Pomen plazmida Ti za patogenost agrobakterij - Revision history

Blaz.cerenak at 08:24, 7 May 2024

2024-05-07T08:24:19Z

← Older revision		Revision as of 08:24, 7 May 2024
Line 1:		Line 1:
	==Uvod==		==Uvod==
	Raziskovanje bakterij rodu Agrobacterium, zlasti na začetku, predstavlja pomembno poglavje na področju rastlinske patologije in biotehnologije. Pot se je začela z opazovanjem in raziskovanjem razvoja bakterijskega raka na rastlinah (crown gall disease), za katere so značilne tumorske rasti na dvokaličnicah – pojav, ki ga pripisujejo bakteriji Agrobacterium tumefaciens. Te rakave tvorbe se običajno pojavijo na koreninah, kjer so rane vstopne točke za bakterijo, da okuži in se pritrdi na kompetentne rastlinske celice, ki se delijo. Med nenormalnim razmnoževanjem celic bakterijskega in človeškega raka so opazili podobnosti, ki so vzbudile dodatno radovednost o morebitnih povezavah.		Raziskovanje bakterij rodu ''Agrobacterium'', zlasti na začetku, predstavlja pomembno poglavje na področju rastlinske patologije in biotehnologije. Pot se je začela z opazovanjem in raziskovanjem razvoja bakterijskega raka na rastlinah (crown gall disease), za katere so značilne tumorske rasti na dvokaličnicah – pojav, ki ga pripisujejo bakteriji ''Agrobacterium tumefaciens''. Te rakave tvorbe se običajno pojavijo na koreninah, kjer so rane vstopne točke za bakterijo, da okuži in se pritrdi na kompetentne rastlinske celice, ki se delijo. Med nenormalnim razmnoževanjem celic bakterijskega in človeškega raka so opazili podobnosti, ki so vzbudile dodatno radovednost o morebitnih povezavah.

	==Odkritje Ti plazmida==		==Odkritje Ti plazmida==
Line 6:		Line 6:
	Na začetku 20. stoletja so bile raziskave osredotočene ne le na razumevanje vloge agrobakterij kot fitopatogena, temveč tudi na raziskovanje zanimive možnosti, da bi se načelo povzročanja tumorjev TIP (tumor-inducing principle) preneslo iz bakterije na rastlinske celice. Ena od ključnih ugotovitev je bila, da imajo celice bakterijskega raka edinstvene lastnosti, med drugimi sposobnost rasti v tkivni kulturi brez dodatka rastlinskih regulatorjev rasti – lastnost, ki je pri običajnih rastlinskih celicah ni. Ta pojav je nakazoval prisotnost prenosljivega dejavnika, odgovornega za povzročanje tumorske rasti, ki je bil pozneje opredeljen kot T-DNA.		Na začetku 20. stoletja so bile raziskave osredotočene ne le na razumevanje vloge agrobakterij kot fitopatogena, temveč tudi na raziskovanje zanimive možnosti, da bi se načelo povzročanja tumorjev TIP (tumor-inducing principle) preneslo iz bakterije na rastlinske celice. Ena od ključnih ugotovitev je bila, da imajo celice bakterijskega raka edinstvene lastnosti, med drugimi sposobnost rasti v tkivni kulturi brez dodatka rastlinskih regulatorjev rasti – lastnost, ki je pri običajnih rastlinskih celicah ni. Ta pojav je nakazoval prisotnost prenosljivega dejavnika, odgovornega za povzročanje tumorske rasti, ki je bil pozneje opredeljen kot T-DNA.

	Kasneje je prišlo do preboja z odkritjem opinov - nenavadnih metabolitov, ki jih najdemo izključno v rakavih rastlinskih celicah. Različni sevi agrobakterij so v tumorjih povzročili nastajanje določenih opinov, ki so jih bakterije lahko nato katabolizirale za lastno rast. Kljub težavam pri odkrivanju bakterijske DNA v celicah rakavih tvorb z obstoječimi metodami je identifikacija nenavadno velikih krožnih molekul DNA v virulentnih sevih bakterije Agrobacterium raziskovalcem utrla pot do prelomnega odkritja povzročitelja tumorja – Ti (tumor-inducing) plazmid.		Kasneje je prišlo do preboja z odkritjem opinov - nenavadnih metabolitov, ki jih najdemo izključno v rakavih rastlinskih celicah. Različni sevi agrobakterij so v tumorjih povzročili nastajanje določenih opinov, ki so jih bakterije lahko nato katabolizirale za lastno rast. Kljub težavam pri odkrivanju bakterijske DNA v celicah rakavih tvorb z obstoječimi metodami je identifikacija nenavadno velikih krožnih molekul DNA v virulentnih sevih bakterije ''Agrobacterium'' raziskovalcem utrla pot do prelomnega odkritja povzročitelja tumorja – Ti (tumor-inducing) plazmid.

	Odkritje plazmida Ti je predstavljalo pomemben mejnik, saj je bil to prvi identificirani genetski element, ki prispeva k tumorogenosti. Ta ugotovitev je raziskovalcem omogočila, da so dobili poseben cilj za odkrivanje in nadaljnje raziskovanje, saj so le-te razjasnile molekularne mehanizme, na katerih temelji prenos T-DNA in omogočile razvoj sistema binarnih vektorjev – ključnega orodja za transformacijo rastlin, ki se pogosto uporablja v biotehnologiji.		Odkritje plazmida Ti je predstavljalo pomemben mejnik, saj je bil to prvi identificirani genetski element, ki prispeva k tumorogenosti. Ta ugotovitev je raziskovalcem omogočila, da so dobili poseben cilj za odkrivanje in nadaljnje raziskovanje, saj so le-te razjasnile molekularne mehanizme, na katerih temelji prenos T-DNA in omogočile razvoj sistema binarnih vektorjev – ključnega orodja za transformacijo rastlin, ki se pogosto uporablja v biotehnologiji.
Line 13:		Line 13:
	Čeprav je sprva veljalo, da imajo agrobakterije omejeno gostiteljsko območje le na dvokaličnice, so poznejše študije to domnevo ovrgle, saj so okužene enokaličnice vsebovale T-DNA, vendar se zaradi drugačnega odziva celic rakasta tvorba ni izrazila. Raziskave so torej pokazale prenos T-DNA tudi na enokaličnice, kar je razširilo področje uporabe genskega inženiringa s posredovanjem agrobakterij. Uporaba postopkov tkivnih kultur je omogočila regeneracijo transformiranih celic v transgenih rastlinah (med drugimi živilsko zelo pomembnega riža in koruze), s čimer se je uporabnost agrobakterij kot genskega vektorja v kmetijstvu še razširila. Prisotnost T-DNA so potrdili tudi pri prosto rastočih rastlinah v naravi, tako da bi lahko trdili, da uživamo transgene rastline dejansko že veliko stoletij.		Čeprav je sprva veljalo, da imajo agrobakterije omejeno gostiteljsko območje le na dvokaličnice, so poznejše študije to domnevo ovrgle, saj so okužene enokaličnice vsebovale T-DNA, vendar se zaradi drugačnega odziva celic rakasta tvorba ni izrazila. Raziskave so torej pokazale prenos T-DNA tudi na enokaličnice, kar je razširilo področje uporabe genskega inženiringa s posredovanjem agrobakterij. Uporaba postopkov tkivnih kultur je omogočila regeneracijo transformiranih celic v transgenih rastlinah (med drugimi živilsko zelo pomembnega riža in koruze), s čimer se je uporabnost agrobakterij kot genskega vektorja v kmetijstvu še razširila. Prisotnost T-DNA so potrdili tudi pri prosto rastočih rastlinah v naravi, tako da bi lahko trdili, da uživamo transgene rastline dejansko že veliko stoletij.

	Poleg uporabnosti v biotehnologiji so bile raznolikosti agrobakterij in njene interakcije z različnimi gostitelji predmet obsežnih raziskav. Analiza genoma je razkrila edinstvene značilnosti med biotipi in vrstami ter omogočila globlje razumevanje njihove genetske sestave in funkcionalne raznolikosti. Poleg Ti plazmida je v določenih vrstah bakterij Agrobacterium prisoten tudi plazmid Ri (root-inducing), ki povzroči bolezen dlakavih korenin (hairy-root disease). V isti družini bakterij ima rod Rhizobium prisoten tudi Sym (symbiosis) plazmid, ki pa je odgovoren za fiksacijo dušika. Kljub temu pa lahko prisotnost plazmida v določenih vrstah ne povzroči fiksacije dušika, čeprav nastanejo na koreninah noduli.		Poleg uporabnosti v biotehnologiji so bile raznolikosti agrobakterij in njene interakcije z različnimi gostitelji predmet obsežnih raziskav. Analiza genoma je razkrila edinstvene značilnosti med biotipi in vrstami ter omogočila globlje razumevanje njihove genetske sestave in funkcionalne raznolikosti. Poleg Ti plazmida je v določenih vrstah bakterij ''Agrobacterium'' prisoten tudi plazmid Ri (root-inducing), ki povzroči bolezen dlakavih korenin (hairy-root disease). V isti družini bakterij ima rod ''Rhizobium'' prisoten tudi Sym (symbiosis) plazmid, ki pa je odgovoren za fiksacijo dušika. Kljub temu pa lahko prisotnost plazmida v določenih vrstah ne povzroči fiksacije dušika, čeprav nastanejo na koreninah noduli.

	Poleg tega je raziskovanje kromosomskih genov virulence, kot so chvA, chvB in acvB, razširilo znanje o sposobnostih bakterij Agrobacterium, da prenašajo T-DNA. Ti geni imajo ključno vlogo pri interakcijah med rastlinami in patogeni ter so pomembni za biotehnološko uporabo.		Poleg tega je raziskovanje kromosomskih genov virulence, kot so chvA, chvB in acvB, razširilo znanje o sposobnostih bakterij Agrobacterium, da prenašajo T-DNA. Ti geni imajo ključno vlogo pri interakcijah med rastlinami in patogeni ter so pomembni za biotehnološko uporabo.

Blaz.cerenak at 07:18, 7 May 2024

2024-05-07T07:18:49Z

← Older revision		Revision as of 07:18, 7 May 2024
Line 1:		Line 1:
	==Uvod==		==Uvod==
	Raziskovanje bakterij rodu Agrobacterium, zlasti na začetku, predstavlja pomembno poglavje na področju rastlinske patologije in biotehnologije. Pot se je začela z opazovanjem in raziskovanjem razvoja bakterijskega raka na rastlinah (crown gall disease), za katere so značilne tumorske rasti na dvokaličnicah – pojav, ki ga pripisujejo bakteriji Agrobacterium tumefaciens~~, etiološkemu agensu~~. Te rakave tvorbe se običajno pojavijo na koreninah, kjer so rane vstopne točke za bakterijo, da okuži in se pritrdi na kompetentne rastlinske celice, ki se delijo. Med nenormalnim razmnoževanjem celic bakterijskega in človeškega raka so opazili podobnosti, ki so vzbudile dodatno radovednost o morebitnih povezavah.		Raziskovanje bakterij rodu Agrobacterium, zlasti na začetku, predstavlja pomembno poglavje na področju rastlinske patologije in biotehnologije. Pot se je začela z opazovanjem in raziskovanjem razvoja bakterijskega raka na rastlinah (crown gall disease), za katere so značilne tumorske rasti na dvokaličnicah – pojav, ki ga pripisujejo bakteriji Agrobacterium tumefaciens. Te rakave tvorbe se običajno pojavijo na koreninah, kjer so rane vstopne točke za bakterijo, da okuži in se pritrdi na kompetentne rastlinske celice, ki se delijo. Med nenormalnim razmnoževanjem celic bakterijskega in človeškega raka so opazili podobnosti, ki so vzbudile dodatno radovednost o morebitnih povezavah.

	==Odkritje Ti plazmida==		==Odkritje Ti plazmida==

	~~V prvih desetletjih~~ 20. stoletja so bile raziskave osredotočene ne le na razumevanje vloge agrobakterij kot fitopatogena, temveč tudi na raziskovanje zanimive možnosti, da bi se načelo povzročanja tumorjev TIP (tumor-inducing principle) preneslo iz bakterije na rastlinske celice. Ena od ključnih ugotovitev je bila, da imajo celice bakterijskega raka edinstvene lastnosti, med drugimi sposobnost rasti v tkivni kulturi brez dodatka rastlinskih regulatorjev rasti – lastnost, ki je pri običajnih rastlinskih celicah ni. Ta pojav je nakazoval prisotnost prenosljivega dejavnika, odgovornega za povzročanje tumorske rasti, ki je bil pozneje opredeljen kot T-DNA.		Na začetku 20. stoletja so bile raziskave osredotočene ne le na razumevanje vloge agrobakterij kot fitopatogena, temveč tudi na raziskovanje zanimive možnosti, da bi se načelo povzročanja tumorjev TIP (tumor-inducing principle) preneslo iz bakterije na rastlinske celice. Ena od ključnih ugotovitev je bila, da imajo celice bakterijskega raka edinstvene lastnosti, med drugimi sposobnost rasti v tkivni kulturi brez dodatka rastlinskih regulatorjev rasti – lastnost, ki je pri običajnih rastlinskih celicah ni. Ta pojav je nakazoval prisotnost prenosljivega dejavnika, odgovornega za povzročanje tumorske rasti, ki je bil pozneje opredeljen kot T-DNA.

	~~V šestdesetih letih prejšnjega stoletja~~ je prišlo do preboja z odkritjem opinov - nenavadnih metabolitov, ki jih najdemo izključno v rakavih rastlinskih celicah. Različni sevi agrobakterij so v tumorjih povzročili nastajanje določenih opinov, ki so jih bakterije lahko nato katabolizirale za lastno rast. Kljub težavam pri odkrivanju bakterijske DNA v celicah rakavih tvorb z obstoječimi metodami je identifikacija nenavadno velikih krožnih molekul DNA v virulentnih sevih bakterije Agrobacterium raziskovalcem utrla pot do prelomnega odkritja povzročitelja tumorja – Ti (tumor-inducing) plazmid.		Kasneje je prišlo do preboja z odkritjem opinov - nenavadnih metabolitov, ki jih najdemo izključno v rakavih rastlinskih celicah. Različni sevi agrobakterij so v tumorjih povzročili nastajanje določenih opinov, ki so jih bakterije lahko nato katabolizirale za lastno rast. Kljub težavam pri odkrivanju bakterijske DNA v celicah rakavih tvorb z obstoječimi metodami je identifikacija nenavadno velikih krožnih molekul DNA v virulentnih sevih bakterije Agrobacterium raziskovalcem utrla pot do prelomnega odkritja povzročitelja tumorja – Ti (tumor-inducing) plazmid.

	Odkritje plazmida Ti je predstavljalo pomemben mejnik, saj je bil to prvi identificirani genetski element, ki prispeva k tumorogenosti. Ta ugotovitev je raziskovalcem omogočila, da so dobili poseben cilj za odkrivanje in nadaljnje raziskovanje, saj so le-te razjasnile molekularne mehanizme, na katerih temelji prenos T-DNA in omogočile razvoj sistema binarnih vektorjev – ključnega orodja za transformacijo rastlin, ki se pogosto uporablja v biotehnologiji.		Odkritje plazmida Ti je predstavljalo pomemben mejnik, saj je bil to prvi identificirani genetski element, ki prispeva k tumorogenosti. Ta ugotovitev je raziskovalcem omogočila, da so dobili poseben cilj za odkrivanje in nadaljnje raziskovanje, saj so le-te razjasnile molekularne mehanizme, na katerih temelji prenos T-DNA in omogočile razvoj sistema binarnih vektorjev – ključnega orodja za transformacijo rastlin, ki se pogosto uporablja v biotehnologiji.
Line 13:		Line 13:
	Čeprav je sprva veljalo, da imajo agrobakterije omejeno gostiteljsko območje le na dvokaličnice, so poznejše študije to domnevo ovrgle, saj so okužene enokaličnice vsebovale T-DNA, vendar se zaradi drugačnega odziva celic rakasta tvorba ni izrazila. Raziskave so torej pokazale prenos T-DNA tudi na enokaličnice, kar je razširilo področje uporabe genskega inženiringa s posredovanjem agrobakterij. Uporaba postopkov tkivnih kultur je omogočila regeneracijo transformiranih celic v transgenih rastlinah (med drugimi živilsko zelo pomembnega riža in koruze), s čimer se je uporabnost agrobakterij kot genskega vektorja v kmetijstvu še razširila. Prisotnost T-DNA so potrdili tudi pri prosto rastočih rastlinah v naravi, tako da bi lahko trdili, da uživamo transgene rastline dejansko že veliko stoletij.		Čeprav je sprva veljalo, da imajo agrobakterije omejeno gostiteljsko območje le na dvokaličnice, so poznejše študije to domnevo ovrgle, saj so okužene enokaličnice vsebovale T-DNA, vendar se zaradi drugačnega odziva celic rakasta tvorba ni izrazila. Raziskave so torej pokazale prenos T-DNA tudi na enokaličnice, kar je razširilo področje uporabe genskega inženiringa s posredovanjem agrobakterij. Uporaba postopkov tkivnih kultur je omogočila regeneracijo transformiranih celic v transgenih rastlinah (med drugimi živilsko zelo pomembnega riža in koruze), s čimer se je uporabnost agrobakterij kot genskega vektorja v kmetijstvu še razširila. Prisotnost T-DNA so potrdili tudi pri prosto rastočih rastlinah v naravi, tako da bi lahko trdili, da uživamo transgene rastline dejansko že veliko stoletij.

	Poleg uporabnosti v biotehnologiji so bile raznolikosti agrobakterij in njene interakcije z različnimi gostitelji predmet obsežnih raziskav~~. Identifikacija različnih plazmidov in kromosomskih ozadij znotraj sevov Agrobacterium je razkrila vpogled v njihove evolucijske odnose in prilagoditvene strategije~~. Analiza genoma je razkrila edinstvene značilnosti med biotipi in vrstami ter omogočila globlje razumevanje njihove genetske sestave in funkcionalne raznolikosti.		Poleg uporabnosti v biotehnologiji so bile raznolikosti agrobakterij in njene interakcije z različnimi gostitelji predmet obsežnih raziskav. Analiza genoma je razkrila edinstvene značilnosti med biotipi in vrstami ter omogočila globlje razumevanje njihove genetske sestave in funkcionalne raznolikosti. Poleg Ti plazmida je v določenih vrstah bakterij Agrobacterium prisoten tudi plazmid Ri (root-inducing), ki povzroči bolezen dlakavih korenin (hairy-root disease). V isti družini bakterij ima rod Rhizobium prisoten tudi Sym (symbiosis) plazmid, ki pa je odgovoren za fiksacijo dušika. Kljub temu pa lahko prisotnost plazmida v določenih vrstah ne povzroči fiksacije dušika, čeprav nastanejo na koreninah noduli.
	Poleg Ti plazmida je v določenih vrstah bakterij Agrobacterium prisoten tudi plazmid Ri (root-inducing), ki povzroči bolezen dlakavih korenin (hairy-root disease). V isti družini bakterij ima rod Rhizobium prisoten tudi Sym (symbiosis) plazmid, ki pa je odgovoren za fiksacijo dušika. Kljub temu pa lahko prisotnost plazmida v določenih vrstah ne povzroči fiksacije dušika, čeprav nastanejo na koreninah noduli.

	Poleg tega je raziskovanje kromosomskih genov virulence, kot so chvA, chvB in acvB, razširilo znanje o sposobnostih bakterij Agrobacterium, da prenašajo T-DNA. Ti geni imajo ključno vlogo pri interakcijah med rastlinami in patogeni ter so pomembni za biotehnološko uporabo.		Poleg tega je raziskovanje kromosomskih genov virulence, kot so chvA, chvB in acvB, razširilo znanje o sposobnostih bakterij Agrobacterium, da prenašajo T-DNA. Ti geni imajo ključno vlogo pri interakcijah med rastlinami in patogeni ter so pomembni za biotehnološko uporabo.

Blaz.cerenak at 06:33, 7 May 2024

2024-05-07T06:33:56Z

← Older revision		Revision as of 06:33, 7 May 2024
Line 1:		Line 1:
	==Uvod==		==Uvod==
	Raziskovanje bakterij rodu Agrobacterium, zlasti na začetku, predstavlja pomembno poglavje na področju rastlinske patologije in biotehnologije. Pot se je začela z opazovanjem in raziskovanjem razvoja bakterijskega raka na rastlinah (crown gall disease), za katere so značilne tumorske rasti na dvokaličnicah – pojav, ki ga pripisujejo bakteriji Agrobacterium tumefaciens, etiološkemu agensu. Te rakave tvorbe se običajno pojavijo na koreninah, kjer so rane vstopne točke za bakterijo, da okuži in se pritrdi na kompetentne rastlinske celice, ki se delijo. Med nenormalnim razmnoževanjem celic bakterijskega in človeškega raka so opazili podobnosti, ki so vzbudile dodatno radovednost o morebitnih povezavah.		Raziskovanje bakterij rodu Agrobacterium, zlasti na začetku, predstavlja pomembno poglavje na področju rastlinske patologije in biotehnologije. Pot se je začela z opazovanjem in raziskovanjem razvoja bakterijskega raka na rastlinah (crown gall disease), za katere so značilne tumorske rasti na dvokaličnicah – pojav, ki ga pripisujejo bakteriji Agrobacterium tumefaciens, etiološkemu agensu. Te rakave tvorbe se običajno pojavijo na koreninah, kjer so rane vstopne točke za bakterijo, da okuži in se pritrdi na kompetentne rastlinske celice, ki se delijo. Med nenormalnim razmnoževanjem celic bakterijskega in človeškega raka so opazili podobnosti, ki so vzbudile dodatno radovednost o morebitnih povezavah.

			==Odkritje Ti plazmida==

	V prvih desetletjih 20. stoletja so bile raziskave osredotočene ne le na razumevanje vloge agrobakterij kot fitopatogena, temveč tudi na raziskovanje zanimive možnosti, da bi se načelo povzročanja tumorjev TIP (tumor-inducing principle) preneslo iz bakterije na rastlinske celice. Ena od ključnih ugotovitev je bila, da imajo celice bakterijskega raka edinstvene lastnosti, med drugimi sposobnost rasti v tkivni kulturi brez dodatka rastlinskih regulatorjev rasti – lastnost, ki je pri običajnih rastlinskih celicah ni. Ta pojav je nakazoval prisotnost prenosljivega dejavnika, odgovornega za povzročanje tumorske rasti, ki je bil pozneje opredeljen kot T-DNA.		V prvih desetletjih 20. stoletja so bile raziskave osredotočene ne le na razumevanje vloge agrobakterij kot fitopatogena, temveč tudi na raziskovanje zanimive možnosti, da bi se načelo povzročanja tumorjev TIP (tumor-inducing principle) preneslo iz bakterije na rastlinske celice. Ena od ključnih ugotovitev je bila, da imajo celice bakterijskega raka edinstvene lastnosti, med drugimi sposobnost rasti v tkivni kulturi brez dodatka rastlinskih regulatorjev rasti – lastnost, ki je pri običajnih rastlinskih celicah ni. Ta pojav je nakazoval prisotnost prenosljivega dejavnika, odgovornega za povzročanje tumorske rasti, ki je bil pozneje opredeljen kot T-DNA.
Line 7:		Line 9:

	Odkritje plazmida Ti je predstavljalo pomemben mejnik, saj je bil to prvi identificirani genetski element, ki prispeva k tumorogenosti. Ta ugotovitev je raziskovalcem omogočila, da so dobili poseben cilj za odkrivanje in nadaljnje raziskovanje, saj so le-te razjasnile molekularne mehanizme, na katerih temelji prenos T-DNA in omogočile razvoj sistema binarnih vektorjev – ključnega orodja za transformacijo rastlin, ki se pogosto uporablja v biotehnologiji.		Odkritje plazmida Ti je predstavljalo pomemben mejnik, saj je bil to prvi identificirani genetski element, ki prispeva k tumorogenosti. Ta ugotovitev je raziskovalcem omogočila, da so dobili poseben cilj za odkrivanje in nadaljnje raziskovanje, saj so le-te razjasnile molekularne mehanizme, na katerih temelji prenos T-DNA in omogočile razvoj sistema binarnih vektorjev – ključnega orodja za transformacijo rastlin, ki se pogosto uporablja v biotehnologiji.


	==Razvoj v biotehnologiji==		==Razvoj v biotehnologiji==

Blaz.cerenak: /* Uvod */

2024-05-07T06:22:18Z

Uvod

← Older revision		Revision as of 06:22, 7 May 2024
Line 1:		Line 1:
	==Uvod==		==Uvod==
			Raziskovanje bakterij rodu Agrobacterium, zlasti na začetku, predstavlja pomembno poglavje na področju rastlinske patologije in biotehnologije. Pot se je začela z opazovanjem in raziskovanjem razvoja bakterijskega raka na rastlinah (crown gall disease), za katere so značilne tumorske rasti na dvokaličnicah – pojav, ki ga pripisujejo bakteriji Agrobacterium tumefaciens, etiološkemu agensu. Te rakave tvorbe se običajno pojavijo na koreninah, kjer so rane vstopne točke za bakterijo, da okuži in se pritrdi na kompetentne rastlinske celice, ki se delijo. Med nenormalnim razmnoževanjem celic bakterijskega in človeškega raka so opazili podobnosti, ki so vzbudile dodatno radovednost o morebitnih povezavah.

			V prvih desetletjih 20. stoletja so bile raziskave osredotočene ne le na razumevanje vloge agrobakterij kot fitopatogena, temveč tudi na raziskovanje zanimive možnosti, da bi se načelo povzročanja tumorjev TIP (tumor-inducing principle) preneslo iz bakterije na rastlinske celice. Ena od ključnih ugotovitev je bila, da imajo celice bakterijskega raka edinstvene lastnosti, med drugimi sposobnost rasti v tkivni kulturi brez dodatka rastlinskih regulatorjev rasti – lastnost, ki je pri običajnih rastlinskih celicah ni. Ta pojav je nakazoval prisotnost prenosljivega dejavnika, odgovornega za povzročanje tumorske rasti, ki je bil pozneje opredeljen kot T-DNA.

			V šestdesetih letih prejšnjega stoletja je prišlo do preboja z odkritjem opinov - nenavadnih metabolitov, ki jih najdemo izključno v rakavih rastlinskih celicah. Različni sevi agrobakterij so v tumorjih povzročili nastajanje določenih opinov, ki so jih bakterije lahko nato katabolizirale za lastno rast. Kljub težavam pri odkrivanju bakterijske DNA v celicah rakavih tvorb z obstoječimi metodami je identifikacija nenavadno velikih krožnih molekul DNA v virulentnih sevih bakterije Agrobacterium raziskovalcem utrla pot do prelomnega odkritja povzročitelja tumorja – Ti (tumor-inducing) plazmid.

			Odkritje plazmida Ti je predstavljalo pomemben mejnik, saj je bil to prvi identificirani genetski element, ki prispeva k tumorogenosti. Ta ugotovitev je raziskovalcem omogočila, da so dobili poseben cilj za odkrivanje in nadaljnje raziskovanje, saj so le-te razjasnile molekularne mehanizme, na katerih temelji prenos T-DNA in omogočile razvoj sistema binarnih vektorjev – ključnega orodja za transformacijo rastlin, ki se pogosto uporablja v biotehnologiji.


			==Razvoj v biotehnologiji==
			Čeprav je sprva veljalo, da imajo agrobakterije omejeno gostiteljsko območje le na dvokaličnice, so poznejše študije to domnevo ovrgle, saj so okužene enokaličnice vsebovale T-DNA, vendar se zaradi drugačnega odziva celic rakasta tvorba ni izrazila. Raziskave so torej pokazale prenos T-DNA tudi na enokaličnice, kar je razširilo področje uporabe genskega inženiringa s posredovanjem agrobakterij. Uporaba postopkov tkivnih kultur je omogočila regeneracijo transformiranih celic v transgenih rastlinah (med drugimi živilsko zelo pomembnega riža in koruze), s čimer se je uporabnost agrobakterij kot genskega vektorja v kmetijstvu še razširila. Prisotnost T-DNA so potrdili tudi pri prosto rastočih rastlinah v naravi, tako da bi lahko trdili, da uživamo transgene rastline dejansko že veliko stoletij.

			Poleg uporabnosti v biotehnologiji so bile raznolikosti agrobakterij in njene interakcije z različnimi gostitelji predmet obsežnih raziskav. Identifikacija različnih plazmidov in kromosomskih ozadij znotraj sevov Agrobacterium je razkrila vpogled v njihove evolucijske odnose in prilagoditvene strategije. Analiza genoma je razkrila edinstvene značilnosti med biotipi in vrstami ter omogočila globlje razumevanje njihove genetske sestave in funkcionalne raznolikosti.
			Poleg Ti plazmida je v določenih vrstah bakterij Agrobacterium prisoten tudi plazmid Ri (root-inducing), ki povzroči bolezen dlakavih korenin (hairy-root disease). V isti družini bakterij ima rod Rhizobium prisoten tudi Sym (symbiosis) plazmid, ki pa je odgovoren za fiksacijo dušika. Kljub temu pa lahko prisotnost plazmida v določenih vrstah ne povzroči fiksacije dušika, čeprav nastanejo na koreninah noduli.

			Poleg tega je raziskovanje kromosomskih genov virulence, kot so chvA, chvB in acvB, razširilo znanje o sposobnostih bakterij Agrobacterium, da prenašajo T-DNA. Ti geni imajo ključno vlogo pri interakcijah med rastlinami in patogeni ter so pomembni za biotehnološko uporabo.

	==Klasifikacija==		==Klasifikacija==

Igor Osterc at 20:03, 6 May 2024

2024-05-06T20:03:06Z

← Older revision		Revision as of 20:03, 6 May 2024
Line 35:		Line 35:

	Lacroix B, Citovsky V. Pathways of DNA Transfer to Plants from Agrobacterium tumefaciens and Related Bacterial Species. Annual Review of Phytopathology. 2019;57: 231–251. doi:10.1146/annurev-phyto-082718-100101		Lacroix B, Citovsky V. Pathways of DNA Transfer to Plants from Agrobacterium tumefaciens and Related Bacterial Species. Annual Review of Phytopathology. 2019;57: 231–251. doi:10.1146/annurev-phyto-082718-100101

			[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Igor Osterc at 19:56, 6 May 2024

2024-05-06T19:56:31Z

@@ Line 10: / Line 10: @@
 ==Bakterijska konjugacija pri agrobakterijah==
 Ugotovili so, da si agrobakterije lahko Ti plazmide med sabo izmenjujejo s konjugacijo, ki zahteva indukcijo s specifičnimi opini. Proces regulira TraR in je pozitivni regulator transkripcije genov, ki sodelujejo pri konjugaciji. Do konjugacije pride le pri dovolj visoki gostoti celic agrobakterij, saj je TraR protein, ki se aktivira ob dovolj visoki količini acilhomoserin laktonskega avtoinduktorja, ki ga ob aktivaciji z opini sintetizira TraI.
 ==Plazmid Ti v praktični uporabi==
@@ Line 20: / Line 31: @@
 Rahman, S.U., Khan, M.O., Ullah, R. et al. Agrobacterium-Mediated Transformation for the Development of Transgenic Crops; Present and Future Prospects. Molecular Biotechnology 2023. https://doi.org/10.1007/s12033-023-00826-8

Katarina Gomirsek: /* Viri */

2024-05-06T18:37:23Z

Viri

← Older revision		Revision as of 18:37, 6 May 2024
Line 19:		Line 19:
	Hooykaas, P.J.J. The Ti Plasmid, Driver of Agrobacterium Pathogenesis. Phytopathology 2023 113 (4). https://doi.org/10.1094/PHYTO-11-22-0432-IA		Hooykaas, P.J.J. The Ti Plasmid, Driver of Agrobacterium Pathogenesis. Phytopathology 2023 113 (4). https://doi.org/10.1094/PHYTO-11-22-0432-IA

	Rahman, S.U., Khan, M.O., Ullah, R. et al. Agrobacterium-Mediated Transformation for the Development of Transgenic Crops Present and Future Prospects. Molecular Biotechnology 2023. https://doi.org/10.1007/s12033-023-00826-8		Rahman, S.U., Khan, M.O., Ullah, R. et al. Agrobacterium-Mediated Transformation for the Development of Transgenic Crops; Present and Future Prospects. Molecular Biotechnology 2023. https://doi.org/10.1007/s12033-023-00826-8

Katarina Gomirsek at 18:36, 6 May 2024

2024-05-06T18:36:55Z

← Older revision		Revision as of 18:36, 6 May 2024
Line 11:		Line 11:
	Ugotovili so, da si agrobakterije lahko Ti plazmide med sabo izmenjujejo s konjugacijo, ki zahteva indukcijo s specifičnimi opini. Proces regulira TraR in je pozitivni regulator transkripcije genov, ki sodelujejo pri konjugaciji. Do konjugacije pride le pri dovolj visoki gostoti celic agrobakterij, saj je TraR protein, ki se aktivira ob dovolj visoki količini acilhomoserin laktonskega avtoinduktorja, ki ga ob aktivaciji z opini sintetizira TraI.		Ugotovili so, da si agrobakterije lahko Ti plazmide med sabo izmenjujejo s konjugacijo, ki zahteva indukcijo s specifičnimi opini. Proces regulira TraR in je pozitivni regulator transkripcije genov, ki sodelujejo pri konjugaciji. Do konjugacije pride le pri dovolj visoki gostoti celic agrobakterij, saj je TraR protein, ki se aktivira ob dovolj visoki količini acilhomoserin laktonskega avtoinduktorja, ki ga ob aktivaciji z opini sintetizira TraI.

	==~~Praktična uporaba~~==		==Plazmid Ti v praktični uporabi==
	AMT (agrobacterium-mediated transformation) oziroma transformacija z agrobakterijo je tehnika, ki se uporablja za vnos genov za izboljšanje ali spremembo lastnosti rastlin. Postopek najprej zajema pripravo in vnos ekspresijskega vektorja v agrobakterije. Izbrani gen se vstavi v Ti plazmid med levo in desno robno zaporedje T-DNA regije. S tem se zamenja gene v T-DNA regiji z geni za lastnost, ki jo želimo vnesti v rastlino. Koščke rastlinskega tkiva se izpostavi agrobakterijam, na primer tako da se jih potopi v suspenzijo transformiranih agrobakterij, nato pa se jih prenese na regeneracijsko gojišče, ki spodbudi rast poganjkov transgenih rastlin. Uporabi se različne eksplantate rastlinskih tkiv, med katerimi prevladujejo koščki listov in vršički. Slabost te metode je, da je relativno dolgotrajna, poleg tega pa taka vrsta transformacije pomeni, da se transgena DNA lahko vključi na naključne lokacije v rastlinskem genomu. Pri tem lahko pride do precej variabilnega izražanja transgena, pa tudi do neželenih modifikacij drugih genov. Na uspešnost transformacije vplivajo dejavniki kot so rastlinska vrsta in njen genotip, izbira vektorja, vrsta uporabljenega rastlinskega tkiva, temperatura, vrsta antibiotika v gojišču in njegov pH.		AMT (agrobacterium-mediated transformation) oziroma transformacija z agrobakterijo je tehnika, ki se uporablja za vnos genov za izboljšanje ali spremembo lastnosti rastlin. Postopek najprej zajema pripravo in vnos ekspresijskega vektorja v agrobakterije. Izbrani gen se vstavi v Ti plazmid med levo in desno robno zaporedje T-DNA regije. S tem se zamenja gene v T-DNA regiji z geni za lastnost, ki jo želimo vnesti v rastlino. Koščke rastlinskega tkiva se izpostavi agrobakterijam, na primer tako da se jih potopi v suspenzijo transformiranih agrobakterij, nato pa se jih prenese na regeneracijsko gojišče, ki spodbudi rast poganjkov transgenih rastlin. Uporabi se različne eksplantate rastlinskih tkiv, med katerimi prevladujejo koščki listov in vršički. Slabost te metode je, da je relativno dolgotrajna, poleg tega pa taka vrsta transformacije pomeni, da se transgena DNA lahko vključi na naključne lokacije v rastlinskem genomu. Pri tem lahko pride do precej variabilnega izražanja transgena, pa tudi do neželenih modifikacij drugih genov. Na uspešnost transformacije vplivajo dejavniki kot so rastlinska vrsta in njen genotip, izbira vektorja, vrsta uporabljenega rastlinskega tkiva, temperatura, vrsta antibiotika v gojišču in njegov pH.
	AMT se uporablja tudi pri agroinfekciji in raziskavah v povezavi z njo. Tu v T-DNA regijo plazmida Ti vključijo genom virusov, ki so sposobni okužiti rastlinske celice, nato pa virusni genom vnesejo v rastlinske celice s pomočjo agrobakterije.		AMT se uporablja tudi pri agroinfekciji in raziskavah v povezavi z njo. Tu v T-DNA regijo plazmida Ti vključijo genom virusov, ki so sposobni okužiti rastlinske celice, nato pa virusni genom vnesejo v rastlinske celice s pomočjo agrobakterije.
Line 17:		Line 17:

	==Viri==		==Viri==
	Hooykaas, P.J.J. The Ti Plasmid, Driver of Agrobacterium Pathogenesis. Phytopathology (~~2023~~). https://doi.org/10.1094/PHYTO-11-22-0432-IA		Hooykaas, P.J.J. The Ti Plasmid, Driver of Agrobacterium Pathogenesis. Phytopathology 2023 113 (4). https://doi.org/10.1094/PHYTO-11-22-0432-IA

	Rahman, S.U., Khan, M.O., Ullah, R. et al. Agrobacterium-Mediated Transformation for the Development of Transgenic Crops Present and Future Prospects. Molecular Biotechnology (2023). https://doi.org/10.1007/s12033-023-00826-8		Rahman, S.U., Khan, M.O., Ullah, R. et al. Agrobacterium-Mediated Transformation for the Development of Transgenic Crops Present and Future Prospects. Molecular Biotechnology 2023. https://doi.org/10.1007/s12033-023-00826-8

Katarina Gomirsek at 18:22, 6 May 2024

2024-05-06T18:22:54Z

← Older revision		Revision as of 18:22, 6 May 2024
Line 19:		Line 19:
	Hooykaas, P.J.J. The Ti Plasmid, Driver of Agrobacterium Pathogenesis. Phytopathology (2023). https://doi.org/10.1094/PHYTO-11-22-0432-IA		Hooykaas, P.J.J. The Ti Plasmid, Driver of Agrobacterium Pathogenesis. Phytopathology (2023). https://doi.org/10.1094/PHYTO-11-22-0432-IA

	Rahman, S.U., Khan, M.O., Ullah, R. et al. Agrobacterium-Mediated Transformation for the Development of Transgenic Crops Present and Future Prospects. ~~Mol Biotechnol~~ (2023). https://doi.org/10.1007/s12033-023-00826-8		Rahman, S.U., Khan, M.O., Ullah, R. et al. Agrobacterium-Mediated Transformation for the Development of Transgenic Crops Present and Future Prospects. Molecular Biotechnology (2023). https://doi.org/10.1007/s12033-023-00826-8

Katarina Gomirsek at 13:58, 6 May 2024

2024-05-06T13:58:23Z

← Older revision		Revision as of 13:58, 6 May 2024
Line 15:		Line 15:
	AMT se uporablja tudi pri agroinfekciji in raziskavah v povezavi z njo. Tu v T-DNA regijo plazmida Ti vključijo genom virusov, ki so sposobni okužiti rastlinske celice, nato pa virusni genom vnesejo v rastlinske celice s pomočjo agrobakterije.		AMT se uporablja tudi pri agroinfekciji in raziskavah v povezavi z njo. Tu v T-DNA regijo plazmida Ti vključijo genom virusov, ki so sposobni okužiti rastlinske celice, nato pa virusni genom vnesejo v rastlinske celice s pomočjo agrobakterije.
	Testi s prehodno transformacijo se uporabljajo za proučevanje odziva kultivarjev na faktorje patogenosti v poskusih, da bi odkrili gene za odpornost na patogene. Pomembno je tudi odkritje dejstva, da lahko agrobakterije transformirajo tudi glivne celice, kar je omogočilo podrobnejše študije rastlinskih patogenov. Preko agrobakterije je prišlo tudi do novih odkritij v povezavi s kemijsko komunikacijo med bakterijami in rastlinami.		Testi s prehodno transformacijo se uporabljajo za proučevanje odziva kultivarjev na faktorje patogenosti v poskusih, da bi odkrili gene za odpornost na patogene. Pomembno je tudi odkritje dejstva, da lahko agrobakterije transformirajo tudi glivne celice, kar je omogočilo podrobnejše študije rastlinskih patogenov. Preko agrobakterije je prišlo tudi do novih odkritij v povezavi s kemijsko komunikacijo med bakterijami in rastlinami.

			==Viri==
			Hooykaas, P.J.J. The Ti Plasmid, Driver of Agrobacterium Pathogenesis. Phytopathology (2023). https://doi.org/10.1094/PHYTO-11-22-0432-IA

			Rahman, S.U., Khan, M.O., Ullah, R. et al. Agrobacterium-Mediated Transformation for the Development of Transgenic Crops Present and Future Prospects. Mol Biotechnol (2023). https://doi.org/10.1007/s12033-023-00826-8