Blokiranje receptorjev za fage - Revision history

MDolinar at 15:17, 31 July 2019

2019-07-31T15:17:13Z

← Older revision		Revision as of 15:17, 31 July 2019
Line 1:		Line 1:
	==UVOD==		==UVOD==
	Eden izmed začetnih korakov pri okužbi ~~z bakterijo~~ je adsorpcija bakteriofaga na njeno površino. Bakteriofag mora biti sposoben prepoznavati množico različno zgrajenih gostiteljevih membran in celičnih sten, poleg tega pa se mora adsorbirati na površino kljub bakterijskih obrambnim mehanizmom. Mehanizme, ki preprečujejo adsorpcijo faga, lahko v grobem razdelimo v tri glavne skupine. Ena izmed njih je blokiranje fagnih receptorjev. Da bi bakterije omejile razmnoževanje faga, lahko prilagodijo strukturo svoje celične površine tako, da je adsorpcija bakteriofaga onemogočena.		Eden izmed začetnih korakov pri virusni okužbi bakterije je adsorpcija bakteriofaga na njeno površino. Bakteriofag mora biti sposoben prepoznavati množico različno zgrajenih gostiteljevih membran in celičnih sten, poleg tega pa se mora adsorbirati na površino kljub bakterijskih obrambnim mehanizmom. Mehanizme, ki preprečujejo adsorpcijo faga, lahko v grobem razdelimo v tri glavne skupine. Ena izmed njih je blokiranje fagnih receptorjev. Da bi bakterije omejile razmnoževanje faga, lahko prilagodijo strukturo svoje celične površine tako, da je adsorpcija bakteriofaga onemogočena.

	==ADSORPCIJA BAKTERIOFAGOV NA BAKTERIJO ''S. AUREUS''==		==ADSORPCIJA BAKTERIOFAGOV NA BAKTERIJO ''S. AUREUS''==

Ursa.strancar: /* ADSORPCIJA BAKTERIOFAGOV NA BAKTERIJO S. AUREUS */

2019-04-06T18:24:29Z

ADSORPCIJA BAKTERIOFAGOV NA BAKTERIJO S. AUREUS

← Older revision		Revision as of 18:24, 6 April 2019
Line 3:		Line 3:

	==ADSORPCIJA BAKTERIOFAGOV NA BAKTERIJO ''S. AUREUS''==		==ADSORPCIJA BAKTERIOFAGOV NA BAKTERIJO ''S. AUREUS''==
	Eden izmed možnih načinov, s katerim poskuša bakterija ''Staphylococcus aureus'' preprečiti adsorpcijo faga, je sinteza specifičnega proteina, ki zakrije fagni receptor. To je protein A, ki so ga znanstveniki našli v celični steni ''S. aureus''. Protein A ima 5 homolognih Ig-vezavnih domen (vsaka ima 3 α-vijačnice), s katerimi se lahko poveže s Fc-regijo IgG. Kot posledica interakcije med proteinom A in IgG nastane na površini bakterijske celice plast nepravilno orientiranih molekul imunoglobulina G, zaradi česar ti postanejo neprepoznavni za nevtrofilni Fc-receptor. Ko fag okuži bakterijo, ki ima normalno izražanje in delovanje proteina A, se fagocitoza kot posledica delovanja nevtrofilcev močno zmanjša. Bakterijski mutanti S. aureus nimajo delujočega proteina A, zato so dokazano v veliko večjem številu fagocitirani.		Eden izmed možnih načinov, s katerim poskuša bakterija ''Staphylococcus aureus'' preprečiti adsorpcijo faga, je sinteza specifičnega proteina, ki zakrije fagni receptor. To je protein A, ki so ga znanstveniki našli v celični steni ''S. aureus''. Protein A ima 5 homolognih Ig-vezavnih domen (vsaka ima 3 α-vijačnice), s katerimi se lahko poveže s Fc-regijo IgG. Kot posledica interakcije med proteinom A in IgG nastane na površini bakterijske celice plast nepravilno orientiranih molekul imunoglobulina G, zaradi česar ti postanejo neprepoznavni za nevtrofilni Fc-receptor. Ko fag okuži bakterijo, ki ima normalno izražanje in delovanje proteina A, se fagocitoza kot posledica delovanja nevtrofilcev močno zmanjša. Bakterijski mutanti ''S. aureus'' nimajo delujočega proteina A, zato so dokazano v veliko večjem številu fagocitirani.

	Da bi pokazali, ali ima protein A res vpliv na adsorpcijo bakteriofagov na S. aureus, so znanstveniki izvedli poskus, pri katerem so uporabili:		Da bi pokazali, ali ima protein A res vpliv na adsorpcijo bakteriofagov na ''S. aureus'', so znanstveniki izvedli poskus, pri katerem so uporabili:
	*2 seva bakterije ''Staphylococcus aureus'':		*2 seva bakterije ''Staphylococcus aureus'':
	** Cowan I (veliko proteina A) ter mutant Cowan I – NG 274 (zelo malo proteina A);		** Cowan I (veliko proteina A) ter mutant Cowan I – NG 274 (zelo malo proteina A);

Ursa.strancar: /* UVOD */

2019-04-06T18:22:51Z

UVOD

← Older revision		Revision as of 18:22, 6 April 2019
Line 1:		Line 1:
	==UVOD==		==UVOD==
	Eden izmed začetnih korakov pri okužbi z bakterijo je adsorpcija bakteriofaga na njeno površino. Bakteriofag mora biti sposoben prepoznavati množico različno zgrajenih gostiteljevih membran in celičnih sten, poleg tega pa se mora adsorbirati na površino kljub bakterijskih obrambnim mehanizmom. Mehanizme, ki preprečujejo adsorpcijo faga, lahko v grobem razdelimo v tri glavne skupine.Ena izmed njih je blokiranje fagnih receptorjev. Da bi bakterije omejile razmnoževanje faga, lahko prilagodijo strukturo svoje celične površine tako, da je adsorpcija bakteriofaga onemogočena.		Eden izmed začetnih korakov pri okužbi z bakterijo je adsorpcija bakteriofaga na njeno površino. Bakteriofag mora biti sposoben prepoznavati množico različno zgrajenih gostiteljevih membran in celičnih sten, poleg tega pa se mora adsorbirati na površino kljub bakterijskih obrambnim mehanizmom. Mehanizme, ki preprečujejo adsorpcijo faga, lahko v grobem razdelimo v tri glavne skupine. Ena izmed njih je blokiranje fagnih receptorjev. Da bi bakterije omejile razmnoževanje faga, lahko prilagodijo strukturo svoje celične površine tako, da je adsorpcija bakteriofaga onemogočena.

	==ADSORPCIJA BAKTERIOFAGOV NA BAKTERIJO ''S. AUREUS''==		==ADSORPCIJA BAKTERIOFAGOV NA BAKTERIJO ''S. AUREUS''==

Martina Lokar: /* Mutacije na genu mtd */

2019-04-06T15:28:16Z

Mutacije na genu mtd

← Older revision		Revision as of 15:28, 6 April 2019
Line 31:		Line 31:
	Bakteriofag se prilagaja spremembam na površini gostiteljske celice tako, da uvaja mutacije na genu ''mtd''. Te mu nato omogočajo, da se sintetizira modificirana oblika proteina Mtd, s pomočjo katerega se lahko veže na različne površinske receptorje bakterije v drugih fazah razvoja. V primeru, da se lahko adsorbira na bakterijo v fazi Bvg-, ga imenujemo fag BMP, če pa je vezava na površino neodvisna od faze, v kateri se bakterija nahaja, ga imenujemo fag BIP. Fagi lahko z različnimi frekvencami prehajajo med temi tremi oblikami (BPP, BMP in BIP).		Bakteriofag se prilagaja spremembam na površini gostiteljske celice tako, da uvaja mutacije na genu ''mtd''. Te mu nato omogočajo, da se sintetizira modificirana oblika proteina Mtd, s pomočjo katerega se lahko veže na različne površinske receptorje bakterije v drugih fazah razvoja. V primeru, da se lahko adsorbira na bakterijo v fazi Bvg-, ga imenujemo fag BMP, če pa je vezava na površino neodvisna od faze, v kateri se bakterija nahaja, ga imenujemo fag BIP. Fagi lahko z različnimi frekvencami prehajajo med temi tremi oblikami (BPP, BMP in BIP).

	Modifikacijo receptor vezavnega proteina bakteriofagu omogočata dve ponovitvi zaporedja DNA, ki kodirata C-končni del proteina Mtd. Prva ponovitev ima oznako TR (matrična ponovitev), druga pa VR (variabilna ponovitev). TR služi kot matrično zaporedje, ki se ne spreminja. S pomočjo mehanizma reverzne transkripcije prihaja do uvajanja mutacij na ponovitvi VR, ki se nato ob transkripciji in translaciji prenesejo na receptor vezavni protein Mtd. Ponovitev VR je sestavljena iz 134 baznih parov in se nahaja na 3'-koncu gena za protein Mtd. Navzdol od gena, ki kodira Mtd, najdemo ponovitev TR, ki je prav tako dolga 134 baznih parov in je v 90 % vseh baz identična VR. Do ~~sprememb~~ v nukleotidih prihaja samo na mestih, kjer se v ponovitvi TR nahajajo adenozini, zato ta pojav imenujemo tudi A-mutageneza. Do substitucije adenozina z naključnim nukleotidom lahko pride na 23-ih različnih pozicijah, kar pomeni, da lahko teoretično nastane več kot 10^12 različnih polipeptidnih zaporedij. Poleg ponovitve TR se nahaja gen ''brt'', ki kodira reverzno transkriptazo in ima pomembno vlogo pri nastanku sprememb na ponovitvi VR. Eden od štirih predlaganih mehanizmov uvajanja mutacij na zaporedju VR vključuje transkripcijo zaporedja TR, pri čemer nastane TR RNA. Reverzna transkriptaza nastalo molekulo RNA prepiše v enoverižno molekulo cDNA, pri tem pa se v nukleotidno zaporedje uvajajo nekomplementarne baze, ki ustrezajo položaju adenozinov na TR. Nastala molekula cDNA se preko parjenja baz poveže s ponovitvijo VR. Taki verigi zaradi sprememb v nukleotidih nista popolnoma komplementarni, zato povezovanju najverjetneje sledi replikacija, ki omogoči nastanek popolnoma komplementarnih verig.		Modifikacijo receptor vezavnega proteina bakteriofagu omogočata dve ponovitvi zaporedja DNA, ki kodirata C-končni del proteina Mtd. Prva ponovitev ima oznako TR (matrična ponovitev), druga pa VR (variabilna ponovitev). TR služi kot matrično zaporedje, ki se ne spreminja. S pomočjo mehanizma reverzne transkripcije prihaja do uvajanja mutacij na ponovitvi VR, ki se nato ob transkripciji in translaciji prenesejo na receptor vezavni protein Mtd. Ponovitev VR je sestavljena iz 134 baznih parov in se nahaja na 3'-koncu gena za protein Mtd. Navzdol od gena, ki kodira Mtd, najdemo ponovitev TR, ki je prav tako dolga 134 baznih parov in je v 90 % vseh baz identična VR. Do razlike v nukleotidih prihaja samo na mestih, kjer se v ponovitvi TR nahajajo adenozini, zato ta pojav imenujemo tudi A-mutageneza. Do substitucije adenozina z naključnim nukleotidom lahko pride na 23-ih različnih pozicijah, kar pomeni, da lahko teoretično nastane več kot 10^12 različnih polipeptidnih zaporedij. Poleg ponovitve TR se nahaja gen ''brt'', ki kodira reverzno transkriptazo in ima pomembno vlogo pri nastanku sprememb na ponovitvi VR. Eden od štirih predlaganih mehanizmov uvajanja mutacij na zaporedju VR vključuje transkripcijo zaporedja TR, pri čemer nastane TR RNA. Reverzna transkriptaza nastalo molekulo RNA prepiše v enoverižno molekulo cDNA, pri tem pa se v nukleotidno zaporedje uvajajo nekomplementarne baze, ki ustrezajo položaju adenozinov na TR. Nastala molekula cDNA se preko parjenja baz poveže s ponovitvijo VR. Taki verigi zaradi sprememb v nukleotidih nista popolnoma komplementarni, zato povezovanju najverjetneje sledi replikacija, ki omogoči nastanek popolnoma komplementarnih verig.

	==ADSORPCIJA BAKTERIOFAGOV NA BAKTERIJI ''E. COLI'' IN ''P. AERUGINOSA''==		==ADSORPCIJA BAKTERIOFAGOV NA BAKTERIJI ''E. COLI'' IN ''P. AERUGINOSA''==

Martina Lokar: /* Mutacije na genu mtd */

2019-04-06T15:26:21Z

Mutacije na genu mtd

← Older revision		Revision as of 15:26, 6 April 2019
Line 29:		Line 29:

	===Mutacije na genu ''mtd''===		===Mutacije na genu ''mtd''===
	Bakteriofag se prilagaja spremembam na površini gostiteljske celice tako, da uvaja mutacije na genu ''mtd''. Te mu nato omogočajo, da se sintetizira modificirana oblika proteina Mtd, s pomočjo katerega se lahko veže na različne površinske receptorje bakterije v drugih fazah razvoja. V primeru, da se lahko adsorbira na bakterijo v fazi Bvg-, ga imenujemo fag BMP, če pa je vezava na površino neodvisna od faze, v kateri se bakterija nahaja, ga imenujemo fag BIP. Fagi lahko z različnimi frekvencami prehajajo med temi tremi oblikami.		Bakteriofag se prilagaja spremembam na površini gostiteljske celice tako, da uvaja mutacije na genu ''mtd''. Te mu nato omogočajo, da se sintetizira modificirana oblika proteina Mtd, s pomočjo katerega se lahko veže na različne površinske receptorje bakterije v drugih fazah razvoja. V primeru, da se lahko adsorbira na bakterijo v fazi Bvg-, ga imenujemo fag BMP, če pa je vezava na površino neodvisna od faze, v kateri se bakterija nahaja, ga imenujemo fag BIP. Fagi lahko z različnimi frekvencami prehajajo med temi tremi oblikami (BPP, BMP in BIP).

	Modifikacijo receptor vezavnega proteina bakteriofagu omogočata dve ponovitvi zaporedja DNA, ki kodirata C-končni del proteina Mtd. Prva ponovitev ima oznako TR (matrična ponovitev), druga pa VR (variabilna ponovitev). TR služi kot matrično zaporedje, ki se ne spreminja. S pomočjo mehanizma reverzne transkripcije prihaja do uvajanja mutacij na ponovitvi VR, ki se nato ob transkripciji in translaciji prenesejo na receptor vezavni protein Mtd. Ponovitev VR je sestavljena iz 134 baznih parov in se nahaja na 3'-koncu gena za protein Mtd. Navzdol od gena, ki kodira Mtd, najdemo ponovitev TR, ki je prav tako dolga 134 baznih parov in je v 90 % vseh baz identična VR. Do sprememb v nukleotidih prihaja samo na mestih, kjer se v ponovitvi TR nahajajo adenozini, zato ta pojav imenujemo tudi A-mutageneza. Do substitucije adenozina z naključnim nukleotidom lahko pride na 23-ih različnih pozicijah, kar pomeni, da lahko teoretično nastane več kot 10^12 različnih polipeptidnih zaporedij. Poleg ponovitve TR se nahaja gen ''brt'', ki kodira reverzno transkriptazo in ima pomembno vlogo pri nastanku sprememb na ponovitvi VR. Eden od štirih predlaganih mehanizmov uvajanja mutacij na zaporedju VR vključuje transkripcijo zaporedja TR, pri čemer nastane TR RNA. Reverzna transkriptaza nastalo molekulo RNA prepiše v enoverižno molekulo cDNA, pri tem pa se v nukleotidno zaporedje uvajajo nekomplementarne baze, ki ustrezajo položaju adenozinov na TR. Nastala molekula cDNA se preko parjenja baz poveže s ponovitvijo VR. Taki verigi zaradi sprememb v nukleotidih nista popolnoma komplementarni, zato povezovanju najverjetneje sledi replikacija, ki omogoči nastanek popolnoma komplementarnih verig.		Modifikacijo receptor vezavnega proteina bakteriofagu omogočata dve ponovitvi zaporedja DNA, ki kodirata C-končni del proteina Mtd. Prva ponovitev ima oznako TR (matrična ponovitev), druga pa VR (variabilna ponovitev). TR služi kot matrično zaporedje, ki se ne spreminja. S pomočjo mehanizma reverzne transkripcije prihaja do uvajanja mutacij na ponovitvi VR, ki se nato ob transkripciji in translaciji prenesejo na receptor vezavni protein Mtd. Ponovitev VR je sestavljena iz 134 baznih parov in se nahaja na 3'-koncu gena za protein Mtd. Navzdol od gena, ki kodira Mtd, najdemo ponovitev TR, ki je prav tako dolga 134 baznih parov in je v 90 % vseh baz identična VR. Do sprememb v nukleotidih prihaja samo na mestih, kjer se v ponovitvi TR nahajajo adenozini, zato ta pojav imenujemo tudi A-mutageneza. Do substitucije adenozina z naključnim nukleotidom lahko pride na 23-ih različnih pozicijah, kar pomeni, da lahko teoretično nastane več kot 10^12 različnih polipeptidnih zaporedij. Poleg ponovitve TR se nahaja gen ''brt'', ki kodira reverzno transkriptazo in ima pomembno vlogo pri nastanku sprememb na ponovitvi VR. Eden od štirih predlaganih mehanizmov uvajanja mutacij na zaporedju VR vključuje transkripcijo zaporedja TR, pri čemer nastane TR RNA. Reverzna transkriptaza nastalo molekulo RNA prepiše v enoverižno molekulo cDNA, pri tem pa se v nukleotidno zaporedje uvajajo nekomplementarne baze, ki ustrezajo položaju adenozinov na TR. Nastala molekula cDNA se preko parjenja baz poveže s ponovitvijo VR. Taki verigi zaradi sprememb v nukleotidih nista popolnoma komplementarni, zato povezovanju najverjetneje sledi replikacija, ki omogoči nastanek popolnoma komplementarnih verig.

Martina Lokar: /* Mutacije na genu mtd */

2019-04-06T15:25:15Z

Mutacije na genu mtd

← Older revision		Revision as of 15:25, 6 April 2019
Line 31:		Line 31:
	Bakteriofag se prilagaja spremembam na površini gostiteljske celice tako, da uvaja mutacije na genu ''mtd''. Te mu nato omogočajo, da se sintetizira modificirana oblika proteina Mtd, s pomočjo katerega se lahko veže na različne površinske receptorje bakterije v drugih fazah razvoja. V primeru, da se lahko adsorbira na bakterijo v fazi Bvg-, ga imenujemo fag BMP, če pa je vezava na površino neodvisna od faze, v kateri se bakterija nahaja, ga imenujemo fag BIP. Fagi lahko z različnimi frekvencami prehajajo med temi tremi oblikami.		Bakteriofag se prilagaja spremembam na površini gostiteljske celice tako, da uvaja mutacije na genu ''mtd''. Te mu nato omogočajo, da se sintetizira modificirana oblika proteina Mtd, s pomočjo katerega se lahko veže na različne površinske receptorje bakterije v drugih fazah razvoja. V primeru, da se lahko adsorbira na bakterijo v fazi Bvg-, ga imenujemo fag BMP, če pa je vezava na površino neodvisna od faze, v kateri se bakterija nahaja, ga imenujemo fag BIP. Fagi lahko z različnimi frekvencami prehajajo med temi tremi oblikami.

	Modifikacijo receptor vezavnega proteina bakteriofagu omogočata dve ponovitvi zaporedja DNA, ki kodirata C-končni del proteina Mtd. Prva ponovitev ima oznako TR (matrična ponovitev), druga pa VR (variabilna ponovitev). TR služi kot matrično zaporedje, ki se ne spreminja. S pomočjo mehanizma reverzne transkripcije prihaja do uvajanja mutacij na ponovitvi VR, ki se nato ob transkripciji in translaciji prenesejo na receptor vezavni protein Mtd. Ponovitev VR je sestavljena iz 134 baznih parov in se nahaja na 3'-koncu gena za protein Mtd. Navzdol od gena, ki kodira Mtd, najdemo ponovitev TR, ki je prav tako dolga 134 baznih parov in je v 90 % vseh baz identična VR. Do sprememb v nukleotidih prihaja samo na mestih, kjer se v ponovitvi TR nahajajo adenozini, zato ta pojav imenujemo tudi A-mutageneza. Do substitucije adenozina z naključnim nukleotidom lahko pride na 23-ih različnih pozicijah, kar pomeni, da lahko teoretično nastane več kot 10^12 različnih polipeptidnih zaporedij. Poleg ponovitve TR se nahaja gen ''brt'', ki kodira reverzno transkriptazo in ima pomembno vlogo pri nastanku sprememb na ponovitvi VR. Eden od štirih predlaganih mehanizmov uvajanja mutacij na zaporedju VR vključuje transkripcijo zaporedja TR, pri čemer nastane TR RNA. Reverzna transkriptaza nastalo molekulo RNA prepiše v enoverižno molekulo cDNA, pri ~~čemer~~ se ~~med transkripcijo~~ v nukleotidno zaporedje uvajajo ~~tudi~~ nekomplementarne baze, ki ustrezajo položaju adenozinov na TR. Nastala molekula cDNA se preko parjenja baz poveže s ponovitvijo VR. Taki verigi zaradi sprememb v nukleotidih nista popolnoma komplementarni, zato povezovanju najverjetneje sledi replikacija, ki omogoči nastanek popolnoma komplementarnih verig.		Modifikacijo receptor vezavnega proteina bakteriofagu omogočata dve ponovitvi zaporedja DNA, ki kodirata C-končni del proteina Mtd. Prva ponovitev ima oznako TR (matrična ponovitev), druga pa VR (variabilna ponovitev). TR služi kot matrično zaporedje, ki se ne spreminja. S pomočjo mehanizma reverzne transkripcije prihaja do uvajanja mutacij na ponovitvi VR, ki se nato ob transkripciji in translaciji prenesejo na receptor vezavni protein Mtd. Ponovitev VR je sestavljena iz 134 baznih parov in se nahaja na 3'-koncu gena za protein Mtd. Navzdol od gena, ki kodira Mtd, najdemo ponovitev TR, ki je prav tako dolga 134 baznih parov in je v 90 % vseh baz identična VR. Do sprememb v nukleotidih prihaja samo na mestih, kjer se v ponovitvi TR nahajajo adenozini, zato ta pojav imenujemo tudi A-mutageneza. Do substitucije adenozina z naključnim nukleotidom lahko pride na 23-ih različnih pozicijah, kar pomeni, da lahko teoretično nastane več kot 10^12 različnih polipeptidnih zaporedij. Poleg ponovitve TR se nahaja gen ''brt'', ki kodira reverzno transkriptazo in ima pomembno vlogo pri nastanku sprememb na ponovitvi VR. Eden od štirih predlaganih mehanizmov uvajanja mutacij na zaporedju VR vključuje transkripcijo zaporedja TR, pri čemer nastane TR RNA. Reverzna transkriptaza nastalo molekulo RNA prepiše v enoverižno molekulo cDNA, pri tem pa se v nukleotidno zaporedje uvajajo nekomplementarne baze, ki ustrezajo položaju adenozinov na TR. Nastala molekula cDNA se preko parjenja baz poveže s ponovitvijo VR. Taki verigi zaradi sprememb v nukleotidih nista popolnoma komplementarni, zato povezovanju najverjetneje sledi replikacija, ki omogoči nastanek popolnoma komplementarnih verig.

	==ADSORPCIJA BAKTERIOFAGOV NA BAKTERIJI ''E. COLI'' IN ''P. AERUGINOSA''==		==ADSORPCIJA BAKTERIOFAGOV NA BAKTERIJI ''E. COLI'' IN ''P. AERUGINOSA''==

Martina Lokar: /* Mutacije na genu mtd */

2019-04-06T15:21:46Z

Mutacije na genu mtd

← Older revision		Revision as of 15:21, 6 April 2019
Line 29:		Line 29:

	===Mutacije na genu ''mtd''===		===Mutacije na genu ''mtd''===
	Bakteriofag se prilagaja spremembam na površini gostiteljske celice tako, da uvaja mutacije na genu ''mtd''. Te mu nato omogočajo, da se sintetizira modificirana oblika proteina Mtd, s pomočjo katerega se lahko veže na različne površinske receptorje bakterije v drugih fazah razvoja~~. BPP-1 se lahko veže na bakterijo v fazi Bvg+~~. V primeru, da se lahko adsorbira na bakterijo v fazi Bvg-, ga imenujemo fag BMP, če pa je vezava na površino neodvisna od faze, v kateri se bakterija nahaja, ga imenujemo fag BIP. Fagi lahko z različnimi frekvencami prehajajo med temi tremi oblikami.		Bakteriofag se prilagaja spremembam na površini gostiteljske celice tako, da uvaja mutacije na genu ''mtd''. Te mu nato omogočajo, da se sintetizira modificirana oblika proteina Mtd, s pomočjo katerega se lahko veže na različne površinske receptorje bakterije v drugih fazah razvoja. V primeru, da se lahko adsorbira na bakterijo v fazi Bvg-, ga imenujemo fag BMP, če pa je vezava na površino neodvisna od faze, v kateri se bakterija nahaja, ga imenujemo fag BIP. Fagi lahko z različnimi frekvencami prehajajo med temi tremi oblikami.

	Modifikacijo receptor vezavnega proteina bakteriofagu omogočata dve ponovitvi zaporedja DNA, ki kodirata C-končni del proteina Mtd. Prva ponovitev ima oznako TR (matrična ponovitev), druga pa VR (variabilna ponovitev). TR služi kot matrično zaporedje, ki se ne spreminja. S pomočjo mehanizma reverzne transkripcije prihaja do uvajanja mutacij na ponovitvi VR, ki se nato ob transkripciji in translaciji prenesejo na receptor vezavni protein Mtd. Ponovitev VR je sestavljena iz 134 baznih parov in se nahaja na 3'-koncu gena za protein Mtd. Navzdol od gena, ki kodira Mtd, najdemo ponovitev TR, ki je prav tako dolga 134 baznih parov in je v 90 % vseh baz identična VR. Do sprememb v nukleotidih prihaja samo na mestih, kjer se v ponovitvi TR nahajajo adenozini, zato ta pojav imenujemo tudi A-mutageneza. Do substitucije adenozina z naključnim nukleotidom lahko pride na 23-ih različnih pozicijah, kar pomeni, da lahko teoretično nastane več kot 10^12 različnih polipeptidnih zaporedij. Poleg ponovitve TR se nahaja gen ''brt'', ki kodira reverzno transkriptazo in ima pomembno vlogo pri nastanku sprememb na ponovitvi VR. Eden od štirih predlaganih mehanizmov uvajanja mutacij na zaporedju VR vključuje transkripcijo zaporedja TR, pri čemer nastane TR RNA. Reverzna transkriptaza nastalo molekulo RNA prepiše v enoverižno molekulo cDNA, pri čemer se med transkripcijo v nukleotidno zaporedje uvajajo tudi nekomplementarne baze, ki ustrezajo položaju adenozinov na TR. Nastala molekula cDNA se preko parjenja baz poveže s ponovitvijo VR. Taki verigi zaradi sprememb v nukleotidih nista popolnoma komplementarni, zato povezovanju najverjetneje sledi replikacija, ki omogoči nastanek popolnoma komplementarnih verig.		Modifikacijo receptor vezavnega proteina bakteriofagu omogočata dve ponovitvi zaporedja DNA, ki kodirata C-končni del proteina Mtd. Prva ponovitev ima oznako TR (matrična ponovitev), druga pa VR (variabilna ponovitev). TR služi kot matrično zaporedje, ki se ne spreminja. S pomočjo mehanizma reverzne transkripcije prihaja do uvajanja mutacij na ponovitvi VR, ki se nato ob transkripciji in translaciji prenesejo na receptor vezavni protein Mtd. Ponovitev VR je sestavljena iz 134 baznih parov in se nahaja na 3'-koncu gena za protein Mtd. Navzdol od gena, ki kodira Mtd, najdemo ponovitev TR, ki je prav tako dolga 134 baznih parov in je v 90 % vseh baz identična VR. Do sprememb v nukleotidih prihaja samo na mestih, kjer se v ponovitvi TR nahajajo adenozini, zato ta pojav imenujemo tudi A-mutageneza. Do substitucije adenozina z naključnim nukleotidom lahko pride na 23-ih različnih pozicijah, kar pomeni, da lahko teoretično nastane več kot 10^12 različnih polipeptidnih zaporedij. Poleg ponovitve TR se nahaja gen ''brt'', ki kodira reverzno transkriptazo in ima pomembno vlogo pri nastanku sprememb na ponovitvi VR. Eden od štirih predlaganih mehanizmov uvajanja mutacij na zaporedju VR vključuje transkripcijo zaporedja TR, pri čemer nastane TR RNA. Reverzna transkriptaza nastalo molekulo RNA prepiše v enoverižno molekulo cDNA, pri čemer se med transkripcijo v nukleotidno zaporedje uvajajo tudi nekomplementarne baze, ki ustrezajo položaju adenozinov na TR. Nastala molekula cDNA se preko parjenja baz poveže s ponovitvijo VR. Taki verigi zaradi sprememb v nukleotidih nista popolnoma komplementarni, zato povezovanju najverjetneje sledi replikacija, ki omogoči nastanek popolnoma komplementarnih verig.

Martina Lokar: /* Mutacije na genu mtd */

2019-04-06T15:20:48Z

Mutacije na genu mtd

← Older revision		Revision as of 15:20, 6 April 2019
Line 29:		Line 29:

	===Mutacije na genu ''mtd''===		===Mutacije na genu ''mtd''===
	Bakteriofag se prilagaja spremembam na površini gostiteljske celice tako, da uvaja mutacije na genu ''mtd''. Te mu nato omogočajo, da se sintetizira modificirana oblika proteina Mtd, s pomočjo katerega se lahko veže na različne površinske receptorje bakterije v drugih fazah razvoja. V primeru, da se lahko adsorbira na bakterijo v fazi Bvg-, ga imenujemo fag BMP, če pa je vezava na površino neodvisna od faze, v kateri se bakterija nahaja, ga imenujemo fag BIP. Fagi lahko z različnimi frekvencami prehajajo med temi tremi oblikami.		Bakteriofag se prilagaja spremembam na površini gostiteljske celice tako, da uvaja mutacije na genu ''mtd''. Te mu nato omogočajo, da se sintetizira modificirana oblika proteina Mtd, s pomočjo katerega se lahko veže na različne površinske receptorje bakterije v drugih fazah razvoja. BPP-1 se lahko veže na bakterijo v fazi Bvg+. V primeru, da se lahko adsorbira na bakterijo v fazi Bvg-, ga imenujemo fag BMP, če pa je vezava na površino neodvisna od faze, v kateri se bakterija nahaja, ga imenujemo fag BIP. Fagi lahko z različnimi frekvencami prehajajo med temi tremi oblikami.

	Modifikacijo receptor vezavnega proteina bakteriofagu omogočata dve ponovitvi zaporedja DNA, ki kodirata C-končni del proteina Mtd. Prva ponovitev ima oznako TR (matrična ponovitev), druga pa VR (variabilna ponovitev). TR služi kot matrično zaporedje, ki se ne spreminja. S pomočjo mehanizma reverzne transkripcije prihaja do uvajanja mutacij na ponovitvi VR, ki se nato ob transkripciji in translaciji prenesejo na receptor vezavni protein Mtd. Ponovitev VR je sestavljena iz 134 baznih parov in se nahaja na 3'-koncu gena za protein Mtd. Navzdol od gena, ki kodira Mtd, najdemo ponovitev TR, ki je prav tako dolga 134 baznih parov in je v 90 % vseh baz identična VR. Do sprememb v nukleotidih prihaja samo na mestih, kjer se v ponovitvi TR nahajajo adenozini, zato ta pojav imenujemo tudi A-mutageneza. Do substitucije adenozina z naključnim nukleotidom lahko pride na 23-ih različnih pozicijah, kar pomeni, da lahko teoretično nastane več kot 10^12 različnih polipeptidnih zaporedij. Poleg ponovitve TR se nahaja gen ''brt'', ki kodira reverzno transkriptazo in ima pomembno vlogo pri nastanku sprememb na ponovitvi VR. Eden od štirih predlaganih mehanizmov uvajanja mutacij na zaporedju VR vključuje transkripcijo zaporedja TR, pri čemer nastane TR RNA. Reverzna transkriptaza nastalo molekulo RNA prepiše v enoverižno molekulo cDNA, pri čemer se med transkripcijo v nukleotidno zaporedje uvajajo tudi nekomplementarne baze, ki ustrezajo položaju adenozinov na TR. Nastala molekula cDNA se preko parjenja baz poveže s ponovitvijo VR. Taki verigi zaradi sprememb v nukleotidih nista popolnoma komplementarni, zato povezovanju najverjetneje sledi replikacija, ki omogoči nastanek popolnoma komplementarnih verig.		Modifikacijo receptor vezavnega proteina bakteriofagu omogočata dve ponovitvi zaporedja DNA, ki kodirata C-končni del proteina Mtd. Prva ponovitev ima oznako TR (matrična ponovitev), druga pa VR (variabilna ponovitev). TR služi kot matrično zaporedje, ki se ne spreminja. S pomočjo mehanizma reverzne transkripcije prihaja do uvajanja mutacij na ponovitvi VR, ki se nato ob transkripciji in translaciji prenesejo na receptor vezavni protein Mtd. Ponovitev VR je sestavljena iz 134 baznih parov in se nahaja na 3'-koncu gena za protein Mtd. Navzdol od gena, ki kodira Mtd, najdemo ponovitev TR, ki je prav tako dolga 134 baznih parov in je v 90 % vseh baz identična VR. Do sprememb v nukleotidih prihaja samo na mestih, kjer se v ponovitvi TR nahajajo adenozini, zato ta pojav imenujemo tudi A-mutageneza. Do substitucije adenozina z naključnim nukleotidom lahko pride na 23-ih različnih pozicijah, kar pomeni, da lahko teoretično nastane več kot 10^12 različnih polipeptidnih zaporedij. Poleg ponovitve TR se nahaja gen ''brt'', ki kodira reverzno transkriptazo in ima pomembno vlogo pri nastanku sprememb na ponovitvi VR. Eden od štirih predlaganih mehanizmov uvajanja mutacij na zaporedju VR vključuje transkripcijo zaporedja TR, pri čemer nastane TR RNA. Reverzna transkriptaza nastalo molekulo RNA prepiše v enoverižno molekulo cDNA, pri čemer se med transkripcijo v nukleotidno zaporedje uvajajo tudi nekomplementarne baze, ki ustrezajo položaju adenozinov na TR. Nastala molekula cDNA se preko parjenja baz poveže s ponovitvijo VR. Taki verigi zaradi sprememb v nukleotidih nista popolnoma komplementarni, zato povezovanju najverjetneje sledi replikacija, ki omogoči nastanek popolnoma komplementarnih verig.

Martina Lokar: /* Mutacije na genu mtd */

2019-04-06T15:18:01Z

Mutacije na genu mtd

← Older revision		Revision as of 15:18, 6 April 2019
Line 29:		Line 29:

	===Mutacije na genu ''mtd''===		===Mutacije na genu ''mtd''===
	Bakteriofag se prilagaja spremembam na površini gostiteljske celice tako, da uvaja mutacije na genu ''mtd''. Te mu nato omogočajo, da se sintetizira modificirana oblika proteina Mtd, s pomočjo katerega se ~~bakteriofag~~ lahko veže na različne površinske receptorje bakterije v drugih fazah razvoja. V primeru, da se lahko adsorbira na bakterijo v fazi Bvg-, ga imenujemo fag BMP, če pa je vezava na površino neodvisna od faze, v kateri se bakterija nahaja, ga imenujemo fag BIP. Fagi lahko z različnimi frekvencami prehajajo med temi tremi oblikami.		Bakteriofag se prilagaja spremembam na površini gostiteljske celice tako, da uvaja mutacije na genu ''mtd''. Te mu nato omogočajo, da se sintetizira modificirana oblika proteina Mtd, s pomočjo katerega se lahko veže na različne površinske receptorje bakterije v drugih fazah razvoja. V primeru, da se lahko adsorbira na bakterijo v fazi Bvg-, ga imenujemo fag BMP, če pa je vezava na površino neodvisna od faze, v kateri se bakterija nahaja, ga imenujemo fag BIP. Fagi lahko z različnimi frekvencami prehajajo med temi tremi oblikami.

	Modifikacijo receptor vezavnega proteina bakteriofagu omogočata dve ponovitvi zaporedja DNA, ki kodirata C-končni del proteina Mtd. Prva ponovitev ima oznako TR (matrična ponovitev), druga pa VR (variabilna ponovitev). TR služi kot matrično zaporedje, ki se ne spreminja. S pomočjo mehanizma reverzne transkripcije prihaja do uvajanja mutacij na ponovitvi VR, ki se nato ob transkripciji in translaciji prenesejo na receptor vezavni protein Mtd. Ponovitev VR je sestavljena iz 134 baznih parov in se nahaja na 3'-koncu gena za protein Mtd. Navzdol od gena, ki kodira Mtd, najdemo ponovitev TR, ki je prav tako dolga 134 baznih parov in je v 90 % vseh baz identična VR. Do sprememb v nukleotidih prihaja samo na mestih, kjer se v ponovitvi TR nahajajo adenozini, zato ta pojav imenujemo tudi A-mutageneza. Do substitucije adenozina z naključnim nukleotidom lahko pride na 23-ih različnih pozicijah, kar pomeni, da lahko teoretično nastane več kot 10^12 različnih polipeptidnih zaporedij. Poleg ponovitve TR se nahaja gen ''brt'', ki kodira reverzno transkriptazo in ima pomembno vlogo pri nastanku sprememb na ponovitvi VR. Eden od štirih predlaganih mehanizmov uvajanja mutacij na zaporedju VR vključuje transkripcijo zaporedja TR, pri čemer nastane TR RNA. Reverzna transkriptaza nastalo molekulo RNA prepiše v enoverižno molekulo cDNA, pri čemer se med transkripcijo v nukleotidno zaporedje uvajajo tudi nekomplementarne baze, ki ustrezajo položaju adenozinov na TR. Nastala molekula cDNA se preko parjenja baz poveže s ponovitvijo VR. Taki verigi zaradi sprememb v nukleotidih nista popolnoma komplementarni, zato povezovanju najverjetneje sledi replikacija, ki omogoči nastanek popolnoma komplementarnih verig.		Modifikacijo receptor vezavnega proteina bakteriofagu omogočata dve ponovitvi zaporedja DNA, ki kodirata C-končni del proteina Mtd. Prva ponovitev ima oznako TR (matrična ponovitev), druga pa VR (variabilna ponovitev). TR služi kot matrično zaporedje, ki se ne spreminja. S pomočjo mehanizma reverzne transkripcije prihaja do uvajanja mutacij na ponovitvi VR, ki se nato ob transkripciji in translaciji prenesejo na receptor vezavni protein Mtd. Ponovitev VR je sestavljena iz 134 baznih parov in se nahaja na 3'-koncu gena za protein Mtd. Navzdol od gena, ki kodira Mtd, najdemo ponovitev TR, ki je prav tako dolga 134 baznih parov in je v 90 % vseh baz identična VR. Do sprememb v nukleotidih prihaja samo na mestih, kjer se v ponovitvi TR nahajajo adenozini, zato ta pojav imenujemo tudi A-mutageneza. Do substitucije adenozina z naključnim nukleotidom lahko pride na 23-ih različnih pozicijah, kar pomeni, da lahko teoretično nastane več kot 10^12 različnih polipeptidnih zaporedij. Poleg ponovitve TR se nahaja gen ''brt'', ki kodira reverzno transkriptazo in ima pomembno vlogo pri nastanku sprememb na ponovitvi VR. Eden od štirih predlaganih mehanizmov uvajanja mutacij na zaporedju VR vključuje transkripcijo zaporedja TR, pri čemer nastane TR RNA. Reverzna transkriptaza nastalo molekulo RNA prepiše v enoverižno molekulo cDNA, pri čemer se med transkripcijo v nukleotidno zaporedje uvajajo tudi nekomplementarne baze, ki ustrezajo položaju adenozinov na TR. Nastala molekula cDNA se preko parjenja baz poveže s ponovitvijo VR. Taki verigi zaradi sprememb v nukleotidih nista popolnoma komplementarni, zato povezovanju najverjetneje sledi replikacija, ki omogoči nastanek popolnoma komplementarnih verig.

Martina Lokar: /* ADSORPCIJA BAKTERIOFAGOV NA BAKTERIJI E. COLI IN P. AERUGINOSA */

2019-04-06T15:17:22Z

ADSORPCIJA BAKTERIOFAGOV NA BAKTERIJI E. COLI IN P. AERUGINOSA

← Older revision		Revision as of 15:17, 6 April 2019
Line 40:		Line 40:
	*pilin tipa IV ima na večih serinskih in treoninskih ostankih pritrjen homopolimer D-arabinofuranoze.		*pilin tipa IV ima na večih serinskih in treoninskih ostankih pritrjen homopolimer D-arabinofuranoze.

	Glikozilacija več tisoč izpostavljenih pilinov je energetsko zelo potraten proces, zato mora taka posttranslacijska modifikacija bakteriji prinašati določeno prednost. Oba sistema glikozilacije, ki ju najdemo pri bakteriji, predstavljata mehanizem, s katerim se bakterija zaščiti pred okužbo s fagom. Glikozilacija onemogoči bakteriofagom, da bi prepoznali vezavna mesta, in hkrati predstavlja sterično oviro. Seveda pa so se tekom evolucije razvili tudi bakteriofagi, ki so sposobni prepoznati glikozilirane receptorje in se kljub prisotnosti oligosaharidov adsorbirati na površino celice.		Glikozilacija več tisoč izpostavljenih pilinov je energetsko zelo potraten proces, zato mora taka posttranslacijska modifikacija bakteriji prinašati določeno prednost. Oba sistema glikozilacije, ki ju najdemo pri bakteriji, predstavljata mehanizem, s katerim se bakterija zaščiti pred okužbo s fagom. Glikozilacija onemogoči bakteriofagom, da bi prepoznali vezavna mesta, in hkrati predstavlja sterično oviro. Seveda pa so se tekom evolucije razvili tudi bakteriofagi, ki so sposobni prepoznati glikozilirane receptorje in se kljub prisotnosti oligosaharidov adsorbirati na površino celice.

	==VIRI IN LITERATURA==		==VIRI IN LITERATURA==