Molekularni vidiki koronavirusov - Revision history

Nezaleskovar: /* Nasprotovanje imunskemu sistemu */

2021-05-03T13:00:25Z

Nasprotovanje imunskemu sistemu

← Older revision		Revision as of 13:00, 3 May 2021
Line 71:		Line 71:
	==Nasprotovanje imunskemu sistemu==		==Nasprotovanje imunskemu sistemu==

	Virus se mora tudi zaščititi pred napadi gostitelja, saj s prisotnostjo sproži različne odzive imunskega sistema. Pokazalo se je, da pri okužbi s SARS-CoV-2 ne pride do ojačitve protivirusne interferonske poti, kot bi pričakovali, saj interferoni sodelujejo v protivirusni obrambi in sprožitvi imunskega odziva. Do tega ne pride, ker ima virus več različnih antagonistov specifično za to pot, kot so PLpro, nsp1, ORF3b, N, M, ORF6. Prav tako virus antagonistično zavre vzorčno prepoznavne receptorje in njihove signalne poti, ki v normalnem stanju prepoznajo določene strukture značilne za mikroorganizme in sprožijo prvi napad imunskega sistema z aktivacijo fagocitnih celic. Koronavirusi znižajo sposobnost sprožitve imunskega sistema ob prisotnosti virusne dvoverižne RNA, tako da jo zapakirajo v dvojnomembranske vezikle, kjer je prisoten tudi replikacijsko-transkripcijski kompleks. Nasprotno pa virus omogoči, da je ob okužbi prisotno veliko protivnetnih citokinov in kemokinov, kar privede do kopičenja vnetnih monocitov, makrofagov in nevtrofilcev v pljučih, kot obrambni odziv telesa, kar pa lahko povzroči poškodbe pljučnega tkiva, puščanje žil in brazgotinjenje pljuč. Koronavirusi vplivajo na MAPK signalno pot, kar lahko dodatno povzroča poškodbe pljuč in smrt. Gostitelj se pred patogenom ščiti s sprožitvijo programirane celične smrti, nekroptozo ali piroptozo, ki pa lahko dodatno povzročata težave z dihanjem. Koronavirusi lahko sprožijo tudi apoptozo, a se ne ve ali je to taktika izogiba imunskega odziva, način povečanja ~~okuženost~~ ali posredna posledica replikacije. Gostitelj tvori nevtralizacijska protitelesa in spominske celice, kot dolgoročno obrambo, a ta po nekaj letih ni več signifikantna.		Virus se mora tudi zaščititi pred napadi gostitelja, saj s prisotnostjo sproži različne odzive imunskega sistema. Pokazalo se je, da pri okužbi s SARS-CoV-2 ne pride do ojačitve protivirusne interferonske poti, kot bi pričakovali, saj interferoni sodelujejo v protivirusni obrambi in sprožitvi imunskega odziva. Do tega ne pride, ker ima virus več različnih antagonistov specifično za to pot, kot so PLpro, nsp1, ORF3b, N, M, ORF6. Prav tako virus antagonistično zavre vzorčno prepoznavne receptorje in njihove signalne poti, ki v normalnem stanju prepoznajo določene strukture značilne za mikroorganizme in sprožijo prvi napad imunskega sistema z aktivacijo fagocitnih celic. Koronavirusi znižajo sposobnost sprožitve imunskega sistema ob prisotnosti virusne dvoverižne RNA, tako da jo zapakirajo v dvojnomembranske vezikle, kjer je prisoten tudi replikacijsko-transkripcijski kompleks. Nasprotno pa virus omogoči, da je ob okužbi prisotno veliko protivnetnih citokinov in kemokinov, kar privede do kopičenja vnetnih monocitov, makrofagov in nevtrofilcev v pljučih, kot obrambni odziv telesa, kar pa lahko povzroči poškodbe pljučnega tkiva, puščanje žil in brazgotinjenje pljuč. Koronavirusi vplivajo na MAPK signalno pot, kar lahko dodatno povzroča poškodbe pljuč in smrt. Gostitelj se pred patogenom ščiti s sprožitvijo programirane celične smrti, nekroptozo ali piroptozo, ki pa lahko dodatno povzročata težave z dihanjem. Koronavirusi lahko sprožijo tudi apoptozo, a se ne ve ali je to taktika izogiba imunskega odziva, način povečanja okuženosti ali posredna posledica replikacije. Gostitelj tvori nevtralizacijska protitelesa in spominske celice, kot dolgoročno obrambo, a ta po nekaj letih ni več signifikantna.

	==Viri==		==Viri==

Nezaleskovar: /* Nasprotovanje imunskemu sistemu */

2021-05-03T12:58:28Z

Nasprotovanje imunskemu sistemu

← Older revision		Revision as of 12:58, 3 May 2021
Line 71:		Line 71:
	==Nasprotovanje imunskemu sistemu==		==Nasprotovanje imunskemu sistemu==

	Virus se mora tudi zaščititi pred napadi gostitelja, saj s prisotnostjo sproži različne odzive imunskega sistema. Pokazalo se je, da pri okužbi s SARS-CoV-2 ne pride do ojačitve protivirusne interferonske poti, kot bi pričakovali, saj interferoni sodelujejo v protivirusni obrambi in sprožitvi imunskega odziva. Do tega ne pride, ker ima virus več različnih antagonistov specifično za to pot, kot so PLpro, nsp1, ORF3b, N, M, ORF6. Prav tako virus antagonistično zavre vzorčno prepoznavne receptorje in njihove signalne poti, ki v normalnem stanju prepoznajo določene strukture značilne za mikroorganizme in sprožijo prvi napad imunskega sistema z aktivacijo fagocitnih celic. Koronavirusi znižajo sposobnost sprožitve imunskega sistema ob prisotnosti virusne dvoverižne RNA, tako da jo zapakirajo v ~~dvojno membranske~~ vezikle, kjer je prisoten tudi ~~replikacijski~~-transkripcijski kompleks. Nasprotno pa virus omogoči, da je ob okužbi prisotno veliko protivnetnih citokinov in kemokinov, kar privede do kopičenja vnetnih monocitov, makrofagov in nevtrofilcev v pljučih, kot obrambni odziv telesa, kar pa lahko povzroči poškodbe pljučnega tkiva, puščanje žil in brazgotinjenje pljuč. Koronavirusi vplivajo na MAPK signalno pot, kar lahko dodatno povzroča poškodbe pljuč in smrt. Gostitelj se pred patogenom ščiti s sprožitvijo programirane celične smrti, nekroptozo ali piroptozo, ki pa lahko dodatno povzročata težave z dihanjem. Koronavirusi lahko sprožijo tudi apoptozo, a se ne ve ali je to taktika izogiba imunskega odziva, način povečanja okuženost ali posredna posledica replikacije. Gostitelj tvori nevtralizacijska protitelesa in spominske celice, kot dolgoročno obrambo, a ta po nekaj letih ni več signifikantna.		Virus se mora tudi zaščititi pred napadi gostitelja, saj s prisotnostjo sproži različne odzive imunskega sistema. Pokazalo se je, da pri okužbi s SARS-CoV-2 ne pride do ojačitve protivirusne interferonske poti, kot bi pričakovali, saj interferoni sodelujejo v protivirusni obrambi in sprožitvi imunskega odziva. Do tega ne pride, ker ima virus več različnih antagonistov specifično za to pot, kot so PLpro, nsp1, ORF3b, N, M, ORF6. Prav tako virus antagonistično zavre vzorčno prepoznavne receptorje in njihove signalne poti, ki v normalnem stanju prepoznajo določene strukture značilne za mikroorganizme in sprožijo prvi napad imunskega sistema z aktivacijo fagocitnih celic. Koronavirusi znižajo sposobnost sprožitve imunskega sistema ob prisotnosti virusne dvoverižne RNA, tako da jo zapakirajo v dvojnomembranske vezikle, kjer je prisoten tudi replikacijsko-transkripcijski kompleks. Nasprotno pa virus omogoči, da je ob okužbi prisotno veliko protivnetnih citokinov in kemokinov, kar privede do kopičenja vnetnih monocitov, makrofagov in nevtrofilcev v pljučih, kot obrambni odziv telesa, kar pa lahko povzroči poškodbe pljučnega tkiva, puščanje žil in brazgotinjenje pljuč. Koronavirusi vplivajo na MAPK signalno pot, kar lahko dodatno povzroča poškodbe pljuč in smrt. Gostitelj se pred patogenom ščiti s sprožitvijo programirane celične smrti, nekroptozo ali piroptozo, ki pa lahko dodatno povzročata težave z dihanjem. Koronavirusi lahko sprožijo tudi apoptozo, a se ne ve ali je to taktika izogiba imunskega odziva, način povečanja okuženost ali posredna posledica replikacije. Gostitelj tvori nevtralizacijska protitelesa in spominske celice, kot dolgoročno obrambo, a ta po nekaj letih ni več signifikantna.

	==Viri==		==Viri==

Iva Matić: /* Replikacija in izražanje genov */

2021-05-03T12:14:51Z

Replikacija in izražanje genov

← Older revision		Revision as of 12:14, 3 May 2021
Line 18:		Line 18:
	==Replikacija in izražanje genov==		==Replikacija in izražanje genov==

	Takoj po vstopu virusa v celico se lahko začne translacija (+)ssRNA deluje kot mRNA. S proteolitično cepitvijo nastali nsp-ji, se združijo in tvorijo replikacijsko-transkripcijski kompleks (RTC), ki sodelujejo pri replikaciji genoma. Podobno kot pri drugih (+)ssRNA virusih tudi podvojevanje koronavirusov vključuje sintezo komplementarne negativne verige RNA, ki služi kot matrica za nastanek pozitivnih verig. Za pomnoževanje virusne RNA je potrebna transkriptaza (od RNA odvisna RNA polimeraza).		Takoj po vstopu virusa v celico se lahko začne translacija (+)ssRNA, ki deluje kot mRNA. S proteolitično cepitvijo nastali nsp-ji, se združijo in tvorijo replikacijsko-transkripcijski kompleks (RTC), ki sodelujejo pri replikaciji genoma. Podobno kot pri drugih (+)ssRNA virusih tudi podvojevanje koronavirusov vključuje sintezo komplementarne negativne verige RNA, ki služi kot matrica za nastanek pozitivnih verig. Za pomnoževanje virusne RNA je potrebna transkriptaza (od RNA odvisna RNA polimeraza).

	==Replikacijsko-transkripcijski kompleks (RTC)==		==Replikacijsko-transkripcijski kompleks (RTC)==

Nezaleskovar: /* Viri */

2021-05-03T07:51:01Z

Viri

← Older revision		Revision as of 07:51, 3 May 2021
Line 83:		Line 83:
	4. Zhu Z, Lian X, Su X, Wu W, Marraro GA, Zeng Y. From SARS and MERS to COVID-19: A brief summary and comparison of severe acute respiratory infections caused by three highly pathogenic human coronaviruses. Respir Res. 2020.;21(1):1–14.		4. Zhu Z, Lian X, Su X, Wu W, Marraro GA, Zeng Y. From SARS and MERS to COVID-19: A brief summary and comparison of severe acute respiratory infections caused by three highly pathogenic human coronaviruses. Respir Res. 2020.;21(1):1–14.

	5. Viralzone.Expasy. [Internet]. Dostopno na: https://viralzone.expasy.org/764?outline=all_by_species		5. Viralzone.Expasy [Internet]. Dostopno na: https://viralzone.expasy.org/764?outline=all_by_species

	[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]		[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Nezaleskovar: /* Viri */

2021-05-03T07:50:30Z

Viri

← Older revision		Revision as of 07:50, 3 May 2021
Line 83:		Line 83:
	4. Zhu Z, Lian X, Su X, Wu W, Marraro GA, Zeng Y. From SARS and MERS to COVID-19: A brief summary and comparison of severe acute respiratory infections caused by three highly pathogenic human coronaviruses. Respir Res. 2020.;21(1):1–14.		4. Zhu Z, Lian X, Su X, Wu W, Marraro GA, Zeng Y. From SARS and MERS to COVID-19: A brief summary and comparison of severe acute respiratory infections caused by three highly pathogenic human coronaviruses. Respir Res. 2020.;21(1):1–14.

	5. Viralzone.Expasy.~~Org~~ [Internet]. Dostopno na: https://viralzone.expasy.org/764?outline=all_by_species		5. Viralzone.Expasy. [Internet]. Dostopno na: https://viralzone.expasy.org/764?outline=all_by_species

	[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]		[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Nezaleskovar: /* Viri */

2021-05-03T07:49:35Z

Viri

← Older revision		Revision as of 07:49, 3 May 2021
Line 83:		Line 83:
	4. Zhu Z, Lian X, Su X, Wu W, Marraro GA, Zeng Y. From SARS and MERS to COVID-19: A brief summary and comparison of severe acute respiratory infections caused by three highly pathogenic human coronaviruses. Respir Res. 2020.;21(1):1–14.		4. Zhu Z, Lian X, Su X, Wu W, Marraro GA, Zeng Y. From SARS and MERS to COVID-19: A brief summary and comparison of severe acute respiratory infections caused by three highly pathogenic human coronaviruses. Respir Res. 2020.;21(1):1–14.

			5. Viralzone.Expasy.Org [Internet]. Dostopno na: https://viralzone.expasy.org/764?outline=all_by_species

	[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]		[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Iva Matić: /* Uvod */

2021-05-03T07:25:08Z

Uvod

← Older revision		Revision as of 07:25, 3 May 2021
Line 1:		Line 1:
	==Uvod==		==Uvod==

	Koronaviruse prištevamo k družini ssRNA (+) viusov Coronaviridae. So družina podobnih virusov, ki primarno okužijo ptice in sesalce, vključno z ljudmi in netopirji. Razvrščeni so v štiri rodove – alfa-, beta-, gama- in deltakoronavirusov. Znanih je 7 koronavirusov, ki lahko okužijo človeka in sicer iz rodov alfa- in betakoronavirusov. V zadnjih dveh desetletjih sta dva visoko patogena virusa rodu betakoronavirusov povzročila dva velika izbruha pandemije - in sicer SARS-CoV leta 2002 (severe acute respiratory syndrome coronavirus) in MERS-CoV (Middle East respiratory syndrome coronavirus) leta 2011 .		Koronaviruse prištevamo k družini ssRNA (+) viusov ''Coronaviridae''. So družina podobnih virusov, ki primarno okužijo ptice in sesalce, vključno z ljudmi in netopirji. Razvrščeni so v štiri rodove – alfa-, beta-, gama- in deltakoronavirusov. Znanih je 7 koronavirusov, ki lahko okužijo človeka in sicer iz rodov alfa- in betakoronavirusov. V zadnjih dveh desetletjih sta dva visoko patogena virusa rodu betakoronavirusov povzročila dva velika izbruha pandemije - in sicer SARS-CoV leta 2002 (''severe acute respiratory syndrome coronavirus'') in MERS-CoV (''Middle East respiratory syndrome coronavirus'') leta 2011 .

	==Vstop virusa v celico==		==Vstop virusa v celico==

Nezaleskovar: /* Replikacijsko-transkripcijski kompleks (RTC) */

2021-05-03T07:11:46Z

Replikacijsko-transkripcijski kompleks (RTC)

← Older revision		Revision as of 07:11, 3 May 2021
Line 37:		Line 37:

	*encime za dodajanje kape (npr. nsp16)		*encime za dodajanje kape (npr. nsp16)


	===Mehanizmi popravljanja RNA===		===Mehanizmi popravljanja RNA===
Line 43:		Line 42:
	Za ohranjanje celovitosti genoma imajo ti virusi, za razliko od RNA virusov s krajšimi genomskimi zaporedji, posebne mehanizme uravnavanja mutacij. In sicer so sposobni kontrolnega branja, kar vrši eksonukleaza nsp14. Tako je stopnja mutacij za nekaj velikostnih redov nižja. Katalitično aktivnost nsp14 spodbuja kofaktor nsp10.		Za ohranjanje celovitosti genoma imajo ti virusi, za razliko od RNA virusov s krajšimi genomskimi zaporedji, posebne mehanizme uravnavanja mutacij. In sicer so sposobni kontrolnega branja, kar vrši eksonukleaza nsp14. Tako je stopnja mutacij za nekaj velikostnih redov nižja. Katalitično aktivnost nsp14 spodbuja kofaktor nsp10.
	Pri RNA virusih je pogosta tudi rekombinacija. Pri koronavirusih do nje pride med sintezo subgenomskih RNA in lahko privede do pomanjkljivih kopij RNA ali do novih (rekombinantnih) lastnosti (npr. možnost replikacije v novem gostitelju).		Pri RNA virusih je pogosta tudi rekombinacija. Pri koronavirusih do nje pride med sintezo subgenomskih RNA in lahko privede do pomanjkljivih kopij RNA ali do novih (rekombinantnih) lastnosti (npr. možnost replikacije v novem gostitelju).


	===Procesiranje virusne RNA===		===Procesiranje virusne RNA===
Line 49:		Line 47:
	K procesiranju koronavirusne RNA prištevamo dodajanje kape na 5' konec in poliadenilacijo na 3' koncu. Dodajanje kape poteka po znani kanonični poti in je pomembno za stabilnost genoma, iniciacijo translacije in preprečevanje delovanja prirojenega imunskega sistema (končna O-metilacija z nsp16).		K procesiranju koronavirusne RNA prištevamo dodajanje kape na 5' konec in poliadenilacijo na 3' koncu. Dodajanje kape poteka po znani kanonični poti in je pomembno za stabilnost genoma, iniciacijo translacije in preprečevanje delovanja prirojenega imunskega sistema (končna O-metilacija z nsp16).
	Natančen mehanizem poliadenilacije medtem ni poznan. Ravno tako ni znano, če ta proces nadzoruje RdRp oziroma je potrebna poli(A) polimeraza gostiteljske celice. Sicer pa dolžina poliA repa regulira uspešnost translacije in je sam po sebi nujen za sintezo negativne verige RNA.		Natančen mehanizem poliadenilacije medtem ni poznan. Ravno tako ni znano, če ta proces nadzoruje RdRp oziroma je potrebna poli(A) polimeraza gostiteljske celice. Sicer pa dolžina poliA repa regulira uspešnost translacije in je sam po sebi nujen za sintezo negativne verige RNA.


	===Replikacijsko-transkripcijski kompleks kot tarča za zdravila===		===Replikacijsko-transkripcijski kompleks kot tarča za zdravila===

Iva Matić: /* Organizacija genoma, sinteza poliproteina in proteoliza */

2021-05-03T07:11:07Z

Organizacija genoma, sinteza poliproteina in proteoliza

← Older revision		Revision as of 07:11, 3 May 2021
Line 10:		Line 10:
	SARS-CoV in MERS-CoV lahko izkoriščata tudi endocitozo za vstop v celice. Vendar v primeru nizke izraženosti katepsinov, virus ni sposoben okužiti celice, saj ti omogočajo njegovo aktivacijo znotraj celice. Način vstopa virusa je odvisen od gostiteljske celice in od tega, če je virus že aktiviran oz. cepljen s proteazami.		SARS-CoV in MERS-CoV lahko izkoriščata tudi endocitozo za vstop v celice. Vendar v primeru nizke izraženosti katepsinov, virus ni sposoben okužiti celice, saj ti omogočajo njegovo aktivacijo znotraj celice. Način vstopa virusa je odvisen od gostiteljske celice in od tega, če je virus že aktiviran oz. cepljen s proteazami.

	==Organizacija genoma, sinteza ~~poliproteina~~ in proteoliza==		==Organizacija genoma, sinteza poliproteinov in proteoliza==

	Koronavirusi imajo enega izmed največjih znanih ssRNA(+) genomov med RNA virusi, ki kodira 22-29 proteinov in je dolg približno 27-32 kb.		Koronavirusi imajo enega izmed največjih znanih ssRNA(+) genomov med RNA virusi, ki kodira 22-29 proteinov in je dolg približno 27-32 kb.

Nezaleskovar: /* ZAUSTAVITEV GOSTITELJA (HOST SHUTOFF) */

2021-05-03T07:10:45Z

ZAUSTAVITEV GOSTITELJA (HOST SHUTOFF)

← Older revision		Revision as of 07:10, 3 May 2021
Line 68:		Line 68:
	Koronavirusi ob infekciji vplivajo na celično okolje in ga priredijo, da je za njihovo razmnoževanje bolj ugodno. To dosežejo prek spreminjanja signalnih poti gostiteljske celice, manipulacije ekspresije genov in manipulacije imunskega odziva gostitelja. Kot pomembni regulatorji so se izkazali akcesorni (pomožni) proteini. Najbolj raziskani so pri SARS-CoV, pri katerem niso esencialni za nastanek virusa, a imajo vlogo pri patogenosti in naj bi sodelovali pri interakciji virusa z gostiteljem, proliferaciji celice, programirani celični smrti, proizvodnji vnetnih citokinov in interferonski signalizaciji. Akcesorni proteini niso podobni ostalim proteinom posameznega virusa, tudi znotraj družine koronavirusov se zelo razlikujejo, kar povezujemo z različno patogenostjo.		Koronavirusi ob infekciji vplivajo na celično okolje in ga priredijo, da je za njihovo razmnoževanje bolj ugodno. To dosežejo prek spreminjanja signalnih poti gostiteljske celice, manipulacije ekspresije genov in manipulacije imunskega odziva gostitelja. Kot pomembni regulatorji so se izkazali akcesorni (pomožni) proteini. Najbolj raziskani so pri SARS-CoV, pri katerem niso esencialni za nastanek virusa, a imajo vlogo pri patogenosti in naj bi sodelovali pri interakciji virusa z gostiteljem, proliferaciji celice, programirani celični smrti, proizvodnji vnetnih citokinov in interferonski signalizaciji. Akcesorni proteini niso podobni ostalim proteinom posameznega virusa, tudi znotraj družine koronavirusov se zelo razlikujejo, kar povezujemo z različno patogenostjo.

	==~~ZAUSTAVITEV GOSTITELJA (HOST SHUTOFF)~~==		==Zaustavitev gostitelja==

	Koronavirusi prisilijo gostiteljsko celico, da vso svojo energijo in material porabi za sintezo virusov. Inhibirajo celično ekspresijo genov in preprečijo sintezo gostiteljevih proteinov ter preusmerijo celico v ekspresijo virusnih genov. Poleg večje količine virusnih proteinov pa se tako tudi zaščitijo, saj omilijo protivirusni gostiteljev obrambni mehanizem, imenovan tudi host shutoff. Pomembno vlogo pri tem ima virusni protein nsp1, ki posredno povzroči cepljenje mRNA, najverjetneje kar z gostiteljevimi lastnimi endonukleazami, preprečuje pa tudi translacijo gostiteljeve mRNA z represijo 40S podenote ribosoma. MERS-CoV deluje malo drugače kot ostali koronavirusi in ustavlja transkripte iz jedra ter spušča naprej le virusno RNA.		Koronavirusi prisilijo gostiteljsko celico, da vso svojo energijo in material porabi za sintezo virusov. Inhibirajo celično ekspresijo genov in preprečijo sintezo gostiteljevih proteinov ter preusmerijo celico v ekspresijo virusnih genov. Poleg večje količine virusnih proteinov pa se tako tudi zaščitijo, saj omilijo protivirusni gostiteljev obrambni mehanizem, imenovan tudi host shutoff. Pomembno vlogo pri tem ima virusni protein nsp1, ki posredno povzroči cepljenje mRNA, najverjetneje kar z gostiteljevimi lastnimi endonukleazami, preprečuje pa tudi translacijo gostiteljeve mRNA z represijo 40S podenote ribosoma. MERS-CoV deluje malo drugače kot ostali koronavirusi in ustavlja transkripte iz jedra ter spušča naprej le virusno RNA.



	==Nasprotovanje imunskemu sistemu==		==Nasprotovanje imunskemu sistemu==