TBK2019 Povzetki seminarjev - Revision history

Ursic Tadej at 15:35, 29 May 2019

2019-05-29T15:35:28Z

← Older revision		Revision as of 15:35, 29 May 2019
Line 86:		Line 86:

	===Tadej Uršič: Proteina, ki navadno ubijeta celico, zatreta listerijo in ne poškodujejo gostiteljske celice===		===Tadej Uršič: Proteina, ki navadno ubijeta celico, zatreta listerijo in ne poškodujejo gostiteljske celice===
	Protein RIPK3 in njegov navzdoljni efektor MLKL ponavadi ~~regulrat~~ nekroptozo pri virusni okužbi celice. Do nekroptoze pride zaradi ~~fosforilaciije~~ RIPK3, ki posledično fosforilira MLKL, ki se zaradi tega oligomerizira. Ta oligomer se vgradi v celično membrano ~~gostiteljskaktivav+ciji poti RIPK#e~~ celice, kar povzroči nastanek por v tej membrani in rezultira v litični smrti celie. V raziskavi so raziskovalci univerze North Carolina State University raziskovali primer ko delovanje teh dveh proteinov prepreči ~~nadljno~~ razmnoževanje bakterije Listeria monocytogenes (listerija) in zraven ne uniči gostiteljske celice. Bakterija listerija je zelo razširjena v naravnem okolju in povzroča listeriozo. Listerioza je bakterijska okužba pri kateri celice listerije prodrejo v celice gastrointestinalnega trakta in se v citoplazmi teh celic namnožijo in sistemsko okužijo organizem. V raziskavi so odkrivali kako vdor bakterije listerija v epitelne celice črevesja miši aktivira pot RIPK3-MLKL, ki uspešno zaustavi nadaljno razmnoževanje listerije in zakaj pri tem ne pride do nekroptične smrti gostiteljske celice. Dokazali so da pri aktivaciji poti RIPK3-MLKL pride do foforilacije MLKL, ki pa se ne oligomerizira ampak se veže ~~nacelično~~ membrano listerije, kar prepreči njeno nadaljno razmnoževanje.		Protein RIPK3 in njegov navzdoljni efektor MLKL ponavadi regulirata nekroptozo pri virusni okužbi celice. Do nekroptoze pride zaradi fosforilacije RIPK3, ki posledično fosforilira MLKL, ki se zaradi tega oligomerizira. Ta oligomer se vgradi v celično membrano gostiteljske celice, kar povzroči nastanek por v tej membrani in rezultira v litični smrti celie. V raziskavi so raziskovalci univerze North Carolina State University raziskovali primer ko delovanje teh dveh proteinov prepreči nadaljno razmnoževanje bakterije Listeria monocytogenes (listerija) in zraven ne uniči gostiteljske celice. Bakterija listerija je zelo razširjena v naravnem okolju in povzroča listeriozo. Listerioza je bakterijska okužba pri kateri celice listerije prodrejo v celice gastrointestinalnega trakta in se v citoplazmi teh celic namnožijo in sistemsko okužijo organizem. V raziskavi so odkrivali kako vdor bakterije listerija v epitelne celice črevesja miši aktivira pot RIPK3-MLKL, ki uspešno zaustavi nadaljno razmnoževanje listerije in zakaj pri tem ne pride do nekroptične smrti gostiteljske celice. Dokazali so da pri aktivaciji poti RIPK3-MLKL pride do foforilacije MLKL, ki pa se ne oligomerizira ampak se veže na celično membrano listerije, kar prepreči njeno nadaljno razmnoževanje.

	===Tina Arnšek: Prvi funkcionalni tarčni inhibitorji arašidovih alergenov===		===Tina Arnšek: Prvi funkcionalni tarčni inhibitorji arašidovih alergenov===

Tina Logonder at 18:00, 19 May 2019

2019-05-19T18:00:00Z

← Older revision		Revision as of 18:00, 19 May 2019
Line 119:		Line 119:

	===Tina Logonder: RNA-vezavni protein PUM2 je tarča v boju proti staranju===		===Tina Logonder: RNA-vezavni protein PUM2 je tarča v boju proti staranju===
	Ob staranju pride v organizmih do mnogih sprememb v bioloških procesih. Pomembno vlogo pri staranju ima RNA-vezavni protein Pumilio2 (PUM2), ki deluje kot represor sinteze proteinov in posttranskripcijski regulator. Z vezavo mRNA molekul prepreči njihovo translacijo. Na novo odkrita tarča tega proteina je mRNA MFF. MFF (Mitohondrion Fission Factor) je ključen regulator mitohondrijske cepitve, ki je potrebna za normalno delovanje in obnavljanje mitohondrijev. Visoke koncentracije MFF omogočajo mitofagijo, ki je proces odstranjevanja poškodovanih in nefunkcionalnih mitohondrijev. PUM2 je sprožen s starostjo. Ker se njegova koncentracija v starejših organizmih zviša, veže več mRNA MFF. Preprečena je translacija, v organizmih je manj MFF, okvarjena je mitofagija in delovanje mithondrijev. V celicah se kopičijo veliki, stari in poškodovani mitohondriji. Višje koncentracije PUM2 v celicah so povezane s krajšo življenjsko dobo. Organizmi, ki so jim izbili gen za protein PUM2 so živeli dlje. Izboljšanje proteostaze in mitohondrijske morfologije pa je omogočilo tudi izbitje dela gena, ki vsebuje PBE (Pumilio-Binding Element). PUM2 ne prepozna mRNA molekul, če ne vsebujejo PBE. Zato translacija takšnih mRNA lahko poteka nemoteno. PUM2 je torej potencialna tarča v boju proti staranju. Če bi uspeli zmanjšati koncentracijo tega proteina, bi bilo mogoče obnoviti okvarjeno celično homeostazo, ki je posledica staranja.		Ob staranju pride v organizmih do mnogih sprememb v bioloških procesih. Pomembno vlogo pri staranju ima RNA-vezavni protein Pumilio2 (PUM2), ki deluje kot represor sinteze proteinov in posttranskripcijski regulator. Z vezavo mRNA molekul prepreči njihovo translacijo. Na novo odkrita tarča tega proteina je mRNA MFF. MFF (Mitohondrion Fission Factor) je ključen regulator mitohondrijske cepitve, ki je potrebna za normalno delovanje in obnavljanje mitohondrijev. Visoke koncentracije MFF omogočajo mitofagijo, ki je proces odstranjevanja poškodovanih in nefunkcionalnih mitohondrijev. PUM2 je sprožen s starostjo. Ker se njegova koncentracija v starejših organizmih zviša, veže več mRNA MFF. Preprečena je translacija, v organizmih je manj MFF, okvarjena je mitofagija in delovanje mithondrijev. V celicah se kopičijo veliki, stari in poškodovani mitohondriji. Višje koncentracije PUM2 v celicah so povezane s krajšo življenjsko dobo. Organizmi, ki so jim izbili gen za protein PUM2, so živeli dlje. Izboljšanje proteostaze in mitohondrijske morfologije pa je omogočilo tudi izbitje dela gena, ki vsebuje PBE (Pumilio-Binding Element). PUM2 ne prepozna mRNA molekul, če ne vsebujejo PBE. Zato translacija takšnih mRNA lahko poteka nemoteno. PUM2 je torej potencialna tarča v boju proti staranju. Če bi uspeli zmanjšati koncentracijo tega proteina, bi bilo mogoče obnoviti okvarjeno celično homeostazo, ki je posledica staranja.

Tina Logonder at 16:55, 16 May 2019

2019-05-16T16:55:55Z

← Older revision		Revision as of 16:55, 16 May 2019
Line 117:		Line 117:
	===Maja Trifkovič: Prepoznavanje in vezava RNA s proteinom Staufen2===		===Maja Trifkovič: Prepoznavanje in vezava RNA s proteinom Staufen2===
	Molekule mRNA imajo v celicah pomembno vlogo, saj nosijo zapis za sintezo proteinov. Iz jedra, kjer poteka transkripcija, se morajo prenesti do ustreznega mesta, kjer poteče translacija. Za prenos po celici mRNA tvorijo komplekse, tako imenovane ribonukleoproteinske delce, ki vsebujejo tudi proteine Staufen (Stau). Ti z domenami, ki vežejo dvoverižno RNA (dsRBD), prepoznajo določene sekundarne strukture na RNA in se nanje vežejo. Poznanih je več vrst Stau, ki se razlikujejo predvsem po številu dsRBD in funkcijah, ki jih imajo v različnih celicah in organizmih. V raziskavi so S. Heber in sodelavci s poskusi na mStau2 iz miši in dmStau iz Drosophile poskušali pojasniti mehanizem vezave teh proteinov na mRNA in prišli do pomembnih ugotovitev: in vitro poskusi z mStau2 so pokazali, da dsRBD 1-2 nista nedejavni, kot so mislili do zdaj, ampak sta udeleženi pri vezavi RNA, ter da obe tandemski domeni (dsRBD 1-2 in dsRBD 3-4) skupaj močneje vežeta RNA kot vsaka posebej (nastali kompleks je stabilnejši). Tudi in vivo eksperimenti so potrdili te ugotovitve, saj mStau2 z mutacijama na dsRBD1 in dsRBD2 niso uspeli prenesti mRNA na posteriorni pol oocita Drosophile, kot je to delno uspelo mStau2. Študija je izboljšala razumevanje delovanja proteinov Stau, a so številna vprašanja ostala neodgovorjena, kar pušča prostor za nadaljnje delo na tem področju.		Molekule mRNA imajo v celicah pomembno vlogo, saj nosijo zapis za sintezo proteinov. Iz jedra, kjer poteka transkripcija, se morajo prenesti do ustreznega mesta, kjer poteče translacija. Za prenos po celici mRNA tvorijo komplekse, tako imenovane ribonukleoproteinske delce, ki vsebujejo tudi proteine Staufen (Stau). Ti z domenami, ki vežejo dvoverižno RNA (dsRBD), prepoznajo določene sekundarne strukture na RNA in se nanje vežejo. Poznanih je več vrst Stau, ki se razlikujejo predvsem po številu dsRBD in funkcijah, ki jih imajo v različnih celicah in organizmih. V raziskavi so S. Heber in sodelavci s poskusi na mStau2 iz miši in dmStau iz Drosophile poskušali pojasniti mehanizem vezave teh proteinov na mRNA in prišli do pomembnih ugotovitev: in vitro poskusi z mStau2 so pokazali, da dsRBD 1-2 nista nedejavni, kot so mislili do zdaj, ampak sta udeleženi pri vezavi RNA, ter da obe tandemski domeni (dsRBD 1-2 in dsRBD 3-4) skupaj močneje vežeta RNA kot vsaka posebej (nastali kompleks je stabilnejši). Tudi in vivo eksperimenti so potrdili te ugotovitve, saj mStau2 z mutacijama na dsRBD1 in dsRBD2 niso uspeli prenesti mRNA na posteriorni pol oocita Drosophile, kot je to delno uspelo mStau2. Študija je izboljšala razumevanje delovanja proteinov Stau, a so številna vprašanja ostala neodgovorjena, kar pušča prostor za nadaljnje delo na tem področju.

			===Tina Logonder: RNA-vezavni protein PUM2 je tarča v boju proti staranju===
			Ob staranju pride v organizmih do mnogih sprememb v bioloških procesih. Pomembno vlogo pri staranju ima RNA-vezavni protein Pumilio2 (PUM2), ki deluje kot represor sinteze proteinov in posttranskripcijski regulator. Z vezavo mRNA molekul prepreči njihovo translacijo. Na novo odkrita tarča tega proteina je mRNA MFF. MFF (Mitohondrion Fission Factor) je ključen regulator mitohondrijske cepitve, ki je potrebna za normalno delovanje in obnavljanje mitohondrijev. Visoke koncentracije MFF omogočajo mitofagijo, ki je proces odstranjevanja poškodovanih in nefunkcionalnih mitohondrijev. PUM2 je sprožen s starostjo. Ker se njegova koncentracija v starejših organizmih zviša, veže več mRNA MFF. Preprečena je translacija, v organizmih je manj MFF, okvarjena je mitofagija in delovanje mithondrijev. V celicah se kopičijo veliki, stari in poškodovani mitohondriji. Višje koncentracije PUM2 v celicah so povezane s krajšo življenjsko dobo. Organizmi, ki so jim izbili gen za protein PUM2 so živeli dlje. Izboljšanje proteostaze in mitohondrijske morfologije pa je omogočilo tudi izbitje dela gena, ki vsebuje PBE (Pumilio-Binding Element). PUM2 ne prepozna mRNA molekul, če ne vsebujejo PBE. Zato translacija takšnih mRNA lahko poteka nemoteno. PUM2 je torej potencialna tarča v boju proti staranju. Če bi uspeli zmanjšati koncentracijo tega proteina, bi bilo mogoče obnoviti okvarjeno celično homeostazo, ki je posledica staranja.

MTrifkovic at 21:56, 14 May 2019

2019-05-14T21:56:17Z

← Older revision		Revision as of 21:56, 14 May 2019
Line 114:		Line 114:
	===Teo Nograšek: Kako se proteini vgradijo v celično membrano===		===Teo Nograšek: Kako se proteini vgradijo v celično membrano===
	Proteini so ena od osnovnih sestavin membran in igrajo veliko vlogo pri delovanju same celice. Vendar poti po katerih se proteini vgrajujejo v membrano nam niso najbolje znane, zato so se raziskovalci iz ETH Zurich odločili prav to raziskati. Kot primer so vzeli bakterijo Escherichia coli pri kateri se na notranjo membrano s pomočjo SecYEG in YidC vgrajujejo proteini. Gledali so vgrajevanje LacY s strani SecYEG, YidC ter SecYEG in YidC, ki sta bila povezana. Opazili so, da YidC proteine na začetku vgrajuje hitreje, nato pa se zelo upočasni, medtem ko je SecYEG konstanten v hitrosti. Prav tako so opazili, da se vgrajevanje pri obeh lahko začne kjerkoli in pri YidC se tako nadaljuje, medtem ko SecYEG vgrajevanje nadaljuje pri sosednjih segmentih glede na prvega. Tako ima YidC 3.628.800 različnih poti za vgraditi 10 segmentni protein, SecYEG pa samo 10. S tem so si razlagali zakaj in vivo YidC vgrajuje krajše proteine in SecYEG daljše. Ko pa SecYEG in YidC sodelujeta skupaj vodstvo prevzame SecYEG in skupaj vgrajujeta zelo podobno kot SecYEG sam. Podobne raziskave bi nam lahko pomagale v medicini, saj antibiotiki pogosto napadejo membranske proteine.		Proteini so ena od osnovnih sestavin membran in igrajo veliko vlogo pri delovanju same celice. Vendar poti po katerih se proteini vgrajujejo v membrano nam niso najbolje znane, zato so se raziskovalci iz ETH Zurich odločili prav to raziskati. Kot primer so vzeli bakterijo Escherichia coli pri kateri se na notranjo membrano s pomočjo SecYEG in YidC vgrajujejo proteini. Gledali so vgrajevanje LacY s strani SecYEG, YidC ter SecYEG in YidC, ki sta bila povezana. Opazili so, da YidC proteine na začetku vgrajuje hitreje, nato pa se zelo upočasni, medtem ko je SecYEG konstanten v hitrosti. Prav tako so opazili, da se vgrajevanje pri obeh lahko začne kjerkoli in pri YidC se tako nadaljuje, medtem ko SecYEG vgrajevanje nadaljuje pri sosednjih segmentih glede na prvega. Tako ima YidC 3.628.800 različnih poti za vgraditi 10 segmentni protein, SecYEG pa samo 10. S tem so si razlagali zakaj in vivo YidC vgrajuje krajše proteine in SecYEG daljše. Ko pa SecYEG in YidC sodelujeta skupaj vodstvo prevzame SecYEG in skupaj vgrajujeta zelo podobno kot SecYEG sam. Podobne raziskave bi nam lahko pomagale v medicini, saj antibiotiki pogosto napadejo membranske proteine.

			===Maja Trifkovič: Prepoznavanje in vezava RNA s proteinom Staufen2===
			Molekule mRNA imajo v celicah pomembno vlogo, saj nosijo zapis za sintezo proteinov. Iz jedra, kjer poteka transkripcija, se morajo prenesti do ustreznega mesta, kjer poteče translacija. Za prenos po celici mRNA tvorijo komplekse, tako imenovane ribonukleoproteinske delce, ki vsebujejo tudi proteine Staufen (Stau). Ti z domenami, ki vežejo dvoverižno RNA (dsRBD), prepoznajo določene sekundarne strukture na RNA in se nanje vežejo. Poznanih je več vrst Stau, ki se razlikujejo predvsem po številu dsRBD in funkcijah, ki jih imajo v različnih celicah in organizmih. V raziskavi so S. Heber in sodelavci s poskusi na mStau2 iz miši in dmStau iz Drosophile poskušali pojasniti mehanizem vezave teh proteinov na mRNA in prišli do pomembnih ugotovitev: in vitro poskusi z mStau2 so pokazali, da dsRBD 1-2 nista nedejavni, kot so mislili do zdaj, ampak sta udeleženi pri vezavi RNA, ter da obe tandemski domeni (dsRBD 1-2 in dsRBD 3-4) skupaj močneje vežeta RNA kot vsaka posebej (nastali kompleks je stabilnejši). Tudi in vivo eksperimenti so potrdili te ugotovitve, saj mStau2 z mutacijama na dsRBD1 in dsRBD2 niso uspeli prenesti mRNA na posteriorni pol oocita Drosophile, kot je to delno uspelo mStau2. Študija je izboljšala razumevanje delovanja proteinov Stau, a so številna vprašanja ostala neodgovorjena, kar pušča prostor za nadaljnje delo na tem področju.

TeoN at 21:06, 14 May 2019

2019-05-14T21:06:40Z

← Older revision		Revision as of 21:06, 14 May 2019
Line 111:		Line 111:
	===Špela Sotlar: Vpogled v mehanizem, ki nadzira poškodbe DNA===		===Špela Sotlar: Vpogled v mehanizem, ki nadzira poškodbe DNA===
	Poškodbe DNA se v naših celicah zaradi zunanjih vplivov pojavljajo ves čas. Celice so zato razvile učinkovit mehanizem zaznavanja in popravljanja DNA lezij, imenovan DDR (DNA Damage Response). Ta sproži transkripcijo genov, ki omogočijo popravljanje DNA. Prepisovanje genov v organizmu poteka v več stopnjah. RNA polimeraza II (Pol II) prepisuje gene, ki kodirajo proteine. Pol II se kmalu po začetku transkripcije ustavi zaradi negativnih transkripcijskih elongacijskih faktorjev. Za nadaljnje prepisovanje je potreben pozitivni transkripcijski elongacijski faktor b (P-TEFb), ki omogoči, da se gen do konca prepiše. V celici je večina aktivnosti P-TEFb represirana znotraj 7SK snRNP kompleksa. Raziskovalci so odkrili, da genotoksični stres aktivira P-TEFb preko RNA veznega proteina RBM7, kateri načeloma olajšuje razgradnjo RNA. Fosforiliran RBM7 reagira s 7SK snRNP in sprosti P-TEFb. Tako aktivna kinaza se relocira na kromatin in sproži prepisovanje kratkih, kodirajočih in nekodirajočih verig. Ta transkripcijski odziv je nujen za preživetje celic pod genotoksičnim stresom. Če so posegali v RBM7 – P-TEFb transkripcijsko zaporedje, so celice postale hiperobčutljive na snovi, ki povzročajo poškodbe DNA in so umrle. Preživetje rakavih celic je odvisno od regulatorjev prepisovanja genov, med drugimi tudi kinaze CDK9, ki je sestavna podenota P-TEFb. Raziskovalci so optimistični, da bi lahko s pomočjo teh odkritji kemoterapevtska zdravila kombinirali s farmakološkimi inhibitorji CDK9 in tako povečali njihovo učinkovitost.		Poškodbe DNA se v naših celicah zaradi zunanjih vplivov pojavljajo ves čas. Celice so zato razvile učinkovit mehanizem zaznavanja in popravljanja DNA lezij, imenovan DDR (DNA Damage Response). Ta sproži transkripcijo genov, ki omogočijo popravljanje DNA. Prepisovanje genov v organizmu poteka v več stopnjah. RNA polimeraza II (Pol II) prepisuje gene, ki kodirajo proteine. Pol II se kmalu po začetku transkripcije ustavi zaradi negativnih transkripcijskih elongacijskih faktorjev. Za nadaljnje prepisovanje je potreben pozitivni transkripcijski elongacijski faktor b (P-TEFb), ki omogoči, da se gen do konca prepiše. V celici je večina aktivnosti P-TEFb represirana znotraj 7SK snRNP kompleksa. Raziskovalci so odkrili, da genotoksični stres aktivira P-TEFb preko RNA veznega proteina RBM7, kateri načeloma olajšuje razgradnjo RNA. Fosforiliran RBM7 reagira s 7SK snRNP in sprosti P-TEFb. Tako aktivna kinaza se relocira na kromatin in sproži prepisovanje kratkih, kodirajočih in nekodirajočih verig. Ta transkripcijski odziv je nujen za preživetje celic pod genotoksičnim stresom. Če so posegali v RBM7 – P-TEFb transkripcijsko zaporedje, so celice postale hiperobčutljive na snovi, ki povzročajo poškodbe DNA in so umrle. Preživetje rakavih celic je odvisno od regulatorjev prepisovanja genov, med drugimi tudi kinaze CDK9, ki je sestavna podenota P-TEFb. Raziskovalci so optimistični, da bi lahko s pomočjo teh odkritji kemoterapevtska zdravila kombinirali s farmakološkimi inhibitorji CDK9 in tako povečali njihovo učinkovitost.

			===Teo Nograšek: Kako se proteini vgradijo v celično membrano===
			Proteini so ena od osnovnih sestavin membran in igrajo veliko vlogo pri delovanju same celice. Vendar poti po katerih se proteini vgrajujejo v membrano nam niso najbolje znane, zato so se raziskovalci iz ETH Zurich odločili prav to raziskati. Kot primer so vzeli bakterijo Escherichia coli pri kateri se na notranjo membrano s pomočjo SecYEG in YidC vgrajujejo proteini. Gledali so vgrajevanje LacY s strani SecYEG, YidC ter SecYEG in YidC, ki sta bila povezana. Opazili so, da YidC proteine na začetku vgrajuje hitreje, nato pa se zelo upočasni, medtem ko je SecYEG konstanten v hitrosti. Prav tako so opazili, da se vgrajevanje pri obeh lahko začne kjerkoli in pri YidC se tako nadaljuje, medtem ko SecYEG vgrajevanje nadaljuje pri sosednjih segmentih glede na prvega. Tako ima YidC 3.628.800 različnih poti za vgraditi 10 segmentni protein, SecYEG pa samo 10. S tem so si razlagali zakaj in vivo YidC vgrajuje krajše proteine in SecYEG daljše. Ko pa SecYEG in YidC sodelujeta skupaj vodstvo prevzame SecYEG in skupaj vgrajujeta zelo podobno kot SecYEG sam. Podobne raziskave bi nam lahko pomagale v medicini, saj antibiotiki pogosto napadejo membranske proteine.

Sotlar Š at 17:58, 13 May 2019

2019-05-13T17:58:14Z

← Older revision		Revision as of 17:58, 13 May 2019
Line 108:		Line 108:
	===Isidora Stevanoska: Črni nanodelci upočasnjujejo rast tumorjev===		===Isidora Stevanoska: Črni nanodelci upočasnjujejo rast tumorjev===
	Raziskovalci s Tehniške univerze v Münchnu (TUM) so uspeli ustvariti nanodelce, pridobljene iz melaninske celice, ki so izboljšale slikanje tumorjev v živalskem modelu, hkrati pa upočasnili rast tumorja. Melanin iz pigmenta temne kože nas ščiti pred škodljivimi žarki sonca tako, da absorbira svetlobo in jo pretvarja v toploto. Optimiziran kot naravni absorber svetlobe, je zato melanin zelo primeren za povečanje kontrasta za optoakustične posnetke. Medtem, zdravljenje, ki selektivno vsebuje melanin, povzroči lokalno segrevanje, ki ubija tumorske celice. Vendar, nanodelci ki so ustvareni veljajo za obetavno orožje v boju proti tumorjem, ker jih tumorsko tkivo lažje absorbira kot zdrave celice, ker je njihov žilni sistem bolj prepusten. VZM (vezikli zunanjih membran) so razdelili na VZMMel (nosijo gen za tirozinazo) in VZMWT (iz divjih bakterij) skozi več korakov centrifugiranja. Da bo ocenili potencial VZMMel za zdravljenje raka, so izvedli fototermične poskuse na golih miših s tumorjem 4T1. Pri živalih, ki so bile zdravljene intratumuralno in izpostavljene laserju, se je večina tumorskega tkiva zdela nekrotična in tumorska masa skoraj izginila; pri živalih, ki so jih zdravili intravenozno, se je tumorska rast zmanjšala za približno 43%. Rezultati kažejo, da se lahko VZMMel uporablja za optoakustično slikanje in fototerapijo in vivo.		Raziskovalci s Tehniške univerze v Münchnu (TUM) so uspeli ustvariti nanodelce, pridobljene iz melaninske celice, ki so izboljšale slikanje tumorjev v živalskem modelu, hkrati pa upočasnili rast tumorja. Melanin iz pigmenta temne kože nas ščiti pred škodljivimi žarki sonca tako, da absorbira svetlobo in jo pretvarja v toploto. Optimiziran kot naravni absorber svetlobe, je zato melanin zelo primeren za povečanje kontrasta za optoakustične posnetke. Medtem, zdravljenje, ki selektivno vsebuje melanin, povzroči lokalno segrevanje, ki ubija tumorske celice. Vendar, nanodelci ki so ustvareni veljajo za obetavno orožje v boju proti tumorjem, ker jih tumorsko tkivo lažje absorbira kot zdrave celice, ker je njihov žilni sistem bolj prepusten. VZM (vezikli zunanjih membran) so razdelili na VZMMel (nosijo gen za tirozinazo) in VZMWT (iz divjih bakterij) skozi več korakov centrifugiranja. Da bo ocenili potencial VZMMel za zdravljenje raka, so izvedli fototermične poskuse na golih miših s tumorjem 4T1. Pri živalih, ki so bile zdravljene intratumuralno in izpostavljene laserju, se je večina tumorskega tkiva zdela nekrotična in tumorska masa skoraj izginila; pri živalih, ki so jih zdravili intravenozno, se je tumorska rast zmanjšala za približno 43%. Rezultati kažejo, da se lahko VZMMel uporablja za optoakustično slikanje in fototerapijo in vivo.

			===Špela Sotlar: Vpogled v mehanizem, ki nadzira poškodbe DNA===
			Poškodbe DNA se v naših celicah zaradi zunanjih vplivov pojavljajo ves čas. Celice so zato razvile učinkovit mehanizem zaznavanja in popravljanja DNA lezij, imenovan DDR (DNA Damage Response). Ta sproži transkripcijo genov, ki omogočijo popravljanje DNA. Prepisovanje genov v organizmu poteka v več stopnjah. RNA polimeraza II (Pol II) prepisuje gene, ki kodirajo proteine. Pol II se kmalu po začetku transkripcije ustavi zaradi negativnih transkripcijskih elongacijskih faktorjev. Za nadaljnje prepisovanje je potreben pozitivni transkripcijski elongacijski faktor b (P-TEFb), ki omogoči, da se gen do konca prepiše. V celici je večina aktivnosti P-TEFb represirana znotraj 7SK snRNP kompleksa. Raziskovalci so odkrili, da genotoksični stres aktivira P-TEFb preko RNA veznega proteina RBM7, kateri načeloma olajšuje razgradnjo RNA. Fosforiliran RBM7 reagira s 7SK snRNP in sprosti P-TEFb. Tako aktivna kinaza se relocira na kromatin in sproži prepisovanje kratkih, kodirajočih in nekodirajočih verig. Ta transkripcijski odziv je nujen za preživetje celic pod genotoksičnim stresom. Če so posegali v RBM7 – P-TEFb transkripcijsko zaporedje, so celice postale hiperobčutljive na snovi, ki povzročajo poškodbe DNA in so umrle. Preživetje rakavih celic je odvisno od regulatorjev prepisovanja genov, med drugimi tudi kinaze CDK9, ki je sestavna podenota P-TEFb. Raziskovalci so optimistični, da bi lahko s pomočjo teh odkritji kemoterapevtska zdravila kombinirali s farmakološkimi inhibitorji CDK9 in tako povečali njihovo učinkovitost.

Isidora Stevanoska: /* Isidora Stevanoska: Črni nanodelci upočasnjujejo rast tumorjev */

2019-05-07T22:05:25Z

Isidora Stevanoska: Črni nanodelci upočasnjujejo rast tumorjev

← Older revision		Revision as of 22:05, 7 May 2019
Line 107:		Line 107:

	===Isidora Stevanoska: Črni nanodelci upočasnjujejo rast tumorjev===		===Isidora Stevanoska: Črni nanodelci upočasnjujejo rast tumorjev===
	Raziskovalci s Tehniške univerze v Münchnu (TUM) so uspeli ustvariti nanodelce, pridobljene iz melaninske celice, ki so izboljšale slikanje tumorjev v živalskem modelu, hkrati pa upočasnili rast tumorja. Melanin iz pigmenta temne kože nas ščiti pred škodljivimi žarki sonca tako, da absorbira svetlobo in jo pretvarja v toploto. Optimiziran kot naravni absorber svetlobe, je zato melanin zelo primeren za povečanje kontrasta za optoakustične posnetke. Medtem, zdravljenje, ki selektivno vsebuje melanin, povzroči lokalno segrevanje, ki ubija tumorske celice. Vendar, nanodelci ki so ustvareni veljajo za obetavno orožje v boju proti tumorjem, ker jih tumorsko tkivo lažje absorbira kot zdrave celice, ker je njihov žilni sistem bolj prepusten. VZM (vezikli zunanjih membran) so razdelili na VZMMel (nosijo gen za tirozinazo) in VZMWT (iz divjih bakterij) skozi več korakov centrifugiranja. So testirali potencial za fototermično terapijo v živih celicah in je bilo število apoptotičnih celic, ki so se pojavile rdeče zaradi svoje sposobnosti, da vežejo etidium homodimer-1, veliko večje v kulturah, zdravljenih z VZMMel, kot v kulturah, ki niso bile obdelane ali zdravljene z VZMWT. Da bo ocenili potencial VZMMel za zdravljenje raka, so izvedli fototermične poskuse na golih miših s tumorjem 4T1. Pri živalih, ki so bile zdravljene intratumuralno in izpostavljene laserju, se je večina tumorskega tkiva zdela nekrotična in tumorska masa skoraj izginila; pri živalih, ki so jih zdravili intravenozno, se je tumorska rast zmanjšala za približno 43%. Rezultati kažejo, da se lahko VZMMel uporablja za optoakustično slikanje in fototerapijo in vivo.		Raziskovalci s Tehniške univerze v Münchnu (TUM) so uspeli ustvariti nanodelce, pridobljene iz melaninske celice, ki so izboljšale slikanje tumorjev v živalskem modelu, hkrati pa upočasnili rast tumorja. Melanin iz pigmenta temne kože nas ščiti pred škodljivimi žarki sonca tako, da absorbira svetlobo in jo pretvarja v toploto. Optimiziran kot naravni absorber svetlobe, je zato melanin zelo primeren za povečanje kontrasta za optoakustične posnetke. Medtem, zdravljenje, ki selektivno vsebuje melanin, povzroči lokalno segrevanje, ki ubija tumorske celice. Vendar, nanodelci ki so ustvareni veljajo za obetavno orožje v boju proti tumorjem, ker jih tumorsko tkivo lažje absorbira kot zdrave celice, ker je njihov žilni sistem bolj prepusten. VZM (vezikli zunanjih membran) so razdelili na VZMMel (nosijo gen za tirozinazo) in VZMWT (iz divjih bakterij) skozi več korakov centrifugiranja. Da bo ocenili potencial VZMMel za zdravljenje raka, so izvedli fototermične poskuse na golih miših s tumorjem 4T1. Pri živalih, ki so bile zdravljene intratumuralno in izpostavljene laserju, se je večina tumorskega tkiva zdela nekrotična in tumorska masa skoraj izginila; pri živalih, ki so jih zdravili intravenozno, se je tumorska rast zmanjšala za približno 43%. Rezultati kažejo, da se lahko VZMMel uporablja za optoakustično slikanje in fototerapijo in vivo.

Isidora Stevanoska at 22:02, 7 May 2019

2019-05-07T22:02:50Z

← Older revision		Revision as of 22:02, 7 May 2019
Line 105:		Line 105:
	===Manca Osolin: Kako lahko mitohondrijski encim sproži celično smrt===		===Manca Osolin: Kako lahko mitohondrijski encim sproži celično smrt===
	Citokrom c je protein elektronske transportne verige v mitohondriju, ki ima za prostetično skupino hem in sodeluje pri celičnem dihanju. Prav tako pa je citokrom c preko oksidacije kardiolipina, fosfolipida, ki se nahaja zgolj v mitohondrijski membrani, vključen v sprožitev apoptoze oz. programirane celične smrti. V zdravih mitohondrijih se kardiolipin nahaja predvsem na notranji mitohondrijski membrani. Ko pa je oksidiran in se prestavi na zunanjo membrano, sproži apoptozo. V raziskavi so s pomočjo ssNMR spektroskopije primerjali citokrom c v raztopini z na membrano vezanim proteinom, da bi ugotovili, kako vezava na membrano, ki vsebuje povečano količino kardiolipina, vpliva na strukturo in dinamiko tega proteina. Največ perturbacij so zasledili znotraj 70-85 Ω zanke, ki se nahaja blizu mesta A in prekriva hemsko votlino. Na podlagi tega so sklepali, da vezava citokroma c na kardiolipin pri preučevanih pogojih poteče preko mesta A. Nasičena povezava z membrano vključuje skupek šestih molekul kardiolipina, ki tvorijo nanodomeno. Ugotovili so, da razlog za povečano peroksidazno aktivnost citokroma c ni sprememba njegove strukture, temveč povečana dinamika 70-85 Ω zanke, ki odpre dostop do hemske votline in tako omogoči oksidacijo kardiolipina. V raziskavi so dokazali, da citokrom c tako ne zapusti nativnega zvitja, da se spremeni iz prenašalca elektronov v lipidno peroksidazo. Odkritje, da je aktivna oblika citokroma c še vedno zvita, bi lahko omogočilo razvoj zdravil, ki bi preprečila proteinovo oksidacijo kardiolipina.		Citokrom c je protein elektronske transportne verige v mitohondriju, ki ima za prostetično skupino hem in sodeluje pri celičnem dihanju. Prav tako pa je citokrom c preko oksidacije kardiolipina, fosfolipida, ki se nahaja zgolj v mitohondrijski membrani, vključen v sprožitev apoptoze oz. programirane celične smrti. V zdravih mitohondrijih se kardiolipin nahaja predvsem na notranji mitohondrijski membrani. Ko pa je oksidiran in se prestavi na zunanjo membrano, sproži apoptozo. V raziskavi so s pomočjo ssNMR spektroskopije primerjali citokrom c v raztopini z na membrano vezanim proteinom, da bi ugotovili, kako vezava na membrano, ki vsebuje povečano količino kardiolipina, vpliva na strukturo in dinamiko tega proteina. Največ perturbacij so zasledili znotraj 70-85 Ω zanke, ki se nahaja blizu mesta A in prekriva hemsko votlino. Na podlagi tega so sklepali, da vezava citokroma c na kardiolipin pri preučevanih pogojih poteče preko mesta A. Nasičena povezava z membrano vključuje skupek šestih molekul kardiolipina, ki tvorijo nanodomeno. Ugotovili so, da razlog za povečano peroksidazno aktivnost citokroma c ni sprememba njegove strukture, temveč povečana dinamika 70-85 Ω zanke, ki odpre dostop do hemske votline in tako omogoči oksidacijo kardiolipina. V raziskavi so dokazali, da citokrom c tako ne zapusti nativnega zvitja, da se spremeni iz prenašalca elektronov v lipidno peroksidazo. Odkritje, da je aktivna oblika citokroma c še vedno zvita, bi lahko omogočilo razvoj zdravil, ki bi preprečila proteinovo oksidacijo kardiolipina.

			===Isidora Stevanoska: Črni nanodelci upočasnjujejo rast tumorjev===
			Raziskovalci s Tehniške univerze v Münchnu (TUM) so uspeli ustvariti nanodelce, pridobljene iz melaninske celice, ki so izboljšale slikanje tumorjev v živalskem modelu, hkrati pa upočasnili rast tumorja. Melanin iz pigmenta temne kože nas ščiti pred škodljivimi žarki sonca tako, da absorbira svetlobo in jo pretvarja v toploto. Optimiziran kot naravni absorber svetlobe, je zato melanin zelo primeren za povečanje kontrasta za optoakustične posnetke. Medtem, zdravljenje, ki selektivno vsebuje melanin, povzroči lokalno segrevanje, ki ubija tumorske celice. Vendar, nanodelci ki so ustvareni veljajo za obetavno orožje v boju proti tumorjem, ker jih tumorsko tkivo lažje absorbira kot zdrave celice, ker je njihov žilni sistem bolj prepusten. VZM (vezikli zunanjih membran) so razdelili na VZMMel (nosijo gen za tirozinazo) in VZMWT (iz divjih bakterij) skozi več korakov centrifugiranja. So testirali potencial za fototermično terapijo v živih celicah in je bilo število apoptotičnih celic, ki so se pojavile rdeče zaradi svoje sposobnosti, da vežejo etidium homodimer-1, veliko večje v kulturah, zdravljenih z VZMMel, kot v kulturah, ki niso bile obdelane ali zdravljene z VZMWT. Da bo ocenili potencial VZMMel za zdravljenje raka, so izvedli fototermične poskuse na golih miših s tumorjem 4T1. Pri živalih, ki so bile zdravljene intratumuralno in izpostavljene laserju, se je večina tumorskega tkiva zdela nekrotična in tumorska masa skoraj izginila; pri živalih, ki so jih zdravili intravenozno, se je tumorska rast zmanjšala za približno 43%. Rezultati kažejo, da se lahko VZMMel uporablja za optoakustično slikanje in fototerapijo in vivo.

Manca2: /* Manca Osolin: Kako lahko mitohondrijski encim sproži celično smrt */

2019-05-07T19:50:27Z

Manca Osolin: Kako lahko mitohondrijski encim sproži celično smrt

← Older revision		Revision as of 19:50, 7 May 2019
Line 104:		Line 104:

	===Manca Osolin: Kako lahko mitohondrijski encim sproži celično smrt===		===Manca Osolin: Kako lahko mitohondrijski encim sproži celično smrt===
	Citokrom c je protein elektronske transportne verige v mitohondriju, ki ima za prostetično skupino hem in sodeluje pri celičnem dihanju. Prav tako pa je citokrom c preko oksidacije kardiolipina, fosfolipida, ki se nahaja zgolj v mitohondrijski membrani, vključen v sprožitev apoptoze oz. programirane celične smrti. V zdravih mitohondrijih se kardiolipin nahaja predvsem na notranji mitohondrijski membrani. Ko pa je ~~kardiolipin~~ oksidiran in se prestavi na zunanjo membrano, sproži apoptozo. V raziskavi so s pomočjo ssNMR spektroskopije primerjali citokrom c v raztopini z na membrano vezanim proteinom, da bi ugotovili, kako vezava na membrano, ki vsebuje povečano količino kardiolipina, vpliva na strukturo in dinamiko tega proteina. Največ perturbacij so zasledili znotraj 70-85 Ω zanke, ki se nahaja blizu mesta A in prekriva hemsko votlino. Na podlagi tega so sklepali, da vezava citokroma c na kardiolipin pri preučevanih pogojih poteče preko mesta A. Nasičena povezava z membrano vključuje skupek šestih molekul kardiolipina, ki tvorijo nanodomeno. Ugotovili so, da razlog za povečano peroksidazno aktivnost citokroma c ni sprememba njegove strukture, temveč povečana dinamika 70-85 Ω zanke, ki odpre dostop do hemske votline in tako omogoči oksidacijo kardiolipina. V raziskavi so dokazali, da citokrom c tako ne zapusti nativnega zvitja, da se spremeni iz prenašalca elektronov v lipidno peroksidazo. Odkritje, da je aktivna oblika citokroma c še vedno zvita, bi lahko omogočilo razvoj zdravil, ki bi preprečila proteinovo oksidacijo kardiolipina.		Citokrom c je protein elektronske transportne verige v mitohondriju, ki ima za prostetično skupino hem in sodeluje pri celičnem dihanju. Prav tako pa je citokrom c preko oksidacije kardiolipina, fosfolipida, ki se nahaja zgolj v mitohondrijski membrani, vključen v sprožitev apoptoze oz. programirane celične smrti. V zdravih mitohondrijih se kardiolipin nahaja predvsem na notranji mitohondrijski membrani. Ko pa je oksidiran in se prestavi na zunanjo membrano, sproži apoptozo. V raziskavi so s pomočjo ssNMR spektroskopije primerjali citokrom c v raztopini z na membrano vezanim proteinom, da bi ugotovili, kako vezava na membrano, ki vsebuje povečano količino kardiolipina, vpliva na strukturo in dinamiko tega proteina. Največ perturbacij so zasledili znotraj 70-85 Ω zanke, ki se nahaja blizu mesta A in prekriva hemsko votlino. Na podlagi tega so sklepali, da vezava citokroma c na kardiolipin pri preučevanih pogojih poteče preko mesta A. Nasičena povezava z membrano vključuje skupek šestih molekul kardiolipina, ki tvorijo nanodomeno. Ugotovili so, da razlog za povečano peroksidazno aktivnost citokroma c ni sprememba njegove strukture, temveč povečana dinamika 70-85 Ω zanke, ki odpre dostop do hemske votline in tako omogoči oksidacijo kardiolipina. V raziskavi so dokazali, da citokrom c tako ne zapusti nativnega zvitja, da se spremeni iz prenašalca elektronov v lipidno peroksidazo. Odkritje, da je aktivna oblika citokroma c še vedno zvita, bi lahko omogočilo razvoj zdravil, ki bi preprečila proteinovo oksidacijo kardiolipina.

Manca2 at 18:39, 7 May 2019

2019-05-07T18:39:10Z

← Older revision		Revision as of 18:39, 7 May 2019
Line 103:		Line 103:
	V naših možganih so poleg nevronov prisotne tudi celice mikroglija, katerih najpomembnejša funkcija je fagocitoza patogenov oziroma odpadnega celičnega materiala, npr. mielinskih fragmentov. Mielinski fragmenti so ostanki mielinskih ovojnic, ki so propadle bodisi zaradi starosti, bodisi zaradi različnih neurodegenerativnih bolezni. Ker naj bi se fagocitotske sposobnosti mikroglij s starostjo poslabšale, je raziskovalce z univerze Stanford University School of Medicine zanimalo, ali obstaja povezava med slabšo fagocitotsko zmožnostjo mikroglij in zmanjšanjem kognitivnih sposobnosti pri starih miših. Najprej so z metodo CRISPR-Cas9 določili gen, katerega izraženost se s starostjo povečuje in ima negativen vpliv na zmožnost fagocitoze mikroglij. Edini, ki je ustrezal temu kriteriju je bil gen CD22, ki kodira istoimenski protein. Ko so v mikroglijah starih miši blokirali protein CD22, so se fagocitotske sposobnosti mikroglij povečale. Enak učinek so dosegli tudi v mikroglijah miši z izbitim genom CD22. Za konec so testirali še vpliv dolgotrajne blokade proteina CD22 na stare miši. Ugotovili so, da se v mikroglijah izrazijo enaki geni, kot so običajno izraženi v mikroglijah mladih miši. Iz rezultatov sklepajo, da dolgotrajno blokiranje proteina CD22 deloma povrne 'mladostne' lastnosti starim mikroglijam. To so potrdili tudi s testi obnašanja, saj so imele starejše miši z izbitim genom CD22 podobne kognitivne sposobnosti kot mlajše z izraženim genom.		V naših možganih so poleg nevronov prisotne tudi celice mikroglija, katerih najpomembnejša funkcija je fagocitoza patogenov oziroma odpadnega celičnega materiala, npr. mielinskih fragmentov. Mielinski fragmenti so ostanki mielinskih ovojnic, ki so propadle bodisi zaradi starosti, bodisi zaradi različnih neurodegenerativnih bolezni. Ker naj bi se fagocitotske sposobnosti mikroglij s starostjo poslabšale, je raziskovalce z univerze Stanford University School of Medicine zanimalo, ali obstaja povezava med slabšo fagocitotsko zmožnostjo mikroglij in zmanjšanjem kognitivnih sposobnosti pri starih miših. Najprej so z metodo CRISPR-Cas9 določili gen, katerega izraženost se s starostjo povečuje in ima negativen vpliv na zmožnost fagocitoze mikroglij. Edini, ki je ustrezal temu kriteriju je bil gen CD22, ki kodira istoimenski protein. Ko so v mikroglijah starih miši blokirali protein CD22, so se fagocitotske sposobnosti mikroglij povečale. Enak učinek so dosegli tudi v mikroglijah miši z izbitim genom CD22. Za konec so testirali še vpliv dolgotrajne blokade proteina CD22 na stare miši. Ugotovili so, da se v mikroglijah izrazijo enaki geni, kot so običajno izraženi v mikroglijah mladih miši. Iz rezultatov sklepajo, da dolgotrajno blokiranje proteina CD22 deloma povrne 'mladostne' lastnosti starim mikroglijam. To so potrdili tudi s testi obnašanja, saj so imele starejše miši z izbitim genom CD22 podobne kognitivne sposobnosti kot mlajše z izraženim genom.

	===Manca Osolin: Kako lahko mitohondrijski encim sproži celično smrt		===Manca Osolin: Kako lahko mitohondrijski encim sproži celično smrt===
	Citokrom c je protein elektronske transportne verige v mitohondriju, ki ima za prostetično skupino hem in sodeluje pri celičnem dihanju. Prav tako pa je citokrom c preko oksidacije kardiolipina, fosfolipida, ki se nahaja zgolj v mitohondrijski membrani, vključen v sprožitev apoptoze oz. programirane celične smrti. V zdravih mitohondrijih se kardiolipin nahaja predvsem na notranji mitohondrijski membrani. Ko pa je kardiolipin oksidiran in se prestavi na zunanjo membrano, sproži apoptozo. V raziskavi so s pomočjo ssNMR spektroskopije primerjali citokrom c v raztopini z na membrano vezanim proteinom, da bi ugotovili, kako vezava na membrano, ki vsebuje povečano količino kardiolipina, vpliva na strukturo in dinamiko tega proteina. Največ perturbacij so zasledili znotraj 70-85 Ω zanke, ki se nahaja blizu mesta A in prekriva hemsko votlino. Na podlagi tega so sklepali, da vezava citokroma c na kardiolipin pri preučevanih pogojih poteče preko mesta A. Nasičena povezava z membrano vključuje skupek šestih molekul kardiolipina, ki tvorijo nanodomeno. Ugotovili so, da razlog za povečano peroksidazno aktivnost citokroma c ni sprememba njegove strukture, temveč povečana dinamika 70-85 Ω zanke, ki odpre dostop do hemske votline in tako omogoči oksidacijo kardiolipina. V raziskavi so dokazali, da citokrom c tako ne zapusti nativnega zvitja, da se spremeni iz prenašalca elektronov v lipidno peroksidazo. Odkritje, da je aktivna oblika citokroma c še vedno zvita, bi lahko omogočilo razvoj zdravil, ki bi preprečila proteinovo oksidacijo kardiolipina.		Citokrom c je protein elektronske transportne verige v mitohondriju, ki ima za prostetično skupino hem in sodeluje pri celičnem dihanju. Prav tako pa je citokrom c preko oksidacije kardiolipina, fosfolipida, ki se nahaja zgolj v mitohondrijski membrani, vključen v sprožitev apoptoze oz. programirane celične smrti. V zdravih mitohondrijih se kardiolipin nahaja predvsem na notranji mitohondrijski membrani. Ko pa je kardiolipin oksidiran in se prestavi na zunanjo membrano, sproži apoptozo. V raziskavi so s pomočjo ssNMR spektroskopije primerjali citokrom c v raztopini z na membrano vezanim proteinom, da bi ugotovili, kako vezava na membrano, ki vsebuje povečano količino kardiolipina, vpliva na strukturo in dinamiko tega proteina. Največ perturbacij so zasledili znotraj 70-85 Ω zanke, ki se nahaja blizu mesta A in prekriva hemsko votlino. Na podlagi tega so sklepali, da vezava citokroma c na kardiolipin pri preučevanih pogojih poteče preko mesta A. Nasičena povezava z membrano vključuje skupek šestih molekul kardiolipina, ki tvorijo nanodomeno. Ugotovili so, da razlog za povečano peroksidazno aktivnost citokroma c ni sprememba njegove strukture, temveč povečana dinamika 70-85 Ω zanke, ki odpre dostop do hemske votline in tako omogoči oksidacijo kardiolipina. V raziskavi so dokazali, da citokrom c tako ne zapusti nativnega zvitja, da se spremeni iz prenašalca elektronov v lipidno peroksidazo. Odkritje, da je aktivna oblika citokroma c še vedno zvita, bi lahko omogočilo razvoj zdravil, ki bi preprečila proteinovo oksidacijo kardiolipina.