https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?action=history&feed=atom&title=MonChassis
MonChassis - Revision history
2026-04-07T01:31:16Z
Revision history for this page on the wiki
MediaWiki 1.39.3
https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MonChassis&diff=21726&oldid=prev
Nika Tomsič at 10:21, 4 April 2023
2023-04-04T10:21:36Z
<p></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 10:21, 4 April 2023</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l39">Line 39:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 39:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== BREES ==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== BREES ==</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Najlažji način za spopadanje s toksičnostjo produktov je uporaba brezceličnih sistemov. Tradicionalna biokataliza brez celic zahteva dodajanje kofaktorjev, kot je NADPH, ki zvišuje stroške za obsežne aplikacije. Da bi bila komponenta MonChassis ''in vitro'' uporabna v industrijskem obsegu je bilo potrebno razviti poceni alternativa. Zato je bil sestavljen BREES, bioreaktor za encimsko elektrosintezo. BM3, znan tudi kot citokrom P450 BM3 ali CYP102A1, je bakterijski encim citokroma P450, pridobljen iz ''Bacillus megaterium''. Je vsestranski encim z aktivnostmi monooksigenaze in hidroksilaze maščobnih kislin. Čeprav ni neposredno vpleten v proizvodnjo terpenoidov, so bili BM3 in njegove različice uporabljeni kot biokatalizatorji za modificiranje terpenoidnih spojin. Raziskovalci so izdelali BM3 in druge encime citokroma P450 za uvedbo hidroksilnih skupin, epoksidov ali drugih funkcionalnih skupin v terpenoidne molekule, kar omogoča katalizo α-pinena v končne monoterpenoide. Modificiran encim ima dodan peptidni povezovalec, ki lahko imobilizira encim na elektrodo iz indijevega kositrovega oksida in omogoči neposreden prenos elektronov z elektrode na encim<ref>[9]</ref>. <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">Zato </del>lahko <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">encim </del>uporablja elektrone neposredno iz električne energije in ne zahteva dovajanja drugih kofaktorjev. V kombinaciji z inženirskimi sevi kvasovk MonChassis BREES omogoča hitro, prilagodljivo in obsežno proizvodnjo monoterpenoidov.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Najlažji način za spopadanje s toksičnostjo produktov je uporaba brezceličnih sistemov. Tradicionalna biokataliza brez celic zahteva dodajanje kofaktorjev, kot je NADPH, ki zvišuje stroške za obsežne aplikacije. Da bi bila komponenta MonChassis ''in vitro'' uporabna v industrijskem obsegu je bilo potrebno razviti poceni alternativa. Zato je bil sestavljen BREES, bioreaktor za encimsko elektrosintezo. BM3, znan tudi kot citokrom P450 BM3 ali CYP102A1, je bakterijski encim citokroma P450, pridobljen iz ''Bacillus megaterium''. Je vsestranski encim z aktivnostmi monooksigenaze in hidroksilaze maščobnih kislin. Čeprav ni neposredno vpleten v proizvodnjo terpenoidov, so bili BM3 in njegove različice uporabljeni kot biokatalizatorji za modificiranje terpenoidnih spojin. Raziskovalci so izdelali BM3 in druge encime citokroma P450 za uvedbo hidroksilnih skupin, epoksidov ali drugih funkcionalnih skupin v terpenoidne molekule, kar omogoča katalizo α-pinena v končne monoterpenoide. Modificiran encim ima dodan peptidni povezovalec, ki lahko imobilizira encim na elektrodo iz indijevega kositrovega oksida in omogoči neposreden prenos elektronov z elektrode na encim<ref>[9]</ref>. <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">Encim </ins>lahko uporablja elektrone neposredno iz električne energije in ne zahteva dovajanja drugih kofaktorjev. V kombinaciji z inženirskimi sevi kvasovk MonChassis BREES omogoča hitro, prilagodljivo in obsežno proizvodnjo monoterpenoidov.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
</table>
Nika Tomsič
https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MonChassis&diff=21725&oldid=prev
Nika Tomsič at 10:07, 4 April 2023
2023-04-04T10:07:50Z
<p></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 10:07, 4 April 2023</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l33">Line 33:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 33:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Monoterpenoide se lahko učinkovito sintetizira z modifikacijo mevalonantne poti kvasovk<ref>[5]</ref>. Da bi povečali presnovni tok poti MVA, je bilo identificiranih in optimiziranih več pomembnih encimov, ki omejujejo hitrost poti. Z uvedbo dodatnih heterolognih genov in utišanjem endogenih genov je možno optimizirati proizvodnjo monoterpenoidov. Glavni cilj je bil povečati proizvodnjo geranil difosfata (GPP) v ''Saccharomyces cerevisiae'', saj deluje kot bistveni prekurzor za sintezo monoterpenoidov, kot je α-pinen. Med temi sta najbolj omejujoča ERG13 in 3-hidroksi-3-metilglutaril-koencim A (tHMGR). Če gena za ta encima prekomerno izrazimo, se poveča tudi proizvodnja prekurzorjev monoterpenoidov.<br /></div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Monoterpenoide se lahko učinkovito sintetizira z modifikacijo mevalonantne poti kvasovk<ref>[5]</ref>. Da bi povečali presnovni tok poti MVA, je bilo identificiranih in optimiziranih več pomembnih encimov, ki omejujejo hitrost poti. Z uvedbo dodatnih heterolognih genov in utišanjem endogenih genov je možno optimizirati proizvodnjo monoterpenoidov. Glavni cilj je bil povečati proizvodnjo geranil difosfata (GPP) v ''Saccharomyces cerevisiae'', saj deluje kot bistveni prekurzor za sintezo monoterpenoidov, kot je α-pinen. Med temi sta najbolj omejujoča ERG13 in 3-hidroksi-3-metilglutaril-koencim A (tHMGR). Če gena za ta encima prekomerno izrazimo, se poveča tudi proizvodnja prekurzorjev monoterpenoidov.<br /></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Dodatna skupna omejitev modelov je sinteza ergosterola iz GPP, iz katerega nastajajo tudi prekurzorji monoterpenoidov. Ker je sinteza ergosterola nujna za celično rast, bodo modeli, ki temeljijo na endogeni poti MVA kvasovk, vedno omejeni v svojih donosih. Zaradi tega je bila preverjena učinkovitost proizvodnje tudi v peroksisomih, ker bi tako bila proizvodnja monoterpenoidov in ergosterola ločena. Peroksisomi predstavljajo zagotavljajo ugodne fiziološke pogoje za sintezo prekurzorjev monoterpenoidov<ref>[7]</ref>. Usmerjanje encimov <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">V </del>peroksisome je mogoče zlahka doseči z dodajanjem tripeptida C-terminalnega peroksisomskega ciljnega signala-1 (PTS1)<ref>[8]</ref>. Skupaj se je preverjalo učinkovitost proizvodnje v citosolu in v peroksisomu bodisi v organizmih ''Saccharomyces cerevisiae'' in ''Yarrowia lipolytica''. <br /></div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Dodatna skupna omejitev modelov je sinteza ergosterola iz GPP, iz katerega nastajajo tudi prekurzorji monoterpenoidov. Ker je sinteza ergosterola nujna za celično rast, bodo modeli, ki temeljijo na endogeni poti MVA kvasovk, vedno omejeni v svojih donosih. Zaradi tega je bila preverjena učinkovitost proizvodnje tudi v peroksisomih, ker bi tako bila proizvodnja monoterpenoidov in ergosterola ločena. Peroksisomi predstavljajo zagotavljajo ugodne fiziološke pogoje za sintezo prekurzorjev monoterpenoidov<ref>[7]</ref>. Usmerjanje encimov <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">v </ins>peroksisome je mogoče zlahka doseči z dodajanjem tripeptida C-terminalnega peroksisomskega ciljnega signala-1 (PTS1)<ref>[8]</ref>. Skupaj se je preverjalo učinkovitost proizvodnje v citosolu in v peroksisomu bodisi v organizmih ''Saccharomyces cerevisiae'' in ''Yarrowia lipolytica''. <br /></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>MonChassis je sestavljena iz dveh komponent: sestava prekurzorjev terpenov v kvasovkah in in vitro kataliza spremembe prekurzerjev v monoterpenoide. V ta namen MonChassis uporablja samozasnovan bioreaktor za encimsko elektrosintezo (BREES) in modificirano citokrom P450 monooksigenazo BM3. Kot dokaz delovanja je potekla kataliza reakcije iz α-pinena v verbenon.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>MonChassis je sestavljena iz dveh komponent: sestava prekurzorjev terpenov v kvasovkah in in vitro kataliza spremembe prekurzerjev v monoterpenoide. V ta namen MonChassis uporablja samozasnovan bioreaktor za encimsko elektrosintezo (BREES) in modificirano citokrom P450 monooksigenazo BM3. Kot dokaz delovanja je potekla kataliza reakcije iz α-pinena v verbenon.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
</table>
Nika Tomsič
https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MonChassis&diff=21724&oldid=prev
Nika Tomsič at 10:06, 4 April 2023
2023-04-04T10:06:47Z
<p></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 10:06, 4 April 2023</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l11">Line 11:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 11:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Kemijska sinteza: ==</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">=</ins>== Kemijska sinteza: <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">=</ins>==</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Kemijska sinteza je bolj zanesljiva možnost za proizvajanje monoterpenov. Priprava enostavnih molekul je možna, medtem ko se cena in potrebna energija večata z večanjem kompleksnosti molekule. Poleg tega pe je kemijska sinteza okolju neprijazna zaradi onesnažujočih topil in katalizatorjev ter je včasih odvisna od neobnovljivih virov<ref>[2]</ref>.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Kemijska sinteza je bolj zanesljiva možnost za proizvajanje monoterpenov. Priprava enostavnih molekul je možna, medtem ko se cena in potrebna energija večata z večanjem kompleksnosti molekule. Poleg tega pe je kemijska sinteza okolju neprijazna zaradi onesnažujočih topil in katalizatorjev ter je včasih odvisna od neobnovljivih virov<ref>[2]</ref>.</div></td></tr>
</table>
Nika Tomsič
https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MonChassis&diff=21723&oldid=prev
Nika Tomsič at 08:18, 4 April 2023
2023-04-04T08:18:03Z
<p></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 08:18, 4 April 2023</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l49">Line 49:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 49:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Končni zapisi so bil sestavljeni z metodo Golden Gate v vektor pSB1C00. V vektor so dovajali zapis transkripcijskih enot, ki so ga sestavljali promotorji, kodirno zaporedje in terminator. Z uporabo različnih promotorjev je bila mogoča sprememba ravni izražanja genov. Uspešno integracijo so preverili s selekcijo transformiranih kolonij, saj so celice konstitutivno izražale rdeči fluorescenčni protein (mRFP1).<br /></div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Končni zapisi so bil sestavljeni z metodo Golden Gate v vektor pSB1C00. V vektor so dovajali zapis transkripcijskih enot, ki so ga sestavljali promotorji, kodirno zaporedje in terminator. Z uporabo različnih promotorjev je bila mogoča sprememba ravni izražanja genov. Uspešno integracijo so preverili s selekcijo transformiranih kolonij, saj so celice konstitutivno izražale rdeči fluorescenčni protein (mRFP1).<br /></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Za transformacijo kvasovk sta bili uporabljeni metodi Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats-CRISPR-assotiated protein 9 (CRISPR-Cas9) in uporaba ekstrakromosomskih <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">shuttle </del>vektorjev. Vsak vektor vsebuje enega od štirih različnih selekcijskih markerjev (HIS3, TRP1, LEU2 ali URA3) za genomsko integracijo.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Za transformacijo kvasovk sta bili uporabljeni metodi Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats-CRISPR-assotiated protein 9 (CRISPR-Cas9) in uporaba ekstrakromosomskih <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">prenosljivih </ins>vektorjev. Vsak vektor vsebuje enega od štirih različnih selekcijskih markerjev (HIS3, TRP1, LEU2 ali URA3) za genomsko integracijo.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
</table>
Nika Tomsič
https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MonChassis&diff=21683&oldid=prev
Nika Tomsič at 08:23, 3 April 2023
2023-04-03T08:23:37Z
<p></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 08:23, 3 April 2023</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l31">Line 31:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 31:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>MonChassis je prilagodljiva platforma na osnovi kvasovk za obsežno proizvodnjo monoterpenoidov. Temelji na pripravi terpenskih prekurzorjev v kvasovkah z uporabo sinteznobiološkega inženiringa ter s katalizo v končne produkte z brezceličnim sistemov encima CYP. Raziskovana je bila proizvodnja v ''Saccharomyces cerevisiae'' in ''Yarrowia lipolytica'' s spremembo moči promotorjev ključnih encimov in uvedbo novih zapisov<ref>[2]</ref>.<br /></div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>MonChassis je prilagodljiva platforma na osnovi kvasovk za obsežno proizvodnjo monoterpenoidov. Temelji na pripravi terpenskih prekurzorjev v kvasovkah z uporabo sinteznobiološkega inženiringa ter s katalizo v končne produkte z brezceličnim sistemov encima CYP. Raziskovana je bila proizvodnja v ''Saccharomyces cerevisiae'' in ''Yarrowia lipolytica'' s spremembo moči promotorjev ključnih encimov in uvedbo novih zapisov<ref>[2]</ref>.<br /></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><del style="font-weight: bold; text-decoration: none;"></del></div></td><td colspan="2" class="diff-side-added"></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Monoterpenoide se lahko učinkovito sintetizira z modifikacijo mevalonantne poti kvasovk<ref>[5]</ref>. Da bi povečali presnovni tok poti MVA, je bilo identificiranih in optimiziranih več pomembnih encimov, ki omejujejo hitrost poti. Z uvedbo dodatnih heterolognih genov in utišanjem endogenih genov je možno optimizirati proizvodnjo monoterpenoidov. Glavni cilj je bil povečati proizvodnjo geranil difosfata (GPP) v ''Saccharomyces cerevisiae'', saj deluje kot bistveni prekurzor za sintezo monoterpenoidov, kot je α-pinen. Med temi sta najbolj omejujoča ERG13 in 3-hidroksi-3-metilglutaril-koencim A (tHMGR). Če gena za ta encima prekomerno izrazimo, se poveča tudi proizvodnja prekurzorjev monoterpenoidov.<br /></div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Monoterpenoide se lahko učinkovito sintetizira z modifikacijo mevalonantne poti kvasovk<ref>[5]</ref>. Da bi povečali presnovni tok poti MVA, je bilo identificiranih in optimiziranih več pomembnih encimov, ki omejujejo hitrost poti. Z uvedbo dodatnih heterolognih genov in utišanjem endogenih genov je možno optimizirati proizvodnjo monoterpenoidov. Glavni cilj je bil povečati proizvodnjo geranil difosfata (GPP) v ''Saccharomyces cerevisiae'', saj deluje kot bistveni prekurzor za sintezo monoterpenoidov, kot je α-pinen. Med temi sta najbolj omejujoča ERG13 in 3-hidroksi-3-metilglutaril-koencim A (tHMGR). Če gena za ta encima prekomerno izrazimo, se poveča tudi proizvodnja prekurzorjev monoterpenoidov.<br /></div></td></tr>
</table>
Nika Tomsič
https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MonChassis&diff=21682&oldid=prev
Nika Tomsič at 08:19, 3 April 2023
2023-04-03T08:19:32Z
<p></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 08:19, 3 April 2023</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l31">Line 31:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 31:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>MonChassis je prilagodljiva platforma na osnovi kvasovk za obsežno proizvodnjo monoterpenoidov. Temelji na pripravi terpenskih prekurzorjev v kvasovkah z uporabo sinteznobiološkega inženiringa ter s katalizo v končne produkte z brezceličnim sistemov encima CYP. Raziskovana je bila proizvodnja v ''Saccharomyces cerevisiae'' in ''Yarrowia lipolytica'' s spremembo moči promotorjev ključnih encimov in uvedbo novih zapisov<ref>[2]</ref>.<br /></div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>MonChassis je prilagodljiva platforma na osnovi kvasovk za obsežno proizvodnjo monoterpenoidov. Temelji na pripravi terpenskih prekurzorjev v kvasovkah z uporabo sinteznobiološkega inženiringa ter s katalizo v končne produkte z brezceličnim sistemov encima CYP. Raziskovana je bila proizvodnja v ''Saccharomyces cerevisiae'' in ''Yarrowia lipolytica'' s spremembo moči promotorjev ključnih encimov in uvedbo novih zapisov<ref>[2]</ref>.<br /></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><del style="font-weight: bold; text-decoration: none;"> </del></div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div> </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">'''Slika1: Prikaz mevalonatne poti S. cerevisiae. V modrem so napisani potrebni encimi in s puščico navzgor označeni encimi, katerih povečana aktivnost bi pomenila potencialno povečanje poizvodnje terpenoidnih prekurzorjev.'''<br /></del></div></td><td colspan="2" class="diff-side-added"></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Monoterpenoide se lahko učinkovito sintetizira z modifikacijo mevalonantne poti kvasovk<ref>[5]</ref>. Da bi povečali presnovni tok poti MVA, je bilo identificiranih in optimiziranih več pomembnih encimov, ki omejujejo hitrost poti. Z uvedbo dodatnih heterolognih genov in utišanjem endogenih genov je možno optimizirati proizvodnjo monoterpenoidov. Glavni cilj je bil povečati proizvodnjo geranil difosfata (GPP) v ''Saccharomyces cerevisiae'', saj deluje kot bistveni prekurzor za sintezo monoterpenoidov, kot je α-pinen. Med temi sta najbolj omejujoča ERG13 in 3-hidroksi-3-metilglutaril-koencim A (tHMGR). Če gena za ta encima prekomerno izrazimo, se poveča tudi proizvodnja prekurzorjev monoterpenoidov.<br /></div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Monoterpenoide se lahko učinkovito sintetizira z modifikacijo mevalonantne poti kvasovk<ref>[5]</ref>. Da bi povečali presnovni tok poti MVA, je bilo identificiranih in optimiziranih več pomembnih encimov, ki omejujejo hitrost poti. Z uvedbo dodatnih heterolognih genov in utišanjem endogenih genov je možno optimizirati proizvodnjo monoterpenoidov. Glavni cilj je bil povečati proizvodnjo geranil difosfata (GPP) v ''Saccharomyces cerevisiae'', saj deluje kot bistveni prekurzor za sintezo monoterpenoidov, kot je α-pinen. Med temi sta najbolj omejujoča ERG13 in 3-hidroksi-3-metilglutaril-koencim A (tHMGR). Če gena za ta encima prekomerno izrazimo, se poveča tudi proizvodnja prekurzorjev monoterpenoidov.<br /></div></td></tr>
</table>
Nika Tomsič
https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MonChassis&diff=21679&oldid=prev
Nika Tomsič at 08:11, 3 April 2023
2023-04-03T08:11:28Z
<p></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 08:11, 3 April 2023</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l80">Line 80:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 80:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>cPCR nikoli ni pokazal uspešne vstavitve genov, temveč so opazili le dolžine, ki bi jih pričakovali od prvotnega genomskega zaporedja. Zaradi časovnih omejitev pa poskus ni nadaljeval.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>cPCR nikoli ni pokazal uspešne vstavitve genov, temveč so opazili le dolžine, ki bi jih pričakovali od prvotnega genomskega zaporedja. Zaradi časovnih omejitev pa poskus ni nadaljeval.</div></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-side-deleted"></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;"></ins></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=== Proizvodnja v citosolu ''Yarrowia lipolytica'' ===</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=== Proizvodnja v citosolu ''Yarrowia lipolytica'' ===</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><del style="font-weight: bold; text-decoration: none;"></del></div></td><td colspan="2" class="diff-side-added"></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
</table>
Nika Tomsič
https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MonChassis&diff=21678&oldid=prev
Nika Tomsič: /* Proizvodnja v citosolu Yarrowia lipolytica */
2023-04-03T08:05:33Z
<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Proizvodnja v citosolu Yarrowia lipolytica</span></span></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 08:05, 3 April 2023</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l78">Line 78:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 78:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>''Yarrowia lipolytica'' je obetaven organizem za sintezo monoterpenoidov, saj vsebuje visoko koncentracijo acetil-CoA, je sposoben učinkovito kopičiti lipide in kaže visoko toleranco do monoterpenoidov. Za izražanje terpinoidnih prekurzorjev v ''Yarrowia lipolytica'' so izrazili gena SctHMGR in ScERG13 organizma Saccharomyces cerevisiae. Uvedba genov AgtGPPS2 in GgMFPS144 bi pomenili zmanjšano količino proizvedenega farnezil pirofosfata (FPP) in povečano količino geranil pirofosfata (GPP). Drugi poskus je predvideval zmanjšanje količine proizvedenega FPP. To so poskušali narediti z uvedbo SltNPPS1 za proizvodnjo neril pirofosfata (NPP). Dodan je bil še gen PptAPS za proizvodnjo α-pinena.<br /></div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>''Yarrowia lipolytica'' je obetaven organizem za sintezo monoterpenoidov, saj vsebuje visoko koncentracijo acetil-CoA, je sposoben učinkovito kopičiti lipide in kaže visoko toleranco do monoterpenoidov. Za izražanje terpinoidnih prekurzorjev v ''Yarrowia lipolytica'' so izrazili gena SctHMGR in ScERG13 organizma Saccharomyces cerevisiae. Uvedba genov AgtGPPS2 in GgMFPS144 bi pomenili zmanjšano količino proizvedenega farnezil pirofosfata (FPP) in povečano količino geranil pirofosfata (GPP). Drugi poskus je predvideval zmanjšanje količine proizvedenega FPP. To so poskušali narediti z uvedbo SltNPPS1 za proizvodnjo neril pirofosfata (NPP). Dodan je bil še gen PptAPS za proizvodnjo α-pinena.<br /></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">Genomska ciljna zaporedja so bila izbrana tako, da so blizu začetnemu zaporedju gena ter z visoko učinkovitostjo, specifičnostjo in brez stranskih ciljev na podlagi spletne programske opreme CRISPOR.<br /></del></div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div> </div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>cPCR nikoli ni pokazal uspešne vstavitve genov, temveč so opazili le dolžine, ki bi jih pričakovali od prvotnega genomskega zaporedja. Zaradi časovnih omejitev pa poskus ni nadaljeval.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>cPCR nikoli ni pokazal uspešne vstavitve genov, temveč so opazili le dolžine, ki bi jih pričakovali od prvotnega genomskega zaporedja. Zaradi časovnih omejitev pa poskus ni nadaljeval.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><del style="font-weight: bold; text-decoration: none;"></del></div></td><td colspan="2" class="diff-side-added"></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=== Proizvodnja v citosolu ''Yarrowia lipolytica'' ===</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=== Proizvodnja v citosolu ''Yarrowia lipolytica'' ===</div></td></tr>
</table>
Nika Tomsič
https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MonChassis&diff=21677&oldid=prev
Nika Tomsič at 08:04, 3 April 2023
2023-04-03T08:04:17Z
<p></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 08:04, 3 April 2023</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l63">Line 63:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 63:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=== Proizvodnja v peroksisomih ''Saccharomyces cerevisiae'' ===</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>=== Proizvodnja v peroksisomih ''Saccharomyces cerevisiae'' ===</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><del style="font-weight: bold; text-decoration: none;"></del></div></td><td colspan="2" class="diff-side-added"></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Poleg citosola je peroksisom postal obetavna tarča za presnovni inženiring, saj naj bi njegove fiziološke lastnosti, kot je razpoložljivost substrata, znatno izboljšale sintezo produkta<ref>[7]</ref>.<br /></div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Poleg citosola je peroksisom postal obetavna tarča za presnovni inženiring, saj naj bi njegove fiziološke lastnosti, kot je razpoložljivost substrata, znatno izboljšale sintezo produkta<ref>[7]</ref>.<br /></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Ker se metabolizem mevalonata ne pojavlja naravno v peroksisomih<ref>[12]</ref>, je bilo treba v vsak sev kvasovk pod nadzorom konstitutivnega promotorja pADH vključiti potrebne gene ScERG13, SctHMGR, ScERG12, ScERG8 in ScERG19, spojene s PTS1<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">, za enoten izražanje genov</del>. V različnih primerih so v zapis vključili sintazo SltNPPS1 iz ''Solanum lycopersicum'', kar omogoča proizvodnjo monoterpenoidnega prekurzorja neril difosfata (NPP), ali heterologna gena GgmFPS144 in AgtGPPS2 iz ''Gallus gallus'' oziroma ''Abies grandis'', kar omogoča proizvodnjo NPP, strukturnega izomera geranil difosfata (GPP). V obeh primerih je bil dodan še zapis za PptAPS, ki katalizira reakcijo NPP ali GPP <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">na </del>α-pinen. Povečanje izražanja ScERG13 in SctHMGR je poteklo z uporabo promotorja ScpTEF.<br /></div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Ker se metabolizem mevalonata ne pojavlja naravno v peroksisomih<ref>[12]</ref>, je bilo treba v vsak sev kvasovk pod nadzorom konstitutivnega promotorja pADH vključiti potrebne gene ScERG13, SctHMGR, ScERG12, ScERG8 in ScERG19, spojene s PTS1. V različnih primerih so v zapis vključili sintazo SltNPPS1 iz ''Solanum lycopersicum'', kar omogoča proizvodnjo monoterpenoidnega prekurzorja neril difosfata (NPP), ali heterologna gena GgmFPS144 in AgtGPPS2 iz ''Gallus gallus'' oziroma ''Abies grandis'', kar omogoča proizvodnjo NPP, strukturnega izomera geranil difosfata (GPP). V obeh primerih je bil dodan še zapis za PptAPS, ki katalizira reakcijo NPP ali GPP <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">v </ins>α-pinen. Povečanje izražanja ScERG13 in SctHMGR je poteklo z uporabo promotorja ScpTEF.<br /></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Za primerjavo brezcelične proizvodnje verbenona v in vitro poskusih so pripravili tudi sev kvasovk, ki vsebuje citokrom P450 monooksigenazo (CYP) limonen-3-hidroksilazo (L3H) <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">in je zmožen katalize </del>α-pinena.<br /></div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Za primerjavo brezcelične proizvodnje verbenona v in vitro poskusih so pripravili tudi sev kvasovk, ki vsebuje citokrom P450 monooksigenazo (CYP) limonen-3-hidroksilazo (L3H) <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">za sintezo verbenona iz </ins>α-pinena.<br /></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Končna ocena spremenjenih sevov kvasovk je bila izvedena s kvantifikacijo z uporabo GC-MS analize, ki je potrdila prisotnost α-pinena v obeh variantah kvasovk. </div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Končna ocena spremenjenih sevov kvasovk je bila izvedena s kvantifikacijo z uporabo GC-MS analize, ki je potrdila prisotnost α-pinena v obeh variantah kvasovk. </div></td></tr>
</table>
Nika Tomsič
https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=MonChassis&diff=21676&oldid=prev
Nika Tomsič at 07:59, 3 April 2023
2023-04-03T07:59:28Z
<p></p>
<table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface">
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<col class="diff-marker" />
<col class="diff-content" />
<tr class="diff-title" lang="en">
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td>
<td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 07:59, 3 April 2023</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l49">Line 49:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 49:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Po uradnih pravilih iGEM je bilo splošno kloniranje izvedeno v skladu z modularnim sistemom kloniranja RFC1000 (MoClo).</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Po uradnih pravilih iGEM je bilo splošno kloniranje izvedeno v skladu z modularnim sistemom kloniranja RFC1000 (MoClo).</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Sistem MoClo se opira na restrikcijske encime tipa IIS, ki cepijo DNA tako, da nastanejo lepljivi konci. Ustvarjanje različnih koncev pri različnih fragmentih omogoča učinkovito sestavljanje več fragmentov DNA v eni preprosti reakciji ligacije. Primerna zasnova koncev omogoča, da se fragmenti sestavljajo samo v vnaprej določenem vrstnem redu. Vsi geni so bili pomnoženi z začetno verižno reakcijo s polimerazo (PCR) z uporabo specifičnih začetnih oligonukleotidov z ustreznimi pritrjenimi konci.<br /></div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Sistem MoClo se opira na restrikcijske encime tipa IIS, ki cepijo DNA tako, da nastanejo lepljivi konci. Ustvarjanje različnih koncev pri različnih fragmentih omogoča učinkovito sestavljanje več fragmentov DNA v eni preprosti reakciji ligacije. Primerna zasnova koncev omogoča, da se fragmenti sestavljajo samo v vnaprej določenem vrstnem redu. Vsi geni so bili pomnoženi z začetno verižno reakcijo s polimerazo (PCR) z uporabo specifičnih začetnih oligonukleotidov z ustreznimi pritrjenimi konci.<br /></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Končni <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">zapis je </del>bil <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">sestavljen </del>z metodo Golden Gate v vektor pSB1C00. V vektor so dovajali zapis transkripcijskih enot, ki so ga sestavljali <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">promotorj</del>, kodirno zaporedje in terminator. Z uporabo različnih promotorjev je bila mogoča sprememba ravni izražanja genov. Uspešno integracijo so preverili s selekcijo transformiranih kolonij, saj so celice konstitutivno izražale rdeči fluorescenčni protein (mRFP1).<br /></div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Končni <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">zapisi so </ins>bil <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">sestavljeni </ins>z metodo Golden Gate v vektor pSB1C00. V vektor so dovajali zapis transkripcijskih enot, ki so ga sestavljali <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">promotorji</ins>, kodirno zaporedje in terminator. Z uporabo različnih promotorjev je bila mogoča sprememba ravni izražanja genov. Uspešno integracijo so preverili s selekcijo transformiranih kolonij, saj so celice konstitutivno izražale rdeči fluorescenčni protein (mRFP1).<br /></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Za transformacijo kvasovk sta bili uporabljeni metodi Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats-CRISPR-assotiated protein 9 (CRISPR-Cas9) in uporaba ekstrakromosomskih shuttle vektorjev. Vsak vektor vsebuje enega od štirih različnih <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">Selekcijskih </del>markerjev (HIS3, TRP1, LEU2 ali URA3) za genomsko integracijo.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Za transformacijo kvasovk sta bili uporabljeni metodi Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats-CRISPR-assotiated protein 9 (CRISPR-Cas9) in uporaba ekstrakromosomskih shuttle vektorjev. Vsak vektor vsebuje enega od štirih različnih <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">selekcijskih </ins>markerjev (HIS3, TRP1, LEU2 ali URA3) za genomsko integracijo.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l57">Line 57:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">Line 57:</td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div> </div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">Mevalonatna </ins>pot ''Saccharomyces cerevisiae'' <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">so spremenili z </ins>metodo Golden Gate Assembly <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">in </ins>ustavili <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">heterolognega gena </ins>PptAPS ter povečali izražanje endogenih genov ScERG13 ali SctHMGR.<br /></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">Da bi ustvarili organizem, ki proizvaja monoterpenoid α-pinen, smo spremenili mevalonatno </del>pot <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">modelnega organizma </del>''Saccharomyces cerevisiae''<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">. Z </del>metodo Golden Gate Assembly <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">so </del>ustavili <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">heterologne gene, kot je </del>PptAPS ter povečali izražanje endogenih genov<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">, kot sta </del>ScERG13 ali SctHMGR.<br /></div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Genske spremembe so temlejile na sistemu CRISPR-Cas9. Z namenom povečanja koncentracije mevalonata <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">sta bila utišana </ins>ScROX1 in ScERG13 ter SctHMGR <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">uravnavan </ins>z močnim promotorjem. Izločitev ScROX1 je bila ugodna za povečanje koncentracije mevalonata, saj zavira encime v MVA<ref>[10]</ref>. <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">Pri drugi varianti sta bila uvedena gena </ins>GgmFPS144 iz <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>Gallus gallus<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">'' </ins>in AgtGPPS2 iz <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>Abies grandis<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''</ins>, da bi povečali koncentracijo geranil difosfata (GPP). Izločitev ScERG20 in vstavljanje GgmFPS144 sta bila potrebna za zaviranje reakcije GPP v (FPP)<ref>[11]</ref>. Uvedba heterologne α-pinen sintaze (PptAPS) iz ''Pinus ponderosa'' je povečala proizvodnjo α-pinena v citosolu.<br /></div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Genske spremembe so temlejile na sistemu CRISPR-Cas9<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">. Oblikovana je bila pot do α-pinena (prekurzorja monoterpenoidov)</del>. Z namenom povečanja koncentracije mevalonata <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">je bil utišan </del>ScROX1 in ScERG13 ter SctHMGR <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">uravnavana </del>z močnim promotorjem. Izločitev ScROX1 je bila ugodna za povečanje koncentracije mevalonata, saj zavira encime v MVA<ref>[10]</ref>. <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">Nadalje smo uvedli heterologne gene </del>GgmFPS144 iz Gallus gallus in AgtGPPS2 iz Abies grandis, da bi povečali koncentracijo geranil difosfata (GPP)<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">, prekurzorske molekule vseh monoterpenoidov</del>. Izločitev ScERG20 in vstavljanje GgmFPS144 sta bila potrebna za zaviranje <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">vitalne </del>reakcije GPP v <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">farnezil difosfat </del>(FPP)<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">, vendar ne popolnoma ovirati</del><ref>[11]</ref>. Uvedba heterologne α-pinen sintaze (PptAPS) iz ''Pinus ponderosa'' je povečala proizvodnjo α-pinena v citosolu <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">''S. cerevisiae''</del>.<br /></div></td><td colspan="2" class="diff-side-added"></td></tr>
<tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">Genomske tarče znotraj ScROX1, ScERG20 in ScpERG20 so bile predvidene s spletnim orodjem CRISPOR. Namesto da bi naše konstrukte vstavili v genomsko DNA, smo konstrukte klonirali v vektorje shuttle z različnimi avksotrofijami.</del></div></td><td colspan="2" class="diff-side-added"></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Analiza z GC-MS je potrdila prisotnost α-pinena v lizatu.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Analiza z GC-MS je potrdila prisotnost α-pinena v lizatu.</div></td></tr>
<tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr>
</table>
Nika Tomsič