Proizvodnja kompetitivnih inhibitorjev - Revision history

Luka.gnidovec: /* POSKUSI O VPLIVIH VEZAVE MIKROCINA J25 NA RECEPTOR FhuA NA VEZAVO FAGA T5 */

2019-04-14T11:44:39Z

POSKUSI O VPLIVIH VEZAVE MIKROCINA J25 NA RECEPTOR FhuA NA VEZAVO FAGA T5

← Older revision		Revision as of 11:44, 14 April 2019
Line 44:		Line 44:

	S serijo poskusov z bakteriofagom T5 in mikrocinom MccJ25 (oz. t-MccJ25) so v raziskavi želeli pokazati kako vezava MccJ25 na receptor FhuA vpliva na vezavo faga.		S serijo poskusov z bakteriofagom T5 in mikrocinom MccJ25 (oz. t-MccJ25) so v raziskavi želeli pokazati kako vezava MccJ25 na receptor FhuA vpliva na vezavo faga.
	V prvem poskusu so raziskovalci preverjali inhibicijo bakterijske infekcije s fagom T5 v prisotnosti mikrocina. Suspenzijo E. Coli (sev W3110) v eksponentni fazi rasti so prenesli v LB (lysogeny broth) medij. Bakterijam so dodali raztopino MccJ25 ali t-MccJ25 v metanolu in jih nato inkubirali na sobni temperaturi. Dodali so fag T5 in po stresanju in inkubaciji pri 37°C 120 minut z merjenjem absorbance pri ~~620nm~~ nadzorovali stopnjo lize bakterij. Izvedena sta bila dva kontrolna poskusa in sicer v prisotnosti faga T5 brez mikrocina in pa z mikrocinom brez faga (kontrola rasti).		V prvem poskusu so raziskovalci preverjali inhibicijo bakterijske infekcije s fagom T5 v prisotnosti mikrocina. Suspenzijo E. Coli (sev W3110) v eksponentni fazi rasti so prenesli v LB (lysogeny broth) medij. Bakterijam so dodali raztopino MccJ25 ali t-MccJ25 v metanolu in jih nato inkubirali na sobni temperaturi. Dodali so fag T5 in po stresanju in inkubaciji pri 37°C 120 minut z merjenjem absorbance pri 620 nm nadzorovali stopnjo lize bakterij. Izvedena sta bila dva kontrolna poskusa in sicer v prisotnosti faga T5 brez mikrocina in pa z mikrocinom brez faga (kontrola rasti).

	Rezultati kontrole rasti so pokazali, da MccJ25 in t-MccJ25 v koncentracijah do 10μM sama bistveno ne vplivata na rast bakterij. V odsotnosti MccJ25 je liza bakterij nastopila 50 minut po dodatki faga T5. Dodatek MccJ25 je lizo inhibiral, učinek pa je bil odvisen od koncentracije dodanega mikrocina. Hitrost rasti bakterij je dosegla svojo prvotno vrednost (vrednost brez dodanega faga) ob dodatku ~~10μM~~ raztopine mikrocina. t-MccJ25 ni inhibiral lize bakterij.		Rezultati kontrole rasti so pokazali, da MccJ25 in t-MccJ25 v koncentracijah do 10μM sama bistveno ne vplivata na rast bakterij. V odsotnosti MccJ25 je liza bakterij nastopila 50 minut po dodatki faga T5. Dodatek MccJ25 je lizo inhibiral, učinek pa je bil odvisen od koncentracije dodanega mikrocina. Hitrost rasti bakterij je dosegla svojo prvotno vrednost (vrednost brez dodanega faga) ob dodatku 10 μM raztopine mikrocina. t-MccJ25 ni inhibiral lize bakterij.

	Da bi preverili, če do inhibicije lize pride zaradi kompetitivne adsorpcije mikrocina na bakterijo, so pri drugem poskusu opazovali vpliv mikrocina na adsorpcijo faga T5 na E. Coli. Ponovno so raztopino bakterij v eksponentni fazi rasti prenesli v LB medij in jih inkubirali pri sobi temperaturi z MccJ25 oz. s t-MccJ25. Za kontrolni poskus so raztopini bakterij dodali le topilo brez mikrocina (50% acetonitril). Po prvi inkubaciji so dodali fag T5 in inkubirali še 15 minut. S centrifugiranjem so nato odstranili adsorbirane fage ter določili število neadsorbiranih virusov.		Da bi preverili, če do inhibicije lize pride zaradi kompetitivne adsorpcije mikrocina na bakterijo, so pri drugem poskusu opazovali vpliv mikrocina na adsorpcijo faga T5 na E. Coli. Ponovno so raztopino bakterij v eksponentni fazi rasti prenesli v LB medij in jih inkubirali pri sobi temperaturi z MccJ25 oz. s t-MccJ25. Za kontrolni poskus so raztopini bakterij dodali le topilo brez mikrocina (50 % acetonitril). Po prvi inkubaciji so dodali fag T5 in inkubirali še 15 minut. S centrifugiranjem so nato odstranili adsorbirane fage ter določili število neadsorbiranih virusov.
	Delež adsorbiranih fagov se je zmanjšal iz 80% pri 0,~~1μM~~ koncentraciji na 15% pri ~~5μM~~ koncentraciji MccJ25. t-MccJ25 ni imel vpliva na adsorpcijo faga.		Delež adsorbiranih fagov se je zmanjšal iz 80 % pri 0,1 μM koncentraciji na 15 % pri 5 μM koncentraciji MccJ25. t-MccJ25 ni imel vpliva na adsorpcijo faga.

	Raziskovalci so želeli dokazati, da je v prisotnosti mikrocina MccJ25 res inhibirana vezava na receptor FhuA. V pufru so 10 minut inkubirali FhuA in mikrocin (MccJ25 (~~50nM~~-3,~~1μM~~) oz. t-MccJ25 (3,~~1μM~~)), prisoten pa je bil še fluorescentni marker za DNA. Po inkubaciji so v vsak vzorec dodali fag T5 in opazovali injekcijo DNA v raztopino. Že v prejšnjih raziskavah je bilo dokazano, da bakteriofag ob vezavi na FhuA receptor injicira DNA v raztopino, zaradi česar lahko ob prisotnosti fluorescentnega markerja merimo fluorescenco.		Raziskovalci so želeli dokazati, da je v prisotnosti mikrocina MccJ25 res inhibirana vezava na receptor FhuA. V pufru so 10 minut inkubirali FhuA in mikrocin (MccJ25 (50 nM-3,1 μM) oz. t-MccJ25 (3,1 μM)), prisoten pa je bil še fluorescentni marker za DNA. Po inkubaciji so v vsak vzorec dodali fag T5 in opazovali injekcijo DNA v raztopino. Že v prejšnjih raziskavah je bilo dokazano, da bakteriofag ob vezavi na FhuA receptor injicira DNA v raztopino, zaradi česar lahko ob prisotnosti fluorescentnega markerja merimo fluorescenco.
	Rezultati so pokazali, da se z višanjem koncentracije mikrocina MccJ25 fluorescenca manjša. Izračunano je bilo 55% zmanjšanje adsorpcije faga (iz 100% na 45%) pri višanju koncentracije iz 0,1-3,~~1μM~~ mikrocina. t-MccJ25 ponovno ni imel učinka na injekcijo DNA faga.		Rezultati so pokazali, da se z višanjem koncentracije mikrocina MccJ25 fluorescenca manjša. Izračunano je bilo 55 % zmanjšanje adsorpcije faga (iz 100 % na 45 %) pri višanju koncentracije iz 0,1-3,1 μM mikrocina. t-MccJ25 ponovno ni imel učinka na injekcijo DNA faga.

	Iz vseh eksperimentov lahko sklepamo, da je mikrocin MccJ25 res kompetitivni inhibitor vezave bakteriofaga T5 na receptor FhuA. Prav tako je razvidno, da ~~termična~~ cepitev zanke v strukturi t-MccJ25 bistveno vpliva na interakcijo s FhuA receptorjem.		Iz vseh eksperimentov lahko sklepamo, da je mikrocin MccJ25 res kompetitivni inhibitor vezave bakteriofaga T5 na receptor FhuA. Prav tako je razvidno, da cepitev zanke s termolizinom v strukturi t-MccJ25 bistveno vpliva na interakcijo s FhuA receptorjem.

	== VIRI IN LITERATURA ==		== VIRI IN LITERATURA ==

Ajda Godec: /* STRUKTURA MEMBRANSKEGA RECEPTORJA FhuA */

2019-04-07T22:21:11Z

STRUKTURA MEMBRANSKEGA RECEPTORJA FhuA

← Older revision		Revision as of 22:21, 7 April 2019
Line 6:		Line 6:

	=== STRUKTURA MEMBRANSKEGA RECEPTORJA FhuA ===		=== STRUKTURA MEMBRANSKEGA RECEPTORJA FhuA ===
	[https://cdn.rcsb.org/images/hd/by/1by3/1by3.0_chimera_tm_350_350.png FhuA] je protein z maso 78.9 kDa, ki se nahaja v zunanji membrani gram-negativnih bakterij kot je E.coli (sev K-12). Njegova primarna funkcija je transport Fe<sup>+3</sup> ionov v celico. Receptor FhuA tvorita sodčkasta domena iz 22 antiparalelnih β-trakov, ki so vgrajeni v membrano in N-končna globularna domena, ki se zloži v notranjost sodčka ter zakrije večinski del notranjosti le-tega. N-končna globularna domena je sestavljena iz 4-~~verižnih~~ β-~~plošč~~ in iz 4 kratkih vijačnic. Globularna domena je vezana tako na sodčkasto domeno kot tudi na hidrofilne zanke usmerjene v zunanji mediju ter je odgovorna za vezavo liganda; hidroksamatnega siderofora – ferikroma, ki veže Fe3+ ione. Razen svoje primarne funkcije, je FhuA tudi receptor za različne fage; T1,T5 in ɸ80 ter za antibiotik albomicin.		[https://cdn.rcsb.org/images/hd/by/1by3/1by3.0_chimera_tm_350_350.png FhuA] je protein z maso 78.9 kDa, ki se nahaja v zunanji membrani gram-negativnih bakterij kot je E.coli (sev K-12). Njegova primarna funkcija je transport Fe<sup>+3</sup> ionov v celico. Receptor FhuA tvorita sodčkasta domena iz 22 antiparalelnih β-trakov, ki so vgrajeni v membrano in N-končna globularna domena, ki se zloži v notranjost sodčka ter zakrije večinski del notranjosti le-tega. N-končna globularna domena je sestavljena iz 4-verižne β-plošče in iz 4 kratkih vijačnic. Globularna domena je vezana tako na sodčkasto domeno kot tudi na hidrofilne zanke usmerjene v zunanji mediju ter je odgovorna za vezavo liganda; hidroksamatnega siderofora – ferikroma, ki veže Fe3+ ione. Razen svoje primarne funkcije, je FhuA tudi receptor za različne fage; T1,T5 in ɸ80 ter za antibiotik albomicin.

	=== STRUKTURA FAGA T5 ===		=== STRUKTURA FAGA T5 ===

Luka.gnidovec: /* POSKUSI O VPLIVIH VEZAVE MIKROCINA J25 NA RECEPTOR FhuA NA VEZAVO FAGA T5 */

2019-04-07T21:41:11Z

POSKUSI O VPLIVIH VEZAVE MIKROCINA J25 NA RECEPTOR FhuA NA VEZAVO FAGA T5

← Older revision		Revision as of 21:41, 7 April 2019
Line 52:		Line 52:

	Raziskovalci so želeli dokazati, da je v prisotnosti mikrocina MccJ25 res inhibirana vezava na receptor FhuA. V pufru so 10 minut inkubirali FhuA in mikrocin (MccJ25 (50nM-3,1μM) oz. t-MccJ25 (3,1μM)), prisoten pa je bil še fluorescentni marker za DNA. Po inkubaciji so v vsak vzorec dodali fag T5 in opazovali injekcijo DNA v raztopino. Že v prejšnjih raziskavah je bilo dokazano, da bakteriofag ob vezavi na FhuA receptor injicira DNA v raztopino, zaradi česar lahko ob prisotnosti fluorescentnega markerja merimo fluorescenco.		Raziskovalci so želeli dokazati, da je v prisotnosti mikrocina MccJ25 res inhibirana vezava na receptor FhuA. V pufru so 10 minut inkubirali FhuA in mikrocin (MccJ25 (50nM-3,1μM) oz. t-MccJ25 (3,1μM)), prisoten pa je bil še fluorescentni marker za DNA. Po inkubaciji so v vsak vzorec dodali fag T5 in opazovali injekcijo DNA v raztopino. Že v prejšnjih raziskavah je bilo dokazano, da bakteriofag ob vezavi na FhuA receptor injicira DNA v raztopino, zaradi česar lahko ob prisotnosti fluorescentnega markerja merimo fluorescenco.
	Rezultati so pokazali, da se z višanjem koncentracije mikrocina MccJ25 fluorescenca manjša. Izračunano je bilo 55% zmanjšanje adsorpcije faga (iz 100% na 45%) pri višanju koncentracije iz 0,1-3,~~2μM~~ mikrocina. t-MccJ25 ponovno ni imel učinka na injekcijo DNA faga.		Rezultati so pokazali, da se z višanjem koncentracije mikrocina MccJ25 fluorescenca manjša. Izračunano je bilo 55% zmanjšanje adsorpcije faga (iz 100% na 45%) pri višanju koncentracije iz 0,1-3,1μM mikrocina. t-MccJ25 ponovno ni imel učinka na injekcijo DNA faga.

	Iz vseh eksperimentov lahko sklepamo, da je mikrocin MccJ25 res kompetitivni inhibitor vezave bakteriofaga T5 na receptor FhuA. Prav tako je razvidno, da termična cepitev zanke v strukturi t-MccJ25 bistveno vpliva na interakcijo s FhuA receptorjem.		Iz vseh eksperimentov lahko sklepamo, da je mikrocin MccJ25 res kompetitivni inhibitor vezave bakteriofaga T5 na receptor FhuA. Prav tako je razvidno, da termična cepitev zanke v strukturi t-MccJ25 bistveno vpliva na interakcijo s FhuA receptorjem.

Luka.gnidovec: /* POSKUSI O VPLIVIH VEZAVE MIKROCINA J25 NA RECEPTOR FhuA NA VEZAVO FAGA T5 */

2019-04-07T21:32:27Z

POSKUSI O VPLIVIH VEZAVE MIKROCINA J25 NA RECEPTOR FhuA NA VEZAVO FAGA T5

← Older revision		Revision as of 21:32, 7 April 2019
Line 44:		Line 44:

	S serijo poskusov z bakteriofagom T5 in mikrocinom MccJ25 (oz. t-MccJ25) so v raziskavi želeli pokazati kako vezava MccJ25 na receptor FhuA vpliva na vezavo faga.		S serijo poskusov z bakteriofagom T5 in mikrocinom MccJ25 (oz. t-MccJ25) so v raziskavi želeli pokazati kako vezava MccJ25 na receptor FhuA vpliva na vezavo faga.
	V prvem poskusu so raziskovalci preverjali inhibicijo bakterijske infekcije s fagom T5 v prisotnosti mikrocina. Suspenzijo E. Coli (sev W3110) v eksponentni fazi rasti so prenesli na medij. Bakterijam so dodali raztopino MccJ25 ali t-MccJ25 v metanolu in jih nato inkubirali na sobni temperaturi. Dodali so fag T5 in po stresanju in inkubaciji pri 37°C 120 minut z merjenjem absorbance pri 620nm nadzorovali stopnjo lize bakterij. Izvedena sta bila dva kontrolna poskusa in sicer v prisotnosti faga T5 brez mikrocina in pa z mikrocinom brez faga (kontrola rasti).		V prvem poskusu so raziskovalci preverjali inhibicijo bakterijske infekcije s fagom T5 v prisotnosti mikrocina. Suspenzijo E. Coli (sev W3110) v eksponentni fazi rasti so prenesli v LB (lysogeny broth) medij. Bakterijam so dodali raztopino MccJ25 ali t-MccJ25 v metanolu in jih nato inkubirali na sobni temperaturi. Dodali so fag T5 in po stresanju in inkubaciji pri 37°C 120 minut z merjenjem absorbance pri 620nm nadzorovali stopnjo lize bakterij. Izvedena sta bila dva kontrolna poskusa in sicer v prisotnosti faga T5 brez mikrocina in pa z mikrocinom brez faga (kontrola rasti).

	Rezultati kontrole rasti so pokazali, da MccJ25 in t-MccJ25 v koncentracijah do 10μM sama bistveno ne vplivata na rast bakterij. V odsotnosti MccJ25 je liza bakterij nastopila 50 minut po dodatki faga T5. Dodatek MccJ25 je lizo inhibiral, učinek pa je bil odvisen od koncentracije dodanega mikrocina. Hitrost rasti bakterij je dosegla svojo prvotno vrednost (vrednost brez dodanega faga) ob dodatku 10μM raztopine mikrocina. t-MccJ25 ni inhibiral lize bakterij.		Rezultati kontrole rasti so pokazali, da MccJ25 in t-MccJ25 v koncentracijah do 10μM sama bistveno ne vplivata na rast bakterij. V odsotnosti MccJ25 je liza bakterij nastopila 50 minut po dodatki faga T5. Dodatek MccJ25 je lizo inhibiral, učinek pa je bil odvisen od koncentracije dodanega mikrocina. Hitrost rasti bakterij je dosegla svojo prvotno vrednost (vrednost brez dodanega faga) ob dodatku 10μM raztopine mikrocina. t-MccJ25 ni inhibiral lize bakterij.

	Da bi preverili, če do inhibicije lize pride zaradi kompetitivne adsorpcije mikrocina na bakterijo, so pri drugem poskusu opazovali vpliv mikrocina na adsorpcijo faga T5 na E. Coli. Ponovno so raztopino bakterij v eksponentni fazi rasti prenesli na medij in jih inkubirali pri sobi temperaturi z MccJ25 oz. s t-MccJ25. Za kontrolni poskus so raztopini bakterij dodali le topilo brez mikrocina (50% acetonitril). Po prvi inkubaciji so dodali fag T5 in inkubirali še 15 minut. S centrifugiranjem so nato odstranili adsorbirane fage ter določili število neadsorbiranih virusov.		Da bi preverili, če do inhibicije lize pride zaradi kompetitivne adsorpcije mikrocina na bakterijo, so pri drugem poskusu opazovali vpliv mikrocina na adsorpcijo faga T5 na E. Coli. Ponovno so raztopino bakterij v eksponentni fazi rasti prenesli v LB medij in jih inkubirali pri sobi temperaturi z MccJ25 oz. s t-MccJ25. Za kontrolni poskus so raztopini bakterij dodali le topilo brez mikrocina (50% acetonitril). Po prvi inkubaciji so dodali fag T5 in inkubirali še 15 minut. S centrifugiranjem so nato odstranili adsorbirane fage ter določili število neadsorbiranih virusov.
	Delež adsorbiranih fagov se je zmanjšal iz 80% pri 0,1μM koncentraciji na 15% pri 5μM koncentraciji MccJ25. t-MccJ25 ni imel vpliva na adsorpcijo faga.		Delež adsorbiranih fagov se je zmanjšal iz 80% pri 0,1μM koncentraciji na 15% pri 5μM koncentraciji MccJ25. t-MccJ25 ni imel vpliva na adsorpcijo faga.

Ajda Godec at 19:19, 7 April 2019

2019-04-07T19:19:37Z

← Older revision		Revision as of 19:19, 7 April 2019
Line 1:		Line 1:
	==UVOD==		==UVOD==

	Eden izmed načinov obrambe bakterije pred bakteriofagi je proizvodnja kompetitivnih inhibitorjev. Tako deluje npr. mikrocin J25, katerega primarna naloga je, da zavira rast drugih sevov bakterije iste vrste. Dokazano je bilo, da se tako kot fag T5 veže na membranski receptor FhuA, ki je sicer zadolžen za prenos Fe<sup>3+</sup> ionov v bakterijo. Mikrocin J25 z vezavo na receptor FhuA prepreči vezavo faga T5 in vnos DNK faga v ''E. Coli.''		Eden izmed načinov obrambe bakterije pred bakteriofagi je proizvodnja kompetitivnih inhibitorjev. Tako deluje npr. mikrocin J25, katerega primarna naloga je, da zavira rast drugih sevov bakterije iste vrste. Dokazano je bilo, da se tako kot fag T5 veže na membranski receptor FhuA, ki je sicer zadolžen za prenos Fe<sup>3+</sup> ionov v bakterijo. Mikrocin J25 z vezavo na receptor FhuA prepreči vezavo faga T5 in vnos DNK faga v ''E. Coli.''

Ajda Godec: /* STRUKTURA MIKROCINA J25 */

2019-04-07T18:54:41Z

STRUKTURA MIKROCINA J25

← Older revision		Revision as of 18:54, 7 April 2019
Line 28:		Line 28:


	V prvi razred mikrocinov sodi tudi mikrocin J25 (MccJ25). Sestavljen je iz 21 aminokislinskih ostankov, odlikuje pa ga zanimivo zvitje, ki je sicer med peptidi zelo redko. Sprva je veljalo mnenje, da ima v celoti ciklično strukturo, nedavne raziskave pa so pokazale, da se po translaciji zvije v strukturo, ki spominja na laso. N-konec peptida je v obliki makrolaktamskega obroča, ki ga tvorita aminokislinska ostanka Gly1 in Glu8, pri čemer aminska skupina iz glicina tvori peptidno vez s karboksilno skupino stranske skupine glutamata. Peptid se nato nadaljuje v β-lasnično zanko (dva antiparalelna β-trakova povezana z zanko, ki jo tvorita Val11 in Pro16), ki jo tvorijo aminokislinski ostanki 9-18. C-konec mikrocina (t.i. rep) prehaja skozi obroč, kar je sicer entropijsko zelo neugodno, zato je tako zvitje med peptidi zelo redko. V primeru J25 pa je taka struktura celo zelo stabilna – dva aminokislinska ostanka z aromatskimi stranskimi skupinami, Phe19 in Tyr20, vsak iz ene strani “sidrata” C-konec v makrolaktamski obroč. Ker sta stranski skupini teh ostankov tako veliki, prihaja do steričnega oviranja z obročem, zato rep ne more "pobegniti". Sterična stabilizacija je tako močna, da je J25 odporen celo proti večini proteaz in visokim temperaturam. V močno kislem mediju in ob delovanju endopeptidaz se cepi le β-lasnična zanka, ne pa tudi obroč (rep ostane ujet).		V prvi razred mikrocinov sodi tudi [https://pubs.rsc.org/en/Content/Image/GA/B708478A mikrocin J25 (MccJ25)]. Sestavljen je iz 21 aminokislinskih ostankov, odlikuje pa ga zanimivo zvitje, ki je sicer med peptidi zelo redko. Sprva je veljalo mnenje, da ima v celoti ciklično strukturo, nedavne raziskave pa so pokazale, da se po translaciji zvije v strukturo, ki spominja na laso. N-konec peptida je v obliki makrolaktamskega obroča, ki ga tvorita aminokislinska ostanka Gly1 in Glu8, pri čemer aminska skupina iz glicina tvori peptidno vez s karboksilno skupino stranske skupine glutamata. Peptid se nato nadaljuje v β-lasnično zanko (dva antiparalelna β-trakova povezana z zanko, ki jo tvorita Val11 in Pro16), ki jo tvorijo aminokislinski ostanki 9-18. C-konec mikrocina (t.i. rep) prehaja skozi obroč, kar je sicer entropijsko zelo neugodno, zato je tako zvitje med peptidi zelo redko. V primeru J25 pa je taka struktura celo zelo stabilna – dva aminokislinska ostanka z aromatskimi stranskimi skupinami, Phe19 in Tyr20, vsak iz ene strani “sidrata” C-konec v makrolaktamski obroč. Ker sta stranski skupini teh ostankov tako veliki, prihaja do steričnega oviranja z obročem, zato rep ne more "pobegniti". Sterična stabilizacija je tako močna, da je J25 odporen celo proti večini proteaz in visokim temperaturam. V močno kislem mediju in ob delovanju endopeptidaz se cepi le β-lasnična zanka, ne pa tudi obroč (rep ostane ujet).

	=== DELOVANJE MIKROCINA J25 ===		=== DELOVANJE MIKROCINA J25 ===

Ajda Godec: /* POSKUSI O VPLIVIH VEZAVE MIKROCINA J25 NA RECEPTOR RhuA NA VEZAVO FAGA T5 */

2019-04-07T18:44:17Z

POSKUSI O VPLIVIH VEZAVE MIKROCINA J25 NA RECEPTOR RhuA NA VEZAVO FAGA T5

← Older revision		Revision as of 18:44, 7 April 2019
Line 39:		Line 39:
	Opravljene so bile tudi številne raziskave, ki so identificirale ostanke na MccJ25, ki so pomembni za vezavo na receptor. Že sama poravnava strukture nevezanega mikrocina (struktura pridobljena z NMR), s strukturo na receptor vezanega mikrocina (struktura, pridobljena z rentgensko kristalografijo) je pokazala, da pride ob vezavi mikrocina do obširne konformacijske spremembe v predelu β-lasnične zanke, medtem ko ostane struktura laktamskega obroča nespremenjena. Iz tega so sklepali, da je za vezavo najpomembnejša lasnična regija. Raziskava, ki je to potrdila, je temeljila na razgradnji te zanke s termolizinom (cepitev vezi med Val11 in Phe16). Izvedena je bila serija poskusov z bakteriofagom T5, ti pa so opisani v nadaljevanju.		Opravljene so bile tudi številne raziskave, ki so identificirale ostanke na MccJ25, ki so pomembni za vezavo na receptor. Že sama poravnava strukture nevezanega mikrocina (struktura pridobljena z NMR), s strukturo na receptor vezanega mikrocina (struktura, pridobljena z rentgensko kristalografijo) je pokazala, da pride ob vezavi mikrocina do obširne konformacijske spremembe v predelu β-lasnične zanke, medtem ko ostane struktura laktamskega obroča nespremenjena. Iz tega so sklepali, da je za vezavo najpomembnejša lasnična regija. Raziskava, ki je to potrdila, je temeljila na razgradnji te zanke s termolizinom (cepitev vezi med Val11 in Phe16). Izvedena je bila serija poskusov z bakteriofagom T5, ti pa so opisani v nadaljevanju.

	=== POSKUSI O VPLIVIH VEZAVE MIKROCINA J25 NA RECEPTOR ~~RhuA~~ NA VEZAVO FAGA T5 ===		=== POSKUSI O VPLIVIH VEZAVE MIKROCINA J25 NA RECEPTOR FhuA NA VEZAVO FAGA T5 ===

Ajda Godec: /* STRUKTURA FAGA T5 */

2019-04-07T18:37:45Z

STRUKTURA FAGA T5

← Older revision		Revision as of 18:37, 7 April 2019
Line 9:		Line 9:
	=== STRUKTURA FAGA T5 ===		=== STRUKTURA FAGA T5 ===

	Struktura [https://www.i2bc.paris-saclay.fr/IMG/jpg/imagest5.jpg faga T5]je bila določena z uporabo krio-elektronske mikroskopije. Fag T5 uvrščamo v družino fagov Siphoviridae, za predstavnike katere je značilno, da imajo ikozaedrično oblikovano kapsido; ta vsebuje močno zvito, zgoščeno dvojno verižno DNA in rep. Rep predstavlja multiproteinski skupek, ki služi za prepoznavanje površine bakterijskih celic in za prenos genoma v to gostiteljsko celico. Za to družino fagov je značilno, da v strukturi vsebujejo dolg in nekrčljiv rep. Fag T5 ima 250 nm dolg rep, ki se konča s tremi L-oblikovanimi fibrilarnimi strukturami, ki so pritrjene na stožčasto podlago in premočrtno centralno fibrilo.		Struktura [https://www.i2bc.paris-saclay.fr/IMG/jpg/imagest5.jpg faga T5]je bila določena z uporabo krio-elektronske mikroskopije. Fag T5 uvrščamo v družino fagov Siphoviridae, za predstavnike katere je značilno, da imajo ikozaedrično oblikovano kapsido; ta vsebuje močno zvito, zgoščeno dvojno verižno DNA in rep. Rep predstavlja multiproteinski skupek, ki služi za prepoznavanje površine bakterijskih celic in za prenos genoma v to gostiteljsko celico. Za to družino fagov je značilno, da v strukturi vsebujejo dolg in nekrčljiv [https://jvi.asm.org/content/jvi/88/2/1162/F7.large.jpg?width=800&height=600&carousel=1 rep].Fag T5 ima 250 nm dolg rep, ki se konča s tremi L-oblikovanimi fibrilarnimi strukturami, ki so pritrjene na stožčasto podlago in premočrtno centralno fibrilo.

	=== ZAČETNI MEHANIZEM INFEKCIJE IN INTERAKCIJA MED pb5 in FhuA ===		=== ZAČETNI MEHANIZEM INFEKCIJE IN INTERAKCIJA MED pb5 in FhuA ===

Ajda Godec: /* STRUKTURA FAGA T5 */

2019-04-07T18:35:50Z

STRUKTURA FAGA T5

← Older revision		Revision as of 18:35, 7 April 2019
Line 9:		Line 9:
	=== STRUKTURA FAGA T5 ===		=== STRUKTURA FAGA T5 ===

	Struktura [https://www.i2bc.paris-saclay.fr/~~spip~~.~~php?article253&lang=en~~ faga T5]je bila določena z uporabo krio-elektronske mikroskopije. Fag T5 uvrščamo v družino fagov Siphoviridae, za predstavnike katere je značilno, da imajo ikozaedrično oblikovano kapsido; ta vsebuje močno zvito, zgoščeno dvojno verižno DNA in rep. Rep predstavlja multiproteinski skupek, ki služi za prepoznavanje površine bakterijskih celic in za prenos genoma v to gostiteljsko celico. Za to družino fagov je značilno, da v strukturi vsebujejo dolg in nekrčljiv rep. Fag T5 ima 250 nm dolg rep, ki se konča s tremi L-oblikovanimi fibrilarnimi strukturami, ki so pritrjene na stožčasto podlago in premočrtno centralno fibrilo.		Struktura [https://www.i2bc.paris-saclay.fr/IMG/jpg/imagest5.jpg faga T5]je bila določena z uporabo krio-elektronske mikroskopije. Fag T5 uvrščamo v družino fagov Siphoviridae, za predstavnike katere je značilno, da imajo ikozaedrično oblikovano kapsido; ta vsebuje močno zvito, zgoščeno dvojno verižno DNA in rep. Rep predstavlja multiproteinski skupek, ki služi za prepoznavanje površine bakterijskih celic in za prenos genoma v to gostiteljsko celico. Za to družino fagov je značilno, da v strukturi vsebujejo dolg in nekrčljiv rep. Fag T5 ima 250 nm dolg rep, ki se konča s tremi L-oblikovanimi fibrilarnimi strukturami, ki so pritrjene na stožčasto podlago in premočrtno centralno fibrilo.

	=== ZAČETNI MEHANIZEM INFEKCIJE IN INTERAKCIJA MED pb5 in FhuA ===		=== ZAČETNI MEHANIZEM INFEKCIJE IN INTERAKCIJA MED pb5 in FhuA ===

Ajda Godec: /* STRUKTURA FAGA T5 */

2019-04-07T18:35:01Z

STRUKTURA FAGA T5

← Older revision		Revision as of 18:35, 7 April 2019
Line 9:		Line 9:
	=== STRUKTURA FAGA T5 ===		=== STRUKTURA FAGA T5 ===

	Struktura faga T5 je bila določena z uporabo krio-elektronske mikroskopije. Fag T5 uvrščamo v družino fagov Siphoviridae, za predstavnike katere je značilno, da imajo ikozaedrično oblikovano kapsido; ta vsebuje močno zvito, zgoščeno dvojno verižno DNA in rep. Rep predstavlja multiproteinski skupek, ki služi za prepoznavanje površine bakterijskih celic in za prenos genoma v to gostiteljsko celico. Za to družino fagov je značilno, da v strukturi vsebujejo dolg in nekrčljiv rep. Fag T5 ima 250 nm dolg rep, ki se konča s tremi L-oblikovanimi fibrilarnimi strukturami, ki so pritrjene na stožčasto podlago in premočrtno centralno fibrilo.		Struktura [https://www.i2bc.paris-saclay.fr/spip.php?article253&lang=en faga T5]je bila določena z uporabo krio-elektronske mikroskopije. Fag T5 uvrščamo v družino fagov Siphoviridae, za predstavnike katere je značilno, da imajo ikozaedrično oblikovano kapsido; ta vsebuje močno zvito, zgoščeno dvojno verižno DNA in rep. Rep predstavlja multiproteinski skupek, ki služi za prepoznavanje površine bakterijskih celic in za prenos genoma v to gostiteljsko celico. Za to družino fagov je značilno, da v strukturi vsebujejo dolg in nekrčljiv rep. Fag T5 ima 250 nm dolg rep, ki se konča s tremi L-oblikovanimi fibrilarnimi strukturami, ki so pritrjene na stožčasto podlago in premočrtno centralno fibrilo.

	=== ZAČETNI MEHANIZEM INFEKCIJE IN INTERAKCIJA MED pb5 in FhuA ===		=== ZAČETNI MEHANIZEM INFEKCIJE IN INTERAKCIJA MED pb5 in FhuA ===