Razporejanje plazmidov v hčerinski celici - Revision history

Karin Kunstelj: /* Tip II in III */

2024-05-05T10:49:58Z

Tip II in III

← Older revision		Revision as of 10:49, 5 May 2024
Line 20:		Line 20:

	==Tip II in III==		==Tip II in III==
	ParMR1 tvorijo dolge filamente. Plazmidi ~~niso~~ prisotni na obeh koncih ParM polimerov. Premik plazmidne DNA na nasproten pol celice žene ParM polimerizacija med sestrskima ParR-parC (R1 centromer) kompleksoma.		ParMR1 tvorijo dolge filamente. Plazmidi so prisotni na obeh koncih ParM polimerov. Premik plazmidne DNA na nasproten pol celice žene ParM polimerizacija med sestrskima ParR-parC (R1 centromer) kompleksoma.

	Tubulinu podobna GTP-aza iz Gram-pozitivnih bakterij tvori dinamične in citoskeletne filamente, kar nakazuje, da tip III deluje po filamentacijskem mehanizmu za razporejanje plazmidov znotraj celic.		Tubulinu podobna GTP-aza iz Gram-pozitivnih bakterij tvori dinamične in citoskeletne filamente, kar nakazuje, da tip III deluje po filamentacijskem mehanizmu za razporejanje plazmidov znotraj celic.

Brina Klinar: /* Razporeditveni sistem tipa II */

2024-05-05T05:56:39Z

Razporeditveni sistem tipa II

← Older revision		Revision as of 05:56, 5 May 2024
Line 36:		Line 36:
	Razporeditvene ATP-aze tipa II (ParM) spadajo v razred aktinu podobnih proteinov. Te so sposobne polimerizacije in oblikovanja filamentov, ki potiskajo plazmida, pripeta na nasprotna konca snopa filamentov, narazen.		Razporeditvene ATP-aze tipa II (ParM) spadajo v razred aktinu podobnih proteinov. Te so sposobne polimerizacije in oblikovanja filamentov, ki potiskajo plazmida, pripeta na nasprotna konca snopa filamentov, narazen.

	Monomeri ParM polimerizirajo v prisotnosti ATP, pri čemer tvorijo levosučne dvojne vijačnice, ki so polarne (polarnost je posledica asimetrije monomerov, zato vsak filament vsebuje top in oster konec. ParR (CBP), ki je vezan na parC plazmida, se veže na topi konec filamenta in ustvari kapo, ki prepreči razgradnjo filamenta kljub hidrolizi ATP. Novi ParM-ATP monomeri se nato vstavljajo na topi konec skozi konkavni stik med ParR/parC. Ko filament raste, potiska plazmid na topem koncu in plazmid se premika po celici. Filamenti se urejajo v antiparalelne snope, kar pomeni, da so topi konci (mesta, kamor se veže plazmid) na obeh straneh snopa. Ko filamenti v snopu rastejo potiskajo plazmide, vezane na tope konce, na nasprotna pola celice. [https://journals.asm.org/cms/10.1128/microbiolspec.plas-0023-2014/asset/e77bc2b3-23b7-4f17-8bb9-2b9a07926e99/assets/graphic/plas-0023-2014-fig2.gif Slika 2] (A in B)		Monomeri ParM polimerizirajo v prisotnosti ATP, pri čemer tvorijo levosučne dvojne vijačnice, ki so polarne (polarnost je posledica asimetrije monomerov, zato vsak filament vsebuje top in oster konec). ParR (CBP), ki je vezan na parC plazmida, se veže na topi konec filamenta in ustvari kapo, ki prepreči razgradnjo filamenta kljub hidrolizi ATP. Novi ParM-ATP monomeri se nato vstavljajo na topi konec skozi konkavni stik med ParR/parC. Ko filament raste, potiska plazmid na topem koncu in plazmid se premika po celici. Filamenti se urejajo v antiparalelne snope, kar pomeni, da so topi konci (mesta, kamor se veže plazmid) na obeh straneh snopa. Ko filamenti v snopu rastejo potiskajo plazmide, vezane na tope konce, na nasprotna pola celice. [https://journals.asm.org/cms/10.1128/microbiolspec.plas-0023-2014/asset/e77bc2b3-23b7-4f17-8bb9-2b9a07926e99/assets/graphic/plas-0023-2014-fig2.gif Slika 2] (A in B)

	===Razporeditveni sistem tipa III===		===Razporeditveni sistem tipa III===

Brina Klinar: /* Razporeditveni sistem tipa II */

2024-05-05T05:54:43Z

Razporeditveni sistem tipa II

← Older revision		Revision as of 05:54, 5 May 2024
Line 34:		Line 34:

	===Razporeditveni sistem tipa II===		===Razporeditveni sistem tipa II===
	Razporeditvene ATP-aze tipa II (ParM) spadajo v razred aktinu podobnih proteinov. Te so sposobne polimerizacije in oblikovanja filamentov, ki potiskajo plazmida, pripeta na nasprotna konca ~~filamenta~~, narazen ~~(pri paličičastih bakterijah je to vzporedno z longitudinalno osjo celice)~~.		Razporeditvene ATP-aze tipa II (ParM) spadajo v razred aktinu podobnih proteinov. Te so sposobne polimerizacije in oblikovanja filamentov, ki potiskajo plazmida, pripeta na nasprotna konca snopa filamentov, narazen.

	Monomeri ParM polimerizirajo v prisotnosti ATP, pri čemer tvorijo levosučne dvojne vijačnice, ki so polarne (polarnost je posledica asimetrije monomerov, zato vsak filament vsebuje top in oster konec. ParR (CBP), ki je vezan na parC plazmida, se veže na topi konec filamenta in ustvari kapo, ki prepreči razgradnjo filamenta kljub hidrolizi ATP. Novi ParM-ATP monomeri se nato vstavljajo na topi konec skozi konkavni stik med ParR/parC. Ko filament raste, potiska plazmid na topem koncu in plazmid se premika po celici. Filamenti se urejajo v antiparalelne snope, kar pomeni, da so topi konci (mesta, kamor se veže plazmid) na obeh straneh snopa. Ko filamenti v snopu rastejo potiskajo plazmide, vezane na tope konce, na nasprotna pola celice. [https://journals.asm.org/cms/10.1128/microbiolspec.plas-0023-2014/asset/e77bc2b3-23b7-4f17-8bb9-2b9a07926e99/assets/graphic/plas-0023-2014-fig2.gif Slika 2] (A in B)		Monomeri ParM polimerizirajo v prisotnosti ATP, pri čemer tvorijo levosučne dvojne vijačnice, ki so polarne (polarnost je posledica asimetrije monomerov, zato vsak filament vsebuje top in oster konec. ParR (CBP), ki je vezan na parC plazmida, se veže na topi konec filamenta in ustvari kapo, ki prepreči razgradnjo filamenta kljub hidrolizi ATP. Novi ParM-ATP monomeri se nato vstavljajo na topi konec skozi konkavni stik med ParR/parC. Ko filament raste, potiska plazmid na topem koncu in plazmid se premika po celici. Filamenti se urejajo v antiparalelne snope, kar pomeni, da so topi konci (mesta, kamor se veže plazmid) na obeh straneh snopa. Ko filamenti v snopu rastejo potiskajo plazmide, vezane na tope konce, na nasprotna pola celice. [https://journals.asm.org/cms/10.1128/microbiolspec.plas-0023-2014/asset/e77bc2b3-23b7-4f17-8bb9-2b9a07926e99/assets/graphic/plas-0023-2014-fig2.gif Slika 2] (A in B)

Brina Klinar: /* Mehanizem po principu Brownovega zobatega kolesa */

2024-05-05T05:42:40Z

Mehanizem po principu Brownovega zobatega kolesa

← Older revision		Revision as of 05:42, 5 May 2024
Line 44:		Line 44:
	Razporeditveni sistem tipa I, ki je pri bakterijah najbolj pogost, za razliko od drugih dveh tipov pa ne deluje na principu polimerizacije. Pri njegovem mehanizmu sodelujejo ATP-aze tipa Walker (ParA). Te so sposobne interakcije z bakterijskim nukleoidom in v celici tvorijo dinamičen gradient. Interagirajo tudi s proteini ParB (CBP), ki nosijo plazmidni tovor in sledijo gradientu ParA. Predpostavljenih je bilo več modelov kako ParB sledijo gradientu ParA, vsi pa delujejo na osnovi principa Brownovega zobatega kolesa.		Razporeditveni sistem tipa I, ki je pri bakterijah najbolj pogost, za razliko od drugih dveh tipov pa ne deluje na principu polimerizacije. Pri njegovem mehanizmu sodelujejo ATP-aze tipa Walker (ParA). Te so sposobne interakcije z bakterijskim nukleoidom in v celici tvorijo dinamičen gradient. Interagirajo tudi s proteini ParB (CBP), ki nosijo plazmidni tovor in sledijo gradientu ParA. Predpostavljenih je bilo več modelov kako ParB sledijo gradientu ParA, vsi pa delujejo na osnovi principa Brownovega zobatega kolesa.

	V prisotnosti ATP se ParA veže na DNA (ATP pri tem hidrolizira). V naslednjem koraku se na ParA veže ParB, ki je vezan na parS (nosi plazmid) in pri tem iz nukleoida izrine ParA. Ta ~~oddifundia~~ v citoplazmo, kjer čaka, da se nanj ponovno veže ATP. Ker pa je ta korak zelo počasen, začne na nukleoidu primanjkovati ParA. ParB se torej premika po nukleoidu in za seboj pušča ParA praznino – gibanje plazmida je zato usmerjano stran od nižje koncentracije ParA. Plazmida bi se po replikaciji tako ločila, če bi bila koncentracija ParA med njima najnižja.		V prisotnosti ATP se ParA veže na DNA (ATP pri tem hidrolizira). V naslednjem koraku se na ParA veže ParB, ki je vezan na parS (nosi plazmid) in pri tem iz nukleoida izrine ParA. Ta oddifundira v citoplazmo, kjer čaka, da se nanj ponovno veže ATP. Ker pa je ta korak zelo počasen, začne na nukleoidu primanjkovati ParA. ParB se torej premika po nukleoidu in za seboj pušča ParA praznino – gibanje plazmida je zato usmerjano stran od nižje koncentracije ParA. Plazmida bi se po replikaciji tako ločila, če bi bila koncentracija ParA med njima najnižja.
	Obstaja več različnih modelov mehanizma Brownovega zobatega kolesa, vsi temeljijo na asimetriji distribucije ParA na bakterijskem nukleoidu. Delovanje lahko povežemo s konceptom požganega mostu – ko se ParB s plazmidnim tovorom premakne po nukleoidu, na svoji poti iz nukleoida odstranjuje ParA in s tem 'požge most za seboj', saj se zaradi odsotnosti Par A ne more vrniti nazaj. Predlagane verzije se med seboj razlikujejo po tem, kako asimetrija razporeditve ParA ustvari energijo, potrebno za gibanje in v vlogi, ki je pripisana bakterijskemu kromosomu in ParA oligomerizaciji.		Obstaja več različnih modelov mehanizma Brownovega zobatega kolesa, vsi temeljijo na asimetriji distribucije ParA na bakterijskem nukleoidu. Delovanje lahko povežemo s konceptom požganega mostu – ko se ParB s plazmidnim tovorom premakne po nukleoidu, na svoji poti iz nukleoida odstranjuje ParA in s tem 'požge most za seboj', saj se zaradi odsotnosti Par A ne more vrniti nazaj. Predlagane verzije se med seboj razlikujejo po tem, kako asimetrija razporeditve ParA ustvari energijo, potrebno za gibanje in v vlogi, ki je pripisana bakterijskemu kromosomu in ParA oligomerizaciji.

Brina Klinar at 20:10, 4 May 2024

2024-05-04T20:10:24Z

← Older revision		Revision as of 20:10, 4 May 2024
Line 27:		Line 27:
	Plazmidi naj bi sledili obliki ameriškega krofa. Prosto difundirajoči plazmidi so večinoma izven nukleoida v notranjem periferiju bakterije. Plazmidi z visokim kopirnim številom so v skupkih na polih celice in naključno razporejeni skozi celoten volumen celice z nižjo frekvenco znotraj nukleoida. To podpira model mešane distribucije, ki vključuje možnost nastajanja skupkov in naključno difuzijo individualnih plazmidov z visokim številom kopij.		Plazmidi naj bi sledili obliki ameriškega krofa. Prosto difundirajoči plazmidi so večinoma izven nukleoida v notranjem periferiju bakterije. Plazmidi z visokim kopirnim številom so v skupkih na polih celice in naključno razporejeni skozi celoten volumen celice z nižjo frekvenco znotraj nukleoida. To podpira model mešane distribucije, ki vključuje možnost nastajanja skupkov in naključno difuzijo individualnih plazmidov z visokim številom kopij.

	=Mehanizmi ~~razporeditve~~ plazmidov=		=Mehanizmi razporejanja plazmidov=
	Gonilo za razporeditev plazmidov predstavljajo ATP-aze in GTP-aze, ki zagotavljajo energijo za ustrezen premik plazmidov. Obstajata dva glavna razreda mehanizmov razporeditve plazmidov.		Gonilo za razporeditev plazmidov predstavljajo ATP-aze in GTP-aze, ki zagotavljajo energijo za ustrezen premik plazmidov. Obstajata dva glavna razreda mehanizmov razporeditve plazmidov.

Brina Klinar at 20:02, 4 May 2024

2024-05-04T20:02:41Z

Show changes

Brina Klinar: Undo revision 23306 by Brina Klinar (talk)

2024-05-04T19:57:02Z

Undo revision 23306 by Brina Klinar (talk)

Brina Klinar: Undo revision 23307 by Brina Klinar (talk)

2024-05-04T19:56:46Z

Undo revision 23307 by Brina Klinar (talk)

Brina Klinar at 19:54, 4 May 2024

2024-05-04T19:54:37Z

Brina Klinar at 19:52, 4 May 2024

2024-05-04T19:52:58Z

← Older revision		Revision as of 19:57, 4 May 2024
Line 2:		Line 2:
	Plazmidi živijo s svojo gostiteljsko celico v simbiozi. Razvili so kar nekaj strategij za obstoj znotraj bakterijske populacije med katerimi je razporeditveni sistem. Vsi razporeditveni sistemi so sestavljeni iz treh delov: ene ali več kopij razporeditvenega mesta (centromer), CBP (centromerni vezavni protein) in NTP-aze.		Plazmidi živijo s svojo gostiteljsko celico v simbiozi. Razvili so kar nekaj strategij za obstoj znotraj bakterijske populacije med katerimi je razporeditveni sistem. Vsi razporeditveni sistemi so sestavljeni iz treh delov: ene ali več kopij razporeditvenega mesta (centromer), CBP (centromerni vezavni protein) in NTP-aze.
	=Izračun izgube plazmida=		=Izračun izgube plazmida=
	Plazmidi z majhnim kopirnim številom se morajo za svoj obstoj nanašati na razporeditveni sistem, plazmidi z visokim številom kopij pa se zanašajo na pasivno difuzijo.~~<b>~~		Plazmidi z majhnim kopirnim številom se morajo za svoj obstoj nanašati na razporeditveni sistem, plazmidi z visokim številom kopij pa se zanašajo na pasivno difuzijo.
	Za naključno distribucijo velja: Ploss = 2^(1-n), kjer je »n« število kopij v celici.		Za naključno distribucijo velja: Ploss = 2^(1-n), kjer je »n« število kopij v celici.
	=Sistemi in kompleksi razporejanja plazmidov=		=Sistemi in kompleksi razporejanja plazmidov=
	Razporeditveni sistemi so nujni za transport in vzpostavitev sistema s plazmidno DNA. Poznamo 3 razporeditvene sisteme, ki se razlikujejo po tipu razporejanja z NTP-azo. Centromeri so značilna ohranjena zaporedja na plazmidu, ki služijo kot prepoznavna mesta za CBP. CBP prepozna zaporedje na plazmidu in se tako veže na centromer. To deluje kot most med plazmidom in ustrezno NTP-azo, ki omogoča premik plazmida.~~<b>~~		Razporeditveni sistemi so nujni za transport in vzpostavitev sistema s plazmidno DNA. Poznamo 3 razporeditvene sisteme, ki se razlikujejo po tipu razporejanja z NTP-azo. Centromeri so značilna ohranjena zaporedja na plazmidu, ki služijo kot prepoznavna mesta za CBP. CBP prepozna zaporedje na plazmidu in se tako veže na centromer. To deluje kot most med plazmidom in ustrezno NTP-azo, ki omogoča premik plazmida.
	Tip I ima Walker ATP-azo, ki ločuje plazmid s formacijo dinamičnega vzorca na bakterijskem nukleoidu. Tip II uporablja aktinu podobno ATP-azo, ki polimerizira v dinamične filamente, ki potiskajo plazmida narazen. Tip III ima tubulinu podobne GTP-aze, ki prav tako delujejo preko dinamične polimerizacije mehanizma.~~<b>~~		Tip I ima Walker ATP-azo, ki ločuje plazmid s formacijo dinamičnega vzorca na bakterijskem nukleoidu. Tip II uporablja aktinu podobno ATP-azo, ki polimerizira v dinamične filamente, ki potiskajo plazmida narazen. Tip III ima tubulinu podobne GTP-aze, ki prav tako delujejo preko dinamične polimerizacije mehanizma.
	Različni tipi so prikazani na [https://journals.asm.org/cms/10.1128/ecosalplus.esp-0003-2019/asset/0bc1138d-60c0-4e59-95c9-fdfec9718c8d/assets/graphic/esp-0003-2019_fig_004.gif sliki 1].		Različni tipi so prikazani na [https://journals.asm.org/cms/10.1128/ecosalplus.esp-0003-2019/asset/0bc1138d-60c0-4e59-95c9-fdfec9718c8d/assets/graphic/esp-0003-2019_fig_004.gif sliki 1].
	=Arhitektura=		=Arhitektura=
	CBP-ji se lahko na prepoznavno mesto vežejo v več kopijah in tako tvorijo razporeditvene komplekse, katerih arhitektura je odvisna od tipa CBP. CBP tip I vsebuje motiv HTH2 in prepozna centromerno mesto parS, kamor se veže v več kopijah in gradi velike komplekse. To omogoča številne interakcije z ustrezno NTP-azo. CBP tip II (vsebuje RHH2 motiv) in tip III (vsebuje HTH2 motiv) tvorita podobne komplekse in sicer, oba tvorita vijačne, obročaste strukture in povzročita upogib DNA.		CBP-ji se lahko na prepoznavno mesto vežejo v več kopijah in tako tvorijo razporeditvene komplekse,
	=Vizualizacija plazmidnih dinamik v celici=		katerih arhitektura je odvisna od tipa CBP. CBP tip I vsebuje motiv HTH2 in prepozna centromerno mesto parS, kamor se veže v več kopijah in gradi velike komplekse. To omogoča številne interakcije z ustrezno NTP-azo. CBP tip II (vsebuje RHH2 motiv) in tip III (vsebuje HTH2 motiv) tvorita podobne komplekse in sicer, oba tvorita vijačne, obročaste strukture in povzročita upogib DNA.
			Vizualizacija plazmidnih dinamik v celici
	==Tip I==		==Tip I==
	Najraje se nahajajo na četrtini ali polovici celice v majhnih in večjih celicah. V vseh primerih pa vpadajo z bakterijskimi nukleoidom. ParB in RHH2 so prisotni v velikih količinah znotraj celice in so kot žarišča, ki so odvisni od razporeditvenega mesta in korespondirajo na pozicijo plazmida. ParB iz F plazmidov so prisotni v skupkih v okolici F razporeditvenega mesta, parSF. Razporeditveni kompleksi plazmida F so najdeni znotraj večje mase nukleoida. ParA imajo oscilatorno vedenje, nekatere pa tvorijo dinamične gradiente.		Najraje se nahajajo na četrtini ali polovici celice v majhnih in večjih celicah. V vseh primerih pa vpadajo z bakterijskimi nukleoidom. ParB in RHH2 so prisotni v velikih količinah znotraj celice in so kot žarišča, ki so odvisni od razporeditvenega mesta in korespondirajo na pozicijo plazmida. ParB iz F plazmidov so prisotni v skupkih v okolici F razporeditvenega mesta, parSF. Razporeditveni kompleksi plazmida F so najdeni znotraj večje mase nukleoida. ParA imajo oscilatorno vedenje, nekatere pa tvorijo dinamične gradiente.
	==Tip II in III==		==Tip II in III==
	ParMR1 tvorijo dolge filamente. Plazmidi niso prisotni na obeh koncih ParM polimerov. Premik plazmidne DNA na nasproten pol celice žene ParM polimerizacija med sestrskima ParR-parC (R1 centromer) kompleksoma.~~<b>~~		ParMR1 tvorijo dolge filamente. Plazmidi niso prisotni na obeh koncih ParM polimerov. Premik plazmidne DNA na nasproten pol celice žene ParM polimerizacija med sestrskima ParR-parC (R1 centromer) kompleksoma.
	Tubulinu podobna GTP-aza iz Gram-pozitivnih bakterij tvori dinamične in citoskeletne filamente, kar nakazuje, da tip III deluje po filamentacijskem mehanizmu za razporejanje plazmidov znotraj celic.~~<b>~~		Tubulinu podobna GTP-aza iz Gram-pozitivnih bakterij tvori dinamične in citoskeletne filamente, kar nakazuje, da tip III deluje po filamentacijskem mehanizmu za razporejanje plazmidov znotraj celic.
	Slikovna obdelava razporeditve in ločitve plazmidov z velikim številom kopij		Slikovna obdelava razporeditve in ločitve plazmidov z velikim številom kopij
	Plazmidi naj bi sledili obliki ameriškega krofa. Prosto difundirajoči plazmidi so večinoma izven nukleoida v notranjem periferiju bakterije. Plazmidi z visokim kopirnim številom so v skupkih na polih celice in naključno razporejeni skozi celoten volumen celice z nižjo frekvenco znotraj nukleoida. To podpira model mešane distribucije, ki vključuje možnost nastajanja skupkov in naključno difuzijo individualnih plazmidov z visokim številom kopij.		Plazmidi naj bi sledili obliki ameriškega krofa. Prosto difundirajoči plazmidi so večinoma izven nukleoida v notranjem periferiju bakterije. Plazmidi z visokim kopirnim številom so v skupkih na polih celice in naključno razporejeni skozi celoten volumen celice z nižjo frekvenco znotraj nukleoida. To podpira model mešane distribucije, ki vključuje možnost nastajanja skupkov in naključno difuzijo individualnih plazmidov z visokim številom kopij.
Line 24:		Line 25:
	Po tem mehanizmu delujeta razporeditvena sistema tipa II in III.		Po tem mehanizmu delujeta razporeditvena sistema tipa II in III.
	===Razporeditveni sistem tipa II===		===Razporeditveni sistem tipa II===
	Razporeditvene ATP-aze tipa II (ParM) spadajo v razred aktinu podobnih proteinov. Te so sposobne polimerizacije in oblikovanja filamentov, ki potiskajo plazmida, pripeta na nasprotna konca filamenta, narazen (pri paličičastih bakterijah je to vzporedno z longitudinalno osjo celice).~~<b>~~		Razporeditvene ATP-aze tipa II (ParM) spadajo v razred aktinu podobnih proteinov. Te so sposobne polimerizacije in oblikovanja filamentov, ki potiskajo plazmida, pripeta na nasprotna konca filamenta, narazen (pri paličičastih bakterijah je to vzporedno z longitudinalno osjo celice).
	Monomeri ParM polimerizirajo v prisotnosti ATP, pri čemer tvorijo levosučne dvojne vijačnice, ki so polarne (polarnost je posledica asimetrije monomerov, zato vsak filament vsebuje top in oster konec. ParR (CBP), ki je vezan na parC plazmida, se veže na topi konec filamenta in ustvari kapo, ki prepreči razgradnjo filamenta kljub hidrolizi ATP. Novi ParM-ATP monomeri se nato vstavljajo na topi konec skozi konkavni stik med ParR/parC. Ko filament raste, potiska plazmid na topem koncu in plazmid se premika po celici. Filamenti se urejajo v antiparalelne snope, kar pomeni, da so topi konci (mesta, kamor se veže plazmid) na obeh straneh snopa. Ko filamenti v snopu rastejo potiskajo plazmide, vezane na tope konce, na nasprotna pola celice. [https://journals.asm.org/cms/10.1128/microbiolspec.plas-0023-2014/asset/e77bc2b3-23b7-4f17-8bb9-2b9a07926e99/assets/graphic/plas-0023-2014-fig2.gif Slika 2] (A in B)		Monomeri ParM polimerizirajo v prisotnosti ATP, pri čemer tvorijo levosučne dvojne vijačnice, ki so polarne (polarnost je posledica asimetrije monomerov, zato vsak filament vsebuje top in oster konec. ParR (CBP), ki je vezan na parC plazmida, se veže na topi konec filamenta in ustvari kapo, ki prepreči razgradnjo filamenta kljub hidrolizi ATP. Novi ParM-ATP monomeri se nato vstavljajo na topi konec skozi konkavni stik med ParR/parC. Ko filament raste, potiska plazmid na topem koncu in plazmid se premika po celici. Filamenti se urejajo v antiparalelne snope, kar pomeni, da so topi konci (mesta, kamor se veže plazmid) na obeh straneh snopa. Ko filamenti v snopu rastejo potiskajo plazmide, vezane na tope konce, na nasprotna pola celice. [https://journals.asm.org/cms/10.1128/microbiolspec.plas-0023-2014/asset/e77bc2b3-23b7-4f17-8bb9-2b9a07926e99/assets/graphic/plas-0023-2014-fig2.gif Slika 2] (A in B)

Line 31:		Line 32:

	==Mehanizem po principu Brownovega zobatega kolesa==		==Mehanizem po principu Brownovega zobatega kolesa==
	Razporeditveni sistem tipa I, ki je pri bakterijah najbolj pogost, za razliko od drugih dveh tipov pa ne deluje na principu polimerizacije. Pri njegovem mehanizmu sodelujejo ATP-aze tipa Walker (ParA). Te so sposobne interakcije z bakterijskim nukleoidom in v celici tvorijo dinamičen gradient. Interagirajo tudi s proteini ParB (CBP), ki nosijo plazmidni tovor in sledijo gradientu ParA. Predpostavljenih je bilo več modelov kako ParB sledijo gradientu ParA, vsi pa delujejo na osnovi principa Brownovega zobatega kolesa. ~~<b>~~		Razporeditveni sistem tipa I, ki je pri bakterijah najbolj pogost, za razliko od drugih dveh tipov pa ne deluje na principu polimerizacije. Pri njegovem mehanizmu sodelujejo ATP-aze tipa Walker (ParA). Te so sposobne interakcije z bakterijskim nukleoidom in v celici tvorijo dinamičen gradient. Interagirajo tudi s proteini ParB (CBP), ki nosijo plazmidni tovor in sledijo gradientu ParA. Predpostavljenih je bilo več modelov kako ParB sledijo gradientu ParA, vsi pa delujejo na osnovi principa Brownovega zobatega kolesa.
	V prisotnosti ATP se ParA veže na DNA (ATP pri tem hidrolizira). V naslednjem koraku se na ParA veže ParB, ki je vezan na parS (nosi plazmid) in pri tem iz nukleoida izrine ParA. Ta oddifundia v citoplazmo, kjer čaka, da se nanj ponovno veže ATP. Ker pa je ta korak zelo počasen, začne na nukleoidu primanjkovati ParA. ParB se torej premika po nukleoidu in za seboj pušča ParA praznino – gibanje plazmida je zato usmerjano stran od nižje koncentracije ParA. Plazmida bi se po replikaciji tako ločila, če bi bila koncentracija ParA med njima najnižja. ~~<b>~~		V prisotnosti ATP se ParA veže na DNA (ATP pri tem hidrolizira). V naslednjem koraku se na ParA veže ParB, ki je vezan na parS (nosi plazmid) in pri tem iz nukleoida izrine ParA. Ta oddifundia v citoplazmo, kjer čaka, da se nanj ponovno veže ATP. Ker pa je ta korak zelo počasen, začne na nukleoidu primanjkovati ParA. ParB se torej premika po nukleoidu in za seboj pušča ParA praznino – gibanje plazmida je zato usmerjano stran od nižje koncentracije ParA. Plazmida bi se po replikaciji tako ločila, če bi bila koncentracija ParA med njima najnižja.
	Obstaja več različnih modelov mehanizma Brownovega zobatega kolesa, vsi temeljijo na asimetriji distribucije ParA na bakterijskem nukleoidu. Delovanje lahko povežemo s konceptom požganega mostu – ko se ParB s plazmidnim tovorom premakne po nukleoidu, na svoji poti iz nukleoida odstranjuje ParA in s tem 'požge most za seboj', saj se zaradi odsotnosti Par A ne more vrniti nazaj. Predlagane verzije se med seboj razlikujejo po tem, kako asimetrija razporeditve ParA ustvari energijo, potrebno za gibanje in v vlogi, ki je pripisana bakterijskemu kromosomu in ParA oligomerizaciji. ~~<b>~~		Obstaja več različnih modelov mehanizma Brownovega zobatega kolesa, vsi temeljijo na asimetriji distribucije ParA na bakterijskem nukleoidu. Delovanje lahko povežemo s konceptom požganega mostu – ko se ParB s plazmidnim tovorom premakne po nukleoidu, na svoji poti iz nukleoida odstranjuje ParA in s tem 'požge most za seboj', saj se zaradi odsotnosti Par A ne more vrniti nazaj. Predlagane verzije se med seboj razlikujejo po tem, kako asimetrija razporeditve ParA ustvari energijo, potrebno za gibanje in v vlogi, ki je pripisana bakterijskemu kromosomu in ParA oligomerizaciji.
	Vse ATPaze tipa I uporabljajo mehanizem Brownovega zobatega kolesa, vendar pa je relevanten model najverjetneje odvisen od različnih biokemijskih značilnosti in ravni ekspresije ParA in ParB. [https://journals.asm.org/cms/10.1128/microbiolspec.plas-0023-2014/asset/3928d857-a2ad-4de1-9c2b-e5caecb4e75b/assets/graphic/plas-0023-2014-fig5.gif Slika 3]		Vse ATPaze tipa I uporabljajo mehanizem Brownovega zobatega kolesa, vendar pa je relevanten model najverjetneje odvisen od različnih biokemijskih značilnosti in ravni ekspresije ParA in ParB. [https://journals.asm.org/cms/10.1128/microbiolspec.plas-0023-2014/asset/3928d857-a2ad-4de1-9c2b-e5caecb4e75b/assets/graphic/plas-0023-2014-fig5.gif Slika 3]

← Older revision		Revision as of 19:56, 4 May 2024
Line 2:		Line 2:
	Plazmidi živijo s svojo gostiteljsko celico v simbiozi. Razvili so kar nekaj strategij za obstoj znotraj bakterijske populacije med katerimi je razporeditveni sistem. Vsi razporeditveni sistemi so sestavljeni iz treh delov: ene ali več kopij razporeditvenega mesta (centromer), CBP (centromerni vezavni protein) in NTP-aze.		Plazmidi živijo s svojo gostiteljsko celico v simbiozi. Razvili so kar nekaj strategij za obstoj znotraj bakterijske populacije med katerimi je razporeditveni sistem. Vsi razporeditveni sistemi so sestavljeni iz treh delov: ene ali več kopij razporeditvenega mesta (centromer), CBP (centromerni vezavni protein) in NTP-aze.
	=Izračun izgube plazmida=		=Izračun izgube plazmida=
	Plazmidi z majhnim kopirnim številom se morajo za svoj obstoj nanašati na razporeditveni sistem, plazmidi z visokim številom kopij pa se zanašajo na pasivno difuzijo.		Plazmidi z majhnim kopirnim številom se morajo za svoj obstoj nanašati na razporeditveni sistem, plazmidi z visokim številom kopij pa se zanašajo na pasivno difuzijo.<b>
	Za naključno distribucijo velja: Ploss = 2^(1-n), kjer je »n« število kopij v celici.		Za naključno distribucijo velja: Ploss = 2^(1-n), kjer je »n« število kopij v celici.
	=Sistemi in kompleksi razporejanja plazmidov=		=Sistemi in kompleksi razporejanja plazmidov=
	Razporeditveni sistemi so nujni za transport in vzpostavitev sistema s plazmidno DNA. Poznamo 3 razporeditvene sisteme, ki se razlikujejo po tipu razporejanja z NTP-azo. Centromeri so značilna ohranjena zaporedja na plazmidu, ki služijo kot prepoznavna mesta za CBP. CBP prepozna zaporedje na plazmidu in se tako veže na centromer. To deluje kot most med plazmidom in ustrezno NTP-azo, ki omogoča premik plazmida.		Razporeditveni sistemi so nujni za transport in vzpostavitev sistema s plazmidno DNA. Poznamo 3 razporeditvene sisteme, ki se razlikujejo po tipu razporejanja z NTP-azo. Centromeri so značilna ohranjena zaporedja na plazmidu, ki služijo kot prepoznavna mesta za CBP. CBP prepozna zaporedje na plazmidu in se tako veže na centromer. To deluje kot most med plazmidom in ustrezno NTP-azo, ki omogoča premik plazmida.<b>
	Tip I ima Walker ATP-azo, ki ločuje plazmid s formacijo dinamičnega vzorca na bakterijskem nukleoidu. Tip II uporablja aktinu podobno ATP-azo, ki polimerizira v dinamične filamente, ki potiskajo plazmida narazen. Tip III ima tubulinu podobne GTP-aze, ki prav tako delujejo preko dinamične polimerizacije mehanizma.<b>		Tip I ima Walker ATP-azo, ki ločuje plazmid s formacijo dinamičnega vzorca na bakterijskem nukleoidu. Tip II uporablja aktinu podobno ATP-azo, ki polimerizira v dinamične filamente, ki potiskajo plazmida narazen. Tip III ima tubulinu podobne GTP-aze, ki prav tako delujejo preko dinamične polimerizacije mehanizma.<b>
	Različni tipi so prikazani na [https://journals.asm.org/cms/10.1128/ecosalplus.esp-0003-2019/asset/0bc1138d-60c0-4e59-95c9-fdfec9718c8d/assets/graphic/esp-0003-2019_fig_004.gif sliki 1].		Različni tipi so prikazani na [https://journals.asm.org/cms/10.1128/ecosalplus.esp-0003-2019/asset/0bc1138d-60c0-4e59-95c9-fdfec9718c8d/assets/graphic/esp-0003-2019_fig_004.gif sliki 1].
Line 14:		Line 14:
	Najraje se nahajajo na četrtini ali polovici celice v majhnih in večjih celicah. V vseh primerih pa vpadajo z bakterijskimi nukleoidom. ParB in RHH2 so prisotni v velikih količinah znotraj celice in so kot žarišča, ki so odvisni od razporeditvenega mesta in korespondirajo na pozicijo plazmida. ParB iz F plazmidov so prisotni v skupkih v okolici F razporeditvenega mesta, parSF. Razporeditveni kompleksi plazmida F so najdeni znotraj večje mase nukleoida. ParA imajo oscilatorno vedenje, nekatere pa tvorijo dinamične gradiente.		Najraje se nahajajo na četrtini ali polovici celice v majhnih in večjih celicah. V vseh primerih pa vpadajo z bakterijskimi nukleoidom. ParB in RHH2 so prisotni v velikih količinah znotraj celice in so kot žarišča, ki so odvisni od razporeditvenega mesta in korespondirajo na pozicijo plazmida. ParB iz F plazmidov so prisotni v skupkih v okolici F razporeditvenega mesta, parSF. Razporeditveni kompleksi plazmida F so najdeni znotraj večje mase nukleoida. ParA imajo oscilatorno vedenje, nekatere pa tvorijo dinamične gradiente.
	==Tip II in III==		==Tip II in III==
	ParMR1 tvorijo dolge filamente. Plazmidi niso prisotni na obeh koncih ParM polimerov. Premik plazmidne DNA na nasproten pol celice žene ParM polimerizacija med sestrskima ParR-parC (R1 centromer) kompleksoma.		ParMR1 tvorijo dolge filamente. Plazmidi niso prisotni na obeh koncih ParM polimerov. Premik plazmidne DNA na nasproten pol celice žene ParM polimerizacija med sestrskima ParR-parC (R1 centromer) kompleksoma.<b>
	Tubulinu podobna GTP-aza iz Gram-pozitivnih bakterij tvori dinamične in citoskeletne filamente, kar nakazuje, da tip III deluje po filamentacijskem mehanizmu za razporejanje plazmidov znotraj celic.		Tubulinu podobna GTP-aza iz Gram-pozitivnih bakterij tvori dinamične in citoskeletne filamente, kar nakazuje, da tip III deluje po filamentacijskem mehanizmu za razporejanje plazmidov znotraj celic.<b>
	Slikovna obdelava razporeditve in ločitve plazmidov z velikim številom kopij		Slikovna obdelava razporeditve in ločitve plazmidov z velikim številom kopij
	Plazmidi naj bi sledili obliki ameriškega krofa. Prosto difundirajoči plazmidi so večinoma izven nukleoida v notranjem periferiju bakterije. Plazmidi z visokim kopirnim številom so v skupkih na polih celice in naključno razporejeni skozi celoten volumen celice z nižjo frekvenco znotraj nukleoida. To podpira model mešane distribucije, ki vključuje možnost nastajanja skupkov in naključno difuzijo individualnih plazmidov z visokim številom kopij.		Plazmidi naj bi sledili obliki ameriškega krofa. Prosto difundirajoči plazmidi so večinoma izven nukleoida v notranjem periferiju bakterije. Plazmidi z visokim kopirnim številom so v skupkih na polih celice in naključno razporejeni skozi celoten volumen celice z nižjo frekvenco znotraj nukleoida. To podpira model mešane distribucije, ki vključuje možnost nastajanja skupkov in naključno difuzijo individualnih plazmidov z visokim številom kopij.
Line 24:		Line 24:
	Po tem mehanizmu delujeta razporeditvena sistema tipa II in III.		Po tem mehanizmu delujeta razporeditvena sistema tipa II in III.
	===Razporeditveni sistem tipa II===		===Razporeditveni sistem tipa II===
	Razporeditvene ATP-aze tipa II (ParM) spadajo v razred aktinu podobnih proteinov. Te so sposobne polimerizacije in oblikovanja filamentov, ki potiskajo plazmida, pripeta na nasprotna konca filamenta, narazen (pri paličičastih bakterijah je to vzporedno z longitudinalno osjo celice).		Razporeditvene ATP-aze tipa II (ParM) spadajo v razred aktinu podobnih proteinov. Te so sposobne polimerizacije in oblikovanja filamentov, ki potiskajo plazmida, pripeta na nasprotna konca filamenta, narazen (pri paličičastih bakterijah je to vzporedno z longitudinalno osjo celice).<b>
	Monomeri ParM polimerizirajo v prisotnosti ATP, pri čemer tvorijo levosučne dvojne vijačnice, ki so polarne (polarnost je posledica asimetrije monomerov, zato vsak filament vsebuje top in oster konec. ParR (CBP), ki je vezan na parC plazmida, se veže na topi konec filamenta in ustvari kapo, ki prepreči razgradnjo filamenta kljub hidrolizi ATP. Novi ParM-ATP monomeri se nato vstavljajo na topi konec skozi konkavni stik med ParR/parC. Ko filament raste, potiska plazmid na topem koncu in plazmid se premika po celici. Filamenti se urejajo v antiparalelne snope, kar pomeni, da so topi konci (mesta, kamor se veže plazmid) na obeh straneh snopa. Ko filamenti v snopu rastejo potiskajo plazmide, vezane na tope konce, na nasprotna pola celice. [https://journals.asm.org/cms/10.1128/microbiolspec.plas-0023-2014/asset/e77bc2b3-23b7-4f17-8bb9-2b9a07926e99/assets/graphic/plas-0023-2014-fig2.gif Slika 2] (A in B)		Monomeri ParM polimerizirajo v prisotnosti ATP, pri čemer tvorijo levosučne dvojne vijačnice, ki so polarne (polarnost je posledica asimetrije monomerov, zato vsak filament vsebuje top in oster konec. ParR (CBP), ki je vezan na parC plazmida, se veže na topi konec filamenta in ustvari kapo, ki prepreči razgradnjo filamenta kljub hidrolizi ATP. Novi ParM-ATP monomeri se nato vstavljajo na topi konec skozi konkavni stik med ParR/parC. Ko filament raste, potiska plazmid na topem koncu in plazmid se premika po celici. Filamenti se urejajo v antiparalelne snope, kar pomeni, da so topi konci (mesta, kamor se veže plazmid) na obeh straneh snopa. Ko filamenti v snopu rastejo potiskajo plazmide, vezane na tope konce, na nasprotna pola celice. [https://journals.asm.org/cms/10.1128/microbiolspec.plas-0023-2014/asset/e77bc2b3-23b7-4f17-8bb9-2b9a07926e99/assets/graphic/plas-0023-2014-fig2.gif Slika 2] (A in B)

Line 31:		Line 31:

	==Mehanizem po principu Brownovega zobatega kolesa==		==Mehanizem po principu Brownovega zobatega kolesa==
	Razporeditveni sistem tipa I, ki je pri bakterijah najbolj pogost, za razliko od drugih dveh tipov pa ne deluje na principu polimerizacije. Pri njegovem mehanizmu sodelujejo ATP-aze tipa Walker (ParA). Te so sposobne interakcije z bakterijskim nukleoidom in v celici tvorijo dinamičen gradient. Interagirajo tudi s proteini ParB (CBP), ki nosijo plazmidni tovor in sledijo gradientu ParA. Predpostavljenih je bilo več modelov kako ParB sledijo gradientu ParA, vsi pa delujejo na osnovi principa Brownovega zobatega kolesa.		Razporeditveni sistem tipa I, ki je pri bakterijah najbolj pogost, za razliko od drugih dveh tipov pa ne deluje na principu polimerizacije. Pri njegovem mehanizmu sodelujejo ATP-aze tipa Walker (ParA). Te so sposobne interakcije z bakterijskim nukleoidom in v celici tvorijo dinamičen gradient. Interagirajo tudi s proteini ParB (CBP), ki nosijo plazmidni tovor in sledijo gradientu ParA. Predpostavljenih je bilo več modelov kako ParB sledijo gradientu ParA, vsi pa delujejo na osnovi principa Brownovega zobatega kolesa. <b>
	V prisotnosti ATP se ParA veže na DNA (ATP pri tem hidrolizira). V naslednjem koraku se na ParA veže ParB, ki je vezan na parS (nosi plazmid) in pri tem iz nukleoida izrine ParA. Ta oddifundia v citoplazmo, kjer čaka, da se nanj ponovno veže ATP. Ker pa je ta korak zelo počasen, začne na nukleoidu primanjkovati ParA. ParB se torej premika po nukleoidu in za seboj pušča ParA praznino – gibanje plazmida je zato usmerjano stran od nižje koncentracije ParA. Plazmida bi se po replikaciji tako ločila, če bi bila koncentracija ParA med njima najnižja. <b>		V prisotnosti ATP se ParA veže na DNA (ATP pri tem hidrolizira). V naslednjem koraku se na ParA veže ParB, ki je vezan na parS (nosi plazmid) in pri tem iz nukleoida izrine ParA. Ta oddifundia v citoplazmo, kjer čaka, da se nanj ponovno veže ATP. Ker pa je ta korak zelo počasen, začne na nukleoidu primanjkovati ParA. ParB se torej premika po nukleoidu in za seboj pušča ParA praznino – gibanje plazmida je zato usmerjano stran od nižje koncentracije ParA. Plazmida bi se po replikaciji tako ločila, če bi bila koncentracija ParA med njima najnižja. <b>
	Obstaja več različnih modelov mehanizma Brownovega zobatega kolesa, vsi temeljijo na asimetriji distribucije ParA na bakterijskem nukleoidu. Delovanje lahko povežemo s konceptom požganega mostu – ko se ParB s plazmidnim tovorom premakne po nukleoidu, na svoji poti iz nukleoida odstranjuje ParA in s tem 'požge most za seboj', saj se zaradi odsotnosti Par A ne more vrniti nazaj. Predlagane verzije se med seboj razlikujejo po tem, kako asimetrija razporeditve ParA ustvari energijo, potrebno za gibanje in v vlogi, ki je pripisana bakterijskemu kromosomu in ParA oligomerizaciji.		Obstaja več različnih modelov mehanizma Brownovega zobatega kolesa, vsi temeljijo na asimetriji distribucije ParA na bakterijskem nukleoidu. Delovanje lahko povežemo s konceptom požganega mostu – ko se ParB s plazmidnim tovorom premakne po nukleoidu, na svoji poti iz nukleoida odstranjuje ParA in s tem 'požge most za seboj', saj se zaradi odsotnosti Par A ne more vrniti nazaj. Predlagane verzije se med seboj razlikujejo po tem, kako asimetrija razporeditve ParA ustvari energijo, potrebno za gibanje in v vlogi, ki je pripisana bakterijskemu kromosomu in ParA oligomerizaciji. <b>
	Vse ATPaze tipa I uporabljajo mehanizem Brownovega zobatega kolesa, vendar pa je relevanten model najverjetneje odvisen od različnih biokemijskih značilnosti in ravni ekspresije ParA in ParB. [https://journals.asm.org/cms/10.1128/microbiolspec.plas-0023-2014/asset/3928d857-a2ad-4de1-9c2b-e5caecb4e75b/assets/graphic/plas-0023-2014-fig5.gif Slika 3]		Vse ATPaze tipa I uporabljajo mehanizem Brownovega zobatega kolesa, vendar pa je relevanten model najverjetneje odvisen od različnih biokemijskih značilnosti in ravni ekspresije ParA in ParB. [https://journals.asm.org/cms/10.1128/microbiolspec.plas-0023-2014/asset/3928d857-a2ad-4de1-9c2b-e5caecb4e75b/assets/graphic/plas-0023-2014-fig5.gif Slika 3]

← Older revision		Revision as of 19:54, 4 May 2024
Line 2:		Line 2:
	Plazmidi živijo s svojo gostiteljsko celico v simbiozi. Razvili so kar nekaj strategij za obstoj znotraj bakterijske populacije med katerimi je razporeditveni sistem. Vsi razporeditveni sistemi so sestavljeni iz treh delov: ene ali več kopij razporeditvenega mesta (centromer), CBP (centromerni vezavni protein) in NTP-aze.		Plazmidi živijo s svojo gostiteljsko celico v simbiozi. Razvili so kar nekaj strategij za obstoj znotraj bakterijske populacije med katerimi je razporeditveni sistem. Vsi razporeditveni sistemi so sestavljeni iz treh delov: ene ali več kopij razporeditvenega mesta (centromer), CBP (centromerni vezavni protein) in NTP-aze.
	=Izračun izgube plazmida=		=Izračun izgube plazmida=
	Plazmidi z majhnim kopirnim številom se morajo za svoj obstoj nanašati na razporeditveni sistem, plazmidi z visokim številom kopij pa se zanašajo na pasivno difuzijo.~~<b>~~		Plazmidi z majhnim kopirnim številom se morajo za svoj obstoj nanašati na razporeditveni sistem, plazmidi z visokim številom kopij pa se zanašajo na pasivno difuzijo.
	Za naključno distribucijo velja: Ploss = 2^(1-n), kjer je »n« število kopij v celici.		Za naključno distribucijo velja: Ploss = 2^(1-n), kjer je »n« število kopij v celici.
	=Sistemi in kompleksi razporejanja plazmidov=		=Sistemi in kompleksi razporejanja plazmidov=
	Razporeditveni sistemi so nujni za transport in vzpostavitev sistema s plazmidno DNA. Poznamo 3 razporeditvene sisteme, ki se razlikujejo po tipu razporejanja z NTP-azo. Centromeri so značilna ohranjena zaporedja na plazmidu, ki služijo kot prepoznavna mesta za CBP. CBP prepozna zaporedje na plazmidu in se tako veže na centromer. To deluje kot most med plazmidom in ustrezno NTP-azo, ki omogoča premik plazmida.~~<b>~~		Razporeditveni sistemi so nujni za transport in vzpostavitev sistema s plazmidno DNA. Poznamo 3 razporeditvene sisteme, ki se razlikujejo po tipu razporejanja z NTP-azo. Centromeri so značilna ohranjena zaporedja na plazmidu, ki služijo kot prepoznavna mesta za CBP. CBP prepozna zaporedje na plazmidu in se tako veže na centromer. To deluje kot most med plazmidom in ustrezno NTP-azo, ki omogoča premik plazmida.
	Tip I ima Walker ATP-azo, ki ločuje plazmid s formacijo dinamičnega vzorca na bakterijskem nukleoidu. Tip II uporablja aktinu podobno ATP-azo, ki polimerizira v dinamične filamente, ki potiskajo plazmida narazen. Tip III ima tubulinu podobne GTP-aze, ki prav tako delujejo preko dinamične polimerizacije mehanizma.<b>		Tip I ima Walker ATP-azo, ki ločuje plazmid s formacijo dinamičnega vzorca na bakterijskem nukleoidu. Tip II uporablja aktinu podobno ATP-azo, ki polimerizira v dinamične filamente, ki potiskajo plazmida narazen. Tip III ima tubulinu podobne GTP-aze, ki prav tako delujejo preko dinamične polimerizacije mehanizma.<b>
	Različni tipi so prikazani na [https://journals.asm.org/cms/10.1128/ecosalplus.esp-0003-2019/asset/0bc1138d-60c0-4e59-95c9-fdfec9718c8d/assets/graphic/esp-0003-2019_fig_004.gif sliki 1].		Različni tipi so prikazani na [https://journals.asm.org/cms/10.1128/ecosalplus.esp-0003-2019/asset/0bc1138d-60c0-4e59-95c9-fdfec9718c8d/assets/graphic/esp-0003-2019_fig_004.gif sliki 1].
Line 14:		Line 14:
	Najraje se nahajajo na četrtini ali polovici celice v majhnih in večjih celicah. V vseh primerih pa vpadajo z bakterijskimi nukleoidom. ParB in RHH2 so prisotni v velikih količinah znotraj celice in so kot žarišča, ki so odvisni od razporeditvenega mesta in korespondirajo na pozicijo plazmida. ParB iz F plazmidov so prisotni v skupkih v okolici F razporeditvenega mesta, parSF. Razporeditveni kompleksi plazmida F so najdeni znotraj večje mase nukleoida. ParA imajo oscilatorno vedenje, nekatere pa tvorijo dinamične gradiente.		Najraje se nahajajo na četrtini ali polovici celice v majhnih in večjih celicah. V vseh primerih pa vpadajo z bakterijskimi nukleoidom. ParB in RHH2 so prisotni v velikih količinah znotraj celice in so kot žarišča, ki so odvisni od razporeditvenega mesta in korespondirajo na pozicijo plazmida. ParB iz F plazmidov so prisotni v skupkih v okolici F razporeditvenega mesta, parSF. Razporeditveni kompleksi plazmida F so najdeni znotraj večje mase nukleoida. ParA imajo oscilatorno vedenje, nekatere pa tvorijo dinamične gradiente.
	==Tip II in III==		==Tip II in III==
	ParMR1 tvorijo dolge filamente. Plazmidi niso prisotni na obeh koncih ParM polimerov. Premik plazmidne DNA na nasproten pol celice žene ParM polimerizacija med sestrskima ParR-parC (R1 centromer) kompleksoma.~~<b>~~		ParMR1 tvorijo dolge filamente. Plazmidi niso prisotni na obeh koncih ParM polimerov. Premik plazmidne DNA na nasproten pol celice žene ParM polimerizacija med sestrskima ParR-parC (R1 centromer) kompleksoma.
	Tubulinu podobna GTP-aza iz Gram-pozitivnih bakterij tvori dinamične in citoskeletne filamente, kar nakazuje, da tip III deluje po filamentacijskem mehanizmu za razporejanje plazmidov znotraj celic.~~<b>~~		Tubulinu podobna GTP-aza iz Gram-pozitivnih bakterij tvori dinamične in citoskeletne filamente, kar nakazuje, da tip III deluje po filamentacijskem mehanizmu za razporejanje plazmidov znotraj celic.
	Slikovna obdelava razporeditve in ločitve plazmidov z velikim številom kopij		Slikovna obdelava razporeditve in ločitve plazmidov z velikim številom kopij
	Plazmidi naj bi sledili obliki ameriškega krofa. Prosto difundirajoči plazmidi so večinoma izven nukleoida v notranjem periferiju bakterije. Plazmidi z visokim kopirnim številom so v skupkih na polih celice in naključno razporejeni skozi celoten volumen celice z nižjo frekvenco znotraj nukleoida. To podpira model mešane distribucije, ki vključuje možnost nastajanja skupkov in naključno difuzijo individualnih plazmidov z visokim številom kopij.		Plazmidi naj bi sledili obliki ameriškega krofa. Prosto difundirajoči plazmidi so večinoma izven nukleoida v notranjem periferiju bakterije. Plazmidi z visokim kopirnim številom so v skupkih na polih celice in naključno razporejeni skozi celoten volumen celice z nižjo frekvenco znotraj nukleoida. To podpira model mešane distribucije, ki vključuje možnost nastajanja skupkov in naključno difuzijo individualnih plazmidov z visokim številom kopij.
Line 24:		Line 24:
	Po tem mehanizmu delujeta razporeditvena sistema tipa II in III.		Po tem mehanizmu delujeta razporeditvena sistema tipa II in III.
	===Razporeditveni sistem tipa II===		===Razporeditveni sistem tipa II===
	Razporeditvene ATP-aze tipa II (ParM) spadajo v razred aktinu podobnih proteinov. Te so sposobne polimerizacije in oblikovanja filamentov, ki potiskajo plazmida, pripeta na nasprotna konca filamenta, narazen (pri paličičastih bakterijah je to vzporedno z longitudinalno osjo celice).~~<b>~~		Razporeditvene ATP-aze tipa II (ParM) spadajo v razred aktinu podobnih proteinov. Te so sposobne polimerizacije in oblikovanja filamentov, ki potiskajo plazmida, pripeta na nasprotna konca filamenta, narazen (pri paličičastih bakterijah je to vzporedno z longitudinalno osjo celice).
	Monomeri ParM polimerizirajo v prisotnosti ATP, pri čemer tvorijo levosučne dvojne vijačnice, ki so polarne (polarnost je posledica asimetrije monomerov, zato vsak filament vsebuje top in oster konec. ParR (CBP), ki je vezan na parC plazmida, se veže na topi konec filamenta in ustvari kapo, ki prepreči razgradnjo filamenta kljub hidrolizi ATP. Novi ParM-ATP monomeri se nato vstavljajo na topi konec skozi konkavni stik med ParR/parC. Ko filament raste, potiska plazmid na topem koncu in plazmid se premika po celici. Filamenti se urejajo v antiparalelne snope, kar pomeni, da so topi konci (mesta, kamor se veže plazmid) na obeh straneh snopa. Ko filamenti v snopu rastejo potiskajo plazmide, vezane na tope konce, na nasprotna pola celice. [https://journals.asm.org/cms/10.1128/microbiolspec.plas-0023-2014/asset/e77bc2b3-23b7-4f17-8bb9-2b9a07926e99/assets/graphic/plas-0023-2014-fig2.gif Slika 2] (A in B)		Monomeri ParM polimerizirajo v prisotnosti ATP, pri čemer tvorijo levosučne dvojne vijačnice, ki so polarne (polarnost je posledica asimetrije monomerov, zato vsak filament vsebuje top in oster konec. ParR (CBP), ki je vezan na parC plazmida, se veže na topi konec filamenta in ustvari kapo, ki prepreči razgradnjo filamenta kljub hidrolizi ATP. Novi ParM-ATP monomeri se nato vstavljajo na topi konec skozi konkavni stik med ParR/parC. Ko filament raste, potiska plazmid na topem koncu in plazmid se premika po celici. Filamenti se urejajo v antiparalelne snope, kar pomeni, da so topi konci (mesta, kamor se veže plazmid) na obeh straneh snopa. Ko filamenti v snopu rastejo potiskajo plazmide, vezane na tope konce, na nasprotna pola celice. [https://journals.asm.org/cms/10.1128/microbiolspec.plas-0023-2014/asset/e77bc2b3-23b7-4f17-8bb9-2b9a07926e99/assets/graphic/plas-0023-2014-fig2.gif Slika 2] (A in B)

Line 31:		Line 31:

	==Mehanizem po principu Brownovega zobatega kolesa==		==Mehanizem po principu Brownovega zobatega kolesa==
	Razporeditveni sistem tipa I, ki je pri bakterijah najbolj pogost, za razliko od drugih dveh tipov pa ne deluje na principu polimerizacije. Pri njegovem mehanizmu sodelujejo ATP-aze tipa Walker (ParA). Te so sposobne interakcije z bakterijskim nukleoidom in v celici tvorijo dinamičen gradient. Interagirajo tudi s proteini ParB (CBP), ki nosijo plazmidni tovor in sledijo gradientu ParA. Predpostavljenih je bilo več modelov kako ParB sledijo gradientu ParA, vsi pa delujejo na osnovi principa Brownovega zobatega kolesa. ~~<b>~~		Razporeditveni sistem tipa I, ki je pri bakterijah najbolj pogost, za razliko od drugih dveh tipov pa ne deluje na principu polimerizacije. Pri njegovem mehanizmu sodelujejo ATP-aze tipa Walker (ParA). Te so sposobne interakcije z bakterijskim nukleoidom in v celici tvorijo dinamičen gradient. Interagirajo tudi s proteini ParB (CBP), ki nosijo plazmidni tovor in sledijo gradientu ParA. Predpostavljenih je bilo več modelov kako ParB sledijo gradientu ParA, vsi pa delujejo na osnovi principa Brownovega zobatega kolesa.
	V prisotnosti ATP se ParA veže na DNA (ATP pri tem hidrolizira). V naslednjem koraku se na ParA veže ParB, ki je vezan na parS (nosi plazmid) in pri tem iz nukleoida izrine ParA. Ta oddifundia v citoplazmo, kjer čaka, da se nanj ponovno veže ATP. Ker pa je ta korak zelo počasen, začne na nukleoidu primanjkovati ParA. ParB se torej premika po nukleoidu in za seboj pušča ParA praznino – gibanje plazmida je zato usmerjano stran od nižje koncentracije ParA. Plazmida bi se po replikaciji tako ločila, če bi bila koncentracija ParA med njima najnižja. <b>		V prisotnosti ATP se ParA veže na DNA (ATP pri tem hidrolizira). V naslednjem koraku se na ParA veže ParB, ki je vezan na parS (nosi plazmid) in pri tem iz nukleoida izrine ParA. Ta oddifundia v citoplazmo, kjer čaka, da se nanj ponovno veže ATP. Ker pa je ta korak zelo počasen, začne na nukleoidu primanjkovati ParA. ParB se torej premika po nukleoidu in za seboj pušča ParA praznino – gibanje plazmida je zato usmerjano stran od nižje koncentracije ParA. Plazmida bi se po replikaciji tako ločila, če bi bila koncentracija ParA med njima najnižja. <b>
	Obstaja več različnih modelov mehanizma Brownovega zobatega kolesa, vsi temeljijo na asimetriji distribucije ParA na bakterijskem nukleoidu. Delovanje lahko povežemo s konceptom požganega mostu – ko se ParB s plazmidnim tovorom premakne po nukleoidu, na svoji poti iz nukleoida odstranjuje ParA in s tem 'požge most za seboj', saj se zaradi odsotnosti Par A ne more vrniti nazaj. Predlagane verzije se med seboj razlikujejo po tem, kako asimetrija razporeditve ParA ustvari energijo, potrebno za gibanje in v vlogi, ki je pripisana bakterijskemu kromosomu in ParA oligomerizaciji. ~~<b>~~		Obstaja več različnih modelov mehanizma Brownovega zobatega kolesa, vsi temeljijo na asimetriji distribucije ParA na bakterijskem nukleoidu. Delovanje lahko povežemo s konceptom požganega mostu – ko se ParB s plazmidnim tovorom premakne po nukleoidu, na svoji poti iz nukleoida odstranjuje ParA in s tem 'požge most za seboj', saj se zaradi odsotnosti Par A ne more vrniti nazaj. Predlagane verzije se med seboj razlikujejo po tem, kako asimetrija razporeditve ParA ustvari energijo, potrebno za gibanje in v vlogi, ki je pripisana bakterijskemu kromosomu in ParA oligomerizaciji.
	Vse ATPaze tipa I uporabljajo mehanizem Brownovega zobatega kolesa, vendar pa je relevanten model najverjetneje odvisen od različnih biokemijskih značilnosti in ravni ekspresije ParA in ParB. [https://journals.asm.org/cms/10.1128/microbiolspec.plas-0023-2014/asset/3928d857-a2ad-4de1-9c2b-e5caecb4e75b/assets/graphic/plas-0023-2014-fig5.gif Slika 3]		Vse ATPaze tipa I uporabljajo mehanizem Brownovega zobatega kolesa, vendar pa je relevanten model najverjetneje odvisen od različnih biokemijskih značilnosti in ravni ekspresije ParA in ParB. [https://journals.asm.org/cms/10.1128/microbiolspec.plas-0023-2014/asset/3928d857-a2ad-4de1-9c2b-e5caecb4e75b/assets/graphic/plas-0023-2014-fig5.gif Slika 3]

← Older revision		Revision as of 19:52, 4 May 2024
Line 2:		Line 2:
	Plazmidi živijo s svojo gostiteljsko celico v simbiozi. Razvili so kar nekaj strategij za obstoj znotraj bakterijske populacije med katerimi je razporeditveni sistem. Vsi razporeditveni sistemi so sestavljeni iz treh delov: ene ali več kopij razporeditvenega mesta (centromer), CBP (centromerni vezavni protein) in NTP-aze.		Plazmidi živijo s svojo gostiteljsko celico v simbiozi. Razvili so kar nekaj strategij za obstoj znotraj bakterijske populacije med katerimi je razporeditveni sistem. Vsi razporeditveni sistemi so sestavljeni iz treh delov: ene ali več kopij razporeditvenega mesta (centromer), CBP (centromerni vezavni protein) in NTP-aze.
	=Izračun izgube plazmida=		=Izračun izgube plazmida=
	Plazmidi z majhnim kopirnim številom se morajo za svoj obstoj nanašati na razporeditveni sistem, plazmidi z visokim številom kopij pa se zanašajo na pasivno difuzijo.		Plazmidi z majhnim kopirnim številom se morajo za svoj obstoj nanašati na razporeditveni sistem, plazmidi z visokim številom kopij pa se zanašajo na pasivno difuzijo.<b>
	Za naključno distribucijo velja: Ploss = 2^(1-n), kjer je »n« število kopij v celici.		Za naključno distribucijo velja: Ploss = 2^(1-n), kjer je »n« število kopij v celici.
	=Sistemi in kompleksi razporejanja plazmidov=		=Sistemi in kompleksi razporejanja plazmidov=
	Razporeditveni sistemi so nujni za transport in vzpostavitev sistema s plazmidno DNA. Poznamo 3 razporeditvene sisteme, ki se razlikujejo po tipu razporejanja z NTP-azo. Centromeri so značilna ohranjena zaporedja na plazmidu, ki služijo kot prepoznavna mesta za CBP. CBP prepozna zaporedje na plazmidu in se tako veže na centromer. To deluje kot most med plazmidom in ustrezno NTP-azo, ki omogoča premik plazmida.		Razporeditveni sistemi so nujni za transport in vzpostavitev sistema s plazmidno DNA. Poznamo 3 razporeditvene sisteme, ki se razlikujejo po tipu razporejanja z NTP-azo. Centromeri so značilna ohranjena zaporedja na plazmidu, ki služijo kot prepoznavna mesta za CBP. CBP prepozna zaporedje na plazmidu in se tako veže na centromer. To deluje kot most med plazmidom in ustrezno NTP-azo, ki omogoča premik plazmida.<b>
	Tip I ima Walker ATP-azo, ki ločuje plazmid s formacijo dinamičnega vzorca na bakterijskem nukleoidu. Tip II uporablja aktinu podobno ATP-azo, ki polimerizira v dinamične filamente, ki potiskajo plazmida narazen. Tip III ima tubulinu podobne GTP-aze, ki prav tako delujejo preko dinamične polimerizacije mehanizma.		Tip I ima Walker ATP-azo, ki ločuje plazmid s formacijo dinamičnega vzorca na bakterijskem nukleoidu. Tip II uporablja aktinu podobno ATP-azo, ki polimerizira v dinamične filamente, ki potiskajo plazmida narazen. Tip III ima tubulinu podobne GTP-aze, ki prav tako delujejo preko dinamične polimerizacije mehanizma.<b>
	Različni tipi so prikazani na [https://journals.asm.org/cms/10.1128/ecosalplus.esp-0003-2019/asset/0bc1138d-60c0-4e59-95c9-fdfec9718c8d/assets/graphic/esp-0003-2019_fig_004.gif sliki 1].		Različni tipi so prikazani na [https://journals.asm.org/cms/10.1128/ecosalplus.esp-0003-2019/asset/0bc1138d-60c0-4e59-95c9-fdfec9718c8d/assets/graphic/esp-0003-2019_fig_004.gif sliki 1].
	=Arhitektura=		=Arhitektura=
	CBP-ji se lahko na prepoznavno mesto vežejo v več kopijah in tako tvorijo razporeditvene komplekse,		CBP-ji se lahko na prepoznavno mesto vežejo v več kopijah in tako tvorijo razporeditvene komplekse, katerih arhitektura je odvisna od tipa CBP. CBP tip I vsebuje motiv HTH2 in prepozna centromerno mesto parS, kamor se veže v več kopijah in gradi velike komplekse. To omogoča številne interakcije z ustrezno NTP-azo. CBP tip II (vsebuje RHH2 motiv) in tip III (vsebuje HTH2 motiv) tvorita podobne komplekse in sicer, oba tvorita vijačne, obročaste strukture in povzročita upogib DNA.
	katerih arhitektura je odvisna od tipa CBP. CBP tip I vsebuje motiv HTH2 in prepozna centromerno mesto parS, kamor se veže v več kopijah in gradi velike komplekse. To omogoča številne interakcije z ustrezno NTP-azo. CBP tip II (vsebuje RHH2 motiv) in tip III (vsebuje HTH2 motiv) tvorita podobne komplekse in sicer, oba tvorita vijačne, obročaste strukture in povzročita upogib DNA.		=Vizualizacija plazmidnih dinamik v celici=
	Vizualizacija plazmidnih dinamik v celici
	==Tip I==		==Tip I==
	Najraje se nahajajo na četrtini ali polovici celice v majhnih in večjih celicah. V vseh primerih pa vpadajo z bakterijskimi nukleoidom. ParB in RHH2 so prisotni v velikih količinah znotraj celice in so kot žarišča, ki so odvisni od razporeditvenega mesta in korespondirajo na pozicijo plazmida. ParB iz F plazmidov so prisotni v skupkih v okolici F razporeditvenega mesta, parSF. Razporeditveni kompleksi plazmida F so najdeni znotraj večje mase nukleoida. ParA imajo oscilatorno vedenje, nekatere pa tvorijo dinamične gradiente.		Najraje se nahajajo na četrtini ali polovici celice v majhnih in večjih celicah. V vseh primerih pa vpadajo z bakterijskimi nukleoidom. ParB in RHH2 so prisotni v velikih količinah znotraj celice in so kot žarišča, ki so odvisni od razporeditvenega mesta in korespondirajo na pozicijo plazmida. ParB iz F plazmidov so prisotni v skupkih v okolici F razporeditvenega mesta, parSF. Razporeditveni kompleksi plazmida F so najdeni znotraj večje mase nukleoida. ParA imajo oscilatorno vedenje, nekatere pa tvorijo dinamične gradiente.
	==Tip II in III==		==Tip II in III==
	ParMR1 tvorijo dolge filamente. Plazmidi niso prisotni na obeh koncih ParM polimerov. Premik plazmidne DNA na nasproten pol celice žene ParM polimerizacija med sestrskima ParR-parC (R1 centromer) kompleksoma.		ParMR1 tvorijo dolge filamente. Plazmidi niso prisotni na obeh koncih ParM polimerov. Premik plazmidne DNA na nasproten pol celice žene ParM polimerizacija med sestrskima ParR-parC (R1 centromer) kompleksoma.<b>
	Tubulinu podobna GTP-aza iz Gram-pozitivnih bakterij tvori dinamične in citoskeletne filamente, kar nakazuje, da tip III deluje po filamentacijskem mehanizmu za razporejanje plazmidov znotraj celic.		Tubulinu podobna GTP-aza iz Gram-pozitivnih bakterij tvori dinamične in citoskeletne filamente, kar nakazuje, da tip III deluje po filamentacijskem mehanizmu za razporejanje plazmidov znotraj celic.<b>
	Slikovna obdelava razporeditve in ločitve plazmidov z velikim številom kopij		Slikovna obdelava razporeditve in ločitve plazmidov z velikim številom kopij
	Plazmidi naj bi sledili obliki ameriškega krofa. Prosto difundirajoči plazmidi so večinoma izven nukleoida v notranjem periferiju bakterije. Plazmidi z visokim kopirnim številom so v skupkih na polih celice in naključno razporejeni skozi celoten volumen celice z nižjo frekvenco znotraj nukleoida. To podpira model mešane distribucije, ki vključuje možnost nastajanja skupkov in naključno difuzijo individualnih plazmidov z visokim številom kopij.		Plazmidi naj bi sledili obliki ameriškega krofa. Prosto difundirajoči plazmidi so večinoma izven nukleoida v notranjem periferiju bakterije. Plazmidi z visokim kopirnim številom so v skupkih na polih celice in naključno razporejeni skozi celoten volumen celice z nižjo frekvenco znotraj nukleoida. To podpira model mešane distribucije, ki vključuje možnost nastajanja skupkov in naključno difuzijo individualnih plazmidov z visokim številom kopij.
Line 25:		Line 24:
	Po tem mehanizmu delujeta razporeditvena sistema tipa II in III.		Po tem mehanizmu delujeta razporeditvena sistema tipa II in III.
	===Razporeditveni sistem tipa II===		===Razporeditveni sistem tipa II===
	Razporeditvene ATP-aze tipa II (ParM) spadajo v razred aktinu podobnih proteinov. Te so sposobne polimerizacije in oblikovanja filamentov, ki potiskajo plazmida, pripeta na nasprotna konca filamenta, narazen (pri paličičastih bakterijah je to vzporedno z longitudinalno osjo celice).		Razporeditvene ATP-aze tipa II (ParM) spadajo v razred aktinu podobnih proteinov. Te so sposobne polimerizacije in oblikovanja filamentov, ki potiskajo plazmida, pripeta na nasprotna konca filamenta, narazen (pri paličičastih bakterijah je to vzporedno z longitudinalno osjo celice).<b>
	Monomeri ParM polimerizirajo v prisotnosti ATP, pri čemer tvorijo levosučne dvojne vijačnice, ki so polarne (polarnost je posledica asimetrije monomerov, zato vsak filament vsebuje top in oster konec. ParR (CBP), ki je vezan na parC plazmida, se veže na topi konec filamenta in ustvari kapo, ki prepreči razgradnjo filamenta kljub hidrolizi ATP. Novi ParM-ATP monomeri se nato vstavljajo na topi konec skozi konkavni stik med ParR/parC. Ko filament raste, potiska plazmid na topem koncu in plazmid se premika po celici. Filamenti se urejajo v antiparalelne snope, kar pomeni, da so topi konci (mesta, kamor se veže plazmid) na obeh straneh snopa. Ko filamenti v snopu rastejo potiskajo plazmide, vezane na tope konce, na nasprotna pola celice. [https://journals.asm.org/cms/10.1128/microbiolspec.plas-0023-2014/asset/e77bc2b3-23b7-4f17-8bb9-2b9a07926e99/assets/graphic/plas-0023-2014-fig2.gif Slika 2] (A in B)		Monomeri ParM polimerizirajo v prisotnosti ATP, pri čemer tvorijo levosučne dvojne vijačnice, ki so polarne (polarnost je posledica asimetrije monomerov, zato vsak filament vsebuje top in oster konec. ParR (CBP), ki je vezan na parC plazmida, se veže na topi konec filamenta in ustvari kapo, ki prepreči razgradnjo filamenta kljub hidrolizi ATP. Novi ParM-ATP monomeri se nato vstavljajo na topi konec skozi konkavni stik med ParR/parC. Ko filament raste, potiska plazmid na topem koncu in plazmid se premika po celici. Filamenti se urejajo v antiparalelne snope, kar pomeni, da so topi konci (mesta, kamor se veže plazmid) na obeh straneh snopa. Ko filamenti v snopu rastejo potiskajo plazmide, vezane na tope konce, na nasprotna pola celice. [https://journals.asm.org/cms/10.1128/microbiolspec.plas-0023-2014/asset/e77bc2b3-23b7-4f17-8bb9-2b9a07926e99/assets/graphic/plas-0023-2014-fig2.gif Slika 2] (A in B)

Line 32:		Line 31:

	==Mehanizem po principu Brownovega zobatega kolesa==		==Mehanizem po principu Brownovega zobatega kolesa==
	Razporeditveni sistem tipa I, ki je pri bakterijah najbolj pogost, za razliko od drugih dveh tipov pa ne deluje na principu polimerizacije. Pri njegovem mehanizmu sodelujejo ATP-aze tipa Walker (ParA). Te so sposobne interakcije z bakterijskim nukleoidom in v celici tvorijo dinamičen gradient. Interagirajo tudi s proteini ParB (CBP), ki nosijo plazmidni tovor in sledijo gradientu ParA. Predpostavljenih je bilo več modelov kako ParB sledijo gradientu ParA, vsi pa delujejo na osnovi principa Brownovega zobatega kolesa.		Razporeditveni sistem tipa I, ki je pri bakterijah najbolj pogost, za razliko od drugih dveh tipov pa ne deluje na principu polimerizacije. Pri njegovem mehanizmu sodelujejo ATP-aze tipa Walker (ParA). Te so sposobne interakcije z bakterijskim nukleoidom in v celici tvorijo dinamičen gradient. Interagirajo tudi s proteini ParB (CBP), ki nosijo plazmidni tovor in sledijo gradientu ParA. Predpostavljenih je bilo več modelov kako ParB sledijo gradientu ParA, vsi pa delujejo na osnovi principa Brownovega zobatega kolesa. <b>
	V prisotnosti ATP se ParA veže na DNA (ATP pri tem hidrolizira). V naslednjem koraku se na ParA veže ParB, ki je vezan na parS (nosi plazmid) in pri tem iz nukleoida izrine ParA. Ta oddifundia v citoplazmo, kjer čaka, da se nanj ponovno veže ATP. Ker pa je ta korak zelo počasen, začne na nukleoidu primanjkovati ParA. ParB se torej premika po nukleoidu in za seboj pušča ParA praznino – gibanje plazmida je zato usmerjano stran od nižje koncentracije ParA. Plazmida bi se po replikaciji tako ločila, če bi bila koncentracija ParA med njima najnižja.		V prisotnosti ATP se ParA veže na DNA (ATP pri tem hidrolizira). V naslednjem koraku se na ParA veže ParB, ki je vezan na parS (nosi plazmid) in pri tem iz nukleoida izrine ParA. Ta oddifundia v citoplazmo, kjer čaka, da se nanj ponovno veže ATP. Ker pa je ta korak zelo počasen, začne na nukleoidu primanjkovati ParA. ParB se torej premika po nukleoidu in za seboj pušča ParA praznino – gibanje plazmida je zato usmerjano stran od nižje koncentracije ParA. Plazmida bi se po replikaciji tako ločila, če bi bila koncentracija ParA med njima najnižja. <b>
	Obstaja več različnih modelov mehanizma Brownovega zobatega kolesa, vsi temeljijo na asimetriji distribucije ParA na bakterijskem nukleoidu. Delovanje lahko povežemo s konceptom požganega mostu – ko se ParB s plazmidnim tovorom premakne po nukleoidu, na svoji poti iz nukleoida odstranjuje ParA in s tem 'požge most za seboj', saj se zaradi odsotnosti Par A ne more vrniti nazaj. Predlagane verzije se med seboj razlikujejo po tem, kako asimetrija razporeditve ParA ustvari energijo, potrebno za gibanje in v vlogi, ki je pripisana bakterijskemu kromosomu in ParA oligomerizaciji.		Obstaja več različnih modelov mehanizma Brownovega zobatega kolesa, vsi temeljijo na asimetriji distribucije ParA na bakterijskem nukleoidu. Delovanje lahko povežemo s konceptom požganega mostu – ko se ParB s plazmidnim tovorom premakne po nukleoidu, na svoji poti iz nukleoida odstranjuje ParA in s tem 'požge most za seboj', saj se zaradi odsotnosti Par A ne more vrniti nazaj. Predlagane verzije se med seboj razlikujejo po tem, kako asimetrija razporeditve ParA ustvari energijo, potrebno za gibanje in v vlogi, ki je pripisana bakterijskemu kromosomu in ParA oligomerizaciji. <b>
	Vse ATPaze tipa I uporabljajo mehanizem Brownovega zobatega kolesa, vendar pa je relevanten model najverjetneje odvisen od različnih biokemijskih značilnosti in ravni ekspresije ParA in ParB. [https://journals.asm.org/cms/10.1128/microbiolspec.plas-0023-2014/asset/3928d857-a2ad-4de1-9c2b-e5caecb4e75b/assets/graphic/plas-0023-2014-fig5.gif Slika 3]		Vse ATPaze tipa I uporabljajo mehanizem Brownovega zobatega kolesa, vendar pa je relevanten model najverjetneje odvisen od različnih biokemijskih značilnosti in ravni ekspresije ParA in ParB. [https://journals.asm.org/cms/10.1128/microbiolspec.plas-0023-2014/asset/3928d857-a2ad-4de1-9c2b-e5caecb4e75b/assets/graphic/plas-0023-2014-fig5.gif Slika 3]