Odkritje mikro RNA (miRNA) - Revision history

RokŠtemberger at 19:21, 2 April 2012

2012-04-02T19:21:33Z

← Older revision		Revision as of 19:21, 2 April 2012
Line 50:		Line 50:


	== OPIS STRUKTUR in ZORENJE miRNA ==		== OPIS STRUKTUR IN ZORENJE miRNA ==

	Večina odkritih miRNA genov je nesmiselno orientirana glede na sosednje gene in tako menimo, da je prepisana kot neodvisna enota. V nekaterih primerih pa je miRNA prepisana skupaj s svojim gostiteljskim genom, kar zagotavlja sklopljeno regulacijo miRNA in gena, ki kodira protein.		Večina odkritih miRNA genov je nesmiselno orientirana glede na sosednje gene in tako menimo, da je prepisana kot neodvisna enota. V nekaterih primerih pa je miRNA prepisana skupaj s svojim gostiteljskim genom, kar zagotavlja sklopljeno regulacijo miRNA in gena, ki kodira protein.

RokŠtemberger at 19:20, 2 April 2012

2012-04-02T19:20:54Z

← Older revision		Revision as of 19:20, 2 April 2012
Line 96:		Line 96:


	1. V. Narry, Kim. MicroRNA biogenesis: coordinated cropping and dicing. Nature reviews molecular cell biology, 2005, str.376-385.		1. V. Narry, Kim. MicroRNA biogenesis: coordinated cropping and dicing. ''Nature reviews molecular cell biology'', 2005, str.376-385.

	2. L. Nelson David, M. Cox Michael. Principles of biochemistry. New York: W. H. Freemen and company, 2008, STR. 1045-1046		2. L. Nelson David, M. Cox Michael. ''Principles of biochemistry''. New York: W. H. Freemen and company, 2008, STR. 1045-1046

	3. P. Bartel, David. MicroRNAs: Genomics, Biogenesis, Mechanism, and Function. Cell, 2004, letn.116, str.281-297.		3. P. Bartel, David. MicroRNAs: Genomics, Biogenesis, Mechanism, and Function. ''Cell'', 2004, letn.116, str.281-297.

	4. http://www.news-medical.net/health/What-is-MicroRNA.aspx - [25.3.2012]		4. http://www.news-medical.net/health/What-is-MicroRNA.aspx - [25.3.2012]

RokŠtemberger at 19:19, 2 April 2012

2012-04-02T19:19:53Z

← Older revision		Revision as of 19:19, 2 April 2012
Line 23:		Line 23:


	• ''~~Celični~~ delitvi''		• ''celični delitvi''

	• ''~~Celični~~ smrti''		• ''celični smrti''

	• ''~~Celični~~ diferenciaciji''		• ''celični diferenciaciji''

	• ''~~Metabolizmu~~ maščob v muhah''		• ''metabolizmu maščob v muhah''

	• ''~~Oblikovanju~~ nevronov v glistah''		• ''oblikovanju nevronov v glistah''

	• ''~~Razvoju~~ listov in cveta''		• ''razvoju listov in cveta''

	• ''~~Morfogenezi~~ udov''		• ''morfogenezi udov''

	• ''~~Proliferaciji~~''		• ''proliferaciji''

	• ''~~Apoptozi~~ edokrinega sistema''		• ''apoptozi edokrinega sistema''

	• ''Obnova kosti''		• ''Obnova kosti''

RokŠtemberger at 19:18, 2 April 2012

2012-04-02T19:18:58Z

← Older revision		Revision as of 19:18, 2 April 2012
Line 68:		Line 68:


	'''Pri-miRNA'''		'''Pri-miRNA''':
	Je oblika, ki nastane takoj po prepisu iz DNA s pomočjo encima RNA polimeraza II (ali III). Verigo lahko sestavlja tudi več tisoč nukleotidov, v strukturi pa najdemo številne lasnice. Transkripcija pri-miRNA je regulirana s transkripcijskimi faktorji, vse pa imajo dodan poli-A rep in na 5' koncu 5'kapo.		Je oblika, ki nastane takoj po prepisu iz DNA s pomočjo encima RNA polimeraza II (ali III). Verigo lahko sestavlja tudi več tisoč nukleotidov, v strukturi pa najdemo številne lasnice. Transkripcija pri-miRNA je regulirana s transkripcijskimi faktorji, vse pa imajo dodan poli-A rep in na 5' koncu 5'kapo.

	'''Pre-miRNA'''		'''Pre-miRNA''':
	Je mnogo krajša molekula, ki nastane po delovanju encima Drosha in se zreducira na 60-70 nukleotidov, v večini primerov nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor. Pre-miRNA se začne z zanko, sredinski del molekule pa se po navadi zvije v dvojno vijačnico. Tvorijo se specifični 5' in 3' konci (3' je za 2 nukleotida daljši). S tem se struktura označi in je pripravljena za prenos iz jedra s pomočjo prenašalcev Exportin-5 in RAN-GTP.		Je mnogo krajša molekula, ki nastane po delovanju encima Drosha in se zreducira na 60-70 nukleotidov, v večini primerov nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor. Pre-miRNA se začne z zanko, sredinski del molekule pa se po navadi zvije v dvojno vijačnico. Tvorijo se specifični 5' in 3' konci (3' je za 2 nukleotida daljši). S tem se struktura označi in je pripravljena za prenos iz jedra s pomočjo prenašalcev Exportin-5 in RAN-GTP.

	'''MiRNA dupleks'''		'''MiRNA dupleks''':
	V citoplazmi deluje na mi-RNA (oziroma na pre-miRNA) še drug encim imenovan Dicer, ki je po delovanju podoben Droshi, njegova glavna naloga pa je, da odreže začetni del molekule (zanko). Pri tem nastane dvovijačni dupleks.		V citoplazmi deluje na mi-RNA (oziroma na pre-miRNA) še drug encim imenovan Dicer, ki je po delovanju podoben Droshi, njegova glavna naloga pa je, da odreže začetni del molekule (zanko). Pri tem nastane dvovijačni dupleks.

	'''Zrela miRNA'''		'''Zrela miRNA''':
	Helikaza zazna, kateri konec je šibkejši in v tem delu razcepi dvovijačni dupleks na dva dela - vodilno in potniško verigo, pri čemer vodilna veriga predstavlja zrelo miRNA.		Helikaza zazna, kateri konec je šibkejši in v tem delu razcepi dvovijačni dupleks na dva dela - vodilno in potniško verigo, pri čemer vodilna veriga predstavlja zrelo miRNA.
	Če je zrela miRNA le delno komplementarna zaporedju na mRNA, služi kot inhibitor translacije. Če pa je zrela miRNA (skoraj) popolnoma komplementarna, potem pa reže mRNA s pomočjo endonukleaze na točno določenem mestu (med 10. in 11. Nukleotidom) oz. jo degradira.		Če je zrela miRNA le delno komplementarna zaporedju na mRNA, služi kot inhibitor translacije. Če pa je zrela miRNA (skoraj) popolnoma komplementarna, potem pa reže mRNA s pomočjo endonukleaze na točno določenem mestu (med 10. in 11. Nukleotidom) oz. jo degradira.

RokŠtemberger at 19:18, 2 April 2012

2012-04-02T19:18:27Z

← Older revision		Revision as of 19:18, 2 April 2012
Line 83:		Line 83:


	== ~~Dodatno gradivo~~ ==		== DODATNO GRADIVO ==

	(od tukaj naprej pa smo naredili skupaj)		(od tukaj naprej pa smo naredili skupaj)

RokŠtemberger at 18:31, 2 April 2012

2012-04-02T18:31:55Z

← Older revision		Revision as of 18:31, 2 April 2012
Line 3:		Line 3:


	Leta 1993 je skupina znanstvenikov, na čelu z Viktorjem Ambrosom, prišla do odkritja mikro-RNA (miRNA). Njihova raziskava je potekala na glisti C. Elegans, pri kateri so opazovali gen Lin-14, ki vpliva na razvoj gliste. Znano je, da gre ta modelni organizem čez 4 stadije razvoja, čas posameznega stadija pa določa gen imenovan ~~lin~~-4.		Leta 1993 je skupina znanstvenikov, na čelu z Viktorjem Ambrosom, prišla do odkritja mikro-RNA (miRNA). Njihova raziskava je potekala na glisti C. Elegans, pri kateri so opazovali gen Lin-14, ki vpliva na razvoj gliste. Znano je, da gre ta modelni organizem čez 4 stadije razvoja, čas posameznega stadija pa določa gen imenovan Lin-4.

	Ugotovili so, da je gen Lin-14 reguliran z majhno RNA, ki je produkt ravno tega gena. Pri transkripciji nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor, ki v kasnejših fazah dozori v samo 22 nukleotidov dolgo zrelo RNA, ki so jo poimenovali miRNA. Opazili so, da ima miRNA skoraj da komplementarno zaporedje na 3' UTR, gena ~~lin~~-14. 3'UTR je regija na 3' koncu mRNA in ima postregulatorno vlogo, sem pa se tudi veže miRNA.		Ugotovili so, da je gen Lin-14 reguliran z majhno RNA, ki je produkt ravno tega gena. Pri transkripciji nastane 61 nukleotidov dolg prekurzor, ki v kasnejših fazah dozori v samo 22 nukleotidov dolgo zrelo RNA, ki so jo poimenovali miRNA. Opazili so, da ima miRNA skoraj da komplementarno zaporedje na 3' UTR, gena Lin-14. 3'UTR je regija na 3' koncu mRNA in ima postregulatorno vlogo, sem pa se tudi veže miRNA.

	Z raziskavo so dokazali, da je v celici zelo malo proteina, ki bi moral biti transleciran, kljub temu, da je bilo prisotne veliko ~~lin~~-14 mRNA. Ta raziskava je pripeljala do odkritja, da je miRNA odgovorna za inhibicijo translacije ~~lin~~-14 mRNA. To je bila tudi prva odkrita miRNA in ravno to odkritje je pomenilo da ima mikro-RNA sposobnost utišanja genov in spada v posebni razred RNA. Možnost vpliva na izražanje genov je kmalu postalo aktualno področje za raziskave, in še danes se mnogo znanstvenikov posveča delovanju in odkrivanju novih miRNA.		Z raziskavo so dokazali, da je v celici zelo malo proteina, ki bi moral biti transleciran, kljub temu, da je bilo prisotne veliko Lin-14 mRNA. Ta raziskava je pripeljala do odkritja, da je miRNA odgovorna za inhibicijo translacije Lin-14 mRNA. To je bila tudi prva odkrita miRNA in ravno to odkritje je pomenilo da ima mikro-RNA sposobnost utišanja genov in spada v posebni razred RNA. Možnost vpliva na izražanje genov je kmalu postalo aktualno področje za raziskave, in še danes se mnogo znanstvenikov posveča delovanju in odkrivanju novih miRNA.
	Prva miRNA, ki je bila odkrita v zgodnjih 90-ih letih prejšnjega stoletja, sprva ni bila priznana kot biološki regulator, kar se je zgodilo šele leta 2000. Od takrat naprej so raziskave miRNA razkrile pomembno vlogo v negativni in možno sodelovanje v pozitivni regulaciji. Na podlagi raziskav je miRNA verjetno udeležena v mnogih bioloških procesih.		Prva miRNA, ki je bila odkrita v zgodnjih 90-ih letih prejšnjega stoletja, sprva ni bila priznana kot biološki regulator, kar se je zgodilo šele leta 2000. Od takrat naprej so raziskave miRNA razkrile pomembno vlogo v negativni in možno sodelovanje v pozitivni regulaciji. Na podlagi raziskav je miRNA verjetno udeležena v mnogih bioloških procesih.
	Leta 2000 so že ugotovili, da je miRNA zadolžena za utišanje mnogih ostalih mRNA (npr. Lin-41, Lin-14, Lin-28 itd.). Do danes je poznanih že preko 4000 miRNA, ki so bile odkrite v evkariontih, predvsem v sesalcih, spužvah in rastlinah. Do sedaj je bilo pri ljudeh odkritih preko 700 miRNA, predvidevajo pa, da jih obstaja še 800. Delovale naj bi na kar 60% naših genov.		Leta 2000 so že ugotovili, da je miRNA zadolžena za utišanje mnogih ostalih mRNA (npr. Lin-41, Lin-14, Lin-28 itd.). Do danes je poznanih že preko 4000 miRNA, ki so bile odkrite v evkariontih, predvsem v sesalcih, spužvah in rastlinah. Do sedaj je bilo pri ljudeh odkritih preko 700 miRNA, predvidevajo pa, da jih obstaja še 800. Delovale naj bi na kar 60% naših genov.

RokŠtemberger at 18:31, 2 April 2012

2012-04-02T18:31:07Z

← Older revision		Revision as of 18:31, 2 April 2012
Line 23:		Line 23:


	• '''Celični delitvi'''		• ''Celični delitvi''

	• '''Celični smrti'''		• ''Celični smrti''

	• '''Celični diferenciaciji'''		• ''Celični diferenciaciji''

	• '''Metabolizmu maščob v muhah'''		• ''Metabolizmu maščob v muhah''

	• '''Oblikovanju nevronov v glistah'''		• ''Oblikovanju nevronov v glistah''

	• '''Razvoju listov in cveta'''		• ''Razvoju listov in cveta''

	• '''Morfogenezi udov'''		• ''Morfogenezi udov''

	• '''Proliferaciji'''		• ''Proliferaciji''

	• '''Apoptozi edokrinega ~~sistem'~~''a		• ''Apoptozi edokrinega sistema''

	• '''Obnova kosti'''		• ''Obnova kosti''


Line 58:		Line 58:


	• '''pri-miRNA (primary mikroRNA) ali primarna miRNA'''		• ''pri-miRNA (primary mikroRNA) ali primarna miRNA''

	• '''pre-miRNA (mikroRNA precursor) ali prekurzorska miRNA'''		• ''pre-miRNA (mikroRNA precursor) ali prekurzorska miRNA''

	• '''miRNA dupleks ali dvovijačni dupleks'''		• ''miRNA dupleks ali dvovijačni dupleks''

	• '''zrela miRNA'''		• ''zrela miRNA''

RokŠtemberger at 18:30, 2 April 2012

2012-04-02T18:30:09Z

← Older revision		Revision as of 18:30, 2 April 2012
Line 23:		Line 23:


	• Celični delitvi		• '''Celični delitvi'''

	• Celični smrti		• '''Celični smrti'''

	• Celični diferenciaciji		• '''Celični diferenciaciji'''

	• Metabolizmu maščob v muhah		• '''Metabolizmu maščob v muhah'''

	• Oblikovanju nevronov v glistah		• '''Oblikovanju nevronov v glistah'''

	• Razvoju listov in cveta		• '''Razvoju listov in cveta'''

	• Morfogenezi udov		• '''Morfogenezi udov'''

	• Proliferaciji		• '''Proliferaciji'''

	• Apoptozi edokrinega ~~sistema~~		• '''Apoptozi edokrinega sistem'''a

	• Obnova kosti		• '''Obnova kosti'''


Line 58:		Line 58:


	• pri-miRNA (primary mikroRNA) ali primarna miRNA		• '''pri-miRNA (primary mikroRNA) ali primarna miRNA'''

	• pre-miRNA (mikroRNA precursor) ali prekurzorska miRNA		• '''pre-miRNA (mikroRNA precursor) ali prekurzorska miRNA'''

	• miRNA dupleks ali dvovijačni dupleks		• '''miRNA dupleks ali dvovijačni dupleks'''

	• zrela miRNA		• '''zrela miRNA'''

RokŠtemberger at 18:23, 2 April 2012

2012-04-02T18:23:14Z

← Older revision		Revision as of 18:23, 2 April 2012
Line 86:		Line 86:

	(od tukaj naprej pa smo naredili skupaj)		(od tukaj naprej pa smo naredili skupaj)
	Za boljšo predstavo zgoraj opisanega zorenja miRNA vam prilagam še sliko, link: http://www.google.si/imgres?num=10&um=1&hl=sl&client=firefox-a&rls=org.mozilla:sl:official&biw=1680&bih=878&tbm=isch&tbnid=aDSzSymnWaCqeM:&imgrefurl=http://www.highlighthealth.com/resources/micrornas-in-human-health-and-disease/&docid=xTWyuD3LzJqH3M&imgurl=http://www.highlighthealth.com/wp-content/uploads/2009/07/microrna-pathway.png&w=544&h=734&ei=A4p4T8i_D4vT4QT_5Z2CDw&zoom=1&iact=hc&vpx=353&vpy=482&dur=382&hovh=210&hovw=156&tx=145&ty=142&sig=109233804040984737619&sqi=2&page=1&tbnh=167&tbnw=124&start=0&ndsp=33&ved=1t:429,r:18,s:0

	Zraven pa prilagam tudi video iz youtuba, ki vam prikaže funkcijo in biogenez miRNA (v poštev pride samo prvih 53 sekund videa), link: http://www.youtube.com/watch?v=_-9pROnSD-A		1. Za boljšo predstavo zgoraj opisanega zorenja miRNA vam prilagam še sliko, link: http://www.google.si/imgres?num=10&um=1&hl=sl&client=firefox-a&rls=org.mozilla:sl:official&biw=1680&bih=878&tbm=isch&tbnid=aDSzSymnWaCqeM:&imgrefurl=http://www.highlighthealth.com/resources/micrornas-in-human-health-and-disease/&docid=xTWyuD3LzJqH3M&imgurl=http://www.highlighthealth.com/wp-content/uploads/2009/07/microrna-pathway.png&w=544&h=734&ei=A4p4T8i_D4vT4QT_5Z2CDw&zoom=1&iact=hc&vpx=353&vpy=482&dur=382&hovh=210&hovw=156&tx=145&ty=142&sig=109233804040984737619&sqi=2&page=1&tbnh=167&tbnw=124&start=0&ndsp=33&ved=1t:429,r:18,s:0

			2. Zraven pa prilagam tudi video iz youtuba, ki vam prikaže funkcijo in biogenez miRNA (v poštev pride samo prvih 53 sekund videa), link: http://www.youtube.com/watch?v=_-9pROnSD-A

RokŠtemberger at 18:22, 2 April 2012

2012-04-02T18:22:34Z

← Older revision		Revision as of 18:22, 2 April 2012
Line 95:		Line 95:


	V. Narry, Kim. MicroRNA biogenesis: coordinated cropping and dicing. Nature reviews molecular cell biology, 2005, str.376-385.		1. V. Narry, Kim. MicroRNA biogenesis: coordinated cropping and dicing. Nature reviews molecular cell biology, 2005, str.376-385.

	L. Nelson David, M. Cox Michael. Principles of biochemistry. New York: W. H. Freemen and company, 2008, STR. 1045-1046		2. L. Nelson David, M. Cox Michael. Principles of biochemistry. New York: W. H. Freemen and company, 2008, STR. 1045-1046

	P. Bartel, David. MicroRNAs: Genomics, Biogenesis, Mechanism, and Function. Cell, 2004, letn.116, str.281-297.		3. P. Bartel, David. MicroRNAs: Genomics, Biogenesis, Mechanism, and Function. Cell, 2004, letn.116, str.281-297.

	http://www.news-medical.net/health/What-is-MicroRNA.aspx - [25.3.2012]		4. http://www.news-medical.net/health/What-is-MicroRNA.aspx - [25.3.2012]

	http://en.wikipedia.org/wiki/MicroRNA - [26.3.2012]		5. http://en.wikipedia.org/wiki/MicroRNA - [26.3.2012]

	[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]		[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]