Biogeneza ribosomov pri arhejah - Revision history

Matija Novel: /* In vitro študije */

2023-06-14T09:30:52Z

In vitro študije

← Older revision		Revision as of 09:30, 14 June 2023
Line 14:		Line 14:

	== In vitro študije ==		== In vitro študije ==
	Proces nastajanja ribosoma se začne z vezavo točno določenih r-proteinov (t.i. assembly-initiator r-protein) na specifična mesta rRNA do tvorbe intermediata, ki nato veže še ostale manjkajoče r-proteine, ko kompleks preide določene strukturne konformacije.Nastanek intermediata kompleksa omogočijo že nižje temperature, celotna podenota pa se sestavi le pri optimalnih temperaturah. Tako pride do nastanka ribosomskih podenot, ki se nato združita v funkcionalen ribosom.In vitro eksperimenti so pokazali, da kljub velikosti makromolekulskega kompleksa, kot je ribosom, že same komponente vsebujejo vse potrebne informacije za nastanek funkcionalnega delca. ~~Pogoji~~, pri katerih jim je uspela sestava funkcionalnega kompleksa, niso primerljivi s tistimi v celici, zato raziskovalci sklepajo na prisotnost drugih mehanizmov, ki pomagajo pri sestavi ribosoma. Eden izmed teh je mehanizem kotranskripcije (iz smeri 5’ proti 3’)in direktna spojitev r-proteinov , ki olajša prvi del nastajanja ribosoma. Poleg teh lahko v organizmih najdemo tudi dodatne ribosomske biogenetske faktorje, ki olajšajo ali pospešijo nastajanje kompleksa. In vitro študije so tako pokazale, da je nastanek ribosoma koordiniran proces, ki vsebuje številne specifične korake, brez katerih se ribosom ne sestavi. Saccharolobus solfataricus (Sulfolobus) je termofilna arheja, ki živi v temperaturnem območju med 80 in 85 °C. Za termofile je značilno, da imajo njihovi ribosomi večje število r-proteinov kot organizmi, ki živijo pri sobnih temperaturah. Znanstveniki so odkrili, da pri teji arheji nastajanje ribosoma sestavljata dva koraka: prvi se zgodi že pri temperaturah okoli 60 °C, drugi pa le nad 80 °C, zato sklepajo, da je nujna visoka temperatura za strukturne konformacije proteinov, ki bi omogočile rRNA-protein interakcije. To nam le potrdi, da se sestava celotnega ribosoma zgodi pri točno določenih pogojih. Pri Haloferax mediterranei, ki je halobakterija, so se podenote 30S in 50S sestavile samo pri visokih koncentracijah soli oziroma enakih, kot je v celici. K+ in NH4+ soli sta se izkazale za najbolj učinkovite pri omogočanju sestave ribosoma. Za razliko od S. solfataricus in E. Coli, se ribosom H. mediterranei sestavi v enem koraku pri 42 °C, kar je za to arhejo optimalna temperatura, saj je mezofilni organizem. Ob ugotavljanju pogojev, ki omogočijo sestavljanje ribosoma so lahko identificirali še začetno povezovalne (assembly-initiating) r-proteine, ki so nujni, da se komponente posameznih podenot lahko začnejo združevat do sestave kompleksa. Zanimivo je tudi, da se kompleks lahko sestavi, če so r-proteini in rRNA iz različnih organizmov in so med seboj kompatibilni. Na primer to se lahko zgodi med različnimi vrstami bakterij, saj se je izkazalo, da so nekateri pomembni r-proteini v domeni prokariontov med vsemi vrstami močno ohranjeni. V enem eksperimentu so inkubirali proteine velike podenote iz S. solfataricus z 23S rRNA iz H. mediteraneii ali E. coli, rezultat pa je bil ta, da je nastal 50S ribosom. Če pa so te iste r-proteine inkubirali z rRNA kvasovke Saccaromyces cerevisiae, kompleks ni nastal. Iz tega vidimo, da sta osnovna arhitektura ribosomov in struktura rRNA podobni med domenama bakterij in arhej, pri evkariontih pa je biogeneza ribosomov kompleksnejša in se zato razlikuje od prvih dveh.		Proces nastajanja ribosoma se začne z vezavo točno določenih r-proteinov (t.i. assembly-initiator r-protein) na specifična mesta rRNA do tvorbe intermediata, ki nato veže še ostale manjkajoče r-proteine, ko kompleks preide določene strukturne konformacije. Nastanek intermediata kompleksa omogočijo že nižje temperature, celotna podenota pa se sestavi le pri optimalnih temperaturah. Tako pride do nastanka ribosomskih podenot, ki se nato združita v funkcionalen ribosom. In vitro eksperimenti so pokazali, da kljub velikosti makromolekulskega kompleksa, kot je ribosom, že same komponente vsebujejo vse potrebne informacije za nastanek funkcionalnega delca. Vendar pogoji, pri katerih jim je uspela sestava funkcionalnega kompleksa, niso primerljivi s tistimi v celici, zato raziskovalci sklepajo na prisotnost drugih mehanizmov, ki pomagajo pri sestavi ribosoma. Eden izmed teh je mehanizem kotranskripcije (iz smeri 5’ proti 3’)in direktna spojitev r-proteinov , ki olajša prvi del nastajanja ribosoma. Poleg teh lahko v organizmih najdemo tudi dodatne ribosomske biogenetske faktorje, ki olajšajo ali pospešijo nastajanje kompleksa. In vitro študije so tako pokazale, da je nastanek ribosoma koordiniran proces, ki vsebuje številne specifične korake, brez katerih se ribosom ne sestavi. Saccharolobus solfataricus (Sulfolobus) je termofilna arheja, ki živi v temperaturnem območju med 80 in 85 °C. Za termofile je značilno, da imajo njihovi ribosomi večje število r-proteinov kot organizmi, ki živijo pri sobnih temperaturah. Znanstveniki so odkrili, da pri teji arheji nastajanje ribosoma sestavljata dva koraka: prvi se zgodi že pri temperaturah okoli 60 °C, drugi pa le nad 80 °C, zato sklepajo, da je nujna visoka temperatura za strukturne konformacije proteinov, ki bi omogočile rRNA-protein interakcije. To nam le potrdi, da se sestava celotnega ribosoma zgodi pri točno določenih pogojih. Pri Haloferax mediterranei, ki je halobakterija, so se podenote 30S in 50S sestavile samo pri visokih koncentracijah soli oziroma enakih, kot je v celici. K+ in NH4+ soli sta se izkazale za najbolj učinkovite pri omogočanju sestave ribosoma. Za razliko od S. solfataricus in E. Coli, se ribosom H. mediterranei sestavi v enem koraku pri 42 °C, kar je za to arhejo optimalna temperatura, saj je mezofilni organizem. Ob ugotavljanju pogojev, ki omogočijo sestavljanje ribosoma so lahko identificirali še začetno povezovalne (assembly-initiating) r-proteine, ki so nujni, da se komponente posameznih podenot lahko začnejo združevat do sestave kompleksa. Zanimivo je tudi, da se kompleks lahko sestavi, če so r-proteini in rRNA iz različnih organizmov in so med seboj kompatibilni. Na primer to se lahko zgodi med različnimi vrstami bakterij, saj se je izkazalo, da so nekateri pomembni r-proteini v domeni prokariontov med vsemi vrstami močno ohranjeni. V enem eksperimentu so inkubirali proteine velike podenote iz S. solfataricus z 23S rRNA iz H. mediteraneii ali E. coli, rezultat pa je bil ta, da je nastal 50S ribosom. Če pa so te iste r-proteine inkubirali z rRNA kvasovke Saccaromyces cerevisiae, kompleks ni nastal. Iz tega vidimo, da sta osnovna arhitektura ribosomov in struktura rRNA podobni med domenama bakterij in arhej, pri evkariontih pa je biogeneza ribosomov kompleksnejša in se zato razlikuje od prvih dveh.

	== Faktorji biogeneze ribosomov ==		== Faktorji biogeneze ribosomov ==

Matija Novel: /* In vitro študije */

2023-05-22T07:14:33Z

In vitro študije

← Older revision		Revision as of 07:14, 22 May 2023
Line 14:		Line 14:

	== In vitro študije ==		== In vitro študije ==
	Proces nastajanja ribosoma se začne z vezavo točno določenih r-proteinov (t.i. assembly-initiator r-protein) na specifična mesta rRNA do tvorbe intermediata, ki nato veže še ostale manjkajoče r-proteine, ko kompleks preide določene strukturne konformacije.Nastanek intermediata kompleksa omogočijo že nižje temperature, celotna podenota pa se sestavi le pri optimalnih temperaturah. Tako pride do nastanka ribosomskih podenot, ki se nato združita v funkcionalen ribosom.In vitro eksperimenti so pokazali, da kljub velikosti makromolekulskega kompleksa, kot je ribosom, že same komponente vsebujejo vse potrebne informacije za nastanek funkcionalnega delca. Pogoji, pri katerih jim je uspela sestava funkcionalnega kompleksa, niso primerljivi s tistimi v celici, zato raziskovalci sklepajo na prisotnost drugih mehanizmov, ki pomagajo pri sestavi ribosoma. Eden izmed teh je mehanizem kotranskripcije (iz smeri 5’ proti 3’)in direktna spojitev r-proteinov , ki olajša prvi del nastajanja ribosoma. Poleg teh lahko v organizmih najdemo tudi dodatne ribosomske biogenetske faktorje, ki olajšajo ali pospešijo nastajanje kompleksa. In vitro študije so tako pokazale, da je nastanek ribosoma koordiniran proces, ki vsebuje številne specifične korake, brez katerih se ribosom ne sestavi. Saccharolobus solfataricus (Sulfolobus) je termofilna arheja, ki živi v temperaturnem območju med 80 in 85 °C. Za termofile je značilno, da imajo njihovi ribosomi večje število r-proteinov kot organizmi, ki živijo pri sobnih temperaturah. Znanstveniki so odkrili, da pri teji arheji nastajanje ribosoma sestavljata dva koraka: prvi se zgodi že pri temperaturah okoli 60 °C, drugi pa le nad 80 °C, zato sklepajo, da je nujna visoka temperatura za strukturne konformacije proteinov, ki bi omogočile rRNA-protein interakcije. To nam le potrdi, da se sestava celotnega ribosoma zgodi pri točno določenih pogojih. Pri Haloferax mediterranei, ki je halobakterija, so se podenote 30S in 50S sestavile samo pri visokih koncentracijah soli oziroma enakih, kot je v celici. K+ in NH4+ soli sta se izkazale za najbolj učinkovite pri omogočanju sestave ribosoma. Za razliko od S. solfataricus in E. Coli, se ribosom H. mediterranei sestavi v enem koraku pri 42 °C, kar je za to arhejo optimalna temperatura, saj je mezofilni organizem. Ob ugotavljanju pogojev, ki omogočijo sestavljanje ribosoma so lahko identificirali še začetno povezovalne (assembly-initiating) r-proteine, ki so nujni, da se komponente posameznih podenot lahko začnejo združevat do sestave kompleksa. Zanimivo je tudi, da se kompleks lahko sestavi, če so r-proteini in rRNA iz različnih organizmov in so med seboj kompatibilni. Na primer to se lahko zgodi med različnimi vrstami bakterij, saj se je izkazalo, da so nekateri pomembni r-proteini v domeni prokariontov med vsemi vrstami močno ohranjeni. V enem eksperimentu so inkubirali proteine velike podenote iz S. solfataricus z 23S rRNA iz H. mediteraneii ali E. coli, rezultat pa je bil ta, da je nastal ~~70S~~ ribosom. Če pa so te iste r-proteine inkubirali z rRNA kvasovke Saccaromyces cerevisiae, kompleks ni nastal. Iz tega vidimo, da sta osnovna arhitektura ribosomov in struktura rRNA podobni med domenama bakterij in arhej, pri evkariontih pa je biogeneza ribosomov kompleksnejša in se zato razlikuje od prvih dveh.		Proces nastajanja ribosoma se začne z vezavo točno določenih r-proteinov (t.i. assembly-initiator r-protein) na specifična mesta rRNA do tvorbe intermediata, ki nato veže še ostale manjkajoče r-proteine, ko kompleks preide določene strukturne konformacije.Nastanek intermediata kompleksa omogočijo že nižje temperature, celotna podenota pa se sestavi le pri optimalnih temperaturah. Tako pride do nastanka ribosomskih podenot, ki se nato združita v funkcionalen ribosom.In vitro eksperimenti so pokazali, da kljub velikosti makromolekulskega kompleksa, kot je ribosom, že same komponente vsebujejo vse potrebne informacije za nastanek funkcionalnega delca. Pogoji, pri katerih jim je uspela sestava funkcionalnega kompleksa, niso primerljivi s tistimi v celici, zato raziskovalci sklepajo na prisotnost drugih mehanizmov, ki pomagajo pri sestavi ribosoma. Eden izmed teh je mehanizem kotranskripcije (iz smeri 5’ proti 3’)in direktna spojitev r-proteinov , ki olajša prvi del nastajanja ribosoma. Poleg teh lahko v organizmih najdemo tudi dodatne ribosomske biogenetske faktorje, ki olajšajo ali pospešijo nastajanje kompleksa. In vitro študije so tako pokazale, da je nastanek ribosoma koordiniran proces, ki vsebuje številne specifične korake, brez katerih se ribosom ne sestavi. Saccharolobus solfataricus (Sulfolobus) je termofilna arheja, ki živi v temperaturnem območju med 80 in 85 °C. Za termofile je značilno, da imajo njihovi ribosomi večje število r-proteinov kot organizmi, ki živijo pri sobnih temperaturah. Znanstveniki so odkrili, da pri teji arheji nastajanje ribosoma sestavljata dva koraka: prvi se zgodi že pri temperaturah okoli 60 °C, drugi pa le nad 80 °C, zato sklepajo, da je nujna visoka temperatura za strukturne konformacije proteinov, ki bi omogočile rRNA-protein interakcije. To nam le potrdi, da se sestava celotnega ribosoma zgodi pri točno določenih pogojih. Pri Haloferax mediterranei, ki je halobakterija, so se podenote 30S in 50S sestavile samo pri visokih koncentracijah soli oziroma enakih, kot je v celici. K+ in NH4+ soli sta se izkazale za najbolj učinkovite pri omogočanju sestave ribosoma. Za razliko od S. solfataricus in E. Coli, se ribosom H. mediterranei sestavi v enem koraku pri 42 °C, kar je za to arhejo optimalna temperatura, saj je mezofilni organizem. Ob ugotavljanju pogojev, ki omogočijo sestavljanje ribosoma so lahko identificirali še začetno povezovalne (assembly-initiating) r-proteine, ki so nujni, da se komponente posameznih podenot lahko začnejo združevat do sestave kompleksa. Zanimivo je tudi, da se kompleks lahko sestavi, če so r-proteini in rRNA iz različnih organizmov in so med seboj kompatibilni. Na primer to se lahko zgodi med različnimi vrstami bakterij, saj se je izkazalo, da so nekateri pomembni r-proteini v domeni prokariontov med vsemi vrstami močno ohranjeni. V enem eksperimentu so inkubirali proteine velike podenote iz S. solfataricus z 23S rRNA iz H. mediteraneii ali E. coli, rezultat pa je bil ta, da je nastal 50S ribosom. Če pa so te iste r-proteine inkubirali z rRNA kvasovke Saccaromyces cerevisiae, kompleks ni nastal. Iz tega vidimo, da sta osnovna arhitektura ribosomov in struktura rRNA podobni med domenama bakterij in arhej, pri evkariontih pa je biogeneza ribosomov kompleksnejša in se zato razlikuje od prvih dveh.

	== Faktorji biogeneze ribosomov ==		== Faktorji biogeneze ribosomov ==

Matija Novel: /* In vitro študije */

2023-05-22T07:10:58Z

In vitro študije

← Older revision		Revision as of 07:10, 22 May 2023
Line 14:		Line 14:

	== In vitro študije ==		== In vitro študije ==
	Proces nastajanja ribosoma se začne z vezavo točno določenih r-proteinov (t.i. assembly-initiator r-protein) na specifična mesta rRNA do tvorbe intermediata, ki nato veže še ostale manjkajoče r-proteine, ko kompleks preide določene strukturne konformacije. Tako pride do nastanka ribosomskih podenot, ki se nato združita v funkcionalen ribosom.In vitro eksperimenti so pokazali, da kljub velikosti makromolekulskega kompleksa, kot je ribosom, že same komponente vsebujejo vse potrebne informacije za nastanek funkcionalnega delca. Pogoji, pri katerih jim je uspela sestava funkcionalnega kompleksa, niso primerljivi s tistimi v celici, zato raziskovalci sklepajo na prisotnost drugih mehanizmov, ki pomagajo pri sestavi ribosoma. Eden izmed teh je mehanizem kotranskripcije (iz smeri 5’ proti 3’)in direktna spojitev r-proteinov , ki olajša prvi del nastajanja ribosoma. Poleg teh lahko v organizmih najdemo tudi dodatne ribosomske biogenetske faktorje, ki olajšajo ali pospešijo nastajanje kompleksa. In vitro študije so tako pokazale, da je nastanek ribosoma koordiniran proces, ki vsebuje številne specifične korake, brez katerih se ribosom ne sestavi. Saccharolobus solfataricus (Sulfolobus) je termofilna arheja, ki živi v temperaturnem območju med 80 in 85 °C. Za termofile je značilno, da imajo njihovi ribosomi večje število r-proteinov kot organizmi, ki živijo pri sobnih temperaturah. Znanstveniki so odkrili, da pri teji arheji nastajanje ribosoma sestavljata dva koraka: prvi se zgodi že pri temperaturah okoli 60 °C, drugi pa le nad 80 °C, zato sklepajo, da je nujna visoka temperatura za strukturne konformacije proteinov, ki bi omogočile rRNA-protein interakcije. To nam le potrdi, da se sestava celotnega ribosoma zgodi pri točno določenih pogojih. Pri Haloferax mediterranei, ki je halobakterija, so se podenote 30S in 50S sestavile samo pri visokih koncentracijah soli oziroma enakih, kot je v celici. K+ in NH4+ soli sta se izkazale za najbolj učinkovite pri omogočanju sestave ribosoma. Za razliko od S. solfataricus in E. Coli, se ribosom H. mediterranei sestavi v enem koraku pri 42 °C, kar je za to arhejo optimalna temperatura, saj je mezofilni organizem. Ob ugotavljanju pogojev, ki omogočijo sestavljanje ribosoma so lahko identificirali še začetno povezovalne (assembly-initiating) r-proteine, ki so nujni, da se komponente posameznih podenot lahko začnejo združevat do sestave kompleksa~~. Nastanek intermediata kompleksa omogočijo že nižje temperature, celotna podenota pa se sestavi le pri optimalnih temperaturah~~. Zanimivo je tudi, da se kompleks lahko sestavi, če so r-proteini in rRNA iz različnih organizmov in so med seboj kompatibilni. Na primer to se lahko zgodi med različnimi vrstami bakterij, saj se je izkazalo, da so nekateri pomembni r-proteini v domeni prokariontov med vsemi vrstami močno ohranjeni. V enem eksperimentu so inkubirali proteine velike podenote iz S. solfataricus z 23S rRNA iz H. mediteraneii ali E. coli, rezultat pa je bil ta, da je nastal 70S ribosom. Če pa so te iste r-proteine inkubirali z rRNA kvasovke Saccaromyces cerevisiae, kompleks ni nastal. Iz tega vidimo, da sta osnovna arhitektura ribosomov in struktura rRNA podobni med domenama bakterij in arhej, pri evkariontih pa je biogeneza ribosomov kompleksnejša in se zato razlikuje od prvih dveh.		Proces nastajanja ribosoma se začne z vezavo točno določenih r-proteinov (t.i. assembly-initiator r-protein) na specifična mesta rRNA do tvorbe intermediata, ki nato veže še ostale manjkajoče r-proteine, ko kompleks preide določene strukturne konformacije.Nastanek intermediata kompleksa omogočijo že nižje temperature, celotna podenota pa se sestavi le pri optimalnih temperaturah. Tako pride do nastanka ribosomskih podenot, ki se nato združita v funkcionalen ribosom.In vitro eksperimenti so pokazali, da kljub velikosti makromolekulskega kompleksa, kot je ribosom, že same komponente vsebujejo vse potrebne informacije za nastanek funkcionalnega delca. Pogoji, pri katerih jim je uspela sestava funkcionalnega kompleksa, niso primerljivi s tistimi v celici, zato raziskovalci sklepajo na prisotnost drugih mehanizmov, ki pomagajo pri sestavi ribosoma. Eden izmed teh je mehanizem kotranskripcije (iz smeri 5’ proti 3’)in direktna spojitev r-proteinov , ki olajša prvi del nastajanja ribosoma. Poleg teh lahko v organizmih najdemo tudi dodatne ribosomske biogenetske faktorje, ki olajšajo ali pospešijo nastajanje kompleksa. In vitro študije so tako pokazale, da je nastanek ribosoma koordiniran proces, ki vsebuje številne specifične korake, brez katerih se ribosom ne sestavi. Saccharolobus solfataricus (Sulfolobus) je termofilna arheja, ki živi v temperaturnem območju med 80 in 85 °C. Za termofile je značilno, da imajo njihovi ribosomi večje število r-proteinov kot organizmi, ki živijo pri sobnih temperaturah. Znanstveniki so odkrili, da pri teji arheji nastajanje ribosoma sestavljata dva koraka: prvi se zgodi že pri temperaturah okoli 60 °C, drugi pa le nad 80 °C, zato sklepajo, da je nujna visoka temperatura za strukturne konformacije proteinov, ki bi omogočile rRNA-protein interakcije. To nam le potrdi, da se sestava celotnega ribosoma zgodi pri točno določenih pogojih. Pri Haloferax mediterranei, ki je halobakterija, so se podenote 30S in 50S sestavile samo pri visokih koncentracijah soli oziroma enakih, kot je v celici. K+ in NH4+ soli sta se izkazale za najbolj učinkovite pri omogočanju sestave ribosoma. Za razliko od S. solfataricus in E. Coli, se ribosom H. mediterranei sestavi v enem koraku pri 42 °C, kar je za to arhejo optimalna temperatura, saj je mezofilni organizem. Ob ugotavljanju pogojev, ki omogočijo sestavljanje ribosoma so lahko identificirali še začetno povezovalne (assembly-initiating) r-proteine, ki so nujni, da se komponente posameznih podenot lahko začnejo združevat do sestave kompleksa. Zanimivo je tudi, da se kompleks lahko sestavi, če so r-proteini in rRNA iz različnih organizmov in so med seboj kompatibilni. Na primer to se lahko zgodi med različnimi vrstami bakterij, saj se je izkazalo, da so nekateri pomembni r-proteini v domeni prokariontov med vsemi vrstami močno ohranjeni. V enem eksperimentu so inkubirali proteine velike podenote iz S. solfataricus z 23S rRNA iz H. mediteraneii ali E. coli, rezultat pa je bil ta, da je nastal 70S ribosom. Če pa so te iste r-proteine inkubirali z rRNA kvasovke Saccaromyces cerevisiae, kompleks ni nastal. Iz tega vidimo, da sta osnovna arhitektura ribosomov in struktura rRNA podobni med domenama bakterij in arhej, pri evkariontih pa je biogeneza ribosomov kompleksnejša in se zato razlikuje od prvih dveh.

	== Faktorji biogeneze ribosomov ==		== Faktorji biogeneze ribosomov ==

Matija Novel: /* In vitro študije */

2023-05-22T07:02:44Z

In vitro študije

← Older revision		Revision as of 07:02, 22 May 2023
Line 14:		Line 14:

	== In vitro študije ==		== In vitro študije ==
	Proces nastajanja ribosoma se začne z vezavo točno določenih r-proteinov (t.i. assembly-initiator r-protein) na specifična mesta rRNA do tvorbe intermediata, ki nato veže še ostale manjkajoče r-proteine, ko kompleks preide določene strukturne konformacije. Tako pride do nastanka ribosomskih podenot, ki se nato združita v funkcionalen ribosom.In vitro eksperimenti so pokazali, da kljub velikosti makromolekulskega kompleksa, kot je ribosom, že same komponente vsebujejo vse potrebne informacije za nastanek funkcionalnega delca. Pogoji, pri katerih jim je uspela sestava funkcionalnega kompleksa, niso primerljivi s tistimi v celici, zato raziskovalci sklepajo na prisotnost drugih mehanizmov, ki pomagajo pri sestavi ribosoma. Eden izmed teh je mehanizem kotranskripcije (iz smeri 5’ proti 3’)in direktna spojitev r-proteinov , ki olajša prvi del nastajanja ribosoma. Poleg teh lahko v organizmih najdemo tudi dodatne ribosomske biogenetske faktorje, ki olajšajo ali pospešijo nastajanje kompleksa. In vitro študije so tako pokazale, da je nastanek ribosoma koordiniran proces, ki vsebuje številne specifične korake, brez katerih se ribosom ne sestavi. Saccharolobus solfataricus (Sulfolobus) je termofilna arheja, ki živi v temperaturnem območju med 80 in 85 °C. Za termofile je značilno, da imajo njihovi ribosomi večje število r-proteinov kot organizmi, ki živijo pri sobnih temperaturah. Znanstveniki so odkrili, da pri teji arheji nastajanje ribosoma sestavljata dva koraka: prvi se zgodi že pri temperaturah okoli 60 °C, drugi pa le nad 80 °C, zato sklepajo, da je nujna visoka temperatura za strukturne konformacije proteinov, ki bi omogočile rRNA-protein interakcije. To nam le potrdi, da se sestava celotnega ribosoma zgodi pri točno določenih pogojih. Pri Haloferax mediterranei, ki je halobakterija, so se podenote 30S in 50S sestavile samo pri visokih koncentracijah soli oziroma enakih, kot je v celici. K+ in NH4+ soli sta se izkazale za najbolj učinkovite pri omogočanju sestave ribosoma. Za razliko od S. solfataricus in E. Coli, se ribosom H. mediterranei sestavi v enem koraku pri 42 °C, kar je za to arhejo optimalna temperatura, saj je mezofilni organizem. Ob ugotavljanju pogojev, ki omogočijo sestavljanje ribosoma so lahko identificirali še začetno povezovalne (assembly-initiating) r-proteine, ki so nujni, da se komponente posameznih podenot lahko začnejo združevat do sestave kompleksa. Nastanek intermediata kompleksa omogočijo že nižje temperature, celotna podenota pa se sestavi le pri optimalnih temperaturah. Zanimivo je tudi, da se kompleks lahko sestavi, če so r-proteini in rRNA iz različnih organizmov in so med seboj kompatibilni. Na primer to se lahko zgodi med različnimi vrstami bakterij, saj se je izkazalo, da so nekateri pomembni r-proteini v domeni prokariontov med vsemi vrstami močno ohranjeni. V enem eksperimentu so inkubirali proteine velike podenote iz S. solfataricus z 23S rRNA iz H. mediteraneii ali E. coli, rezultat pa je bil ta, da je nastal 70S ribosom. Če pa so te iste r-proteine inkubirali z rRNA kvasovke Saccaromyces cerevisiae, kompleks ni nastal. Iz tega vidimo, da sta osnovna arhitektura ribosomov in struktura rRNA podobni med domenama bakterij in arhej, pri evkariontih pa je biogeneza ribosomov kompleksnejša in se zato razlikuje od prvih dveh.		Proces nastajanja ribosoma se začne z vezavo točno določenih r-proteinov (t.i. assembly-initiator r-protein) na specifična mesta rRNA do tvorbe intermediata, ki nato veže še ostale manjkajoče r-proteine, ko kompleks preide določene strukturne konformacije. Tako pride do nastanka ribosomskih podenot, ki se nato združita v funkcionalen ribosom.In vitro eksperimenti so pokazali, da kljub velikosti makromolekulskega kompleksa, kot je ribosom, že same komponente vsebujejo vse potrebne informacije za nastanek funkcionalnega delca. Pogoji, pri katerih jim je uspela sestava funkcionalnega kompleksa, niso primerljivi s tistimi v celici, zato raziskovalci sklepajo na prisotnost drugih mehanizmov, ki pomagajo pri sestavi ribosoma. Eden izmed teh je mehanizem kotranskripcije (iz smeri 5’ proti 3’)in direktna spojitev r-proteinov , ki olajša prvi del nastajanja ribosoma. Poleg teh lahko v organizmih najdemo tudi dodatne ribosomske biogenetske faktorje, ki olajšajo ali pospešijo nastajanje kompleksa. In vitro študije so tako pokazale, da je nastanek ribosoma koordiniran proces, ki vsebuje številne specifične korake, brez katerih se ribosom ne sestavi. Saccharolobus solfataricus (Sulfolobus) je termofilna arheja, ki živi v temperaturnem območju med 80 in 85 °C. Za termofile je značilno, da imajo njihovi ribosomi večje število r-proteinov kot organizmi, ki živijo pri sobnih temperaturah. Znanstveniki so odkrili, da pri teji arheji nastajanje ribosoma sestavljata dva koraka: prvi se zgodi že pri temperaturah okoli 60 °C, drugi pa le nad 80 °C, zato sklepajo, da je nujna visoka temperatura za strukturne konformacije proteinov, ki bi omogočile rRNA-protein interakcije. To nam le potrdi, da se sestava celotnega ribosoma zgodi pri točno določenih pogojih. Pri Haloferax mediterranei, ki je halobakterija, so se podenote 30S in 50S sestavile samo pri visokih koncentracijah soli oziroma enakih, kot je v celici. K+ in NH4+ soli sta se izkazale za najbolj učinkovite pri omogočanju sestave ribosoma. Za razliko od S. solfataricus in E. Coli, se ribosom H. mediterranei sestavi v enem koraku pri 42 °C, kar je za to arhejo optimalna temperatura, saj je mezofilni organizem. Ob ugotavljanju pogojev, ki omogočijo sestavljanje ribosoma so lahko identificirali še začetno povezovalne (assembly-initiating) r-proteine, ki so nujni, da se komponente posameznih podenot lahko začnejo združevat do sestave kompleksa. Nastanek intermediata kompleksa omogočijo že nižje temperature, celotna podenota pa se sestavi le pri optimalnih temperaturah. Zanimivo je tudi, da se kompleks lahko sestavi, če so r-proteini in rRNA iz različnih organizmov in so med seboj kompatibilni. Na primer to se lahko zgodi med različnimi vrstami bakterij, saj se je izkazalo, da so nekateri pomembni r-proteini v domeni prokariontov med vsemi vrstami močno ohranjeni. V enem eksperimentu so inkubirali proteine velike podenote iz S. solfataricus z 23S rRNA iz H. mediteraneii ali E. coli, rezultat pa je bil ta, da je nastal 70S ribosom. Če pa so te iste r-proteine inkubirali z rRNA kvasovke Saccaromyces cerevisiae, kompleks ni nastal. Iz tega vidimo, da sta osnovna arhitektura ribosomov in struktura rRNA podobni med domenama bakterij in arhej, pri evkariontih pa je biogeneza ribosomov kompleksnejša in se zato razlikuje od prvih dveh.

	== Faktorji biogeneze ribosomov ==		== Faktorji biogeneze ribosomov ==

Matija Novel: /* In vitro študije */

2023-05-22T07:01:43Z

In vitro študije

← Older revision		Revision as of 07:01, 22 May 2023
Line 14:		Line 14:

	== In vitro študije ==		== In vitro študije ==
	~~In vitro eksperimenti so pokazali, da kljub velikosti makromolekulskega kompleksa, kot je ribosom, že same komponente vsebujejo vse potrebne informacije za nastanek funkcionalnega delca.~~ Proces nastajanja ribosoma se začne z vezavo točno določenih r-proteinov (t.i. assembly-initiator r-protein) na specifična mesta rRNA do tvorbe intermediata, ki nato veže še ostale manjkajoče r-proteine, ko kompleks preide določene strukturne konformacije. Tako pride do nastanka ribosomskih podenot, ki se nato združita v funkcionalen ribosom. Pogoji, pri katerih jim je uspela sestava funkcionalnega kompleksa, niso primerljivi s tistimi v celici, zato raziskovalci sklepajo na prisotnost drugih mehanizmov, ki pomagajo pri sestavi ribosoma. Eden izmed teh je mehanizem kotranskripcije (iz smeri 5’ proti 3’)in direktna spojitev r-proteinov , ki olajša prvi del nastajanja ribosoma. Poleg teh lahko v organizmih najdemo tudi dodatne ribosomske biogenetske faktorje, ki olajšajo ali pospešijo nastajanje kompleksa. In vitro študije so tako pokazale, da je nastanek ribosoma koordiniran proces, ki vsebuje številne specifične korake, brez katerih se ribosom ne sestavi. Saccharolobus solfataricus (Sulfolobus) je termofilna arheja, ki živi v temperaturnem območju med 80 in 85 °C. Za termofile je značilno, da imajo njihovi ribosomi večje število r-proteinov kot organizmi, ki živijo pri sobnih temperaturah. Znanstveniki so odkrili, da pri teji arheji nastajanje ribosoma sestavljata dva koraka: prvi se zgodi že pri temperaturah okoli 60 °C, drugi pa le nad 80 °C, zato sklepajo, da je nujna visoka temperatura za strukturne konformacije proteinov, ki bi omogočile rRNA-protein interakcije. To nam le potrdi, da se sestava celotnega ribosoma zgodi pri točno določenih pogojih. Pri Haloferax mediterranei, ki je halobakterija, so se podenote 30S in 50S sestavile samo pri visokih koncentracijah soli oziroma enakih, kot je v celici. K+ in NH4+ soli sta se izkazale za najbolj učinkovite pri omogočanju sestave ribosoma. Za razliko od S. solfataricus in E. Coli, se ribosom H. mediterranei sestavi v enem koraku pri 42 °C, kar je za to arhejo optimalna temperatura, saj je mezofilni organizem. Ob ugotavljanju pogojev, ki omogočijo sestavljanje ribosoma so lahko identificirali še začetno povezovalne (assembly-initiating) r-proteine, ki so nujni, da se komponente posameznih podenot lahko začnejo združevat do sestave kompleksa. Nastanek intermediata kompleksa omogočijo že nižje temperature, celotna podenota pa se sestavi le pri optimalnih temperaturah. Zanimivo je tudi, da se kompleks lahko sestavi, če so r-proteini in rRNA iz različnih organizmov in so med seboj kompatibilni. Na primer to se lahko zgodi med različnimi vrstami bakterij, saj se je izkazalo, da so nekateri pomembni r-proteini v domeni prokariontov med vsemi vrstami močno ohranjeni. V enem eksperimentu so inkubirali proteine velike podenote iz S. solfataricus z 23S rRNA iz H. mediteraneii ali E. coli, rezultat pa je bil ta, da je nastal 70S ribosom. Če pa so te iste r-proteine inkubirali z rRNA kvasovke Saccaromyces cerevisiae, kompleks ni nastal. Iz tega vidimo, da sta osnovna arhitektura ribosomov in struktura rRNA podobni med domenama bakterij in arhej, pri evkariontih pa je biogeneza ribosomov kompleksnejša in se zato razlikuje od prvih dveh.		Proces nastajanja ribosoma se začne z vezavo točno določenih r-proteinov (t.i. assembly-initiator r-protein) na specifična mesta rRNA do tvorbe intermediata, ki nato veže še ostale manjkajoče r-proteine, ko kompleks preide določene strukturne konformacije. Tako pride do nastanka ribosomskih podenot, ki se nato združita v funkcionalen ribosom.In vitro eksperimenti so pokazali, da kljub velikosti makromolekulskega kompleksa, kot je ribosom, že same komponente vsebujejo vse potrebne informacije za nastanek funkcionalnega delca. Pogoji, pri katerih jim je uspela sestava funkcionalnega kompleksa, niso primerljivi s tistimi v celici, zato raziskovalci sklepajo na prisotnost drugih mehanizmov, ki pomagajo pri sestavi ribosoma. Eden izmed teh je mehanizem kotranskripcije (iz smeri 5’ proti 3’)in direktna spojitev r-proteinov , ki olajša prvi del nastajanja ribosoma. Poleg teh lahko v organizmih najdemo tudi dodatne ribosomske biogenetske faktorje, ki olajšajo ali pospešijo nastajanje kompleksa. In vitro študije so tako pokazale, da je nastanek ribosoma koordiniran proces, ki vsebuje številne specifične korake, brez katerih se ribosom ne sestavi. Saccharolobus solfataricus (Sulfolobus) je termofilna arheja, ki živi v temperaturnem območju med 80 in 85 °C. Za termofile je značilno, da imajo njihovi ribosomi večje število r-proteinov kot organizmi, ki živijo pri sobnih temperaturah. Znanstveniki so odkrili, da pri teji arheji nastajanje ribosoma sestavljata dva koraka: prvi se zgodi že pri temperaturah okoli 60 °C, drugi pa le nad 80 °C, zato sklepajo, da je nujna visoka temperatura za strukturne konformacije proteinov, ki bi omogočile rRNA-protein interakcije. To nam le potrdi, da se sestava celotnega ribosoma zgodi pri točno določenih pogojih. Pri Haloferax mediterranei, ki je halobakterija, so se podenote 30S in 50S sestavile samo pri visokih koncentracijah soli oziroma enakih, kot je v celici. K+ in NH4+ soli sta se izkazale za najbolj učinkovite pri omogočanju sestave ribosoma. Za razliko od S. solfataricus in E. Coli, se ribosom H. mediterranei sestavi v enem koraku pri 42 °C, kar je za to arhejo optimalna temperatura, saj je mezofilni organizem. Ob ugotavljanju pogojev, ki omogočijo sestavljanje ribosoma so lahko identificirali še začetno povezovalne (assembly-initiating) r-proteine, ki so nujni, da se komponente posameznih podenot lahko začnejo združevat do sestave kompleksa. Nastanek intermediata kompleksa omogočijo že nižje temperature, celotna podenota pa se sestavi le pri optimalnih temperaturah. Zanimivo je tudi, da se kompleks lahko sestavi, če so r-proteini in rRNA iz različnih organizmov in so med seboj kompatibilni. Na primer to se lahko zgodi med različnimi vrstami bakterij, saj se je izkazalo, da so nekateri pomembni r-proteini v domeni prokariontov med vsemi vrstami močno ohranjeni. V enem eksperimentu so inkubirali proteine velike podenote iz S. solfataricus z 23S rRNA iz H. mediteraneii ali E. coli, rezultat pa je bil ta, da je nastal 70S ribosom. Če pa so te iste r-proteine inkubirali z rRNA kvasovke Saccaromyces cerevisiae, kompleks ni nastal. Iz tega vidimo, da sta osnovna arhitektura ribosomov in struktura rRNA podobni med domenama bakterij in arhej, pri evkariontih pa je biogeneza ribosomov kompleksnejša in se zato razlikuje od prvih dveh.

	== Faktorji biogeneze ribosomov ==		== Faktorji biogeneze ribosomov ==

Matija Novel: /* In vitro študije */

2023-05-22T06:59:27Z

In vitro študije

← Older revision		Revision as of 06:59, 22 May 2023
Line 14:		Line 14:

	== In vitro študije ==		== In vitro študije ==
	In vitro eksperimenti so pokazali, da kljub velikosti makromolekulskega kompleksa, kot je ribosom, že same komponente vsebujejo vse potrebne informacije za nastanek funkcionalnega delca. Proces nastajanja ribosoma se začne z vezavo točno določenih r-proteinov (t.i. assembly-initiator r-protein) na specifična mesta rRNA do tvorbe intermediata, ki nato veže še ostale manjkajoče r-proteine, ko kompleks preide določene strukturne konformacije. Tako pride do nastanka ribosomskih podenot, ki se nato združita v funkcionalen ribosom. Pogoji, pri katerih jim je uspela sestava funkcionalnega kompleksa, niso primerljivi s tistimi v celici, zato raziskovalci sklepajo na prisotnost drugih mehanizmov, ki pomagajo pri sestavi ribosoma. Eden izmed teh je mehanizem kotranskripcije (iz smeri 5’ proti 3’)in direktna spojitev r-proteinov , ki olajša prvi del nastajanja ribosoma~~. Takšno 5’-3’ koordinacijo začetne pre-rRNA najdemo v arheji H. volcanii~~. Poleg teh lahko v organizmih najdemo tudi dodatne ribosomske biogenetske faktorje, ki olajšajo ali pospešijo nastajanje kompleksa. In vitro študije so tako pokazale, da je nastanek ribosoma koordiniran proces, ki vsebuje številne specifične korake, brez katerih se ribosom ne sestavi. Saccharolobus solfataricus (Sulfolobus) je termofilna arheja, ki živi v temperaturnem območju med 80 in 85 °C. Za termofile je značilno, da imajo njihovi ribosomi večje število r-proteinov kot organizmi, ki živijo pri sobnih temperaturah. Znanstveniki so odkrili, da pri teji arheji nastajanje ribosoma sestavljata dva koraka: prvi se zgodi že pri temperaturah okoli 60 °C, drugi pa le nad 80 °C, zato sklepajo, da je nujna visoka temperatura za strukturne konformacije proteinov, ki bi omogočile rRNA-protein interakcije. To nam le potrdi, da se sestava celotnega ribosoma zgodi pri točno določenih pogojih. Pri Haloferax mediterranei, ki je halobakterija, so se podenote 30S in 50S sestavile samo pri visokih koncentracijah soli oziroma enakih, kot je v celici. K+ in NH4+ soli sta se izkazale za najbolj učinkovite pri omogočanju sestave ribosoma. Za razliko od S. solfataricus in E. Coli, se ribosom H. mediterranei sestavi v enem koraku pri 42 °C, kar je za to arhejo optimalna temperatura, saj je mezofilni organizem. Ob ugotavljanju pogojev, ki omogočijo sestavljanje ribosoma so lahko identificirali še začetno povezovalne (assembly-initiating) r-proteine, ki so nujni, da se komponente posameznih podenot lahko začnejo združevat do sestave kompleksa. Nastanek intermediata kompleksa omogočijo že nižje temperature, celotna podenota pa se sestavi le pri optimalnih temperaturah. Zanimivo je tudi, da se kompleks lahko sestavi, če so r-proteini in rRNA iz različnih organizmov in so med seboj kompatibilni. Na primer to se lahko zgodi med različnimi vrstami bakterij, saj se je izkazalo, da so nekateri pomembni r-proteini v domeni prokariontov med vsemi vrstami močno ohranjeni. V enem eksperimentu so inkubirali proteine velike podenote iz S. solfataricus z 23S rRNA iz H. mediteraneii ali E. coli, rezultat pa je bil ta, da je nastal 70S ribosom. Če pa so te iste r-proteine inkubirali z rRNA kvasovke Saccaromyces cerevisiae, kompleks ni nastal. Iz tega vidimo, da sta osnovna arhitektura ribosomov in struktura rRNA podobni med domenama bakterij in arhej, pri evkariontih pa je biogeneza ribosomov kompleksnejša in se zato razlikuje od prvih dveh.		In vitro eksperimenti so pokazali, da kljub velikosti makromolekulskega kompleksa, kot je ribosom, že same komponente vsebujejo vse potrebne informacije za nastanek funkcionalnega delca. Proces nastajanja ribosoma se začne z vezavo točno določenih r-proteinov (t.i. assembly-initiator r-protein) na specifična mesta rRNA do tvorbe intermediata, ki nato veže še ostale manjkajoče r-proteine, ko kompleks preide določene strukturne konformacije. Tako pride do nastanka ribosomskih podenot, ki se nato združita v funkcionalen ribosom. Pogoji, pri katerih jim je uspela sestava funkcionalnega kompleksa, niso primerljivi s tistimi v celici, zato raziskovalci sklepajo na prisotnost drugih mehanizmov, ki pomagajo pri sestavi ribosoma. Eden izmed teh je mehanizem kotranskripcije (iz smeri 5’ proti 3’)in direktna spojitev r-proteinov , ki olajša prvi del nastajanja ribosoma. Poleg teh lahko v organizmih najdemo tudi dodatne ribosomske biogenetske faktorje, ki olajšajo ali pospešijo nastajanje kompleksa. In vitro študije so tako pokazale, da je nastanek ribosoma koordiniran proces, ki vsebuje številne specifične korake, brez katerih se ribosom ne sestavi. Saccharolobus solfataricus (Sulfolobus) je termofilna arheja, ki živi v temperaturnem območju med 80 in 85 °C. Za termofile je značilno, da imajo njihovi ribosomi večje število r-proteinov kot organizmi, ki živijo pri sobnih temperaturah. Znanstveniki so odkrili, da pri teji arheji nastajanje ribosoma sestavljata dva koraka: prvi se zgodi že pri temperaturah okoli 60 °C, drugi pa le nad 80 °C, zato sklepajo, da je nujna visoka temperatura za strukturne konformacije proteinov, ki bi omogočile rRNA-protein interakcije. To nam le potrdi, da se sestava celotnega ribosoma zgodi pri točno določenih pogojih. Pri Haloferax mediterranei, ki je halobakterija, so se podenote 30S in 50S sestavile samo pri visokih koncentracijah soli oziroma enakih, kot je v celici. K+ in NH4+ soli sta se izkazale za najbolj učinkovite pri omogočanju sestave ribosoma. Za razliko od S. solfataricus in E. Coli, se ribosom H. mediterranei sestavi v enem koraku pri 42 °C, kar je za to arhejo optimalna temperatura, saj je mezofilni organizem. Ob ugotavljanju pogojev, ki omogočijo sestavljanje ribosoma so lahko identificirali še začetno povezovalne (assembly-initiating) r-proteine, ki so nujni, da se komponente posameznih podenot lahko začnejo združevat do sestave kompleksa. Nastanek intermediata kompleksa omogočijo že nižje temperature, celotna podenota pa se sestavi le pri optimalnih temperaturah. Zanimivo je tudi, da se kompleks lahko sestavi, če so r-proteini in rRNA iz različnih organizmov in so med seboj kompatibilni. Na primer to se lahko zgodi med različnimi vrstami bakterij, saj se je izkazalo, da so nekateri pomembni r-proteini v domeni prokariontov med vsemi vrstami močno ohranjeni. V enem eksperimentu so inkubirali proteine velike podenote iz S. solfataricus z 23S rRNA iz H. mediteraneii ali E. coli, rezultat pa je bil ta, da je nastal 70S ribosom. Če pa so te iste r-proteine inkubirali z rRNA kvasovke Saccaromyces cerevisiae, kompleks ni nastal. Iz tega vidimo, da sta osnovna arhitektura ribosomov in struktura rRNA podobni med domenama bakterij in arhej, pri evkariontih pa je biogeneza ribosomov kompleksnejša in se zato razlikuje od prvih dveh.

	== Faktorji biogeneze ribosomov ==		== Faktorji biogeneze ribosomov ==

Matija Novel: /* In vitro študije */

2023-05-22T06:57:01Z

In vitro študije

← Older revision		Revision as of 06:57, 22 May 2023
Line 14:		Line 14:

	== In vitro študije ==		== In vitro študije ==
	In vitro eksperimenti so pokazali, da kljub velikosti makromolekulskega kompleksa, kot je ribosom, že same komponente vsebujejo vse potrebne informacije za nastanek funkcionalnega delca. Proces nastajanja ribosoma se začne z vezavo točno določenih r-proteinov (t.i. assembly-initiator r-protein) na specifična mesta rRNA do tvorbe intermediata, ki nato veže še ostale manjkajoče r-proteine, ko kompleks preide določene strukturne konformacije. Tako pride do nastanka ribosomskih podenot, ki se nato združita v funkcionalen ribosom. Pogoji, pri katerih jim je uspela sestava funkcionalnega kompleksa, niso primerljivi s tistimi v celici, zato raziskovalci sklepajo na prisotnost drugih mehanizmov, ki pomagajo pri sestavi ribosoma. ~~Enega~~ izmed teh ~~je prvič priporočal nemški biokemik Knud Nierhaus. To~~ je mehanizem kotranskripcije (iz smeri 5’ proti 3’)in direktna spojitev r-proteinov , ki olajša prvi del nastajanja ribosoma. Takšno 5’-3’ koordinacijo začetne pre-rRNA najdemo v arheji H. volcanii. Poleg teh lahko v organizmih najdemo tudi dodatne ribosomske biogenetske faktorje, ki olajšajo ali pospešijo nastajanje kompleksa. In vitro študije so tako pokazale, da je nastanek ribosoma koordiniran proces, ki vsebuje številne specifične korake, brez katerih se ribosom ne sestavi. Saccharolobus solfataricus (Sulfolobus) je termofilna arheja, ki živi v temperaturnem območju med 80 in 85 °C. Za termofile je značilno, da imajo njihovi ribosomi večje število r-proteinov kot organizmi, ki živijo pri sobnih temperaturah. Znanstveniki so odkrili, da pri teji arheji nastajanje ribosoma sestavljata dva koraka: prvi se zgodi že pri temperaturah okoli 60 °C, drugi pa le nad 80 °C, zato sklepajo, da je nujna visoka temperatura za strukturne konformacije proteinov, ki bi omogočile rRNA-protein interakcije. To nam le potrdi, da se sestava celotnega ribosoma zgodi pri točno določenih pogojih. Pri Haloferax mediterranei, ki je halobakterija, so se podenote 30S in 50S sestavile samo pri visokih koncentracijah soli oziroma enakih, kot je v celici. K+ in NH4+ soli sta se izkazale za najbolj učinkovite pri omogočanju sestave ribosoma. Za razliko od S. solfataricus in E. Coli, se ribosom H. mediterranei sestavi v enem koraku pri 42 °C, kar je za to arhejo optimalna temperatura, saj je mezofilni organizem. Ob ugotavljanju pogojev, ki omogočijo sestavljanje ribosoma so lahko identificirali še začetno povezovalne (assembly-initiating) r-proteine, ki so nujni, da se komponente posameznih podenot lahko začnejo združevat do sestave kompleksa. Nastanek intermediata kompleksa omogočijo že nižje temperature, celotna podenota pa se sestavi le pri optimalnih temperaturah. Zanimivo je tudi, da se kompleks lahko sestavi, če so r-proteini in rRNA iz različnih organizmov in so med seboj kompatibilni. Na primer to se lahko zgodi med različnimi vrstami bakterij, saj se je izkazalo, da so nekateri pomembni r-proteini v domeni prokariontov med vsemi vrstami močno ohranjeni. V enem eksperimentu so inkubirali proteine velike podenote iz S. solfataricus z 23S rRNA iz H. mediteraneii ali E. coli, rezultat pa je bil ta, da je nastal 70S ribosom. Če pa so te iste r-proteine inkubirali z rRNA kvasovke Saccaromyces cerevisiae, kompleks ni nastal. Iz tega vidimo, da sta osnovna arhitektura ribosomov in struktura rRNA podobni med domenama bakterij in arhej, pri evkariontih pa je biogeneza ribosomov kompleksnejša in se zato razlikuje od prvih dveh.		In vitro eksperimenti so pokazali, da kljub velikosti makromolekulskega kompleksa, kot je ribosom, že same komponente vsebujejo vse potrebne informacije za nastanek funkcionalnega delca. Proces nastajanja ribosoma se začne z vezavo točno določenih r-proteinov (t.i. assembly-initiator r-protein) na specifična mesta rRNA do tvorbe intermediata, ki nato veže še ostale manjkajoče r-proteine, ko kompleks preide določene strukturne konformacije. Tako pride do nastanka ribosomskih podenot, ki se nato združita v funkcionalen ribosom. Pogoji, pri katerih jim je uspela sestava funkcionalnega kompleksa, niso primerljivi s tistimi v celici, zato raziskovalci sklepajo na prisotnost drugih mehanizmov, ki pomagajo pri sestavi ribosoma. Eden izmed teh je mehanizem kotranskripcije (iz smeri 5’ proti 3’)in direktna spojitev r-proteinov , ki olajša prvi del nastajanja ribosoma. Takšno 5’-3’ koordinacijo začetne pre-rRNA najdemo v arheji H. volcanii. Poleg teh lahko v organizmih najdemo tudi dodatne ribosomske biogenetske faktorje, ki olajšajo ali pospešijo nastajanje kompleksa. In vitro študije so tako pokazale, da je nastanek ribosoma koordiniran proces, ki vsebuje številne specifične korake, brez katerih se ribosom ne sestavi. Saccharolobus solfataricus (Sulfolobus) je termofilna arheja, ki živi v temperaturnem območju med 80 in 85 °C. Za termofile je značilno, da imajo njihovi ribosomi večje število r-proteinov kot organizmi, ki živijo pri sobnih temperaturah. Znanstveniki so odkrili, da pri teji arheji nastajanje ribosoma sestavljata dva koraka: prvi se zgodi že pri temperaturah okoli 60 °C, drugi pa le nad 80 °C, zato sklepajo, da je nujna visoka temperatura za strukturne konformacije proteinov, ki bi omogočile rRNA-protein interakcije. To nam le potrdi, da se sestava celotnega ribosoma zgodi pri točno določenih pogojih. Pri Haloferax mediterranei, ki je halobakterija, so se podenote 30S in 50S sestavile samo pri visokih koncentracijah soli oziroma enakih, kot je v celici. K+ in NH4+ soli sta se izkazale za najbolj učinkovite pri omogočanju sestave ribosoma. Za razliko od S. solfataricus in E. Coli, se ribosom H. mediterranei sestavi v enem koraku pri 42 °C, kar je za to arhejo optimalna temperatura, saj je mezofilni organizem. Ob ugotavljanju pogojev, ki omogočijo sestavljanje ribosoma so lahko identificirali še začetno povezovalne (assembly-initiating) r-proteine, ki so nujni, da se komponente posameznih podenot lahko začnejo združevat do sestave kompleksa. Nastanek intermediata kompleksa omogočijo že nižje temperature, celotna podenota pa se sestavi le pri optimalnih temperaturah. Zanimivo je tudi, da se kompleks lahko sestavi, če so r-proteini in rRNA iz različnih organizmov in so med seboj kompatibilni. Na primer to se lahko zgodi med različnimi vrstami bakterij, saj se je izkazalo, da so nekateri pomembni r-proteini v domeni prokariontov med vsemi vrstami močno ohranjeni. V enem eksperimentu so inkubirali proteine velike podenote iz S. solfataricus z 23S rRNA iz H. mediteraneii ali E. coli, rezultat pa je bil ta, da je nastal 70S ribosom. Če pa so te iste r-proteine inkubirali z rRNA kvasovke Saccaromyces cerevisiae, kompleks ni nastal. Iz tega vidimo, da sta osnovna arhitektura ribosomov in struktura rRNA podobni med domenama bakterij in arhej, pri evkariontih pa je biogeneza ribosomov kompleksnejša in se zato razlikuje od prvih dveh.

	== Faktorji biogeneze ribosomov ==		== Faktorji biogeneze ribosomov ==

Matija Novel: /* In vitro študije */

2023-05-22T06:44:46Z

In vitro študije

← Older revision		Revision as of 06:44, 22 May 2023
Line 14:		Line 14:

	== In vitro študije ==		== In vitro študije ==
	In vitro eksperimenti so pokazali, da kljub velikosti makromolekulskega kompleksa, kot je ribosom, že same komponente vsebujejo vse potrebne informacije za nastanek funkcionalnega delca. Proces nastajanja ribosoma se začne z vezavo točno določenih r-proteinov (t.i. assembly-initiator r-protein) na specifična mesta rRNA do tvorbe intermediata, ki nato veže še ostale manjkajoče r-proteine, ko kompleks preide določene strukturne konformacije. Tako pride do nastanka ribosomskih podenot, ki se nato združita v funkcionalen ribosom. Pogoji, pri katerih jim je uspela sestava funkcionalnega kompleksa, niso primerljivi s tistimi v celici, zato raziskovalci sklepajo na prisotnost drugih mehanizmov, ki pomagajo pri sestavi ribosoma. Enega izmed teh je prvič priporočal nemški biokemik Knud Nierhaus. To je mehanizem kotranskripcije ~~in direktna spojitev r-proteinov~~ (iz smeri 5’ proti 3’), ki olajša prvi del nastajanja ribosoma. Takšno 5’-3’ koordinacijo začetne pre-rRNA najdemo v arheji H. volcanii. Poleg teh lahko v organizmih najdemo tudi dodatne ribosomske biogenetske faktorje, ki olajšajo ali pospešijo nastajanje kompleksa. In vitro študije so tako pokazale, da je nastanek ribosoma koordiniran proces, ki vsebuje številne specifične korake, brez katerih se ribosom ne sestavi. Saccharolobus solfataricus (Sulfolobus) je termofilna arheja, ki živi v temperaturnem območju med 80 in 85 °C. Za termofile je značilno, da imajo njihovi ribosomi večje število r-proteinov kot organizmi, ki živijo pri sobnih temperaturah. Znanstveniki so odkrili, da pri teji arheji nastajanje ribosoma sestavljata dva koraka: prvi se zgodi že pri temperaturah okoli 60 °C, drugi pa le nad 80 °C, zato sklepajo, da je nujna visoka temperatura za strukturne konformacije proteinov, ki bi omogočile rRNA-protein interakcije. To nam le potrdi, da se sestava celotnega ribosoma zgodi pri točno določenih pogojih. Pri Haloferax mediterranei, ki je halobakterija, so se podenote 30S in 50S sestavile samo pri visokih koncentracijah soli oziroma enakih, kot je v celici. K+ in NH4+ soli sta se izkazale za najbolj učinkovite pri omogočanju sestave ribosoma. Za razliko od S. solfataricus in E. Coli, se ribosom H. mediterranei sestavi v enem koraku pri 42 °C, kar je za to arhejo optimalna temperatura, saj je mezofilni organizem. Ob ugotavljanju pogojev, ki omogočijo sestavljanje ribosoma so lahko identificirali še začetno povezovalne (assembly-initiating) r-proteine, ki so nujni, da se komponente posameznih podenot lahko začnejo združevat do sestave kompleksa. Nastanek intermediata kompleksa omogočijo že nižje temperature, celotna podenota pa se sestavi le pri optimalnih temperaturah. Zanimivo je tudi, da se kompleks lahko sestavi, če so r-proteini in rRNA iz različnih organizmov in so med seboj kompatibilni. Na primer to se lahko zgodi med različnimi vrstami bakterij, saj se je izkazalo, da so nekateri pomembni r-proteini v domeni prokariontov med vsemi vrstami močno ohranjeni. V enem eksperimentu so inkubirali proteine velike podenote iz S. solfataricus z 23S rRNA iz H. mediteraneii ali E. coli, rezultat pa je bil ta, da je nastal 70S ribosom. Če pa so te iste r-proteine inkubirali z rRNA kvasovke Saccaromyces cerevisiae, kompleks ni nastal. Iz tega vidimo, da sta osnovna arhitektura ribosomov in struktura rRNA podobni med domenama bakterij in arhej, pri evkariontih pa je biogeneza ribosomov kompleksnejša in se zato razlikuje od prvih dveh.		In vitro eksperimenti so pokazali, da kljub velikosti makromolekulskega kompleksa, kot je ribosom, že same komponente vsebujejo vse potrebne informacije za nastanek funkcionalnega delca. Proces nastajanja ribosoma se začne z vezavo točno določenih r-proteinov (t.i. assembly-initiator r-protein) na specifična mesta rRNA do tvorbe intermediata, ki nato veže še ostale manjkajoče r-proteine, ko kompleks preide določene strukturne konformacije. Tako pride do nastanka ribosomskih podenot, ki se nato združita v funkcionalen ribosom. Pogoji, pri katerih jim je uspela sestava funkcionalnega kompleksa, niso primerljivi s tistimi v celici, zato raziskovalci sklepajo na prisotnost drugih mehanizmov, ki pomagajo pri sestavi ribosoma. Enega izmed teh je prvič priporočal nemški biokemik Knud Nierhaus. To je mehanizem kotranskripcije (iz smeri 5’ proti 3’)in direktna spojitev r-proteinov , ki olajša prvi del nastajanja ribosoma. Takšno 5’-3’ koordinacijo začetne pre-rRNA najdemo v arheji H. volcanii. Poleg teh lahko v organizmih najdemo tudi dodatne ribosomske biogenetske faktorje, ki olajšajo ali pospešijo nastajanje kompleksa. In vitro študije so tako pokazale, da je nastanek ribosoma koordiniran proces, ki vsebuje številne specifične korake, brez katerih se ribosom ne sestavi. Saccharolobus solfataricus (Sulfolobus) je termofilna arheja, ki živi v temperaturnem območju med 80 in 85 °C. Za termofile je značilno, da imajo njihovi ribosomi večje število r-proteinov kot organizmi, ki živijo pri sobnih temperaturah. Znanstveniki so odkrili, da pri teji arheji nastajanje ribosoma sestavljata dva koraka: prvi se zgodi že pri temperaturah okoli 60 °C, drugi pa le nad 80 °C, zato sklepajo, da je nujna visoka temperatura za strukturne konformacije proteinov, ki bi omogočile rRNA-protein interakcije. To nam le potrdi, da se sestava celotnega ribosoma zgodi pri točno določenih pogojih. Pri Haloferax mediterranei, ki je halobakterija, so se podenote 30S in 50S sestavile samo pri visokih koncentracijah soli oziroma enakih, kot je v celici. K+ in NH4+ soli sta se izkazale za najbolj učinkovite pri omogočanju sestave ribosoma. Za razliko od S. solfataricus in E. Coli, se ribosom H. mediterranei sestavi v enem koraku pri 42 °C, kar je za to arhejo optimalna temperatura, saj je mezofilni organizem. Ob ugotavljanju pogojev, ki omogočijo sestavljanje ribosoma so lahko identificirali še začetno povezovalne (assembly-initiating) r-proteine, ki so nujni, da se komponente posameznih podenot lahko začnejo združevat do sestave kompleksa. Nastanek intermediata kompleksa omogočijo že nižje temperature, celotna podenota pa se sestavi le pri optimalnih temperaturah. Zanimivo je tudi, da se kompleks lahko sestavi, če so r-proteini in rRNA iz različnih organizmov in so med seboj kompatibilni. Na primer to se lahko zgodi med različnimi vrstami bakterij, saj se je izkazalo, da so nekateri pomembni r-proteini v domeni prokariontov med vsemi vrstami močno ohranjeni. V enem eksperimentu so inkubirali proteine velike podenote iz S. solfataricus z 23S rRNA iz H. mediteraneii ali E. coli, rezultat pa je bil ta, da je nastal 70S ribosom. Če pa so te iste r-proteine inkubirali z rRNA kvasovke Saccaromyces cerevisiae, kompleks ni nastal. Iz tega vidimo, da sta osnovna arhitektura ribosomov in struktura rRNA podobni med domenama bakterij in arhej, pri evkariontih pa je biogeneza ribosomov kompleksnejša in se zato razlikuje od prvih dveh.

	== Faktorji biogeneze ribosomov ==		== Faktorji biogeneze ribosomov ==

Matija Novel: /* In vitro študije */

2023-05-21T18:58:55Z

In vitro študije

← Older revision		Revision as of 18:58, 21 May 2023
Line 14:		Line 14:

	== In vitro študije ==		== In vitro študije ==
	In vitro eksperimenti so pokazali, da kljub velikosti makromolekulskega kompleksa, kot je ribosom, že same komponente vsebujejo vse potrebne informacije za nastanek funkcionalnega delca. Proces nastajanja ribosoma se začne z vezavo točno določenih r-proteinov (t.i. assembly-initiator r-protein) na specifična mesta rRNA do tvorbe intermediata, ki nato veže še ostale manjkajoče r-proteine, ko kompleks preide določene strukturne konformacije. Tako pride do nastanka ribosomskih podenot, ki se nato združita v funkcionalen ribosom. Pogoji, pri katerih jim je uspela sestava funkcionalnega kompleksa, niso primerljivi s tistimi v celici, zato raziskovalci sklepajo na prisotnost drugih mehanizmov, ki pomagajo pri sestavi ribosoma. Enega izmed teh je prvič priporočal nemški biokemik Knud Nierhaus. To je mehanizem kotranskripcije in direktna spojitev r-proteinov (iz smeri 5’ proti 3’), ki olajša prvi del nastajanja ribosoma. Takšno 5’-3’ koordinacijo začetne pre-rRNA najdemo v arheji H. volcanii. Poleg teh lahko v organizmih najdemo tudi dodatne ribosomske biogenetske faktorje, ki olajšajo ali pospešijo nastajanje kompleksa. In vitro študije so tako pokazale, da je nastanek ribosoma koordiniran proces, ki vsebuje številne specifične korake, brez katerih se ribosom ne sestavi. Saccharolobus solfataricus (Sulfolobus) je termofilna arheja, ki živi v temperaturnem območju med 80 in 85 °C. Za termofile je značilno, da imajo njihovi ribosomi večje število r-proteinov kot organizmi, ki živijo pri sobnih temperaturah. Znanstveniki so odkrili, da pri teji arheji nastajanje ribosoma sestavljata dva koraka: prvi se zgodi že pri temperaturah okoli 60 °C, drugi pa le nad 80 °C, zato sklepajo, da je nujna visoka temperatura za strukturne konformacije proteinov, ki bi omogočile rRNA-protein interakcije. To nam le potrdi, da se sestava celotnega ribosoma zgodi pri točno določenih pogojih. Pri Haloferax mediterranei, ki je halobakterija, so se podenote 30S in 50S sestavile samo pri visokih koncentracijah soli oziroma enakih, kot je v celici. K+ in NH4+ soli sta se izkazale za najbolj učinkovite pri omogočanju sestave ribosoma. Za razliko od S. solfataricus in E. Coli, se ribosom H. mediterranei sestavi v enem koraku pri 42 °C, kar je za to arhejo optimalna temperatura, saj je mezofilni organizem. Ob ugotavljanju pogojev, ki omogočijo sestavljanje ribosoma so lahko identificirali še začetno povezovalne r-proteine, ki so nujni, da se komponente posameznih podenot lahko začnejo združevat do sestave kompleksa. Nastanek intermediata kompleksa omogočijo že nižje temperature, celotna podenota pa se sestavi le pri optimalnih temperaturah. Zanimivo je tudi, da se kompleks lahko sestavi, če so r-proteini in rRNA iz različnih organizmov in so med seboj kompatibilni. Na primer to se lahko zgodi med različnimi vrstami bakterij, saj se je izkazalo, da so nekateri pomembni r-proteini v domeni prokariontov med vsemi vrstami močno ohranjeni. V enem eksperimentu so inkubirali proteine velike podenote iz S. solfataricus z 23S rRNA iz H. mediteraneii ali E. coli, rezultat pa je bil ta, da je nastal 70S ribosom. Če pa so te iste r-proteine inkubirali z rRNA kvasovke Saccaromyces cerevisiae, kompleks ni nastal. Iz tega vidimo, da sta osnovna arhitektura ribosomov in struktura rRNA podobni med domenama bakterij in arhej, pri evkariontih pa je biogeneza ribosomov kompleksnejša in se zato razlikuje od prvih dveh.		In vitro eksperimenti so pokazali, da kljub velikosti makromolekulskega kompleksa, kot je ribosom, že same komponente vsebujejo vse potrebne informacije za nastanek funkcionalnega delca. Proces nastajanja ribosoma se začne z vezavo točno določenih r-proteinov (t.i. assembly-initiator r-protein) na specifična mesta rRNA do tvorbe intermediata, ki nato veže še ostale manjkajoče r-proteine, ko kompleks preide določene strukturne konformacije. Tako pride do nastanka ribosomskih podenot, ki se nato združita v funkcionalen ribosom. Pogoji, pri katerih jim je uspela sestava funkcionalnega kompleksa, niso primerljivi s tistimi v celici, zato raziskovalci sklepajo na prisotnost drugih mehanizmov, ki pomagajo pri sestavi ribosoma. Enega izmed teh je prvič priporočal nemški biokemik Knud Nierhaus. To je mehanizem kotranskripcije in direktna spojitev r-proteinov (iz smeri 5’ proti 3’), ki olajša prvi del nastajanja ribosoma. Takšno 5’-3’ koordinacijo začetne pre-rRNA najdemo v arheji H. volcanii. Poleg teh lahko v organizmih najdemo tudi dodatne ribosomske biogenetske faktorje, ki olajšajo ali pospešijo nastajanje kompleksa. In vitro študije so tako pokazale, da je nastanek ribosoma koordiniran proces, ki vsebuje številne specifične korake, brez katerih se ribosom ne sestavi. Saccharolobus solfataricus (Sulfolobus) je termofilna arheja, ki živi v temperaturnem območju med 80 in 85 °C. Za termofile je značilno, da imajo njihovi ribosomi večje število r-proteinov kot organizmi, ki živijo pri sobnih temperaturah. Znanstveniki so odkrili, da pri teji arheji nastajanje ribosoma sestavljata dva koraka: prvi se zgodi že pri temperaturah okoli 60 °C, drugi pa le nad 80 °C, zato sklepajo, da je nujna visoka temperatura za strukturne konformacije proteinov, ki bi omogočile rRNA-protein interakcije. To nam le potrdi, da se sestava celotnega ribosoma zgodi pri točno določenih pogojih. Pri Haloferax mediterranei, ki je halobakterija, so se podenote 30S in 50S sestavile samo pri visokih koncentracijah soli oziroma enakih, kot je v celici. K+ in NH4+ soli sta se izkazale za najbolj učinkovite pri omogočanju sestave ribosoma. Za razliko od S. solfataricus in E. Coli, se ribosom H. mediterranei sestavi v enem koraku pri 42 °C, kar je za to arhejo optimalna temperatura, saj je mezofilni organizem. Ob ugotavljanju pogojev, ki omogočijo sestavljanje ribosoma so lahko identificirali še začetno povezovalne (assembly-initiating) r-proteine, ki so nujni, da se komponente posameznih podenot lahko začnejo združevat do sestave kompleksa. Nastanek intermediata kompleksa omogočijo že nižje temperature, celotna podenota pa se sestavi le pri optimalnih temperaturah. Zanimivo je tudi, da se kompleks lahko sestavi, če so r-proteini in rRNA iz različnih organizmov in so med seboj kompatibilni. Na primer to se lahko zgodi med različnimi vrstami bakterij, saj se je izkazalo, da so nekateri pomembni r-proteini v domeni prokariontov med vsemi vrstami močno ohranjeni. V enem eksperimentu so inkubirali proteine velike podenote iz S. solfataricus z 23S rRNA iz H. mediteraneii ali E. coli, rezultat pa je bil ta, da je nastal 70S ribosom. Če pa so te iste r-proteine inkubirali z rRNA kvasovke Saccaromyces cerevisiae, kompleks ni nastal. Iz tega vidimo, da sta osnovna arhitektura ribosomov in struktura rRNA podobni med domenama bakterij in arhej, pri evkariontih pa je biogeneza ribosomov kompleksnejša in se zato razlikuje od prvih dveh.

	== Faktorji biogeneze ribosomov ==		== Faktorji biogeneze ribosomov ==

Matija Novel: /* In vitro študije */

2023-05-21T18:42:19Z

In vitro študije

← Older revision		Revision as of 18:42, 21 May 2023
Line 14:		Line 14:

	== In vitro študije ==		== In vitro študije ==
	In vitro eksperimenti so pokazali, da kljub velikosti makromolekulskega kompleksa, kot je ribosom, že same komponente vsebujejo vse potrebne informacije za nastanek funkcionalnega delca. Proces nastajanja ribosoma se začne z vezavo točno določenih r-proteinov na specifična mesta rRNA do tvorbe intermediata, ki nato veže še ostale manjkajoče r-proteine, ko kompleks preide določene strukturne konformacije. Tako pride do nastanka ribosomskih podenot, ki se nato združita v funkcionalen ribosom. Pogoji, pri katerih jim je uspela sestava funkcionalnega kompleksa, niso primerljivi s tistimi v celici, zato raziskovalci sklepajo na prisotnost drugih mehanizmov, ki pomagajo pri sestavi ribosoma. Enega izmed teh je prvič priporočal nemški biokemik Knud Nierhaus. To je mehanizem kotranskripcije in direktna spojitev r-proteinov (iz smeri 5’ proti 3’), ki olajša prvi del nastajanja ribosoma. Takšno 5’-3’ koordinacijo začetne pre-rRNA najdemo v arheji H. volcanii. Poleg teh lahko v organizmih najdemo tudi dodatne ribosomske biogenetske faktorje, ki olajšajo ali pospešijo nastajanje kompleksa. In vitro študije so tako pokazale, da je nastanek ribosoma koordiniran proces, ki vsebuje številne specifične korake, brez katerih se ribosom ne sestavi. Saccharolobus solfataricus (Sulfolobus) je termofilna arheja, ki živi v temperaturnem območju med 80 in 85 °C. Za termofile je značilno, da imajo njihovi ribosomi večje število r-proteinov kot organizmi, ki živijo pri sobnih temperaturah. Znanstveniki so odkrili, da pri teji arheji nastajanje ribosoma sestavljata dva koraka: prvi se zgodi že pri temperaturah okoli 60 °C, drugi pa le nad 80 °C, zato sklepajo, da je nujna visoka temperatura za strukturne konformacije proteinov, ki bi omogočile rRNA-protein interakcije. To nam le potrdi, da se sestava celotnega ribosoma zgodi pri točno določenih pogojih. Pri Haloferax mediterranei, ki je halobakterija, so se podenote 30S in 50S sestavile samo pri visokih koncentracijah soli oziroma enakih, kot je v celici. K+ in NH4+ soli sta se izkazale za najbolj učinkovite pri omogočanju sestave ribosoma. Za razliko od S. solfataricus in E. Coli, se ribosom H. mediterranei sestavi v enem koraku pri 42 °C, kar je za to arhejo optimalna temperatura, saj je mezofilni organizem. Ob ugotavljanju pogojev, ki omogočijo sestavljanje ribosoma so lahko identificirali še začetno povezovalne r-proteine, ki so nujni, da se komponente posameznih podenot lahko začnejo združevat do sestave kompleksa. Nastanek intermediata kompleksa omogočijo že nižje temperature, celotna podenota pa se sestavi le pri optimalnih temperaturah. Zanimivo je tudi, da se kompleks lahko sestavi, če so r-proteini in rRNA iz različnih organizmov in so med seboj kompatibilni. Na primer to se lahko zgodi med različnimi vrstami bakterij, saj se je izkazalo, da so nekateri pomembni r-proteini v domeni prokariontov med vsemi vrstami močno ohranjeni. V enem eksperimentu so inkubirali proteine velike podenote iz S. solfataricus z 23S rRNA iz H. mediteraneii ali E. coli, rezultat pa je bil ta, da je nastal 70S ribosom. Če pa so te iste r-proteine inkubirali z rRNA kvasovke Saccaromyces cerevisiae, kompleks ni nastal. Iz tega vidimo, da sta osnovna arhitektura ribosomov in struktura rRNA podobni med domenama bakterij in arhej, pri evkariontih pa je biogeneza ribosomov kompleksnejša in se zato razlikuje od prvih dveh.		In vitro eksperimenti so pokazali, da kljub velikosti makromolekulskega kompleksa, kot je ribosom, že same komponente vsebujejo vse potrebne informacije za nastanek funkcionalnega delca. Proces nastajanja ribosoma se začne z vezavo točno določenih r-proteinov (t.i. assembly-initiator r-protein) na specifična mesta rRNA do tvorbe intermediata, ki nato veže še ostale manjkajoče r-proteine, ko kompleks preide določene strukturne konformacije. Tako pride do nastanka ribosomskih podenot, ki se nato združita v funkcionalen ribosom. Pogoji, pri katerih jim je uspela sestava funkcionalnega kompleksa, niso primerljivi s tistimi v celici, zato raziskovalci sklepajo na prisotnost drugih mehanizmov, ki pomagajo pri sestavi ribosoma. Enega izmed teh je prvič priporočal nemški biokemik Knud Nierhaus. To je mehanizem kotranskripcije in direktna spojitev r-proteinov (iz smeri 5’ proti 3’), ki olajša prvi del nastajanja ribosoma. Takšno 5’-3’ koordinacijo začetne pre-rRNA najdemo v arheji H. volcanii. Poleg teh lahko v organizmih najdemo tudi dodatne ribosomske biogenetske faktorje, ki olajšajo ali pospešijo nastajanje kompleksa. In vitro študije so tako pokazale, da je nastanek ribosoma koordiniran proces, ki vsebuje številne specifične korake, brez katerih se ribosom ne sestavi. Saccharolobus solfataricus (Sulfolobus) je termofilna arheja, ki živi v temperaturnem območju med 80 in 85 °C. Za termofile je značilno, da imajo njihovi ribosomi večje število r-proteinov kot organizmi, ki živijo pri sobnih temperaturah. Znanstveniki so odkrili, da pri teji arheji nastajanje ribosoma sestavljata dva koraka: prvi se zgodi že pri temperaturah okoli 60 °C, drugi pa le nad 80 °C, zato sklepajo, da je nujna visoka temperatura za strukturne konformacije proteinov, ki bi omogočile rRNA-protein interakcije. To nam le potrdi, da se sestava celotnega ribosoma zgodi pri točno določenih pogojih. Pri Haloferax mediterranei, ki je halobakterija, so se podenote 30S in 50S sestavile samo pri visokih koncentracijah soli oziroma enakih, kot je v celici. K+ in NH4+ soli sta se izkazale za najbolj učinkovite pri omogočanju sestave ribosoma. Za razliko od S. solfataricus in E. Coli, se ribosom H. mediterranei sestavi v enem koraku pri 42 °C, kar je za to arhejo optimalna temperatura, saj je mezofilni organizem. Ob ugotavljanju pogojev, ki omogočijo sestavljanje ribosoma so lahko identificirali še začetno povezovalne r-proteine, ki so nujni, da se komponente posameznih podenot lahko začnejo združevat do sestave kompleksa. Nastanek intermediata kompleksa omogočijo že nižje temperature, celotna podenota pa se sestavi le pri optimalnih temperaturah. Zanimivo je tudi, da se kompleks lahko sestavi, če so r-proteini in rRNA iz različnih organizmov in so med seboj kompatibilni. Na primer to se lahko zgodi med različnimi vrstami bakterij, saj se je izkazalo, da so nekateri pomembni r-proteini v domeni prokariontov med vsemi vrstami močno ohranjeni. V enem eksperimentu so inkubirali proteine velike podenote iz S. solfataricus z 23S rRNA iz H. mediteraneii ali E. coli, rezultat pa je bil ta, da je nastal 70S ribosom. Če pa so te iste r-proteine inkubirali z rRNA kvasovke Saccaromyces cerevisiae, kompleks ni nastal. Iz tega vidimo, da sta osnovna arhitektura ribosomov in struktura rRNA podobni med domenama bakterij in arhej, pri evkariontih pa je biogeneza ribosomov kompleksnejša in se zato razlikuje od prvih dveh.

	== Faktorji biogeneze ribosomov ==		== Faktorji biogeneze ribosomov ==