CyaSalt - metoda za razsoljevanje morskih voda - Revision history

Tina Zavodnik at 16:42, 16 May 2022

2022-05-16T16:42:12Z

← Older revision		Revision as of 16:42, 16 May 2022
Line 31:		Line 31:
	Za eksperimentalno preverjanje rasti v slani vodi so jih gojili v obalni vodi Gotlanda (Baltsko morje) in Göteborga (Severno morje), ki vsebujeta 1 % in 3 % soli, z dostopom do odprte atmosfere (to so dosegli z bombažnim čepom) in svetlobe. Sočasno so bili gojeni tudi v standardnem rastnem mediju BG-11 za ''Synechocystis sp.'' PCC 6803. Kot pričakovano so z največjo hitrostjo rasle cianobakterije v rastnem mediju BG-11. Rast v avtoklavirani morski vodi je kazala precej enakomerno krivuljo, čeprav z bistveno počasnejšo hitrostjo kot v BG-11, obenem pa so imele veliko nižjo optično gostoto. To je najverjetneje posledica pomanjkanja hranil. Posnemati so želeli tudi naravno okolje rasti ''Synechocystis sp.'' PCC 6803, zato so jih gojili v kulturah morskih voda. Pri tem so organizmi pokazali le rahlo rast, po 4 dneh pa so cianobakterije začele umirati, kar so vizualno opazili v erlenmajericah kot bledenje zelene barve kultur. Vzorce iz umirajočih kultur so še dodatno pregledali pod epifluorescenčnim mikroskopom, kjer so še potrdili, da so kulture umirale [8].		Za eksperimentalno preverjanje rasti v slani vodi so jih gojili v obalni vodi Gotlanda (Baltsko morje) in Göteborga (Severno morje), ki vsebujeta 1 % in 3 % soli, z dostopom do odprte atmosfere (to so dosegli z bombažnim čepom) in svetlobe. Sočasno so bili gojeni tudi v standardnem rastnem mediju BG-11 za ''Synechocystis sp.'' PCC 6803. Kot pričakovano so z največjo hitrostjo rasle cianobakterije v rastnem mediju BG-11. Rast v avtoklavirani morski vodi je kazala precej enakomerno krivuljo, čeprav z bistveno počasnejšo hitrostjo kot v BG-11, obenem pa so imele veliko nižjo optično gostoto. To je najverjetneje posledica pomanjkanja hranil. Posnemati so želeli tudi naravno okolje rasti ''Synechocystis sp.'' PCC 6803, zato so jih gojili v kulturah morskih voda. Pri tem so organizmi pokazali le rahlo rast, po 4 dneh pa so cianobakterije začele umirati, kar so vizualno opazili v erlenmajericah kot bledenje zelene barve kultur. Vzorce iz umirajočih kultur so še dodatno pregledali pod epifluorescenčnim mikroskopom, kjer so še potrdili, da so kulture umirale [8].

	Da bi ugotovili vzrok umiranja cianobakterij so bila potrebna še nadaljna mikroskopska opazovanja. V vzorcih neavtoklavirane morske vode iz Gotlanda so našli potencialne plenilce, ki so ~~najberjetneje~~ amebe. Prejšnje študije so pokazale, da je potencialna rešitev za amebe, ki prežijo na cianobakterije, poslabšanje izražanja O-antigena v ''Synechocystis sp.'' PCC 6803, zaradi česar jih amebe ne prepoznajo. Druga rešitev je uporaba fototrofnega organizma, ki ni tarča plenilca. V vzorcih morskih voda so nekatere izmed opazovanih organizmov uspeli identificirani s primerjavo morfologije. Identificirane vrste so lahko ''Aphanizomenon, Nitzschia, Nostoc sp.'' ali ''Nodularia, Gloeocapsa'' in ''Woronichinia sp.'' Ker ti fototrofni organizmi kažejo boljšo rast v morski vodi v primerjavi s ''Synechocystis sp.'' PCC 6803, bi lahko bili bolj primerni za implementacijo sistema za razsoljevanje CyaSalt. Zlasti ''Aphanizomenon'' in ''Nodularia'' bi lahko delovala za razsoljevanje vode Baltskega morja, saj običajno cvetita v velikih količinah v Baltskem morju [4].		Da bi ugotovili vzrok umiranja cianobakterij so bila potrebna še nadaljna mikroskopska opazovanja. V vzorcih neavtoklavirane morske vode iz Gotlanda so našli potencialne plenilce, ki so najverjetneje amebe. Prejšnje študije so pokazale, da je potencialna rešitev za amebe, ki prežijo na cianobakterije, poslabšanje izražanja O-antigena v ''Synechocystis sp.'' PCC 6803, zaradi česar jih amebe ne prepoznajo. Druga rešitev je uporaba fototrofnega organizma, ki ni tarča plenilca. V vzorcih morskih voda so nekatere izmed opazovanih organizmov uspeli identificirani s primerjavo morfologije. Identificirane vrste so lahko ''Aphanizomenon, Nitzschia, Nostoc sp.'' ali ''Nodularia, Gloeocapsa'' in ''Woronichinia sp.'' Ker ti fototrofni organizmi kažejo boljšo rast v morski vodi v primerjavi s ''Synechocystis sp.'' PCC 6803, bi lahko bili bolj primerni za implementacijo sistema za razsoljevanje CyaSalt. Zlasti ''Aphanizomenon'' in ''Nodularia'' bi lahko delovala za razsoljevanje vode Baltskega morja, saj običajno cvetita v velikih količinah v Baltskem morju [4].

	===Izražanje halorodopsina:===		===Izražanje halorodopsina:===
Line 37:		Line 37:

	===Problemi pri konstruktih:===		===Problemi pri konstruktih:===
	Ekipa je imela zelo veliko težavo pri naročanju konstruktov. Načrt je bil, da se konstrukti, ki so jih zasnovali, sintetizirajo kot del plazmida, vendar na žalost podjetju za sintezo večine konstruktov ni uspelo ~~izdelati~~. Zato so morali naročiti linearne konstrukte, kar pomeni, da so morali sami ligirati fragmente v plazmide. Ker so sami klonirali konstrukte v plazmid, so morali imeti delujoč sistem za izbiro kolonij z vključenim insertom. Zato so uporabili plazmid pUC19, ki se običajno uporablja za modro-beli test. Vsi neuspešni poskusi ligiranja pa so ekipo pripeljali do novega pristopa. Ugotovili so, da je ligiranje učinkovitejše z uporabo telečje intestinalne alkalne fosfataze (CIP). CIP katalizira defosforilacijo 5' in 3' koncev DNA. Defosforilacija preprečuje samo-ligacijo lineariziranega plazmida. Zato je manj možnosti, da se bo plazmid brez vključenega inserta ligiral sam vase.		Ekipa je imela zelo veliko težavo pri naročanju konstruktov. Načrt je bil, da se konstrukti, ki so jih zasnovali, sintetizirajo kot del plazmida, vendar na žalost podjetju za sintezo večine konstruktov ni uspelo izdelat. Zato so morali naročiti linearne konstrukte, kar pomeni, da so morali sami ligirati fragmente v plazmide. Ker so sami klonirali konstrukte v plazmid, so morali imeti delujoč sistem za izbiro kolonij z vključenim insertom. Zato so uporabili plazmid pUC19, ki se običajno uporablja za modro-beli test. Vsi neuspešni poskusi ligiranja pa so ekipo pripeljali do novega pristopa. Ugotovili so, da je ligiranje učinkovitejše z uporabo telečje intestinalne alkalne fosfataze (CIP). CIP katalizira defosforilacijo 5' in 3' koncev DNA. Defosforilacija preprečuje samo-ligacijo lineariziranega plazmida. Zato je manj možnosti, da se bo plazmid brez vključenega inserta ligiral sam vase.

	==ZBIRKA DELOV:==		==ZBIRKA DELOV:==

Tina Zavodnik at 18:17, 15 May 2022

2022-05-15T18:17:10Z

← Older revision		Revision as of 18:17, 15 May 2022
Line 43:		Line 43:

	• BBa_K3892000 (beta-karoten 15,15'-dioksigenaza)		• BBa_K3892000 (beta-karoten 15,15'-dioksigenaza)

	• BBa_K3892001 (halorodopsin)		• BBa_K3892001 (halorodopsin)
	• BBa_K3892002 (distančnik-CBD)
			• BBa_K3892002 (distančnik-CBD)

	• BBa_K3892003 (slr1272)		• BBa_K3892003 (slr1272)

	• BBa_K3892004 (MscL)		• BBa_K3892004 (MscL)

	• BBa_K3892005 (distančnik-GFP)		• BBa_K3892005 (distančnik-GFP)

	• BBa_K3892006 (EforRed)		• BBa_K3892006 (EforRed)
	• BBa_K3892007 (kanal rodopsin)
			• BBa_K3892007 (kanal rodopsin)

	• BBa_K3892008 (PpsbA2: nativni, močni konstitutivni promotor, pridobljen iz ''Synechocystis sp.'' PCC 6803)		• BBa_K3892008 (PpsbA2: nativni, močni konstitutivni promotor, pridobljen iz ''Synechocystis sp.'' PCC 6803)

	• BBa_K3892009 (dstančnik-RBS-distančnik: vezno mesto ribosomov z distančniki)		• BBa_K3892009 (dstančnik-RBS-distančnik: vezno mesto ribosomov z distančniki)

	• BBa_K3892010 (RBS G-10)		• BBa_K3892010 (RBS G-10)

	Oblikovali so tudi sestavljene dele, kjer so vsakemu od delov dodali še distančnik in zelen fluorescenčen protein (GFP). Tudi te sestavljene dele so podrobno dokumentirali.		Oblikovali so tudi sestavljene dele, kjer so vsakemu od delov dodali še distančnik in zelen fluorescenčen protein (GFP). Tudi te sestavljene dele so podrobno dokumentirali.

Tina Zavodnik at 18:15, 15 May 2022

2022-05-15T18:15:54Z

← Older revision		Revision as of 18:15, 15 May 2022
Line 41:		Line 41:
	==ZBIRKA DELOV:==		==ZBIRKA DELOV:==
	Vse dele so naročili kot sistem vključen v pUCIDT-Amp pri IDT. Vendar so bili njihovi poskusi sintetiziranja takega plazmida neuspešni. Ekipa pa je vseeno načrtovane dele podrobno dokumentirala. Osnovni deli, ki so jih oblikovali za projekt so:		Vse dele so naročili kot sistem vključen v pUCIDT-Amp pri IDT. Vendar so bili njihovi poskusi sintetiziranja takega plazmida neuspešni. Ekipa pa je vseeno načrtovane dele podrobno dokumentirala. Osnovni deli, ki so jih oblikovali za projekt so:
	- BBa_K3892000 (beta-karoten 15,15'-dioksigenaza)
	- BBa_K3892001 (halorodopsin)		• BBa_K3892000 (beta-karoten 15,15'-dioksigenaza)
	- BBa_K3892002 (distančnik-CBD)		• BBa_K3892001 (halorodopsin)
	- BBa_K3892003 (slr1272)		• BBa_K3892002 (distančnik-CBD)
	- BBa_K3892004 (MscL)		• BBa_K3892003 (slr1272)
	- BBa_K3892005 (distančnik-GFP)		• BBa_K3892004 (MscL)
	- BBa_K3892006 (EforRed)		• BBa_K3892005 (distančnik-GFP)
	- BBa_K3892007 (kanal rodopsin)		• BBa_K3892006 (EforRed)
	- BBa_K3892008 (PpsbA2: nativni, močni konstitutivni promotor, pridobljen iz ''Synechocystis sp.'' PCC 6803)		• BBa_K3892007 (kanal rodopsin)
	- BBa_K3892009 (dstančnik-RBS-distančnik: vezno mesto ribosomov z distančniki)		• BBa_K3892008 (PpsbA2: nativni, močni konstitutivni promotor, pridobljen iz ''Synechocystis sp.'' PCC 6803)
	- BBa_K3892010 (RBS G-10)		• BBa_K3892009 (dstančnik-RBS-distančnik: vezno mesto ribosomov z distančniki)
			• BBa_K3892010 (RBS G-10)
	Oblikovali so tudi sestavljene dele, kjer so vsakemu od delov dodali še distančnik in zelen fluorescenčen protein (GFP). Tudi te sestavljene dele so podrobno dokumentirali.		Oblikovali so tudi sestavljene dele, kjer so vsakemu od delov dodali še distančnik in zelen fluorescenčen protein (GFP). Tudi te sestavljene dele so podrobno dokumentirali.

Line 59:		Line 60:
	==VIRI:==		==VIRI:==
	[1] National Geographic. Freshwater Crisis. Citirano 15.5.2022. Dostopno na: https://www.nationalgeographic.com/environment/article/freshwater-crisis.		[1] National Geographic. Freshwater Crisis. Citirano 15.5.2022. Dostopno na: https://www.nationalgeographic.com/environment/article/freshwater-crisis.

	[2] Culligan E, Sleator R, Marchesi J, Hill C. Metagenomic identification of a novel salt tolerance gene from the human gut microbiome which encodes a membrane protein with homology to a brp/blh-family β-carotene 15,15'-monooxygenase. PLoS One. 2014 Jul 24;9(7):e103318.		[2] Culligan E, Sleator R, Marchesi J, Hill C. Metagenomic identification of a novel salt tolerance gene from the human gut microbiome which encodes a membrane protein with homology to a brp/blh-family β-carotene 15,15'-monooxygenase. PLoS One. 2014 Jul 24;9(7):e103318.

	[3] Bachin D, Nazarenko L, Mironov K, Pisareva T, Allakhverdiev S, Los D, 2015. Mechanosensitive ion channel MscL controls ionic fluxes during cold and heat stress in Synechocystis. FEMS Microbiology Letters, 362(12).		[3] Bachin D, Nazarenko L, Mironov K, Pisareva T, Allakhverdiev S, Los D, 2015. Mechanosensitive ion channel MscL controls ionic fluxes during cold and heat stress in Synechocystis. FEMS Microbiology Letters, 362(12).

	[4] Amezaga JM, Amtmann A, Biggs CA, Bond T, Gandy CJ, Honsbein A, Karunakaran E, Lawton L, Madsen MA, Minas K, Templeton MR. Biodesalination: a case study for applications of photosynthetic bacteria in water treatment. Plant Physiol. 2014 Apr;164(4):1661-76. doi: 10.1104/pp.113.233973.		[4] Amezaga JM, Amtmann A, Biggs CA, Bond T, Gandy CJ, Honsbein A, Karunakaran E, Lawton L, Madsen MA, Minas K, Templeton MR. Biodesalination: a case study for applications of photosynthetic bacteria in water treatment. Plant Physiol. 2014 Apr;164(4):1661-76. doi: 10.1104/pp.113.233973.

	[5] Zhang F, Vierock J, Yizhar O, Fenno LE, Tsunoda S, Kianianmomeni A, Prigge M, Berndt A, Cushman J, Polle J, Magnuson J, Hegemann P, Deisseroth K. The microbial opsin family of optogenetic tools. Cell. 2011 Dec 23;147(7):1446-57. doi: 10.1016/j.cell.2011.12.004.		[5] Zhang F, Vierock J, Yizhar O, Fenno LE, Tsunoda S, Kianianmomeni A, Prigge M, Berndt A, Cushman J, Polle J, Magnuson J, Hegemann P, Deisseroth K. The microbial opsin family of optogenetic tools. Cell. 2011 Dec 23;147(7):1446-57. doi: 10.1016/j.cell.2011.12.004.

	[6] Zimmer M. Green fluorescent protein (GFP): applications, structure, and related photophysical behavior. Chem Rev. 2002 Mar;102(3):759-81. doi: 10.1021/cr010142r.		[6] Zimmer M. Green fluorescent protein (GFP): applications, structure, and related photophysical behavior. Chem Rev. 2002 Mar;102(3):759-81. doi: 10.1021/cr010142r.

	[7] Tormo J, Lamed R, Chirino AJ, Morag E, Bayer EA, Shoham Y, Steitz TA. Crystal structure of a bacterial family-III cellulose-binding domain: a general mechanism for attachment to cellulose. EMBO J. 1996 Nov 1;15(21):5739-51.		[7] Tormo J, Lamed R, Chirino AJ, Morag E, Bayer EA, Shoham Y, Steitz TA. Crystal structure of a bacterial family-III cellulose-binding domain: a general mechanism for attachment to cellulose. EMBO J. 1996 Nov 1;15(21):5739-51.

	[8] van Alphen P, Abedini Najafabadi H, Branco Dos Santos F, Hellingwerf KJ. Increasing the Photoautotrophic Growth Rate of Synechocystis sp. PCC 6803 by Identifying the Limitations of Its Cultivation. Biotechnol J. 2018 Aug;13(8):e1700764. doi: 10.1002/biot.201700764.		[8] van Alphen P, Abedini Najafabadi H, Branco Dos Santos F, Hellingwerf KJ. Increasing the Photoautotrophic Growth Rate of Synechocystis sp. PCC 6803 by Identifying the Limitations of Its Cultivation. Biotechnol J. 2018 Aug;13(8):e1700764. doi: 10.1002/biot.201700764.

Tina Zavodnik at 18:13, 15 May 2022

2022-05-15T18:13:20Z

← Older revision		Revision as of 18:13, 15 May 2022
Line 1:		Line 1:
	CyaSalt je projekt s katerim je sodelovala ekipa iz Linköpinga na tekmovanju iGEM 2021. Želeli so pripraviti metodo, ki temelji na sintezni biologiji, s katero je mogoče razsoliti morsko vodo z uporabo gensko spremenjenih fototrofnih organizmov.		CyaSalt je projekt s katerim je sodelovala ekipa iz Linköpinga na tekmovanju iGEM 2021. Želeli so pripraviti metodo, ki temelji na sintezni biologiji, s katero je mogoče razsoliti morsko vodo z uporabo gensko spremenjenih fototrofnih organizmov.

	Spletna stran projekta CyaSalt, iGEM 2021: [[https://2021.igem.org/Team:Linkoping_Sweden]]		Spletna stran projekta CyaSalt, iGEM 2021: https://2021.igem.org/Team:Linkoping_Sweden

	Avtorica povzetka: Michelle Oletič		Avtorica povzetka: Michelle Oletič

Tina Zavodnik at 18:11, 15 May 2022

2022-05-15T18:11:51Z

← Older revision		Revision as of 18:11, 15 May 2022
Line 1:		Line 1:
	CyaSalt je projekt s katerim je sodelovala ekipa iz Linköpinga na tekmovanju iGEM 2021. Želeli so pripraviti metodo, ki temelji na sintezni biologiji, s katero je mogoče razsoliti morsko vodo z uporabo gensko spremenjenih fototrofnih organizmov.		CyaSalt je projekt s katerim je sodelovala ekipa iz Linköpinga na tekmovanju iGEM 2021. Želeli so pripraviti metodo, ki temelji na sintezni biologiji, s katero je mogoče razsoliti morsko vodo z uporabo gensko spremenjenih fototrofnih organizmov.

	Spletna stran projekta CyaSalt, iGEM 2021: [https://2021.igem.org/Team:Linkoping_Sweden}]		Spletna stran projekta CyaSalt, iGEM 2021: [[https://2021.igem.org/Team:Linkoping_Sweden]]

	Avtorica povzetka: Michelle Oletič		Avtorica povzetka: Michelle Oletič

Tina Zavodnik at 18:11, 15 May 2022

2022-05-15T18:11:04Z

← Older revision		Revision as of 18:11, 15 May 2022
Line 1:		Line 1:
	CyaSalt je projekt s katerim je sodelovala ekipa iz Linköpinga na tekmovanju iGEM 2021. Želeli so pripraviti metodo, ki temelji na sintezni biologiji, s katero je mogoče razsoliti morsko vodo z uporabo gensko spremenjenih fototrofnih organizmov.		CyaSalt je projekt s katerim je sodelovala ekipa iz Linköpinga na tekmovanju iGEM 2021. Želeli so pripraviti metodo, ki temelji na sintezni biologiji, s katero je mogoče razsoliti morsko vodo z uporabo gensko spremenjenih fototrofnih organizmov.

	Spletna stran projekta CyaSalt, iGEM 2021: [https://2021.igem.org/Team:Linkoping_Sweden]		Spletna stran projekta CyaSalt, iGEM 2021: [https://2021.igem.org/Team:Linkoping_Sweden}]

	Avtorica povzetka: Michelle Oletič		Avtorica povzetka: Michelle Oletič

Tina Zavodnik at 18:10, 15 May 2022

2022-05-15T18:10:46Z

← Older revision		Revision as of 18:10, 15 May 2022
Line 1:		Line 1:
	CyaSalt je projekt s katerim je sodelovala ekipa iz Linköpinga na tekmovanju iGEM 2021. Želeli so pripraviti metodo, ki temelji na sintezni biologiji, s katero je mogoče razsoliti morsko vodo z uporabo gensko spremenjenih fototrofnih organizmov.		CyaSalt je projekt s katerim je sodelovala ekipa iz Linköpinga na tekmovanju iGEM 2021. Želeli so pripraviti metodo, ki temelji na sintezni biologiji, s katero je mogoče razsoliti morsko vodo z uporabo gensko spremenjenih fototrofnih organizmov.

	Spletna stran projekta CyaSalt, iGEM 2021: [{ https://2021.igem.org/Team:Linkoping_Sweden }]		Spletna stran projekta CyaSalt, iGEM 2021: [https://2021.igem.org/Team:Linkoping_Sweden]

	Avtorica povzetka: Michelle Oletič		Avtorica povzetka: Michelle Oletič

Tina Zavodnik at 18:10, 15 May 2022

2022-05-15T18:10:30Z

← Older revision		Revision as of 18:10, 15 May 2022
Line 1:		Line 1:
	CyaSalt je projekt s katerim je sodelovala ekipa iz Linköpinga na tekmovanju iGEM 2021. Želeli so pripraviti metodo, ki temelji na sintezni biologiji, s katero je mogoče razsoliti morsko vodo z uporabo gensko spremenjenih fototrofnih organizmov.		CyaSalt je projekt s katerim je sodelovala ekipa iz Linköpinga na tekmovanju iGEM 2021. Želeli so pripraviti metodo, ki temelji na sintezni biologiji, s katero je mogoče razsoliti morsko vodo z uporabo gensko spremenjenih fototrofnih organizmov.

	Spletna stran projekta CyaSalt, iGEM 2021: [{https://2021.igem.org/Team:Linkoping_Sweden}]		Spletna stran projekta CyaSalt, iGEM 2021: [{ https://2021.igem.org/Team:Linkoping_Sweden }]

	Avtorica povzetka: Michelle Oletič		Avtorica povzetka: Michelle Oletič

Tina Zavodnik at 18:09, 15 May 2022

2022-05-15T18:09:48Z

← Older revision		Revision as of 18:09, 15 May 2022
Line 1:		Line 1:
	CyaSalt je projekt s katerim je sodelovala ekipa iz Linköpinga na tekmovanju iGEM 2021. Želeli so pripraviti metodo, ki temelji na sintezni biologiji, s katero je mogoče razsoliti morsko vodo z uporabo gensko spremenjenih fototrofnih organizmov.		CyaSalt je projekt s katerim je sodelovala ekipa iz Linköpinga na tekmovanju iGEM 2021. Želeli so pripraviti metodo, ki temelji na sintezni biologiji, s katero je mogoče razsoliti morsko vodo z uporabo gensko spremenjenih fototrofnih organizmov.

	Spletna stran projekta CyaSalt, iGEM 2021: [https://2021.igem.org/Team:Linkoping_Sweden]		Spletna stran projekta CyaSalt, iGEM 2021: [{https://2021.igem.org/Team:Linkoping_Sweden}]

	Avtorica povzetka: Michelle Oletič		Avtorica povzetka: Michelle Oletič
Line 39:		Line 39:
	Ekipa je imela zelo veliko težavo pri naročanju konstruktov. Načrt je bil, da se konstrukti, ki so jih zasnovali, sintetizirajo kot del plazmida, vendar na žalost podjetju za sintezo večine konstruktov ni uspelo izdelati. Zato so morali naročiti linearne konstrukte, kar pomeni, da so morali sami ligirati fragmente v plazmide. Ker so sami klonirali konstrukte v plazmid, so morali imeti delujoč sistem za izbiro kolonij z vključenim insertom. Zato so uporabili plazmid pUC19, ki se običajno uporablja za modro-beli test. Vsi neuspešni poskusi ligiranja pa so ekipo pripeljali do novega pristopa. Ugotovili so, da je ligiranje učinkovitejše z uporabo telečje intestinalne alkalne fosfataze (CIP). CIP katalizira defosforilacijo 5' in 3' koncev DNA. Defosforilacija preprečuje samo-ligacijo lineariziranega plazmida. Zato je manj možnosti, da se bo plazmid brez vključenega inserta ligiral sam vase.		Ekipa je imela zelo veliko težavo pri naročanju konstruktov. Načrt je bil, da se konstrukti, ki so jih zasnovali, sintetizirajo kot del plazmida, vendar na žalost podjetju za sintezo večine konstruktov ni uspelo izdelati. Zato so morali naročiti linearne konstrukte, kar pomeni, da so morali sami ligirati fragmente v plazmide. Ker so sami klonirali konstrukte v plazmid, so morali imeti delujoč sistem za izbiro kolonij z vključenim insertom. Zato so uporabili plazmid pUC19, ki se običajno uporablja za modro-beli test. Vsi neuspešni poskusi ligiranja pa so ekipo pripeljali do novega pristopa. Ugotovili so, da je ligiranje učinkovitejše z uporabo telečje intestinalne alkalne fosfataze (CIP). CIP katalizira defosforilacijo 5' in 3' koncev DNA. Defosforilacija preprečuje samo-ligacijo lineariziranega plazmida. Zato je manj možnosti, da se bo plazmid brez vključenega inserta ligiral sam vase.

	==ZBIRKA DELOV:1==		==ZBIRKA DELOV:==
	Vse dele so naročili kot sistem vključen v pUCIDT-Amp pri IDT. Vendar so bili njihovi poskusi sintetiziranja takega plazmida neuspešni. Ekipa pa je vseeno načrtovane dele podrobno dokumentirala. Osnovni deli, ki so jih oblikovali za projekt so:		Vse dele so naročili kot sistem vključen v pUCIDT-Amp pri IDT. Vendar so bili njihovi poskusi sintetiziranja takega plazmida neuspešni. Ekipa pa je vseeno načrtovane dele podrobno dokumentirala. Osnovni deli, ki so jih oblikovali za projekt so:
	- BBa_K3892000 (beta-karoten 15,15'-dioksigenaza)		- BBa_K3892000 (beta-karoten 15,15'-dioksigenaza)

Tina Zavodnik at 18:08, 15 May 2022

2022-05-15T18:08:07Z

← Older revision		Revision as of 18:08, 15 May 2022
Line 57:		Line 57:
	Ekipa iz Linköpinga je na tekmovanju sodelovala z inovativno idejo, vendar so pri uresničevanju ideje naleteli na mnoge težave. Za udejanjenje te ideje bi bilo potrebno najverjetneje najti drug protein z podobno funkcijo in tudi organizem spremeniti tako, da ga plenilci v morskih vodah ne bi prepoznali.		Ekipa iz Linköpinga je na tekmovanju sodelovala z inovativno idejo, vendar so pri uresničevanju ideje naleteli na mnoge težave. Za udejanjenje te ideje bi bilo potrebno najverjetneje najti drug protein z podobno funkcijo in tudi organizem spremeniti tako, da ga plenilci v morskih vodah ne bi prepoznali.

	~~Viri~~:		==VIRI:==
	[1] National Geographic. Freshwater Crisis. Citirano 15.5.2022. Dostopno na: https://www.nationalgeographic.com/environment/article/freshwater-crisis.		[1] National Geographic. Freshwater Crisis. Citirano 15.5.2022. Dostopno na: https://www.nationalgeographic.com/environment/article/freshwater-crisis.
	[2] Culligan E, Sleator R, Marchesi J, Hill C. Metagenomic identification of a novel salt tolerance gene from the human gut microbiome which encodes a membrane protein with homology to a brp/blh-family β-carotene 15,15'-monooxygenase. PLoS One. 2014 Jul 24;9(7):e103318.		[2] Culligan E, Sleator R, Marchesi J, Hill C. Metagenomic identification of a novel salt tolerance gene from the human gut microbiome which encodes a membrane protein with homology to a brp/blh-family β-carotene 15,15'-monooxygenase. PLoS One. 2014 Jul 24;9(7):e103318.