https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?action=history&feed=atom&title=TE_kot_regulatorji_transkripcije 2026-05-28T04:43:17Z Revision history for this page on the wiki MediaWiki 1.45.3 https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TE_kot_regulatorji_transkripcije&diff=20352&oldid=prev 2022-04-24T15:23:23Z

<p><span class="autocomment">Funkcije transpozicijskih elementov v cis-regulatornih regijah</span></p> <table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface"> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <tr class="diff-title" lang="en"> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 15:23, 24 April 2022</td> </tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l18">Line 18:</td> <td colspan="2" class="diff-lineno">Line 18:</td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>4. Inzulatorji ščitijo gene pred regulatornimi vplivi sosednjih genov. Lahko blokirajo promotorje, ojačevalce in utiševalce. Preprečujejo neprimerne interakcije med sosednjimi kromatinskimi regijami. Transpozon AluSq deluje kot inzulator. Njegova transkripcija ščiti človeški gen HBE1 (ki kodira za istoimenski protein (hemoglobinska podenota epsilon)) pred regulacijo z drugimi promotorji.&lt;br&gt;</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>4. Inzulatorji ščitijo gene pred regulatornimi vplivi sosednjih genov. Lahko blokirajo promotorje, ojačevalce in utiševalce. Preprečujejo neprimerne interakcije med sosednjimi kromatinskimi regijami. Transpozon AluSq deluje kot inzulator. Njegova transkripcija ščiti človeški gen HBE1 (ki kodira za istoimenski protein (hemoglobinska podenota epsilon)) pred regulacijo z drugimi promotorji.&lt;br&gt;</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br></td></tr> <tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>TE-ji uvajajo nova vezavna mesta za TF, ki so v njih lahko prisotna takoj po inserciji v genom ali pa nastanejo de novo s postinsercijskimi mutacijami. Pogosto se mutacije pojavljajo na metiliranih CpG otočkih. Deaminacija teh povzroči zamenjavo citozina <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">z gvaninom</del>, kar je med drugim povzročilo nastanek številnih vezavnih mest za transkripcijska faktorja cMyc in p53. Vključitev TE-jev zraven že obstoječega vezavnega mesta za transkripcijske faktorje ter točkovne mutacije omogočijo nastanek novih mest za vezavo TF (alternativni promotorji), kar z redundančnostjo omogoča zaščito pred možnimi kasnejšimi mutacijami vezavnih mest. Redundanca dopušča tudi kooperativno delovanje z zunanjimi promotorji, tako se lahko razbremenijo določena vezavna mesta za transkripcijske faktorje.&lt;br&gt;</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>TE-ji uvajajo nova vezavna mesta za TF, ki so v njih lahko prisotna takoj po inserciji v genom ali pa nastanejo de novo s postinsercijskimi mutacijami. Pogosto se mutacije pojavljajo na metiliranih CpG otočkih. Deaminacija teh povzroči zamenjavo citozina <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">s timinom</ins>, kar je med drugim povzročilo nastanek številnih vezavnih mest za transkripcijska faktorja cMyc in p53. Vključitev TE-jev zraven že obstoječega vezavnega mesta za transkripcijske faktorje ter točkovne mutacije omogočijo nastanek novih mest za vezavo TF (alternativni promotorji), kar z redundančnostjo omogoča zaščito pred možnimi kasnejšimi mutacijami vezavnih mest. Redundanca dopušča tudi kooperativno delovanje z zunanjimi promotorji, tako se lahko razbremenijo določena vezavna mesta za transkripcijske faktorje.&lt;br&gt;</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Vpliv transpozicijskih elementov na kromatinsko 3D strukturo==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Vpliv transpozicijskih elementov na kromatinsko 3D strukturo==</div></td></tr> </table>

David Valte https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TE_kot_regulatorji_transkripcije&diff=20348&oldid=prev 2022-04-24T13:05:16Z

<p><span class="autocomment">Funkcije transpozicijskih elementov v cis-regulatornih regijah</span></p> <table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface"> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <tr class="diff-title" lang="en"> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 13:05, 24 April 2022</td> </tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l18">Line 18:</td> <td colspan="2" class="diff-lineno">Line 18:</td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>4. Inzulatorji ščitijo gene pred regulatornimi vplivi sosednjih genov. Lahko blokirajo promotorje, ojačevalce in utiševalce. Preprečujejo neprimerne interakcije med sosednjimi kromatinskimi regijami. Transpozon AluSq deluje kot inzulator. Njegova transkripcija ščiti človeški gen HBE1 (ki kodira za istoimenski protein (hemoglobinska podenota epsilon)) pred regulacijo z drugimi promotorji.&lt;br&gt;</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>4. Inzulatorji ščitijo gene pred regulatornimi vplivi sosednjih genov. Lahko blokirajo promotorje, ojačevalce in utiševalce. Preprečujejo neprimerne interakcije med sosednjimi kromatinskimi regijami. Transpozon AluSq deluje kot inzulator. Njegova transkripcija ščiti človeški gen HBE1 (ki kodira za istoimenski protein (hemoglobinska podenota epsilon)) pred regulacijo z drugimi promotorji.&lt;br&gt;</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br></td></tr> <tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>TE-ji uvajajo nova vezavna mesta za TF, ki so v njih lahko prisotna takoj po inserciji v genom ali pa nastanejo de novo s postinsercijskimi mutacijami. Pogosto se mutacije pojavljajo na metiliranih CpG otočkih. Deaminacija teh povzroči zamenjavo citozina z gvaninom, kar je med drugim povzročilo nastanek številnih vezavnih mest za transkripcijska faktorja cMyc in p53. Vključitev TE-jev zraven že obstoječega vezavnega mesta za transkripcijske faktorje ter točkovne mutacije omogočijo nastanek novih mest za vezavo TF (alternativni promotorji), kar z redundančnostjo omogoča zaščito pred možnimi kasnejšimi mutacijami. Redundanca dopušča tudi kooperativno delovanje z zunanjimi promotorji, <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">saj </del>se lahko <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">tako </del>razbremenijo določena vezavna mesta za transkripcijske faktorje.&lt;br&gt;</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>TE-ji uvajajo nova vezavna mesta za TF, ki so v njih lahko prisotna takoj po inserciji v genom ali pa nastanejo de novo s postinsercijskimi mutacijami. Pogosto se mutacije pojavljajo na metiliranih CpG otočkih. Deaminacija teh povzroči zamenjavo citozina z gvaninom, kar je med drugim povzročilo nastanek številnih vezavnih mest za transkripcijska faktorja cMyc in p53. Vključitev TE-jev zraven že obstoječega vezavnega mesta za transkripcijske faktorje ter točkovne mutacije omogočijo nastanek novih mest za vezavo TF (alternativni promotorji), kar z redundančnostjo omogoča zaščito pred možnimi kasnejšimi mutacijami <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">vezavnih mest</ins>. Redundanca dopušča tudi kooperativno delovanje z zunanjimi promotorji, <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">tako </ins>se lahko razbremenijo določena vezavna mesta za transkripcijske faktorje.&lt;br&gt;</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Vpliv transpozicijskih elementov na kromatinsko 3D strukturo==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Vpliv transpozicijskih elementov na kromatinsko 3D strukturo==</div></td></tr> </table>

David Valte https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TE_kot_regulatorji_transkripcije&diff=20347&oldid=prev 2022-04-24T13:02:59Z

<p><span class="autocomment">Funkcije transpozicijskih elementov v cis-regulatornih regijah</span></p> <table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface"> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <tr class="diff-title" lang="en"> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 13:02, 24 April 2022</td> </tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l18">Line 18:</td> <td colspan="2" class="diff-lineno">Line 18:</td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>4. Inzulatorji ščitijo gene pred regulatornimi vplivi sosednjih genov. Lahko blokirajo promotorje, ojačevalce in utiševalce. Preprečujejo neprimerne interakcije med sosednjimi kromatinskimi regijami. Transpozon AluSq deluje kot inzulator. Njegova transkripcija ščiti človeški gen HBE1 (ki kodira za istoimenski protein (hemoglobinska podenota epsilon)) pred regulacijo z drugimi promotorji.&lt;br&gt;</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>4. Inzulatorji ščitijo gene pred regulatornimi vplivi sosednjih genov. Lahko blokirajo promotorje, ojačevalce in utiševalce. Preprečujejo neprimerne interakcije med sosednjimi kromatinskimi regijami. Transpozon AluSq deluje kot inzulator. Njegova transkripcija ščiti človeški gen HBE1 (ki kodira za istoimenski protein (hemoglobinska podenota epsilon)) pred regulacijo z drugimi promotorji.&lt;br&gt;</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br></td></tr> <tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>TE-ji uvajajo nova vezavna mesta za TF, ki so v njih lahko prisotna takoj po inserciji v genom ali pa nastanejo de novo s postinsercijskimi mutacijami. Pogosto se mutacije pojavljajo na metiliranih CpG otočkih. Deaminacija teh povzroči zamenjavo citozina z gvaninom, kar je med drugim povzročilo nastanek številnih vezavnih mest za transkripcijska faktorja cMyc in p53. Vključitev TE-jev zraven že obstoječega vezavnega mesta za transkripcijske faktorje ter točkovne mutacije omogočijo nastanek novih mest za vezavo TF (alternativni promotorji), kar <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">povzroča </del>zaščito pred možnimi kasnejšimi mutacijami <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">z redundančnostjo</del>. Redundanca dopušča tudi kooperativno delovanje z zunanjimi promotorji, saj se lahko tako razbremenijo določena vezavna mesta za transkripcijske faktorje.&lt;br&gt;</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>TE-ji uvajajo nova vezavna mesta za TF, ki so v njih lahko prisotna takoj po inserciji v genom ali pa nastanejo de novo s postinsercijskimi mutacijami. Pogosto se mutacije pojavljajo na metiliranih CpG otočkih. Deaminacija teh povzroči zamenjavo citozina z gvaninom, kar je med drugim povzročilo nastanek številnih vezavnih mest za transkripcijska faktorja cMyc in p53. Vključitev TE-jev zraven že obstoječega vezavnega mesta za transkripcijske faktorje ter točkovne mutacije omogočijo nastanek novih mest za vezavo TF (alternativni promotorji), kar <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">z redundančnostjo omogoča </ins>zaščito pred možnimi kasnejšimi mutacijami. Redundanca dopušča tudi kooperativno delovanje z zunanjimi promotorji, saj se lahko tako razbremenijo določena vezavna mesta za transkripcijske faktorje.&lt;br&gt;</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Vpliv transpozicijskih elementov na kromatinsko 3D strukturo==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Vpliv transpozicijskih elementov na kromatinsko 3D strukturo==</div></td></tr> </table>

David Valte https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TE_kot_regulatorji_transkripcije&diff=20346&oldid=prev 2022-04-24T13:00:42Z

<p><span class="autocomment">Funkcije transpozicijskih elementov v cis-regulatornih regijah</span></p> <table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface"> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <tr class="diff-title" lang="en"> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 13:00, 24 April 2022</td> </tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l14">Line 14:</td> <td colspan="2" class="diff-lineno">Line 14:</td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>1. Promotorji so kratka zaporedja DNA, ki vključujejo začetno mesto transkripcije. Ob vezavi ustreznih transkripcijskih faktorjev na promotorsko regijo omogočijo transkripcijo gena. Transpozon AluSp v promotorju gena FCER1G inducira transkripcijo visokoafinitetnega receptorja za Fc regijo IgE.&lt;br&gt;</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>1. Promotorji so kratka zaporedja DNA, ki vključujejo začetno mesto transkripcije. Ob vezavi ustreznih transkripcijskih faktorjev na promotorsko regijo omogočijo transkripcijo gena. Transpozon AluSp v promotorju gena FCER1G inducira transkripcijo visokoafinitetnega receptorja za Fc regijo IgE.&lt;br&gt;</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>2. Ojačevalci so zaporedja, ki jih najdemo pred ali za genom, ki ga regulirajo. Delujejo kooperativno s promotorjem, in sicer tako, da povečajo stopnjo transkripcije, omogočajo pa regulacijo tudi bolj oddaljenih genov. <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">Kot primer bi omenil transpozon </del>AluY v intronu gena CD8 (ta kodira za glikoprotein CD8, ki je pomemben pri celičnih interakcijah znotraj imunskega sistema)<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">, za katerega so ugotovili, da </del>deluje kot ojačevalec.&lt;br&gt;</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>2. Ojačevalci so zaporedja, ki jih najdemo pred ali za genom, ki ga regulirajo. Delujejo kooperativno s promotorjem, in sicer tako, da povečajo stopnjo transkripcije, omogočajo pa regulacijo tudi bolj oddaljenih genov. <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">Transpozon </ins>AluY v intronu gena CD8 (ta kodira za glikoprotein CD8, ki je pomemben pri celičnih interakcijah znotraj imunskega sistema) deluje kot ojačevalec.&lt;br&gt;</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>3. Utiševalna zaporedja vežejo represorje in tako preprečujejo transkripcijo. Transpozicijski elementi so z rekrutiranjem transkripcijskih faktorjev postali sposobni delovati kot utiševalna zaporedja, ki remodelirajo kromatin. Čeprav so heterokromatinski deli revni z geni, so bogati s TE-ji, kar bi lahko pomenilo, da imajo transpozicijski elementi pomembno vlogo pri širjenju heterokromatina. Tako se npr. korepresorski protein TRIM28 veže na vezavno mesto, ki se nahaja na transpozonu ERV in s tem utiša sosednje gene.&lt;br&gt;</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>3. Utiševalna zaporedja vežejo represorje in tako preprečujejo transkripcijo. Transpozicijski elementi so z rekrutiranjem transkripcijskih faktorjev postali sposobni delovati kot utiševalna zaporedja, ki remodelirajo kromatin. Čeprav so heterokromatinski deli revni z geni, so bogati s TE-ji, kar bi lahko pomenilo, da imajo transpozicijski elementi pomembno vlogo pri širjenju heterokromatina. Tako se npr. korepresorski protein TRIM28 veže na vezavno mesto, ki se nahaja na transpozonu ERV in s tem utiša sosednje gene.&lt;br&gt;</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>4. Inzulatorji ščitijo gene pred regulatornimi vplivi sosednjih genov. Lahko blokirajo promotorje, ojačevalce in utiševalce. Preprečujejo neprimerne interakcije med sosednjimi kromatinskimi regijami. Transpozon AluSq deluje kot inzulator. Njegova transkripcija ščiti človeški gen HBE1 (ki kodira za istoimenski protein (hemoglobinska podenota epsilon)) pred regulacijo z drugimi promotorji.&lt;br&gt;</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>4. Inzulatorji ščitijo gene pred regulatornimi vplivi sosednjih genov. Lahko blokirajo promotorje, ojačevalce in utiševalce. Preprečujejo neprimerne interakcije med sosednjimi kromatinskimi regijami. Transpozon AluSq deluje kot inzulator. Njegova transkripcija ščiti človeški gen HBE1 (ki kodira za istoimenski protein (hemoglobinska podenota epsilon)) pred regulacijo z drugimi promotorji.&lt;br&gt;</div></td></tr> </table>

David Valte https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TE_kot_regulatorji_transkripcije&diff=20345&oldid=prev 2022-04-24T12:59:06Z

<p><span class="autocomment">Funkcije transpozicijskih elementov v cis-regulatornih regijah</span></p> <table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface"> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <tr class="diff-title" lang="en"> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 12:59, 24 April 2022</td> </tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l13">Line 13:</td> <td colspan="2" class="diff-lineno">Line 13:</td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Regulatorne sposobnosti cis-regulatornih regij lahko izhajajo iz transpozicijskih elementov. Cis-regulatorne regije tvorijo specifična vezavna mesta za proteine povezane z iniciacijo in regulacijo transkripcije. Primeri nekaterih vrst CRE:&lt;br&gt;</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Regulatorne sposobnosti cis-regulatornih regij lahko izhajajo iz transpozicijskih elementov. Cis-regulatorne regije tvorijo specifična vezavna mesta za proteine povezane z iniciacijo in regulacijo transkripcije. Primeri nekaterih vrst CRE:&lt;br&gt;</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br></td></tr> <tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>1. Promotorji so kratka zaporedja DNA, ki vključujejo začetno mesto transkripcije. Ob vezavi ustreznih transkripcijskih faktorjev na promotorsko regijo omogočijo transkripcijo gena. <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">Kot primer bi omenil transpozon </del>AluSp v promotorju gena FCER1G<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">, ki </del>inducira transkripcijo visokoafinitetnega receptorja za Fc regijo IgE.&lt;br&gt;</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>1. Promotorji so kratka zaporedja DNA, ki vključujejo začetno mesto transkripcije. Ob vezavi ustreznih transkripcijskih faktorjev na promotorsko regijo omogočijo transkripcijo gena. <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">Transpozon </ins>AluSp v promotorju gena FCER1G inducira transkripcijo visokoafinitetnega receptorja za Fc regijo IgE.&lt;br&gt;</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>2. Ojačevalci so zaporedja, ki jih najdemo pred ali za genom, ki ga regulirajo. Delujejo kooperativno s promotorjem, in sicer tako, da povečajo stopnjo transkripcije, omogočajo pa regulacijo tudi bolj oddaljenih genov. Kot primer bi omenil transpozon AluY v intronu gena CD8 (ta kodira za glikoprotein CD8, ki je pomemben pri celičnih interakcijah znotraj imunskega sistema), za katerega so ugotovili, da deluje kot ojačevalec.&lt;br&gt;</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>2. Ojačevalci so zaporedja, ki jih najdemo pred ali za genom, ki ga regulirajo. Delujejo kooperativno s promotorjem, in sicer tako, da povečajo stopnjo transkripcije, omogočajo pa regulacijo tudi bolj oddaljenih genov. Kot primer bi omenil transpozon AluY v intronu gena CD8 (ta kodira za glikoprotein CD8, ki je pomemben pri celičnih interakcijah znotraj imunskega sistema), za katerega so ugotovili, da deluje kot ojačevalec.&lt;br&gt;</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>3. Utiševalna zaporedja vežejo represorje in tako preprečujejo transkripcijo. Transpozicijski elementi so z rekrutiranjem transkripcijskih faktorjev postali sposobni delovati kot utiševalna zaporedja, ki remodelirajo kromatin. Čeprav so heterokromatinski deli revni z geni, so bogati s TE-ji, kar bi lahko pomenilo, da imajo transpozicijski elementi pomembno vlogo pri širjenju heterokromatina. Tako se npr. korepresorski protein TRIM28 veže na vezavno mesto, ki se nahaja na transpozonu ERV in s tem utiša sosednje gene.&lt;br&gt;</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>3. Utiševalna zaporedja vežejo represorje in tako preprečujejo transkripcijo. Transpozicijski elementi so z rekrutiranjem transkripcijskih faktorjev postali sposobni delovati kot utiševalna zaporedja, ki remodelirajo kromatin. Čeprav so heterokromatinski deli revni z geni, so bogati s TE-ji, kar bi lahko pomenilo, da imajo transpozicijski elementi pomembno vlogo pri širjenju heterokromatina. Tako se npr. korepresorski protein TRIM28 veže na vezavno mesto, ki se nahaja na transpozonu ERV in s tem utiša sosednje gene.&lt;br&gt;</div></td></tr> </table>

David Valte https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TE_kot_regulatorji_transkripcije&diff=20343&oldid=prev 2022-04-24T12:57:41Z

<p><span class="autocomment">Funkcije transpozicijskih elementov v cis-regulatornih regijah</span></p> <table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface"> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <tr class="diff-title" lang="en"> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 12:57, 24 April 2022</td> </tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l16">Line 16:</td> <td colspan="2" class="diff-lineno">Line 16:</td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>2. Ojačevalci so zaporedja, ki jih najdemo pred ali za genom, ki ga regulirajo. Delujejo kooperativno s promotorjem, in sicer tako, da povečajo stopnjo transkripcije, omogočajo pa regulacijo tudi bolj oddaljenih genov. Kot primer bi omenil transpozon AluY v intronu gena CD8 (ta kodira za glikoprotein CD8, ki je pomemben pri celičnih interakcijah znotraj imunskega sistema), za katerega so ugotovili, da deluje kot ojačevalec.&lt;br&gt;</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>2. Ojačevalci so zaporedja, ki jih najdemo pred ali za genom, ki ga regulirajo. Delujejo kooperativno s promotorjem, in sicer tako, da povečajo stopnjo transkripcije, omogočajo pa regulacijo tudi bolj oddaljenih genov. Kot primer bi omenil transpozon AluY v intronu gena CD8 (ta kodira za glikoprotein CD8, ki je pomemben pri celičnih interakcijah znotraj imunskega sistema), za katerega so ugotovili, da deluje kot ojačevalec.&lt;br&gt;</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>3. Utiševalna zaporedja vežejo represorje in tako preprečujejo transkripcijo. Transpozicijski elementi so z rekrutiranjem transkripcijskih faktorjev postali sposobni delovati kot utiševalna zaporedja, ki remodelirajo kromatin. Čeprav so heterokromatinski deli revni z geni, so bogati s TE-ji, kar bi lahko pomenilo, da imajo transpozicijski elementi pomembno vlogo pri širjenju heterokromatina. Tako se npr. korepresorski protein TRIM28 veže na vezavno mesto, ki se nahaja na transpozonu ERV in s tem utiša sosednje gene.&lt;br&gt;</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>3. Utiševalna zaporedja vežejo represorje in tako preprečujejo transkripcijo. Transpozicijski elementi so z rekrutiranjem transkripcijskih faktorjev postali sposobni delovati kot utiševalna zaporedja, ki remodelirajo kromatin. Čeprav so heterokromatinski deli revni z geni, so bogati s TE-ji, kar bi lahko pomenilo, da imajo transpozicijski elementi pomembno vlogo pri širjenju heterokromatina. Tako se npr. korepresorski protein TRIM28 veže na vezavno mesto, ki se nahaja na transpozonu ERV in s tem utiša sosednje gene.&lt;br&gt;</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>4. Inzulatorji ščitijo gene pred regulatornimi vplivi sosednjih genov. Lahko blokirajo promotorje, ojačevalce in utiševalce. Preprečujejo neprimerne interakcije med sosednjimi kromatinskimi regijami. Transpozon AluSq deluje kot inzulator. Njegova transkripcija ščiti človeški gen HBE1 (ki kodira za istoimenski protein) pred regulacijo z drugimi promotorji.&lt;br&gt;</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>4. Inzulatorji ščitijo gene pred regulatornimi vplivi sosednjih genov. Lahko blokirajo promotorje, ojačevalce in utiševalce. Preprečujejo neprimerne interakcije med sosednjimi kromatinskimi regijami. Transpozon AluSq deluje kot inzulator. Njegova transkripcija ščiti človeški gen HBE1 (ki kodira za istoimenski protein <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">(hemoglobinska podenota epsilon)</ins>) pred regulacijo z drugimi promotorji.&lt;br&gt;</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>TE-ji uvajajo nova vezavna mesta za TF, ki so v njih lahko prisotna takoj po inserciji v genom ali pa nastanejo de novo s postinsercijskimi mutacijami. Pogosto se mutacije pojavljajo na metiliranih CpG otočkih. Deaminacija teh povzroči zamenjavo citozina z gvaninom, kar je med drugim povzročilo nastanek številnih vezavnih mest za transkripcijska faktorja cMyc in p53. Vključitev TE-jev zraven že obstoječega vezavnega mesta za transkripcijske faktorje ter točkovne mutacije omogočijo nastanek novih mest za vezavo TF (alternativni promotorji), kar povzroča zaščito pred možnimi kasnejšimi mutacijami z redundančnostjo. Redundanca dopušča tudi kooperativno delovanje z zunanjimi promotorji, saj se lahko tako razbremenijo določena vezavna mesta za transkripcijske faktorje.&lt;br&gt;</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>TE-ji uvajajo nova vezavna mesta za TF, ki so v njih lahko prisotna takoj po inserciji v genom ali pa nastanejo de novo s postinsercijskimi mutacijami. Pogosto se mutacije pojavljajo na metiliranih CpG otočkih. Deaminacija teh povzroči zamenjavo citozina z gvaninom, kar je med drugim povzročilo nastanek številnih vezavnih mest za transkripcijska faktorja cMyc in p53. Vključitev TE-jev zraven že obstoječega vezavnega mesta za transkripcijske faktorje ter točkovne mutacije omogočijo nastanek novih mest za vezavo TF (alternativni promotorji), kar povzroča zaščito pred možnimi kasnejšimi mutacijami z redundančnostjo. Redundanca dopušča tudi kooperativno delovanje z zunanjimi promotorji, saj se lahko tako razbremenijo določena vezavna mesta za transkripcijske faktorje.&lt;br&gt;</div></td></tr> </table>

David Valte https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TE_kot_regulatorji_transkripcije&diff=20342&oldid=prev 2022-04-24T12:56:50Z

<p><span class="autocomment">Funkcije transpozicijskih elementov v cis-regulatornih regijah</span></p> <table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface"> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <tr class="diff-title" lang="en"> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 12:56, 24 April 2022</td> </tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l16">Line 16:</td> <td colspan="2" class="diff-lineno">Line 16:</td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>2. Ojačevalci so zaporedja, ki jih najdemo pred ali za genom, ki ga regulirajo. Delujejo kooperativno s promotorjem, in sicer tako, da povečajo stopnjo transkripcije, omogočajo pa regulacijo tudi bolj oddaljenih genov. Kot primer bi omenil transpozon AluY v intronu gena CD8 (ta kodira za glikoprotein CD8, ki je pomemben pri celičnih interakcijah znotraj imunskega sistema), za katerega so ugotovili, da deluje kot ojačevalec.&lt;br&gt;</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>2. Ojačevalci so zaporedja, ki jih najdemo pred ali za genom, ki ga regulirajo. Delujejo kooperativno s promotorjem, in sicer tako, da povečajo stopnjo transkripcije, omogočajo pa regulacijo tudi bolj oddaljenih genov. Kot primer bi omenil transpozon AluY v intronu gena CD8 (ta kodira za glikoprotein CD8, ki je pomemben pri celičnih interakcijah znotraj imunskega sistema), za katerega so ugotovili, da deluje kot ojačevalec.&lt;br&gt;</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>3. Utiševalna zaporedja vežejo represorje in tako preprečujejo transkripcijo. Transpozicijski elementi so z rekrutiranjem transkripcijskih faktorjev postali sposobni delovati kot utiševalna zaporedja, ki remodelirajo kromatin. Čeprav so heterokromatinski deli revni z geni, so bogati s TE-ji, kar bi lahko pomenilo, da imajo transpozicijski elementi pomembno vlogo pri širjenju heterokromatina. Tako se npr. korepresorski protein TRIM28 veže na vezavno mesto, ki se nahaja na transpozonu ERV in s tem utiša sosednje gene.&lt;br&gt;</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>3. Utiševalna zaporedja vežejo represorje in tako preprečujejo transkripcijo. Transpozicijski elementi so z rekrutiranjem transkripcijskih faktorjev postali sposobni delovati kot utiševalna zaporedja, ki remodelirajo kromatin. Čeprav so heterokromatinski deli revni z geni, so bogati s TE-ji, kar bi lahko pomenilo, da imajo transpozicijski elementi pomembno vlogo pri širjenju heterokromatina. Tako se npr. korepresorski protein TRIM28 veže na vezavno mesto, ki se nahaja na transpozonu ERV in s tem utiša sosednje gene.&lt;br&gt;</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>4. Inzulatorji ščitijo gene pred regulatornimi vplivi sosednjih genov. Lahko blokirajo promotorje, ojačevalce in utiševalce. Preprečujejo neprimerne interakcije med sosednjimi kromatinskimi regijami. <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">Kot primer bi omenil gen za transpozon </del>AluSq<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">, ki </del>deluje kot inzulator<del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">, saj njegova </del>transkripcija ščiti človeški gen HBE1 (ki kodira za istoimenski protein) pred regulacijo z drugimi promotorji.&lt;br&gt;</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>4. Inzulatorji ščitijo gene pred regulatornimi vplivi sosednjih genov. Lahko blokirajo promotorje, ojačevalce in utiševalce. Preprečujejo neprimerne interakcije med sosednjimi kromatinskimi regijami. <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">Transpozon </ins>AluSq deluje kot inzulator<ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">. Njegova </ins>transkripcija ščiti človeški gen HBE1 (ki kodira za istoimenski protein) pred regulacijo z drugimi promotorji.&lt;br&gt;</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>TE-ji uvajajo nova vezavna mesta za TF, ki so v njih lahko prisotna takoj po inserciji v genom ali pa nastanejo de novo s postinsercijskimi mutacijami. Pogosto se mutacije pojavljajo na metiliranih CpG otočkih. Deaminacija teh povzroči zamenjavo citozina z gvaninom, kar je med drugim povzročilo nastanek številnih vezavnih mest za transkripcijska faktorja cMyc in p53. Vključitev TE-jev zraven že obstoječega vezavnega mesta za transkripcijske faktorje ter točkovne mutacije omogočijo nastanek novih mest za vezavo TF (alternativni promotorji), kar povzroča zaščito pred možnimi kasnejšimi mutacijami z redundančnostjo. Redundanca dopušča tudi kooperativno delovanje z zunanjimi promotorji, saj se lahko tako razbremenijo določena vezavna mesta za transkripcijske faktorje.&lt;br&gt;</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>TE-ji uvajajo nova vezavna mesta za TF, ki so v njih lahko prisotna takoj po inserciji v genom ali pa nastanejo de novo s postinsercijskimi mutacijami. Pogosto se mutacije pojavljajo na metiliranih CpG otočkih. Deaminacija teh povzroči zamenjavo citozina z gvaninom, kar je med drugim povzročilo nastanek številnih vezavnih mest za transkripcijska faktorja cMyc in p53. Vključitev TE-jev zraven že obstoječega vezavnega mesta za transkripcijske faktorje ter točkovne mutacije omogočijo nastanek novih mest za vezavo TF (alternativni promotorji), kar povzroča zaščito pred možnimi kasnejšimi mutacijami z redundančnostjo. Redundanca dopušča tudi kooperativno delovanje z zunanjimi promotorji, saj se lahko tako razbremenijo določena vezavna mesta za transkripcijske faktorje.&lt;br&gt;</div></td></tr> </table>

David Valte https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TE_kot_regulatorji_transkripcije&diff=20341&oldid=prev 2022-04-24T12:55:17Z

<p><span class="autocomment">Funkcije transpozicijskih elementov v cis-regulatornih regijah</span></p> <table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface"> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <tr class="diff-title" lang="en"> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 12:55, 24 April 2022</td> </tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l14">Line 14:</td> <td colspan="2" class="diff-lineno">Line 14:</td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>1. Promotorji so kratka zaporedja DNA, ki vključujejo začetno mesto transkripcije. Ob vezavi ustreznih transkripcijskih faktorjev na promotorsko regijo omogočijo transkripcijo gena. Kot primer bi omenil transpozon AluSp v promotorju gena FCER1G, ki inducira transkripcijo visokoafinitetnega receptorja za Fc regijo IgE.&lt;br&gt;</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>1. Promotorji so kratka zaporedja DNA, ki vključujejo začetno mesto transkripcije. Ob vezavi ustreznih transkripcijskih faktorjev na promotorsko regijo omogočijo transkripcijo gena. Kot primer bi omenil transpozon AluSp v promotorju gena FCER1G, ki inducira transkripcijo visokoafinitetnega receptorja za Fc regijo IgE.&lt;br&gt;</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>2. Ojačevalci so zaporedja, ki jih najdemo pred ali za genom, ki ga regulirajo. Delujejo kooperativno s promotorjem, in sicer tako, da povečajo stopnjo transkripcije, omogočajo pa regulacijo tudi bolj oddaljenih genov. Kot primer bi omenil transpozon AluY v intronu gena CD8 (ta kodira glikoprotein CD8, ki je pomemben pri celičnih interakcijah znotraj imunskega sistema), za katerega so ugotovili, da deluje kot ojačevalec.&lt;br&gt;</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>2. Ojačevalci so zaporedja, ki jih najdemo pred ali za genom, ki ga regulirajo. Delujejo kooperativno s promotorjem, in sicer tako, da povečajo stopnjo transkripcije, omogočajo pa regulacijo tudi bolj oddaljenih genov. Kot primer bi omenil transpozon AluY v intronu gena CD8 (ta kodira <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">za </ins>glikoprotein CD8, ki je pomemben pri celičnih interakcijah znotraj imunskega sistema), za katerega so ugotovili, da deluje kot ojačevalec.&lt;br&gt;</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>3. Utiševalna zaporedja vežejo represorje in tako preprečujejo transkripcijo. Transpozicijski elementi so z rekrutiranjem transkripcijskih faktorjev postali sposobni delovati kot utiševalna zaporedja, ki remodelirajo kromatin. Čeprav so heterokromatinski deli revni z geni, so bogati s TE-ji, kar bi lahko pomenilo, da imajo transpozicijski elementi pomembno vlogo pri širjenju heterokromatina. Tako se npr. korepresorski protein TRIM28 veže na vezavno mesto, ki se nahaja na transpozonu ERV in s tem utiša sosednje gene.&lt;br&gt;</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>3. Utiševalna zaporedja vežejo represorje in tako preprečujejo transkripcijo. Transpozicijski elementi so z rekrutiranjem transkripcijskih faktorjev postali sposobni delovati kot utiševalna zaporedja, ki remodelirajo kromatin. Čeprav so heterokromatinski deli revni z geni, so bogati s TE-ji, kar bi lahko pomenilo, da imajo transpozicijski elementi pomembno vlogo pri širjenju heterokromatina. Tako se npr. korepresorski protein TRIM28 veže na vezavno mesto, ki se nahaja na transpozonu ERV in s tem utiša sosednje gene.&lt;br&gt;</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>4. Inzulatorji ščitijo gene pred regulatornimi vplivi sosednjih genov. Lahko blokirajo promotorje, ojačevalce in utiševalce. Preprečujejo neprimerne interakcije med sosednjimi kromatinskimi regijami. Kot primer bi omenil gen za transpozon AluSq, ki deluje kot inzulator, saj njegova transkripcija ščiti človeški gen HBE1 (ki kodira za istoimenski protein) pred regulacijo z drugimi promotorji.&lt;br&gt;</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>4. Inzulatorji ščitijo gene pred regulatornimi vplivi sosednjih genov. Lahko blokirajo promotorje, ojačevalce in utiševalce. Preprečujejo neprimerne interakcije med sosednjimi kromatinskimi regijami. Kot primer bi omenil gen za transpozon AluSq, ki deluje kot inzulator, saj njegova transkripcija ščiti človeški gen HBE1 (ki kodira za istoimenski protein) pred regulacijo z drugimi promotorji.&lt;br&gt;</div></td></tr> </table>

David Valte https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TE_kot_regulatorji_transkripcije&diff=20340&oldid=prev 2022-04-24T12:54:51Z

<p><span class="autocomment">Funkcije transpozicijskih elementov v cis-regulatornih regijah</span></p> <table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface"> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <tr class="diff-title" lang="en"> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 12:54, 24 April 2022</td> </tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l11">Line 11:</td> <td colspan="2" class="diff-lineno">Line 11:</td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Funkcije transpozicijskih elementov v cis-regulatornih regijah ==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Funkcije transpozicijskih elementov v cis-regulatornih regijah ==</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Regulatorne sposobnosti cis-regulatornih regij lahko izhajajo iz transpozicijskih elementov. <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">V splošnem cis</del>-regulatorne regije <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">delujejo tako, da </del>tvorijo specifična vezavna mesta za proteine povezane z iniciacijo in regulacijo transkripcije. Primeri nekaterih vrst CRE:&lt;br&gt;</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Regulatorne sposobnosti cis-regulatornih regij lahko izhajajo iz transpozicijskih elementov. <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">Cis</ins>-regulatorne regije tvorijo specifična vezavna mesta za proteine povezane z iniciacijo in regulacijo transkripcije. Primeri nekaterih vrst CRE:&lt;br&gt;</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>1. Promotorji so kratka zaporedja DNA, ki vključujejo začetno mesto transkripcije. Ob vezavi ustreznih transkripcijskih faktorjev na promotorsko regijo omogočijo transkripcijo gena. Kot primer bi omenil transpozon AluSp v promotorju gena FCER1G, ki inducira transkripcijo visokoafinitetnega receptorja za Fc regijo IgE.&lt;br&gt;</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>1. Promotorji so kratka zaporedja DNA, ki vključujejo začetno mesto transkripcije. Ob vezavi ustreznih transkripcijskih faktorjev na promotorsko regijo omogočijo transkripcijo gena. Kot primer bi omenil transpozon AluSp v promotorju gena FCER1G, ki inducira transkripcijo visokoafinitetnega receptorja za Fc regijo IgE.&lt;br&gt;</div></td></tr> </table>

David Valte https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=TE_kot_regulatorji_transkripcije&diff=20339&oldid=prev 2022-04-24T12:52:32Z

<p><span class="autocomment">Uvod</span></p> <table style="background-color: #fff; color: #202122;" data-mw="interface"> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <col class="diff-marker" /> <col class="diff-content" /> <tr class="diff-title" lang="en"> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">← Older revision</td> <td colspan="2" style="background-color: #fff; color: #202122; text-align: center;">Revision as of 12:52, 24 April 2022</td> </tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno" id="mw-diff-left-l1">Line 1:</td> <td colspan="2" class="diff-lineno">Line 1:</td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Uvod==</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>==Uvod==</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker" data-marker="−"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Transpozicijski elementi (TE), ki sestavljajo velik del evkariontskega genoma, lahko, če se nahajajo v eksonskih predelih gostiteljevega genskega zapisa, bistveno zmanjšajo njegovo evolucijsko sposobnost preživetja, ker delujejo moteče (lahko povzročijo npr. vstavitev start in stop kodonov, premik bralnega okvirja, prehitro terminacijo <del style="font-weight: bold; text-decoration: none;">transkripcije,…</del>). S tem zmanjšajo tudi verjetnost za lasten prenos v nove generacije. Ker TE po delovanju spominjajo na parazitski organizem, so se skozi evolucijo razvile strategije, ki preprečujejo preveliko škodo na gostiteljskem organizmu. Prilagajanje je potekalo vzajemno. Gostiteljski organizmi so npr. postali sposobni utišanja transpozicijskih elementov s pomočjo metilacije DNA na CpG otočkih, TE pa so se preferenčno vključevali v intronska zaporedja, saj tam ne delujejo tako moteče. Skozi čas so gostiteljski organizmi postali sposobni uporabe TE  v svojo korist. &lt;br&gt;</div></td><td class="diff-marker" data-marker="+"></td><td style="color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Transpozicijski elementi (TE), ki sestavljajo velik del evkariontskega genoma, lahko, če se nahajajo v eksonskih predelih gostiteljevega genskega zapisa, bistveno zmanjšajo njegovo evolucijsko sposobnost preživetja, ker delujejo moteče (lahko povzročijo npr. vstavitev start in stop kodonov, premik bralnega okvirja, prehitro terminacijo <ins style="font-weight: bold; text-decoration: none;">transkripcije…</ins>). S tem zmanjšajo tudi verjetnost za lasten prenos v nove generacije. Ker TE po delovanju spominjajo na parazitski organizem, so se skozi evolucijo razvile strategije, ki preprečujejo preveliko škodo na gostiteljskem organizmu. Prilagajanje je potekalo vzajemno. Gostiteljski organizmi so npr. postali sposobni utišanja transpozicijskih elementov s pomočjo metilacije DNA na CpG otočkih, TE pa so se preferenčno vključevali v intronska zaporedja, saj tam ne delujejo tako moteče. Skozi čas so gostiteljski organizmi postali sposobni uporabe TE  v svojo korist. &lt;br&gt;</div></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><br></td></tr> <tr><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Vključitve transpozicijskih elementov v nekodirajoče predele genskega zapisa in njihove mutacije so v veliko primerih povzročile, da so TE izgubili sposobnost transponiranja, pridobili pa so cis in trans-regulatorno aktivnost. Cis-regulatorne regije (CRE) so nekodirajoča zaporedja nukleotidov, ki regulirajo ekspresijo genov na isti verigi DNA. Trans regulacija pa pomeni to, da npr. transkripcijski faktorji prihajajo od drugod oz. so kodirani na eni molekuli DNA, regulirajo pa ekspresijo genov na drugi molekuli DNA. Regulacija transkripcije s TE lahko poteka na več načinov:&lt;br&gt;</div></td><td class="diff-marker"></td><td style="background-color: #f8f9fa; color: #202122; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #eaecf0; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>Vključitve transpozicijskih elementov v nekodirajoče predele genskega zapisa in njihove mutacije so v veliko primerih povzročile, da so TE izgubili sposobnost transponiranja, pridobili pa so cis in trans-regulatorno aktivnost. Cis-regulatorne regije (CRE) so nekodirajoča zaporedja nukleotidov, ki regulirajo ekspresijo genov na isti verigi DNA. Trans regulacija pa pomeni to, da npr. transkripcijski faktorji prihajajo od drugod oz. so kodirani na eni molekuli DNA, regulirajo pa ekspresijo genov na drugi molekuli DNA. Regulacija transkripcije s TE lahko poteka na več načinov:&lt;br&gt;</div></td></tr> </table>

David Valte