Verižna reakcija s polimerazo - Revision history

MDolinar: /* Viri */

2010-10-22T13:04:47Z

Viri

← Older revision		Revision as of 13:04, 22 October 2010
Line 28:		Line 28:
	*Bruno Anselme, Eric Perilleux, Daniel Richard, BIOLOGIJA ČLOVEKA, 1. izdaja, 1. natis, Ljubljana: DZS, 1999		*Bruno Anselme, Eric Perilleux, Daniel Richard, BIOLOGIJA ČLOVEKA, 1. izdaja, 1. natis, Ljubljana: DZS, 1999
	*http://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reaction		*http://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_chain_reaction

			[[Category:LEX]][[Category:BMB]]

MC: /* Postopek */

2009-11-28T10:42:07Z

Postopek

← Older revision		Revision as of 10:42, 28 November 2009
Line 5:		Line 5:
	1. Denaturacija genskega materiala – Z segrevanjem na 90-96°C za 20-30 sekund povzročimo razpad vodikovih vezi v dvojni vijačnici ter s tem dobimo enoverižno DNA.		1. Denaturacija genskega materiala – Z segrevanjem na 90-96°C za 20-30 sekund povzročimo razpad vodikovih vezi v dvojni vijačnici ter s tem dobimo enoverižno DNA.
	2. Prileganje – Z znižanjem temperature (na 37-55°C) omogočimo povezavo med začetnimi oligonukleotidi in matrico.		2. Prileganje – Z znižanjem temperature (na 37-55°C) omogočimo povezavo med začetnimi oligonukleotidi in matrico.
	3. Sinteza s polimerazo – DNA-polimeraza prebere določen del verige in ga hitro primerja s komplementarnimi nukleotidi. Rezultat sta dva nova heliksa na mestu prvega.		3. Sinteza s [http://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase polimerazo] – DNA-polimeraza prebere določen del verige in ga hitro primerja s komplementarnimi nukleotidi. Rezultat sta dva nova heliksa na mestu prvega.
	Celotna PCR zahteva le vir toplote, encim, raztopino soli in gradnike DNA. Za vsakego od teh korakov je optimalna temperatura različna, vendar naprave danes že avtomatično kontrolirajo temperaturne spremambe. Da dobimo več DNA, proces le ponovimo. Vsak cikel traja le 1-3min, torej nam ponavljanje procesa 45min lahko teoretično da milijone kopij specifičnega DNA niza.		Celotna PCR zahteva le vir toplote, encim, raztopino soli in gradnike DNA. Za vsakego od teh korakov je optimalna temperatura različna, vendar naprave danes že avtomatično kontrolirajo temperaturne spremambe. Da dobimo več DNA, proces le ponovimo. Vsak cikel traja le 1-3min, torej nam ponavljanje procesa 45min lahko teoretično da milijone kopij specifičnega DNA niza.
	S PCR pa so se pojavili tudi nakateri tehnični problemi. Kontaminacija vzorca s tujim dednim materialom, ki lahko razmoži številne kopije nerelevantne DNA. Rezultat je pogosto neuporaben, včasih pa lahko pripelje do zmotnih zaključkov.		S PCR pa so se pojavili tudi nakateri tehnični problemi. Kontaminacija vzorca s tujim dednim materialom, ki lahko razmoži številne kopije nerelevantne DNA. Rezultat je pogosto neuporaben, včasih pa lahko pripelje do zmotnih zaključkov.

MC: /* Postopek */

2009-11-28T10:41:06Z

Postopek

← Older revision		Revision as of 10:41, 28 November 2009
Line 9:		Line 9:
	S PCR pa so se pojavili tudi nakateri tehnični problemi. Kontaminacija vzorca s tujim dednim materialom, ki lahko razmoži številne kopije nerelevantne DNA. Rezultat je pogosto neuporaben, včasih pa lahko pripelje do zmotnih zaključkov.		S PCR pa so se pojavili tudi nakateri tehnični problemi. Kontaminacija vzorca s tujim dednim materialom, ki lahko razmoži številne kopije nerelevantne DNA. Rezultat je pogosto neuporaben, včasih pa lahko pripelje do zmotnih zaključkov.
	Ključnega pomena za proces avtomatizacije je bila Taq polimeraza (Taq je okrajšava za Thermus aquaticus, bakterija ki preživi in se razmožuje v okolju, ki je za druge organizme smrtno). V nasprotju z drugimi polimerazami je encim, ki izvira iz Taq, stabilen pri visokih temperaturah. Tako z uporabo termostabilne polimeraze ni več potrebno dodajanje novega encima v vsakem ciklu.		Ključnega pomena za proces avtomatizacije je bila Taq polimeraza (Taq je okrajšava za Thermus aquaticus, bakterija ki preživi in se razmožuje v okolju, ki je za druge organizme smrtno). V nasprotju z drugimi polimerazami je encim, ki izvira iz Taq, stabilen pri visokih temperaturah. Tako z uporabo termostabilne polimeraze ni več potrebno dodajanje novega encima v vsakem ciklu.
	PCR izvajamo v natančnih termostatih [http://www.molecularstation.com/molecular-biology-images/data/509/pcr-machine.jpg slika2], ki jim lahko določamo temperaturo, čas inkubacije,število ponovitev ciklov,... Pri klasični izvedbi po končani reakciji produkte analiziramo z [http://en.wikipedia.org/wiki/Agarose_gel_electrophoresis elektroforezo v agaroznem gelu~~][http://talron.co.il/talron/new/images/pagemaster/pcr_td_figure1.jpg slika3~~].		PCR izvajamo v natančnih termostatih [http://www.molecularstation.com/molecular-biology-images/data/509/pcr-machine.jpg slika2], ki jim lahko določamo temperaturo, čas inkubacije,število ponovitev ciklov,... Pri klasični izvedbi po končani reakciji produkte analiziramo z [http://en.wikipedia.org/wiki/Agarose_gel_electrophoresis elektroforezo v agaroznem gelu].

	== Uporaba verižne polimerizacije ==		== Uporaba verižne polimerizacije ==

MC: /* Postopek */

2009-11-28T10:40:31Z

Postopek

← Older revision		Revision as of 10:40, 28 November 2009
Line 9:		Line 9:
	S PCR pa so se pojavili tudi nakateri tehnični problemi. Kontaminacija vzorca s tujim dednim materialom, ki lahko razmoži številne kopije nerelevantne DNA. Rezultat je pogosto neuporaben, včasih pa lahko pripelje do zmotnih zaključkov.		S PCR pa so se pojavili tudi nakateri tehnični problemi. Kontaminacija vzorca s tujim dednim materialom, ki lahko razmoži številne kopije nerelevantne DNA. Rezultat je pogosto neuporaben, včasih pa lahko pripelje do zmotnih zaključkov.
	Ključnega pomena za proces avtomatizacije je bila Taq polimeraza (Taq je okrajšava za Thermus aquaticus, bakterija ki preživi in se razmožuje v okolju, ki je za druge organizme smrtno). V nasprotju z drugimi polimerazami je encim, ki izvira iz Taq, stabilen pri visokih temperaturah. Tako z uporabo termostabilne polimeraze ni več potrebno dodajanje novega encima v vsakem ciklu.		Ključnega pomena za proces avtomatizacije je bila Taq polimeraza (Taq je okrajšava za Thermus aquaticus, bakterija ki preživi in se razmožuje v okolju, ki je za druge organizme smrtno). V nasprotju z drugimi polimerazami je encim, ki izvira iz Taq, stabilen pri visokih temperaturah. Tako z uporabo termostabilne polimeraze ni več potrebno dodajanje novega encima v vsakem ciklu.
	PCR izvajamo v natančnih [http://www.molecularstation.com/molecular-biology-images/data/509/pcr-machine.jpg ~~termostatih~~], ki jim lahko določamo temperaturo, čas inkubacije,število ponovitev ciklov,... Pri klasični izvedbi po končani reakciji produkte analiziramo z [http://en.wikipedia.org/wiki/Agarose_gel_electrophoresis elektroforezo v agaroznem gelu][http://talron.co.il/talron/new/images/pagemaster/pcr_td_figure1.jpg ~~slika2~~].		PCR izvajamo v natančnih termostatih [http://www.molecularstation.com/molecular-biology-images/data/509/pcr-machine.jpg slika2], ki jim lahko določamo temperaturo, čas inkubacije,število ponovitev ciklov,... Pri klasični izvedbi po končani reakciji produkte analiziramo z [http://en.wikipedia.org/wiki/Agarose_gel_electrophoresis elektroforezo v agaroznem gelu][http://talron.co.il/talron/new/images/pagemaster/pcr_td_figure1.jpg slika3].

	== Uporaba verižne polimerizacije ==		== Uporaba verižne polimerizacije ==

MC: /* Postopek */

2009-11-28T10:39:40Z

Postopek

← Older revision		Revision as of 10:39, 28 November 2009
Line 9:		Line 9:
	S PCR pa so se pojavili tudi nakateri tehnični problemi. Kontaminacija vzorca s tujim dednim materialom, ki lahko razmoži številne kopije nerelevantne DNA. Rezultat je pogosto neuporaben, včasih pa lahko pripelje do zmotnih zaključkov.		S PCR pa so se pojavili tudi nakateri tehnični problemi. Kontaminacija vzorca s tujim dednim materialom, ki lahko razmoži številne kopije nerelevantne DNA. Rezultat je pogosto neuporaben, včasih pa lahko pripelje do zmotnih zaključkov.
	Ključnega pomena za proces avtomatizacije je bila Taq polimeraza (Taq je okrajšava za Thermus aquaticus, bakterija ki preživi in se razmožuje v okolju, ki je za druge organizme smrtno). V nasprotju z drugimi polimerazami je encim, ki izvira iz Taq, stabilen pri visokih temperaturah. Tako z uporabo termostabilne polimeraze ni več potrebno dodajanje novega encima v vsakem ciklu.		Ključnega pomena za proces avtomatizacije je bila Taq polimeraza (Taq je okrajšava za Thermus aquaticus, bakterija ki preživi in se razmožuje v okolju, ki je za druge organizme smrtno). V nasprotju z drugimi polimerazami je encim, ki izvira iz Taq, stabilen pri visokih temperaturah. Tako z uporabo termostabilne polimeraze ni več potrebno dodajanje novega encima v vsakem ciklu.
	PCR izvajamo v natančnih [http://www.molecularstation.com/molecular-biology-images/data/509/pcr-machine.jpg termostatih], ki jim lahko določamo temperaturo, čas inkubacije,število ponovitev ciklov,... Pri klasični izvedbi po končani reakciji produkte analiziramo z [http://~~www~~.~~molecularstation~~.~~com~~/~~images~~/~~agarose-gel-electrophoresis.jpg~~ elektroforezo v agaroznem gelu][http://talron.co.il/talron/new/images/pagemaster/pcr_td_figure1.jpg slika2].		PCR izvajamo v natančnih [http://www.molecularstation.com/molecular-biology-images/data/509/pcr-machine.jpg termostatih], ki jim lahko določamo temperaturo, čas inkubacije,število ponovitev ciklov,... Pri klasični izvedbi po končani reakciji produkte analiziramo z [http://en.wikipedia.org/wiki/Agarose_gel_electrophoresis elektroforezo v agaroznem gelu][http://talron.co.il/talron/new/images/pagemaster/pcr_td_figure1.jpg slika2].

	== Uporaba verižne polimerizacije ==		== Uporaba verižne polimerizacije ==

MC: /* Postopek */

2009-11-28T10:24:14Z

Postopek

← Older revision		Revision as of 10:24, 28 November 2009
Line 9:		Line 9:
	S PCR pa so se pojavili tudi nakateri tehnični problemi. Kontaminacija vzorca s tujim dednim materialom, ki lahko razmoži številne kopije nerelevantne DNA. Rezultat je pogosto neuporaben, včasih pa lahko pripelje do zmotnih zaključkov.		S PCR pa so se pojavili tudi nakateri tehnični problemi. Kontaminacija vzorca s tujim dednim materialom, ki lahko razmoži številne kopije nerelevantne DNA. Rezultat je pogosto neuporaben, včasih pa lahko pripelje do zmotnih zaključkov.
	Ključnega pomena za proces avtomatizacije je bila Taq polimeraza (Taq je okrajšava za Thermus aquaticus, bakterija ki preživi in se razmožuje v okolju, ki je za druge organizme smrtno). V nasprotju z drugimi polimerazami je encim, ki izvira iz Taq, stabilen pri visokih temperaturah. Tako z uporabo termostabilne polimeraze ni več potrebno dodajanje novega encima v vsakem ciklu.		Ključnega pomena za proces avtomatizacije je bila Taq polimeraza (Taq je okrajšava za Thermus aquaticus, bakterija ki preživi in se razmožuje v okolju, ki je za druge organizme smrtno). V nasprotju z drugimi polimerazami je encim, ki izvira iz Taq, stabilen pri visokih temperaturah. Tako z uporabo termostabilne polimeraze ni več potrebno dodajanje novega encima v vsakem ciklu.
	PCR izvajamo v natančnih [http://www.molecularstation.com/molecular-biology-images/data/509/pcr-machine.jpg termostatih], ki jim lahko določamo temperaturo, čas inkubacije,število ponovitev ciklov,... Pri klasični izvedbi po končani reakciji produkte analiziramo z [http://www.molecularstation.com/images/agarose-gel-electrophoresis.jpg elektroforezo v agaroznem gelu].		PCR izvajamo v natančnih [http://www.molecularstation.com/molecular-biology-images/data/509/pcr-machine.jpg termostatih], ki jim lahko določamo temperaturo, čas inkubacije,število ponovitev ciklov,... Pri klasični izvedbi po končani reakciji produkte analiziramo z [http://www.molecularstation.com/images/agarose-gel-electrophoresis.jpg elektroforezo v agaroznem gelu][http://talron.co.il/talron/new/images/pagemaster/pcr_td_figure1.jpg slika2].

	== Uporaba verižne polimerizacije ==		== Uporaba verižne polimerizacije ==

MC: /* Postopek */

2009-11-28T10:18:13Z

Postopek

← Older revision		Revision as of 10:18, 28 November 2009
Line 2:		Line 2:

	== Postopek ==		== Postopek ==
	Verižna polimerizacija vklučuje tri osnovne korake:		Verižna polimerizacija vklučuje tri osnovne korake [http://www.bio.miami.edu/~cmallery/150/gene/c7.20.7.pcr.jpg slika1]:
	1. Denaturacija genskega materiala – Z segrevanjem na 90-96°C za 20-30 sekund povzročimo razpad vodikovih vezi v dvojni vijačnici ter s tem dobimo enoverižno DNA.		1. Denaturacija genskega materiala – Z segrevanjem na 90-96°C za 20-30 sekund povzročimo razpad vodikovih vezi v dvojni vijačnici ter s tem dobimo enoverižno DNA.
	2. Prileganje – Z znižanjem temperature (na 37-55°C) omogočimo povezavo med začetnimi oligonukleotidi in matrico.		2. Prileganje – Z znižanjem temperature (na 37-55°C) omogočimo povezavo med začetnimi oligonukleotidi in matrico.

MC: /* Postopek */

2009-11-28T10:15:23Z

Postopek

← Older revision		Revision as of 10:15, 28 November 2009
Line 9:		Line 9:
	S PCR pa so se pojavili tudi nakateri tehnični problemi. Kontaminacija vzorca s tujim dednim materialom, ki lahko razmoži številne kopije nerelevantne DNA. Rezultat je pogosto neuporaben, včasih pa lahko pripelje do zmotnih zaključkov.		S PCR pa so se pojavili tudi nakateri tehnični problemi. Kontaminacija vzorca s tujim dednim materialom, ki lahko razmoži številne kopije nerelevantne DNA. Rezultat je pogosto neuporaben, včasih pa lahko pripelje do zmotnih zaključkov.
	Ključnega pomena za proces avtomatizacije je bila Taq polimeraza (Taq je okrajšava za Thermus aquaticus, bakterija ki preživi in se razmožuje v okolju, ki je za druge organizme smrtno). V nasprotju z drugimi polimerazami je encim, ki izvira iz Taq, stabilen pri visokih temperaturah. Tako z uporabo termostabilne polimeraze ni več potrebno dodajanje novega encima v vsakem ciklu.		Ključnega pomena za proces avtomatizacije je bila Taq polimeraza (Taq je okrajšava za Thermus aquaticus, bakterija ki preživi in se razmožuje v okolju, ki je za druge organizme smrtno). V nasprotju z drugimi polimerazami je encim, ki izvira iz Taq, stabilen pri visokih temperaturah. Tako z uporabo termostabilne polimeraze ni več potrebno dodajanje novega encima v vsakem ciklu.
	PCR izvajamo v natančnih termostatih, ki jim lahko določamo temperaturo, čas inkubacije,število ponovitev ciklov,... Pri klasični izvedbi po končani reakciji produkte analiziramo z [http://www.molecularstation.com/images/agarose-gel-electrophoresis.jpg elektroforezo v agaroznem gelu].		PCR izvajamo v natančnih [http://www.molecularstation.com/molecular-biology-images/data/509/pcr-machine.jpg termostatih], ki jim lahko določamo temperaturo, čas inkubacije,število ponovitev ciklov,... Pri klasični izvedbi po končani reakciji produkte analiziramo z [http://www.molecularstation.com/images/agarose-gel-electrophoresis.jpg elektroforezo v agaroznem gelu].

	== Uporaba verižne polimerizacije ==		== Uporaba verižne polimerizacije ==

MC: /* Postopek */

2009-11-28T10:11:53Z

Postopek

← Older revision		Revision as of 10:11, 28 November 2009
Line 9:		Line 9:
	S PCR pa so se pojavili tudi nakateri tehnični problemi. Kontaminacija vzorca s tujim dednim materialom, ki lahko razmoži številne kopije nerelevantne DNA. Rezultat je pogosto neuporaben, včasih pa lahko pripelje do zmotnih zaključkov.		S PCR pa so se pojavili tudi nakateri tehnični problemi. Kontaminacija vzorca s tujim dednim materialom, ki lahko razmoži številne kopije nerelevantne DNA. Rezultat je pogosto neuporaben, včasih pa lahko pripelje do zmotnih zaključkov.
	Ključnega pomena za proces avtomatizacije je bila Taq polimeraza (Taq je okrajšava za Thermus aquaticus, bakterija ki preživi in se razmožuje v okolju, ki je za druge organizme smrtno). V nasprotju z drugimi polimerazami je encim, ki izvira iz Taq, stabilen pri visokih temperaturah. Tako z uporabo termostabilne polimeraze ni več potrebno dodajanje novega encima v vsakem ciklu.		Ključnega pomena za proces avtomatizacije je bila Taq polimeraza (Taq je okrajšava za Thermus aquaticus, bakterija ki preživi in se razmožuje v okolju, ki je za druge organizme smrtno). V nasprotju z drugimi polimerazami je encim, ki izvira iz Taq, stabilen pri visokih temperaturah. Tako z uporabo termostabilne polimeraze ni več potrebno dodajanje novega encima v vsakem ciklu.
	PCR izvajamo v natančnih termostatih, ki jim lahko določamo temperaturo, čas inkubacije,število ponovitev ciklov,... Pri klasični izvedbi po končani reakciji produkte analiziramo z ~~elektroforezo v agaroznem gelu~~ [http://www.molecularstation.com/images/agarose-gel-electrophoresis.jpg].		PCR izvajamo v natančnih termostatih, ki jim lahko določamo temperaturo, čas inkubacije,število ponovitev ciklov,... Pri klasični izvedbi po končani reakciji produkte analiziramo z [http://www.molecularstation.com/images/agarose-gel-electrophoresis.jpg elektroforezo v agaroznem gelu].

	== Uporaba verižne polimerizacije ==		== Uporaba verižne polimerizacije ==

MC: /* Postopek */

2009-11-28T10:07:27Z

Postopek

← Older revision		Revision as of 10:07, 28 November 2009
Line 9:		Line 9:
	S PCR pa so se pojavili tudi nakateri tehnični problemi. Kontaminacija vzorca s tujim dednim materialom, ki lahko razmoži številne kopije nerelevantne DNA. Rezultat je pogosto neuporaben, včasih pa lahko pripelje do zmotnih zaključkov.		S PCR pa so se pojavili tudi nakateri tehnični problemi. Kontaminacija vzorca s tujim dednim materialom, ki lahko razmoži številne kopije nerelevantne DNA. Rezultat je pogosto neuporaben, včasih pa lahko pripelje do zmotnih zaključkov.
	Ključnega pomena za proces avtomatizacije je bila Taq polimeraza (Taq je okrajšava za Thermus aquaticus, bakterija ki preživi in se razmožuje v okolju, ki je za druge organizme smrtno). V nasprotju z drugimi polimerazami je encim, ki izvira iz Taq, stabilen pri visokih temperaturah. Tako z uporabo termostabilne polimeraze ni več potrebno dodajanje novega encima v vsakem ciklu.		Ključnega pomena za proces avtomatizacije je bila Taq polimeraza (Taq je okrajšava za Thermus aquaticus, bakterija ki preživi in se razmožuje v okolju, ki je za druge organizme smrtno). V nasprotju z drugimi polimerazami je encim, ki izvira iz Taq, stabilen pri visokih temperaturah. Tako z uporabo termostabilne polimeraze ni več potrebno dodajanje novega encima v vsakem ciklu.
	PCR izvajamo v natančnih termostatih, ki jim lahko določamo temperaturo, čas inkubacije,število ponovitev ciklov,... Pri klasični izvedbi po končani reakciji produkte analiziramo z elektroforezo v agaroznem gelu.		PCR izvajamo v natančnih termostatih, ki jim lahko določamo temperaturo, čas inkubacije,število ponovitev ciklov,... Pri klasični izvedbi po končani reakciji produkte analiziramo z elektroforezo v agaroznem gelu [http://www.molecularstation.com/images/agarose-gel-electrophoresis.jpg].

	== Uporaba verižne polimerizacije ==		== Uporaba verižne polimerizacije ==