TBK2015 Povzetki seminarjev - Revision history

Jaka Kos: /* Jaka Kos: aktivacija in kontrola genov preko svetlobe */

2015-05-26T16:49:37Z

Jaka Kos: aktivacija in kontrola genov preko svetlobe

← Older revision		Revision as of 16:49, 26 May 2015
Line 110:		Line 110:
	Melanom velja za enega izmed najbolj agresivnih vrst raka - je zelo invaziven, odporen na običajne terapije in se pogosto ponovi. Melanomi za svojo rast in invazijo potrebujejo de novo biosintezo nukleotidov. V prejšnjih raziskavah so ugotovili povezavo med sintezo gvanilatov in invazijo melanomskih celic, torej bi lahko z zaustavitvijo sinteze le-teh zdravili ta tip raka. Raziskava, na kateri temelji izbrani članek, predlaga inhibiranje gvanozin monofosfat sintaze (GMPS) (encim, ki ga celica potrebuje za sintezo gvanozin monofosfata (GMP)), z angustmicinom A, kot nov način terapije za metastazne melanome z mutacijo tipa BRAFV600E in NRASQ61R. Posledica potrebe celic po nukleotidih je velika količina encimov, ki jih sintetizirajo. Raziskali so več različnih povezav med GMPS in melanomskimi celicami, in sicer: vpliv GMPS na invazijo celic, vpliv pomanjkanja GPMS na tumorigenezo melanomskih celic, količino GMPS v melanomskih celicah glede na stopnjo napredovanja melanoma, farmakološki vpliv angustmicina A na GMPS in vpliv angustmicina A na melanomske celice v miših. Odkrili so, da GMPS močno vpliva na rast in invazijo melanomskih celic, na njihovo sposobnost razgradnje zunajceličnega matriksa in na tumorigenezo. Prav tako so potrdili svoja domnevanja glede tega, da se GMPS veliko bolj izraža v kasnejših stopnjah razvoja tumorja, ko se tvorijo metastaze. S tem so svoje hipoteze potrdili in naredili dobro podlago za prihodnje raziskave.		Melanom velja za enega izmed najbolj agresivnih vrst raka - je zelo invaziven, odporen na običajne terapije in se pogosto ponovi. Melanomi za svojo rast in invazijo potrebujejo de novo biosintezo nukleotidov. V prejšnjih raziskavah so ugotovili povezavo med sintezo gvanilatov in invazijo melanomskih celic, torej bi lahko z zaustavitvijo sinteze le-teh zdravili ta tip raka. Raziskava, na kateri temelji izbrani članek, predlaga inhibiranje gvanozin monofosfat sintaze (GMPS) (encim, ki ga celica potrebuje za sintezo gvanozin monofosfata (GMP)), z angustmicinom A, kot nov način terapije za metastazne melanome z mutacijo tipa BRAFV600E in NRASQ61R. Posledica potrebe celic po nukleotidih je velika količina encimov, ki jih sintetizirajo. Raziskali so več različnih povezav med GMPS in melanomskimi celicami, in sicer: vpliv GMPS na invazijo celic, vpliv pomanjkanja GPMS na tumorigenezo melanomskih celic, količino GMPS v melanomskih celicah glede na stopnjo napredovanja melanoma, farmakološki vpliv angustmicina A na GMPS in vpliv angustmicina A na melanomske celice v miših. Odkrili so, da GMPS močno vpliva na rast in invazijo melanomskih celic, na njihovo sposobnost razgradnje zunajceličnega matriksa in na tumorigenezo. Prav tako so potrdili svoja domnevanja glede tega, da se GMPS veliko bolj izraža v kasnejših stopnjah razvoja tumorja, ko se tvorijo metastaze. S tem so svoje hipoteze potrdili in naredili dobro podlago za prihodnje raziskave.

	=== Jaka Kos: ~~aktivacija~~ in kontrola genov preko svetlobe ===		=== Jaka Kos: Aktivacija in kontrola genov preko svetlobe ===
	Transkripcija je proces kjer se genska informacija iz DNK prepiše v informacijsko RNK (mRNK). Začne se z odpiranjem DNK, ki ga povzroči promoter.Traskripcijski faktorji, kot je promoter, torej regulirajo izražanje genov. S tem znanjem so znanstveniki začeli uravnavati aktivacijo genov z različnimi metodami. Najboljša izmed njih je CRISPR-Cas9, ki uporablja proteine Cas9 kot promoterje ali pa dCas9 kot aktivatorje promotorjev. Dodatek k temu pa je še uporaba CRY2 in CIB1 proteinov, ki pa se odzivajo na svetlobo. To pomeni, da povezani s transkripcijskim aktivatorjem VP64 le ob prisotnosti svetlobe aktivirajo postopek transkripcije, kar znanstevikom omogoča aktivacijo in kontrolo nad izražanjem genov. Te hipoteze so tudi potrdili z raznimi raziskavami inkubiranja celic pod modro svetlobo v primerjavi z inkubiranjem v temi. Ugotovili pa so, da lahko kontrolirajo tudi količino izražanja in nastajanja mRNK z večstopenjskim izmeničnim inkubiranjem pod svetlobo in brez nje.		Transkripcija je proces kjer se genska informacija iz DNK prepiše v informacijsko RNK (mRNK). Začne se z odpiranjem DNK, ki ga povzroči promoter.Traskripcijski faktorji, kot je promoter, torej regulirajo izražanje genov. S tem znanjem so znanstveniki začeli uravnavati aktivacijo genov z različnimi metodami. Najboljša izmed njih je CRISPR-Cas9, ki uporablja proteine Cas9 kot promoterje ali pa dCas9 kot aktivatorje promotorjev. Dodatek k temu pa je še uporaba CRY2 in CIB1 proteinov, ki pa se odzivajo na svetlobo. To pomeni, da povezani s transkripcijskim aktivatorjem VP64 le ob prisotnosti svetlobe aktivirajo postopek transkripcije, kar znanstevikom omogoča aktivacijo in kontrolo nad izražanjem genov. Te hipoteze so tudi potrdili z raznimi raziskavami inkubiranja celic pod modro svetlobo v primerjavi z inkubiranjem v temi. Ugotovili pa so, da lahko kontrolirajo tudi količino izražanja in nastajanja mRNK z večstopenjskim izmeničnim inkubiranjem pod svetlobo in brez nje.

Jaka Kos at 16:27, 26 May 2015

2015-05-26T16:27:46Z

← Older revision		Revision as of 16:27, 26 May 2015
Line 109:		Line 109:
	=== Petra Hruševar: Zmanjšanje invazivnosti melanomskih celic in tumorigeneze z inhibiranjem GMPS ===		=== Petra Hruševar: Zmanjšanje invazivnosti melanomskih celic in tumorigeneze z inhibiranjem GMPS ===
	Melanom velja za enega izmed najbolj agresivnih vrst raka - je zelo invaziven, odporen na običajne terapije in se pogosto ponovi. Melanomi za svojo rast in invazijo potrebujejo de novo biosintezo nukleotidov. V prejšnjih raziskavah so ugotovili povezavo med sintezo gvanilatov in invazijo melanomskih celic, torej bi lahko z zaustavitvijo sinteze le-teh zdravili ta tip raka. Raziskava, na kateri temelji izbrani članek, predlaga inhibiranje gvanozin monofosfat sintaze (GMPS) (encim, ki ga celica potrebuje za sintezo gvanozin monofosfata (GMP)), z angustmicinom A, kot nov način terapije za metastazne melanome z mutacijo tipa BRAFV600E in NRASQ61R. Posledica potrebe celic po nukleotidih je velika količina encimov, ki jih sintetizirajo. Raziskali so več različnih povezav med GMPS in melanomskimi celicami, in sicer: vpliv GMPS na invazijo celic, vpliv pomanjkanja GPMS na tumorigenezo melanomskih celic, količino GMPS v melanomskih celicah glede na stopnjo napredovanja melanoma, farmakološki vpliv angustmicina A na GMPS in vpliv angustmicina A na melanomske celice v miših. Odkrili so, da GMPS močno vpliva na rast in invazijo melanomskih celic, na njihovo sposobnost razgradnje zunajceličnega matriksa in na tumorigenezo. Prav tako so potrdili svoja domnevanja glede tega, da se GMPS veliko bolj izraža v kasnejših stopnjah razvoja tumorja, ko se tvorijo metastaze. S tem so svoje hipoteze potrdili in naredili dobro podlago za prihodnje raziskave.		Melanom velja za enega izmed najbolj agresivnih vrst raka - je zelo invaziven, odporen na običajne terapije in se pogosto ponovi. Melanomi za svojo rast in invazijo potrebujejo de novo biosintezo nukleotidov. V prejšnjih raziskavah so ugotovili povezavo med sintezo gvanilatov in invazijo melanomskih celic, torej bi lahko z zaustavitvijo sinteze le-teh zdravili ta tip raka. Raziskava, na kateri temelji izbrani članek, predlaga inhibiranje gvanozin monofosfat sintaze (GMPS) (encim, ki ga celica potrebuje za sintezo gvanozin monofosfata (GMP)), z angustmicinom A, kot nov način terapije za metastazne melanome z mutacijo tipa BRAFV600E in NRASQ61R. Posledica potrebe celic po nukleotidih je velika količina encimov, ki jih sintetizirajo. Raziskali so več različnih povezav med GMPS in melanomskimi celicami, in sicer: vpliv GMPS na invazijo celic, vpliv pomanjkanja GPMS na tumorigenezo melanomskih celic, količino GMPS v melanomskih celicah glede na stopnjo napredovanja melanoma, farmakološki vpliv angustmicina A na GMPS in vpliv angustmicina A na melanomske celice v miših. Odkrili so, da GMPS močno vpliva na rast in invazijo melanomskih celic, na njihovo sposobnost razgradnje zunajceličnega matriksa in na tumorigenezo. Prav tako so potrdili svoja domnevanja glede tega, da se GMPS veliko bolj izraža v kasnejših stopnjah razvoja tumorja, ko se tvorijo metastaze. S tem so svoje hipoteze potrdili in naredili dobro podlago za prihodnje raziskave.

			=== Jaka Kos: aktivacija in kontrola genov preko svetlobe ===
			Transkripcija je proces kjer se genska informacija iz DNK prepiše v informacijsko RNK (mRNK). Začne se z odpiranjem DNK, ki ga povzroči promoter.Traskripcijski faktorji, kot je promoter, torej regulirajo izražanje genov. S tem znanjem so znanstveniki začeli uravnavati aktivacijo genov z različnimi metodami. Najboljša izmed njih je CRISPR-Cas9, ki uporablja proteine Cas9 kot promoterje ali pa dCas9 kot aktivatorje promotorjev. Dodatek k temu pa je še uporaba CRY2 in CIB1 proteinov, ki pa se odzivajo na svetlobo. To pomeni, da povezani s transkripcijskim aktivatorjem VP64 le ob prisotnosti svetlobe aktivirajo postopek transkripcije, kar znanstevikom omogoča aktivacijo in kontrolo nad izražanjem genov. Te hipoteze so tudi potrdili z raznimi raziskavami inkubiranja celic pod modro svetlobo v primerjavi z inkubiranjem v temi. Ugotovili pa so, da lahko kontrolirajo tudi količino izražanja in nastajanja mRNK z večstopenjskim izmeničnim inkubiranjem pod svetlobo in brez nje.

PetraHruševar: /* Petra Hruševar: Zmanjšanje invazivnosti melanomskih celic in tumorigeneze z inhibiranjem GMPS */

2015-05-25T18:43:38Z

Petra Hruševar: Zmanjšanje invazivnosti melanomskih celic in tumorigeneze z inhibiranjem GMPS

← Older revision		Revision as of 18:43, 25 May 2015
Line 108:		Line 108:

	=== Petra Hruševar: Zmanjšanje invazivnosti melanomskih celic in tumorigeneze z inhibiranjem GMPS ===		=== Petra Hruševar: Zmanjšanje invazivnosti melanomskih celic in tumorigeneze z inhibiranjem GMPS ===
	Melanom velja za enega izmed najbolj agresivnih vrst raka - je zelo invaziven, odporen na običajne terapije in se pogosto ponovi. Melanomi za svojo rast in invazijo potrebujejo de novo biosintezo nukleotidov. V prejšnjih raziskavah so ugotovili povezavo med sintezo gvanilatov in invazijo melanomskih celic, torej bi lahko z zaustavitvijo sinteze le-teh zdravili ta tip raka. Raziskava, na kateri temelji izbrani članek, predlaga inhibiranje gvanozin monofosfat sintaze (GMPS) (encim, ki ga celica potrebuje za sintezo gvanozin monofosfata (GMP)), z angustmicinom A, kot nov način terapije za metastazne melanome z mutacijo tipa BRAFV600E in NRASQ61R. Posledica potrebe celic po nukleotidih je velika količina encimov, ki jih sintetizirajo. Raziskali so več različnih povezav med GMPS in melanomskimi celicami, in sicer: vpliv GMPS na invazijo celic, vpliv pomanjkanja GPMS na tumorigenezo melanomskih celic, količino GMPS v melanomskih celicah glede na stopnjo napredovanja melanoma, ~~farmakološko ciljanje~~ GMPS ~~z angustmicinom A~~ in vpliv angustmicina A na melanomske celice v miših. Odkrili so, da GMPS močno vpliva na rast in invazijo melanomskih celic, na njihovo sposobnost razgradnje zunajceličnega matriksa in na tumorigenezo. Prav tako so potrdili svoja domnevanja glede tega, da se GMPS veliko bolj izraža v kasnejših stopnjah razvoja tumorja, ko se tvorijo metastaze. S tem so svoje hipoteze potrdili in naredili dobro podlago za prihodnje raziskave.		Melanom velja za enega izmed najbolj agresivnih vrst raka - je zelo invaziven, odporen na običajne terapije in se pogosto ponovi. Melanomi za svojo rast in invazijo potrebujejo de novo biosintezo nukleotidov. V prejšnjih raziskavah so ugotovili povezavo med sintezo gvanilatov in invazijo melanomskih celic, torej bi lahko z zaustavitvijo sinteze le-teh zdravili ta tip raka. Raziskava, na kateri temelji izbrani članek, predlaga inhibiranje gvanozin monofosfat sintaze (GMPS) (encim, ki ga celica potrebuje za sintezo gvanozin monofosfata (GMP)), z angustmicinom A, kot nov način terapije za metastazne melanome z mutacijo tipa BRAFV600E in NRASQ61R. Posledica potrebe celic po nukleotidih je velika količina encimov, ki jih sintetizirajo. Raziskali so več različnih povezav med GMPS in melanomskimi celicami, in sicer: vpliv GMPS na invazijo celic, vpliv pomanjkanja GPMS na tumorigenezo melanomskih celic, količino GMPS v melanomskih celicah glede na stopnjo napredovanja melanoma, farmakološki vpliv angustmicina A na GMPS in vpliv angustmicina A na melanomske celice v miših. Odkrili so, da GMPS močno vpliva na rast in invazijo melanomskih celic, na njihovo sposobnost razgradnje zunajceličnega matriksa in na tumorigenezo. Prav tako so potrdili svoja domnevanja glede tega, da se GMPS veliko bolj izraža v kasnejših stopnjah razvoja tumorja, ko se tvorijo metastaze. S tem so svoje hipoteze potrdili in naredili dobro podlago za prihodnje raziskave.

PetraHruševar at 17:45, 25 May 2015

2015-05-25T17:45:48Z

← Older revision		Revision as of 17:45, 25 May 2015
Line 106:		Line 106:
	=== Eva Rajh: Vloga elongaze 7 pri replikaciji človeškega citomegalovirusa ===		=== Eva Rajh: Vloga elongaze 7 pri replikaciji človeškega citomegalovirusa ===
	Človeški citomegalovirus je virus, ki pripada družini herpesvirusov, okužba je tudi v zahodnjem svetu zelo pogosta in ocenjeno je, da je več kot 60% svetovne populacije okužene. Po okuži organizem ne povzroča vidnih simptomov dokler je pacientov imunski sistem funkcionalen. Citomegalovirus ima kapsido obdano z plastjo fosfolipidnega dvosloja imenovano virusna ovojnica, katere ena od vlog je maskiranje virusnega delca pred gostiteljevim imunskim sistemom. Virus po okužbi prevzame nadzor nad celičnim metabolizmom maščobnih kislin in s ga preusmeri v elongacijo palmitinske kisline. Virusni protein pUL38 prepreči naravni odziv celice, da ob infekciji preide v stanje stresa in ob tem zaustavi lipogenezo. Pri blokiranju celičnega proteina mTOR na katerega virusni pUL38 vpliva lahko popolnoma preprečimo izpustitev novih virusnih delcev iz okuženih celic. Za uspešno replikacijo človeškega citomegalovirusa je potrebno delovanje elongaze 7, proteina kinaze, ki podajšuje nasičene maščobne verige z malonyl-CoA da nastajajo verige, ki imajo med 24 in 28 ogljikovih atomov dolge maščobno-kislinske repe.		Človeški citomegalovirus je virus, ki pripada družini herpesvirusov, okužba je tudi v zahodnjem svetu zelo pogosta in ocenjeno je, da je več kot 60% svetovne populacije okužene. Po okuži organizem ne povzroča vidnih simptomov dokler je pacientov imunski sistem funkcionalen. Citomegalovirus ima kapsido obdano z plastjo fosfolipidnega dvosloja imenovano virusna ovojnica, katere ena od vlog je maskiranje virusnega delca pred gostiteljevim imunskim sistemom. Virus po okužbi prevzame nadzor nad celičnim metabolizmom maščobnih kislin in s ga preusmeri v elongacijo palmitinske kisline. Virusni protein pUL38 prepreči naravni odziv celice, da ob infekciji preide v stanje stresa in ob tem zaustavi lipogenezo. Pri blokiranju celičnega proteina mTOR na katerega virusni pUL38 vpliva lahko popolnoma preprečimo izpustitev novih virusnih delcev iz okuženih celic. Za uspešno replikacijo človeškega citomegalovirusa je potrebno delovanje elongaze 7, proteina kinaze, ki podajšuje nasičene maščobne verige z malonyl-CoA da nastajajo verige, ki imajo med 24 in 28 ogljikovih atomov dolge maščobno-kislinske repe.

			=== Petra Hruševar: Zmanjšanje invazivnosti melanomskih celic in tumorigeneze z inhibiranjem GMPS ===
			Melanom velja za enega izmed najbolj agresivnih vrst raka - je zelo invaziven, odporen na običajne terapije in se pogosto ponovi. Melanomi za svojo rast in invazijo potrebujejo de novo biosintezo nukleotidov. V prejšnjih raziskavah so ugotovili povezavo med sintezo gvanilatov in invazijo melanomskih celic, torej bi lahko z zaustavitvijo sinteze le-teh zdravili ta tip raka. Raziskava, na kateri temelji izbrani članek, predlaga inhibiranje gvanozin monofosfat sintaze (GMPS) (encim, ki ga celica potrebuje za sintezo gvanozin monofosfata (GMP)), z angustmicinom A, kot nov način terapije za metastazne melanome z mutacijo tipa BRAFV600E in NRASQ61R. Posledica potrebe celic po nukleotidih je velika količina encimov, ki jih sintetizirajo. Raziskali so več različnih povezav med GMPS in melanomskimi celicami, in sicer: vpliv GMPS na invazijo celic, vpliv pomanjkanja GPMS na tumorigenezo melanomskih celic, količino GMPS v melanomskih celicah glede na stopnjo napredovanja melanoma, farmakološko ciljanje GMPS z angustmicinom A in vpliv angustmicina A na melanomske celice v miših. Odkrili so, da GMPS močno vpliva na rast in invazijo melanomskih celic, na njihovo sposobnost razgradnje zunajceličnega matriksa in na tumorigenezo. Prav tako so potrdili svoja domnevanja glede tega, da se GMPS veliko bolj izraža v kasnejših stopnjah razvoja tumorja, ko se tvorijo metastaze. S tem so svoje hipoteze potrdili in naredili dobro podlago za prihodnje raziskave.

Evarajh at 18:28, 19 May 2015

2015-05-19T18:28:17Z

← Older revision		Revision as of 18:28, 19 May 2015
Line 103:		Line 103:
	=== Elvira Boršić: Inaktivacija kromosoma X z RNA genom ===		=== Elvira Boršić: Inaktivacija kromosoma X z RNA genom ===
	Pri sesalcih razliko med spoloma določata kompleta kromosomov XX in XY. Inaktivacija naključnega kromosoma X preprečuje, da bi ženske imele dodaten funkcionalen kromosom X, saj bi to lahko vodilo v smrt. Pri tem procesu ima ključno vlogo X-inaktivacijski specifični transkript (Xist). Gre za RNA gen, ki z vezavo proteinskega kompleksa zavira prepisovanje enega od omenjenih kromosomov. Do zdaj še ni bilo znano, kateri proteini so direktno vezani na RNA gen in neposredno sodelujejo pri Xist povzročenem transkripcijskem utišanju. Raziskovalci so razvili komplementarno RNA izolacijo z masno spektrometrijo (RAP-MS), saj dosedanji postopki niso dali rezultatov. Zaradi splošnega pristopa jo lahko uporabimo za določanje direktnih povezav proteinov s katerokoli dolgo nekodirajočo RNA. Z RAP-MS so identificirali deset proteinov. Za polovico izoliranih je že bilo znano, da sodelujejo pri transkripcijski represiji, regulaciji kromatina in organizaciji jedra. Določili so, da samo trije neposredno vezani proteini vplivajo na utišanje kromosoma. Xist deluje tako, da s širjenjem po bodočem neaktivnem kromosomu X izključi RNA-polimerazo II in povzroči zgoščanje kromatina. S poskusi so dokazali, da SHARP, protein vezan na Xist, utiša transkripcijo preko SMRT in HDAC3 kompleksa.		Pri sesalcih razliko med spoloma določata kompleta kromosomov XX in XY. Inaktivacija naključnega kromosoma X preprečuje, da bi ženske imele dodaten funkcionalen kromosom X, saj bi to lahko vodilo v smrt. Pri tem procesu ima ključno vlogo X-inaktivacijski specifični transkript (Xist). Gre za RNA gen, ki z vezavo proteinskega kompleksa zavira prepisovanje enega od omenjenih kromosomov. Do zdaj še ni bilo znano, kateri proteini so direktno vezani na RNA gen in neposredno sodelujejo pri Xist povzročenem transkripcijskem utišanju. Raziskovalci so razvili komplementarno RNA izolacijo z masno spektrometrijo (RAP-MS), saj dosedanji postopki niso dali rezultatov. Zaradi splošnega pristopa jo lahko uporabimo za določanje direktnih povezav proteinov s katerokoli dolgo nekodirajočo RNA. Z RAP-MS so identificirali deset proteinov. Za polovico izoliranih je že bilo znano, da sodelujejo pri transkripcijski represiji, regulaciji kromatina in organizaciji jedra. Določili so, da samo trije neposredno vezani proteini vplivajo na utišanje kromosoma. Xist deluje tako, da s širjenjem po bodočem neaktivnem kromosomu X izključi RNA-polimerazo II in povzroči zgoščanje kromatina. S poskusi so dokazali, da SHARP, protein vezan na Xist, utiša transkripcijo preko SMRT in HDAC3 kompleksa.

			=== Eva Rajh: Vloga elongaze 7 pri replikaciji človeškega citomegalovirusa ===
			Človeški citomegalovirus je virus, ki pripada družini herpesvirusov, okužba je tudi v zahodnjem svetu zelo pogosta in ocenjeno je, da je več kot 60% svetovne populacije okužene. Po okuži organizem ne povzroča vidnih simptomov dokler je pacientov imunski sistem funkcionalen. Citomegalovirus ima kapsido obdano z plastjo fosfolipidnega dvosloja imenovano virusna ovojnica, katere ena od vlog je maskiranje virusnega delca pred gostiteljevim imunskim sistemom. Virus po okužbi prevzame nadzor nad celičnim metabolizmom maščobnih kislin in s ga preusmeri v elongacijo palmitinske kisline. Virusni protein pUL38 prepreči naravni odziv celice, da ob infekciji preide v stanje stresa in ob tem zaustavi lipogenezo. Pri blokiranju celičnega proteina mTOR na katerega virusni pUL38 vpliva lahko popolnoma preprečimo izpustitev novih virusnih delcev iz okuženih celic. Za uspešno replikacijo človeškega citomegalovirusa je potrebno delovanje elongaze 7, proteina kinaze, ki podajšuje nasičene maščobne verige z malonyl-CoA da nastajajo verige, ki imajo med 24 in 28 ogljikovih atomov dolge maščobno-kislinske repe.

Elvira B at 17:14, 19 May 2015

2015-05-19T17:14:32Z

← Older revision		Revision as of 17:14, 19 May 2015
Line 100:		Line 100:
	=== Miha Koprivnikar Krajnc: Boj za železo ===		=== Miha Koprivnikar Krajnc: Boj za železo ===
	Kovine oziroma kovinski ioni so izrednega pomena za organizme, saj se vključujejo v življenjsko pomembne proteine proteine. Zato je odstranjevanje prostih (serumskih) kovinski ionov in njihovo shranjevanje v celice bistvenega pomena pri imunskem odzivu, saj s tem organizem odtegne patogenom nujno potrebne kofaktorje metaloproteinov in s tem zavira proliferacijo takih organizmov. Bistven igralec pri tem je hepcidin, protein, ki inaktivira eksporter železa feroportin in s te povzroči kopičenje železa v določenih celicah in pomanjkanje le-tega v medceličnini. Hepcidin je sprožen kot odziv na stimuliran TLR4, ki zazna molekule patogenov. Vendar pa so raziskovalci odkrili, da se da feroportin utišati neposredno, in sicer s stimulacijo TLR6 z lipoproteinom FSL1. In ker je ta, novi, odziv neposreden je tudi hitrejši in zato bolj primeren pri vnetjih za zatiranje rasti bakterij in drugih škodljivih organizmov. Z izsledki raziskav se odpirajo vrata zdravljenjem boleznim, kot sta hemokromatoza in beta talasemija, pri katerih je v tkivih železa preveč in ima toksičen učinek.		Kovine oziroma kovinski ioni so izrednega pomena za organizme, saj se vključujejo v življenjsko pomembne proteine proteine. Zato je odstranjevanje prostih (serumskih) kovinski ionov in njihovo shranjevanje v celice bistvenega pomena pri imunskem odzivu, saj s tem organizem odtegne patogenom nujno potrebne kofaktorje metaloproteinov in s tem zavira proliferacijo takih organizmov. Bistven igralec pri tem je hepcidin, protein, ki inaktivira eksporter železa feroportin in s te povzroči kopičenje železa v določenih celicah in pomanjkanje le-tega v medceličnini. Hepcidin je sprožen kot odziv na stimuliran TLR4, ki zazna molekule patogenov. Vendar pa so raziskovalci odkrili, da se da feroportin utišati neposredno, in sicer s stimulacijo TLR6 z lipoproteinom FSL1. In ker je ta, novi, odziv neposreden je tudi hitrejši in zato bolj primeren pri vnetjih za zatiranje rasti bakterij in drugih škodljivih organizmov. Z izsledki raziskav se odpirajo vrata zdravljenjem boleznim, kot sta hemokromatoza in beta talasemija, pri katerih je v tkivih železa preveč in ima toksičen učinek.

			=== Elvira Boršić: Inaktivacija kromosoma X z RNA genom ===
			Pri sesalcih razliko med spoloma določata kompleta kromosomov XX in XY. Inaktivacija naključnega kromosoma X preprečuje, da bi ženske imele dodaten funkcionalen kromosom X, saj bi to lahko vodilo v smrt. Pri tem procesu ima ključno vlogo X-inaktivacijski specifični transkript (Xist). Gre za RNA gen, ki z vezavo proteinskega kompleksa zavira prepisovanje enega od omenjenih kromosomov. Do zdaj še ni bilo znano, kateri proteini so direktno vezani na RNA gen in neposredno sodelujejo pri Xist povzročenem transkripcijskem utišanju. Raziskovalci so razvili komplementarno RNA izolacijo z masno spektrometrijo (RAP-MS), saj dosedanji postopki niso dali rezultatov. Zaradi splošnega pristopa jo lahko uporabimo za določanje direktnih povezav proteinov s katerokoli dolgo nekodirajočo RNA. Z RAP-MS so identificirali deset proteinov. Za polovico izoliranih je že bilo znano, da sodelujejo pri transkripcijski represiji, regulaciji kromatina in organizaciji jedra. Določili so, da samo trije neposredno vezani proteini vplivajo na utišanje kromosoma. Xist deluje tako, da s širjenjem po bodočem neaktivnem kromosomu X izključi RNA-polimerazo II in povzroči zgoščanje kromatina. S poskusi so dokazali, da SHARP, protein vezan na Xist, utiša transkripcijo preko SMRT in HDAC3 kompleksa.

Miha Koprivnikar Krajnc at 15:39, 19 May 2015

2015-05-19T15:39:47Z

← Older revision		Revision as of 15:39, 19 May 2015
Line 97:		Line 97:
	=== Lara Jerman: Dedovanje: ni za vse kriva DNA ===		=== Lara Jerman: Dedovanje: ni za vse kriva DNA ===
	Celični genom – celokupna DNA celice – je razdeljen na enega ali več kromosomov, ki organizirajo, shranjujejo in prenašajo informacije za sintezo proteinov in RNA molekul. Kromosom je sestavljen iz kromatina – kompleksa DNA, proteinov (histonov) in RNA. Poznamo evkromatin (aktivna transkripcija) in heterokrimatin (bolj zgoščen, utišan). Posttranslacijske modifikacije histonov v kromatinu naj bi omogočale epigenetski prenos kromatinskih stanj. Metilacija lizina 9 na histonu 3 je nujna za tvorbo heterokromatina, a dosedaj še ni bila dokazana njena dednost. Organizem S. Pombe ima za eno samo metiltransferazo, Clr4, ki usmerja vso metilacijo na tem mestu in ves heterokromatin. Znanstveniki z Univerze v Edinburghu so z uporabo pritrjanja in sproščanja Clr4 na evkromatin ugotovili, da v celici poteka aktiven proces, ki briše metilacijo na tem mestu. Ob inaktivaciji domnevne demetilaze Epe1 sta metilacija in utišanje (tvorba heterokromosoma) trajna in se ohranita skozi več mitotskih delitev in mejozo, tudi ob izgubi začetnega faktorja priptrjene Clr4 . Metilacija na tem mestu je torej epigenetsko dedna, njen prenos pa je običajno onemogočen z aktivnom procesom. Tak se preprečuje naključno dedovanje heterokromatina in s tem nenamerno utišanje genov.		Celični genom – celokupna DNA celice – je razdeljen na enega ali več kromosomov, ki organizirajo, shranjujejo in prenašajo informacije za sintezo proteinov in RNA molekul. Kromosom je sestavljen iz kromatina – kompleksa DNA, proteinov (histonov) in RNA. Poznamo evkromatin (aktivna transkripcija) in heterokrimatin (bolj zgoščen, utišan). Posttranslacijske modifikacije histonov v kromatinu naj bi omogočale epigenetski prenos kromatinskih stanj. Metilacija lizina 9 na histonu 3 je nujna za tvorbo heterokromatina, a dosedaj še ni bila dokazana njena dednost. Organizem S. Pombe ima za eno samo metiltransferazo, Clr4, ki usmerja vso metilacijo na tem mestu in ves heterokromatin. Znanstveniki z Univerze v Edinburghu so z uporabo pritrjanja in sproščanja Clr4 na evkromatin ugotovili, da v celici poteka aktiven proces, ki briše metilacijo na tem mestu. Ob inaktivaciji domnevne demetilaze Epe1 sta metilacija in utišanje (tvorba heterokromosoma) trajna in se ohranita skozi več mitotskih delitev in mejozo, tudi ob izgubi začetnega faktorja priptrjene Clr4 . Metilacija na tem mestu je torej epigenetsko dedna, njen prenos pa je običajno onemogočen z aktivnom procesom. Tak se preprečuje naključno dedovanje heterokromatina in s tem nenamerno utišanje genov.

			=== Miha Koprivnikar Krajnc: Boj za železo ===
			Kovine oziroma kovinski ioni so izrednega pomena za organizme, saj se vključujejo v življenjsko pomembne proteine proteine. Zato je odstranjevanje prostih (serumskih) kovinski ionov in njihovo shranjevanje v celice bistvenega pomena pri imunskem odzivu, saj s tem organizem odtegne patogenom nujno potrebne kofaktorje metaloproteinov in s tem zavira proliferacijo takih organizmov. Bistven igralec pri tem je hepcidin, protein, ki inaktivira eksporter železa feroportin in s te povzroči kopičenje železa v določenih celicah in pomanjkanje le-tega v medceličnini. Hepcidin je sprožen kot odziv na stimuliran TLR4, ki zazna molekule patogenov. Vendar pa so raziskovalci odkrili, da se da feroportin utišati neposredno, in sicer s stimulacijo TLR6 z lipoproteinom FSL1. In ker je ta, novi, odziv neposreden je tudi hitrejši in zato bolj primeren pri vnetjih za zatiranje rasti bakterij in drugih škodljivih organizmov. Z izsledki raziskav se odpirajo vrata zdravljenjem boleznim, kot sta hemokromatoza in beta talasemija, pri katerih je v tkivih železa preveč in ima toksičen učinek.

Lara Jerman: /* Lara Jerman: Dedovanje: ni za vse kriva DNA */

2015-05-13T00:49:59Z

Lara Jerman: Dedovanje: ni za vse kriva DNA

← Older revision		Revision as of 00:49, 13 May 2015
Line 96:		Line 96:

	=== Lara Jerman: Dedovanje: ni za vse kriva DNA ===		=== Lara Jerman: Dedovanje: ni za vse kriva DNA ===
	Posttranslacijske modifikacije histonov v kromatinu naj bi omogočale epigenetski prenos kromatinskih stanj. Metilacija lizina 9 na histonu 3 je nujna za tvorbo heterokromatina, a dosedaj še ni bila dokazana njena dednost. Organizem S. Pombe ima za eno samo metiltransferazo, Clr4, ki usmerja vso metilacijo na tem mestu in ves heterokromatin. Znanstveniki z Univerze v Edinburghu so z uporabo pritrjanja in sproščanja Clr4 na evkromatin ugotovili, da v celici poteka aktiven proces, ki briše metilacijo na tem mestu. Ob inaktivaciji domnevne demetilaze Epe1 sta metilacija in utišanje (tvorba heterokromosoma) trajna in se ohranita skozi več mitotskih delitev in mejozo, tudi ob izgubi začetnega faktorja priptrjene Clr4 . Metilacija na tem mestu je torej epigenetsko dedna, njen prenos pa je običajno onemogočen z aktivnom procesom. Tak se preprečuje naključno dedovanje heterokromatina in s tem nenamerno utišanje genov.		Celični genom – celokupna DNA celice – je razdeljen na enega ali več kromosomov, ki organizirajo, shranjujejo in prenašajo informacije za sintezo proteinov in RNA molekul. Kromosom je sestavljen iz kromatina – kompleksa DNA, proteinov (histonov) in RNA. Poznamo evkromatin (aktivna transkripcija) in heterokrimatin (bolj zgoščen, utišan). Posttranslacijske modifikacije histonov v kromatinu naj bi omogočale epigenetski prenos kromatinskih stanj. Metilacija lizina 9 na histonu 3 je nujna za tvorbo heterokromatina, a dosedaj še ni bila dokazana njena dednost. Organizem S. Pombe ima za eno samo metiltransferazo, Clr4, ki usmerja vso metilacijo na tem mestu in ves heterokromatin. Znanstveniki z Univerze v Edinburghu so z uporabo pritrjanja in sproščanja Clr4 na evkromatin ugotovili, da v celici poteka aktiven proces, ki briše metilacijo na tem mestu. Ob inaktivaciji domnevne demetilaze Epe1 sta metilacija in utišanje (tvorba heterokromosoma) trajna in se ohranita skozi več mitotskih delitev in mejozo, tudi ob izgubi začetnega faktorja priptrjene Clr4 . Metilacija na tem mestu je torej epigenetsko dedna, njen prenos pa je običajno onemogočen z aktivnom procesom. Tak se preprečuje naključno dedovanje heterokromatina in s tem nenamerno utišanje genov.

Lara Jerman at 00:46, 13 May 2015

2015-05-13T00:46:18Z

← Older revision		Revision as of 00:46, 13 May 2015
Line 94:		Line 94:
	=== Kristjan Stibilj: Uporaba nanožicno-bakterijskih hibridov pri samostojni svetlobno odvisni fiksaciji CO2 na umetne organske spojine ===		=== Kristjan Stibilj: Uporaba nanožicno-bakterijskih hibridov pri samostojni svetlobno odvisni fiksaciji CO2 na umetne organske spojine ===
	Fotosinteza je biokemijski proces, ki je nujen za preživetje vseh živih bitij na našem planetu. Rastline letno izkoristijo 130TW sončne energije, ki jo pretvorijo v kemično energijo. Znanstveniki iz univerze v Berkley-ju so uspeli poustvariti ta proces z uporabo nanožično-bakterijskega hibrida. Anaerobne bakterije S. ovata so nacepili direktno na silicijeve nanožičke, ki so služile kot fotokatoda, za fotokanodo pa so uporabili TiO2 , na kateri je ob osvetljevanju s svetlobo nastajal kisik. Tako zasnovana naprava imitira naravni kompleks dveh fotosistemov, ki se nahajata na tilakoidni membrani , kjer poteka fotosinteza. Bakterije S. ovata lahko z uporabo vodika kot donor elektrona preko Wood-Ljungdhalove poti uspešno pretvorijo CO2 v acetat, ki pa se nato v gensko sintetizirani in modificirani E. Coli lahko pretvori v acetil-CoA, ki je pomembna molekula za sintezo številnih biokemijskih polimerov. Z različnimi modifikacijami bakterije E. coli so znanstveniki sintetizirali n-butanol, PHB polimer, amorfadien, epi.aristolocen in kadinen. S tem so dokazali, da je mogoče izkoriščati sončno energijo za direktno sintezo molekul in tako na nek način poustvariti fotosintezo. Za enkrat je izkoristek sončne energije in posledično koncentracija produktov še precej nizka, vendar je trenuten razvoj usmerjen k povečanju izkoristka.		Fotosinteza je biokemijski proces, ki je nujen za preživetje vseh živih bitij na našem planetu. Rastline letno izkoristijo 130TW sončne energije, ki jo pretvorijo v kemično energijo. Znanstveniki iz univerze v Berkley-ju so uspeli poustvariti ta proces z uporabo nanožično-bakterijskega hibrida. Anaerobne bakterije S. ovata so nacepili direktno na silicijeve nanožičke, ki so služile kot fotokatoda, za fotokanodo pa so uporabili TiO2 , na kateri je ob osvetljevanju s svetlobo nastajal kisik. Tako zasnovana naprava imitira naravni kompleks dveh fotosistemov, ki se nahajata na tilakoidni membrani , kjer poteka fotosinteza. Bakterije S. ovata lahko z uporabo vodika kot donor elektrona preko Wood-Ljungdhalove poti uspešno pretvorijo CO2 v acetat, ki pa se nato v gensko sintetizirani in modificirani E. Coli lahko pretvori v acetil-CoA, ki je pomembna molekula za sintezo številnih biokemijskih polimerov. Z različnimi modifikacijami bakterije E. coli so znanstveniki sintetizirali n-butanol, PHB polimer, amorfadien, epi.aristolocen in kadinen. S tem so dokazali, da je mogoče izkoriščati sončno energijo za direktno sintezo molekul in tako na nek način poustvariti fotosintezo. Za enkrat je izkoristek sončne energije in posledično koncentracija produktov še precej nizka, vendar je trenuten razvoj usmerjen k povečanju izkoristka.

			=== Lara Jerman: Dedovanje: ni za vse kriva DNA ===
			Posttranslacijske modifikacije histonov v kromatinu naj bi omogočale epigenetski prenos kromatinskih stanj. Metilacija lizina 9 na histonu 3 je nujna za tvorbo heterokromatina, a dosedaj še ni bila dokazana njena dednost. Organizem S. Pombe ima za eno samo metiltransferazo, Clr4, ki usmerja vso metilacijo na tem mestu in ves heterokromatin. Znanstveniki z Univerze v Edinburghu so z uporabo pritrjanja in sproščanja Clr4 na evkromatin ugotovili, da v celici poteka aktiven proces, ki briše metilacijo na tem mestu. Ob inaktivaciji domnevne demetilaze Epe1 sta metilacija in utišanje (tvorba heterokromosoma) trajna in se ohranita skozi več mitotskih delitev in mejozo, tudi ob izgubi začetnega faktorja priptrjene Clr4 . Metilacija na tem mestu je torej epigenetsko dedna, njen prenos pa je običajno onemogočen z aktivnom procesom. Tak se preprečuje naključno dedovanje heterokromatina in s tem nenamerno utišanje genov.

Kristjan Stibilj at 14:48, 12 May 2015

2015-05-12T14:48:32Z

← Older revision		Revision as of 14:48, 12 May 2015
Line 91:		Line 91:
	=== Katja Čop: Ključna vloga proteina RBFox2 pri srčnem popuščanju ===		=== Katja Čop: Ključna vloga proteina RBFox2 pri srčnem popuščanju ===
	Kaj je ključni dogodek na molekularni ravni, ki privede do točke, ko srce ni več zmožno zadostno opravljati svoje funkcije, je bilo do sedaj še precej neraziskano. Moja izbrana raziskava se je osredotočila na protein RBFox2, poznan kot pomemben za razvoj in funkcijo srca. Želeli so raziskati, če je možno, da pripomore tudi k tako imenovani dekompenzaciji-oslabljeni zmogljivosti organa, ki privede do srčnega popuščanja. Raziskave so izvajali na miših. V prvem sklopu so izvedli dva poskusa. Najprej so s tehniko TAC v srcu vzpostavili podobne pogoje, kot nastanejo pri srčnem popuščanju in izkazalo se je, da se je količina RBFox2 zmanjšala. Pri drugem poskusu pa so miši utišali gen za RBFox2 in pojavili so se značilni bolezenski znaki predhodnega stanja srčnega popuščanja. Ta dva izida so želeli razložiti in povezati s še enim znanim dejstvom; da je RBFox2 znan kot regulator alternativnega izrezovanja. Po drugem sklopu raziskav se je izkazalo, da sta dogodka povezana, pa tudi, da je RBFox2 ključni regulator, ob čigar odsotnosti se celoten program alternativnega izrezovanja v nekaterih genih, pomembnih v različnih srčnih funkcijah obrne v nasprotno smer, kot je potekal v prvem mesecu življenja miši, ko se je srce krepilo.		Kaj je ključni dogodek na molekularni ravni, ki privede do točke, ko srce ni več zmožno zadostno opravljati svoje funkcije, je bilo do sedaj še precej neraziskano. Moja izbrana raziskava se je osredotočila na protein RBFox2, poznan kot pomemben za razvoj in funkcijo srca. Želeli so raziskati, če je možno, da pripomore tudi k tako imenovani dekompenzaciji-oslabljeni zmogljivosti organa, ki privede do srčnega popuščanja. Raziskave so izvajali na miših. V prvem sklopu so izvedli dva poskusa. Najprej so s tehniko TAC v srcu vzpostavili podobne pogoje, kot nastanejo pri srčnem popuščanju in izkazalo se je, da se je količina RBFox2 zmanjšala. Pri drugem poskusu pa so miši utišali gen za RBFox2 in pojavili so se značilni bolezenski znaki predhodnega stanja srčnega popuščanja. Ta dva izida so želeli razložiti in povezati s še enim znanim dejstvom; da je RBFox2 znan kot regulator alternativnega izrezovanja. Po drugem sklopu raziskav se je izkazalo, da sta dogodka povezana, pa tudi, da je RBFox2 ključni regulator, ob čigar odsotnosti se celoten program alternativnega izrezovanja v nekaterih genih, pomembnih v različnih srčnih funkcijah obrne v nasprotno smer, kot je potekal v prvem mesecu življenja miši, ko se je srce krepilo.

			=== Kristjan Stibilj: Uporaba nanožicno-bakterijskih hibridov pri samostojni svetlobno odvisni fiksaciji CO2 na umetne organske spojine ===
			Fotosinteza je biokemijski proces, ki je nujen za preživetje vseh živih bitij na našem planetu. Rastline letno izkoristijo 130TW sončne energije, ki jo pretvorijo v kemično energijo. Znanstveniki iz univerze v Berkley-ju so uspeli poustvariti ta proces z uporabo nanožično-bakterijskega hibrida. Anaerobne bakterije S. ovata so nacepili direktno na silicijeve nanožičke, ki so služile kot fotokatoda, za fotokanodo pa so uporabili TiO2 , na kateri je ob osvetljevanju s svetlobo nastajal kisik. Tako zasnovana naprava imitira naravni kompleks dveh fotosistemov, ki se nahajata na tilakoidni membrani , kjer poteka fotosinteza. Bakterije S. ovata lahko z uporabo vodika kot donor elektrona preko Wood-Ljungdhalove poti uspešno pretvorijo CO2 v acetat, ki pa se nato v gensko sintetizirani in modificirani E. Coli lahko pretvori v acetil-CoA, ki je pomembna molekula za sintezo številnih biokemijskih polimerov. Z različnimi modifikacijami bakterije E. coli so znanstveniki sintetizirali n-butanol, PHB polimer, amorfadien, epi.aristolocen in kadinen. S tem so dokazali, da je mogoče izkoriščati sončno energijo za direktno sintezo molekul in tako na nek način poustvariti fotosintezo. Za enkrat je izkoristek sončne energije in posledično koncentracija produktov še precej nizka, vendar je trenuten razvoj usmerjen k povečanju izkoristka.