Konjugacijski prenos plazmidov pri bakteriji Bacillus subtilis - Revision history

Simon Kristl: /* Kaseta rap-phr */

2024-05-06T05:38:01Z

Kaseta rap-phr

← Older revision		Revision as of 05:38, 6 May 2024
Line 16:		Line 16:
	===Prekinitev represije povzroči Rap<sub>pLS20</sub>===		===Prekinitev represije povzroči Rap<sub>pLS20</sub>===
	====Kaseta ''rap-phr''====		====Kaseta ''rap-phr''====
	Da konjugacija lahko poteče, mora priti do prekinitve represije, to pa se v tem primeru zgodi preko proteina Rap<sub>pLS20</sub>. Ta je del družine proteinov RRNPP, poimenovano po značilnih predstavnikih Rap, Rgg, NprR, PlcR in PrgX. Geni za proteine RRNPP, ''rap'', se običajno prepisujejo istočasno kot geni ''phr'', ki zapisujejo ustrezen signalen peptid Phr<sub>pLS20</sub>, o katerem bomo izvedeli več kasneje, v obliki kasete ''rap-phr''. Kromosom ''B. subtilis'' (ali plazmid) lahko vsebuje več ''rap-phr'' kaset, ki služijo zaustavljanju določenih razvojnih procesov kot je sporulacija, kompetenca in proizvodnja razgradnih encimov. Umetno povečano izražanje teh kaset na plazmidu pLS20 v ''B. subtilis'' ni vplivalo na razvojne procese, je pa močno vplivalo na konjugacijski proces, povečala se je največja raven konjugacije, povečalo se je izražanje konjugacijskih genov in razširilo se je časovno obdobje, v katerem je lahko uspešno potekala konjugacija. Pri odsotnosti kaset ''rap-phr'' pa je raven konjugacij močno upadla. Ti rezultati nakazujejo, da so Rco<sub>pLS20</sub>, ~~Rco~~<sub>pLS20</sub> in Phr<sub>pLS20</sub> edini proteini zapisani na plazmidu pLS20, ki so vpleteni v regulacijo konjugacijskih genov.		Da konjugacija lahko poteče, mora priti do prekinitve represije, to pa se v tem primeru zgodi preko proteina Rap<sub>pLS20</sub>. Ta je del družine proteinov RRNPP, poimenovano po značilnih predstavnikih Rap, Rgg, NprR, PlcR in PrgX. Geni za proteine RRNPP, ''rap'', se običajno prepisujejo istočasno kot geni ''phr'', ki zapisujejo ustrezen signalen peptid Phr<sub>pLS20</sub>, o katerem bomo izvedeli več kasneje, v obliki kasete ''rap-phr''. Kromosom ''B. subtilis'' (ali plazmid) lahko vsebuje več ''rap-phr'' kaset, ki služijo zaustavljanju določenih razvojnih procesov kot je sporulacija, kompetenca in proizvodnja razgradnih encimov. Umetno povečano izražanje teh kaset na plazmidu pLS20 v ''B. subtilis'' ni vplivalo na razvojne procese, je pa močno vplivalo na konjugacijski proces, povečala se je največja raven konjugacije, povečalo se je izražanje konjugacijskih genov in razširilo se je časovno obdobje, v katerem je lahko uspešno potekala konjugacija. Pri odsotnosti kaset ''rap-phr'' pa je raven konjugacij močno upadla. Ti rezultati nakazujejo, da so Rco<sub>pLS20</sub>, Rap<sub>pLS20</sub> in Phr<sub>pLS20</sub> edini proteini zapisani na plazmidu pLS20, ki so vpleteni v regulacijo konjugacijskih genov.

	====RRNPP proteini====		====RRNPP proteini====

Asnedec: /* Sestava regulacijskega mesta konjugacijskega operona */

2024-05-05T22:52:44Z

Sestava regulacijskega mesta konjugacijskega operona

← Older revision		Revision as of 22:52, 5 May 2024
Line 8:		Line 8:
	V plazmidu pLS20 so nekateri geni izkazovali podobnost z že znanimi konjugacijskimi geni. Izkazalo se je, da ti geni spadajo pod isti operon, ki zajema gene od 28 do 74. Sekvenciranje ter ''in silico'' analiza plazmida sta nakazali, da bi transkripcijo na tem operonu lahko reguliral protein Rco<sub>pLS20</sub>, ki ga zapisuje gen 27c, saj se gen nahaja pred operonom in mu je nasprotno usmerjen, njegovo zaporedje pa je podobno zaporedju za transkripcijske regulatorje Xre, ki imajo heliks-zavoj-heliks domeno. Z eksperimenti, kjer so opazovali izražanje RNA konjugacijskih genov pri različnih koncentracijah domnevnega regulatorja, so potrdili represorsko funkcijo Rco<sub>pLS20</sub>.		V plazmidu pLS20 so nekateri geni izkazovali podobnost z že znanimi konjugacijskimi geni. Izkazalo se je, da ti geni spadajo pod isti operon, ki zajema gene od 28 do 74. Sekvenciranje ter ''in silico'' analiza plazmida sta nakazali, da bi transkripcijo na tem operonu lahko reguliral protein Rco<sub>pLS20</sub>, ki ga zapisuje gen 27c, saj se gen nahaja pred operonom in mu je nasprotno usmerjen, njegovo zaporedje pa je podobno zaporedju za transkripcijske regulatorje Xre, ki imajo heliks-zavoj-heliks domeno. Z eksperimenti, kjer so opazovali izražanje RNA konjugacijskih genov pri različnih koncentracijah domnevnega regulatorja, so potrdili represorsko funkcijo Rco<sub>pLS20</sub>.

	===Sestava ~~regulacijskega mesta~~ konjugacijskega operona===		===Sestava regulatorne regije konjugacijskega operona===
	V regiji med genoma 27c (represor Rco<sub>pLS20</sub>) in 28 (konjugacijski operon) se nahajata dva promotorja: močan promotor Pc za prepisovanje konjugacijskega operona in šibek promotor Pr za prepisovanje Rco<sub>pLS20</sub>. Promotorja sta nasprotno usmerjena in se prekrivata, kar pomeni, da bi se brez drugih dejavnikov (beri: regulatorjev) RNA polimeraza vezala samo na močnejši Pc. V okolici promotorjev so našli 10 polj z 8 bp dolgim zaporedjem CAGTGAAA, na katera se lahko veže Rco<sub>pLS20</sub>. Polja se nahajajo v dveh regijah, ki nosita funkcijo operatorjev. Prvi operator (O<sub>1</sub>), ki vsebuje 4 Rco vezavna mesta, se nahaja na območju med genom 28 in promotorjema. Drugi operator (O<sub>2</sub>) s 6 RcopLS20 vezavnimi mesti pa se nahaja 75 bp stran od O<sub>1</sub> in se prekriva s promotorjema. Operatorja sta med sabo nasprotno usmerjena, medtem ko so Rco vezavna mesta v posameznem operatorju enako orientirana.		V regiji med genoma 27c (represor Rco<sub>pLS20</sub>) in 28 (konjugacijski operon) se nahajata dva promotorja: močan promotor Pc za prepisovanje konjugacijskega operona in šibek promotor Pr za prepisovanje Rco<sub>pLS20</sub>. Promotorja sta nasprotno usmerjena in se prekrivata, kar pomeni, da bi se brez drugih dejavnikov (beri: regulatorjev) RNA polimeraza vezala samo na močnejši Pc. V okolici promotorjev so našli 10 polj z 8 bp dolgim zaporedjem CAGTGAAA, na katera se lahko veže Rco<sub>pLS20</sub>. Polja se nahajajo v dveh regijah, ki nosita funkcijo operatorjev. Prvi operator (O<sub>1</sub>), ki vsebuje 4 Rco vezavna mesta, se nahaja na območju med genom 28 in promotorjema. Drugi operator (O<sub>2</sub>) s 6 RcopLS20 vezavnimi mesti pa se nahaja 75 bp stran od O<sub>1</sub> in se prekriva s promotorjema. Operatorja sta med sabo nasprotno usmerjena, medtem ko so Rco vezavna mesta v posameznem operatorju enako orientirana.

Asnedec: /* Sestava operatorske regije konjugacijskega operona */

2024-05-05T22:52:16Z

Sestava operatorske regije konjugacijskega operona

← Older revision		Revision as of 22:52, 5 May 2024
Line 8:		Line 8:
	V plazmidu pLS20 so nekateri geni izkazovali podobnost z že znanimi konjugacijskimi geni. Izkazalo se je, da ti geni spadajo pod isti operon, ki zajema gene od 28 do 74. Sekvenciranje ter ''in silico'' analiza plazmida sta nakazali, da bi transkripcijo na tem operonu lahko reguliral protein Rco<sub>pLS20</sub>, ki ga zapisuje gen 27c, saj se gen nahaja pred operonom in mu je nasprotno usmerjen, njegovo zaporedje pa je podobno zaporedju za transkripcijske regulatorje Xre, ki imajo heliks-zavoj-heliks domeno. Z eksperimenti, kjer so opazovali izražanje RNA konjugacijskih genov pri različnih koncentracijah domnevnega regulatorja, so potrdili represorsko funkcijo Rco<sub>pLS20</sub>.		V plazmidu pLS20 so nekateri geni izkazovali podobnost z že znanimi konjugacijskimi geni. Izkazalo se je, da ti geni spadajo pod isti operon, ki zajema gene od 28 do 74. Sekvenciranje ter ''in silico'' analiza plazmida sta nakazali, da bi transkripcijo na tem operonu lahko reguliral protein Rco<sub>pLS20</sub>, ki ga zapisuje gen 27c, saj se gen nahaja pred operonom in mu je nasprotno usmerjen, njegovo zaporedje pa je podobno zaporedju za transkripcijske regulatorje Xre, ki imajo heliks-zavoj-heliks domeno. Z eksperimenti, kjer so opazovali izražanje RNA konjugacijskih genov pri različnih koncentracijah domnevnega regulatorja, so potrdili represorsko funkcijo Rco<sub>pLS20</sub>.

	===Sestava ~~operatorske regije~~ konjugacijskega operona===		===Sestava regulacijskega mesta konjugacijskega operona===
	V regiji med genoma 27c (represor Rco<sub>pLS20</sub>) in 28 (konjugacijski operon) se nahajata dva promotorja: močan promotor Pc za prepisovanje konjugacijskega operona in šibek promotor Pr za prepisovanje Rco<sub>pLS20</sub>. Promotorja sta nasprotno usmerjena in se prekrivata, kar pomeni, da bi se brez drugih dejavnikov (beri: regulatorjev) RNA polimeraza vezala samo na močnejši Pc. V okolici promotorjev so našli 10 polj z 8 bp dolgim zaporedjem CAGTGAAA, na katera se lahko veže Rco<sub>pLS20</sub>. Polja se nahajajo v dveh regijah, ki nosita funkcijo operatorjev. Prvi operator (O<sub>1</sub>), ki vsebuje 4 Rco vezavna mesta, se nahaja na območju med genom 28 in promotorjema. Drugi operator (O<sub>2</sub>) s 6 RcopLS20 vezavnimi mesti pa se nahaja 75 bp stran od O<sub>1</sub> in se prekriva s promotorjema. Operatorja sta med sabo nasprotno usmerjena, medtem ko so Rco vezavna mesta v posameznem operatorju enako orientirana.		V regiji med genoma 27c (represor Rco<sub>pLS20</sub>) in 28 (konjugacijski operon) se nahajata dva promotorja: močan promotor Pc za prepisovanje konjugacijskega operona in šibek promotor Pr za prepisovanje Rco<sub>pLS20</sub>. Promotorja sta nasprotno usmerjena in se prekrivata, kar pomeni, da bi se brez drugih dejavnikov (beri: regulatorjev) RNA polimeraza vezala samo na močnejši Pc. V okolici promotorjev so našli 10 polj z 8 bp dolgim zaporedjem CAGTGAAA, na katera se lahko veže Rco<sub>pLS20</sub>. Polja se nahajajo v dveh regijah, ki nosita funkcijo operatorjev. Prvi operator (O<sub>1</sub>), ki vsebuje 4 Rco vezavna mesta, se nahaja na območju med genom 28 in promotorjema. Drugi operator (O<sub>2</sub>) s 6 RcopLS20 vezavnimi mesti pa se nahaja 75 bp stran od O<sub>1</sub> in se prekriva s promotorjema. Operatorja sta med sabo nasprotno usmerjena, medtem ko so Rco vezavna mesta v posameznem operatorju enako orientirana.

	===Mehanizem Rco<sub>pLS20</sub> represije vključuje nastanek DNA zanke===		===Mehanizem Rco<sub>pLS20</sub> represije vključuje nastanek DNA zanke===

Mark Frantar at 21:52, 4 May 2024

2024-05-04T21:52:33Z

← Older revision		Revision as of 21:52, 4 May 2024
Line 43:		Line 43:
	https://doi.org/10.1093/nar/gkaa797		https://doi.org/10.1093/nar/gkaa797

	Neiditch, Matthew B., Glenn C. Capodagli, Gerd Prehna, in Michael J. Federle. 2017. „Genetic and Structural Analyses of RRNPP Intercellular Peptide Signaling of Gram-Positive Bacteria“. Annual review of genetics 51:311–33. doi: 10.1146/annurev-genet-120116-023507.		Neiditch, Matthew B., Glenn C. Capodagli, Gerd Prehna, in Michael J. Federle. 2017. „Genetic and Structural Analyses of RRNPP Intercellular Peptide Signaling of Gram-Positive Bacteria“. Annual review of genetics 51:311–33. https://doi.org/10.1146/annurev-genet-120116-023507.

Mark Frantar at 21:45, 4 May 2024

2024-05-04T21:45:38Z

← Older revision		Revision as of 21:45, 4 May 2024
Line 42:		Line 42:
	Praveen K Singh, Ester Serrano, Gayetri Ramachandran, Andrés Miguel-Arribas, César Gago-Cordoba, Jorge Val-Calvo, Arancha López-Pérez, Carlos Alfonso, Ling Juan Wu, Juan R Luque-Ortega, Wilfried J J Meijer, Reversible regulation of conjugation of Bacillus subtilis plasmid pLS20 by the quorum sensing peptide responsive anti-repressor RappLS20, Nucleic Acids Research, Volume 48, Issue 19, 4 November 2020, Pages 10785–10801.		Praveen K Singh, Ester Serrano, Gayetri Ramachandran, Andrés Miguel-Arribas, César Gago-Cordoba, Jorge Val-Calvo, Arancha López-Pérez, Carlos Alfonso, Ling Juan Wu, Juan R Luque-Ortega, Wilfried J J Meijer, Reversible regulation of conjugation of Bacillus subtilis plasmid pLS20 by the quorum sensing peptide responsive anti-repressor RappLS20, Nucleic Acids Research, Volume 48, Issue 19, 4 November 2020, Pages 10785–10801.
	https://doi.org/10.1093/nar/gkaa797		https://doi.org/10.1093/nar/gkaa797

			Neiditch, Matthew B., Glenn C. Capodagli, Gerd Prehna, in Michael J. Federle. 2017. „Genetic and Structural Analyses of RRNPP Intercellular Peptide Signaling of Gram-Positive Bacteria“. Annual review of genetics 51:311–33. doi: 10.1146/annurev-genet-120116-023507.

Simon Kristl: /* Viri */

2024-05-04T21:43:02Z

Viri

← Older revision		Revision as of 21:43, 4 May 2024
Line 39:		Line 39:

	Singh, Praveen K., idr. „Mobility of the Native Bacillus Subtilis Conjugative Plasmid pLS20 Is Regulated by Intercellular Signaling“. PLoS Genetics, uredil Josep Casadesús, let. 9, št. 10, oktober 2013, str. e1003892. DOI.org (Crossref), https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1003892.		Singh, Praveen K., idr. „Mobility of the Native Bacillus Subtilis Conjugative Plasmid pLS20 Is Regulated by Intercellular Signaling“. PLoS Genetics, uredil Josep Casadesús, let. 9, št. 10, oktober 2013, str. e1003892. DOI.org (Crossref), https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1003892.

			Praveen K Singh, Ester Serrano, Gayetri Ramachandran, Andrés Miguel-Arribas, César Gago-Cordoba, Jorge Val-Calvo, Arancha López-Pérez, Carlos Alfonso, Ling Juan Wu, Juan R Luque-Ortega, Wilfried J J Meijer, Reversible regulation of conjugation of Bacillus subtilis plasmid pLS20 by the quorum sensing peptide responsive anti-repressor RappLS20, Nucleic Acids Research, Volume 48, Issue 19, 4 November 2020, Pages 10785–10801.
			https://doi.org/10.1093/nar/gkaa797

Asnedec: /* Zaključek */

2024-05-04T21:29:28Z

Zaključek

← Older revision		Revision as of 21:29, 4 May 2024
Line 29:		Line 29:
	===Konjugacija in kompetenca===		===Konjugacija in kompetenca===
	Kompetenca je začasno stanje celic, v katerem so celice sposobne sprejeti DNA iz okolja in jo integrirati v svoj genom s homologno rekombinacijo. Konjugacija in kompetenca sta si podobna v tem, da gre pri obeh procesih za prenos enoverižne DNA(ssDNA), le da v nasprotnih smereh. Sočasen vnos in iznos regij ssDNA je za celico lahko nekompatibilno, saj se lahko ta transportna mehanizma medsebojno tekmujeta in se motita. Prav tako lahko rekombinantni encimi sintetizirani med fazo kompetence delujejo na ssDNA konjugativnega elementa. Dokazano je bilo, da sta konjugacija in kompetenca nekompatibilna procesa in obstajata vsaj 2 mehanizma, ki z recipročno inhibicijo skrbita, da se poti konjugacije in kompetence ne aktivirata sočasno.		Kompetenca je začasno stanje celic, v katerem so celice sposobne sprejeti DNA iz okolja in jo integrirati v svoj genom s homologno rekombinacijo. Konjugacija in kompetenca sta si podobna v tem, da gre pri obeh procesih za prenos enoverižne DNA(ssDNA), le da v nasprotnih smereh. Sočasen vnos in iznos regij ssDNA je za celico lahko nekompatibilno, saj se lahko ta transportna mehanizma medsebojno tekmujeta in se motita. Prav tako lahko rekombinantni encimi sintetizirani med fazo kompetence delujejo na ssDNA konjugativnega elementa. Dokazano je bilo, da sta konjugacija in kompetenca nekompatibilna procesa in obstajata vsaj 2 mehanizma, ki z recipročno inhibicijo skrbita, da se poti konjugacije in kompetence ne aktivirata sočasno.
	===Zaključek===		==Zaključek==
	V primerjavi z G- bakterijami sta konjugacija in regulacija konjugacijskih genov pri G+ bakterijah slabše poznana. Pri ''Bacillus subtilis'' je razen regulacije plazmida pLS20 znan tudi mehanizem ICEBs1 (integrativni konjugativni elementi), imenovan tudi konjugativni transpozoni. Nahajajo se na kromosomih in se lahko izrežejo ter zvijejo, nato pa prenesejo v druge celice. Gene ICEBs1 inhibira ImmR , ki je analog Rco<sub>pLS20</sub>, antirepresor pa je v tem primeru RRNPP protein RapI. Celoten mehanizem delovanja RapI znan, je pa za njegovo delovanje potrebna še proteaza, ki razgradi ImmR. Ker je ImmR razgrajen, je konjugacija ICEBs1 ireverzibilen proces, medtem ko pri pLS20 peptid Phr nudi fleksibilnost in reverzibilnost, saj se Rco<sub>pLS20</sub> po tem ko Phr*<sub>pLS20</sub> inaktivira Rap<sub>pLS20</sub> sprosti in spet opravlja vlogo represorja		V primerjavi z G- bakterijami sta konjugacija in regulacija konjugacijskih genov pri G+ bakterijah slabše poznana. Pri ''Bacillus subtilis'' je razen regulacije plazmida pLS20 znan tudi mehanizem ICEBs1 (integrativni konjugativni elementi), imenovan tudi konjugativni transpozoni. Nahajajo se na kromosomih in se lahko izrežejo ter zvijejo, nato pa prenesejo v druge celice. Gene ICEBs1 inhibira ImmR , ki je analog Rco<sub>pLS20</sub>, antirepresor pa je v tem primeru RRNPP protein RapI. Celoten mehanizem delovanja RapI znan, je pa za njegovo delovanje potrebna še proteaza, ki razgradi ImmR. Ker je ImmR razgrajen, je konjugacija ICEBs1 ireverzibilen proces, medtem ko pri pLS20 peptid Phr nudi fleksibilnost in reverzibilnost, saj se Rco<sub>pLS20</sub> po tem ko Phr*<sub>pLS20</sub> inaktivira Rap<sub>pLS20</sub> sprosti in spet opravlja vlogo represorja
	Proces konjugacije je energijsko zahteven proces in ima velik vpliv na celice, zato mora biti proces pod strogo kontrolo, ki dovoli aktivacijo le pri optimalnih pogojih. V praksi je konjugacija plazmida pLS20 iz ''Bacillus subtilis'' omejena na čas med zgodnjo in pozno eksponentno rastjo. Eksperimenti izvedeni v preglednem članku so bili izvedeni na tekočih kulturah, ki so bile stresane, kar zagotavlja homogenizacijo signalnih peptidov. Ti pogoji so drugačni od naravnih, kjer se v različnih delih kulture ustvarijo koncentracijski gradienti, zato so potrebne še nadaljnje študije mehanizmov konjugacije.		Proces konjugacije je energijsko zahteven proces in ima velik vpliv na celice, zato mora biti proces pod strogo kontrolo, ki dovoli aktivacijo le pri optimalnih pogojih. V praksi je konjugacija plazmida pLS20 iz ''Bacillus subtilis'' omejena na čas med zgodnjo in pozno eksponentno rastjo. Eksperimenti izvedeni v preglednem članku so bili izvedeni na tekočih kulturah, ki so bile stresane, kar zagotavlja homogenizacijo signalnih peptidov. Ti pogoji so drugačni od naravnih, kjer se v različnih delih kulture ustvarijo koncentracijski gradienti, zato so potrebne še nadaljnje študije mehanizmov konjugacije.

	==Viri==		==Viri==

Simon Kristl at 18:18, 4 May 2024

2024-05-04T18:18:06Z

← Older revision		Revision as of 18:18, 4 May 2024
Line 16:		Line 16:
	===Prekinitev represije povzroči Rap<sub>pLS20</sub>===		===Prekinitev represije povzroči Rap<sub>pLS20</sub>===
	====Kaseta ''rap-phr''====		====Kaseta ''rap-phr''====
	Da konjugacija lahko poteče, mora priti do prekinitve represije, to pa se v tem primeru zgodi preko proteina Rap<sub>pLS20</sub>. Ta je del družine proteinov RRNPP, poimenovano po značilnih predstavnikih Rap, Rgg, NprR, PlcR in PrgX. Geni za proteine RRNPP, ''rap'', se običajno prepisujejo istočasno kot geni ''phr'', ki zapisujejo ustrezen signalen peptid Phr<sub>pLS20</sub>, o katerem bomo izvedeli več kasneje. Kromosom ''B. subtilis'' vsebuje več ''rap-phr'' kaset, ki služijo zaustavljanju določenih razvojnih procesov kot je sporulacija, kompetenca in proizvodnja razgradnih encimov. Umetno povečano izražanje teh kaset na plazmidu pLS20 v ''B. subtilis'' ni vplivalo na razvojne procese, je pa močno vplivalo na konjugacijski proces, povečala se je največja raven konjugacije, povečalo se je izražanje konjugacijskih genov in razširilo se je časovno obdobje, v katerem je lahko uspešno potekala konjugacija. Pri odsotnosti kaset ''rap-phr'' pa je raven konjugacij močno upadla. Ti rezultati nakazujejo, da so Rco<sub>pLS20</sub>, Rco<sub>pLS20</sub> in Phr<sub>pLS20</sub> edini proteini zapisani na plazmidu pLS20, ki so vpleteni v regulacijo konjugacijskih genov.		Da konjugacija lahko poteče, mora priti do prekinitve represije, to pa se v tem primeru zgodi preko proteina Rap<sub>pLS20</sub>. Ta je del družine proteinov RRNPP, poimenovano po značilnih predstavnikih Rap, Rgg, NprR, PlcR in PrgX. Geni za proteine RRNPP, ''rap'', se običajno prepisujejo istočasno kot geni ''phr'', ki zapisujejo ustrezen signalen peptid Phr<sub>pLS20</sub>, o katerem bomo izvedeli več kasneje, v obliki kasete ''rap-phr''. Kromosom ''B. subtilis'' (ali plazmid) lahko vsebuje več ''rap-phr'' kaset, ki služijo zaustavljanju določenih razvojnih procesov kot je sporulacija, kompetenca in proizvodnja razgradnih encimov. Umetno povečano izražanje teh kaset na plazmidu pLS20 v ''B. subtilis'' ni vplivalo na razvojne procese, je pa močno vplivalo na konjugacijski proces, povečala se je največja raven konjugacije, povečalo se je izražanje konjugacijskih genov in razširilo se je časovno obdobje, v katerem je lahko uspešno potekala konjugacija. Pri odsotnosti kaset ''rap-phr'' pa je raven konjugacij močno upadla. Ti rezultati nakazujejo, da so Rco<sub>pLS20</sub>, Rco<sub>pLS20</sub> in Phr<sub>pLS20</sub> edini proteini zapisani na plazmidu pLS20, ki so vpleteni v regulacijo konjugacijskih genov.

	====RRNPP proteini====		====RRNPP proteini====

Simon Kristl at 18:12, 4 May 2024

2024-05-04T18:12:54Z

← Older revision		Revision as of 18:12, 4 May 2024
Line 16:		Line 16:
	===Prekinitev represije povzroči Rap<sub>pLS20</sub>===		===Prekinitev represije povzroči Rap<sub>pLS20</sub>===
	====Kaseta ''rap-phr''====		====Kaseta ''rap-phr''====
	Da konjugacija lahko poteče, mora priti do prekinitve represije, to pa se v tem primeru zgodi preko proteina Rap<sub>pLS20</sub>. Ta je del družine proteinov RRNPP, poimenovano po značilnih predstavnikih Rap, Rgg, NprR, PlcR in PrgX. Geni za proteine RRNPP, ''rap'', se običajno prepisujejo istočasno kot geni ''phr'', ki zapisujejo ustrezen signalen peptid Phr<sub>pLS20</sub>, o katerem bomo izvedeli več kasneje. Kromosom ''B. subtilis'' vsebuje več ''rap-phr'' kaset, ki služijo zaustavljanju določenih razvojnih procesov kot je sporulacija, kompetenca in proizvodnja razgradnih encimov. Umetno povečano izražanje teh kaset na plazmidu pLS20 v ''B. subtilis'' ni vplivalo na razvojne procese, je pa močno vplivalo na konjugacijski proces, povečala se je največja raven konjugacije, povečalo se je izražanje ~~konjugaciskih~~ genov in razširilo se je časovno obdobje, v katerem je lahko uspešno potekala konjugacija. Pri odsotnosti kaset ''rap-phr'' pa je raven konjugacij močno upadla. Ti rezultati nakazujejo, da so Rco<sub>pLS20</sub>, Rco<sub>pLS20</sub> in Phr<sub>pLS20</sub> edini proteini zapisani ~~napLS20~~, ki so vpleteni v regulacijo konjugacijskih genov.		Da konjugacija lahko poteče, mora priti do prekinitve represije, to pa se v tem primeru zgodi preko proteina Rap<sub>pLS20</sub>. Ta je del družine proteinov RRNPP, poimenovano po značilnih predstavnikih Rap, Rgg, NprR, PlcR in PrgX. Geni za proteine RRNPP, ''rap'', se običajno prepisujejo istočasno kot geni ''phr'', ki zapisujejo ustrezen signalen peptid Phr<sub>pLS20</sub>, o katerem bomo izvedeli več kasneje. Kromosom ''B. subtilis'' vsebuje več ''rap-phr'' kaset, ki služijo zaustavljanju določenih razvojnih procesov kot je sporulacija, kompetenca in proizvodnja razgradnih encimov. Umetno povečano izražanje teh kaset na plazmidu pLS20 v ''B. subtilis'' ni vplivalo na razvojne procese, je pa močno vplivalo na konjugacijski proces, povečala se je največja raven konjugacije, povečalo se je izražanje konjugacijskih genov in razširilo se je časovno obdobje, v katerem je lahko uspešno potekala konjugacija. Pri odsotnosti kaset ''rap-phr'' pa je raven konjugacij močno upadla. Ti rezultati nakazujejo, da so Rco<sub>pLS20</sub>, Rco<sub>pLS20</sub> in Phr<sub>pLS20</sub> edini proteini zapisani na plazmidu pLS20, ki so vpleteni v regulacijo konjugacijskih genov.

	====RRNPP proteini====		====RRNPP proteini====
Line 22:		Line 22:

	====Delovanje Rap<sub>pLS20</sub>====		====Delovanje Rap<sub>pLS20</sub>====
	Efektorska domena Rap<sub>pLS20</sub> deluje na ~~tretji~~ način, veže se neposredno na tetramer Rco<sub>pLS20</sub>, kar povzroči, da se le ta odcepi od operatorjev. To je bilo ugotovljeno z analizo SAXS in velikostno izključitvene kromatografijo, poskusi sedimentacijske hitrosti pa so pokazali na tvorbo strukture, ki je ustrezala molekularni teži kompleksa Rap<sub>pLS20</sub> dimera in Rap<sub>pLS20</sub> tetramera. Z EMSA analizo je bilo ugotovljeno tudi, da se dimer Rap<sub>pLS20</sub> preferenčno veže na tetramere že vezane v DNA zanke. DNA-zanke se razdrejo in ~~se prekine represija~~.		Efektorska domena Rap<sub>pLS20</sub> deluje na tak način, da se veže neposredno na tetramer Rco<sub>pLS20</sub>, kar povzroči, da se le ta odcepi od operatorjev. To je bilo ugotovljeno z analizo SAXS in velikostno izključitvene kromatografijo, poskusi sedimentacijske hitrosti pa so pokazali na tvorbo strukture, ki je ustrezala molekularni teži kompleksa Rap<sub>pLS20</sub> dimera in Rap<sub>pLS20</sub> tetramera. Z EMSA analizo je bilo ugotovljeno tudi, da se dimer Rap<sub>pLS20</sub> preferenčno veže na tetramere že vezane v DNA zanke. DNA-zanke se tako razdrejo in prepis konjugacijskih genov je mogoč.

	===Vpliv peptida Phr*<sub>pLS20</sub>===		===Vpliv peptida Phr*<sub>pLS20</sub>===

Simon Kristl at 18:10, 4 May 2024

2024-05-04T18:10:51Z

← Older revision		Revision as of 18:10, 4 May 2024
Line 22:		Line 22:

	====Delovanje Rap<sub>pLS20</sub>====		====Delovanje Rap<sub>pLS20</sub>====
	Efektorska domena Rap<sub>pLS20</sub> deluje na tretji način, veže se neposredno na tetramer Rco<sub>pLS20</sub>, kar povzroči, da se le ta odcepi od operatorjev. To je bilo ugotovljeno z analizo SAXS in velikostno izključitvene ~~kromatografije~~, poskusi sedimentacijske hitrosti pa so ~~pokazalena~~ tvorbo strukture, ki je ustrezala molekularni teži kompleksa Rap<sub>pLS20</sub> dimera in Rap<sub>pLS20</sub> tetramera. Z EMSA analizo je bilo ugotovljeno tudi, da se dimer Rap<sub>pLS20</sub> preferenčno veže na tetramere že vezane v DNA zanke.		Efektorska domena Rap<sub>pLS20</sub> deluje na tretji način, veže se neposredno na tetramer Rco<sub>pLS20</sub>, kar povzroči, da se le ta odcepi od operatorjev. To je bilo ugotovljeno z analizo SAXS in velikostno izključitvene kromatografijo, poskusi sedimentacijske hitrosti pa so pokazali na tvorbo strukture, ki je ustrezala molekularni teži kompleksa Rap<sub>pLS20</sub> dimera in Rap<sub>pLS20</sub> tetramera. Z EMSA analizo je bilo ugotovljeno tudi, da se dimer Rap<sub>pLS20</sub> preferenčno veže na tetramere že vezane v DNA zanke. DNA-zanke se razdrejo in se prekine represija.

	===Vpliv peptida Phr*<sub>pLS20</sub>===		===Vpliv peptida Phr*<sub>pLS20</sub>===