Stabilizacija RNA pri hipertermofilnih arhejah - Revision history

https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?action=history&feed=atom&title=Stabilizacija_RNA_pri_hipertermofilnih_arhejah Stabilizacija RNA pri hipertermofilnih arhejah - Revision history 2026-04-29T23:24:12Z Revision history for this page on the wiki MediaWiki 1.39.3 https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Stabilizacija_RNA_pri_hipertermofilnih_arhejah&diff=22373&oldid=prev Karin Rak at 17:25, 16 May 2023 2023-05-16T17:25:50Z

<p></p> <table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface"> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <tr class="diff-title" lang="en"> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 17:25, 16 May 2023</td> </tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l10">Line 10:</td> <td colspan="2" class="diff-lineno">Line 10:</td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Stabilizacija SRP RNA s cirkularizacijo ==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Stabilizacija SRP RNA s cirkularizacijo ==</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr> <tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Delci, ki prepoznajo signal (SRP-ji) so ribonukleoproteinski kompleksi, ki usmerjajo promet v celici. Tvorijo jih SRP proteini in SRP RNA. Arhejske SRP RNA imajo na 5' in 3' koncu dodana zaporedja, ki lahko tvorijo vijačnico H1. Njena vloga je preprečevanje razvijanja SRP RNA pri ekstremnih pogojih, kot je visoka temperatura. V parazitskem evkariontu ''Trichomonas tenax'' so raziskali kakšen vpliv ima permutacija gena, ki nosi zapis za SRP RNA. Ugotovili so, da sta nastala dva nova konca, ki lahko tvorita krožno SRP RNA molekulo, ta pa ima termostabilizacijski učinek. Krožna SRP RNA se lahko veže na SRP proteina SRP19 in SRP54. Del zaporedja, ki se je iz linearne oblike pretvori v krožno, obdela tRNA endonukleaza. Ta je običajno odgovorna za nastanek zrele tRNA tako, da tvori ustrezne 5' in 3' konce za aminoacetilacijo. V raziskavi so tako odkrili 'moonlighting' aktivnost tRNA endonukleaze (fenomen, ko ima en protein, za katerega so mislili, da ima le eno vlogo v celici, več različnih funkcij, ki niso povezane s prvotno). Posledica te aktivnosti omogoča nastanek stabilne in funkcionalne krožne RNA <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">molekule</del>.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Delci, ki prepoznajo signal (SRP-ji) so ribonukleoproteinski kompleksi, ki usmerjajo promet v celici. Tvorijo jih SRP proteini in SRP RNA. Arhejske SRP RNA imajo na 5' in 3' koncu dodana zaporedja, ki lahko tvorijo vijačnico H1. Njena vloga je preprečevanje razvijanja SRP RNA pri ekstremnih pogojih, kot je visoka temperatura. V parazitskem evkariontu ''Trichomonas tenax'' so raziskali kakšen vpliv ima permutacija gena, ki nosi zapis za SRP RNA. Ugotovili so, da sta nastala dva nova konca, ki lahko tvorita krožno SRP RNA molekulo, ta pa ima termostabilizacijski učinek. Krožna SRP RNA se lahko veže na SRP proteina SRP19 in SRP54. Del zaporedja, ki se je iz linearne oblike pretvori v krožno, obdela tRNA endonukleaza. Ta je običajno odgovorna za nastanek zrele tRNA tako, da tvori ustrezne 5' in 3' konce za aminoacetilacijo. V raziskavi so tako odkrili 'moonlighting' aktivnost tRNA endonukleaze (fenomen, ko ima en protein, za katerega so mislili, da ima le eno vlogo v celici, več različnih funkcij, ki niso povezane s prvotno). Posledica te aktivnosti omogoča nastanek stabilne in funkcionalne krožne <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">molekule </ins>RNA.</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Modifikacije RNA ==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Modifikacije RNA ==</div></td></tr> </table>

Karin Rak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Stabilizacija_RNA_pri_hipertermofilnih_arhejah&diff=22368&oldid=prev Karin Rak at 16:24, 16 May 2023 2023-05-16T16:24:59Z

<p></p> <table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface"> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <tr class="diff-title" lang="en"> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 16:24, 16 May 2023</td> </tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l6">Line 6:</td> <td colspan="2" class="diff-lineno">Line 6:</td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Struktura RNA ==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Struktura RNA ==</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr> <tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Ena od najbolj očitnih značilnosti nekodirajoče RNA hipertermofilnih organizmov je veliko število dupleksnih zaporedij, ki se pojavljajo v RNA <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">zankah</del>. Dupleksna zaporedja so komplementarni deli verig RNA, ki so med sabo povezani preko vodikovih vezi. Tako nastane dvoverižna struktura, ki je stabilizirana z interakcijami med baznimi pari komplementarnih nukleotidov. Stabilne RNA so v hipertermofilih pred denaturacijo zaščitene z visokim deležem GC baznih parov in z modifikacijami nukleotidov, ki stabilizirajo njihovo sekundarno in terciarno strukturo. Do delne stabilizacije zank RNA lahko pride, zaradi povečanja deleža GC baznih parov, ki tvorijo tri vodikove vezi in so bolj stabilni kot AU pari. Drug način stabilizacije dupleksnih zaporedij komplementarnih verig RNA je zvišanje koncentracije soli v celici. Tm RNA se poviša pri višji ionski moči, zaradi negativnega naboja na fosfatno-sladkornem ogrodju. Nekateri hipertermofili imajo res višjo koncentracijo K+ ionov, vendar temu ni vedno tako. Večji vpliv ima višji delež prostih dušikovih skupin aminokislinskih ostankov, saj njihov pozitiven naboj ravno tako poviša Tm molekul RNA ''in vitro''.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Ena od najbolj očitnih značilnosti nekodirajoče RNA hipertermofilnih organizmov je veliko število dupleksnih zaporedij, ki se pojavljajo v <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">zankah </ins>RNA. Dupleksna zaporedja so komplementarni deli verig RNA, ki so med sabo povezani preko vodikovih vezi. Tako nastane dvoverižna struktura, ki je stabilizirana z interakcijami med baznimi pari komplementarnih nukleotidov. Stabilne RNA so v hipertermofilih pred denaturacijo zaščitene z visokim deležem GC baznih parov in z modifikacijami nukleotidov, ki stabilizirajo njihovo sekundarno in terciarno strukturo. Do delne stabilizacije zank RNA lahko pride, zaradi povečanja deleža GC baznih parov, ki tvorijo tri vodikove vezi in so bolj stabilni kot AU pari. Drug način stabilizacije dupleksnih zaporedij komplementarnih verig RNA je zvišanje koncentracije soli v celici. Tm RNA se poviša pri višji ionski moči, zaradi negativnega naboja na fosfatno-sladkornem ogrodju. Nekateri hipertermofili imajo res višjo koncentracijo K+ ionov, vendar temu ni vedno tako. Večji vpliv ima višji delež prostih dušikovih skupin aminokislinskih ostankov, saj njihov pozitiven naboj ravno tako poviša Tm molekul RNA ''in vitro''.</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Stabilizacija SRP RNA s cirkularizacijo ==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Stabilizacija SRP RNA s cirkularizacijo ==</div></td></tr> </table>

Karin Rak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Stabilizacija_RNA_pri_hipertermofilnih_arhejah&diff=22367&oldid=prev Karin Rak at 16:18, 16 May 2023 2023-05-16T16:18:40Z

<p></p> <table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface"> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <tr class="diff-title" lang="en"> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 16:18, 16 May 2023</td> </tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l6">Line 6:</td> <td colspan="2" class="diff-lineno">Line 6:</td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Struktura RNA ==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Struktura RNA ==</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr> <tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Ena od najbolj očitnih značilnosti nekodirajoče RNA hipertermofilnih organizmov je veliko število dupleksnih zaporedij, ki se pojavljajo v zankah <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">RNA</del>. Dupleksna zaporedja so komplementarni deli RNA <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">verig</del>, ki so med sabo povezani preko vodikovih vezi. Tako nastane dvoverižna struktura, ki je stabilizirana z interakcijami med baznimi pari komplementarnih nukleotidov. Stabilne RNA so v hipertermofilih pred denaturacijo zaščitene z visokim deležem GC baznih parov in z modifikacijami nukleotidov, ki stabilizirajo njihovo sekundarno in terciarno strukturo. Do delne stabilizacije RNA <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">zank </del>lahko pride, zaradi povečanja deleža GC baznih parov, ki tvorijo tri vodikove vezi in so bolj stabilni kot AU pari. Drug način stabilizacije dupleksnih zaporedij komplementarnih RNA <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">verig </del>je zvišanje koncentracije soli v celici. Tm RNA se poviša pri višji ionski moči, zaradi negativnega naboja na fosfatno-sladkornem ogrodju. Nekateri hipertermofili imajo res višjo koncentracijo K+ ionov, vendar temu ni vedno tako. Večji vpliv ima višji delež prostih dušikovih skupin aminokislinskih ostankov, saj njihov pozitiven naboj ravno tako poviša Tm RNA <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">molekul </del>''in vitro''.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Ena od najbolj očitnih značilnosti nekodirajoče RNA hipertermofilnih organizmov je veliko število dupleksnih zaporedij, ki se pojavljajo v <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">RNA </ins>zankah. Dupleksna zaporedja so komplementarni deli <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">verig </ins>RNA, ki so med sabo povezani preko vodikovih vezi. Tako nastane dvoverižna struktura, ki je stabilizirana z interakcijami med baznimi pari komplementarnih nukleotidov. Stabilne RNA so v hipertermofilih pred denaturacijo zaščitene z visokim deležem GC baznih parov in z modifikacijami nukleotidov, ki stabilizirajo njihovo sekundarno in terciarno strukturo. Do delne stabilizacije <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">zank </ins>RNA lahko pride, zaradi povečanja deleža GC baznih parov, ki tvorijo tri vodikove vezi in so bolj stabilni kot AU pari. Drug način stabilizacije dupleksnih zaporedij komplementarnih <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">verig </ins>RNA je zvišanje koncentracije soli v celici. Tm RNA se poviša pri višji ionski moči, zaradi negativnega naboja na fosfatno-sladkornem ogrodju. Nekateri hipertermofili imajo res višjo koncentracijo K+ ionov, vendar temu ni vedno tako. Večji vpliv ima višji delež prostih dušikovih skupin aminokislinskih ostankov, saj njihov pozitiven naboj ravno tako poviša Tm <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">molekul </ins>RNA ''in vitro''.</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Stabilizacija SRP RNA s cirkularizacijo ==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Stabilizacija SRP RNA s cirkularizacijo ==</div></td></tr> </table>

Karin Rak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Stabilizacija_RNA_pri_hipertermofilnih_arhejah&diff=22366&oldid=prev Karin Rak at 16:11, 16 May 2023 2023-05-16T16:11:48Z

<p></p> <table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface"> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <tr class="diff-title" lang="en"> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 16:11, 16 May 2023</td> </tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l2">Line 2:</td> <td colspan="2" class="diff-lineno">Line 2:</td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V splošnem so hipertermofilni mikroorganizmi tisti, ki rastejo pri optimalni temperaturi višji od 80 °C. Večino hipertermofilov uvrščamo v domeno arhej in bakterij, nekaj tudi med evkarionte. Temperaturne spremembe spodbujajo evolucijo genoma, kar omogoča preživetje organizmov pri povišani temperaturi.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V splošnem so hipertermofilni mikroorganizmi tisti, ki rastejo pri optimalni temperaturi višji od 80 °C. Večino hipertermofilov uvrščamo v domeno arhej in bakterij, nekaj tudi med evkarionte. Temperaturne spremembe spodbujajo evolucijo genoma, kar omogoča preživetje organizmov pri povišani temperaturi.</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Hipertermofilne arheje rodu ''Pyrodictium'' se nahajajo na dnu veje arhej v filogenetskem drevesu. Iz tega lahko sklepamo, da se je domena arhej razvila pri visokih temperaturah. Domnevajo, da je ta umestitev hipertermofilnih arhej posledica njihovega prilagajanja na nižje temperature, zato so razvile stresne proteine. Ker pa vemo, da hipertermofilne arheje obstajajo in se množijo v hidrotermalnih vrelcih pri 120 °C, morajo obstajati mehanizmi, ki ščitijo njihovo RNA. Analize so pokazale veliko količino različnih RNA molekul, predvsem nekodirajoče RNA, ki regulira gensko ekspresijo in sodeluje pri modifikacijah ribonukleinskih kislin. Visoke temperature razvijajo RNA in jo hidrolizirajo, kar ireverzibilno poškoduje njeno strukturo in vpliva na njeno funkcijo. RNA <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">molekula </del>je bolj naklonjena hidrolizi kot DNA, ker lahko 2'-OH skupina riboze interagira s fosfatno skupino ogrodja, kar povzroči cepitev fosfodiestrske vezi.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Hipertermofilne arheje rodu ''Pyrodictium'' se nahajajo na dnu veje arhej v filogenetskem drevesu. Iz tega lahko sklepamo, da se je domena arhej razvila pri visokih temperaturah. Domnevajo, da je ta umestitev hipertermofilnih arhej posledica njihovega prilagajanja na nižje temperature, zato so razvile stresne proteine. Ker pa vemo, da hipertermofilne arheje obstajajo in se množijo v hidrotermalnih vrelcih pri 120 °C, morajo obstajati mehanizmi, ki ščitijo njihovo RNA. Analize so pokazale veliko količino različnih RNA molekul, predvsem nekodirajoče RNA, ki regulira gensko ekspresijo in sodeluje pri modifikacijah ribonukleinskih kislin. Visoke temperature razvijajo RNA in jo hidrolizirajo, kar ireverzibilno poškoduje njeno strukturo in vpliva na njeno funkcijo. <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">Molekula </ins>RNA je bolj naklonjena hidrolizi kot DNA, ker lahko 2'-OH skupina riboze interagira s fosfatno skupino ogrodja, kar povzroči cepitev fosfodiestrske vezi.</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Struktura RNA ==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Struktura RNA ==</div></td></tr> </table>

Karin Rak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Stabilizacija_RNA_pri_hipertermofilnih_arhejah&diff=22365&oldid=prev Karin Rak at 16:08, 16 May 2023 2023-05-16T16:08:04Z

<p></p> <table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface"> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <tr class="diff-title" lang="en"> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 16:08, 16 May 2023</td> </tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l2">Line 2:</td> <td colspan="2" class="diff-lineno">Line 2:</td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V splošnem so hipertermofilni mikroorganizmi tisti, ki rastejo pri optimalni temperaturi višji od 80 °C. Večino hipertermofilov uvrščamo v domeno arhej in bakterij, nekaj tudi med evkarionte. Temperaturne spremembe spodbujajo evolucijo genoma, kar omogoča preživetje organizmov pri povišani temperaturi.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V splošnem so hipertermofilni mikroorganizmi tisti, ki rastejo pri optimalni temperaturi višji od 80 °C. Večino hipertermofilov uvrščamo v domeno arhej in bakterij, nekaj tudi med evkarionte. Temperaturne spremembe spodbujajo evolucijo genoma, kar omogoča preživetje organizmov pri povišani temperaturi.</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Hipertermofilne arheje rodu ''Pyrodictium'' se nahajajo na dnu veje arhej v filogenetskem drevesu. Iz tega lahko sklepamo, da se je domena arhej razvila pri visokih temperaturah. <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">Domnevanj</del>, da je ta umestitev hipertermofilnih arhej posledica njihovega prilagajanja na nižje temperature, zato so razvile stresne proteine. Ker pa vemo, da hipertermofilne arheje obstajajo in se množijo v hidrotermalnih vrelcih pri 120 °C, morajo obstajati mehanizmi, ki ščitijo njihovo RNA. Analize so pokazale veliko količino različnih RNA molekul, predvsem nekodirajoče RNA, ki regulira gensko ekspresijo in sodeluje pri modifikacijah ribonukleinskih kislin. Visoke temperature razvijajo RNA in jo hidrolizirajo, kar ireverzibilno poškoduje njeno strukturo in vpliva na njeno funkcijo. RNA molekula je bolj naklonjena hidrolizi kot DNA, ker lahko 2'-OH skupina riboze interagira s fosfatno skupino ogrodja, kar povzroči cepitev fosfodiestrske vezi.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Hipertermofilne arheje rodu ''Pyrodictium'' se nahajajo na dnu veje arhej v filogenetskem drevesu. Iz tega lahko sklepamo, da se je domena arhej razvila pri visokih temperaturah. <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">Domnevajo</ins>, da je ta umestitev hipertermofilnih arhej posledica njihovega prilagajanja na nižje temperature, zato so razvile stresne proteine. Ker pa vemo, da hipertermofilne arheje obstajajo in se množijo v hidrotermalnih vrelcih pri 120 °C, morajo obstajati mehanizmi, ki ščitijo njihovo RNA. Analize so pokazale veliko količino različnih RNA molekul, predvsem nekodirajoče RNA, ki regulira gensko ekspresijo in sodeluje pri modifikacijah ribonukleinskih kislin. Visoke temperature razvijajo RNA in jo hidrolizirajo, kar ireverzibilno poškoduje njeno strukturo in vpliva na njeno funkcijo. RNA molekula je bolj naklonjena hidrolizi kot DNA, ker lahko 2'-OH skupina riboze interagira s fosfatno skupino ogrodja, kar povzroči cepitev fosfodiestrske vezi.</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Struktura RNA ==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Struktura RNA ==</div></td></tr> </table>

Karin Rak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Stabilizacija_RNA_pri_hipertermofilnih_arhejah&diff=22364&oldid=prev Karin Rak at 16:06, 16 May 2023 2023-05-16T16:06:37Z

<p></p> <table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface"> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <tr class="diff-title" lang="en"> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 16:06, 16 May 2023</td> </tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l2">Line 2:</td> <td colspan="2" class="diff-lineno">Line 2:</td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V splošnem so hipertermofilni mikroorganizmi tisti, ki rastejo pri optimalni temperaturi višji od 80 °C. Večino hipertermofilov uvrščamo v domeno arhej in bakterij, nekaj tudi med evkarionte. Temperaturne spremembe spodbujajo evolucijo genoma, kar omogoča preživetje organizmov pri povišani temperaturi.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V splošnem so hipertermofilni mikroorganizmi tisti, ki rastejo pri optimalni temperaturi višji od 80 °C. Večino hipertermofilov uvrščamo v domeno arhej in bakterij, nekaj tudi med evkarionte. Temperaturne spremembe spodbujajo evolucijo genoma, kar omogoča preživetje organizmov pri povišani temperaturi.</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Hipertermofilne arheje rodu ''Pyrodictium'' se nahajajo na dnu veje arhej v filogenetskem drevesu. Iz tega lahko sklepamo, da se je domena arhej razvila pri visokih temperaturah. <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">Druga domneva je</del>, da je ta umestitev hipertermofilnih arhej posledica njihovega prilagajanja na nižje temperature<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">. Po tej logiki </del>so <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">te arheje </del>razvile <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">učinkovite </del>stresne proteine <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">in prevladale nad predhodnimi mezofili. Možno je tudi, da je bil svet pred arhejami hladnejši. Prednost takega ekosistema bi bila zaščita RNA pred hidrolitično razgradnjo, do katere pride pri visoki temperaturi</del>. Ker pa vemo, da hipertermofilne arheje obstajajo in se množijo v hidrotermalnih vrelcih pri 120 °C, morajo obstajati mehanizmi, ki ščitijo njihovo RNA. Analize so pokazale veliko količino različnih RNA molekul, predvsem nekodirajoče RNA, ki regulira gensko ekspresijo in sodeluje pri modifikacijah ribonukleinskih kislin. Visoke temperature razvijajo RNA in jo hidrolizirajo, kar ireverzibilno poškoduje njeno strukturo in vpliva na njeno funkcijo. RNA molekula je bolj naklonjena hidrolizi kot DNA, ker lahko 2'-OH skupina riboze interagira s fosfatno skupino ogrodja, kar povzroči cepitev fosfodiestrske vezi.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Hipertermofilne arheje rodu ''Pyrodictium'' se nahajajo na dnu veje arhej v filogenetskem drevesu. Iz tega lahko sklepamo, da se je domena arhej razvila pri visokih temperaturah. <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">Domnevanj</ins>, da je ta umestitev hipertermofilnih arhej posledica njihovega prilagajanja na nižje temperature<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">, zato </ins>so razvile stresne proteine. Ker pa vemo, da hipertermofilne arheje obstajajo in se množijo v hidrotermalnih vrelcih pri 120 °C, morajo obstajati mehanizmi, ki ščitijo njihovo RNA. Analize so pokazale veliko količino različnih RNA molekul, predvsem nekodirajoče RNA, ki regulira gensko ekspresijo in sodeluje pri modifikacijah ribonukleinskih kislin. Visoke temperature razvijajo RNA in jo hidrolizirajo, kar ireverzibilno poškoduje njeno strukturo in vpliva na njeno funkcijo. RNA molekula je bolj naklonjena hidrolizi kot DNA, ker lahko 2'-OH skupina riboze interagira s fosfatno skupino ogrodja, kar povzroči cepitev fosfodiestrske vezi.</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Struktura RNA ==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Struktura RNA ==</div></td></tr> </table>

Karin Rak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Stabilizacija_RNA_pri_hipertermofilnih_arhejah&diff=22360&oldid=prev Janja Bohte at 10:41, 16 May 2023 2023-05-16T10:41:24Z

<p></p> <table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface"> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <tr class="diff-title" lang="en"> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 10:41, 16 May 2023</td> </tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l23">Line 23:</td> <td colspan="2" class="diff-lineno">Line 23:</td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Pomembna družina RNA vezavnih proteinov so tudi arhejski Lsm (Sm-like) proteini. So podvrsta Sm proteinov, ki jih sicer najdemo pri bakterijah (Hfq) in evkariontih, kjer med drugim sodelujejo pri nastanku spliceosoma in izrezovanju intronov. Zaradi odsotnosti intronov v protein kodirajočih genih in drugačnega mehanizma procesiranja RNA pri arhejah, tu ni bilo pričakovati njihovega nahajanja. Le ti so bili odkriti z iskanjem zaporedja v podatkovni zbirki, obstoj pa je bil potrjen z določitvijo njihove strukture. Zaenkrat sta opisana dva taka proteina, Lsm1 in Lsm2, ki tvorita heptamerne ali heksamerne komplekse. Vežeta se predvsem na RNA bogato z uracilom. Delujeta lahko na podoben način kot evkariontski ali kot bakterijski Sm proteini. Slednji se obnašajo kot RNA šaperoni, ki omogočajo parjenje baz kompleksa sRNA-mRNA in stabilizacijo molekule sRNA . Medtem ko nekateri arhejski Lsm proteini, najdeni v drugih vrstah arhej, delujejo na bolj specifični in funkcionalni ravni procesiranja RNA, podobno kot evkariontski proteini, vendar natančen mehanizem delovanja še ni znan.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Pomembna družina RNA vezavnih proteinov so tudi arhejski Lsm (Sm-like) proteini. So podvrsta Sm proteinov, ki jih sicer najdemo pri bakterijah (Hfq) in evkariontih, kjer med drugim sodelujejo pri nastanku spliceosoma in izrezovanju intronov. Zaradi odsotnosti intronov v protein kodirajočih genih in drugačnega mehanizma procesiranja RNA pri arhejah, tu ni bilo pričakovati njihovega nahajanja. Le ti so bili odkriti z iskanjem zaporedja v podatkovni zbirki, obstoj pa je bil potrjen z določitvijo njihove strukture. Zaenkrat sta opisana dva taka proteina, Lsm1 in Lsm2, ki tvorita heptamerne ali heksamerne komplekse. Vežeta se predvsem na RNA bogato z uracilom. Delujeta lahko na podoben način kot evkariontski ali kot bakterijski Sm proteini. Slednji se obnašajo kot RNA šaperoni, ki omogočajo parjenje baz kompleksa sRNA-mRNA in stabilizacijo molekule sRNA . Medtem ko nekateri arhejski Lsm proteini, najdeni v drugih vrstah arhej, delujejo na bolj specifični in funkcionalni ravni procesiranja RNA, podobno kot evkariontski proteini, vendar natančen mehanizem delovanja še ni znan.</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div><del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">Sm proteini interagirajo tudi s DnaG, kar poveča eksosomsko aktivnost bodisi direktno ali z povečanjem vezavne afinitete do poliA repkov. </del></div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div> </div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Poliadenilacija in eksonukleazna aktivnost ==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Poliadenilacija in eksonukleazna aktivnost ==</div></td></tr> </table>

Janja Bohte https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Stabilizacija_RNA_pri_hipertermofilnih_arhejah&diff=22345&oldid=prev Mia Kobal: /* RNA vezavni proteini */ 2023-05-16T07:39:58Z

<p><span dir="auto"><span class="autocomment">RNA vezavni proteini</span></span></p> <table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface"> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <tr class="diff-title" lang="en"> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 07:39, 16 May 2023</td> </tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l18">Line 18:</td> <td colspan="2" class="diff-lineno">Line 18:</td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== RNA vezavni proteini ==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== RNA vezavni proteini ==</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr> <tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Povečano število GC parov je osnovni mehanizem stabilizacije RNA pri ekstremnih pogojih, vendar ni opažen pri mnogih nekodirajočih RNA, vključno s C/D škatlo sRNA. Mehanizem, ki ga posvojijo je vezava proteinov na funkcionalno pomembne RNA komponente RNP kompleksov. Tak proces se na primer pojavi pri stabilizaciji <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">CRISRP </del>RNA, kateri tvorijo interakcije s Cas proteini za nastanek funkcionalnega efektorja. Pomembni proteini vključeni v stabilizacijo so člani proteinske družine L7Ae/L30e, ki vključuje arhejske L7Ae proteine in evkariontske homologe L30e. Njihova naloga je prepoznati motiv k-obrata in so direktno vključeni v stabilizacijo RNA. K-obrat ima tako vlogo vezavnega mesta za raznolike RNA vezavne proteine (RBP). Z imunoprecipitacijo je bil opažen mehanizem avtoregulacije proteina L7Ae, saj so identificiral več mRNA, ki kodirajo protein. Sama translacija L7Ae je regulirana z negativno povratno zanko. Predstavljena na primeru ''Archeoglobus fulgidus'', se struktura kink-obrat nahaja na 5' neprevedeni regiji (UTR) mRNA. Ob odsotnosti vezavnega proteina je struktura motiva nestabilna oziroma razgrajena. To omogoča vezavo ribosoma in začetek translacije L7Ae. Ko pa je protein ponovno prisoten, se ta veže na 5'UTR regijo in stabilizira strukturo k-obrata. S tem blokira vezavno mesto za ribosom, translacije več ne poteče. L7Ae vpliva tudi na izražanje proteinov Nop5 in fibrilarina, s katerima se povezuje v RNP kompleks. Na stabilnost hipertermofilnih arhej tako ne vpliva le vezava L7Ae proteina, temveč tudi njegova regulacija.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Povečano število GC parov je osnovni mehanizem stabilizacije RNA pri ekstremnih pogojih, vendar ni opažen pri mnogih nekodirajočih RNA, vključno s C/D škatlo sRNA. Mehanizem, ki ga posvojijo je vezava proteinov na funkcionalno pomembne RNA komponente RNP kompleksov. Tak proces se na primer pojavi pri stabilizaciji <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">CRISPR </ins>RNA, kateri tvorijo interakcije s Cas proteini za nastanek funkcionalnega efektorja. Pomembni proteini vključeni v stabilizacijo so člani proteinske družine L7Ae/L30e, ki vključuje arhejske L7Ae proteine in evkariontske homologe L30e. Njihova naloga je prepoznati motiv k-obrata in so direktno vključeni v stabilizacijo RNA. K-obrat ima tako vlogo vezavnega mesta za raznolike RNA vezavne proteine (RBP). Z imunoprecipitacijo je bil opažen mehanizem avtoregulacije proteina L7Ae, saj so identificiral več mRNA, ki kodirajo protein. Sama translacija L7Ae je regulirana z negativno povratno zanko. Predstavljena na primeru ''Archeoglobus fulgidus'', se struktura kink-obrat nahaja na 5' neprevedeni regiji (UTR) mRNA. Ob odsotnosti vezavnega proteina je struktura motiva nestabilna oziroma razgrajena. To omogoča vezavo ribosoma in začetek translacije L7Ae. Ko pa je protein ponovno prisoten, se ta veže na 5'UTR regijo in stabilizira strukturo k-obrata. S tem blokira vezavno mesto za ribosom, translacije več ne poteče. L7Ae vpliva tudi na izražanje proteinov Nop5 in fibrilarina, s katerima se povezuje v RNP kompleks. Na stabilnost hipertermofilnih arhej tako ne vpliva le vezava L7Ae proteina, temveč tudi njegova regulacija.</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Arhejski Lsm proteini ==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Arhejski Lsm proteini ==</div></td></tr> </table>

Mia Kobal https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Stabilizacija_RNA_pri_hipertermofilnih_arhejah&diff=22326&oldid=prev Karin Rak at 19:53, 15 May 2023 2023-05-15T19:53:39Z

<p></p> <table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface"> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <tr class="diff-title" lang="en"> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 19:53, 15 May 2023</td> </tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l2">Line 2:</td> <td colspan="2" class="diff-lineno">Line 2:</td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V splošnem so hipertermofilni mikroorganizmi tisti, ki rastejo pri optimalni temperaturi višji od 80 °C. Večino hipertermofilov uvrščamo v domeno arhej in bakterij, nekaj tudi med evkarionte. Temperaturne spremembe spodbujajo evolucijo genoma, kar omogoča preživetje organizmov pri povišani temperaturi.</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>V splošnem so hipertermofilni mikroorganizmi tisti, ki rastejo pri optimalni temperaturi višji od 80 °C. Večino hipertermofilov uvrščamo v domeno arhej in bakterij, nekaj tudi med evkarionte. Temperaturne spremembe spodbujajo evolucijo genoma, kar omogoča preživetje organizmov pri povišani temperaturi.</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Hipertermofilne arheje rodu ''Pyrodictium'' se nahajajo na dnu veje arhej v filogenetskem drevesu. Iz tega lahko sklepamo, da se je domena arhej razvila pri visokih temperaturah. Druga domneva je, da je ta umestitev hipertermofilnih arhej posledica njihovega prilagajanja na nižje temperature. Po tej logiki so te arheje razvile učinkovite stresne proteine in prevladale nad predhodnimi mezofili. Možno je tudi, da je bil svet pred arhejami hladnejši. Prednost takega ekosistema bi bila zaščita RNA pred hidrolitično razgradnjo, do katere pride pri visoki temperaturi. Ker pa vemo, da hipertermofilne arheje obstajajo in se množijo v hidrotermalnih vrelcih pri 120 °C, morajo obstajati mehanizmi, ki ščitijo njihovo RNA. Analize so pokazale veliko količino različnih RNA molekul, predvsem nekodirajoče RNA, ki regulira gensko ekspresijo in sodeluje pri modifikacijah ribonukleinskih kislin. Visoke temperature razvijajo RNA in jo hidrolizirajo, kar ireverzibilno poškoduje njeno strukturo in vpliva na njeno funkcijo. RNA molekula je bolj naklonjena hidrolizi kot DNA, ker lahko 2'OH skupina riboze interagira s fosfatno skupino ogrodja, kar povzroči cepitev fosfodiestrske vezi.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Hipertermofilne arheje rodu ''Pyrodictium'' se nahajajo na dnu veje arhej v filogenetskem drevesu. Iz tega lahko sklepamo, da se je domena arhej razvila pri visokih temperaturah. Druga domneva je, da je ta umestitev hipertermofilnih arhej posledica njihovega prilagajanja na nižje temperature. Po tej logiki so te arheje razvile učinkovite stresne proteine in prevladale nad predhodnimi mezofili. Možno je tudi, da je bil svet pred arhejami hladnejši. Prednost takega ekosistema bi bila zaščita RNA pred hidrolitično razgradnjo, do katere pride pri visoki temperaturi. Ker pa vemo, da hipertermofilne arheje obstajajo in se množijo v hidrotermalnih vrelcih pri 120 °C, morajo obstajati mehanizmi, ki ščitijo njihovo RNA. Analize so pokazale veliko količino različnih RNA molekul, predvsem nekodirajoče RNA, ki regulira gensko ekspresijo in sodeluje pri modifikacijah ribonukleinskih kislin. Visoke temperature razvijajo RNA in jo hidrolizirajo, kar ireverzibilno poškoduje njeno strukturo in vpliva na njeno funkcijo. RNA molekula je bolj naklonjena hidrolizi kot DNA, ker lahko 2'<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">-</ins>OH skupina riboze interagira s fosfatno skupino ogrodja, kar povzroči cepitev fosfodiestrske vezi.</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Struktura RNA ==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Struktura RNA ==</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr> <tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Ena od najbolj očitnih značilnosti nekodirajoče RNA hipertermofilnih organizmov je veliko število dupleksnih zaporedij, ki se pojavljajo v zankah RNA. Dupleksna zaporedja so komplementarni deli RNA verig, ki so med sabo povezani preko vodikovih vezi. Tako nastane dvoverižna struktura, ki je stabilizirana z interakcijami med baznimi pari komplementarnih nukleotidov. Stabilne RNA so v hipertermofilih pred denaturacijo zaščitene z visokim deležem GC <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">baz </del>in z modifikacijami nukleotidov, ki stabilizirajo njihovo sekundarno in terciarno strukturo. Do delne stabilizacije RNA zank lahko pride, zaradi povečanja deleža GC baznih parov, ki tvorijo tri vodikove vezi in so bolj stabilni kot AU <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">in AT </del>pari. Drug način stabilizacije dupleksnih zaporedij komplementarnih RNA verig je zvišanje koncentracije soli v celici. Tm RNA se poviša pri višji ionski moči, zaradi negativnega naboja na fosfatno-sladkornem ogrodju. Nekateri hipertermofili imajo res višjo koncentracijo K+ ionov, vendar temu ni vedno tako. Večji vpliv ima višji delež prostih dušikovih skupin aminokislinskih ostankov, saj njihov pozitiven naboj ravno tako poviša Tm RNA molekul ''in vitro''.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Ena od najbolj očitnih značilnosti nekodirajoče RNA hipertermofilnih organizmov je veliko število dupleksnih zaporedij, ki se pojavljajo v zankah RNA. Dupleksna zaporedja so komplementarni deli RNA verig, ki so med sabo povezani preko vodikovih vezi. Tako nastane dvoverižna struktura, ki je stabilizirana z interakcijami med baznimi pari komplementarnih nukleotidov. Stabilne RNA so v hipertermofilih pred denaturacijo zaščitene z visokim deležem GC <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">baznih parov </ins>in z modifikacijami nukleotidov, ki stabilizirajo njihovo sekundarno in terciarno strukturo. Do delne stabilizacije RNA zank lahko pride, zaradi povečanja deleža GC baznih parov, ki tvorijo tri vodikove vezi in so bolj stabilni kot AU pari. Drug način stabilizacije dupleksnih zaporedij komplementarnih RNA verig je zvišanje koncentracije soli v celici. Tm RNA se poviša pri višji ionski moči, zaradi negativnega naboja na fosfatno-sladkornem ogrodju. Nekateri hipertermofili imajo res višjo koncentracijo K+ ionov, vendar temu ni vedno tako. Večji vpliv ima višji delež prostih dušikovih skupin aminokislinskih ostankov, saj njihov pozitiven naboj ravno tako poviša Tm RNA molekul ''in vitro''.</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Stabilizacija SRP RNA s cirkularizacijo ==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Stabilizacija SRP RNA s cirkularizacijo ==</div></td></tr> </table>

Karin Rak https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Stabilizacija_RNA_pri_hipertermofilnih_arhejah&diff=22324&oldid=prev Mia Kobal: /* Modifikacije RNA */ 2023-05-15T19:42:31Z

<p><span dir="auto"><span class="autocomment">Modifikacije RNA</span></span></p> <table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface"> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <tr class="diff-title" lang="en"> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 19:42, 15 May 2023</td> </tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l14">Line 14:</td> <td colspan="2" class="diff-lineno">Line 14:</td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Modifikacije RNA ==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== Modifikacije RNA ==</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr> <tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Stabilne molekule RNA so pogosto podvržene post-transkripcijskim spremembam. Pri hipertermofilnih arhejah so s pomočjo masne spektrometrije identificirali veliko število modifikacij nukleozidov pri tRNA. Te modifikacije vplivajo na terciarno strukturo, interakcije kodon-antikodon in samo stabilnost. Najbolj razširjena modifikacija, ki jo najdemo v strukturah RNA je metilacija 2'<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">-</del>OH skupine riboznega dela nukleozida oziroma 2'-O-metilacija, katera nudi zaščito pred razpadom fosfodiestrske vezi. Pri bakterijah so te spremembe razmeroma redke in jih uvedejo posebne metiltransferaze, ki so specifične za mesto ali regijo. Evkarionti in arheje pa imajo ribonukleoproteinske (RNP) komplekse, ki vsebujejo majhne RNA (sRNA), ki identificirajo tarče za 2'-O-metilacijo. Te molekule imenujemo C/D škatla (C/D box). Zanje so značilni štirje ohranjeni elementi zaporedja, okvir C in C' (5'-RUGAUGA-3') ter okvir D in D' (5'-CUGA-3'). Ti elementi se zvijejo v znan RNA strukturni motiv, kink-obrat oz. k-obrat. Nanj se vežeta dva proteina L7Ae, ki sta del RNP kompleksa. Tega sestavljata tudi proteina Nop5 (oziroma Nop56/58) in metiltransferaze fibrilarina. sRNA vodijo kompleks do tarčnih RNA in uvedejo 2'-O-metilacijo 5 nukleotidov pred prvo komplementarno bazo D ali D' zaporedja. Sama mesta modifikacij so bila identificirana v osrednjih regijah ribosoma, med veliko in malo podenoto, ter na mestih RNA-RNA interakcije. Te rRNA regije nimajo proteinske zaščite, zato zaščito nudijo modifikacije. Vsaka C/D škatla ima dve voditeljski zaporedji (ena pred D, druga pa pred D'), kar opozarja na koordinirano vodenje do tarč. Predlagana je dodatna funkcija C/D škatle, in sicer šaperonska, saj je med tarčnimi rRNA manj kot 100 nt. Tvorile naj bi se dvojne interakcije, ene za pomoč pri zvijanju in stabilizaciji rRNA in kasnejša 2'-O-metilacija, ki termostabilizira.</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Stabilne molekule RNA so pogosto podvržene post-transkripcijskim spremembam. Pri hipertermofilnih arhejah so s pomočjo masne spektrometrije identificirali veliko število modifikacij nukleozidov pri tRNA. Te modifikacije vplivajo na terciarno strukturo, interakcije kodon-antikodon in samo stabilnost. Najbolj razširjena modifikacija, ki jo najdemo v strukturah RNA je metilacija 2'OH skupine riboznega dela nukleozida oziroma 2'-O-metilacija, katera nudi zaščito pred razpadom fosfodiestrske vezi. Pri bakterijah so te spremembe razmeroma redke in jih uvedejo posebne metiltransferaze, ki so specifične za mesto ali regijo. Evkarionti in arheje pa imajo ribonukleoproteinske (RNP) komplekse, ki vsebujejo majhne RNA (sRNA), ki identificirajo tarče za 2'-O-metilacijo. Te molekule imenujemo C/D škatla (C/D box). Zanje so značilni štirje ohranjeni elementi zaporedja, okvir C in C' (5'-RUGAUGA-3') ter okvir D in D' (5'-CUGA-3'). Ti elementi se zvijejo v znan RNA strukturni motiv, kink-obrat oz. k-obrat. Nanj se vežeta dva proteina L7Ae, ki sta del RNP kompleksa. Tega sestavljata tudi proteina Nop5 (oziroma Nop56/58) in metiltransferaze fibrilarina. sRNA vodijo kompleks do tarčnih RNA in uvedejo 2'-O-metilacijo 5 nukleotidov pred prvo komplementarno bazo D ali D' zaporedja. Sama mesta modifikacij so bila identificirana v osrednjih regijah ribosoma, med veliko in malo podenoto, ter na mestih RNA-RNA interakcije. Te rRNA regije nimajo proteinske zaščite, zato zaščito nudijo modifikacije. Vsaka C/D škatla ima dve voditeljski zaporedji (ena pred D, druga pa pred D'), kar opozarja na koordinirano vodenje do tarč. Predlagana je dodatna funkcija C/D škatle, in sicer šaperonska, saj je med tarčnimi rRNA manj kot 100 nt. Tvorile naj bi se dvojne interakcije, ene za pomoč pri zvijanju in stabilizaciji rRNA in kasnejša 2'-O-metilacija, ki termostabilizira.</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br/></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== RNA vezavni proteini ==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>== RNA vezavni proteini ==</div></td></tr> </table>

Mia Kobal