TBK 2022 Povzetki seminarjev - Revision history

Veronika Trobiš: /* Trobis, Veronika: Kako določiti, kateri virus je nalezljiv */

2022-05-06T22:19:37Z

Trobis, Veronika: Kako določiti, kateri virus je nalezljiv

← Older revision		Revision as of 22:19, 6 May 2022
Line 135:		Line 135:
	Tumorski supresor p53 spada med intrinzično neurejene proteine (IDP). IDP) so proteini, ki nimajo fiksnih sekundarnih ali terciarnih struktur, imajo pa ključno vlogo pri celični signalizaciji in regulaciji. Mednje prištevamo tako popolnoma neurejene proteine, kot tudi dobro strukturirane proteine, ki vsebujejo intrinzično neurejene regije (IDR). Aktivnost je močno povezana z konformacijo proteinov, ki jo urejajo specifične interakcije z drugimi proteini ali nukleinskimi kislinami. Številni IDP so povezani z številnimi boleznimi, vključno z rakom, boleznimi srca in ožilja, sladkorno boleznijo, amiloidozami in nevrodegenerativnimi boleznimi. Tumorski supresor p53 je protein z nizko stopnjo ekspresije, ki kaže visoko nagnjenost k agregaciji in ima pomembno vlogo pri celični poliferaciji. Proteinsko IDR je iz N-terminalne regije, ki jo sestavljata transaktivni domeni 1 (TAD1) in 2 (TAD) ter s prolinom bogata domena (PRD). Raziskava je temeljila na hipotezi, da bi ob spojitvi p53 in proteina, ki kaže visoko ekspresijo in stabilnost, dosegli stabilnost p53. Ta protein naj bi bil največji ampulatni svilni spideoin, ki ima zelo neurejene in k agregaciji nagnjene segmente, vendar zelo visoko stopnjo ekspresije. Fuzijski protein ima učinkovitejšo translacijo, kakor sam protein p53. Fuzija tvori naravni tetramer, v katerem se tvorijo mnoge hidrofobne povezave med TAD1 in NT*, poleg tega pa tako stabiliziran protein ohrani svojo aktivnost v rakavih celicah.		Tumorski supresor p53 spada med intrinzično neurejene proteine (IDP). IDP) so proteini, ki nimajo fiksnih sekundarnih ali terciarnih struktur, imajo pa ključno vlogo pri celični signalizaciji in regulaciji. Mednje prištevamo tako popolnoma neurejene proteine, kot tudi dobro strukturirane proteine, ki vsebujejo intrinzično neurejene regije (IDR). Aktivnost je močno povezana z konformacijo proteinov, ki jo urejajo specifične interakcije z drugimi proteini ali nukleinskimi kislinami. Številni IDP so povezani z številnimi boleznimi, vključno z rakom, boleznimi srca in ožilja, sladkorno boleznijo, amiloidozami in nevrodegenerativnimi boleznimi. Tumorski supresor p53 je protein z nizko stopnjo ekspresije, ki kaže visoko nagnjenost k agregaciji in ima pomembno vlogo pri celični poliferaciji. Proteinsko IDR je iz N-terminalne regije, ki jo sestavljata transaktivni domeni 1 (TAD1) in 2 (TAD) ter s prolinom bogata domena (PRD). Raziskava je temeljila na hipotezi, da bi ob spojitvi p53 in proteina, ki kaže visoko ekspresijo in stabilnost, dosegli stabilnost p53. Ta protein naj bi bil največji ampulatni svilni spideoin, ki ima zelo neurejene in k agregaciji nagnjene segmente, vendar zelo visoko stopnjo ekspresije. Fuzijski protein ima učinkovitejšo translacijo, kakor sam protein p53. Fuzija tvori naravni tetramer, v katerem se tvorijo mnoge hidrofobne povezave med TAD1 in NT*, poleg tega pa tako stabiliziran protein ohrani svojo aktivnost v rakavih celicah.

	=== ~~Trobis~~, Veronika: Kako določiti, kateri virus je nalezljiv ===		=== Trobiš, Veronika: Kako določiti, kateri virus je nalezljiv ===

	Virusne okužbe so velik globalni zdravstveni problem, vendar pa nobena dosedanja metoda ni omogočala hitre, neposredne in natanče kvantifikacije virusov, ki bi tudi dokazala infektivnost, kar je povzročalo napačne diagnoze in širjenje virusov. Pod pritiskom epidemije so zato poskušali najti boljši način za prepoznavo infekcijskih virusov od neinfekcijskih virusov, kar pa so dosegli z visoko selektivnimi DNA aptameri integriranimi v polprevodniške nanopore. Ker metoda izbire ni odvisna od znanih biomarkerjev za razlikovanje med nalezljivimi in nenalezljivimi virusi, jo je mogoče zlahka uporabiti za novo nastajajoče viruse, ki se vse pogosteje pojavljajo po vsem svetu, ne da bi imeli kakršne koli informacije o mehanizmu inaktivacije. Novo metodo so testirali na adenovirusu in SARS-CoV-2, ter s tem dokazali, da je ta metoda primerna za viruse z ovojnico ter prav tako za viruse brez ovojnice, zaradi česar je senzor splošno uporaben za zaznavanje teh in drugih novih virusov, ki so pomembni za okolje in javno zdravje.		Virusne okužbe so velik globalni zdravstveni problem, vendar pa nobena dosedanja metoda ni omogočala hitre, neposredne in natanče kvantifikacije virusov, ki bi tudi dokazala infektivnost, kar je povzročalo napačne diagnoze in širjenje virusov. Pod pritiskom epidemije so zato poskušali najti boljši način za prepoznavo infekcijskih virusov od neinfekcijskih virusov, kar pa so dosegli z visoko selektivnimi DNA aptameri integriranimi v polprevodniške nanopore. Ker metoda izbire ni odvisna od znanih biomarkerjev za razlikovanje med nalezljivimi in nenalezljivimi virusi, jo je mogoče zlahka uporabiti za novo nastajajoče viruse, ki se vse pogosteje pojavljajo po vsem svetu, ne da bi imeli kakršne koli informacije o mehanizmu inaktivacije. Novo metodo so testirali na adenovirusu in SARS-CoV-2, ter s tem dokazali, da je ta metoda primerna za viruse z ovojnico ter prav tako za viruse brez ovojnice, zaradi česar je senzor splošno uporaben za zaznavanje teh in drugih novih virusov, ki so pomembni za okolje in javno zdravje.

Veronika Trobiš at 22:19, 6 May 2022

2022-05-06T22:19:08Z

← Older revision		Revision as of 22:19, 6 May 2022
Line 134:		Line 134:

	Tumorski supresor p53 spada med intrinzično neurejene proteine (IDP). IDP) so proteini, ki nimajo fiksnih sekundarnih ali terciarnih struktur, imajo pa ključno vlogo pri celični signalizaciji in regulaciji. Mednje prištevamo tako popolnoma neurejene proteine, kot tudi dobro strukturirane proteine, ki vsebujejo intrinzično neurejene regije (IDR). Aktivnost je močno povezana z konformacijo proteinov, ki jo urejajo specifične interakcije z drugimi proteini ali nukleinskimi kislinami. Številni IDP so povezani z številnimi boleznimi, vključno z rakom, boleznimi srca in ožilja, sladkorno boleznijo, amiloidozami in nevrodegenerativnimi boleznimi. Tumorski supresor p53 je protein z nizko stopnjo ekspresije, ki kaže visoko nagnjenost k agregaciji in ima pomembno vlogo pri celični poliferaciji. Proteinsko IDR je iz N-terminalne regije, ki jo sestavljata transaktivni domeni 1 (TAD1) in 2 (TAD) ter s prolinom bogata domena (PRD). Raziskava je temeljila na hipotezi, da bi ob spojitvi p53 in proteina, ki kaže visoko ekspresijo in stabilnost, dosegli stabilnost p53. Ta protein naj bi bil največji ampulatni svilni spideoin, ki ima zelo neurejene in k agregaciji nagnjene segmente, vendar zelo visoko stopnjo ekspresije. Fuzijski protein ima učinkovitejšo translacijo, kakor sam protein p53. Fuzija tvori naravni tetramer, v katerem se tvorijo mnoge hidrofobne povezave med TAD1 in NT*, poleg tega pa tako stabiliziran protein ohrani svojo aktivnost v rakavih celicah.		Tumorski supresor p53 spada med intrinzično neurejene proteine (IDP). IDP) so proteini, ki nimajo fiksnih sekundarnih ali terciarnih struktur, imajo pa ključno vlogo pri celični signalizaciji in regulaciji. Mednje prištevamo tako popolnoma neurejene proteine, kot tudi dobro strukturirane proteine, ki vsebujejo intrinzično neurejene regije (IDR). Aktivnost je močno povezana z konformacijo proteinov, ki jo urejajo specifične interakcije z drugimi proteini ali nukleinskimi kislinami. Številni IDP so povezani z številnimi boleznimi, vključno z rakom, boleznimi srca in ožilja, sladkorno boleznijo, amiloidozami in nevrodegenerativnimi boleznimi. Tumorski supresor p53 je protein z nizko stopnjo ekspresije, ki kaže visoko nagnjenost k agregaciji in ima pomembno vlogo pri celični poliferaciji. Proteinsko IDR je iz N-terminalne regije, ki jo sestavljata transaktivni domeni 1 (TAD1) in 2 (TAD) ter s prolinom bogata domena (PRD). Raziskava je temeljila na hipotezi, da bi ob spojitvi p53 in proteina, ki kaže visoko ekspresijo in stabilnost, dosegli stabilnost p53. Ta protein naj bi bil največji ampulatni svilni spideoin, ki ima zelo neurejene in k agregaciji nagnjene segmente, vendar zelo visoko stopnjo ekspresije. Fuzijski protein ima učinkovitejšo translacijo, kakor sam protein p53. Fuzija tvori naravni tetramer, v katerem se tvorijo mnoge hidrofobne povezave med TAD1 in NT*, poleg tega pa tako stabiliziran protein ohrani svojo aktivnost v rakavih celicah.

			=== Trobis, Veronika: Kako določiti, kateri virus je nalezljiv ===

			Virusne okužbe so velik globalni zdravstveni problem, vendar pa nobena dosedanja metoda ni omogočala hitre, neposredne in natanče kvantifikacije virusov, ki bi tudi dokazala infektivnost, kar je povzročalo napačne diagnoze in širjenje virusov. Pod pritiskom epidemije so zato poskušali najti boljši način za prepoznavo infekcijskih virusov od neinfekcijskih virusov, kar pa so dosegli z visoko selektivnimi DNA aptameri integriranimi v polprevodniške nanopore. Ker metoda izbire ni odvisna od znanih biomarkerjev za razlikovanje med nalezljivimi in nenalezljivimi virusi, jo je mogoče zlahka uporabiti za novo nastajajoče viruse, ki se vse pogosteje pojavljajo po vsem svetu, ne da bi imeli kakršne koli informacije o mehanizmu inaktivacije. Novo metodo so testirali na adenovirusu in SARS-CoV-2, ter s tem dokazali, da je ta metoda primerna za viruse z ovojnico ter prav tako za viruse brez ovojnice, zaradi česar je senzor splošno uporaben za zaznavanje teh in drugih novih virusov, ki so pomembni za okolje in javno zdravje.

Klara Žerovnik at 05:05, 30 April 2022

2022-04-30T05:05:50Z

← Older revision		Revision as of 05:05, 30 April 2022
Line 130:		Line 130:

	Receptorji vezani na G protein oziroma GPCR so pomembna tarča večine zdravil. Njihovo poddružino adeninskih receptorjev lahko najdemo v celotnem osrednjem živčnem sistemu in perifernih tkivih ali celicah. Podtip adenozinskih receptorjev A2A AR predstavlja pomembno tarčo zdravila v boju proti raku in pri nevrodegenerativnih boleznih. Namen raziskave je bil rešiti kokristalno strukturo receptorja A2A AR z antagonistom imenovanim preladenant, ki do tedaj še ni bila določena. V ta namen so razvili nov termostabilen mutant receptorja (A2A-PSB1-brIL) pri katerem je za razliko od prejšnjih prisotna le ena točkovna mutacija. Vzporedno so sintetizirali še nove derivate preladenanta. V ta namen so preladenant PEGilirali in dobili derivat PSB-2113. Nato so PEGiliranemu derivatu dodali še borov-dipirometen fluoroform in nastal je derivat imenovan PSB-2115. Mutant A2A-PSB1-brIL so sokristalizirali z obema derivatoma preladenanta in dobili so kristalne strukture visoke ločljivosti. Preladenant predstavlja enega močnejših in selektivnih anatgonistov A2A AR. Njegovi novo razviti derivati imajo velik pomen za prihodnost, saj bodo vodili do izboljšanih antagonistov A2A AR receptorja. Ti antagonisti pa imajo velik potencial kot nova zdravila za zdravljenje raka in nevrodegenerativnih bolezni.		Receptorji vezani na G protein oziroma GPCR so pomembna tarča večine zdravil. Njihovo poddružino adeninskih receptorjev lahko najdemo v celotnem osrednjem živčnem sistemu in perifernih tkivih ali celicah. Podtip adenozinskih receptorjev A2A AR predstavlja pomembno tarčo zdravila v boju proti raku in pri nevrodegenerativnih boleznih. Namen raziskave je bil rešiti kokristalno strukturo receptorja A2A AR z antagonistom imenovanim preladenant, ki do tedaj še ni bila določena. V ta namen so razvili nov termostabilen mutant receptorja (A2A-PSB1-brIL) pri katerem je za razliko od prejšnjih prisotna le ena točkovna mutacija. Vzporedno so sintetizirali še nove derivate preladenanta. V ta namen so preladenant PEGilirali in dobili derivat PSB-2113. Nato so PEGiliranemu derivatu dodali še borov-dipirometen fluoroform in nastal je derivat imenovan PSB-2115. Mutant A2A-PSB1-brIL so sokristalizirali z obema derivatoma preladenanta in dobili so kristalne strukture visoke ločljivosti. Preladenant predstavlja enega močnejših in selektivnih anatgonistov A2A AR. Njegovi novo razviti derivati imajo velik pomen za prihodnost, saj bodo vodili do izboljšanih antagonistov A2A AR receptorja. Ti antagonisti pa imajo velik potencial kot nova zdravila za zdravljenje raka in nevrodegenerativnih bolezni.

			=== Zerovnik, Klara: S svilo v boj z boleznijo ===

			Tumorski supresor p53 spada med intrinzično neurejene proteine (IDP). IDP) so proteini, ki nimajo fiksnih sekundarnih ali terciarnih struktur, imajo pa ključno vlogo pri celični signalizaciji in regulaciji. Mednje prištevamo tako popolnoma neurejene proteine, kot tudi dobro strukturirane proteine, ki vsebujejo intrinzično neurejene regije (IDR). Aktivnost je močno povezana z konformacijo proteinov, ki jo urejajo specifične interakcije z drugimi proteini ali nukleinskimi kislinami. Številni IDP so povezani z številnimi boleznimi, vključno z rakom, boleznimi srca in ožilja, sladkorno boleznijo, amiloidozami in nevrodegenerativnimi boleznimi. Tumorski supresor p53 je protein z nizko stopnjo ekspresije, ki kaže visoko nagnjenost k agregaciji in ima pomembno vlogo pri celični poliferaciji. Proteinsko IDR je iz N-terminalne regije, ki jo sestavljata transaktivni domeni 1 (TAD1) in 2 (TAD) ter s prolinom bogata domena (PRD). Raziskava je temeljila na hipotezi, da bi ob spojitvi p53 in proteina, ki kaže visoko ekspresijo in stabilnost, dosegli stabilnost p53. Ta protein naj bi bil največji ampulatni svilni spideoin, ki ima zelo neurejene in k agregaciji nagnjene segmente, vendar zelo visoko stopnjo ekspresije. Fuzijski protein ima učinkovitejšo translacijo, kakor sam protein p53. Fuzija tvori naravni tetramer, v katerem se tvorijo mnoge hidrofobne povezave med TAD1 in NT*, poleg tega pa tako stabiliziran protein ohrani svojo aktivnost v rakavih celicah.

Lara Zupanc at 20:06, 29 April 2022

2022-04-29T20:06:55Z

← Older revision		Revision as of 20:06, 29 April 2022
Line 126:		Line 126:

	Signalna transdukcija oz. sposobnost celice, da zunanji dražljaj sprejme in se nanj odzove, je univerzalna značilnost vseh živih celic. Pri tem imajo ključno vlogo receptorji, ki zaznajo zunaj ali znotrajcelične signale in informacije posredujejo naprej. Pomembne signalne molekule so aminokisline, ki jih kot ligande vežejo najrazličnejši receptorji v bakterijah, arhejah in evkariontih. Čeprav imajo vse aminokisline podobno osnovno strukturo, vsebujejo aminsko (-NH2) in karboksilno (-COOH) skupino, do sedaj ni bil poznan noben univerzalen mehanizem prepoznavanja aminokislin. Znanstveniki so odkrili motiv, t. j. regija tridimenzionalne oblike proteina, ki je vezal aminokisline v receptorske proteine pri vseh živih organizmih in se je skozi evolucijo ohranil več kot tri milijarde let. Pri ljudeh je ta motiv prisoten v podenotah α2δ kalcijevih kanalčkov, kamor se vežejo zdravila gabapentinoidi, ki se uporabljajo za zdravljenje nevropatske bolečine in nevrorazvojnih motenj. Kombinacija analiz zaporedij in struktur senzorskih proteinov omogoča natančne napovedi funkcije in delovanja receptorjev. S poznavanjem mehanizma vezave in natančnega predela na tarčnem proteinu bi lahko pripomogli k izboljšavi pomembnih zdravil za nevrobiološke motnje (ADHD, avtizem, bipolarna motnja, shizofrenija idr.), kot na primer zdravil derivatov inhibitornega nevrotransmiterja γ-aminomaslene kisline (GABA).		Signalna transdukcija oz. sposobnost celice, da zunanji dražljaj sprejme in se nanj odzove, je univerzalna značilnost vseh živih celic. Pri tem imajo ključno vlogo receptorji, ki zaznajo zunaj ali znotrajcelične signale in informacije posredujejo naprej. Pomembne signalne molekule so aminokisline, ki jih kot ligande vežejo najrazličnejši receptorji v bakterijah, arhejah in evkariontih. Čeprav imajo vse aminokisline podobno osnovno strukturo, vsebujejo aminsko (-NH2) in karboksilno (-COOH) skupino, do sedaj ni bil poznan noben univerzalen mehanizem prepoznavanja aminokislin. Znanstveniki so odkrili motiv, t. j. regija tridimenzionalne oblike proteina, ki je vezal aminokisline v receptorske proteine pri vseh živih organizmih in se je skozi evolucijo ohranil več kot tri milijarde let. Pri ljudeh je ta motiv prisoten v podenotah α2δ kalcijevih kanalčkov, kamor se vežejo zdravila gabapentinoidi, ki se uporabljajo za zdravljenje nevropatske bolečine in nevrorazvojnih motenj. Kombinacija analiz zaporedij in struktur senzorskih proteinov omogoča natančne napovedi funkcije in delovanja receptorjev. S poznavanjem mehanizma vezave in natančnega predela na tarčnem proteinu bi lahko pripomogli k izboljšavi pomembnih zdravil za nevrobiološke motnje (ADHD, avtizem, bipolarna motnja, shizofrenija idr.), kot na primer zdravil derivatov inhibitornega nevrotransmiterja γ-aminomaslene kisline (GABA).

			=== Zupanc, Lara: A2A receptor – nova potencialna tarča zdravila v imunoonkologiji in pri nevrodegenerativnih boleznih===

			Receptorji vezani na G protein oziroma GPCR so pomembna tarča večine zdravil. Njihovo poddružino adeninskih receptorjev lahko najdemo v celotnem osrednjem živčnem sistemu in perifernih tkivih ali celicah. Podtip adenozinskih receptorjev A2A AR predstavlja pomembno tarčo zdravila v boju proti raku in pri nevrodegenerativnih boleznih. Namen raziskave je bil rešiti kokristalno strukturo receptorja A2A AR z antagonistom imenovanim preladenant, ki do tedaj še ni bila določena. V ta namen so razvili nov termostabilen mutant receptorja (A2A-PSB1-brIL) pri katerem je za razliko od prejšnjih prisotna le ena točkovna mutacija. Vzporedno so sintetizirali še nove derivate preladenanta. V ta namen so preladenant PEGilirali in dobili derivat PSB-2113. Nato so PEGiliranemu derivatu dodali še borov-dipirometen fluoroform in nastal je derivat imenovan PSB-2115. Mutant A2A-PSB1-brIL so sokristalizirali z obema derivatoma preladenanta in dobili so kristalne strukture visoke ločljivosti. Preladenant predstavlja enega močnejših in selektivnih anatgonistov A2A AR. Njegovi novo razviti derivati imajo velik pomen za prihodnost, saj bodo vodili do izboljšanih antagonistov A2A AR receptorja. Ti antagonisti pa imajo velik potencial kot nova zdravila za zdravljenje raka in nevrodegenerativnih bolezni.

Lucija Kovaček at 19:32, 29 April 2022

2022-04-29T19:32:33Z

← Older revision		Revision as of 19:32, 29 April 2022
Line 122:		Line 122:
	=== Trajković, Miljan: New genes that affect replication of HIV are discovered – an important step in the treatment and potential cure ===		=== Trajković, Miljan: New genes that affect replication of HIV are discovered – an important step in the treatment and potential cure ===
	Despite extraordinary progress in the development of antiretroviral drugs, HIV remains a worldwide health threat, infecting millions of people worldwide each year. Even with strict adherence to the prescribed therapy, patients remain infected with the virus and therefore require lifelong treatment. To this day, a cure has been achieved in only a single person, the “Berlin patient.” In this case, the virus was eradicated by stem cell transplantation from a donor with a natural genetic variant in the CCR5 gene that prevented HIV entry into these cells. This success has motivated a lot of scientists to make human immune cells that lack host factors required for HIV replication to achieve a permanent cure. Modifying the genomes of human cells has been a major challenge for biomedical researchers. Scientists can now overcome this challenge through electroporation of Cas9 ribonucleoproteins (RNPs) directly into primary human CD4+ T cells that were isolated from the peripheral blood. Multiplex Cas9 RNP-mediated editing of primary CD4+ T cells is a powerful method for the study of T cell processes and the identification and analysis of next-generation drug-based therapies for HIV. It may be possible in the future to utilize Cas9 RNP T cell editing as an efficient mean to generate HIV-resistant primary human T cells for scientific and potentially therapeutic use.		Despite extraordinary progress in the development of antiretroviral drugs, HIV remains a worldwide health threat, infecting millions of people worldwide each year. Even with strict adherence to the prescribed therapy, patients remain infected with the virus and therefore require lifelong treatment. To this day, a cure has been achieved in only a single person, the “Berlin patient.” In this case, the virus was eradicated by stem cell transplantation from a donor with a natural genetic variant in the CCR5 gene that prevented HIV entry into these cells. This success has motivated a lot of scientists to make human immune cells that lack host factors required for HIV replication to achieve a permanent cure. Modifying the genomes of human cells has been a major challenge for biomedical researchers. Scientists can now overcome this challenge through electroporation of Cas9 ribonucleoproteins (RNPs) directly into primary human CD4+ T cells that were isolated from the peripheral blood. Multiplex Cas9 RNP-mediated editing of primary CD4+ T cells is a powerful method for the study of T cell processes and the identification and analysis of next-generation drug-based therapies for HIV. It may be possible in the future to utilize Cas9 RNP T cell editing as an efficient mean to generate HIV-resistant primary human T cells for scientific and potentially therapeutic use.

			=== Kovaček, Lucija: Odkritje funkcije proteina ohranjene skozi evolucijo in možne izboljšave zdravil v prihodnosti===

			Signalna transdukcija oz. sposobnost celice, da zunanji dražljaj sprejme in se nanj odzove, je univerzalna značilnost vseh živih celic. Pri tem imajo ključno vlogo receptorji, ki zaznajo zunaj ali znotrajcelične signale in informacije posredujejo naprej. Pomembne signalne molekule so aminokisline, ki jih kot ligande vežejo najrazličnejši receptorji v bakterijah, arhejah in evkariontih. Čeprav imajo vse aminokisline podobno osnovno strukturo, vsebujejo aminsko (-NH2) in karboksilno (-COOH) skupino, do sedaj ni bil poznan noben univerzalen mehanizem prepoznavanja aminokislin. Znanstveniki so odkrili motiv, t. j. regija tridimenzionalne oblike proteina, ki je vezal aminokisline v receptorske proteine pri vseh živih organizmih in se je skozi evolucijo ohranil več kot tri milijarde let. Pri ljudeh je ta motiv prisoten v podenotah α2δ kalcijevih kanalčkov, kamor se vežejo zdravila gabapentinoidi, ki se uporabljajo za zdravljenje nevropatske bolečine in nevrorazvojnih motenj. Kombinacija analiz zaporedij in struktur senzorskih proteinov omogoča natančne napovedi funkcije in delovanja receptorjev. S poznavanjem mehanizma vezave in natančnega predela na tarčnem proteinu bi lahko pripomogli k izboljšavi pomembnih zdravil za nevrobiološke motnje (ADHD, avtizem, bipolarna motnja, shizofrenija idr.), kot na primer zdravil derivatov inhibitornega nevrotransmiterja γ-aminomaslene kisline (GABA).

Miljan01: /* Trajković, Miljan: New genes that affect replication of HIV are discovered – an important step in the treatment and potentional cure */

2022-04-29T14:28:00Z

Trajković, Miljan: New genes that affect replication of HIV are discovered – an important step in the treatment and potentional cure

← Older revision		Revision as of 14:28, 29 April 2022
Line 120:		Line 120:
	Mammalian DNA methyltransferases are essential to re-establish global DNA methylation patterns during implantation, which is critical for transmitting epigenetic information to the next generation. In contrast, the significance of methylCpG binding proteins (MBPs) that bind methylated CpG remains almost unknown at this stage. Zbtb38 (also known as CIBZ)—a zinc finger type of MBP—is required for mouse embryonic stem (ES) cell proliferation by positively regulating Nanog expression, nanog being a transcriptional factor used when determening embryonic stem cell identity. Germline loss of the Zbtb38 single allele resulted in decreased epiblast cell proliferation and increased apoptosis shortly after implantation, leading to early embryonic lethality.Later it was concluded that heterozygous loss,meaning loss of one of the parental alleles, of Zbtb38 reduced the expression of Nanog,Sox2(Another transcriptional used in a similar function as Nanog), and the genes responsible for epiblast proliferation, differentiation, and cell viability. These findings indicate that Zbtb38 is essential for early embryonic development via the suppression of Nanog and Sox2 expression.		Mammalian DNA methyltransferases are essential to re-establish global DNA methylation patterns during implantation, which is critical for transmitting epigenetic information to the next generation. In contrast, the significance of methylCpG binding proteins (MBPs) that bind methylated CpG remains almost unknown at this stage. Zbtb38 (also known as CIBZ)—a zinc finger type of MBP—is required for mouse embryonic stem (ES) cell proliferation by positively regulating Nanog expression, nanog being a transcriptional factor used when determening embryonic stem cell identity. Germline loss of the Zbtb38 single allele resulted in decreased epiblast cell proliferation and increased apoptosis shortly after implantation, leading to early embryonic lethality.Later it was concluded that heterozygous loss,meaning loss of one of the parental alleles, of Zbtb38 reduced the expression of Nanog,Sox2(Another transcriptional used in a similar function as Nanog), and the genes responsible for epiblast proliferation, differentiation, and cell viability. These findings indicate that Zbtb38 is essential for early embryonic development via the suppression of Nanog and Sox2 expression.

	=== Trajković, Miljan: New genes that affect replication of HIV are discovered – an important step in the treatment and ~~potentional~~ cure ===		=== Trajković, Miljan: New genes that affect replication of HIV are discovered – an important step in the treatment and potential cure ===
	Despite extraordinary progress in the development of antiretroviral drugs, HIV remains a worldwide health threat, infecting millions of people worldwide each year. Even with strict adherence to the prescribed therapy, patients remain infected with the virus and therefore require lifelong treatment. To this day, a cure has been achieved in only a single person, the “Berlin patient.” In this case, the virus was eradicated by ~~hematopoietic~~ stem cell transplantation from a donor with a natural genetic variant in the CCR5 gene that prevented HIV entry into these cells. This success has motivated a lot of scientists to make human immune cells that lack host factors required for HIV replication to achieve a permanent cure. Modifying the genomes of human cells has been a major challenge for biomedical researchers. Scientists can now overcome this challenge through electroporation of Cas9 ribonucleoproteins (RNPs) directly into primary human CD4+ T cells that were isolated from the peripheral blood. Multiplex Cas9 RNP-mediated editing of primary CD4+ T cells is a powerful method for the study of T cell processes and the identification and analysis of next-generation drug-based therapies for HIV. It may be possible in the future to utilize Cas9 RNP T cell editing as an efficient mean to generate HIV-resistant primary human T cells for scientific and potentially therapeutic use.		Despite extraordinary progress in the development of antiretroviral drugs, HIV remains a worldwide health threat, infecting millions of people worldwide each year. Even with strict adherence to the prescribed therapy, patients remain infected with the virus and therefore require lifelong treatment. To this day, a cure has been achieved in only a single person, the “Berlin patient.” In this case, the virus was eradicated by stem cell transplantation from a donor with a natural genetic variant in the CCR5 gene that prevented HIV entry into these cells. This success has motivated a lot of scientists to make human immune cells that lack host factors required for HIV replication to achieve a permanent cure. Modifying the genomes of human cells has been a major challenge for biomedical researchers. Scientists can now overcome this challenge through electroporation of Cas9 ribonucleoproteins (RNPs) directly into primary human CD4+ T cells that were isolated from the peripheral blood. Multiplex Cas9 RNP-mediated editing of primary CD4+ T cells is a powerful method for the study of T cell processes and the identification and analysis of next-generation drug-based therapies for HIV. It may be possible in the future to utilize Cas9 RNP T cell editing as an efficient mean to generate HIV-resistant primary human T cells for scientific and potentially therapeutic use.

Miljan01 at 14:26, 29 April 2022

2022-04-29T14:26:54Z

← Older revision		Revision as of 14:26, 29 April 2022
Line 119:		Line 119:
	=== Petrov, Mario: Allele deletion in gene encoding Zbtb38 leads to early embryonic death ===		=== Petrov, Mario: Allele deletion in gene encoding Zbtb38 leads to early embryonic death ===
	Mammalian DNA methyltransferases are essential to re-establish global DNA methylation patterns during implantation, which is critical for transmitting epigenetic information to the next generation. In contrast, the significance of methylCpG binding proteins (MBPs) that bind methylated CpG remains almost unknown at this stage. Zbtb38 (also known as CIBZ)—a zinc finger type of MBP—is required for mouse embryonic stem (ES) cell proliferation by positively regulating Nanog expression, nanog being a transcriptional factor used when determening embryonic stem cell identity. Germline loss of the Zbtb38 single allele resulted in decreased epiblast cell proliferation and increased apoptosis shortly after implantation, leading to early embryonic lethality.Later it was concluded that heterozygous loss,meaning loss of one of the parental alleles, of Zbtb38 reduced the expression of Nanog,Sox2(Another transcriptional used in a similar function as Nanog), and the genes responsible for epiblast proliferation, differentiation, and cell viability. These findings indicate that Zbtb38 is essential for early embryonic development via the suppression of Nanog and Sox2 expression.		Mammalian DNA methyltransferases are essential to re-establish global DNA methylation patterns during implantation, which is critical for transmitting epigenetic information to the next generation. In contrast, the significance of methylCpG binding proteins (MBPs) that bind methylated CpG remains almost unknown at this stage. Zbtb38 (also known as CIBZ)—a zinc finger type of MBP—is required for mouse embryonic stem (ES) cell proliferation by positively regulating Nanog expression, nanog being a transcriptional factor used when determening embryonic stem cell identity. Germline loss of the Zbtb38 single allele resulted in decreased epiblast cell proliferation and increased apoptosis shortly after implantation, leading to early embryonic lethality.Later it was concluded that heterozygous loss,meaning loss of one of the parental alleles, of Zbtb38 reduced the expression of Nanog,Sox2(Another transcriptional used in a similar function as Nanog), and the genes responsible for epiblast proliferation, differentiation, and cell viability. These findings indicate that Zbtb38 is essential for early embryonic development via the suppression of Nanog and Sox2 expression.

			=== Trajković, Miljan: New genes that affect replication of HIV are discovered – an important step in the treatment and potentional cure ===
			Despite extraordinary progress in the development of antiretroviral drugs, HIV remains a worldwide health threat, infecting millions of people worldwide each year. Even with strict adherence to the prescribed therapy, patients remain infected with the virus and therefore require lifelong treatment. To this day, a cure has been achieved in only a single person, the “Berlin patient.” In this case, the virus was eradicated by hematopoietic stem cell transplantation from a donor with a natural genetic variant in the CCR5 gene that prevented HIV entry into these cells. This success has motivated a lot of scientists to make human immune cells that lack host factors required for HIV replication to achieve a permanent cure. Modifying the genomes of human cells has been a major challenge for biomedical researchers. Scientists can now overcome this challenge through electroporation of Cas9 ribonucleoproteins (RNPs) directly into primary human CD4+ T cells that were isolated from the peripheral blood. Multiplex Cas9 RNP-mediated editing of primary CD4+ T cells is a powerful method for the study of T cell processes and the identification and analysis of next-generation drug-based therapies for HIV. It may be possible in the future to utilize Cas9 RNP T cell editing as an efficient mean to generate HIV-resistant primary human T cells for scientific and potentially therapeutic use.

Mario Petrov at 09:28, 29 April 2022

2022-04-29T09:28:40Z

← Older revision		Revision as of 09:28, 29 April 2022
Line 116:		Line 116:
	=== Stojić, Ivana: Biološke nevrone kmalu nadomestili umetni ===		=== Stojić, Ivana: Biološke nevrone kmalu nadomestili umetni ===
	V prihodnosti bodo možgansko-strojni vmesniki, protetika in inteligentna robotika zahtevali povezovanje umetnih nevromorfnih naprav z biološkimi sistemi. Raziskovalci so prvič predstavili umetni organski nevron (OECN), živčno celico, ki jo je mogoče povezati z živo rastlino in umetno organsko sinapso. Tako nevron kot sinapsa sta izdelana iz natisnjenih organskih elektrokemičnih tranzistorjev. Organski polprevodniki so biokompatibilni, biološko-gradljivi, mehki in strukturno prilagodljivi. Delujejo pod 0,6 V in se odzivajo na več dražljajev, kar odpira nove možnosti za lokalizirane umetne nevronske sisteme, ki jih je mogoče povezati z bio-signalnimi sistemi rastlin, nevretenčarjev in vretenčarjev. Poleg tega jih je mogoče zlahka funkcionalizirati, tako da nudijo posebne zmožnosti vzbujanja, zaznavanja in aktiviranja ter podpirajo prenos elektronskih in ionskih signalov. Mehanizem delovanja OECN je podoben mehanizmu delovanja biološke živčne celice. Njegova edinstvena sposobnost, da zaznava več bioloških, fizikalnih in kemičnih signalov, omogoča zaznavanje več čutil, njihovo morebitno združevanje v samem nevronu pa omogoča razvoj novih biološko integriranih dogodkovnih senzorjev s senzoričnim združevanjem. Kot dokaz sposobnosti biointegracije OECN so znanstveniki ta nevron povezali z nevronom venerine mušnice. Kljub vsemu pa bo glavna prednost OECN, pred drugimi tehnikami modulacije, možnost nadzorovanega in nenadzorovanega učenja na ravni senzorja. Za to je integracija OECN z organskimi umetnimi sinapsami neizogibna.		V prihodnosti bodo možgansko-strojni vmesniki, protetika in inteligentna robotika zahtevali povezovanje umetnih nevromorfnih naprav z biološkimi sistemi. Raziskovalci so prvič predstavili umetni organski nevron (OECN), živčno celico, ki jo je mogoče povezati z živo rastlino in umetno organsko sinapso. Tako nevron kot sinapsa sta izdelana iz natisnjenih organskih elektrokemičnih tranzistorjev. Organski polprevodniki so biokompatibilni, biološko-gradljivi, mehki in strukturno prilagodljivi. Delujejo pod 0,6 V in se odzivajo na več dražljajev, kar odpira nove možnosti za lokalizirane umetne nevronske sisteme, ki jih je mogoče povezati z bio-signalnimi sistemi rastlin, nevretenčarjev in vretenčarjev. Poleg tega jih je mogoče zlahka funkcionalizirati, tako da nudijo posebne zmožnosti vzbujanja, zaznavanja in aktiviranja ter podpirajo prenos elektronskih in ionskih signalov. Mehanizem delovanja OECN je podoben mehanizmu delovanja biološke živčne celice. Njegova edinstvena sposobnost, da zaznava več bioloških, fizikalnih in kemičnih signalov, omogoča zaznavanje več čutil, njihovo morebitno združevanje v samem nevronu pa omogoča razvoj novih biološko integriranih dogodkovnih senzorjev s senzoričnim združevanjem. Kot dokaz sposobnosti biointegracije OECN so znanstveniki ta nevron povezali z nevronom venerine mušnice. Kljub vsemu pa bo glavna prednost OECN, pred drugimi tehnikami modulacije, možnost nadzorovanega in nenadzorovanega učenja na ravni senzorja. Za to je integracija OECN z organskimi umetnimi sinapsami neizogibna.

			=== Petrov, Mario: Allele deletion in gene encoding Zbtb38 leads to early embryonic death ===
			Mammalian DNA methyltransferases are essential to re-establish global DNA methylation patterns during implantation, which is critical for transmitting epigenetic information to the next generation. In contrast, the significance of methylCpG binding proteins (MBPs) that bind methylated CpG remains almost unknown at this stage. Zbtb38 (also known as CIBZ)—a zinc finger type of MBP—is required for mouse embryonic stem (ES) cell proliferation by positively regulating Nanog expression, nanog being a transcriptional factor used when determening embryonic stem cell identity. Germline loss of the Zbtb38 single allele resulted in decreased epiblast cell proliferation and increased apoptosis shortly after implantation, leading to early embryonic lethality.Later it was concluded that heterozygous loss,meaning loss of one of the parental alleles, of Zbtb38 reduced the expression of Nanog,Sox2(Another transcriptional used in a similar function as Nanog), and the genes responsible for epiblast proliferation, differentiation, and cell viability. These findings indicate that Zbtb38 is essential for early embryonic development via the suppression of Nanog and Sox2 expression.

Ivanastojic at 00:15, 29 April 2022

2022-04-29T00:15:27Z

← Older revision		Revision as of 00:15, 29 April 2022
Line 113:		Line 113:
	=== Pucihar, Samo: Spoznavanje pogovora med črevesnimi mikroorganizmi in možgani ===		=== Pucihar, Samo: Spoznavanje pogovora med črevesnimi mikroorganizmi in možgani ===
	Mikroorganizmi so prisotni povsod, tudi v našem črevesju. A povezava med mikroorganizmi in gostiteljem je bistveno globja, kot se sprva zdi. Mikroorganizmi namreč vplivajo na možgansko delovanje in metabolizem. Znanstveni članek obravnava, če se ta vpliv lahko prenaša preko nevronov, ki neposredno prepoznavanjo komponente bakterijskih celičnih sten (peptidoglikanov oz. bolj natančno muropeptida MDP). Odkrili so, da v miših igra bakterijski peptidoglikan ključno vlogo kot medij črevesno-možganske komunikacije preko Nod2 receptorja. Muropeptidi se preko krvnega obtoka iz črevesja prenesejo v kri do možganov, kjer vplivajo na nevrone z izraženim Nod2 receptorjem. Delovanje tovrstnih nevronov je ključno za normalno regulacijo apetita (in posledično telsene teže) in metabolizma (in posledično telesne temperature), predvsem v samicah. Študija torej odkriva mehanizem bakterijske regulacije gostiteljevega metabolizma in prehranjevanja.		Mikroorganizmi so prisotni povsod, tudi v našem črevesju. A povezava med mikroorganizmi in gostiteljem je bistveno globja, kot se sprva zdi. Mikroorganizmi namreč vplivajo na možgansko delovanje in metabolizem. Znanstveni članek obravnava, če se ta vpliv lahko prenaša preko nevronov, ki neposredno prepoznavanjo komponente bakterijskih celičnih sten (peptidoglikanov oz. bolj natančno muropeptida MDP). Odkrili so, da v miših igra bakterijski peptidoglikan ključno vlogo kot medij črevesno-možganske komunikacije preko Nod2 receptorja. Muropeptidi se preko krvnega obtoka iz črevesja prenesejo v kri do možganov, kjer vplivajo na nevrone z izraženim Nod2 receptorjem. Delovanje tovrstnih nevronov je ključno za normalno regulacijo apetita (in posledično telsene teže) in metabolizma (in posledično telesne temperature), predvsem v samicah. Študija torej odkriva mehanizem bakterijske regulacije gostiteljevega metabolizma in prehranjevanja.

			=== Stojić, Ivana: Biološke nevrone kmalu nadomestili umetni ===
			V prihodnosti bodo možgansko-strojni vmesniki, protetika in inteligentna robotika zahtevali povezovanje umetnih nevromorfnih naprav z biološkimi sistemi. Raziskovalci so prvič predstavili umetni organski nevron (OECN), živčno celico, ki jo je mogoče povezati z živo rastlino in umetno organsko sinapso. Tako nevron kot sinapsa sta izdelana iz natisnjenih organskih elektrokemičnih tranzistorjev. Organski polprevodniki so biokompatibilni, biološko-gradljivi, mehki in strukturno prilagodljivi. Delujejo pod 0,6 V in se odzivajo na več dražljajev, kar odpira nove možnosti za lokalizirane umetne nevronske sisteme, ki jih je mogoče povezati z bio-signalnimi sistemi rastlin, nevretenčarjev in vretenčarjev. Poleg tega jih je mogoče zlahka funkcionalizirati, tako da nudijo posebne zmožnosti vzbujanja, zaznavanja in aktiviranja ter podpirajo prenos elektronskih in ionskih signalov. Mehanizem delovanja OECN je podoben mehanizmu delovanja biološke živčne celice. Njegova edinstvena sposobnost, da zaznava več bioloških, fizikalnih in kemičnih signalov, omogoča zaznavanje več čutil, njihovo morebitno združevanje v samem nevronu pa omogoča razvoj novih biološko integriranih dogodkovnih senzorjev s senzoričnim združevanjem. Kot dokaz sposobnosti biointegracije OECN so znanstveniki ta nevron povezali z nevronom venerine mušnice. Kljub vsemu pa bo glavna prednost OECN, pred drugimi tehnikami modulacije, možnost nadzorovanega in nenadzorovanega učenja na ravni senzorja. Za to je integracija OECN z organskimi umetnimi sinapsami neizogibna.

SamoPucihar at 22:53, 22 April 2022

2022-04-22T22:53:28Z

← Older revision		Revision as of 22:53, 22 April 2022
Line 110:		Line 110:
	=== Bunc, Zara: Prvi korak k odkritju vrelca mladosti ===		=== Bunc, Zara: Prvi korak k odkritju vrelca mladosti ===
	Ker se nam življenjska doba podaljšuje, v ospredje prihajajo predvsem bolezni, povezane s starostjo. Vse več raziskav nakazuje, da je preprečevanje nalaganja senescentnih oz. starostnih celic ključno za preprečitev s starostjo povezanih bolezni in staranja samega. Pri tem pa naj bi imel ključno vlogo protein MondoA, transkripcijski faktor, ki s svojim delovanjem regulira proces senescence oz. celičnega staranja. Povzroči povečano izražanje gena Prdx3 v mitohondriju, kar pozitivno vpliva na homeostazo mihondrijev. Hkrati pa onemogoča aktivnost proteina Rubikon, katerega funkcija je, da zavira avtofagijo. Slednja pa je ključna pri ohranjanju celične funkcije. Prek teh dveh med sabo neodvisnih poti MondoA preprečuje, da bi celica, izpostavljena stresu, prešla v proces senescence. Senescentne celice izgubijo sposobnost celične delitve, so odporne na apoptozo, pride do sprememb v izražanju genov, ki vodi v drugače reguliran metabolizem (SASP). Njihova tvorba preprečuje razvoj celic v rakave, vendar če jih imunski sistem ne odstrani, je njihovo delovanje škodljivo za organizem. S starostjo se količina MondoA v jedru zmanjša, kar poveča tveganje za senescenco. Če bi uspeli ohraniti enake nivoje MondoA tudi pozneje v življenju, bi s tem preprečili nastanek senescentnih celic in njihovo nalaganje v organizmu, prek tega pa bi preprečili razvoj s starostjo povezanih bolezni in tudi samo staranje.		Ker se nam življenjska doba podaljšuje, v ospredje prihajajo predvsem bolezni, povezane s starostjo. Vse več raziskav nakazuje, da je preprečevanje nalaganja senescentnih oz. starostnih celic ključno za preprečitev s starostjo povezanih bolezni in staranja samega. Pri tem pa naj bi imel ključno vlogo protein MondoA, transkripcijski faktor, ki s svojim delovanjem regulira proces senescence oz. celičnega staranja. Povzroči povečano izražanje gena Prdx3 v mitohondriju, kar pozitivno vpliva na homeostazo mihondrijev. Hkrati pa onemogoča aktivnost proteina Rubikon, katerega funkcija je, da zavira avtofagijo. Slednja pa je ključna pri ohranjanju celične funkcije. Prek teh dveh med sabo neodvisnih poti MondoA preprečuje, da bi celica, izpostavljena stresu, prešla v proces senescence. Senescentne celice izgubijo sposobnost celične delitve, so odporne na apoptozo, pride do sprememb v izražanju genov, ki vodi v drugače reguliran metabolizem (SASP). Njihova tvorba preprečuje razvoj celic v rakave, vendar če jih imunski sistem ne odstrani, je njihovo delovanje škodljivo za organizem. S starostjo se količina MondoA v jedru zmanjša, kar poveča tveganje za senescenco. Če bi uspeli ohraniti enake nivoje MondoA tudi pozneje v življenju, bi s tem preprečili nastanek senescentnih celic in njihovo nalaganje v organizmu, prek tega pa bi preprečili razvoj s starostjo povezanih bolezni in tudi samo staranje.

			=== Pucihar, Samo: Spoznavanje pogovora med črevesnimi mikroorganizmi in možgani ===
			Mikroorganizmi so prisotni povsod, tudi v našem črevesju. A povezava med mikroorganizmi in gostiteljem je bistveno globja, kot se sprva zdi. Mikroorganizmi namreč vplivajo na možgansko delovanje in metabolizem. Znanstveni članek obravnava, če se ta vpliv lahko prenaša preko nevronov, ki neposredno prepoznavanjo komponente bakterijskih celičnih sten (peptidoglikanov oz. bolj natančno muropeptida MDP). Odkrili so, da v miših igra bakterijski peptidoglikan ključno vlogo kot medij črevesno-možganske komunikacije preko Nod2 receptorja. Muropeptidi se preko krvnega obtoka iz črevesja prenesejo v kri do možganov, kjer vplivajo na nevrone z izraženim Nod2 receptorjem. Delovanje tovrstnih nevronov je ključno za normalno regulacijo apetita (in posledično telsene teže) in metabolizma (in posledično telesne temperature), predvsem v samicah. Študija torej odkriva mehanizem bakterijske regulacije gostiteljevega metabolizma in prehranjevanja.