Načrtovanje mikrobnih konzorcijev z določenimi družbenimi interakcijami - Revision history

Jerneja Nimac: /* Pomen sinteznih konzorcijev */

2020-05-13T09:21:56Z

Pomen sinteznih konzorcijev

← Older revision		Revision as of 09:21, 13 May 2020
Line 49:		Line 49:
	== '''Pomen sinteznih konzorcijev''' ==		== '''Pomen sinteznih konzorcijev''' ==

	Razumevanje mikrobiomov in njihov vpliv na zdravje ljudi, okolje in kmetijstvo, je v znanosti o mikrobiomu v ospredje postavilo manipuliranje in razumevanje kompleksnega mikrobnega ekosistema<sup>2</sup>. Potencial mikrobnih konzorcijev so v preteklosti že prepoznali v biorudarstvu, bioremediaciji in bioprocesiranju<sup>8</sup>, vendar pa je njihovo aplikacijo omejevalo pomanjkljivo razumevanje interakcij v skupnostih. Študija, ki so jo izvedli Kong in sod., daje temeljni vpogled v strukturo, dinamiko in ekologijo interakcij mikrobnih vrst s karakterizacijo sinteznih konzorcijev, ki služijo kot dobri približki naravnih skupnosti. Skupina je z različnimi kombinacijami preoblikovanja biosinteznih poti ustvarila različne družbene interakcije in tako dosegla pričakovane odzive v ekosistemu. Takšen pristop v sintezni biologiji postavlja temelj za ustvarjanje kompleksov, delovanja skupnosti in možnost različnih aplikacij<sup>2</sup>.		Razumevanje mikrobiomov in njihov vpliv na zdravje ljudi, okolje in kmetijstvo, je v znanosti o mikrobiomu v ospredje postavilo manipuliranje in razumevanje kompleksnega mikrobnega ekosistema<sup>2</sup>. Potencial mikrobnih konzorcijev so v preteklosti že prepoznali v [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Na%C4%8Drtovanje_mikrobnih_konzorcijev_za_izbolj%C5%A1anje_biorudarstva_in_bioremediacije biorudarstvu], [http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/Na%C4%8Drtovanje_mikrobnih_konzorcijev_za_izbolj%C5%A1anje_biorudarstva_in_bioremediacije bioremediaciji] in bioprocesiranju<sup>8</sup>, vendar pa je njihovo aplikacijo omejevalo pomanjkljivo razumevanje interakcij v skupnostih. Študija, ki so jo izvedli Kong in sod., daje temeljni vpogled v strukturo, dinamiko in ekologijo interakcij mikrobnih vrst s karakterizacijo sinteznih konzorcijev, ki služijo kot dobri približki naravnih skupnosti. Skupina je z različnimi kombinacijami preoblikovanja biosinteznih poti ustvarila različne družbene interakcije in tako dosegla pričakovane odzive v ekosistemu. Takšen pristop v sintezni biologiji postavlja temelj za ustvarjanje kompleksov, delovanja skupnosti in možnost različnih aplikacij<sup>2</sup>.

	== '''Viri in literatura''' ==		== '''Viri in literatura''' ==

Jerneja Nimac: /* Prostorska dinamika treh simetričnih ekosistemov */

2020-05-13T09:19:20Z

Prostorska dinamika treh simetričnih ekosistemov

← Older revision		Revision as of 09:19, 13 May 2020
Line 45:		Line 45:
	=== Prostorska dinamika treh simetričnih ekosistemov ===		=== Prostorska dinamika treh simetričnih ekosistemov ===

	V naravnih habitatih se mikrobne skupnosti pogosto razprostirajo preko prostora, celične interakcije pa so podvržene difuziji medsebojno delujočih molekul. Z uporabo konzorcijev s simetričnimi interakcijami (nevtralizem, simbioza, tekmovanje) in računalniškega modela, ki je vključeval reakcijsko-difuzijsko enačbo, so v študiji simulirali razvoj prostorske strukture ekosistem. Rezultati so pokazali, da se sevi v odnosu nevtralizma razporedijo naključno, v simbiozi težijo h ~~kolonizaciji~~, v primeru tekmovanja pa se pojavijo homogeni vzorci. Na koncu so s poskusi potrdili, da so družbene interakcije gonilna sila v strukturiranih okoljih. Prostorski dejavniki, kot je razmak med kolonijami, pa delujejo kot dodatni regulatorji, ki uravnavajo nastanek vzorca.		V naravnih habitatih se mikrobne skupnosti pogosto razprostirajo preko prostora, celične interakcije pa so podvržene difuziji medsebojno delujočih molekul. Z uporabo konzorcijev s simetričnimi interakcijami (nevtralizem, simbioza, tekmovanje) in računalniškega modela, ki je vključeval reakcijsko-difuzijsko enačbo, so v študiji simulirali razvoj prostorske strukture ekosistem. Rezultati so pokazali, da se sevi v odnosu nevtralizma razporedijo naključno, v simbiozi težijo h kolokalizaciji, v primeru tekmovanja pa se pojavijo homogeni vzorci. Na koncu so s poskusi potrdili, da so družbene interakcije gonilna sila v strukturiranih okoljih. Prostorski dejavniki, kot je razmak med kolonijami, pa delujejo kot dodatni regulatorji, ki uravnavajo nastanek vzorca.

	== '''Pomen sinteznih konzorcijev''' ==		== '''Pomen sinteznih konzorcijev''' ==

Jerneja Nimac at 11:47, 10 May 2020

2020-05-10T11:47:22Z

← Older revision		Revision as of 11:47, 10 May 2020
Line 9:		Line 9:
	Sestavljaje sinteznih genetskih vezji navadno poteka od spodaj navzgor (od promotorja do terminatorja) z vstavljanjem posameznih delov DNA v vezje<sup>2</sup>. Eden od novih načinov priprave genetskih vezij pa je modularno preoblikovanje že obstoječih genskih skupkov v različnih genetskih omrežjih<sup>6</sup>. Ta pristop se v zadnjem času kaže kot izredno močno orodje pri oblikovanju vezij, predvsem v sistemih z naraščajočo kompleksnostjo želenega odziva in visoko modularnostjo nativnega genetskega omrežja<sup>2</sup>.		Sestavljaje sinteznih genetskih vezji navadno poteka od spodaj navzgor (od promotorja do terminatorja) z vstavljanjem posameznih delov DNA v vezje<sup>2</sup>. Eden od novih načinov priprave genetskih vezij pa je modularno preoblikovanje že obstoječih genskih skupkov v različnih genetskih omrežjih<sup>6</sup>. Ta pristop se v zadnjem času kaže kot izredno močno orodje pri oblikovanju vezij, predvsem v sistemih z naraščajočo kompleksnostjo želenega odziva in visoko modularnostjo nativnega genetskega omrežja<sup>2</sup>.

	Skupina raziskovalcev (Kong in sod.) je izkoristila biosintezno pot nisina in laktocina A (lcnA) v bakteriji Lactococcus lactis za razvoj programabilnih celic, ki so nato predstavljale osnovo za sintezne mikrobne konzorcije. Spreminjanje kombinacij modulov v teh poteh vpliva na različno izločanje signalnih molekul in baktericidne lastnostni, kar omogoča hitro vzpostavitev različnih družbenih interakcij. Ustvarili so šest konzorcijev kot skupnosti dveh sevov. Vsak konzorcij je predstavljal svojo družbeno interakcijo: priskledništvo, amenzalizem, nevtralizem, simbiozo, tekmovanje in plenilstvo. Prav tako je vsak od njih sledil drugačni populacijski dinamiki, njihove značilnosti pa so bile določene z osnovnimi interakcijami. Skupina je svoje izsledke nato uporabila še za oblikovanje ekosistemov s tremi ali štirimi sevi in določitev prostorske dinamike.		Skupina raziskovalcev (Kong in sod.) je izkoristila biosintezno pot nisina in laktocina A (lcnA) v bakteriji ''Lactococcus lactis'' za razvoj programabilnih celic, ki so nato predstavljale osnovo za sintezne mikrobne konzorcije. Spreminjanje kombinacij modulov v teh poteh vpliva na različno izločanje signalnih molekul in baktericidne lastnostni, kar omogoča hitro vzpostavitev različnih družbenih interakcij. Ustvarili so šest konzorcijev kot skupnosti dveh sevov. Vsak konzorcij je predstavljal svojo družbeno interakcijo: priskledništvo, amenzalizem, nevtralizem, simbiozo, tekmovanje in plenilstvo. Prav tako je vsak od njih sledil drugačni populacijski dinamiki, njihove značilnosti pa so bile določene z osnovnimi interakcijami. Skupina je svoje izsledke nato uporabila še za oblikovanje ekosistemov s tremi ali štirimi sevi in določitev prostorske dinamike.

	== '''Načrtovanje in priprava konzorcijev z določenimi družbenimi interakcijami''' ==		== '''Načrtovanje in priprava konzorcijev z določenimi družbenimi interakcijami''' ==
Line 17:		Line 17:
	Nisin je antimikorbni peptid in molekula za zaznavanje celične gostote. Kodira ga 11 skupkov genov, ki so združeni v pet funkcionalnih modulov, za nastajanje prekurzorjev, premestitev in začetne modifikacije, sekundarne modifikacije, imunost in signaliziranje. Tudi IcnA je antimikrobni peptid, njegova osnovna biosintezna pot pa je sestavljena iz treh modulov: nastajanje prekurzorja, premestitev in imunost<sup>2,7</sup>.		Nisin je antimikorbni peptid in molekula za zaznavanje celične gostote. Kodira ga 11 skupkov genov, ki so združeni v pet funkcionalnih modulov, za nastajanje prekurzorjev, premestitev in začetne modifikacije, sekundarne modifikacije, imunost in signaliziranje. Tudi IcnA je antimikrobni peptid, njegova osnovna biosintezna pot pa je sestavljena iz treh modulov: nastajanje prekurzorja, premestitev in imunost<sup>2,7</sup>.

	Kong in sod. so kot gostiteljski sev uporabili sev NZ9000 bakterije L.lactis. Kot reporterski sistem sta služila fluorescenčna proteina mCherry in GFPuv<sup>2</sup>.		Kong in sod. so kot gostiteljski sev uporabili sev NZ9000 bakterije ''L.lactis''. Kot reporterski sistem sta služila fluorescenčna proteina mCherry in GFPuv<sup>2</sup>.

	=== Sintezni konzorciji z enosmernimi interakcijami ===		=== Sintezni konzorciji z enosmernimi interakcijami ===

Jerneja Nimac: New page: '''''Povzeto po članku:''''' [https://www.nature.com/articles/s41589-018-0091-7 Kong, W., Meldgin, D. R., Collins, J. J. in Lu, T. Designing microbial consortia with defined social intera...

2020-05-10T11:40:25Z

New page: '''''Povzeto po članku:''''' [https://www.nature.com/articles/s41589-018-0091-7 Kong, W., Meldgin, D. R., Collins, J. J. in Lu, T. Designing microbial consortia with defined social intera...

New page

'''''Povzeto po članku:''''' [https://www.nature.com/articles/s41589-018-0091-7 Kong, W., Meldgin, D. R., Collins, J. J. in Lu, T. Designing microbial consortia with defined social interactions. Nat. Chem. Biol. 14, 821–829 (2018).]

== '''Sintezni mikrobni konzorciji''' ==

Mikroorganizmi se med seboj povezujejo v skupnosti (konzorcije) in tvorijo kompleksne ekološke interakcijske mreže. Družbene interakcije znotraj mrež imajo lahko na mikrobe pozitivne ali negativne učinke1, prav tako pa so se slednje izkazale za zelo pomembne pri določanju dinamike ekosistema2. V naravi so mikrobni konzorciji navzoči v različnih okoljih in so vključeni v procese, kot sta bioremediacija in prebavljanje hrane2-4. V takšne naravne skupnosti, katerih funkcija pogosto ni poznana, je povezano več različnih vrst mikrobov5. Potencialne biotehnološke aplikacije in razvoj sintezne biologije pa sta omogočila konstruiranje sinteznih mikrobnih konzorcijev, ki so v primerjavi z naravnimi bolj okarakterizirani in manj kompleksni4,5. So premišljeno oblikovane skupnosti mikroorganizmov, ki se med seboj sporazumevajo, njihovo vedenje pa je moč nadzorovati in poljubno programirati za opravljanje kompleksnejših nalog2.

=== Preoblikovanje modularnih biosinteznih poti ===

Sestavljaje sinteznih genetskih vezji navadno poteka od spodaj navzgor (od promotorja do terminatorja) z vstavljanjem posameznih delov DNA v vezje2. Eden od novih načinov priprave genetskih vezij pa je modularno preoblikovanje že obstoječih genskih skupkov v različnih genetskih omrežjih6. Ta pristop se v zadnjem času kaže kot izredno močno orodje pri oblikovanju vezij, predvsem v sistemih z naraščajočo kompleksnostjo želenega odziva in visoko modularnostjo nativnega genetskega omrežja2.

Skupina raziskovalcev (Kong in sod.) je izkoristila biosintezno pot nisina in laktocina A (lcnA) v bakteriji Lactococcus lactis za razvoj programabilnih celic, ki so nato predstavljale osnovo za sintezne mikrobne konzorcije. Spreminjanje kombinacij modulov v teh poteh vpliva na različno izločanje signalnih molekul in baktericidne lastnostni, kar omogoča hitro vzpostavitev različnih družbenih interakcij. Ustvarili so šest konzorcijev kot skupnosti dveh sevov. Vsak konzorcij je predstavljal svojo družbeno interakcijo: priskledništvo, amenzalizem, nevtralizem, simbiozo, tekmovanje in plenilstvo. Prav tako je vsak od njih sledil drugačni populacijski dinamiki, njihove značilnosti pa so bile določene z osnovnimi interakcijami. Skupina je svoje izsledke nato uporabila še za oblikovanje ekosistemov s tremi ali štirimi sevi in določitev prostorske dinamike.

== '''Načrtovanje in priprava konzorcijev z določenimi družbenimi interakcijami''' ==

'''''Nisin in laktocin A'''''

Nisin je antimikorbni peptid in molekula za zaznavanje celične gostote. Kodira ga 11 skupkov genov, ki so združeni v pet funkcionalnih modulov, za nastajanje prekurzorjev, premestitev in začetne modifikacije, sekundarne modifikacije, imunost in signaliziranje. Tudi IcnA je antimikrobni peptid, njegova osnovna biosintezna pot pa je sestavljena iz treh modulov: nastajanje prekurzorja, premestitev in imunost2,7.

Kong in sod. so kot gostiteljski sev uporabili sev NZ9000 bakterije L.lactis. Kot reporterski sistem sta služila fluorescenčna proteina mCherry in GFPuv2.

=== Sintezni konzorciji z enosmernimi interakcijami ===

V prvem delu študije načrtovanja konzorcijev so raziskovalci konstruirali konzorcije z dvema sevoma, ki sta med seboj komunicirala z enosmernimi interakcijami. Prva takšna interakcija je '''priskledništvo'''. V tem razmerju ima en sev korist od drugega, medtem ko drugi nima niti koristi niti škode2. V prvi sev (CmA) so vstavili zapis za celotno pot biosinteze nisina in gen za rezistenco proti tetraciklinu (tetR), ki se je konstitutivno izražal. V drugi sev (CmB) pa so vključili le del poti za biosintezo nisina (modul za signalizacijo in modul za imunost) ter tetR pod vplivom inducibilnega promotorja za nisin. Če sta bila v gojišču s tetraciklinom prisotna oba seva, sta zrasla oba. Sev CmA je bil v korist sevu CmB. Prvi namreč izloča nisin, kar sproži izražanje tetR v drugem sevu, ki postane rezistenten proti tetraciklinu. Mehanizem priskledništva je v tem primeru pravzaprav rezistenca seva CmB na tetraciklin, ki jo sproži izražanje nisina v sevu CmA.

V drugem konzorciju je komunikacija stekla po principu '''amenzalizma''', v tem odnosu en sev negativno vpliva na drugega. To so dosegli s povečanjem baktericidnega učinka nisina. Tudi tokrat so v prvi sev (AmA) vključili celotno pot za biosintezo nisina, drugi sev (AmB) pa transformirali le z vektorjem pCCAMβ12, ki sistemsko optimizira proizvajanje nisina7. Če sta bila v gojišču prisotna oba seva, sev AmB ni uspeval, kar dokazuje škodljiv učinek seva AmA na sev AmB.

Kot kontrolo priskledništvu in amenzalizmu so konstruirali še skupnost '''nevtralizma'''. Oba seva, NeA in NeB, so transformirali z vektorjem pCCAMβ1. Izkazalo se je, da sta bila oba sposobna rasti tako samostojno, kot če sta bila v gojišču prisotna oba hkrati. S tem poskusom so dokazali, da je njuna družbena interakcija nevtralna.

=== Sintezni konzorciji z dvosmernimi interakcijami ===

Po okarakteriziranju enosmernih socialnih interakcij, so v drugem delu študije ustvarili sisteme z dvosmerno komunikacijo, in sicer s '''simbiozo''', '''tekmovanjem''' in '''plenjenje'''. '''Simbioza''' je proces, v katerem vrste med seboj sodelujejo in imajo obojestransko korist2. Za pripravo konzorcija s takšnim načinom sporazumevanja, so zasnovali skupno nalogo – proizvodnjo nisina. Ta večstopenjski proces je vključeval sintezo prekurzorja, premestitev in posttranslacijske modifikacije. Sev CoA je omogočal sintezo in izločanje prekurzorja nisina, sev CoB pa je ta prekurzor pretvoril v aktivni nisin. Seva so razvili z modularnim preoblikovanjem biosintezne poti slednjega, vstavili so še gen za rezistenco proti tetraciklinu, ki je bil pod nadzorom inducibilnega promotorja in reporterski sistem. Rezultati poskusa kažejo, da sta CoA in CoB rasla v mediju s tetraciklinom le v primeru kokulitvacije. V primeru spremenjene vloge nista zrasla, to pa je dokaz, kako pomembno je sodelovanje za rast inženirsko ustvarjenih sevov.

'''Tekmovanje''' je interakcija med vrstami, pri kateri je fitnes ene vrste manjši zaradi prisotnosti druge2. Eksperimentalno so ustvarili dva seva, ki sta med seboj tekmovala. V seva so ločeno vstavili poti za biosintezo nisina (sev CpA) in IcnA (sev CpB). Če sta bila v gojišču prisotna skupaj, se je fintes obeh sevov zmanjšal. CpA je rasel z zamikom, CpB sploh ni. CpA je zmagal tekmovanje in dominiral v populaciji. In čeprav je CpB izgubil tekmovanje, je izločen IcnA na začetku tekmovanja povzročil upočasnitev in zmanjšanje rasti CpA v kokulturi.

'''Plenjenje''' pa je družbena interakcija, v kateri ena vrsta (plen) koristi drugemu (plenilec), sama pa je pri tem oškodovana2. Ta interakcija je topolško enakovredna dvema enosmernima interakcijama - priskledništvu in amenzalizmu z nasprotnima orientacijami. To skupnost so Kong in sod. vzpostavili tako, da so priskledniški sev CmA uporabili kot plen (PrA), plenilec pa je bil sev s kombinacijo vezij CmB (z nisin-inducibilnim tetR) in AmA2 (konstitutivno izražanje IcnA). V tej skupnosti PrA zagotavlja nisin za PrB, ta pa dejansko oškoduje sev PrA z izločanjem IcnA. Ob kokultivaciji je sev PrA zrasel hitro, nato pa je njegova gostota postopoma upadla. PrB je v začetku rasel počasi, na koncu pa je v populaciji prevladal. V primeru monokultur je PrA rasel normalno, PrB pa sploh ni. Takšni rezultati potrjujejo razmerje plenjenja med tema sevoma .

=== Matematični model eno- in dvosmerne interakcije ===

Za kvantitativni opis opaženega vedenja so sestavili tudi matematični model za napoved dinamike skupnosti z dvema sevoma. Osnova modela so bile diferencialne enačbe s petimi spremenljivkami (dve za populaciji sevov, dve za medsebojno delujoče molekule, ki jih sevi proizvajajo in ena za hranila v kulturi). S prileganjem eksperimentalno določenih rezultatov so zaključili, da njihov model uspešno zajame in opiše značilnosti populacijske dinamike sinteznih konzorcijev.

=== Zasnova ekosistemov s tremi in štirimi sevi ===

Uporabnost ustvarjenih sistemov so pokazali še z oblikovanjem kompleksnih ekosistemov s predvidljivo dinamiko. Eksperimentalne podatke ustvarjenih in dobro okarakteriziranih konzorcijev so združili z matematičnimi modeli, da bi določili, ali je mogoče dinamiko in obnašanje kompleksnih skupnosti s tremi in štirimi sevi napovedati na osnovi enostavnih ekosistemov. Pri poskusih so ostali nespremenjeni vsi parametri konzorcijev z dvema sevoma, nov parameter je predstavljala le hitrost rasti novih sevov, ki predhodno še niso bili opisani. Iz rezultatov so zaključili, da takšni modeli odlično napovedo dinamiko sinteznih mikrobnih konzorcijev. Prav tako so ugotovili, da bi lahko kompleksne skupnosti vključevale tudi višje rede interakcij in da lahko vsaj za ekosisteme, ki primarno obsegajo parne interakcije, dinamika skupnosti izhaja iz vedenja enostavnejših konzorcijev.

=== Prostorska dinamika treh simetričnih ekosistemov ===

V naravnih habitatih se mikrobne skupnosti pogosto razprostirajo preko prostora, celične interakcije pa so podvržene difuziji medsebojno delujočih molekul. Z uporabo konzorcijev s simetričnimi interakcijami (nevtralizem, simbioza, tekmovanje) in računalniškega modela, ki je vključeval reakcijsko-difuzijsko enačbo, so v študiji simulirali razvoj prostorske strukture ekosistem. Rezultati so pokazali, da se sevi v odnosu nevtralizma razporedijo naključno, v simbiozi težijo h kolonizaciji, v primeru tekmovanja pa se pojavijo homogeni vzorci. Na koncu so s poskusi potrdili, da so družbene interakcije gonilna sila v strukturiranih okoljih. Prostorski dejavniki, kot je razmak med kolonijami, pa delujejo kot dodatni regulatorji, ki uravnavajo nastanek vzorca.

== '''Pomen sinteznih konzorcijev''' ==

Razumevanje mikrobiomov in njihov vpliv na zdravje ljudi, okolje in kmetijstvo, je v znanosti o mikrobiomu v ospredje postavilo manipuliranje in razumevanje kompleksnega mikrobnega ekosistema2. Potencial mikrobnih konzorcijev so v preteklosti že prepoznali v biorudarstvu, bioremediaciji in bioprocesiranju8, vendar pa je njihovo aplikacijo omejevalo pomanjkljivo razumevanje interakcij v skupnostih. Študija, ki so jo izvedli Kong in sod., daje temeljni vpogled v strukturo, dinamiko in ekologijo interakcij mikrobnih vrst s karakterizacijo sinteznih konzorcijev, ki služijo kot dobri približki naravnih skupnosti. Skupina je z različnimi kombinacijami preoblikovanja biosinteznih poti ustvarila različne družbene interakcije in tako dosegla pričakovane odzive v ekosistemu. Takšen pristop v sintezni biologiji postavlja temelj za ustvarjanje kompleksov, delovanja skupnosti in možnost različnih aplikacij2.

== '''Viri in literatura''' ==

1. Faust, K. in Raes, J. Microbial interactions: From networks to models. ''Nature Reviews Microbiology'' '''10''', 538–550 (2012).

2. Kong, W., Meldgin, D. R., Collins, J. J. in Lu, T. Designing microbial consortia with defined social interactions. ''Nat. Chem. Biol.'' '''14''', 821–829 (2018).

3. Roell, G. W. et al. Engineering microbial consortia by division of labor. ''Microbial Cell Factories'' '''18''', (2019).

4. Großkopf, T. in Soyer, O. S. Synthetic microbial communities. ''Current Opinion in Microbiology'' '''18''', 72–77 (2014).

5. Tsoi, R., Dai, Z. in You, L. Emerging strategies for engineering microbial communities. ''Biotechnology Advances'' '''37''', (2019).

6. Xia, P. F., Ling, H., Foo, J. L. in Chang, M. W. Synthetic genetic circuits for programmable biological functionalities. ''Biotechnology Advances'' '''37''', 107393 (2019).

7. Kong, W. in Lu, T. Cloning and optimization of a nisin biosynthesis pathway for bacteriocin harvest. ''ACS Synth. Biol.'' '''3''', 439–445 (2014).

8. Shong, J., Jimenez Diaz, M. R. in Collins, C. H. Towards synthetic microbial consortia for bioprocessing. ''Current Opinion in Biotechnology'' '''23''', 798–802 (2012).