, ker jo povsod rabijo v laboratorijih. Tudi kupovati je nima smisla, razen če nameravate odpreti lasten laboratorij. Enako uporabna in (ne)dostopna je '&lt;/i&gt;&lt;i&gt;&lt;u&gt;rdeča knjiga&lt;/u&gt;&lt;/i&gt;&lt;i&gt; ', uradno F.M. Ausubel et al.: Current Protocols in Molecular Biology, J. Wiley &amp;amp; Sons - trenutno 5 debelih map protokolov in razlag. &lt;/i&gt;&lt;font size=&quot;2&quot;&gt;&lt;b&gt;&lt;i&gt;Ker<br /> boste res rabili samo nekaj strani, se pri študiju tehničnih postopkov lahko oprete na kopije slik s predavanj, ki vam jih bom dal.&lt;/i&gt;&lt;/b&gt;&lt;/font&gt;&lt;br&gt;<br /> &lt;br&gt;<br /> &lt;/p&gt;<br /> <br /> ===Stara izpitna vprašanja===<br /> (2002/03, 2. rok)&lt;br&gt;<br /> &lt;i&gt;1. (3) Kaj pomenita pojma homologen in heterologen ekspresijski sistem?&lt;br&gt;<br /> 2. (3) Katere so prednosti in slabosti izražanja genov v insektnih celicah v primerjavi z drugimi gostiteljskimi organizmi?&lt;br&gt;<br /> 3. (2) Kakšno je skupno število baznih parov v genomu riža?&lt;br&gt;<br /> 4. (9) Opiši vektor (čemu služijo posamezni zapisi in regije na vektorju)! Za katere gostiteljske organizme ga lahko uporabimo? Kako lahko induciramo izražanje rekombinantne sintetaze? (slike ni on-line, ker je iz nekega članka – šlo je za ekspresijski vektor za E. coli)&lt;br&gt;<br /> 5. (4) Naštej 4 primere uporabe mestno-specifične mutageneze?&lt;br&gt;<br /> 6. (3) Zakaj pride do zaustavitve podaljševanja verige pri dodatku terminatorjev v sekvenčni reakciji?&lt;br&gt;<br /> 7. (6) V blatu ob jezeru Turkana so našli mumificirani trupli dveh osebkov, enega odraslega in enega otroka. Kako bi na osnovi njune DNA ugotovili, ali gre za starša z otrokom ali ne?&lt;br&gt;<br /> 8. (4) Opiši postopek hibridizacije fragmentov genomske DNA E. coli! Sonda je že pripravljena in detekcija bo potekla po navodilih proizvajalca – pripraviti je treba samo genomsko DNA za analizo.&lt;br&gt;<br /> 9. (6) Opiši princip delovanja dvohibridnega sistema na osnovi proteina Gal4!&lt;br&gt;<br /> 10. (5) Kaj vse lahko usmerjeno spreminjamo pri sončnicah za večji hektarski donos in kvaliteto semen?&lt;br&gt;<br /> 11. (4) Kaj pomeni oznaka His-tag, kje se pojavlja in katere so lastnosti rekombinantnih proteinov, ki vključujejo to oznako?&lt;br&gt;<br /> 12. (5) Kako bi lahko detektirali točkovno mutacijo v genu za laktalbumin s pomočjo 3 začetnih oligonukleotidov in fluorescenčnim označevanjem produktov?&lt;br&gt;<br /> 13. (3) Naštej 3 lastnosti episomskih vektorjev za kvasovke!&lt;br&gt;<br /> 14. (3) Po katerem principu poteka ločevanje nastalih produktov pri avtomatskih sekvenatorjih DNA?&lt;br&gt;<br /> &lt;br&gt;<br /> &lt;/i&gt;<br /> ===Rezultati pisnega dela izpita ===<br /> (tabela pripravljena za vnos podatkov)&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;table style=&quot;text-align: left; width: 677px; height: 302px;&quot;<br /> border=&quot;1&quot; cellpadding=&quot;2&quot;&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;'''vpisna številka (3001xxxx)'''&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;'''doseženih % (ocena)'''&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;'''ustni del izpita'''&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> <br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;/table&gt;<br /> <br /> &lt;em&gt;Kriterij za ocene iz pisnega dela je: 56%-65% za 6, 66%-74% za 7, 75%-82% za 8, 83%-90% za 9, &amp;gt;90% za 10. &lt;br&gt;<br /> V sistem e-študent vpisujem tudi negativne ocene po kriteriju: 0%-11% za 1, 12%-23% za 2, 24%-34% za 3, 35%-45% za 4, 46%-55% za 5.&lt;/em&gt;&lt;br&gt;<br /> ==================&lt;br&gt;<br /> <br /> ===Koristne povezave===<br /> &lt;ul&gt;<br /> &lt;li&gt;Kako čemu rečemo po slovensko? [http://bio.ijs.si/SBD/terminologija.html Terminološka komisija] pri [http://web.bf.uni-lj.si/bi/biokemija/SBD/sbd.htm Slovenskem biokemijskem društvu]&lt;/li&gt;<br /> &lt;li&gt;[http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/ Katedra za biokemijo] Fakultete za kemijo in kem. tehnologijo Univerze v Ljubljani&lt;/li&gt;<br /> &lt;li&gt;Razlage nekaterih osnovnih pojmov, novice, strani za študente in predavatelje s področja molekularne biologije, biotehnologije,<br /> tehnologije rekombinantne DNA: [http://www.accessexcellence.org/ Access Excellence] - tudi [http://www.accessexcellence.org/AB/GG/ slikovno gradivo].&lt;/li&gt;<br /> &lt;li&gt;Slovar [http://biotechterms.org/sourcebook/index.phtml biotehnoloških] izrazov (vsi slovarji so v angleščini).&lt;/li&gt;<br /> &lt;li&gt;Slovar [http://www.weihenstephan.de/%7Eschlind/genglos.html?list=1 genetskih izrazov]&lt;/li&gt;<br /> &lt;li&gt;Slovar [http://www.mblab.gla.ac.uk/dictionary/graphic.html celične biologije];&lt;/li&gt;<br /> &lt;li&gt;Slovar [http://www.fao.org/biotech/index_glossary.asp biotehnologije in genetskega inženirstva] (FAO)&lt;/li&gt;<br /> &lt;/ul&gt;<br /> &lt;p&gt;&lt;b&gt;Komentarji, vprašanja in odgovori:&lt;/b&gt;&lt;br&gt;<br /> &lt;br&gt;<br /> Na &lt;u&gt;strokovna vprašanja&lt;/u&gt; bom poskušal odgovoriti na predavanjih, če pa niste moji študenti, pa na kratko tudi po e-pošti.&lt;br&gt;<br /> Pišite mi tudi, če katera od povezav na tej strani ne deluje več ali če veste za kakšno drugo dobro povezavo, ki bi jo veljalo vključiti.&lt;/p&gt;</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Peskovnik&diff=4210 2010-10-25T13:01:58Z

<p>WikiSysop: </p> <hr /> <div>''Ta stran je zato, da lahko na njej poskusite, kar bi radi preverili - glede oblikovanja (kaj se zgodi, če dam neko besedo v trojni narekovaj?, bo tabela res prav široka?, so črke dovolj velike?), shranjevanja in spreminjanja vsebine.''<br /> <br /> <br /> &lt;math&gt;\frac{x^2}{\sqrt{3+2}}&lt;/math&gt;<br /> <br /> &lt;math&gt;\frac{2}{\sqrt{2x3}}&lt;/math&gt;<br /> ==Škrob==<br /> '''Škrob''' je rezervni polisaharid pri rastlinah. Je homopolimer, sestavljen iz amilopektina (75 - 85 %) in amiloze (15 - 25 %). Osnovni gradnik škroba je [http://sl.wikipedia.org/wiki/Glukoza D-glukopiranoza], ki se med seboj povezuje z 1α -4 in 1α -6 vezmi.&lt;br&gt;<br /> Tališče škroba je pri 250 ˚C; v vodi je netopen. Pri kuhanju molekule škroba nabreknejo in tvorijo homogeno viskozno raztopino - nastane '''škrobni klej'''. &lt;br&gt;<br /> Pri segrevanju z razredčenimi kislinami ali pa pod vplivov encimov se škrob najprej razgradi v dekstrin, nato v [http://novebiologije.wikia.com/wiki/Disaharidi_in_oligosaharidi#Maltoza maltozo] in končno v glukozo. &lt;br&gt;Prisotnost škroba dokazujemo z jodovico, raztopino joda v vodi, ki je rjavkaste barve, s škrobom pa daje modro-vijolično obarvanje.&lt;br&gt;<br /> <br /> ==Amiloza==<br /> <br /> Amiloza je homopolimer glukoze, v katerem se posamezne glukozne enote povezujejo z 1α -4. Nastane nerazvejana veriga, ki vsebuje 250-1000 glukoznih podenot.&lt;br&gt;<br /> Zaradi kota v 1α -4 vezi se molekula zvije v desnosučno vijačnico, v kateri enemu obratu ustreza 7 molekul glukoze ([http://www.lsbu.ac.uk/water/images/hyamy.gif slika vijačnice amiloze]). V spiralo se lahko vključijo majhne molekule, ki povzročijo obarvanje. Jod amilozo obarva modro.&lt;br&gt;<br /> Pri razgradnji amiloze so ključnega pomena encimi [http://sl.wikipedia.org/wiki/Amilaza α-amilaze]. Ti amilozo najprej razgradijo v maltozo, nato pa v D-glukozo.<br /> <br /> <br /> ==Tavrin==<br /> <br /> '''Tavrin''' (2-aminoetansulfonska kislina) je organska kislina. V laboratorijskih pogojih je jedka brazbarvna kristalna snov s tališčem pri 305,11° C. človeškem telesu nastane iz aminokisline cisteina, ob prisotnosti vitamina B6. Tavrin umetno pridobivajo iz [http://sl.wikipedia.org/wiki/Projekt:Etilenimin natrijevega etilenimina], ter žveplove(IV) kisline.<br /> <br /> V človeškem procesu je tavrin prisoten v žolčniku, kjer s pomočjo glicina, ter drugih aminokislin tvori žolčne kisline, ki emulgirajo lipide, ter tako pomaga pri njihovi absorbciji v naše telo. Tavrin je zelo pomemben tudi pri delovanju gibalnega mišičevja, delovanju srca, ter delovanju možganov, kjer zagotavlja pravilno raven kalijevih, magnezijevih ter natrijevih ionov, ter pri razvoju možganov dojenčkov. Zaradi tega najdemo tavrin tudi v človeškem mleku, dodajajo pa ga tudi v otroško prehrano. Obstajajo tudi posredni dokazi da lahko deluje tavrin kot nevrotransmiter, saj pospešuje delovanje možganov. Tavrin skrbi tudi za hidratizacijo kože, v manjših količinah pa ga najdemo tudi v pljučih. Deluje kot antioksidant, ter preprečuje bolezni jeter, srca in ožilja, medicinsko pa je bil tudi testiran za zdravljenje epilepsije, srčnih zastojev, ter sladkorne bolezni, vendar brez vidnih uspehov.<br /> Dokazano je, da imajo ljudje, ki jedo le brezmesno hrano, v sebi manjšo vsebnost tavrina, kot tisti ki redno uživajo meso.<br /> <br /> ==Tollu-podobni receptorji==<br /> <br /> '''Tollu podobni receptorji''' (TLRs-Toll like receptors) so vrste proteinov, ki igrajo ključno vlogo v prirojenem imunskem sistemu. So membranski signalizacijski receptorji, ki prepoznavajo različne setavine mikroorganizmov. Ko mikroorganizmi pridejo skozi fizične ovire kot so koža in črevesna stena, jih TLRs prepoznajo ter sprožijo reakcijo imunskega odziva.<br /> Ime so dobili po njihovi podobnosti proteinu, kodiranim z Toll-genom, ki ga je odkrila Christine Nusslein-Volhard v ''Drosophili''-ji leta 1985.<br /> [[Image:300px-TLR3_structure.jpg]]<br /> <br /> == Amiloid beta ==<br /> '''Beta amiloida''' (Aβ ali Abeta) je peptid sestavljen iz 39-43 [http://sl.wikipedia.org/wiki/Aminokislina aminokislin], ki naj bi bili glavna sestavina Amiloidih plakov v možganih bolnikov z [http://sl.wikipedia.org/wiki/Alzheimerjeva_bolezen Alzheimerjevo boleznijo]. Podobni planki se pojavljajo v nekaterih različicah mišičnih bolezni kot sta [http://en.wikipedia.org/wiki/Lewy_body_dementia demence z Lewy telesci] in [http://en.wikipedia.org/wiki/Cerebral_amyloid_angiopathy Miozitis]. Aβ tovorijo tudi agregati premaz možganska krvnih žil v možganskem Amiloidnem ožilju. Ti plaki pa so sestavljene iz prepletenih Fibrilarni proteinov imenovani Amiloidne vlaknine. Ta protein je skupen tudi ostalim peptidom kot so prionov peptid, ki ga povezujemo z boleznimi ki vklučujejo napačno zlaganje oziroma razporejanje proteinov. Raziskave nam kažejo da imata mulekoli Aβ40 in Aβ42 velik vpliv pri razvitju Alzheimerjeve bolezni in obeh miščnih bolezni.<br /> <br /> === Nastanek Amiloidov beta ===<br /> Aβ se oblikuje pri zaporednih cepitvah izvornih Amiloidnih beljakovin, transmembranski glikoproteinov nedoločene funkcije. Amiloid beta je lahko sestavljen iz 39-43 amino kislin. Krajša oblika se običajno proizvaja pri razkrajanju, ki poteka v [http://sl.wikipedia.org/wiki/Endoplazemski_retikulum endoplazmatskem retikulumu], daljše oblike Amiloida beta pa nastane pri cepitvi v trans-[http://sl.wikipedia.org/wiki/Golgijev_aparat Golgijevem] omrežju. Aβ40 oblika je pogostejša kot Aβ42, vendar ima Aβ42 večji pomen pri nastanku bolezni ki so povezne z Amiloidi beta. Mutacije v APP in posledično zvišana proizvodnja Aβ42 so začetni simptomi Alzheimerjeve bolezni, predlagano zdravljenje je prilagajanje β in [http://en.wikipedia.org/wiki/Gamma_secretase γ secretases] da proizvajajo večinoma Aβ40 obliko Amiloida beta.<br /> <br /> === Načini merjenja Amiloidov beta ===<br /> Obstaja veliko različnih načinov za merjenje Amiloidov beta:<br /> <br /> - Z metoda [http://en.wikipedia.org/wiki/ELISA ELISA]<br /> <br /> - Z mikroskopijo na atomsko silo, angleško [http://en.wikipedia.org/wiki/Atomic_force_microscope Atomic force microscope (AFM)]<br /> <br /> - Z dvojno polarizacijo interferometrija angleško [http://en.wikipedia.org/wiki/Dual_polarisation_interferometry Atomic force microscope]<br /> <br /> -....<br /> <br /> === Formule ===<br /> &lt;chemform&gt;H2SO4&lt;/chemform&gt;<br /> <br /> === Prikaz citiranja ===<br /> ... kakor je opisano &lt;ref&gt;I. Priimek, Knjiga, 2000&lt;/ref&gt;.<br /> <br /> Nadaljnje raziskave &lt;ref&gt;I. Priimek, Knjiga, 2001&lt;/ref&gt; so pokazale...<br /> <br /> <br /> === Literatura ===<br /> http://en.wikipedia.org/wiki/Amyloid_beta<br /> <br /> <br /> === Viri ===<br /> &lt;references/&gt;<br /> <br /> http://en.wikipedia.org/<br /> http://sl.wikipedia.org/</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Tehnologija_rekombinantne_DNA&diff=4160 2010-10-22T08:42:42Z

<p>WikiSysop: /* Podatki o predmetu */</p> <hr /> <div>=TEHNOLOGIJA REKOMBINANTNE DNA=<br /> &lt;br&gt;<br /> <br /> ===NOVO===<br /> [20.10.] Naslednji izpitni rok bo 8. decembra ob 13:15 v predavalnici 223 na Aškerčevi.<br /> <br /> [5.10.] V tem semestru bodo govorilne ure ob četrtkih ob 15. uri, lahko pa se najavite na konzultacije v času, <br /> ko sem prisoten - okvirni razpored zasedenosti je na mojem [http://openwetware.org/wiki/User:Marko_Dolinar koledarju]. <br /> <br /> [8.6.'09] Za vse, ki ne veste, kje so stara izpitna vprašanja - [http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/TrDNA/TrDNA_izpiti06.pdf tule] so.<br /> <br /> ===Odgovori na vprašanja===<br /> (1) Na konzultacijah se je pojavilo vprašanje, zakaj retrovirusi ne morejo okužiti celic, ki se ne delijo (poglavje o genskem zdravljenju).<br /> Problem je v tem, da pri celicah, ki se ne delijo, ne pride do integracije z reverzno transkriptazo prepisanega virusnega genoma v genom okužene celice. Obstajajo tri možne razlage, zakaj to ni možno. Po prvi naj bi bila integracijska mesta v normalnem kromatinu nedostopna, po drugi naj bi v procesu podvojevanja DNA in delitve celice integracijski kompleks lažje dostopal do tarčnih mest, po tretji pa naj bi celični proteini, ki se vežejo na DNA med podvojevanjem, omogočili sestavljenemu integracijskemu kompleksu usmerjen dostop do vključitvenih mest. Proces integracije retrovirusne DNA v genom gostiteljske celice je natančno razložen v [http://www.cell.com/trends/genetics/abstract/S0168-9525(06)00148-X članku] v Trends in Genetics (2006). <br /> <br /> (2) Pri predavanjih nisem dobro razložil postopka onkolize z adenovirusi. Za ilustracijo si oglejte slike v sklopu L2. Ključno za razumevanje je, da veste, da je protein p53 tumorski supresor, ki je v tumorskih celicah najpogosteje nefunkcionalen. Okužba zdravih celic (p53 deluje normalno) z divjim tipom adenovirusa povzroči od p53-odvisno apoptozo, ki pa se izrazi tako počasi, da se medtem virus še lahko namnoži. Za tako zakasnjeno sprožitev apoptoze mora priti do interakcije med virusnim proteinom E1B in celičnim p53. Če pripravimo viruse z delecijo gena E1B, potem zakasnitve apoptoze v zdravih celicah ne bo, kar pomeni, da se v zdravih celicah virus ne bo mogel razmnoževati. V tumorskih celicah pa protein p53 ni funkcionalen, torej do apoptoze ne more priti, zato se adenovirus lahko namnoži, celico uniči, hkrati pa namnoženi virusi lahko okužijo sosednje celice. O izkušnjah z adenovirusnimi in drugimi onkolitičnimi virusnimi preparati si lahko več preberete v kratkem [http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0140673605714070 članku] iz Lanceta, o [http://www.nature.com/onc/journal/v19/n56/pdf/1204094a.pdf mehanizmu delovanja] pa precej natančno v reviji Oncogene. Vedeti je treba, da je adenovirus treba injicirati čimbolj natančno v tumor, tako da je škoda za okoliške zdrave celice, ki do neke mere res odmrejo, kar najmanjša.<br /> <br /> <br /> <br /> ===Podatki o predmetu===<br /> {|border=&quot;1&quot;<br /> |-<br /> |'''Izvedba predmeta'''<br /> |'''Predavanja:''' 60 ur, zimski semester 4. letnika univerzitetnega študija biokemije; skupni predmet (za vse sklope)&lt;br&gt; [[TrDNA-vaje|'''Vaje:''']] 60 ur, druga polovica poletnega semestra 4. letnika univerzitetnega študija biokemije; predmet samo za študente sklopa A.<br /> |-<br /> |'''Predavatelj'''<br /> |doc. dr. [mailto:marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si Marko Dolinar]<br /> |-<br /> |'''Urnik 2010/11'''<br /> |zimski semester: sreda 15:00 do 17:00 in petek 12:30 do 14:30 v predavalnici D30 na dekanatu&lt;br&gt;<br /> Dvourna predavanja imajo ~10 minutni odmor.<br /> |-<br /> |'''Govorilne ure'''<br /> |V času semestra vsak četrtek od 15h do 16h in/ali po predhodnem dogovoru po telefonu (01) 2419-480; oglasite se na Jamovi 39 ( Institut &quot;Jožef Stefan&quot;), stavba B, soba 109. <br /> |-<br /> |'''Izpitni roki 2010/11'''<br /> |<br /> * zimsko izpitno obdobje: okrog 25. januarja 2011&lt;br&gt;<br /> * poletno izpitno obdobje: okrog 10. junija 2011&lt;br&gt;<br /> * jesensko izpitno obdobje: okrog 30. avgusta 2011&lt;br&gt;<br /> <br /> (Vsak absolventski letnik si lahko izbere en rok po lastni izbiri - to velja za vsakokratni tekoči absolventski letnik samo enkrat in pri tem predmetu. V št. letu 2008/9 je bil ta rok 26.7.2010.)&lt;br&gt;<br /> '''Samo absolventom''' bosta namenjena dva roka zunaj izpitnih obdobij:&lt;br&gt;<br /> * 8. decembra 2010&lt;br&gt;<br /> * sredina aprila 2011&lt;br&gt;<br /> <br /> Od 4. opravljanja dalje je treba izpit plačati, zato se na izpitni rok prijavite samo, če ste prepričani, da ste se snov dobro naučili in ste jo sposobni tudi kritično uporabiti na primerih. Prijavnic študentom, ki ne bodo prišli na izpit, ne nameravam vračati, saj za to ne vidim nobenega razloga. Odjave pred izpitom pa upoštevam - ne glede na razlog za odpoved - do trenutka, ko začnem deliti izpitne pole.&lt;br&gt;<br /> V preteklem študijskem letu so bili izpiti: 1.12., 19.2., 20.4., 21.6., 26.7. in 30.8.&lt;br&gt;<br /> |-<br /> |'''Diplomska dela'''<br /> |Teme in pogoji za opravljanje [http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/TrDNA/Teme_DIPL_2009-10.pdf diplomskih nalog] s področja tehnologije rekombinantne DNA na Katedri za biokemijo v študijskem letu 2009/10: priprava evkariontskega ekspresijskega vektorja, izražanje in analiza rekombinantnih fuzijskih proteinov, razvoj sinteznobiološkega sistema za mutagenezo, vpliv N-končnih zaporedij na raven izražanja in topnost rekombinantnih proteinov. &lt;br&gt;<br /> Na Institutu &quot;Jožef Stefan&quot; obstaja možnost priprave več diplomskih nalog na treh odsekih s področja biokemije in molekularne biologije [http://bio.ijs.si/prot/ B1], [http://bio.ijs.si/tox/ B2], [http://bio.ijs.si/biotech/index.html B3].&lt;br&gt;<br /> |-<br /> |'''Študijska literatura'''<br /> |Bernard R. Glick, Jack J. Pasternak: [http://estore.asm.org/viewItemDetails.asp?ItemID=309 Molecular Biotechnology], Principles and applications of recombinant DNA, 3rd edition, ASM Press, Washington, 2003 [ISBN 1-55581-269-4] &lt;br&gt;<br /> &lt;i&gt;Par izvodov 2. izdaje je bilo naročenih za knjižnico (FKKT/CTK). Cena pri založbi je bila 57 USD. V knjigi je biotehnološki del razložen bolj obširno, kot je potrebno za ta predmet. &lt;/i&gt;&lt;i&gt;Študirate še lahko po 2. izdaji; tudi strani zgoraj, v opisu tem, se nanašajo na 2. izdajo, ki&amp;nbsp; je na voljo v CTK (2 izvoda) in na Veterinarski fakulteti (piše v Cobissu). &lt;/i&gt;&lt;br&gt;<br /> Pomožni učbenik: Sandy Primrose, Richard Twyman, Bob Old: [http://www.blackwellpublishing.com/primrose/ Principles of Gene Manipulation], 6th edition, Blackwell Science, Oxford, 2001 (cena pri založbi je 29.50 GBP; moj osebni izvod si lahko sposodite za kakšen dan, če želite). Povezava zgoraj vas pripelje na domačo stran učbenika, kjer je tudi nekaj slikovnega gradiva in vprašanj za ponavljanje snovi (v glavnem so lahka).&lt;br&gt;<br /> Ker idealnega učbenika ni, bo nekaj poglavij povzetih po drugih virih - te bom navedel na predavanjih in po možnosti sproti dopolnjeval na tej<br /> strani.<br /> |-<br /> |'''Cilji'''<br /> |Pričakujem, da boste po opravljenem izpitu znali po stopnjah razložiti, kako ustvarimo rekombinantni organizem, da boste razumeli biokemijsko naravo postopkov in reakcij, ki so za to potrebni, da boste (z nekaj občutka za živi svet) zagovarjali svoje mnenje o etičnih in strokovnih vidikih genske tehnologije. Po opravljenem izpitu bi morali biti sposobni razumeti metodološki del dobro napisanega strokovnega članka s področja molekularne biologije, ki vključuje gensko-tehnološke pristope. Prav tako mislim, da bi študenti morali znati sami sestaviti zaporedje reakcij, ki so potrebne za določen poskus. Za študente, ki bodo opravljali tudi vaje, pa pričakujem, da bi nekatere osnovne tehnike bili sposobni tudi ponoviti po članku/patentu in da bi znali sami načrtati nekaj osnovnih poskusov (vključno z mikrolitri posameznih reagentov v reakciji).<br /> |-<br /> |'''Potek predavanj'''<br /> |Teme po datumih so v spodnji tabeli. Vsebine tematskih sklopov so na dnu strani.&lt;br&gt;<br /> Predavanja bodo po urniku: po 2 uri z vmesnimi ~10 minutami odmora.&lt;br&gt;<br /> Večina predavanj bo v obliki razlag. Zadnji 2 uri pred izpitom sem si predstavljal kot klasični [http://www.perseus.tufts.edu/cgi-bin/ptext?doc=Perseus%3Atext%3A1999.04.0059%3Aentry%3D%239098 ''colloquium''] - pogovor o stvareh, ki se vam ne zdijo dorečene, dobro razložene, ki vas mučijo strokovno, etično, kakorkoli. Ta pogovor se po navadi ne posreči v celoti kot si ga predstavljam, vsekakor pa je to priložnost, da razjasnimo stvari, ki so bile morda nejasne med predavanji. Zadnji dve leti za izvedbo tega razgovora ni bilo časa.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> Če vnaprej veste, da ne boste mogli priti (kot letnik) na kakšno predavanje, mi to prosim sporočite vnaprej. V takem primeru se bomo dogovorili, ali temo predelamo samo shematsko ali jo nadomestimo kasneje oz. v drugem terminu. Predavanj je 60 šolskih ur in toliko jih moram/želim tudi imeti. Izjeme so seveda ure, ki padejo na dneve, ki jih fakultetni koledar vnaprej določi za proste. Če vas bo na predavanja prišlo manj kot 5, teme ne bom podrobno razlagal, pač pa samo orisal glavne značilnosti.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> Na predavanjih želim, da me prekinete, čim vam razlagana snov ni jasna. Teme niso zapletene, računanja pri teoretičnem delu praktično ne bo,<br /> tudi ne kakšnih izpeljav in podobnega. Upam, da boste o temah razmišljali pred in/ali po predavanjih, ne samo na koncu, med izpitom.&lt;br&gt;<br /> Po koncu predavanj bo pisni izpit s kratkim ustnim zagovorom (praviloma ne več kot 1 teden po pisnem izpitu) za vse študente, ki so opravili pisni del. Teoretični sklopi (A-G) so osnova za razumevanje aplikativnih tem (H-M); vprašanja bodo z obeh področij. Teme iz sklopa N ne pridejo v poštev za izpit (kar ne pomeni, da vas ne pričakujem na teh predavanjih), zato se za prvi rok lahko začnete pripravljati že med novoletnimi prazniki. V pomoč pri preverjanju učenja so vam lahko tudi vprašanja s prejšnjih rokov.&lt;br&gt;<br /> |-<br /> |'''Ocenjevanje&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;Statistika&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;Fakultativni seminarji in končna ocena predmeta&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;Popravljanje ocene&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;Absolventi&lt;br&gt;'''<br /> |<br /> Ob vsakem izpitnem vprašanju bo navedeno število točk, ki jih dobite za povsem pravilen odgovor, tako da se lahko bolj posvetite vprašanjem, ki prinašajo več točk. Tudi kriterij za ocenjevanje je znan vnaprej in je povsem aritmetičen in neodvisen od raznih statističnih razrezov. Iz dosedanjih izkušenj lahko rečem, da se študentom pisni izpit zdi težji, kot so pričakovali. Na ustni del izpita lahko pride samo, kdor zbere pri pisnem izpitu vsaj 55 % vseh možnih točk (ocena 6). &lt;br&gt;<br /> <br /> Statistka za leto 2010 kaže, da je pozitivno oceno dobilo (na posameznih rokih) med 54 % in 75 % prijavljenih študentov. Povprečje doseženih točk na posameznih rokih je bilo med 49 % in 63 %, povprečje končnih ocen na vseh 5 rokih v tem letu pa je bilo 7,37 (to je nekoliko bolje kot leta 2006 in zelo podobno kot leta 2008, a precej slabše kot npr. leta 2007, ko je bila povprečna ocena 8,04). Ocene so bile 1-krat 10, 2-krat 9, 7-krat 8, 7-krat 7 in 11-krat 6.&lt;br&gt;<br /> <br /> Kdor bi želel predstaviti kakšen seminar (15-20 minut), naj se javi pri meni, da se dogovoriva za temo in termin. Uspešna predstavitev prinese do 5 % točk, ki se dodajo točkam pisnega izpita (teoretično lahko torej s tem zberete 105 %). Pri ustnem delu izpita (ki naj ne bi bil daljši kot 20 minut) lahko oceno s pisnega dela popravite ali poslabšate za do 2 oceni (primer 1: pisali ste 61 %, to bi bilo 6, odgovarjate izjemno dobro, popravite na največ 8; primer 2: pišete 81 %, kar je 8, pripravili ste še kar dober seminar, zato dobite še 4 %, skupaj 85 % (to bo že 9), nato pa izrečete veliko neumnost na zagovoru in končna ocena bo 7).&lt;br&gt;<br /> <br /> V preteklosti je bilo nekaj nejasnosti glede ocenjevanja, zato poudarjam, da je uspeh pri pisnem delu osnova za končno oceno; na zagovoru lahko preverim manj tem, zato ta del šteje manj. Pričakujem pa, da bo zagovor v okviru znanja na pisnem delu - v tem primeru se ocena ne spremeni, če pa pri zagovoru pokažete boljše ali slabše znanje, kot je kazalo pri pisnem delu, lahko to oceno spremeni za eno, pri ZELO slabem ali ZELO dobrem znanju pa za dve oceni.&lt;br&gt;<br /> <br /> Oceno z izpita je mogoče popraviti. Popravljanje je mogoče samo enkrat in samo na enem od razpisanih izpitnih rokov. V skladu s priporočilom<br /> Rektorata UL (spomladi 2002) velja ocena, ki je višja. Ocene s komisijskega roka ni mogoče popravljati (sklep Študijske komisije FKKT iz leta 2007).&lt;br&gt;<br /> <br /> Absolventi opravljajo izpit na rednih rokih za študente 4. letnika in po programu tekočega letnika. Razen tega sem letos za absolvente razpisal še dva izredna, t.im. absolventska roka. Ker morate absolventi znati tekočo snov, bom občasno objavljal, katere teme so spremenjene/dodane. &lt;br&gt;<br /> |-<br /> |'''Ostalo'''<br /> |Koristne povezave&lt;br&gt; Komentarji, vprašanja in odgovori&lt;br&gt;<br /> ''glej spodaj na tej strani''<br /> |}<br /> &lt;br&gt;<br /> <br /> ===Teme po datumih v štud. letu 2010/11===<br /> &lt;i&gt;(teme so opisane pod tabelo v predmetniku)&lt;/i&gt;<br /> &lt;table border=&quot;1&quot; cellpadding=&quot;2&quot; width=&quot;60%&quot;&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;datum&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;tema&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;datum&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;tema&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;6. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;A1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;8. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;A2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;13. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;A2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;15. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;B1&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;20. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;B2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;22. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;B2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;27. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;C1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;29. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;C1, C2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;3. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;C2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;5. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;D1&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;10. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;D1,D2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;12. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;D2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;17. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;E1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;19. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;E2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;24. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;F1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;26. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;F2&lt;br&gt;<br /> &lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;1. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;G1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;3. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;G2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;8. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;H1-2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;10. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;predvidoma '''H1''' - predava K. Drobnič&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;15. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;I1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;17. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;I2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;22. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;J1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;24. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;J2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;29. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;ni predavanj&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;31. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;ni predavanj&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;5. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;K1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;7. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;K1,K2&lt;br&gt;<br /> &lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;12. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;K2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;14. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;L1&lt;br&gt;<br /> &lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;17. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;L2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;19. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;M1&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;24. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;M2&lt;br&gt;<br /> &lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;25. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;N1-2&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;/table&gt;<br /> <br /> ===Predmetnik===<br /> oznake: MB...Glick &amp; Pasternak: [http://www.amazon.com/Molecular-Biotechnology-Principles-Applications-Recombinant/dp/1555812694/ref=ed_oe_p/104-6946145-5875937?ie=UTF8 Molecular Biotechnology] (strani se nanašajo na starejšo 2. izdajo, ki je tudi v CTK), PGM...Primrose, Twyman &amp; Old (pomožni učbenik; številke so strani, ki obsegajo določeno temo): [http://www.amazon.com/gp/product/0632059540/sr=1-4/qid=1154531443/ref=sr_1_4/104-1519085-8307111?ie=UTF8&amp;s=books Principles of gene manipulation], 'Maniatis'...Sambrook&amp;Russel: Molecular cloning. A laboratory manual.<br /> &lt;br&gt;<br /> Razdelitev po 2-urnih sklopih in osnovna literatura:&lt;br&gt;<br /> &lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;[http://openwetware.org/wiki/FCCT_Biochemistry_Lab:Courses:TrDNA:A1 A1]&lt;/b&gt; Namen predmeta, potek predavanj; osnove tehnologije rekombinantne DNA, zgodovina [MB 3-12] (več kot malo tudi na [http://www.accessexcellence.org/AB/BC/ WWW]), zakonodaja (SI: [http://www2.gov.si/zak/Zak_vel.nsf/067cd1764ec38042c12565da002f2781/c12563a400338836c1256bf4002324e9?OpenDocument Zakon o ravnanju z GSO]; [http://www.biosafety.be/Menu/BiosEur.html predpisi EU]; [http://www2.gov.si/zak/Zak_vel.nsf/067cd1764ec38042c12565da002f2781/c12563a400338836c125668d0026ce05?OpenDocument konvencija] o člov. pravicah v zvezi z biomedicino in protokol o prepovedi kloniranja človeških bitij); &lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;A2&lt;/b&gt; Laboratorijski organizmi [MB 13-18]; varnost [http://www.biotechnology-gmo.gov.si/ Slovenski portal biološke varnosti]; ameriški standardi: [http://www4.od.nih.gov/oba/rac/guidelines/guidelines.html navodila NIH]&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;B1 &lt;/b&gt;Elektroforezne metode (nekatere [http://arbl.cvmbs.colostate.edu/hbooks/genetics/biotech/gels/principles.html osnove]<br /> na straneh Colorado State University). Encimi v tehnologiji rekombinantne DNA [MB 45-51 + 'Maniatis', PGM 26-42]&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;B2 &lt;/b&gt;Vektorji [MB 51-59; 68-74; PGM 43-84]. Reporterski geni [http://www.the-scientist.com/article/display/12529/ pregled] reporterskih sistemov v reviji The Scientist 7/2001).&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;C1 &lt;/b&gt;Sinteza cDNA, priprava knjižnic [MB 59-68; PGM 83-119]. Transformiranje celic [MB 74-75]. &lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;C2 &lt;/b&gt;Sinteza DNA &lt;i&gt;in vitro&lt;/i&gt;. Različne izvedbe PCR. [MB 79-108; PGM 19-25] &lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;D1 &lt;/b&gt;Hibridizacija, sonde – načini označevanja [MB 59-66 + označevanje sond]. Določanje nukleotidnega zaporedja [MB120-132].&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;D2 &lt;/b&gt; DNA-mikromreže [http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_microarray sestavek] v Wikipediji, na [http://www.gene-chips.com/ gene-chips.com] in [http://www.the-scientist.com/article/display/15684/ pregled] (2005) v reviji The Scientist; [http://science-education.nih.gov/newsnapshots/TOC_Chips/toc_chips.html gradivo] za ameriške srednje šole.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;E1 &lt;/b&gt; Ekspresijski sistemi - splošno ([http://www.embl-heidelberg.de/ExternalInfo/geerlof/draft_frames/frame_flowchart_ext.htm opisi nekaterih metod] na straneh EMBL - &lt;i&gt;deluje v programu Internet Explorer&lt;/i&gt;).&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;E2 &lt;/b&gt; Izražanje v prokariontih: vektorji, fuzije, optimizacija proizvodnje; usmerjena lokalizacija, topnost, stabilnost in renaturacija ([MB 109-143 + renaturacije: [http://www.embl-heidelberg.de/ExternalInfo/geerlof/draft_frames/flowchart/extraction_clarification/denaturation_refolding.html kratek pregled]; PGM 139-155).&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;F1 &lt;/b&gt; Izražanje v kvasovkah in nitastih glivah [MB 145-154; PGM 156-173].&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;F2 &lt;/b&gt; Izražanje v gojenih živalskih in človeških celicah [MB 154-169; PGM 174-220].&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;G1 &lt;/b&gt; Mutageneza – pristopi; proteinsko inženirstvo. [MB171-195; PGM 132-138] &lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;G2 &lt;/b&gt; Predstavitev na fagih ([MB122-124 + [http://www.imbf.ku.dk/Bill_Willats/PMB%20phage%20display1%20nw.pdf pregledni članek] W.G.T. Willats, Plant Mol. Biol., 2002). Dvohibridni sistem kvasovk - nekaj [http://proteome.wayne.edu/YTHnetworks.html podrobnosti]; princip dvohibridnega sistema [http://bio.ijs.si/TrDNA/Y2H_Jenks.ppt PPT] in uporaba pri iskanju proteinov, ki interagirajo [http://bio.ijs.si/TrDNA/Y2H_fishing_Jenks.ppt PPT] - avtor [http://www.celanphy.sci.kun.nl/jenks.htm Bruce Jenks], Univ. Nijmegen, Nizozemska.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;H1 &lt;/b&gt; Forenzična genetika / prstni odtis DNA (glej tudi [http://en.wikipedia.org/wiki/Genetic_fingerprinting poglavje] v Wikipediji, za začetek morda tudi [http://www.kemija.org/index.php?option=com_content&amp;amp;task=view&amp;amp;id=71&amp;amp;Itemid=1 sestavek] na kemija.org). Predavala bo predvidoma [http://www.mladina.si/tednik/200030/clanek/i-drobnic/ prof. dr. Katja Drobnič] s Centra za kriminalistično-tehnične preiskave MNZ.&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;H2 &lt;/b&gt; DNA-diagnostika [MB206-224]. Uporaba TrDNA v sistematiki in ekologiji (teorija in preprost [http://www.cdc.gov/ncidod/eid/vol3no3/pienz.htm primer]). Proizvodnja rekombinantnih reagentov [MB227-276].&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;I1 &lt;/b&gt; Molekularna biotehnologija: uporaba rekombinantnih organizmov [MB 277-309], uporaba biomase [MB 311-345]. &lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;I2 &lt;/b&gt; Rekomb. bakterije v agronomiji [MB 347-397]. Rekombinantna DNA v rastlinskih sistemih [MB227-276, PGM 221-246]. &lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;J1 &lt;/b&gt; Uporaba rastlin v molekularni biotehnologiji (MB 445-477; kratek poljudni uvod tudi na [http://www.colostate.edu/programs/lifesciences/TransgenicCrops/how.html WWW]). Gensko spremenjena hrana (dileme: glej [http://www.connectotel.com/gmfood/ novice] nasprotnikov GSH na WWW).&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;J2 &lt;/b&gt; Izvorne celice ([http://stemcells.nih.gov/info/scireport/2006report.htm uvod] in osnovni pojmi na strani NIH; [http://www.newscientist.com/hottopics/cloning/ izvorne celice] na Kimball's Biology Pages; poljudni članek Nejca Jelena o izvornih celicah in njihovi uporabi - na kemija.org: [http://www.kemija.org/index.php?option=com_content&amp;amp;task=view&amp;amp;id=90&amp;amp;Itemid=37&quot; 1. del], [http://www.kemija.org/index.php?option=com_content&amp;amp;task=view&amp;amp;id=89&amp;amp;Itemid=37&quot; 2. del]). Transgenske živali [MB 479-505, PGM 247-273].&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;K1 &lt;/b&gt; Tehnologija izbijanja genov ([http://www.the-scientist.com/article/display/11976/ splošen uvod] na straneh revije The Scientist). Utišanje genov z RNAi (osnove v [http://www.nature.com/nrg/journal/v2/n2/animation/nrg0201_110a_swf_MEDIA1.html animaciji] revije Nature Reviews Genetics - &lt;i&gt;zahteva pripomoček FlashPlayer&lt;/i&gt;; Nobelova nagrada za fiziologijo 2006 - [http://nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/2006/adv.html razlaga]. Kloniranje sesalcev [http://news.bmn.com/hmsbeagle/103/notes/feature3 splošno], [http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_animals_that_have_been_cloned seznam] doslej kloniranih sesalcev in [http://en.wikipedia.org/wiki/Cloning#Animals poglavje] o kloniranju živali na Wikipediji; [http://www.nature.com/news/2007/070219/full/445800a.html povzetek] v reviji Nature: 10 let po objavi članka o ovci Dolly). &lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;K2 &lt;/b&gt;Projekt Človekov genom [http://www.sciencemag.org/content/vol291/issue5507 posebna ševilka revije Science] ob objavi zaporedja človekovega genoma, [http://www.nature.com/nature/journal/v409/n6822/full/409814a0.html novica] v reviji Nature in povezave). Določanje zaporedij drugih genomov [http://en.wikipedia.org/wiki/Genome_project genomski projekti] na Wikipediji).&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;L1 &lt;/b&gt; Genomika – proteomika ([http://www.nature.com/genomics/post-genomics/action.html o ~ómikah] v reviji Nature; [http://en.wikipedia.org/wiki/Proteomics proteomika] na Wikipediji). Farmakogenomika [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/primer/pharm.html sestavek]<br /> na NCBI).&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;L2 &lt;/b&gt; Tehnologija rekombinante DNA v medicini. Gensko zdravljenje [MB555-590]. Aptameri [http://en.wikipedia.org/wiki/Aptamer na Wikipediji]&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;M1 &lt;/b&gt; Patentiranje, dileme, možnosti. (MB 591-620; [http://www.uil-sipo.si/uploads/media/uil_seznam-predpisov_03-2007.pdf slovenska] zakonodaja (v formatu PDF), [http://www.european-patent-office.org/legal/epc/index.html evropska] patentna konvencija).&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;M2 &lt;/b&gt; Etika ter družbena sprejemljivost. [http://www.ornl.gov/hgmis/elsi/patents.html Patentiranje v genetiki] in [http://www.ornl.gov/hgmis/elsi/elsi.html Etični, sociološki in zakonodajni] vidiki na straneh programa Človekov genom; [http://www.accessexcellence.org/AB/IE/ Etična vprašanja] v biotehnologiji; UNESCO: [http://portal.unesco.org/en/ev.php-URL_ID=13177&amp;amp;URL_DO=DO_TOPIC&amp;amp;URL_SECTION=201.html Svetovna deklaracija] o človekovem genomu in človekovih pravicah).&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;N1-2 &lt;/b&gt; Novi pristopi v tehnologiji rekombinantne DNA (nove tehnike, reagenti in pristopi pri kloniranju in čiščenju rekomb. proteinov; pregled novih sistemov na trgu)&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;O1 &lt;/b&gt; ponovitve, poglabljanje, odprta vprašanja&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;O2 &lt;/b&gt; zaključni pisni izpit in zagovor&lt;br&gt;<br /> __<br /> &lt;p&gt;*(&lt;i&gt;za prebiranje WWW strani se morate prijaviti v BioMedNet, je pa zastonj in vam omogoča dostop do še več drugih virov in informacij s področja molekularne biologije in biomedicine&lt;/i&gt;).&lt;/p&gt;<br /> <br /> &lt;p&gt;&lt;u&gt;'Maniatis':&lt;/u&gt; &lt;i&gt;tako na kratko imenujemo laboratorijski priročnik, ki je bil pred leti številka 1 v laboratorijih, saj vsebuje osnovne razlage in veliko postopkov za delo. Pravi vir je: Sambrook, J., Fritsch, E.F., Maniatis, T., Molecular Cloning. A laboratory manual. 2nd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press 1989. Obstaja tudi 3. izdaja. Ne poskušajte si te knjige izposoditi v knjižnicah, ker jo povsod rabijo v laboratorijih. Tudi kupovati je nima smisla, razen če nameravate odpreti lasten laboratorij. Enako uporabna in (ne)dostopna je '&lt;/i&gt;&lt;i&gt;&lt;u&gt;rdeča knjiga&lt;/u&gt;&lt;/i&gt;&lt;i&gt; ', uradno F.M. Ausubel et al.: Current Protocols in Molecular Biology, J. Wiley &amp;amp; Sons - trenutno 5 debelih map protokolov in razlag. &lt;/i&gt;&lt;font size=&quot;2&quot;&gt;&lt;b&gt;&lt;i&gt;Ker<br /> boste res rabili samo nekaj strani, se pri študiju tehničnih postopkov lahko oprete na kopije slik s predavanj, ki vam jih bom dal.&lt;/i&gt;&lt;/b&gt;&lt;/font&gt;&lt;br&gt;<br /> &lt;br&gt;<br /> &lt;/p&gt;<br /> <br /> ===Stara izpitna vprašanja===<br /> (2002/03, 2. rok)&lt;br&gt;<br /> &lt;i&gt;1. (3) Kaj pomenita pojma homologen in heterologen ekspresijski sistem?&lt;br&gt;<br /> 2. (3) Katere so prednosti in slabosti izražanja genov v insektnih celicah v primerjavi z drugimi gostiteljskimi organizmi?&lt;br&gt;<br /> 3. (2) Kakšno je skupno število baznih parov v genomu riža?&lt;br&gt;<br /> 4. (9) Opiši vektor (čemu služijo posamezni zapisi in regije na vektorju)! Za katere gostiteljske organizme ga lahko uporabimo? Kako lahko induciramo izražanje rekombinantne sintetaze? (slike ni on-line, ker je iz nekega članka – šlo je za ekspresijski vektor za E. coli)&lt;br&gt;<br /> 5. (4) Naštej 4 primere uporabe mestno-specifične mutageneze?&lt;br&gt;<br /> 6. (3) Zakaj pride do zaustavitve podaljševanja verige pri dodatku terminatorjev v sekvenčni reakciji?&lt;br&gt;<br /> 7. (6) V blatu ob jezeru Turkana so našli mumificirani trupli dveh osebkov, enega odraslega in enega otroka. Kako bi na osnovi njune DNA ugotovili, ali gre za starša z otrokom ali ne?&lt;br&gt;<br /> 8. (4) Opiši postopek hibridizacije fragmentov genomske DNA E. coli! Sonda je že pripravljena in detekcija bo potekla po navodilih proizvajalca – pripraviti je treba samo genomsko DNA za analizo.&lt;br&gt;<br /> 9. (6) Opiši princip delovanja dvohibridnega sistema na osnovi proteina Gal4!&lt;br&gt;<br /> 10. (5) Kaj vse lahko usmerjeno spreminjamo pri sončnicah za večji hektarski donos in kvaliteto semen?&lt;br&gt;<br /> 11. (4) Kaj pomeni oznaka His-tag, kje se pojavlja in katere so lastnosti rekombinantnih proteinov, ki vključujejo to oznako?&lt;br&gt;<br /> 12. (5) Kako bi lahko detektirali točkovno mutacijo v genu za laktalbumin s pomočjo 3 začetnih oligonukleotidov in fluorescenčnim označevanjem produktov?&lt;br&gt;<br /> 13. (3) Naštej 3 lastnosti episomskih vektorjev za kvasovke!&lt;br&gt;<br /> 14. (3) Po katerem principu poteka ločevanje nastalih produktov pri avtomatskih sekvenatorjih DNA?&lt;br&gt;<br /> &lt;br&gt;<br /> &lt;/i&gt;<br /> ===Rezultati pisnega dela izpita ===<br /> (tabela pripravljena za vnos podatkov)&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;table style=&quot;text-align: left; width: 677px; height: 302px;&quot;<br /> border=&quot;1&quot; cellpadding=&quot;2&quot;&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;'''vpisna številka (3001xxxx)'''&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;'''doseženih % (ocena)'''&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;'''ustni del izpita'''&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> <br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;/table&gt;<br /> <br /> &lt;em&gt;Kriterij za ocene iz pisnega dela je: 56%-65% za 6, 66%-74% za 7, 75%-82% za 8, 83%-90% za 9, &amp;gt;90% za 10. &lt;br&gt;<br /> V sistem e-študent vpisujem tudi negativne ocene po kriteriju: 0%-11% za 1, 12%-23% za 2, 24%-34% za 3, 35%-45% za 4, 46%-55% za 5.&lt;/em&gt;&lt;br&gt;<br /> ==================&lt;br&gt;<br /> <br /> ===Koristne povezave===<br /> &lt;ul&gt;<br /> &lt;li&gt;Kako čemu rečemo po slovensko? [http://bio.ijs.si/SBD/terminologija.html Terminološka komisija] pri [http://web.bf.uni-lj.si/bi/biokemija/SBD/sbd.htm Slovenskem biokemijskem društvu]&lt;/li&gt;<br /> &lt;li&gt;[http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/ Katedra za biokemijo] Fakultete za kemijo in kem. tehnologijo Univerze v Ljubljani&lt;/li&gt;<br /> &lt;li&gt;Razlage nekaterih osnovnih pojmov, novice, strani za študente in predavatelje s področja molekularne biologije, biotehnologije,<br /> tehnologije rekombinantne DNA: [http://www.accessexcellence.org/ Access Excellence] - tudi [http://www.accessexcellence.org/AB/GG/ slikovno gradivo].&lt;/li&gt;<br /> &lt;li&gt;Slovar [http://biotechterms.org/sourcebook/index.phtml biotehnoloških] izrazov (vsi slovarji so v angleščini).&lt;/li&gt;<br /> &lt;li&gt;Slovar [http://www.weihenstephan.de/%7Eschlind/genglos.html?list=1 genetskih izrazov]&lt;/li&gt;<br /> &lt;li&gt;Slovar [http://www.mblab.gla.ac.uk/dictionary/graphic.html celične biologije];&lt;/li&gt;<br /> &lt;li&gt;Slovar [http://www.fao.org/biotech/index_glossary.asp biotehnologije in genetskega inženirstva] (FAO)&lt;/li&gt;<br /> &lt;/ul&gt;<br /> &lt;p&gt;&lt;b&gt;Komentarji, vprašanja in odgovori:&lt;/b&gt;&lt;br&gt;<br /> &lt;br&gt;<br /> Na &lt;u&gt;strokovna vprašanja&lt;/u&gt; bom poskušal odgovoriti na predavanjih, če pa niste moji študenti, pa na kratko tudi po e-pošti.&lt;br&gt;<br /> Pišite mi tudi, če katera od povezav na tej strani ne deluje več ali če veste za kakšno drugo dobro povezavo, ki bi jo veljalo vključiti.&lt;/p&gt;</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Tehnologija_rekombinantne_DNA&diff=4159 2010-10-22T08:42:14Z

<p>WikiSysop: /* Podatki o predmetu */</p> <hr /> <div>=TEHNOLOGIJA REKOMBINANTNE DNA=<br /> &lt;br&gt;<br /> <br /> ===NOVO===<br /> [20.10.] Naslednji izpitni rok bo 8. decembra ob 13:15 v predavalnici 223 na Aškerčevi.<br /> <br /> [5.10.] V tem semestru bodo govorilne ure ob četrtkih ob 15. uri, lahko pa se najavite na konzultacije v času, <br /> ko sem prisoten - okvirni razpored zasedenosti je na mojem [http://openwetware.org/wiki/User:Marko_Dolinar koledarju]. <br /> <br /> [8.6.'09] Za vse, ki ne veste, kje so stara izpitna vprašanja - [http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/TrDNA/TrDNA_izpiti06.pdf tule] so.<br /> <br /> ===Odgovori na vprašanja===<br /> (1) Na konzultacijah se je pojavilo vprašanje, zakaj retrovirusi ne morejo okužiti celic, ki se ne delijo (poglavje o genskem zdravljenju).<br /> Problem je v tem, da pri celicah, ki se ne delijo, ne pride do integracije z reverzno transkriptazo prepisanega virusnega genoma v genom okužene celice. Obstajajo tri možne razlage, zakaj to ni možno. Po prvi naj bi bila integracijska mesta v normalnem kromatinu nedostopna, po drugi naj bi v procesu podvojevanja DNA in delitve celice integracijski kompleks lažje dostopal do tarčnih mest, po tretji pa naj bi celični proteini, ki se vežejo na DNA med podvojevanjem, omogočili sestavljenemu integracijskemu kompleksu usmerjen dostop do vključitvenih mest. Proces integracije retrovirusne DNA v genom gostiteljske celice je natančno razložen v [http://www.cell.com/trends/genetics/abstract/S0168-9525(06)00148-X članku] v Trends in Genetics (2006). <br /> <br /> (2) Pri predavanjih nisem dobro razložil postopka onkolize z adenovirusi. Za ilustracijo si oglejte slike v sklopu L2. Ključno za razumevanje je, da veste, da je protein p53 tumorski supresor, ki je v tumorskih celicah najpogosteje nefunkcionalen. Okužba zdravih celic (p53 deluje normalno) z divjim tipom adenovirusa povzroči od p53-odvisno apoptozo, ki pa se izrazi tako počasi, da se medtem virus še lahko namnoži. Za tako zakasnjeno sprožitev apoptoze mora priti do interakcije med virusnim proteinom E1B in celičnim p53. Če pripravimo viruse z delecijo gena E1B, potem zakasnitve apoptoze v zdravih celicah ne bo, kar pomeni, da se v zdravih celicah virus ne bo mogel razmnoževati. V tumorskih celicah pa protein p53 ni funkcionalen, torej do apoptoze ne more priti, zato se adenovirus lahko namnoži, celico uniči, hkrati pa namnoženi virusi lahko okužijo sosednje celice. O izkušnjah z adenovirusnimi in drugimi onkolitičnimi virusnimi preparati si lahko več preberete v kratkem [http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0140673605714070 članku] iz Lanceta, o [http://www.nature.com/onc/journal/v19/n56/pdf/1204094a.pdf mehanizmu delovanja] pa precej natančno v reviji Oncogene. Vedeti je treba, da je adenovirus treba injicirati čimbolj natančno v tumor, tako da je škoda za okoliške zdrave celice, ki do neke mere res odmrejo, kar najmanjša.<br /> <br /> <br /> <br /> ===Podatki o predmetu===<br /> {|border=&quot;1&quot;<br /> |-<br /> |'''Izvedba predmeta'''<br /> |'''Predavanja:''' 60 ur, zimski semester 4. letnika univerzitetnega študija biokemije; skupni predmet (za vse sklope)&lt;br&gt; [[TrDNA-vaje|'''Vaje:''']] 60 ur, druga polovica poletnega semestra 4. letnika univerzitetnega študija biokemije; predmet samo za študente sklopa A.<br /> |-<br /> |'''Predavatelj'''<br /> |doc. dr. [mailto:marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si Marko Dolinar]<br /> |-<br /> |'''Urnik 2010/11'''<br /> |zimski semester: sreda 15:00 do 17:00 in petek 12:30 do 14:30 v predavalnici D30 na dekanatu&lt;br&gt;<br /> Dvourna predavanja imajo ~10 minutni odmor.<br /> |-<br /> |'''Govorilne ure'''<br /> |V času semestra vsak četrtek od 15h do 16h in/ali po predhodnem dogovoru po telefonu (01) 2419-480; oglasite se na Jamovi 39 ( Institut &quot;Jožef Stefan&quot;), stavba B, soba 109. <br /> |-<br /> |'''Izpitni roki 2010/11'''<br /> |<br /> * zimsko izpitno obdobje: okrog 25. januarja 2011&lt;br&gt;<br /> * poletno izpitno obdobje: okrog 10. junija 2011&lt;br&gt;<br /> * jesensko izpitno obdobje: okrog 30. avgusta 2011&lt;br&gt;<br /> <br /> (Vsak absolventski letnik si lahko izbere en rok po lastni izbiri - to velja za vsakokratni tekoči absolventski letnik samo enkrat in pri tem predmetu. V št. letu 2008/9 je bil ta rok 26.7.2010.)&lt;br&gt;<br /> '''Samo absolventom''' bosta namenjena dva roka zunaj izpitnih obdobij:&lt;br&gt;<br /> * konec novembra 2010&lt;br&gt;<br /> * sredina aprila 2011&lt;br&gt;<br /> <br /> Od 4. opravljanja dalje je treba izpit plačati, zato se na izpitni rok prijavite samo, če ste prepričani, da ste se snov dobro naučili in ste jo sposobni tudi kritično uporabiti na primerih. Prijavnic študentom, ki ne bodo prišli na izpit, ne nameravam vračati, saj za to ne vidim nobenega razloga. Odjave pred izpitom pa upoštevam - ne glede na razlog za odpoved - do trenutka, ko začnem deliti izpitne pole.&lt;br&gt;<br /> V preteklem študijskem letu so bili izpiti: 1.12., 19.2., 20.4., 21.6., 26.7. in 30.8.&lt;br&gt;<br /> |-<br /> |'''Diplomska dela'''<br /> |Teme in pogoji za opravljanje [http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/TrDNA/Teme_DIPL_2009-10.pdf diplomskih nalog] s področja tehnologije rekombinantne DNA na Katedri za biokemijo v študijskem letu 2009/10: priprava evkariontskega ekspresijskega vektorja, izražanje in analiza rekombinantnih fuzijskih proteinov, razvoj sinteznobiološkega sistema za mutagenezo, vpliv N-končnih zaporedij na raven izražanja in topnost rekombinantnih proteinov. &lt;br&gt;<br /> Na Institutu &quot;Jožef Stefan&quot; obstaja možnost priprave več diplomskih nalog na treh odsekih s področja biokemije in molekularne biologije [http://bio.ijs.si/prot/ B1], [http://bio.ijs.si/tox/ B2], [http://bio.ijs.si/biotech/index.html B3].&lt;br&gt;<br /> |-<br /> |'''Študijska literatura'''<br /> |Bernard R. Glick, Jack J. Pasternak: [http://estore.asm.org/viewItemDetails.asp?ItemID=309 Molecular Biotechnology], Principles and applications of recombinant DNA, 3rd edition, ASM Press, Washington, 2003 [ISBN 1-55581-269-4] &lt;br&gt;<br /> &lt;i&gt;Par izvodov 2. izdaje je bilo naročenih za knjižnico (FKKT/CTK). Cena pri založbi je bila 57 USD. V knjigi je biotehnološki del razložen bolj obširno, kot je potrebno za ta predmet. &lt;/i&gt;&lt;i&gt;Študirate še lahko po 2. izdaji; tudi strani zgoraj, v opisu tem, se nanašajo na 2. izdajo, ki&amp;nbsp; je na voljo v CTK (2 izvoda) in na Veterinarski fakulteti (piše v Cobissu). &lt;/i&gt;&lt;br&gt;<br /> Pomožni učbenik: Sandy Primrose, Richard Twyman, Bob Old: [http://www.blackwellpublishing.com/primrose/ Principles of Gene Manipulation], 6th edition, Blackwell Science, Oxford, 2001 (cena pri založbi je 29.50 GBP; moj osebni izvod si lahko sposodite za kakšen dan, če želite). Povezava zgoraj vas pripelje na domačo stran učbenika, kjer je tudi nekaj slikovnega gradiva in vprašanj za ponavljanje snovi (v glavnem so lahka).&lt;br&gt;<br /> Ker idealnega učbenika ni, bo nekaj poglavij povzetih po drugih virih - te bom navedel na predavanjih in po možnosti sproti dopolnjeval na tej<br /> strani.<br /> |-<br /> |'''Cilji'''<br /> |Pričakujem, da boste po opravljenem izpitu znali po stopnjah razložiti, kako ustvarimo rekombinantni organizem, da boste razumeli biokemijsko naravo postopkov in reakcij, ki so za to potrebni, da boste (z nekaj občutka za živi svet) zagovarjali svoje mnenje o etičnih in strokovnih vidikih genske tehnologije. Po opravljenem izpitu bi morali biti sposobni razumeti metodološki del dobro napisanega strokovnega članka s področja molekularne biologije, ki vključuje gensko-tehnološke pristope. Prav tako mislim, da bi študenti morali znati sami sestaviti zaporedje reakcij, ki so potrebne za določen poskus. Za študente, ki bodo opravljali tudi vaje, pa pričakujem, da bi nekatere osnovne tehnike bili sposobni tudi ponoviti po članku/patentu in da bi znali sami načrtati nekaj osnovnih poskusov (vključno z mikrolitri posameznih reagentov v reakciji).<br /> |-<br /> |'''Potek predavanj'''<br /> |Teme po datumih so v spodnji tabeli. Vsebine tematskih sklopov so na dnu strani.&lt;br&gt;<br /> Predavanja bodo po urniku: po 2 uri z vmesnimi ~10 minutami odmora.&lt;br&gt;<br /> Večina predavanj bo v obliki razlag. Zadnji 2 uri pred izpitom sem si predstavljal kot klasični [http://www.perseus.tufts.edu/cgi-bin/ptext?doc=Perseus%3Atext%3A1999.04.0059%3Aentry%3D%239098 ''colloquium''] - pogovor o stvareh, ki se vam ne zdijo dorečene, dobro razložene, ki vas mučijo strokovno, etično, kakorkoli. Ta pogovor se po navadi ne posreči v celoti kot si ga predstavljam, vsekakor pa je to priložnost, da razjasnimo stvari, ki so bile morda nejasne med predavanji. Zadnji dve leti za izvedbo tega razgovora ni bilo časa.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> Če vnaprej veste, da ne boste mogli priti (kot letnik) na kakšno predavanje, mi to prosim sporočite vnaprej. V takem primeru se bomo dogovorili, ali temo predelamo samo shematsko ali jo nadomestimo kasneje oz. v drugem terminu. Predavanj je 60 šolskih ur in toliko jih moram/želim tudi imeti. Izjeme so seveda ure, ki padejo na dneve, ki jih fakultetni koledar vnaprej določi za proste. Če vas bo na predavanja prišlo manj kot 5, teme ne bom podrobno razlagal, pač pa samo orisal glavne značilnosti.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> Na predavanjih želim, da me prekinete, čim vam razlagana snov ni jasna. Teme niso zapletene, računanja pri teoretičnem delu praktično ne bo,<br /> tudi ne kakšnih izpeljav in podobnega. Upam, da boste o temah razmišljali pred in/ali po predavanjih, ne samo na koncu, med izpitom.&lt;br&gt;<br /> Po koncu predavanj bo pisni izpit s kratkim ustnim zagovorom (praviloma ne več kot 1 teden po pisnem izpitu) za vse študente, ki so opravili pisni del. Teoretični sklopi (A-G) so osnova za razumevanje aplikativnih tem (H-M); vprašanja bodo z obeh področij. Teme iz sklopa N ne pridejo v poštev za izpit (kar ne pomeni, da vas ne pričakujem na teh predavanjih), zato se za prvi rok lahko začnete pripravljati že med novoletnimi prazniki. V pomoč pri preverjanju učenja so vam lahko tudi vprašanja s prejšnjih rokov.&lt;br&gt;<br /> |-<br /> |'''Ocenjevanje&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;Statistika&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;Fakultativni seminarji in končna ocena predmeta&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;Popravljanje ocene&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;Absolventi&lt;br&gt;'''<br /> |<br /> Ob vsakem izpitnem vprašanju bo navedeno število točk, ki jih dobite za povsem pravilen odgovor, tako da se lahko bolj posvetite vprašanjem, ki prinašajo več točk. Tudi kriterij za ocenjevanje je znan vnaprej in je povsem aritmetičen in neodvisen od raznih statističnih razrezov. Iz dosedanjih izkušenj lahko rečem, da se študentom pisni izpit zdi težji, kot so pričakovali. Na ustni del izpita lahko pride samo, kdor zbere pri pisnem izpitu vsaj 55 % vseh možnih točk (ocena 6). &lt;br&gt;<br /> <br /> Statistka za leto 2010 kaže, da je pozitivno oceno dobilo (na posameznih rokih) med 54 % in 75 % prijavljenih študentov. Povprečje doseženih točk na posameznih rokih je bilo med 49 % in 63 %, povprečje končnih ocen na vseh 5 rokih v tem letu pa je bilo 7,37 (to je nekoliko bolje kot leta 2006 in zelo podobno kot leta 2008, a precej slabše kot npr. leta 2007, ko je bila povprečna ocena 8,04). Ocene so bile 1-krat 10, 2-krat 9, 7-krat 8, 7-krat 7 in 11-krat 6.&lt;br&gt;<br /> <br /> Kdor bi želel predstaviti kakšen seminar (15-20 minut), naj se javi pri meni, da se dogovoriva za temo in termin. Uspešna predstavitev prinese do 5 % točk, ki se dodajo točkam pisnega izpita (teoretično lahko torej s tem zberete 105 %). Pri ustnem delu izpita (ki naj ne bi bil daljši kot 20 minut) lahko oceno s pisnega dela popravite ali poslabšate za do 2 oceni (primer 1: pisali ste 61 %, to bi bilo 6, odgovarjate izjemno dobro, popravite na največ 8; primer 2: pišete 81 %, kar je 8, pripravili ste še kar dober seminar, zato dobite še 4 %, skupaj 85 % (to bo že 9), nato pa izrečete veliko neumnost na zagovoru in končna ocena bo 7).&lt;br&gt;<br /> <br /> V preteklosti je bilo nekaj nejasnosti glede ocenjevanja, zato poudarjam, da je uspeh pri pisnem delu osnova za končno oceno; na zagovoru lahko preverim manj tem, zato ta del šteje manj. Pričakujem pa, da bo zagovor v okviru znanja na pisnem delu - v tem primeru se ocena ne spremeni, če pa pri zagovoru pokažete boljše ali slabše znanje, kot je kazalo pri pisnem delu, lahko to oceno spremeni za eno, pri ZELO slabem ali ZELO dobrem znanju pa za dve oceni.&lt;br&gt;<br /> <br /> Oceno z izpita je mogoče popraviti. Popravljanje je mogoče samo enkrat in samo na enem od razpisanih izpitnih rokov. V skladu s priporočilom<br /> Rektorata UL (spomladi 2002) velja ocena, ki je višja. Ocene s komisijskega roka ni mogoče popravljati (sklep Študijske komisije FKKT iz leta 2007).&lt;br&gt;<br /> <br /> Absolventi opravljajo izpit na rednih rokih za študente 4. letnika in po programu tekočega letnika. Razen tega sem letos za absolvente razpisal še dva izredna, t.im. absolventska roka. Ker morate absolventi znati tekočo snov, bom občasno objavljal, katere teme so spremenjene/dodane. &lt;br&gt;<br /> |-<br /> |'''Ostalo'''<br /> |Koristne povezave&lt;br&gt; Komentarji, vprašanja in odgovori&lt;br&gt;<br /> ''glej spodaj na tej strani''<br /> |}<br /> &lt;br&gt;<br /> <br /> ===Teme po datumih v štud. letu 2010/11===<br /> &lt;i&gt;(teme so opisane pod tabelo v predmetniku)&lt;/i&gt;<br /> &lt;table border=&quot;1&quot; cellpadding=&quot;2&quot; width=&quot;60%&quot;&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;datum&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;tema&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;datum&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;tema&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;6. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;A1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;8. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;A2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;13. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;A2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;15. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;B1&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;20. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;B2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;22. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;B2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;27. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;C1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;29. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;C1, C2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;3. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;C2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;5. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;D1&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;10. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;D1,D2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;12. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;D2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;17. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;E1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;19. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;E2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;24. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;F1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;26. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;F2&lt;br&gt;<br /> &lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;1. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;G1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;3. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;G2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;8. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;H1-2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;10. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;predvidoma '''H1''' - predava K. Drobnič&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;15. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;I1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;17. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;I2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;22. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;J1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;24. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;J2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;29. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;ni predavanj&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;31. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;ni predavanj&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;5. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;K1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;7. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;K1,K2&lt;br&gt;<br /> &lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;12. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;K2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;14. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;L1&lt;br&gt;<br /> &lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;17. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;L2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;19. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;M1&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;24. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;M2&lt;br&gt;<br /> &lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;25. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;N1-2&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;/table&gt;<br /> <br /> ===Predmetnik===<br /> oznake: MB...Glick &amp; Pasternak: [http://www.amazon.com/Molecular-Biotechnology-Principles-Applications-Recombinant/dp/1555812694/ref=ed_oe_p/104-6946145-5875937?ie=UTF8 Molecular Biotechnology] (strani se nanašajo na starejšo 2. izdajo, ki je tudi v CTK), PGM...Primrose, Twyman &amp; Old (pomožni učbenik; številke so strani, ki obsegajo določeno temo): [http://www.amazon.com/gp/product/0632059540/sr=1-4/qid=1154531443/ref=sr_1_4/104-1519085-8307111?ie=UTF8&amp;s=books Principles of gene manipulation], 'Maniatis'...Sambrook&amp;Russel: Molecular cloning. A laboratory manual.<br /> &lt;br&gt;<br /> Razdelitev po 2-urnih sklopih in osnovna literatura:&lt;br&gt;<br /> &lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;[http://openwetware.org/wiki/FCCT_Biochemistry_Lab:Courses:TrDNA:A1 A1]&lt;/b&gt; Namen predmeta, potek predavanj; osnove tehnologije rekombinantne DNA, zgodovina [MB 3-12] (več kot malo tudi na [http://www.accessexcellence.org/AB/BC/ WWW]), zakonodaja (SI: [http://www2.gov.si/zak/Zak_vel.nsf/067cd1764ec38042c12565da002f2781/c12563a400338836c1256bf4002324e9?OpenDocument Zakon o ravnanju z GSO]; [http://www.biosafety.be/Menu/BiosEur.html predpisi EU]; [http://www2.gov.si/zak/Zak_vel.nsf/067cd1764ec38042c12565da002f2781/c12563a400338836c125668d0026ce05?OpenDocument konvencija] o člov. pravicah v zvezi z biomedicino in protokol o prepovedi kloniranja človeških bitij); &lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;A2&lt;/b&gt; Laboratorijski organizmi [MB 13-18]; varnost [http://www.biotechnology-gmo.gov.si/ Slovenski portal biološke varnosti]; ameriški standardi: [http://www4.od.nih.gov/oba/rac/guidelines/guidelines.html navodila NIH]&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;B1 &lt;/b&gt;Elektroforezne metode (nekatere [http://arbl.cvmbs.colostate.edu/hbooks/genetics/biotech/gels/principles.html osnove]<br /> na straneh Colorado State University). Encimi v tehnologiji rekombinantne DNA [MB 45-51 + 'Maniatis', PGM 26-42]&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;B2 &lt;/b&gt;Vektorji [MB 51-59; 68-74; PGM 43-84]. Reporterski geni [http://www.the-scientist.com/article/display/12529/ pregled] reporterskih sistemov v reviji The Scientist 7/2001).&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;C1 &lt;/b&gt;Sinteza cDNA, priprava knjižnic [MB 59-68; PGM 83-119]. Transformiranje celic [MB 74-75]. &lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;C2 &lt;/b&gt;Sinteza DNA &lt;i&gt;in vitro&lt;/i&gt;. Različne izvedbe PCR. [MB 79-108; PGM 19-25] &lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;D1 &lt;/b&gt;Hibridizacija, sonde – načini označevanja [MB 59-66 + označevanje sond]. Določanje nukleotidnega zaporedja [MB120-132].&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;D2 &lt;/b&gt; DNA-mikromreže [http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_microarray sestavek] v Wikipediji, na [http://www.gene-chips.com/ gene-chips.com] in [http://www.the-scientist.com/article/display/15684/ pregled] (2005) v reviji The Scientist; [http://science-education.nih.gov/newsnapshots/TOC_Chips/toc_chips.html gradivo] za ameriške srednje šole.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;E1 &lt;/b&gt; Ekspresijski sistemi - splošno ([http://www.embl-heidelberg.de/ExternalInfo/geerlof/draft_frames/frame_flowchart_ext.htm opisi nekaterih metod] na straneh EMBL - &lt;i&gt;deluje v programu Internet Explorer&lt;/i&gt;).&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;E2 &lt;/b&gt; Izražanje v prokariontih: vektorji, fuzije, optimizacija proizvodnje; usmerjena lokalizacija, topnost, stabilnost in renaturacija ([MB 109-143 + renaturacije: [http://www.embl-heidelberg.de/ExternalInfo/geerlof/draft_frames/flowchart/extraction_clarification/denaturation_refolding.html kratek pregled]; PGM 139-155).&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;F1 &lt;/b&gt; Izražanje v kvasovkah in nitastih glivah [MB 145-154; PGM 156-173].&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;F2 &lt;/b&gt; Izražanje v gojenih živalskih in človeških celicah [MB 154-169; PGM 174-220].&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;G1 &lt;/b&gt; Mutageneza – pristopi; proteinsko inženirstvo. [MB171-195; PGM 132-138] &lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;G2 &lt;/b&gt; Predstavitev na fagih ([MB122-124 + [http://www.imbf.ku.dk/Bill_Willats/PMB%20phage%20display1%20nw.pdf pregledni članek] W.G.T. Willats, Plant Mol. Biol., 2002). Dvohibridni sistem kvasovk - nekaj [http://proteome.wayne.edu/YTHnetworks.html podrobnosti]; princip dvohibridnega sistema [http://bio.ijs.si/TrDNA/Y2H_Jenks.ppt PPT] in uporaba pri iskanju proteinov, ki interagirajo [http://bio.ijs.si/TrDNA/Y2H_fishing_Jenks.ppt PPT] - avtor [http://www.celanphy.sci.kun.nl/jenks.htm Bruce Jenks], Univ. Nijmegen, Nizozemska.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;H1 &lt;/b&gt; Forenzična genetika / prstni odtis DNA (glej tudi [http://en.wikipedia.org/wiki/Genetic_fingerprinting poglavje] v Wikipediji, za začetek morda tudi [http://www.kemija.org/index.php?option=com_content&amp;amp;task=view&amp;amp;id=71&amp;amp;Itemid=1 sestavek] na kemija.org). Predavala bo predvidoma [http://www.mladina.si/tednik/200030/clanek/i-drobnic/ prof. dr. Katja Drobnič] s Centra za kriminalistično-tehnične preiskave MNZ.&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;H2 &lt;/b&gt; DNA-diagnostika [MB206-224]. Uporaba TrDNA v sistematiki in ekologiji (teorija in preprost [http://www.cdc.gov/ncidod/eid/vol3no3/pienz.htm primer]). Proizvodnja rekombinantnih reagentov [MB227-276].&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;I1 &lt;/b&gt; Molekularna biotehnologija: uporaba rekombinantnih organizmov [MB 277-309], uporaba biomase [MB 311-345]. &lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;I2 &lt;/b&gt; Rekomb. bakterije v agronomiji [MB 347-397]. Rekombinantna DNA v rastlinskih sistemih [MB227-276, PGM 221-246]. &lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;J1 &lt;/b&gt; Uporaba rastlin v molekularni biotehnologiji (MB 445-477; kratek poljudni uvod tudi na [http://www.colostate.edu/programs/lifesciences/TransgenicCrops/how.html WWW]). Gensko spremenjena hrana (dileme: glej [http://www.connectotel.com/gmfood/ novice] nasprotnikov GSH na WWW).&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;J2 &lt;/b&gt; Izvorne celice ([http://stemcells.nih.gov/info/scireport/2006report.htm uvod] in osnovni pojmi na strani NIH; [http://www.newscientist.com/hottopics/cloning/ izvorne celice] na Kimball's Biology Pages; poljudni članek Nejca Jelena o izvornih celicah in njihovi uporabi - na kemija.org: [http://www.kemija.org/index.php?option=com_content&amp;amp;task=view&amp;amp;id=90&amp;amp;Itemid=37&quot; 1. del], [http://www.kemija.org/index.php?option=com_content&amp;amp;task=view&amp;amp;id=89&amp;amp;Itemid=37&quot; 2. del]). Transgenske živali [MB 479-505, PGM 247-273].&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;K1 &lt;/b&gt; Tehnologija izbijanja genov ([http://www.the-scientist.com/article/display/11976/ splošen uvod] na straneh revije The Scientist). Utišanje genov z RNAi (osnove v [http://www.nature.com/nrg/journal/v2/n2/animation/nrg0201_110a_swf_MEDIA1.html animaciji] revije Nature Reviews Genetics - &lt;i&gt;zahteva pripomoček FlashPlayer&lt;/i&gt;; Nobelova nagrada za fiziologijo 2006 - [http://nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/2006/adv.html razlaga]. Kloniranje sesalcev [http://news.bmn.com/hmsbeagle/103/notes/feature3 splošno], [http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_animals_that_have_been_cloned seznam] doslej kloniranih sesalcev in [http://en.wikipedia.org/wiki/Cloning#Animals poglavje] o kloniranju živali na Wikipediji; [http://www.nature.com/news/2007/070219/full/445800a.html povzetek] v reviji Nature: 10 let po objavi članka o ovci Dolly). &lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;K2 &lt;/b&gt;Projekt Človekov genom [http://www.sciencemag.org/content/vol291/issue5507 posebna ševilka revije Science] ob objavi zaporedja človekovega genoma, [http://www.nature.com/nature/journal/v409/n6822/full/409814a0.html novica] v reviji Nature in povezave). Določanje zaporedij drugih genomov [http://en.wikipedia.org/wiki/Genome_project genomski projekti] na Wikipediji).&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;L1 &lt;/b&gt; Genomika – proteomika ([http://www.nature.com/genomics/post-genomics/action.html o ~ómikah] v reviji Nature; [http://en.wikipedia.org/wiki/Proteomics proteomika] na Wikipediji). Farmakogenomika [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/primer/pharm.html sestavek]<br /> na NCBI).&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;L2 &lt;/b&gt; Tehnologija rekombinante DNA v medicini. Gensko zdravljenje [MB555-590]. Aptameri [http://en.wikipedia.org/wiki/Aptamer na Wikipediji]&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;M1 &lt;/b&gt; Patentiranje, dileme, možnosti. (MB 591-620; [http://www.uil-sipo.si/uploads/media/uil_seznam-predpisov_03-2007.pdf slovenska] zakonodaja (v formatu PDF), [http://www.european-patent-office.org/legal/epc/index.html evropska] patentna konvencija).&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;M2 &lt;/b&gt; Etika ter družbena sprejemljivost. [http://www.ornl.gov/hgmis/elsi/patents.html Patentiranje v genetiki] in [http://www.ornl.gov/hgmis/elsi/elsi.html Etični, sociološki in zakonodajni] vidiki na straneh programa Človekov genom; [http://www.accessexcellence.org/AB/IE/ Etična vprašanja] v biotehnologiji; UNESCO: [http://portal.unesco.org/en/ev.php-URL_ID=13177&amp;amp;URL_DO=DO_TOPIC&amp;amp;URL_SECTION=201.html Svetovna deklaracija] o človekovem genomu in človekovih pravicah).&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;N1-2 &lt;/b&gt; Novi pristopi v tehnologiji rekombinantne DNA (nove tehnike, reagenti in pristopi pri kloniranju in čiščenju rekomb. proteinov; pregled novih sistemov na trgu)&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;O1 &lt;/b&gt; ponovitve, poglabljanje, odprta vprašanja&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;O2 &lt;/b&gt; zaključni pisni izpit in zagovor&lt;br&gt;<br /> __<br /> &lt;p&gt;*(&lt;i&gt;za prebiranje WWW strani se morate prijaviti v BioMedNet, je pa zastonj in vam omogoča dostop do še več drugih virov in informacij s področja molekularne biologije in biomedicine&lt;/i&gt;).&lt;/p&gt;<br /> <br /> &lt;p&gt;&lt;u&gt;'Maniatis':&lt;/u&gt; &lt;i&gt;tako na kratko imenujemo laboratorijski priročnik, ki je bil pred leti številka 1 v laboratorijih, saj vsebuje osnovne razlage in veliko postopkov za delo. Pravi vir je: Sambrook, J., Fritsch, E.F., Maniatis, T., Molecular Cloning. A laboratory manual. 2nd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press 1989. Obstaja tudi 3. izdaja. Ne poskušajte si te knjige izposoditi v knjižnicah, ker jo povsod rabijo v laboratorijih. Tudi kupovati je nima smisla, razen če nameravate odpreti lasten laboratorij. Enako uporabna in (ne)dostopna je '&lt;/i&gt;&lt;i&gt;&lt;u&gt;rdeča knjiga&lt;/u&gt;&lt;/i&gt;&lt;i&gt; ', uradno F.M. Ausubel et al.: Current Protocols in Molecular Biology, J. Wiley &amp;amp; Sons - trenutno 5 debelih map protokolov in razlag. &lt;/i&gt;&lt;font size=&quot;2&quot;&gt;&lt;b&gt;&lt;i&gt;Ker<br /> boste res rabili samo nekaj strani, se pri študiju tehničnih postopkov lahko oprete na kopije slik s predavanj, ki vam jih bom dal.&lt;/i&gt;&lt;/b&gt;&lt;/font&gt;&lt;br&gt;<br /> &lt;br&gt;<br /> &lt;/p&gt;<br /> <br /> ===Stara izpitna vprašanja===<br /> (2002/03, 2. rok)&lt;br&gt;<br /> &lt;i&gt;1. (3) Kaj pomenita pojma homologen in heterologen ekspresijski sistem?&lt;br&gt;<br /> 2. (3) Katere so prednosti in slabosti izražanja genov v insektnih celicah v primerjavi z drugimi gostiteljskimi organizmi?&lt;br&gt;<br /> 3. (2) Kakšno je skupno število baznih parov v genomu riža?&lt;br&gt;<br /> 4. (9) Opiši vektor (čemu služijo posamezni zapisi in regije na vektorju)! Za katere gostiteljske organizme ga lahko uporabimo? Kako lahko induciramo izražanje rekombinantne sintetaze? (slike ni on-line, ker je iz nekega članka – šlo je za ekspresijski vektor za E. coli)&lt;br&gt;<br /> 5. (4) Naštej 4 primere uporabe mestno-specifične mutageneze?&lt;br&gt;<br /> 6. (3) Zakaj pride do zaustavitve podaljševanja verige pri dodatku terminatorjev v sekvenčni reakciji?&lt;br&gt;<br /> 7. (6) V blatu ob jezeru Turkana so našli mumificirani trupli dveh osebkov, enega odraslega in enega otroka. Kako bi na osnovi njune DNA ugotovili, ali gre za starša z otrokom ali ne?&lt;br&gt;<br /> 8. (4) Opiši postopek hibridizacije fragmentov genomske DNA E. coli! Sonda je že pripravljena in detekcija bo potekla po navodilih proizvajalca – pripraviti je treba samo genomsko DNA za analizo.&lt;br&gt;<br /> 9. (6) Opiši princip delovanja dvohibridnega sistema na osnovi proteina Gal4!&lt;br&gt;<br /> 10. (5) Kaj vse lahko usmerjeno spreminjamo pri sončnicah za večji hektarski donos in kvaliteto semen?&lt;br&gt;<br /> 11. (4) Kaj pomeni oznaka His-tag, kje se pojavlja in katere so lastnosti rekombinantnih proteinov, ki vključujejo to oznako?&lt;br&gt;<br /> 12. (5) Kako bi lahko detektirali točkovno mutacijo v genu za laktalbumin s pomočjo 3 začetnih oligonukleotidov in fluorescenčnim označevanjem produktov?&lt;br&gt;<br /> 13. (3) Naštej 3 lastnosti episomskih vektorjev za kvasovke!&lt;br&gt;<br /> 14. (3) Po katerem principu poteka ločevanje nastalih produktov pri avtomatskih sekvenatorjih DNA?&lt;br&gt;<br /> &lt;br&gt;<br /> &lt;/i&gt;<br /> ===Rezultati pisnega dela izpita ===<br /> (tabela pripravljena za vnos podatkov)&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;table style=&quot;text-align: left; width: 677px; height: 302px;&quot;<br /> border=&quot;1&quot; cellpadding=&quot;2&quot;&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;'''vpisna številka (3001xxxx)'''&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;'''doseženih % (ocena)'''&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;'''ustni del izpita'''&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> <br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;/table&gt;<br /> <br /> &lt;em&gt;Kriterij za ocene iz pisnega dela je: 56%-65% za 6, 66%-74% za 7, 75%-82% za 8, 83%-90% za 9, &amp;gt;90% za 10. &lt;br&gt;<br /> V sistem e-študent vpisujem tudi negativne ocene po kriteriju: 0%-11% za 1, 12%-23% za 2, 24%-34% za 3, 35%-45% za 4, 46%-55% za 5.&lt;/em&gt;&lt;br&gt;<br /> ==================&lt;br&gt;<br /> <br /> ===Koristne povezave===<br /> &lt;ul&gt;<br /> &lt;li&gt;Kako čemu rečemo po slovensko? [http://bio.ijs.si/SBD/terminologija.html Terminološka komisija] pri [http://web.bf.uni-lj.si/bi/biokemija/SBD/sbd.htm Slovenskem biokemijskem društvu]&lt;/li&gt;<br /> &lt;li&gt;[http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/ Katedra za biokemijo] Fakultete za kemijo in kem. tehnologijo Univerze v Ljubljani&lt;/li&gt;<br /> &lt;li&gt;Razlage nekaterih osnovnih pojmov, novice, strani za študente in predavatelje s področja molekularne biologije, biotehnologije,<br /> tehnologije rekombinantne DNA: [http://www.accessexcellence.org/ Access Excellence] - tudi [http://www.accessexcellence.org/AB/GG/ slikovno gradivo].&lt;/li&gt;<br /> &lt;li&gt;Slovar [http://biotechterms.org/sourcebook/index.phtml biotehnoloških] izrazov (vsi slovarji so v angleščini).&lt;/li&gt;<br /> &lt;li&gt;Slovar [http://www.weihenstephan.de/%7Eschlind/genglos.html?list=1 genetskih izrazov]&lt;/li&gt;<br /> &lt;li&gt;Slovar [http://www.mblab.gla.ac.uk/dictionary/graphic.html celične biologije];&lt;/li&gt;<br /> &lt;li&gt;Slovar [http://www.fao.org/biotech/index_glossary.asp biotehnologije in genetskega inženirstva] (FAO)&lt;/li&gt;<br /> &lt;/ul&gt;<br /> &lt;p&gt;&lt;b&gt;Komentarji, vprašanja in odgovori:&lt;/b&gt;&lt;br&gt;<br /> &lt;br&gt;<br /> Na &lt;u&gt;strokovna vprašanja&lt;/u&gt; bom poskušal odgovoriti na predavanjih, če pa niste moji študenti, pa na kratko tudi po e-pošti.&lt;br&gt;<br /> Pišite mi tudi, če katera od povezav na tej strani ne deluje več ali če veste za kakšno drugo dobro povezavo, ki bi jo veljalo vključiti.&lt;/p&gt;</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Molekularna_biologija&diff=4158 2010-10-22T08:40:26Z

<p>WikiSysop: New page: Predmet 2. letnika študijskega programa Biokemija. Izvaja se v poletnem semestru. Ima 45 h predavanj, 20 h semnarjev in 10 h laboratorijskih vaj, skupaj 5 kreditnih točk ECTS. Nosilec p...</p> <hr /> <div>Predmet 2. letnika študijskega programa Biokemija. Izvaja se v poletnem semestru. Ima 45 h predavanj, 20 h semnarjev in 10 h laboratorijskih vaj, skupaj 5 kreditnih točk ECTS.<br /> <br /> Nosilec predmeta: doc. dr. [mailto:marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si Marko Dolinar]. Temi Dinamika proteinske strukture in Povezava struktura - funkcija predava doc. dr. Gregor Gunčar.<br /> <br /> Izpitni roki: 27.6., 6.7., 30.8. in 23.9. 2011.<br /> Delni izpiti niso predvideni.<br /> <br /> === Teme predavanj ===<br /> # Mehanizem podvojevanja DNA<br /> # Rekombinacija in popravljanje mutacij<br /> # Transkripcija in posttranskripcijski procesi<br /> # Genetski kod in tRNA<br /> # Ribosomi in translacija<br /> # Struktura kromosomov in organizacija genoma<br /> # Kontrola izražanja pri prokariontih in evkariontih<br /> # Usmerjanje proteinov in posttranslacijske modifikacije<br /> # Razgradnja proteinov<br /> # Dinamika proteinske strukture<br /> # Primeri povezave med strukturo in delovanjem proteina<br /> # Virusi<br /> # Čutila<br /> <br /> === Teme seminarjev ===<br /> Seminarji bodo vključeni v termine predavanj, obdelali pa bomo poglavja, ki se navezujejo na snov predavanj oziroma jo dodatno ilustrirajo.<br /> <br /> === Teme laboratorijskih vah ===<br /> Navodila za vaje boste dobili pred začetkom vaj, to bo predvidoma v mesecu maju. Predvidene teme so: <br /> * Laktozni operon in alfa-komplementacija<br /> * Transdukcija bakterij in ciklus faga lambda<br /> * Utišanje genov</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Biokem-1&diff=4157 2010-10-22T08:24:14Z

<p>WikiSysop: /* 4. semester */</p> <hr /> <div>'''Študij biokemije na 1. stopnji'''&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> Na tej strani so samo povezave do tistih predmetov, ki imajo svoje spletne strani ali svoj wiki. Za splošne opise si oglejte [http://www.fkkt.uni-lj.si/si/?1826 splošni predmetnik] in povezave na njem.&lt;br&gt;<br /> Vsi predmeti imajo po 5 kreditnih točk (ECTS = KT), kar ustreza ~150 uram dela (kontaktne ure, priprava poročil, seminarjev in študij za izpit). Izjema je diplomsko delo v 6. semestru, ki ima 15 KT, kar ustreza ~450 uram dela.<br /> <br /> ===1. semester===<br /> * Matematika I<br /> * Fizika I<br /> * Splošna kemija<br /> * Kemijski praktikum<br /> * Splošna biologija<br /> * Splošni ali strokovni izbirni predmet (1)&lt;br&gt;<br /> (1) izbirate lahko med predmeti Uporaba IKT v naravoslovju in tehniki, Angleščina, Podjetništvo, Športna vzgoja, Praktično usposabljanje<br /> ===2. semester===<br /> * Matematika II<br /> * Fizika II<br /> * Anorganska kemija<br /> * Organska kemija I<br /> * [[Temelji biokemije]]<br /> * [[Biokemijski praktikum]]&lt;br&gt;<br /> <br /> ===3. semester===<br /> * Organska kemija II<br /> * Fizikalna kemija I<br /> * Struktura atomov in molekul<br /> * Biologija celice<br /> * [[BiokemijaDva|Biokemija]]<br /> * Splošni ali strokovni izbirni predmet (1)&lt;br&gt;<br /> (1) izbirate lahko med predmeti Uporaba IKT v naravoslovju in tehniki, Angleščina, Podjetništvo, Športna vzgoja, Praktično usposabljanje ali splošni predmet drugega programa&lt;br&gt;<br /> <br /> ===4. semester===<br /> * Fizikalna kemija II<br /> * Instrumentalne metode analize<br /> * [[Molekularna biologija]]<br /> * Mikrobiologija<br /> * Temelji fiziologije<br /> * Biokemijska informatika&lt;br&gt;<br /> <br /> ===5. semester===<br /> * Spektroskopske metode v biokemiji<br /> * Molekulsko kloniranje<br /> * Encimatika<br /> * Molekularna imunologija z imunokemijo<br /> * Osnove genetike<br /> * Strokovni izbirni predmet (1)&lt;br&gt;<br /> (1) izbirate lahko med predmeti, navedenimi kot izbirni v 1. in 2. letniku ali na med tistimi, navedenimi pri 6. semestru<br /> <br /> ===6. semester===<br /> * Struktura proteinov<br /> * Strokovni izbirni predmet 1 (1)<br /> * Strokovni izbirni predmet 2 (1)<br /> * Diplomsko delo<br /> (1) izbirate lahko med predmeti Osnove biokemijskega inženirstva, Osnove farmakologije, Rastlinska biokemija, Uporaba encimov, Virologija, Kemijska analiza živil, Funkcijska genomika<br /> <br /> [[Category:BMB]]<br /> [[Category:PED]]</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Tehnologija_rekombinantne_DNA&diff=4129 2010-10-21T13:17:53Z

<p>WikiSysop: /* NOVO */</p> <hr /> <div>=TEHNOLOGIJA REKOMBINANTNE DNA=<br /> &lt;br&gt;<br /> <br /> ===NOVO===<br /> [20.10.] Naslednji izpitni rok bo 8. decembra ob 13:15 v predavalnici 223 na Aškerčevi.<br /> <br /> [5.10.] V tem semestru bodo govorilne ure ob četrtkih ob 15. uri, lahko pa se najavite na konzultacije v času, <br /> ko sem prisoten - okvirni razpored zasedenosti je na mojem [http://openwetware.org/wiki/User:Marko_Dolinar koledarju]. <br /> <br /> [8.6.'09] Za vse, ki ne veste, kje so stara izpitna vprašanja - [http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/TrDNA/TrDNA_izpiti06.pdf tule] so.<br /> <br /> ===Odgovori na vprašanja===<br /> (1) Na konzultacijah se je pojavilo vprašanje, zakaj retrovirusi ne morejo okužiti celic, ki se ne delijo (poglavje o genskem zdravljenju).<br /> Problem je v tem, da pri celicah, ki se ne delijo, ne pride do integracije z reverzno transkriptazo prepisanega virusnega genoma v genom okužene celice. Obstajajo tri možne razlage, zakaj to ni možno. Po prvi naj bi bila integracijska mesta v normalnem kromatinu nedostopna, po drugi naj bi v procesu podvojevanja DNA in delitve celice integracijski kompleks lažje dostopal do tarčnih mest, po tretji pa naj bi celični proteini, ki se vežejo na DNA med podvojevanjem, omogočili sestavljenemu integracijskemu kompleksu usmerjen dostop do vključitvenih mest. Proces integracije retrovirusne DNA v genom gostiteljske celice je natančno razložen v [http://www.cell.com/trends/genetics/abstract/S0168-9525(06)00148-X članku] v Trends in Genetics (2006). <br /> <br /> (2) Pri predavanjih nisem dobro razložil postopka onkolize z adenovirusi. Za ilustracijo si oglejte slike v sklopu L2. Ključno za razumevanje je, da veste, da je protein p53 tumorski supresor, ki je v tumorskih celicah najpogosteje nefunkcionalen. Okužba zdravih celic (p53 deluje normalno) z divjim tipom adenovirusa povzroči od p53-odvisno apoptozo, ki pa se izrazi tako počasi, da se medtem virus še lahko namnoži. Za tako zakasnjeno sprožitev apoptoze mora priti do interakcije med virusnim proteinom E1B in celičnim p53. Če pripravimo viruse z delecijo gena E1B, potem zakasnitve apoptoze v zdravih celicah ne bo, kar pomeni, da se v zdravih celicah virus ne bo mogel razmnoževati. V tumorskih celicah pa protein p53 ni funkcionalen, torej do apoptoze ne more priti, zato se adenovirus lahko namnoži, celico uniči, hkrati pa namnoženi virusi lahko okužijo sosednje celice. O izkušnjah z adenovirusnimi in drugimi onkolitičnimi virusnimi preparati si lahko več preberete v kratkem [http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0140673605714070 članku] iz Lanceta, o [http://www.nature.com/onc/journal/v19/n56/pdf/1204094a.pdf mehanizmu delovanja] pa precej natančno v reviji Oncogene. Vedeti je treba, da je adenovirus treba injicirati čimbolj natančno v tumor, tako da je škoda za okoliške zdrave celice, ki do neke mere res odmrejo, kar najmanjša.<br /> <br /> <br /> <br /> ===Podatki o predmetu===<br /> {|border=&quot;1&quot;<br /> |-<br /> |'''Izvedba predmeta'''<br /> |'''Predavanja:''' 60 ur, zimski semester 4. letnika univerzitetnega študija biokemije; skupni predmet (za vse sklope)&lt;br&gt; [[TrDNA-vaje|'''Vaje:''']] 60 ur, druga polovica poletnega semestra 4. letnika univerzitetnega študija biokemije; predmet samo za študente sklopa A.<br /> |-<br /> |'''Predavatelj'''<br /> |doc. dr. [mailto:marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si Marko Dolinar]<br /> |-<br /> |'''Urnik 2008/09'''<br /> |zimski semester: sreda 16:00 do 18:00 in petek 12:30 do 14:30 v predavalnici D30 na dekanatu&lt;br&gt;<br /> Dvourna predavanja imajo ~10 minutni odmor.<br /> |-<br /> |'''Govorilne ure'''<br /> |V času semestra vsak četrtek od 15h do 16h in/ali po predhodnem dogovoru po telefonu (01) 2419-480; oglasite se na Jamovi 39 ( Institut &quot;Jožef Stefan&quot;), stavba B, soba 109. <br /> |-<br /> |'''Izpitni roki 2010/11'''<br /> |<br /> * zimsko izpitno obdobje: okrog 25. januarja 2011&lt;br&gt;<br /> * poletno izpitno obdobje: okrog 10. junija 2011&lt;br&gt;<br /> * jesensko izpitno obdobje: okrog 30. avgusta 2011&lt;br&gt;<br /> <br /> (Vsak absolventski letnik si lahko izbere en rok po lastni izbiri - to velja za vsakokratni tekoči absolventski letnik samo enkrat in pri tem predmetu. V št. letu 2008/9 je bil ta rok 26.7.2010.)&lt;br&gt;<br /> '''Samo absolventom''' bosta namenjena dva roka zunaj izpitnih obdobij:&lt;br&gt;<br /> * konec novembra 2010&lt;br&gt;<br /> * sredina aprila 2011&lt;br&gt;<br /> <br /> Od 4. opravljanja dalje je treba izpit plačati, zato se na izpitni rok prijavite samo, če ste prepričani, da ste se snov dobro naučili in ste jo sposobni tudi kritično uporabiti na primerih. Prijavnic študentom, ki ne bodo prišli na izpit, ne nameravam vračati, saj za to ne vidim nobenega razloga. Odjave pred izpitom pa upoštevam - ne glede na razlog za odpoved - do trenutka, ko začnem deliti izpitne pole.&lt;br&gt;<br /> V preteklem študijskem letu so bili izpiti: 1.12., 19.2., 20.4., 21.6., 26.7. in 30.8.&lt;br&gt;<br /> |-<br /> |'''Diplomska dela'''<br /> |Teme in pogoji za opravljanje [http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/TrDNA/Teme_DIPL_2009-10.pdf diplomskih nalog] s področja tehnologije rekombinantne DNA na Katedri za biokemijo v študijskem letu 2009/10: priprava evkariontskega ekspresijskega vektorja, izražanje in analiza rekombinantnih fuzijskih proteinov, razvoj sinteznobiološkega sistema za mutagenezo, vpliv N-končnih zaporedij na raven izražanja in topnost rekombinantnih proteinov. &lt;br&gt;<br /> Na Institutu &quot;Jožef Stefan&quot; obstaja možnost priprave več diplomskih nalog na treh odsekih s področja biokemije in molekularne biologije [http://bio.ijs.si/prot/ B1], [http://bio.ijs.si/tox/ B2], [http://bio.ijs.si/biotech/index.html B3].&lt;br&gt;<br /> |-<br /> |'''Študijska literatura'''<br /> |Bernard R. Glick, Jack J. Pasternak: [http://estore.asm.org/viewItemDetails.asp?ItemID=309 Molecular Biotechnology], Principles and applications of recombinant DNA, 3rd edition, ASM Press, Washington, 2003 [ISBN 1-55581-269-4] &lt;br&gt;<br /> &lt;i&gt;Par izvodov 2. izdaje je bilo naročenih za knjižnico (FKKT/CTK). Cena pri založbi je bila 57 USD. V knjigi je biotehnološki del razložen bolj obširno, kot je potrebno za ta predmet. &lt;/i&gt;&lt;i&gt;Študirate še lahko po 2. izdaji; tudi strani zgoraj, v opisu tem, se nanašajo na 2. izdajo, ki&amp;nbsp; je na voljo v CTK (2 izvoda) in na Veterinarski fakulteti (piše v Cobissu). &lt;/i&gt;&lt;br&gt;<br /> Pomožni učbenik: Sandy Primrose, Richard Twyman, Bob Old: [http://www.blackwellpublishing.com/primrose/ Principles of Gene Manipulation], 6th edition, Blackwell Science, Oxford, 2001 (cena pri založbi je 29.50 GBP; moj osebni izvod si lahko sposodite za kakšen dan, če želite). Povezava zgoraj vas pripelje na domačo stran učbenika, kjer je tudi nekaj slikovnega gradiva in vprašanj za ponavljanje snovi (v glavnem so lahka).&lt;br&gt;<br /> Ker idealnega učbenika ni, bo nekaj poglavij povzetih po drugih virih - te bom navedel na predavanjih in po možnosti sproti dopolnjeval na tej<br /> strani.<br /> |-<br /> |'''Cilji'''<br /> |Pričakujem, da boste po opravljenem izpitu znali po stopnjah razložiti, kako ustvarimo rekombinantni organizem, da boste razumeli biokemijsko naravo postopkov in reakcij, ki so za to potrebni, da boste (z nekaj občutka za živi svet) zagovarjali svoje mnenje o etičnih in strokovnih vidikih genske tehnologije. Po opravljenem izpitu bi morali biti sposobni razumeti metodološki del dobro napisanega strokovnega članka s področja molekularne biologije, ki vključuje gensko-tehnološke pristope. Prav tako mislim, da bi študenti morali znati sami sestaviti zaporedje reakcij, ki so potrebne za določen poskus. Za študente, ki bodo opravljali tudi vaje, pa pričakujem, da bi nekatere osnovne tehnike bili sposobni tudi ponoviti po članku/patentu in da bi znali sami načrtati nekaj osnovnih poskusov (vključno z mikrolitri posameznih reagentov v reakciji).<br /> |-<br /> |'''Potek predavanj'''<br /> |Teme po datumih so v spodnji tabeli. Vsebine tematskih sklopov so na dnu strani.&lt;br&gt;<br /> Predavanja bodo po urniku: po 2 uri z vmesnimi ~10 minutami odmora.&lt;br&gt;<br /> Večina predavanj bo v obliki razlag. Zadnji 2 uri pred izpitom sem si predstavljal kot klasični [http://www.perseus.tufts.edu/cgi-bin/ptext?doc=Perseus%3Atext%3A1999.04.0059%3Aentry%3D%239098 ''colloquium''] - pogovor o stvareh, ki se vam ne zdijo dorečene, dobro razložene, ki vas mučijo strokovno, etično, kakorkoli. Ta pogovor se po navadi ne posreči v celoti kot si ga predstavljam, vsekakor pa je to priložnost, da razjasnimo stvari, ki so bile morda nejasne med predavanji. Zadnji dve leti za izvedbo tega razgovora ni bilo časa.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> Če vnaprej veste, da ne boste mogli priti (kot letnik) na kakšno predavanje, mi to prosim sporočite vnaprej. V takem primeru se bomo dogovorili, ali temo predelamo samo shematsko ali jo nadomestimo kasneje oz. v drugem terminu. Predavanj je 60 šolskih ur in toliko jih moram/želim tudi imeti. Izjeme so seveda ure, ki padejo na dneve, ki jih fakultetni koledar vnaprej določi za proste. Če vas bo na predavanja prišlo manj kot 5, teme ne bom podrobno razlagal, pač pa samo orisal glavne značilnosti.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> Na predavanjih želim, da me prekinete, čim vam razlagana snov ni jasna. Teme niso zapletene, računanja pri teoretičnem delu praktično ne bo,<br /> tudi ne kakšnih izpeljav in podobnega. Upam, da boste o temah razmišljali pred in/ali po predavanjih, ne samo na koncu, med izpitom.&lt;br&gt;<br /> Po koncu predavanj bo pisni izpit s kratkim ustnim zagovorom (praviloma ne več kot 1 teden po pisnem izpitu) za vse študente, ki so opravili pisni del. Teoretični sklopi (A-G) so osnova za razumevanje aplikativnih tem (H-M); vprašanja bodo z obeh področij. Teme iz sklopa N ne pridejo v poštev za izpit (kar ne pomeni, da vas ne pričakujem na teh predavanjih), zato se za prvi rok lahko začnete pripravljati že med novoletnimi prazniki. V pomoč pri preverjanju učenja so vam lahko tudi vprašanja s prejšnjih rokov.&lt;br&gt;<br /> |-<br /> |'''Ocenjevanje&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;Statistika&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;Fakultativni seminarji in končna ocena predmeta&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;Popravljanje ocene&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;Absolventi&lt;br&gt;'''<br /> |<br /> Ob vsakem izpitnem vprašanju bo navedeno število točk, ki jih dobite za povsem pravilen odgovor, tako da se lahko bolj posvetite vprašanjem, ki prinašajo več točk. Tudi kriterij za ocenjevanje je znan vnaprej in je povsem aritmetičen in neodvisen od raznih statističnih razrezov. Iz dosedanjih izkušenj lahko rečem, da se študentom pisni izpit zdi težji, kot so pričakovali. Na ustni del izpita lahko pride samo, kdor zbere pri pisnem izpitu vsaj 55 % vseh možnih točk (ocena 6). &lt;br&gt;<br /> <br /> Statistka za leto 2010 kaže, da je pozitivno oceno dobilo (na posameznih rokih) med 54 % in 75 % prijavljenih študentov. Povprečje doseženih točk na posameznih rokih je bilo med 49 % in 63 %, povprečje končnih ocen na vseh 5 rokih v tem letu pa je bilo 7,37 (to je nekoliko bolje kot leta 2006 in zelo podobno kot leta 2008, a precej slabše kot npr. leta 2007, ko je bila povprečna ocena 8,04). Ocene so bile 1-krat 10, 2-krat 9, 7-krat 8, 7-krat 7 in 11-krat 6.&lt;br&gt;<br /> <br /> Kdor bi želel predstaviti kakšen seminar (15-20 minut), naj se javi pri meni, da se dogovoriva za temo in termin. Uspešna predstavitev prinese do 5 % točk, ki se dodajo točkam pisnega izpita (teoretično lahko torej s tem zberete 105 %). Pri ustnem delu izpita (ki naj ne bi bil daljši kot 20 minut) lahko oceno s pisnega dela popravite ali poslabšate za do 2 oceni (primer 1: pisali ste 61 %, to bi bilo 6, odgovarjate izjemno dobro, popravite na največ 8; primer 2: pišete 81 %, kar je 8, pripravili ste še kar dober seminar, zato dobite še 4 %, skupaj 85 % (to bo že 9), nato pa izrečete veliko neumnost na zagovoru in končna ocena bo 7).&lt;br&gt;<br /> <br /> V preteklosti je bilo nekaj nejasnosti glede ocenjevanja, zato poudarjam, da je uspeh pri pisnem delu osnova za končno oceno; na zagovoru lahko preverim manj tem, zato ta del šteje manj. Pričakujem pa, da bo zagovor v okviru znanja na pisnem delu - v tem primeru se ocena ne spremeni, če pa pri zagovoru pokažete boljše ali slabše znanje, kot je kazalo pri pisnem delu, lahko to oceno spremeni za eno, pri ZELO slabem ali ZELO dobrem znanju pa za dve oceni.&lt;br&gt;<br /> <br /> Oceno z izpita je mogoče popraviti. Popravljanje je mogoče samo enkrat in samo na enem od razpisanih izpitnih rokov. V skladu s priporočilom<br /> Rektorata UL (spomladi 2002) velja ocena, ki je višja. Ocene s komisijskega roka ni mogoče popravljati (sklep Študijske komisije FKKT iz leta 2007).&lt;br&gt;<br /> <br /> Absolventi opravljajo izpit na rednih rokih za študente 4. letnika in po programu tekočega letnika. Razen tega sem letos za absolvente razpisal še dva izredna, t.im. absolventska roka. Ker morate absolventi znati tekočo snov, bom občasno objavljal, katere teme so spremenjene/dodane. &lt;br&gt;<br /> |-<br /> |'''Ostalo'''<br /> |Koristne povezave&lt;br&gt; Komentarji, vprašanja in odgovori&lt;br&gt;<br /> ''glej spodaj na tej strani''<br /> |}<br /> &lt;br&gt;<br /> <br /> ===Teme po datumih v štud. letu 2010/11===<br /> &lt;i&gt;(teme so opisane pod tabelo v predmetniku)&lt;/i&gt;<br /> &lt;table border=&quot;1&quot; cellpadding=&quot;2&quot; width=&quot;60%&quot;&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;datum&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;tema&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;datum&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;tema&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;6. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;A1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;8. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;A2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;13. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;A2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;15. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;B1&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;20. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;B2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;22. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;B2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;27. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;C1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;29. oktober&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;C1, C2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;3. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;C2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;5. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;D1&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;10. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;D1,D2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;12. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;D2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;17. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;E1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;19. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;E2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;24. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;F1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;26. november&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;F2&lt;br&gt;<br /> &lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;1. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;G1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;3. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;G2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;8. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;H1-2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;10. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;predvidoma '''H1''' - predava K. Drobnič&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;15. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;I1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;17. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;I2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;22. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;J1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;24. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;J2&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;29. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;ni predavanj&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;31. december&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;ni predavanj&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;5. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;K1&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;7. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;K1,K2&lt;br&gt;<br /> &lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;12. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;K2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;14. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;L1&lt;br&gt;<br /> &lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;17. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;L2&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;19. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;M1&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;24. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;M2&lt;br&gt;<br /> &lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;25. januar&lt;/td&gt;<br /> &lt;td valign=&quot;top&quot;&gt;N1-2&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;/table&gt;<br /> <br /> ===Predmetnik===<br /> oznake: MB...Glick &amp; Pasternak: [http://www.amazon.com/Molecular-Biotechnology-Principles-Applications-Recombinant/dp/1555812694/ref=ed_oe_p/104-6946145-5875937?ie=UTF8 Molecular Biotechnology] (strani se nanašajo na starejšo 2. izdajo, ki je tudi v CTK), PGM...Primrose, Twyman &amp; Old (pomožni učbenik; številke so strani, ki obsegajo določeno temo): [http://www.amazon.com/gp/product/0632059540/sr=1-4/qid=1154531443/ref=sr_1_4/104-1519085-8307111?ie=UTF8&amp;s=books Principles of gene manipulation], 'Maniatis'...Sambrook&amp;Russel: Molecular cloning. A laboratory manual.<br /> &lt;br&gt;<br /> Razdelitev po 2-urnih sklopih in osnovna literatura:&lt;br&gt;<br /> &lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;[http://openwetware.org/wiki/FCCT_Biochemistry_Lab:Courses:TrDNA:A1 A1]&lt;/b&gt; Namen predmeta, potek predavanj; osnove tehnologije rekombinantne DNA, zgodovina [MB 3-12] (več kot malo tudi na [http://www.accessexcellence.org/AB/BC/ WWW]), zakonodaja (SI: [http://www2.gov.si/zak/Zak_vel.nsf/067cd1764ec38042c12565da002f2781/c12563a400338836c1256bf4002324e9?OpenDocument Zakon o ravnanju z GSO]; [http://www.biosafety.be/Menu/BiosEur.html predpisi EU]; [http://www2.gov.si/zak/Zak_vel.nsf/067cd1764ec38042c12565da002f2781/c12563a400338836c125668d0026ce05?OpenDocument konvencija] o člov. pravicah v zvezi z biomedicino in protokol o prepovedi kloniranja človeških bitij); &lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;A2&lt;/b&gt; Laboratorijski organizmi [MB 13-18]; varnost [http://www.biotechnology-gmo.gov.si/ Slovenski portal biološke varnosti]; ameriški standardi: [http://www4.od.nih.gov/oba/rac/guidelines/guidelines.html navodila NIH]&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;B1 &lt;/b&gt;Elektroforezne metode (nekatere [http://arbl.cvmbs.colostate.edu/hbooks/genetics/biotech/gels/principles.html osnove]<br /> na straneh Colorado State University). Encimi v tehnologiji rekombinantne DNA [MB 45-51 + 'Maniatis', PGM 26-42]&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;B2 &lt;/b&gt;Vektorji [MB 51-59; 68-74; PGM 43-84]. Reporterski geni [http://www.the-scientist.com/article/display/12529/ pregled] reporterskih sistemov v reviji The Scientist 7/2001).&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;C1 &lt;/b&gt;Sinteza cDNA, priprava knjižnic [MB 59-68; PGM 83-119]. Transformiranje celic [MB 74-75]. &lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;C2 &lt;/b&gt;Sinteza DNA &lt;i&gt;in vitro&lt;/i&gt;. Različne izvedbe PCR. [MB 79-108; PGM 19-25] &lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;D1 &lt;/b&gt;Hibridizacija, sonde – načini označevanja [MB 59-66 + označevanje sond]. Določanje nukleotidnega zaporedja [MB120-132].&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;D2 &lt;/b&gt; DNA-mikromreže [http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_microarray sestavek] v Wikipediji, na [http://www.gene-chips.com/ gene-chips.com] in [http://www.the-scientist.com/article/display/15684/ pregled] (2005) v reviji The Scientist; [http://science-education.nih.gov/newsnapshots/TOC_Chips/toc_chips.html gradivo] za ameriške srednje šole.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;E1 &lt;/b&gt; Ekspresijski sistemi - splošno ([http://www.embl-heidelberg.de/ExternalInfo/geerlof/draft_frames/frame_flowchart_ext.htm opisi nekaterih metod] na straneh EMBL - &lt;i&gt;deluje v programu Internet Explorer&lt;/i&gt;).&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;E2 &lt;/b&gt; Izražanje v prokariontih: vektorji, fuzije, optimizacija proizvodnje; usmerjena lokalizacija, topnost, stabilnost in renaturacija ([MB 109-143 + renaturacije: [http://www.embl-heidelberg.de/ExternalInfo/geerlof/draft_frames/flowchart/extraction_clarification/denaturation_refolding.html kratek pregled]; PGM 139-155).&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;F1 &lt;/b&gt; Izražanje v kvasovkah in nitastih glivah [MB 145-154; PGM 156-173].&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;F2 &lt;/b&gt; Izražanje v gojenih živalskih in človeških celicah [MB 154-169; PGM 174-220].&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;G1 &lt;/b&gt; Mutageneza – pristopi; proteinsko inženirstvo. [MB171-195; PGM 132-138] &lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;G2 &lt;/b&gt; Predstavitev na fagih ([MB122-124 + [http://www.imbf.ku.dk/Bill_Willats/PMB%20phage%20display1%20nw.pdf pregledni članek] W.G.T. Willats, Plant Mol. Biol., 2002). Dvohibridni sistem kvasovk - nekaj [http://proteome.wayne.edu/YTHnetworks.html podrobnosti]; princip dvohibridnega sistema [http://bio.ijs.si/TrDNA/Y2H_Jenks.ppt PPT] in uporaba pri iskanju proteinov, ki interagirajo [http://bio.ijs.si/TrDNA/Y2H_fishing_Jenks.ppt PPT] - avtor [http://www.celanphy.sci.kun.nl/jenks.htm Bruce Jenks], Univ. Nijmegen, Nizozemska.&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;H1 &lt;/b&gt; Forenzična genetika / prstni odtis DNA (glej tudi [http://en.wikipedia.org/wiki/Genetic_fingerprinting poglavje] v Wikipediji, za začetek morda tudi [http://www.kemija.org/index.php?option=com_content&amp;amp;task=view&amp;amp;id=71&amp;amp;Itemid=1 sestavek] na kemija.org). Predavala bo predvidoma [http://www.mladina.si/tednik/200030/clanek/i-drobnic/ prof. dr. Katja Drobnič] s Centra za kriminalistično-tehnične preiskave MNZ.&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;H2 &lt;/b&gt; DNA-diagnostika [MB206-224]. Uporaba TrDNA v sistematiki in ekologiji (teorija in preprost [http://www.cdc.gov/ncidod/eid/vol3no3/pienz.htm primer]). Proizvodnja rekombinantnih reagentov [MB227-276].&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;I1 &lt;/b&gt; Molekularna biotehnologija: uporaba rekombinantnih organizmov [MB 277-309], uporaba biomase [MB 311-345]. &lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;I2 &lt;/b&gt; Rekomb. bakterije v agronomiji [MB 347-397]. Rekombinantna DNA v rastlinskih sistemih [MB227-276, PGM 221-246]. &lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;J1 &lt;/b&gt; Uporaba rastlin v molekularni biotehnologiji (MB 445-477; kratek poljudni uvod tudi na [http://www.colostate.edu/programs/lifesciences/TransgenicCrops/how.html WWW]). Gensko spremenjena hrana (dileme: glej [http://www.connectotel.com/gmfood/ novice] nasprotnikov GSH na WWW).&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;J2 &lt;/b&gt; Izvorne celice ([http://stemcells.nih.gov/info/scireport/2006report.htm uvod] in osnovni pojmi na strani NIH; [http://www.newscientist.com/hottopics/cloning/ izvorne celice] na Kimball's Biology Pages; poljudni članek Nejca Jelena o izvornih celicah in njihovi uporabi - na kemija.org: [http://www.kemija.org/index.php?option=com_content&amp;amp;task=view&amp;amp;id=90&amp;amp;Itemid=37&quot; 1. del], [http://www.kemija.org/index.php?option=com_content&amp;amp;task=view&amp;amp;id=89&amp;amp;Itemid=37&quot; 2. del]). Transgenske živali [MB 479-505, PGM 247-273].&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;K1 &lt;/b&gt; Tehnologija izbijanja genov ([http://www.the-scientist.com/article/display/11976/ splošen uvod] na straneh revije The Scientist). Utišanje genov z RNAi (osnove v [http://www.nature.com/nrg/journal/v2/n2/animation/nrg0201_110a_swf_MEDIA1.html animaciji] revije Nature Reviews Genetics - &lt;i&gt;zahteva pripomoček FlashPlayer&lt;/i&gt;; Nobelova nagrada za fiziologijo 2006 - [http://nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/2006/adv.html razlaga]. Kloniranje sesalcev [http://news.bmn.com/hmsbeagle/103/notes/feature3 splošno], [http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_animals_that_have_been_cloned seznam] doslej kloniranih sesalcev in [http://en.wikipedia.org/wiki/Cloning#Animals poglavje] o kloniranju živali na Wikipediji; [http://www.nature.com/news/2007/070219/full/445800a.html povzetek] v reviji Nature: 10 let po objavi članka o ovci Dolly). &lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;K2 &lt;/b&gt;Projekt Človekov genom [http://www.sciencemag.org/content/vol291/issue5507 posebna ševilka revije Science] ob objavi zaporedja človekovega genoma, [http://www.nature.com/nature/journal/v409/n6822/full/409814a0.html novica] v reviji Nature in povezave). Določanje zaporedij drugih genomov [http://en.wikipedia.org/wiki/Genome_project genomski projekti] na Wikipediji).&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;L1 &lt;/b&gt; Genomika – proteomika ([http://www.nature.com/genomics/post-genomics/action.html o ~ómikah] v reviji Nature; [http://en.wikipedia.org/wiki/Proteomics proteomika] na Wikipediji). Farmakogenomika [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/primer/pharm.html sestavek]<br /> na NCBI).&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;L2 &lt;/b&gt; Tehnologija rekombinante DNA v medicini. Gensko zdravljenje [MB555-590]. Aptameri [http://en.wikipedia.org/wiki/Aptamer na Wikipediji]&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;M1 &lt;/b&gt; Patentiranje, dileme, možnosti. (MB 591-620; [http://www.uil-sipo.si/uploads/media/uil_seznam-predpisov_03-2007.pdf slovenska] zakonodaja (v formatu PDF), [http://www.european-patent-office.org/legal/epc/index.html evropska] patentna konvencija).&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;M2 &lt;/b&gt; Etika ter družbena sprejemljivost. [http://www.ornl.gov/hgmis/elsi/patents.html Patentiranje v genetiki] in [http://www.ornl.gov/hgmis/elsi/elsi.html Etični, sociološki in zakonodajni] vidiki na straneh programa Človekov genom; [http://www.accessexcellence.org/AB/IE/ Etična vprašanja] v biotehnologiji; UNESCO: [http://portal.unesco.org/en/ev.php-URL_ID=13177&amp;amp;URL_DO=DO_TOPIC&amp;amp;URL_SECTION=201.html Svetovna deklaracija] o človekovem genomu in človekovih pravicah).&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;b&gt;N1-2 &lt;/b&gt; Novi pristopi v tehnologiji rekombinantne DNA (nove tehnike, reagenti in pristopi pri kloniranju in čiščenju rekomb. proteinov; pregled novih sistemov na trgu)&lt;br&gt;&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;O1 &lt;/b&gt; ponovitve, poglabljanje, odprta vprašanja&lt;br&gt;<br /> &lt;b&gt;O2 &lt;/b&gt; zaključni pisni izpit in zagovor&lt;br&gt;<br /> __<br /> &lt;p&gt;*(&lt;i&gt;za prebiranje WWW strani se morate prijaviti v BioMedNet, je pa zastonj in vam omogoča dostop do še več drugih virov in informacij s področja molekularne biologije in biomedicine&lt;/i&gt;).&lt;/p&gt;<br /> <br /> &lt;p&gt;&lt;u&gt;'Maniatis':&lt;/u&gt; &lt;i&gt;tako na kratko imenujemo laboratorijski priročnik, ki je bil pred leti številka 1 v laboratorijih, saj vsebuje osnovne razlage in veliko postopkov za delo. Pravi vir je: Sambrook, J., Fritsch, E.F., Maniatis, T., Molecular Cloning. A laboratory manual. 2nd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press 1989. Obstaja tudi 3. izdaja. Ne poskušajte si te knjige izposoditi v knjižnicah, ker jo povsod rabijo v laboratorijih. Tudi kupovati je nima smisla, razen če nameravate odpreti lasten laboratorij. Enako uporabna in (ne)dostopna je '&lt;/i&gt;&lt;i&gt;&lt;u&gt;rdeča knjiga&lt;/u&gt;&lt;/i&gt;&lt;i&gt; ', uradno F.M. Ausubel et al.: Current Protocols in Molecular Biology, J. Wiley &amp;amp; Sons - trenutno 5 debelih map protokolov in razlag. &lt;/i&gt;&lt;font size=&quot;2&quot;&gt;&lt;b&gt;&lt;i&gt;Ker<br /> boste res rabili samo nekaj strani, se pri študiju tehničnih postopkov lahko oprete na kopije slik s predavanj, ki vam jih bom dal.&lt;/i&gt;&lt;/b&gt;&lt;/font&gt;&lt;br&gt;<br /> &lt;br&gt;<br /> &lt;/p&gt;<br /> <br /> ===Stara izpitna vprašanja===<br /> (2002/03, 2. rok)&lt;br&gt;<br /> &lt;i&gt;1. (3) Kaj pomenita pojma homologen in heterologen ekspresijski sistem?&lt;br&gt;<br /> 2. (3) Katere so prednosti in slabosti izražanja genov v insektnih celicah v primerjavi z drugimi gostiteljskimi organizmi?&lt;br&gt;<br /> 3. (2) Kakšno je skupno število baznih parov v genomu riža?&lt;br&gt;<br /> 4. (9) Opiši vektor (čemu služijo posamezni zapisi in regije na vektorju)! Za katere gostiteljske organizme ga lahko uporabimo? Kako lahko induciramo izražanje rekombinantne sintetaze? (slike ni on-line, ker je iz nekega članka – šlo je za ekspresijski vektor za E. coli)&lt;br&gt;<br /> 5. (4) Naštej 4 primere uporabe mestno-specifične mutageneze?&lt;br&gt;<br /> 6. (3) Zakaj pride do zaustavitve podaljševanja verige pri dodatku terminatorjev v sekvenčni reakciji?&lt;br&gt;<br /> 7. (6) V blatu ob jezeru Turkana so našli mumificirani trupli dveh osebkov, enega odraslega in enega otroka. Kako bi na osnovi njune DNA ugotovili, ali gre za starša z otrokom ali ne?&lt;br&gt;<br /> 8. (4) Opiši postopek hibridizacije fragmentov genomske DNA E. coli! Sonda je že pripravljena in detekcija bo potekla po navodilih proizvajalca – pripraviti je treba samo genomsko DNA za analizo.&lt;br&gt;<br /> 9. (6) Opiši princip delovanja dvohibridnega sistema na osnovi proteina Gal4!&lt;br&gt;<br /> 10. (5) Kaj vse lahko usmerjeno spreminjamo pri sončnicah za večji hektarski donos in kvaliteto semen?&lt;br&gt;<br /> 11. (4) Kaj pomeni oznaka His-tag, kje se pojavlja in katere so lastnosti rekombinantnih proteinov, ki vključujejo to oznako?&lt;br&gt;<br /> 12. (5) Kako bi lahko detektirali točkovno mutacijo v genu za laktalbumin s pomočjo 3 začetnih oligonukleotidov in fluorescenčnim označevanjem produktov?&lt;br&gt;<br /> 13. (3) Naštej 3 lastnosti episomskih vektorjev za kvasovke!&lt;br&gt;<br /> 14. (3) Po katerem principu poteka ločevanje nastalih produktov pri avtomatskih sekvenatorjih DNA?&lt;br&gt;<br /> &lt;br&gt;<br /> &lt;/i&gt;<br /> ===Rezultati pisnega dela izpita ===<br /> (tabela pripravljena za vnos podatkov)&lt;br&gt;<br /> <br /> &lt;table style=&quot;text-align: left; width: 677px; height: 302px;&quot;<br /> border=&quot;1&quot; cellpadding=&quot;2&quot;&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;'''vpisna številka (3001xxxx)'''&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;'''doseženih % (ocena)'''&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;'''ustni del izpita'''&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> <br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> <br /> &lt;tr&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;td&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;<br /> &lt;/tr&gt;<br /> &lt;/table&gt;<br /> <br /> &lt;em&gt;Kriterij za ocene iz pisnega dela je: 56%-65% za 6, 66%-74% za 7, 75%-82% za 8, 83%-90% za 9, &amp;gt;90% za 10. &lt;br&gt;<br /> V sistem e-študent vpisujem tudi negativne ocene po kriteriju: 0%-11% za 1, 12%-23% za 2, 24%-34% za 3, 35%-45% za 4, 46%-55% za 5.&lt;/em&gt;&lt;br&gt;<br /> ==================&lt;br&gt;<br /> <br /> ===Koristne povezave===<br /> &lt;ul&gt;<br /> &lt;li&gt;Kako čemu rečemo po slovensko? [http://bio.ijs.si/SBD/terminologija.html Terminološka komisija] pri [http://web.bf.uni-lj.si/bi/biokemija/SBD/sbd.htm Slovenskem biokemijskem društvu]&lt;/li&gt;<br /> &lt;li&gt;[http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/ Katedra za biokemijo] Fakultete za kemijo in kem. tehnologijo Univerze v Ljubljani&lt;/li&gt;<br /> &lt;li&gt;Razlage nekaterih osnovnih pojmov, novice, strani za študente in predavatelje s področja molekularne biologije, biotehnologije,<br /> tehnologije rekombinantne DNA: [http://www.accessexcellence.org/ Access Excellence] - tudi [http://www.accessexcellence.org/AB/GG/ slikovno gradivo].&lt;/li&gt;<br /> &lt;li&gt;Slovar [http://biotechterms.org/sourcebook/index.phtml biotehnoloških] izrazov (vsi slovarji so v angleščini).&lt;/li&gt;<br /> &lt;li&gt;Slovar [http://www.weihenstephan.de/%7Eschlind/genglos.html?list=1 genetskih izrazov]&lt;/li&gt;<br /> &lt;li&gt;Slovar [http://www.mblab.gla.ac.uk/dictionary/graphic.html celične biologije];&lt;/li&gt;<br /> &lt;li&gt;Slovar [http://www.fao.org/biotech/index_glossary.asp biotehnologije in genetskega inženirstva] (FAO)&lt;/li&gt;<br /> &lt;/ul&gt;<br /> &lt;p&gt;&lt;b&gt;Komentarji, vprašanja in odgovori:&lt;/b&gt;&lt;br&gt;<br /> &lt;br&gt;<br /> Na &lt;u&gt;strokovna vprašanja&lt;/u&gt; bom poskušal odgovoriti na predavanjih, če pa niste moji študenti, pa na kratko tudi po e-pošti.&lt;br&gt;<br /> Pišite mi tudi, če katera od povezav na tej strani ne deluje več ali če veste za kakšno drugo dobro povezavo, ki bi jo veljalo vključiti.&lt;/p&gt;</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Tirozin_kinaza&diff=3437 2010-03-23T10:25:19Z

<p>WikiSysop: Tirozin kinaza moved to Tirozin-kinaza: vezaj</p> <hr /> <div>#REDIRECT [[Tirozin-kinaza]]</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Tirozin-kinaza&diff=3436 2010-03-23T10:25:19Z

<p>WikiSysop: Tirozin kinaza moved to Tirozin-kinaza: vezaj</p> <hr /> <div>[http://en.wikipedia.org/wiki/Tyrosine Tirozin] kinaza (PTK) je celični signalni protein, ki lahko prenese [http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphate fosfat] skupine iz [http://en.wikipedia.org/wiki/Adenosine_triphosphate adenozin trifosfata (ATP)] do tirozinskih ostankov v protein. Dva razreda PTK je prisotnih v celicah: transmembranski receptor PTK in nonreceptor PTK. Fosforilacija proteinov pri kinazah so pomemben mehanizem v pretvorniških signalih za ureditev aktivnost encimov. Približno 2000 kinaz je znanih, obstaja več kot 100 3D struktur tirozin kinaze (primer je kristalna struktura domene tirozin kinaze v človeškem inzulin receptorju) in več kot 90 protein tirozin kinaz je bilo odkritih v človeškem genomu. Te igrajo ključno vlogo v različnih celičnih dejavnostih, vključno z rastjo, diferenciacijo, migracijo in metabolizmom in so aktivne pri razvoju organizma in odraslih homeostazah. PTK tudi igra primarno vlogo pri nastopu ali napredovanju bolezenskih stanj, kot so diabetična retinopatija, ateroskleroza in rak. <br /> <br /> [http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/c/cf/PDB_1m61_EBI.jpg Slika 1: Protein Tirozin-kinaza]<br /> <br /> == REAKCIJA ==<br /> Encime, ki opravljajo to spremembo, so proteini tirozin kinaze, ki katalizirajo prenos fosfata iz ATP v tirozinski ostanek na beljakovini substrata, ki običajno vsebujejo serin, treonin ali ostanke tirozina. <br /> <br /> == RECEPTOR ==<br /> Trenutno je 58 receptorskih tirozin-kinaz (RTK) znanih, združenih v 20 poddružin. Receptorske tirozin-kinaze so sestavljene iz zunajcelične domene, ki lahko veže poseben ligand, transmembranske domene in znotrajcelične katalitske domene, ki s svojimi dejanji zavezuje in fosforilizira izbrane substrate. Vezava liganda na zunajcelični regiji povzroča vrsto strukturnih preureditev v receptorske tirozin-kinaze, ki vodijo do njegove encimske aktivacije. Še posebej pretok nekaterih delov domene kinaze omogoča prost dostop do adenozin trifosfata in substrata na aktivno mesto. To sproži zaporedje dogodkov, s fosforilacijo znotrajceličnih beljakovin, ki v končni fazi prenašajo ekstracelularne signale do jedra, ki povzroča spremembe in genska izražanja. Veliko receptorskih tirozin-kinaz je vključenih v onkogenezo, bodisi z gensko mutacijo ali prenosom kromosomov ali preprosto preko izražanja.<br /> <br /> [http://www.bioinformaticscourses.com/ISB/sp2003/1FMK/mechanism.html Slika 2: Mehanizem delovanja tirozin kinaze]<br /> <br /> == VIRI IN LITERATURA ==<br /> *[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18045055 Oncogenic fusion tyrosine kinases as molecular targets for anti-cancer therapy]<br /> *[http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&amp;_udi=B6X3P-48PCYCK-6&amp;_user=10&amp;_rdoc=1&amp;_fmt=&amp;_orig=search&amp;_sort=d&amp;_docanchor=&amp;view=c&amp;_searchStrId=1153600189&amp;_rerunOrigin=google&amp;_acct=C000050221&amp;_version=1&amp;_urlVersion=0&amp;_userid=10&amp;md5=986e941984110d6f4a25b39fe65c948d Role of tyrosine kinase signaling in endothelial cell barrier regulation]<br /> *[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10966463 Protein tyrosine kinase structure and function]<br /> *[http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&amp;_udi=B6VS6-47GH1B3-9&amp;_user=10&amp;_rdoc=1&amp;_fmt=&amp;_orig=search&amp;_sort=d&amp;_docanchor=&amp;view=c&amp;_searchStrId=1153602371&amp;_rerunOrigin=google&amp;_acct=C000050221&amp;_version=1&amp;_urlVersion=0&amp;_userid=10&amp;md5=6d91e481dede9df72798e627b7eb90c5 Protein tyrosine kinases: autoregulation and small-molecule inhibition]<br /> <br /> <br /> [[Category:LEX]]</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Taumatin&diff=3435 2010-03-23T10:22:02Z

<p>WikiSysop: Taumatin moved to Tavmatin: poslovenjenje</p> <hr /> <div>#REDIRECT [[Tavmatin]]</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Tavmatin&diff=3434 2010-03-23T10:22:02Z

<p>WikiSysop: Taumatin moved to Tavmatin: poslovenjenje</p> <hr /> <div>TAUMATIN (E957)<br /> <br /> Taumatin je mešanica proteinov sladkega okusa. Med temi proteini prevladujeta taumatin I in taumatin II, ki sta si po zgradbi zelo podobna. Taumatin je sestavljeni iz 207 aminokislinskih ostankov, ima pa tudi 8 intramolekularnih disulfidnih mostičkov.<br /> <br /> Izvor<br /> <br /> Taumatin je izoliran iz tropske rastline ''Thamatococcus Daniellii'', ki so jo našli v Zahodni Afriki, danes pa uspeva tudi na plantažah v Maleziji, torej le v tropskem pasu.<br /> <br /> Lastnosti<br /> <br /> Za lastnosti taumatina so zelo pomembne disulfidne vezi. Zaradi teh vezi je molekula taumatina dobro odporna na toploto, vezi pa otežujejo denaturacijo proteina. Že v primeru, da se pretrga le ena izmed teh vezi, taumatin izgubi vso svojo sladkost, ki je v aktivni obliki proteina kar 2000-3000 krat večje od sladkosti saharoze. Dobra lastnost taumatina je, da ne povzroča zobne gnilobe, kljub svoji sladkosti pa spada med nizkokalorična sladila.<br /> <br /> Uporaba<br /> <br /> V ZDA taumatin ni potrjen in se lahko uradno uporablja le kot dodatek k žvečilnim gumijem, medtem ko je v Evropi potrjen in ima oznako E957.Najpogosteje se uporablja kot ojačevalec okusa, v proizvodnji pa se uporablja za zdravila in medicinske preparate v tekoči obliki ter za dietetična prehranska dopolnila na osnovi vitaminov in/ali mineralov v obliki sirupov ali za žvečenje.<br /> <br /> <br /> <br /> ----<br /> Viri:<br /> <br /> http://www.thaumatinnaturally.com/thaumatinblog/?tag=taumatin<br /> http://sl.wikipedia.org/wiki/Taumatin<br /> http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC397270/?page=3<br /> http://eprints.usm.my/9347/1/THAUMATIN_RECOVERY_VIA_BIOENGINEERING_ROUTE_AND.pdf<br /> <br /> <br /> <br /> [[Category:LEX]]</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Receptorji_inzulina&diff=3433 2010-03-23T10:16:23Z

<p>WikiSysop: Receptorji inzulina moved to Receptor za inzulin</p> <hr /> <div>#REDIRECT [[Receptor za inzulin]]</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Receptor_za_inzulin&diff=3432 2010-03-23T10:16:23Z

<p>WikiSysop: Receptorji inzulina moved to Receptor za inzulin</p> <hr /> <div>V molekularni biologiji so receptorji inzulina prekomembranski receptorji, ki jih aktivira inzulin. So kinazni proteini in pripadajo skupini tirozin kinaza receptorjev, saj delujejo kot encimi, ki katalizirajo fosforilacijske reakcije ali reakcije, ki dodajo fosfatno skupino snovi preko ATP-ja. Nahajajo se na celičnih membranah jeternih celic. Sestavljeni so iz dveh alfa in dveh beta podenot (v nekateri viri ju navajata tudi kot podenoti IR-A in IR-B). Po ena molekula inzulina se veže na vsako alfa podenoto, ki je izvencelična, in šele potem beta podenota, ki je vezana na alfa podenoto z žveplenim mostičkom in ki sega skozi membrano, pošlje signal, ki povzroči, da citoplazemski rep receptorskega proteina spremeni obliko. Ta sprememba povzroči, da se aktivirajo kinazni deli znotraj celice. Aktivirani receptorji inzulina nato aktivirajo številne različne tarče znotraj celice. Te tarče so pogosto encimi, kar vodi k povišanju ali nižanju različnih kemijskih reakcij povezanih z glukozo, kot je pretvorba glukoze v glikogen in maščobo. <br /> <br /> <br /> [http://www.bio.davidson.edu/Courses/Molbio/MolStudents/spring2003/Williford/picturefrombook/Slide2.JPG slika]<br /> <br /> <br /> Dodatne informacije: <br /> <br /> [http://www.scientistlive.com/European-Science-News/Biotechnology/Insulin_receptor_signalling/20577/ Scientist Live]<br /> <br /> [http://ajpcell.physiology.org/cgi/content/abstract/266/2/C319 AJP Cell Physiology]<br /> <br /> <br /> <br /> Viri: <br /> <br /> [http://www.bio.davidson.edu/Courses/Molbio/MolStudents/spring2003/Williford/assignment2_home.htm Bio Davison]<br /> <br /> [http://en.wikipedia.org/wiki/Insulin_receptor Wikipedia]<br /> <br /> [http://www.wisegeek.com/what-is-an-insulin-receptor.htm Wise Geek]<br /> <br /> <br /> [[Category:LEX]]</div>

WikiSysop https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Flavoproteini&diff=3431 2010-03-23T10:01:15Z

<p>WikiSysop: </p> <hr /> <div>FLAVOPROTEINI so proteini, ki vsebujejo nukleinske ostanke derivatov riboflavina:<br /> flavin adenin dinukleotid (FAD)[[http://en.wikipedia.org/wiki/FAD]] ali pa flavin mononukleotid (FMN)[[http://en.wikipedia.org/wiki/Flavin_mononucleotide]]. So v vseh tipih celic, v katerih opravljajo pomembno vlogo katalizatorja pri redoks reakcijah.<br /> <br /> Najpomembnejši kofaktorji flavoproteinov so torej derivati riboflavinov, ki so sestavljeni iz izoaloksazinskega obroča, na katerega je vezana veriga, ki je derivat sladkornega alkohola ribitola. Obroč je zelo pomembna strukturna komponenta, ki je zaslužna za svetlobno absorpcijo pri UV-žarkih in za rumen izgled flavina in flavoproteinov. Flavin je namreč dobil ime ravno po svoji rumeni barvi, ker se ta v latinščini imenuje ''flavus''.<br /> [[Image:http://www.health-spy.com/riboflavin.png]]<br /> <br /> Prisotni so pri mnogih bioloških procesih: pri fotosintezi, popravljanju DNA, apoptozi oz. celičnemu samomoru, metabolizmu in tudi pri bioluminiscenci-oddajanju svetlobe pri živih bitjih, ki nastane pri pretvorbi kemične energije v svetlobno.<br /> Organizmi dobijo energijo za ta proces pri porabljanju energijsko bogatih molekul. Primer: bakterije porabljajo flavoproteine.<br /> <br /> V znanstveni literaturi so bili prvič omenjeni leta 1879, ko so pri raziskovanju sestave kravjega mleka izolirali svetlo-rumen pigment, imenovan flavin. Kasneje so ta pigment odkrili tudi v vitamin B kompleksu. Dandanes pa je razvitih že mnogo tehnik rekombinantne DNA, ki se ukvarjajo s kloniranjem in karakteriziranjem genov, ki kodirajo flavoproteine, saj je interes po raziskovanju strukture, funkcije in mehanizma le teh zelo velik. Pomemben vir lastnosti flavoproteinov je knjiga ''Flavoprotein protocols''. [http://books.google.si/books?id=pS25H3gRDUAC&amp;dq=flavoprotein&amp;printsec=frontcover&amp;source=bl&amp;ots=dsUdrJekaz&amp;sig=7iF3zCyQjpVluPXYmf1HdkGQ_hg&amp;hl=sl&amp;ei=vW0uS8roDsXDsgaA-sC9Bw&amp;sa=X&amp;oi=book_result&amp;ct=result&amp;resnum=4&amp;ved=0CBkQ6AEwAzgK#v=onepage&amp;q=&amp;f=false]<br /> <br /> <br /> [[Category:LEX]]</div>

WikiSysop