Wiki FKKT - User contributions [en]

Analiza metilacijskih vzorcev na DNA

2011-04-18T20:58:09Z

Zan Zeleznik:

Epigenetika preučuje spremembe v kromatinu, ki niso posledice mutacij. Večina znanstvenikov tega področja se ukvarja z preučevanjem histonskih modifikacij, ter DNA metilacije, dveh najpogostejših molekularnih mehanizmov, ki sta pogosto prepletena. DNA metilacija vpliva na ekspresijo genov z večanjem afinitete vezave metilcitozin-vezavnih proteinov in/ali induciranjem sprememb kromatinske strukture. Pri višjih evkariontih DNA metilacija poteka na 5' koncu citozinske baze v CpG dinukleotidu. V nadaljevanju bomo predstavili nekatere izmed analitskih tehnik, ki jih uporabljamo za analizo kromatinskih sprememb.
== Metode za analizo arhitekture kromatina ==
=== Kromatin imunoobarjalni test ===
Velik napredek v analizi kromatinskih sprememb se je zgodil z razvitjem kromatin imunoobarjalnega (ChIP) testa. ChIP je postopek, s katerim ugotavljamo, ali se določen protein veže na specifično DNA zaporedje in vivo. Pri tej tehniki najprej razbijemo kromatin na manjše koščke, z protitelesi proti iskanemu DNA vezavnemu proteinu označimo kose, ki nas zanimajo, ter te komplekse oborimo. Nato ločimo proteine od DNA. DNA nato obdelamo z semi-kvantitativno PCR. S tem lahko določimo arhitekturo kromatina specifičnega DNA zaporedja. Tehnika ima dva glavna tipa: nChIP, ki se uporablja za preučevanje proteinov, ki se na DNA vežejo z veliko afiniteto, ter xChIP, ki se pa uporablja za proteine, ki se na DNA vežejo z majhno afiniteto. Z kombiniranjem teh testov z DNA čipi pa se preučujejo globalne DNA-protein interakcije. Metoda, ki kombinira ChIP ter Q-PCR se uporablja za določevanje obsega histonske acetilacije na diskretnih regijah jedrne DNA. Ta metoda je bila uporabljena v študiji vpliva metilacije nukleotidov na transkripcijo, ter na lokalno strukturo kromatina. Pokazalo se je, da so acetilirani histoni redki na predelih metilirane DNA, ter pogosti na nemetiliranih regijah DNA istega gena.
=== DNazaI hiperobčutljivi test ===
Poleg metod, ki temeljijo na testu ChIP, obstaja veliko drugih tehnik analize in opredelitve kromatinskih sprememb med epigenetskimi proces.
Ker so aktivni geni in njihovi regulatorni elementi načeloma na odprtih, nukleazno občutljivih regijah kromatina, lahko z tehnikami, ki preučujejo cepljenje kromosomske DNA( katalizirano z restrikcijskimi endonukleazami) ugotovimo dostopnost preučevane regije genoma.
Z DNazaI hiperobčutljivimi testi se preučujejo spremembe v strukturi kromatina, povezane z aktivacijo transkripcije specifičnih genov med pomembnimi biološkimi procesi (npr. diferenciacija celic). Test je pomemben za epigenetske raziskave, ker je ekspresija genov tesno povezana z metilacijo DNA ter histonskimi modifikacijami. Pri tem testu kromatin za kratek čas damo v stik z nizko koncetrirano raztopino DnazeI. Tako se cepijo le hiperobčutljiva mesta.Z uporabo LM-PCR( ligand-mediated PCR) obdelamo podatke testa, če imamo omejeno količino produktov. Z mapiranjem hiperobčutljivih mest lahko sledimo kromatinskim spremembam, ki jih povzročajo različni procesi v celici.
== Analiza metilacije DNA ==
Obstaja zelo veliko raznličnih načinov za oceno DNA metilacije. Na začetku so DNA metilacijo določevali z izošizomerijo, ki deluje na principu restrikcijskih encimov. Encimi cepijo točno določeno regijo in sicer MspI cepi nemetilirane in metilirane CCGG zaporedja, HPAII pa cepi nemetilirane CCGG zaporedja. Problem metode je, da z njo lahko ocenimo le približno 5% metiliranih citozinov v DNA verigi.
=== Bisulfit metilacijsko sekveniranje ===
Bisulfit metilacijsko sekveniranje se je razvilo leta 1992, kar je močno pospešilo poznavanje in raziskovanje DNA metilacije. Prednost te metode pred prejšnjimi je v tem, da že z zelo malo genomske DNA dobimo izjemno natančne rezultate. Z bisulfitom( navadno uporabimo NaHSO3) modificiramo denaturirano DNA verigo, kjer se nemetilirani citozini pretvorijo v uracil. Metiliran citozin je z metilno skupino zaščiten pred deaminacijo z bisulfitom. S PCR-jem pomnožimo komplementarno verigo, kjer je nasproti novonastalega uracila namesto gvanina nastane timin. Nemetilirana in metilirana veriga imata zaradi različne sekvence različne lastnosti, kar se da analizirati z različnimi metodami. Metoda je boljša kot uporaba restrikcijskih encimov, saj se da določiti vse metilirane citozine na DNA fragmentu. Slaba stran te tehnike je, da je kljub mnogim izboljšavam še vedno relativno zahtevna za izvedbo.
Po tem se je razvilo kar nekaj tehnik, ki so temeljile na disulfitnem metilacijskem sekevniranju.
*Metilacijsko občutljiva enoverižna konformacijska analiza (MS-SSCA) temelji bisulfitni obdelavi DNA, ki ji sledi PCR, kjer uporabimo prajmerje brez začetnih CpG dinukleotidov (da ločimo metilirano in nemetilirano verigo) in komplementarno deaminirano enoverižno DNA. Dele med seboj povežejo s polimerazo in analizirajo. Procent metilacije se izračuna iz intizitete metilirane in nemetilerane verige. Metoda je zelo razširjena, ker se jo da uporabljati na zamrznjenih tkivih ter celo na z formalinom fiksiranih vzorcih.
*V drugem primeru se uporablja prajmerski nukleotid (SNuPE). DNA veriga po dodatku NaHSO3 selektivno pretvori nemetiliran citozin v uracil. SNuPE-ju dodamo na 5' koncu ddTTP ali ddCTP. Metilirana ima na koncu nuklotid C, nemetilirana pa T. Produkt se nato obdela z eno izmed večih metod. Med drugim lahko uporabimo RT PCR, MALDI (matrix-assisted laser desorption ionization) masno spektrometrijo, ali pa ionsko-parni reverzno-fazni HPLC. Slednja je najprimernejša, saj je poceni, ter ne uporablja radioaktivnega označevanja. Metiliran kos verige se iz kromatografske koloni izloči pred nemetiliranim.
*Real-time polimeraza verige je reakcija, s katero se preizkuša občutljivost in točnost metiliranih alelov po obdelavi verige z disulfatom. Poveča se stopnja kontaminacije in točnost rezultatov.
*Metilirana in nemetilirana DNA imata različni talilni temperaturi (Tm), kar določamo z elektroforezo. Lastnost uporablajo tudi za izolacijo DNA fragmentov.
*Na novo se je razvila tehnika imenovana fotovezava oligonukleotidnih hibridizacijskih ostankov, s katero določimo rezistenco encima digeston na metilacijo.
*Z metilacijo specifičnih oligonukleotidov (MOS) pride do detekcije metilirane DNA verige preko CpG koncev. Kratko oligonukleotidno zaporedje z metiliranimi in nemetiliranimi aleli je pritrjena na trdno podlago. Po obdelavi z disulfatom nastane več produkta, ki se uporabi za hibridizacijo
Metilacijo DNA verige se uporabla tudi kot in situ hibridizacija. Na nedotaknjenem tkivu ali celičnem preparatu preučujejo utišanje gena zaradi metilaicije promotorske regije.
== Analiza DNA metiltransferaz ==
Poleg tehnik za analizo metilirane DNA so napredovale tudi metode za preučevanje DNA metiltransferaz (DNMT). Ekspresija DNMT se spreminja v mnogih bioloških procesih, kot je embrionalni razvoj, rak ter staranje. Pri sesalcih poznamo 4 DNMTe: DNMT1, DNMT2, DNMT3a in DNMT3b. Za razumevanje DNA metilacije je potrebno poznati mehanizme za transkripcijo DNMTne mRNA. Raven transkripcije se meri z RT-PCR v realnem času. Pri tej metodi mRNA najprej obdelamo z reverzno transkriptazo, nato pa z PCR v realnem času. To je oblika PCR, kjer na koncu usakega PCR cikla analiziramo produkt s pomočjo flourescentnih markerjev, vezanih na PCR produkt. Na ta način zelo povečamo natančnost metode.
Do nedavnega je bilo težko natančno izmeriti encimsko aktivnost DNA metiltransferaz, saj ni bilo dovolj natančnih metod. Klasični testi, ki uporabljajo steklena vlakna, ozr DEAE test, ki uporablja celulozni filter za filtracijo metiliranega substrata imajo en velik problem: ob močnem spiranju imamo šibko ozadje, a tudi šibek signal, ob šibkem spiranju pa imamo močan signal in močno ozadje. To je velik problem zaradi počasne hitrosti reakcij, ki jih katalizirajo DNMTe. Nekatere natančnejše tehnike pa so bile drage in počasne. Teh problemov je bilo konec z razvojem DMB (DNMT-magnetic beads) testom. Test temelji na afiniteti biotiniliranih sintetskih oligonukleotidov točno določene dolžine do z streptavidinom prevlečenih magnetnih kroglic. Tako lahko z magnetom fiksirajo kompleks magnetnih kroglic in oligonukleotidov, ter sperejo nereagiran, z tricijem označen substrat. To naredi ta test zelo preprost, hiter ter natančen.
== Viri ==
*Voet D. in Voet, J. G. Biochemistry. 4. izdaja. Hoboken: J. Wiley & Sons, 2010
*Trygve O. Tollefsbol, Epigenetics Protocols, Humana Press, 2004
*Epigenetics, Wikipedia, april 2011, citirano 17.4.2011, http://en.wikipedia.org/wiki/Epigenetics

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Analiza metilacijskih vzorcev na DNA

2011-04-18T20:56:35Z

Zan Zeleznik: /* Bisulfit metilacijsko sekveniranje */

Epigenetika preučuje spremembe v kromatinu, ki niso posledice mutacij. Večina znanstvenikov tega področja se ukvarja z preučevanjem histonskih modifikacij, ter DNA metilacije, dveh najpogostejših molekularnih mehanizmov, ki sta pogosto prepletena. DNA metilacija vpliva na ekspresijo genov z večanjem afinitete vezave metilcitozin-vezavnih proteinov in/ali induciranjem sprememb kromatinske strukture. Pri višjih evkariontih DNA metilacija poteka na 5' koncu citozinske baze v CpG dinukleotidu. V nadaljevanju bomo predstavili nekatere izmed analitskih tehnik, ki jih uporabljamo za analizo kromatinskih sprememb.
== Metode za analizo arhitekture kromatina ==
=== Kromatin imunoobarjalni test ===
Velik napredek v analizi kromatinskih sprememb se je zgodil z razvitjem kromatin imunoobarjalnega (ChIP) testa. ChIP je postopek, s katerim ugotavljamo, ali se določen protein veže na specifično DNA zaporedje in vivo. Pri tej tehniki najprej razbijemo kromatin na manjše koščke, z protitelesi proti iskanemu DNA vezavnemu proteinu označimo kose, ki nas zanimajo, ter te komplekse oborimo. Nato ločimo proteine od DNA. DNA nato obdelamo z semi-kvantitativno PCR. S tem lahko določimo arhitekturo kromatina specifičnega DNA zaporedja. Tehnika ima dva glavna tipa: nChIP, ki se uporablja za preučevanje proteinov, ki se na DNA vežejo z veliko afiniteto, ter xChIP, ki se pa uporablja za proteine, ki se na DNA vežejo z majhno afiniteto. Z kombiniranjem teh testov z DNA čipi pa se preučujejo globalne DNA-protein interakcije. Metoda, ki kombinira ChIP ter Q-PCR se uporablja za določevanje obsega histonske acetilacije na diskretnih regijah jedrne DNA. Ta metoda je bila uporabljena v študiji vpliva metilacije nukleotidov na transkripcijo, ter na lokalno strukturo kromatina. Pokazalo se je, da so acetilirani histoni redki na predelih metilirane DNA, ter pogosti na nemetiliranih regijah DNA istega gena.
=== DNazaI hiperobčutljivi test ===
Poleg metod, ki temeljijo na testu ChIP, obstaja veliko drugih tehnik analize in opredelitve kromatinskih sprememb med epigenetskimi proces.
Ker so aktivni geni in njihovi regulatorni elementi načeloma na odprtih, nukleazno občutljivih regijah kromatina, lahko z tehnikami, ki preučujejo cepljenje kromosomske DNA( katalizirano z restrikcijskimi endonukleazami) ugotovimo dostopnost preučevane regije genoma.
Z DNazaI hiperobčutljivimi testi se preučujejo spremembe v strukturi kromatina, povezane z aktivacijo transkripcije specifičnih genov med pomembnimi biološkimi procesi (npr. diferenciacija celic). Test je pomemben za epigenetske raziskave, ker je ekspresija genov tesno povezana z metilacijo DNA ter histonskimi modifikacijami. Pri tem testu kromatin za kratek čas damo v stik z nizko koncetrirano raztopino DnazeI. Tako se cepijo le hiperobčutljiva mesta.Z uporabo LM-PCR( ligand-mediated PCR) obdelamo podatke testa, če imamo omejeno količino produktov. Z mapiranjem hiperobčutljivih mest lahko sledimo kromatinskim spremembam, ki jih povzročajo različni procesi v celici.
== Analiza metilacije DNA ==
Obstaja zelo veliko raznličnih načinov za oceno DNA metilacije. Na začetku so DNA metilacijo določevali z izošizomerijo, ki deluje na principu restrikcijskih encimov. Encimi cepijo točno določeno regijo in sicer MspI cepi nemetilirane in metilirane CCGG zaporedja, HPAII pa cepi nemetilirane CCGG zaporedja. Problem metode je, da z njo lahko ocenimo le približno 5% metiliranih citozinov v DNA verigi.
=== Bisulfit metilacijsko sekveniranje ===
Bisulfit metilacijsko sekveniranje se je razvilo leta 1992, kar je močno pospešilo poznavanje in raziskovanje DNA metilacije. Prednost te metode pred prejšnjimi je v tem, da že z zelo malo genomske DNA dobimo izjemno natančne rezultate. Z bisulfitom( navadno uporabimo NaHSO3) modificiramo denaturirano DNA verigo, kjer se nemetilirani citozini pretvorijo v uracil. Metiliran citozin je z metilno skupino zaščiten pred deaminacijo z bisulfitom. S PCR-jem pomnožimo komplementarno verigo, kjer je nasproti novonastalega uracila namesto gvanina nastane timin. Nemetilirana in metilirana veriga imata zaradi različne sekvence različne lastnosti, kar se da analizirati z različnimi metodami. Metoda je boljša kot uporaba restrikcijskih encimov, saj se da določiti vse metilirane citozine na DNA fragmentu. Slaba stran te tehnike je, da je kljub mnogim izboljšavam še vedno relativno zahtevna za izvedbo.
Po tem se je razvilo kar nekaj tehnik, ki so temeljile na disulfitnem metilacijskem sekevniranju.
*Metilacijsko občutljiva enoverižna konformacijska analiza (MS-SSCA) temelji bisulfitni obdelavi DNA, ki ji sledi PCR, kjer uporabimo prajmerje brez začetnih CpG dinukleotidov (da ločimo metilirano in nemetilirano verigo) in komplementarno deaminirano enoverižno DNA. Dele med seboj povežejo s polimerazo in analizirajo. Procent metilacije se izračuna iz intizitete metilirane in nemetilerane verige. Metoda je zelo razširjena, ker se jo da uporabljati na zamrznjenih tkivih ter celo na z formalinom fiksiranih vzorcih.
*V drugem primeru se uporablja prajmerski nukleotid (SNuPE). DNA veriga po dodatku NaHSO3 selektivno pretvori nemetiliran citozin v uracil. SNuPE-ju dodamo na 5' koncu ddTTP ali ddCTP. Metilirana ima na koncu nuklotid C, nemetilirana pa T. Produkt se nato obdela z eno izmed večih metod. Med drugim lahko uporabimo RT PCR, MALDI (matrix-assisted laser desorption ionization) masno spektrometrijo, ali pa ionsko-parni reverzno-fazni HPLC. Slednja je najprimernejša, saj je poceni, ter ne uporablja radioaktivnega označevanja. Metiliran kos verige se iz kromatografske koloni izloči pred nemetiliranim.
*Real-time polimeraza verige je reakcija, s katero se preizkuša občutljivost in točnost metiliranih alelov po obdelavi verige z disulfatom. Poveča se stopnja kontaminacije in točnost rezultatov.
*Metilirana in nemetilirana DNA imata različni talilni temperaturi (Tm), kar določamo z elektroforezo. Lastnost uporablajo tudi za izolacijo DNA fragmentov.
*Na novo se je razvila tehnika imenovana fotovezava oligonukleotidnih hibridizacijskih ostankov, s katero določimo rezistenco encima digeston na metilacijo.
*Z metilacijo specifičnih oligonukleotidov (MOS) pride do detekcije metilirane DNA verige preko CpG koncev. Kratko oligonukleotidno zaporedje z metiliranimi in nemetiliranimi aleli je pritrjena na trdno podlago. Po obdelavi z disulfatom nastane več produkta, ki se uporabi za hibridizacijo
Metilacijo DNA verige se uporabla tudi kot in situ hibridizacija. Na nedotaknjenem tkivu ali celičnem preparatu preučujejo utišanje gena zaradi metilaicije promotorske regije.

== Analiza DNA metiltransferaz ==
Poleg tehnik za analizo metilirane DNA so napredovale tudi metode za preučevanje DNA metiltransferaz (DNMT). Ekspresija DNMT se spreminja v mnogih bioloških procesih, kot je embrionalni razvoj, rak ter staranje. Pri sesalcih poznamo 4 DNMTe: DNMT1, DNMT2, DNMT3a in DNMT3b. Za razumevanje DNA metilacije je potrebno poznati mehanizme za transkripcijo DNMTne mRNA. Raven transkripcije se meri z RT-PCR v realnem času. Pri tej metodi mRNA najprej obdelamo z reverzno transkriptazo, nato pa z PCR v realnem času. To je oblika PCR, kjer na koncu usakega PCR cikla analiziramo produkt s pomočjo flourescentnih markerjev, vezanih na PCR produkt. Na ta način zelo povečamo natančnost metode.
Do nedavnega je bilo težko natančno izmeriti encimsko aktivnost DNA metiltransferaz, saj ni bilo dovolj natančnih metod. Klasični testi, ki uporabljajo steklena vlakna, ozr DEAE test, ki uporablja celulozni filter za filtracijo metiliranega substrata imajo en velik problem: ob močnem spiranju imamo šibko ozadje, a tudi šibek signal, ob šibkem spiranju pa imamo močan signal in močno ozadje. To je velik problem zaradi počasne hitrosti reakcij, ki jih katalizirajo DNMTe. Nekatere natančnejše tehnike pa so bile drage in počasne. Teh problemov je bilo konec z razvojem DMB (DNMT-magnetic beads) testom. Test temelji na afiniteti biotiniliranih sintetskih oligonukleotidov točno določene dolžine do z streptavidinom prevlečenih magnetnih kroglic. Tako lahko z magnetom fiksirajo kompleks magnetnih kroglic in oligonukleotidov, ter sperejo nereagiran, z tricijem označen substrat. To naredi ta test zelo preprost, hiter ter natančen.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Analiza metilacijskih vzorcev na DNA

2011-04-18T20:41:52Z

Zan Zeleznik: /* Bisulfit metilacijsko sekveniranje */

Epigenetika preučuje spremembe v kromatinu, ki niso posledice mutacij. Večina znanstvenikov tega področja se ukvarja z preučevanjem histonskih modifikacij, ter DNA metilacije, dveh najpogostejših molekularnih mehanizmov, ki sta pogosto prepletena. DNA metilacija vpliva na ekspresijo genov z večanjem afinitete vezave metilcitozin-vezavnih proteinov in/ali induciranjem sprememb kromatinske strukture. Pri višjih evkariontih DNA metilacija poteka na 5' koncu citozinske baze v CpG dinukleotidu. V nadaljevanju bomo predstavili nekatere izmed analitskih tehnik, ki jih uporabljamo za analizo kromatinskih sprememb.
== Metode za analizo arhitekture kromatina ==
=== Kromatin imunoobarjalni test ===
Velik napredek v analizi kromatinskih sprememb se je zgodil z razvitjem kromatin imunoobarjalnega (ChIP) testa. ChIP je postopek, s katerim ugotavljamo, ali se določen protein veže na specifično DNA zaporedje in vivo. Pri tej tehniki najprej razbijemo kromatin na manjše koščke, z protitelesi proti iskanemu DNA vezavnemu proteinu označimo kose, ki nas zanimajo, ter te komplekse oborimo. Nato ločimo proteine od DNA. DNA nato obdelamo z semi-kvantitativno PCR. S tem lahko določimo arhitekturo kromatina specifičnega DNA zaporedja. Tehnika ima dva glavna tipa: nChIP, ki se uporablja za preučevanje proteinov, ki se na DNA vežejo z veliko afiniteto, ter xChIP, ki se pa uporablja za proteine, ki se na DNA vežejo z majhno afiniteto. Z kombiniranjem teh testov z DNA čipi pa se preučujejo globalne DNA-protein interakcije. Metoda, ki kombinira ChIP ter Q-PCR se uporablja za določevanje obsega histonske acetilacije na diskretnih regijah jedrne DNA. Ta metoda je bila uporabljena v študiji vpliva metilacije nukleotidov na transkripcijo, ter na lokalno strukturo kromatina. Pokazalo se je, da so acetilirani histoni redki na predelih metilirane DNA, ter pogosti na nemetiliranih regijah DNA istega gena.
=== DNazaI hiperobčutljivi test ===
Poleg metod, ki temeljijo na testu ChIP, obstaja veliko drugih tehnik analize in opredelitve kromatinskih sprememb med epigenetskimi proces.
Ker so aktivni geni in njihovi regulatorni elementi načeloma na odprtih, nukleazno občutljivih regijah kromatina, lahko z tehnikami, ki preučujejo cepljenje kromosomske DNA( katalizirano z restrikcijskimi endonukleazami) ugotovimo dostopnost preučevane regije genoma.
Z DNazaI hiperobčutljivimi testi se preučujejo spremembe v strukturi kromatina, povezane z aktivacijo transkripcije specifičnih genov med pomembnimi biološkimi procesi (npr. diferenciacija celic). Test je pomemben za epigenetske raziskave, ker je ekspresija genov tesno povezana z metilacijo DNA ter histonskimi modifikacijami. Pri tem testu kromatin za kratek čas damo v stik z nizko koncetrirano raztopino DnazeI. Tako se cepijo le hiperobčutljiva mesta.Z uporabo LM-PCR( ligand-mediated PCR) obdelamo podatke testa, če imamo omejeno količino produktov. Z mapiranjem hiperobčutljivih mest lahko sledimo kromatinskim spremembam, ki jih povzročajo različni procesi v celici.
== Analiza metilacije DNA ==
Obstaja zelo veliko raznličnih načinov za oceno DNA metilacije. Na začetku so DNA metilacijo določevali z izošizomerijo, ki deluje na principu restrikcijskih encimov. Encimi cepijo točno določeno regijo in sicer MspI cepi nemetilirane in metilirane CCGG zaporedja, HPAII pa cepi nemetilirane CCGG zaporedja. Problem metode je, da z njo lahko ocenimo le približno 5% metiliranih citozinov v DNA verigi.
=== Bisulfit metilacijsko sekveniranje ===
Bisulfit metilacijsko sekveniranje se je razvilo leta 1992, kar je močno pospešilo poznavanje in raziskovanje DNA metilacije. Prednost te metode pred prejšnjimi je v tem, da že z zelo malo genomske DNA dobimo izjemno natančne rezultate. Z bisulfitom( navadno uporabimo NaHSO3) modificiramo denaturirano DNA verigo, kjer se nemetilirani citozini pretvorijo v uracil. Metiliran citozin je z metilno skupino zaščiten pred deaminacijo z bisulfitom. S PCR-jem pomnožimo komplementarno verigo, kjer je nasproti novonastalega uracila namesto gvanina nastane timin. Nemetilirana in metilirana veriga imata zaradi različne sekvence različne lastnosti, kar se da analizirati z različnimi metodami. Metoda je boljša kot uporaba restrikcijskih encimov, saj se da določiti vse metilirane citozine na DNA fragmentu. Slaba stran te tehnike je, da je kljub mnogim izboljšavam še vedno relativno zahtevna za izvedbo.
Po tem se je razvilo kar nekaj tehnik, ki so temeljile na disulfitnem metilacijskem sekevniranju.
*Pri metilacijsko občutljivi enoverižni konformacijski analizi (MSSSCA), uporabijo prajmerje brez začetnih CpG dinukleotidov (da ločimo metilirano in nemetilirano verigo) in komplementarno deaminirano enoverižno DNA. Dele med seboj povežejo s polimerazo in analizirajo. Procent metilacije se izračuna iz intizitete metilirane in nemietilerane verige.
*V drugem primeru se uporablja prajmerski nukleotid (SNuPE). DNA veriga po dodatku NaHSO3 selektivno pretvori nemetiliran citozin v uracil. SNuPE-ju dodamo na 5' koncu ddTTP ali ddCTP. Metilirana ima na koncu nuklotid C, nemetilirana pa T. Produkt se nato obdela z eno izmed večih metod. Med drugim lahko uporabimo RT PCR, MALDI (matrix-assisted laser desorption ionization) masno spektrometrijo, ali pa ionsko-parni reverzno-fazni HPLC. Slednja je najprimernejša, saj je poceni, ter ne uporablja radioaktivnega označevanja. Metiliran kos verige se iz kromatografske koloni izloči pred nemetiliranim.
*Real-time polimeraza verige je reakcija, s katero se preizkuša občutljivost in točnost metiliranih alelov po obdelavi verige z disulfatom. Poveča se stopnja kontaminacije in točnost rezultatov.
*Metilirana in nemetilirana DNA imata različni talilni temperaturi (Tm), kar določamo z elektroforezo. Lastnost uporablajo tudi za izolacijo DNA fragmentov.
*Na novo se je razvila tehnika imenovana fotovezava oligonukleotidnih hibridizacijskih ostankov, s katero določimo rezistenco encima digeston na metilacijo.
*Z metilacijo specifičnih oligonukleotidov (MOS) pride do detekcije metilirane DNA verige preko CpG koncev. Kratko oligonukleotidno zaporedje z metiliranimi in nemetiliranimi aleli je pritrjena na trdno podlago. Po obdelavi z disulfatom nastane več produkta, ki se uporabi za hibridizacijo
Metilacijo DNA verige se uporabla tudi kot in situ hibridizacija. Na nedotaknjenem tkivu ali celičnem preparatu preučujejo utišanje gena zaradi metilaicije promotorske regije.

== Analiza DNA metiltransferaz ==
Poleg tehnik za analizo metilirane DNA so napredovale tudi metode za preučevanje DNA metiltransferaz (DNMT). Ekspresija DNMT se spreminja v mnogih bioloških procesih, kot je embrionalni razvoj, rak ter staranje. Pri sesalcih poznamo 4 DNMTe: DNMT1, DNMT2, DNMT3a in DNMT3b. Za razumevanje DNA metilacije je potrebno poznati mehanizme za transkripcijo DNMTne mRNA. Raven transkripcije se meri z RT-PCR v realnem času. Pri tej metodi mRNA najprej obdelamo z reverzno transkriptazo, nato pa z PCR v realnem času. To je oblika PCR, kjer na koncu usakega PCR cikla analiziramo produkt s pomočjo flourescentnih markerjev, vezanih na PCR produkt. Na ta način zelo povečamo natančnost metode.
Do nedavnega je bilo težko natančno izmeriti encimsko aktivnost DNA metiltransferaz, saj ni bilo dovolj natančnih metod. Klasični testi, ki uporabljajo steklena vlakna, ozr DEAE test, ki uporablja celulozni filter za filtracijo metiliranega substrata imajo en velik problem: ob močnem spiranju imamo šibko ozadje, a tudi šibek signal, ob šibkem spiranju pa imamo močan signal in močno ozadje. To je velik problem zaradi počasne hitrosti reakcij, ki jih katalizirajo DNMTe. Nekatere natančnejše tehnike pa so bile drage in počasne. Teh problemov je bilo konec z razvojem DMB (DNMT-magnetic beads) testom. Test temelji na afiniteti biotiniliranih sintetskih oligonukleotidov točno določene dolžine do z streptavidinom prevlečenih magnetnih kroglic. Tako lahko z magnetom fiksirajo kompleks magnetnih kroglic in oligonukleotidov, ter sperejo nereagiran, z tricijem označen substrat. To naredi ta test zelo preprost, hiter ter natančen.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Analiza metilacijskih vzorcev na DNA

2011-04-18T20:23:42Z

Zan Zeleznik:

Epigenetika preučuje spremembe v kromatinu, ki niso posledice mutacij. Večina znanstvenikov tega področja se ukvarja z preučevanjem histonskih modifikacij, ter DNA metilacije, dveh najpogostejših molekularnih mehanizmov, ki sta pogosto prepletena. DNA metilacija vpliva na ekspresijo genov z večanjem afinitete vezave metilcitozin-vezavnih proteinov in/ali induciranjem sprememb kromatinske strukture. Pri višjih evkariontih DNA metilacija poteka na 5' koncu citozinske baze v CpG dinukleotidu. V nadaljevanju bomo predstavili nekatere izmed analitskih tehnik, ki jih uporabljamo za analizo kromatinskih sprememb.
== Metode za analizo arhitekture kromatina ==
=== Kromatin imunoobarjalni test ===
Velik napredek v analizi kromatinskih sprememb se je zgodil z razvitjem kromatin imunoobarjalnega (ChIP) testa. ChIP je postopek, s katerim ugotavljamo, ali se določen protein veže na specifično DNA zaporedje in vivo. Pri tej tehniki najprej razbijemo kromatin na manjše koščke, z protitelesi proti iskanemu DNA vezavnemu proteinu označimo kose, ki nas zanimajo, ter te komplekse oborimo. Nato ločimo proteine od DNA. DNA nato obdelamo z semi-kvantitativno PCR. S tem lahko določimo arhitekturo kromatina specifičnega DNA zaporedja. Tehnika ima dva glavna tipa: nChIP, ki se uporablja za preučevanje proteinov, ki se na DNA vežejo z veliko afiniteto, ter xChIP, ki se pa uporablja za proteine, ki se na DNA vežejo z majhno afiniteto. Z kombiniranjem teh testov z DNA čipi pa se preučujejo globalne DNA-protein interakcije. Metoda, ki kombinira ChIP ter Q-PCR se uporablja za določevanje obsega histonske acetilacije na diskretnih regijah jedrne DNA. Ta metoda je bila uporabljena v študiji vpliva metilacije nukleotidov na transkripcijo, ter na lokalno strukturo kromatina. Pokazalo se je, da so acetilirani histoni redki na predelih metilirane DNA, ter pogosti na nemetiliranih regijah DNA istega gena.
=== DNazaI hiperobčutljivi test ===
Poleg metod, ki temeljijo na testu ChIP, obstaja veliko drugih tehnik analize in opredelitve kromatinskih sprememb med epigenetskimi proces.
Ker so aktivni geni in njihovi regulatorni elementi načeloma na odprtih, nukleazno občutljivih regijah kromatina, lahko z tehnikami, ki preučujejo cepljenje kromosomske DNA( katalizirano z restrikcijskimi endonukleazami) ugotovimo dostopnost preučevane regije genoma.
Z DNazaI hiperobčutljivimi testi se preučujejo spremembe v strukturi kromatina, povezane z aktivacijo transkripcije specifičnih genov med pomembnimi biološkimi procesi (npr. diferenciacija celic). Test je pomemben za epigenetske raziskave, ker je ekspresija genov tesno povezana z metilacijo DNA ter histonskimi modifikacijami. Pri tem testu kromatin za kratek čas damo v stik z nizko koncetrirano raztopino DnazeI. Tako se cepijo le hiperobčutljiva mesta.Z uporabo LM-PCR( ligand-mediated PCR) obdelamo podatke testa, če imamo omejeno količino produktov. Z mapiranjem hiperobčutljivih mest lahko sledimo kromatinskim spremembam, ki jih povzročajo različni procesi v celici.
== Analiza metilacije DNA ==
Obstaja zelo veliko raznličnih načinov za oceno DNA metilacije. Na začetku so DNA metilacijo določevali z izošizomerijo, ki deluje na principu restrikcijskih encimov. Encimi cepijo točno določeno regijo in sicer MspI cepi nemetilirane in metilirane CCGG zaporedja, HPAII pa cepi nemetilirane CCGG zaporedja. Problem metode je, da z njo lahko ocenimo le približno 5% metiliranih citozinov v DNA verigi.
=== Bisulfit metilacijsko sekveniranje ===
Bisulfit metilacijsko sekveniranje se je razvilo leta 1992, kar je močno pospešilo poznavanje in raziskovanje DNA metilacije. Prednost te metode pred prejšnjimi je v tem, da že z zelo malo genomske DNA dobimo izjemno natančne rezultate. Z bisulfitom( navadno uporabimo NaHSO3) modificiramo denaturirano DNA verigo, kjer se nemetilirani citozini pretvorijo v uracil. Metiliran citozin je z metilno skupino zaščiten pred deaminacijo z bisulfitom. S PCR-jem pomnožimo komplementarno verigo, kjer je nasproti novonastalega uracila namesto gvanina nastane timin. Nemetilirana in metilirana veriga imata zaradi različne sekvence različne lastnosti, kar se da analizirati z različnimi metodami. Metoda je boljša kot uporaba restrikcijskih encimov, saj se da določiti vse metilirane citozine na DNA fragmentu. Slaba stran te tehnike je, da je kljub mnogim izboljšavam še vedno relativno zahtevna za izvedbo.
Po tem se je razvilo kar nekaj tehnik, ki so temeljile na disulfitnem metilacijskem sekevniranju.
*Pri metilacijsko občutljivi enoverižni konformacijski analizi (MSSSCA), uporabijo prajmerje brez začetnih CpG dinukleotidov (da ločimo metilirano in nemetilirano verigo) in komplementarno deaminirano enoverižno DNA. Dele med seboj povežejo s polimerazo in analizirajo. Procent metilacije se izračuna iz intizitete metilirane in nemietilerane verige.
*V drugem primeru se uporablja prajmerski nukleotid (SNuPE). DNA veriga po dodatku NaHSO3 selektivno pretvori nemetiliran citozin v uracil. SNuPE-ju dodamo na 5' koncu ddTTP ali ddCTP. Metilirana ima na koncu nuklotid C, nemetilirana pa T. Metiliran kos verige se iz kromatografske koloni izloči pred nemetiliranim.
*Real-time polimeraza verige je reakcija, s katero se preizkuša občutljivost in točnost metiliranih alelov po obdelavi verige z disulfatom. Poveča se stopnja kontaminacije in točnost rezultatov.
*Metilirana in nemetilirana DNA imata različni talilni temperaturi (Tm), kar določamo z elektroforezo. Lastnost uporablajo tudi za izolacijo DNA fragmentov.
*Na novo se je razvila tehnika imenovana fotovezava oligonukleotidnih hibridizacijskih ostankov, s katero določimo rezistenco encima digeston na metilacijo.
*Z metilacijo specifičnih oligonukleotidov (MOS) pride do detekcije metilirane DNA verige preko CpG koncev. Kratko oligonukleotidno zaporedje z metiliranimi in nemetiliranimi aleli je pritrjena na trdno podlago. Po obdelavi z disulfatom nastane več produkta, ki se uporabi za hibridizacijo
Metilacijo DNA verige se uporabla tudi kot in situ hibridizacija. Na nedotaknjenem tkivu ali celičnem preparatu preučujejo utišanje gena zaradi metilaicije promotorske regije.
== Analiza DNA metiltransferaz ==
Poleg tehnik za analizo metilirane DNA so napredovale tudi metode za preučevanje DNA metiltransferaz (DNMT). Ekspresija DNMT se spreminja v mnogih bioloških procesih, kot je embrionalni razvoj, rak ter staranje. Pri sesalcih poznamo 4 DNMTe: DNMT1, DNMT2, DNMT3a in DNMT3b. Za razumevanje DNA metilacije je potrebno poznati mehanizme za transkripcijo DNMTne mRNA. Raven transkripcije se meri z RT-PCR v realnem času. Pri tej metodi mRNA najprej obdelamo z reverzno transkriptazo, nato pa z PCR v realnem času. To je oblika PCR, kjer na koncu usakega PCR cikla analiziramo produkt s pomočjo flourescentnih markerjev, vezanih na PCR produkt. Na ta način zelo povečamo natančnost metode.
Do nedavnega je bilo težko natančno izmeriti encimsko aktivnost DNA metiltransferaz, saj ni bilo dovolj natančnih metod. Klasični testi, ki uporabljajo steklena vlakna, ozr DEAE test, ki uporablja celulozni filter za filtracijo metiliranega substrata imajo en velik problem: ob močnem spiranju imamo šibko ozadje, a tudi šibek signal, ob šibkem spiranju pa imamo močan signal in močno ozadje. To je velik problem zaradi počasne hitrosti reakcij, ki jih katalizirajo DNMTe. Nekatere natančnejše tehnike pa so bile drage in počasne. Teh problemov je bilo konec z razvojem DMB (DNMT-magnetic beads) testom. Test temelji na afiniteti biotiniliranih sintetskih oligonukleotidov točno določene dolžine do z streptavidinom prevlečenih magnetnih kroglic. Tako lahko z magnetom fiksirajo kompleks magnetnih kroglic in oligonukleotidov, ter sperejo nereagiran, z tricijem označen substrat. To naredi ta test zelo preprost, hiter ter natančen.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Analiza metilacijskih vzorcev na DNA

2011-04-18T19:37:02Z

Zan Zeleznik:

Epigenetika preučuje spremembe v kromatinu, ki niso posledice mutacij. Večina znanstvenikov tega področja se ukvarja z preučevanjem histonskih modifikacij, ter DNA metilacije, dveh najpogostejših molekularnih mehanizmov, ki sta pogosto prepletena. DNA metilacija vpliva na ekspresijo genov z večanjem afinitete vezave metilcitozin-vezavnih proteinov in/ali induciranjem sprememb kromatinske strukture. Pri višjih evkariontih DNA metilacija poteka na 5' koncu citozinske baze v CpG dinukleotidu. V nadaljevanju bomo predstavili nekatere izmed analitskih tehnik, ki jih uporabljamo za analizo kromatinskih sprememb.
== Metode za analizo arhitekture kromatina ==
=== Kromatin imunoobarjalni test ===
Velik napredek v analizi kromatinskih sprememb se je zgodil z razvitjem kromatin imunoobarjalnega (ChIP) testa. ChIP je postopek, s katerim ugotavljamo, ali se določen protein veže na specifično DNA zaporedje in vivo. Pri tej tehniki najprej razbijemo kromatin na manjše koščke, z protitelesi proti iskanemu DNA vezavnemu proteinu označimo kose, ki nas zanimajo, ter te komplekse oborimo. Nato ločimo proteine od DNA. DNA nato obdelamo z semi-kvantitativno PCR. S tem lahko določimo arhitekturo kromatina specifičnega DNA zaporedja. Tehnika ima dva glavna tipa: nChIP, ki se uporablja za preučevanje proteinov, ki se na DNA vežejo z veliko afiniteto, ter xChIP, ki se pa uporablja za proteine, ki se na DNA vežejo z majhno afiniteto. Z kombiniranjem teh testov z DNA čipi pa se preučujejo globalne DNA-protein interakcije. Metoda, ki kombinira ChIP ter Q-PCR se uporablja za določevanje obsega histonske acetilacije na diskretnih regijah jedrne DNA. Ta metoda je bila uporabljena v študiji vpliva metilacije nukleotidov na transkripcijo, ter na lokalno strukturo kromatina. Pokazalo se je, da so acetilirani histoni redki na predelih metilirane DNA, ter pogosti na nemetiliranih regijah DNA istega gena.
=== DNazaI hiperobčutljivi test ===
Poleg metod, ki temeljijo na testu ChIP, obstaja veliko drugih tehnik analize in opredelitve kromatinskih sprememb med epigenetskimi proces.
Ker so aktivni geni in njihovi regulatorni elementi načeloma na odprtih, nukleazno občutljivih regijah kromatina, lahko z tehnikami, ki preučujejo cepljenje kromosomske DNA( katalizirano z restrikcijskimi endonukleazami) ugotovimo dostopnost preučevane regije genoma.
Z DNazaI hiperobčutljivimi testi se preučujejo spremembe v strukturi kromatina, povezane z aktivacijo transkripcije specifičnih genov med pomembnimi biološkimi procesi (npr. diferenciacija celic). Test je pomemben za epigenetske raziskave, ker je ekspresija genov tesno povezana z metilacijo DNA ter histonskimi modifikacijami. Pri tem testu kromatin za kratek čas damo v stik z nizko koncetrirano raztopino DnazeI. Tako se cepijo le hiperobčutljiva mesta.Z uporabo LM-PCR( ligand-mediated PCR) obdelamo podatke testa, če imamo omejeno količino produktov. Z mapiranjem hiperobčutljivih mest lahko sledimo kromatinskim spremembam, ki jih povzročajo različni procesi v celici.
== Analiza metilacije DNA ==
Obstaja zelo veliko raznličnih načinov za oceno DNA metilacije. Na začetku so DNA metilacijo določevali z izošizomerijo, ki deluje na principu restrikcijskih encimov. Encimi cepijo točno določeno regijo in sicer MspI cepi nemetilirane in metilirane CCGG zaporedja, HPAII pa cepi nemetilirane CCGG zaporedja. Problem metode je, da z njo lahko ocenimo le približno 5% metiliranih citozinov v DNA verigi.
=== Disulfit metilacijsko sekveniranje ===
Disulfit metilacijsko sekveniranje se je razvilo leta 1992, kar je močno pospešilo poznavanje in raziskovanje DNA metilacije. Z disulfitom modificiramo DNA verigo, kjer se nemetilirani citozini pretvorijo v uracil. S PCR-jem pomnožimo komplementrno verigo in namesto gvanina nastane timin. Na metiliran citozin reagent ne deluje in ostane nespremenjen. Nemetilirana in metilirana veriga imata zaradi različne sekvence različne lastnosti, kar se da analizirati z različnimi metodami. Metoda je boljša kot uporaba restrikcijskih encimov, saj se da določiti vse metilirane citozine na DNA fragmentu.
Po tem se je razvilo kar nekaj tehnik, ki so temeljile na disulfitnem metilacijskem sekevniranju.
*Pri metilacijsko občutljivi enoverižni konformacijski analizi (MSSSCA), uporabijo prajmerje brez začetnih CpG dinukleotidov (da ločimo metilirano in nemetilirano verigo) in komplementarno deaminirano enoverižno DNA. Dele med seboj povežejo s polimerazo in analizirajo. Procent metilacije se izračuna iz intizitete metilirane in nemietilerane verige.
*V drugem primeru se uporablja prajmerski nukleotid (SNuPE). DNA veriga po dodatku NaS selektivno pretvori nemetiliran citozin v uracil. SNuPE-ju dodamo na 5' koncu ddTTP ali ddCTP. Metilirana ima na koncu nuklotid C, nemetilirana pa T. Metiliran kos verige se iz kromatografske koloni izloči pred nemetiliranim.
*Real-time polimeraza verige je reakcija, s katero se preizkuša občutljivost in točnost metiliranih alelov po obdelavi verige z disulfatom. Poveča se stopnja kontaminacije in točnost rezultatov.
*Metilirana in nemetilirana DNA imata različni talilni temperaturi (Tm), kar določamo z elektroforezo. Lastnost uporablajo tudi za izolacijo DNA fragmentov.
*Na novo se je razvila tehnika imenovana fotovezava oligonukleotidnih hibridizacijskih ostankov, s katero določimo rezistenco encima digeston na metilacijo.
*Z metilacijo specifičnih oligonukleotidov (MOS) pride do detekcije metilirane DNA verige preko CpG koncev. Kratko oligonukleotidno zaporedje z metiliranimi in nemetiliranimi aleli je pritrjena na trdno podlago. Po obdelavi z disulfatom nastane več produkta, ki se uporabi za hibridizacijo
Metilacijo DNA verige se uporabla tudi kot in situ hibridizacija. Na nedotaknjenem tkivu ali celičnem preparatu preučujejo utišanje gena zaradi metilaicije promotorske regije.
== Analiza DNA metiltransferaz ==
Poleg tehnik za analizo metilirane DNA so napredovale tudi metode za preučevanje DNA metiltransferaz (DNMT). Ekspresija DNMT se spreminja v mnogih bioloških procesih, kot je embrionalni razvoj, rak ter staranje. Pri sesalcih poznamo 4 DNMTe: DNMT1, DNMT2, DNMT3a in DNMT3b. Za razumevanje DNA metilacije je potrebno poznati mehanizme za transkripcijo DNMTne mRNA. Raven transkripcije se meri z RT-PCR v realnem času. Pri tej metodi mRNA najprej obdelamo z reverzno transkriptazo, nato pa z PCR v realnem času. To je oblika PCR, kjer na koncu usakega PCR cikla analiziramo produkt s pomočjo flourescentnih markerjev, vezanih na PCR produkt. Na ta način zelo povečamo natančnost metode.
Do nedavnega je bilo težko natančno izmeriti encimsko aktivnost DNA metiltransferaz, saj ni bilo dovolj natančnih metod. Klasični testi, ki uporabljajo steklena vlakna, ozr DEAE test, ki uporablja celulozni filter za filtracijo metiliranega substrata imajo en velik problem: ob močnem spiranju imamo šibko ozadje, a tudi šibek signal, ob šibkem spiranju pa imamo močan signal in močno ozadje. To je velik problem zaradi počasne hitrosti reakcij, ki jih katalizirajo DNMTe. Nekatere natančnejše tehnike pa so bile drage in počasne. Teh problemov je bilo konec z razvojem DMB (DNMT-magnetic beads) testom. Test temelji na afiniteti biotiniliranih sintetskih oligonukleotidov točno določene dolžine do z streptavidinom prevlečenih magnetnih kroglic. Tako lahko z magnetom fiksirajo kompleks magnetnih kroglic in oligonukleotidov, ter sperejo nereagiran, z tricijem označen substrat. To naredi ta test zelo preprost, hiter ter natančen.

[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Analiza metilacijskih vzorcev na DNA

2011-04-18T19:12:14Z

Zan Zeleznik:

Analiza metilacijskih vzorcev na DNA

2011-04-18T18:56:52Z

Zan Zeleznik:

Analiza metilacijskih vzorcev na DNA

2011-04-18T17:47:41Z

Zan Zeleznik: New page: Epigenetika preučuje spremembe v kromatinu, ki niso posledice mutacij. Večina znanstvenikov tega področja se ukvarja z preučevanjem histonskih modifikacij, ter DNA metilacije, dveh naj...

Epigenetsko uravnavanje izražanja genov

2011-04-18T17:31:53Z

Zan Zeleznik:

== Predstavitev seminarja 2010/11 ==
Seminarska tema pri predmetu Molekularna biologija (Biokemija, 2. letnik) v študijskem letu 2010/11 je Epigenetika.
Študenti se bodo razporedili v več skupin (po 3 študente) in obdelali isto temo z več vidikov. Pripravili bodo kratka predavanja znotraj letnika in napisali povzetek v obliki wiki-strani. Naslovi poglavij so:

# Mehanizem metilacije DNA
# Mehanizem modifikacije histonov
# Analiza metilacijskih vzorcev na DNA
# Analiza posttranslacijskih sprememb histonov
# Dedovanje metilacijskih vzorcev (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/inheritance/)
# Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - prehrana (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/nutrition/)
# Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - psihološki dejavniki (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/rats/)
# Ksenobiotiki in epigenetske spremembe
# Epigenetske spremembe in rak
# Epigenetske spremembe in debelost
# Epigenetski status in motnje delovanja možganov (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/brain/)
# Epigenetska regulacija celičnega cikla
# Epigenetika in staranje
# Projekt Čovekov epigenom
# (rezervna tema) ''Epigenetsko dogajanje pri rastlinah''

Vsako temo obdelajo trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo 8-10 min., ki bo na vrsti v projektnem tednu sredi aprila (po 7 predstavitev v 2 urah).

Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 18.4. opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 7 bodo 20.4., ostalih seminarjev pa 22.4. Vsaka skupina ima za predstavitev do 10 minut časa, sledi pa razprava (2-5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion').

=== Skupine ===

''Skupine za projektno nalogo - po trije za vsako poglavje (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):''

# ''[[Mehanizem metilacije DNA]]'' (Vito Frančič, Aleksander Krajnc, Žan Caf-Feldin)
# ''[[Mehanizem modifikacije histonov]]'' (Filip Kolenc, Nataša Simonič,Đorđe Dimitrijević)
# ''[[Analiza metilacijskih vzorcev na DNA]]'' (Veronika Rovanšek, Žan Železnik, Eva Tolar)
# ''[[Analiza posttranslacijskih sprememb histonov]]'' (Barbara Berki, Maruša Bratuš, Kaja Rupar)
# ''[[Dedovanje metilacijskih vzorcev]]'' (Brigita Razboršek, Tisa Primc, Urban Bezeljak)
# ''Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - prehrana'' (Luka Bevc, Janja Juvančič, Tjaša Bigec)
# ''Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - psihološki dejavniki'' (Nives Naraglav,Urška Žbogar, Špela Podjed)
# ''[[Ksenobiotiki in epigenetske spremembe]]'' (Daša Janeš, Alenka Mikuž, Špela Baus)
# ''Epigenetske spremembe in rak'' (Tjaša Berčič, Dino Ščuk,Nejc Perme)
# ''[[Epigenetske spremembe in debelost]]'' (Kristina Bremec, Petra Gorečan, Špela Umek)
# ''Epigenetski status in motnje delovanja možganov'' (Sabina Kolar, Elmina Handanovič, Tonja Pavlovič)
# ''[[Epigenetska regulacija celičnega cikla]]'' (Janez Meden, Primož Bembič, Uroš Stupar)
# ''[[Epigenetika in staranje]]'' (Margareta Žlajpah, Maja Kogoj, Zala Rot)
# ''[[Projekt Čovekov epigenom]]'' (Blaž Svetic, Kaja Tadić, Sabina Mavretič)
# (rezervna tema) ''Epigenetsko dogajanje pri rastlinah'' (Damjana Hriberšek, Laura Ogrin)

Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:<nowiki>
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki>

Epigenetsko uravnavanje izražanja genov

2011-03-02T21:33:25Z

Zan Zeleznik:

Seminarska tema pri predmetu Molekularna biologija (Biokemija, 2. letnik) v študijskem letu 2010/11 je Epigenetika.
Študenti se bodo razporedili v več skupin (po 3 študente) in obdelali isto temo z več vidikov. Pripravili bodo kratka predavanja znotraj letnika in napisali povzetek v obliki wiki-strani. Naslovi poglavij so:

# Mehanizem metilacije DNA
# Mehanizem modifikacije histonov
# Analiza metilacijskih vzorcev na DNA
# Analiza posttranslacijskih sprememb histonov
# Dedovanje metilacijskih vzorcev (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/inheritance/)
# Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - prehrana (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/nutrition/)
# Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - psihološki dejavniki (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/rats/)
# Ksenobiotiki in epigenetske spremembe
# Epigenetske spremembe in rak
# Epigenetske spremembe in debelost
# Epigenetski status in motnje delovanja možganov (možen uvod preko http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/brain/)
# Epigenetska regulacija celičnega cikla
# Epigenetika in staranje
# Projekt Čovekov epigenom

Vsako temo obdelajo trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Pripravite tudi predstavitev, dolgo 8-10 min., ki bo na vrsti v projektnem tednu v začetku aprila 2011 (po 7 predstavitev v 2 urah).

----

''Skupine za projektno nalogo - po trije za vsako poglavje (imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):''
# ''Mehanizem metilacije DNA'' (Vito Frančič, Aleksander Krajnc, Žan Caf-Feldin)
# ''Mehanizem modifikacije histonov'' (Filip Kolenc, Nataša Simonič,Đorđe Dimitrijević)
# ''Analiza metilacijskih vzorcev na DNA'' (Veronika Rovanšek, Žan Železnik)
# ''Analiza posttranslacijskih sprememb histonov'' (Barbara Berki, Maruša Bratuš, Kaja Rupar)
# ''Dedovanje metilacijskih vzorcev'' (Brigita Razboršek, Tisa Primc, Urban Bezeljak)
# ''Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - prehrana'' (Luka Bevc, Janja Juvančič, Tjaša Bigec)
# ''Epigenetske spremembe kot posledica načina življenja - psihološki dejavniki'' (Nives Naraglav,Urška Žbogar, Špela Podjed)
# ''Ksenobiotiki in epigenetske spremembe'' (Daša Janeš, Alenka Mikuž, Špela Baus)
# ''Epigenetske spremembe in rak'' (Tjaša Berčič, Dino Ščuk,Nejc Perme)
# ''Epigenetske spremembe in debelost'' (Kristina Bremec, Petra Gorečan, Špela Umek)
# ''Epigenetski status in motnje delovanja možganov'' (Sabina Kolar, Elmina Handanovič, Tonja Pavlovič)
# ''Epigenetska regulacija celičnega cikla'' (Janez Meden, Primož Bembič,...)
# ''Epigenetika in staranje'' (Margareta Žlajpah, Maja Kogoj, Zala Rot)
# ''Projekt Čovekov epigenom'' (Blaž Svetic, Kaja Tadić, Sabina Mavretič)

Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:<nowiki>
[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]</nowiki>

BIO2 2010 Seminar

2010-12-19T11:01:53Z

Zan Zeleznik: /* Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili */

= 14. januarja se predavanje začne že ob 8:30 v Veliki predavalnici IJS! =
= 21. januarja bo predavanje v Kolarjevi predavalnici ob 9:00 =

= Biokemijski seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.

Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov članka'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent2'''
|-
| Gregor Gunčar||[[ skopiraj url naslov od svojega dela; od BIO2_Povzetki_seminarja dalje| naslov seminarja]]|||||||||
|-
| DIMITRIJEVIĆ ĐORĐE||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#.C4.90or.C4.91e_Dimitrijevi.C4.87:_PLC_regulacija:_nastajajo.C4.8Di_modeli_molekularnih_mehanizmov|PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov]]||20.10.||25.10.||29.10.||Berčič Tjaša||Berki Barbara
|-
| KRAJNC ALEKSANDER||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Aleksander_Krajnc:_Oligomerske_oblike_z_G_proteinom_sklopljenih_receptorjev_.28GPCR.29|Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR)]]||20.10.||25.10.||29.10.||Bevc Luka||Bezeljak Urban
|-
| FRANČIČ VITO||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Vito_Fran.C4.8Di.C4.8D:_Proteini_WD40:_sredi.C5.A1.C4.8Da_v_omre.C5.BEju_celi.C4.8Dnih_biokemijskih_interakcij|Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij]]||20.10.||25.10.||29.10.||Bigec Tjaša||Bratuš Maruša
|-
| CAF - FELDIN ŽAN||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev#.C5.BDan_Caf-Feldin:_Glikoliza:_Zgolj_bioenergetksa_vloga_ali_pot_pre.C5.BEivetja Glycolysis: a bioenergetic or a survival pathway?]||20.10.||27.10.||3.11.||Simonič Nataša||Bremec Kristina
|-
| ŽELEZNIK ŽAN||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Žan_Železnik:_Biokemijska_in_strukturna_osnova_za_trans-v-cis_izomerizacijo_retinoidov_v_kemiji_vida|Biokemijska in strukturna osnova za trans-v-cis izomerizacijo retinoidov v kemiji vida ]]||28.10.||2.11.||5.11.||Caf-Feldin||Dimitrijević
|-
| PRIMC TISA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Tisa_Primc:_Apoptoza_inducirana_prek_smrtnih_receptorjev| Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ]]||28.10.||2.11.||5.11.||Frančič||Hadanović
|-
| RAZBORŠEK BRIGITA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev#Brigita_Razbor.C5.A1ek:_Adhezijski_GPCR-ji_-_Odkrivanje_pomena_novih_receptorjev Adhezijski GPCR-ji: odkrivanje pomena novih receptorjev]||28.10.||3.11.||10.11.||Hriberšek||Juvančič
|-
| SIMONIČ NATAŠA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev#Nata.C5.A1a_Simoni.C4.8D:_Botulin_in_tetanus_nevrotoksin:_struktura.2C_delovanje_in_terapevtska_uporaba Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba]||29.10.||5.11.||12.11.||Kogoj||Kolar
|-
| OGRIN LAURA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Laura_Ogrin:_Kooperativni_in_nekooperativni_ionski_kanali_CNG| Kooperativni in nekooperativni ionski kanali CNG]]||29.10.||5.11.||12.11.||Kolenc||Krajnc
|-
| DIMITRIJEVIČ ĐORĐE||||3.11.||10.11.||17.11.||||
|-
| PERME NEJC||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Nejc_Perme:_Mehanizmi_zaznavanja_glukoze_v_evkariontskih_celicah|Mehanizmi zaznavanja glukoze v evkariontskih celicah]]||5.11.||12.11.||19.11.||Primc||Ogrin
|-
| PODJED ŠPELA||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#.C5.A0pela_Podjed:_Strukturne_lastnosti_RNA-stikal.2C_ki_ve.C5.BEejo_metabolite| Strukturne lastnosti RNA-stikal, ki vežejo metabolite]]||5.11.||12.11.||19.11.||Perme||Rot
|-
| ŽBOGAR URŠKA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev# Multifunkcionalnost glikolitičnih encimov]||10.11.||17.11.||24.11.||Podjed||Razboršek
|-
| NARAGLAV NIVES||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Nives_Naraglav:_Protein_kinaze:_evolucija_dinamično_reguliranih_proteinov|Protein kinaze: evolucija dinamično reguliranih proteinov]]||12.11.||19.11.||26.11.||Rovanšek||Rupar
|-
| BEZELJAK URBAN||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Urban_Bezeljak:_Na_novo_odkrite_skrivnosti_aktomiozinskega_delovnega_takta| Na novo odkrite skrivnosti aktomiozinskega delovnega takta]]||12.11.||19.11.||26.11.||Stupar||Šćuk
|-
| ŽLAJPAH MARGARETA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Margareta_Žlajpah:_Regulacija_HIF-1_proteina| Regulacija HIF-1 proteina]]||12.11.||19.11.||26.11.||Tolar||Žbogar
|-
| KOLAR SABINA||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Sabina Kolar: Povezava med signalom inzulina in glukoznim prenašalcem| Bridging the GAP between insulin signaling and GLUT4 translocation]]||19.11.||24.11.||1.12.||Umek||Korpar
|-
| HANDANOVIĆ ELMINA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Elmina Handanović:_Biokemijski_pristop_k_staranju| Biokemijski pristop k staranju]]||26.11.||1.12.||3.12.||Žlajpah||Železnik
|-
| BRATUŠ MARUŠA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Maruša_Bratuš:_Mitohondriji_kot_jih_ne_poznamo| Mitohondriji kot jih ne poznamo]]||26.11.||1.12.||3.12.||Pavlovič||Primec
|-
| RUPAR KAJA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Kaja_Rupar:_Sirtuini_-_reguliranje_mitohondrija | Sirtuini - reguliranje mitohondrija]] ||2.12.||6.12.||8.12.||Gorečan||Gregorič
|-
| BERKI BARBARA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Barbara_Berki:_Evolucija_mitohondrijev | Evolucija mitohondrijev]]||3.12.||7.12.||10.12.||Tolar||Rovanšek
|-
| JUVANČIČ JANJA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Janja_Juvančič:_Uvoz_proteinov_v_mitohondrij| Uvoz proteinov v mitohondrij]]||3.12.||7.12.||10.12.||Caf-Feldin||Berčič
|-
| ROT ZALA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Zala_Rot:_Homologi_mitohondrijskega_razklopnega_proteina_UCP1| Homologi mitohondrijskega razklopnega proteina UCP1]]||3.12.||8.12.||15.12.||Primec||Korpar
|-
| KOLENC FILIP||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Filip_Kolenc:_Post-translacijske_modifikacije_v_signalni_integraciji | Post-translational modifications in signal integration ]]||3.12.||10.12.||17.12.||Bevc||Flis
|-
| ŠČUK DINO||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Dino_Ščuk:_Mehanizmi_tvorbe_lipidnih_telesc | Mechanisms of lipid-body formation ]]||6.12.||13.12.||17.12.||Bigec||Železnik
|-
| BEVC LUKA||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Luka_Bevc:_Hormon_občutljiva_lipaza | Hormon sensitive lipase ]]||5.12.||10.12.||17.12.||Gorečan||Kolenc
|-
| nihče||Regulatory crosstalk of the metabolic network||8.12.||15.12.||22.12.||||
|-
| ROVANŠEK VERONIKA||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Veronika_Rovanšek:_yink_in_yank_v_biokemiji_kobalamina | The yin-yang of cobalamin biochemistry]]||17.12.||19.12.||24.12.||Bezeljak||Ogrin
|-
| BERČIČ TJAŠA||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Tjaša_Berčič:_Naddružina_tiolaz_Kondenzirajoči_encimi_ki_katalizirajo_različne_reakcije | The thiolase superfamily: condensing enzymes with diverse reaction specificities]]||17.12.||19.12.||24.12.||Hriberšek||Bremec
|-
| BIGEC TJAŠA||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Tjaša Bigec:_Zasvojenost_z_glutaminom | Glutamine addiction ]]||17.12.||19.12.||24.12.||Juvančič||Razboršek
|-
| KOGOJ MAJA||Metabolism control by the circadian clock and vice versa||22.12.||29.12.||5.1.||Rupar||Gregorič
|-
| BREMEC KRISTINA||Eukaryotic transcription factors as direct nutrient sensors||24.12.||3.1.||7.1.||Stupar||Žlajpah
|-
| STUPAR UROŠ||Many paths to methyltransfer: a chronicle of convergence||24.12.||3.1.||7.1.||Handanović||Pavlovič
|-
| TOLAR EVA||Light-regulated transcriptional networks in higher plants||24.12.||3.1.||7.1.||Dimitrijević||Podjed
|-
| UMEK ŠPELA||Membrane lipids: where they are and how they behave||3.1.||7.1.||12.1.||Kranjc||Primc
|-
| HRIBERŠEK DAMJANA||Principles of bioactive lipid signalling: lessons from sphingolipids||3.1.||7.1.||14.1.||Naraglav||Rot
|-
| KORPAR TANJA||Cellular strategies for the assembly of molecular machines||3.1.||7.1.||14.1.||Perme||Bratuš
|-
| PAVLOVIČ TANJA||Adipokines as novel modulators of lipid metabolism||3.1.||7.1.||14.1.||Frančič||Žbogar
|-
| GOREČAN PETRA||Leptin and the regulation of body weight in mammals||5.1.||12.1.||19.1.||Simonič||Kolar
|-
| GREGORIČ TINA||||7.1.||14.1.||21.1.||Kogoj||Umek
|-
| PRIMEC SARA||||7.1.||14.1.||21.1.||Berki||Flis
|-
| FLIS TJAŠA||||7.1.||14.1.||21.1.||Ščuk||Naraglav
|}

== Gradivo za seminarje ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
A) v skupini še z enim kolegom pripraviti opis enega gesla v poglavju Biokemijski leksikon 
B) samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek, ki ga določi docent

===A: Leksikografsko geslo===
Za vpis gesla veljajo naslednja pravila: 
* Geslo je lahko iz katere od že vpisanih kategorij ali pa izberete svoje. Če geslo še ni vpisano v [[Leksikon_BMB | kazalu]], ga smiselno uvrstite vanj.
* Do '''12. decembra 2010''' do 12. ure vpišite v tabelo skupin [[BIO2 Seminar-geslo]], katero temo ste si izbrali. Preden se odločite za svojo temo, preverite, da si ni iste izbral že kdo drug.
* Razlaga gesla naj obsega med 500 in 600 besed in vsaj eno povezavo na slikovno gradivo drugje na internetu. Ne nalagajte slik, ki so avtorsko zaščitene!
* Opis pod A morate dokončati do '''12. januarja 2010''' do 12. ure.

===B: Seminar===
Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* Docent določi članek, ki ga boste obravnavali v okviru seminarja
* [[BIO2 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2800 do 3000 besed), vsebovati mora vsaj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko.
* Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsaj dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga, povzetek in opis gesla morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&formkey=dE1aOFU1aE1iMlBrNEJzLTRGeTdWZXc6MQ#gid=0 recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 2010 Seminar

2010-12-19T11:00:43Z

Zan Zeleznik: /* Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili */

= 14. januarja se predavanje začne že ob 8:30 v Veliki predavalnici IJS! =
= 21. januarja bo predavanje v Kolarjevi predavalnici ob 9:00 =

= Biokemijski seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.

Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov članka'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent2'''
|-
| Gregor Gunčar||[[ skopiraj url naslov od svojega dela; od BIO2_Povzetki_seminarja dalje| naslov seminarja]]|||||||||
|-
| DIMITRIJEVIĆ ĐORĐE||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#.C4.90or.C4.91e_Dimitrijevi.C4.87:_PLC_regulacija:_nastajajo.C4.8Di_modeli_molekularnih_mehanizmov|PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov]]||20.10.||25.10.||29.10.||Berčič Tjaša||Berki Barbara
|-
| KRAJNC ALEKSANDER||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Aleksander_Krajnc:_Oligomerske_oblike_z_G_proteinom_sklopljenih_receptorjev_.28GPCR.29|Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR)]]||20.10.||25.10.||29.10.||Bevc Luka||Bezeljak Urban
|-
| FRANČIČ VITO||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Vito_Fran.C4.8Di.C4.8D:_Proteini_WD40:_sredi.C5.A1.C4.8Da_v_omre.C5.BEju_celi.C4.8Dnih_biokemijskih_interakcij|Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij]]||20.10.||25.10.||29.10.||Bigec Tjaša||Bratuš Maruša
|-
| CAF - FELDIN ŽAN||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev#.C5.BDan_Caf-Feldin:_Glikoliza:_Zgolj_bioenergetksa_vloga_ali_pot_pre.C5.BEivetja Glycolysis: a bioenergetic or a survival pathway?]||20.10.||27.10.||3.11.||Simonič Nataša||Bremec Kristina
|-
| ŽELEZNIK ŽAN||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Žan_Železnik:_Biokemijska_in_strukturna_osnova_za_trans-v-cis_izomerizacijo_retinoidov_v_kemiji_vida|Biokemijska in strukturna osnova za trans-v-cis izomerizacijo retinoidov v kemiji vida ]]||28.10.||2.11.||5.11.||Caf-Feldin||Dimitrijević
|-
| PRIMC TISA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Tisa_Primc:_Apoptoza_inducirana_prek_smrtnih_receptorjev| Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ]]||28.10.||2.11.||5.11.||Frančič||Hadanović
|-
| RAZBORŠEK BRIGITA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev#Brigita_Razbor.C5.A1ek:_Adhezijski_GPCR-ji_-_Odkrivanje_pomena_novih_receptorjev Adhezijski GPCR-ji: odkrivanje pomena novih receptorjev]||28.10.||3.11.||10.11.||Hriberšek||Juvančič
|-
| SIMONIČ NATAŠA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev#Nata.C5.A1a_Simoni.C4.8D:_Botulin_in_tetanus_nevrotoksin:_struktura.2C_delovanje_in_terapevtska_uporaba Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba]||29.10.||5.11.||12.11.||Kogoj||Kolar
|-
| OGRIN LAURA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Laura_Ogrin:_Kooperativni_in_nekooperativni_ionski_kanali_CNG| Kooperativni in nekooperativni ionski kanali CNG]]||29.10.||5.11.||12.11.||Kolenc||Krajnc
|-
| DIMITRIJEVIČ ĐORĐE||||3.11.||10.11.||17.11.||||
|-
| PERME NEJC||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Nejc_Perme:_Mehanizmi_zaznavanja_glukoze_v_evkariontskih_celicah|Mehanizmi zaznavanja glukoze v evkariontskih celicah]]||5.11.||12.11.||19.11.||Primc||Ogrin
|-
| PODJED ŠPELA||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#.C5.A0pela_Podjed:_Strukturne_lastnosti_RNA-stikal.2C_ki_ve.C5.BEejo_metabolite| Strukturne lastnosti RNA-stikal, ki vežejo metabolite]]||5.11.||12.11.||19.11.||Perme||Rot
|-
| ŽBOGAR URŠKA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev# Multifunkcionalnost glikolitičnih encimov]||10.11.||17.11.||24.11.||Podjed||Razboršek
|-
| NARAGLAV NIVES||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Nives_Naraglav:_Protein_kinaze:_evolucija_dinamično_reguliranih_proteinov|Protein kinaze: evolucija dinamično reguliranih proteinov]]||12.11.||19.11.||26.11.||Rovanšek||Rupar
|-
| BEZELJAK URBAN||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Urban_Bezeljak:_Na_novo_odkrite_skrivnosti_aktomiozinskega_delovnega_takta| Na novo odkrite skrivnosti aktomiozinskega delovnega takta]]||12.11.||19.11.||26.11.||Stupar||Šćuk
|-
| ŽLAJPAH MARGARETA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Margareta_Žlajpah:_Regulacija_HIF-1_proteina| Regulacija HIF-1 proteina]]||12.11.||19.11.||26.11.||Tolar||Žbogar
|-
| KOLAR SABINA||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Sabina Kolar: Povezava med signalom inzulina in glukoznim prenašalcem| Bridging the GAP between insulin signaling and GLUT4 translocation]]||19.11.||24.11.||1.12.||Umek||Korpar
|-
| HANDANOVIĆ ELMINA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Elmina Handanović:_Biokemijski_pristop_k_staranju| Biokemijski pristop k staranju]]||26.11.||1.12.||3.12.||Žlajpah||Železnik
|-
| BRATUŠ MARUŠA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Maruša_Bratuš:_Mitohondriji_kot_jih_ne_poznamo| Mitohondriji kot jih ne poznamo]]||26.11.||1.12.||3.12.||Pavlovič||Primec
|-
| RUPAR KAJA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Kaja_Rupar:_Sirtuini_-_reguliranje_mitohondrija | Sirtuini - reguliranje mitohondrija]] ||2.12.||6.12.||8.12.||Gorečan||Gregorič
|-
| BERKI BARBARA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Barbara_Berki:_Evolucija_mitohondrijev | Evolucija mitohondrijev]]||3.12.||7.12.||10.12.||Tolar||Rovanšek
|-
| JUVANČIČ JANJA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Janja_Juvančič:_Uvoz_proteinov_v_mitohondrij| Uvoz proteinov v mitohondrij]]||3.12.||7.12.||10.12.||Caf-Feldin||Berčič
|-
| ROT ZALA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Zala_Rot:_Homologi_mitohondrijskega_razklopnega_proteina_UCP1| Homologi mitohondrijskega razklopnega proteina UCP1]]||3.12.||8.12.||15.12.||Primec||Korpar
|-
| KOLENC FILIP||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Filip_Kolenc:_Post-translacijske_modifikacije_v_signalni_integraciji | Post-translational modifications in signal integration ]]||3.12.||10.12.||17.12.||Bevc||Flis
|-
| ŠČUK DINO||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Dino_Ščuk:_Mehanizmi_tvorbe_lipidnih_telesc | Mechanisms of lipid-body formation ]]||6.12.||13.12.||17.12.||Bigec||Železnik
|-
| BEVC LUKA||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Luka_Bevc:_Hormon_občutljiva_lipaza | Hormon sensitive lipase ]]||5.12.||10.12.||17.12.||Gorečan||Kolenc
|-
| nihče||Regulatory crosstalk of the metabolic network||8.12.||15.12.||22.12.||||
|-
| ROVANŠEK VERONIKA||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Veronika_Rovanšek:_yink_in_yank_v_biokemiji_kobalamina |The yin-yang of cobalamin biochemistry||17.12.||19.12.||24.12.||Bezeljak||Ogrin
|-
| BERČIČ TJAŠA||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Tjaša_Berčič:_Naddružina_tiolaz_Kondenzirajoči_encimi_ki_katalizirajo_različne_reakcije | The thiolase superfamily: condensing enzymes with diverse reaction specificities]]||17.12.||19.12.||24.12.||Hriberšek||Bremec
|-
| BIGEC TJAŠA||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Tjaša Bigec:_Zasvojenost_z_glutaminom | Glutamine addiction ]]||17.12.||19.12.||24.12.||Juvančič||Razboršek
|-
| KOGOJ MAJA||Metabolism control by the circadian clock and vice versa||22.12.||29.12.||5.1.||Rupar||Gregorič
|-
| BREMEC KRISTINA||Eukaryotic transcription factors as direct nutrient sensors||24.12.||3.1.||7.1.||Stupar||Žlajpah
|-
| STUPAR UROŠ||Many paths to methyltransfer: a chronicle of convergence||24.12.||3.1.||7.1.||Handanović||Pavlovič
|-
| TOLAR EVA||Light-regulated transcriptional networks in higher plants||24.12.||3.1.||7.1.||Dimitrijević||Podjed
|-
| UMEK ŠPELA||Membrane lipids: where they are and how they behave||3.1.||7.1.||12.1.||Kranjc||Primc
|-
| HRIBERŠEK DAMJANA||Principles of bioactive lipid signalling: lessons from sphingolipids||3.1.||7.1.||14.1.||Naraglav||Rot
|-
| KORPAR TANJA||Cellular strategies for the assembly of molecular machines||3.1.||7.1.||14.1.||Perme||Bratuš
|-
| PAVLOVIČ TANJA||Adipokines as novel modulators of lipid metabolism||3.1.||7.1.||14.1.||Frančič||Žbogar
|-
| GOREČAN PETRA||Leptin and the regulation of body weight in mammals||5.1.||12.1.||19.1.||Simonič||Kolar
|-
| GREGORIČ TINA||||7.1.||14.1.||21.1.||Kogoj||Umek
|-
| PRIMEC SARA||||7.1.||14.1.||21.1.||Berki||Flis
|-
| FLIS TJAŠA||||7.1.||14.1.||21.1.||Ščuk||Naraglav
|}

== Gradivo za seminarje ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
A) v skupini še z enim kolegom pripraviti opis enega gesla v poglavju Biokemijski leksikon 
B) samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek, ki ga določi docent

===A: Leksikografsko geslo===
Za vpis gesla veljajo naslednja pravila: 
* Geslo je lahko iz katere od že vpisanih kategorij ali pa izberete svoje. Če geslo še ni vpisano v [[Leksikon_BMB | kazalu]], ga smiselno uvrstite vanj.
* Do '''12. decembra 2010''' do 12. ure vpišite v tabelo skupin [[BIO2 Seminar-geslo]], katero temo ste si izbrali. Preden se odločite za svojo temo, preverite, da si ni iste izbral že kdo drug.
* Razlaga gesla naj obsega med 500 in 600 besed in vsaj eno povezavo na slikovno gradivo drugje na internetu. Ne nalagajte slik, ki so avtorsko zaščitene!
* Opis pod A morate dokončati do '''12. januarja 2010''' do 12. ure.

===B: Seminar===
Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* Docent določi članek, ki ga boste obravnavali v okviru seminarja
* [[BIO2 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2800 do 3000 besed), vsebovati mora vsaj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko.
* Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsaj dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga, povzetek in opis gesla morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&formkey=dE1aOFU1aE1iMlBrNEJzLTRGeTdWZXc6MQ#gid=0 recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar, tako da odda svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 Seminar-geslo

2010-12-12T09:02:15Z

Zan Zeleznik:

*G proteini : Brigita Razboršek, Špela Podjed
*[[Verižna reakcija s polimerazo (PCR)]] : Maja Kogoj, Margareta Žlajpah
*Šaperoni : Tjaša Bigec, Janja Juvančič
*[[Lastnosti aminokislin]] : Tjaša Berčič, Sabina Kolar
*[[Mišična distrofija]] : Elmina Handanović, Dino Šćuk
*Ionski kanalčki : Nives Naraglav, Zala Rot
*[[Celična stena rastlin]] : Kaja Rupar, Maruša Bratuš
*"Sebični gen" : Eva Tolar, Sara Primec
*[[Epilepsija]] : Luka Bevc, Filip Kolenc
* [[Receptorji TLR]] : Špela Umek, Đorđe Dimitrijević
*[[Sindrom pridobljene imunske pomanjkljivosti (AIDS)]] : Urška Žbogar, Nejc Perme
*[[Nevrotransmiterji]] : Tanja Korpar, Nataša Simonič
*Receptorji : Aleksander Kranjc, Uroš Stupar
*Peptidna vez in peptidi : Vito Frančič, Žan Caf-Feldin
*[[Zaznavanje okusov]]: Tisa Primc, Urban Bezeljak
*[[Eritropoetin]]: Kristina Bremec, Petra Gorečan
*[[Poškodbe s prostimi radikali]]: Tonja Pavlovič, Tjaša Flis
*Splošna zgradba imunoglobulinov : Veronika Rovanšek, Tina Gregorin

BIO2 2010 Seminar

2010-10-30T14:36:14Z

Zan Zeleznik:

= Biokemijski seminar =

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.

Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

== Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov članka'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent2'''
|-
| Gregor Gunčar||[[ skopiraj url naslov od svojega dela; od BIO2_Povzetki_seminarja dalje| naslov seminarja]]|||||||||
|-
| DIMITRIJEVIĆ ĐORĐE||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#.C4.90or.C4.91e_Dimitrijevi.C4.87:_PLC_regulacija:_nastajajo.C4.8Di_modeli_molekularnih_mehanizmov|PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov]]||20.10.||25.10.||29.10.||Berčič Tjaša||Berki Barbara
|-
| KRAJNC ALEKSANDER||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Aleksander_Krajnc:_Oligomerske_oblike_z_G_proteinom_sklopljenih_receptorjev_.28GPCR.29|Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR)]]||20.10.||25.10.||29.10.||Bevc Luka||Bezeljak Urban
|-
| FRANČIČ VITO||[[BIO2_Povzetki_seminarjev#Vito_Fran.C4.8Di.C4.8D:_Proteini_WD40:_sredi.C5.A1.C4.8Da_v_omre.C5.BEju_celi.C4.8Dnih_biokemijskih_interakcij|Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij]]||20.10.||25.10.||29.10.||Bigec Tjaša||Bratuš Maruša
|-
| CAF - FELDIN ŽAN||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev#.C5.BDan_Caf-Feldin:_Glikoliza:_Zgolj_bioenergetksa_vloga_ali_pot_pre.C5.BEivetja Glycolysis: a bioenergetic or a survival pathway?]||20.10.||27.10.||3.11.||Simonič Nataša||Bremec Kristina
|-
| ŽELEZNIK ŽAN||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Žan_Železnik:_Biokemijska_in_strukturna_osnova_za_trans-v-cis_izomerizacijo_retinoidov_v_kemiji_vida|Biokemijska in strukturna osnova za trans-v-cis izomerizacijo retinoidov v kemiji vida ]]||28.10.||2.11.||5.11.||Caf-Feldin||Dimitrijević
|-
| PRIMC TISA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Tisa_Primc:_Apoptoza_inducirana_prek_smrtnih_receptorjev| Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ]]||28.10.||2.11.||5.11.||Frančič||Hadanović
|-
| RAZBORŠEK BRIGITA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev#Brigita_Razbor.C5.A1ek:_Adhezijski_GPCR-ji_-_Odkrivanje_pomena_novih_receptorjev Adhezijski GPCR-ji: odkrivanje pomena novih receptorjev]||28.10.||3.11.||10.11.||Hriberšek||Juvančič
|-
| SIMONIČ NATAŠA||[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev#Nata.C5.A1a_Simoni.C4.8D:_Botulin_in_tetanus_nevrotoksin:_struktura.2C_delovanje_in_terapevtska_uporaba Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba]||29.10.||5.11.||12.11.||Kogoj||Kolar
|-
| OGRIN LAURA||[[ BIO2_Povzetki_seminarjev#Laura_Ogrin:_Kooperativni_in_nekooperativni_ionski_kanali_CNG| Kooperativni in nekooperativni ionski kanali CNG]]||29.10.||5.11.||12.11.||Kolenc||Krajnc
|-
| MEDEN JANEZ||Regulatory crosstalk of the metabolic network||3.11.||10.11.||17.11.||Naraglav||Mikuž
|-
| PERME NEJC||Glucose-sensing mechanisms in eukaryotic cells||5.11.||12.11.||19.11.||Primc||Ogrin
|-
| PODJED ŠPELA||Structural features of metabolite-sensing riboswitches||5.11.||12.11.||19.11.||Perme||Rot
|-
| ŽBOGAR URŠKA||Multifaceted roles of glycolytic enzymes||10.11.||17.11.||24.11.||Podjed||Razboršek
|-
| NARAGLAV NIVES||Protein kinases: evolution of dynamic regulatory proteins||12.11.||19.11.||26.11.||Rovanšek||Rupar
|-
| BEZELJAK URBAN||Emerging complex pathways of the actomyosin powerstroke||12.11.||19.11.||26.11.||Stupar||Šćuk
|-
| ŽLAJPAH MARGARETA||HIF-1 regulation: not so easy come, easy go||12.11.||19.11.||26.11.||Tolar||Žbogar
|-
| KOLAR SABINA||||17.11.||24.11.||1.12.
|-
| HANDANOVIĆ ELMINA||||19.11.||26.11.||3.12.
|-
| BRATUŠ MARUŠA||||19.11.||26.11.||3.12.
|-
| RUPAR KAJA||||24.11.||1.12.||8.12.
|-
| BERKI BARBARA||||||||10.12.
|-
| JUVANČIČ JANJA||||||||10.12.
|-
| ROT ZALA||||||||15.12.
|-
| KOLENC FILIP||||||||17.12.
|-
| ŠČUK DINO||||||||17.12.
|-
| BEVC LUKA||||||||22.12.
|-
| ROVANŠEK VERONIKA||||||||24.12.
|-
| BERČIČ TJAŠA||||||||24.12.
|-
| BIGEC TJAŠA||||||||5.1.
|-
| KOGOJ MAJA||||||||7.1.
|-
| BREMEC KRISTINA||||||||7.1.
|-
| STUPAR UROŠ||||||||12.1.
|-
| TOLAR EVA||||||||14.1.
|-
| none||||||||14.1.
|-
| ŽELEZNIK ŽAN||||||||19.1.
|-
| HRIBERŠEK DAMJANA||||||||21.1.
|-
| KORPAR TANJA||||||||21.1.
|-
| PAVLOVIČ TANJA||||||||
|-
| GOREČAN PETRA||||||||
|-
| GREGORIČ TINA||||||||
|}

== Gradivo za seminarje ==
Gradivo za seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
A) v skupini še z enim kolegom pripraviti opis enega gesla v poglavju Biokemijski leksikon 
B) samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek, ki ga določi docent

===A: Leksikografsko geslo===
Za vpis gesla veljajo naslednja pravila: 
* Geslo je lahko iz katere od že vpisanih kategorij ali pa izberete svoje. Če geslo še ni vpisano v [[Leksikon_BMB | kazalu]], ga smiselno uvrstite vanj.
* Do 7. novembra 2010 do 12. ure vpišite v tabelo skupin [[BIO2 Seminar-geslo]], katero temo ste si izbrali. Preden se odločite za svojo temo, preverite, da si ni iste izbral že kdo drug.
* Razlaga gesla naj obsega med 500 in 600 besed in vsaj eno povezavo na slikovno gradivo drugje na internetu. Ne nalagajte slik, ki so avtorsko zaščitene!
* Opis pod A morate dokončati do 1. decembra 2010 do 12. ure.

===B: Seminar===
Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* Docent določi članek, ki ga boste obravnavali v okviru seminarja
* [[BIO2 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2800 do 3000 besed), vsebovati mora vsaj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko.
* Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsaj dve vprašanji.
* Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga, povzetek in opis gesla morajo biti v slovenskem jeziku!

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&formkey=dE1aOFU1aE1iMlBrNEJzLTRGeTdWZXc6MQ#gid=0 recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsi, ki so bili na seminarju prisotni, imajo pravico in možnost oceniti seminar, tako da oddajo svoje [https://spreadsheets.google.com/viewform?hl=en&formkey=dDlsbDlnclNrc3dIS2otRFdxUEFTNnc6MQ#gid=0 mnenje] najkasneje v treh dneh po predstavitvi.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 Povzetki seminarjev

2010-10-30T14:30:42Z

Zan Zeleznik:

== Đorđe Dimitrijević: PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov ==

[http://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoinositide_phospholipase_C Fosfoinozitol specifične fosfolipaze C] so pogoste signalne komponente povezane z aktivacijo večina celičnih receptorjev.

Družine PLC so kompleksni, večdomenski proteini in skupaj pokrivajo širok spekter regulatornih interakcij, zajemajoč direktno vezavo na podenote G proteinov, majhne GTPaze iz Rho in Ras družin, receptorne in ne-receptorne tirozin- kinaze in lipidne komponente celičnih membran.

Nedavne strukturne določitve PLC komponent in njihovih kompleksov z regulatornimi proteini in direktne mehanistične študije, s prejšnjimi deli, so zagotovile temelje za predloge molekularnih mehanizmov, ki strogo regulirajo PLC aktivnost.

PLC encimi najdeni v evkariontih sestavljajo sorodno skupino proteinov, ki cepijo polarno skupino glavo fosfatidilinozitola 4,5 bisfostata
( PtdIns( 4,5)P2 )[1,2].

Najbolje dokumentirana posledica te reakcije in prvenstven celični signalni odziv je nastanek dveh sekundarnih obveščevalcev :

Inozitol 1,4,5-trifosfat ( Ins(1,4,5)P3), univerzalen kalcij-mobiliziran sekundaren obveščevalec,
in diacilglicerol( DAG), aktivator več tipov efektorskih proteinov vključno z izooblikami protein- kinaz C.

Ti sekundarni obveščevalci zagotovijo skupen člen, od visoko specifičnih receptorjev za hormone, nevrotransmiterje, antigene, komponent zunajceličnega matriksa in rastnih faktorjev,do navzdol intracelularnih(znotrajceličnih) tarč.

S tem načinom prispevajo k regulaciji raznovrstnih bioloških funkcij kot so celično gibanje, fertilizacija in senzorna transdukcija.

Ena izmed pomembnih vlog različnih fosfoinozitidnih vrst je v usmerjanju proteina k posebnim sub-celičnim razdelkom za pomemben nadzor membranskega razvrščanja in celičnega gibanja.[3-5]

[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20870410 Povezava do originalnega članka]

== Aleksander Krajnc: Oligomerne oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR) ==
Oligomerizacija je poglavitna lastnost receptorjev na celični membrani, ki velja tudi za z G proteinom sklopljene receptorje (GPCR-je). GPCR-je so dolgo smatrali za monomerne enote. Kljub intenzivnim preučevanjem, razumevanje molekularnih funkcij in struktur še vedno ni čisto raziskano. Kot se je dokaz za združevanje receptorjev razvil iz eksperimentalnih celičnih linij v pomembne in vivo študije izoliranih kompleksov dimernega receptorja ter le-tega sklopljenega skupaj z G proteinom, je pričakovati, da bodo tudi strukturne osnove in funkcije oligomerizacije pri membranskem sporočanju kmalu pojasnjene. Kooperativna interakcija takšnih skupkov GPCR-jev pomembno vpliva na razširjanje signala skozi celično membrano in naprej do G proteinov. Obstoj oligomerizacije celičnih membranskih receptorjev je v celoti podkrepljena s termodinamskimi izračuni in izračuni za trajanje signala, da doseže različne kompartmente celice.

[http://www.google.si/imgres?imgurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/researchImg/GPCR-model.jpg&imgrefurl=http://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/research.html&usg=__fMYEK5wJDPMb82RccdcDil4aNIo=&h=405&w=300&sz=43&hl=sl&start=0&sig2=_e8lvi0fOktIZfT4Fy_0aw&zoom=1&tbnid=MN35y7n6ccUAKM:&tbnh=131&tbnw=97&ei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&prev=/images%3Fq%3DGPCR%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26client%3Dfirefox-a%26sa%3DX%26rls%3Dorg.mozilla:sl:official%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&um=1&itbs=1&iact=hc&vpx=681&vpy=357&dur=1189&hovh=261&hovw=193&tx=102&ty=242&oei=Ek6_TOn1EImLswb47oC6DQ&esq=1&page=1&ndsp=36&ved=1t:429,r:30,s:0 Model GPCR-ja obarvan po entropiji]

[http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.gif&imgrefurl=http://www.biochemsoctrans.org/bst/035/0749/bst0350749f02.htm&usg=__OVNba3MRtMXsl-YUqxIybgTFg0w=&h=391&w=350&sz=51&hl=sl&start=0&sig2=qZQxByKX9fF2e9DHas8doA&zoom=1&tbnid=HWRz_7RVlVxOkM:&tbnh=139&tbnw=124&ei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&prev=/images%3Fq%3Dgpcr%2Boligomerization%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1600%26bih%3D709%26tbs%3Disch:1&um=1&itbs=1&iact=rc&dur=233&oei=WUy_TLCaFIqPswac-piqDQ&esq=1&page=1&ndsp=36&ved=1t:429,r:6,s:0&tx=68&ty=97 Predvidevana oligomerizacija mesta GPCR-jev razreda B]

== Vito Frančič: Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij ==
Domene WD40 so beta propelerji, ki so večinoma sestavljeni iz sedmih WD ponovitev. Te ponovitve so kratki strukturni motivi sestavljeni iz približno 40 aminokislin in se pogosto končajo z dipeptidom triptofan-asparaginska kislina (W-D). Proteini, ki vsebujejo domene WD40, so velika družina in jih najdemo v vseh evkariontih. Njihove pomembne lastnosti so, da nimajo sposobnosti katalize, da večinoma opravljajo vlogo platform, na katerih se sestavljajo proteinski kompleksi, in da so močno zastopani v dosedaj raziskanih evkariontskih proteomih. Sodelujejo v mnogih pomembnih procesih, ki so nujni za preživetje celice, recimo signalna transdukcija, delitev celice, spremembe citoskeleta, kemotaksa, procesiranje RNA, … Domene WD40 so sposobne interagirati z mnogo različnimi tipi molekul in so zelo prilagodljive. Vse te lastnosti domen WD40 so najbolje razvidne iz primerov proteinov, ki vsebujejo te domene. Kompleks PRC2 (njegovi najbolj raziskani podenoti sta EED in RbAp46/48) igra pomembno vlogo pri utišanju gena Polycomb; proteini Seh1, Nup85, Sec13 in Nup145 igrajo pomembno vlogo pri sestavljanju plašča jedrnih por; na protein DDB1 deluje V-protein virusa SV5 ter s tem prepreči imunski odziv; kompleks DDB1-DDB2 sobeluje v prepoznavanju in odpravljanju napak na DNA, ki so jo poškodovali UV žarki.
== Žan Caf-Feldin: Glikoliza: Zgolj bioenergetska vloga ali pot preživetja ==
V glavnih možganskih celicah nevronih in astrocitih poteka mnogo reakcij metabolizma. Raziskava se osredotoča na njihov odziv, ko v njih z NO zaustavimo mitohondrijsko dihanje, ki je eden od ključnih segmentov celičnega dihanja. Nevroni hitro po inhibiciji umrejo, medtem ko astrociti povečajo stopnjo glikolize in tako ohranijo mitohondrijski membranski potencial ter se izognejo apoptozi. Glavno vlogo pri povečanju glikolize igra encim 6-fosfofrukto-2-kinaze/fruktoze-2,6-bisfosfataze, izooblika 3 (PFKFB3), ki ga v nevronih primanjkuje saj se konstanto razgrajuje s pomočjo E3 ubikvintinske ligaze spodbujevalnega kompleksa anafaze/ciklosoma, (APC/C)– CDH1. PFKFB3 je odgovoren za produkcijo fruktoze-2,6-bisfosfata (F2,GP2), ki aktivira 6-fosfofrukto-1-kinazo (PFK1) in je neposredni glavni regulator glikolize. Za razliko od astrocitov, nevroni glukozo večinoma uporabljajo v fosfoglukonatni poti, ki regenerira reducirani glutation vendar ne proizvede zadostnega števila ATP, da bi lahko nadomestila količine dosežene brez inhibicije mitohondrijskega dihanja. Opazovanja so pokazala tudi, da bi lahko proteosomalni protein (APC/C)– CDH1 povezoval aktivacijo glikolize in celično razmnoževanje in reguliral proteine v ciklusu delitve celice.

[http://www.google.si/imgres?imgurl=http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/8/8d/Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&imgrefurl=http://en.wikipedia.org/wiki/File:Protein_PFKFB3_PDB_2axn.png&usg=__f7qfEIBpPDqqBN3Ctpdg3iHqc1I=&h=813&w=829&sz=410&hl=sl&start=0&zoom=1&tbnid=AgNK2e4TdSHS6M:&tbnh=137&tbnw=138&prev=/images%3Fq%3DPFKFB3%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C122&um=1&itbs=1&iact=rc&dur=235&ei=qIbATOCFOoqQjAejk7SlCg&oei=pobATNLeNoi6jAfSi_z0CQ&esq=2&page=1&ndsp=21&ved=1t:429,r:17,s:0&tx=65&ty=28&biw=1280&bih=578 Protein PFKFB3 ]

[http://www.google.si/imgres?imgurl=http://www.3drepertoire.org/media/complexes/EM/APCCdhXenopus.jpg&imgrefurl=http://www.3drepertoire.org/em_structures.html&usg=__2gDaVJImVS6R_LAcSjS42SQqw9o=&h=412&w=397&sz=59&hl=sl&start=0&zoom=1&tbnid=pOKTas9QYCeZ_M:&tbnh=121&tbnw=117&prev=/images%3Fq%3D%28APC/C%29%25E2%2580%2593%2BCDH1%26um%3D1%26hl%3Dsl%26biw%3D1280%26bih%3D578%26tbs%3Disch:10%2C228&um=1&itbs=1&iact=rc&dur=177&ei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&oei=WofATOHnNNW6jAf4-Z33CQ&esq=1&page=1&ndsp=21&ved=1t:429,r:13,s:0&tx=53&ty=50&biw=1280&bih=578 Protein (APC/C)]

== Brigita Razboršek: Adhezijski GPCR-ji - Odkrivanje pomena novih receptorjev ==

GPCR, receptorji, povezani z G proteini,znani tudi kot 7TM, sestavljajo največjo družino površinskih celičnih receptorjev, ki jih najdemo v mnogoceličarskih proteomih. Receptorji zaznajo specifičen ligand, prenesejo signal v celico in v njej sprožijo ustrezen znotrajceličen odziv. GPCR-je lahko glede na sekvenčno homologijo razdelimo v šest razredov. Adhezijski GPCR-ji predstavljajo drugi največji razred, v človeškem telesu jih najdemo kar 30.

Adhezijske GPCR definira:

- dolg N-terminalni konec z več funkcionalnimi domenami (najdemo ga na zunajcelični strani),

- zelo zapletena genomska struktura z več introni in izrezovalnimi mesti,

- 7TM regija, ki nima jasnih podobnosti s 7TM regijami drugih GPCR-jev,

- GPCR proteolitično mesto, ki povezuje velike zunajcelične regije s 7TM.

Adhezijskim GPCR-jem njihova raznolika struktura omogoča opravljanje več nalog, ki so odvisne od tkiva in vrste celic, kjer se nahajajo. Pomembno vlogo imajo v imunskem odzivu, pri tumorogenezi in v razvojni biologiji, znanstveniki pa odkrivajo vedno več funkcij, ki jih opravljajo ti edinstveni receptorji.

Viri:
1. Yona, S., Lin, H., Siu, W. O., Gordon, S., Stacey M.: Adhesion-GPCRs: emerging roles for novel receptors. Cell press, 2008,Vol.33,
No. 10, 491-500

2. Bjarnadóttir, T. K., Fredrikson, R., Schiçth, H. B.: The Adhesion GPCRs: A unique family of G protein-coupled receptors with important roles in
both central and peripheral tissues. Cellular and Molecular Life Sciences , 2007, Vol. 64, 2104-2119

== Tisa Primc: Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev ==
Apoptoza ali programirana celična smrt je naraven in nujno potreben proces, ki poteka v vseh večceličnih organizmih. V procesu smrti se iz organizma odstranjujejo nepotrebne in potencialno škodljive celice. Glavno vlogo pri tem odigrajo encimi kaspaze, ki so pred sproženjem procesa v celici prisotni v obliki cimogenov prokaspaz. Aktivacijo lahko sprožijo znotraj- ali izvencelični signali. Za slednje poskrbijo T limfociti, ki prepoznajo poškodovane in z virusi okužene celice. V ta namen imajo na svojem površju t.i. smrt-inducirajoče ligande, ki se vežejo na smrtne receptorje na membranah nevarnih celic. Ta povezava povzroči na intracelularnih domenah receptorjev določene konformacijske spremembe, ki omogočijo vezavo različnih adapterskih molekul, na katere se nato vežejo iniciatorske prokaspaze. Kompleksu, ki pri tem nastane pravimo DISC (Death Inducing Signalling Complex). Občutljivost celice na apoptotske signale je v veliki meri odvisna od razmerja med pro- in anti-apoptotskimi proteini iz Bcl-2 družine. Pomembno vlogo pri procesu pa odigrajo tudi mitohondriji. Med procesom pride do naluknjanja njihove zunanje membrane, pri čemer se v citosol sprostijo številni pro-apoptotski proteini, med katerimi ima glavno vlogo citokrom C. Sproščeni proteini še dodatno ojačajo signalno pot. Kaskada biokemičnih reakcij privede do morfoloških sprememb: zaradi razbitja citoskeleta se celica skrči, na površini se pojavijo mehurčkasti izrastki, jedro in mitohondriji se razgradijo, DNA pa se razreže na krajše fragmente. V končni fazi apoptoze celica razpade na apoptotska telesca, ki jih nato fagocitirajo sosednje celice in celice požiralke.

== Nataša Simonič: Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba ==
Botulin (BoNT)[http://www.ebi.ac.uk/biomodels/ModelMonth/August2010/fig1.png] je eden najbolj smrtonosnih naravnih strupov. BoNT (150kDa), ki ga proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium botulinum'' [http://www.millennium-ark.net/NEWS/08_Health/08_Health_pics/081201.clostridium.jpg], je zgrajen iz dveh polipeptidnih verig, lahke in težke, ki sta med seboj povezani z disulfidnim mostom. Je nevrotoksin, zavira sproščanje acetilholina v živčnomišičnih stikih in povzroči botulizem oz. mišično ohromelost. Sposobnost botulina za prekinjanje živčnega prenosa so v preteklosti izkoriščali v različne namene, npr. za zdravljenje očesnih obolenj. Danes je njegova uporaba močno razširjena, najdemo ga v botoksu, kot tudi pri zdravljenju aksilarne hiperhidroze (prekomerno potenje pod pazduhami).

Tetanus nevrotoksin (TeNT)[http://www.rcsb.org/pdb/images/1fv3_bio_r_500.jpg?bioNum=2] proizvajajo anaerobne bakterije ''Clostridium tetani'' [http://www.humanillnesses.com/original/images/hdc_0001_0003_0_img0264.jpg]. Po zgradbi je podoben BonT, prav tako tudi po funkciji, tudi TeNT je nevrotoksin, ki inhibira sproščanje acetilholina. To privede do tetanusa, za katerega so značilni močni mišični krči.

Oba toksina uvrščamo med klostridijske toksine (CNT), saj spadata v isti rod. Mehanizem delovanja obeh nevrotoksinov je podoben, le da BoNT deluje na motornevrone, medtem ko TeNT na različne tipe nevronov.

Avtorji članka [http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/botulin.pdf] so razpravljali o strukturi, mehanizmu delovanja in terapevstki uporabi teh dveh toksinov v medicini in farmaciji. Raziskovanja strukture in mehanizma delovanja BoNT in TeNT so razkrila njune odlike. Uporabili bi jih lahko za izdelavo boljših cepiv ter novih zdravil (npr. nebolezenski klostridiji v vlogi "dostavljalca" protirakavih snovi v tumorske celice).

Za lažjo predstavo kako delujeta BoNT in TeNT si lahko ogledate kratek filmček [http://www.youtube.com/watch?v=ufQSPrLhJFw&feature=related].

== Laura Ogrin: Kooperativni in nekooperativni ionski kanali CNG ==
CNG kanali so ionski prenašalni kanali, katerih delovanje je regulirano z molekulami cNMP. Njihove funkcije v celicah so zelo različne. Običajni CNG so po zgradbi heterotetrameri. Vsaka podenota ima posebno CNBD strukturo, na kateri je vezavno mesto za cNMP. Za odprtje takega kanala je potrebnih več molekul liganda. Mehanizem je kooperativen in poteka prek alosteričnih konformacij.
V raziskavi[http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/seminarji/cyclic%20nucleotide%20gated%20channels.pdf] so natančneje preučili zgradbo in delovanje ionskega CNG kanala iz bakterije ''Mesorhizobium loti'' (mlCNG) in ionskega kanala iz celic morskega ježka (CNGK). Kanali mlCNG so homotetrameri. Štiri enake podenote so po zgradbi podobne podenotam klasičnih CNG kanalov. CNGK kanali pa so psevdotetrameri, kar pomeni, da gre za eno daljšo polipeptidno verigo, ki pa je na videz organizirana v štiri različne podenote. Tudi te podenote imajo veliko podobnosti s tistimi v klasičnih CNG kanalih. Kljub podobnostim pa se mlCNG in CNGK razlikujejo od klasičnih CNG kanalov in sicer je bistvena razlika v tem, da mlCNG in CNGK ne delujejo kooperativno, za odprtje kanala pa je potrebna samo ena molekula liganda (cNMP). Do te razlike je najverjetneje prišlo zaradi prilagajanja mehanizmov razmeram v okolju. Tako najdemo v okolju z nizko koncentracijo cNMP-ja pretežno kanale katerih delovanje je odvisno od ene molekule, medtem ko so v okolju z visoko koncentracijo liganda v prednosti kanali s kooperativnim mehanizmom.
S preučevanjem strukture so v raziskavi pojasnili tudi vzroke za selektivnost kanalov za določen ligand. Tako so mlCNG cAMP selektivni, medtem ko CNGK vežejo molekulo cGMP.

== Žan Železnik: Biokemijska in strukturna osnova za trans-v-cis izomerizacijo retinoidov v kemiji vida ==
Pri pretvorbi svetlobnih dražljajev v elektrokemijski signal se 11-cis-retinal pretvarja v all-trans-retinal. Da je ta proces nemoten, se mora all-trans-retinal nenehno regenerirati nazaj v 11-cis obliko. To poteka v vizualnem ciklu, v fotoreceptorskih celicah ter v celicah retinalskega pigmentnega epitela. All-trans-retinal se najprej transportira v celice epitela, in se tam z encimom LRAT esterificira. All-trans-retinil estri so substrat za RPE65, ki katalizira endotermno izomerizacijo all-trans-retinoidov v 11-cis obliko. Produkt, 11-cis-retinol je v večih stopnjah s pomočjo RDHjev oksidiran do zadnjega metaboličnega koraka retinoidnega cikla - 11-cis-retinala. 11-cis-retinal se nato transportira nazaj v fotoreceptorske celice, kar zaključi cikel. Toda čeprav so koraki te metabolične poti znani, pa mehanizmi nekaterih reakcij še vedno niso raziskani.

Od kaspaze odvisna pretvorba Dicer-ribonukleaze v deoksiribonukleazo, ki spodbuja apoptozo

2010-03-19T13:34:58Z

Zan Zeleznik: New page: Apoptoza je serija biokemijskih procesov, ki potekajo v cečceličnih organizmih in vodijo do programirane celične smrti. Za razliko od nekroze, ki je prezgodnja celična smrt, sprožena ...

Apoptoza je serija biokemijskih procesov, ki potekajo v cečceličnih organizmih in vodijo do programirane celične smrti. Za razliko od nekroze, ki je prezgodnja celična smrt, sprožena zaradi zunanjih faktorjev, je apoptoza naravni vzrok celične smrti, in koristi telesu organizma.
Kromosomska fragmentacije je pomemben del apoptoze, in je v bolj ali manj podobni obliki prisoten v vseh organizmih. Pri sesalcih, kaspaze aktivirajo apoptotsko kromosomsko fragmentacijo z cepljenjem ter deaktivacijo inhibitorjev apoptotskih nukleaz.

Študija [http://www.eurekalert.org/pub_releases/2010-03/uoca-doc031010.php] je pokazala, da deaktivacija Caenorhabditis elegans dcr-1 gena, ki kodira Dicer-ribonukleazo(DCR-1), otežuje apoptozo in blokira apoptotsko kromosonsko fragmentacijo. Dicer-ribonukleaza je pomembna za procesiranje majhnih molekul RNA. CED-3 kaspaza cepi DCR-1, in ustvari fragment, ki ima na C-koncu deoksiribonukleazno aktivno mesto. Le ta sproži začetno fragmentacijo, saj cepi 3' hidroksidne vezi v DNA na kromosomih.

Biokemijski seminar 1 - 2009/10

2010-03-19T12:54:04Z

Zan Zeleznik: /* Seminarski roki: */

Temo za seminar pošljite na naslov profesorice [mailto:brigita.lenarcic@fkkt.uni-lj.si] najkasneje 1 mesec pred datumom predstavitve, novica, ki jo boste obdelali, pa na dan predstavitve ne sme biti starejša kot 2 meseca. Na zgornji naslov pošljite tudi ~ dvostranski seminar (1000-1200 besed) do roka, ki je vpisan kot 'rok za oddajo 1. verzije' in to najkasneje do polnoči dneva, ki je naveden. Seminar morata do tega roka dobiti tudi oba recenzenta.

Če si ne predstavljate, kako naj bi ta seznam bil oblikovan, si oglejte [[BiokemSeminar-SkupineNovica-B09 | seznam letošnjih 2. letnikov]]. 
Slovenski naslov povežite z novo stranjo, na kateri nato opišite novico (200 besed). Hkrati vpišite slovenski naslov, svoje ime in datum predstavitve v [[Biokemijski seminar 1 - 2009/10 - Kazalo | kazalo]] in to v kategorijo, ki se vam zdi najustreznejša. Vpišete lahko tudi novo kategorijo.

Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.'' Recenzente bomo vpisali, ko bo seznam končan. Na posamezni uri so lahko na vrsti največ tri predstavitve.

----

== Seminarski roki: ==

'''Predstavitev 15.3.''' {rok za oddajo 1. verzije 4.3., recenzenti popravijo do 8.3.} 
2. Dimitrijević Đorđe - [[ Cerebralne in periferne spremembe, ki so nastale med dušikovo oksidno (NO) sintezo v modelu spalne bolezni podgane; Identifikacija možganskih iNOS ekspresivnih celic.]] [http://elitestv.com/pub/2010/02/cerebral-and-peripheral-changes-occurring-in-nitric-oxide-no-synthesis-in-a-rat-model-of-sleeping-sickness-identification-of-brain-inos-expressing-cells]
 
''Recenzenta: Pavlovič T., Ferkolj M. ''
3. Belšak Karmen - [[3-D struktura virusa s potencialom za boj proti raku in virusu HIV]] [http://www.newsroom.ucla.edu/portal/ucla/ucla-researchers-reveal-3d-structure-153580.aspx] 
''Recenzenta: Bevc L., Flis T. ''
4. Debeljak Mirjam - [[Proteini jedrnih por direktno stimulirajo izražanje genov celičnega cikla in razvojnih genov znotraj nukleoplazme]] [http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2810%2900012-7] 
''Recenzenta: Bezeljak U., Stupar U. ''

'''Predstavitev 18.3.''' {rok za oddajo 1. verzije 8.3., recenzenti popravijo do 12.3.} 
1. Bole Urša [[Gen, ki povečuje vzdržljivost pri teku]] [http://physiolgenomics.physiology.org/cgi/reprint/00199.2009v1] 
''Recenzenta: Bigec T., Ščuk D. ''
2. Razboršek Brigita - [[Okvarjene vezave PINK1 in parkina so lahko vzrok Parkinsonove bolezni]] [http://www.medicalnewstoday.com/articles/179203.php] 
''Recenzenta: Kaneuskaya L., Šterbal I. ''

'''Predstavitev 25.3.''' {rok za oddajo 1. verzije 11.3., recenzenti popravijo do 18.3.} 
1. Umek Špela [[Zaviranje angiogeneze in rasti tumorja z oralno aktivno učinkovino, ki stabilizira neaktivno stanje PDGFRβ/B-RAF]] [http://www.medicalnewstoday.com/articles/179032.php] 
''Recenzenta: Kogoj M., Bratuš Š. ''
2. Kolar Sabina - [[ATP hidroliza v Eg5 kinazi vključuje katalitični dvovodni mehanizem]]
[http://www.physorg.com/news186584297.html] 
''Recenzenta: Stupar U., Caf-Feldin Ž ''
3. Kranjc Aleksander - [[Ritalin povečuje sposobnost učenja s povečanjem plastičnosti možganov]] [http://www.medicalnewstoday.com/articles/181514.php] 
''Recenzenta: Kolenc F., Merljak M.. ''
4. Bosilj Monika [[Pandemska gripa kaže znake odpornosti na tamiflu]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2010/03/100301131902.htm] 
''Recenzenta: Korpar T., Primec S., ''
5. Bezeljak Urban [[Tvorba priona z rekombinantnim prionskim proteinom]] [http://www.eurekalert.org/pub_releases/2010-01/osu-soe012710.php] 
''Recenzenta: Simonič N., Železnik Ž. ''
6. Primc Tisa [[Dosežena aksonska regeneracija in vitro]] [http://www.sciencedaily.com/releases/2009/07/090724113546.htm] 
''Recenzenta: Žbogar U., Rovanšek V. ''

'''Predstavitev 1.4.''' {rok za oddajo 1. verzije 18.3., recenzenti popravijo do 25.3.} 
1. Banič Teja [[Električni tokovi prostorsko ločijo biogeokemijske procese v morskih sedimentih]] [http://news.sciencemag.org/sciencenow/2010/02/-deep-on-the-ocean.html] 
''Recenzenta: Juvančič J., Korpar T. ''
2. Simonič Nataša [[Zavirano IGF-1 sporočanje zmanjšuje s staranjem povezano proteotoksičnost v miših]] [http://www.cell.com/abstract/S0092-8674(09)01426-3] 
''Recenzenta: Žlajpah M., Rot Z. ''
3. Rovanšek Veronika [[Sestrin kot povratni inhibitor TOR-a, ki preprečuje s starostjo povezane bolezni]] [http://esciencenews.com/articles/2010/03/04/protein.shown.be.natural.inhibitor.aging.fruit.fly.model] 
''Recenzenta: Adamič B., Frančič V. ''
4. Železnik Žan [[Od kaspaze odvisna pretvorba Dicer-ribonukleaze v deoksiribonukleazo, ki spodbuja apoptozo]] [http://www.eurekalert.org/pub_releases/2010-03/uoca-doc031010.php] 
''Recenzenta: Rupar K., Gregorič T. ''
5. Ferkolj Maja 
''Recenzenta: Belšak K., Gubanec, V ''
6. Draščič Sara [[Za pojav sladkorne bolezni tipa 2 je kriv protein]] [http://www.dnevnik.si/novice/zdravje/1042282774] 
''Recenzenta: Berčič T., Handanović E. ''

'''Predstavitev 8.4.''' {rok za oddajo 1. verzije 25.3., recenzenti popravijo do 1.4.} 
1. Caf Feldin Žan 
''Recenzenta: Berki B., Hriberšek D. ''
2. Frančič Vito [[Stabilnost in dinamika zvijanja proteina posneta v živi celici]] [http://www.scientificamerican.com/blog/post.cfm?id=scientists-observe-protein-folding-2010-02-28] 
''Recenzenta: Merljak M., Bole U. ''
3. Stupar Uroš 
''Recenzenta: Naraglav N., Bosilj M. ''

'''Predstavitev 12.4.''' {rok za oddajo 1. verzije 29.3., recenzenti popravijo do 5.4.} 
1. Kanevskaya Liza 
''Recenzenta: Frančič V., Tolar E. ''
2. Ščuk Dino 
''Recenzenta: Gregorič T., Razboršek T. ''
3. Kolenc Filip 
''Recenzenta: Gubanec V., Debeljak M. ''

'''Predstavitev 15.4.''' {rok za oddajo 1. verzije 1.4., recenzenti popravijo do 8.4.} 
1. Handanović Elmina 
''Recenzenta: Perme N., Dimitrijević Đ. ''
2. Flis Tjaša 
''Recenzenta: Železnik Ž., Kaneuskaya L. ''
3. Pavlovič Tanja 
''Recenzenta: Bole U., Žlajpah M. ''
4. Bratuš Maruša [[Morfologija psov- geni in mutacije]]
[http://www.sciencedaily.com/releases/2010/03/100301201937.htm] 
''Recenzenta: Bosilj M., Kolar S. ''
5. Primec Sara 
''Recenzenta: Tolar E., Kolenc F. ''
6. Naraglav Nives 
''Recenzenta: Umek Š., Simonič N. ''
7. Kogoj Maja [[Presnova: Razumevanje odpornosti na ščitnične hormone]]
[http://www.sciencedaily.com/releases/2010/03/100308220538.htm] 
''Recenzenta: Rovanšek V., Kranjc A. ''
8. Žbogar Urška [[Zmožnost aminokislin za opravljanje več vlog hkrati je morda šibka točka virusa hepatitisa C]]
[http://www.sciencedaily.com/releases/2009/12/091231153631.htm] 

''Recenzenta: Rupar K., Podjed Š. ''

'''Predstavitev 22.4.''' {rok za oddajo 1. verzije 8.4., recenzenti popravijo do 15.4.} 
1. Bevc Luka 
''Recenzenta: Kolar S., Perme N. ''
2. Bigec Tjaša 
''Recenzenta: Ščuk D., Podjed Š. ''
3. Žlajpah Margareta 
''Recenzenta: Šterbal I., Berčič T. ''

'''Predstavitev 6.5.''' {rok za oddajo 1. verzije 22.4., recenzenti popravijo do 29.4.} 
1. Juvančič Janja 
''Recenzenta: Bratuš M., Berki B. ''
2. Berčič Tjaša 
''Recenzenta: Caf-Feldin Ž., Primc T. ''
3. Gregorič Tina 
''Recenzenta: Debeljak M., Naraglav N. ''
4. Gubanec Vesna 
''Recenzenta: Dimitrijević Đ., Bezeljak U. ''
5. Ogrin Laura 
''Recenzenta: Draščič S., Pavlovič T. ''
6. Tolar Eva 
''Recenzenta: Ferkolj M., Umek Š. ''

'''Predstavitev 13.5.''' {rok za oddajo 1. verzije 29.4., recenzenti popravijo do 6.5.} 
1. Korpar Tanja 
''Recenzenta: Kranjc A., Kogoj M. ''
2. Šterbal Ines 
''Recenzenta: Handanović E., Adamič B. ''
3. Berki Barbara 
''Recenzenta: Žbogar U., Banič T. ''

'''Predstavitev 27.5.''' {rok za oddajo 1. verzije 13.5., recenzenti popravijo do 20.5.} 
1. Podjed Špela 
''Recenzenta: Flis T., Belšak K. ''
2. Rot Zala 
''Recenzenta: Primec S., Bevc L. ''
3. Hriberšek Damjana 
''Recenzenta: Razboršek B., Ogrin L. ''

'''Predstavitev 31.5.''' {rok za oddajo 1. verzije 17.5., recenzenti popravijo do 24.5.} 
1. Perme Nejc 
''Recenzenta: Rot Z., Bigec T. ''
2. Merljak Matevž 
''Recenzenta: Banič T., Primc T. ''
3. Rupar Kaja 
''Recenzenta: Hriberšek D., Juvančič J. ''

'''Predstavitev 3.6.''' {rok za oddajo 1. verzije 18.5., recenzenti popravijo do 25.5.} 
1. Adamič Bojan -[[Omega-3 maščobne kisline predstavljajo možno orožje v boju s tumorji živčnega sistema pri otrocih.]]
[http://ki.se/ki/jsp/polopoly.jsp?l=en&d=130&a=96133&newsdep=130] 
''Recenzenta: ''
2. 
''Recenzenta: ''
3. 
''Recenzenta: ''
4. 
''Recenzenta: ''
5. 
''Recenzenta: ''
6. 
''Recenzenta: ''
7. 
''Recenzenta: ''
8. 
''Recenzenta: ''