MARS-magnetni sistem za recikliranje ATP - Revision history

Dm4018 at 15:21, 13 April 2021

2021-04-13T15:21:16Z

← Older revision		Revision as of 15:21, 13 April 2021
Line 64:		Line 64:

	MARS je edinstven projekt v smislu regeneracije ATP. Ta je potreben v raznih encimskih reakcijah v ekonomsko pomembnih področjih industrije, kot je farmacija z karboksilatnimi reduktazami za proizvodnjo zdravil in prehrambena industrija za proizvodnjo aromatičnih aldehidov kot je vanilin [10]. Potrebujemo ga tudi pri raziskovanju njegove vloge na razne receptorje kot je rP2X2 [11]. Reaktor je dobra alternativa dragemu dodajanju kemijskega ATP, katerega cene se za nekaj gramov gibljejo v stotinah evrov [9].		MARS je edinstven projekt v smislu regeneracije ATP. Ta je potreben v raznih encimskih reakcijah v ekonomsko pomembnih področjih industrije, kot je farmacija z karboksilatnimi reduktazami za proizvodnjo zdravil in prehrambena industrija za proizvodnjo aromatičnih aldehidov kot je vanilin [10]. Potrebujemo ga tudi pri raziskovanju njegove vloge na razne receptorje kot je rP2X2 [11]. Reaktor je dobra alternativa dragemu dodajanju kemijskega ATP, katerega cene se za nekaj gramov gibljejo v stotinah evrov [9].
	Zaradi vseh težav z razvojem in dostopom do ustrezne opreme se je po projektu ekipa odločila vzpostaviti tudi BioAccelerator v domači univerzi v ~~Aachenu~~. To je prostor z laboratoriji, ki je na voljo študentom, ki želijo izvesti svoje raziskave brez omejujočih rokov tekmovanj kot je iGEM. Uspešno so organizirali svoj prvi hackaton z iGEM ekipo iz Maastrichta s področja hitrih testov za COVID19.		Zaradi vseh težav z razvojem in dostopom do ustrezne opreme se je po projektu ekipa odločila vzpostaviti tudi BioAccelerator v domači univerzi v Aachnu. To je prostor z laboratoriji, ki je na voljo študentom, ki želijo izvesti svoje raziskave brez omejujočih rokov tekmovanj kot je iGEM. Uspešno so organizirali svoj prvi hackaton z iGEM ekipo iz Maastrichta s področja hitrih testov za COVID19.

Dm4018 at 12:56, 13 April 2021

2021-04-13T12:56:00Z

Dm4018 at 11:49, 13 April 2021

2021-04-13T11:49:36Z

← Older revision		Revision as of 11:49, 13 April 2021
Line 20:		Line 20:

	Bakteriorodopsin izvira iz Halobacterium salinarum, ATP sintaza pa iz Saccharomyces cerevisiae. Bakteriorodopsin je membranski protein arhej, ki vsebuje eno molekulo retinala, bližnja asparaginska kislina pa je vir protonov za njegovo protonacijo. V prisotnosti svetlobe retinal spremeni konformacijo in proton odda v zunajcelični prostor. Najbolj učinkovito se absorbira zelena svetloba v rangu 500-650 nm z maksimumom pri 568 nm [4].		Bakteriorodopsin izvira iz Halobacterium salinarum, ATP sintaza pa iz Saccharomyces cerevisiae. Bakteriorodopsin je membranski protein arhej, ki vsebuje eno molekulo retinala, bližnja asparaginska kislina pa je vir protonov za njegovo protonacijo. V prisotnosti svetlobe retinal spremeni konformacijo in proton odda v zunajcelični prostor. Najbolj učinkovito se absorbira zelena svetloba v rangu 500-650 nm z maksimumom pri 568 nm [4].
	ATP sintaza uporabi protonski gradient kot vir energije za pretvorbo ADP v ATP. Prav tako je membranski protein, ki uporabi energijo dveh protonov za formacijo ene fosfodiesterske vezi [6].		ATP sintaza uporabi protonski gradient kot vir energije za pretvorbo ADP v ATP. Prav tako je membranski protein, ki uporabi energijo dveh protonov za formacijo ene fosfodiesterske vezi [6]. <br/>
	Polimersom je izgrajen iz mešanice PETOz (poli(2-etil-2-oksazolin)) in PDMS (polidimetilsiloksan) polimerov, okoli 100-500 nm v premeru. So bolj stabilni od liposomov [7]. Magnetne kroglice iz polistirena so vezane na več polimersomov, velike so okoli 3,7 um.		Polimersom je izgrajen iz mešanice PETOz (poli(2-etil-2-oksazolin)) in PDMS (polidimetilsiloksan) polimerov, okoli 100-500 nm v premeru. So bolj stabilni od liposomov [7]. Magnetne kroglice iz polistirena so vezane na več polimersomov, velike so okoli 3,7 um.<br/>
	Za vezavo poskrbi proteinski kompleks iz sidrnega proteina za liposome in polistirenskega vezavnega proteina. Posebnost pristopa je tudi, da so encimi v primerjavi z biološkimi obrnjeni, saj se protoni črpajo v notranjost polimersomov, ATP pa je tako generiran v okolju.		Za vezavo poskrbi proteinski kompleks iz sidrnega proteina za liposome in polistirenskega vezavnega proteina. Posebnost pristopa je tudi, da so encimi v primerjavi z biološkimi obrnjeni, saj se protoni črpajo v notranjost polimersomov, ATP pa je tako generiran v okolju.<br/>
	Ob tem si je ekipa zadala narediti še 2 dodatne strojne komponente, ki bi proces naredile bolj avtomatiziran, prav tako pa te komponente pomagajo pri celostni izvedbi procesa. Zasnovali so stresalnik iz poceni splošno dostopnih komponent kot je 12V motor in pogonski pas iz 3D tiskalnika, ki se prilega Erlenmajericam ter mehansko roko za pomikanje cevk iz flašk med izvedbo reakcije, saj sicer povzročijo prevelike strižne sile. Za roko so nadgradili obstoječi pristop iz 2017. Dodatno so izdelali IOT platformo za skupno kontrolo vse opreme, vendar pa niso uspeli realizirati vsega v danem času, predvsem zaradi okrnjenega dostopa do ustrezne opreme zaradi pandemije.		Ob tem si je ekipa zadala narediti še 2 dodatne strojne komponente, ki bi proces naredile bolj avtomatiziran, prav tako pa te komponente pomagajo pri celostni izvedbi procesa. Zasnovali so stresalnik iz poceni splošno dostopnih komponent kot je 12V motor in pogonski pas iz 3D tiskalnika, ki se prilega Erlenmajericam ter mehansko roko za pomikanje cevk iz flašk med izvedbo reakcije, saj sicer povzročijo prevelike strižne sile. Za roko so nadgradili obstoječi pristop iz 2017. Dodatno so izdelali IOT platformo za skupno kontrolo vse opreme, vendar pa niso uspeli realizirati vsega v danem času, predvsem zaradi okrnjenega dostopa do ustrezne opreme zaradi pandemije.

Dm4018 at 11:48, 13 April 2021

2021-04-13T11:48:40Z

← Older revision		Revision as of 11:48, 13 April 2021
Line 1:		Line 1:
	Projekt MARS je bil delo nemške ekipe iz ~~Aachena~~ pod vodstvom Julie Gehrmann, študentke računalništva in Marcela Wittmunda, študenta biotehnologije. Cilj je bil razvoj bioreaktorja, ki je sposoben reciklirati ATP. Nagrajeni so bili z zlato medaljo, med vsemi podiplomskimi programi pa so zasedli drugo najboljše mesto. <br/>		Projekt MARS je bil delo nemške ekipe iz Aachna pod vodstvom Julie Gehrmann, študentke računalništva in Marcela Wittmunda, študenta biotehnologije. Cilj je bil razvoj bioreaktorja, ki je sposoben reciklirati ATP. Nagrajeni so bili z zlato medaljo, med vsemi podiplomskimi programi pa so zasedli drugo najboljše mesto. <br/>

	Spletna stran: https://2020.igem.org/Team:Aachen <br/>		Spletna stran: https://2020.igem.org/Team:Aachen <br/>

Dm4018 at 11:45, 13 April 2021

2021-04-13T11:45:46Z

← Older revision		Revision as of 11:45, 13 April 2021
Line 1:		Line 1:
	Projekt MARS je bil delo nemške ekipe iz Aachena pod vodstvom Julie Gehrmann, študentke računalništva in Marcela Wittmunda, študenta biotehnologije. Nagrajeni so bili z zlato medaljo, med vsemi podiplomskimi programi pa so zasedli drugo najboljše mesto. <br/>		Projekt MARS je bil delo nemške ekipe iz Aachena pod vodstvom Julie Gehrmann, študentke računalništva in Marcela Wittmunda, študenta biotehnologije. Cilj je bil razvoj bioreaktorja, ki je sposoben reciklirati ATP. Nagrajeni so bili z zlato medaljo, med vsemi podiplomskimi programi pa so zasedli drugo najboljše mesto. <br/>

			Spletna stran: https://2020.igem.org/Team:Aachen <br/>

	~~Spletna stran: https://2020.igem.org/Team:Aachen [https://2020.igem.org/Team:Aachen]~~
	Avtor povzetka: David Miškić		Avtor povzetka: David Miškić

Dm4018 at 11:44, 13 April 2021

2021-04-13T11:44:52Z

Dm4018 at 11:43, 13 April 2021

2021-04-13T11:43:56Z

@@ Line 3: / Line 3: @@
 Spletna stran: [https://2020.igem.org/Team:Aachen]
 Avtor povzetka: David Miškić
@@ Line 22: / Line 23: @@
 Za vezavo poskrbi proteinski kompleks iz sidrnega proteina za liposome in polistirenskega vezavnega proteina. Posebnost pristopa je tudi, da so encimi v primerjavi z biološkimi obrnjeni, saj se protoni črpajo v notranjost polimersomov, ATP pa je tako generiran v okolju.
 Ob tem si je ekipa zadala narediti še 2 dodatne strojne komponente, ki bi proces naredile bolj avtomatiziran, prav tako pa te komponente pomagajo pri celostni izvedbi procesa. Zasnovali so stresalnik iz poceni splošno dostopnih komponent kot je 12V motor in pogonski pas iz 3D tiskalnika, ki se prilega Erlenmajericam ter mehansko roko za pomikanje cevk iz flašk med izvedbo reakcije, saj sicer povzročijo prevelike strižne sile. Za roko so nadgradili obstoječi pristop iz 2017. Dodatno so izdelali IOT platformo za skupno kontrolo vse opreme, vendar pa niso uspeli realizirati vsega v danem času, predvsem zaradi okrnjenega dostopa do ustrezne opreme zaradi pandemije.

Dm4018: New page: Projekt MARS je bil delo nemške ekipe iz Aachena pod vodstvom Julie Gehrmann, študentke računalništva in Marcela Wittmunda, študenta biotehnologije. Nagrajeni so bili z zlato medaljo,...

2021-04-13T11:40:44Z

New page: Projekt MARS je bil delo nemške ekipe iz Aachena pod vodstvom Julie Gehrmann, študentke računalništva in Marcela Wittmunda, študenta biotehnologije. Nagrajeni so bili z zlato medaljo,...

New page

Projekt MARS je bil delo nemške ekipe iz Aachena pod vodstvom Julie Gehrmann, študentke računalništva in Marcela Wittmunda, študenta biotehnologije. Nagrajeni so bili z zlato medaljo, med vsemi podiplomskimi programi pa so zasedli drugo najboljše mesto. <br/>

Spletna stran: [https://2020.igem.org/Team:Aachen]
Avtor povzetka: David Miškić

== Bioreaktor ==
Bioreaktorji so naprave, v katerih se vzpostavi in kontrolira okolje za potek kemijskega procesa, ki ga izvajajo živi organizmi. Reakcijska mešanica je konstantno mešana, po potrebi pa lahko dovajamo zrak, hranila in reagente ter odvajamo odvečno kulturo ali produkte. V bioreaktorju so organizmi lahko prosto plavajoči ali imobilizirani na podlagi, reakcija pa šaržna, kjer po poteku vsakič znova sestavimo mešanico ali kontinuirana, kjer konstantno odvajamo izrabljeno mešanico. Proces ni omejen le na uporabo celotnih mikroorganizmov, možno je tudi izvajanje le z encimi in ostalimi produkti [1].

== Problem ATP in ideja ==

Adenozin trifosfat (ATP) je nukleotid, sestavljen iz adenina, riboze in treh fosfatov. Je pomemben kofaktor pri encimskih reakcijah, saj je kot najbolj pogost energent vpleten pri večini metabolnih poti, prav tako pa ima lahko stranske vloge pri regulaciji in post translacijskih modifikacijah [2]. Pri industrijskih postopkih se ne regenerira, ker je celična respiracija preveč kompleksen proces, da bi ga lahko posnemali izven organizmov, zato se mora dodajati in proizvajati s pomočjo kemijske sinteze prek polifosfatov ali pa z genetsko modificiranimi organizmi, za katere je potrebno imeti ločeno opremo in velika mera prečiščevanja [3].
Ekipa si je za cilj zadala razvoj bioreaktorja, ki je sposoben ciklične produkcije ATP s pomočjo sončne svetlobe. Tako ni potrebno naknadno dodajati ATP, ta pa se tudi dokončno ne porablja. Niso izbrali dela na celotnih živih celicah, ampak na kemijski šasiji. Tako so se izognili možnosti stranskih reakcij. Začeli so z obstoječim postopkom regeneracije, ki temelji na liposomih z bakteriorodopsinom in ATP sintazo, dodali pa so magnetno imobilizacijo delcev in namesto liposomov uporabili polimersome. Magnetna imobilizacija omogoča ponovno uporabo ter tako dodatno prispeva k nižanju cene postopka.

== Komponente ==

Bakteriorodopsin izvira iz Halobacterium salinarum, ATP sintaza pa iz Saccharomyces cerevisiae. Bakteriorodopsin je membranski protein arhej, ki vsebuje eno molekulo retinala, bližnja asparaginska kislina pa je vir protonov za njegovo protonacijo. V prisotnosti svetlobe retinal spremeni konformacijo in proton odda v zunajcelični prostor. Najbolj učinkovito se absorbira zelena svetloba v rangu 500-650 nm z maksimumom pri 568 nm [4].
ATP sintaza uporabi protonski gradient kot vir energije za pretvorbo ADP v ATP. Prav tako je membranski protein, ki uporabi energijo dveh protonov za formacijo ene fosfodiesterske vezi [6].
Polimersom je izgrajen iz mešanice PETOz (poli(2-etil-2-oksazolin)) in PDMS (polidimetilsiloksan) polimerov, okoli 100-500 nm v premeru. So bolj stabilni od liposomov [7]. Magnetne kroglice iz polistirena so vezane na več polimersomov, velike so okoli 3,7 um.
Za vezavo poskrbi proteinski kompleks iz sidrnega proteina za liposome in polistirenskega vezavnega proteina. Posebnost pristopa je tudi, da so encimi v primerjavi z biološkimi obrnjeni, saj se protoni črpajo v notranjost polimersomov, ATP pa je tako generiran v okolju.
Ob tem si je ekipa zadala narediti še 2 dodatne strojne komponente, ki bi proces naredile bolj avtomatiziran, prav tako pa te komponente pomagajo pri celostni izvedbi procesa. Zasnovali so stresalnik iz poceni splošno dostopnih komponent kot je 12V motor in pogonski pas iz 3D tiskalnika, ki se prilega Erlenmajericam ter mehansko roko za pomikanje cevk iz flašk med izvedbo reakcije, saj sicer povzročijo prevelike strižne sile. Za roko so nadgradili obstoječi pristop iz 2017. Dodatno so izdelali IOT platformo za skupno kontrolo vse opreme, vendar pa niso uspeli realizirati vsega v danem času, predvsem zaradi okrnjenega dostopa do ustrezne opreme zaradi pandemije.

← Older revision		Revision as of 12:56, 13 April 2021
Line 19:		Line 19:
	== Komponente ==		== Komponente ==

	Bakteriorodopsin izvira iz Halobacterium salinarum, ATP sintaza pa iz Saccharomyces cerevisiae. Bakteriorodopsin je membranski protein arhej, ki vsebuje eno molekulo retinala, bližnja asparaginska kislina pa je vir protonov za njegovo protonacijo. V prisotnosti svetlobe retinal spremeni konformacijo in proton odda v zunajcelični prostor. Najbolj učinkovito se absorbira zelena svetloba v rangu 500-650 nm z maksimumom pri 568 nm [4].		Bakteriorodopsin izvira iz ''Halobacterium salinarum'', ATP sintaza pa iz ''Saccharomyces cerevisiae''. Bakteriorodopsin je membranski protein arhej, ki vsebuje eno molekulo retinala, bližnja asparaginska kislina pa je vir protonov za njegovo protonacijo. V prisotnosti svetlobe retinal spremeni konformacijo in proton odda v zunajcelični prostor. Najbolj učinkovito se absorbira zelena svetloba v rangu 500-650 nm z maksimumom pri 568 nm [4].
	ATP sintaza uporabi protonski gradient kot vir energije za pretvorbo ADP v ATP. Prav tako je membranski protein, ki uporabi energijo dveh protonov za formacijo ene fosfodiesterske vezi [6]. <br/>		ATP sintaza uporabi protonski gradient kot vir energije za pretvorbo ADP v ATP. Prav tako je membranski protein, ki uporabi energijo dveh protonov za formacijo ene fosfodiesterske vezi [6]. <br/>
	Polimersom je izgrajen iz mešanice PETOz (poli(2-etil-2-oksazolin)) in PDMS (polidimetilsiloksan) polimerov, okoli 100-500 nm v premeru. So bolj stabilni od liposomov [7]. Magnetne kroglice iz polistirena so vezane na več polimersomov, velike so okoli 3,7 um.<br/>		Polimersom je izgrajen iz mešanice PETOz (poli(2-etil-2-oksazolin)) in PDMS (polidimetilsiloksan) polimerov, okoli 100-500 nm v premeru. So bolj stabilni od liposomov [7]. Magnetne kroglice iz polistirena so vezane na več polimersomov, velike so okoli 3,7 um.<br/>
Line 37:		Line 37:
	Za izbiro pravih vezavnih peptidov je ekipa uporabila GFP, ki je služil kot oznaka za peptide, pri čemer so bili pozorni na fluorescenco, ki je ostala po več korakih izpiranja. Ta postopek je bil uporabljen za testiranje vezave na polistirenske kroglice in liposomske domene. Pri testih na liposomih je bilo potrebno izbrati zelo nežno tehniko ločevanja, da se ne porušijo, ekipa se je odločila za dializo. Prav tako je bila specifičnost kritična, saj vezavni peptid ni smel vezati dveh istovrstnih komponent, ampak le liposom na magnetni delec. Peptid MBP-1 je bil izbran za vezavo na polistirenske magnetne delce, LCI pa za vezavo na liposome [5].		Za izbiro pravih vezavnih peptidov je ekipa uporabila GFP, ki je služil kot oznaka za peptide, pri čemer so bili pozorni na fluorescenco, ki je ostala po več korakih izpiranja. Ta postopek je bil uporabljen za testiranje vezave na polistirenske kroglice in liposomske domene. Pri testih na liposomih je bilo potrebno izbrati zelo nežno tehniko ločevanja, da se ne porušijo, ekipa se je odločila za dializo. Prav tako je bila specifičnost kritična, saj vezavni peptid ni smel vezati dveh istovrstnih komponent, ampak le liposom na magnetni delec. Peptid MBP-1 je bil izbran za vezavo na polistirenske magnetne delce, LCI pa za vezavo na liposome [5].
	Za pripravo liposomov so uporabili rehidracijo posušenega lipidnega filma, kar je ustvarilo unilamelarne vezikle. Odločili so se za pozitivno nabite liposome, da bi se lahko bakteriorodopsin bolje integriral. Končna sestava je bila 80% POPC (fosfatidilholin) in 20% DOTAP (dioleoil-3-metilamonij propan). Za pridobitev večjih, ki bi bili bolj vidni pod mikroskopom, so dodali mešanico olja in surfaktanta v vodni raztopini. Z mešanjem in tresenjem se oblikujejo veliki vezikli, dodatek fluorescentno označenih lipidnih molekul pa dodatno služi za potrditev oblike.		Za pripravo liposomov so uporabili rehidracijo posušenega lipidnega filma, kar je ustvarilo unilamelarne vezikle. Odločili so se za pozitivno nabite liposome, da bi se lahko bakteriorodopsin bolje integriral. Končna sestava je bila 80% POPC (fosfatidilholin) in 20% DOTAP (dioleoil-3-metilamonij propan). Za pridobitev večjih, ki bi bili bolj vidni pod mikroskopom, so dodali mešanico olja in surfaktanta v vodni raztopini. Z mešanjem in tresenjem se oblikujejo veliki vezikli, dodatek fluorescentno označenih lipidnih molekul pa dodatno služi za potrditev oblike.
	Bakteriorodopsin so pridobili iz kulture Halobacterium salinarium, ki je za čim višjo sintezo bila gojena z manj kisika. Za ATP sintazo je bila izbrana Saccharomyces cerevisiae zaradi lažje izolacije mitohondrijev [8]. Za končno izolacijo so uporabili inhibitor IF1 z dodanih His-Tag, ki se veže na ATP sintazo, ki jo tako lahko ločimo z afinitetno kromatografijo.		Bakteriorodopsin so pridobili iz kulture ''Halobacterium salinarium'', ki je za čim višjo sintezo bila gojena z manj kisika. Za ATP sintazo je bila izbrana ''Saccharomyces cerevisiae'' zaradi lažje izolacije mitohondrijev [8]. Za končno izolacijo so uporabili inhibitor IF1 z dodanih His-Tag, ki se veže na ATP sintazo, ki jo tako lahko ločimo z afinitetno kromatografijo.
	Pridobljene proteine so vstavili v membrano veziklov prek destabilizacije s pomočjo detergenta Triton-X 100 in mešanice bakteriorodopsina in ATP sintaze. Po inkubaciji se detergent odstrani. Za testiranje pravilnega delovanja bakteriorodopsina so uporabili pH indikator piranin, ki je potrdil če se notranjost vezikla res zakisa.		Pridobljene proteine so vstavili v membrano veziklov prek destabilizacije s pomočjo detergenta Triton-X 100 in mešanice bakteriorodopsina in ATP sintaze. Po inkubaciji se detergent odstrani. Za testiranje pravilnega delovanja bakteriorodopsina so uporabili pH indikator piranin, ki je potrdil če se notranjost vezikla res zakisa.
	Za karakterizacijo aktivnosti regeneracije ATP je bila izbrana karboksilatna reduktaza iz bakterije Nocardia otitidiscaviarum, ki pretvori 3-hidroksibenzojsko kislino v 3-hidroksibenzaldehid, potrebuje pa ATP in NADPH kot kofaktorje. Pripravljene vezikle ekipa primerja z negativno kontrolo, prav tako pa s regeneracijo prek celičnega pristopa z bakterijo Escherichia coli in regeneracijo prek polifosfatov, za ugotovitev učinkovitosti novega pristopa. Izkazalo se je da pristop s celicami proizvede manj končnega produkta kot pristop s polifosfati, saj se produkt preveč reducira in dobimo alkohol, ob tem pa kofaktorje porabi za svoj metabolizem, tako pa niso v celoti na voljo za reakcijo. MARS je ob tem imel dodatno prednost da ni bil občutljiv na citotoksične koncentracije reagentov.		Za karakterizacijo aktivnosti regeneracije ATP je bila izbrana karboksilatna reduktaza iz bakterije ''Nocardia otitidiscaviarum'', ki pretvori 3-hidroksibenzojsko kislino v 3-hidroksibenzaldehid, potrebuje pa ATP in NADPH kot kofaktorje. Pripravljene vezikle ekipa primerja z negativno kontrolo, prav tako pa s regeneracijo prek celičnega pristopa z bakterijo Escherichia coli in regeneracijo prek polifosfatov, za ugotovitev učinkovitosti novega pristopa. Izkazalo se je da pristop s celicami proizvede manj končnega produkta kot pristop s polifosfati, saj se produkt preveč reducira in dobimo alkohol, ob tem pa kofaktorje porabi za svoj metabolizem, tako pa niso v celoti na voljo za reakcijo. MARS je ob tem imel dodatno prednost da ni bil občutljiv na citotoksične koncentracije reagentov.


Line 52:		Line 52:
	183 baznih parov, ki sestavlja prvih 60 aminokislin govejega proteina IF1, služi kot eden od gradnikov inhibitorja ATPaze.		183 baznih parov, ki sestavlja prvih 60 aminokislin govejega proteina IF1, služi kot eden od gradnikov inhibitorja ATPaze.
	*BBa_K3456002 MBP-1		*BBa_K3456002 MBP-1
	105 baznih parov dolg antimikrobni peptid ki izvira iz koruze (Zea Mays). Sposoben je vezave na polistirenske površine.		105 baznih parov dolg antimikrobni peptid ki izvira iz koruze (''Zea Mays''). Sposoben je vezave na polistirenske površine.
	*BBa_K3456003 Domain Z		*BBa_K3456003 Domain Z
	174 baznih parov dolg rigidni ločevalni polipetid, s katerim povežemo protein za vezavo na liposome in protein za vezavo na polistirenske kroglice.		174 baznih parov dolg rigidni ločevalni polipetid, s katerim povežemo protein za vezavo na liposome in protein za vezavo na polistirenske kroglice.

← Older revision		Revision as of 11:44, 13 April 2021
Line 1:		Line 1:
	Projekt MARS je bil delo nemške ekipe iz Aachena pod vodstvom Julie Gehrmann, študentke računalništva in Marcela Wittmunda, študenta biotehnologije. Nagrajeni so bili z zlato medaljo, med vsemi podiplomskimi programi pa so zasedli drugo najboljše mesto. <br/>		Projekt MARS je bil delo nemške ekipe iz Aachena pod vodstvom Julie Gehrmann, študentke računalništva in Marcela Wittmunda, študenta biotehnologije. Nagrajeni so bili z zlato medaljo, med vsemi podiplomskimi programi pa so zasedli drugo najboljše mesto. <br/>

	Spletna stran: [https://2020.igem.org/Team:Aachen]		Spletna stran: https://2020.igem.org/Team:Aachen [https://2020.igem.org/Team:Aachen]
	Avtor povzetka: David Miškić		Avtor povzetka: David Miškić

Line 67:		Line 67:

	== Viri ==		== Viri ==
	[1] IUPAC, Compendium of Chemical Terminology, 2nd ed. (the "Gold Book") (1997). Online corrected version: (2006–) "bioreactor". doi:10.1351/goldbook.B00662		*[1] IUPAC, Compendium of Chemical Terminology, 2nd ed. (the "Gold Book") (1997). Online corrected version: (2006–) "bioreactor". doi:10.1351/goldbook.B00662
	[2] Berg, J. M., Tymoczko, J. L., Stryer, L. (2014). Biochemie, Kapitel 15 – Der Stoffwechsel: Konzepte und Grundmuster.		*[2] Berg, J. M., Tymoczko, J. L., Stryer, L. (2014). Biochemie, Kapitel 15 – Der Stoffwechsel: Konzepte und Grundmuster.
	[3] Sakai, Y., Rogi, T., Yonehara, T. et al. High–Level ATP Production by a Genetically–Engineered Candida Yeast. Nat Biotechnol 12, 291–293 (1994). https://doi.org/10.1038/nbt0394-291		*[3] Sakai, Y., Rogi, T., Yonehara, T. et al. High–Level ATP Production by a Genetically–Engineered Candida Yeast. Nat Biotechnol 12, 291–293 (1994). https://doi.org/10.1038/nbt0394-291
	[4] Becher, B. M. & Cassim, S. Y. (1975). Improved Isolation Procedures for the Purple Membrane of Halobacterium Halobium. Preparative Biochemistry, 5:2, 161-178, DOI: 10.1080/00327487508061568		*[4] Becher, B. M. & Cassim, S. Y. (1975). Improved Isolation Procedures for the Purple Membrane of Halobacterium Halobium. Preparative Biochemistry, 5:2, 161-178, DOI: 10.1080/00327487508061568
	[5] One-Pot Assembly of Complex Giant Unilamellar Vesicle-Based Synthetic Cell, Kerstin Göpfrich, Barbara Haller, Oskar Staufer, Yannik Dreher, Ulrike Mersdorf, Ilia Platzman, and Joachim P. Spatz, ACS Synthetic Biology 2019 8 (5), 937-947 DOI: 10.1021/acssynbio.9b00034		*[5] One-Pot Assembly of Complex Giant Unilamellar Vesicle-Based Synthetic Cell, Kerstin Göpfrich, Barbara Haller, Oskar Staufer, Yannik Dreher, Ulrike Mersdorf, Ilia Platzman, and Joachim P. Spatz, ACS Synthetic Biology 2019 8 (5), 937-947 DOI: 10.1021/acssynbio.9b00034
	[6] Junge W, Nelson N (June 2015). "ATP synthase". Annual Review of Biochemistry. 84: 631–57. doi:10.1146/annurev-biochem-060614-034124. PMID 25839341.		*[6] Junge W, Nelson N (June 2015). "ATP synthase". Annual Review of Biochemistry. 84: 631–57. doi:10.1146/annurev-biochem-060614-034124. PMID 25839341.
	[7] Xu K, Liu X, Bu L, Zhang H, Zhu C, Li Y. Stimuli-Responsive Micelles with Detachable Poly(2-ethyl-2-oxazoline) Shell Based on Amphiphilic Polyurethane for Improved Intracellular Delivery of Doxorubicin. Polymers. 2020; 12(11):2642. https://doi.org/10.3390/polym12112642		*[7] Xu K, Liu X, Bu L, Zhang H, Zhu C, Li Y. Stimuli-Responsive Micelles with Detachable Poly(2-ethyl-2-oxazoline) Shell Based on Amphiphilic Polyurethane for Improved Intracellular Delivery of Doxorubicin. Polymers. 2020; 12(11):2642. https://doi.org/10.3390/polym12112642
	[8] Choi, C. S. (2019). Die mitochondriale Unfolded Protein Response in Saccharomyces cerevisiae.		*[8] Choi, C. S. (2019). Die mitochondriale Unfolded Protein Response in Saccharomyces cerevisiae.
	[9] ATP \| SigmaAldrich. https://www.sigmaaldrich.com/catalog/search?term=ATP&interface=All&N=0&mode=match%20partialmax&lang=en&region=SI&focus=product (accessed 13.4.2021).		*[9] ATP \| SigmaAldrich. https://www.sigmaaldrich.com/catalog/search?term=ATP&interface=All&N=0&mode=match%20partialmax&lang=en&region=SI&focus=product (accessed 13.4.2021).
	[10] France, S.P., Hepworth, L.J., Turner, N.J., Flitsch, S.L., 2017. Constructing biocatalyticcascades: in vitro and in vivo approaches to de novo multi-enzyme pathways. ACSCatal. 7, 710–724.https://doi.org/10.1021/acscatal.6b02979.		*[10] France, S.P., Hepworth, L.J., Turner, N.J., Flitsch, S.L., 2017. Constructing biocatalyticcascades: in vitro and in vivo approaches to de novo multi-enzyme pathways. ACSCatal. 7, 710–724.https://doi.org/10.1021/acscatal.6b02979.
	[11] Eva-Verena Bongartz, Jürgen Rettinger & Ralf Hausmann: Aminoglycoside block of P2X2 receptors heterologously expressed in Xenopus laevis oocytes; Purinergic Signalling (2010) 6:393–403 DOI 10.1007/s11302-010-9204-9		*[11] Eva-Verena Bongartz, Jürgen Rettinger & Ralf Hausmann: Aminoglycoside block of P2X2 receptors heterologously expressed in Xenopus laevis oocytes; Purinergic Signalling (2010) 6:393–403 DOI 10.1007/s11302-010-9204-9