Sestava in značilnosti preurejevalnih strojčkov - Revision history

Petra Tavčar: /* MEHANIZMI DELOVANJA KROMATIN PREUREJEVALNIH KOMPLEKSOV */

2014-05-08T18:16:22Z

MEHANIZMI DELOVANJA KROMATIN PREUREJEVALNIH KOMPLEKSOV

← Older revision		Revision as of 18:16, 8 May 2014
Line 25:		Line 25:
	-Katalizirajo nastanek dinukleosomov iz mononukleosomov (značilno za poddružino SNF2).		-Katalizirajo nastanek dinukleosomov iz mononukleosomov (značilno za poddružino SNF2).

	-~~Omogočajo~~ vijačno zvitje DNA.		-Uravnavajo vijačno zvitje DNA okrog hisnskega oktamera.

	-Omogočajo kontrolirano razgradnjo nukleosomov.		-Omogočajo kontrolirano razgradnjo nukleosomov.
Line 34:		Line 34:
	=== Poddružina ISWI: ===		=== Poddružina ISWI: ===
	Za to poddružino je najverjetnejši translokacijski mehanizem delovanja, številni preurejevalni strojčki imajo namreč DNA translokazno aktivnost.		Za to poddružino je najverjetnejši translokacijski mehanizem delovanja, številni preurejevalni strojčki imajo namreč DNA translokazno aktivnost.
	Kompleksi ISWI prenašajo nukleosome v več stopnjah po 1 bazni par naprej, za vsak korak pa se porabi 1 ATP. Pri tem prenosu prihaja do torzije DNA. Posledica translokacije in torzije so oslabljene interakcije med histoni in DNA. Translokazna domena preurejevalnih kompleksov interagira z DNA, ki se nahaja na nukleosomski sredici. (3)		Kompleksi ISWI prenašajo nukleosome v več stopnjah po 1 bazni par naprej, za vsak korak pa se porabi 1 ATP. Pri tem prenosu prihaja do torzije DNA. Posledica translokacije in torzije so oslabljene interakcije med histoni in DNA. Translokazna domena preurejevalnih kompleksov interagira z DNA, ki se nahaja na nukleosomski sredici, pomembne so tudi interakcije C-terminalnih domen kompleksa z DNA(3).
	Nedavne raziskave članov te poddružine so pokazale, da vzporedno potekata dve reakciji. Translokazna aktivnost pripomore k potiskanju DNA iz histonskega oktamera, hkrati pa se na drugi strani nukleosoma vanj vključuje DNA po 3 bazne pare hkrati. Preden začne DNA vstopati v nukleosom, pride do sedmih zaporednih reakcij, v katerih se 7 baznih parov DNA izloči iz nukleosoma. Ta korak nato preko neznanih mehanizmov spodbudi vleko DNA v nukleosom z druge strani. Ker se je izločilo več DNA, kot jo je vstopilo na drugi strani, pride do spremembe konformacija histonskega oktamera ali zvitja DNA na oktameru ali pa pride do kombinacije teh dveh pojavov ~~(v nasprotnem primeru je znotraj nukleosoma pomankanje DNA, zato se nemore tvoriti zanka)~~. Ko z zadnje strani vstopa DNA, se nukleosom posledično premakne z 3 bazne pare po verigi. (3) Takšnemu mehanizmu rečemo tudi cis mehanizem, saj gre za premik nukleosoma po verigi DNA, ne da bi se pri tem kateri izmed histonov odcepil. (Shematični prikaz si lahko ogledate na povezavi: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3781322/figure/fig2/)		Nedavne raziskave članov te poddružine so pokazale, da vzporedno potekata dve reakciji. Translokazna aktivnost pripomore k potiskanju DNA iz histonskega oktamera, hkrati pa se na drugi strani nukleosoma vanj vključuje DNA po 3 bazne pare hkrati. Preden začne DNA vstopati v nukleosom, pride do sedmih zaporednih reakcij, v katerih se 7 baznih parov DNA izloči iz nukleosoma. Ta korak nato preko neznanih mehanizmov spodbudi vleko DNA v nukleosom z druge strani. Ker se je izločilo več DNA, kot jo je vstopilo na drugi strani, pride do spremembe konformacija histonskega oktamera ali zvitja DNA na oktameru ali pa pride do kombinacije teh dveh pojavov. Ko z zadnje strani vstopa DNA, se nukleosom posledično premakne z 3 bazne pare po verigi. (3) Takšnemu mehanizmu rečemo tudi cis mehanizem, saj gre za premik nukleosoma po verigi DNA, ne da bi se pri tem kateri izmed histonov odcepil. (Shematični prikaz si lahko ogledate na povezavi: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3781322/figure/fig2/)

	=== ~~Poddružini~~ SWI/SNF ~~in RSC~~: ===		=== Poddružina SWI/SNF: ===
	Za ti poddružini je značilen tako cis kot tudi trans mehanizem prenosa nukleosomov (za slikovni prikaz klikni na naslednjo povezavo: http://mcb.asm.org/content/20/6/1899/F1.expansion.html). Pri slednjem pride do prenosa histonov na drugo DNA. V tem procesu sodelujejo akceptorji histonov, prednostno pa poteče ob vezavi transkripcijskih faktorjev na nukleosomsko DNA, ker se s tem interakcije med histoni in DNA še dodatno destabilizirajo.		Za ti poddružini je značilen tako cis kot tudi trans mehanizem prenosa nukleosomov (za slikovni prikaz klikni na naslednjo povezavo: http://mcb.asm.org/content/20/6/1899/F1.expansion.html). Pri slednjem pride do prenosa histonov na drugo DNA. V tem procesu sodelujejo akceptorji histonov, prednostno pa poteče ob vezavi transkripcijskih faktorjev na nukleosomsko DNA, ker se s tem interakcije med histoni in DNA še dodatno destabilizirajo.

Petra Tavčar: /* MEHANIZMI DELOVANJA KROMATIN PREUREJEVALNIH KOMPLEKSOV */

2014-05-03T15:23:17Z

MEHANIZMI DELOVANJA KROMATIN PREUREJEVALNIH KOMPLEKSOV

← Older revision		Revision as of 15:23, 3 May 2014
Line 25:		Line 25:
	-Katalizirajo nastanek dinukleosomov iz mononukleosomov (značilno za poddružino SNF2).		-Katalizirajo nastanek dinukleosomov iz mononukleosomov (značilno za poddružino SNF2).

	-~~Povzročajo torzijo dodatno zvite vijačnice~~.		-Omogočajo vijačno zvitje DNA.

	-Omogočajo kontrolirano razgradnjo nukleosomov.		-Omogočajo kontrolirano razgradnjo nukleosomov.

Petra Tavčar: /* Poddružini SWI/SNF in RSC: */

2014-04-20T17:44:21Z

Poddružini SWI/SNF in RSC:

← Older revision		Revision as of 17:44, 20 April 2014
Line 38:		Line 38:

	=== Poddružini SWI/SNF in RSC: ===		=== Poddružini SWI/SNF in RSC: ===
	Za ti poddružini je značilen tako cis kot tudi trans mehanizem prenosa nukleosomov (za slikovni prikaz klikni na naslednjo ~~povazavo~~: http://mcb.asm.org/content/20/6/1899/F1.expansion.html). Pri slednjem pride do prenosa histonov na drugo DNA. V tem procesu sodelujejo akceptorji histonov, prednostno pa poteče ob vezavi transkripcijskih faktorjev na nukleosomsko DNA, ~~saj~~ se s tem interakcije med histoni in DNA še dodatno destabilizirajo.		Za ti poddružini je značilen tako cis kot tudi trans mehanizem prenosa nukleosomov (za slikovni prikaz klikni na naslednjo povezavo: http://mcb.asm.org/content/20/6/1899/F1.expansion.html). Pri slednjem pride do prenosa histonov na drugo DNA. V tem procesu sodelujejo akceptorji histonov, prednostno pa poteče ob vezavi transkripcijskih faktorjev na nukleosomsko DNA, ker se s tem interakcije med histoni in DNA še dodatno destabilizirajo.

	V celici večinoma poteka prenos nukleosomov po cis mehanizmu. Kadar pa zaradi raznih dejavnikov tak način prenosa ni mogoč, lahko preurejevalni kompleksi iz SWI/SNF in RSC poddružin še vedno preoblikujejo kromatin po trans mehanizmu. To jim najverjetneje omogočajo močne interakcije z DNA (v primerjavi z ISWI), ki destabilizirajo vezi med histoni in DNA in olajšajo prenos histonov na drugo DNA ali na histonske šaperone.		V celici večinoma poteka prenos nukleosomov po cis mehanizmu. Kadar pa zaradi raznih dejavnikov tak način prenosa ni mogoč, lahko preurejevalni kompleksi iz SWI/SNF in RSC poddružin še vedno preoblikujejo kromatin po trans mehanizmu. To jim najverjetneje omogočajo močne interakcije z DNA (v primerjavi z ISWI), ki destabilizirajo vezi med histoni in DNA in olajšajo prenos histonov na drugo DNA ali na histonske šaperone.
	Tako cis kot trans mehanizem povzročita spremembo v strukturi ali položaju nukleosoma, zaradi česar postane del DNA lažje dostopen transkripcijskim faktorjem in restrikcijskim encimom.		Tako cis kot trans mehanizem povzročita spremembo v strukturi ali položaju nukleosoma, zaradi česar postane del DNA lažje dostopen transkripcijskim faktorjem in restrikcijskim encimom.

Petra Tavčar: /* Poddružini SWI/SNF in RSC: */

2014-04-20T17:41:54Z

Poddružini SWI/SNF in RSC:

← Older revision		Revision as of 17:41, 20 April 2014
Line 38:		Line 38:

	=== Poddružini SWI/SNF in RSC: ===		=== Poddružini SWI/SNF in RSC: ===
	Za ti poddružini je značilen tako cis kot tudi trans mehanizem prenosa nukleosomov. Pri slednjem pride do prenosa histonov na drugo DNA. V tem procesu sodelujejo akceptorji histonov, prednostno pa poteče ob vezavi transkripcijskih faktorjev na nukleosomsko DNA, saj se s tem interakcije med histoni in DNA še dodatno destabilizirajo.		Za ti poddružini je značilen tako cis kot tudi trans mehanizem prenosa nukleosomov (za slikovni prikaz klikni na naslednjo povazavo: http://mcb.asm.org/content/20/6/1899/F1.expansion.html). Pri slednjem pride do prenosa histonov na drugo DNA. V tem procesu sodelujejo akceptorji histonov, prednostno pa poteče ob vezavi transkripcijskih faktorjev na nukleosomsko DNA, saj se s tem interakcije med histoni in DNA še dodatno destabilizirajo.
	V celici večinoma poteka prenos nukleosomov po cis mehanizmu. Kadar pa zaradi raznih dejavnikov tak način prenosa ni mogoč, lahko preurejevalni kompleksi iz SWI/SNF in RSC poddružin še vedno preoblikujejo kromatin po trans mehanizmu. To jim najverjetneje omogočajo močne interakcije z DNA (v primerjavi z ISWI), ki destabilizirajo vezi med histoni in DNA in olajšajo prenos histonov na drugo DNA ali na histonske šaperone.		V celici večinoma poteka prenos nukleosomov po cis mehanizmu. Kadar pa zaradi raznih dejavnikov tak način prenosa ni mogoč, lahko preurejevalni kompleksi iz SWI/SNF in RSC poddružin še vedno preoblikujejo kromatin po trans mehanizmu. To jim najverjetneje omogočajo močne interakcije z DNA (v primerjavi z ISWI), ki destabilizirajo vezi med histoni in DNA in olajšajo prenos histonov na drugo DNA ali na histonske šaperone.
	Tako cis kot trans mehanizem povzročita spremembo v strukturi ali položaju nukleosoma, zaradi česar postane del DNA lažje dostopen transkripcijskim faktorjem in restrikcijskim encimom.		Tako cis kot trans mehanizem povzročita spremembo v strukturi ali položaju nukleosoma, zaradi česar postane del DNA lažje dostopen transkripcijskim faktorjem in restrikcijskim encimom.

Petra Tavčar: /* Poddružini SWI/SNF in RSC: */

2014-04-20T17:36:32Z

Poddružini SWI/SNF in RSC:

← Older revision		Revision as of 17:36, 20 April 2014
Line 40:		Line 40:
	Za ti poddružini je značilen tako cis kot tudi trans mehanizem prenosa nukleosomov. Pri slednjem pride do prenosa histonov na drugo DNA. V tem procesu sodelujejo akceptorji histonov, prednostno pa poteče ob vezavi transkripcijskih faktorjev na nukleosomsko DNA, saj se s tem interakcije med histoni in DNA še dodatno destabilizirajo.		Za ti poddružini je značilen tako cis kot tudi trans mehanizem prenosa nukleosomov. Pri slednjem pride do prenosa histonov na drugo DNA. V tem procesu sodelujejo akceptorji histonov, prednostno pa poteče ob vezavi transkripcijskih faktorjev na nukleosomsko DNA, saj se s tem interakcije med histoni in DNA še dodatno destabilizirajo.
	V celici večinoma poteka prenos nukleosomov po cis mehanizmu. Kadar pa zaradi raznih dejavnikov tak način prenosa ni mogoč, lahko preurejevalni kompleksi iz SWI/SNF in RSC poddružin še vedno preoblikujejo kromatin po trans mehanizmu. To jim najverjetneje omogočajo močne interakcije z DNA (v primerjavi z ISWI), ki destabilizirajo vezi med histoni in DNA in olajšajo prenos histonov na drugo DNA ali na histonske šaperone.		V celici večinoma poteka prenos nukleosomov po cis mehanizmu. Kadar pa zaradi raznih dejavnikov tak način prenosa ni mogoč, lahko preurejevalni kompleksi iz SWI/SNF in RSC poddružin še vedno preoblikujejo kromatin po trans mehanizmu. To jim najverjetneje omogočajo močne interakcije z DNA (v primerjavi z ISWI), ki destabilizirajo vezi med histoni in DNA in olajšajo prenos histonov na drugo DNA ali na histonske šaperone.
	Tako cis kot trans mehanizem povzročita spremembo v strukturi nukleosoma, zaradi česar postane DNA lažje ~~dostopna~~ transkripcijskim faktorjem in restrikcijskim encimom.		Tako cis kot trans mehanizem povzročita spremembo v strukturi ali položaju nukleosoma, zaradi česar postane del DNA lažje dostopen transkripcijskim faktorjem in restrikcijskim encimom.

	== REGULACIJA KROMATIN PREUREJEVALNIH KOMPLEKSOV ==		== REGULACIJA KROMATIN PREUREJEVALNIH KOMPLEKSOV ==

Petra Tavčar: /* Poddružina ISWI: */

2014-04-20T17:21:42Z

Poddružina ISWI:

← Older revision		Revision as of 17:21, 20 April 2014
Line 35:		Line 35:
	Za to poddružino je najverjetnejši translokacijski mehanizem delovanja, številni preurejevalni strojčki imajo namreč DNA translokazno aktivnost.		Za to poddružino je najverjetnejši translokacijski mehanizem delovanja, številni preurejevalni strojčki imajo namreč DNA translokazno aktivnost.
	Kompleksi ISWI prenašajo nukleosome v več stopnjah po 1 bazni par naprej, za vsak korak pa se porabi 1 ATP. Pri tem prenosu prihaja do torzije DNA. Posledica translokacije in torzije so oslabljene interakcije med histoni in DNA. Translokazna domena preurejevalnih kompleksov interagira z DNA, ki se nahaja na nukleosomski sredici. (3)		Kompleksi ISWI prenašajo nukleosome v več stopnjah po 1 bazni par naprej, za vsak korak pa se porabi 1 ATP. Pri tem prenosu prihaja do torzije DNA. Posledica translokacije in torzije so oslabljene interakcije med histoni in DNA. Translokazna domena preurejevalnih kompleksov interagira z DNA, ki se nahaja na nukleosomski sredici. (3)
	Nedavne raziskave ~~določenih pripadnikov~~ te poddružine so pokazale, da vzporedno potekata dve reakciji. Translokazna aktivnost pripomore k potiskanju DNA iz histonskega oktamera, hkrati pa se na drugi strani nukleosoma vanj vključuje DNA po 3 bazne pare hkrati. Preden začne DNA vstopati v nukleosom, pride do sedmih zaporednih reakcij in se 7 baznih parov DNA izloči iz nukleosoma. Ta korak nato preko neznanih mehanizmov spodbudi vleko DNA v nukleosom z druge strani. Ker se je izločilo več DNA, kot jo je vstopilo na drugi strani, ~~se mora spremeniti~~ konformacija histonskega oktamera~~, lahko se spremeni zvitje~~ DNA na oktameru ali pa pride do kombinacije teh dveh pojavov. Ko z zadnje strani vstopa DNA, se nukleosom posledično premakne z ~~3bp~~ po verigi. (3) Takšnemu mehanizmu rečemo tudi cis mehanizem, saj gre za premik nukleosoma po verigi DNA, ne da bi se pri tem kateri izmed histonov odcepil.		Nedavne raziskave članov te poddružine so pokazale, da vzporedno potekata dve reakciji. Translokazna aktivnost pripomore k potiskanju DNA iz histonskega oktamera, hkrati pa se na drugi strani nukleosoma vanj vključuje DNA po 3 bazne pare hkrati. Preden začne DNA vstopati v nukleosom, pride do sedmih zaporednih reakcij, v katerih se 7 baznih parov DNA izloči iz nukleosoma. Ta korak nato preko neznanih mehanizmov spodbudi vleko DNA v nukleosom z druge strani. Ker se je izločilo več DNA, kot jo je vstopilo na drugi strani, pride do spremembe konformacija histonskega oktamera ali zvitja DNA na oktameru ali pa pride do kombinacije teh dveh pojavov (v nasprotnem primeru je znotraj nukleosoma pomankanje DNA, zato se nemore tvoriti zanka). Ko z zadnje strani vstopa DNA, se nukleosom posledično premakne z 3 bazne pare po verigi. (3) Takšnemu mehanizmu rečemo tudi cis mehanizem, saj gre za premik nukleosoma po verigi DNA, ne da bi se pri tem kateri izmed histonov odcepil. (Shematični prikaz si lahko ogledate na povezavi: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3781322/figure/fig2/)

	=== Poddružini SWI/SNF in RSC: ===		=== Poddružini SWI/SNF in RSC: ===

Petra Tavčar: /* MEHANIZMI DELOVANJA KROMATIN PREUREJEVALNIH KOMPLEKSOV */

2014-04-20T17:13:48Z

MEHANIZMI DELOVANJA KROMATIN PREUREJEVALNIH KOMPLEKSOV

← Older revision		Revision as of 17:13, 20 April 2014
Line 21:		Line 21:
	-Katalizirajo prenos histonov iz nukleosoma na prosto DNA verigo (značilno za poddružino SNF2).		-Katalizirajo prenos histonov iz nukleosoma na prosto DNA verigo (značilno za poddružino SNF2).

	-~~Olajšajo~~ dostop ~~nukleazam~~ do DNA.		-Nukleazam olajšajo dostop do DNA.

	-Katalizirajo nastanek dinukleosomov iz mononukleosomov (značilno za poddružino SNF2).		-Katalizirajo nastanek dinukleosomov iz mononukleosomov (značilno za poddružino SNF2).
Line 30:		Line 30:

	Značilno je, da DNA, ki je bila najprej tesno ovita okrog histonskega oktamera, tvori zanko ali izboklino, ki štrli ven iz nukleosoma. Zanka lahko nastane zaradi encimsko kataliziranega zasuka DNA, zaradi česar se del DNA odvije od oktamera. Nastanek zanke je lahko tudi posledica translokazne aktivnosti preurejevalnih strojčkov (1).		Značilno je, da DNA, ki je bila najprej tesno ovita okrog histonskega oktamera, tvori zanko ali izboklino, ki štrli ven iz nukleosoma. Zanka lahko nastane zaradi encimsko kataliziranega zasuka DNA, zaradi česar se del DNA odvije od oktamera. Nastanek zanke je lahko tudi posledica translokazne aktivnosti preurejevalnih strojčkov (1).
	Raziskave in vitro kažejo na to, da poddružini SWI2/SNF2 in ISWI različno interagirata z nukleosomi ali DNA in zato ~~vplivata na preoblikovanje kromatina~~ po različnih mehanizmih.		Raziskave in vitro kažejo na to, da poddružini SWI2/SNF2 in ISWI različno interagirata z nukleosomi ali DNA in zato preoblikujeta kromatin po različnih mehanizmih.

	=== Poddružina ISWI: ===		=== Poddružina ISWI: ===

Nika Strašek: /* VIRI */

2014-04-20T11:12:53Z

VIRI

← Older revision		Revision as of 11:12, 20 April 2014
Line 53:		Line 53:

	1 Lusser A., Kadonaga J.T. Chromatin remodeling by ATP-dependent molecular machines, BioEssays, 2003, letn. 25, str. 1192-1200.		1 Lusser A., Kadonaga J.T. Chromatin remodeling by ATP-dependent molecular machines, BioEssays, 2003, letn. 25, str. 1192-1200.

	2 Vignali M., Hassan A.H., Neely K.E., Workman J.L. ATP-Dependent Chromatin-Remodeling Complexes, Molecular and cellular biology, 2000, letn. 20, str. 1899-1910.		2 Vignali M., Hassan A.H., Neely K.E., Workman J.L. ATP-Dependent Chromatin-Remodeling Complexes, Molecular and cellular biology, 2000, letn. 20, str. 1899-1910.

	3 Narlikar G.J., Sundaramoorthy R., Owen-Hughes T. Mechanisms and Functions of ATP-Dependent Chromatin-Remodeling Enzymes, 2013, Cell, letn.154, str. 490-503.		3 Narlikar G.J., Sundaramoorthy R., Owen-Hughes T. Mechanisms and Functions of ATP-Dependent Chromatin-Remodeling Enzymes, 2013, Cell, letn.154, str. 490-503.

	4 H. Szerlong, K. Hinata, R. Viswanathan, H. Erdjument-Bromage, P. Tempst in B. R. Cairns. The HSA domain binds nuclear actin-related proteins to regulate chromatin-remodeling ATPases. 2008. Nat. Struct. Mol. Biol. 15(5): 469–476.		4 H. Szerlong, K. Hinata, R. Viswanathan, H. Erdjument-Bromage, P. Tempst in B. R. Cairns. The HSA domain binds nuclear actin-related proteins to regulate chromatin-remodeling ATPases. 2008. Nat. Struct. Mol. Biol. 15(5): 469–476.

	5 C. R. Clapier in B. R. Cairns. The Biology of Chromatin Remodeling Complexes. 2009. Annu. Rev. Biochem. 78:273-304		5 C. R. Clapier in B. R. Cairns. The Biology of Chromatin Remodeling Complexes. 2009. Annu. Rev. Biochem. 78:273-304

	[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]		[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Nika Strašek at 10:53, 20 April 2014

2014-04-20T10:53:08Z

← Older revision		Revision as of 10:53, 20 April 2014
Line 32:		Line 32:
	Raziskave in vitro kažejo na to, da poddružini SWI2/SNF2 in ISWI različno interagirata z nukleosomi ali DNA in zato vplivata na preoblikovanje kromatina po različnih mehanizmih.		Raziskave in vitro kažejo na to, da poddružini SWI2/SNF2 in ISWI različno interagirata z nukleosomi ali DNA in zato vplivata na preoblikovanje kromatina po različnih mehanizmih.

	~~3.1.~~ Poddružina ISWI:		=== Poddružina ISWI: ===
	Za to poddružino je najverjetnejši translokacijski mehanizem delovanja, številni preurejevalni strojčki imajo namreč DNA translokazno aktivnost.		Za to poddružino je najverjetnejši translokacijski mehanizem delovanja, številni preurejevalni strojčki imajo namreč DNA translokazno aktivnost.
	Kompleksi ISWI prenašajo nukleosome v več stopnjah po 1 bazni par naprej, za vsak korak pa se porabi 1 ATP. Pri tem prenosu prihaja do torzije DNA. Posledica translokacije in torzije so oslabljene interakcije med histoni in DNA. Translokazna domena preurejevalnih kompleksov interagira z DNA, ki se nahaja na nukleosomski sredici. (3)		Kompleksi ISWI prenašajo nukleosome v več stopnjah po 1 bazni par naprej, za vsak korak pa se porabi 1 ATP. Pri tem prenosu prihaja do torzije DNA. Posledica translokacije in torzije so oslabljene interakcije med histoni in DNA. Translokazna domena preurejevalnih kompleksov interagira z DNA, ki se nahaja na nukleosomski sredici. (3)
	Nedavne raziskave določenih pripadnikov te poddružine so pokazale, da vzporedno potekata dve reakciji. Translokazna aktivnost pripomore k potiskanju DNA iz histonskega oktamera, hkrati pa se na drugi strani nukleosoma vanj vključuje DNA po 3 bazne pare hkrati. Preden začne DNA vstopati v nukleosom, pride do sedmih zaporednih reakcij in se 7 baznih parov DNA izloči iz nukleosoma. Ta korak nato preko neznanih mehanizmov spodbudi vleko DNA v nukleosom z druge strani. Ker se je izločilo več DNA, kot jo je vstopilo na drugi strani, se mora spremeniti konformacija histonskega oktamera, lahko se spremeni zvitje DNA na oktameru ali pa pride do kombinacije teh dveh pojavov. Ko z zadnje strani vstopa DNA, se nukleosom posledično premakne z 3bp po verigi. (3) Takšnemu mehanizmu rečemo tudi cis mehanizem, saj gre za premik nukleosoma po verigi DNA, ne da bi se pri tem kateri izmed histonov odcepil.		Nedavne raziskave določenih pripadnikov te poddružine so pokazale, da vzporedno potekata dve reakciji. Translokazna aktivnost pripomore k potiskanju DNA iz histonskega oktamera, hkrati pa se na drugi strani nukleosoma vanj vključuje DNA po 3 bazne pare hkrati. Preden začne DNA vstopati v nukleosom, pride do sedmih zaporednih reakcij in se 7 baznih parov DNA izloči iz nukleosoma. Ta korak nato preko neznanih mehanizmov spodbudi vleko DNA v nukleosom z druge strani. Ker se je izločilo več DNA, kot jo je vstopilo na drugi strani, se mora spremeniti konformacija histonskega oktamera, lahko se spremeni zvitje DNA na oktameru ali pa pride do kombinacije teh dveh pojavov. Ko z zadnje strani vstopa DNA, se nukleosom posledično premakne z 3bp po verigi. (3) Takšnemu mehanizmu rečemo tudi cis mehanizem, saj gre za premik nukleosoma po verigi DNA, ne da bi se pri tem kateri izmed histonov odcepil.

	~~3.2.~~ Poddružini SWI/SNF in RSC:		=== Poddružini SWI/SNF in RSC: ===
	Za ti poddružini je značilen tako cis kot tudi trans mehanizem prenosa nukleosomov. Pri slednjem pride do prenosa histonov na drugo DNA. V tem procesu sodelujejo akceptorji histonov, prednostno pa poteče ob vezavi transkripcijskih faktorjev na nukleosomsko DNA, saj se s tem interakcije med histoni in DNA še dodatno destabilizirajo.		Za ti poddružini je značilen tako cis kot tudi trans mehanizem prenosa nukleosomov. Pri slednjem pride do prenosa histonov na drugo DNA. V tem procesu sodelujejo akceptorji histonov, prednostno pa poteče ob vezavi transkripcijskih faktorjev na nukleosomsko DNA, saj se s tem interakcije med histoni in DNA še dodatno destabilizirajo.
	V celici večinoma poteka prenos nukleosomov po cis mehanizmu. Kadar pa zaradi raznih dejavnikov tak način prenosa ni mogoč, lahko preurejevalni kompleksi iz SWI/SNF in RSC poddružin še vedno preoblikujejo kromatin po trans mehanizmu. To jim najverjetneje omogočajo močne interakcije z DNA (v primerjavi z ISWI), ki destabilizirajo vezi med histoni in DNA in olajšajo prenos histonov na drugo DNA ali na histonske šaperone.		V celici večinoma poteka prenos nukleosomov po cis mehanizmu. Kadar pa zaradi raznih dejavnikov tak način prenosa ni mogoč, lahko preurejevalni kompleksi iz SWI/SNF in RSC poddružin še vedno preoblikujejo kromatin po trans mehanizmu. To jim najverjetneje omogočajo močne interakcije z DNA (v primerjavi z ISWI), ki destabilizirajo vezi med histoni in DNA in olajšajo prenos histonov na drugo DNA ali na histonske šaperone.

Nika Strašek at 10:51, 20 April 2014

2014-04-20T10:51:36Z

← Older revision		Revision as of 10:51, 20 April 2014
Line 1:		Line 1:
	1. UVOD		== UVOD ==

	Evkariontski genom je zapakiran v periodično nukleoproteinsko strukturo imenovano kromatin. Ponavljajoče se enote kromatina-nukleosomi, so sestavljene iz DNA, ki je navita okoli histonov. Za tako pakiranje DNA je potrebna mobilizacija in preoblikovanje nukleosomov, to pa omogočajo strojčki za preoblikovanje.		Evkariontski genom je zapakiran v periodično nukleoproteinsko strukturo imenovano kromatin. Ponavljajoče se enote kromatina-nukleosomi, so sestavljene iz DNA, ki je navita okoli histonov. Za tako pakiranje DNA je potrebna mobilizacija in preoblikovanje nukleosomov, to pa omogočajo strojčki za preoblikovanje.
Line 6:		Line 6:
	Najbolj preučen je kompleks SWI/SNF, ki vsebuje Swi2/Snf2 ATPazno podenoto. Ta kompleks je prisoten v številnih organizmih, tudi pri človeku in pri kvaskovkah.		Najbolj preučen je kompleks SWI/SNF, ki vsebuje Swi2/Snf2 ATPazno podenoto. Ta kompleks je prisoten v številnih organizmih, tudi pri človeku in pri kvaskovkah.

	2. VEZAVA PREUREJEVALNIH STROJČKOV		== VEZAVA PREUREJEVALNIH STROJČKOV ==

	Kako se bo preurejevalni kompleks vezal na substrat (nukleosom ali DNA), je odvisno od posameznega kompleksa. Kompleks NURF, se na substrat ne veže direktno, vendar preko histonskih repkov. Nekateri drugi kompleksi, ki vsebujejo ISWI ATPazno podenoto pa se na substrat vežejo le prehodno.		Kako se bo preurejevalni kompleks vezal na substrat (nukleosom ali DNA), je odvisno od posameznega kompleksa. Kompleks NURF, se na substrat ne veže direktno, vendar preko histonskih repkov. Nekateri drugi kompleksi, ki vsebujejo ISWI ATPazno podenoto pa se na substrat vežejo le prehodno.
Line 12:		Line 12:
	Afiniteta SWI/SNF do nukleosomov je rahlo večja kot do DNA. Razlog za to so interakcije med komplesom in jedernimi histoni.		Afiniteta SWI/SNF do nukleosomov je rahlo večja kot do DNA. Razlog za to so interakcije med komplesom in jedernimi histoni.

	3. MEHANIZMI DELOVANJA KROMATIN PREUREJEVALNIH KOMPLEKSOV		== MEHANIZMI DELOVANJA KROMATIN PREUREJEVALNIH KOMPLEKSOV ==

	Ločimo encime, ki modificirajo histone in tiste, ki spreminjajo strukturo kromatina. K slednjim uvrščamo različne družine encimov, vsem pa je skupna ATPazna domena. Preurejevalni strojčki sodelujejo pri podvojevanju DNA, transkripciji, popravljanju napak na DNA, homologni rekombinaciji in spreminjanju strukture kromatina. (1)		Ločimo encime, ki modificirajo histone in tiste, ki spreminjajo strukturo kromatina. K slednjim uvrščamo različne družine encimov, vsem pa je skupna ATPazna domena. Preurejevalni strojčki sodelujejo pri podvojevanju DNA, transkripciji, popravljanju napak na DNA, homologni rekombinaciji in spreminjanju strukture kromatina. (1)
Line 42:		Line 42:
	Tako cis kot trans mehanizem povzročita spremembo v strukturi nukleosoma, zaradi česar postane DNA lažje dostopna transkripcijskim faktorjem in restrikcijskim encimom.		Tako cis kot trans mehanizem povzročita spremembo v strukturi nukleosoma, zaradi česar postane DNA lažje dostopna transkripcijskim faktorjem in restrikcijskim encimom.

	4. REGULACIJA KROMATIN PREUREJEVALNIH KOMPLEKSOV		== REGULACIJA KROMATIN PREUREJEVALNIH KOMPLEKSOV ==

	Podenote v kromatin preurejevalnih kompleksih so lahko katalitične (ATPazne podenote) ali nekatalitične. Nekatalitične podenote imajo različne funkcije, ena izmed njih je tudi regulacija ATPaznih podent. Npr. V SWI/SNF poddružini sta ATPazni podenoti BRG1 in hBRM stimulirani s strani treh neATPaznih podenot; INI1, BAF155 in BAF170, v poddružini ISIW aktivnost kromatin preurejevalnih kompleksov uravnava podenota Acf1, ki olajša in izboljša drsenje med nukleosomi ter vpliva na smer njihovega gibanja (1).		Podenote v kromatin preurejevalnih kompleksih so lahko katalitične (ATPazne podenote) ali nekatalitične. Nekatalitične podenote imajo različne funkcije, ena izmed njih je tudi regulacija ATPaznih podent. Npr. V SWI/SNF poddružini sta ATPazni podenoti BRG1 in hBRM stimulirani s strani treh neATPaznih podenot; INI1, BAF155 in BAF170, v poddružini ISIW aktivnost kromatin preurejevalnih kompleksov uravnava podenota Acf1, ki olajša in izboljša drsenje med nukleosomi ter vpliva na smer njihovega gibanja (1).
Line 50:		Line 50:
	Aktin in Arpji se vežejo neposredno na eno izmed dveh domen preurejevalne podenote ATPaze; na domeno HSA (helicase-SANT–associated domain). HSA domene torej selektivno vežejo večino Arpjev in aktina v kromatin preurejevalni kompleks. Raziskave v poddružini INO80 so pokazale da vezava ARPjev na HSA domeno spodbuja aktivnost ATPazne podenote, vezavo DNA in mobilizacijo nukleosomov (5).		Aktin in Arpji se vežejo neposredno na eno izmed dveh domen preurejevalne podenote ATPaze; na domeno HSA (helicase-SANT–associated domain). HSA domene torej selektivno vežejo večino Arpjev in aktina v kromatin preurejevalni kompleks. Raziskave v poddružini INO80 so pokazale da vezava ARPjev na HSA domeno spodbuja aktivnost ATPazne podenote, vezavo DNA in mobilizacijo nukleosomov (5).

	5. VIRI		== VIRI ==

	1 Lusser A., Kadonaga J.T. Chromatin remodeling by ATP-dependent molecular machines, BioEssays, 2003, letn. 25, str. 1192-1200.		1 Lusser A., Kadonaga J.T. Chromatin remodeling by ATP-dependent molecular machines, BioEssays, 2003, letn. 25, str. 1192-1200.