Regulacija transkripcije pri arhejah - Revision history

Tinkarakorosec: /* Regulacija s transkripcijskimi faktorji */

2024-04-06T20:55:17Z

Regulacija s transkripcijskimi faktorji

← Older revision		Revision as of 20:55, 6 April 2024
Line 7:		Line 7:
	Na iniciacijo transkripcije DNA pri arhejah imajo močan regulatorni vpliv elementi DNA in transkripcijski faktorji.		Na iniciacijo transkripcije DNA pri arhejah imajo močan regulatorni vpliv elementi DNA in transkripcijski faktorji.

	=== Regulacija s ~~transkripcijksimi~~ faktorji ===		=== Regulacija s transkripcijskimi faktorji ===

	Temeljna transkripcijska faktorja sta TATA-vezavni protein (angl. TATA-binding protein, v nadaljevanju TBP) in transkripcijski faktor B (v nadaljevanju TFB). Le-ta sta potrebna za transkripcijo pri optimiziranih pogojih, medtem ko v manj ugodnih pogojih pri začetku transkripcije pomaga transkripcijski faktor E (v nadaljevanju TFE). Za razliko od transkripcije pri evkariontih je odpiranje arhejskega promotorja proces, ki ni odvisen od energije. Zaradi tega sta TBP in TFB sama dovolj za pomoč RNA-polimerazi pri tvorbi prepisovalnega mehurčka. TFB je pri vseh arhejah odgovoren za stabilizacijo kompleksa DNA z vezanim TBP-jem. Skupaj nato novačita RNA-polimerazo. TFE𝛼 vsebuje dve domeni: domena s krilatim heliksom (angl. winged helix, v nadaljevanju WH) in domeno s cinkovim trakom [1]. Domena s krilatim heliksom je ena izmed osrednjih komponent transkripcijskega sistema. Sodeluje pri vzpostavitvi interakcij protein-DNA in protein-protein [2]. TFE𝛽 vsebuje ohranjeni domeni WH in FeS. Domena WH TFE𝛼 tvori kontakt z navzgornjo nematrično verigo DNA in pomaga tvoriti odprti promotorski kompleks. TFE ima morda ključno vlogo pri prilagajanju znotraj-molekulskih premikov RNA-polimeraze skozi transkripcijo, zlasti premik vponke. Interakcija TFE𝛼 z domenama peclja in vponke RNA-polimeraze med iniciacijo transkripcije lahko ohranja vponko v odprti konformaciji, ki je potrebna za iniciacijo in začetek elongacije.		Temeljna transkripcijska faktorja sta TATA-vezavni protein (angl. TATA-binding protein, v nadaljevanju TBP) in transkripcijski faktor B (v nadaljevanju TFB). Le-ta sta potrebna za transkripcijo pri optimiziranih pogojih, medtem ko v manj ugodnih pogojih pri začetku transkripcije pomaga transkripcijski faktor E (v nadaljevanju TFE). Za razliko od transkripcije pri evkariontih je odpiranje arhejskega promotorja proces, ki ni odvisen od energije. Zaradi tega sta TBP in TFB sama dovolj za pomoč RNA-polimerazi pri tvorbi prepisovalnega mehurčka. TFB je pri vseh arhejah odgovoren za stabilizacijo kompleksa DNA z vezanim TBP-jem. Skupaj nato novačita RNA-polimerazo. TFE𝛼 vsebuje dve domeni: domena s krilatim heliksom (angl. winged helix, v nadaljevanju WH) in domeno s cinkovim trakom [1]. Domena s krilatim heliksom je ena izmed osrednjih komponent transkripcijskega sistema. Sodeluje pri vzpostavitvi interakcij protein-DNA in protein-protein [2]. TFE𝛽 vsebuje ohranjeni domeni WH in FeS. Domena WH TFE𝛼 tvori kontakt z navzgornjo nematrično verigo DNA in pomaga tvoriti odprti promotorski kompleks. TFE ima morda ključno vlogo pri prilagajanju znotraj-molekulskih premikov RNA-polimeraze skozi transkripcijo, zlasti premik vponke. Interakcija TFE𝛼 z domenama peclja in vponke RNA-polimeraze med iniciacijo transkripcije lahko ohranja vponko v odprti konformaciji, ki je potrebna za iniciacijo in začetek elongacije.

Zkoren: /* Domene RNAP */

2023-05-16T17:20:51Z

Domene RNAP

← Older revision		Revision as of 17:20, 16 May 2023
Line 34:		Line 34:
	=== Domene RNAP ===		=== Domene RNAP ===

	Strukturo RNAP lahko opišemo s tremi glavnimi domenami: jedro, vponka in pecelj. Najzanimivejša od teh je domena peclja, ki je ne najdemo pri bakterijski RNAP. Najverjetnejša razlaga za njeno funkcijo je vezava raznih transkripcijskih faktorjev na RNAP za regulacijo njene aktivnosti. Vezava omenjenih faktorjev je ključna za sprožitev intramolekularnih gibanj encima, nujnih za prehod med raznimi fazami transkripcije. Prvi opisi domene so predvidevali, da bo domena peclja močno sterično ovirala vponsko, vendar kristalografska analiza potrjuje, da zaradi koordiniranega gibanja vponke in peclja temu ni tako. Pomembna je tudi funkcija vponke, ki s svojim gibanjem med iniciacijo odpre glavni kanal RNAP, kar olajša vhod in izhod dvoverižne DNA, z zaprtjem pa prepreči pobeg DNA-RNA hibrida. Na konformacijo vplivajo transkripcijski faktorji. Prej omenjen TFE vstopi v stik z obema domenama in vponko pričvrsti v odprt položaj, kar je ključno za iniciacijo, nato tekom elongacije iz encima privre RNA, ki interagira z domeno peclja in sterično trči s TFE, kar vodi do njegove disociacije. Potek dogodkov omogoči vezavo Spt5, ki pomaga encimu vzdrževati ~~odprto~~ konformacijo in s tem zagotavlja procesivnost med elongacijo.		Strukturo RNAP lahko opišemo s tremi glavnimi domenami: jedro, vponka in pecelj. Najzanimivejša od teh je domena peclja, ki je ne najdemo pri bakterijski RNAP. Najverjetnejša razlaga za njeno funkcijo je vezava raznih transkripcijskih faktorjev na RNAP za regulacijo njene aktivnosti. Vezava omenjenih faktorjev je ključna za sprožitev intramolekularnih gibanj encima, nujnih za prehod med raznimi fazami transkripcije. Prvi opisi domene so predvidevali, da bo domena peclja močno sterično ovirala vponsko, vendar kristalografska analiza potrjuje, da zaradi koordiniranega gibanja vponke in peclja temu ni tako. Pomembna je tudi funkcija vponke, ki s svojim gibanjem med iniciacijo odpre glavni kanal RNAP, kar olajša vhod in izhod dvoverižne DNA, z zaprtjem pa prepreči pobeg DNA-RNA hibrida. Na konformacijo vplivajo transkripcijski faktorji. Prej omenjen TFE vstopi v stik z obema domenama in vponko pričvrsti v odprt položaj, kar je ključno za iniciacijo, nato tekom elongacije iz encima privre RNA, ki interagira z domeno peclja in sterično trči s TFE, kar vodi do njegove disociacije. Potek dogodkov omogoči vezavo Spt5, ki pomaga encimu vzdrževati zaprto konformacijo in s tem zagotavlja procesivnost med elongacijo.

	== Regulacije terminacije ==		== Regulacije terminacije ==

Tinkarakorosec: /* Regulacija z elementi DNA */

2023-05-16T17:15:42Z

Regulacija z elementi DNA

← Older revision		Revision as of 17:15, 16 May 2023
Line 13:		Line 13:
	=== Regulacija z elementi DNA ===		=== Regulacija z elementi DNA ===

	Uravnavanje prepisovanja elementi DNA vršijo tako, da ~~so prepoznani kot temeljni~~ transkripcijski faktorji in vplivajo na nadaljne korake začetka prepisovanja promotorja. Ločimo štiri elemente DNA, ki uravnavajo začetek transkripcije pri arhejah. To so TATA škatla, ki se nahaja približno 25 bp navzgor od začetka iniciacije transkripcije, BRE - element, ki ga TFB prepozna [1] in določi smer poteka transkripcije [3], lociran tik nad TATA škatlo, INR - iniciacijski element, ki se nahaja v začetni že prepisani regiji, in PPE - element blizu promotorja, ki se nahaja med TATA škatlo in mestom iniciacije transkripcije		Uravnavanje prepisovanja elementi DNA vršijo tako, da jih temelnji transkripcijski faktorji prepoznajo in vplivajo na nadaljne korake začetka prepisovanja promotorja. Ločimo štiri elemente DNA, ki uravnavajo začetek transkripcije pri arhejah. To so TATA škatla, ki se nahaja približno 25 bp navzgor od začetka iniciacije transkripcije, BRE - element, ki ga TFB prepozna [1] in določi smer poteka transkripcije [3], lociran tik nad TATA škatlo, INR - iniciacijski element, ki se nahaja v začetni že prepisani regiji, in PPE - element blizu promotorja, ki se nahaja med TATA škatlo in mestom iniciacije transkripcije
	Encim potrebuje le BRE in TATA škatlo za začetek prepisovanja, čeprav spremembe na ostalih elementih prav tako vplivajo na donos promotorja [1]. Le ta sekvenčna elementa sta pomembna za prepoznavo promotorja [3].		Encim potrebuje le BRE in TATA škatlo za začetek prepisovanja, čeprav spremembe na ostalih elementih prav tako vplivajo na donos promotorja [1]. Le ta sekvenčna elementa sta pomembna za prepoznavo promotorja [3].

Tinkarakorosec: /* Potek regulacije iniciacije */

2023-05-16T16:35:24Z

Potek regulacije iniciacije

← Older revision		Revision as of 16:35, 16 May 2023
Line 18:		Line 18:
	=== Potek regulacije iniciacije ===		=== Potek regulacije iniciacije ===

	Sodelovanje naštetih regulatorjev je naslednje. TBP-ji olajšajo prepoznavo AT-bogate regije TATA škatle, ki se nahaja navzgor od mesta začetka transkripcije. To mesto je v arhejah specifično in se tako razlikuje od bolj spremenljivega mesta pri evkariontih. BRE novači ~~TFP~~, kar omogoča zvitje DNA. Skupaj tako tvorijo orientirano in stabilno konformacijo za interakcijo z arhejsko RNA-polimerazo, kar omogoča nalaganje in razvitje dsDNA. V kolikor so pogoji suboptimalni, pa TFE olajša tvorbo odprtega kompleksa. INR in PPE nista potrebna za iniciacijo, vendar oba ojačata donos transkripcije in njune spremembe povzročijo zmanjšanje moči promotorja [3]. PPE poveča transkripcijski donos preko novačenja TFB-jev. PPE se nahaja na meji transkripcijskega mehurčka, kjer je pomemben za aktivnost TFE𝛼 in TFE𝛽.		Sodelovanje naštetih regulatorjev je naslednje. TBP-ji olajšajo prepoznavo AT-bogate regije TATA škatle, ki se nahaja navzgor od mesta začetka transkripcije. To mesto je v arhejah specifično in se tako razlikuje od bolj spremenljivega mesta pri evkariontih. BRE novači TFB, kar omogoča zvitje DNA. Skupaj tako tvorijo orientirano in stabilno konformacijo za interakcijo z arhejsko RNA-polimerazo, kar omogoča nalaganje in razvitje dsDNA. V kolikor so pogoji suboptimalni, pa TFE olajša tvorbo odprtega kompleksa. INR in PPE nista potrebna za iniciacijo, vendar oba ojačata donos transkripcije in njune spremembe povzročijo zmanjšanje moči promotorja [3]. PPE poveča transkripcijski donos preko novačenja TFB-jev. PPE se nahaja na meji transkripcijskega mehurčka, kjer je pomemben za aktivnost TFE𝛼 in TFE𝛽.

	=== Regulatorni učinek nukleosomov ===		=== Regulatorni učinek nukleosomov ===

Zkoren at 11:11, 16 May 2023

2023-05-16T11:11:28Z

← Older revision		Revision as of 11:11, 16 May 2023
Line 65:		Line 65:

	[5] Erie, D. A., Hajiseyedjavadi, O., Young, M. C., & Von Hippel, P. H. (1993). Multiple rna polymerase conformations and grea: Control of the fidelity of transcription. Science, 262(5135), 867–873. https://doi.org/10.1126/science.8235608		[5] Erie, D. A., Hajiseyedjavadi, O., Young, M. C., & Von Hippel, P. H. (1993). Multiple rna polymerase conformations and grea: Control of the fidelity of transcription. Science, 262(5135), 867–873. https://doi.org/10.1126/science.8235608

			[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Piakristanc: /* Vpliv razporeditve kromatina */

2023-05-16T10:16:54Z

Vpliv razporeditve kromatina

← Older revision		Revision as of 10:16, 16 May 2023
Line 48:		Line 48:
	Arhejski histoni zvijajo kromatin na podoben način kot evkariontski. So homo ali hetero tetrameri, homologni H3/H4 evkariontskemu tetrameru. Največja razlika je, da nimajo histonskih repkov. Kondenzacija kromatina omogoča dodatno regulacijo transkripcije preko dostopnosti promotorskih regij in možnih kromatinskih ovir za elongacijski kompleks. Histoni se načeloma ne nahajajo ob promotorskih regijah. Izkazalo se je, da arhejski nukleosomi le upočasnjujejo elongacijo, a je ne preprečujejo. Pri arhejah še niso znane histonske modifikacije ali mehanizmi premikanja nukleosomov, zato sklepajo, da gre elongacijski kompleks preprosto preko nukleosomov, kromatin pa se nato spontano reorganizira v začetno konformacijo. Opazili so tudi, da nukleosomov ni ob mestih terminacije, kar nakazuje, da razporeditev kromatina vpliva tudi na terminacijo transkripcije.		Arhejski histoni zvijajo kromatin na podoben način kot evkariontski. So homo ali hetero tetrameri, homologni H3/H4 evkariontskemu tetrameru. Največja razlika je, da nimajo histonskih repkov. Kondenzacija kromatina omogoča dodatno regulacijo transkripcije preko dostopnosti promotorskih regij in možnih kromatinskih ovir za elongacijski kompleks. Histoni se načeloma ne nahajajo ob promotorskih regijah. Izkazalo se je, da arhejski nukleosomi le upočasnjujejo elongacijo, a je ne preprečujejo. Pri arhejah še niso znane histonske modifikacije ali mehanizmi premikanja nukleosomov, zato sklepajo, da gre elongacijski kompleks preprosto preko nukleosomov, kromatin pa se nato spontano reorganizira v začetno konformacijo. Opazili so tudi, da nukleosomov ni ob mestih terminacije, kar nakazuje, da razporeditev kromatina vpliva tudi na terminacijo transkripcije.

	Nekatere študije so pokazale, da imajo pri haloarhejah histoni pomembnejšo vlogo pri regulaciji ekspresije in obliki celice kot pa pri samem kompaktiranju DNA. Tako histonski proteini delujejo kot mestno specifični transkripcijski faktorji. Z delecijo genov za histon so pokazali, da histoni niso nujni in morda celo sploh ne sodelujejo pri organizaciji DNA, kar je v nasprotju z dosedanjimi prepričanji. Še vedno pa ni znano, ali so spremembe v ekspresiji genov, ki so nastale po deleciji, direktna posledica drugačne organizacije genoma ali lokaliziranih ~~motnj~~, ki so vplivale na regulacijo.		Nekatere študije so pokazale, da imajo pri haloarhejah histoni pomembnejšo vlogo pri regulaciji ekspresije in obliki celice kot pa pri samem kompaktiranju DNA. Tako histonski proteini delujejo kot mestno specifični transkripcijski faktorji. Z delecijo genov za histon so pokazali, da histoni niso nujni in morda celo sploh ne sodelujejo pri organizaciji DNA, kar je v nasprotju z dosedanjimi prepričanji. Še vedno pa ni znano, ali so spremembe v ekspresiji genov, ki so nastale po deleciji, direktna posledica drugačne organizacije genoma ali lokaliziranih motenj, ki so vplivale na regulacijo.

	== Zaključek ==		== Zaključek ==

Piakristanc: /* Regulacije terminacije */

2023-05-16T10:12:15Z

Regulacije terminacije

← Older revision		Revision as of 10:12, 16 May 2023
Line 40:		Line 40:
	Terminacija transkripcije poteče, ko elongacijski kompleks postane dovolj nestabilen, da ne more več vzdrževati stikov med RNA-polimerazo in nukleinskimi kislinami. Stabilnost kompleksa je odvisna predvsem od kontaktov med RNA-polimerazo in ssRNA, navzdoljno DNA in RNA-DNA hibridom ter od njegovih baznih parov. Najverjetneje se med terminacijo spremenijo kontakti med RNA-polimerazo in hibridom ter med baznimi pari v hibridu. Tako kot v drugih domenah, sta tudi pri arhejah predvidena dva mehanizma terminacije. To sta intrinzična in od faktorjev odvisna terminacija.		Terminacija transkripcije poteče, ko elongacijski kompleks postane dovolj nestabilen, da ne more več vzdrževati stikov med RNA-polimerazo in nukleinskimi kislinami. Stabilnost kompleksa je odvisna predvsem od kontaktov med RNA-polimerazo in ssRNA, navzdoljno DNA in RNA-DNA hibridom ter od njegovih baznih parov. Najverjetneje se med terminacijo spremenijo kontakti med RNA-polimerazo in hibridom ter med baznimi pari v hibridu. Tako kot v drugih domenah, sta tudi pri arhejah predvidena dva mehanizma terminacije. To sta intrinzična in od faktorjev odvisna terminacija.

	Razlog za intrinzičen mehanizem so predvsem šibki kontakti med baznimi pari v RNA-DNA hibridu, kar pomeni, da ta mehanizem ni odvisen od aktivnosti nikakršnih transkripcijskih faktorjev. Arhejska RNA-polimeraza se odziva na določena zaporedja zelo podobno kot evkariontska RNA-polimeraza III. ~~Teminacijo~~ sproži pet do deset timidinskih ostankov na nematrični verigi, ki kodira zaporedje poliU na 3' koncu nascentne RNA. To povzroči nastanek rU:dA hibrida (na RNA je veliko uridinov, na DNA pa veliko adeninov) blizu mesta terminacije. Takšen hibrid ni dovolj energetsko stabilen, da bi elongacijski kompleks lahko nadaljeval s transkripcijo, zato ta spontano oddisociira.		Razlog za intrinzičen mehanizem so predvsem šibki kontakti med baznimi pari v RNA-DNA hibridu, kar pomeni, da ta mehanizem ni odvisen od aktivnosti nikakršnih transkripcijskih faktorjev. Arhejska RNA-polimeraza se odziva na določena zaporedja zelo podobno kot evkariontska RNA-polimeraza III. Terminacijo sproži pet do deset timidinskih ostankov na nematrični verigi, ki kodira zaporedje poliU na 3' koncu nascentne RNA. To povzroči nastanek rU:dA hibrida (na RNA je veliko uridinov, na DNA pa veliko adeninov) blizu mesta terminacije. Takšen hibrid ni dovolj energetsko stabilen, da bi elongacijski kompleks lahko nadaljeval s transkripcijo, zato ta spontano oddisociira.

	V našem članku je od faktorjev odvisna terminacija predstavljena kot zelo verjetna, vendar še ne dokazana. Da bi jo dokazali, so z biokemijskimi analizami našli nekaj potencialnih genov, vendar niso uspeli najti nobenih homologov evkariontskih ali bakterijskih terminacijskih faktorjev. Kljub temu so v arhejah opazili aktivnost, ki bi jo lahko pripisali terminacijskim faktorjem. Gre za polarno represijo navzdoljnih genov brez nadaljnje translacije, kar spominja na delovanje proteina Rho (bakterijski terminacijski faktor). Študije so tudi pokazale, da protein Rho lahko sproži terminacijo pri arhejah in vitro. Dokazali so tudi, da arhejska RNA-polimeraza lahko ustavi sintezo na kraju DNA poškodb in vitro, kar kaže, da tudi pri arhejah obstajajo mehanizmi za odstranitev RNA-polimeraze v primeru poškodb, kar je podpiralo hipotezo, da so tudi v arhejah prisotni terminacijski faktorji. Kasnejše raziskave so uspele ta mehanizem tudi dokazati.		V našem članku je od faktorjev odvisna terminacija predstavljena kot zelo verjetna, vendar še ne dokazana. Da bi jo dokazali, so z biokemijskimi analizami našli nekaj potencialnih genov, vendar niso uspeli najti nobenih homologov evkariontskih ali bakterijskih terminacijskih faktorjev. Kljub temu so v arhejah opazili aktivnost, ki bi jo lahko pripisali terminacijskim faktorjem. Gre za polarno represijo navzdoljnih genov brez nadaljnje translacije, kar spominja na delovanje proteina Rho (bakterijski terminacijski faktor). Študije so tudi pokazale, da protein Rho lahko sproži terminacijo pri arhejah in vitro. Dokazali so tudi, da arhejska RNA-polimeraza lahko ustavi sintezo na kraju DNA poškodb in vitro, kar kaže, da tudi pri arhejah obstajajo mehanizmi za odstranitev RNA-polimeraze v primeru poškodb, kar je podpiralo hipotezo, da so tudi v arhejah prisotni terminacijski faktorji. Kasnejše raziskave so uspele ta mehanizem tudi dokazati.

Zkoren: /* Regulatorni učinek nukleosomov = */

2023-05-15T20:41:51Z

Regulatorni učinek nukleosomov =

← Older revision		Revision as of 20:41, 15 May 2023
Line 20:		Line 20:
	Sodelovanje naštetih regulatorjev je naslednje. TBP-ji olajšajo prepoznavo AT-bogate regije TATA škatle, ki se nahaja navzgor od mesta začetka transkripcije. To mesto je v arhejah specifično in se tako razlikuje od bolj spremenljivega mesta pri evkariontih. BRE novači TFP, kar omogoča zvitje DNA. Skupaj tako tvorijo orientirano in stabilno konformacijo za interakcijo z arhejsko RNA-polimerazo, kar omogoča nalaganje in razvitje dsDNA. V kolikor so pogoji suboptimalni, pa TFE olajša tvorbo odprtega kompleksa. INR in PPE nista potrebna za iniciacijo, vendar oba ojačata donos transkripcije in njune spremembe povzročijo zmanjšanje moči promotorja [3]. PPE poveča transkripcijski donos preko novačenja TFB-jev. PPE se nahaja na meji transkripcijskega mehurčka, kjer je pomemben za aktivnost TFE𝛼 in TFE𝛽.		Sodelovanje naštetih regulatorjev je naslednje. TBP-ji olajšajo prepoznavo AT-bogate regije TATA škatle, ki se nahaja navzgor od mesta začetka transkripcije. To mesto je v arhejah specifično in se tako razlikuje od bolj spremenljivega mesta pri evkariontih. BRE novači TFP, kar omogoča zvitje DNA. Skupaj tako tvorijo orientirano in stabilno konformacijo za interakcijo z arhejsko RNA-polimerazo, kar omogoča nalaganje in razvitje dsDNA. V kolikor so pogoji suboptimalni, pa TFE olajša tvorbo odprtega kompleksa. INR in PPE nista potrebna za iniciacijo, vendar oba ojačata donos transkripcije in njune spremembe povzročijo zmanjšanje moči promotorja [3]. PPE poveča transkripcijski donos preko novačenja TFB-jev. PPE se nahaja na meji transkripcijskega mehurčka, kjer je pomemben za aktivnost TFE𝛼 in TFE𝛽.

	=== Regulatorni učinek nukleosomov ====		=== Regulatorni učinek nukleosomov ===

	Na začetek iniciacije ima prav tako vpliv struktura kromatina na promotorskem mestu. Lahko omeji ali prepreči iniciacijo transkripcije s tem, da prepreči vezavo transkripcijskih faktorjev ali prepreči denaturacijo DNA. Vezavo omejujejo sterični in torzijski učinki, ki jih povzročajo histoni [1].		Na začetek iniciacije ima prav tako vpliv struktura kromatina na promotorskem mestu. Lahko omeji ali prepreči iniciacijo transkripcije s tem, da prepreči vezavo transkripcijskih faktorjev ali prepreči denaturacijo DNA. Vezavo omejujejo sterični in torzijski učinki, ki jih povzročajo histoni [1].

Zkoren: /* Potek regulacije iniciacije */

2023-05-15T20:05:30Z

Potek regulacije iniciacije

← Older revision		Revision as of 20:05, 15 May 2023
Line 18:		Line 18:
	=== Potek regulacije iniciacije ===		=== Potek regulacije iniciacije ===

	Sodelovanje naštetih regulatorjev naslednje. TBP-ji olajšajo prepoznavo AT-bogate regije TATA škatle, ki se nahaja navzgor od mesta začetka transkripcije. To mesto je v arhejah specifično in se tako razlikuje od bolj spremenljivega mesta pri evkariontih. BRE novači TFP, kar omogoča zvitje DNA. Skupaj tako tvorijo orientirano in stabilno konformacijo za interakcijo z arhejsko RNA-polimerazo, kar omogoča nalaganje in razvitje dsDNA. V kolikor so pogoji suboptimalni, pa TFE olajša tvorbo odprtega kompleksa. INR in PPE nista potrebna za iniciacijo, vendar oba ojačata donos transkripcije in njune spremembe povzročijo zmanjšanje moči promotorja [3]. PPE poveča transkripcijski donos preko novačenja TFB-jev. PPE se nahaja na meji transkripcijskega mehurčka, kjer je pomemben za aktivnost TFE𝛼 in TFE𝛽.		Sodelovanje naštetih regulatorjev je naslednje. TBP-ji olajšajo prepoznavo AT-bogate regije TATA škatle, ki se nahaja navzgor od mesta začetka transkripcije. To mesto je v arhejah specifično in se tako razlikuje od bolj spremenljivega mesta pri evkariontih. BRE novači TFP, kar omogoča zvitje DNA. Skupaj tako tvorijo orientirano in stabilno konformacijo za interakcijo z arhejsko RNA-polimerazo, kar omogoča nalaganje in razvitje dsDNA. V kolikor so pogoji suboptimalni, pa TFE olajša tvorbo odprtega kompleksa. INR in PPE nista potrebna za iniciacijo, vendar oba ojačata donos transkripcije in njune spremembe povzročijo zmanjšanje moči promotorja [3]. PPE poveča transkripcijski donos preko novačenja TFB-jev. PPE se nahaja na meji transkripcijskega mehurčka, kjer je pomemben za aktivnost TFE𝛼 in TFE𝛽.

	=== Regulatorni učinek nukleosomov ====		=== Regulatorni učinek nukleosomov ====

Zkoren at 20:04, 15 May 2023

2023-05-15T20:04:20Z

← Older revision		Revision as of 20:04, 15 May 2023
Line 10:		Line 10:

	Temeljna transkripcijska faktorja sta TATA-vezavni protein (angl. TATA-binding protein, v nadaljevanju TBP) in transkripcijski faktor B (v nadaljevanju TFB). Le-ta sta potrebna za transkripcijo pri optimiziranih pogojih, medtem ko v manj ugodnih pogojih pri začetku transkripcije pomaga transkripcijski faktor E (v nadaljevanju TFE). Za razliko od transkripcije pri evkariontih je odpiranje arhejskega promotorja proces, ki ni odvisen od energije. Zaradi tega sta TBP in TFB sama dovolj za pomoč RNA-polimerazi pri tvorbi prepisovalnega mehurčka. TFB je pri vseh arhejah odgovoren za stabilizacijo kompleksa DNA z vezanim TBP-jem. Skupaj nato novačita RNA-polimerazo. TFE𝛼 vsebuje dve domeni: domena s krilatim heliksom (angl. winged helix, v nadaljevanju WH) in domeno s cinkovim trakom [1]. Domena s krilatim heliksom je ena izmed osrednjih komponent transkripcijskega sistema. Sodeluje pri vzpostavitvi interakcij protein-DNA in protein-protein [2]. TFE𝛽 vsebuje ohranjeni domeni WH in FeS. Domena WH TFE𝛼 tvori kontakt z navzgornjo nematrično verigo DNA in pomaga tvoriti odprti promotorski kompleks. TFE ima morda ključno vlogo pri prilagajanju znotraj-molekulskih premikov RNA-polimeraze skozi transkripcijo, zlasti premik vponke. Interakcija TFE𝛼 z domenama peclja in vponke RNA-polimeraze med iniciacijo transkripcije lahko ohranja vponko v odprti konformaciji, ki je potrebna za iniciacijo in začetek elongacije.		Temeljna transkripcijska faktorja sta TATA-vezavni protein (angl. TATA-binding protein, v nadaljevanju TBP) in transkripcijski faktor B (v nadaljevanju TFB). Le-ta sta potrebna za transkripcijo pri optimiziranih pogojih, medtem ko v manj ugodnih pogojih pri začetku transkripcije pomaga transkripcijski faktor E (v nadaljevanju TFE). Za razliko od transkripcije pri evkariontih je odpiranje arhejskega promotorja proces, ki ni odvisen od energije. Zaradi tega sta TBP in TFB sama dovolj za pomoč RNA-polimerazi pri tvorbi prepisovalnega mehurčka. TFB je pri vseh arhejah odgovoren za stabilizacijo kompleksa DNA z vezanim TBP-jem. Skupaj nato novačita RNA-polimerazo. TFE𝛼 vsebuje dve domeni: domena s krilatim heliksom (angl. winged helix, v nadaljevanju WH) in domeno s cinkovim trakom [1]. Domena s krilatim heliksom je ena izmed osrednjih komponent transkripcijskega sistema. Sodeluje pri vzpostavitvi interakcij protein-DNA in protein-protein [2]. TFE𝛽 vsebuje ohranjeni domeni WH in FeS. Domena WH TFE𝛼 tvori kontakt z navzgornjo nematrično verigo DNA in pomaga tvoriti odprti promotorski kompleks. TFE ima morda ključno vlogo pri prilagajanju znotraj-molekulskih premikov RNA-polimeraze skozi transkripcijo, zlasti premik vponke. Interakcija TFE𝛼 z domenama peclja in vponke RNA-polimeraze med iniciacijo transkripcije lahko ohranja vponko v odprti konformaciji, ki je potrebna za iniciacijo in začetek elongacije.


	=== Regulacija z elementi DNA ===		=== Regulacija z elementi DNA ===