View source for OTTER

::OTTER (angl. ''Optimized Technique for swiTch Engineering and Ranking'') je projekt ekipe iz Singapurja, s katerim se je udeležila tekmovanja iGEM leta 2023.

::Cilj projekta je bil priprava orodja OTTER in visokozmogljive metode za karakterizacijo RNA-stikal SIGNAL (angl. ''Scalable Information Generation for Nucleic Acid Lineage Assessment Workflow''). Orodje OTTER ustvari zaporedje RNA-stikala in predvidi učinkovitost delovanja. S SIGNAL se eksperimentalno ovrednoti delovanje RNA-stikal. Za ta projekt so se odločili zaradi pomanjkanja orodij za napovedovanje interakcij RNA-RNA, ustvarjanja RNA-stikal in pomanjkanja zbirk podatkov o RNA-RNA interakcijah s katerimi bi lahko pripravili modele za napovedovanje interakcij RNA-RNA [1].

== RNA-stikalo ==
::RNA-stikalo je del nekodirajočega dela mRNA, ki glede na prisotnost liganda uravnava ekspresijo gena. RNA-stikala tvorijo posebno sekundarno strukturo, ki je občutljiva na prisotnost liganda. Ob prisotnosti tega, se spremeni sekundarna struktura. RNA-stikala lahko uravnavajo iniciacijo, terminacijo in razpolovni čas transkripta.

== Literatura ==
[1] OTTER | NUS-Singapore. https://2023.igem.wiki/nus-singapore/

[2] C. M. Schmidt in C. D. Smolke: RNA Switches for Synthetic Biology. ''Cold Spring Harbor Perspectives in Biology''. '''2019''', ''11:a032532''.