Biokemijska struktura telomerov - Revision history

Ema Guštin: /* Struktura telomernih regij DNA */

2014-04-20T20:42:04Z

Struktura telomernih regij DNA

← Older revision		Revision as of 20:42, 20 April 2014
Line 11:		Line 11:
	=='''Struktura telomernih regij DNA'''==		=='''Struktura telomernih regij DNA'''==

	Telomeri so s številnimi proteini povezana področja ponavljajočih se nukleotidnih zaporedij na koncih linearnih kromosomov. Njihova glavna vloga je zaščita koncev kromosomov pred razgradnjo in fuzijo s konci drugih kromosomov. Telomerna DNA je sestavljena iz kratkih (vendar pri različnih organizmih različno dolgih) z gvaninom bogatih ponavljajočih se zaporedij. V sesalskih celicah te velike nukleoproteinske komplekse gradijo dvovijačne tandemske šestnukleotidne ponovitve zaporedja TTAGGG, ponekod najdemo tudi variacije v obliki TTGGGG, TCAGGG in TGAGGG. Na skrajnem koncu jim sledi enoverižen 3ʹ razmeroma homogen, pretežno gvaninski previs. Posamezen telomer lahko vsebuje le nekaj tisoč ali pa celo več kot sto tisoč baznih parov ponavljajočega se zaporedja, pri ljudeh deset do dvajset tisoč baznih parov.		Telomeri so s številnimi proteini povezana področja ponavljajočih se nukleotidnih zaporedij na koncih linearnih kromosomov v jedrih evkariontskih celic. Njihova glavna vloga je zaščita koncev kromosomov pred razgradnjo in fuzijo s konci drugih kromosomov. Telomerna DNA je sestavljena iz kratkih (vendar pri različnih organizmih različno dolgih) z gvaninom bogatih ponavljajočih se zaporedij. V sesalskih celicah te velike nukleoproteinske komplekse gradijo dvovijačne tandemske šestnukleotidne ponovitve zaporedja TTAGGG, ponekod najdemo tudi variacije v obliki TTGGGG, TCAGGG in TGAGGG. Na skrajnem koncu jim sledi enoverižen 3ʹ razmeroma homogen, pretežno gvaninski previs. Posamezen telomer lahko vsebuje le nekaj tisoč ali pa celo več kot sto tisoč baznih parov ponavljajočega se zaporedja, pri ljudeh deset do dvajset tisoč baznih parov.

	Večina te DNA naj bi tvorila nukleosome (en nukleosom tvori približno 146 baznih parov, ki so 1,67-krat oviti okoli histonskega oktamera), v bližini skrajnega konca pa se pojavljajo tako imenovani G-kvadrupleksi. Gre za večverižne strukture, ki jih skupaj držijo kvadratne ravnine štirih gvaninov (G-kvarteti), povezani s Hoogsteenovimi vodikovimi vezmi. Zavzemajo lahko različne konformacije. Nekatere so prikazane na [http://www.spandidos-publications.com/article_images/ijo/41/5/IJO-41-05-1561-g00.jpg sliki 2]. Struktura takih tetrad je običajno še dodatno stabilizirana s kalijevim kationom, ki zavzame položaj med paroma tetrad. Tvorba G-kvadrupleksov lahko predstavlja problem pri podvajanju DNA in pri podaljševanju telomer s telomerazo.		Večina te DNA naj bi tvorila nukleosome (en nukleosom tvori približno 146 baznih parov, ki so 1,67-krat oviti okoli histonskega oktamera), v bližini skrajnega konca pa se pojavljajo tako imenovani G-kvadrupleksi. Gre za večverižne strukture, ki jih skupaj držijo kvadratne ravnine štirih gvaninov (G-kvarteti), povezani s Hoogsteenovimi vodikovimi vezmi. Zavzemajo lahko različne konformacije. Nekatere so prikazane na [http://www.spandidos-publications.com/article_images/ijo/41/5/IJO-41-05-1561-g00.jpg sliki 2]. Struktura takih tetrad je običajno še dodatno stabilizirana s kalijevim kationom, ki zavzame položaj med paroma tetrad. Tvorba G-kvadrupleksov lahko predstavlja problem pri podvajanju DNA in pri podaljševanju telomer s telomerazo.

Ema Guštin: /* Model treh stanj telomerov skozi celični cikel normalne in rakave celice */

2014-04-20T20:39:56Z

Model treh stanj telomerov skozi celični cikel normalne in rakave celice

← Older revision		Revision as of 20:39, 20 April 2014
Line 47:		Line 47:
	Kot povsod drugod tudi tu lahko pride do zapletov. Zgodi se, da se med fazo G2 odprta oblika telomera zaradi pomanjkanja TRF2 proteina ne more preoblikovati v zaprto obliko. To je navadno značilno le za eno izmed dveh sestrskih kromatid kromosoma. Sprememba v kromosomu se kljub temu prenese v nov celični cikel, hkrati pa sproži popravljalni mehanizem (DDR). Če je število takih sprememb (telomeri odprtih oblik) večje od pet, se zaradi delovanja tumorskega zaviralnega gena p53 rast celice in celični cikel ustavita. Za rakave in modificirane celice, ki nimajo p53 zaviralne poti, pa je značilno, da se delijo, čeprav je na koncih njihovih kromosomov več kot pet telomerov odprtih oblik.		Kot povsod drugod tudi tu lahko pride do zapletov. Zgodi se, da se med fazo G2 odprta oblika telomera zaradi pomanjkanja TRF2 proteina ne more preoblikovati v zaprto obliko. To je navadno značilno le za eno izmed dveh sestrskih kromatid kromosoma. Sprememba v kromosomu se kljub temu prenese v nov celični cikel, hkrati pa sproži popravljalni mehanizem (DDR). Če je število takih sprememb (telomeri odprtih oblik) večje od pet, se zaradi delovanja tumorskega zaviralnega gena p53 rast celice in celični cikel ustavita. Za rakave in modificirane celice, ki nimajo p53 zaviralne poti, pa je značilno, da se delijo, čeprav je na koncih njihovih kromosomov več kot pet telomerov odprtih oblik.

	Do druge nezgode pa lahko pride v fazi M, ko naj bi se zaradi ionizirajočega sevanja preko proteina Aurora B aktivirala ATM kinaza, ki povzroči konformacijo nepoškodovane, zaprte oblike telomere v odprto. Pri tem se velik delež TRF2 proteinov odcepi od telomerov, preostali pa skrbijo, da se odprte telomere posameznih kromosomov med seboj ne zlepijo.		Do druge nezgode pa lahko pride v fazi M, ko naj bi se zaradi ionizirajočega sevanja preko proteina Aurora B aktivirala ATM kinaza, ki povzroči konformacijo nepoškodovane, zaprte oblike telomere v odprto. Pri tem se velik delež TRF2 proteinov odcepi od telomerov, preostali pa skrbijo, da se odprte telomere posameznih kromosomov med seboj ne zlepijo [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3532573/figure/F3/ (Slika 6)].

	Pri normalnih celicah se po številnih delitvah telomere skrajšajo tako močno, da preidejo v nepokrito obliko. Pri tej obliki je protein TRF2 popolnoma odsoten, kar zaradi genomske nestabilnosti vodi v fuzijo kromosomov, to pa v apoptozo.		Pri normalnih celicah se po številnih delitvah telomere skrajšajo tako močno, da preidejo v nepokrito obliko. Pri tej obliki je protein TRF2 popolnoma odsoten, kar zaradi genomske nestabilnosti vodi v fuzijo kromosomov, to pa v apoptozo.

Ema Guštin: /* Model treh stanj telomerov skozi celični cikel normalne in rakave celice */

2014-04-20T20:38:54Z

Model treh stanj telomerov skozi celični cikel normalne in rakave celice

← Older revision		Revision as of 20:38, 20 April 2014
Line 41:		Line 41:
	=='''Model treh stanj telomerov skozi celični cikel normalne in rakave celice'''==		=='''Model treh stanj telomerov skozi celični cikel normalne in rakave celice'''==

	Telomeri lahko skozi celični cikel tvorijo tri različne oblike: zaprto (closed-state), odprto (intermediate-state) in nepokrito (uncapped-state).		Telomeri lahko skozi celični cikel tvorijo tri različne oblike: zaprto (closed-state), odprto (intermediate-state) in nepokrito (uncapped-state) [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3532573/figure/F2/ (Slika 5)].

	Zaščiteni telomeri so v fazi G1 organizirani v zaprto obliko, tekom replikacije pa se pasivno ali aktivno razprejo, preidejo v odprto obliko. Pasivni način razpiranja omogoči vzdolž verige potujoča DNA polimeraza, aktivni pa RTEL helikaza. V S fazi celičnega cikla se telomerni konci podvojijo, pri čemer sodeluje protein TRF1. Po končani replikaciji šelterinska proteina TRF2 in POT1 skupaj s kompleksom Apollo in CST dokončno izoblikujejo 3' konec. V G2 fazi nato sledi pakiranje telomerov v zaščiteno, zaprto obliko, za kar so najverjetneje odgovorni TRF2 in drugi proteini.		Zaščiteni telomeri so v fazi G1 organizirani v zaprto obliko, tekom replikacije pa se pasivno ali aktivno razprejo, preidejo v odprto obliko. Pasivni način razpiranja omogoči vzdolž verige potujoča DNA polimeraza, aktivni pa RTEL helikaza. V S fazi celičnega cikla se telomerni konci podvojijo, pri čemer sodeluje protein TRF1. Po končani replikaciji šelterinska proteina TRF2 in POT1 skupaj s kompleksom Apollo in CST dokončno izoblikujejo 3' konec. V G2 fazi nato sledi pakiranje telomerov v zaščiteno, zaprto obliko, za kar so najverjetneje odgovorni TRF2 in drugi proteini.

Ema Guštin: /* Vezavni proteini telomerov */

2014-04-20T20:38:16Z

Vezavni proteini telomerov

← Older revision		Revision as of 20:38, 20 April 2014
Line 27:		Line 27:
	* adapterski proteini.		* adapterski proteini.

	Pri sesalcih se sestavijo v multiproteinski kompleks, imenovan šelterin oziroma telosom. Sestavlja ga šest komponent: TRF1 in TRF2, TIN2, RAP1 ter POT1 in TPP1.		Pri sesalcih se sestavijo v multiproteinski kompleks, imenovan šelterin oziroma telosom [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2819049/figure/F2/ (Slika 4)]. Sestavlja ga šest komponent: TRF1 in TRF2, TIN2, RAP1 ter POT1 in TPP1.

	TRF1, ki je bil odkrit prvi, služi kot negativni regulator podaljševanja dolžine telomerov s telomerazo. Poveča tudi učinkovitost podvojevanja TTAGGG ponovitev s preprečevanjem zastajanja replikacijskih vilic in sodeluje pri organizaciji telomernega kromatina.		TRF1, ki je bil odkrit prvi, služi kot negativni regulator podaljševanja dolžine telomerov s telomerazo. Poveča tudi učinkovitost podvojevanja TTAGGG ponovitev s preprečevanjem zastajanja replikacijskih vilic in sodeluje pri organizaciji telomernega kromatina.

Ema Guštin: /* Struktura telomernih regij DNA */

2014-04-20T20:36:33Z

Struktura telomernih regij DNA

← Older revision		Revision as of 20:36, 20 April 2014
Line 15:		Line 15:
	Večina te DNA naj bi tvorila nukleosome (en nukleosom tvori približno 146 baznih parov, ki so 1,67-krat oviti okoli histonskega oktamera), v bližini skrajnega konca pa se pojavljajo tako imenovani G-kvadrupleksi. Gre za večverižne strukture, ki jih skupaj držijo kvadratne ravnine štirih gvaninov (G-kvarteti), povezani s Hoogsteenovimi vodikovimi vezmi. Zavzemajo lahko različne konformacije. Nekatere so prikazane na [http://www.spandidos-publications.com/article_images/ijo/41/5/IJO-41-05-1561-g00.jpg sliki 2]. Struktura takih tetrad je običajno še dodatno stabilizirana s kalijevim kationom, ki zavzame položaj med paroma tetrad. Tvorba G-kvadrupleksov lahko predstavlja problem pri podvajanju DNA in pri podaljševanju telomer s telomerazo.		Večina te DNA naj bi tvorila nukleosome (en nukleosom tvori približno 146 baznih parov, ki so 1,67-krat oviti okoli histonskega oktamera), v bližini skrajnega konca pa se pojavljajo tako imenovani G-kvadrupleksi. Gre za večverižne strukture, ki jih skupaj držijo kvadratne ravnine štirih gvaninov (G-kvarteti), povezani s Hoogsteenovimi vodikovimi vezmi. Zavzemajo lahko različne konformacije. Nekatere so prikazane na [http://www.spandidos-publications.com/article_images/ijo/41/5/IJO-41-05-1561-g00.jpg sliki 2]. Struktura takih tetrad je običajno še dodatno stabilizirana s kalijevim kationom, ki zavzame položaj med paroma tetrad. Tvorba G-kvadrupleksov lahko predstavlja problem pri podvajanju DNA in pri podaljševanju telomer s telomerazo.

	Telomerna DNA tvori velike T-zanke (telomere loop), ki zaključijo konce kromosomov. Pri tem se enoverižni telomerni konec s pomočjo proteinov uviha in napade dvoverižno DNA. Nastane triverižna struktura, tako imenovana D-zanka (displacement loop) [http://www.spandidos-publications.com/article_images/ijo/41/5/IJO-41-05-1561-g01.jpg Slika 3]. Vsaka gvaninska baza z enoverižnega 3ʹ konca služi hkrati kot donor in kot akceptor elektronov za tvorbo vodikovih vezi. Tako nastala kapi podobna struktura telomere varuje pred tem, da bi jih endonukleaze prepoznale kot poškodovano dvoverižno DNA in sprožile proces razgradnje.		Telomerna DNA tvori velike T-zanke (telomere loop), ki zaključijo konce kromosomov. Pri tem se enoverižni telomerni konec s pomočjo proteinov uviha in napade dvoverižno DNA. Nastane triverižna struktura, tako imenovana D-zanka (displacement loop) [http://www.spandidos-publications.com/article_images/ijo/41/5/IJO-41-05-1561-g01.jpg (Slika 3)]. Vsaka gvaninska baza z enoverižnega 3ʹ konca služi hkrati kot donor in kot akceptor elektronov za tvorbo vodikovih vezi. Tako nastala kapi podobna struktura telomere varuje pred tem, da bi jih endonukleaze prepoznale kot poškodovano dvoverižno DNA in sprožile proces razgradnje.

	Struktura telomerov naj bi bila med celičnim ciklom dokaj dinamična, predvsem med fazo S, ko so telomeri podvrženi replikaciji.		Struktura telomerov naj bi bila med celičnim ciklom dokaj dinamična, predvsem med fazo S, ko so telomeri podvrženi replikaciji.

Ema Guštin: /* Struktura telomernih regij DNA */

2014-04-20T20:36:17Z

Struktura telomernih regij DNA

← Older revision		Revision as of 20:36, 20 April 2014
Line 13:		Line 13:
	Telomeri so s številnimi proteini povezana področja ponavljajočih se nukleotidnih zaporedij na koncih linearnih kromosomov. Njihova glavna vloga je zaščita koncev kromosomov pred razgradnjo in fuzijo s konci drugih kromosomov. Telomerna DNA je sestavljena iz kratkih (vendar pri različnih organizmih različno dolgih) z gvaninom bogatih ponavljajočih se zaporedij. V sesalskih celicah te velike nukleoproteinske komplekse gradijo dvovijačne tandemske šestnukleotidne ponovitve zaporedja TTAGGG, ponekod najdemo tudi variacije v obliki TTGGGG, TCAGGG in TGAGGG. Na skrajnem koncu jim sledi enoverižen 3ʹ razmeroma homogen, pretežno gvaninski previs. Posamezen telomer lahko vsebuje le nekaj tisoč ali pa celo več kot sto tisoč baznih parov ponavljajočega se zaporedja, pri ljudeh deset do dvajset tisoč baznih parov.		Telomeri so s številnimi proteini povezana področja ponavljajočih se nukleotidnih zaporedij na koncih linearnih kromosomov. Njihova glavna vloga je zaščita koncev kromosomov pred razgradnjo in fuzijo s konci drugih kromosomov. Telomerna DNA je sestavljena iz kratkih (vendar pri različnih organizmih različno dolgih) z gvaninom bogatih ponavljajočih se zaporedij. V sesalskih celicah te velike nukleoproteinske komplekse gradijo dvovijačne tandemske šestnukleotidne ponovitve zaporedja TTAGGG, ponekod najdemo tudi variacije v obliki TTGGGG, TCAGGG in TGAGGG. Na skrajnem koncu jim sledi enoverižen 3ʹ razmeroma homogen, pretežno gvaninski previs. Posamezen telomer lahko vsebuje le nekaj tisoč ali pa celo več kot sto tisoč baznih parov ponavljajočega se zaporedja, pri ljudeh deset do dvajset tisoč baznih parov.

	Večina te DNA naj bi tvorila nukleosome (en nukleosom tvori približno 146 baznih parov, ki so 1,67-krat oviti okoli histonskega oktamera), v bližini skrajnega konca pa se pojavljajo tako imenovani G-kvadrupleksi. Gre za večverižne strukture, ki jih skupaj držijo kvadratne ravnine štirih gvaninov (G-kvarteti), povezani s Hoogsteenovimi vodikovimi vezmi. Zavzemajo lahko različne konformacije. Nekatere so prikazane na . Struktura takih tetrad je običajno še dodatno stabilizirana s kalijevim kationom, ki zavzame položaj med paroma tetrad. Tvorba G-kvadrupleksov lahko predstavlja problem pri podvajanju DNA in pri podaljševanju telomer s telomerazo.		Večina te DNA naj bi tvorila nukleosome (en nukleosom tvori približno 146 baznih parov, ki so 1,67-krat oviti okoli histonskega oktamera), v bližini skrajnega konca pa se pojavljajo tako imenovani G-kvadrupleksi. Gre za večverižne strukture, ki jih skupaj držijo kvadratne ravnine štirih gvaninov (G-kvarteti), povezani s Hoogsteenovimi vodikovimi vezmi. Zavzemajo lahko različne konformacije. Nekatere so prikazane na [http://www.spandidos-publications.com/article_images/ijo/41/5/IJO-41-05-1561-g00.jpg sliki 2]. Struktura takih tetrad je običajno še dodatno stabilizirana s kalijevim kationom, ki zavzame položaj med paroma tetrad. Tvorba G-kvadrupleksov lahko predstavlja problem pri podvajanju DNA in pri podaljševanju telomer s telomerazo.

	Telomerna DNA tvori velike T-zanke (telomere loop), ki zaključijo konce kromosomov. Pri tem se enoverižni telomerni konec s pomočjo proteinov uviha in napade dvoverižno DNA. Nastane triverižna struktura, tako imenovana D-zanka (displacement loop). Vsaka gvaninska baza z enoverižnega 3ʹ konca služi hkrati kot donor in kot akceptor elektronov za tvorbo vodikovih vezi. Tako nastala kapi podobna struktura telomere varuje pred tem, da bi jih endonukleaze prepoznale kot poškodovano dvoverižno DNA in sprožile proces razgradnje.		Telomerna DNA tvori velike T-zanke (telomere loop), ki zaključijo konce kromosomov. Pri tem se enoverižni telomerni konec s pomočjo proteinov uviha in napade dvoverižno DNA. Nastane triverižna struktura, tako imenovana D-zanka (displacement loop) [http://www.spandidos-publications.com/article_images/ijo/41/5/IJO-41-05-1561-g01.jpg Slika 3]. Vsaka gvaninska baza z enoverižnega 3ʹ konca služi hkrati kot donor in kot akceptor elektronov za tvorbo vodikovih vezi. Tako nastala kapi podobna struktura telomere varuje pred tem, da bi jih endonukleaze prepoznale kot poškodovano dvoverižno DNA in sprožile proces razgradnje.

	Struktura telomerov naj bi bila med celičnim ciklom dokaj dinamična, predvsem med fazo S, ko so telomeri podvrženi replikaciji.		Struktura telomerov naj bi bila med celičnim ciklom dokaj dinamična, predvsem med fazo S, ko so telomeri podvrženi replikaciji.

Ema Guštin: /* Struktura telomernih regij DNA */

2014-04-20T20:31:54Z

Struktura telomernih regij DNA

← Older revision		Revision as of 20:31, 20 April 2014
Line 13:		Line 13:
	Telomeri so s številnimi proteini povezana področja ponavljajočih se nukleotidnih zaporedij na koncih linearnih kromosomov. Njihova glavna vloga je zaščita koncev kromosomov pred razgradnjo in fuzijo s konci drugih kromosomov. Telomerna DNA je sestavljena iz kratkih (vendar pri različnih organizmih različno dolgih) z gvaninom bogatih ponavljajočih se zaporedij. V sesalskih celicah te velike nukleoproteinske komplekse gradijo dvovijačne tandemske šestnukleotidne ponovitve zaporedja TTAGGG, ponekod najdemo tudi variacije v obliki TTGGGG, TCAGGG in TGAGGG. Na skrajnem koncu jim sledi enoverižen 3ʹ razmeroma homogen, pretežno gvaninski previs. Posamezen telomer lahko vsebuje le nekaj tisoč ali pa celo več kot sto tisoč baznih parov ponavljajočega se zaporedja, pri ljudeh deset do dvajset tisoč baznih parov.		Telomeri so s številnimi proteini povezana področja ponavljajočih se nukleotidnih zaporedij na koncih linearnih kromosomov. Njihova glavna vloga je zaščita koncev kromosomov pred razgradnjo in fuzijo s konci drugih kromosomov. Telomerna DNA je sestavljena iz kratkih (vendar pri različnih organizmih različno dolgih) z gvaninom bogatih ponavljajočih se zaporedij. V sesalskih celicah te velike nukleoproteinske komplekse gradijo dvovijačne tandemske šestnukleotidne ponovitve zaporedja TTAGGG, ponekod najdemo tudi variacije v obliki TTGGGG, TCAGGG in TGAGGG. Na skrajnem koncu jim sledi enoverižen 3ʹ razmeroma homogen, pretežno gvaninski previs. Posamezen telomer lahko vsebuje le nekaj tisoč ali pa celo več kot sto tisoč baznih parov ponavljajočega se zaporedja, pri ljudeh deset do dvajset tisoč baznih parov.

	Večina te DNA naj bi tvorila nukleosome (en nukleosom tvori približno 146 baznih parov, ki so 1,67-krat oviti okoli histonskega oktamera), v bližini skrajnega konca pa se pojavljajo tako imenovani G-kvadrupleksi. Gre za večverižne strukture, ki jih skupaj držijo kvadratne ravnine štirih gvaninov (G-kvarteti), povezani s Hoogsteenovimi vodikovimi vezmi. Zavzemajo lahko različne konformacije. Struktura takih tetrad je običajno še dodatno stabilizirana s kalijevim kationom, ki zavzame položaj med paroma tetrad. Tvorba G-kvadrupleksov lahko predstavlja problem pri podvajanju DNA in pri podaljševanju telomer s telomerazo.		Večina te DNA naj bi tvorila nukleosome (en nukleosom tvori približno 146 baznih parov, ki so 1,67-krat oviti okoli histonskega oktamera), v bližini skrajnega konca pa se pojavljajo tako imenovani G-kvadrupleksi. Gre za večverižne strukture, ki jih skupaj držijo kvadratne ravnine štirih gvaninov (G-kvarteti), povezani s Hoogsteenovimi vodikovimi vezmi. Zavzemajo lahko različne konformacije. Nekatere so prikazane na . Struktura takih tetrad je običajno še dodatno stabilizirana s kalijevim kationom, ki zavzame položaj med paroma tetrad. Tvorba G-kvadrupleksov lahko predstavlja problem pri podvajanju DNA in pri podaljševanju telomer s telomerazo.

	Telomerna DNA tvori velike T-zanke (telomere loop), ki zaključijo konce kromosomov. Pri tem se enoverižni telomerni konec s pomočjo proteinov uviha in napade dvoverižno DNA. Nastane triverižna struktura, tako imenovana D-zanka (displacement loop). Vsaka gvaninska baza z enoverižnega 3ʹ konca služi hkrati kot donor in kot akceptor elektronov za tvorbo vodikovih vezi. Tako nastala kapi podobna struktura telomere varuje pred tem, da bi jih endonukleaze prepoznale kot poškodovano dvoverižno DNA in sprožile proces razgradnje.		Telomerna DNA tvori velike T-zanke (telomere loop), ki zaključijo konce kromosomov. Pri tem se enoverižni telomerni konec s pomočjo proteinov uviha in napade dvoverižno DNA. Nastane triverižna struktura, tako imenovana D-zanka (displacement loop). Vsaka gvaninska baza z enoverižnega 3ʹ konca služi hkrati kot donor in kot akceptor elektronov za tvorbo vodikovih vezi. Tako nastala kapi podobna struktura telomere varuje pred tem, da bi jih endonukleaze prepoznale kot poškodovano dvoverižno DNA in sprožile proces razgradnje.

Ema Guštin: /* Uvod */

2014-04-20T20:30:27Z

Uvod

← Older revision		Revision as of 20:30, 20 April 2014
Line 6:		Line 6:
	Konci evkariontskih kromosomov se morajo torej razlikovati od koncev, ki nastanejo zaradi poškodb DNA in jih je potrebno popraviti. Če se med seboj ne bi razlikovali, bi lahko prišlo do zlitja kromosomov, kar bi bilo za celico škodljivo. Z zaščito koncev kromosomov se prepreči ravno takšne reakcije.		Konci evkariontskih kromosomov se morajo torej razlikovati od koncev, ki nastanejo zaradi poškodb DNA in jih je potrebno popraviti. Če se med seboj ne bi razlikovali, bi lahko prišlo do zlitja kromosomov, kar bi bilo za celico škodljivo. Z zaščito koncev kromosomov se prepreči ravno takšne reakcije.

	Drugi problem predstavlja nepopolno delovanje DNA polimeraze, saj se konci kromosomov pri vsakem podvajanju skrajšajo. DNA polimeraza hčerinsko verigo sintetizira od 5ʹ proti 3ʹ koncu in ni zmožna zapolniti vrzeli, ki nastane na skrajnem koncu zaostajajoče matrične verige.		Drugi problem predstavlja nepopolno delovanje DNA polimeraze, saj se konci kromosomov pri vsakem podvajanju skrajšajo. DNA polimeraza hčerinsko verigo sintetizira od 5ʹ proti 3ʹ koncu in ni zmožna zapolniti vrzeli, ki nastane na skrajnem koncu zaostajajoče matrične verige [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2819049/figure/F1/ (Slika 1)].
	Evkariontske celice so ta problema rešile z oblikovanjem posebnih struktur, imenovanih telomeri.		Evkariontske celice so ta problema rešile z oblikovanjem posebnih struktur, imenovanih telomeri.

Ema Guštin: /* Struktura telomernih regij DNA */

2014-04-20T20:27:25Z

Struktura telomernih regij DNA

← Older revision		Revision as of 20:27, 20 April 2014
Line 15:		Line 15:
	Večina te DNA naj bi tvorila nukleosome (en nukleosom tvori približno 146 baznih parov, ki so 1,67-krat oviti okoli histonskega oktamera), v bližini skrajnega konca pa se pojavljajo tako imenovani G-kvadrupleksi. Gre za večverižne strukture, ki jih skupaj držijo kvadratne ravnine štirih gvaninov (G-kvarteti), povezani s Hoogsteenovimi vodikovimi vezmi. Zavzemajo lahko različne konformacije. Struktura takih tetrad je običajno še dodatno stabilizirana s kalijevim kationom, ki zavzame položaj med paroma tetrad. Tvorba G-kvadrupleksov lahko predstavlja problem pri podvajanju DNA in pri podaljševanju telomer s telomerazo.		Večina te DNA naj bi tvorila nukleosome (en nukleosom tvori približno 146 baznih parov, ki so 1,67-krat oviti okoli histonskega oktamera), v bližini skrajnega konca pa se pojavljajo tako imenovani G-kvadrupleksi. Gre za večverižne strukture, ki jih skupaj držijo kvadratne ravnine štirih gvaninov (G-kvarteti), povezani s Hoogsteenovimi vodikovimi vezmi. Zavzemajo lahko različne konformacije. Struktura takih tetrad je običajno še dodatno stabilizirana s kalijevim kationom, ki zavzame položaj med paroma tetrad. Tvorba G-kvadrupleksov lahko predstavlja problem pri podvajanju DNA in pri podaljševanju telomer s telomerazo.

	Telomerna DNA tvori velike T-zanke (telomere loop), ki zaključijo konce kromosomov. Pri tem se enoverižni telomerni konec s pomočjo proteinov uviha in napade dvoverižno DNA. Nastane triverižna struktura, tako imenovana D-zanka (displacement loop). Vsaka gvaninska baza z enoverižnega 3ʹ konca služi hkrati kot donor in kot akceptor elektronov za tvorbo vodikovih vezi.Tako nastala kapi podobna struktura telomere varuje pred tem, da bi jih endonukleaze prepoznale kot poškodovano dvoverižno DNA in sprožile proces razgradnje. ~~Sicer pa~~ naj bi bila ~~struktura~~ med celičnim ciklom dokaj dinamična, predvsem med fazo S, ko so telomeri podvrženi replikaciji.		Telomerna DNA tvori velike T-zanke (telomere loop), ki zaključijo konce kromosomov. Pri tem se enoverižni telomerni konec s pomočjo proteinov uviha in napade dvoverižno DNA. Nastane triverižna struktura, tako imenovana D-zanka (displacement loop). Vsaka gvaninska baza z enoverižnega 3ʹ konca služi hkrati kot donor in kot akceptor elektronov za tvorbo vodikovih vezi. Tako nastala kapi podobna struktura telomere varuje pred tem, da bi jih endonukleaze prepoznale kot poškodovano dvoverižno DNA in sprožile proces razgradnje.

			Struktura telomerov naj bi bila med celičnim ciklom dokaj dinamična, predvsem med fazo S, ko so telomeri podvrženi replikaciji.

	=='''Vezavni proteini telomerov'''==		=='''Vezavni proteini telomerov'''==

Ema Guštin: /* Struktura telomernih regij DNA */

2014-04-20T20:26:09Z

Struktura telomernih regij DNA

← Older revision		Revision as of 20:26, 20 April 2014
Line 13:		Line 13:
	Telomeri so s številnimi proteini povezana področja ponavljajočih se nukleotidnih zaporedij na koncih linearnih kromosomov. Njihova glavna vloga je zaščita koncev kromosomov pred razgradnjo in fuzijo s konci drugih kromosomov. Telomerna DNA je sestavljena iz kratkih (vendar pri različnih organizmih različno dolgih) z gvaninom bogatih ponavljajočih se zaporedij. V sesalskih celicah te velike nukleoproteinske komplekse gradijo dvovijačne tandemske šestnukleotidne ponovitve zaporedja TTAGGG, ponekod najdemo tudi variacije v obliki TTGGGG, TCAGGG in TGAGGG. Na skrajnem koncu jim sledi enoverižen 3ʹ razmeroma homogen, pretežno gvaninski previs. Posamezen telomer lahko vsebuje le nekaj tisoč ali pa celo več kot sto tisoč baznih parov ponavljajočega se zaporedja, pri ljudeh deset do dvajset tisoč baznih parov.		Telomeri so s številnimi proteini povezana področja ponavljajočih se nukleotidnih zaporedij na koncih linearnih kromosomov. Njihova glavna vloga je zaščita koncev kromosomov pred razgradnjo in fuzijo s konci drugih kromosomov. Telomerna DNA je sestavljena iz kratkih (vendar pri različnih organizmih različno dolgih) z gvaninom bogatih ponavljajočih se zaporedij. V sesalskih celicah te velike nukleoproteinske komplekse gradijo dvovijačne tandemske šestnukleotidne ponovitve zaporedja TTAGGG, ponekod najdemo tudi variacije v obliki TTGGGG, TCAGGG in TGAGGG. Na skrajnem koncu jim sledi enoverižen 3ʹ razmeroma homogen, pretežno gvaninski previs. Posamezen telomer lahko vsebuje le nekaj tisoč ali pa celo več kot sto tisoč baznih parov ponavljajočega se zaporedja, pri ljudeh deset do dvajset tisoč baznih parov.

	Večina te DNA naj bi tvorila nukleosome (en nukleosom tvori približno 146 baznih parov, ki so 1,67-krat oviti okoli histonskega oktamera), v bližini skrajnega konca pa se pojavljajo tako imenovani G-kvadrupleksi. Gre za večverižne strukture, ki jih skupaj držijo kvadratne ravnine štirih gvaninov (G-kvarteti), povezani s Hoogsteenovimi vodikovimi vezmi. Zavzemajo lahko različne konformacije. Struktura takih tetrad je običajno še dodatno stabilizirana s kalijevim kationom, ki zavzame položaj med paroma tetrad.Tvorba G-kvadrupleksov lahko predstavlja problem pri podvajanju DNA in pri podaljševanju telomer s telomerazo.		Večina te DNA naj bi tvorila nukleosome (en nukleosom tvori približno 146 baznih parov, ki so 1,67-krat oviti okoli histonskega oktamera), v bližini skrajnega konca pa se pojavljajo tako imenovani G-kvadrupleksi. Gre za večverižne strukture, ki jih skupaj držijo kvadratne ravnine štirih gvaninov (G-kvarteti), povezani s Hoogsteenovimi vodikovimi vezmi. Zavzemajo lahko različne konformacije. Struktura takih tetrad je običajno še dodatno stabilizirana s kalijevim kationom, ki zavzame položaj med paroma tetrad. Tvorba G-kvadrupleksov lahko predstavlja problem pri podvajanju DNA in pri podaljševanju telomer s telomerazo.

	Telomerna DNA tvori velike T-zanke (telomere loop), ki zaključijo konce kromosomov. Pri tem se enoverižni telomerni konec s pomočjo proteinov uviha in napade dvoverižno DNA. Nastane triverižna struktura, tako imenovana D-zanka (displacement loop). Vsaka gvaninska baza z enoverižnega 3ʹ konca služi hkrati kot donor in kot akceptor elektronov za tvorbo vodikovih vezi.Tako nastala kapi podobna struktura telomere varuje pred tem, da bi jih endonukleaze prepoznale kot poškodovano dvoverižno DNA in sprožile proces razgradnje. Sicer pa naj bi bila struktura med celičnim ciklom dokaj dinamična, predvsem med fazo S, ko so telomeri podvrženi replikaciji.		Telomerna DNA tvori velike T-zanke (telomere loop), ki zaključijo konce kromosomov. Pri tem se enoverižni telomerni konec s pomočjo proteinov uviha in napade dvoverižno DNA. Nastane triverižna struktura, tako imenovana D-zanka (displacement loop). Vsaka gvaninska baza z enoverižnega 3ʹ konca služi hkrati kot donor in kot akceptor elektronov za tvorbo vodikovih vezi.Tako nastala kapi podobna struktura telomere varuje pred tem, da bi jih endonukleaze prepoznale kot poškodovano dvoverižno DNA in sprožile proces razgradnje. Sicer pa naj bi bila struktura med celičnim ciklom dokaj dinamična, predvsem med fazo S, ko so telomeri podvrženi replikaciji.