Transpozoni in rak - Revision history

Alliana Kolar: /* Epigenetske modifikacije na transpozonih */

2022-04-26T11:10:06Z

Epigenetske modifikacije na transpozonih

← Older revision		Revision as of 11:10, 26 April 2022
Line 5:		Line 5:
	Pri obolenju zdravih celic v rakave se lahko epigenetska utišanja razveljavijo in posledično se TE aktivirajo. Epigenetske modifikacije, ki jih poznamo, so DNA metilacije, histonske modifikacije in od nekodirajočih RNA odvisno izražanje genov. Metilacije DNA so pogoste na CpG otočkih (regije na DNA, ki so v smeri 5' konec proti 3' konec, bogate s citozini in gvanini). Modifikacije histona so lahko supresirajoča (metilacije) ali aktivirajoča (acetilacije), odvisno je od lokacije in stopnje, do katere je določen histon modificiran. Poleg tega poznamo še fosforilacije in ubikvitinacije histona.		Pri obolenju zdravih celic v rakave se lahko epigenetska utišanja razveljavijo in posledično se TE aktivirajo. Epigenetske modifikacije, ki jih poznamo, so DNA metilacije, histonske modifikacije in od nekodirajočih RNA odvisno izražanje genov. Metilacije DNA so pogoste na CpG otočkih (regije na DNA, ki so v smeri 5' konec proti 3' konec, bogate s citozini in gvanini). Modifikacije histona so lahko supresirajoča (metilacije) ali aktivirajoča (acetilacije), odvisno je od lokacije in stopnje, do katere je določen histon modificiran. Poleg tega poznamo še fosforilacije in ubikvitinacije histona.

	Ko je retrotranspozicija LINE-1 (~~dolgi razpršeni nukleotidni~~ element 1; L1) izven nadzora, pride do obolenj. Najbolj pa jo povezujemo s tvorbo raka, ko govorimo o hipometilaciji L1, saj njegova aktivacija vodi do vrsto procesov, ki prispevajo k tvorbi rakavih celic. Pri rakavih celicah opazimo, da na mestih, kjer je prvotno prišlo do metilacije (pretežno je to na CpG otočkih) oziroma utišanja, izgubimo vse te metilacije in jih pridobimo na promotorski regiji genov za kodiranje tumor supresorske proteine. Protein 53 (p53) je eden izmed tumor supresorskih proteinov, katerega mutacije so večkrat opažene v rakastih človeških celicah. Mutiran lahko reaktivira L1.		Ko je retrotranspozicija LINE-1 (dolg razpršen nukleotidn element 1; L1) izven nadzora, pride do obolenj. Najbolj pa jo povezujemo s tvorbo raka, ko govorimo o hipometilaciji L1, saj njegova aktivacija vodi do vrsto procesov, ki prispevajo k tvorbi rakavih celic. Pri rakavih celicah opazimo, da na mestih, kjer je prvotno prišlo do metilacije (pretežno je to na CpG otočkih) oziroma utišanja, izgubimo vse te metilacije in jih pridobimo na promotorski regiji genov za kodiranje tumor supresorske proteine. Protein 53 (p53) je eden izmed tumor supresorskih proteinov, katerega mutacije so večkrat opažene v rakastih človeških celicah. Mutiran lahko reaktivira L1.

	DNA metilacije so pogostejše pri mlajših TE, še posebej na ERV (endogen retrovirus, spadajo v TE razreda I), saj so bogatejše s CpG otočki kot starejše. Ob metilaciji citozina lahko pride do spontane deaminacije, kar vodi do pretvorbe citozina v timin. Dlje kot je ERV vključen v genom, več takih mutacij dobimo in posledično je tudi manj CpG otočkov na ERV. Ob tem pa ne more priti do metilacij in določen TE, ki je bil nekoč epigenetsko utišan, se lahko aktivira. To privede tudi do ekspanzije genoma.		DNA metilacije so pogostejše pri mlajših TE, še posebej na ERV (endogen retrovirus, spadajo v TE razreda I), saj so bogatejše s CpG otočki kot starejše. Ob metilaciji citozina lahko pride do spontane deaminacije, kar vodi do pretvorbe citozina v timin. Dlje kot je ERV vključen v genom, več takih mutacij dobimo in posledično je tudi manj CpG otočkov na ERV. Ob tem pa ne more priti do metilacij in določen TE, ki je bil nekoč epigenetsko utišan, se lahko aktivira. To privede tudi do ekspanzije genoma.

Alliana Kolar: /* Epigenetske modifikacije na transpozonih */

2022-04-26T09:37:31Z

Epigenetske modifikacije na transpozonih

← Older revision		Revision as of 09:37, 26 April 2022
Line 3:		Line 3:

	==Epigenetske modifikacije na transpozonih==		==Epigenetske modifikacije na transpozonih==
	Pri obolenju zdravih celic v rakave se lahko epigenetska utišanja razveljavijo in posledično se TE aktivirajo. Epigenetske modifikacije, ki jih poznamo, so DNA metilacije, histonske modifikacije in od nekodirajočih RNA odvisno izražanje genov. Metilacije DNA so pogoste na CpG otočkih (regije na DNA, ki so v smeri 5' konec proti 3' konec, bogate s citozini in gvanini). ~~Metilacije~~ histona so lahko supresirajoča (metilacije) ali aktivirajoča (acetilacije), odvisno je od lokacije in stopnje, do katere je določen histon modificiran. Poleg tega poznamo še fosforilacije in ubikvitinacije histona.		Pri obolenju zdravih celic v rakave se lahko epigenetska utišanja razveljavijo in posledično se TE aktivirajo. Epigenetske modifikacije, ki jih poznamo, so DNA metilacije, histonske modifikacije in od nekodirajočih RNA odvisno izražanje genov. Metilacije DNA so pogoste na CpG otočkih (regije na DNA, ki so v smeri 5' konec proti 3' konec, bogate s citozini in gvanini). Modifikacije histona so lahko supresirajoča (metilacije) ali aktivirajoča (acetilacije), odvisno je od lokacije in stopnje, do katere je določen histon modificiran. Poleg tega poznamo še fosforilacije in ubikvitinacije histona.

	Ko je retrotranspozicija LINE-1 (dolgi razpršeni nukleotidni element 1; L1) izven nadzora, pride do obolenj. Najbolj pa jo povezujemo s tvorbo raka, ko govorimo o hipometilaciji L1, saj njegova aktivacija vodi do vrsto procesov, ki prispevajo k tvorbi rakavih celic. Pri rakavih celicah opazimo, da na mestih, kjer je prvotno prišlo do metilacije (pretežno je to na CpG otočkih) oziroma utišanja, izgubimo vse te metilacije in jih pridobimo na promotorski regiji genov za kodiranje tumor supresorske proteine. Protein 53 (p53) je eden izmed tumor supresorskih proteinov, katerega mutacije so večkrat opažene v rakastih človeških celicah. Mutiran lahko reaktivira L1.		Ko je retrotranspozicija LINE-1 (dolgi razpršeni nukleotidni element 1; L1) izven nadzora, pride do obolenj. Najbolj pa jo povezujemo s tvorbo raka, ko govorimo o hipometilaciji L1, saj njegova aktivacija vodi do vrsto procesov, ki prispevajo k tvorbi rakavih celic. Pri rakavih celicah opazimo, da na mestih, kjer je prvotno prišlo do metilacije (pretežno je to na CpG otočkih) oziroma utišanja, izgubimo vse te metilacije in jih pridobimo na promotorski regiji genov za kodiranje tumor supresorske proteine. Protein 53 (p53) je eden izmed tumor supresorskih proteinov, katerega mutacije so večkrat opažene v rakastih človeških celicah. Mutiran lahko reaktivira L1.

Alliana Kolar: /* Epigenetske modifikacije na transpozonih */

2022-04-25T20:38:29Z

Epigenetske modifikacije na transpozonih

← Older revision		Revision as of 20:38, 25 April 2022
Line 11:		Line 11:
	Pri sesalcih opazimo tudi epigenetsko utišanje, ki ga vodi molekula RNA. Poznamo siRNA (mala interferenčna RNA) in miRNA (mikro RNA), obe zavirata retrotranspozicijo L1 in sodelujeta pri uravnavanju normalnega delovanja celičnih procesov. Omembe vredna je tudi piRNA (PIWI-interakcijska RNA), ki je enoverižna, ta vodi proteine PIWI (proteini izraženi predvsem v zarodni liniji, potrebni so za spermatogenezo, v povezavi s piRNA cepijo TE) do mest v genomu, ki jih je treba utišat. Tudi ta zatira retrotranspozicijo L1 v moških spolnih celicah miši in v induciranih pluripotentnih matičnih celicah ljudi.		Pri sesalcih opazimo tudi epigenetsko utišanje, ki ga vodi molekula RNA. Poznamo siRNA (mala interferenčna RNA) in miRNA (mikro RNA), obe zavirata retrotranspozicijo L1 in sodelujeta pri uravnavanju normalnega delovanja celičnih procesov. Omembe vredna je tudi piRNA (PIWI-interakcijska RNA), ki je enoverižna, ta vodi proteine PIWI (proteini izraženi predvsem v zarodni liniji, potrebni so za spermatogenezo, v povezavi s piRNA cepijo TE) do mest v genomu, ki jih je treba utišat. Tudi ta zatira retrotranspozicijo L1 v moških spolnih celicah miši in v induciranih pluripotentnih matičnih celicah ljudi.

	Okoljski stresorji in tudi življenjski stil vplivajo na epigenetske spremembe na TE. Že zmerni oksidativni stres in toplotni šok zvišata pogostost transpozicije. Ob kroničnem zvišanju kortizola pa vodi do zmanjšanja demetilacij DNA, to pa povzroči aktivacijo retrotranspozonov. Zdrav življenjski stil pozitivno vpliva na metilacijo L1~~, kajenje pa ravno obratno povzroči izražanje metiltransferaz~~. Kot zanimivost lahko še ~~dodamo~~, da se je v raziskavah ''in vitro'' izkazalo, da polifenoli, kot so epigalokatehin galat, ki je prisoten v zelenem čaju in genistein v soji, inhibirajo delovanje DNA metiltransferaz in tako vplivajo na celične linije raka debelega črevesja, požiralnika, dojk in prostate. Če imamo veliko poškodb na DNA, se SIRT6 - deacetilaza, ki je vključena v popravljalne mehanizme DNA in sodeluje pri zatiranju L1 med staranjem, "izčrpa", kar omeji njeno delovanje. Izražanje L1 in njegovo mobilizacijo nadzoruje melatonin, katerega izražanje se s staranjem slabša, to pa povzroči njegovo aktivacijo. Kljub vsemu se moramo zavedati, da se različna tkiva različno odzovejo na stres, recimo pri akutnem psihološkem stresu se je v malih možganih aktivnost retotranspozona povečala, v hipokampusu pa je prišlo do trimetilacije, ki je zavirala njegovo aktivnost.		Okoljski stresorji in tudi življenjski stil vplivajo na epigenetske spremembe na TE. Že zmerni oksidativni stres in toplotni šok zvišata pogostost transpozicije. Ob kroničnem zvišanju kortizola pa vodi do zmanjšanja demetilacij DNA, to pa povzroči aktivacijo retrotranspozonov. Zdrav življenjski stil pozitivno vpliva na metilacijo L1. Kot zanimivost lahko še omenimo, da se je v raziskavah ''in vitro'' izkazalo, da polifenoli, kot so epigalokatehin galat, ki je prisoten v zelenem čaju in genistein v soji, inhibirajo delovanje DNA metiltransferaz in tako vplivajo na celične linije raka debelega črevesja, požiralnika, dojk in prostate. Če imamo veliko poškodb na DNA, se SIRT6 - deacetilaza, ki je vključena v popravljalne mehanizme DNA in sodeluje pri zatiranju L1 med staranjem, "izčrpa", kar omeji njeno delovanje. Izražanje L1 in njegovo mobilizacijo nadzoruje melatonin, katerega izražanje se s staranjem slabša, to pa povzroči njegovo aktivacijo. Kljub vsemu se moramo zavedati, da se različna tkiva različno odzovejo na stres, recimo pri akutnem psihološkem stresu se je v malih možganih aktivnost retotranspozona povečala, v hipokampusu pa je prišlo do trimetilacije, ki je zavirala njegovo aktivnost.

	==Vloga transpozonov pri rakavih obolenjih ==		==Vloga transpozonov pri rakavih obolenjih ==

Alliana Kolar: /* Epigenetske modifikacije na transpozonih */

2022-04-25T20:36:22Z

Epigenetske modifikacije na transpozonih

← Older revision		Revision as of 20:36, 25 April 2022
Line 11:		Line 11:
	Pri sesalcih opazimo tudi epigenetsko utišanje, ki ga vodi molekula RNA. Poznamo siRNA (mala interferenčna RNA) in miRNA (mikro RNA), obe zavirata retrotranspozicijo L1 in sodelujeta pri uravnavanju normalnega delovanja celičnih procesov. Omembe vredna je tudi piRNA (PIWI-interakcijska RNA), ki je enoverižna, ta vodi proteine PIWI (proteini izraženi predvsem v zarodni liniji, potrebni so za spermatogenezo, v povezavi s piRNA cepijo TE) do mest v genomu, ki jih je treba utišat. Tudi ta zatira retrotranspozicijo L1 v moških spolnih celicah miši in v induciranih pluripotentnih matičnih celicah ljudi.		Pri sesalcih opazimo tudi epigenetsko utišanje, ki ga vodi molekula RNA. Poznamo siRNA (mala interferenčna RNA) in miRNA (mikro RNA), obe zavirata retrotranspozicijo L1 in sodelujeta pri uravnavanju normalnega delovanja celičnih procesov. Omembe vredna je tudi piRNA (PIWI-interakcijska RNA), ki je enoverižna, ta vodi proteine PIWI (proteini izraženi predvsem v zarodni liniji, potrebni so za spermatogenezo, v povezavi s piRNA cepijo TE) do mest v genomu, ki jih je treba utišat. Tudi ta zatira retrotranspozicijo L1 v moških spolnih celicah miši in v induciranih pluripotentnih matičnih celicah ljudi.

	Okoljski stresorji in tudi življenjski stil vplivajo na epigenetske spremembe na TE. Že zmerni oksidativni stres in toplotni šok zvišata pogostost transpozicije. Ob kroničnem zvišanju kortizola pa vodi do zmanjšanja demetilacij DNA, to pa povzroči aktivacijo retrotranspozonov. Zdrav življenjski stil je pozitivno vpliva na metilacijo L1, kajenje pa ravno obratno povzroči izražanje metiltransferaz. Kot zanimivost lahko še dodamo, da se je v raziskavah ''in vitro'' izkazalo, da polifenoli, kot so epigalokatehin galat, ki je prisoten v zelenem čaju in genistein v soji, inhibirajo delovanje DNA metiltransferaz in tako vplivajo na celične linije raka debelega črevesja, požiralnika, dojk in prostate. Če imamo veliko poškodb na DNA, se SIRT6 - deacetilaza, ki je vključena v popravljalne mehanizme DNA in sodeluje pri zatiranju L1 med staranjem, "izčrpa", kar omeji njeno delovanje. Izražanje L1 in njegovo mobilizacijo nadzoruje melatonin, katerega izražanje se s staranjem slabša, to pa povzroči njegovo aktivacijo. Kljub vsemu se moramo zavedati, da se različna tkiva različno odzovejo na stres, recimo pri akutnem psihološkem stresu se je v malih možganih aktivnost retotranspozona povečala, v hipokampusu pa je prišlo do trimetilacije, ki je zavirala njegovo aktivnost.		Okoljski stresorji in tudi življenjski stil vplivajo na epigenetske spremembe na TE. Že zmerni oksidativni stres in toplotni šok zvišata pogostost transpozicije. Ob kroničnem zvišanju kortizola pa vodi do zmanjšanja demetilacij DNA, to pa povzroči aktivacijo retrotranspozonov. Zdrav življenjski stil pozitivno vpliva na metilacijo L1, kajenje pa ravno obratno povzroči izražanje metiltransferaz. Kot zanimivost lahko še dodamo, da se je v raziskavah ''in vitro'' izkazalo, da polifenoli, kot so epigalokatehin galat, ki je prisoten v zelenem čaju in genistein v soji, inhibirajo delovanje DNA metiltransferaz in tako vplivajo na celične linije raka debelega črevesja, požiralnika, dojk in prostate. Če imamo veliko poškodb na DNA, se SIRT6 - deacetilaza, ki je vključena v popravljalne mehanizme DNA in sodeluje pri zatiranju L1 med staranjem, "izčrpa", kar omeji njeno delovanje. Izražanje L1 in njegovo mobilizacijo nadzoruje melatonin, katerega izražanje se s staranjem slabša, to pa povzroči njegovo aktivacijo. Kljub vsemu se moramo zavedati, da se različna tkiva različno odzovejo na stres, recimo pri akutnem psihološkem stresu se je v malih možganih aktivnost retotranspozona povečala, v hipokampusu pa je prišlo do trimetilacije, ki je zavirala njegovo aktivnost.

	==Vloga transpozonov pri rakavih obolenjih ==		==Vloga transpozonov pri rakavih obolenjih ==

Alliana Kolar: /* Epigenetske modifikacije na transpozonih */

2022-04-25T20:22:09Z

Epigenetske modifikacije na transpozonih

← Older revision		Revision as of 20:22, 25 April 2022
Line 3:		Line 3:

	==Epigenetske modifikacije na transpozonih==		==Epigenetske modifikacije na transpozonih==
	Pri obolenju zdravih celic v rakave se lahko epigenetska utišanja razveljavijo in posledično se TE aktivirajo. Epigenetske modifikacije, ki jih poznamo, so DNA metilacije, histonske modifikacije in od nekodirajočih RNA odvisno izražanje genov. Metilacije DNA so pogoste na CpG otočkih (regije na DNA, ki so v smeri 5' konec proti 3' konec, bogate s ~~cisteini~~ in gvanini). Metilacije histona so lahko supresirajoča (metilacije) ali aktivirajoča (acetilacije), odvisno je od lokacije in stopnje, do katere je določen histon modificiran. Poleg tega poznamo še fosforilacije in ubikvitinacije histona.		Pri obolenju zdravih celic v rakave se lahko epigenetska utišanja razveljavijo in posledično se TE aktivirajo. Epigenetske modifikacije, ki jih poznamo, so DNA metilacije, histonske modifikacije in od nekodirajočih RNA odvisno izražanje genov. Metilacije DNA so pogoste na CpG otočkih (regije na DNA, ki so v smeri 5' konec proti 3' konec, bogate s citozini in gvanini). Metilacije histona so lahko supresirajoča (metilacije) ali aktivirajoča (acetilacije), odvisno je od lokacije in stopnje, do katere je določen histon modificiran. Poleg tega poznamo še fosforilacije in ubikvitinacije histona.

	Ko je retrotranspozicija LINE-1 (dolgi razpršeni nukleotidni element 1; L1) izven nadzora, pride do obolenj. Najbolj pa jo povezujemo s tvorbo raka, ko govorimo o hipometilaciji L1, saj njegova aktivacija vodi do vrsto procesov, ki prispevajo k tvorbi rakavih celic. Pri rakavih celicah opazimo, da na mestih, kjer je prvotno prišlo do metilacije (pretežno je to na CpG otočkih) oziroma utišanja, izgubimo vse te metilacije in jih pridobimo na promotorski regiji genov za kodiranje tumor supresorske proteine. Protein 53 (p53) je eden izmed tumor supresorskih proteinov, katerega mutacije so večkrat opažene v rakastih človeških celicah. Mutiran lahko reaktivira L1.		Ko je retrotranspozicija LINE-1 (dolgi razpršeni nukleotidni element 1; L1) izven nadzora, pride do obolenj. Najbolj pa jo povezujemo s tvorbo raka, ko govorimo o hipometilaciji L1, saj njegova aktivacija vodi do vrsto procesov, ki prispevajo k tvorbi rakavih celic. Pri rakavih celicah opazimo, da na mestih, kjer je prvotno prišlo do metilacije (pretežno je to na CpG otočkih) oziroma utišanja, izgubimo vse te metilacije in jih pridobimo na promotorski regiji genov za kodiranje tumor supresorske proteine. Protein 53 (p53) je eden izmed tumor supresorskih proteinov, katerega mutacije so večkrat opažene v rakastih človeških celicah. Mutiran lahko reaktivira L1.

Alliana Kolar: /* Epigenetske modifikacije na transpozonih */

2022-04-25T14:55:21Z

Epigenetske modifikacije na transpozonih

← Older revision		Revision as of 14:55, 25 April 2022
Line 5:		Line 5:
	Pri obolenju zdravih celic v rakave se lahko epigenetska utišanja razveljavijo in posledično se TE aktivirajo. Epigenetske modifikacije, ki jih poznamo, so DNA metilacije, histonske modifikacije in od nekodirajočih RNA odvisno izražanje genov. Metilacije DNA so pogoste na CpG otočkih (regije na DNA, ki so v smeri 5' konec proti 3' konec, bogate s cisteini in gvanini). Metilacije histona so lahko supresirajoča (metilacije) ali aktivirajoča (acetilacije), odvisno je od lokacije in stopnje, do katere je določen histon modificiran. Poleg tega poznamo še fosforilacije in ubikvitinacije histona.		Pri obolenju zdravih celic v rakave se lahko epigenetska utišanja razveljavijo in posledično se TE aktivirajo. Epigenetske modifikacije, ki jih poznamo, so DNA metilacije, histonske modifikacije in od nekodirajočih RNA odvisno izražanje genov. Metilacije DNA so pogoste na CpG otočkih (regije na DNA, ki so v smeri 5' konec proti 3' konec, bogate s cisteini in gvanini). Metilacije histona so lahko supresirajoča (metilacije) ali aktivirajoča (acetilacije), odvisno je od lokacije in stopnje, do katere je določen histon modificiran. Poleg tega poznamo še fosforilacije in ubikvitinacije histona.

	Ko je retrotranspozicija LINE-1 (dolgi razpršeni nukleotidni element 1; L1) izven nadzora, pride do obolenj~~, najbolj~~ pa jo povezujemo s tvorbo raka, ko govorimo o hipometilaciji L1, saj njegova aktivacija vodi do vrsto procesov, ki prispevajo k tvorbi rakavih celic. Pri rakavih celicah opazimo, da na mestih, kjer je prvotno prišlo do metilacije (pretežno je to na CpG otočkih) oziroma utišanja, izgubimo vse te metilacije in jih pridobimo na promotorski regiji genov za kodiranje tumor supresorske proteine. Protein 53 (p53) je eden izmed tumor supresorskih proteinov, katerega mutacije so večkrat opažene v rakastih človeških celicah. Mutiran lahko reaktivira L1.		Ko je retrotranspozicija LINE-1 (dolgi razpršeni nukleotidni element 1; L1) izven nadzora, pride do obolenj. Najbolj pa jo povezujemo s tvorbo raka, ko govorimo o hipometilaciji L1, saj njegova aktivacija vodi do vrsto procesov, ki prispevajo k tvorbi rakavih celic. Pri rakavih celicah opazimo, da na mestih, kjer je prvotno prišlo do metilacije (pretežno je to na CpG otočkih) oziroma utišanja, izgubimo vse te metilacije in jih pridobimo na promotorski regiji genov za kodiranje tumor supresorske proteine. Protein 53 (p53) je eden izmed tumor supresorskih proteinov, katerega mutacije so večkrat opažene v rakastih človeških celicah. Mutiran lahko reaktivira L1.

	DNA metilacije so pogostejše pri mlajših TE, še posebej na ERV (endogen retrovirus, spadajo v TE razreda I), saj so bogatejše s CpG otočki kot starejše. Ob metilaciji citozina lahko pride do spontane deaminacije, kar vodi do pretvorbe citozina v timin. Dlje kot je ERV vključen v genom, več takih mutacij dobimo in posledično je tudi manj CpG otočkov na ERV. Ob tem pa ne more priti do metilacij in določen TE, ki je bil nekoč epigenetsko utišan, se lahko aktivira. To privede tudi do ekspanzije genoma.		DNA metilacije so pogostejše pri mlajših TE, še posebej na ERV (endogen retrovirus, spadajo v TE razreda I), saj so bogatejše s CpG otočki kot starejše. Ob metilaciji citozina lahko pride do spontane deaminacije, kar vodi do pretvorbe citozina v timin. Dlje kot je ERV vključen v genom, več takih mutacij dobimo in posledično je tudi manj CpG otočkov na ERV. Ob tem pa ne more priti do metilacij in določen TE, ki je bil nekoč epigenetsko utišan, se lahko aktivira. To privede tudi do ekspanzije genoma.

Alliana Kolar: /* Epigenetske modifikacije na transpozonih */

2022-04-25T14:35:10Z

Epigenetske modifikacije na transpozonih

← Older revision		Revision as of 14:35, 25 April 2022
Line 3:		Line 3:

	==Epigenetske modifikacije na transpozonih==		==Epigenetske modifikacije na transpozonih==
	Pri obolenju zdravih celic v rakave se lahko epigenetska utišanja razveljavijo in posledično se TE aktivirajo. Epigenetske modifikacije, ki jih poznamo, so DNA metilacije, histonske modifikacije in od nekodirajočih RNA odvisno izražanje genov. Metilacije DNA so pogoste na CpG otočkih (regije na DNA, ki so v smeri 5' konec proti 3' konec, bogate s cisteini in gvanini). Metilacije histona so lahko supresirajoča (metilacije) ali aktivirajoča (acetilacije), odvisno je od lokacije in stopnje, do katere je določen histon modificiran. Poleg tega poznamo še ~~fosforilacijo~~ in ~~ubikvitinacijo~~ histona.		Pri obolenju zdravih celic v rakave se lahko epigenetska utišanja razveljavijo in posledično se TE aktivirajo. Epigenetske modifikacije, ki jih poznamo, so DNA metilacije, histonske modifikacije in od nekodirajočih RNA odvisno izražanje genov. Metilacije DNA so pogoste na CpG otočkih (regije na DNA, ki so v smeri 5' konec proti 3' konec, bogate s cisteini in gvanini). Metilacije histona so lahko supresirajoča (metilacije) ali aktivirajoča (acetilacije), odvisno je od lokacije in stopnje, do katere je določen histon modificiran. Poleg tega poznamo še fosforilacije in ubikvitinacije histona.

	Ko je retrotranspozicija LINE-1 (dolgi razpršeni nukleotidni element 1; L1) izven nadzora, pride do obolenj, najbolj pa jo povezujemo s tvorbo raka, ko govorimo o hipometilaciji L1, saj njegova aktivacija vodi do vrsto procesov, ki prispevajo k tvorbi rakavih celic. Pri rakavih celicah opazimo, da na mestih, kjer je prvotno prišlo do metilacije (pretežno je to na CpG otočkih) oziroma utišanja, izgubimo vse te metilacije in jih pridobimo na promotorski regiji genov za kodiranje tumor supresorske proteine. Protein 53 (p53) je eden izmed tumor supresorskih proteinov, katerega mutacije so večkrat opažene v rakastih človeških celicah. Mutiran lahko reaktivira L1.		Ko je retrotranspozicija LINE-1 (dolgi razpršeni nukleotidni element 1; L1) izven nadzora, pride do obolenj, najbolj pa jo povezujemo s tvorbo raka, ko govorimo o hipometilaciji L1, saj njegova aktivacija vodi do vrsto procesov, ki prispevajo k tvorbi rakavih celic. Pri rakavih celicah opazimo, da na mestih, kjer je prvotno prišlo do metilacije (pretežno je to na CpG otočkih) oziroma utišanja, izgubimo vse te metilacije in jih pridobimo na promotorski regiji genov za kodiranje tumor supresorske proteine. Protein 53 (p53) je eden izmed tumor supresorskih proteinov, katerega mutacije so večkrat opažene v rakastih človeških celicah. Mutiran lahko reaktivira L1.

Alliana Kolar: /* Epigenetske modifikacije na transpozonih */

2022-04-25T14:13:24Z

Epigenetske modifikacije na transpozonih

← Older revision		Revision as of 14:13, 25 April 2022
Line 3:		Line 3:

	==Epigenetske modifikacije na transpozonih==		==Epigenetske modifikacije na transpozonih==
	Pri obolenju zdravih celic v rakave se lahko epigenetska utišanja razveljavijo in posledično se TE aktivirajo. Epigenetske modifikacije, ki jih poznamo so DNA metilacije, histonske modifikacije in od nekodirajočih RNA odvisno izražanje genov. Metilacije DNA so pogoste na CpG otočkih (regije na DNA, ki so v smeri 5' konec proti 3' konec, bogate s cisteini in gvanini). Metilacije histona so lahko supresirajoča (metilacije) ali aktivirajoča (acetilacije), odvisno je od lokacije in stopnje, do katere je določen histon modificiran. Poleg tega poznamo še fosforilacijo in ubikvitinacijo histona.		Pri obolenju zdravih celic v rakave se lahko epigenetska utišanja razveljavijo in posledično se TE aktivirajo. Epigenetske modifikacije, ki jih poznamo, so DNA metilacije, histonske modifikacije in od nekodirajočih RNA odvisno izražanje genov. Metilacije DNA so pogoste na CpG otočkih (regije na DNA, ki so v smeri 5' konec proti 3' konec, bogate s cisteini in gvanini). Metilacije histona so lahko supresirajoča (metilacije) ali aktivirajoča (acetilacije), odvisno je od lokacije in stopnje, do katere je določen histon modificiran. Poleg tega poznamo še fosforilacijo in ubikvitinacijo histona.

	Ko je retrotranspozicija LINE-1 (dolgi razpršeni nukleotidni element 1; L1) izven nadzora, pride do obolenj, najbolj pa jo povezujemo s tvorbo raka, ko govorimo o hipometilaciji L1, saj njegova aktivacija vodi do vrsto procesov, ki prispevajo k tvorbi rakavih celic. Pri rakavih celicah opazimo, da na mestih, kjer je prvotno prišlo do metilacije (pretežno je to na CpG otočkih) oziroma utišanja, izgubimo vse te metilacije in jih pridobimo na promotorski regiji genov za kodiranje tumor supresorske proteine. Protein 53 (p53) je eden izmed tumor supresorskih proteinov, katerega mutacije so večkrat opažene v rakastih človeških celicah. Mutiran lahko reaktivira L1.		Ko je retrotranspozicija LINE-1 (dolgi razpršeni nukleotidni element 1; L1) izven nadzora, pride do obolenj, najbolj pa jo povezujemo s tvorbo raka, ko govorimo o hipometilaciji L1, saj njegova aktivacija vodi do vrsto procesov, ki prispevajo k tvorbi rakavih celic. Pri rakavih celicah opazimo, da na mestih, kjer je prvotno prišlo do metilacije (pretežno je to na CpG otočkih) oziroma utišanja, izgubimo vse te metilacije in jih pridobimo na promotorski regiji genov za kodiranje tumor supresorske proteine. Protein 53 (p53) je eden izmed tumor supresorskih proteinov, katerega mutacije so večkrat opažene v rakastih človeških celicah. Mutiran lahko reaktivira L1.

Alliana Kolar: /* Epigenetske modifikacije na transpozonih */

2022-04-25T14:04:29Z

Epigenetske modifikacije na transpozonih

← Older revision		Revision as of 14:04, 25 April 2022
Line 11:		Line 11:
	Pri sesalcih opazimo tudi epigenetsko utišanje, ki ga vodi molekula RNA. Poznamo siRNA (mala interferenčna RNA) in miRNA (mikro RNA), obe zavirata retrotranspozicijo L1 in sodelujeta pri uravnavanju normalnega delovanja celičnih procesov. Omembe vredna je tudi piRNA (PIWI-interakcijska RNA), ki je enoverižna, ta vodi proteine PIWI (proteini izraženi predvsem v zarodni liniji, potrebni so za spermatogenezo, v povezavi s piRNA cepijo TE) do mest v genomu, ki jih je treba utišat. Tudi ta zatira retrotranspozicijo L1 v moških spolnih celicah miši in v induciranih pluripotentnih matičnih celicah ljudi.		Pri sesalcih opazimo tudi epigenetsko utišanje, ki ga vodi molekula RNA. Poznamo siRNA (mala interferenčna RNA) in miRNA (mikro RNA), obe zavirata retrotranspozicijo L1 in sodelujeta pri uravnavanju normalnega delovanja celičnih procesov. Omembe vredna je tudi piRNA (PIWI-interakcijska RNA), ki je enoverižna, ta vodi proteine PIWI (proteini izraženi predvsem v zarodni liniji, potrebni so za spermatogenezo, v povezavi s piRNA cepijo TE) do mest v genomu, ki jih je treba utišat. Tudi ta zatira retrotranspozicijo L1 v moških spolnih celicah miši in v induciranih pluripotentnih matičnih celicah ljudi.

	Okoljski stresorji in tudi življenjski stil vplivajo na epigenetske spremembe na TE. Že zmerni oksidativni stres in toplotni šok zvišata pogostost transpozicije. Ob kroničnem zvišanju kortizola pa vodi do zmanjšanja demetilacij DNA, to pa povzroči aktivacijo retrotranspozonov. Zdrav življenjski stil je pozitivno vpliva na metilacijo L1, kajenje pa ravno obratno povzroči izražanje metiltransferaz. Kot zanimivost lahko še dodamo, da se je v raziskavah ''in vitro'' izkazalo, da polifenoli, kot so epigalokatehin galat, ki je prisoten v zelenem čaju in genistein v soji, inhibirajo delovanje DNA metiltransferaz in tako vplivajo na celične linije raka debelega črevesja, požiralnika, dojk in prostate. Če imamo veliko poškodb na DNA, se SIRT6 - deacetilaza, ki je vključena v popravljalne mehanizme DNA in sodeluje pri zatiranju L1 med staranjem, 'izčrpa', kar omeji njeno delovanje. Izražanje L1 in njegovo mobilizacijo nadzoruje melatonin, katerega izražanje se s staranjem slabša, to pa povzroči njegovo aktivacijo. Kljub vsemu se moramo zavedati, da se različna tkiva različno odzovejo na stres, recimo pri akutnem psihološkem stresu se je v malih možganih aktivnost retotranspozona povečala, v hipokampusu pa je prišlo do trimetilacije, ki je zavirala njegovo aktivnost.		Okoljski stresorji in tudi življenjski stil vplivajo na epigenetske spremembe na TE. Že zmerni oksidativni stres in toplotni šok zvišata pogostost transpozicije. Ob kroničnem zvišanju kortizola pa vodi do zmanjšanja demetilacij DNA, to pa povzroči aktivacijo retrotranspozonov. Zdrav življenjski stil je pozitivno vpliva na metilacijo L1, kajenje pa ravno obratno povzroči izražanje metiltransferaz. Kot zanimivost lahko še dodamo, da se je v raziskavah ''in vitro'' izkazalo, da polifenoli, kot so epigalokatehin galat, ki je prisoten v zelenem čaju in genistein v soji, inhibirajo delovanje DNA metiltransferaz in tako vplivajo na celične linije raka debelega črevesja, požiralnika, dojk in prostate. Če imamo veliko poškodb na DNA, se SIRT6 - deacetilaza, ki je vključena v popravljalne mehanizme DNA in sodeluje pri zatiranju L1 med staranjem, "izčrpa", kar omeji njeno delovanje. Izražanje L1 in njegovo mobilizacijo nadzoruje melatonin, katerega izražanje se s staranjem slabša, to pa povzroči njegovo aktivacijo. Kljub vsemu se moramo zavedati, da se različna tkiva različno odzovejo na stres, recimo pri akutnem psihološkem stresu se je v malih možganih aktivnost retotranspozona povečala, v hipokampusu pa je prišlo do trimetilacije, ki je zavirala njegovo aktivnost.

	==Vloga transpozonov pri rakavih obolenjih ==		==Vloga transpozonov pri rakavih obolenjih ==

Alliana Kolar: /* Epigenetske modifikacije na transpozonih */

2022-04-25T13:43:29Z

Epigenetske modifikacije na transpozonih

← Older revision		Revision as of 13:43, 25 April 2022
Line 11:		Line 11:
	Pri sesalcih opazimo tudi epigenetsko utišanje, ki ga vodi molekula RNA. Poznamo siRNA (mala interferenčna RNA) in miRNA (mikro RNA), obe zavirata retrotranspozicijo L1 in sodelujeta pri uravnavanju normalnega delovanja celičnih procesov. Omembe vredna je tudi piRNA (PIWI-interakcijska RNA), ki je enoverižna, ta vodi proteine PIWI (proteini izraženi predvsem v zarodni liniji, potrebni so za spermatogenezo, v povezavi s piRNA cepijo TE) do mest v genomu, ki jih je treba utišat. Tudi ta zatira retrotranspozicijo L1 v moških spolnih celicah miši in v induciranih pluripotentnih matičnih celicah ljudi.		Pri sesalcih opazimo tudi epigenetsko utišanje, ki ga vodi molekula RNA. Poznamo siRNA (mala interferenčna RNA) in miRNA (mikro RNA), obe zavirata retrotranspozicijo L1 in sodelujeta pri uravnavanju normalnega delovanja celičnih procesov. Omembe vredna je tudi piRNA (PIWI-interakcijska RNA), ki je enoverižna, ta vodi proteine PIWI (proteini izraženi predvsem v zarodni liniji, potrebni so za spermatogenezo, v povezavi s piRNA cepijo TE) do mest v genomu, ki jih je treba utišat. Tudi ta zatira retrotranspozicijo L1 v moških spolnih celicah miši in v induciranih pluripotentnih matičnih celicah ljudi.

	~~Stres iz okolja~~ in tudi življenjski stil ~~vplivata~~ na epigenetske spremembe na TE. Že zmerni oksidativni stres in toplotni šok zvišata pogostost transpozicije. Ob kroničnem zvišanju kortizola pa vodi do zmanjšanja demetilacij DNA, to pa povzroči aktivacijo retrotranspozonov. Zdrav življenjski stil je pozitivno vpliva na metilacijo L1, kajenje pa ravno obratno povzroči izražanje metiltransferaz. Kot zanimivost lahko še dodamo, da se je v raziskavah in vitro izkazalo, da polifenoli, kot so epigalokatehin galat, ki je prisoten v zelenem čaju in genistein v soji, inhibirajo delovanje DNA metiltransferaz in tako vplivajo na celične linije raka debelega črevesja, požiralnika, dojk in prostate. Če imamo veliko poškodb na DNA, se ~~nivo~~ SIRT6 (deacetilaza, ki sodeluje pri zatiranju L1 med staranjem) 'izčrpa', ~~posledično se aktivirajo retrotranspozoni~~. Izražanje L1 in njegovo mobilizacijo nadzoruje melatonin, katerega izražanje se s staranjem slabša, to pa povzroči njegovo aktivacijo. Kljub vsemu se moramo zavedati, da se različna tkiva različno odzovejo na stres, recimo pri akutnem psihološkem stresu se je v malih možganih aktivnost retotranspozona povečala, v hipokampusu pa je prišlo do trimetilacije, ki je zavirala njegovo aktivnost.		Okoljski stresorji in tudi življenjski stil vplivajo na epigenetske spremembe na TE. Že zmerni oksidativni stres in toplotni šok zvišata pogostost transpozicije. Ob kroničnem zvišanju kortizola pa vodi do zmanjšanja demetilacij DNA, to pa povzroči aktivacijo retrotranspozonov. Zdrav življenjski stil je pozitivno vpliva na metilacijo L1, kajenje pa ravno obratno povzroči izražanje metiltransferaz. Kot zanimivost lahko še dodamo, da se je v raziskavah ''in vitro'' izkazalo, da polifenoli, kot so epigalokatehin galat, ki je prisoten v zelenem čaju in genistein v soji, inhibirajo delovanje DNA metiltransferaz in tako vplivajo na celične linije raka debelega črevesja, požiralnika, dojk in prostate. Če imamo veliko poškodb na DNA, se SIRT6 - deacetilaza, ki je vključena v popravljalne mehanizme DNA in sodeluje pri zatiranju L1 med staranjem, 'izčrpa', kar omeji njeno delovanje. Izražanje L1 in njegovo mobilizacijo nadzoruje melatonin, katerega izražanje se s staranjem slabša, to pa povzroči njegovo aktivacijo. Kljub vsemu se moramo zavedati, da se različna tkiva različno odzovejo na stres, recimo pri akutnem psihološkem stresu se je v malih možganih aktivnost retotranspozona povečala, v hipokampusu pa je prišlo do trimetilacije, ki je zavirala njegovo aktivnost.

	==Vloga transpozonov pri rakavih obolenjih ==		==Vloga transpozonov pri rakavih obolenjih ==