Wiki FKKT - User contributions [en]

PICasSO:

2025-05-19T19:59:10Z

Zarja Weingerl: /* Eksperimentalno delo */

PICasSO je projekt študentske ekipe iz Heidelberga, ki je na tekmovanju iGEM osvojila glavno nagrado v kategoriji dodiplomskih projektov. Prejeli pa so tudi priznanja za najboljšo temeljno inovacijo, najboljšo zbirko genetskih delov, najboljši računalniški model in najboljšo spletno stran.

=='''Motivacija'''==
Vse celice v našem telesu vsebujejo enako DNA zaporedje, vendar tega zelo različno interpretirajo, odvisno od 3D organizacije genoma. To vodi do različnih celičnih fenotipov in v nekaterih primerih določa celo razliko med zdravjem in boleznijo. Znanstveniki se večinoma osredotočajo na spreminjanje zaporedja genoma in pogosto zanemarijo vpliv njegove 3D organizacije. Ekipa iz Heidelberga se je zato s svojim projektom osredotočala na ustvarjanje novih interakcij DNA-DNA, ki so jim omogočale manipulacijo s 3D strukturo genoma. Ustvarili so PICasSO (Plasmid-Integrated Cas-Stapled Origami), nabor orodij za preurejanje 3D arhitekture genoma, z doslej neprimerljivo prostorsko natančnostjo.

=='''Zasnova projekta'''==
Sistem PICasSO je zasnovan na bivalentnem CRISPR/dCas sistemu, ki je povezan preko fuzijske usmerjevalne RNA (fgRNA). Bivalenten CRISPR/dCas sistem sestavljata katalitično neaktivna Cas proteina dCas9 in dCas12a, ki ju v celico dostavimo preko enega plazmida. Kompleks nastane, ko se oba proteina Cas povežeta preko fuzijske usmerjevalne RNA (fgRNA), pri čemer nastane trojni CRISPR/Cas kompleks, imenovan Cas-sponka. Vsak od proteinov dCas, ki sestavljata Cas-sponko, se bo vezal na specifično mesto na DNA, kar bo privedlo do prostorskega približanja teh dveh mest.

=='''Aplikacije'''==
V evkariontskih celicah imamo ogromno regulacijskih elementov, kot so ojačevalna zaporedja (enhancer) in utiševalna zaporedja (silencer), ki preko mediatorjev uravnavajo izražanje genov. PICasSo posnema funkcijo mediatorja in s približanjem ojačevalnega zaporedja in promotorja inducira in uravnava izražanje specifičnih genov. Lahko pa tudi blokira dostop ojačevalnega zaporedja do TATA-sekvence promotorja in tako prepreči izražanje izbranega gena. Poleg posnemanja naravnih sistemov omogoča PICasSO tudi inženiring povsem novih regulacijskih arhitektur genoma, s tem ko na natančno določene lokacije pripelje umetne regulacijske elemente. Ta sintetični način nadzora omogoča natančno uravnavanje izražanja genov ter modeliranje bolezni, katerih mehanizmi izvirajo iz motene 3D organizacije genoma (npr. rak).

Sistem PICasSO omogoča približevanje tako cis- kot trans- regulacijskih elementov genoma, ter dovoljuje uporabo večjega števila Cas-sponk hkrati, kar omogoča multipleksiranje. Z enkratnim vnosom genov, ki kodirata dCas9 in dCas12a, lahko tako vzpostavimo povezave med več izbranimi pari lokusov le z dodajanjem različnih fgRNA. Vsaka fgRNA namreč kodira dve natančno določeni tarči na DNA , ki ju želimo prostorsko približati. Zmožnost multipleksiranja tako omogoča obsežne prostorske prerazporeditve funkcionalnih DNA elementov znotraj 3D genoma, kar odpira nova vrata za sintetično biologijo, gensko terapijo in še mnogo več.

Ena izmed pomembnih aplikacij sistema je modeliranje pojava enhancer hijacking. Gre za pojav, ki je razširjen pri mnogih oblikah raka. Pri enhancer hijacking pride do prekomerne aktivacije (onko)gena, ki jo povzroči oddaljeno ojačevalno zaporedje, ko se zaradi preoblikovanja 3D-strukture genoma znajde v prostorski bližini (onko)gena. Do sedaj je bilo ta mehanizem zelo težko raziskovati, zaradi pomanjkanja učinkovitih orodij za nadzor prostorske bližine, med genetskimi regijami v živih celicah. Ekipi pa je z uporabo modela DaVinci za načrtovanje specializiranih Cas-sponk uspelo ustvariti sintetični enhancer hijacking in ga eksperimentalno potrditi v celicah HEK293T. To je prvi tovrstni poskus s prilagodljivim in večnamenskim pristopom. To odpira vrata nadaljnjemu raziskovanju bolezni in razvoju natančne genske terapije.

=='''Eksperimentalno delo'''==
Za učinkovito kloniranje različnih vmesnikov, ki vsebujejo »crRNA« Cas12a, linker in »crRNA« SpCas9, je ekipa zasnovala vhodni vektor, ki vključuje promotor U6, »tracrRNA« Cas12a, bakterijski promotor za izražanje gena ccdB in »tracrRNA« SpCas9. Uspešna integracija vmesnika vodi do odstranitve gena ccdB, kar omogoča rast bakterij in tako služi kot pokazatelj uspešnega kloniranja.

Ekipa je najprej testirala delovanje fgRNA s katalitsko aktivnimi Cas proteini Cas9 in Cas12a v sesalskih celicah HEK293-T. Fuzijsko usmerjevalno RNA (fgRNA) so zasnovali s kombinacijo sgRNA iz SpCas9 in crRNA iz Cas12a. Kot tarči za Cas12a in Cas9 sta bila izbrana gena VEGFA in FANCF. Vsak od izbranih tarčnih genov je bil nato testiran z vsakim katalitsko aktivnim proteinom Cas. Učinkovitost urejanja je bila analizirana s pomočjo T7 endonukleaze I. Kot pozitivne kontrole so bile uporabljene posamezne sgRNA, kot negativne kontrole pa netarčne usmerjevalne RNA. Visoko stopnjo urejanja genoma so zaznali pri uporabi posameznih sgRN, opazili pa so tudi urejanje pri fgRNA. Ti rezultati so potrdili, da fgRNA omogoča učinkovito urejanje genoma in je zato primerna za nadaljnje testiranje.

Sledilo je testiranje katalitsko neaktivnih dCas. V svojem eksperimentu so uporabili dCas9 z vezanim aktivatorjem VP64. Pripravili so fgRNA, ki so vsebovale »crRNA« dMbCas12a, usmerjeno proti tetO zaporedju, ter ne ciljno »crRNA« dCas9. Zaporedje TetO je bilo nameščeno pred minimalnim promotorjem in genom za luciferazo. Ob vezavi dMbCas12a na tetO so pričakovali povečano izražanje luciferaze na račun prisotnosti aktivatorja VP64, v bližini promotorja. Žal nobena od testiranih fgRNA konstrukcij, razen pozitivne kontrole, ni povzročila spremembe v izražanju luciferaze.

Pripravili so tudi eksperiment, v katerem so testirali, ali lahko fgRNA hkrati veže dva dCas proteina in tako poveže dva ločena DNA fragmenta ter povzroči trans-aktivacijo želenega gena. Uporabili so reporterski plazmid z genom za luciferazo in ojačevalni plazmid z vezavnim mestom za Gal4-VP64. Ob povezavi teh dveh plazmidov s Cas-sponko so pričakovali, da bo prišlo do večjega izražanja luciferaze zaradi aktivatorja VP64. Pri uporabi posameznih dCas proteinov se je z daljšanjem linkerja v fgRNA povečala luminiscenca, kar pomeni boljšo učinkovitost. Pri fuzijskih dCas proteinih pa je bila skupna aktivnost nižja, najboljše rezultate so dosegli pri srednje dolgih linkerjih (20–30 nt).

Za kvantitativno oceno učinkovitosti Cas-sponk so razvili FRET (Fluorescenčni resonančni prenos energije) sistem, ki omogoča merjenje bližine med DNA regijami v živih celicah. FRET analiza je bila razvita z uporabo dvo-plazmidnega sistema v bakterijskih celicah ''E. coli''. Ekspresijski plazmid je vseboval zapise za: fuzirana proteina tetR-Oct1(sponka), Oct1-mNeonGreen (FRET donor), tetR-mScarlet-I (FRET akceptor) pod kontrolo T7 promotorja in 15 ponovitev tetR vezavnega motiva. Drug plazmid pa je vseboval 15 ponovitev vezavnega mesta za Oct1. Pri uspešni vezavi sponke na oba plazmida pride do prostorske bližine donorja in akceptorja, kar omogoči meritev FRET signala, kot dokaz učinkovitega približanja plazmidov. FRET signal je povečana fluorescenčna emisija akceptorja (mScarlet-I), ki ni posledica njegovega neposrednega vzbujanja, temveč prenosa energije z donorja (mNeonGreen). Kot pozitivno kontrolo so uporabili fuzijo mNeonGreen-mScarlet-I, kot negativno pa plazmid brez ponovitev vezavnega mesta za Oct1. Pokazali so, da nižja koncentracija IPTG vodi v višjo FRET učinkovitost, kar so pripisali manjši celični obremenitve. Pozitivna kontrola je pokazala najvišji FRET signal, medtem ko je bila testna sponka značilno učinkovitejša od negativne kontrole. To je potrdilo uspešno delovanje sistema za prostorsko povezovanje DNA v bakterijskih celicah.

=='''DaVinci'''==
Ker je inženiring genoma zelo zahteven proces, se je ekipa odločila optimizirati dizajn Cas-sponk z uporabo orodja za modeliranje DaVinci (the Digital Architecture for Visualization and Integration of Novel Interactions). To omogoča iskanje optimalnih proteinskih sponk za želeni dizajn. DaVinci združuje orodja AlphaFold3, GROMACS in oxDNA v enoten sistem, s katerim lahko dinamično ocenjujemo interakcije med proteini in DNA, tako na makroskopski kot atomski ravni. Sistem raziskovalcem omogoča vnos parametrov, kot so ciljna zaporedja, temperatura in koncentracija soli, ter tako napove izvedljivost spenjanja določenih regij DNA v prilagojenih eksperimentalnih pogojih. DaVinci je bistveno pospešil načrtovanje in optimizacijo PICasSO sponk ter omogočil njihovo uporabo v praksi. Njegova validacija je bila izvedena z uporabo eksperimentalnih podatkov in dodatnih podatkov iz literature.

=='''Zaključek'''==
Za zagotavljanje široke uporabnosti sistema PICasSO je ekipa predstavila zbirko standardiziranih gradnikov in testov za sestavo in preverjanje učinkovitosti različnih Cas-sponk, vključno z referenčnimi kontrolami. Ključni del sistema predstavljata testa EMSA, ki omogoča izračun vezavne afinitete Cas-sponk in FRET za spremljanje interakcij DNA-DNA v živih celicah. Vse komponente se v celico dostavijo z enim plazmidom, kar sicer poenostavi vnos, vendar lahko zaradi velikosti konstrukta predstavlja izziv. Zato si ekipa v prihodnje prizadeva razviti nov način prenosa na osnovi bakterijske konjugacije okrepljen z nanotelesi za ciljno dostavo.

=='''Viri in literatura'''==
[1] PICasSO - Plasmid-Integrated Cas-Stapled Origami https://2024.igem.wiki/heidelberg/

PICasSO:

2025-05-19T19:58:35Z

Zarja Weingerl: /* Eksperimentalno delo */

PICasSO je projekt študentske ekipe iz Heidelberga, ki je na tekmovanju iGEM osvojila glavno nagrado v kategoriji dodiplomskih projektov. Prejeli pa so tudi priznanja za najboljšo temeljno inovacijo, najboljšo zbirko genetskih delov, najboljši računalniški model in najboljšo spletno stran.

=='''Motivacija'''==
Vse celice v našem telesu vsebujejo enako DNA zaporedje, vendar tega zelo različno interpretirajo, odvisno od 3D organizacije genoma. To vodi do različnih celičnih fenotipov in v nekaterih primerih določa celo razliko med zdravjem in boleznijo. Znanstveniki se večinoma osredotočajo na spreminjanje zaporedja genoma in pogosto zanemarijo vpliv njegove 3D organizacije. Ekipa iz Heidelberga se je zato s svojim projektom osredotočala na ustvarjanje novih interakcij DNA-DNA, ki so jim omogočale manipulacijo s 3D strukturo genoma. Ustvarili so PICasSO (Plasmid-Integrated Cas-Stapled Origami), nabor orodij za preurejanje 3D arhitekture genoma, z doslej neprimerljivo prostorsko natančnostjo.

=='''Zasnova projekta'''==
Sistem PICasSO je zasnovan na bivalentnem CRISPR/dCas sistemu, ki je povezan preko fuzijske usmerjevalne RNA (fgRNA). Bivalenten CRISPR/dCas sistem sestavljata katalitično neaktivna Cas proteina dCas9 in dCas12a, ki ju v celico dostavimo preko enega plazmida. Kompleks nastane, ko se oba proteina Cas povežeta preko fuzijske usmerjevalne RNA (fgRNA), pri čemer nastane trojni CRISPR/Cas kompleks, imenovan Cas-sponka. Vsak od proteinov dCas, ki sestavljata Cas-sponko, se bo vezal na specifično mesto na DNA, kar bo privedlo do prostorskega približanja teh dveh mest.

=='''Aplikacije'''==
V evkariontskih celicah imamo ogromno regulacijskih elementov, kot so ojačevalna zaporedja (enhancer) in utiševalna zaporedja (silencer), ki preko mediatorjev uravnavajo izražanje genov. PICasSo posnema funkcijo mediatorja in s približanjem ojačevalnega zaporedja in promotorja inducira in uravnava izražanje specifičnih genov. Lahko pa tudi blokira dostop ojačevalnega zaporedja do TATA-sekvence promotorja in tako prepreči izražanje izbranega gena. Poleg posnemanja naravnih sistemov omogoča PICasSO tudi inženiring povsem novih regulacijskih arhitektur genoma, s tem ko na natančno določene lokacije pripelje umetne regulacijske elemente. Ta sintetični način nadzora omogoča natančno uravnavanje izražanja genov ter modeliranje bolezni, katerih mehanizmi izvirajo iz motene 3D organizacije genoma (npr. rak).

Sistem PICasSO omogoča približevanje tako cis- kot trans- regulacijskih elementov genoma, ter dovoljuje uporabo večjega števila Cas-sponk hkrati, kar omogoča multipleksiranje. Z enkratnim vnosom genov, ki kodirata dCas9 in dCas12a, lahko tako vzpostavimo povezave med več izbranimi pari lokusov le z dodajanjem različnih fgRNA. Vsaka fgRNA namreč kodira dve natančno določeni tarči na DNA , ki ju želimo prostorsko približati. Zmožnost multipleksiranja tako omogoča obsežne prostorske prerazporeditve funkcionalnih DNA elementov znotraj 3D genoma, kar odpira nova vrata za sintetično biologijo, gensko terapijo in še mnogo več.

Ena izmed pomembnih aplikacij sistema je modeliranje pojava enhancer hijacking. Gre za pojav, ki je razširjen pri mnogih oblikah raka. Pri enhancer hijacking pride do prekomerne aktivacije (onko)gena, ki jo povzroči oddaljeno ojačevalno zaporedje, ko se zaradi preoblikovanja 3D-strukture genoma znajde v prostorski bližini (onko)gena. Do sedaj je bilo ta mehanizem zelo težko raziskovati, zaradi pomanjkanja učinkovitih orodij za nadzor prostorske bližine, med genetskimi regijami v živih celicah. Ekipi pa je z uporabo modela DaVinci za načrtovanje specializiranih Cas-sponk uspelo ustvariti sintetični enhancer hijacking in ga eksperimentalno potrditi v celicah HEK293T. To je prvi tovrstni poskus s prilagodljivim in večnamenskim pristopom. To odpira vrata nadaljnjemu raziskovanju bolezni in razvoju natančne genske terapije.

=='''Eksperimentalno delo'''==
Za učinkovito kloniranje različnih vmesnikov, ki vsebujejo »crRNA« Cas12a, linker in »crRNA« SpCas9, je ekipa zasnovala vhodni vektor, ki vključuje promotor U6, »tracrRNA« Cas12a, bakterijski promotor za izražanje gena ccdB in »tracrRNA« SpCas9. Uspešna integracija vmesnika vodi do odstranitve gena ccdB, kar omogoča rast bakterij in tako služi kot pokazatelj uspešnega kloniranja.

Ekipa je najprej testirala delovanje fgRNA s katalitsko aktivnimi Cas proteini Cas9 in Cas12a v sesalskih celicah HEK293-T. Fuzijsko usmerjevalno RNA (fgRNA) so zasnovali s kombinacijo sgRNA iz SpCas9 in crRNA iz Cas12a. Kot tarči za Cas12a in Cas9 sta bila izbrana gena VEGFA in FANCF. Vsak od izbranih tarčnih genov je bil nato testiran z vsakim katalitsko aktivnim proteinom Cas. Učinkovitost urejanja je bila analizirana s pomočjo T7 endonukleaze I. Kot pozitivne kontrole so bile uporabljene posamezne sgRNA, kot negativne kontrole pa netarčne usmerjevalne RNA. Visoko stopnjo urejanja genoma so zaznali pri uporabi posameznih sgRN, opazili pa so tudi urejanje pri fgRNA. Ti rezultati so potrdili, da fgRNA omogoča učinkovito urejanje genoma in je zato primerna za nadaljnje testiranje.

Sledilo je testiranje katalitsko neaktivnih dCas. V svojem eksperimentu so uporabili dCas9 z vezanim aktivatorjem VP64. Pripravili so fgRNA, ki so vsebovale »crRNA« dMbCas12a, usmerjeno proti tetO zaporedju, ter ne ciljno »crRNA« dCas9. Zaporedje TetO je bilo nameščeno pred minimalnim promotorjem in genom za luciferazo. Ob vezavi dMbCas12a na tetO so pričakovali povečano izražanje luciferaze na račun prisotnosti aktivatorja VP64, v bližini promotorja. Žal nobena od testiranih fgRNA konstrukcij, razen pozitivne kontrole, ni povzročila spremembe v izražanju luciferaze.

Pripravili so tudi eksperiment, v katerem so testirali, ali lahko fgRNA hkrati veže dva dCas proteina in tako poveže dva ločena DNA fragmenta ter povzroči trans-aktivacijo želenega gena. Uporabili so reporterski plazmid z genom za luciferazo in ojačevalni plazmid z vezavnim mestom za Gal4-VP64. Ob povezavi teh dveh plazmidov s Cas-sponko so pričakovali, da bo prišlo do večjega izražanja luciferaze zaradi aktivatorja VP64. Pri uporabi posameznih dCas proteinov se je z daljšanjem linkerja v fgRNA povečala luminiscenca, kar pomeni boljšo učinkovitost. Pri fuzijskih dCas proteinih pa je bila skupna aktivnost nižja, najboljše rezultate so dosegli pri srednje dolgih linkerjih (20–30 nt).

Za kvantitativno oceno učinkovitosti Cas-sponk so razvili FRET (Fluorescenčni resonančni prenos energije) sistem, ki omogoča merjenje bližine med DNA regijami v živih celicah. FRET analiza je bila razvita z uporabo dvo-plazmidnega sistema v bakterijskih celicah 'E. coli'. Ekspresijski plazmid je vseboval zapise za: fuzirana proteina tetR-Oct1(sponka), Oct1-mNeonGreen (FRET donor), tetR-mScarlet-I (FRET akceptor) pod kontrolo T7 promotorja in 15 ponovitev tetR vezavnega motiva. Drug plazmid pa je vseboval 15 ponovitev vezavnega mesta za Oct1. Pri uspešni vezavi sponke na oba plazmida pride do prostorske bližine donorja in akceptorja, kar omogoči meritev FRET signala, kot dokaz učinkovitega približanja plazmidov. FRET signal je povečana fluorescenčna emisija akceptorja (mScarlet-I), ki ni posledica njegovega neposrednega vzbujanja, temveč prenosa energije z donorja (mNeonGreen). Kot pozitivno kontrolo so uporabili fuzijo mNeonGreen-mScarlet-I, kot negativno pa plazmid brez ponovitev vezavnega mesta za Oct1. Pokazali so, da nižja koncentracija IPTG vodi v višjo FRET učinkovitost, kar so pripisali manjši celični obremenitve. Pozitivna kontrola je pokazala najvišji FRET signal, medtem ko je bila testna sponka značilno učinkovitejša od negativne kontrole. To je potrdilo uspešno delovanje sistema za prostorsko povezovanje DNA v bakterijskih celicah.

=='''DaVinci'''==
Ker je inženiring genoma zelo zahteven proces, se je ekipa odločila optimizirati dizajn Cas-sponk z uporabo orodja za modeliranje DaVinci (the Digital Architecture for Visualization and Integration of Novel Interactions). To omogoča iskanje optimalnih proteinskih sponk za želeni dizajn. DaVinci združuje orodja AlphaFold3, GROMACS in oxDNA v enoten sistem, s katerim lahko dinamično ocenjujemo interakcije med proteini in DNA, tako na makroskopski kot atomski ravni. Sistem raziskovalcem omogoča vnos parametrov, kot so ciljna zaporedja, temperatura in koncentracija soli, ter tako napove izvedljivost spenjanja določenih regij DNA v prilagojenih eksperimentalnih pogojih. DaVinci je bistveno pospešil načrtovanje in optimizacijo PICasSO sponk ter omogočil njihovo uporabo v praksi. Njegova validacija je bila izvedena z uporabo eksperimentalnih podatkov in dodatnih podatkov iz literature.

=='''Zaključek'''==
Za zagotavljanje široke uporabnosti sistema PICasSO je ekipa predstavila zbirko standardiziranih gradnikov in testov za sestavo in preverjanje učinkovitosti različnih Cas-sponk, vključno z referenčnimi kontrolami. Ključni del sistema predstavljata testa EMSA, ki omogoča izračun vezavne afinitete Cas-sponk in FRET za spremljanje interakcij DNA-DNA v živih celicah. Vse komponente se v celico dostavijo z enim plazmidom, kar sicer poenostavi vnos, vendar lahko zaradi velikosti konstrukta predstavlja izziv. Zato si ekipa v prihodnje prizadeva razviti nov način prenosa na osnovi bakterijske konjugacije okrepljen z nanotelesi za ciljno dostavo.

=='''Viri in literatura'''==
[1] PICasSO - Plasmid-Integrated Cas-Stapled Origami https://2024.igem.wiki/heidelberg/

PICasSO:

2025-05-19T19:56:35Z

Zarja Weingerl: /* Eksperimentalno delo */

PICasSO je projekt študentske ekipe iz Heidelberga, ki je na tekmovanju iGEM osvojila glavno nagrado v kategoriji dodiplomskih projektov. Prejeli pa so tudi priznanja za najboljšo temeljno inovacijo, najboljšo zbirko genetskih delov, najboljši računalniški model in najboljšo spletno stran.

=='''Motivacija'''==
Vse celice v našem telesu vsebujejo enako DNA zaporedje, vendar tega zelo različno interpretirajo, odvisno od 3D organizacije genoma. To vodi do različnih celičnih fenotipov in v nekaterih primerih določa celo razliko med zdravjem in boleznijo. Znanstveniki se večinoma osredotočajo na spreminjanje zaporedja genoma in pogosto zanemarijo vpliv njegove 3D organizacije. Ekipa iz Heidelberga se je zato s svojim projektom osredotočala na ustvarjanje novih interakcij DNA-DNA, ki so jim omogočale manipulacijo s 3D strukturo genoma. Ustvarili so PICasSO (Plasmid-Integrated Cas-Stapled Origami), nabor orodij za preurejanje 3D arhitekture genoma, z doslej neprimerljivo prostorsko natančnostjo.

=='''Zasnova projekta'''==
Sistem PICasSO je zasnovan na bivalentnem CRISPR/dCas sistemu, ki je povezan preko fuzijske usmerjevalne RNA (fgRNA). Bivalenten CRISPR/dCas sistem sestavljata katalitično neaktivna Cas proteina dCas9 in dCas12a, ki ju v celico dostavimo preko enega plazmida. Kompleks nastane, ko se oba proteina Cas povežeta preko fuzijske usmerjevalne RNA (fgRNA), pri čemer nastane trojni CRISPR/Cas kompleks, imenovan Cas-sponka. Vsak od proteinov dCas, ki sestavljata Cas-sponko, se bo vezal na specifično mesto na DNA, kar bo privedlo do prostorskega približanja teh dveh mest.

=='''Aplikacije'''==
V evkariontskih celicah imamo ogromno regulacijskih elementov, kot so ojačevalna zaporedja (enhancer) in utiševalna zaporedja (silencer), ki preko mediatorjev uravnavajo izražanje genov. PICasSo posnema funkcijo mediatorja in s približanjem ojačevalnega zaporedja in promotorja inducira in uravnava izražanje specifičnih genov. Lahko pa tudi blokira dostop ojačevalnega zaporedja do TATA-sekvence promotorja in tako prepreči izražanje izbranega gena. Poleg posnemanja naravnih sistemov omogoča PICasSO tudi inženiring povsem novih regulacijskih arhitektur genoma, s tem ko na natančno določene lokacije pripelje umetne regulacijske elemente. Ta sintetični način nadzora omogoča natančno uravnavanje izražanja genov ter modeliranje bolezni, katerih mehanizmi izvirajo iz motene 3D organizacije genoma (npr. rak).

Sistem PICasSO omogoča približevanje tako cis- kot trans- regulacijskih elementov genoma, ter dovoljuje uporabo večjega števila Cas-sponk hkrati, kar omogoča multipleksiranje. Z enkratnim vnosom genov, ki kodirata dCas9 in dCas12a, lahko tako vzpostavimo povezave med več izbranimi pari lokusov le z dodajanjem različnih fgRNA. Vsaka fgRNA namreč kodira dve natančno določeni tarči na DNA , ki ju želimo prostorsko približati. Zmožnost multipleksiranja tako omogoča obsežne prostorske prerazporeditve funkcionalnih DNA elementov znotraj 3D genoma, kar odpira nova vrata za sintetično biologijo, gensko terapijo in še mnogo več.

Ena izmed pomembnih aplikacij sistema je modeliranje pojava enhancer hijacking. Gre za pojav, ki je razširjen pri mnogih oblikah raka. Pri enhancer hijacking pride do prekomerne aktivacije (onko)gena, ki jo povzroči oddaljeno ojačevalno zaporedje, ko se zaradi preoblikovanja 3D-strukture genoma znajde v prostorski bližini (onko)gena. Do sedaj je bilo ta mehanizem zelo težko raziskovati, zaradi pomanjkanja učinkovitih orodij za nadzor prostorske bližine, med genetskimi regijami v živih celicah. Ekipi pa je z uporabo modela DaVinci za načrtovanje specializiranih Cas-sponk uspelo ustvariti sintetični enhancer hijacking in ga eksperimentalno potrditi v celicah HEK293T. To je prvi tovrstni poskus s prilagodljivim in večnamenskim pristopom. To odpira vrata nadaljnjemu raziskovanju bolezni in razvoju natančne genske terapije.

=='''Eksperimentalno delo'''==
Za učinkovito kloniranje različnih vmesnikov, ki vsebujejo »crRNA« Cas12a, linker in »crRNA« SpCas9, je ekipa zasnovala vhodni vektor, ki vključuje promotor U6, »tracrRNA« Cas12a, bakterijski promotor za izražanje gena ccdB in »tracrRNA« SpCas9. Uspešna integracija vmesnika vodi do odstranitve gena ccdB, kar omogoča rast bakterij in tako služi kot pokazatelj uspešnega kloniranja.

Ekipa je najprej testirala delovanje fgRNA s katalitsko aktivnimi Cas proteini Cas9 in Cas12a v sesalskih celicah HEK293-T. Fuzijsko usmerjevalno RNA (fgRNA) so zasnovali s kombinacijo sgRNA iz SpCas9 in crRNA iz Cas12a. Kot tarči za Cas12a in Cas9 sta bila izbrana gena VEGFA in FANCF. Vsak od izbranih tarčnih genov je bil nato testiran z vsakim katalitsko aktivnim proteinom Cas. Učinkovitost urejanja je bila analizirana s pomočjo T7 endonukleaze I. Kot pozitivne kontrole so bile uporabljene posamezne sgRNA, kot negativne kontrole pa netarčne usmerjevalne RNA. Visoko stopnjo urejanja genoma so zaznali pri uporabi posameznih sgRN, opazili pa so tudi urejanje pri fgRNA. Ti rezultati so potrdili, da fgRNA omogoča učinkovito urejanje genoma in je zato primerna za nadaljnje testiranje.

Sledilo je testiranje katalitsko neaktivnih dCas. V svojem eksperimentu so uporabili dCas9 z vezanim aktivatorjem VP64. Pripravili so fgRNA, ki so vsebovale »crRNA« dMbCas12a, usmerjeno proti tetO zaporedju, ter ne ciljno »crRNA« dCas9. Zaporedje TetO je bilo nameščeno pred minimalnim promotorjem in genom za luciferazo. Ob vezavi dMbCas12a na tetO so pričakovali povečano izražanje luciferaze na račun prisotnosti aktivatorja VP64, v bližini promotorja. Žal nobena od testiranih fgRNA konstrukcij, razen pozitivne kontrole, ni povzročila spremembe v izražanju luciferaze.

Pripravili so tudi eksperiment, v katerem so testirali, ali lahko fgRNA hkrati veže dva dCas proteina in tako poveže dva ločena DNA fragmenta ter povzroči trans-aktivacijo želenega gena. Uporabili so reporterski plazmid z genom za luciferazo in ojačevalni plazmid z vezavnim mestom za Gal4-VP64. Ob povezavi teh dveh plazmidov s Cas-sponko so pričakovali, da bo prišlo do večjega izražanja luciferaze zaradi aktivatorja VP64. Pri uporabi posameznih dCas proteinov se je z daljšanjem linkerja v fgRNA povečala luminiscenca, kar pomeni boljšo učinkovitost. Pri fuzijskih dCas proteinih pa je bila skupna aktivnost nižja, najboljše rezultate so dosegli pri srednje dolgih linkerjih (20–30 nt).

Za kvantitativno oceno učinkovitosti Cas-sponk so razvili FRET (Fluorescenčni resonančni prenos energije) sistem, ki omogoča merjenje bližine med DNA regijami v živih celicah. FRET analiza je bila razvita z uporabo dvo-plazmidnega sistema v bakterijskih celicah E. coli. Ekspresijski plazmid je vseboval zapise za: fuzirana proteina tetR-Oct1(sponka), Oct1-mNeonGreen (FRET donor), tetR-mScarlet-I (FRET akceptor) pod kontrolo T7 promotorja in 15 ponovitev tetR vezavnega motiva. Drug plazmid pa je vseboval 15 ponovitev vezavnega mesta za Oct1. Pri uspešni vezavi sponke na oba plazmida pride do prostorske bližine donorja in akceptorja, kar omogoči meritev FRET signala, kot dokaz učinkovitega približanja plazmidov. FRET signal je povečana fluorescenčna emisija akceptorja (mScarlet-I), ki ni posledica njegovega neposrednega vzbujanja, temveč prenosa energije z donorja (mNeonGreen). Kot pozitivno kontrolo so uporabili fuzijo mNeonGreen-mScarlet-I, kot negativno pa plazmid brez ponovitev vezavnega mesta za Oct1. Pokazali so, da nižja koncentracija IPTG vodi v višjo FRET učinkovitost, kar so pripisali manjši celični obremenitve. Pozitivna kontrola je pokazala najvišji FRET signal, medtem ko je bila testna sponka značilno učinkovitejša od negativne kontrole. To je potrdilo uspešno delovanje sistema za prostorsko povezovanje DNA v bakterijskih celicah.

=='''DaVinci'''==
Ker je inženiring genoma zelo zahteven proces, se je ekipa odločila optimizirati dizajn Cas-sponk z uporabo orodja za modeliranje DaVinci (the Digital Architecture for Visualization and Integration of Novel Interactions). To omogoča iskanje optimalnih proteinskih sponk za želeni dizajn. DaVinci združuje orodja AlphaFold3, GROMACS in oxDNA v enoten sistem, s katerim lahko dinamično ocenjujemo interakcije med proteini in DNA, tako na makroskopski kot atomski ravni. Sistem raziskovalcem omogoča vnos parametrov, kot so ciljna zaporedja, temperatura in koncentracija soli, ter tako napove izvedljivost spenjanja določenih regij DNA v prilagojenih eksperimentalnih pogojih. DaVinci je bistveno pospešil načrtovanje in optimizacijo PICasSO sponk ter omogočil njihovo uporabo v praksi. Njegova validacija je bila izvedena z uporabo eksperimentalnih podatkov in dodatnih podatkov iz literature.

=='''Zaključek'''==
Za zagotavljanje široke uporabnosti sistema PICasSO je ekipa predstavila zbirko standardiziranih gradnikov in testov za sestavo in preverjanje učinkovitosti različnih Cas-sponk, vključno z referenčnimi kontrolami. Ključni del sistema predstavljata testa EMSA, ki omogoča izračun vezavne afinitete Cas-sponk in FRET za spremljanje interakcij DNA-DNA v živih celicah. Vse komponente se v celico dostavijo z enim plazmidom, kar sicer poenostavi vnos, vendar lahko zaradi velikosti konstrukta predstavlja izziv. Zato si ekipa v prihodnje prizadeva razviti nov način prenosa na osnovi bakterijske konjugacije okrepljen z nanotelesi za ciljno dostavo.

=='''Viri in literatura'''==
[1] PICasSO - Plasmid-Integrated Cas-Stapled Origami https://2024.igem.wiki/heidelberg/

PICasSO:

2025-05-19T19:52:35Z

Zarja Weingerl: /* Eksperimentalno delo */

PICasSO je projekt študentske ekipe iz Heidelberga, ki je na tekmovanju iGEM osvojila glavno nagrado v kategoriji dodiplomskih projektov. Prejeli pa so tudi priznanja za najboljšo temeljno inovacijo, najboljšo zbirko genetskih delov, najboljši računalniški model in najboljšo spletno stran.

=='''Motivacija'''==
Vse celice v našem telesu vsebujejo enako DNA zaporedje, vendar tega zelo različno interpretirajo, odvisno od 3D organizacije genoma. To vodi do različnih celičnih fenotipov in v nekaterih primerih določa celo razliko med zdravjem in boleznijo. Znanstveniki se večinoma osredotočajo na spreminjanje zaporedja genoma in pogosto zanemarijo vpliv njegove 3D organizacije. Ekipa iz Heidelberga se je zato s svojim projektom osredotočala na ustvarjanje novih interakcij DNA-DNA, ki so jim omogočale manipulacijo s 3D strukturo genoma. Ustvarili so PICasSO (Plasmid-Integrated Cas-Stapled Origami), nabor orodij za preurejanje 3D arhitekture genoma, z doslej neprimerljivo prostorsko natančnostjo.

=='''Zasnova projekta'''==
Sistem PICasSO je zasnovan na bivalentnem CRISPR/dCas sistemu, ki je povezan preko fuzijske usmerjevalne RNA (fgRNA). Bivalenten CRISPR/dCas sistem sestavljata katalitično neaktivna Cas proteina dCas9 in dCas12a, ki ju v celico dostavimo preko enega plazmida. Kompleks nastane, ko se oba proteina Cas povežeta preko fuzijske usmerjevalne RNA (fgRNA), pri čemer nastane trojni CRISPR/Cas kompleks, imenovan Cas-sponka. Vsak od proteinov dCas, ki sestavljata Cas-sponko, se bo vezal na specifično mesto na DNA, kar bo privedlo do prostorskega približanja teh dveh mest.

=='''Aplikacije'''==
V evkariontskih celicah imamo ogromno regulacijskih elementov, kot so ojačevalna zaporedja (enhancer) in utiševalna zaporedja (silencer), ki preko mediatorjev uravnavajo izražanje genov. PICasSo posnema funkcijo mediatorja in s približanjem ojačevalnega zaporedja in promotorja inducira in uravnava izražanje specifičnih genov. Lahko pa tudi blokira dostop ojačevalnega zaporedja do TATA-sekvence promotorja in tako prepreči izražanje izbranega gena. Poleg posnemanja naravnih sistemov omogoča PICasSO tudi inženiring povsem novih regulacijskih arhitektur genoma, s tem ko na natančno določene lokacije pripelje umetne regulacijske elemente. Ta sintetični način nadzora omogoča natančno uravnavanje izražanja genov ter modeliranje bolezni, katerih mehanizmi izvirajo iz motene 3D organizacije genoma (npr. rak).

Sistem PICasSO omogoča približevanje tako cis- kot trans- regulacijskih elementov genoma, ter dovoljuje uporabo večjega števila Cas-sponk hkrati, kar omogoča multipleksiranje. Z enkratnim vnosom genov, ki kodirata dCas9 in dCas12a, lahko tako vzpostavimo povezave med več izbranimi pari lokusov le z dodajanjem različnih fgRNA. Vsaka fgRNA namreč kodira dve natančno določeni tarči na DNA , ki ju želimo prostorsko približati. Zmožnost multipleksiranja tako omogoča obsežne prostorske prerazporeditve funkcionalnih DNA elementov znotraj 3D genoma, kar odpira nova vrata za sintetično biologijo, gensko terapijo in še mnogo več.

Ena izmed pomembnih aplikacij sistema je modeliranje pojava enhancer hijacking. Gre za pojav, ki je razširjen pri mnogih oblikah raka. Pri enhancer hijacking pride do prekomerne aktivacije (onko)gena, ki jo povzroči oddaljeno ojačevalno zaporedje, ko se zaradi preoblikovanja 3D-strukture genoma znajde v prostorski bližini (onko)gena. Do sedaj je bilo ta mehanizem zelo težko raziskovati, zaradi pomanjkanja učinkovitih orodij za nadzor prostorske bližine, med genetskimi regijami v živih celicah. Ekipi pa je z uporabo modela DaVinci za načrtovanje specializiranih Cas-sponk uspelo ustvariti sintetični enhancer hijacking in ga eksperimentalno potrditi v celicah HEK293T. To je prvi tovrstni poskus s prilagodljivim in večnamenskim pristopom. To odpira vrata nadaljnjemu raziskovanju bolezni in razvoju natančne genske terapije.

=='''Eksperimentalno delo'''==
Za učinkovito kloniranje različnih vmesnikov, ki vsebujejo ''crRNA'' Cas12a, linker in »crRNA« SpCas9, je ekipa zasnovala vhodni vektor, ki vključuje promotor U6, ''tracrRNA'' Cas12a, bakterijski promotor za izražanje gena ccdB in ''tracrRNA'' SpCas9. Uspešna integracija vmesnika vodi do odstranitve gena ccdB, kar omogoča rast bakterij in tako služi kot pokazatelj uspešnega kloniranja.

Ekipa je najprej testirala delovanje fgRNA s katalitsko aktivnimi Cas proteini Cas9 in Cas12a v sesalskih celicah HEK293-T. Fuzijsko usmerjevalno RNA (fgRNA) so zasnovali s kombinacijo sgRNA iz SpCas9 in crRNA iz Cas12a. Kot tarči za Cas12a in Cas9 sta bila izbrana gena VEGFA in FANCF. Vsak od izbranih tarčnih genov je bil nato testiran z vsakim katalitsko aktivnim proteinom Cas. Učinkovitost urejanja je bila analizirana s pomočjo T7 endonukleaze I. Kot pozitivne kontrole so bile uporabljene posamezne sgRNA, kot negativne kontrole pa netarčne usmerjevalne RNA. Visoko stopnjo urejanja genoma so zaznali pri uporabi posameznih sgRN, opazili pa so tudi urejanje pri fgRNA. Ti rezultati so potrdili, da fgRNA omogoča učinkovito urejanje genoma in je zato primerna za nadaljnje testiranje.

Sledilo je testiranje katalitsko neaktivnih dCas. V svojem eksperimentu so uporabili dCas9 z vezanim aktivatorjem VP64. Pripravili so fgRNA, ki so vsebovale ''crRNA'' dMbCas12a, usmerjeno proti tetO zaporedju, ter ne ciljno ''crRNA'' dCas9. Zaporedje TetO je bilo nameščeno pred minimalnim promotorjem in genom za luciferazo. Ob vezavi dMbCas12a na tetO so pričakovali povečano izražanje luciferaze na račun prisotnosti aktivatorja VP64, v bližini promotorja. Žal nobena od testiranih fgRNA konstrukcij, razen pozitivne kontrole, ni povzročila spremembe v izražanju luciferaze.

Pripravili so tudi eksperiment, v katerem so testirali, ali lahko fgRNA hkrati veže dva dCas proteina in tako poveže dva ločena DNA fragmenta ter povzroči trans-aktivacijo želenega gena. Uporabili so reporterski plazmid z genom za luciferazo in ojačevalni plazmid z vezavnim mestom za Gal4-VP64. Ob povezavi teh dveh plazmidov s Cas-sponko so pričakovali, da bo prišlo do večjega izražanja luciferaze zaradi aktivatorja VP64. Pri uporabi posameznih dCas proteinov se je z daljšanjem linkerja v fgRNA povečala luminiscenca, kar pomeni boljšo učinkovitost. Pri fuzijskih dCas proteinih pa je bila skupna aktivnost nižja, najboljše rezultate so dosegli pri srednje dolgih linkerjih (20–30 nt).

Za kvantitativno oceno učinkovitosti Cas-sponk so razvili FRET (Fluorescenčni resonančni prenos energije) sistem, ki omogoča merjenje bližine med DNA regijami v živih celicah. FRET analiza je bila razvita z uporabo dvo-plazmidnega sistema v bakterijskih celicah E. coli. Ekspresijski plazmid je vseboval zapise za: fuzirana proteina tetR-Oct1(sponka), Oct1-mNeonGreen (FRET donor), tetR-mScarlet-I (FRET akceptor) pod kontrolo T7 promotorja in 15 ponovitev tetR vezavnega motiva. Drug plazmid pa je vseboval 15 ponovitev vezavnega mesta za Oct1. Pri uspešni vezavi sponke na oba plazmida pride do prostorske bližine donorja in akceptorja, kar omogoči meritev FRET signala, kot dokaz učinkovitega približanja plazmidov. FRET signal je povečana fluorescenčna emisija akceptorja (mScarlet-I), ki ni posledica njegovega neposrednega vzbujanja, temveč prenosa energije z donorja (mNeonGreen). Kot pozitivno kontrolo so uporabili fuzijo mNeonGreen-mScarlet-I, kot negativno pa plazmid brez ponovitev vezavnega mesta za Oct1. Pokazali so, da nižja koncentracija IPTG vodi v višjo FRET učinkovitost, kar so pripisali manjši celični obremenitve. Pozitivna kontrola je pokazala najvišji FRET signal, medtem ko je bila testna sponka značilno učinkovitejša od negativne kontrole. To je potrdilo uspešno delovanje sistema za prostorsko povezovanje DNA v bakterijskih celicah.

=='''DaVinci'''==
Ker je inženiring genoma zelo zahteven proces, se je ekipa odločila optimizirati dizajn Cas-sponk z uporabo orodja za modeliranje DaVinci (the Digital Architecture for Visualization and Integration of Novel Interactions). To omogoča iskanje optimalnih proteinskih sponk za želeni dizajn. DaVinci združuje orodja AlphaFold3, GROMACS in oxDNA v enoten sistem, s katerim lahko dinamično ocenjujemo interakcije med proteini in DNA, tako na makroskopski kot atomski ravni. Sistem raziskovalcem omogoča vnos parametrov, kot so ciljna zaporedja, temperatura in koncentracija soli, ter tako napove izvedljivost spenjanja določenih regij DNA v prilagojenih eksperimentalnih pogojih. DaVinci je bistveno pospešil načrtovanje in optimizacijo PICasSO sponk ter omogočil njihovo uporabo v praksi. Njegova validacija je bila izvedena z uporabo eksperimentalnih podatkov in dodatnih podatkov iz literature.

=='''Zaključek'''==
Za zagotavljanje široke uporabnosti sistema PICasSO je ekipa predstavila zbirko standardiziranih gradnikov in testov za sestavo in preverjanje učinkovitosti različnih Cas-sponk, vključno z referenčnimi kontrolami. Ključni del sistema predstavljata testa EMSA, ki omogoča izračun vezavne afinitete Cas-sponk in FRET za spremljanje interakcij DNA-DNA v živih celicah. Vse komponente se v celico dostavijo z enim plazmidom, kar sicer poenostavi vnos, vendar lahko zaradi velikosti konstrukta predstavlja izziv. Zato si ekipa v prihodnje prizadeva razviti nov način prenosa na osnovi bakterijske konjugacije okrepljen z nanotelesi za ciljno dostavo.

=='''Viri in literatura'''==
[1] PICasSO - Plasmid-Integrated Cas-Stapled Origami https://2024.igem.wiki/heidelberg/

PICasSO:

2025-05-19T19:43:45Z

Zarja Weingerl:

PICasSO je projekt študentske ekipe iz Heidelberga, ki je na tekmovanju iGEM osvojila glavno nagrado v kategoriji dodiplomskih projektov. Prejeli pa so tudi priznanja za najboljšo temeljno inovacijo, najboljšo zbirko genetskih delov, najboljši računalniški model in najboljšo spletno stran.

=='''Motivacija'''==
Vse celice v našem telesu vsebujejo enako DNA zaporedje, vendar tega zelo različno interpretirajo, odvisno od 3D organizacije genoma. To vodi do različnih celičnih fenotipov in v nekaterih primerih določa celo razliko med zdravjem in boleznijo. Znanstveniki se večinoma osredotočajo na spreminjanje zaporedja genoma in pogosto zanemarijo vpliv njegove 3D organizacije. Ekipa iz Heidelberga se je zato s svojim projektom osredotočala na ustvarjanje novih interakcij DNA-DNA, ki so jim omogočale manipulacijo s 3D strukturo genoma. Ustvarili so PICasSO (Plasmid-Integrated Cas-Stapled Origami), nabor orodij za preurejanje 3D arhitekture genoma, z doslej neprimerljivo prostorsko natančnostjo.

=='''Zasnova projekta'''==
Sistem PICasSO je zasnovan na bivalentnem CRISPR/dCas sistemu, ki je povezan preko fuzijske usmerjevalne RNA (fgRNA). Bivalenten CRISPR/dCas sistem sestavljata katalitično neaktivna Cas proteina dCas9 in dCas12a, ki ju v celico dostavimo preko enega plazmida. Kompleks nastane, ko se oba proteina Cas povežeta preko fuzijske usmerjevalne RNA (fgRNA), pri čemer nastane trojni CRISPR/Cas kompleks, imenovan Cas-sponka. Vsak od proteinov dCas, ki sestavljata Cas-sponko, se bo vezal na specifično mesto na DNA, kar bo privedlo do prostorskega približanja teh dveh mest.

=='''Aplikacije'''==
V evkariontskih celicah imamo ogromno regulacijskih elementov, kot so ojačevalna zaporedja (enhancer) in utiševalna zaporedja (silencer), ki preko mediatorjev uravnavajo izražanje genov. PICasSo posnema funkcijo mediatorja in s približanjem ojačevalnega zaporedja in promotorja inducira in uravnava izražanje specifičnih genov. Lahko pa tudi blokira dostop ojačevalnega zaporedja do TATA-sekvence promotorja in tako prepreči izražanje izbranega gena. Poleg posnemanja naravnih sistemov omogoča PICasSO tudi inženiring povsem novih regulacijskih arhitektur genoma, s tem ko na natančno določene lokacije pripelje umetne regulacijske elemente. Ta sintetični način nadzora omogoča natančno uravnavanje izražanja genov ter modeliranje bolezni, katerih mehanizmi izvirajo iz motene 3D organizacije genoma (npr. rak).

Sistem PICasSO omogoča približevanje tako cis- kot trans- regulacijskih elementov genoma, ter dovoljuje uporabo večjega števila Cas-sponk hkrati, kar omogoča multipleksiranje. Z enkratnim vnosom genov, ki kodirata dCas9 in dCas12a, lahko tako vzpostavimo povezave med več izbranimi pari lokusov le z dodajanjem različnih fgRNA. Vsaka fgRNA namreč kodira dve natančno določeni tarči na DNA , ki ju želimo prostorsko približati. Zmožnost multipleksiranja tako omogoča obsežne prostorske prerazporeditve funkcionalnih DNA elementov znotraj 3D genoma, kar odpira nova vrata za sintetično biologijo, gensko terapijo in še mnogo več.

Ena izmed pomembnih aplikacij sistema je modeliranje pojava enhancer hijacking. Gre za pojav, ki je razširjen pri mnogih oblikah raka. Pri enhancer hijacking pride do prekomerne aktivacije (onko)gena, ki jo povzroči oddaljeno ojačevalno zaporedje, ko se zaradi preoblikovanja 3D-strukture genoma znajde v prostorski bližini (onko)gena. Do sedaj je bilo ta mehanizem zelo težko raziskovati, zaradi pomanjkanja učinkovitih orodij za nadzor prostorske bližine, med genetskimi regijami v živih celicah. Ekipi pa je z uporabo modela DaVinci za načrtovanje specializiranih Cas-sponk uspelo ustvariti sintetični enhancer hijacking in ga eksperimentalno potrditi v celicah HEK293T. To je prvi tovrstni poskus s prilagodljivim in večnamenskim pristopom. To odpira vrata nadaljnjemu raziskovanju bolezni in razvoju natančne genske terapije.

=='''Eksperimentalno delo'''==
Za učinkovito kloniranje različnih vmesnikov, ki vsebujejo ''crRNA'' Cas12a, linker in ''crRNA'' SpCas9, je ekipa zasnovala vhodni vektor, ki vključuje promotor U6, ''tracrRNA'' Cas12a, bakterijski promotor za izražanje gena ccdB in ''tracrRNA'' SpCas9. Uspešna integracija vmesnika vodi do odstranitve gena ccdB, kar omogoča rast bakterij in tako služi kot pokazatelj uspešnega kloniranja.

Ekipa je najprej testirala delovanje fgRNA s katalitsko aktivnimi Cas proteini Cas9 in Cas12a v sesalskih celicah HEK293-T. Fuzijsko usmerjevalno RNA (fgRNA) so zasnovali s kombinacijo sgRNA iz SpCas9 in crRNA iz Cas12a. Kot tarči za Cas12a in Cas9 sta bila izbrana gena VEGFA in FANCF. Vsak od izbranih tarčnih genov je bil nato testiran z vsakim katalitsko aktivnim proteinom Cas. Učinkovitost urejanja je bila analizirana s pomočjo T7 endonukleaze I. Kot pozitivne kontrole so bile uporabljene posamezne sgRNA, kot negativne kontrole pa netarčne usmerjevalne RNA. Visoko stopnjo urejanja genoma so zaznali pri uporabi posameznih sgRN, opazili pa so tudi urejanje pri fgRNA. Ti rezultati so potrdili, da fgRNA omogoča učinkovito urejanje genoma in je zato primerna za nadaljnje testiranje.

Sledilo je testiranje katalitsko neaktivnih dCas. V svojem eksperimentu so uporabili dCas9 z vezanim aktivatorjem VP64. Pripravili so fgRNA, ki so vsebovale ''crRNA'' dMbCas12a, usmerjeno proti tetO zaporedju, ter ne ciljno ''crRNA'' dCas9. Zaporedje TetO je bilo nameščeno pred minimalnim promotorjem in genom za luciferazo. Ob vezavi dMbCas12a na tetO so pričakovali povečano izražanje luciferaze na račun prisotnosti aktivatorja VP64, v bližini promotorja. Žal nobena od testiranih fgRNA konstrukcij, razen pozitivne kontrole, ni povzročila spremembe v izražanju luciferaze.

Pripravili so tudi eksperiment, v katerem so testirali, ali lahko fgRNA hkrati veže dva dCas proteina in tako poveže dva ločena DNA fragmenta ter povzroči trans-aktivacijo želenega gena. Uporabili so reporterski plazmid z genom za luciferazo in ojačevalni plazmid z vezavnim mestom za Gal4-VP64. Ob povezavi teh dveh plazmidov s Cas-sponko so pričakovali, da bo prišlo do večjega izražanja luciferaze zaradi aktivatorja VP64. Pri uporabi posameznih dCas proteinov se je z daljšanjem linkerja v fgRNA povečala luminiscenca, kar pomeni boljšo učinkovitost. Pri fuzijskih dCas proteinih pa je bila skupna aktivnost nižja, najboljše rezultate so dosegli pri srednje dolgih linkerjih (20–30 nt).

Za kvantitativno oceno učinkovitosti Cas-sponk so razvili FRET (Fluorescenčni resonančni prenos energije) sistem, ki omogoča merjenje bližine med DNA regijami v živih celicah. FRET analiza je bila razvita z uporabo dvo-plazmidnega sistema v bakterijskih celicah E. coli. Ekspresijski plazmid je vseboval zapise za: fuzirana proteina tetR-Oct1(sponka), Oct1-mNeonGreen (FRET donor), tetR-mScarlet-I (FRET akceptor) pod kontrolo T7 promotorja in 15 ponovitev tetR vezavnega motiva. Drug plazmid pa je vseboval 15 ponovitev vezavnega mesta za Oct1. Pri uspešni vezavi sponke na oba plazmida pride do prostorske bližine donorja in akceptorja, kar omogoči meritev FRET signala, kot dokaz učinkovitega približanja plazmidov. FRET signal je povečana fluorescenčna emisija akceptorja (mScarlet-I), ki ni posledica njegovega neposrednega vzbujanja, temveč prenosa energije z donorja (mNeonGreen). Kot pozitivno kontrolo so uporabili fuzijo mNeonGreen-mScarlet-I, kot negativno pa plazmid brez ponovitev vezavnega mesta za Oct1. Pokazali so, da nižja koncentracija IPTG vodi v višjo FRET učinkovitost, kar so pripisali manjši celični obremenitve. Pozitivna kontrola je pokazala najvišji FRET signal, medtem ko je bila testna sponka značilno učinkovitejša od negativne kontrole. To je potrdilo uspešno delovanje sistema za prostorsko povezovanje DNA v bakterijskih celicah.

=='''DaVinci'''==
Ker je inženiring genoma zelo zahteven proces, se je ekipa odločila optimizirati dizajn Cas-sponk z uporabo orodja za modeliranje DaVinci (the Digital Architecture for Visualization and Integration of Novel Interactions). To omogoča iskanje optimalnih proteinskih sponk za želeni dizajn. DaVinci združuje orodja AlphaFold3, GROMACS in oxDNA v enoten sistem, s katerim lahko dinamično ocenjujemo interakcije med proteini in DNA, tako na makroskopski kot atomski ravni. Sistem raziskovalcem omogoča vnos parametrov, kot so ciljna zaporedja, temperatura in koncentracija soli, ter tako napove izvedljivost spenjanja določenih regij DNA v prilagojenih eksperimentalnih pogojih. DaVinci je bistveno pospešil načrtovanje in optimizacijo PICasSO sponk ter omogočil njihovo uporabo v praksi. Njegova validacija je bila izvedena z uporabo eksperimentalnih podatkov in dodatnih podatkov iz literature.

=='''Zaključek'''==
Za zagotavljanje široke uporabnosti sistema PICasSO je ekipa predstavila zbirko standardiziranih gradnikov in testov za sestavo in preverjanje učinkovitosti različnih Cas-sponk, vključno z referenčnimi kontrolami. Ključni del sistema predstavljata testa EMSA, ki omogoča izračun vezavne afinitete Cas-sponk in FRET za spremljanje interakcij DNA-DNA v živih celicah. Vse komponente se v celico dostavijo z enim plazmidom, kar sicer poenostavi vnos, vendar lahko zaradi velikosti konstrukta predstavlja izziv. Zato si ekipa v prihodnje prizadeva razviti nov način prenosa na osnovi bakterijske konjugacije okrepljen z nanotelesi za ciljno dostavo.

=='''Viri in literatura'''==
[1] PICasSO - Plasmid-Integrated Cas-Stapled Origami https://2024.igem.wiki/heidelberg/

PICasSO:

2025-05-19T19:36:56Z

Zarja Weingerl: /* Aplikacije */

=='''Motivacija'''==
Vse celice v našem telesu vsebujejo enako DNA zaporedje, vendar tega zelo različno interpretirajo, odvisno od 3D organizacije genoma. To vodi do različnih celičnih fenotipov in v nekaterih primerih določa celo razliko med zdravjem in boleznijo. Znanstveniki se večinoma osredotočajo na spreminjanje zaporedja genoma in pogosto zanemarijo vpliv njegove 3D organizacije. Ekipa iz Heidelberga se je zato s svojim projektom osredotočala na ustvarjanje novih interakcij DNA-DNA, ki so jim omogočale manipulacijo s 3D strukturo genoma. Ustvarili so PICasSO (Plasmid-Integrated Cas-Stapled Origami), nabor orodij za preurejanje 3D arhitekture genoma, z doslej neprimerljivo prostorsko natančnostjo.

=='''Zasnova projekta'''==
Sistem PICasSO je zasnovan na bivalentnem CRISPR/dCas sistemu, ki je povezan preko fuzijske usmerjevalne RNA (fgRNA). Bivalenten CRISPR/dCas sistem sestavljata katalitično neaktivna Cas proteina dCas9 in dCas12a, ki ju v celico dostavimo preko enega plazmida. Kompleks nastane, ko se oba proteina Cas povežeta preko fuzijske usmerjevalne RNA (fgRNA), pri čemer nastane trojni CRISPR/Cas kompleks, imenovan Cas-sponka. Vsak od proteinov dCas, ki sestavljata Cas-sponko, se bo vezal na specifično mesto na DNA, kar bo privedlo do prostorskega približanja teh dveh mest.

=='''Aplikacije'''==
V evkariontskih celicah imamo ogromno regulacijskih elementov, kot so ojačevalna zaporedja (enhancer) in utiševalna zaporedja (silencer), ki preko mediatorjev uravnavajo izražanje genov. PICasSo posnema funkcijo mediatorja in s približanjem ojačevalnega zaporedja in promotorja inducira in uravnava izražanje specifičnih genov. Lahko pa tudi blokira dostop ojačevalnega zaporedja do TATA-sekvence promotorja in tako prepreči izražanje izbranega gena. Poleg posnemanja naravnih sistemov omogoča PICasSO tudi inženiring povsem novih regulacijskih arhitektur genoma, s tem ko na natančno določene lokacije pripelje umetne regulacijske elemente. Ta sintetični način nadzora omogoča natančno uravnavanje izražanja genov ter modeliranje bolezni, katerih mehanizmi izvirajo iz motene 3D organizacije genoma (npr. rak).

Sistem PICasSO omogoča približevanje tako cis- kot trans- regulacijskih elementov genoma, ter dovoljuje uporabo večjega števila Cas-sponk hkrati, kar omogoča multipleksiranje. Z enkratnim vnosom genov, ki kodirata dCas9 in dCas12a, lahko tako vzpostavimo povezave med več izbranimi pari lokusov le z dodajanjem različnih fgRNA. Vsaka fgRNA namreč kodira dve natančno določeni tarči na DNA , ki ju želimo prostorsko približati. Zmožnost multipleksiranja tako omogoča obsežne prostorske prerazporeditve funkcionalnih DNA elementov znotraj 3D genoma, kar odpira nova vrata za sintetično biologijo, gensko terapijo in še mnogo več.

Ena izmed pomembnih aplikacij sistema je modeliranje pojava enhancer hijacking. Gre za pojav, ki je razširjen pri mnogih oblikah raka. Pri enhancer hijacking pride do prekomerne aktivacije (onko)gena, ki jo povzroči oddaljeno ojačevalno zaporedje, ko se zaradi preoblikovanja 3D-strukture genoma znajde v prostorski bližini (onko)gena. Do sedaj je bilo ta mehanizem zelo težko raziskovati, zaradi pomanjkanja učinkovitih orodij za nadzor prostorske bližine, med genetskimi regijami v živih celicah. Ekipi pa je z uporabo modela DaVinci za načrtovanje specializiranih Cas-sponk uspelo ustvariti sintetični enhancer hijacking in ga eksperimentalno potrditi v celicah HEK293T. To je prvi tovrstni poskus s prilagodljivim in večnamenskim pristopom. To odpira vrata nadaljnjemu raziskovanju bolezni in razvoju natančne genske terapije.

=='''Eksperimentalno delo'''==
Za učinkovito kloniranje različnih vmesnikov, ki vsebujejo ''crRNA'' Cas12a, linker in ''crRNA'' SpCas9, je ekipa zasnovala vhodni vektor, ki vključuje promotor U6, ''tracrRNA'' Cas12a, bakterijski promotor za izražanje gena ccdB in ''tracrRNA'' SpCas9. Uspešna integracija vmesnika vodi do odstranitve gena ccdB, kar omogoča rast bakterij in tako služi kot pokazatelj uspešnega kloniranja.

Ekipa je najprej testirala delovanje fgRNA s katalitsko aktivnimi Cas proteini Cas9 in Cas12a v sesalskih celicah HEK293-T. Fuzijsko usmerjevalno RNA (fgRNA) so zasnovali s kombinacijo sgRNA iz SpCas9 in crRNA iz Cas12a. Kot tarči za Cas12a in Cas9 sta bila izbrana gena VEGFA in FANCF. Vsak od izbranih tarčnih genov je bil nato testiran z vsakim katalitsko aktivnim proteinom Cas. Učinkovitost urejanja je bila analizirana s pomočjo T7 endonukleaze I. Kot pozitivne kontrole so bile uporabljene posamezne sgRNA, kot negativne kontrole pa netarčne usmerjevalne RNA. Visoko stopnjo urejanja genoma so zaznali pri uporabi posameznih sgRN, opazili pa so tudi urejanje pri fgRNA. Ti rezultati so potrdili, da fgRNA omogoča učinkovito urejanje genoma in je zato primerna za nadaljnje testiranje.

Sledilo je testiranje katalitsko neaktivnih dCas. V svojem eksperimentu so uporabili dCas9 z vezanim aktivatorjem VP64. Pripravili so fgRNA, ki so vsebovale ''crRNA'' dMbCas12a, usmerjeno proti tetO zaporedju, ter ne ciljno ''crRNA'' dCas9. Zaporedje TetO je bilo nameščeno pred minimalnim promotorjem in genom za luciferazo. Ob vezavi dMbCas12a na tetO so pričakovali povečano izražanje luciferaze na račun prisotnosti aktivatorja VP64, v bližini promotorja. Žal nobena od testiranih fgRNA konstrukcij, razen pozitivne kontrole, ni povzročila spremembe v izražanju luciferaze.

Pripravili so tudi eksperiment, v katerem so testirali, ali lahko fgRNA hkrati veže dva dCas proteina in tako poveže dva ločena DNA fragmenta ter povzroči trans-aktivacijo želenega gena. Uporabili so reporterski plazmid z genom za luciferazo in ojačevalni plazmid z vezavnim mestom za Gal4-VP64. Ob povezavi teh dveh plazmidov s Cas-sponko so pričakovali, da bo prišlo do večjega izražanja luciferaze zaradi aktivatorja VP64. Pri uporabi posameznih dCas proteinov se je z daljšanjem linkerja v fgRNA povečala luminiscenca, kar pomeni boljšo učinkovitost. Pri fuzijskih dCas proteinih pa je bila skupna aktivnost nižja, najboljše rezultate so dosegli pri srednje dolgih linkerjih (20–30 nt).

Za kvantitativno oceno učinkovitosti Cas-sponk so razvili FRET (Fluorescenčni resonančni prenos energije) sistem, ki omogoča merjenje bližine med DNA regijami v živih celicah. FRET analiza je bila razvita z uporabo dvo-plazmidnega sistema v bakterijskih celicah E. coli. Ekspresijski plazmid je vseboval zapise za: fuzirana proteina tetR-Oct1(sponka), Oct1-mNeonGreen (FRET donor), tetR-mScarlet-I (FRET akceptor) pod kontrolo T7 promotorja in 15 ponovitev tetR vezavnega motiva. Drug plazmid pa je vseboval 15 ponovitev vezavnega mesta za Oct1. Pri uspešni vezavi sponke na oba plazmida pride do prostorske bližine donorja in akceptorja, kar omogoči meritev FRET signala, kot dokaz učinkovitega približanja plazmidov. FRET signal je povečana fluorescenčna emisija akceptorja (mScarlet-I), ki ni posledica njegovega neposrednega vzbujanja, temveč prenosa energije z donorja (mNeonGreen). Kot pozitivno kontrolo so uporabili fuzijo mNeonGreen-mScarlet-I, kot negativno pa plazmid brez ponovitev vezavnega mesta za Oct1. Pokazali so, da nižja koncentracija IPTG vodi v višjo FRET učinkovitost, kar so pripisali manjši celični obremenitve. Pozitivna kontrola je pokazala najvišji FRET signal, medtem ko je bila testna sponka značilno učinkovitejša od negativne kontrole. To je potrdilo uspešno delovanje sistema za prostorsko povezovanje DNA v bakterijskih celicah.

=='''DaVinci'''==
Ker je inženiring genoma zelo zahteven proces, se je ekipa odločila optimizirati dizajn Cas-sponk z uporabo orodja za modeliranje DaVinci (the Digital Architecture for Visualization and Integration of Novel Interactions). To omogoča iskanje optimalnih proteinskih sponk za želeni dizajn. DaVinci združuje orodja AlphaFold3, GROMACS in oxDNA v enoten sistem, s katerim lahko dinamično ocenjujemo interakcije med proteini in DNA, tako na makroskopski kot atomski ravni. Sistem raziskovalcem omogoča vnos parametrov, kot so ciljna zaporedja, temperatura in koncentracija soli, ter tako napove izvedljivost spenjanja določenih regij DNA v prilagojenih eksperimentalnih pogojih. DaVinci je bistveno pospešil načrtovanje in optimizacijo PICasSO sponk ter omogočil njihovo uporabo v praksi. Njegova validacija je bila izvedena z uporabo eksperimentalnih podatkov in dodatnih podatkov iz literature.

=='''Zaključek'''==
Za zagotavljanje široke uporabnosti sistema PICasSO je ekipa predstavila zbirko standardiziranih gradnikov in testov za sestavo in preverjanje učinkovitosti različnih Cas-sponk, vključno z referenčnimi kontrolami. Ključni del sistema predstavljata testa EMSA, ki omogoča izračun vezavne afinitete Cas-sponk in FRET za spremljanje interakcij DNA-DNA v živih celicah. Vse komponente se v celico dostavijo z enim plazmidom, kar sicer poenostavi vnos, vendar lahko zaradi velikosti konstrukta predstavlja izziv. Zato si ekipa v prihodnje prizadeva razviti nov način prenosa na osnovi bakterijske konjugacije okrepljen z nanotelesi za ciljno dostavo.

=='''Viri in literatura'''==
[1] PICasSO - Plasmid-Integrated Cas-Stapled Origami https://2024.igem.wiki/heidelberg/

PICasSO:

2025-05-19T19:36:34Z

Zarja Weingerl: /* Eksperimentalno delo */

PICasSO:

2025-05-19T19:35:35Z

Zarja Weingerl: Created page with "=='''Motivacija'''== Vse celice v našem telesu vsebujejo enako DNA zaporedje, vendar tega zelo različno interpretirajo, odvisno od 3D organizacije genoma. To vodi do različnih celičnih fenotipov in v nekaterih primerih določa celo razliko med zdravjem in boleznijo. Znanstveniki se večinoma osredotočajo na spreminjanje zaporedja genoma in pogosto zanemarijo vpliv njegove 3D organizacije. Ekipa iz Heidelberga se je zato s svojim projektom osredotočala na ustvarjanj..."

Seminarji SB 2024/25

2025-05-19T19:20:00Z

Zarja Weingerl:

V študijskem letu 2024/25 študenti in študentke pri Sintezni biologiji predstavljajo naslednje teme:

RAZISKOVALNI ČLANKI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do izhodiščnega članka na spletu.) 
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inženiring_umetnih_medvrstnih_promotorjev_z_različnimi_transkripcijskimi_močmi Inženiring umetnih medvrstnih promotorjev z različnimi transkripcijskimi močmi] (Miljan Trajković)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Preprečevanje_nastanka_multimerov_pogosto_uporabljenih_plazmidov_v_sintezni_biologiji Preprečevanje nastanka multimerov pogosto uporabljenih plazmidov v sintezni biologiji] (Lev Jošt)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Priprava_Nicotiane_benthamiane_za_proizvodnjo_krisoeriola_z_uporabo_tehnik_sintezne_biologije Priprava ''Nicotiane benthamiane'' za proizvodnjo krisoeriola z uporabo tehnik sintezne biologije] (Nika Frelih)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Gensko_spremenjeni_receptorji_za_komunikacijo_med_celicami_preko_topnih_signalov_in_zaznavanje_bolezni Gensko spremenjeni receptorji za komunikacijo med celicami preko topnih signalov in zaznavanje bolezni] (Zara Bunc)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nadzor_nad_izražanjem_heterolognih_genov_pri_Bdellovibrio_bacteriovorus_z_uporabo_sintezne_biologije Nadzor nad izražanjem heterolognih genov pri Bdellovibrio bacteriovorus z uporabo sintezne biologije] (Živa Flego)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_konzorcija_kvasovk_za_de_novo_biosintezo_rastlinskih_lignanov Uporaba konzorcija kvasovk za de novo biosintezo rastlinskih lignanov] (Urša Lah)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Sonogenetsko_nadzorovane_gensko_spremenjene_celice_za_zdravljenje_raka_v_mišjih_tumorskih_modelih Sonogenetsko nadzorovane gensko spremenjene celice za zdravljenje raka v mišjih tumorskih modelih] (Pia Mencin)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Združitev_difuzijskega_modela_in_transformerja_za_sintezo_izboljšanih_promotorjev_ter_napoved_moči_sintetičnih_promotorjev_z_uporabo_globokega_učenja Združitev difuzijskega modela in transformerja za sintezo izboljšanih promotorjev ter napoved moči sintetičnih promotorjev z uporabo globokega učenja] (Tinkara Korošec)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Z_dvojno_svetlobo_nadzirani_kokulturni_sistem_omogoča_uravnavanje_sestave_populacije Z dvojno svetlobo nadzirani sistem omogoča uravnavanje sestave populacije] (Ula Mikoš)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Načrtovanje_močnih_inducibilnih_sinteznih_promotorjev_v_kvasovkah Načrtovanje močnih inducibilnih sinteznih promotorjev v kvasovkah] (Bor Kunstelj)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Metabolni_inženiring_E._coli_za_izboljšano_produkcijo_diolov_iz_acetata Metabolni inženiring ''E. coli'' za izboljšano produkcijo diolov iz acetata] (Teo Trost)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Inkorporacija_fotosintetsko_aktivnih_kloroplastov_iz_alg_v_kultivirane_celice_sesalcev_kot_pot_k_fotosintezi_pri_Živalih Inkorporacija fotosintetsko aktivnih kloroplastov iz alg v kultivirane celice sesalcev kot pot k fotosintezi pri živalih] (Peter Gričar Vintar)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Izgradnja_metabolične_poti_za_biosintezo_treonina_iz_etilen_glikola Izgradnja metabolične poti za biosintezo treonina iz etilen glikola] (Tinkara Butara)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Povezava_sintezne_in_sistemske_biologije_za_in_vivo_encimatiko Povezava sintezne in sistemske biologije za ''in vivo'' encimatiko] (Gaja Starc)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nanotelo_proti_Pdc1p_kot_gensko_kodiran_inhibitor_proizvodnje_etanola_omogoča_dvojni_transkripcijski_in_posttranslacijski_nadzor_fermentacije_v_kvasovkah Nanotelo proti Pdc1p kot gensko kodiran inhibitor proizvodnje etanola omogoča dvojni transkripcijski in posttranslacijski nadzor fermentacije v kvasovkah] (Lara Zupanc)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/S_fazno_separacijo_posredovano_sestavljanje_ve%C4%8Dencimskih_kompleksov_in_vivo S fazno separacijo posredovano sestavljanje večencimskih kompleksov ''in vivo''] (Lana Kores)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Umetna_nevronska_mreža_na_proteinski_ravni_v_sesalskih_celicah Umetna nevronska mreža na proteinski ravni v sesalskih celicah] (Gal Kastelic)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Uporaba_sintezne_virologije_za_hitro_inženirstvo_virusa_vezikularnega_stomatitisa_VSV Uporaba sintezne virologije za hitro inženirstvo virusa vezikularnega stomatitisa (VSV)] (Bine Brunec)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Molekularni_inženiring_funkcionalnih_siRNA Molekularni inženiring funkcionalnih siRNA] (Nataša Vujović)
NAGRAJENI ŠTUDENTSKI PROJEKTI

(Vpišite naslov seminarja v slovenščini in ga povežite z novo stranjo, kjer bo povzetek. Na tej novi strani naj bo pod naslovom povezava do wiki strani študentske ekipe, katere projekt opisujete.)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/SynPlode SynPlode] (Leila Bohorč)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PETal:_izdelovanje_eteričnega_olja_sandalovine_iz_PET_plastike PETal: izdelovanje eteričnega olja sandalovine iz PET plastike] (Lara Krampač)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PET_TWINS:_Praktična_uporaba_PETaze_za_učinkovitejše_recikliranje_plastike PET TWINS: Praktična uporaba PETaze za učinkovitejše recikliranje plastike] (Tina Urh)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/CAU-China:_Nodulska_tovarna_DHA_in_EPA CAU-China: Nodulska tovarna DHA in EPA] (Luka Fink)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/nuCloud:_Nov_oblak_za_shranjevanje_podatkov_na_osnovi_nukleotidov nuCloud: Nov oblak za shranjevanje podatkov na osnovi nukleotidov] (Aleš Poljanšek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Nova_metoda_diagnosticiranja_multiple_skleroze_-_miRADAR Nova metoda diagnosticiranja multiple skleroze - miRADAR] (Petja Premrl)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Biostimulant_za_rast_rastlin_na_Luni_–_BioMoon Biostimulant za rast rastlin na Luni – BioMoon] (Žan Žnidar)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=CAPTURE:_Boj_proti_oku%C5%BEbam_s_Pseudomonas_aeruginosa_z_nosilci_protimikrobnih_peptidov&action=edit&redlink=1 Boj proti okužbam s Pseudomonas aeruginosa z nosilci protimikrobnih peptidov - CAPTURE] (Metka Rus)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/REPARO REPARO] (Lina Kopač)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Tarakate Tarakate] (Pia Špehar)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Heartecho:_presejalni_test_za_raka_pri_pacientih_po_miokardnem_infarktu Heartecho: presejalni test za raka pri pacientih po miokardnem infarktu] (Zarja Doberšek)
# [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Synhesion Synhesion] (Janja Bohte)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Rebolutionaries Rebolutionaries] (Mia Kobal)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PrymDetect PrymDetect] (Pia Trošt)
# [https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/PICasSO: Uporaba CRISPR/Cas v 3D genetskem inženirstvu preko programabilnih interakcij DNA-DNA] (Zarja Weingerl)

Povzetki v slovenščini naj imajo 1200-1500 besed (viri v to vsoto ne štejejo). Povzetek je treba objaviti dva dni pred predstavitvijo do polnoči (za seminarje v torek torej najkasneje v ponedeljek). Predstavitev seminarja naj bo dolga 15 minut (13-17). Sledila bo približno 5-minutna razprava.

Terminski razpored bo razviden iz preglednice na strežniku Google Drive.

Kako je videti končni seznam seminarjev, lahko preverite pri lanskem letniku: [[Seminarji_SB_2023/24]].

BIO2 Povzetki seminarjev 2021

2021-11-19T19:54:18Z

Zarja Weingerl: /* POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2021/22 */

= POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2021/22 =
==Pia Mencin - Akonitaza in njena vloga v celici==

Načeloma pripisujemo določenemu proteinu eno funkcijo, poznamo pa tudi proteine, ki imajo dve popolnoma različni nalogi v celici. To so tako imenovani »moonlighting proteins« oziroma večnamenski proteini. Tak večnamenski protein je tudi citosolna akonitaza (cAcn). Ko je nanj vezana prostetična skupina: Fe-S kletka, deluje kot katalizator pretvorbe citrata v izocitrat. Ob razdružitvi Fe-S kletke deluje kot IRP1 (odzivni protein za železo). Ta ima zmožnost vezave na mRNA proteinov, ki sodelujejo pri metabolizmu železa, ter tako zagotavlja homeostazo železa v celici. Ob razdružitvi kletke cAcn in nastanku apoencima znanega kot IRP1 pride do konformacijskih sprememb v proteinu pri katerih nastane mesto za vezavo na IRE (odzivni element za železo), to je reža, ki na novo nastane med domenama 3 in 4 cAcn.
Poleg citosolne poznamo tudi mitohondrijsko akonitazo (mAcn), ki je njena izooblika. Sodeluje v TCA ciklu, in sicer katalizira pretvorbo citrata v izocitrat, ter ščiti mtDNA pred oksidativnimi poškodbami.
Proteina sta tarča ROS, ti ju poškodujejo (oksidirajo) in inaktivirajo. mAcn ob inaktivaciji z ROS posredno inhibira nastanek ROS v mitohondriju in tako deluje kot regulator oksidativnega stresa. Za preprečevanje kopičenja oksidirane mAcn v mitohondriju poskrbi Lon proteaza.
Izocima mAcn ter cAcn sta še en izmed mnogih dokazov kako natančno nadzorovano in prepleteno je delovanje procesov v celici.

==Marko Kovačić - Vloga citokinov poddružine IL-1 pri regulaciji glikolize in njihov vpliv na bolezni, povezane z glikolizo==

Citokini so proteini z majhno molekulsko maso (približno 5-25 kDa), ki so pomembni v celičnem signaliziranju. Delujejo tako, da se vežejo na specifične membranske receptorje in s tem regulirajo transkripcijo genov ali njihovih transkripcijskih faktorjev. Tako sprožijo imunski odziv na vnetje, infekcijo ali na druga stanja. S svojimi signalnimi mehanizmi kontrolirajo rast in aktivnost drugih celic imunskega sistema ter krvnih celic. Interlevkini so skupina citokinov, ki imajo različne funkcije, predvsem so pomembni pri komunikaciji med celicami imunskega sistema, pri vnetnih in imunomodulatornih procesih. Citokini IL-1a, IL-1β, IL-1Ra in IL-33 so zelo pomembni člani družine interlevkinov interlevkin-1 (IL-1). Številne raziskave so pokazale, da je ta poddružina interlevkinov pomembna pri regulaciji glikolize, tj. poti, ki je pomembna za pridobivanje energije v obliki ATP. Glikolizo lahko regulirajo na nivoju vnosa glukoze v celice ali pa na nivoju reguliranja glikolitičnih encimov, ker se njihove signalne poti prepletajo s signalnimi potmi, ki so ključne pri regulaciji glikolize. Disregulacija glikolize lahko vodi do številnih bolezni (rak, diabetes tipa 2, reumatoidni artritis, osteoartritis, astma), poddružina IL-1 pa z regulacijo glikolize lahko vpliva na potek le-teh. Vpliv na delovanje citokinov IL-1a, IL-1β, IL-1Ra in IL-33 tako daje številne možnosti pri zdravljenju z glikolizo povezanih bolezni in prav to je predmet številnih raziskav.

==Janja Bohte - Vloga in regulacija aerobne glikolize pri hepatocelularnem karcinomu==

Rak jeter je šesta najpogostejša oblika raka na svetu. Kar 90% primarnih rakov jeter predstavlja hepatocelularni karcinom (HCC). Za zdravljenje te bolezni se med drugim uporabljalo zdravila za zaviranje specifičnih signalnih poti, ki so odgovorne za rast tumorja. Tako zdravilo je sorafenib, zaviralec tirozin kinaze, na katerega organizem zaradi povečane aerobne glikolize v nekem časovnem obdobju razvije odpornost. Aerobna glikoliza oziroma Warburgov učinek je pojav, ko tumorske celice pretvarjajo glukozo v laktat kljub zadostni količini kisika. Prehod z metabolične poti oksidativne fosforilacije na pot glikolize pri HCC spodbuja celično proliferacijo ter ponuja ugodno mikrookolje za napredovanje tumorja. Odgovorna je za regulacijo invazije, metastaze, angiogeneze in odpornosti na zdravila pri HCC. Mehanizem Warburgovega učinka je kompleksen, pomembno vlogo pa imajo trije encimi, ki sodelujejo v sami presnovi glukoze: heksokinaza 2 (HK2), fosfofruktokinaza 1 (PFK1) in piruvat kinaza tipa M2 (PKM2). Ti so regulirani na več načinov in s številnimi transkripcijskimi faktorji ter metaboličnimi potmi, kot so AMPK, PI3K/Akt metabolična pot, HIF-1α, c-Myc ter nekodirajoče RNA. Zaradi pomembne vloge glikolize pri napredovanju tumorja, je usmerjanje na glavne dejavnike na tej poti, kot je inhibicija HK2, PFK ali PKM2, ključnega pomena za razvoj novih terapevtskih pristopov za zdravljenje HCC.

==Urša Štefan - Signalizacija STING - obseg delovanja in povezava z rakavimi obolenji==

Pojav dvovijačne DNA v citosolu je v celici največkrat pokazatelj celične abnormalnosti – virusne okužbe, poškodbe dednega materiala, oksidativnega stresa ali rakave transformacije. Celice so zato razvile načine zaznavanja prisotnosti DNA v citosolu. Eden izmed takšnih je signalna pot STING. Protein ciklična GMP-AMP sintetaza po vezavi z DNA sintetizira cGAMP, ki aktivira protein STING, vezan v membrani endoplazmatskega retikuluma. Ta se transportira do Golgijevega aparata, kjer mu vezava kinaze TBK1 omogoča aktivacijo transkripcijskih faktorjev IRF3 in NF-κB za citokine. Poleg odziva na citosolno DNA protein STING sodeluje tudi v regulaciji celičnega metabolizma, celičnega cikla, pri indukciji avtofagije, regulaciji ravni kalcija in kot senzor poškodb DNA. Zaradi svojega velikega obsega delovanja je signalna pot STING tarča razvoja številnih zdravil, ki pa je do zdaj bil le delno uspešen. Članek opiše signalno pot STING, njene funkcije v celici in na kratko povzame vlogo signalne poti pri zdravljenju rakavih obolenj.

==Hana Glavnik - S-glutationilacija proteinov kot globalni inhibitor celičnega metabolizma za zmanjšanje občutljivosti signalov vodikovega peroksida==

S-glutationilacija proteinov ima v celici pomembno vlogo. Ob zvišanju koncentracije reaktivnih kisikovih spojin (ROS), se v celici vzpostavi stanje oksidativnega stresa. Ker so za celico te spojine toksične, je razvila mehanizme, ki ji pomagajo uravnavati njihovo koncentracijo in zaščitijo ostale spojine v celici pred ireverzibilno oksidacijo. Najbolj pomembna spojina med ROS je vodikov peroksid, ki ima poleg toksičnih vplivov tudi lastnosti sekundarnega sporočevalca. Ob nastopu oksidativnega stresa v celici in povišane koncentracije vodikovega peroksida, zaznata signale encima GRX1 in GRX2, ki glutationilirata proteine z vezavo glutationa (GSH) na tiolne skupine cisteinov (-SH) in jih tako zaščitita pred poškodbami. Hkrati se s potekom S-glutationilacije aktivirajo tiste metabolične poti, pri katerih nastajajo antioksidanti, največkrat NADPH, ki pomagajo razgraditi vodikov peroksid in ostale ROS spojine. Tiste poti, pri katerih nastajajo ROS spojine so inhibirane s strani S-glutationilacije, dokler ne pride do signala, ki ga sprejmeta GRX1/2. To sproži njune deglutationilacijske aktivnosti in z deglutationilacijo encimov se stanje v celici se normalizira in metabolične poti lahko potekajo nemoteno.

==Tinkara Butara - Transmembranska signalizacija v bakterijskih kemoreceptorjih==
Kemotaksija je oblika gibanja, kjer se organizem giba k ugodnemu kemijskemu gradientu ali stran od toksičnega oziroma neugodnega. Oblika gibanja je značilna za premikajoče se bakterije in arheje. Kemotaksija igra pomembno vlogo pri iskanju hrane, oblikovanju biofilma in tudi pri patogenezi. Takšno gibanje, s prepoznavanjem različnih kemijskih zvrsti, nadzorujejo kemoreceptorji. To so transmembranski proteini, ki vežejo snovi iz okolice in tako sprožijo nadaljnjo signalizacijo znotraj celice, ta pa vodi do spremembe v rotaciji bička. Vezava ugodne signalne molekule vodi do konformacijskih sprememb v kemoreceptorju, ki preprečijo avtofosforilacijo kinaze CheA, ki omogoča fosforilacijo proteina CheY. Fosforiliran CheY se namreč veže na motor bička in tako spremeni njegovo rotacijo iz nasprotne smeri urinega kazalca v smer urinega kazalca. Ko biček rotira v smeri urinega kazalca, to spodbudi naključno gibanje v prostoru, ki na novo orientira bakterijsko celico. Če biček rotira v nasprotni smeri urinega kazalca, pa se celica giba naravnost proti ugodnemu kemijskemu gradientu. Prilagoditev na signal nadzorujejo regulatorni proteini (CheR, CheB, za zaključek signala pa je pomemben protein CheZ, ki hidrolizira CheY-P. Kemoreceptorji se nahajajo na polih bakterijske celice in se združujejo v skupke, kar predstavlja dodatno možnost prilagoditve na kemijski signal.

==David Valte - Jedrni hormonski receptorji in izražanje genov==

Jedrni hormonski receptorji (NHR) so poleg g-proteinov, receptorjev z encimsko aktivnostjo in ionskih kanalčkov le še eden od načinov biosignalizacije, ki pa se po načinu delovanja od drugih precej razlikuje. Jedrni hormonski receptorji neposredno vplivajo na transkripcijo in tako posledično tudi na izražanje genov. Z vezavo ligandov, kot so na primer vitamin d, retinoidni hormoni, tiroidni hormoni in steroidi, na receptor, pride na hormonskih receptorjih do konformacijskih sprememb. Spremembe v konformaciji receptorja pa omogočajo interakcije receptorja s specifičnimi sekvencami DNA. Te sekvence imenujemo hormonski odzivni elementi HRE/HREs, HRE se ponavadi nahajajo znotraj promotorja tarčnega gena, na teh mestih NHR delujejo kot aktivatorji transkripcije DNA. Transkripcija DNA povzroči nastanek mRNA z zapisom za nastanek proteinov, katere celica potrebuje, preko teh pa se lahko odzove na zunanje motnje. Prepoznavo zaporedij HRE in vezavo na DNA omogoča specifična sestava jedrnih receptorjev. Te so sestavljeni iz večih domen, vsaka od teh ima specifično funkcijo brez katere delovanje NR ni mogoče. Posebne domene omogočajo prepoznavo HRE, vezavo na DNA in dimerizacijo z drugimi NR. Na hormonske odzivne elemente se lahko NHR vežejo v obliki monomerov, lahko pa se NHR-ji vežejo drug z drugim, tako nastajajo dimeri. Dimeri omogočajo drugačne afinitete za vezavo z DNA.

==Alliana Kolar - Pomen upravljanja z agonisti, antagonisti in signalnimi modulatorji receptorjev abscizinske kisline (ABA) v agronomiji==
Abscizinska kislina (ABA) je naravno prisoten rastlinski hormon, katerega koncentracija se poviša, ko je rastlina pod vplivom stresa in se na stres tudi odzove. Igra vlogo pri zapiranju listnih rež, ko rastlini primanjkuje vode, inhibira kalitev, spodbuja dormanco, vpliva na cvetenje, staranje listov, zorenju plodov ipd. Ker je sintetična ABA nestabilna in ob zunanjem nanosu ne pokaže vpliva na rastlino, je potrebno z modeliranjem antagonistov oziroma agonistov sintetizirati analoge, ki bi bodisi promovirali/oponašali ali zavirali njeno delovanje. Z njimi bi agronomi lahko manipulirali na delovanje rastline in imeli nadzor nad njim, kar bi posledično prineslo večji donos zaradi večje količine in kakovosti proizvodov. Za to pa je potrebno dobro poznati molekulo in njeno biokemijsko delovanje ob signalizaciji in tudi druge spojine, s katerimi regulira procese v rastlini. Ker pa je to področje še dokaj neraziskano in nepojasnjeno, je zelo težko najti prave analoge in dodatno sintetizirati še boljše. Vendar pa po odkritju sintetične molekule pirabaktin, ki je delovala kot primeren agonist, so odkrili še 14 receptorjev ABA, imenovanih PYR (Pyrabactin Resistance)/PYR-like/(RCARs)Regulatory Components of ABA Receptors in s tem še boljše razumeli delovanje ABA in njene signalizacije.

== Gaja Starc - Medsebojni vpliv vodikovega sulfida in drugih signalnih molekul pri uravnavanju signaliziranja celic zapiralk in odzivu na abiotski oziroma biotski stres==

Vse daljša sušna obdobja, visoke temperature in nizka vlažnost, od pritrjenih organizmov zahtevajo prilagoditve, s katerimi lahko izboljšajo uporabo energije in kemijskih virov v raznovrstnih razmerah. Kot mehanizem, ki omogoča nadzor nad ravnotežjem med izgubo vode in izmenjavo plinov, so rastline v krovnih tkivih razvile aktivno regulirane odprtine – reže. Reže so ključne za fiksacijo atmosferskega ogljika pri fotosintezi, hkrati pa rastline zaradi rež izgubijo 95 % vode v ozračje. Regulacija premikanja listnih rež je ključna za uspešno rast in razvoj rastline. Premikanje rež je tesno povezano z zaporedjem kompleksnih procesov zaznavanja, prenosa in uravnavanja signalov v celicah zapiralkah. Vodikov sulfid (H2S) uravnava premikanje celic zapiralk in sodeluje pri uravnavanju in prenosu signalov v organizmih ter tako sodeluje pri prilagajanju rastline na spremembe v okolju in odzivih na abiotski oziroma biotski stres. Novejše študije pri navadnem repnjakovcu (''Arabidopsis thaliana'') so pokazale, da zunanji H2S spodbuja zapiranje listnih rež, pri čemer sodeluje s fitohormoni in signalnimi molekulami. Glavna signalna pot, pri kateri sodeluje, je persulfidacija proteinov – post-translacijska modifikacija pri kateri so tiolne skupine cisteinskih ostankov modificirane v persulfidne. Sodeluje tudi pri uravnavanju aktivnosti ionskih kanalčkov v celicah zapiralkah, ki so ključni pri nadzoru premikanja listnih rež in pomaga omiliti oksidativni stres z vplivom na koncentracijo reaktivnih kisikovih zvrsti v celicah zapiralkah.

== Andraž Rotar - Vloga signalne poti JAK/STAT in njeni inhibitorji pri človeških boleznih==
Signalna pot kinaze janus (angl. janus kinase-JAK) in signalnega prenašalca in aktivatorja transkripcije (angl. signal transducer and activator of transcription-STAT), krajše JAK/STAT, je prisotna v večini večceličnih organizmih. Mehanizem poti je eleganten in presenetljivo preprost način, s katerim zunajcelični faktorji povzročijo gensko izražanje. Prepisani geni so nujni pri bioloških procesih kot so celična rast, diferenciacija, apoptoza in imunskem odzivu. Signalizacija JAK/STAT je v celici močno regulirana. Primarni regulatorji spadajo v tri skupine, in sicer med zaviralce citokinske signalizacije (angl. suppressor of cytokine signaling-SOCS), proteinske inhibitorje aktiviranih STAT (angl. protein inhibitors of activated STAT-PIAS) in protein tirozinske fosfataze (angl. protein tyrosine phosphatase-PTP). Če se v organizmu pojavi okvara signalne poti ali njene regulacije to privede do raznih avtoimunih bolezni kot so revmatoidni artritis, Parkinsonova bolezen ter multipla skleroza. Ker pa pot nadzira tudi celični cikel, lahko mutacije genov, odgovornih za sintezo sestavnih delov poti, privedejo do rakavih obolenj. Da bi se z temi patološkimi stanji lahko spopadali, raziskovalci z veliko vnemo iščejo nove vedno boljše inhibitorje signale poti. Do ne daljnega smo poznali le inhibitorje za JAK, sedaj pa jih razvijajo tudi za STAT. V seminarski nalogi so predstavljeni vsi zgoraj našteti proteini, patološka stanja povezana z JAK/STAT, ter inhibitorji za njihovo zdravljenje.

== Pia Špehar - Integrini in njihova vloga pri vezikularnem transportu==
Integrini so adhezijski receptorski proteini, zgrajeni iz dveh podenot. Imajo mnogo različnih funkcij, in sicer povezujejo citoskelet in zunajcelični matriks, s tem posledično povežejo notranjost celice z njeno okolico. Delujejo kot prenašalci signalov in spodbujevalci celične proliferacije in preživetja. Sodelujejo pri imunskem odzivu, apoptozi, celični diferenciaciji, mnoge raziskave pa so pokazale, da so ključni tudi pri signalizaciji in regulaciji vezikularnega transporta. Ključno vlogo imajo pri eksocitozi biosintetskih in sekretornih veziklov, saj nase vežejo mikrotubule in preko njih usmerjajo vezikle do celične površine. Sodelujejo tudi pri procesu degranulacije v trombocitih in levkocitih, pri agregaciji trombocitov in posledično pri hemostazi, ki je prva stopnja celjenja ran. V citotoksičnih limfocitih prepoznava antigena na tarčni celici povzroči sidranje mikrotubulov na integrine. Ti se nato povežejo z medcelično adhezijsko molekulo in tako sprožijo prenos signala za celično smrt tarčne celice. V trombocitih pa integrin-posredovana degranulacija α-granul omogoči agregacijo trombocitov in s tem nastanek krvnega strdka, ki zaustavi krvavitev. Integrini sodelujejo tudi pri endocitozi, in sicer pri vnosu virusov in zunajceličnih veziklov v celico. V celico se lahko prenese virus, vsebina veziklov ali pa samo signal, ki sproži nadaljnje procese znotraj celice. Pomembni so tudi za prenos signalov pri endocitotskem recikliranju receptorjev tirozin kinaz (RTK).

==Tina Urh - Nevrotransmiterji, agonisti in antagonisti receptorjev kot tarča zdravljenja==
Nevrotransmiterji acetilholin, norepinefrin, dopamin, serotonin, subtanca P, GABA in glutamat posredujejo stimulatorne ali inhibitorne živčne funkcije preko vezave na specifične receptorje. Izločajo se iz avtonomnih živcev, ganglijev, nadledvične žleze, rakavih celic in celic imunskega sistema. Spremenjena komunikacija med živčnim in imunskim sistemom in uporaba receptorskih agonistov/antagonistov je vedno pogosteje tarča zdravljenja nevrodegenerativnih, imunopatoloških in avtoimunskih bolezni. E in NE sta stresna hormona in interagirata z α in β adrenergičnimi receptorji; aktivacija β2-AR (agonist izoprotenerol) spoodbuja rast tumorja. Blokira jo antagonist propranolol. GABA je pomirjevalo in antidiabetično sredstvo, stimulira rakavo proliferacijo preko GABAA; A receptorski agonist je muscimol. Vendar pa je vpliv GABA odvisen od tipa raka in receptorja. Serotonin (5-HT) ima vlogo vazokonstriktorja; proizvajajo ga imunske celice. Antagonisti 5-HT2AR imajo antipsihotične in antidepresivne lastnosti. Povečanje števila receptorjev 5-HT1A kaže na zaviranje izločanja serotonina in posledično povečano depresivnost. Dopamin oz. agonisti DA receptorjev izkazujejo inhibitorni efekt na rast tumorja. Neselektivni agonisti so učinkoviti za zdravljenje bolezni CŽS. Tudi vloge dopamin receptorjev so specifične glede na tip tumorja. Substanca P spada v družino nevropeptidov in spodbuja razvoj raka. Inhibicija receptorja NK-1 s specifičnimi antagonisti povzroči antitumorske učinke. Glutagonski agonisti lahko sprožijo smrt T celic, odvečni Glu vpliva na razvoj epilepsije in raka. Za zdravljenje bi se lahko uporabljalo inhibitorje mGluR1.

== Katja Resnik - Signalna omrežja, ki povzročajo raka ==
Normalno delovanje vsake posamezne celice in posledično organizma kot celote nam omogočajo številni procesi, kjer je ključnega pomena njihova regulacija. Tako lahko spremenjene signalne poti, ki v naših celicah uravnavajo predvsem procese celične proliferacije, diferenciacije, apoptoze in na splošno celičnega cikla privedejo do številnih bolezni, med drugim tudi do razvoja raka. Dve ključni poti, ki sta pri večini človeških oblik raka napačno regulirani sta signalni poti RAS in APC. RAS proteini so vrsta G proteinov, ki regulirajo normalen potek celičnega cikla preko povezovanja z efektorskimi proteini. Onkogene oblike RAS proteinov, ki so posledica mutacij, povzročijo njihovo nenehno aktivnost, kar vodi v transformacijo signalne poti. Ta se odraža v izražanju genov, ki se sicer naj ne bi izražali, kar lahko vodi v nenehno spodbujanje celične proliferacije. Po drugi strani pa do podobnega učinka pride tudi zaradi napak v signalni poti APC, ko okvarjen protein APC ne more več opravljati funkcije zmanjševanja koncentracije ključnega proteina za regulacijo in prehod iz faze celične proliferacije v fazo diferenciacije in staranja celic. Proučevanje takšnih signalnih poti nam omogoča spoznavanje vplivov določenih mutacij na posamezne procese in njihovo prispevanje k razvoju raka. Pomembno je le, da na signalne poti gledamo kot na prepletena omrežja, kar lahko ključno prispeva k razvoju uspešnih zdravil in metod zdravljenja omenjene bolezni.

== Nuša Kos Thaler - Motnje metabolizma glikogena in njihove posledice ==
Glikogen je makromolekula, sestavljena iz enot glukoze, ki jo najdemo predvsem v jetrih in mišicah. Njegov metabolizem je ključnega pomena za pridobivanje in shranjevanje energije v človeškem telesu. Če ne deluje pravilno, lahko povzroča različne bolezni, ki jim s skupnim imenom rečemo bolezni kopičenja glikogena (glycogen storage diseases – GSD). Te so praviloma genetske in povezane z mutacijami genov, ki kodirajo encime za sintezo, razgradnjo ali regulacijo dolžine glikogenskih verig. Pri bolezni kopičenja glikogena tipa I je mutiran encim α-glukoza-6-fosfataza, ki katalizira pretvorbo iz glukoze-6-fosfata v glukozo, kar lahko povzroči hipoglikemijo pacientov. Pri bolezni kopičenja glikogena tipa II je mutiran encim za razgradnjo glikogena v lizosomu (kisla α-glukozidaza). Zaradi neaktivnosti encima se glikogen ne more razgraditi in se nalaga v lizosomih. Če ti počijo, lahko poškodujejo celico, kar privede do mnogih okvar v telesu, predvsem do progresivne mišične oslabelosti. Zelo poseben tip bolezni je Laforina bolezen, kjer se pokaže pomembnost glikogena še v drugih organih, možganih. Pri njej se zgodijo mutacije na genih za laforin in malin, ki skupaj regulirata dolžine stranskih verig glikogena. Pogosta posledica so epileptični napadi. Kljub mnogim raziskavam na tem področju najučinkovitejših rešitev za zdravljenje omenjenih bolezni še nismo odkrili.

== Karidia Kolbl - Metabolizem možganskega glikogena; povezava z motnjami spanja in glavobolom ==
Povezava med funkcijo spanja in nevropsihiatričnimi boleznimi, kot je depresija, ter nevrološkimi motnjami v obliki migren, je danes raziskovano a precej neopredeljeno področje. Nedavne študije so pokazale, da med spancem obnavljamo zaloge glikogena, ki jih med budnostjo porabimo. Kasneje pa so ugotovili, da pomanjkanje spanca povzroča povišano količino možganskega glikogena, kar opisuje “glikogenetska” hipoteza. Ta pravi, da sinteza in poraba glikogena potekata med budnostjo so časno, medtem ko upad prenosa vzdražnostnih signalov med nevroni v stanju spanja ustvarja neravnovesje. Zmanjšana aktivnost se odraža v kopičenju glikogena med spanjem. Njegova vloga je namreč energijsko zalagati celice, še posebej med aktivno nevrološko signalizacijo (sinaptične povezave) in s tem vzpostavljati koncentracijo kalija in glutamata. Pri osebkih, ki pa jim spanca primanjkuje, prihaja do transkripcijskih sprememb, kar lahko povzroča migrene. Njihova raven možganskega glikogena je namreč znatno manjša in so posledično nezmožni ohranjati ustrezne količine kalija in glutamata znotraj in zunaj celic. To se odraža v kortikalni depolarizaciji, ki se širi po možganski skorji med živčnimi vlakni in se elektrofiziološko gledano povezuje z avro (drugo fazo) migrene. Namen seminarske naloge je torej pregled nekaterih ugotovitev in domnev v zvezi z glikogenezo in glikogenolizo, ter posledicami njune aktivnosti.

==Zarja Weingerl - Sukcinat in njegova vloga v metabolizmu==
Sukcinat ima v Krebsovem ciklu vlogo enega od intermediatov. Gre za dianion dikarboksilne kisline, torej se od sukcinske kisline razlikuje le v številu dveh H atomov na karboksilnih skupinah. Njegova vloga v metabolizmu pa ni omejena le na Krebsov cikel. Je namreč pomemben medcelični komunikator ter vpliva na vnetni odziv organizma. Veže se na receptor GPR91, ki je eden od regulatornih modulatorjev pri različnih podskupinah celic, in sodeluje pri regulaciji krvnega tlaka. Sukcinat je lahko eden od vzrokov za nastanek psevdohipoksičnega stanja, ki nastane zaradi aktivacije hipoksijske signalne poti kljub zadostni meri kisika. Deluje lahko kot kemoatraktant (snov, ki inducira premike). Zaradi njegove povezave z GABA šantom (poteka tudi v anaerobnih pogojih) pa sinteza sukcinata ni odvisna le od anaerobnih pogojev, ki so potrebni za delovanje Krebsovega cikla. Sukcinat deluje kot promotor metilacije DNA, ter vpliva na potek sukcinilacije. Sukcinilacija je posttranslacijska modifikacija pri kateri pride do vezave sukcinilnih skupin na lizinske ostanke. Da je zmožen opravljati vse te in še mnoge druge naloge igra pomembno vlogo njegov transport. Transportira se lahko preko obeh membran mitohondrija, ter tako prispe v citosol, možen pa je tudi njegov transport v medcelični prostor.

BIO2 Seminar 2021

2021-11-11T07:19:44Z

Zarja Weingerl: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''priimek, ime'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''poglavje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum predstavitve'''
|-
| Valte, David||12||Jedrni hormonski receptorji in izražanje genov||Mitkov, Kostadin||Brdnik, Nuša||29/10/21||01/11/21||03/11/21
|-
| Kolar, Alliana||12||Pomen upravljanja z agonisti, antagonisti in signalnimi modulatorji receptorjev abscizinske kisline (ABA) v agronomiji||Vukšinić, Ivana||Premrl, Petja||29/10/21||01/11/21||03/11/21
|-
| Glavnik, Hana||12||S-glutationilacija proteinov kot globalni inhibitor celičnega metabolizma za zmanjšanje občutljivosti signalov vodikovega peroksida||Kovač, Ela||Kavčič, Ema||29/10/21||01/11/21||03/11/21
|-
| Štefan, Urša||12||Signalizacija STING - obseg delovanja in povezava z rakavimi obolenji||Vujović, Nataša||Zajec, Tina||29/10/21||01/11/21||03/11/21
|-
| Butara, Tinkara||12||Transmembranska signalizacija v bakterijskih kemoreceptorjih||Sotlar, Špela||Žnidar, Žan||29/10/21||01/11/21||03/11/21
|-
| Špehar, Pia||12||Integrini in njihova vloga pri vezikularnem transportu||Trošt, Pia||Rus, Metka||05/11/21||08/11/21||10/11/21
|-
| Urh, Tina||12|| Nevrotransmiterji, agonisti in antagonisti kot tarča zdravljenja ||Maučec, Ana||Loborec, Mark||05/11/21||08/11/21||10/11/21
|-
| Rotar, Andraž||12||Vloga signalne poti JAK/STAT in njeni inhibitorji pri človeških boleznih||Priveršek, Maj||Kastelic, Ana||05/11/21||08/11/21||10/11/21
|-
| Starc, Gaja||12||Medsebojni vpliv vodikovega sulfida in drugih signalnih molekul pri uravnavanju signaliziranja celic zapiralk in odzivu na abiotski oziroma biotski stres||Spruk, Teja||Možina, Gašper||05/11/21||08/11/21||10/11/21
|-
| Resnik, Katja||12||Signalna omrežja, ki povzročajo raka||Deutsch, Maja||Sotlar, Pia||05/11/21||08/11/21||10/11/21
|-
| Bohte, Janja||14-15||Vloga in regulacija aerobne glikolize pri hepatocelularnem karcinomu||Valte, David||Mitkov, Kostadin||12/11/21||15/11/21||17/11/21
|-
| Miklošič, Maja||14-15||||Kolar, Alliana||Vukšinić, Ivana||12/11/21||15/11/21||17/11/21
|-
| Kovačić, Marko||14-15||Vloga citokinov poddružine IL-1 pri regulaciji glikolize in njihov vpliv na bolezni, povezane z glikolizo||Glavnik, Hana||Kovač, Ela||12/11/21||15/11/21||17/11/21
|-
| Kolbl, Karidia||14-15||Metabolizem možganskega glikogena; povezava z motnjami spanja, glavobolom in depresijo||Štefan, Urša||Vujović, Nataša||12/11/21||15/11/21||17/11/21
|-
| Kos Thaler, Nuša||14-15||Motnje metabolizma glikogena in njihove posledice||Butara, Tinkara||Sotlar, Špela||12/11/21||15/11/21||17/11/21
|-
| Ažbe, Klara||16||Vpliv metabolitov Krebsovega cikla na fiziologijo in bolezni||Špehar, Pia||Trošt, Pia||19/11/21||22/11/21||24/11/21
|-
| Jerič, Sara||16||||Urh, Tina||Maučec, Ana||19/11/21||22/11/21||24/11/21
|-
| Mencin, Pia||16||||Rotar, Andraž||Priveršek, Maj||19/11/21||22/11/21||24/11/21
|-
| Weingerl, Zarja||16||Sukcinat in njegova vloga v metabolizmu||Starc, Gaja||Spruk, Teja||19/11/21||22/11/21||24/11/21
|-
| Kartal, Ena||16||Metabolizem lipoične kisline in mitohondrijska redoks regulacija||Resnik, Katja||Deutsch, Maja||19/11/21||22/11/21||24/11/21
|-
| Struna, Gašper||17||||Bohte, Janja||Valte, David||26/11/21||29/11/21||01/12/21
|-
| Špenko, Andrej||17||||Miklošič, Maja||Kolar, Alliana||26/11/21||29/11/21||01/12/21
|-
| Zevnik, Urša||17||Metabolizem možganskih celic med spanjem||Kovačić, Marko||Glavnik, Hana||26/11/21||29/11/21||01/12/21
|-
| Peternel, Neža||17||Pomen karnitina za zdravje in normalno delovanje organizma||Kolbl, Karidia||Štefan, Urša||26/11/21||29/11/21||01/12/21
|-
| Vidmar, Nik||17||Delovanje in pomen ketonskih telesc||Kos Thaler, Nuša||Butara, Tinkara||26/11/21||29/11/21||01/12/21
|-
| Trebušak, Jan||18||||Ažbe, Klara||Špehar, Pia||03/12/21||06/12/21||08/12/21
|-
| Kores, Lana||18||||Jerič, Sara||Urh, Tina||03/12/21||06/12/21||08/12/21
|-
| Razdevšek, Miha||18||||Mencin, Pia||Rotar, Andraž||03/12/21||06/12/21||08/12/21
|-
| Javeršek, Tina||18||Nedavni napredek pri zdravljenju hiperamoniemije||Weingerl, Zarja||Starc, Gaja||03/12/21||06/12/21||08/12/21
|-
| Kočman, Klara||18||||Kartal, Ena||Resnik, Katja||03/12/21||06/12/21||08/12/21
|-
| Jošt, Lev||19||||Struna, Gašper||Bohte, Janja||10/12/21||13/12/21||15/12/21
|-
| Razboršek, Klara||19||Regulacija apoptoze v zdravju in bolezni: uravnoteženo delovanje BCL-2 proteinov ||Špenko, Andrej||Miklošič, Maja||10/12/21||13/12/21||15/12/21
|-
| Rapuš, Špela||19||||Zevnik, Urša||Kovačić, Marko||10/12/21||13/12/21||15/12/21
|-
| Mencigar, Maša||19||Reaktivne kisikove zvrsti in njihova vloga pri rakavih obolenjih||Peternel, Neža||Kolbl, Karidia||10/12/21||13/12/21||15/12/21
|-
| Ivošević, Vanja||19||||Vidmar, Nik||Kos Thaler, Nuša||10/12/21||13/12/21||15/12/21
|-
| Kogovšek, Jan||20||Karbonska anhidraza in molekularna evolucija C4 fotosinteze||Trebušak, Jan||Ažbe, Klara||||||
|-
| Brdnik, Nuša||20||Mehanizmi šaperonov encima Rubisco||Kores, Lana||Jerič, Sara||||||
|-
| Premrl, Petja||20||||Razdevšek, Miha||Mencin, Pia||||||
|-
| Kavčič, Ema||20||Zaloga ogljika za sintezo celične stene in regulacija sinteze||Javeršek, Tina||Weingerl, Zarja||||||
|-
| Zajec, Tina||20||||Kočman, Klara||Kartal, Ena||||||
|-
| Žnidar, Žan||21||||Jošt, Lev||Struna, Gašper||||||
|-
| Rus, Metka||21||||Razboršek, Klara||Špenko, Andrej||||||
|-
| Loborec, Mark||21||||Rapuš, Špela||Zevnik, Urša||||||
|-
| Kastelic, Ana||21||||Mencigar, Maša||Peternel, Neža||||||
|-
| Možina, Gašper||21||||Ivošević, Vanja||Vidmar, Nik||||||
|-
| Sotlar, Pia||22||||Kogovšek, Jan||Trebušak, Jan||||||
|-
| Mitkov, Kostadin||22||||Brdnik, Nuša||Kores, Lana||||||
|-
| Vukšinić, Ivana||22||||Premrl, Petja||Razdevšek, Miha||||||
|-
| Kovač, Ela||22||||Kavčič, Ema||Javeršek, Tina||||||
|-
| Vujović, Nataša||22||||Zajec, Tina||Kočman, Klara||||||
|-
| Sotlar, Špela||23||||Žnidar, Žan||Jošt, Lev||||||
|-
| Trošt, Pia||23||||Rus, Metka||Razboršek, Klara||||||
|-
| Maučec, Ana||23||Vloga tiroidnih hormonov v kraniofacialnem razvoju||Loborec, Mark||Rapuš, Špela||||||
|-
| Priveršek, Maj||23||||Kastelic, Ana||Mencigar, Maša||||||
|-
| Spruk, Teja||23||||Možina, Gašper||Ivošević, Vanja||||||
|-
| Deutsch, Maja||23||||Sotlar, Pia||Kogovšek, Jan||||||
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada
Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali.
Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2021|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20–25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje ... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

BIO2 Seminar 2021

2021-11-09T08:48:04Z

Zarja Weingerl: /* Seznam seminarjev */

= Biokemijski seminar =
doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

== Seznam seminarjev ==
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''priimek, ime'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''poglavje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum oddaje'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum recenzije'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''datum predstavitve'''
|-
| Valte, David||12||Jedrni hormonski receptorji in izražanje genov||Mitkov, Kostadin||Brdnik, Nuša||29/10/21||01/11/21||03/11/21
|-
| Kolar, Alliana||12||Pomen upravljanja z agonisti, antagonisti in signalnimi modulatorji receptorjev abscizinske kisline (ABA) v agronomiji||Vukšinić, Ivana||Premrl, Petja||29/10/21||01/11/21||03/11/21
|-
| Glavnik, Hana||12||S-glutationilacija proteinov kot globalni inhibitor celičnega metabolizma za zmanjšanje občutljivosti signalov vodikovega peroksida||Kovač, Ela||Kavčič, Ema||29/10/21||01/11/21||03/11/21
|-
| Štefan, Urša||12||Signalizacija STING - obseg delovanja in povezava z rakavimi obolenji||Vujović, Nataša||Zajec, Tina||29/10/21||01/11/21||03/11/21
|-
| Butara, Tinkara||12||Transmembranska signalizacija v bakterijskih kemoreceptorjih||Sotlar, Špela||Žnidar, Žan||29/10/21||01/11/21||03/11/21
|-
| Špehar, Pia||12||Integrini in njihova vloga pri vezikularnem transportu||Trošt, Pia||Rus, Metka||05/11/21||08/11/21||10/11/21
|-
| Urh, Tina||12|| Nevrotransmiterji, agonisti in antagonisti kot tarča zdravljenja ||Maučec, Ana||Loborec, Mark||05/11/21||08/11/21||10/11/21
|-
| Rotar, Andraž||12||Vloga signalne poti JAK/STAT in njeni inhibitorji pri človeških boleznih||Priveršek, Maj||Kastelic, Ana||05/11/21||08/11/21||10/11/21
|-
| Starc, Gaja||12||Medsebojni vpliv vodikovega sulfida in drugih signalnih molekul pri uravnavanju signaliziranja celic zapiralk in odzivu na abiotski oziroma biotski stres||Spruk, Teja||Možina, Gašper||05/11/21||08/11/21||10/11/21
|-
| Resnik, Katja||12||Signalna omrežja, ki povzročajo raka||Deutsch, Maja||Sotlar, Pia||05/11/21||08/11/21||10/11/21
|-
| Bohte, Janja||14-15||Vloga in regulacija aerobne glikolize pri hepatocelularnem karcinomu||Valte, David||Mitkov, Kostadin||12/11/21||15/11/21||17/11/21
|-
| Miklošič, Maja||14-15||||Kolar, Alliana||Vukšinić, Ivana||12/11/21||15/11/21||17/11/21
|-
| Kovačić, Marko||14-15||Vloga citokinov poddružine IL-1 pri regulaciji glikolize in njihov vpliv na bolezni, povezane z glikolizo||Glavnik, Hana||Kovač, Ela||12/11/21||15/11/21||17/11/21
|-
| Kolbl, Karidia||14-15||Metabolizem možganskega glikogena; povezava z motnjami spanja, glavobolom in depresijo||Štefan, Urša||Vujović, Nataša||12/11/21||15/11/21||17/11/21
|-
| Kos Thaler, Nuša||14-15||Motnje metabolizma glikogena in njihove posledice||Butara, Tinkara||Sotlar, Špela||12/11/21||15/11/21||17/11/21
|-
| Ažbe, Klara||16||Vpliv metabolitov Krebsovega cikla na fiziologijo in bolezni||Špehar, Pia||Trošt, Pia||19/11/21||22/11/21||24/11/21
|-
| Jerič, Sara||16||||Urh, Tina||Maučec, Ana||19/11/21||22/11/21||24/11/21
|-
| Mencin, Pia||16||||Rotar, Andraž||Priveršek, Maj||19/11/21||22/11/21||24/11/21
|-
| Weingerl, Zarja||16||Povezovanje metabolitov krebsovega cikla z imunostjo in rakom||Starc, Gaja||Spruk, Teja||19/11/21||22/11/21||24/11/21
|-
| Kartal, Ena||16||||Resnik, Katja||Deutsch, Maja||19/11/21||22/11/21||24/11/21
|-
| Struna, Gašper||17||||Bohte, Janja||Valte, David||26/11/21||29/11/21||01/12/21
|-
| Špenko, Andrej||17||||Miklošič, Maja||Kolar, Alliana||26/11/21||29/11/21||01/12/21
|-
| Zevnik, Urša||17||Metabolizem možganskih celic med spanjem||Kovačić, Marko||Glavnik, Hana||26/11/21||29/11/21||01/12/21
|-
| Peternel, Neža||17||Pomen karnitina za zdravje in normalno delovanje organizma||Kolbl, Karidia||Štefan, Urša||26/11/21||29/11/21||01/12/21
|-
| Vidmar, Nik||17||Delovanje in pomen ketonskih telesc||Kos Thaler, Nuša||Butara, Tinkara||26/11/21||29/11/21||01/12/21
|-
| Trebušak, Jan||18||||Ažbe, Klara||Špehar, Pia||03/12/21||06/12/21||08/12/21
|-
| Kores, Lana||18||||Jerič, Sara||Urh, Tina||03/12/21||06/12/21||08/12/21
|-
| Razdevšek, Miha||18||||Mencin, Pia||Rotar, Andraž||03/12/21||06/12/21||08/12/21
|-
| Javeršek, Tina||18||Nedavni napredek pri zdravljenju hiperamoniemije||Weingerl, Zarja||Starc, Gaja||03/12/21||06/12/21||08/12/21
|-
| Kočman, Klara||18||||Kartal, Ena||Resnik, Katja||03/12/21||06/12/21||08/12/21
|-
| Jošt, Lev||19||||Struna, Gašper||Bohte, Janja||10/12/21||13/12/21||15/12/21
|-
| Razboršek, Klara||19||Regulacija apoptoze v zdravju in bolezni: uravnoteženo delovanje BCL-2 proteinov ||Špenko, Andrej||Miklošič, Maja||10/12/21||13/12/21||15/12/21
|-
| Rapuš, Špela||19||||Zevnik, Urša||Kovačić, Marko||10/12/21||13/12/21||15/12/21
|-
| Mencigar, Maša||19||Reaktivne kisikove zvrsti in njihova vloga pri rakavih obolenjih||Peternel, Neža||Kolbl, Karidia||10/12/21||13/12/21||15/12/21
|-
| Ivošević, Vanja||19||||Vidmar, Nik||Kos Thaler, Nuša||10/12/21||13/12/21||15/12/21
|-
| Kogovšek, Jan||20||Karbonska anhidraza in molekularna evolucija C4 fotosinteze||Trebušak, Jan||Ažbe, Klara||||||
|-
| Brdnik, Nuša||20||||Kores, Lana||Jerič, Sara||||||
|-
| Premrl, Petja||20||||Razdevšek, Miha||Mencin, Pia||||||
|-
| Kavčič, Ema||20||||Javeršek, Tina||Weingerl, Zarja||||||
|-
| Zajec, Tina||20||||Kočman, Klara||Kartal, Ena||||||
|-
| Žnidar, Žan||21||||Jošt, Lev||Struna, Gašper||||||
|-
| Rus, Metka||21||||Razboršek, Klara||Špenko, Andrej||||||
|-
| Loborec, Mark||21||||Rapuš, Špela||Zevnik, Urša||||||
|-
| Kastelic, Ana||21||||Mencigar, Maša||Peternel, Neža||||||
|-
| Možina, Gašper||21||||Ivošević, Vanja||Vidmar, Nik||||||
|-
| Sotlar, Pia||22||||Kogovšek, Jan||Trebušak, Jan||||||
|-
| Mitkov, Kostadin||22||||Brdnik, Nuša||Kores, Lana||||||
|-
| Vukšinić, Ivana||22||||Premrl, Petja||Razdevšek, Miha||||||
|-
| Kovač, Ela||22||||Kavčič, Ema||Javeršek, Tina||||||
|-
| Vujović, Nataša||22||||Zajec, Tina||Kočman, Klara||||||
|-
| Sotlar, Špela||23||||Žnidar, Žan||Jošt, Lev||||||
|-
| Trošt, Pia||23||||Rus, Metka||Razboršek, Klara||||||
|-
| Maučec, Ana||23||||Loborec, Mark||Rapuš, Špela||||||
|-
| Priveršek, Maj||23||||Kastelic, Ana||Mencigar, Maša||||||
|-
| Spruk, Teja||23||||Možina, Gašper||Ivošević, Vanja||||||
|-
| Deutsch, Maja||23||||Sotlar, Pia||Kogovšek, Jan||||||
|}

*številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada
Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali.
Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.

== Gradivo za predavanja ==
Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/
username: bio2
password: samozame

==Naloga==
'''Vaša naloga za seminar je: '''
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. [http://www.sciencedirect.com/science/journal/09680004/ TIBS]. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni [https://libgen.is/ tukaj].

Za pripravo seminarja velja naslednje: 
* [[BIO2 Povzetki seminarjev 2021|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju '''v 200 besedah''' (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. 
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/poslji/ tega obrazca].
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20–25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
* Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na [https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdV9OFlNzI3XyS8FRGnuIbG89gwH_36uwz29ocigV--2CXSbQ/viewform tukaj].
* Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
* Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem receptu:
* 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
* 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja
* 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
* 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [https://docs.google.com/forms/d/1EQDYwFO-DEzZ2R7jf8DhLqIeV4FFxRd3-ScceEASpt4/viewform recenzentsko poročilo] na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje ... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. [http://www.zveza-zotks.si/gzm/dokumenti/literatura.html Pravila], ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. 
'''Citiranje knjig:''' 
Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. 
Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. 

Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. 
Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. 
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.).

'''Citiranje člankov:''' 
Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. 
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C.
Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: 
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. 
Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis: 
C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) 

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

'''Citiranje spletnih virov:''' 
Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov 
strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life 
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

TBK 2022 Povzetki seminarjev

2021-03-26T15:00:12Z

Zarja Weingerl:

=== Magdalena Ilievska:
Spomin brez možganov - Kako enocelični sluzni kalup pametno sprejema odločitve brez centralnega živčnega sistema

Seminarska naloga govori o tem, kako enocelični sluzni kalup Physarum polycephalum pametno sprejema odločitve brez centralnega živčnega sistema. Physarum polycephalum, brezcelični sluzni kalup je protist z različnimi celičnimi oblikami in široko geografsko razširjenostjo. Njegovo telo je ogromna enojna celica, sestavljena iz medsebojno povezanih cevi, ki tvorijo zapletene mreže. V zadnjih letih so raziskave Physarum polycephalum spet postale vrhunske. Leta 2000 je japonski raziskovalec Toshiyuki Nakagaki izvedel osnovni poskus, ki je pokazal, da je sluzni kalup sposoben najti najkrajšo pot skozi labirint. Od takrat se je pametno reševanje problemov Physarum polycephalum vrnilo iz sence in je danes spet v središču, ko se razpravlja o vprašanjih o izvoru inteligence in spoznanja. Raziskovalci na Inštitutu za dinamiko in samoorganizacijo Max-Planck in Tehniški univerzi v Münchnu so ugotovili, kako sluzni kalup Physarum polycephalum ohranja spomine - čeprav nima živčnega sistema. Sposobnost shranjevanja in pridobivanja informacij daje telesu očitno prednost pri iskanju hrane ali pri izogibanju škodljivih okoljih. Tradicionalno se to pripisuje organizmom, ki imajo živčni sistem. Novi študiji avtorjev Mirne Kramar in prof. Karen Alim izzivajo tega stališča z odkrivanjem neverjetnih sposobnosti zelo dinamičnega enoceličnega organizma za shranjevanje in pridobivanje informacij o svojem okolju.

=== Živa Urh: Zmanjšanje transkripcijske aktivnosti povzroči stresno pogojena jedrna kondenzacija NELF ===

V stresnih razmerah celice preklopijo iz običajnega v bolj omejen način delovanja, da se zaščitijo pred poškodbami. Pri tem si pomagajo na različne načine. Eden od načinov je varnostni program imenovan toplotni šok, ki je povezan s hitro regulacijo genske aktivnosti (zmanjšanjem transkripcije) v stresnih situacijah. Stres povzroči nastanek jedrnih kondenzatov NELF, ki nastanejo, ko NELF tvori kapljice. NELF ali negativni podaljševalni dejavnik, je proteinski kompleks iz več podenot, ki se ob jedrnem signalu oblikuje v kondenzate oz. kapljice. Vezava kompleksa NELF na promotorje vzdrževalnih genov je tista, ki povzroči slabšo mobilnost RNA polimeraze II in posledično slabše prepisovanje genov ter tako zmanjša proizvodnjo proteinov, ki niso nujni v stresnih razmerah. Mehanizem nastanka jedrnih kondenzatov je povezan z defosforilacijo NELF in nadaljnjo SUMOilacijo. Ta dva procesa spadata pod posebne post-translacijske modifikacije (PTM), ki so bistvene za kondenzacijo NELF. Pomembno vlogo pri formaciji kondenzatov NELF imajo tudi neurejene regije (IDR), ki jih najdemo pri posameznih podenotah tega proteinskega kompleksa. IDR so deli proteinov brez fiksne strukture in delujejo kot lovke. Povezave med lovkami podenot A in E med so bistvenega pomena za tvorbo kapljic oz. kondenzatov. Celice, ki zaradi pomanjkanja lovk pri podenotah ne tvorijo kondenzatov NELF tudi ne zmanjšajo transkripcije. Posledično take celice normalno prepisujejo gene in so tako bolj dovzetne za celično smrt.

=== Tinkara Butara: Kako rastline zaznajo napad herbivorov ===

Rastline niso nemočni opazovalci dogajanja okoli njih, ampak se na okoliške dražljaje tudi odzivajo. Skozi evolucijo so razvile posebne obrambne mehanizme, ki se sprožijo kot odgovor na elicitorje. Elicitorji so kemijske zvrsti, ki jih lahko izločajo herbivori ali pa rastline same. Te kemijske zvrsti se vežejo na proteinske receptorje na celični membrani in tako sprožijo odziv, na primer na objedanje. Sporočilo o nevarnosti se nato širi do lokalno poškodovanih delov rastline in sistemsko opozarja celotno rastlino na poškodbo. Rastlini lastni elicitorji so najpreprostejši tip, med katerimi je najbolj univerzalen zunajcelični ATP. Primerni elicitorji herbivorov so prebavni encimi v njihovi slini ter konjugati maščobnih kislin in aminokislin. Odziv rastline na napad herbivora pa je lahko povezan tudi s simbiotskimi organizmi herbivora. Ti lahko izločajo snovi s katerimi omogočijo lažji razvoj insekta ali pa s tem pomagajo rastlini. Pomemben sprožilec rastlinskega odziva na herbivore so tudi fizični dražljaji, ki jih ti povzročajo. Pri tem se sproščajo hlapne snovi, ki lahko služijo privabljanju naravnih sovražnikov herbivora ali pa širijo sporočilo o nevarnosti do drugih rastlin. Kot odziv na elicitorje se v večini primerov tvorita rastlinska hormona jasmonska in salicilna kislina, ki sta del obrambnih mehanizmov rastlin. Karakterizacija rastlinskih elicitorjev nam ponuja orodje za razvoj agrokemikalij, ki bodo odganjale herbivore in hkrati ščitile rastline.

=== Pia Špehar: Mehanizem delovanja proteina omogoča odpornost na zdravila proti raku ===

Leta 1986 je celični biokemik Kazumitsu Ueda odkril, da ima protein ABCB1 zmožnost, da iz rakavih celic transportira mnoge kemoterapevtike in tako telesu omogoči odpornost na kemoterapijo. ABCB1 spada med ABC-prenašalce, in sicer je eden izmed tistih prenašalcev, ki iz celic izločajo toksične hidrofobne komponente. Najdemo ga v membranah celic v jetrih, možganih, testisih in placenti. Skoraj 30 let po odkritju funkcije proteina, je Ueda s svojo ekipo lahko določil še mehanizem njegovega delovanja, in sicer z izvedbo več raziskav. Sprva so protein kristalizirali v stanju pred in po transportu substrata ter primerjali stanji med seboj, izvedli pa so tudi analizo s FRET tehniko. Ugotovili so, da substrat vstopi v osrednjo votlino skozi del proteina v notranjosti celice. Nato se veže na vrh osrednje votline proteina, kjer se nahaja hidrofobno aromatsko omrežje, ki ima pomembno vlogo pri prepoznavanju substratov. Vezava substrata na to omrežje sproži konformacijsko spremembo proteina. Za spremembo je potrebna tudi energija, ki jo priskrbi molekula ATP. Vezava ATP-ja sproži tudi nastanek omrežja, ki povzroči, da se protein začne zvijati in obračati, skrči se tudi osrednja votlina proteina. Ko se osrednja votlina skrči, se substrat izloči v zunajcelični prostor. Pri celotnem procesu je pomembna tudi hidroliza ATP, ki služi temu, da se protein vrne nazaj v prvotno stanje.

=== Pia Trošt: Barvna povezava v sposobnosti korale, da preživi višje temperature ===

Zaradi naraščajočega vpliva antropogenih dejavnikov koralni grebeni hitro propadajo in korale se morajo prilagoditi vse bolj stresnemu okolju. Acropora tenuis je ena glavnih vrst koral ob obali Okinave na Japonskem in se pojavlja v treh barvnih različicah (N, G in P), med katerimi je bila opažena različna stopnja beljenja pri povišani temperaturi. Korale živijo v sožitju z algami iz družine Symbiodiniaceae. Pri različicah N in P je bila zaznana zmanjšana fotosintetska aktivnost simbiontov, medtem ko je različica G ohranila aktivnost tudi pri povišani temperaturi. Raziskava je pokazala, da vse barvne različice gostijo isti klad simbiontov, torej različne temperaturne odpornosti ni mogoče pripisati razliki v Symbiodiniaceae. Ker je bil genom A. tenuis dekodiran, je bilo mogoče identificirati gene za fluorescenčne proteine (GFP, CFP, RFP in ChrP). Poletna raziskava profilov izražanja posameznih proteinov je pokazala, da je bilo izražanje CFP in RFP pri vseh različicah nizko, različica P je pokazala višje izražanje ChrP, različica G pa višje izražanje GFP, ki se je ohranilo tudi pri višji temperaturi. Rezultati kažejo, da imajo vse različice enak nabor genov za fluorescenco, torej so barvne različice vzrok različnega izražanja genov FP, ki povečajo odpornost koral proti beljenju.

=== Gašper Struna: Kako sistem toksin-antitoksin vpliva na odpornost bakterij na antibiotike ===

Sistemi toksin-antitoksin (TA) imajo pomembno vlogo v bakterijah. Vplivajo na stabilnost plazmida in imajo pomembno vlogo pri postsegregacijskem propadu. Če plazmida ni, antitoksin ne prepreči delovanja toksina in toksin povzroči propad celice. Poznamo sedem tipov TA sistemov, med katerimi je najpogostejši tip II. Pri tem tipu antitoksin prepreči delovanje toksina tako, da se močno veže nanj in s tem inhibira njegovo delovanje. TA sistem tipa II najdemo tudi v bakteriji Pseudoaltermonas rubra, in sicer je ta TA sistem predstavnik para ParE/PF03693. V raziskavi so ugotovili, da antitoksin (PrpA) iz tega para zmanjša delovanje toksina na več načinov, in sicer tako da se neposredno veže na toksin ali pa se veže na promotor TA operona in deluje kot represor. PrpA ima pomembno vlogo tudi pri replikaciji, saj se lahko veže na podobno mesto kot iniciatorski protein RepB in s tem onemogoči začetek replikacije. PrpA ima na N-koncu vezavno mesto za DNA, s C-koncem pa interagira s toksinom, je tudi labilen, vezava na toksin pa ga stabilizira. Pari ParE/PF03693 so tudi v nekaterih virulentnih bakterijah in njihova nadaljnja študija bi lahko pripomogla k boljšemu razumevanju odpornosti bakterij na antibiotike in njihovem virulentnem delovanju.

=== Nuša Kos Thaler: Hitra evolucija litičnih genov v enoverižnih RNA bakteriofagih ===

Levivirusi so bakteriofagi z majhnim enoverižnim RNA genomom, ki ga sestavljajo 3–4 geni. Eden od njih je gen ''sgl'' (ang. single gene lysis), ki kodira protein za sprožitev avtolize gostiteljske celice in sprostitev virionov. Za razliko od dvoverižnih DNA bakteriofagov, ki encimsko razgradijo peptidoglikan (glavno enoto celične stene bakterijskih celic), protein Sgl pri lizi po navadi deluje kot nekompetitivni inhibitor in preprečuje njegov nastanek. Geni ''sgl'' so zelo majhni, raznoliki in pogosto vstavljeni v druge gene, zaradi česar jih težko odkrijemo. V nedavnih raziskavah so našli več deset tisoč genomov levivirusov, ki jih pred kratkim še nismo poznali. V določenih so odkrili gene ''sgl'' in preizkušali njihovo aktivnost na ''E. coli'' ter ugotovili, da lahko hitro ustvarijo gen ''sgl''. Bazna zaporedja najdenih genov ''sgl'' imajo zelo malo ali celo nobene podobnosti z baznimi zaporedji že preučevanih genov ''sgl''. V genomu posameznega bakteriofaga se lahko pojavlja več genov ''sgl'', kar pomeni, da bi lahko levivirusi hkrati okužili in lizirali celice evolucijsko oddaljenih bakterijskih vrst. Zaradi svoje raznolikosti, hitre evolucije in zmožnosti spreminjanja so potencialni vir za razvoj proteinskih antibiotikov in fagne terapije.

=== Nataša Vujović: How HER2 positive breast cancer cells evade treatments that utilize T cells ===

Immunotherapy continues to show exciting promise in more effectively treating cancer especially hematologic malignancies but they have not proven effective in treating solid tumors. The T lymphocyte is of key importance to the immune system and is at the core of adaptive immunity. Their roles include directly killing infected host cells, activating other immune cells, producing cytokines and regulating the immune response. Global research efforts centering on T cell-engaging therapies like T-cell bispecific antibodies (TCBs) and chimeric antigen receptors (CARs), are conducted in hope of finding a more effective treatment for cancer. TCBs are typically designed to bind to a selected tumor-associated antigen and to a T cell receptor (TCR). CAR T cells are T cells that have been genetically engineered to produce an artificial T cell receptor for use in immunotherapy. Researchers have now found a novel mechanism of resistance to T cell therapies used by HER2 positive breast cancer cells. The resistance is obtained by disruption of interferon-gamma signaling. IFN-γ has a critical role in recognizing and eliminating pathogens. The disruption of its pathways happens by JAK2 down-modulation. The kinase JAK2 transduces the signal initiated by interferon-gamma. JAK2 was shown to be repeatedly disrupted in several resistant models.

=== Urša Zevnik: FOXO3, gen, povezan z dolgoživostjo, ščiti možganske matične celice pred stresom ===

Forkhead box O3 (FOXO3) je protein, ki sodeluje pri številnih procesih, ki podaljšujejo življenjsko dobo in zavirajo s starostjo povezane bolezni. Ugotovili so, da imajo posamezniki z določeno različico tega gena kar trikrat večjo možnost, da dočakajo sto let.
Ena izmed njegovih funkcij je tudi obramba nevralnih matičnih celic pred oksidativnim stresom. V oksidirajočih pogojih v celici pride do oksidacije cisteina na FOXO3, kar prepreči njegovo fosforilacijo. Tak protein se transportira v jedro, kjer deluje kot transkripcijski faktor. Med drugim poveča prepisovanje encima glicin-N-metiltransferaze (GNMT), ki katalizira reakcijo, pri kateri se porablja S-adenozil metionin (SAM). SAM kot metilni donor omogoča dozoritev jedrnih laminov, ker pa je zaradi več GNMT njegova razpoložljivost manjša, lamini ne dozorijo pravilno in se združujejo v skupke. To privede do prepustnosti jedrne membrane, iz jedra uhajajo fragmenti DNA, celica jih zamenja za virusne nukleotide in sproži interferonski odziv tipa I. Ta povzroči, da nevralne matične celice preidejo v dormantno stanje in se prenehajo deliti. To je ugodno, saj nevroni, nastali v stresnih razmerah, nebi preživeli, celice pa bi se pri delitvah izčrpavale. Tkivo bi torej prej izgubilo sposobnost obnavljanja in se prej postaralo.

=== Sara Borišek: Dieta z visoko vsebnostjo maščob lahko prekomerno aktivira destruktivni protein NOX-2 ===

Debelost je prisotna pri ljudeh že od nekdaj, v zadnjih letih pa je odstotek debelosti pri ljudeh kar precej narasel, predvsem pri mladih, s tem pa so narasle tudi zdravstvene težave ljudi s prekomerno težo. Predvsem je z debelostjo asociirana prehrana, ki vsebuje velik delež maščob ta pa s srčnimi obolenji. V ospredju je hipertrofija levega srčnega prekata, ki je eno izmed glavnih srčnih obolenj in povečuje tveganje za smrt. Hipertrofija levega prekata je zgostitev in povečanje sten levega prekata. Vse več pozornosti zato dobiva NADPH oksidaza 2 ali NOX-2, ki ima zaradi svojega vpliva na oksidativno škodo, povzročeno s prehrano, glavno vlogo pri ustvarjanju bioaktivnega superoksida. Znanstveniki so v raziskavi, ki je potekala na Šoli za biološko znanost Univerze v Readingu preverili ali obstaja povezava med proteinom NOX-2 in prehrano, ki vsebuje visok odstotek maščob pri hipertrofiji levega prekata. Trenutne ugotovitve so, da prehrana z visoko vsebnostjo maščob povzroči oksidativni stres, ki ga nadzira protein NOX-2, kar podpira hipertrofijo levega srčnega prekata. Zanimanje za selektivno ciljanje na protein NOX-2 kot terapevtsko strategijo je naraslo, zato so v raziskavi predlagali specifično ciljanje aktivacije srčnega proteina NOX-2, ki bi lahko bil izvedljiv pristop k ohranjanju funkcije miokarda v presnovnih pogojih.

=== Nika Ferk: Formulacije na osnovi biomaterijalov za boj proti virusnim nalezljivim boleznim ===

V seminarski nalogi si bomo podrobneje pogledali kako se človeštvo in današnja znanost spopadata z izzivi patogenih delcev in boleznimi, ki jih le te povzročajo. Z nalezljivo kužnimi boleznimi se človeštvo soča že od nekdaj. Skozi razvijanje tehnologij smo ustvarili cepiva. Običajno se klasična cepiva, pridobljena iz živih oslabljenih patogenov in inaktiviranih virusov, rekombinantnih proteinov in sintetičnih peptidov. S cepivi v telesu povzročimo imunski odziv in nastanek protiteles. Skozi napredovanje tehnologije, natančneje biotehnologije in nanotehnologije so na trg prišli biomateriali. Biomateriali imajo dober potencial za boj proti kužnim boleznim, predvsem zaradi njihovih lasnosti kot so: oblike in značilnosti površine, ki skupaj močno vplivajo na učinkovit način prenosa delcev. Še pomembneje pa je, da biomateriali omogočajo dostavo antigenov in imunsko stimulirajočih snovi, ki predstavljajo močan pristop cepljenja pri aktivaciji imunskih odzivov. Same pa lahko tudi vplivajo na zaščito materiala, ki ga nosijo in s tem lahko podaljšajo sproščanje. Raziskani in najbolj potencialni biomaterijali so sintetični in naravni polimerni delci, lipidi, samosestavljeni proteini, virusom podobni delci (VPD) in anorganski delci. Eden izmed najbolj uspešnejših biološko razgradljivih biomaterijalov je PLGA ali poli(mlečno-ko-glikolna kislina). Poleg kisline so bili tudi zelo uspešni anorganski nano delci, formulirani so bili kot sistem za dajenje cepiv zaradi njihovih ustreznih fiziokemijskih lastnosti.

=== Špela Rapuš: Kako mikobakterije tvorijo membranske vezikle ===

Mikobakterije sicer uvrščamo med Grampozitivne bakterije, vendar imajo precej bolj zapleteno celično ovojnico. Ta sestoji iz notranje membrane, sloja peptidoglikana in dodatne mikomembrane, v kateri so značilne mikolične kisline. Odkrili so, da te bakterije tvorijo membranske vezikle na dva različna načina, odvisno od zunanjih pogojev, katerim so podvržene. Če mikobakterijo izpostavimo poškodovanju DNA se bo sprožil proces, angl. bubbling cell death, pri katerem se bodo tvorili membranski vezikli iz notranje membrane. Če pa bakterijo izpostavimo stresu na celično ovojnico, se ta odzove s procesom imenovanim angl. mycomembrane blebbing, pri katerem se iz mikomembrane odcepljajo vezikli. Kot modelni organizem so pri raziskavi uporabili Corynebacterium glutamicum in jo izpostavili mitomicinu C, ki je induciral stres na DNA in penicilinu G oz. deficitu biotina, ki sta zavirala biosintezo celične stene. Pri tem so se tvorili membranski vezikli na različne načine. Preučili so tudi lipidno sestavo membranskih veziklov in z rezultati skušali dokazati njihov izvor. Do podobnih ugotovitev pa so prišli tudi pri nekaterih drugih mikobakterijah. Membranski vezikli so izrednega pomena v proizvodnji cepiv in antibiotikov, zato so njihova dognanja velikega pomena.

=== Leila Bohorč: Dokaz o obstoju različnih mehanizmov delovanja majhnih molekul, ki inhibirajo vstop filovirusov v celico ===

Virusa ebola in Marburg spadata v družino filovirusov, ki veljajo za ene najnevarnejših patogenov na svetu. Za vstop v celice uporabljajo mehanizem, ki je posredovan z enim samim glikoproteinom na površini virusa. Odkritih je bilo že mnogo potencialnih inhibitorjev, a je ravno visoka smrtnost eden izmed razlogov za slabo poznavanje mehanizmov. Majhne molekule, ki lahko inhibirajo vstop filovirusov v celico, so lahko že odobrena zdravila, ki se sicer uporabljajo pri zdravljenju drugih bolezni. Na glikoproteinu virusa ebola je primarno vezavno mesto hidrofoben žep na območju notranje fuzijske zanke. Dve izmed številnih molekul, ki se lahko vežejo tja, sta ospemifen in toremifen, ki se razlikujeta le v stranski verigi. Toremifen se lahko zaradi bazične aminske funkcionalne skupine akumulira tudi v lizosomih, kar poveča njegovo učinkovitost. Dimetilaminska stranska veriga na tej molekuli pa nima posebne vloge pri direktni vezavi molekule na hidrofoben žep. Na glikoproteinu ebole obstaja še sekundarno vezavno mesto na območju domene HR2. Na bazični žep v tej regiji se vežejo le specifične molekule kot sta fluoksetin in toremifen. Ti molekuli proti eboli delujeta sinergično, proti Marburgu pa antagonistično. Na glikoproteinu virusa Marburg je domena HR2 primarno vezavno mesto.

=== Ivana Vukšinić: Sekvestracija žvepla v času pomanjkanja hranil pospeši nastanek mnogoceličnega organizma ===

Ko je v okolju na voljo dovolj hranil, gliva sluzavka vrste Dictyostelium discoideum obstaja v obliki enoceličnega organizma, ob morebitnem nastopu stradanja pa se posamezne celice začnejo združevati in tvorijo agregat, ki se obnaša kot mnogoceličen organizem. Med kulminacijo se iz njega razvije sorokarp s sporangijem, v katerem se tvorijo spore, ki populaciji omogočijo preživetje neugodnih razmer. To sposobnost uravnava novo odkrit mehanizem, s katerim od žvepla odvisno metabolično stikalo narekuje celično diferenciacijo. V času pomanjkanja hranil pride do porasta reaktivnih kisikovih spojin (ROS), ki so v velikih količinah celici škodljive, kar privede do velike potrebe po sintezi antioksidanta glutationa (GSH). To povzroči sekvestracijo cisteina, enega izmed prekurzorjev GSH, kar omeji razpoložljivost te aminokisline za potrebe drugih procesov v celici. Cistein je namreč ena od le dveh aminokislin, ki vsebujeta žveplo, to pa ima med drugim pomembno vlogo pri sintezi večine proteinov in železo-žveplovih klastrov, ki so ključne funkcionalne skupine v metaboličnih encimih. Izkazalo se je, da sekvestracija žvepla upočasni sintezo proteinov, inhibira proliferacijo celic in tako utira pot mnogoceličnemu razvoju. Izsledke raziskave bi lahko uporabili pri preučevanju drugih proliferacijskih celic, kot so rakave celice, pri katerih bi ciljanje procesov žveplovega metabolizma lahko izboljšalo protitumorno imunost.

=== Primož Šenica Pavletič: Nov način preprečevanja širjenja malarije z gensko spremenjenimi komarji ===

Malarija je bolezen, ki vsako leto prizadene na milijone ljudi v najrevnejših državah sveta. Bolezen povzroči parazit plazmodij, glavni prenašalci pa so komarji. Za zdravljenje in preprečevanje bolezni obstaja kar nekaj zdravil, vendar so ta za večino ljudi, ki živijo v državah v razvoju nedostopna. Ena najboljših rešitev za zajezitev bolezni je genska modifikacija malaričnih komarjev. Številne študije nakazujejo na veliko učinkovitost nadzorovanja populacije z genskim inženiringom. V raziskavah so komarjem vstavili gen za rezistenco na parazit ali pa so z vstavljenimi geni povzročili zmanjšanje celotne populacije. To pomeni širjenje genov, ki povzročajo pristransko razmerje med spoloma (več moških osebkov), oziroma širjenje genov, ki bi naredili samice neplodne. Glavni cilj je preprečiti ženskim osebkom prenašati parazit plazmodij na gostitelja in s tem širiti bolezen. Za spremembo DNA se uporablja tehnika CRISPR-Cas9S. S CRISPR-Cas9S lahko spremenimo genom na kateremkoli mestu. Znanstveniki so povečali možnost, da se želena lastnost prenese na naslednje generacije tako, da so uporabili gene drive. Gene drive spodbudi celico, da prepiše želeni del gena na homologni kromosom. Gene drive je zelo učinkovit, saj se je v 5 – 7 generacijah (odvisno od števila osebkov, ki so imeli gene drive že od začetka) razširil na več kot 95% populacije.

=== Lana Bajec: Inhibicija encima 15-PGDH pomlajuje mišice in povečuje mišično moč ===

Med staranjem so skeletne mišice podvržene strukturnim in funkcijskim spremembam. Po 50. letu starosti ljudje povprečno začnejo izgubljati 15 – 30 % mišične mase na desetletje, kar se kaže kot drastična izguba mišične moči. Ta mišična distrofija in izguba moči je znana kot sarkopenija. Sarkopenija je posledica krčenja mišičnih vlaken in upadanja števila in zmogljivosti mitohondrijev v celicah mišičnih vlaken, ki mišici zagotavljajo energijo. Raziskovalci na Stanford University Shool of Medicine so s pomočjo inhibicije proteina 15-PGDH v starejših miših dosegli obnovo mišične mase in moči v mišicah živali ter njihovo vzdržljivost, kar bi lahko igralo veliko vlogo pri potencialni strategiji zdravljenja sarkopenije pri ljudeh. V mišicah starejših miših inhibicija encima 15-PGDH s tako imenovanim genetskim knockdownom ali pa z inhibitorjem SW preprečuje atrofijo mišic in znatno poveča mišično maso, moč in vzdržljivost. Dokazali so, da ima molekukla 15-PGDH velik vpliv na mišično funkcijo. Miši z inhibiranim encimom 15-PGDH so bile zmožne dalj časa teči na tekalni stezi in bile nasplošno bolj vzdržljive. Velik vpliv na to naj bi imelo znatno povečanje števila mitohondrijev in njihovih funkcij ter izboljšanje celične avtofagije pri inhibiciji encima 15-PGDH.

=== Pia Sotlar: Zdravljenje s sistemom za urejanje genoma, ki temelji na metodi CRISPR, uničuje rakave celice ===

CRISPR-Cas9 je metoda, ki lahko z uporabo encima Cas9 in sgRNA permanentno uniči točno določene gene, kar predstavlja potencialen način za zdravljenje raka. V rakavi celici bi tako izbris oziroma motnja v genu PLK1, ki nosi zapis za kinazo PLK1, ki je ključna pri procesu mitoze, povzročila celično smrt v delečih se celicah. V raziskavi so se lotili problema dostave velikega encima Cas9 in sgRNA. Nov način dostave, ki ga ne omejujeta toksičnost in majhna nosilnost so klinično odobreni nanodelci, ki zaradi svoje kationske narave omogočajo učinkovito zajemanje nukleinske kisline. Dokazali so da z uporabo le-teh lahko dosežejo učinkovito urejanje genoma tako in vitro kot in vivo. Pri tem so se osredotočili na urejanje genoma pri celicah GBM 005, izoliranih iz gliomov, in celični liniji adenokarcinoma jajčnikov (OV8). In vitro inkubacija je pri teh celičnih linijah povzročila 84 oziroma 91% genomskega urejanja. Pri sistemu in vivo, so bili te procenti malce nižji (68%), zato so za potrebe sistemskega doziranja razvili tudi sistemsko injicirane lipidne nanodelce, ki so bili premazani s protitelesi in so zagotavljali še bolj učinkovit privzem kinaze Cas9 in sgRNA. Taki tarčni lipidni nanodelci so omogočali 82% urejanje genoma in povečali preživetje miši za 80%. S tem so dokazali učinkovitost lipidnih nanodelcev za prenos in predstavili novo metoda zdravljenja raka.

=== Zarja Weingerl: Odkritje novih malih proteinov v Salmonelli in njihov vpliv na bakterijsko virulenco ===

Mali proteini so proteini sestavljeni iz manj kot 100 amonokislin. So skupina še zelo neraziskanih struktur z zelo raznolikimi vlogami v fiziologiji bakterij. Znanstveniki so se odločili podrobneje raziskati njihovo funkcijo znotraj Sallmonele Typhimurium. Želeli so odkriti ORFje (odprte bralne okvirje) sedaj še nepoznanih in nedoločenih malih proteinov. Pri tem so uporabili mnogo različnih orodji in znanstvenih metod, kot so: sPepFinder, Ribo-seq, TraDIS, Grad-seq, prenos western itd. Pridobili so 139 različnih sORF kandidatov, ki so jih poimenovali kot STsORF, čemur sledi še zaporedno število. Vseh 139 novo odkritih STsORFjev so dodali v zapis Salmonelle in tako število malih proteinov znotraj tega dvignili na 609 vnosov. Dodatno so raziskali 16 na novo odkritih STsORFjev, ki sta jih predvidela tako sPepFinder kot tudi Ribo-seq. Raziskali so tudi vpliv malih proteinov na virulentnost Salmonelle. Opazovali so izražanje sORFjev med infekcijo in ga primerjali z njihovo izraženostjo v vcepku. Ker se je v teh raziskavah mnogokrat pojavil protein MgrB so želeli dodatno proučiti njegov vpliv na virulentnost in prišli do njegove povezave z bičkom in geni povezani z gibljivostjo. Njegovo pomankanje namreč povzroči defekt v gibljivosti, ki je posledica motnje uravnavanja bička.

Temelji biokemije 2023 - seminar

2021-03-26T14:54:51Z

Zarja Weingerl: /* Seznam seminarjev */

[http://www.example.com link title]= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||05.03.||08.03.||11.03.||r1||r2||r3
|-
| Gašper Struna||Kako sistem toksin-antitoksin vpliva na odpornost bakterij na antibiotike ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210201144911.htm||05.03.||08.03.||11.03.||David Valte||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger
|-
| Pia Špehar||Mehanizem delovanja proteina omogoča odpornost na zdravila proti raku||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201229080253.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Sofija Stevanović||Gaja Starc||Nuša Brdnik
|-
| Tinkara Butara||Kako rastline zaznajo napad herbivorov||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210216133437.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Klara Ažbe||Mark Loborec||Ema Kavčič
|-
| Pia Trošt||Barvna povezava v sposobnosti korale, da preživi višje temperature||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210221154616.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Mia Kobal||Vanja Ivošević||Urša Štefan
|-
| Živa Urh||Zmanjšanje transkripcijske aktivnosti povzroči stresno pogojena jedrna kondenzacija NELF ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210210170104.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Andraž Rotar||Petja Premrl||Maj Priveršek
|-
| Urša Zevnik||FOXO3, gen povezan z dolgoživostjo, ščiti možganske matične celice pred stresom||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210219155903.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Gašper Struna||David Valte||Klara Kolenc
|-
| Nika Ferk||Formulacije na osnovi biomaterialov za boj proti virusnim nalezljivim boleznim||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210209113902.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Špehar||Sofija Stevanović||Gaja Starc
|-
| Nataša Vujović||Kako se HER2 pozitivne celice raka dojk izognejo terapijam, ki vključujejo T celice||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223135516.htm
||12.03.||15.03.||18.03.||Tinkara Butara||Klara Ažbe||Mark Loborec
|-
| Thaler Nuša Kos||Hitra evolucija litičnih genov v enoverižnih RNA bakteriofagih||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210205121236.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Trošt||Mia Kobal||Vanja Ivošević
|-
| Sara Borišek||Dieta z visoko vsebnostjo maščob lahko prekomerno aktivira destruktivni protein NOX-2||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210302075358.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Živa Urh||Andraž Rotar||Petja Premrl
|-
| Lana Bajec||Inhibicija encima 15-PGDH pomlajuje mišice in povečuje mišično moč ||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201210145751.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Urša Zevnik||Gašper Struna||David Valte
|-
| Leila Bohorč||Dokaz o obstoju različnih mehanizmov delovanja majhnih molekul, ki inhibirajo vstop filovirusov v celico||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210208134421.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nika Ferk||Pia Špehar||Sofija Stevanović
|-
| Špela Rapuš||Kako mikobakterije tvorijo membranske vezikle||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210114163907.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nataša Vujović||Tinkara Butara||Klara Ažbe
|-
| Pavletič Primož Šenica||Nov način preprečevanja širjenja malarije z gensko spremenjenimi komarji||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201103140613.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt||Mia Kobal
|-
| Ivana Vukšinić||Sekvestracija žvepla v času pomanjkanja hranil pospeši nastanek mnogoceličnega organizma||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210224143527.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Ela Kovač||Živa Urh||Andraž Rotar
|-
| Zarja Weingerl||Odkritje novih malih proteinov v Salmonelli in njihov vpliv na bakterijsko virulenco||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201216104643.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Lana Bajec||Urša Zevnik||Gašper Struna
|-
| Teja Spruk||Bakterije, odporne na antibiotike: Fluorid kot rešitev||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210104141521.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Leila Bohorč||Nika Ferk||Pia Špehar
|-
| Magdalena Ilievska||Spomin brez možganov - Kako enocelični sluzni kalup pametno sprejema odločitve brez centralnega živčnega sistema. ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223121643.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Špela Rapuš||Nataša Vujović||Tinkara Butara
|-
| Metka Rus||Gensko spreminjanje jetrnih celic s pomočjo proteinskih nanodelcev z namenom zniževanja holesterola||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210301151545.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt
|-
| Pia Sotlar||Zdravljenje s sistemom za urejanje genoma, ki temelji na metodi CRISPR, uničuje rakave celice||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201118161129.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Ivana Vukšinić||Ela Kovač||Živa Urh
|-
| Nik Vidmar||Molekularne super strukture, ki bodo lahko pomagale pri ustvarjanju nevronov in posledično pripomogle k zmanjševanju števila degenerativnih obolenj||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223110435.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Zarja Weingerl||Lana Bajec||Urša Zevnik
|-
| Ana Maučec||Retrovirusne integracije v genom zarodnih celic prispevajo k povišani verjetnosti za razvoj raka pri gostitelju||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210226103805.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Teja Spruk||Leila Bohorč||Nika Ferk
|-
| Neža Peternel||Prehrana lahko spremeni proces trimetilacije H3K4 v semenčicah in posledično vpliva na izražanje fenotipa pri potomcih||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210316132129.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Magdalena Ilievska||Špela Rapuš||Nataša Vujović
|-
| Zoran Džon Ivanić||Reprogramiranje za povrnitev mladostne epigenetske informacije in vida||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201202114531.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos
|-
| Pia Mencin||||||02.04.||05.04.||08.04.||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić||Ela Kovač
|-
| Marko Kovačić||Vpliv avtofagije na prilagajanje celic drugačnim okoljskim razmeram||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201210112157.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Nik Vidmar||Zarja Weingerl||Lana Bajec
|-
| Karidia Kolbl||||||09.04.||12.04.||15.04.||Ana Maučec||Teja Spruk||Leila Bohorč
|-
| Klara Razboršek||||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201111122815.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Neža Peternel||Magdalena Ilievska||Sara Borišek
|-
| Katja Resnik||||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/10/201022151749.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica
|-
| Simona Kocheva||||||09.04.||12.04.||15.04.||Pia Mencin||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić
|-
| Miha Razdevšek||Epigenetske spremembe povezane z Alzheimerjevo boleznijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/09/200928152907.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Marko Kovačić||Nik Vidmar||Zarja Weingerl
|-
| Janja Bohte||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210226140455.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Karidia Kolbl||Ana Maučec||Teja Spruk
|-
| Tea Amidović||||||16.04.||19.04.||22.04.||Klara Razboršek||Neža Peternel||Magdalena Ilievska
|-
| Patricija Kolander||||||16.04.||19.04.||22.04.||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus
|-
| Lev Jošt||||||16.04.||19.04.||22.04.||Simona Kocheva||Pia Mencin||Pia Sotlar
|-
| Tina Zajec||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210317141631.htm||30.04.||03.05.||06.05.||Miha Razdevšek||Marko Kovačić||Nik Vidmar
|-
| Tina Urh||||||30.04.||03.05.||06.05.||Janja Bohte||Karidia Kolbl||Ana Maučec
|-
| Žan Žnidar||||||30.04.||03.05.||06.05.||Tea Amidović||Klara Razboršek||Neža Peternel
|-
| Boštjan Kramberger||||https://www.nature.com/articles/s41467-021-21185-5?fbclid=IwAR2jbjZ3amUYlXu2j8l94OQTS7ram6kTx9ZRekmN6ncmNCUyjsRuV3DF0mk||30.04.||03.05.||06.05.||Patricija Kolander||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić
|-
| Nuša Brdnik||||||30.04.||03.05.||06.05.||Lev Jošt||Simona Kocheva||Pia Mencin
|-
| Ema Kavčič||||||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Zajec||Miha Razdevšek||Marko Kovačić
|-
| Urša Štefan||||||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Urh||Janja Bohte||Karidia Kolbl
|-
| Maj Priveršek||||||07.05.||10.05.||13.05.||Žan Žnidar||Tea Amidović||Klara Razboršek
|-
| Klara Kolenc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander||Katja Resnik
|-
| Gaja Starc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Nuša Brdnik||Lev Jošt||Simona Kocheva
|-
| Mark Loborec||||||14.05.||17.05.||20.05.||Ema Kavčič||Tina Zajec||Miha Razdevšek
|-
| Vanja Ivošević||||||14.05.||17.05.||20.05.||Urša Štefan||Tina Urh||Janja Bohte
|-
| Petja Premrl||||||14.05.||17.05.||20.05.||Maj Priveršek||Žan Žnidar||Tea Amidović
|-
| David Valte||||||14.05.||17.05.||20.05.||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander
|-
| Sofija Stevanović||||||14.05.||17.05.||20.05.||Gaja Starc||Nuša Brdnik||Lev Jošt
|-
| Klara Ažbe||||||21.05.||24.05.||27.05.||Mark Loborec||Ema Kavčič||Tina Zajec
|-
| Mia Kobal||||||21.05.||24.05.||27.05.||Vanja Ivošević||Urša Štefan||Tina Urh
|-
| Andraž Rotar||||||21.05.||24.05.||27.05.||Petja Premrl||Maj Priveršek||Žan Žnidar
|-
| Ela Kovač||Veganska prehrana pri otrocih preoblikuje metabolizem in vpliva na zmanjšan nivo esencialnih hranil||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210121132300.htm||21.05.||24.05.||27.05.||Sara Borišek||Špela Rapuš||Tinkara Butara
|-}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2020. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2021 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate, poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2021_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2021_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2021_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2021_Priimek_Ime.pdf za prezentacijo (PowerPoint -> Shrani kot PDF), npr TBK_2021_Guncar_Gregor.pdf
* TBK_2021_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije, za katero želite izvedeti faktor vpliva, in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

Temelji biokemije 2023 - seminar

2021-03-13T14:37:47Z

Zarja Weingerl: /* Seznam seminarjev */

[http://www.example.com link title]= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita.
Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena.
Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih.
Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Main_Page tukaj].

== Seznam seminarjev ==

{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Ime in priimek'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Naslov seminarja'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Povezava'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za oddajo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Rok za recenzijo'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Datum predstavitve'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Recenzent 3'''
|-
| Anna Scott||Moj naslov v slovenščini||https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm||05.03.||08.03.||11.03.||r1||r2||r3
|-
| Gašper Struna||Kako sistem toksin-antitoksin vpliva na odpornost bakterij na antibiotike ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210201144911.htm||05.03.||08.03.||11.03.||David Valte||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger
|-
| Pia Špehar||Mehanizem delovanja proteina omogoča odpornost na zdravila proti raku||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201229080253.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Sofija Stevanović||Gaja Starc||Nuša Brdnik
|-
| Tinkara Butara||Kako rastline zaznajo napad herbivorov||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210216133437.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Klara Ažbe||Mark Loborec||Ema Kavčič
|-
| Pia Trošt||Barvna povezava v sposobnosti korale, da preživi višje temperature||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210221154616.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Mia Kobal||Vanja Ivošević||Urša Štefan
|-
| Živa Urh||Zmanjšanje transkripcijske aktivnosti povzroči stresno pogojena jedrna kondenzacija NELF ||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210210170104.htm||05.03.||08.03.||11.03.||Andraž Rotar||Petja Premrl||Maj Priveršek
|-
| Urša Zevnik||FOXO3, gen povezan z dolgoživostjo, ščiti možganske matične celice pred stresom||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210219155903.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Gašper Struna||David Valte||Klara Kolenc
|-
| Nika Ferk||Formulacije na osnovi biomaterialov za boj proti virusnim nalezljivim boleznim||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210209113902.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Špehar||Sofija Stevanović||Gaja Starc
|-
| Nataša Vujović||Kako se HER2 pozitivne celice raka dojk izognejo terapijam, ki vključujejo T celice||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223135516.htm
||12.03.||15.03.||18.03.||Tinkara Butara||Klara Ažbe||Mark Loborec
|-
| Thaler Nuša Kos||Hitra evolucija litičnih genov v enoverižnih RNA bakteriofagih||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210205121236.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Pia Trošt||Mia Kobal||Vanja Ivošević
|-
| Sara Borišek||Dieta z visoko vsebnostjo maščob lahko prekomerno aktivira destruktivni protein NOX-2||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210302075358.htm||12.03.||15.03.||18.03.||Živa Urh||Andraž Rotar||Petja Premrl
|-
| Lana Bajec||||||19.03.||22.03.||25.03.||Urša Zevnik||Gašper Struna||David Valte
|-
| Leila Bohorč||Dokaz za različne mehanizme delovanja inhibitorjev vstopa filovirusov||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210208134421.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nika Ferk||Pia Špehar||Sofija Stevanović
|-
| Špela Rapuš||Kako mikobakterije tvorijo membranske vezikle||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210114163907.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Nataša Vujović||Tinkara Butara||Klara Ažbe
|-
| Pavletič Primož Šenica||Nov način preprečevanja širjenja malarije z gensko spremenjenimi komarji||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201103140613.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt||Mia Kobal
|-
| Ivana Vukšinić||Sekvestracija žvepla v času pomanjkanja hranil pospeši nastanek mnogoceličnega organizma||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210224143527.htm||19.03.||22.03.||25.03.||Ela Kovač||Živa Urh||Andraž Rotar
|-
| Zarja Weingerl||Odkritje novih proteinov salmonele in njihove potencialne funkcije||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201216104643.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Lana Bajec||Urša Zevnik||Gašper Struna
|-
| Teja Spruk||||||26.03.||29.03.||01.04.||Leila Bohorč||Nika Ferk||Pia Špehar
|-
| Magdalena Ilievska||||||26.03.||29.03.||01.04.||Špela Rapuš||Nataša Vujović||Tinkara Butara
|-
| Metka Rus||||||26.03.||29.03.||01.04.||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos||Pia Trošt
|-
| Pia Sotlar||Zdravljenje s sistemom za urejanje genoma, ki temelji na metodi CRISPR, uničuje rakave celice||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201118161129.htm||26.03.||29.03.||01.04.||Ivana Vukšinić||Ela Kovač||Živa Urh
|-
| Nik Vidmar||||||02.04.||05.04.||08.04.||Zarja Weingerl||Lana Bajec||Urša Zevnik
|-
| Ana Maučec||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210226103805.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Teja Spruk||Leila Bohorč||Nika Ferk
|-
| Neža Peternel||||||02.04.||05.04.||08.04.||Magdalena Ilievska||Špela Rapuš||Nataša Vujović
|-
| Zoran Džon Ivanić||Reprogramiranje za povrnitev mladostne epigenetske informacije in vida||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201202114531.htm||02.04.||05.04.||08.04.||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica||Thaler Nuša Kos
|-
| Pia Mencin||||||02.04.||05.04.||08.04.||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić||Ela Kovač
|-
| Marko Kovačić||Vpliv avtofagije na prilagajanje celic drugačnim okoljskim razmeram||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201210112157.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Nik Vidmar||Zarja Weingerl||Lana Bajec
|-
| Karidia Kolbl||||||09.04.||12.04.||15.04.||Ana Maučec||Teja Spruk||Leila Bohorč
|-
| Klara Razboršek||||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201111122815.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Neža Peternel||Magdalena Ilievska||Sara Borišek
|-
| Katja Resnik||||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/10/201022151749.htm||09.04.||12.04.||15.04.||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus||Pavletič Primož Šenica
|-
| Simona Kocheva||||||09.04.||12.04.||15.04.||Pia Mencin||Pia Sotlar||Ivana Vukšinić
|-
| Miha Razdevšek||Epigenetske spremembe povezane z Alzheimerjevo boleznijo||https://www.sciencedaily.com/releases/2020/09/200928152907.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Marko Kovačić||Nik Vidmar||Zarja Weingerl
|-
| Janja Bohte||||https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210226140455.htm||16.04.||19.04.||22.04.||Karidia Kolbl||Ana Maučec||Teja Spruk
|-
| Tea Amidović||||||16.04.||19.04.||22.04.||Klara Razboršek||Neža Peternel||Magdalena Ilievska
|-
| Patricija Kolander||||||16.04.||19.04.||22.04.||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić||Metka Rus
|-
| Lev Jošt||||||16.04.||19.04.||22.04.||Simona Kocheva||Pia Mencin||Pia Sotlar
|-
| Tina Zajec||||||30.04.||03.05.||06.05.||Miha Razdevšek||Marko Kovačić||Nik Vidmar
|-
| Tina Urh||||||30.04.||03.05.||06.05.||Janja Bohte||Karidia Kolbl||Ana Maučec
|-
| Žan Žnidar||||||30.04.||03.05.||06.05.||Tea Amidović||Klara Razboršek||Neža Peternel
|-
| Boštjan Kramberger||||https://www.nature.com/articles/s41467-021-21185-5?fbclid=IwAR2jbjZ3amUYlXu2j8l94OQTS7ram6kTx9ZRekmN6ncmNCUyjsRuV3DF0mk||30.04.||03.05.||06.05.||Patricija Kolander||Katja Resnik||Zoran Džon Ivanić
|-
| Nuša Brdnik||||||30.04.||03.05.||06.05.||Lev Jošt||Simona Kocheva||Pia Mencin
|-
| Ema Kavčič||||||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Zajec||Miha Razdevšek||Marko Kovačić
|-
| Urša Štefan||||||07.05.||10.05.||13.05.||Tina Urh||Janja Bohte||Karidia Kolbl
|-
| Maj Priveršek||||||07.05.||10.05.||13.05.||Žan Žnidar||Tea Amidović||Klara Razboršek
|-
| Klara Kolenc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander||Katja Resnik
|-
| Gaja Starc||||||07.05.||10.05.||13.05.||Nuša Brdnik||Lev Jošt||Simona Kocheva
|-
| Mark Loborec||||||14.05.||17.05.||20.05.||Ema Kavčič||Tina Zajec||Miha Razdevšek
|-
| Vanja Ivošević||||||14.05.||17.05.||20.05.||Urša Štefan||Tina Urh||Janja Bohte
|-
| Petja Premrl||||||14.05.||17.05.||20.05.||Maj Priveršek||Žan Žnidar||Tea Amidović
|-
| David Valte||||||14.05.||17.05.||20.05.||Klara Kolenc||Boštjan Kramberger||Patricija Kolander
|-
| Sofija Stevanović||||||14.05.||17.05.||20.05.||Gaja Starc||Nuša Brdnik||Lev Jošt
|-
| Klara Ažbe||||||21.05.||24.05.||27.05.||Mark Loborec||Ema Kavčič||Tina Zajec
|-
| Mia Kobal||||||21.05.||24.05.||27.05.||Vanja Ivošević||Urša Štefan||Tina Urh
|-
| Andraž Rotar||||||21.05.||24.05.||27.05.||Petja Premrl||Maj Priveršek||Žan Žnidar
|-
| Ela Kovač||||||21.05.||24.05.||27.05.||Sara Borišek||Špela Rapuš||Tinkara Butara
|-}

==Naloga==
* samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu [http://www.sciencedaily.com ScienceDaily], ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2020. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
* članke na temo lahko iščete [https://scholar.google.com/ z Google učenjakom].
* naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
* [[TBK2021 Povzetki seminarjev|Povzetek seminarja]] opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
* Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
* Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
*Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
* Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji/ tega obrazca].
* vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni [http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/poslji//bioseminar/ tukaj].
* Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
* Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
* Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
* En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
* Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

==Imena datotek==
Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš!
Poslati morate naslednje datoteke:
* TBK_2021_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor.docx
* TBK_2021_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
* TBK_2021_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
* TBK_2021_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2021_Guncar_Gregor.pptx
* TBK_2021_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_clanek.pdf

==Ocenjevanje seminarjev==
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [[https://docs.google.com/forms/d/1Hdg2OHCyG24qwLTnFt09yZTng46RIwaIiUqnKOdsJxQ/viewform recenzentsko poročilo]] na spletu.

== Mnenje o predstavitvi ==
Vsak posameznik '''mora''' oceniti seminar tako, da odda svoje [https://docs.google.com/forms/d/1VvE-jaKikfiDO5Gdybqgp9mf_0uJZfBbIK8PLXKDaS0/viewform mnenje] najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja '''ne sme''' oddati.

==Urejanje spletnih strani na wikiju==
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji ([http://en.wikipedia.org/wiki/Help:Editing tule] v angleščini in [http://sl.wikipedia.org/wiki/Wikipedija:Urejanje_strani tu] v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. ''Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.''

==Faktor vpliva==
Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v [http://www.cobiss.si/scripts/cobiss?command=CONNECT&base=JCR COBISS-u]. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati. '''Citiranje knjig:''' Priimek, I. ''Naslov''. Kraj: Založba, letnica. Priimek, I. ''Naslov: podnaslov''. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN. Boyer, R. ''Temelji biokemije''. Ljubljana: Študentska založba, 2005. Glick BR in Pasternak JJ. ''Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA''. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4. Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo ''et al''. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme ''in vivo'', ''in vitro'' ipd.). '''Citiranje člankov:''' Priimek, I. Naslov. ''Naslov revije'', letnica, letnik, številka, strani. Lartigue C. ''et al''. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole: Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani. Lartigue C. ''et al.'' (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. ''Science'', 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis: C. Lartigue ''et al''. Science 317, 632 (2007) V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). '''Citiranje spletnih virov:''' Priimek, I. ''Naslov dokumenta''. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov strangeguitars. ''On the brink of artificial life''. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.