Wiki FKKT - Recent changes [en]

Biogeneza in delovanje spliceosomske komponente U1

Tadej Vertnik — Tue, 14 Apr 2026 21:28:57 GMT

U1 snRNP kompleks

← Older revision		Revision as of 21:28, 14 April 2026
(One intermediate revision by the same user not shown)
Line 3:		Line 3:

	=U1 snRNP kompleks=		=U1 snRNP kompleks=
	U1 snRNP kompleks iniciira sestavo spliceosoma, tako da prepozna in se veže na cepitvena mesta na pre-mRNA. Ta vezava omogoči naknadno vezavo ostalih snRNP-jev. Interakcije protein-protein med snRNP-ji olajšajo sestavo celotnega spliceosoma. U1 snRNP je sestavljen iz U1 snRNA, Sm heptamera in treh specifičnih proteinov U1-70K, ki ga kodira ''SNRNP70'' gen, U1-A, ki ga kodira ''SNRPA'' gen, in <br>U1-C, ki ga kodira ''SNRPC'' gen (slika 1B iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka]). Sm heptamer je vezan na Sm vezavno mesto na snRNA. Gre za heptamer proteinov, ki so pomembni za stabilizacijo U1 snRNA, sestavljanje U1 snRNP kompleksa in prepoznavo 5' cepitvenega mesta na pre-mRNA pri splicingu. Prisotnost vseh teh komponent omogoča natančno prepoznavo cepitvenih mest [1][2].<br><br> Vezava samega U1 snRNP kompleksa na 5' cepitvenih mestih v novo prepisanih intronih ima pomembno vlogo pri transkripciji, ker aktivno povečuje elongacijsko hitrost RNA polimeraze II. To zmanjša možnosti, da RNA polimeraza II naleti na ovire kot so poliadenilacijska mesta (PAS) ~~in transkripcijska zaustavitev~~. Tako se zagotovi popolna transkripcija dolgih genov. Pri tem ima U1-70K ključno vlogo, ker interagira neposredno s CPSF in se tako vmeša v cepitev in sestavo poliadenilacijskega kompleksa. Inhibicija prekurzorske poliadenilacije in omogočenje celotne transkripcije, zaradi elongacije le te z navzgornjimi promotorji daje U1 snRNP kompleksu dodatno vlogo promocije dostopnosti kromatina in ojačitve serin 5 fosforilacije RNA polimeraz II pri navzdoljnih promotorjih, kar vodi do njihove aktivacije.<br><br>		U1 snRNP kompleks iniciira sestavo spliceosoma, tako da prepozna in se veže na cepitvena mesta na pre-mRNA. Ta vezava omogoči naknadno vezavo ostalih snRNP-jev. Interakcije protein-protein med snRNP-ji olajšajo sestavo celotnega spliceosoma. U1 snRNP je sestavljen iz U1 snRNA, Sm heptamera in treh specifičnih proteinov U1-70K, ki ga kodira ''SNRNP70'' gen, U1-A, ki ga kodira ''SNRPA'' gen, in <br>U1-C, ki ga kodira ''SNRPC'' gen (slika 1B iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka]). Sm heptamer je vezan na Sm vezavno mesto na snRNA. Gre za heptamer proteinov, ki so pomembni za stabilizacijo U1 snRNA, sestavljanje U1 snRNP kompleksa in prepoznavo 5' cepitvenega mesta na pre-mRNA pri splicingu. Prisotnost vseh teh komponent omogoča natančno prepoznavo cepitvenih mest [1][2].<br><br> Vezava samega U1 snRNP kompleksa na 5' cepitvenih mestih v novo prepisanih intronih ima pomembno vlogo pri transkripciji, ker aktivno povečuje elongacijsko hitrost RNA polimeraze II. To zmanjša možnosti, da RNA polimeraza II naleti na ovire kot so poliadenilacijska mesta (PAS). Tako se zagotovi popolna transkripcija dolgih genov. Pri tem ima U1-70K ključno vlogo, ker interagira neposredno s CPSF in se tako vmeša v cepitev in sestavo poliadenilacijskega kompleksa. Inhibicija prekurzorske poliadenilacije in omogočenje celotne transkripcije, zaradi elongacije le te z navzgornjimi promotorji daje U1 snRNP kompleksu dodatno vlogo promocije dostopnosti kromatina in ojačitve serin 5 fosforilacije RNA polimeraz II pri navzdoljnih promotorjih, kar vodi do njihove aktivacije.<br><br>
	Še ena kotranskripcijska regulatorna vloga U1 snRNP kompleksa je telescripting. Gre za utišanje prekurzorskega cepljenja na 3' koncu in poliadenilcije v transkriptih RNA polimeraze II, kar je pomembno za celotno transkripcijo tisočerih kodirajočih mRNA in dolgih nekodirajočih RNA (lncRNA) [3].<br><br>		Še ena kotranskripcijska regulatorna vloga U1 snRNP kompleksa je telescripting. Gre za utišanje prekurzorskega cepljenja na 3' koncu in poliadenilcije v transkriptih RNA polimeraze II, kar je pomembno za celotno transkripcijo tisočerih kodirajočih mRNA in dolgih nekodirajočih RNA (lncRNA) [3].<br><br>
	Kadar pride do prepisa transkriptov, ki vsebujejo intronske PAS, morajo biti le ti razgrajeni s strani RNA eksosomov, da se prepreči sinteza skrajšanih in nefunkcionalnih proteinov. Takšni transkripti vsebujejo kombinacijo 5' cepitvenega mesta in poli(A) stika. Ta kombinacija se imenuje jedrni RNA degradacijski kod (NRDC), ki ni prisoten pri pravilno procesiranih RNA, saj sproži njihovo razgradnjo. U1 snRNP kompleks skupaj s cepitvenimi in polidaenilacijskimi faktorji se veže na NRDC in kooperativno rekrutira PAXT (angl. Poly(A) tail exosome targeting) adaptor, ki omogoča vezavo RNA eksosoma in razgradnjo ~~pokvarjenih~~ RNA. <br><br>U1 snRNP kompleks ima tako pomembno vlogo v kontroli kvalitete transkriptoma, zaradi njegovih vlog pri razgradnji RNA, transkripcijski elongaciji in telescriptingu [1].		Kadar pride do prepisa transkriptov, ki vsebujejo intronske PAS, morajo biti le ti razgrajeni s strani RNA eksosomov, da se prepreči sinteza skrajšanih in nefunkcionalnih proteinov. Takšni transkripti vsebujejo kombinacijo 5' cepitvenega mesta in poli(A) stika. Ta kombinacija se imenuje jedrni RNA degradacijski kod (NRDC), ki ni prisoten pri pravilno procesiranih RNA, saj sproži njihovo razgradnjo. U1 snRNP kompleks skupaj s cepitvenimi in polidaenilacijskimi faktorji se veže na NRDC in kooperativno rekrutira PAXT (angl. Poly(A) tail exosome targeting) adaptor, ki omogoča vezavo RNA eksosoma in razgradnjo okvarjenih RNA. <br><br>U1 snRNP kompleks ima tako pomembno vlogo v kontroli kvalitete transkriptoma, zaradi njegovih vlog pri razgradnji RNA, transkripcijski elongaciji in telescriptingu [1].

	=Biogeneza U1 snRNP=		=Biogeneza U1 snRNP=

2026-BNT-seminar

Meri Škorjanc — Tue, 14 Apr 2026 20:04:35 GMT

← Older revision		Revision as of 20:04, 14 April 2026
Line 44:		Line 44:
	\| 08/04/2025 \|\| Zaščitna mreža za okna, ki filtrira onesnažen zrak \|\| NanoNet \|\| Kristan, Maruša \|\| Jukić, Lea \|\| Pezo Zupančič, Neža		\| 08/04/2025 \|\| Zaščitna mreža za okna, ki filtrira onesnažen zrak \|\| NanoNet \|\| Kristan, Maruša \|\| Jukić, Lea \|\| Pezo Zupančič, Neža
	\|-		\|-
	\| 15/04/2025 \|\| \|\| \|\| Škorjanc, Meri \|\| Petrovič, Filip \|\| Bogataj, Lenart		\| 15/04/2025 \|\| Sistemska zaščita pred komarji \|\| DermVeil \|\| Škorjanc, Meri \|\| Petrovič, Filip \|\| Bogataj, Lenart
	\|-		\|-
	\| 15/04/2025 \|\| NFC biosenzor za zaznavanje kvarjenja jagodičevja na osnovi detekcije etanola z PQQ-ADH		\| 15/04/2025 \|\| NFC biosenzor za zaznavanje kvarjenja jagodičevja na osnovi detekcije etanola z PQQ-ADH

2026-BNT-seminar

Meta Smrečnik — Tue, 14 Apr 2026 15:25:22 GMT

Seznam seminarjev

← Older revision		Revision as of 15:25, 14 April 2026
Line 49:		Line 49:
	\|\| PredictaBerry \|\| Bregar, Jana \|\| Novak, Anja \|\| Ferjančič, Lara		\|\| PredictaBerry \|\| Bregar, Jana \|\| Novak, Anja \|\| Ferjančič, Lara
	\|-		\|-
	\| 15/04/2025 \|\| \|\| \|\| Smrečnik, Meta \|\| Oman Sušnik, Tonja \|\| Briševac, Tea		\| 15/04/2025 \|\| Filter za vodo, onesnaženo s težkimi kovinami \|\| NanoFilter \|\| Smrečnik, Meta \|\| Oman Sušnik, Tonja \|\| Briševac, Tea
	\|-		\|-
	\| 15/04/2025 \|\| Encimski reaktor za razgrajevanje nanoplastike v pitni vodi \|\| Aquazyme \|\| Tušek, Marcel \|\| Auer, Špela \|\| Pšeničnik, Tiara		\| 15/04/2025 \|\| Encimski reaktor za razgrajevanje nanoplastike v pitni vodi \|\| Aquazyme \|\| Tušek, Marcel \|\| Auer, Špela \|\| Pšeničnik, Tiara

Telomerazni RNP pri kvasovki

Saskazavcer — Tue, 14 Apr 2026 15:08:45 GMT

Viri

← Older revision		Revision as of 15:08, 14 April 2026
(One intermediate revision by the same user not shown)
Line 57:		Line 57:

	5. Neumann, H., Bartle, L., Bonnell, E., Wellinger, R. J.: Ratcheted transport and sequential assembly of the yeast telomerase RNP. Cell Reports. 2023, 42, 113565. DOI: https://doi.org/10.1016/j.celrep.2023.113565		5. Neumann, H., Bartle, L., Bonnell, E., Wellinger, R. J.: Ratcheted transport and sequential assembly of the yeast telomerase RNP. Cell Reports. 2023, 42, 113565. DOI: https://doi.org/10.1016/j.celrep.2023.113565

			6. John E. Gallagher, J. David Fiedler, et al.:A comprehensive multi-layered map of molecular interactions in the human cell.
			Cell (2016). DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2016.04.040

Telomerazni RNP pri kvasovki

Tjaša Bogataj — Tue, 14 Apr 2026 14:57:07 GMT

Viri

← Older revision		Revision as of 14:57, 14 April 2026
(One intermediate revision by the same user not shown)
Line 53:		Line 53:

	3. Evan P. Hass, David C. Zappulla: Repositioning the Sm-binding site in S. cerevisiae telomerase RNA reveals RNP organizational flexibility and Sm-directed 3′-end formation bioRxiv (2017). 167361 doi: https://doi.org/10.1101/167361		3. Evan P. Hass, David C. Zappulla: Repositioning the Sm-binding site in S. cerevisiae telomerase RNA reveals RNP organizational flexibility and Sm-directed 3′-end formation bioRxiv (2017). 167361 doi: https://doi.org/10.1101/167361

			4. Zappulla, D. C.: Yeast Telomerase RNA Flexibly Scaffolds Protein Subunits: Results and Repercussions. Molecules. 2020, 25, 2750. DOI: https://doi.org/10.3390/molecules25122750

			5. Neumann, H., Bartle, L., Bonnell, E., Wellinger, R. J.: Ratcheted transport and sequential assembly of the yeast telomerase RNP. Cell Reports. 2023, 42, 113565. DOI: https://doi.org/10.1016/j.celrep.2023.113565

Telomerazni RNP pri kvasovki

Saskazavcer — Tue, 14 Apr 2026 14:35:29 GMT

Zaključek

← Older revision		Revision as of 14:35, 14 April 2026
(9 intermediate revisions by the same user not shown)
Line 29:		Line 29:

	== Interakcije z različnimi proteini ==		== Interakcije z različnimi proteini ==
			Med ključnimi proteini, ki se vežejo na Tlc1(kvasna telomerazna RNA), so Pop1, Pop6 in Pop7, ki prispevajo k stabilnosti in pravilni tridimenzionalni strukturi RNA, ter proteini Est1, Est2 in Est3, ki sodelujejo pri sestavi aktivne telomeraze.Minimalno katalitično jedro telomeraze tvori kompleks Tlc1–Est2, pri čemer Est2 deluje kot katalitična podenota, odgovorna za podaljševanje telomer.Kompleks Tlc1- Est2 se z Est1 in Est3 proteinoma povezuje le v določenem delu celičnega cikla. To lahko deluje kot regulacijski mehanizem, ki omejuje čas delovanja telomeraze na telomerah.Est3 deluje kot povezovalni člen med Est1 in Est2. Ta se ne veže direktno na RNA in je nujno potreben za delovanje telomeraze v celici kvasovke(in vivo).Obstajajo dokazi o disociaciji Est2 in razgradnji telomeraze po podaljševanju telomer v pozni fazi S/G2. Zdi se tudi, da količina Est1 ni konstantna, temveč niha med celičnim ciklom kar lahko omejuje njegovo povezovanje s Tlc1 na specifično časovno okno v pozni fazi G1/S.

			Telomeraza ni vedno aktivna njeno delovanje je strogo časovno regulirano (glede na celični cikel).Če manjkajo Est proteini, Tlc1 RNA kopiči v citoplazmi, kar nakazuje, da se podenote Est s Tlc1 RNA povezujejo že v citoplazmi.Raziskovalci so prav tako zasledili, da se Tlc1 skupaj s Pop in Est proteini sestavlja že v citoplazmi, preden vstopi v jedro. Ta korak verjetno deluje kot kontrolni mehanizem, ki omogoča v jedro vstopiti le pravilno zviti in funkcionalni telomerazi.Če je ta proces moten (npr. pri mutacijah), se Tlc1 kopiči v citoplazmi, kar kaže na napake v zvijanju ali sestavljanju kompleksa.Če pride do napak (npr. mutacije v Pop ali Est proteinih), se Tlc1 pogosto kopiči v citoplazmi, kar pomeni, da ne more pravilno vstopiti v jedro in opravljati svoje funkcije. Kar pomeni, da lahko celica prepreči vstop nepravilno sestavljene ali nefunkcionalne telomeraze v jedro.

			yKu (yKu70/80) je protein, ki se lahko veže bodisi na telomerno DNA bodisi na Tlc1 RNA, vendar ne na oboje hkrati.Deluje kot molekularno stikalo, ki pomaga usmerjati telomerazo in preprečuje njeno napačno delovanje.Sir4 je telomerni regulatorni protein, ki se veže na yKu in sodeluje pri lokalizaciji telomeraze v bližini telomer. yKu in Sir4 prav tako preprečujeta, da bi telomeraza delovala na poškodovani DNA.

	=== Dinamika vezave ===		=== Dinamika vezave ===

			Ostaja vprašanje, kdaj natančno se RNA Tlc1 poveže z različnimi proteini?

			Nekateri posredni dokazi kažejo, da se asociacije Est, Pop in yKu proteinov zgodijo v citoplazmi, še preden pride do ponovnega vnosa v jedro in rekrutacije na telomere. Teoretično bi bil popolnoma sestavljen telomerazni RNP( ena Tlc1 RNA molekula plus Sm7, Est1/Est2/Est3, Pop1, Pop6/Pop7 in yKu heterodimer) še dovolj majhen, da bi se lahko prenesel skozi jedrne pore v jedro.Vendar pa je bilo kasneje pokazano, da večji kot so proteinski kompleksi, več enot jedrnih lokalizacijskih signalov (NLS) je potrebnih za njihov vnos v jedro.Zato predvidena precej velika velikost kvasne telomeraze (~1300 kDa) verjetno zahteva enega ali več NLS signalov, da lahko preide skozi jedrno poro,ti so lahko prisotni na Est, yKu in/ali Pop proteinih.Zato ostaja odprto vprašanje, ali telomerazni RNP dejansko prehaja v jedro kot popolnoma sestavljen kompleks, ali pa se sestavljanje nadaljuje tudi po vstopu v jedro. Možno je, da gre za postopno sestavljanje (stepwise assembly), kjer se posamezni proteini pridružujejo v različnih celičnih predelih.Tak mehanizem bi lahko predstavljal tudi kontrolno točko, ki zagotavlja, da v jedro vstopi le pravilno sestavljen in funkcionalen kompleks telomeraze. S tem bi celica preprečila neustrezno aktivnost telomeraze in njeno delovanje na napačnih mestih v genomu, kot so dvoverižni prelomi DNA.

	== Zaključek ==		== Zaključek ==

			Po transkripciji se Tlc1 hitro poveže z različnimi proteini. Za transport v citoplazmo so ključni eksportni faktorji, ki RNA stabilizirajo in ščitijo pred razgradnjo. Natančen čas in način teh zgodnjih interakcij še vedno nista popolnoma razjasnjena. Pomembna ideja je, da Tlc1 ne obstaja v eni stabilni obliki, ampak se njena sestava spreminja skozi čas — od “mlade” novo nastale RNA do “zrelega” telomeraznega kompleksa. Ta sprememba sestave vpliva na stabilnost, lokalizacijo in funkcijo telomeraze.
			Zato je ključno odprto vprašanje, kdaj in kako se posamezne podenote telomeraze najprej vežejo na Tlc1 ter ali poteka več ciklov transporta med jedrom in citoplazmo.Na splošno to kaže, da je telomeraza dinamičen in večstopenjski sistem, katerega natančen življenjski cikel še ni v celoti razjasnjen.
			Na Tlc1 se tudi vežejo različni proteini kot so Pop1, Pop6 in Pop7, ki prispevajo k stabilnosti in pravilni tridimenzionalni strukturi RNA, ter proteini Est1, Est2 in Est3, ki sodelujejo pri sestavi aktivne telomeraze.Vendar tudi tukaj še marsikaj ni jasno med drugim ostajajo vprašanja ali se proteini (npr. Est1, Est2, Ku, Pop1/6/7) vežejo na TLC1 v jedru, citoplazmi ali oboje in ali obstaja točno določen vrstni red vezave.

	== Viri ==		== Viri ==

Telomerazni RNP pri kvasovki

Nika Habič — Tue, 14 Apr 2026 13:01:18 GMT

Viri

@@ Line 5: / Line 5: @@
 == Stabilizacija koncev in transport v citoplazmo ==
 == Ponovno vračanje v jedro ==
@@ Line 26: / Line 35: @@
 == Viri ==

Telomerazni RNP pri kvasovki

Tjaša Bogataj — Tue, 14 Apr 2026 12:39:39 GMT

Dodatni cikli transporta

← Older revision		Revision as of 12:39, 14 April 2026
(7 intermediate revisions by the same user not shown)
Line 7:		Line 7:

	== Ponovno vračanje v jedro ==		== Ponovno vračanje v jedro ==
			Kap122 pomaga pri ponovnem importu Tlc1 RNA v jedro. Nato med zorenjem obroč Sm7 stabilizira 3'-konec RNA in omogoča hipermetilacijo na 5'-koncu preko encima Tgs1. Nato Tgs1 omogoči nastanek TMG kape na 5'-koncu in s tem se zorenje zaključi. V rastlinskih in živalskih celicah so za ta proces ključna Cajalova telesa, ki pa jih pri kvasovkah ne opazimo. Tgs1 pri kvasovkah ostaja na podobni lokaciji, zato predvidevamo, da do trimetilacije snRNA in snoRNA prihaja v jedru.

	== Dodatni ~~ciklji~~ transporta ==		Sm7 je nujen za zorenje 3'-konca RNA, saj se Tlc1 brez njega razgradi v citoplazmi. Nasprotno pa Tgs1 in TMG-kapa nista nujna, saj njuna odsotnost povzroči le majhne spremembe.

			Pomanjkanje metilacije telomerazne RNA s homolognimi encimi kot je Tsg1 vodi do različnih posledic. V človeških celicah izguba Tgs1 povzroči večjo koncentracijo RNA telomeraze in posledično podaljšanje telomer, pri brstečih kvasovkah pa se ravni RNA telomeraze zmanjšajo ter aktivna telomeraza vsebuje samo Tlc1 RNA na katero je že vezana TMG-kapa, kar odpira več možnosti za nastanek kape. Če se telomerazni RNP sestavi šele po dodatku TMG-kape v jedru, bi to pomenilo dodatno kontrolo kakovosti RNA, če pa se sestavi pred dodatkom TMG-kape v citoplazmi, pomeni, da je hipermetilacija obvezen korak pred vstopom v nukleoplazmo in je ključna za nadaljnje delovanje.

			== Dodatni cikli transporta ==
			Dokazano je, da se RNA Tlc1 premika iz jedra v citoplazmo in nazaj. Temu procesu rečemo shuttling. Verjetno se premika večkrat, kar pomeni, da se cikel ponavlja, saj se zrele Tlc1, ne zadržujejo v jedru, kot bi to pričakovali. Večkratno premikanje bi služilo kot kontrolna točka za pravilno zvitje in funkcionalnost RNA, kar je pomembno za stabilnost in večkratno uporabo kot matrico za sintezo telomer.

			Pri uvedbi temperaturno odvisne mutacije v Mex67, razmerje med jedrnimi in citoplazemskimi Tlc1 ostaja enako, s čimer dokažemo neprekinjeno premikanje Tlc1 in sklepamo, da Mex67 ni nujen za ponovni izvoz zrele Tlc1.
			Tlc1 RNA takoj po transkripciji ima m7G kapo na 5'-koncu, njena stabilnost pa je odvisna od Mex67. Po prvem ciklu prehoda pa ima vezan Sm7 obroč ter vsebuje TMG-kapo. RNP, ki nastane takoj po transkripciji ima vezan CBC, ki se odstrani pred ponovnim vstopom v jedro, zato zrela Tlc1 nima CBC in bi potrebovala alternativne RNA-vezavne proteine za izvoz ter drugačen adaptor kot Mex67.

	== Interakcije z različnimi proteini ==		== Interakcije z različnimi proteini ==

Talk:Biogeneza in delovanje spliceosomske komponente U1

JS — Tue, 14 Apr 2026 12:01:58 GMT

← Older revision		Revision as of 12:01, 14 April 2026
Line 1:		Line 1:
	Tadej Vertnik: uvodno poglavje in poglavje o U1 snRNP kompleksu <br>		Tadej Vertnik: uvodno poglavje in poglavje o U1 snRNP kompleksu <br>
	Pavel Trojer: poglavji o biogenezi U1 snRNP in določanju mesta izrezovanja z razdalje <br>		Pavel Trojer: poglavji o biogenezi U1 snRNP in določanju mesta izrezovanja z razdalje <br>
	Jakob Sedonja: delovanje apoptoze na U1 snRNP kompleks in imunski odziv proti U1 snRNP <br>		Jakob Sedonja: delovanje apoptoze na U1 snRNP kompleks, imunski odziv proti U1 snRNP in zaključek <br>

Biogeneza in delovanje spliceosomske komponente U1

JS — Tue, 14 Apr 2026 12:00:31 GMT

← Older revision		Revision as of 12:00, 14 April 2026
Line 34:		Line 34:
	==Imunski odziv proti U1 snRNP==		==Imunski odziv proti U1 snRNP==
	Dokazano je bilo, da se avtoprotitelesa proti komponentam U1 snRNP pojavljajo v značilnem zaporedju, pri čemer sta U1-70K in Sm-B/B′ zgodnja imunogena. Analiza pri bolnikih je pokazala, da se protitelesa proti U1-70K in Sm-B/B′ pojavijo prej kot proti drugim komponentam, medtem ko se protitelesa proti U1A, U1C in Sm-D pojavijo kasneje. To skupaj z dejstvom, da se U1-70K med apoptozo modificira, podpira hipotezo, da so apoptotske spremembe U1-70K ključne za sprožitev imunskega odziva proti kompleksu U1 snRNP.<br>		Dokazano je bilo, da se avtoprotitelesa proti komponentam U1 snRNP pojavljajo v značilnem zaporedju, pri čemer sta U1-70K in Sm-B/B′ zgodnja imunogena. Analiza pri bolnikih je pokazala, da se protitelesa proti U1-70K in Sm-B/B′ pojavijo prej kot proti drugim komponentam, medtem ko se protitelesa proti U1A, U1C in Sm-D pojavijo kasneje. To skupaj z dejstvom, da se U1-70K med apoptozo modificira, podpira hipotezo, da so apoptotske spremembe U1-70K ključne za sprožitev imunskega odziva proti kompleksu U1 snRNP.<br>
	~~U1 snRNA neposredno prispeva k aktivaciji imunskega sistema z interakcijo z endosomskimi Tollu podobnimi receptorji (TLR), zlasti TLR7 in TLR8.~~		Med celično smrtjo se kompleks U1 snRNP, ki vsebuje U1 snRNA, premakne na apoptotska telesca, kjer postane dostopen avtoprotitelesom. Ta avtoprotitelesa omogočijo nastanek imunskih kompleksov, ki jih nato prevzamejo imunske celice, kar omogoči da pride do aktivacije TLR-odvisnih signalnih poti. U1 snRNA ima dvoverižno sekundarno strukturo, zaradi katere lahko deluje kot ligand za TLR receptorje in sproži prirojeni imunski odziv, vendar mora biti prisotna v endosomih. Ko vstopi v endosom, kot del snRNP kompleksa ali kot del imunskega kompleksa vezanega na avtoprotitelesa, neposredno aktivira TLR7 in TLR8, kar vodi do močne produkcije pro-vnetnih citokinov, kot je interlevkin-1β. Ti povečajo vnetje (aktivacijo drugih imunskih celic), zvišanjo telesno temperaturo in spodbujanjo izražanje drugih vnetnih molekul.
	Med celično smrtjo se kompleks U1 snRNP, ki vsebuje U1 snRNA, ~~premakne iz jedra v citoplazmo. Po izhodu iz jedra se kompleks U1 snRNP~~ premakne na apoptotska telesca, kjer postane dostopen avtoprotitelesom. Ta avtoprotitelesa omogočijo nastanek imunskih kompleksov, ki jih nato prevzamejo imunske celice, kar omogoči da pride do aktivacije TLR-odvisnih signalnih poti. U1 snRNA ima dvoverižno sekundarno strukturo, zaradi katere lahko deluje kot ligand za TLR receptorje in sproži prirojeni imunski odziv, vendar mora biti prisotna v endosomih. Ko vstopi v endosom, kot del snRNP kompleksa ali kot del imunskega kompleksa vezanega na avtoprotitelesa, neposredno aktivira TLR7 in TLR8, kar vodi do močne produkcije pro-vnetnih citokinov, kot je interlevkin-1β. Ti povečajo vnetje (aktivacijo drugih imunskih celic), zvišanjo telesno temperaturo in spodbujanjo izražanje drugih vnetnih molekul.

	=Zaključek=		=Zaključek=

Biogeneza in delovanje spliceosomske komponente U1

Tadej Vertnik — Tue, 14 Apr 2026 11:55:45 GMT

Zaključek

← Older revision		Revision as of 11:55, 14 April 2026
(One intermediate revision by the same user not shown)
Line 3:		Line 3:

	=U1 snRNP kompleks=		=U1 snRNP kompleks=
	U1 snRNP kompleks iniciira sestavo spliceosoma, tako da prepozna in se veže na cepitvena mesta na pre-mRNA. Ta vezava omogoči naknadno vezavo ostalih snRNP-jev. Interakcije protein-protein med snRNP-ji olajšajo sestavo celotnega spliceosoma. U1 snRNP je sestavljen iz U1 snRNA, Sm heptamera in treh specifičnih proteinov U1-70K, ki ga kodira ''SNRNP70'' gen, U1-A, ki ga kodira ''SNRPA'' gen, in U1-C, ki ga kodira ''SNRPC'' gen (slika 1B iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka]). Sm heptamer je vezan na Sm vezavno mesto na snRNA. Gre za heptamer proteinov, ki so pomembni za stabilizacijo U1 snRNA, sestavljanje U1 snRNP kompleksa in prepoznavo 5' cepitvenega mesta na pre-mRNA pri splicingu. Prisotnost vseh teh komponent omogoča natančno prepoznavo cepitvenih mest [1][2].<br><br> Vezava samega U1 snRNP kompleksa na 5' cepitvenih mestih v novo prepisanih intronih ima pomembno vlogo pri transkripciji, ker aktivno povečuje elongacijsko hitrost RNA polimeraze II. To zmanjša možnosti, da RNA polimeraza II naleti na ovire kot so poliadenilacijska mesta (PAS) in transkripcijska zaustavitev. Tako se zagotovi popolna transkripcija dolgih genov. Pri tem ima U1-70K ključno vlogo, ker interagira neposredno s CPSF in se tako vmeša v cepitev in sestavo poliadenilacijskega kompleksa. Inhibicija prekurzorske poliadenilacije in omogočenje celotne transkripcije, zaradi elongacije le te z navzgornjimi promotorji daje U1 snRNP kompleksu dodatno vlogo promocije dostopnosti kromatina in ojačitve serin 5 fosforilacije RNA polimeraz II pri navzdoljnih promotorjih, kar vodi do njihove aktivacije.<br><br>		U1 snRNP kompleks iniciira sestavo spliceosoma, tako da prepozna in se veže na cepitvena mesta na pre-mRNA. Ta vezava omogoči naknadno vezavo ostalih snRNP-jev. Interakcije protein-protein med snRNP-ji olajšajo sestavo celotnega spliceosoma. U1 snRNP je sestavljen iz U1 snRNA, Sm heptamera in treh specifičnih proteinov U1-70K, ki ga kodira ''SNRNP70'' gen, U1-A, ki ga kodira ''SNRPA'' gen, in <br>U1-C, ki ga kodira ''SNRPC'' gen (slika 1B iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka]). Sm heptamer je vezan na Sm vezavno mesto na snRNA. Gre za heptamer proteinov, ki so pomembni za stabilizacijo U1 snRNA, sestavljanje U1 snRNP kompleksa in prepoznavo 5' cepitvenega mesta na pre-mRNA pri splicingu. Prisotnost vseh teh komponent omogoča natančno prepoznavo cepitvenih mest [1][2].<br><br> Vezava samega U1 snRNP kompleksa na 5' cepitvenih mestih v novo prepisanih intronih ima pomembno vlogo pri transkripciji, ker aktivno povečuje elongacijsko hitrost RNA polimeraze II. To zmanjša možnosti, da RNA polimeraza II naleti na ovire kot so poliadenilacijska mesta (PAS) in transkripcijska zaustavitev. Tako se zagotovi popolna transkripcija dolgih genov. Pri tem ima U1-70K ključno vlogo, ker interagira neposredno s CPSF in se tako vmeša v cepitev in sestavo poliadenilacijskega kompleksa. Inhibicija prekurzorske poliadenilacije in omogočenje celotne transkripcije, zaradi elongacije le te z navzgornjimi promotorji daje U1 snRNP kompleksu dodatno vlogo promocije dostopnosti kromatina in ojačitve serin 5 fosforilacije RNA polimeraz II pri navzdoljnih promotorjih, kar vodi do njihove aktivacije.<br><br>
	Še ena kotranskripcijska regulatorna vloga U1 snRNP kompleksa je telescripting. Gre za utišanje prekurzorskega cepljenja na 3' koncu in poliadenilcije v transkriptih RNA polimeraze II, kar je pomembno za celotno transkripcijo tisočerih kodirajočih mRNA in dolgih nekodirajočih RNA (lncRNA) [3].<br><br>		Še ena kotranskripcijska regulatorna vloga U1 snRNP kompleksa je telescripting. Gre za utišanje prekurzorskega cepljenja na 3' koncu in poliadenilcije v transkriptih RNA polimeraze II, kar je pomembno za celotno transkripcijo tisočerih kodirajočih mRNA in dolgih nekodirajočih RNA (lncRNA) [3].<br><br>
	Kadar pride do prepisa transkriptov, ki vsebujejo intronske PAS, morajo biti le ti razgrajeni s strani RNA eksosomov, da se prepreči sinteza skrajšanih in nefunkcionalnih proteinov. Takšni transkripti vsebujejo kombinacijo 5' cepitvenega mesta in poli(A) stika. Ta kombinacija se imenuje jedrni RNA degradacijski kod (NRDC), ki ni prisoten pri pravilno procesiranih RNA, saj sproži njihovo razgradnjo. U1 snRNP kompleks skupaj s cepitvenimi in polidaenilacijskimi faktorji se veže na NRDC in kooperativno rekrutira PAXT (angl. Poly(A) tail exosome targeting) adaptor, ki omogoča vezavo RNA eksosoma in razgradnjo pokvarjenih RNA. <br><br>U1 snRNP kompleks ima tako pomembno vlogo v kontroli kvalitete transkriptoma, zaradi njegovih vlog pri razgradnji RNA, transkripcijski elongaciji in telescriptingu [1].		Kadar pride do prepisa transkriptov, ki vsebujejo intronske PAS, morajo biti le ti razgrajeni s strani RNA eksosomov, da se prepreči sinteza skrajšanih in nefunkcionalnih proteinov. Takšni transkripti vsebujejo kombinacijo 5' cepitvenega mesta in poli(A) stika. Ta kombinacija se imenuje jedrni RNA degradacijski kod (NRDC), ki ni prisoten pri pravilno procesiranih RNA, saj sproži njihovo razgradnjo. U1 snRNP kompleks skupaj s cepitvenimi in polidaenilacijskimi faktorji se veže na NRDC in kooperativno rekrutira PAXT (angl. Poly(A) tail exosome targeting) adaptor, ki omogoča vezavo RNA eksosoma in razgradnjo pokvarjenih RNA. <br><br>U1 snRNP kompleks ima tako pomembno vlogo v kontroli kvalitete transkriptoma, zaradi njegovih vlog pri razgradnji RNA, transkripcijski elongaciji in telescriptingu [1].
Line 38:		Line 38:

	=Zaključek=		=Zaključek=
	U1 snRNP kompleks je ključna komponenta spliceosoma, ki prepozna 5’ izrezovalno mesto na pre-mRNA in sproži sestavo kompleksa za izrezovanje intronov~~. U1 je sestavljena iz snRNA, Sm proteinskega jedra in specifičnih proteinov (U1-70K, U1-A, U1-C), ki skupaj omogočijo natančno prepoznavo cepitvenih mest~~. Poleg osnovne vloge pri splicingu ima U1 snRNP pomembno vlogo tudi pri transkripciji.<br>		U1 snRNP kompleks je ključna komponenta spliceosoma, ki prepozna 5’ izrezovalno mesto na pre-mRNA in sproži sestavo kompleksa za izrezovanje intronov. Poleg osnovne vloge pri splicingu ima U1 snRNP pomembno vlogo tudi pri transkripciji.<br>
	Biogeneza U1 snRNP vključuje sintezo U1 snRNA v jedru, sestavljanje Sm jedra v citoplazmi s pomočjo SMN kompleksa ter ponovni transport nazaj v jedro, kjer nastane funkcionalen kompleks, ki se veže v spliceosom. U1 ima sposobnost prepoznati izrezovalno mesto, ~~klub~~ vezavi navzgor ali navzdol od mesta spoja eksona in introna.<br>		Biogeneza U1 snRNP vključuje sintezo U1 snRNA v jedru, sestavljanje Sm jedra v citoplazmi s pomočjo SMN kompleksa ter ponovni transport nazaj v jedro, kjer nastane funkcionalen kompleks, ki se veže v spliceosom. U1 ima sposobnost prepoznati izrezovalno mesto, kljub vezavi navzgor ali navzdol od mesta spoja eksona in introna.<br>
	Motnje v delovanju U1 snRNP so povezane z boleznimi, kot je spinalna mišična atrofija, ki nastane pri napakah v splicingu. U1 snRNP kompleks ima vlogo tudi pri apoptozi in lahko sproži imunski odziv, kar je pomembno pri avtoimunskih boleznih, kot je SLE.<br>		Motnje v delovanju U1 snRNP so povezane z boleznimi, kot je spinalna mišična atrofija, ki nastane pri napakah v splicingu. U1 snRNP kompleks ima vlogo tudi pri apoptozi in lahko sproži imunski odziv, kar je pomembno pri avtoimunskih boleznih, kot je SLE.<br>


	=Viri=		=Viri=

Biogeneza in delovanje spliceosomske komponente U1

JS — Tue, 14 Apr 2026 11:51:44 GMT

← Older revision		Revision as of 11:51, 14 April 2026
Line 26:		Line 26:

	=Delovanje apoptoze na U1 snRNP kompleks=		=Delovanje apoptoze na U1 snRNP kompleks=
	Med apoptozo se U1 snRNP spremeni zaradi delovanja kaspaz in drugih ~~proteazm~~ kar povzroči do cepitve U1 kompleksa in ~~njegove funkcionalne inaktivacije~~. Te spremembe prispevajo k zaustavitvi transkripcije in procesiranja RNA, ter spodbujajo potek celične smrti.<br>		Med apoptozo se U1 snRNP spremeni zaradi delovanja kaspaz in drugih proteaz kar povzroči cepitve U1 kompleksa in njegovo funkcionalno inaktivacijo. Te spremembe prispevajo k zaustavitvi transkripcije in procesiranja RNA, ter spodbujajo potek celične smrti.<br>
	Specifična cepitev proteina U1-70K je značilen biokemični znak apoptoze, zato se cepitev U1-70K pogosto uporablja kot marker apoptoze. Protein U1-70K cepi kaspaza-3 na mestu D341, kar vodi do nastanka N-terminalnega fragmenta velikosti 40 kDa in C-terminalnega fragmenta velikosti 22 kDa.		Specifična cepitev proteina U1-70K je značilen biokemični znak apoptoze, zato se cepitev U1-70K pogosto uporablja kot marker apoptoze. Protein U1-70K cepi kaspaza-3 na mestu D341, kar vodi do nastanka N-terminalnega fragmenta velikosti 40 kDa in C-terminalnega fragmenta velikosti 22 kDa.
	Dokazano je bilo, da se U1-70K cepi, medtem ko je še vedno del nespremenjenega kompleksa U1 snRNP, pri cepitvi 40 kDa fragment ostane povezan s kompleksom. Med apoptozo se avtoantigeni kopičijo v dveh populacijah membranskih izboklin (blebov) na površini celice. U1-70K je zgodaj lokaliziran v jedru, kasneje pa se njegovi epitopi kopičijo v apoptotskih telescah.<br>		Dokazano je bilo, da se U1-70K cepi, medtem ko je še vedno del nespremenjenega kompleksa U1 snRNP, pri cepitvi 40 kDa fragment ostane povezan s kompleksom. Med apoptozo se avtoantigeni kopičijo v dveh populacijah membranskih izboklin (blebov) na površini celice. U1-70K je zgodaj lokaliziran v jedru, kasneje pa se njegovi epitopi kopičijo v apoptotskih telescah.<br>
	Pri različnih oblikah celične smrti se U1-70K obnaša različno, na primer pri nekrozi se razgradi v nedoločljive fragmenta. Pri CTL-inducirani (citoksični limfocit T)apoptozi granzim B cepi kompleks v 60kDa fragment, pri oksidativnih procesih pa se lahko razgradi v fragmente velike 33-38 kDa.		Pri različnih oblikah celične smrti se U1-70K obnaša različno, na primer pri nekrozi se razgradi v nedoločljive fragmenta. Pri CTL-inducirani (citoksični limfocit T)apoptozi granzim B cepi kompleks v 60kDa fragment, pri oksidativnih procesih pa se lahko razgradi v fragmente velike 33-38 kDa.
	Apoptoza aktivira kaspaze, ki cepijo Sm-F blizu C-konca, ta cepitev destabilizira strukturo splicesoma. Nastane 9 kDa velik fragmenta, ki ostane povezan z U snRNP kompleksi. Spliceosomski Sm proteini so tarča anti-Sm avtoprotiteles, ki se pojavljajo izključno pri bolnikih s sistemskim lupusom eritematozusom (SLE)~~. Zato se ta protitelesa uporabljajo kot diagnostični markerji~~.		Apoptoza aktivira kaspaze, ki cepijo Sm-F blizu C-konca, ta cepitev destabilizira strukturo splicesoma. Nastane 9 kDa velik fragmenta, ki ostane povezan z U snRNP kompleksi. Spliceosomski Sm proteini so tarča anti-Sm avtoprotiteles, ki se pojavljajo izključno pri bolnikih s sistemskim lupusom eritematozusom (SLE).

	==Imunski odziv proti U1 snRNP==		==Imunski odziv proti U1 snRNP==

Biogeneza in delovanje spliceosomske komponente U1

Tadej Vertnik — Tue, 14 Apr 2026 11:46:08 GMT

Uvod

← Older revision		Revision as of 11:46, 14 April 2026
(3 intermediate revisions by the same user not shown)
Line 1:		Line 1:
	=Uvod=		=Uvod=
	Pri translaciji genetske informacije se mora RNA ustrezno modificirati. Zato mora biti prekurzorska sporočevalna RNA (pre-mRNA) deležna splicinga oz. spajanja eksonov. Splicing nadzira spliceosom, dinamičen ribonukleoproteinski kompleks sestavljen iz malih jedrnih RNA (snRNA) in vezanih proteinov. Prepozna ustrezna mesta med introni in eksoni, ki so običajno GU dinukleotidi na 5' koncih intronov in AG dinukleotidi na 3' koncih intronov. Človeški spliceosom je sestavljen iz petih majhnih ribonukleoproteinskih kompleksov~~: U1~~, ~~U2, U4, U5 in U6. Ti~~ se stopenjsko sestavijo na pre-mRNA. Slika 1A iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka] prikazuje sistem sestavljanja spliceosoma po intronskem modelu, kjer se snRNP kompleksi povezujejo čez introne. V transkriptih z dolgimi introni in kratkimi eksoni ~~pa se spliceosom običajno sestavi po eksonskem modelu, kjer pride do vezave čez ekson~~. Tekom sestave spliceosoma 5‘ cepitveno mesto tvori intronski lariat, ki se sprosti s cepitvijo na 3’ cepitvenem mestu in eksoni se povežejo. Ti lariati niso nujno popolnoma razgrajeni temveč se lahko modificirajo v funkcionalno nekodirajočo RNA (ncRNA). To sta lahko majhna nukleolarna RNA (snoRNA) in mikro RNA (miRNA), ki imata regulatorno vlogo pri modifikacijah RNA in ekspresiji genov. U1 snRNP kompleks je med kompleksi spliceosoma najbolj številčen (1 milijon kopij na celico), ker je ključen za iniciacijo izrezovanja intronov in inhibicijo cepitve 3' konca ter poliadenilacije pre-mRNA. Njegova disfunkcija je bila povezana z rakom, nevrodegeneracijo in starostnimi boleznimi, kar poudarja njen biološki in klinični pomen[1].		Človeški spliceosom je sestavljen iz petih majhnih ribonukleoproteinskih kompleksov, ki se stopenjsko sestavijo na pre-mRNA. Slika 1A iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka] prikazuje sistem sestavljanja spliceosoma po intronskem modelu, kjer se snRNP kompleksi povezujejo čez introne. Možna je tudi vezava čez ekson, ki je pogosta v transkriptih z dolgimi introni in kratkimi eksoni. Tekom sestave spliceosoma 5‘ cepitveno mesto tvori intronski lariat, ki se sprosti s cepitvijo na 3’ cepitvenem mestu in eksoni se povežejo. Ti lariati niso nujno popolnoma razgrajeni temveč se lahko modificirajo v funkcionalno nekodirajočo RNA (ncRNA). To sta lahko majhna nukleolarna RNA (snoRNA) in mikro RNA (miRNA), ki imata regulatorno vlogo pri modifikacijah RNA in ekspresiji genov. U1 snRNP kompleks je med kompleksi spliceosoma najbolj številčen (1 milijon kopij na celico), ker je ključen za iniciacijo izrezovanja intronov in inhibicijo cepitve 3' konca ter poliadenilacije pre-mRNA. Njegova disfunkcija je bila povezana z rakom, nevrodegeneracijo in starostnimi boleznimi, kar poudarja njen biološki in klinični pomen[1].

	=U1 snRNP kompleks=		=U1 snRNP kompleks=
	U1 snRNP kompleks iniciira sestavo spliceosoma, tako da prepozna in se veže na cepitvena mesta na pre-mRNA. Ta vezava omogoči naknadno vezavo ostalih snRNP-jev. Interakcije protein-protein med snRNP-ji olajšajo sestavo celotnega spliceosoma. U1 snRNP je sestavljen iz U1 snRNA, Sm heptamera in treh specifičnih proteinov U1-70K, ki ga kodira SNRNP70 gen, U1-A, ki ga kodira SNRPA gen, in U1-C, ki ga kodira SNRPC gen (slika 1B iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka]). Sm heptamer je vezan na Sm vezavno mesto na snRNA. Gre za heptamer proteinov, ki so pomembni za stabilizacijo U1 snRNA, sestavljanje U1 snRNP kompleksa in prepoznavo 5' cepitvenega mesta na pre-mRNA pri splicingu. Prisotnost vseh teh komponent omogoča natančno prepoznavo cepitvenih mest [1][2].<br><br> Vezava samega U1 snRNP kompleksa na 5' cepitvenih mestih v novo prepisanih intronih ima pomembno vlogo pri transkripciji, ker aktivno povečuje elongacijsko hitrost RNA polimeraze II. To zmanjša možnosti, da RNA polimeraza II naleti na ovire kot so poliadenilacijska mesta (PAS) in transkripcijska zaustavitev. Tako se zagotovi popolna transkripcija dolgih genov. Pri tem ima U1-70K ključno vlogo, ker interagira neposredno s CPSF in se tako vmeša v cepitev in sestavo poliadenilacijskega kompleksa. Inhibicija prekurzorske poliadenilacije in omogočenje celotne transkripcije, zaradi elongacije le te z navzgornjimi promotorji daje U1 snRNP kompleksu dodatno vlogo promocije dostopnosti kromatina in ojačitve serin 5 fosforilacije RNA polimeraz II pri navzdoljnih promotorjih, kar vodi do njihove aktivacije.<br><br>		U1 snRNP kompleks iniciira sestavo spliceosoma, tako da prepozna in se veže na cepitvena mesta na pre-mRNA. Ta vezava omogoči naknadno vezavo ostalih snRNP-jev. Interakcije protein-protein med snRNP-ji olajšajo sestavo celotnega spliceosoma. U1 snRNP je sestavljen iz U1 snRNA, Sm heptamera in treh specifičnih proteinov U1-70K, ki ga kodira ''SNRNP70'' gen, U1-A, ki ga kodira ''SNRPA'' gen, in U1-C, ki ga kodira ''SNRPC'' gen (slika 1B iz [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.70026 članka]). Sm heptamer je vezan na Sm vezavno mesto na snRNA. Gre za heptamer proteinov, ki so pomembni za stabilizacijo U1 snRNA, sestavljanje U1 snRNP kompleksa in prepoznavo 5' cepitvenega mesta na pre-mRNA pri splicingu. Prisotnost vseh teh komponent omogoča natančno prepoznavo cepitvenih mest [1][2].<br><br> Vezava samega U1 snRNP kompleksa na 5' cepitvenih mestih v novo prepisanih intronih ima pomembno vlogo pri transkripciji, ker aktivno povečuje elongacijsko hitrost RNA polimeraze II. To zmanjša možnosti, da RNA polimeraza II naleti na ovire kot so poliadenilacijska mesta (PAS) in transkripcijska zaustavitev. Tako se zagotovi popolna transkripcija dolgih genov. Pri tem ima U1-70K ključno vlogo, ker interagira neposredno s CPSF in se tako vmeša v cepitev in sestavo poliadenilacijskega kompleksa. Inhibicija prekurzorske poliadenilacije in omogočenje celotne transkripcije, zaradi elongacije le te z navzgornjimi promotorji daje U1 snRNP kompleksu dodatno vlogo promocije dostopnosti kromatina in ojačitve serin 5 fosforilacije RNA polimeraz II pri navzdoljnih promotorjih, kar vodi do njihove aktivacije.<br><br>
	Še ena kotranskripcijska regulatorna vloga U1 snRNP kompleksa je telescripting. Gre za utišanje prekurzorskega cepljenja na 3' koncu in poliadenilcije v transkriptih RNA polimeraze II, kar je pomembno za celotno transkripcijo tisočerih kodirajočih mRNA in dolgih nekodirajočih RNA (lncRNA) [3].<br><br>		Še ena kotranskripcijska regulatorna vloga U1 snRNP kompleksa je telescripting. Gre za utišanje prekurzorskega cepljenja na 3' koncu in poliadenilcije v transkriptih RNA polimeraze II, kar je pomembno za celotno transkripcijo tisočerih kodirajočih mRNA in dolgih nekodirajočih RNA (lncRNA) [3].<br><br>
	Kadar pride do prepisa transkriptov, ki vsebujejo intronske PAS, morajo biti le ti razgrajeni s strani RNA eksosomov, da se prepreči sinteza skrajšanih in nefunkcionalnih proteinov. Takšni transkripti vsebujejo kombinacijo 5' cepitvenega mesta in poli(A) stika. Ta kombinacija se imenuje jedrni RNA degradacijski kod (NRDC), ki ni prisoten pri pravilno procesiranih RNA, saj sproži njihovo razgradnjo. U1 snRNP kompleks skupaj s cepitvenimi in polidaenilacijskimi faktorji se veže na NRDC in kooperativno rekrutira PAXT (angl. Poly(A) tail exosome targeting) adaptor, ki omogoča vezavo RNA eksosoma in razgradnjo pokvarjenih RNA. <br><br>U1 snRNP kompleks ima tako pomembno vlogo v kontroli kvalitete transkriptoma, zaradi njegovih vlog pri razgradnji RNA, transkripcijski elongaciji in telescriptingu [1].		Kadar pride do prepisa transkriptov, ki vsebujejo intronske PAS, morajo biti le ti razgrajeni s strani RNA eksosomov, da se prepreči sinteza skrajšanih in nefunkcionalnih proteinov. Takšni transkripti vsebujejo kombinacijo 5' cepitvenega mesta in poli(A) stika. Ta kombinacija se imenuje jedrni RNA degradacijski kod (NRDC), ki ni prisoten pri pravilno procesiranih RNA, saj sproži njihovo razgradnjo. U1 snRNP kompleks skupaj s cepitvenimi in polidaenilacijskimi faktorji se veže na NRDC in kooperativno rekrutira PAXT (angl. Poly(A) tail exosome targeting) adaptor, ki omogoča vezavo RNA eksosoma in razgradnjo pokvarjenih RNA. <br><br>U1 snRNP kompleks ima tako pomembno vlogo v kontroli kvalitete transkriptoma, zaradi njegovih vlog pri razgradnji RNA, transkripcijski elongaciji in telescriptingu [1].

Talk:Heterogeni jedrni RNP-ji in njihova vloga v celici

Ema Fink Ružič — Tue, 14 Apr 2026 11:27:09 GMT

← Older revision		Revision as of 11:27, 14 April 2026
Line 1:		Line 1:

	Ana Debevec - RRM domena, alternativno izrezovanje		Ana Debevec - RRM domena, alternativno izrezovanje

	Ema Fink Ružič - uvod, RGG domena, transport in translacija		Ema Fink Ružič - uvod, RGG domena, transport in translacija

	Ana Kranjc Praprotnik - KH domena, uravnavanje stabilnosti mRNA, zaključek		Ana Kranjc Praprotnik - KH domena, uravnavanje stabilnosti mRNA, zaključek

Talk:Heterogeni jedrni RNP-ji in njihova vloga v celici

Ema Fink Ružič — Tue, 14 Apr 2026 11:26:46 GMT

Created page with "Ana Debevec - RRM domena, alternativno izrezovanje Ema Fink Ružič - uvod, RGG domena, transport in translacija Ana Kranjc Praprotnik - KH domena, uravnavanje stabilnosti mRNA, zaključek"

New page

Ana Debevec - RRM domena, alternativno izrezovanje
Ema Fink Ružič - uvod, RGG domena, transport in translacija
Ana Kranjc Praprotnik - KH domena, uravnavanje stabilnosti mRNA, zaključek

Biogeneza in delovanje spliceosomske komponente U1

JS — Tue, 14 Apr 2026 07:31:40 GMT

← Older revision		Revision as of 07:31, 14 April 2026
(3 intermediate revisions by the same user not shown)
Line 26:		Line 26:

	=Delovanje apoptoze na U1 snRNP kompleks=		=Delovanje apoptoze na U1 snRNP kompleks=
	Med apoptozo se U1 snRNP spremeni zaradi delovanja kaspaz in drugih proteazm kar povzroči do cepitve U1 kompleksa in njegove funkcionalne inaktivacije. Te spremembe prispevajo k zaustavitvi transkripcije in procesiranja RNA, ter spodbujajo potek celične smrti		Med apoptozo se U1 snRNP spremeni zaradi delovanja kaspaz in drugih proteazm kar povzroči do cepitve U1 kompleksa in njegove funkcionalne inaktivacije. Te spremembe prispevajo k zaustavitvi transkripcije in procesiranja RNA, ter spodbujajo potek celične smrti.<br>
	Specifična cepitev proteina U1-70K je značilen biokemični znak apoptoze, zato se cepitev U1-70K pogosto uporablja kot marker apoptoze. Protein U1-70K cepi kaspaza-3 na mestu D341, kar vodi do nastanka N-terminalnega fragmenta velikosti 40 kDa in C-terminalnega fragmenta velikosti 22 kDa.		Specifična cepitev proteina U1-70K je značilen biokemični znak apoptoze, zato se cepitev U1-70K pogosto uporablja kot marker apoptoze. Protein U1-70K cepi kaspaza-3 na mestu D341, kar vodi do nastanka N-terminalnega fragmenta velikosti 40 kDa in C-terminalnega fragmenta velikosti 22 kDa.
	Dokazano je bilo, da se U1-70K cepi, medtem ko je še vedno del nespremenjenega kompleksa U1 snRNP, pri cepitvi 40 kDa fragment ostane povezan s kompleksom. Med apoptozo se avtoantigeni kopičijo v dveh populacijah membranskih izboklin (blebov) na površini celice. U1-70K je zgodaj lokaliziran v jedru, kasneje pa se njegovi epitopi kopičijo v apoptotskih telescah.		Dokazano je bilo, da se U1-70K cepi, medtem ko je še vedno del nespremenjenega kompleksa U1 snRNP, pri cepitvi 40 kDa fragment ostane povezan s kompleksom. Med apoptozo se avtoantigeni kopičijo v dveh populacijah membranskih izboklin (blebov) na površini celice. U1-70K je zgodaj lokaliziran v jedru, kasneje pa se njegovi epitopi kopičijo v apoptotskih telescah.<br>
	Pri različnih oblikah celične smrti se U1-70K obnaša različno, na primer pri nekrozi se razgradi v nedoločljive fragmenta. Pri CTL-inducirani (citoksični limfocit T)apoptozi granzim B cepi kompleks v 60kDa fragment, pri oksidativnih procesih pa se lahko razgradi v fragmente velike 33-38 kDa.		Pri različnih oblikah celične smrti se U1-70K obnaša različno, na primer pri nekrozi se razgradi v nedoločljive fragmenta. Pri CTL-inducirani (citoksični limfocit T)apoptozi granzim B cepi kompleks v 60kDa fragment, pri oksidativnih procesih pa se lahko razgradi v fragmente velike 33-38 kDa.
	Apoptoza aktivira kaspaze, ki cepijo Sm-F blizu C-konca, ta cepitev destabilizira strukturo splicesoma. Nastane 9 kDa velik fragmenta, ki ostane povezan z U snRNP kompleksi. Spliceosomski Sm proteini so tarča anti-Sm avtoprotiteles, ki se pojavljajo izključno pri bolnikih s sistemskim lupusom eritematozusom (SLE). Zato se ta protitelesa uporabljajo kot diagnostični markerji.		Apoptoza aktivira kaspaze, ki cepijo Sm-F blizu C-konca, ta cepitev destabilizira strukturo splicesoma. Nastane 9 kDa velik fragmenta, ki ostane povezan z U snRNP kompleksi. Spliceosomski Sm proteini so tarča anti-Sm avtoprotiteles, ki se pojavljajo izključno pri bolnikih s sistemskim lupusom eritematozusom (SLE). Zato se ta protitelesa uporabljajo kot diagnostični markerji.

	==Imunski odziv proti U1 snRNP==		==Imunski odziv proti U1 snRNP==
	Dokazano je bilo, da se avtoprotitelesa proti komponentam U1 snRNP pojavljajo v značilnem zaporedju, pri čemer sta U1-70K in Sm-B/B′ zgodnja imunogena. Analiza pri bolnikih je pokazala, da se protitelesa proti U1-70K in Sm-B/B′ pojavijo prej kot proti drugim komponentam, medtem ko se protitelesa proti U1A, U1C in Sm-D pojavijo kasneje. To skupaj z dejstvom, da se U1-70K med apoptozo modificira, podpira hipotezo, da so apoptotske spremembe U1-70K ključne za sprožitev imunskega odziva proti kompleksu U1 snRNP.		Dokazano je bilo, da se avtoprotitelesa proti komponentam U1 snRNP pojavljajo v značilnem zaporedju, pri čemer sta U1-70K in Sm-B/B′ zgodnja imunogena. Analiza pri bolnikih je pokazala, da se protitelesa proti U1-70K in Sm-B/B′ pojavijo prej kot proti drugim komponentam, medtem ko se protitelesa proti U1A, U1C in Sm-D pojavijo kasneje. To skupaj z dejstvom, da se U1-70K med apoptozo modificira, podpira hipotezo, da so apoptotske spremembe U1-70K ključne za sprožitev imunskega odziva proti kompleksu U1 snRNP.<br>
	U1 snRNA neposredno prispeva k aktivaciji imunskega sistema z interakcijo z endosomskimi Tollu podobnimi receptorji (TLR), zlasti TLR7 in TLR8.		U1 snRNA neposredno prispeva k aktivaciji imunskega sistema z interakcijo z endosomskimi Tollu podobnimi receptorji (TLR), zlasti TLR7 in TLR8.
	Med celično smrtjo se kompleks U1 snRNP, ki vsebuje U1 snRNA, premakne iz jedra v citoplazmo. Po izhodu iz jedra se kompleks U1 snRNP premakne na apoptotska telesca, kjer postane dostopen avtoprotitelesom. Ta avtoprotitelesa omogočijo nastanek imunskih kompleksov, ki jih nato prevzamejo imunske celice, kar omogoči da pride do aktivacije TLR-odvisnih signalnih poti. U1 snRNA ima dvoverižno sekundarno strukturo, zaradi katere lahko deluje kot ligand za TLR receptorje in sproži prirojeni imunski odziv, vendar mora biti prisotna v endosomih. Ko vstopi v endosom, kot del snRNP kompleksa ali kot del imunskega kompleksa vezanega na avtoprotitelesa, neposredno aktivira TLR7 in TLR8, kar vodi do močne produkcije pro-vnetnih citokinov, kot je interlevkin-1β. Ti povečajo vnetje (aktivacijo drugih imunskih celic), zvišanjo telesno temperaturo in spodbujanjo izražanje drugih vnetnih molekul.		Med celično smrtjo se kompleks U1 snRNP, ki vsebuje U1 snRNA, premakne iz jedra v citoplazmo. Po izhodu iz jedra se kompleks U1 snRNP premakne na apoptotska telesca, kjer postane dostopen avtoprotitelesom. Ta avtoprotitelesa omogočijo nastanek imunskih kompleksov, ki jih nato prevzamejo imunske celice, kar omogoči da pride do aktivacije TLR-odvisnih signalnih poti. U1 snRNA ima dvoverižno sekundarno strukturo, zaradi katere lahko deluje kot ligand za TLR receptorje in sproži prirojeni imunski odziv, vendar mora biti prisotna v endosomih. Ko vstopi v endosom, kot del snRNP kompleksa ali kot del imunskega kompleksa vezanega na avtoprotitelesa, neposredno aktivira TLR7 in TLR8, kar vodi do močne produkcije pro-vnetnih citokinov, kot je interlevkin-1β. Ti povečajo vnetje (aktivacijo drugih imunskih celic), zvišanjo telesno temperaturo in spodbujanjo izražanje drugih vnetnih molekul.

			=Zaključek=
			U1 snRNP kompleks je ključna komponenta spliceosoma, ki prepozna 5’ izrezovalno mesto na pre-mRNA in sproži sestavo kompleksa za izrezovanje intronov. U1 je sestavljena iz snRNA, Sm proteinskega jedra in specifičnih proteinov (U1-70K, U1-A, U1-C), ki skupaj omogočijo natančno prepoznavo cepitvenih mest. Poleg osnovne vloge pri splicingu ima U1 snRNP pomembno vlogo tudi pri transkripciji.<br>
			Biogeneza U1 snRNP vključuje sintezo U1 snRNA v jedru, sestavljanje Sm jedra v citoplazmi s pomočjo SMN kompleksa ter ponovni transport nazaj v jedro, kjer nastane funkcionalen kompleks, ki se veže v spliceosom. U1 ima sposobnost prepoznati izrezovalno mesto, klub vezavi navzgor ali navzdol od mesta spoja eksona in introna.<br>
			Motnje v delovanju U1 snRNP so povezane z boleznimi, kot je spinalna mišična atrofija, ki nastane pri napakah v splicingu. U1 snRNP kompleks ima vlogo tudi pri apoptozi in lahko sproži imunski odziv, kar je pomembno pri avtoimunskih boleznih, kot je SLE.<br>


	=Viri=		=Viri=

User:Meri Škorjanc

WikiSysop — Tue, 14 Apr 2026 07:14:10 GMT

User account Meri Škorjanc was created by WikiSysop and password was sent by email

Reprogramiranje metabolizma bakterije E.coli za fiksacijo CO₂

Ana Kastelic — Tue, 14 Apr 2026 07:03:34 GMT

Created page with "Izhodiščni članek: [https://doi.org/10.1186/s13036-025-00612-x Reprogramme the E. coli metabolism by engineering a functional carbon-fixation pathway] == Uvod == Sodobni svet se sooča z resno krizo naraščajočih emisij ogljikovega dioksida (CO₂), ki neposredno povzročajo učinek tople grede in vse pogostejše ekstremne vremenske pojave. Razumevanje, da je treba glede prekomernih koncentracij tega plina v ozračju nekaj ukreniti, je splošno sprejeto. Narava..."

New page

Izhodiščni članek: [https://doi.org/10.1186/s13036-025-00612-x Reprogramme the E. coli metabolism by engineering a functional carbon-fixation pathway]

== Uvod ==

Sodobni svet se sooča z resno krizo naraščajočih emisij ogljikovega dioksida (CO₂), ki neposredno povzročajo učinek tople grede in vse pogostejše ekstremne vremenske pojave. Razumevanje, da je treba glede prekomernih koncentracij tega plina v ozračju nekaj ukreniti, je splošno sprejeto. Narava že ponuja učinkovit odgovor na ta izziv v obliki avtotrofne fiksacije ogljika, procesa, pri katerem organizmi pretvarjajo anorganski CO₂ v organske snovi, ki služijo kot gradniki življenja.

Osrednjo vlogo v tem naravnem procesu igra Calvinov cikel. Gre za zaporedje biokemijskih reakcij, ki se pri rastlinah odvija v kloroplastih. V tem ciklu encim RuBisCO fiksira CO₂ iz zraka v organske molekule. Proces vključuje fazo redukcije, kjer se porabljajo energija in elektroni, nastali med svetlobno fazo fotosinteze, da se ogljik pretvori v visokoenergijsko molekulo G3P. Medtem ko del teh molekul zapusti cikel za izgradnjo sladkorjev, se večina regenerira v začetno spojino, kar omogoča nemoteno nadaljevanje procesa [1], [2].

== Težava: Omejitve naravnega encima in mehanizmi za koncentriranje ==

Kljub svoji razširjenosti je ključni encim Calvinovega cikla, RuBisCO, presenetljivo neučinkovit. Njegovo delovanje je počasno, poleg tega pa pogosto namesto s CO₂ reagira s kisikom, kar drastično zmanjšuje njegovo produktivnost. Naravni organizmi so to pomanjkljivost odpravili z razvojem mehanizmov za koncentriranje CO₂ (CCM). Ti sistemi vključujejo črpalke za anorganski ogljik, t aktivno kopičijo bikarbonat (HCO₃-) znotraj celice. In karboksisome - gre za posebne proteinske mikrorazdelke, sestavljene iz zunanje proteinske ovojnice in notranjosti, v kateri se nahajata ključna encima karboanhidraza (CA) in RuBisCO.

Mehanizem deluje tako, da nakopičen bikarbonat prehaja skozi polprepustno ovojnico karboksisoma, kjer ga CA pretvori v CO₂. To ustvari izjemno visoko lokalno koncentracijo CO₂ neposredno okoli encima RuBisCO, kar močno poveča njegovo karboksilacijsko aktivnost in preprečuje reakcije s kisikom. Glavno vprašanje raziskovalcev je bilo, ali je mogoče ta kompleksen sistem v celoti prenesti v bakterijo Escherichia coli, ki je naravno heterotrofna. Čeprav E. coli že ima večino potrebnih encimov, ji manjkata dva ključna: Prk (fosforibulokinaza), ki pripravi substrat RuBP, in RuBisCO, ki fiksira CO₂ [1],[4].

== Priprava mutante in testiranje sistemov za uvoz ogljika ==

Da bi pripravili teren za prenos Calvinovega cikla, so raziskovalci najprej ustvarili specifičen genetski model – mutanto C. Bakteriji so iz kromosoma odstranili gen can, ki kodira encim karboanhidrazo. Brez tega encima bakterija v običajni atmosferi ne more preživeti, saj ne more vzdrževati dovolj visoke koncentracije bikarbonata za svoje osnovne procese. Pridobili so torej organizem z visoko potrebo po CO₂, ki raste le v umetno obogateni atmosferi (10-% CO₂).

Na tej mutanti so nato testirali štiri različne sisteme črpalk za anorganski ogljik (Ci črpalke), ki so jih vnesli s plazmidi: DabA1/B1, DabA2/B2, BicA in SbtA. Cilj je bil ugotoviti, katera črpalka lahko zagotovi dovolj ogljika, da povrne rast mutanta v običajnih atmosferskih pogojih.

Z analizo SDS-PAGE in imunskim odtisom so potrdili, da so se vsi proteini črpalk v E. coli dejansko izrazili. Testi rasti so pokazali selektivno učinkovitost: le črpalki DabA2/B2 in SbtA sta omogočili preživetje v običajnem zraku. Kot najučinkovitejši se je izkazal sistem DabA2/B2, ki je omogočil najhitrejšo rast in najboljše črpanje ogljika [1].

== Vzpostavitev funkcionalnega cikla s pomočjo genskih konstruktov ==

V naslednjem koraku so v pridobljenih mutantah želeli vzpostaviti funkcionalen Calvinov cikel v povezavi s karboksisomi in brez njih.
Za reprogramiranje metabolizma so pripravili štiri različne plazmidne konstrukte, s katerimi so v E. coli vnašali različne komponente fiksacijskega sistema:

1. pCB (:C): Plazmid za izražanje celotnih karboksisomov. Vključuje gena za podenoti encima RuBisCO (cbbL, cbbS), strukturne proteine (csoS2), karboanhidrazo (csoSCA) in proteine ovojnice (csoS1, csoS4).

2. pCBPRK (:Cp): Najbolj kompleksen konstrukt, ki poleg celotnega karboksisoma vsebuje še gen prk za fosforibulokinazo.

3. pRubPRK (:Rp): Kontrolni konstrukt, ki omogoča izražanje encimov RuBisCO in Prk, vendar brez karboksisomske ovojnice.

4. pPRK (:P): Najpreprostejši plazmid samo z encimom Prk, uporabljen za dokazovanje metabolnega zastoja ob kopičenju RuBP.

Princip delovanja teh konstruktov je služil kot neposredni indikator uspeha: če v celici deluje le Prk, se kopiči RuBP, kar ustavlja rast. Če pa zraven deluje še RuBisCO, se ta RuBP pretvarja v 3PG, kar omogoča rast. Rezultati so potrdili, da bakterije rastejo bistveno bolje, če je RuBisCO zaprt v karboksisome, saj ti ustvarijo potrebno visoko koncentracijo CO₂. Analize rastnih krivulj so pokazale, da sev s celotnim sistemom (BL:Cp) premosti metabolni zastoj hitreje kot sev z razpršenimi encimi (BL:Rp). Zanimivo je, da pri polno delujočem sistemu vrsta uporabljene črpalke ni bila več odločilna [1].

== Analiza metabolnih sprememb in energetska optimizacija ==

Da bi neizpodbitno dokazali, da E. coli dejansko fiksira CO₂ iz zraka, so uporabili radioaktivni izotop C14 in potrdili njegovo vgradnjo v biomaso. Podrobna metabolna analiza s plinsko kromatografijo in masno spektrometrijo je razkrila globoke spremembe v delovanju celice. Povečala se je sinteza sladkorjev. Koncentraciji riboze in ksilitola sta narasli za 5- oziroma 9-krat. To je posledica povezave novega cikla s pentoza-fosfatno potjo (PPP), kjer nastajajo gradniki za fiksacijo. Povečala se je biosinteza aminokislin. Povečanje ravni aspartata in cistationina kaže na večjo produktivnost in hitrejšo rast. Ko so imele bakterije le črpalko za ogljik, so dosegle metabolni zastoj zaradi presežka NADH, kar je ustavilo Krebsov cikel in povzročilo kopičenje laktata. Vgradnja Calvinovega cikla je to težavo odpravila, saj cikel deluje kot porabnik odvečnega NADH.
Ugotovili so, da Calvinov cikel v tem sistemu deluje kot nekakšen "čistilec", ki drastično zmanjša kopičenje škodljivih intermediatov, kot so laktat, piruvat in cis-akonitat. Skupno so opazili spremembe na kar 47 metabolnih poteh, vključno z biosintezo aminokislin in metabolizmom škroba [1].

== Zaključek ==

Raziskava je uspešno potrdila, da je mogoče s sinteznobiološkimi pristopi in prenosom genov za Calvinov cikel, karboksisome ter specifične črpalke reprogramirati heterotrofno bakterijo E. coli v organizem, sposoben fiksacije CO₂. Pri tem je pomagala uporaba karboksisomov, ki so izboljšali naravno počasnost encima RuBisCO.

Vgrajeni cikel se ni izkazal le kot orodje za pretvorbo anorganskega ogljika za proizvodnjo sladkorjev, temveč kot ključen metabolni regulator, ki sprošča energetski zastoj celice. Ta dosežek predstavlja pomemben mejnik v sintezni biologiji, saj dokazuje, da lahko korenito spremenimo osnovni metabolizem industrijsko pomembnih mikrobov. V širšem smislu ti rezultati odpirajo vrata trajnostnim biotehnološkim rešitvam, ki bi omogočile neposredno pretvorbo toplogrednih plinov v koristno biomaso, s čimer bi aktivno prispevali k boju proti podnebnim spremembam.

== Literatura ==

[1] Chen, Y. et al. Reprogramme the E. coli metabolism by engineering a functional carbon-fixation pathway. J Biol Eng 20, 21 (2025).

[2] PDB101: Molecule of the Month: Rubisco. RCSB: PDB-101 http://pdb101.rcsb.org/motm/11.

[3] Liang, F., Lindberg, P. & Lindblad, P. Engineering photoautotrophic carbon fixation for enhanced growth and productivity.
Sustainable Energy & Fuels 2, 2583–2600 (2018).

[4] Correa, S. S., Schultz, J., Zahodnik-Huntington, B., Naschberger, A. & Rosado, A. S. Carboxysomes: The next frontier in
biotechnology and sustainable solutions. Biotechnology Advances 79, 108511 (2025).

[5] Gas chromatography–mass spectrometry. Wikipedia (2025).

[6] Carneiro, S., Ferreira, E. C. & Rocha, I. Metabolic responses to recombinant bioprocesses in Escherichia coli. Journal of
Biotechnology 164, 396–408 (2013).

Talk:Biogeneza in delovanje spliceosomske komponente U1

JS — Tue, 14 Apr 2026 06:39:52 GMT

← Older revision		Revision as of 06:39, 14 April 2026
Line 1:		Line 1:
	Tadej Vertnik: uvodno poglavje in poglavje o U1 snRNP kompleksu <br>		Tadej Vertnik: uvodno poglavje in poglavje o U1 snRNP kompleksu <br>
	Pavel Trojer: poglavji o biogenezi U1 snRNP in določanju mesta izrezovanja z razdalje <br>		Pavel Trojer: poglavji o biogenezi U1 snRNP in določanju mesta izrezovanja z razdalje <br>
	Jakob Sedonja:		Jakob Sedonja: delovanje apoptoze na U1 snRNP kompleks in imunski odziv proti U1 snRNP <br>

Biogeneza in delovanje spliceosomske komponente U1

JS — Tue, 14 Apr 2026 06:38:39 GMT

← Older revision		Revision as of 06:38, 14 April 2026
Line 24:		Line 24:

	V raziskavah je bilo potrjeno, da lahko pravilno izrezovanje intronov in vključitev eksona 7 v zrelo mRNA izboljša uporaba umetnih eU1 (angl. engineered U1 snRNP), katerih 5' konci se zelo dobro prilegajo tarčnemu vezavnemu mestu na pre-mRNA. Zanimivo je, da se takšni eU1 ne vežejo nujno samo na 5' mesto izrezovanja (angl. 5' splice-site - 5'ss), ampak tudi navzgor in navzdol od tega mesta (v nekaterih primerih tudi do 100 nukleotidov stran). To pomeni, da je eU1 lahko definirala spoj med eksonom in intronom na daljavo. Pri takih primerih očitno ne velja več klasična definicija eksona na podlagi tega, da se U1 veže na 5'ss, U2 pa na 3'ss (definicija 3'ss analogna 5'ss). Torej moramo za razlaganje takšnega dogajanja uporabiti drugačno definicijo eksona – model določanja izrezovalnega mesta na daljavo.		V raziskavah je bilo potrjeno, da lahko pravilno izrezovanje intronov in vključitev eksona 7 v zrelo mRNA izboljša uporaba umetnih eU1 (angl. engineered U1 snRNP), katerih 5' konci se zelo dobro prilegajo tarčnemu vezavnemu mestu na pre-mRNA. Zanimivo je, da se takšni eU1 ne vežejo nujno samo na 5' mesto izrezovanja (angl. 5' splice-site - 5'ss), ampak tudi navzgor in navzdol od tega mesta (v nekaterih primerih tudi do 100 nukleotidov stran). To pomeni, da je eU1 lahko definirala spoj med eksonom in intronom na daljavo. Pri takih primerih očitno ne velja več klasična definicija eksona na podlagi tega, da se U1 veže na 5'ss, U2 pa na 3'ss (definicija 3'ss analogna 5'ss). Torej moramo za razlaganje takšnega dogajanja uporabiti drugačno definicijo eksona – model določanja izrezovalnega mesta na daljavo.

			=Delovanje apoptoze na U1 snRNP kompleks=
			Med apoptozo se U1 snRNP spremeni zaradi delovanja kaspaz in drugih proteazm kar povzroči do cepitve U1 kompleksa in njegove funkcionalne inaktivacije. Te spremembe prispevajo k zaustavitvi transkripcije in procesiranja RNA, ter spodbujajo potek celične smrti
			Specifična cepitev proteina U1-70K je značilen biokemični znak apoptoze, zato se cepitev U1-70K pogosto uporablja kot marker apoptoze. Protein U1-70K cepi kaspaza-3 na mestu D341, kar vodi do nastanka N-terminalnega fragmenta velikosti 40 kDa in C-terminalnega fragmenta velikosti 22 kDa.
			Dokazano je bilo, da se U1-70K cepi, medtem ko je še vedno del nespremenjenega kompleksa U1 snRNP, pri cepitvi 40 kDa fragment ostane povezan s kompleksom. Med apoptozo se avtoantigeni kopičijo v dveh populacijah membranskih izboklin (blebov) na površini celice. U1-70K je zgodaj lokaliziran v jedru, kasneje pa se njegovi epitopi kopičijo v apoptotskih telescah.
			Pri različnih oblikah celične smrti se U1-70K obnaša različno, na primer pri nekrozi se razgradi v nedoločljive fragmenta. Pri CTL-inducirani (citoksični limfocit T)apoptozi granzim B cepi kompleks v 60kDa fragment, pri oksidativnih procesih pa se lahko razgradi v fragmente velike 33-38 kDa.
			Apoptoza aktivira kaspaze, ki cepijo Sm-F blizu C-konca, ta cepitev destabilizira strukturo splicesoma. Nastane 9 kDa velik fragmenta, ki ostane povezan z U snRNP kompleksi. Spliceosomski Sm proteini so tarča anti-Sm avtoprotiteles, ki se pojavljajo izključno pri bolnikih s sistemskim lupusom eritematozusom (SLE). Zato se ta protitelesa uporabljajo kot diagnostični markerji.

			==Imunski odziv proti U1 snRNP==
			Dokazano je bilo, da se avtoprotitelesa proti komponentam U1 snRNP pojavljajo v značilnem zaporedju, pri čemer sta U1-70K in Sm-B/B′ zgodnja imunogena. Analiza pri bolnikih je pokazala, da se protitelesa proti U1-70K in Sm-B/B′ pojavijo prej kot proti drugim komponentam, medtem ko se protitelesa proti U1A, U1C in Sm-D pojavijo kasneje. To skupaj z dejstvom, da se U1-70K med apoptozo modificira, podpira hipotezo, da so apoptotske spremembe U1-70K ključne za sprožitev imunskega odziva proti kompleksu U1 snRNP.
			U1 snRNA neposredno prispeva k aktivaciji imunskega sistema z interakcijo z endosomskimi Tollu podobnimi receptorji (TLR), zlasti TLR7 in TLR8.
			Med celično smrtjo se kompleks U1 snRNP, ki vsebuje U1 snRNA, premakne iz jedra v citoplazmo. Po izhodu iz jedra se kompleks U1 snRNP premakne na apoptotska telesca, kjer postane dostopen avtoprotitelesom. Ta avtoprotitelesa omogočijo nastanek imunskih kompleksov, ki jih nato prevzamejo imunske celice, kar omogoči da pride do aktivacije TLR-odvisnih signalnih poti. U1 snRNA ima dvoverižno sekundarno strukturo, zaradi katere lahko deluje kot ligand za TLR receptorje in sproži prirojeni imunski odziv, vendar mora biti prisotna v endosomih. Ko vstopi v endosom, kot del snRNP kompleksa ali kot del imunskega kompleksa vezanega na avtoprotitelesa, neposredno aktivira TLR7 in TLR8, kar vodi do močne produkcije pro-vnetnih citokinov, kot je interlevkin-1β. Ti povečajo vnetje (aktivacijo drugih imunskih celic), zvišanjo telesno temperaturo in spodbujanjo izražanje drugih vnetnih molekul.

	=Viri=		=Viri=