Replikacija DNA pri arhejah - Revision history

Primož Šenica Pavletič at 05:56, 14 May 2023

2023-05-14T05:56:35Z

← Older revision		Revision as of 05:56, 14 May 2023
Line 28:		Line 28:
	'''Delovanje primaze'''		'''Delovanje primaze'''

	Arhejska primaza je nizko procesivna RNA polimeraza, ki za model sinteze uporabi enojno vijačnico znotraj replikacijskega mehurčka in je zadolžena za sintezo oligoribonukleotidnega primerja. Oligoribonukleotidni primer običajno vsebuje 10 do 12 nukleotidov, ki so komplementarni nukleotidom na matični verigi DNA in služi kot začetna točka podaljševanja nove verige za DNA polimerazo. Pri sintezi vodilne verige je primazna aktivnost potrebna le enkrat. Na zastajajoči verigi pa je primazna aktivnost konstanta, saj se Okazakijev fragment začne na vsakih 100-200 nukleotidov, kar zahteva ponavljajočo se primazno aktivnost. V arhejah ''Sulfolobusu'' je bilo dokazano, da primaza interagira s kompleksom GINS, kar ponuja mehanizem za koordinirano ~~aktivnost sinteze~~ primerjev z potekom replikacije v replikacijskih vilicah. Kompleks GINS pomaga pri odvijanju dvojne vijačnice DNA in s tem ustvarja smerno napredujočo replikacijsko vilico, ki omogoča, da primaza sintetizira primer na pravem mestu.		Arhejska primaza je nizko procesivna RNA polimeraza, ki za model sinteze uporabi enojno vijačnico znotraj replikacijskega mehurčka in je zadolžena za sintezo oligoribonukleotidnega primerja. Oligoribonukleotidni primer običajno vsebuje 10 do 12 nukleotidov, ki so komplementarni nukleotidom na matični verigi DNA in služi kot začetna točka podaljševanja nove verige za DNA polimerazo. Pri sintezi vodilne verige je primazna aktivnost potrebna le enkrat. Na zastajajoči verigi pa je primazna aktivnost konstanta, saj se Okazakijev fragment začne na vsakih 100-200 nukleotidov, kar zahteva ponavljajočo se primazno aktivnost. V arhejah ''Sulfolobusu'' je bilo dokazano, da primaza interagira s kompleksom GINS, kar ponuja mehanizem za koordinirano sintezo primerjev s potekom replikacije v replikacijskih vilicah. Kompleks GINS pomaga pri odvijanju dvojne vijačnice DNA in s tem ustvarja smerno napredujočo replikacijsko vilico, ki omogoča, da primaza sintetizira primer na pravem mestu.

	'''Zgradba primaze'''		'''Zgradba primaze'''

	Arhejska primaza ima dve podenoti, katalitična podenote PriS in regulatorne podenote PriL, ki sta skupna vsem vrstam arhej. PriS in PriL v arhejah sta ortologna primaznemu kompleksu DNA-polimeraze α primaze v evkariotskih celicah, zato se PriSL imenuje tudi arhejska evkariontska primaza (AEP). Proteini sorodni AEP so bili najdeni v izvenkromosomskih proteinih tako evkariontih kot tudi v bakterijskih celicah. PriSL je bil biokemično opisani pri številnih vrstah arhej in je pokazal sposobnost začetne sinteze tako RNA kot tudi DNA. Študije na primzah arhejah ''Archaeoglobus'' in ''Pyrococcus'' so pokazale, da ima primaza vlogo tudi pri popravilu DNA. Pri proučevanju arheje ''Sulfolobus'' so ugotovili, da poleg PriS in PriL ima primaza še tretjo podenoto PriX (Slika 3 - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7712474/figure/F3/). PriX naj bi signifikantno povečala procesivnosti encima in stabilizirala celoten kompleks. Kompleks bi tako tvoril heterotrimer. Študije so pokazale, da sta podenoti PriX in PriL v arhejah skupaj strukturno enaki podenoti PriL (p58) v evkariontih. ~~Na evkariontskem~~ PriL ~~je bilo dokazano, da~~ interagira s 5' koncem RNA primerjem v na modelni verigi. Pri arhejah pa s 5' koncem interagira PriX in tako služi kot vezavno mesto za začetni nukleotid pri sintezi primerja.		Arhejska primaza ima dve podenoti, katalitična podenote PriS in regulatorne podenote PriL, ki sta skupna vsem vrstam arhej. PriS in PriL v arhejah sta ortologna primaznemu kompleksu DNA-polimeraze α primaze v evkariotskih celicah, zato se PriSL imenuje tudi arhejska evkariontska primaza (AEP). Proteini sorodni AEP so bili najdeni v izvenkromosomskih proteinih tako evkariontih kot tudi v bakterijskih celicah. PriSL je bil biokemično opisani pri številnih vrstah arhej in je pokazal sposobnost začetne sinteze tako RNA kot tudi DNA. Študije na primzah arhejah ''Archaeoglobus'' in ''Pyrococcus'' so pokazale, da ima primaza vlogo tudi pri popravilu DNA. Pri proučevanju arheje ''Sulfolobus'' so ugotovili, da poleg PriS in PriL ima primaza še tretjo podenoto PriX (Slika 3 - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7712474/figure/F3/). PriX naj bi signifikantno povečala procesivnosti encima in stabilizirala celoten kompleks. Kompleks bi tako tvoril heterotrimer. Študije so pokazale, da sta podenoti PriX in PriL v arhejah skupaj strukturno enaki podenoti PriL (p58) v evkariontih. Evkariontski PriL interagira s 5' koncem RNA primerjem v na modelni verigi. Pri arhejah ''Sulfolobus'' pa s 5' koncem interagira PriX in tako služi kot vezavno mesto za začetni nukleotid pri sintezi primerja.

Primož Šenica Pavletič: Undo revision 22109 by Primož Šenica Pavletič (Talk)

2023-05-13T16:39:00Z

Undo revision 22109 by Primož Šenica Pavletič (Talk)

← Older revision		Revision as of 16:39, 13 May 2023
Line 32:		Line 32:
	'''Zgradba primaze'''		'''Zgradba primaze'''

	Arhejska primaza ima dve podenoti, katalitična podenote ~~PriL~~ in regulatorne podenote ~~PriS~~, ki sta skupna vsem vrstam arhej. PriS in PriL v arhejah sta ortologna primaznemu kompleksu DNA-polimeraze α primaze v evkariotskih celicah, zato se PriSL imenuje tudi arhejska evkariontska primaza (AEP). Proteini sorodni AEP so bili najdeni v izvenkromosomskih proteinih tako evkariontih kot tudi v bakterijskih celicah. PriSL je bil biokemično opisani pri številnih vrstah arhej in je pokazal sposobnost začetne sinteze tako RNA kot tudi DNA. Študije na primzah arhejah ''Archaeoglobus'' in ''Pyrococcus'' so pokazale, da ima primaza vlogo tudi pri popravilu DNA. Pri proučevanju arheje ''Sulfolobus'' so ugotovili, da poleg PriS in PriL ima primaza še tretjo podenoto PriX (Slika 3 - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7712474/figure/F3/). PriX naj bi signifikantno povečala procesivnosti encima in stabilizirala celoten kompleks. Kompleks bi tako tvoril heterotrimer. Študije so pokazale, da sta podenoti PriX in PriL v arhejah skupaj strukturno enaki podenoti PriL (p58) v evkariontih. Na evkariontskem PriL je bilo dokazano, da interagira s 5' koncem RNA primerjem v na modelni verigi. Pri arhejah pa s 5' koncem interagira PriX in tako služi kot vezavno mesto za začetni nukleotid pri sintezi primerja.		Arhejska primaza ima dve podenoti, katalitična podenote PriS in regulatorne podenote PriL, ki sta skupna vsem vrstam arhej. PriS in PriL v arhejah sta ortologna primaznemu kompleksu DNA-polimeraze α primaze v evkariotskih celicah, zato se PriSL imenuje tudi arhejska evkariontska primaza (AEP). Proteini sorodni AEP so bili najdeni v izvenkromosomskih proteinih tako evkariontih kot tudi v bakterijskih celicah. PriSL je bil biokemično opisani pri številnih vrstah arhej in je pokazal sposobnost začetne sinteze tako RNA kot tudi DNA. Študije na primzah arhejah ''Archaeoglobus'' in ''Pyrococcus'' so pokazale, da ima primaza vlogo tudi pri popravilu DNA. Pri proučevanju arheje ''Sulfolobus'' so ugotovili, da poleg PriS in PriL ima primaza še tretjo podenoto PriX (Slika 3 - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7712474/figure/F3/). PriX naj bi signifikantno povečala procesivnosti encima in stabilizirala celoten kompleks. Kompleks bi tako tvoril heterotrimer. Študije so pokazale, da sta podenoti PriX in PriL v arhejah skupaj strukturno enaki podenoti PriL (p58) v evkariontih. Na evkariontskem PriL je bilo dokazano, da interagira s 5' koncem RNA primerjem v na modelni verigi. Pri arhejah pa s 5' koncem interagira PriX in tako služi kot vezavno mesto za začetni nukleotid pri sintezi primerja.

Primož Šenica Pavletič at 16:11, 13 May 2023

2023-05-13T16:11:47Z

← Older revision		Revision as of 16:11, 13 May 2023
Line 32:		Line 32:
	'''Zgradba primaze'''		'''Zgradba primaze'''

	Arhejska primaza ima dve podenoti, katalitična podenote ~~PriS~~ in regulatorne podenote ~~PriL~~, ki sta skupna vsem vrstam arhej. PriS in PriL v arhejah sta ortologna primaznemu kompleksu DNA-polimeraze α primaze v evkariotskih celicah, zato se PriSL imenuje tudi arhejska evkariontska primaza (AEP). Proteini sorodni AEP so bili najdeni v izvenkromosomskih proteinih tako evkariontih kot tudi v bakterijskih celicah. PriSL je bil biokemično opisani pri številnih vrstah arhej in je pokazal sposobnost začetne sinteze tako RNA kot tudi DNA. Študije na primzah arhejah ''Archaeoglobus'' in ''Pyrococcus'' so pokazale, da ima primaza vlogo tudi pri popravilu DNA. Pri proučevanju arheje ''Sulfolobus'' so ugotovili, da poleg PriS in PriL ima primaza še tretjo podenoto PriX (Slika 3 - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7712474/figure/F3/). PriX naj bi signifikantno povečala procesivnosti encima in stabilizirala celoten kompleks. Kompleks bi tako tvoril heterotrimer. Študije so pokazale, da sta podenoti PriX in PriL v arhejah skupaj strukturno enaki podenoti PriL (p58) v evkariontih. Na evkariontskem PriL je bilo dokazano, da interagira s 5' koncem RNA primerjem v na modelni verigi. Pri arhejah pa s 5' koncem interagira PriX in tako služi kot vezavno mesto za začetni nukleotid pri sintezi primerja.		Arhejska primaza ima dve podenoti, katalitična podenote PriL in regulatorne podenote PriS, ki sta skupna vsem vrstam arhej. PriS in PriL v arhejah sta ortologna primaznemu kompleksu DNA-polimeraze α primaze v evkariotskih celicah, zato se PriSL imenuje tudi arhejska evkariontska primaza (AEP). Proteini sorodni AEP so bili najdeni v izvenkromosomskih proteinih tako evkariontih kot tudi v bakterijskih celicah. PriSL je bil biokemično opisani pri številnih vrstah arhej in je pokazal sposobnost začetne sinteze tako RNA kot tudi DNA. Študije na primzah arhejah ''Archaeoglobus'' in ''Pyrococcus'' so pokazale, da ima primaza vlogo tudi pri popravilu DNA. Pri proučevanju arheje ''Sulfolobus'' so ugotovili, da poleg PriS in PriL ima primaza še tretjo podenoto PriX (Slika 3 - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7712474/figure/F3/). PriX naj bi signifikantno povečala procesivnosti encima in stabilizirala celoten kompleks. Kompleks bi tako tvoril heterotrimer. Študije so pokazale, da sta podenoti PriX in PriL v arhejah skupaj strukturno enaki podenoti PriL (p58) v evkariontih. Na evkariontskem PriL je bilo dokazano, da interagira s 5' koncem RNA primerjem v na modelni verigi. Pri arhejah pa s 5' koncem interagira PriX in tako služi kot vezavno mesto za začetni nukleotid pri sintezi primerja.

Primož Šenica Pavletič at 15:03, 13 May 2023

2023-05-13T15:03:49Z

← Older revision		Revision as of 15:03, 13 May 2023
Line 7:		Line 7:
	'''Celični cikel'''		'''Celični cikel'''

	Regulacija celičnega cikla v arhejah je ključna za natančno podvojevane DNA. Podobno kot pri evkariontih in bakterijah, se tudi v arhejah replikacija DNA usklajeno izvaja z drugimi celičnimi procesi. Aktivacija replikacijskih proteinov in natančen čas replikacije ~~sta ključna~~ za pravilno podvojevane DNA. Celični cikel arhej se lahko razlikuje glede na vrsto. Na splošno vključuje podobne faze kot pri evkariontih in bakterijah. Cikel je razdeljen na predreplikacijsko G1 fazo, S-fazo (kjer se zgodi replikacija genoma), postreplikacijsko G2 fazo ter M in D fazi, ko pride do segregacije genoma in delitve celic. Najdaljša faza je G2, ki traja več kot polovico celičnega cikla. To je v nasprotju z evkarionti, kjer je faza G2 kratka.		Regulacija celičnega cikla v arhejah je ključna za natančno podvojevane DNA. Podobno kot pri evkariontih in bakterijah, se tudi v arhejah replikacija DNA usklajeno izvaja z drugimi celičnimi procesi. Aktivacija replikacijskih proteinov in natančen čas replikacije ima velik pomen za pravilno podvojevane DNA. Celični cikel arhej se lahko razlikuje glede na vrsto. Na splošno vključuje podobne faze kot pri evkariontih in bakterijah. Cikel je razdeljen na predreplikacijsko G1 fazo, S-fazo (kjer se zgodi replikacija genoma), postreplikacijsko G2 fazo ter M in D fazi, ko pride do segregacije genoma in delitve celic. Najdaljša faza je G2, ki traja več kot polovico celičnega cikla. To je v nasprotju z evkarionti, kjer je faza G2 kratka.

	'''Regulacija podvojejvanja DNA'''		'''Regulacija podvojejvanja DNA'''

Luka Fink: /* Funkcija mesta ori */

2023-05-13T13:33:17Z

Funkcija mesta ori

← Older revision		Revision as of 13:33, 13 May 2023
Line 22:		Line 22:
	Veliko arhej si deli podoben tip ori. Pri sevu ''Sulfolobus'' imamo Orc1-1, ki se veže na ''oriC1''. Bolj natančno se veže na elemente znotraj ori-ja, ki se imenujejo origin recognition box (ORB) elements. (Slika 1a - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7712474/figure/F1/). Elementi ORB imajo diadno simetrijo z asimetričnim zaporedjem, bogatim z G na eni strani diadnega elementa. Na vsak element ORB se veže en monomer Orc1-1 z določeno polarnostjo. Proteini Orc1/Cdc6 imajo N-končno AAA+ zvitje in C-končno domeno imenovano winged helix (wH). AAA+ je velika družina NTPaz, torej vsebujejo NTP vezavno domeno in katalitičen modul. Domeno wH najdemo pri transkripcijskih sistemih in predstavlja podrazred motiva helix-turn-helix. Domena wH prepoznava diadni element ORB-ja in domeno AAA+, ki je bogata z α-vijačnicami, imenovano iniciator specifičen motiv (ISM). ISM prepozna asimetričen z G bogat motiv. Število elementov ORB se med vrstami razlikuje. Skupna značilnost je, da se dva elementa ORB pojavljata v obrnjeni konformaciji glede eden na drugega in sta ločena minimalno 75 bp. To so običajno z AT bogate regije, torej so kandidat za DNA unwinding element (DUE). In vitro rekonstrukcijski eksperimenti so pokazali, da Orc1-1 rekrutira helikazo na ''oriC1'' in le ta je odvisna od površine, ki je izpostavljena α-vijačni regiji (MCM recruitment motif, MRM) blizu wH Orc1-1 AAA+ domene. Na to interakcijo je pomembno vplival nukleotidni kofaktor, ki se veže na Orc1-1 AAA+ domeno. Bolj specifično, stabilizirali so ATP v aktivnem mestu, npr. z mutacijo domene AAA+, motiv Walker B, ak ostanek glutamat (E147), ostanka udeleženega pri hidrolizi ATP. Ugotovili so, da bi lahko Orc1-1 E147 pomagal pri vezavi MCM in vitro in pomagal pri ''oriC1'' replikaciji in vivo. Po drugi strani, ko je bilo aktivno mesto zasedeno z ADP, je zmožnost interakcije MRM z MCM opuščena. Ta opažanja kažejo na to, da je aktivacija ori mesta odvisna od vezanega ATP na Orc1-1. (Slika 1b). prikazuje razprtje DNA in napredovanje MCM. MCM napreduje po DNA verigi z N-koncem naprej, tj. 5'→ 3'. Torej morata MCM-ja iti eden mimo drugega. Ko sta vezana na obe verigi DNA to ni mogoče, zato se mora DNA čisto razpreti, da lahko MCM helikazi vežeta na eno verigo in nadaljujeta vsaka v svojo smer.		Veliko arhej si deli podoben tip ori. Pri sevu ''Sulfolobus'' imamo Orc1-1, ki se veže na ''oriC1''. Bolj natančno se veže na elemente znotraj ori-ja, ki se imenujejo origin recognition box (ORB) elements. (Slika 1a - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7712474/figure/F1/). Elementi ORB imajo diadno simetrijo z asimetričnim zaporedjem, bogatim z G na eni strani diadnega elementa. Na vsak element ORB se veže en monomer Orc1-1 z določeno polarnostjo. Proteini Orc1/Cdc6 imajo N-končno AAA+ zvitje in C-končno domeno imenovano winged helix (wH). AAA+ je velika družina NTPaz, torej vsebujejo NTP vezavno domeno in katalitičen modul. Domeno wH najdemo pri transkripcijskih sistemih in predstavlja podrazred motiva helix-turn-helix. Domena wH prepoznava diadni element ORB-ja in domeno AAA+, ki je bogata z α-vijačnicami, imenovano iniciator specifičen motiv (ISM). ISM prepozna asimetričen z G bogat motiv. Število elementov ORB se med vrstami razlikuje. Skupna značilnost je, da se dva elementa ORB pojavljata v obrnjeni konformaciji glede eden na drugega in sta ločena minimalno 75 bp. To so običajno z AT bogate regije, torej so kandidat za DNA unwinding element (DUE). In vitro rekonstrukcijski eksperimenti so pokazali, da Orc1-1 rekrutira helikazo na ''oriC1'' in le ta je odvisna od površine, ki je izpostavljena α-vijačni regiji (MCM recruitment motif, MRM) blizu wH Orc1-1 AAA+ domene. Na to interakcijo je pomembno vplival nukleotidni kofaktor, ki se veže na Orc1-1 AAA+ domeno. Bolj specifično, stabilizirali so ATP v aktivnem mestu, npr. z mutacijo domene AAA+, motiv Walker B, ak ostanek glutamat (E147), ostanka udeleženega pri hidrolizi ATP. Ugotovili so, da bi lahko Orc1-1 E147 pomagal pri vezavi MCM in vitro in pomagal pri ''oriC1'' replikaciji in vivo. Po drugi strani, ko je bilo aktivno mesto zasedeno z ADP, je zmožnost interakcije MRM z MCM opuščena. Ta opažanja kažejo na to, da je aktivacija ori mesta odvisna od vezanega ATP na Orc1-1. (Slika 1b). prikazuje razprtje DNA in napredovanje MCM. MCM napreduje po DNA verigi z N-koncem naprej, tj. 5'→ 3'. Torej morata MCM-ja iti eden mimo drugega. Ko sta vezana na obe verigi DNA to ni mogoče, zato se mora DNA čisto razpreti, da lahko MCM helikazi vežeta na eno verigo in nadaljujeta vsaka v svojo smer.

	Pri evkariontih je ključni korak iniciacije DNA replikacije asociacija kompleksa Cdc45, MCM GINS. Podobno je tudi pri arhejah. Pri ''Sulfolobus acidocaldarius'' so rekonstruirali kompleks iz Gins23, Gins15 in Cdc45, ki so ortologi evkariontskih, in ugotovili da so v razmerju 2:2:2. (Slika 2 - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7712474/figure/F2/). Bistvo je, da so ugotovili, da GINS tvori pomembno povezavo med MCM in Cdc45.		Pri evkariontih je ključni korak iniciacije DNA replikacije asociacija kompleksa Cdc45, MCM in GINS. Podobno je tudi pri arhejah. Pri ''Sulfolobus acidocaldarius'' so rekonstruirali kompleks iz Gins23, Gins15 in Cdc45, ki so ortologi evkariontskih, in ugotovili da so v razmerju 2:2:2. (Slika 2 - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7712474/figure/F2/). Bistvo je, da so ugotovili, da GINS tvori pomembno povezavo med MCM in Cdc45.

	== Arhejska primaza ==		== Arhejska primaza ==

Luka Fink: /* Funkcija mesta ori */

2023-05-13T12:03:37Z

Funkcija mesta ori

← Older revision		Revision as of 12:03, 13 May 2023
Line 20:		Line 20:
	Za vse do sedaj opisane bakterije velja, da imajo en ori na kromosom. Veliko arhejskih genomov je sestavljenih podobno kot pri bakterijah, tj. iz glavnega kromosoma, lahko pa tudi vsebuje nekaj megaplazmidov. Prva opisana iniciacija replikacije pri arhejah je bila pri ''Pyrococcus abyssi''. Odkrili so, da ima en ori. Kljub temu prvemu odkritju, je v bistvu ta arheja je neke vrste anomalija, saj v resnici imajo arheje več ori mest na kromosom. Npr. ''Haloferax'' ima tri in ''Pyrobaculum calidifontis'' ima štiri ori mesta na kromosom. Pomemben testni sev je ''Sulfolobus'', ki ima tri ori mesta. Dokazano je bilo, da divje celice tega seva uporabljajo vse tri ori-je in da noben ori ni individualno potreben za normalno podvojevanje.		Za vse do sedaj opisane bakterije velja, da imajo en ori na kromosom. Veliko arhejskih genomov je sestavljenih podobno kot pri bakterijah, tj. iz glavnega kromosoma, lahko pa tudi vsebuje nekaj megaplazmidov. Prva opisana iniciacija replikacije pri arhejah je bila pri ''Pyrococcus abyssi''. Odkrili so, da ima en ori. Kljub temu prvemu odkritju, je v bistvu ta arheja je neke vrste anomalija, saj v resnici imajo arheje več ori mest na kromosom. Npr. ''Haloferax'' ima tri in ''Pyrobaculum calidifontis'' ima štiri ori mesta na kromosom. Pomemben testni sev je ''Sulfolobus'', ki ima tri ori mesta. Dokazano je bilo, da divje celice tega seva uporabljajo vse tri ori-je in da noben ori ni individualno potreben za normalno podvojevanje.

	Veliko arhej si deli podoben tip ori. Pri sevu ''Sulfolobus'' imamo Orc1-1, ki se veže na ''oriC1''. Bolj natančno se veže na elemente znotraj ori-ja, ki se imenujejo origin recognition box (ORB) elements. (Slika 1a - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7712474/figure/F1/). Elementi ORB imajo diadno simetrijo z asimetričnim zaporedjem, bogatim z G na eni strani diadnega elementa. Na vsak element ORB se veže en monomer Orc1-1 z določeno polarnostjo. Proteini Orc1/Cdc6 imajo N-končno AAA+ zvitje in C-končno domeno imenovano winged helix (wH). AAA+ je velika družina NTPaz, torej vsebujejo NTP vezavno domeno in katalitičen modul. Domeno wH najdemo pri transkripcijskih sistemih in predstavlja podrazred motiva helix-turn-helix. Domena wH prepoznava diadni element ORB-ja in domeno AAA+, ki je bogata z α-vijačnicami, imenovano iniciator specifičen motiv (ISM). ISM prepozna asimetričen z G bogat motiv. Število elementov ORB se med vrstami razlikuje. Skupna značilnost je, da se dva elementa ORB pojavljata v obrnjeni konformaciji glede eden na drugega in sta ločena minimalno 75 bp. To so običajno z AT bogate regije, torej so kandidat za DNA unwinding element (DUE). In vitro rekonstrukcijski eksperimenti so pokazali, da Orc1-1 rekrutira helikazo na ''oriC1'' in le ta je odvisna od površine, ki je izpostavljena α-vijačni regiji (MCM recruitment motif, MRM) blizu wH Orc1-1 AAA+ domene. Na to interakcijo je pomembno vplival nukleotidni kofaktor, ki se veže na Orc1-1 AAA+ domeno. Bolj specifično, stabilizirali so ATP v aktivnem mestu, npr. z mutacijo domene AAA+, motiv Walker B, ak ostanek glutamat (E147), ostanka udeleženega pri hidrolizi ATP. Ugotovili so, da bi lahko Orc1-1 E147 pomagal pri vezavi MCM in vitro in pomagal pri ''oriC1'' replikaciji in vivo. Po drugi strani, ko je bilo aktivno mesto zasedeno z ADP, je zmožnost interakcije MRM z MCM opuščena. Ta opažanja kažejo na to, da je aktivacija ori mesta odvisna od vezanega ATP na Orc1-1. (Slika 1b). prikazuje razprtje DNA in napredovanje MCM. MCM napreduje po DNA verigi z N-koncem naprej, tj. 5' 3'. Torej morata MCM-ja iti eden mimo drugega. Ko sta vezana na obe verigi DNA to ni mogoče, zato se mora DNA čisto razpreti, da lahko MCM helikazi vežeta na eno verigo in nadaljujeta vsaka v svojo smer.		Veliko arhej si deli podoben tip ori. Pri sevu ''Sulfolobus'' imamo Orc1-1, ki se veže na ''oriC1''. Bolj natančno se veže na elemente znotraj ori-ja, ki se imenujejo origin recognition box (ORB) elements. (Slika 1a - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7712474/figure/F1/). Elementi ORB imajo diadno simetrijo z asimetričnim zaporedjem, bogatim z G na eni strani diadnega elementa. Na vsak element ORB se veže en monomer Orc1-1 z določeno polarnostjo. Proteini Orc1/Cdc6 imajo N-končno AAA+ zvitje in C-končno domeno imenovano winged helix (wH). AAA+ je velika družina NTPaz, torej vsebujejo NTP vezavno domeno in katalitičen modul. Domeno wH najdemo pri transkripcijskih sistemih in predstavlja podrazred motiva helix-turn-helix. Domena wH prepoznava diadni element ORB-ja in domeno AAA+, ki je bogata z α-vijačnicami, imenovano iniciator specifičen motiv (ISM). ISM prepozna asimetričen z G bogat motiv. Število elementov ORB se med vrstami razlikuje. Skupna značilnost je, da se dva elementa ORB pojavljata v obrnjeni konformaciji glede eden na drugega in sta ločena minimalno 75 bp. To so običajno z AT bogate regije, torej so kandidat za DNA unwinding element (DUE). In vitro rekonstrukcijski eksperimenti so pokazali, da Orc1-1 rekrutira helikazo na ''oriC1'' in le ta je odvisna od površine, ki je izpostavljena α-vijačni regiji (MCM recruitment motif, MRM) blizu wH Orc1-1 AAA+ domene. Na to interakcijo je pomembno vplival nukleotidni kofaktor, ki se veže na Orc1-1 AAA+ domeno. Bolj specifično, stabilizirali so ATP v aktivnem mestu, npr. z mutacijo domene AAA+, motiv Walker B, ak ostanek glutamat (E147), ostanka udeleženega pri hidrolizi ATP. Ugotovili so, da bi lahko Orc1-1 E147 pomagal pri vezavi MCM in vitro in pomagal pri ''oriC1'' replikaciji in vivo. Po drugi strani, ko je bilo aktivno mesto zasedeno z ADP, je zmožnost interakcije MRM z MCM opuščena. Ta opažanja kažejo na to, da je aktivacija ori mesta odvisna od vezanega ATP na Orc1-1. (Slika 1b). prikazuje razprtje DNA in napredovanje MCM. MCM napreduje po DNA verigi z N-koncem naprej, tj. 5'→ 3'. Torej morata MCM-ja iti eden mimo drugega. Ko sta vezana na obe verigi DNA to ni mogoče, zato se mora DNA čisto razpreti, da lahko MCM helikazi vežeta na eno verigo in nadaljujeta vsaka v svojo smer.

	Pri evkariontih je ključni korak iniciacije DNA replikacije asociacija kompleksa Cdc45, MCM GINS. Podobno je tudi pri arhejah. Pri ''Sulfolobus acidocaldarius'' so rekonstruirali kompleks iz Gins23, Gins15 in Cdc45, ki so ortologi evkariontskih, in ugotovili da so v razmerju 2:2:2. (Slika 2 - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7712474/figure/F2/). Bistvo je, da so ugotovili, da GINS tvori pomembno povezavo med MCM in Cdc45.		Pri evkariontih je ključni korak iniciacije DNA replikacije asociacija kompleksa Cdc45, MCM GINS. Podobno je tudi pri arhejah. Pri ''Sulfolobus acidocaldarius'' so rekonstruirali kompleks iz Gins23, Gins15 in Cdc45, ki so ortologi evkariontskih, in ugotovili da so v razmerju 2:2:2. (Slika 2 - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7712474/figure/F2/). Bistvo je, da so ugotovili, da GINS tvori pomembno povezavo med MCM in Cdc45.

Luka Fink: /* Funkcija mesta ori */

2023-05-13T12:02:29Z

Funkcija mesta ori

← Older revision		Revision as of 12:02, 13 May 2023
Line 20:		Line 20:
	Za vse do sedaj opisane bakterije velja, da imajo en ori na kromosom. Veliko arhejskih genomov je sestavljenih podobno kot pri bakterijah, tj. iz glavnega kromosoma, lahko pa tudi vsebuje nekaj megaplazmidov. Prva opisana iniciacija replikacije pri arhejah je bila pri ''Pyrococcus abyssi''. Odkrili so, da ima en ori. Kljub temu prvemu odkritju, je v bistvu ta arheja je neke vrste anomalija, saj v resnici imajo arheje več ori mest na kromosom. Npr. ''Haloferax'' ima tri in ''Pyrobaculum calidifontis'' ima štiri ori mesta na kromosom. Pomemben testni sev je ''Sulfolobus'', ki ima tri ori mesta. Dokazano je bilo, da divje celice tega seva uporabljajo vse tri ori-je in da noben ori ni individualno potreben za normalno podvojevanje.		Za vse do sedaj opisane bakterije velja, da imajo en ori na kromosom. Veliko arhejskih genomov je sestavljenih podobno kot pri bakterijah, tj. iz glavnega kromosoma, lahko pa tudi vsebuje nekaj megaplazmidov. Prva opisana iniciacija replikacije pri arhejah je bila pri ''Pyrococcus abyssi''. Odkrili so, da ima en ori. Kljub temu prvemu odkritju, je v bistvu ta arheja je neke vrste anomalija, saj v resnici imajo arheje več ori mest na kromosom. Npr. ''Haloferax'' ima tri in ''Pyrobaculum calidifontis'' ima štiri ori mesta na kromosom. Pomemben testni sev je ''Sulfolobus'', ki ima tri ori mesta. Dokazano je bilo, da divje celice tega seva uporabljajo vse tri ori-je in da noben ori ni individualno potreben za normalno podvojevanje.

	Veliko arhej si deli podoben tip ori. Pri sevu ''Sulfolobus'' imamo Orc1-1, ki se veže na ''oriC1''. Bolj natančno se veže na elemente znotraj ori-ja, ki se imenujejo origin recognition box (ORB) elements. (Slika 1 - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7712474/figure/F1/). Elementi ORB imajo diadno simetrijo z asimetričnim zaporedjem, bogatim z G na eni strani diadnega elementa. Na vsak element ORB se veže en monomer Orc1-1 z določeno polarnostjo. Proteini Orc1/Cdc6 imajo N-končno AAA+ zvitje in C-končno domeno imenovano winged helix (wH). AAA+ je velika družina NTPaz, torej vsebujejo NTP vezavno domeno in katalitičen modul. Domeno wH najdemo pri transkripcijskih sistemih in predstavlja podrazred motiva helix-turn-helix. Domena wH prepoznava diadni element ORB-ja in domeno AAA+, ki je bogata z α-vijačnicami, imenovano iniciator specifičen motiv (ISM). ISM prepozna asimetričen z G bogat motiv. Število elementov ORB se med vrstami razlikuje. Skupna značilnost je, da se dva elementa ORB pojavljata v obrnjeni konformaciji glede eden na drugega in sta ločena minimalno 75 bp. To so običajno z AT bogate regije, torej so kandidat za DNA unwinding element (DUE). In vitro rekonstrukcijski eksperimenti so pokazali, da Orc1-1 rekrutira helikazo na ''oriC1'' in le ta je odvisna od površine, ki je izpostavljena α-vijačni regiji (MCM recruitment motif, MRM) blizu wH Orc1-1 AAA+ domene. Na to interakcijo je pomembno vplival nukleotidni kofaktor, ki se veže na Orc1-1 AAA+ domeno. Bolj specifično, stabilizirali so ATP v aktivnem mestu, npr. z mutacijo domene AAA+, motiv Walker B, ak ostanek glutamat (E147), ostanka udeleženega pri hidrolizi ATP. Ugotovili so, da bi lahko Orc1-1 E147 pomagal pri vezavi MCM in vitro in pomagal pri ''oriC1'' replikaciji in vivo. Po drugi strani, ko je bilo aktivno mesto zasedeno z ADP, je zmožnost interakcije MRM z MCM opuščena. Ta opažanja kažejo na to, da je aktivacija ori mesta odvisna od vezanega ATP na Orc1-1.		Veliko arhej si deli podoben tip ori. Pri sevu ''Sulfolobus'' imamo Orc1-1, ki se veže na ''oriC1''. Bolj natančno se veže na elemente znotraj ori-ja, ki se imenujejo origin recognition box (ORB) elements. (Slika 1a - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7712474/figure/F1/). Elementi ORB imajo diadno simetrijo z asimetričnim zaporedjem, bogatim z G na eni strani diadnega elementa. Na vsak element ORB se veže en monomer Orc1-1 z določeno polarnostjo. Proteini Orc1/Cdc6 imajo N-končno AAA+ zvitje in C-končno domeno imenovano winged helix (wH). AAA+ je velika družina NTPaz, torej vsebujejo NTP vezavno domeno in katalitičen modul. Domeno wH najdemo pri transkripcijskih sistemih in predstavlja podrazred motiva helix-turn-helix. Domena wH prepoznava diadni element ORB-ja in domeno AAA+, ki je bogata z α-vijačnicami, imenovano iniciator specifičen motiv (ISM). ISM prepozna asimetričen z G bogat motiv. Število elementov ORB se med vrstami razlikuje. Skupna značilnost je, da se dva elementa ORB pojavljata v obrnjeni konformaciji glede eden na drugega in sta ločena minimalno 75 bp. To so običajno z AT bogate regije, torej so kandidat za DNA unwinding element (DUE). In vitro rekonstrukcijski eksperimenti so pokazali, da Orc1-1 rekrutira helikazo na ''oriC1'' in le ta je odvisna od površine, ki je izpostavljena α-vijačni regiji (MCM recruitment motif, MRM) blizu wH Orc1-1 AAA+ domene. Na to interakcijo je pomembno vplival nukleotidni kofaktor, ki se veže na Orc1-1 AAA+ domeno. Bolj specifično, stabilizirali so ATP v aktivnem mestu, npr. z mutacijo domene AAA+, motiv Walker B, ak ostanek glutamat (E147), ostanka udeleženega pri hidrolizi ATP. Ugotovili so, da bi lahko Orc1-1 E147 pomagal pri vezavi MCM in vitro in pomagal pri ''oriC1'' replikaciji in vivo. Po drugi strani, ko je bilo aktivno mesto zasedeno z ADP, je zmožnost interakcije MRM z MCM opuščena. Ta opažanja kažejo na to, da je aktivacija ori mesta odvisna od vezanega ATP na Orc1-1. (Slika 1b). prikazuje razprtje DNA in napredovanje MCM. MCM napreduje po DNA verigi z N-koncem naprej, tj. 5' 3'. Torej morata MCM-ja iti eden mimo drugega. Ko sta vezana na obe verigi DNA to ni mogoče, zato se mora DNA čisto razpreti, da lahko MCM helikazi vežeta na eno verigo in nadaljujeta vsaka v svojo smer.

	Pri evkariontih je ključni korak iniciacije DNA replikacije asociacija kompleksa Cdc45, MCM GINS. Podobno je tudi pri arhejah. Pri ''Sulfolobus acidocaldarius'' so rekonstruirali kompleks iz Gins23, Gins15 in Cdc45, ki so ortologi evkariontskih, in ugotovili da so v razmerju 2:2:2. (Slika 2 - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7712474/figure/F2/). Bistvo je, da so ugotovili, da GINS tvori pomembno povezavo med MCM in Cdc45.		Pri evkariontih je ključni korak iniciacije DNA replikacije asociacija kompleksa Cdc45, MCM GINS. Podobno je tudi pri arhejah. Pri ''Sulfolobus acidocaldarius'' so rekonstruirali kompleks iz Gins23, Gins15 in Cdc45, ki so ortologi evkariontskih, in ugotovili da so v razmerju 2:2:2. (Slika 2 - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7712474/figure/F2/). Bistvo je, da so ugotovili, da GINS tvori pomembno povezavo med MCM in Cdc45.

Primož Šenica Pavletič at 11:56, 13 May 2023

2023-05-13T11:56:39Z

← Older revision		Revision as of 11:56, 13 May 2023
Line 32:		Line 32:
	'''Zgradba primaze'''		'''Zgradba primaze'''

	Arhejska primaza ima dve podenoti, katalitična podenote PriS in regulatorne podenote PriL, ki sta skupna vsem vrstam arhej. PriS in PriL v arhejah sta ortologna primaznemu kompleksu DNA-polimeraze α primaze v evkariotskih celicah, zato se PriSL imenuje tudi arhejska evkariontska primaza (AEP). Proteini sorodni AEP so bili najdeni v izvenkromosomskih proteinih tako evkariontih kot tudi v bakterijskih celicah. PriSL je bil biokemično opisani pri številnih vrstah arhej in je pokazal sposobnost začetne sinteze tako RNA kot tudi DNA. Študije na primzah arhejah ''Archaeoglobus'' in ''Pyrococcus'' so pokazale, da ima primaza vlogo tudi pri popravilu DNA. Pri proučevanju arheje ''Sulfolobus'' so ugotovili, da poleg PriS in PriL ima primaza še tretjo podenoto PriX (Slika 3 - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7712474/figure/F3/). PriX naj bi signifikantno povečala procesivnosti encima in stabilizirala celoten kompleks. Kompleks bi tako tvoril heterotrimer. Študije so pokazale, da sta podenoti PriX in PriL v arhejah skupaj strukturno enaki podenoti PriL (p58) v evkariontih. Na evkariontskem PriL je bilo dokazano, da interagira z 5' koncem RNA primerjem v na modelni verigi. Pri arhejah pa s 5' koncem interagira PriX in tako služi kot vezavno mesto za začetni nukleotid pri sintezi primerja.		Arhejska primaza ima dve podenoti, katalitična podenote PriS in regulatorne podenote PriL, ki sta skupna vsem vrstam arhej. PriS in PriL v arhejah sta ortologna primaznemu kompleksu DNA-polimeraze α primaze v evkariotskih celicah, zato se PriSL imenuje tudi arhejska evkariontska primaza (AEP). Proteini sorodni AEP so bili najdeni v izvenkromosomskih proteinih tako evkariontih kot tudi v bakterijskih celicah. PriSL je bil biokemično opisani pri številnih vrstah arhej in je pokazal sposobnost začetne sinteze tako RNA kot tudi DNA. Študije na primzah arhejah ''Archaeoglobus'' in ''Pyrococcus'' so pokazale, da ima primaza vlogo tudi pri popravilu DNA. Pri proučevanju arheje ''Sulfolobus'' so ugotovili, da poleg PriS in PriL ima primaza še tretjo podenoto PriX (Slika 3 - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7712474/figure/F3/). PriX naj bi signifikantno povečala procesivnosti encima in stabilizirala celoten kompleks. Kompleks bi tako tvoril heterotrimer. Študije so pokazale, da sta podenoti PriX in PriL v arhejah skupaj strukturno enaki podenoti PriL (p58) v evkariontih. Na evkariontskem PriL je bilo dokazano, da interagira s 5' koncem RNA primerjem v na modelni verigi. Pri arhejah pa s 5' koncem interagira PriX in tako služi kot vezavno mesto za začetni nukleotid pri sintezi primerja.

Primož Šenica Pavletič at 11:42, 13 May 2023

2023-05-13T11:42:23Z

← Older revision		Revision as of 11:42, 13 May 2023
Line 32:		Line 32:
	'''Zgradba primaze'''		'''Zgradba primaze'''

	Arhejska primaza ima dve podenoti, katalitična podenote PriS in regulatorne podenote PriL, ki sta skupna vsem vrstam arhej. PriS in PriL v arhejah sta ortologna primaznemu kompleksu DNA-polimeraze α primaze v evkariotskih celicah, zato se PriSL imenuje tudi arhejska evkariontska primaza (AEP). Proteini sorodni AEP so bili najdeni v izvenkromosomskih proteinih tako evkariontih kot tudi v bakterijskih celicah. PriSL je bil biokemično opisani pri številnih vrstah arhej in je pokazal sposobnost začetne sinteze tako RNA kot tudi DNA. Študije na primzah arhejah ''Archaeoglobus'' in ''Pyrococcus'' so pokazale, da ima primaza vlogo tudi pri popravilu DNA. Pri proučevanju arheje ''Sulfolobus'' so ugotovili, da poleg PriS in PriL ima primaza še tretjo podenoto PriX (Slika 3 - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7712474/figure/F3/). PriX naj bi signifikantno povečala procesivnosti encima in stabilizirala celoten kompleks. Kompleks bi tako tvoril heterotrimer. Študije so pokazale, da sta podenoti PriX in PriL v arhejah skupaj strukturno enaki podenoti PriL v evkariontih. Na ~~človeškem~~ PriL je bilo dokazano, da interagira z 5' koncem RNA primerjem v na modelni verigi. Pri arhejah pa s 5' koncem interagira PriX in tako služi kot vezavno mesto za začetni nukleotid pri sintezi primerja.		Arhejska primaza ima dve podenoti, katalitična podenote PriS in regulatorne podenote PriL, ki sta skupna vsem vrstam arhej. PriS in PriL v arhejah sta ortologna primaznemu kompleksu DNA-polimeraze α primaze v evkariotskih celicah, zato se PriSL imenuje tudi arhejska evkariontska primaza (AEP). Proteini sorodni AEP so bili najdeni v izvenkromosomskih proteinih tako evkariontih kot tudi v bakterijskih celicah. PriSL je bil biokemično opisani pri številnih vrstah arhej in je pokazal sposobnost začetne sinteze tako RNA kot tudi DNA. Študije na primzah arhejah ''Archaeoglobus'' in ''Pyrococcus'' so pokazale, da ima primaza vlogo tudi pri popravilu DNA. Pri proučevanju arheje ''Sulfolobus'' so ugotovili, da poleg PriS in PriL ima primaza še tretjo podenoto PriX (Slika 3 - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7712474/figure/F3/). PriX naj bi signifikantno povečala procesivnosti encima in stabilizirala celoten kompleks. Kompleks bi tako tvoril heterotrimer. Študije so pokazale, da sta podenoti PriX in PriL v arhejah skupaj strukturno enaki podenoti PriL (p58) v evkariontih. Na evkariontskem PriL je bilo dokazano, da interagira z 5' koncem RNA primerjem v na modelni verigi. Pri arhejah pa s 5' koncem interagira PriX in tako služi kot vezavno mesto za začetni nukleotid pri sintezi primerja.

Luka Fink: /* Funkcija mesta ori */

2023-05-13T11:07:16Z

Funkcija mesta ori

← Older revision		Revision as of 11:07, 13 May 2023
Line 20:		Line 20:
	Za vse do sedaj opisane bakterije velja, da imajo en ori na kromosom. Veliko arhejskih genomov je sestavljenih podobno kot pri bakterijah, tj. iz glavnega kromosoma, lahko pa tudi vsebuje nekaj megaplazmidov. Prva opisana iniciacija replikacije pri arhejah je bila pri ''Pyrococcus abyssi''. Odkrili so, da ima en ori. Kljub temu prvemu odkritju, je v bistvu ta arheja je neke vrste anomalija, saj v resnici imajo arheje več ori mest na kromosom. Npr. ''Haloferax'' ima tri in ''Pyrobaculum calidifontis'' ima štiri ori mesta na kromosom. Pomemben testni sev je ''Sulfolobus'', ki ima tri ori mesta. Dokazano je bilo, da divje celice tega seva uporabljajo vse tri ori-je in da noben ori ni individualno potreben za normalno podvojevanje.		Za vse do sedaj opisane bakterije velja, da imajo en ori na kromosom. Veliko arhejskih genomov je sestavljenih podobno kot pri bakterijah, tj. iz glavnega kromosoma, lahko pa tudi vsebuje nekaj megaplazmidov. Prva opisana iniciacija replikacije pri arhejah je bila pri ''Pyrococcus abyssi''. Odkrili so, da ima en ori. Kljub temu prvemu odkritju, je v bistvu ta arheja je neke vrste anomalija, saj v resnici imajo arheje več ori mest na kromosom. Npr. ''Haloferax'' ima tri in ''Pyrobaculum calidifontis'' ima štiri ori mesta na kromosom. Pomemben testni sev je ''Sulfolobus'', ki ima tri ori mesta. Dokazano je bilo, da divje celice tega seva uporabljajo vse tri ori-je in da noben ori ni individualno potreben za normalno podvojevanje.

	Veliko arhej si deli podoben tip ori. Pri sevu ''Sulfolobus'' imamo Orc1-1, ki se veže na ''oriC1''. Bolj natančno se veže na elemente znotraj ori-ja, ki se imenujejo origin recognition box (ORB) elements. (Slika 1 - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7712474/figure/F1/). Elementi ORB imajo diadno simetrijo z asimetričnim zaporedjem, bogatim z G na eni strani diadnega elementa. Na vsak element ORB se veže en monomer Orc1-1 z določeno polarnostjo. Proteini Orc1/Cdc6 imajo N-končno AAA+ zvitje in C-končno domeno imenovano winged helix (wH). AAA+ je velika družina NTPaz, torej vsebujejo NTP vezavno domeno in katalitičen modul. Domeno wH najdemo pri transkripcijskih sistemih in predstavlja podrazred motiva helix-turn-helix. Domena wH prepoznava diadni element ORB-ja in domeno AAA+, ki je bogata z α-vijačnicami, imenovano iniciator specifičen motiv (ISM). ISM prepozna asimetričen z G bogat motiv. Število elementov ORB se med vrstami razlikuje. Skupna značilnost je, da se dva elementa ORB pojavljata v obrnjeni konformaciji glede eden na drugega in sta ločena minimalno 75 bp. To so običajno z AT bogate regije, torej so kandidat za DNA unwinding element (DUE). In vitro rekonstrukcijski eksperimenti so pokazali, da Orc1-1 rekrutira helikazo na oriC1 in le ta je odvisna od površine, ki je izpostavljena α-vijačni regiji (MCM recruitment motif, MRM) blizu wH Orc1-1 AAA+ domene. Na to interakcijo je pomembno vplival nukleotidni kofaktor, ki se veže na Orc1-1 AAA+ domeno. Bolj specifično, stabilizirali so ATP v aktivnem mestu, npr. z mutacijo domene AAA+, motiv Walker B, ak ostanek glutamat (E147), ostanka udeleženega pri hidrolizi ATP. Ugotovili so, da bi lahko Orc1-1 E147 pomagal pri vezavi MCM in vitro in pomagal pri ''oriC1'' replikaciji in vivo. Po drugi strani, ko je bilo aktivno mesto zasedeno z ADP, je zmožnost interakcije MRM z MCM opuščena. Ta opažanja kažejo na to, da je aktivacija ori mesta odvisna od vezanega ATP na Orc1-1.		Veliko arhej si deli podoben tip ori. Pri sevu ''Sulfolobus'' imamo Orc1-1, ki se veže na ''oriC1''. Bolj natančno se veže na elemente znotraj ori-ja, ki se imenujejo origin recognition box (ORB) elements. (Slika 1 - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7712474/figure/F1/). Elementi ORB imajo diadno simetrijo z asimetričnim zaporedjem, bogatim z G na eni strani diadnega elementa. Na vsak element ORB se veže en monomer Orc1-1 z določeno polarnostjo. Proteini Orc1/Cdc6 imajo N-končno AAA+ zvitje in C-končno domeno imenovano winged helix (wH). AAA+ je velika družina NTPaz, torej vsebujejo NTP vezavno domeno in katalitičen modul. Domeno wH najdemo pri transkripcijskih sistemih in predstavlja podrazred motiva helix-turn-helix. Domena wH prepoznava diadni element ORB-ja in domeno AAA+, ki je bogata z α-vijačnicami, imenovano iniciator specifičen motiv (ISM). ISM prepozna asimetričen z G bogat motiv. Število elementov ORB se med vrstami razlikuje. Skupna značilnost je, da se dva elementa ORB pojavljata v obrnjeni konformaciji glede eden na drugega in sta ločena minimalno 75 bp. To so običajno z AT bogate regije, torej so kandidat za DNA unwinding element (DUE). In vitro rekonstrukcijski eksperimenti so pokazali, da Orc1-1 rekrutira helikazo na ''oriC1'' in le ta je odvisna od površine, ki je izpostavljena α-vijačni regiji (MCM recruitment motif, MRM) blizu wH Orc1-1 AAA+ domene. Na to interakcijo je pomembno vplival nukleotidni kofaktor, ki se veže na Orc1-1 AAA+ domeno. Bolj specifično, stabilizirali so ATP v aktivnem mestu, npr. z mutacijo domene AAA+, motiv Walker B, ak ostanek glutamat (E147), ostanka udeleženega pri hidrolizi ATP. Ugotovili so, da bi lahko Orc1-1 E147 pomagal pri vezavi MCM in vitro in pomagal pri ''oriC1'' replikaciji in vivo. Po drugi strani, ko je bilo aktivno mesto zasedeno z ADP, je zmožnost interakcije MRM z MCM opuščena. Ta opažanja kažejo na to, da je aktivacija ori mesta odvisna od vezanega ATP na Orc1-1.

	Pri evkariontih je ključni korak iniciacije DNA replikacije asociacija kompleksa ~~Cds45~~, MCM GINS. Podobno je tudi pri arhejah. Pri ''Sulfolobus acidocaldarius'' so rekonstruirali kompleks iz Gins23, Gins15 in Cdc45, ki so ortologi evkariontskih, in ugotovili da so v razmerju 2:2:2. (Slika 2 - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7712474/figure/F2/). Bistvo je, da so ugotovili, da GINS tvori pomembno povezavo med MCM in Cdc45.		Pri evkariontih je ključni korak iniciacije DNA replikacije asociacija kompleksa Cdc45, MCM GINS. Podobno je tudi pri arhejah. Pri ''Sulfolobus acidocaldarius'' so rekonstruirali kompleks iz Gins23, Gins15 in Cdc45, ki so ortologi evkariontskih, in ugotovili da so v razmerju 2:2:2. (Slika 2 - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7712474/figure/F2/). Bistvo je, da so ugotovili, da GINS tvori pomembno povezavo med MCM in Cdc45.

	== Arhejska primaza ==		== Arhejska primaza ==