TBK2020 Povzetki seminarjev - Revision history

Trifunovskai at 12:16, 25 May 2020

2020-05-25T12:16:09Z

← Older revision		Revision as of 12:16, 25 May 2020
Line 163:		Line 163:
	=== Bor Krajnik: Kanabidiol kot pomožna učinkovina pri uničevanju Gram pozitivnih bakterij z bacitracinom===		=== Bor Krajnik: Kanabidiol kot pomožna učinkovina pri uničevanju Gram pozitivnih bakterij z bacitracinom===
	Antibiotiki so v današnji družbi izredno pogosti. Čeprav obstajajo dokazi za njihovo uporabo že pred več kot tisoč leti, smatramo za začetek dobe antibiotikov leto 1928, ko je Alexander Fleming odkril penicilin. Zaradi prekomerne uporabe antibiotikov pa je prišlo do pojava odpornosti bakterij proti antibiotikom, zato se znanstveniki obračajo k drugim pristopom za zdravljenje baktrijskih okužb. Danski raziskovalci so preučevali uporabo kanabidiola, kanabinoida iz rastline ''Cannabis Sativa'' kot pomožne učinkovine (ang. helper compound) pri uporabi v kombinaciji z antibiotikom bacitracinom v boju proti Gram pozitivnim bakterijam. Ugotovili so, da kanabidiol v kombinaciji z bacitracinom, v primerjavi z bacitracinom samim, do 64-krat bolj učinkovito zavira rast bakterijm, kar omogoči doseganje enakih rezultatov ob občutno manjši porabi antibiotika. Podobnih učinkov pri tretiranju Gram negativnih bakterij ni bilo, prav tako pa do potenciranja učinkov antibiotika ni prišlo ob kombiniranju kanabidiola z drugimi antibiotiki. Zaključili so, da pride pri tem do sprememb v celični membrani in nepravilnosti pri celični delitvi, a da so za podrobnejšo razlago mehanizma delovanja potrebne dodatne študije, predstavlja pa ta študija enega izmed načinov možnosti zmanjšanja uporabe antibiotikov.		Antibiotiki so v današnji družbi izredno pogosti. Čeprav obstajajo dokazi za njihovo uporabo že pred več kot tisoč leti, smatramo za začetek dobe antibiotikov leto 1928, ko je Alexander Fleming odkril penicilin. Zaradi prekomerne uporabe antibiotikov pa je prišlo do pojava odpornosti bakterij proti antibiotikom, zato se znanstveniki obračajo k drugim pristopom za zdravljenje baktrijskih okužb. Danski raziskovalci so preučevali uporabo kanabidiola, kanabinoida iz rastline ''Cannabis Sativa'' kot pomožne učinkovine (ang. helper compound) pri uporabi v kombinaciji z antibiotikom bacitracinom v boju proti Gram pozitivnim bakterijam. Ugotovili so, da kanabidiol v kombinaciji z bacitracinom, v primerjavi z bacitracinom samim, do 64-krat bolj učinkovito zavira rast bakterijm, kar omogoči doseganje enakih rezultatov ob občutno manjši porabi antibiotika. Podobnih učinkov pri tretiranju Gram negativnih bakterij ni bilo, prav tako pa do potenciranja učinkov antibiotika ni prišlo ob kombiniranju kanabidiola z drugimi antibiotiki. Zaključili so, da pride pri tem do sprememb v celični membrani in nepravilnosti pri celični delitvi, a da so za podrobnejšo razlago mehanizma delovanja potrebne dodatne študije, predstavlja pa ta študija enega izmed načinov možnosti zmanjšanja uporabe antibiotikov.

			=== Ivana Trifunovska: Glow-worms and the bioluminescence===

			When we hear about the New Zealand’s glow-worm, we do not think of biochemistry. Well the bioluminescence in the glow-worms according to researches has a unique chemistry in it. The glow-worms use this light to catch their prey, but without even knowing they are able of becoming a great help in the future researches. With using different biochemical techniques, such as chromatographic fractionation, assays, SDS-PAGE analysis, on the luciferase enzyme and the bioluminescence system, they were able to firstly, purify the enzyme, with that they got to the conclusion that the enzyme is from the same ANL superfamily as the firefly, but the whole system is a little bit more complex than that. The other thing was that even tho the bioluminescence is already used in researches, like the fireflies are used in the making of biosensors, the newest research is telling us that the glow-worm’s light could potentially be used in monitoring cancer cells and identifying infectiousness diseases.

Bor Krajnik at 17:31, 24 May 2020

2020-05-24T17:31:50Z

← Older revision		Revision as of 17:31, 24 May 2020
Line 160:		Line 160:
	=== Ela Bizjak: Gojenje človeških organoidov z natančnim homologno-neodvisnim urejanjem genoma CRISPR-Cas9===		=== Ela Bizjak: Gojenje človeških organoidov z natančnim homologno-neodvisnim urejanjem genoma CRISPR-Cas9===
	Genski inženiring je v znanosti že nekaj časa aktualna in popularna tema. Danes je najpogosteje uporabljen protokol CRISPR-Cas9, seveda pa obstaja želja po enostavnejših, hitrejših, učinkovitejših in enostavnejših postopkih, zlasti ko želimo doseči gensko vstavljanje genov. S tem namenom so razvili CRISPR-HOT, ki namesto popravljalnega mehanizma HDR uporablja mehanizem NHEJ, ki je nekoliko enostavnejši, vendar tudi bolj dovzeten za mutacije. CRISPR-HOT so tako pred uporabo za raziskovalne namene testirali tako, da so v različne človeške celice vstavljali gene za fluorescentne proteine, s pomočjo le teh pa so kasneje ugotavljali svojo uspešnost. Teste so opravljali na hepatocitih, črevesnih celicah in jetrnih duktalnih celicah, izbrali pa so jih zaradi specifičnih morfoloških značilnosti in njihove redke diferenciacije v umetnih sistemih. Iz označenih celic so gojili poročevalske organoide in opazovali določene strukture. Predvsem so se posvetili intermediarnim filamentom in nitim delitvenega vretena. Fluorescentni proteini so jim omogočili, da so spremljali mitotske delitve v dobri ločljivosti in realnem času, opazovali so tudi pojav nepravilnih delitev.		Genski inženiring je v znanosti že nekaj časa aktualna in popularna tema. Danes je najpogosteje uporabljen protokol CRISPR-Cas9, seveda pa obstaja želja po enostavnejših, hitrejših, učinkovitejših in enostavnejših postopkih, zlasti ko želimo doseči gensko vstavljanje genov. S tem namenom so razvili CRISPR-HOT, ki namesto popravljalnega mehanizma HDR uporablja mehanizem NHEJ, ki je nekoliko enostavnejši, vendar tudi bolj dovzeten za mutacije. CRISPR-HOT so tako pred uporabo za raziskovalne namene testirali tako, da so v različne človeške celice vstavljali gene za fluorescentne proteine, s pomočjo le teh pa so kasneje ugotavljali svojo uspešnost. Teste so opravljali na hepatocitih, črevesnih celicah in jetrnih duktalnih celicah, izbrali pa so jih zaradi specifičnih morfoloških značilnosti in njihove redke diferenciacije v umetnih sistemih. Iz označenih celic so gojili poročevalske organoide in opazovali določene strukture. Predvsem so se posvetili intermediarnim filamentom in nitim delitvenega vretena. Fluorescentni proteini so jim omogočili, da so spremljali mitotske delitve v dobri ločljivosti in realnem času, opazovali so tudi pojav nepravilnih delitev.

			=== Bor Krajnik: Kanabidiol kot pomožna učinkovina pri uničevanju Gram pozitivnih bakterij z bacitracinom===
			Antibiotiki so v današnji družbi izredno pogosti. Čeprav obstajajo dokazi za njihovo uporabo že pred več kot tisoč leti, smatramo za začetek dobe antibiotikov leto 1928, ko je Alexander Fleming odkril penicilin. Zaradi prekomerne uporabe antibiotikov pa je prišlo do pojava odpornosti bakterij proti antibiotikom, zato se znanstveniki obračajo k drugim pristopom za zdravljenje baktrijskih okužb. Danski raziskovalci so preučevali uporabo kanabidiola, kanabinoida iz rastline ''Cannabis Sativa'' kot pomožne učinkovine (ang. helper compound) pri uporabi v kombinaciji z antibiotikom bacitracinom v boju proti Gram pozitivnim bakterijam. Ugotovili so, da kanabidiol v kombinaciji z bacitracinom, v primerjavi z bacitracinom samim, do 64-krat bolj učinkovito zavira rast bakterijm, kar omogoči doseganje enakih rezultatov ob občutno manjši porabi antibiotika. Podobnih učinkov pri tretiranju Gram negativnih bakterij ni bilo, prav tako pa do potenciranja učinkov antibiotika ni prišlo ob kombiniranju kanabidiola z drugimi antibiotiki. Zaključili so, da pride pri tem do sprememb v celični membrani in nepravilnosti pri celični delitvi, a da so za podrobnejšo razlago mehanizma delovanja potrebne dodatne študije, predstavlja pa ta študija enega izmed načinov možnosti zmanjšanja uporabe antibiotikov.

Ela.bizjak at 11:13, 24 May 2020

2020-05-24T11:13:13Z

← Older revision		Revision as of 11:13, 24 May 2020
Line 157:		Line 157:
	=== Erik Putar: Ekspanzija heličnih pektinskih homogalakturonanskih filamentov poganja morfogenezo rastlinskih epidermalnih celic===		=== Erik Putar: Ekspanzija heličnih pektinskih homogalakturonanskih filamentov poganja morfogenezo rastlinskih epidermalnih celic===
	Celično steno rastlinskih celic sestavlja zmes različnih proteinov in polisaharidov, kot so npr. celuloza, hemiceluloza in pektini. Pektini so družina polisaharidov, ki jih sestavljajo 1,4-vezane enote α-D-galaktosiluronske kisline (GalpA); avtorji članka so se sicer osredotočili na t.i. homogalakturonane (HG), ki so linearne verige GalpA. Do sedanji modeli, ki opisujejo lastnosti stene, trdijo, da so celulozne miofibrile edine, ki so urejene v organizirano strukturo. Ta trditev je bila izpodrinjena v izbranem članku, saj so raziskovalci iz Nacionalnega raziskovalnega inštituta za kmetijstvo, hrano in okolje potrdili obstoj pektinskih (in sicer hamogalakturonanskih) nanofilamentov v antiklinskih stenah epidermalnih celic. HG je v steni prisoten v dveh oblikah, med katerima lahko prehaja: v metilesterificirani ter demetilesterificirani obliki. Posledica pretvorbe v demetilesterificirano obliko je 1,4-kratna ekspanzija v dolžini prečnega preseka nanofilamentov. Raziskovalci so ta pojav povezali z morfogenezo epidermalnih celic in ugotovili, da je oblika antiklinskih sten rezultat regulirane pretvorbe HG iz ene obliko v drugo.		Celično steno rastlinskih celic sestavlja zmes različnih proteinov in polisaharidov, kot so npr. celuloza, hemiceluloza in pektini. Pektini so družina polisaharidov, ki jih sestavljajo 1,4-vezane enote α-D-galaktosiluronske kisline (GalpA); avtorji članka so se sicer osredotočili na t.i. homogalakturonane (HG), ki so linearne verige GalpA. Do sedanji modeli, ki opisujejo lastnosti stene, trdijo, da so celulozne miofibrile edine, ki so urejene v organizirano strukturo. Ta trditev je bila izpodrinjena v izbranem članku, saj so raziskovalci iz Nacionalnega raziskovalnega inštituta za kmetijstvo, hrano in okolje potrdili obstoj pektinskih (in sicer hamogalakturonanskih) nanofilamentov v antiklinskih stenah epidermalnih celic. HG je v steni prisoten v dveh oblikah, med katerima lahko prehaja: v metilesterificirani ter demetilesterificirani obliki. Posledica pretvorbe v demetilesterificirano obliko je 1,4-kratna ekspanzija v dolžini prečnega preseka nanofilamentov. Raziskovalci so ta pojav povezali z morfogenezo epidermalnih celic in ugotovili, da je oblika antiklinskih sten rezultat regulirane pretvorbe HG iz ene obliko v drugo.

			=== Ela Bizjak: Gojenje človeških organoidov z natančnim homologno-neodvisnim urejanjem genoma CRISPR-Cas9===
			Genski inženiring je v znanosti že nekaj časa aktualna in popularna tema. Danes je najpogosteje uporabljen protokol CRISPR-Cas9, seveda pa obstaja želja po enostavnejših, hitrejših, učinkovitejših in enostavnejših postopkih, zlasti ko želimo doseči gensko vstavljanje genov. S tem namenom so razvili CRISPR-HOT, ki namesto popravljalnega mehanizma HDR uporablja mehanizem NHEJ, ki je nekoliko enostavnejši, vendar tudi bolj dovzeten za mutacije. CRISPR-HOT so tako pred uporabo za raziskovalne namene testirali tako, da so v različne človeške celice vstavljali gene za fluorescentne proteine, s pomočjo le teh pa so kasneje ugotavljali svojo uspešnost. Teste so opravljali na hepatocitih, črevesnih celicah in jetrnih duktalnih celicah, izbrali pa so jih zaradi specifičnih morfoloških značilnosti in njihove redke diferenciacije v umetnih sistemih. Iz označenih celic so gojili poročevalske organoide in opazovali določene strukture. Predvsem so se posvetili intermediarnim filamentom in nitim delitvenega vretena. Fluorescentni proteini so jim omogočili, da so spremljali mitotske delitve v dobri ločljivosti in realnem času, opazovali so tudi pojav nepravilnih delitev.

Erikputar at 09:34, 24 May 2020

2020-05-24T09:34:45Z

← Older revision		Revision as of 09:34, 24 May 2020
Line 154:		Line 154:
	=== Nika Bedrač: Nižji vnos žveplo vsebujočih aminokislin niža tveganje za razvoj kardiometaboličnih bolezni ===		=== Nika Bedrač: Nižji vnos žveplo vsebujočih aminokislin niža tveganje za razvoj kardiometaboličnih bolezni ===
	Med žveplo vsebujoče aminokislini spadata metionin in cistein. Velike količine metionina so toksične, ne glede na to ali prihajajo iz hrane ali so posledica bolezni in vodijo do kopičenja metantiola v krvi in zadahu, visoke koncentracije cisteina pa ogrožajo centralni živčni sistem. Priporočen dnevni vnos je 13 mg/kg na 24 ur pri zdravem odraslem človeku. Metionin je edina esencialna žveplo vsebujoča aminokislina, ki lahko tudi prispeva žveplo za sintezo cisteina in taurina. Nižji vnos žveplo vsebujočih aminokislin koristno ugodno vpliva na telo - upočasnjuje proces staranja, je povezan z zmanjšano telesno težo, oksidativnim stresom, izboljšanim metabolizmom glukoze itd. Raziskave kažejo, da je nižji vnos žveplo vsebujočih aminokislin povezan z nižjim nivojem holesterola, glukoze, glikiranega hemoglobina, sečne kisline, inzulina in ocene glomerulne filtracije. Kljub temu da so raziskave pomanjkljive glede direktnih poskusov na ljudeh, pa podobno dokazujejo na živalih – višji delež diebetesa in metaboličnega sindroma. Bistveno nižji vnos predvsem pri mladičih, ki imajo pri svoji rasti in razvoju višje potrebe po njih, pa lahko zavira rast. Prav tako so priporočila dana povprečno na populacijo in se lahko razlikujejo za posameznika. Delež žveplo vsebujočih aminokislin je večji v mesu in mesnih izdelkih, za razliko od zelenjave.		Med žveplo vsebujoče aminokislini spadata metionin in cistein. Velike količine metionina so toksične, ne glede na to ali prihajajo iz hrane ali so posledica bolezni in vodijo do kopičenja metantiola v krvi in zadahu, visoke koncentracije cisteina pa ogrožajo centralni živčni sistem. Priporočen dnevni vnos je 13 mg/kg na 24 ur pri zdravem odraslem človeku. Metionin je edina esencialna žveplo vsebujoča aminokislina, ki lahko tudi prispeva žveplo za sintezo cisteina in taurina. Nižji vnos žveplo vsebujočih aminokislin koristno ugodno vpliva na telo - upočasnjuje proces staranja, je povezan z zmanjšano telesno težo, oksidativnim stresom, izboljšanim metabolizmom glukoze itd. Raziskave kažejo, da je nižji vnos žveplo vsebujočih aminokislin povezan z nižjim nivojem holesterola, glukoze, glikiranega hemoglobina, sečne kisline, inzulina in ocene glomerulne filtracije. Kljub temu da so raziskave pomanjkljive glede direktnih poskusov na ljudeh, pa podobno dokazujejo na živalih – višji delež diebetesa in metaboličnega sindroma. Bistveno nižji vnos predvsem pri mladičih, ki imajo pri svoji rasti in razvoju višje potrebe po njih, pa lahko zavira rast. Prav tako so priporočila dana povprečno na populacijo in se lahko razlikujejo za posameznika. Delež žveplo vsebujočih aminokislin je večji v mesu in mesnih izdelkih, za razliko od zelenjave.

			=== Erik Putar: Ekspanzija heličnih pektinskih homogalakturonanskih filamentov poganja morfogenezo rastlinskih epidermalnih celic===
			Celično steno rastlinskih celic sestavlja zmes različnih proteinov in polisaharidov, kot so npr. celuloza, hemiceluloza in pektini. Pektini so družina polisaharidov, ki jih sestavljajo 1,4-vezane enote α-D-galaktosiluronske kisline (GalpA); avtorji članka so se sicer osredotočili na t.i. homogalakturonane (HG), ki so linearne verige GalpA. Do sedanji modeli, ki opisujejo lastnosti stene, trdijo, da so celulozne miofibrile edine, ki so urejene v organizirano strukturo. Ta trditev je bila izpodrinjena v izbranem članku, saj so raziskovalci iz Nacionalnega raziskovalnega inštituta za kmetijstvo, hrano in okolje potrdili obstoj pektinskih (in sicer hamogalakturonanskih) nanofilamentov v antiklinskih stenah epidermalnih celic. HG je v steni prisoten v dveh oblikah, med katerima lahko prehaja: v metilesterificirani ter demetilesterificirani obliki. Posledica pretvorbe v demetilesterificirano obliko je 1,4-kratna ekspanzija v dolžini prečnega preseka nanofilamentov. Raziskovalci so ta pojav povezali z morfogenezo epidermalnih celic in ugotovili, da je oblika antiklinskih sten rezultat regulirane pretvorbe HG iz ene obliko v drugo.

Nika Bedrač at 19:08, 23 May 2020

2020-05-23T19:08:51Z

← Older revision		Revision as of 19:08, 23 May 2020
Line 151:		Line 151:
	=== Aljaž Simonič: Blago poslabšanje delovanja proteasoma izboljša učinkovitost fotosinteze navadnega repnjakovca (<i>Arabidopsis thaliana</i>) ===		=== Aljaž Simonič: Blago poslabšanje delovanja proteasoma izboljša učinkovitost fotosinteze navadnega repnjakovca (<i>Arabidopsis thaliana</i>) ===
	Proteasom je proteinski kompleks, namenjen razgradnji proteinov. Sestavljen je iz osrednjega delca (20S proteasom), ki hidrolizira proteine, na katerega se lahko vežeta do dva regulatorna delca, naloga katerih je prepoznati proteine, označene z ubikvitinskimi verigami, in jih razviti. 20S proteasom z regulatornimi delci tvori 26S proteasom. Večina proteinov v kloroplastih je kodiranih v jedru in so sintetizirani v citoplazmi, kjer so izpostavljeni delovanju proteasoma in od koder morajo preko translokaz zunanje (TOC - <b>t</b>ranslocase <b>o</b>f the outer <b>c</b>hloroplast membrane) in notranje membrane kloroplasta. Da bi raziskali učinek delovanja proteasoma na fotosintezo, so preverili učinek večih mutacij komponent proteasoma v rastlini navadni repnjakovec (<i>Arabidopsis thaliana</i>). Mutacija gena, ki kodira protein Rpn8a, podenoto regulatornega delca, (<i>rpn8a</i>) izboljša aktivnost fotosinteze tako v kombinaciji z motnjo uvoza proteinov v kloroplast (<i>ppi2</i> - mutacija gena, ki kodira komponento TOC) v primerjavi z rastlinami <i>ppi2</i> kot tudi sama v primerjavi z rastlinami divjega tipa. V kombinaciji s <i>ppi2</i> ponovno omogoči tvorbo stolpcev tilakoidnih membran. Analiza proteoma je pokazala, da mutacija <i>rpn8a ppi2</i> poveča koncentracije številnih fotosintetskih proteinov v kombinaciji s <i>ppi2</i>, prav tako pa imajo rastline <i>rpn8a</i> več encima RuBisCO kot rastline divjega tipa. Prav tako poveča koncentracijo 20S proteasoma, kar znižuje učinek oksidativnega stresa na celico.		Proteasom je proteinski kompleks, namenjen razgradnji proteinov. Sestavljen je iz osrednjega delca (20S proteasom), ki hidrolizira proteine, na katerega se lahko vežeta do dva regulatorna delca, naloga katerih je prepoznati proteine, označene z ubikvitinskimi verigami, in jih razviti. 20S proteasom z regulatornimi delci tvori 26S proteasom. Večina proteinov v kloroplastih je kodiranih v jedru in so sintetizirani v citoplazmi, kjer so izpostavljeni delovanju proteasoma in od koder morajo preko translokaz zunanje (TOC - <b>t</b>ranslocase <b>o</b>f the outer <b>c</b>hloroplast membrane) in notranje membrane kloroplasta. Da bi raziskali učinek delovanja proteasoma na fotosintezo, so preverili učinek večih mutacij komponent proteasoma v rastlini navadni repnjakovec (<i>Arabidopsis thaliana</i>). Mutacija gena, ki kodira protein Rpn8a, podenoto regulatornega delca, (<i>rpn8a</i>) izboljša aktivnost fotosinteze tako v kombinaciji z motnjo uvoza proteinov v kloroplast (<i>ppi2</i> - mutacija gena, ki kodira komponento TOC) v primerjavi z rastlinami <i>ppi2</i> kot tudi sama v primerjavi z rastlinami divjega tipa. V kombinaciji s <i>ppi2</i> ponovno omogoči tvorbo stolpcev tilakoidnih membran. Analiza proteoma je pokazala, da mutacija <i>rpn8a ppi2</i> poveča koncentracije številnih fotosintetskih proteinov v kombinaciji s <i>ppi2</i>, prav tako pa imajo rastline <i>rpn8a</i> več encima RuBisCO kot rastline divjega tipa. Prav tako poveča koncentracijo 20S proteasoma, kar znižuje učinek oksidativnega stresa na celico.

			=== Nika Bedrač: Nižji vnos žveplo vsebujočih aminokislin niža tveganje za razvoj kardiometaboličnih bolezni ===
			Med žveplo vsebujoče aminokislini spadata metionin in cistein. Velike količine metionina so toksične, ne glede na to ali prihajajo iz hrane ali so posledica bolezni in vodijo do kopičenja metantiola v krvi in zadahu, visoke koncentracije cisteina pa ogrožajo centralni živčni sistem. Priporočen dnevni vnos je 13 mg/kg na 24 ur pri zdravem odraslem človeku. Metionin je edina esencialna žveplo vsebujoča aminokislina, ki lahko tudi prispeva žveplo za sintezo cisteina in taurina. Nižji vnos žveplo vsebujočih aminokislin koristno ugodno vpliva na telo - upočasnjuje proces staranja, je povezan z zmanjšano telesno težo, oksidativnim stresom, izboljšanim metabolizmom glukoze itd. Raziskave kažejo, da je nižji vnos žveplo vsebujočih aminokislin povezan z nižjim nivojem holesterola, glukoze, glikiranega hemoglobina, sečne kisline, inzulina in ocene glomerulne filtracije. Kljub temu da so raziskave pomanjkljive glede direktnih poskusov na ljudeh, pa podobno dokazujejo na živalih – višji delež diebetesa in metaboličnega sindroma. Bistveno nižji vnos predvsem pri mladičih, ki imajo pri svoji rasti in razvoju višje potrebe po njih, pa lahko zavira rast. Prav tako so priporočila dana povprečno na populacijo in se lahko razlikujejo za posameznika. Delež žveplo vsebujočih aminokislin je večji v mesu in mesnih izdelkih, za razliko od zelenjave.

Aljaz Simonic at 13:08, 18 May 2020

2020-05-18T13:08:30Z

← Older revision		Revision as of 13:08, 18 May 2020
Line 148:		Line 148:
	=== Manca Pirc: Posledice izpostavljenosti glukokortikosteroidom v perinatalnem obdobju ===		=== Manca Pirc: Posledice izpostavljenosti glukokortikosteroidom v perinatalnem obdobju ===
	Glukokortikoidi so hormoni s širokim spektrom delovanja in vplivajo na različne procese v telesu. Izpostavljenost glukokortikoidom v perinatalnem in zgodnjem postnatalnem ima lahko dolgoročne posledice na posameznika in njegov imunski odziv. Izpostavljenost glukokortikoidom v perinatalnem obdobju povzroča slabše delovanje CD8 T-celic, saj te v manjši meri proizvajajo specifični interferon γ (IFN-γ), ki inducira in uravnava številne imunske odzive. Kot posledica izpostavljenost glukokortikoidom se spremeni tudi oblika molekule DNA pri CD8 T-celic, in sicer tako da se zmanjša dostopnost do genov, ki regulirajo sintezo IFN-γ. Torej pride do epigenetskih sprememb, ki bi se lahko prenesle še v naslednjo generacijo. Glukokortikoidi v perinatalnem obdobju povzročijo reprogramiranje HPA-osi, ki je ena glavnih nevroendokrinih sistemov in regulira sintezo stresnih hormonov. Izpostavljenost glukokortikoidom lahko povzroči zmanjšano ali prekomerno delovanje HPA-osi, kar je odvisno od tipa stresorja. Zmanjšano delovanje HPA-osi povzroča nižjo sistemsko raven hormonov CORT in posledično slabši imunski odziv, ker se zmanjša količina CD8 T-celic. HPA-os je najbolj dovzetna za reprogramiranje ravno okoli rojstva. Da bi posledice izpostavljenosti stresu v perinatalnem obdobju zmanjšale, se v placenti nahaja encim 11b-HSD2, ki preprečuje, da bi materini glukokortikoidi prišli do ploda. Postnatalno mladiči se mladiči zaščitijo z obdobjem manjše senzitivnosti na stres in tako preprečijo, da se HPA-os nepravilno reprogramira.		Glukokortikoidi so hormoni s širokim spektrom delovanja in vplivajo na različne procese v telesu. Izpostavljenost glukokortikoidom v perinatalnem in zgodnjem postnatalnem ima lahko dolgoročne posledice na posameznika in njegov imunski odziv. Izpostavljenost glukokortikoidom v perinatalnem obdobju povzroča slabše delovanje CD8 T-celic, saj te v manjši meri proizvajajo specifični interferon γ (IFN-γ), ki inducira in uravnava številne imunske odzive. Kot posledica izpostavljenost glukokortikoidom se spremeni tudi oblika molekule DNA pri CD8 T-celic, in sicer tako da se zmanjša dostopnost do genov, ki regulirajo sintezo IFN-γ. Torej pride do epigenetskih sprememb, ki bi se lahko prenesle še v naslednjo generacijo. Glukokortikoidi v perinatalnem obdobju povzročijo reprogramiranje HPA-osi, ki je ena glavnih nevroendokrinih sistemov in regulira sintezo stresnih hormonov. Izpostavljenost glukokortikoidom lahko povzroči zmanjšano ali prekomerno delovanje HPA-osi, kar je odvisno od tipa stresorja. Zmanjšano delovanje HPA-osi povzroča nižjo sistemsko raven hormonov CORT in posledično slabši imunski odziv, ker se zmanjša količina CD8 T-celic. HPA-os je najbolj dovzetna za reprogramiranje ravno okoli rojstva. Da bi posledice izpostavljenosti stresu v perinatalnem obdobju zmanjšale, se v placenti nahaja encim 11b-HSD2, ki preprečuje, da bi materini glukokortikoidi prišli do ploda. Postnatalno mladiči se mladiči zaščitijo z obdobjem manjše senzitivnosti na stres in tako preprečijo, da se HPA-os nepravilno reprogramira.

			=== Aljaž Simonič: Blago poslabšanje delovanja proteasoma izboljša učinkovitost fotosinteze navadnega repnjakovca (<i>Arabidopsis thaliana</i>) ===
			Proteasom je proteinski kompleks, namenjen razgradnji proteinov. Sestavljen je iz osrednjega delca (20S proteasom), ki hidrolizira proteine, na katerega se lahko vežeta do dva regulatorna delca, naloga katerih je prepoznati proteine, označene z ubikvitinskimi verigami, in jih razviti. 20S proteasom z regulatornimi delci tvori 26S proteasom. Večina proteinov v kloroplastih je kodiranih v jedru in so sintetizirani v citoplazmi, kjer so izpostavljeni delovanju proteasoma in od koder morajo preko translokaz zunanje (TOC - <b>t</b>ranslocase <b>o</b>f the outer <b>c</b>hloroplast membrane) in notranje membrane kloroplasta. Da bi raziskali učinek delovanja proteasoma na fotosintezo, so preverili učinek večih mutacij komponent proteasoma v rastlini navadni repnjakovec (<i>Arabidopsis thaliana</i>). Mutacija gena, ki kodira protein Rpn8a, podenoto regulatornega delca, (<i>rpn8a</i>) izboljša aktivnost fotosinteze tako v kombinaciji z motnjo uvoza proteinov v kloroplast (<i>ppi2</i> - mutacija gena, ki kodira komponento TOC) v primerjavi z rastlinami <i>ppi2</i> kot tudi sama v primerjavi z rastlinami divjega tipa. V kombinaciji s <i>ppi2</i> ponovno omogoči tvorbo stolpcev tilakoidnih membran. Analiza proteoma je pokazala, da mutacija <i>rpn8a ppi2</i> poveča koncentracije številnih fotosintetskih proteinov v kombinaciji s <i>ppi2</i>, prav tako pa imajo rastline <i>rpn8a</i> več encima RuBisCO kot rastline divjega tipa. Prav tako poveča koncentracijo 20S proteasoma, kar znižuje učinek oksidativnega stresa na celico.

Mancapirc: /* Manca Pirc: Posledice izpostavljenosti glukokortikosteroidom v perinatalnem obdobju */

2020-05-18T12:12:42Z

Manca Pirc: Posledice izpostavljenosti glukokortikosteroidom v perinatalnem obdobju

← Older revision		Revision as of 12:12, 18 May 2020
Line 147:		Line 147:

	=== Manca Pirc: Posledice izpostavljenosti glukokortikosteroidom v perinatalnem obdobju ===		=== Manca Pirc: Posledice izpostavljenosti glukokortikosteroidom v perinatalnem obdobju ===
	Glukokortikoidi so hormoni s širokim spektrom delovanja in vplivajo na različne procese v telesu. Izpostavljenost glukokortikoidom v perinatalnem in zgodnjem postnatalnem ima lahko dolgoročne posledice na posameznika in njegov imunski odziv. Izpostavljenost glukokortikoidom v perinatalnem obdobju povzroča slabše delovanje CD8 T-celic, saj te v manjši meri proizvajajo specifični interferon γ (IFN-γ), ki inducira in uravnava številne imunske odzive. Kot posledica izpostavljenost glukokortikoidom se spremeni tudi oblika molekule DNA pri CD8 T-celic, in sicer tako da se zmanjša dostopnost do genov, ki regulirajo sintezo IFN-γ. Torej pride do epigenetskih sprememb, ki bi se lahko prenesle še v naslednjo generacijo. Glukokortikoidi v perinatalnem obdobju povzročijo reprogramiranje HPA-osi, ki je ena glavnih nevroendokrinih sistemov in regulira sintezo stresnih hormonov. Izpostavljenost glukokortikoidom lahko povzroči zmanjšano ali prekomerno delovanje HPA-osi, kar je odvisno od tipa stresorja. Zmanjšano delovanje HPA-osi povzroča nižjo sistemsko raven hormonov CORT in posledično slabši imunski odziv, ker se ~~tako~~ zmanjša količina CD8 T-celic. HPA-os je najbolj dovzetna za reprogramiranje ravno okoli rojstva. Da bi posledice izpostavljenosti stresu v perinatalnem obdobju zmanjšale, se v placenti nahaja encim 11b-HSD2, ki preprečuje, da bi materini glukokortikoidi prišli do ploda. Postnatalno mladiči se mladiči zaščitijo z obdobjem manjše senzitivnosti na stres in tako preprečijo, da se HPA-os nepravilno reprogramira.		Glukokortikoidi so hormoni s širokim spektrom delovanja in vplivajo na različne procese v telesu. Izpostavljenost glukokortikoidom v perinatalnem in zgodnjem postnatalnem ima lahko dolgoročne posledice na posameznika in njegov imunski odziv. Izpostavljenost glukokortikoidom v perinatalnem obdobju povzroča slabše delovanje CD8 T-celic, saj te v manjši meri proizvajajo specifični interferon γ (IFN-γ), ki inducira in uravnava številne imunske odzive. Kot posledica izpostavljenost glukokortikoidom se spremeni tudi oblika molekule DNA pri CD8 T-celic, in sicer tako da se zmanjša dostopnost do genov, ki regulirajo sintezo IFN-γ. Torej pride do epigenetskih sprememb, ki bi se lahko prenesle še v naslednjo generacijo. Glukokortikoidi v perinatalnem obdobju povzročijo reprogramiranje HPA-osi, ki je ena glavnih nevroendokrinih sistemov in regulira sintezo stresnih hormonov. Izpostavljenost glukokortikoidom lahko povzroči zmanjšano ali prekomerno delovanje HPA-osi, kar je odvisno od tipa stresorja. Zmanjšano delovanje HPA-osi povzroča nižjo sistemsko raven hormonov CORT in posledično slabši imunski odziv, ker se zmanjša količina CD8 T-celic. HPA-os je najbolj dovzetna za reprogramiranje ravno okoli rojstva. Da bi posledice izpostavljenosti stresu v perinatalnem obdobju zmanjšale, se v placenti nahaja encim 11b-HSD2, ki preprečuje, da bi materini glukokortikoidi prišli do ploda. Postnatalno mladiči se mladiči zaščitijo z obdobjem manjše senzitivnosti na stres in tako preprečijo, da se HPA-os nepravilno reprogramira.

Mancapirc at 12:11, 18 May 2020

2020-05-18T12:11:57Z

← Older revision		Revision as of 12:11, 18 May 2020
Line 144:		Line 144:
	=== Erika Rihter: Življenjski cikel cianobakterijskega karboksisoma ===		=== Erika Rihter: Življenjski cikel cianobakterijskega karboksisoma ===
	Vse cianobakterije, ki izvajajo fotosintezo, imajo karboksisome, ki so del mehanizma za kopičenje ogljikovega dioksida .Karboksisomi so proteinske strukture, ki jih lahko najdemo v cianobakterijah. V njihovi notranjosti se nahajata encima RuBisCO in ogljikova anhidraza. Čeprav je bila biogeneza karboksisomov že pojasnjena, do sedaj še niso bile raziskane dinamika aktivnosti, življenjska doba ter degradacija teh struktur, saj ni bilo na voljo sistema, ki bi omogočal opazovanje in sledenje posameznim celičnim razdelkom in vivo. V študiji so merili število karboksisomov ter spremljali njihov položaj in aktivnost v rastoči populaciji cianobakterij. Rezultati so pokazali, da je rast celic cianobakterije Synechococcus sp. PCC 7002 povezana z aktivnostjo karboksisomov, saj so celice, ki niso imele vsaj enega delujočega karboksisoma, v okolju z normalno koncentracijo CO₂ (približno 0,04%) nehale rasti. Z izrazom neto produktivnost so označili aktivnost posameznega karboksisoma v določenem časovnem obdobju in na podlagi dobljenih podatkov opazovane karboksisome razdelili v štiri skupine. V celicah z dvemi karboksisomi sta mehanizem za kopičenje ogljikovega dioksida in konstantna celična rast ohranjena tudi po razgradnji karboksisoma zaradi prisotnosti še enega funkcionalnega karboksisoma. Ugotovili so tudi, da pride do razgradnje karboksisomov zaradi prenehanja delovanja teh struktur, temu pa sledi sprememba položaja nedelujočega kompleksa; iz citoplazme se pomakne proti polu celice.		Vse cianobakterije, ki izvajajo fotosintezo, imajo karboksisome, ki so del mehanizma za kopičenje ogljikovega dioksida .Karboksisomi so proteinske strukture, ki jih lahko najdemo v cianobakterijah. V njihovi notranjosti se nahajata encima RuBisCO in ogljikova anhidraza. Čeprav je bila biogeneza karboksisomov že pojasnjena, do sedaj še niso bile raziskane dinamika aktivnosti, življenjska doba ter degradacija teh struktur, saj ni bilo na voljo sistema, ki bi omogočal opazovanje in sledenje posameznim celičnim razdelkom in vivo. V študiji so merili število karboksisomov ter spremljali njihov položaj in aktivnost v rastoči populaciji cianobakterij. Rezultati so pokazali, da je rast celic cianobakterije Synechococcus sp. PCC 7002 povezana z aktivnostjo karboksisomov, saj so celice, ki niso imele vsaj enega delujočega karboksisoma, v okolju z normalno koncentracijo CO₂ (približno 0,04%) nehale rasti. Z izrazom neto produktivnost so označili aktivnost posameznega karboksisoma v določenem časovnem obdobju in na podlagi dobljenih podatkov opazovane karboksisome razdelili v štiri skupine. V celicah z dvemi karboksisomi sta mehanizem za kopičenje ogljikovega dioksida in konstantna celična rast ohranjena tudi po razgradnji karboksisoma zaradi prisotnosti še enega funkcionalnega karboksisoma. Ugotovili so tudi, da pride do razgradnje karboksisomov zaradi prenehanja delovanja teh struktur, temu pa sledi sprememba položaja nedelujočega kompleksa; iz citoplazme se pomakne proti polu celice.


			=== Manca Pirc: Posledice izpostavljenosti glukokortikosteroidom v perinatalnem obdobju ===
			Glukokortikoidi so hormoni s širokim spektrom delovanja in vplivajo na različne procese v telesu. Izpostavljenost glukokortikoidom v perinatalnem in zgodnjem postnatalnem ima lahko dolgoročne posledice na posameznika in njegov imunski odziv. Izpostavljenost glukokortikoidom v perinatalnem obdobju povzroča slabše delovanje CD8 T-celic, saj te v manjši meri proizvajajo specifični interferon γ (IFN-γ), ki inducira in uravnava številne imunske odzive. Kot posledica izpostavljenost glukokortikoidom se spremeni tudi oblika molekule DNA pri CD8 T-celic, in sicer tako da se zmanjša dostopnost do genov, ki regulirajo sintezo IFN-γ. Torej pride do epigenetskih sprememb, ki bi se lahko prenesle še v naslednjo generacijo. Glukokortikoidi v perinatalnem obdobju povzročijo reprogramiranje HPA-osi, ki je ena glavnih nevroendokrinih sistemov in regulira sintezo stresnih hormonov. Izpostavljenost glukokortikoidom lahko povzroči zmanjšano ali prekomerno delovanje HPA-osi, kar je odvisno od tipa stresorja. Zmanjšano delovanje HPA-osi povzroča nižjo sistemsko raven hormonov CORT in posledično slabši imunski odziv, ker se tako zmanjša količina CD8 T-celic. HPA-os je najbolj dovzetna za reprogramiranje ravno okoli rojstva. Da bi posledice izpostavljenosti stresu v perinatalnem obdobju zmanjšale, se v placenti nahaja encim 11b-HSD2, ki preprečuje, da bi materini glukokortikoidi prišli do ploda. Postnatalno mladiči se mladiči zaščitijo z obdobjem manjše senzitivnosti na stres in tako preprečijo, da se HPA-os nepravilno reprogramira.

Erika Rihter at 15:17, 17 May 2020

2020-05-17T15:17:10Z

← Older revision		Revision as of 15:17, 17 May 2020
Line 142:		Line 142:
	Staphylococcus Aureus is one of the most common hospital-acquired infections. It's a gram-positive bacteria, meaning that teichoic acids, play a big role in its cell wall. Alteration of teichoic acids, help S. Aureus to combat medicine. There are two types of teichoic acids: Wall teichoic acid and lipoteichoic acid LtaA which is a flippase, essential for the production of LTA. LTA has also been hypothesized to aid the survival of S. Aureus in acidic areas. Due to this, researchers were interested in the function and structure of LtaA. They determined it’s structure to resemble MFS (major facilitator superfamily). Consisting of a carboxyl and amino terminal domain. Between them is a very interesting amphiphilic cavity, which might be the reason for its flipping activity. They proved that LtaA is a proton-coupled antiporter, with the residue E32 being the proton coupler. Testing various mutants growth in acidic conditions, resulted in more proof, that LtaA is essential for S. Aureus fitness. Slight alterations of LtaA, resulted in major growth retardation. This study could prove crucial for the creation of new drugs that counter S. Aureus infections.		Staphylococcus Aureus is one of the most common hospital-acquired infections. It's a gram-positive bacteria, meaning that teichoic acids, play a big role in its cell wall. Alteration of teichoic acids, help S. Aureus to combat medicine. There are two types of teichoic acids: Wall teichoic acid and lipoteichoic acid LtaA which is a flippase, essential for the production of LTA. LTA has also been hypothesized to aid the survival of S. Aureus in acidic areas. Due to this, researchers were interested in the function and structure of LtaA. They determined it’s structure to resemble MFS (major facilitator superfamily). Consisting of a carboxyl and amino terminal domain. Between them is a very interesting amphiphilic cavity, which might be the reason for its flipping activity. They proved that LtaA is a proton-coupled antiporter, with the residue E32 being the proton coupler. Testing various mutants growth in acidic conditions, resulted in more proof, that LtaA is essential for S. Aureus fitness. Slight alterations of LtaA, resulted in major growth retardation. This study could prove crucial for the creation of new drugs that counter S. Aureus infections.

	~~Konec klepeta~~		=== Erika Rihter: Življenjski cikel cianobakterijskega karboksisoma ===
	~~Napiši sporočilo~~ ...		Vse cianobakterije, ki izvajajo fotosintezo, imajo karboksisome, ki so del mehanizma za kopičenje ogljikovega dioksida .Karboksisomi so proteinske strukture, ki jih lahko najdemo v cianobakterijah. V njihovi notranjosti se nahajata encima RuBisCO in ogljikova anhidraza. Čeprav je bila biogeneza karboksisomov že pojasnjena, do sedaj še niso bile raziskane dinamika aktivnosti, življenjska doba ter degradacija teh struktur, saj ni bilo na voljo sistema, ki bi omogočal opazovanje in sledenje posameznim celičnim razdelkom in vivo. V študiji so merili število karboksisomov ter spremljali njihov položaj in aktivnost v rastoči populaciji cianobakterij. Rezultati so pokazali, da je rast celic cianobakterije Synechococcus sp. PCC 7002 povezana z aktivnostjo karboksisomov, saj so celice, ki niso imele vsaj enega delujočega karboksisoma, v okolju z normalno koncentracijo CO₂ (približno 0,04%) nehale rasti. Z izrazom neto produktivnost so označili aktivnost posameznega karboksisoma v določenem časovnem obdobju in na podlagi dobljenih podatkov opazovane karboksisome razdelili v štiri skupine. V celicah z dvemi karboksisomi sta mehanizem za kopičenje ogljikovega dioksida in konstantna celična rast ohranjena tudi po razgradnji karboksisoma zaradi prisotnosti še enega funkcionalnega karboksisoma. Ugotovili so tudi, da pride do razgradnje karboksisomov zaradi prenehanja delovanja teh struktur, temu pa sledi sprememba položaja nedelujočega kompleksa; iz citoplazme se pomakne proti polu celice.

Nikola Janakievski: /* Nikola Janakievski: Structure of a proton-dependent lipid transporter involved in lipoteichoic acids biosynthesis */

2020-05-16T15:47:12Z

Nikola Janakievski: Structure of a proton-dependent lipid transporter involved in lipoteichoic acids biosynthesis

← Older revision		Revision as of 15:47, 16 May 2020
Line 141:		Line 141:
	=== Nikola Janakievski: Structure of a proton-dependent lipid transporter involved in lipoteichoic acids biosynthesis ===		=== Nikola Janakievski: Structure of a proton-dependent lipid transporter involved in lipoteichoic acids biosynthesis ===
	Staphylococcus Aureus is one of the most common hospital-acquired infections. It's a gram-positive bacteria, meaning that teichoic acids, play a big role in its cell wall. Alteration of teichoic acids, help S. Aureus to combat medicine. There are two types of teichoic acids: Wall teichoic acid and lipoteichoic acid LtaA which is a flippase, essential for the production of LTA. LTA has also been hypothesized to aid the survival of S. Aureus in acidic areas. Due to this, researchers were interested in the function and structure of LtaA. They determined it’s structure to resemble MFS (major facilitator superfamily). Consisting of a carboxyl and amino terminal domain. Between them is a very interesting amphiphilic cavity, which might be the reason for its flipping activity. They proved that LtaA is a proton-coupled antiporter, with the residue E32 being the proton coupler. Testing various mutants growth in acidic conditions, resulted in more proof, that LtaA is essential for S. Aureus fitness. Slight alterations of LtaA, resulted in major growth retardation. This study could prove crucial for the creation of new drugs that counter S. Aureus infections.		Staphylococcus Aureus is one of the most common hospital-acquired infections. It's a gram-positive bacteria, meaning that teichoic acids, play a big role in its cell wall. Alteration of teichoic acids, help S. Aureus to combat medicine. There are two types of teichoic acids: Wall teichoic acid and lipoteichoic acid LtaA which is a flippase, essential for the production of LTA. LTA has also been hypothesized to aid the survival of S. Aureus in acidic areas. Due to this, researchers were interested in the function and structure of LtaA. They determined it’s structure to resemble MFS (major facilitator superfamily). Consisting of a carboxyl and amino terminal domain. Between them is a very interesting amphiphilic cavity, which might be the reason for its flipping activity. They proved that LtaA is a proton-coupled antiporter, with the residue E32 being the proton coupler. Testing various mutants growth in acidic conditions, resulted in more proof, that LtaA is essential for S. Aureus fitness. Slight alterations of LtaA, resulted in major growth retardation. This study could prove crucial for the creation of new drugs that counter S. Aureus infections.

	Konec klepeta		Konec klepeta
	Napiši sporočilo ...		Napiši sporočilo ...