View source for Organizacija mitohondrijskega nukleoida in vloga TFAM pri tem

==Osnovne informacije==
===Kaj je TFAM?===

TFAM ali mitohondrijski transkripcijski faktor A (PDB: 3TMM) je mitohondrijski protein, ki sestavlja ga 294 aminokislinksih ostankov, njegova molekulska masa znaša okoli 25 kDa. Njegovo strukturo lahko razdelimo na 4 dele: 2 HMG-škatli (ang. high mobility group box domain), povezovalni heliks in C-rep. Vsak od teh elementov ima svojo specifično funkcijo. HMG-škatle (primer v PDB: 2LEF) so posebne domene proteinov, ki interagirajo z DNA, povezovalni heliks omogoča nastanek U-zavoja, C-rep pa sodeluje pri iniciaciji replikacije in transkripcije mtDNA. Opravlja več funkcij. Lahko sodeluje pri uravnavanju koncentracije kalcijevih ionov v mitohondrijskem matriksu ali pa s svojo vezavo na mtDNA pomaga pri iniciaciji replikacije, transkripcije, hkrati pa jo tudi kompaktira in ščiti pred ROS (reaktivnimi kisikovimi zvrstmi), ki so v mitohondriju prisotni. Hkrati pa z vezavo na mtDNA zaščiti tudi sebe pred razgradnjo s proteazo Lon.

==Regulacija ekspresije TFAM==

Za svoje delovanje mitohondrij potrebuje okoli 1500 proteinov, katerih geni se v veliki večini nahajajo v jedru. To omogoča učinkovito komunikacijo jedra in mitohondrija, kar celici omogoča uravnavanje raznih procesov (npr. izražanja genov). Tudi gen za TFAM se nahaja v jedru. Kadar TFAM primankuje, se NRF-1 (nuklearni respiratorni faktor 1) veže na promotor gena za TFAM in transkripcija normalno poteka, mRNA se prenese v citosol, kjer poteče tudi translacija. TFAM ima signalno zaporedje, ki ga usmeri v mitohondrij (kjer se to signalno zaporedje tudi odcepi), vendar se okoli 10 % proteina prenese v jedro (mehanizem še ni popolnoma pojasnjen, pokazano, pa je bilo, da se v jedru nahaja: slika), kjer se lahko veže na NRF-1 in s tem prepreči vezavo na promotor, in posledično tudi transkribcijo. 

==mtDNA in njene kopije==

Mitohondrijska DNA je krožna, pravimo, da je v obliki plazmida. Na njej je zapisanih 22 tRNA, 2 rRNA in 13 OXPHOS proteinov (to so tisti, ki sodelujejo pri oksidativni fosforilaciji). Predstava, da je v enem mitohondriju samo ena mtDNA je napačna. V enem mitohondriju se lahko nahaja več mtDNA in na to se nanašamo, ko govorimo o kopijah mitohondrijske DNA. Celice se med sabo po številu kopij razlikujejo, tako, kot se razlikujejo po energijskih potrebah. TFAM sodeluje pri iniciaciji replikacije mtDNA in je zato pomemben faktor pri uravnavanju njenega števila kopij. Pokazano je bilo, da so celice, katerih sinteza TFAM je bila dodatno inducirana, do neke mere bolj odporne na apoptotske dejavnike. Opaženo je bilo, da imajo rakave celice povišan TFAM (za rakave celice je namreč značilno, da se upirajo apoptozi), bolniki z Alzheimerjevo in Parkinsonovo boleznijo pa zmanjšan TFAM (ti bolezni povezujemo z nefunkcionalnostjo mitohondrija). 

==Vloga TFAM med replikacijo in transkripcijo mtDNA== 

Replikacija mtDNA poteka s pomočjo specializiranega nabora proteinov, med katerimi imajo osrednjo vlogo DNA-polimeraza γ, helikaza Twinkle in mitohondrijski protein za vezavo enoverižne DNA (mtSSB), pri čemer je začetek replikacije neposredno odvisen od produkte transkripcije. Replikacija lahko poteka po modelu izpodrivanja verige ali po RITOLS modelu, pri čemer se razlikujeta predvsem v stabilizaciji izpodrinjene verige. Transkripcija mitohondrijske DNA (mtDNA) predstavlja ključen proces, ki ni omejen zgolj na sintezo RNA, temveč je tesno povezan tudi z iniciacijo replikacije. Proces se začne na promotorju lahke verige (LSP), kjer mitohondrijska RNA-polimeraza (POLRMT) skupaj z mitohondrijskim transkripcijskim faktorjem A (TFAM) in faktorjem B2 (TFB2M) tvori iniciacijski kompleks. TFAM ima pri tem dvojno vlogo: omogoča vezavo in upogibanje DNA ter s tem olajša dostop transkripcijskega aparata, medtem ko TFB2M sodeluje pri razpiranju dvojne vijačnice in stabilizaciji kompleksa. Po iniciaciji transkripcije se RNA sintetizira vzdolž DNA, pri čemer elongacijo omogoča mitohondrijski elongacijski faktor (TEFM), ki poveča procesivnost POLRMT in preprečuje prezgodnjo terminacijo. 

===Transkripcija kot funkcionalna primaza mtDNA===

Del transkriptov se prezgodaj zaključi na ohranjeni, z gvaninom bogati sekvenci CSB2. Ta prezgodnja terminacija vodi do nastanka kratkih RNA fragmentov, ki ostanejo vezani na DNA in tvorijo RNA–DNA hibride. Ti fragmenti imajo ključno funkcijo, saj služijo kot začetni primerji za DNA-polimerazo γ, ki nato začne sintezo težke verige mtDNA. Klasični replisomi v jedrnih, bakterijskih in fagnih sistemih običajno potrebujejo encim primazo, ki sintetizira kratke RNA začetne oligonukleotide za začetek replikacije DNA. Vendar pa mitohondriji sesalcev takšnega encima nimajo, zato vlogo sinteze RNA primerjev prevzame mitohondrijska RNA-polimeraza (POLRMT). Na ta način mitohondrij izkorišča transkripcijski aparat kot nadomestek za klasično primazo, kar predstavlja edinstveno prilagoditev v primerjavi z jedrnim genomom. 

==Regulacija transkripcije mtDNA preko Ca²⁺-odvisnih signalnih poti in TFAM==

Ravni kalcijevih ionov (Ca²⁺) imajo pomembno regulatorno vlogo pri transkripciji mtDNA preko vpliva na presnovno aktivnost mitohondrija. Ca²⁺ vstopa v mitohondrijski matriks preko napetostno odvisnih anionskih kanalov. Povišane koncentracije Ca²⁺ aktivirajo ključne encime Krebsovega cikla, kar vodi do povečane produkcije NADH in FADH₂ ter posledično do povečane aktivnosti dihalne verige in sinteze ATP. Povečana energijska produkcija deluje kot signal za povečano izražanje mitohondrijskih genov, kar se odraža v povečani transkripciji mtDNA. Poleg tega Ca²⁺ vpliva tudi na signalne poti, ki vključujejo kalmodulin-odvisne proteinske kinaze, ter posredno regulira aktivnost TFAM, ki pa sodeluje tudi pri ohranjanju membranskega potenciala. Membranski potencial namreč spodbuja privzem Ca²⁺ in tako ustvarja povratno zanko regulacije. Skupaj ti mehanizmi omogočajo prilagoditev mitohondrijske aktivnosti energijskim potrebam celice.

==Pakiranje mtDNA==

TFAM igra poglavitno vlogo pri organizaciji nukleoida, saj razmerje glede na mtDNA določa kompaktnost in dostopnost mitogenoma. Velja za najbolj zastopan protein v mitohondrijskem nukleoidu, groba ocena je 1000 TFAM na eno molekulo mtDNA, pri čemer pa je potrebno poudariti, da so v literaturi velike razlike, tudi za faktor 20, glede omenjenega razmerja. Zato je možno, da različni deleži vezanega TFAM razločujejo nukleoide med seboj in označujejo specifično molekularno funkcijo. Za razlago, kako TFAM kompaktira mtDNA, je bilo predlaganih več modelov. Mehanizem nukleacije in širjenja opisuje vezavo TFAM na določena mesta vzdolž genoma z visoko afiniteto, od koder se nato TFAM po principu kooperativne vezave širi na druga področja. Ker pa se je ta model izkazal kot pomanjkljiv pri razlagi nastanka visoko urejene in sočasno izredno dinamične strukture nukleoida, ga dopolnjuje model ločitve faz. Po njem TFAM z veliko težnjo po samozdruževanju v proteinsko bogato ločeno fazo skupaj z mtDNA prek šibkih interakcij tvori kompleksne, večfazne strukture. Biofizikalne meritve so vodile do modela upogljivega tečaja, ki opisuje lokalno denaturacijo mtDNA, inducirano z nespecifično vezavo TFAM, in ker je enoverižna DNA fleksibilnejša, to olajša kompaktiranje. 

==Vloga pri popravljanju mtDNA==

Izrezovanje baz (BER) predstavlja najpomembnejši način za popravilo DNA v mitohondrijih. TFAM vpliva na dostopnost in afiniteto za različne popravljalne encime. S kompetitivno vezavo lahko deluje inhibitorno. Po drugi plati med procesom BER za mnoge popravljalne DNA glikozilaze sprostitev produktov predstavlja hitrost omejujočo stopnjo v katalizi in predvideva se, da TFAM sodeluje pri tuneliranju intermediatov. Izkazalo se je tudi, da se TFAM izrazito preferenčno veže na določeno substratno DNA, ki vsebuje lezije, in možno je, da tovrstno zaslanjanje ščiti mtDNA pred mutagenezo. Razkrili so tudi, da TFAM izkazuje liazno aktivnost za enega izmed citotoksičnih in mutagenih intermediatov, nastalih med procesom izrezovanja baz, 5′-deoksiriboza fosfat, kar postane še zlasti pomembno, ko obseg poškodb preseže popravljalne kapacitete.  

==Modulacija interakcij med TFAM in mtDNA==

Modulacija interakcij TFAM-mtDNA se odvija na več ravneh. Transkripcijo samega TFAM spodbuja večja količina mtDNA. Proteaza Lon preferenčno razgrajuje oksidirano in nevezano obliko faktorja. Zasledili so tudi, da TFAM vzpostavlja interakcije z drugimi proteini, na primer s PGC-1α in p53 kot odgovor na intenzivno vzdržljivostno vadbo. Epigenetska regulacija vključuje miRNA, metilacijo promotorja TFAM in promotorja na TFAM ter posttranslacijske modifikacije (ubikvitinacija, fosforilacija, acetilacija). Vpliv izkazujeta tudi kooperativnost in diferencialna afiniteta za različna področja mtDNA. TFAM v citosolu modulira z mtDNA posredovano imunsko signalizacijo, pokazano pa je bilo tudi, da deluje kot avtofagni receptor. Ta mehanizem za odstranjevanje napačno locirane mtDNA so poimenovali nukleoidfagija.