TBK2013 Povzetki seminarjev - Revision history

Boštjan Petrič at 21:17, 27 May 2013

2013-05-27T21:17:58Z

← Older revision		Revision as of 21:17, 27 May 2013
Line 1:		Line 1:
			== Boštjan Petrič: RNA z Fe<sup>2+</sup> kot kofaktorjem katalizira prenos elektronov ==

			Čeprav o izvoru življenja že od nekdaj kroži kar precej čudnih in neznanstvenih hipotez, pa občasno naletimo tudi na kakšno bolj podprto z dejstvi. Ena od teh je t.i. hipoteza o RNA svetu – obdobju v geološki preteklosti, ko je RNA imela nalogo shranjevanja informacij kot tudi katalize bioloških reakcij. RNA za katalizo potrebuje kovinske ione, predvsem magnezij, teh pa v RNA svetu ni bilo dosti, je bilo pa ogromno železovih(II) ionov.

			Da bi preverili, če je RNA sposobna katalizirati tudi redoks reakcije, čemur se v preteklosti ni veliko posvečalo, je ekipa iz Georgie (ZDA) poskušala poustvariti avtentične pogoje, v katerih se na RNA veže zgolj železo. Reakcija, ki so jo katalizirali, je bila oksidacija 3,3',5,5-tetrametilbenzidina (TMB) z vodikovim peroksidom, testirali pa so 6 tipov RNA, DNA, ATP ter kontrolno skupino.

			Izkaže se, da so tRNA, rRNA ter bakterijski intron v prisotnosti železa dejansko sposobni katalizirati to reakcijo, česar z magnezijem niso bili sposobni. Ker gre predvsem pri tRNA in rRNA za evolucijsko izjemno stare strukture, to zbuja upanje, da smo dejansko naleteli na njihovo nekdanjo in nato pozabljeno funkcijo. Sedaj bo treba testirati še konkretne redoks reakcije v živih organizmih, kot je npr. redukcija ribonukleotidov v deoksiribonukleotide, s katero bi bila lahko katalitska RNA nekoč ustvarila prvo DNA.


	== Peter Prezelj: PGC1alfa4 regulira hipertrofijo skeletnega mišičnega tkiva ==		== Peter Prezelj: PGC1alfa4 regulira hipertrofijo skeletnega mišičnega tkiva ==

Peter Prezelj at 21:13, 27 May 2013

2013-05-27T21:13:08Z

← Older revision		Revision as of 21:13, 27 May 2013
Line 1:		Line 1:
			== Peter Prezelj: PGC1alfa4 regulira hipertrofijo skeletnega mišičnega tkiva ==

			PGC1alfa4 je novo odkrita oblika transkripcijskega koaktivatorja PGC1alfa, katera nastaja z alternativnim promotorjem pri prepisovanju mRNA. Dosedanje raziskave so pokazale, da PGC1alfa regulira energijski metabolizem, v izbrani raziskavi pa so ugotovili da PGC1alfa4 specifično regulira hipertrofijo oz. mišično rast v skeletnem mišičevju. Preko serije eksperimentov na miših in tudi ljudeh je bilo ugotovljeno, da ekspresija omenjenega proteina inducira nivo IGF-1 hormona ter znižuje raven miostatina v skeletnem mišičnem tkivu. Dvig eskpresije PGC1alfa4 v skeletni muskulaturi miši povzroči visoko stopnjo hipertrofije, dvig moči, zmanjšanje maščobnega tkiva ter izjemno odpornost na atrofijo, povzročeno z rakom. Ravno zaradi slednje lastnosti je ta novo odkriti protein izjemno pomemben za nadaljne raziskave na področju odpornosti proti propadanju mišičnega tkiva zaradi raznih bolezenskih stanj.

	== Ana Krišelj: Stabilizacija tubulina s posttranslacijskimi modifikacijami ==		== Ana Krišelj: Stabilizacija tubulina s posttranslacijskimi modifikacijami ==

AnaKri at 15:12, 27 May 2013

2013-05-27T15:12:12Z

← Older revision		Revision as of 15:12, 27 May 2013
Line 1:		Line 1:
			== Ana Krišelj: Stabilizacija tubulina s posttranslacijskimi modifikacijami ==

			Mikrotubuli (MT) so cilindrične strukture, sestavljene iz 13 protofilamentov in imajo približno 25 nm v premeru. Osnovna enota protofilamenta je dimer globularnih proteinov, α- in β-tubulina, ki sta trdno povezana z nekovalentno vezjo.
			Medtem ko so MT-ji v ostalih celicah hitro razgradljivi v prisotnosti prevelike koncentracije Ca2+, mraza in antimitotičnih zdravil, so le-ti v živčnih celicah neverjetno stabilni. To je seveda pomembno za normalno rast in razvoj aksona, vzdrževanje celične oblike, njene polariziranosti in znotraj celičnega transporta ter sekrecije.
			Čeprav so mehanizmi za stabilnost MT-jev še dokaj nejasni, nekatere študije predlagajo, da nevronski MT-ji, poleg MAP-ov (iz angleščine microtubule-associated proteins) vsebujejo biokemijsko modificirane tubulinske podenote. Poleg detirozinacije, glutaminacije, glicilacije in acetilacije, ki so kot post-translacijske modifikacije (PTM) prisotne na tubulinu v vseh celicah, je za nevrone značilna še post-translacijska vezava poliaminov, ki je katalizirana s transglutaminazo. To je encim, ki katalizira nastanek kovalentne vezi med prosto amino skupino poliamina in γ-karboksamidno skupino peptidno vezanega glutamina.
			S tem se na tubulin doda višek pozitivnega naboja, kar naj bi po mnenju raziskovalcev bolje stabiliziralo MT-je kot negativne ali nevtralne PTM.


	== Maja Zupančič: Jedrni receptorji PPARβ/δ in PPARα, ki usmerjajo metabolične procese za regulacijo v mišjem srcu ==		== Maja Zupančič: Jedrni receptorji PPARβ/δ in PPARα, ki usmerjajo metabolične procese za regulacijo v mišjem srcu ==

Jure Fabjan at 20:42, 20 May 2013

2013-05-20T20:42:38Z

← Older revision		Revision as of 20:42, 20 May 2013
Line 161:		Line 161:
	== Tadej Rozman: Protein Alfa-Sinuklein se obnaša kot virus. ==		== Tadej Rozman: Protein Alfa-Sinuklein se obnaša kot virus. ==
	Parkinsonova bolezen je nevrodegenerativna bolezen. Propadejo bazalni gangliji, ki proizvajajo dopamin in oseba ima motnje gibanja poleg vseh drugih težav. Veliko vzrokov je za nastanek te bolezni, eden od teh je kopičenje skupkov proteinov alfa-sinukleinov. Postavljena je hipoteza, da ti proteini potujejo med celicami in tudi okužijo celice kot virusi. Vstopijo z endocitozo in nato v celici raztrgajo membrano lizosoma. To počnejo samo napačno zviti alfa-sinukleini. Ta mutacija se zgodi na prvi domeni proteina. Aminokisline se zamenajo, kar povzroči napačno zvitje in kopičenje proteinov. So še dve domeni, ki pa imata drugačno nalogo. Tretja domena daje zelo negativen naboj in služi za fosforilizacijo.		Parkinsonova bolezen je nevrodegenerativna bolezen. Propadejo bazalni gangliji, ki proizvajajo dopamin in oseba ima motnje gibanja poleg vseh drugih težav. Veliko vzrokov je za nastanek te bolezni, eden od teh je kopičenje skupkov proteinov alfa-sinukleinov. Postavljena je hipoteza, da ti proteini potujejo med celicami in tudi okužijo celice kot virusi. Vstopijo z endocitozo in nato v celici raztrgajo membrano lizosoma. To počnejo samo napačno zviti alfa-sinukleini. Ta mutacija se zgodi na prvi domeni proteina. Aminokisline se zamenajo, kar povzroči napačno zvitje in kopičenje proteinov. So še dve domeni, ki pa imata drugačno nalogo. Tretja domena daje zelo negativen naboj in služi za fosforilizacijo.

			== Jure Fabjan: Vpliv Dkk1 na nevrogenezo v starosti ==
			Nevrogeneza je proces tvorbe novih nevronov. Večinoma se dogaja prenatalno, vendar je prisoten tudi kasneje v nekaterih delih možganov. Eden takih delov je tudi hipotalamus, ki je zadolžen za pretvorbo kratkoročnega spomina v dolgoročnega. Pri starejših osebah je dokaj pogost upad nevrogeneze ter posledično tudi pretvorbe spomina, saj ta lahko nastane le z novimi nevronskimi povezavami. Delovanje in razvoj nevronskih matičnih celic poleg drugega uravnavajo tudi signalne poti Wnt. Inhibitor le-teh je tudi družina proteinov Dickkopf (Dkk), ki z vezavo na transmembranske proteine prepreči vezavo Wnt ligandov. Vpliv inhibitorja na nevrogenezo je bil testiran s pomočjo gensko mutiranih miši s pomočjo Cre/loxP rekombinacije.

Maja.zupancic: Maja Zupančič: Jedrni receptorji PPARβ/δ in PPARα, ki usmerjajo metabolične procese za regulacijo v mišjem srcu

2013-05-20T20:28:53Z

Maja Zupančič: Jedrni receptorji PPARβ/δ in PPARα, ki usmerjajo metabolične procese za regulacijo v mišjem srcu

← Older revision		Revision as of 20:28, 20 May 2013
Line 1:		Line 1:
			== Maja Zupančič: Jedrni receptorji PPARβ/δ in PPARα, ki usmerjajo metabolične procese za regulacijo v mišjem srcu ==

			PPAR receptorji so skupina jedrnih proteinov, ki regulirajo ekspresijo genov. V raziskavi so preučevali dve skupini mišk z različnimi izraženimi PPAR receptorji. Prva skupina mišk ali »maratonske« miške, so imele povečano ekspresijo gena PPARβ/δ. Druga skupina mišk (»couch potato«) pa so imele izražen gen PPARα in srce teh mišk je bil model za diabetično srce. Ugotovili so, da pride pri miškah MHC-PPARα do nenormalnega nalaganja triacilglicerola v srčni mišici. Tako so ugotovili da ekspresija genov, k sodelujejo pri transportu maščobnih kislin v celice, ni odvisna od PPARβ/δ ampak od PPARα. Ko so miške izpostavili ishemiji in nato reperfuziji so ugotovili, da so miške MHC-PPARβ/δ imele veliko manj poškodovano srčno tkivo, kot pa MHC-PPARα miške. Fenotip srca miške MHC-PPARα je zelo podoben srcu diabetika, zato so znanstveniki lahko naredili povezavo med neobičajnim metabolizmom lipidov in glukoze v srčni mišici in nepravilnim delovanjem srca. Pojavijo se številne terapevtske strategije, ki bi bile usmerjenje k zmanjšanju maščobnih kislin in oksidacije in k zvišanju porabe glukoze v srčni mišici. Ena izmed terapevtskih možnosti je tudi selektivna aktivacija PPARβ/δ, saj je pri večji ekspresiji tega gena poškodba zaradi ishemije/reperfuzije manjša., vendar pa bile najprej potrebne raziskave na ljudeh.


	== Alja Zgonc: p53 učinkovito zatira razvoj tumorja v popolni odsotnosti p21, Puma in Noxa ==		== Alja Zgonc: p53 učinkovito zatira razvoj tumorja v popolni odsotnosti p21, Puma in Noxa ==

Alja Zgonc at 16:39, 20 May 2013

2013-05-20T16:39:53Z

← Older revision		Revision as of 16:39, 20 May 2013
Line 1:		Line 1:
			== Alja Zgonc: p53 učinkovito zatira razvoj tumorja v popolni odsotnosti p21, Puma in Noxa ==

			Rak je ena najpogostejših bolezni sodobnega časa. Večinoma nastane kot posledica različnih vzrokov, tako genetskih kot okoljskih. Najpogostejši razlog za nastanek raka so genske mutacije in poškodbe na DNA. Pod pojmom rak razumemo tudi maligne tumorje. Tumor je nenormalna masa tkiva, ki je posledica poškodbe DNA oziroma mutacije nekaterih pomembnih genov, ki nadzorujejo delitev celic. Eni izmed obrambnih načinov celice proti mutacijam so apoptoza, zaustavitev celičnega cikla in biološko staranje. Pri vseh treh procesih sodeluje protein p53. Pri več kot polovici rakov najdemo napake v genu za p53. Pri vseh drugih rakih, ki imajo normalen p53 genom, pa obstajajo napake v drugih genih, ki vplivajo na funkcije p53. Dolgo časa je veljalo prepričanje, da je glaven proces pri zmanjšanju tumorjev aktivacija apoptoze, ki poteka preko proteina Puma in Noxa. Za zaviranje G1/S celičnega cikla je nujno potreben protein p21. Novejše raziskave na miših, so pokazale, da aktivacija apoptoze in zaustavitev G1/S celičnega cikla nista nujno potrebna pri zatiranju tumorjev z p53. Prav tako so raziskave pokazale, da p53 še vedno lahko prepreči tvorbo raka, kljub temu da ne more ustaviti celično delitev in sprožiti celično smrt. Znanstveniki predvidevajo, da pri zatiranju tumorjev sodeluje več proteinov. Nadaljnje raziskave bodo pojasnile, točno kako p53 deluje in to znanje lahko pripomore k razvoju novih terapij za raka.

	== Luka Kavčič: Odsotnost proteina Sec24A zniža nivo holesterola v krvni plazmi preko zmanjšane sekrecije proteina PCSK9 ==		== Luka Kavčič: Odsotnost proteina Sec24A zniža nivo holesterola v krvni plazmi preko zmanjšane sekrecije proteina PCSK9 ==

Luka Kavčič at 15:23, 20 May 2013

2013-05-20T15:23:35Z

← Older revision		Revision as of 15:23, 20 May 2013
Line 1:		Line 1:
			== Luka Kavčič: Odsotnost proteina Sec24A zniža nivo holesterola v krvni plazmi preko zmanjšane sekrecije proteina PCSK9 ==

			Sekrecijska pot pri evkariontskih celicah poteka preko COPII-vezikularnega transporta iz Endoplazemskega retikla v Golgijev aparat. Nastanek vezikularnega COPII ovoja je aktiviran z GTP-azo imenovano SAR1, katera s pomočjo hidrolize GTP tvori notranji heterodimerni ovoj proteinov SEC23 in SEC24. Za tem nastane še zunanji heterotertamerni ovoj proteinov SEC13 in SEC31.
			Celice miši z popolno odsotnostjo gena za enega od gradnikov tega COPII ovoja, SEC24A, imajo normalen razvoj ter običajno življenjsko dobo v primerjavi z normalni vrstniki. Kljub temu so pri teh miših opazili nepričakovano znižanje ravni holesterola zaradi specifične blokade sekrecije PCSK9 proteina, ki je celični regulator LDL receptorjev, kateri so ključni pri regulaciji LDL v krvni plazmi. Ob odsotnosti SEC24A je na površini celic večja količina LDL receptorjev, ki lahko iz krvi odstranjujejo več LDL molekul. Odsotnost SEC24A proteina na druge procese v jetrih, ki so odvisni od COPII transporta, kot je npr. SREBP aktivacija ali pa pakiranje nespecifičnega tovora LMAN1, ni vplivala.
			Ta raziskava kaže na nov potencialen pristop k nižanju nivoja holesterola s pomočjo blokade pakiranja PCSK9 proteina v COPII vezikle, ki bi lahko bil uporaben samostojno ali pa v povezavi s statini.

	== Marjeta Horvat: Spremenjeno izražanje genov kot posledica metode RYGB oz. obvoda želodca ==		== Marjeta Horvat: Spremenjeno izražanje genov kot posledica metode RYGB oz. obvoda želodca ==

Marjeta.horvat at 21:26, 13 May 2013

2013-05-13T21:26:02Z

← Older revision		Revision as of 21:26, 13 May 2013
Line 1:		Line 1:
			== Marjeta Horvat: Spremenjeno izražanje genov kot posledica metode RYGB oz. obvoda želodca ==

			Roux-en-Y gastric bypass (RYGB) ali po slovensko obvod želodca je ena od najbolj uspešnih operacijskih metod v boju proti odvečnim kilogramom pri morbidno debelih ljudeh. Sodi v skupino restriktivnih (zmanjšanje prostornine želodca) in malabsorptivnih (zmanjšanje površine želodca) metod. Znanstveniki so v svoji raziskavi skušali ugotoviti, kakšna je razlika v izražanju genov pred in po operaciji. Zanimal jih je torej vpliv okoljskih dejavnikov na izražanje genov. Gensko izražanje namreč ni odvisno zgolj od podedovanih informacij, ampak lahko nanj vplivajo tudi okoljski faktorji (epigenetika; epi = zunaj), pri čemer pa se sam kodiran zapis ne spremeni. Ena izmed najpogostejših takšnih kemijskih sprememb je metilacija DNA (vezava metilne skupine na verigo DNA). Ugotovili so, da je debelost povezana z drugače izraženo podskupino genov, ki so pomembni za metabolne procese in mitohondrijske funkcije. Po operaciji se je izražanje teh genov normaliziralo na nivo zdravih ljudi, ki so jih prav tako proučevali za primerjavo. Raziskovali so tudi dva gena: PGC-1α in PDK4, ki sta pomembna pri mitohondrijskih funkcijah. Izkazalo se je, da sta pri debelih ljudeh drugače izražena, po izgubi teže zaradi operacije pa temu ni več bilo tako. V splošnem so dokazali, da imata debelost in obvod želodca velik vpliv na epigenom.

	== Urša Kapš: Smc5/Smc6/MAGE kompleks daje odpornost pred kofeinom in genotoksičnim stresom v Drosophila melanogaster ==		== Urša Kapš: Smc5/Smc6/MAGE kompleks daje odpornost pred kofeinom in genotoksičnim stresom v Drosophila melanogaster ==

Urša Kapš at 18:30, 13 May 2013

2013-05-13T18:30:01Z

← Older revision		Revision as of 18:30, 13 May 2013
Line 1:		Line 1:
			== Urša Kapš: Smc5/Smc6/MAGE kompleks daje odpornost pred kofeinom in genotoksičnim stresom v Drosophila melanogaster ==

			SMC5/6 proteinski kompleksi so sestavljeni iz Smc5, Smc6 in Nse (Non-Smc-Element) proteinov in so pomembni za genomsko stabilnost v mnogih vrstah. Da bi našli nove komponente v DNA popravljalni poti, so znanstveniki izvedli genetske raziskave, da bi identificirali mutacije, ki povzročijo zmanjšanje odpornosti pred genotoksičnimi efekti kofeina, kateri inhibira ATM in ATR DNA poškodovane odzivne proteine. Ta predlog prepozna nedejavnost mutacij v CG5524 in MAGE (homologi genskega kodiranja Smc6 in Nse3 v kvasovkah). Dejstvo, da so Smc5 mutacije kofeinsko občutljive in da MAGE fizično reagira s homologi Nse proteinov vinske mušice nam pove, da je struktura Smc5/6 kompleksa shranjena v vinski mušici. Čeprav so Smc5/6 proteini potrebni za uspešno delovanje S. cerevisiae, v vinski mušici pod normalnimi okoliščinami, niso ključni. Kakorkoli že, so mutacije v Smc5, Smc6 in MAGE v mušicah preobčutljive na genotoksična sredstva, kot so ionsko sevanje, hidroksiurea in alkalijsko sredstvo metil metansulfonat. Združljivost z Smc5/6 kompleksom ponuja ohranitveno vlogo v genomski stabilnosti. Kofeinska sprožitev apoptoze v mutantih se zavira z izgubo Rad51. Funkcionalne interakcije vsebujejo homologno popravljalne poti DNA, ki služijo nadaljnjim preiskavam. Nova spoznanja o Smc5/6 kompleksu, pridobljena preko opisane raziskave, so privedla do novih izzivov za razumevanje vloge skrivnostnega kromatinskega faktorja v večceličnih organizmih.

	== Mojca Kostanjevec: Sintetični nanodelci funkcionalizirani z levkocitnimi membranami ==		== Mojca Kostanjevec: Sintetični nanodelci funkcionalizirani z levkocitnimi membranami ==

TadejR at 22:10, 6 May 2013

2013-05-06T22:10:06Z

← Older revision		Revision as of 22:10, 6 May 2013
Line 137:		Line 137:

	== Tadej Rozman: Protein Alfa-Sinuklein se obnaša kot virus. ==		== Tadej Rozman: Protein Alfa-Sinuklein se obnaša kot virus. ==
	Parkinsonova bolezen je nevrodegenerativna bolezen. Propadejo bazalni gangliji, ki proizvajajo dopamin in oseba ima motnje gibanja poleg vseh drugih težav. Veliko vzrokov je za nastanek te bolezni, eden od teh je kopičenje skupkov proteinov alfa-sinukleinov. Postavljena je hipoteza, da ti proteini potujejo med celicami in tudi okužijo celice kot virusi. Vstopijo z endocitozo in nato v celici raztrgajo membrano lizosoma. To počnejo samo napačno zviti alfa-sinukleini. ~~Protein je sestavljen iz treh domen~~. ~~Prva domena je zadolžena za~~ zvitje ~~proteina~~, ~~zadnja~~ pa za naboj in fosforilizacijo ~~z membrano. Mutiranje se zgodi na točno določenih delih domen~~.		Parkinsonova bolezen je nevrodegenerativna bolezen. Propadejo bazalni gangliji, ki proizvajajo dopamin in oseba ima motnje gibanja poleg vseh drugih težav. Veliko vzrokov je za nastanek te bolezni, eden od teh je kopičenje skupkov proteinov alfa-sinukleinov. Postavljena je hipoteza, da ti proteini potujejo med celicami in tudi okužijo celice kot virusi. Vstopijo z endocitozo in nato v celici raztrgajo membrano lizosoma. To počnejo samo napačno zviti alfa-sinukleini. Ta mutacija se zgodi na prvi domeni proteina. Aminokisline se zamenajo, kar povzroči napačno zvitje in kopičenje proteinov. So še dve domeni, ki pa imata drugačno nalogo. Tretja domena daje zelo negativen naboj in služi za fosforilizacijo.