Virusi pri arhejah - Revision history

Lbohorc: /* Morfologija */

2023-05-22T20:15:34Z

Morfologija

← Older revision		Revision as of 20:15, 22 May 2023
Line 18:		Line 18:
	Filamentni ali linearni virusi so najbolj pogosti virusi v ekstremnem geotermalnem okolju. Pri arhejah imajo, za razliko od bakterijskih in evkariontskih virusov, dvoverižno DNA. ''Lipothrixviridae'' so fleksibilni filamenti dolgi do 2000 nm. Vsak virion ima na koncu specifično strukturo. Zaradi majhne genetske podobnosti lahko viruse razdelimo v 4 skupine: alfa, beta, gama in delta. ''Rudiviridae'' so bolj paličasti, niso fleksibilni in nimajo ovoja. Rudivirusi imajo kontrolo nad razporeditvijo ligandov na površini, zato bi lahko bili uporabni kot nanodelci.		Filamentni ali linearni virusi so najbolj pogosti virusi v ekstremnem geotermalnem okolju. Pri arhejah imajo, za razliko od bakterijskih in evkariontskih virusov, dvoverižno DNA. ''Lipothrixviridae'' so fleksibilni filamenti dolgi do 2000 nm. Vsak virion ima na koncu specifično strukturo. Zaradi majhne genetske podobnosti lahko viruse razdelimo v 4 skupine: alfa, beta, gama in delta. ''Rudiviridae'' so bolj paličasti, niso fleksibilni in nimajo ovoja. Rudivirusi imajo kontrolo nad razporeditvijo ligandov na površini, zato bi lahko bili uporabni kot nanodelci.

	Družina ''Spiraviridae'' ima samo enega predstavnika ACV, ki ima obliko vzmeti. Krožna enoverižna DNA je prepletena tako, da nastane heliks. Skupaj s proteini tvori nukleoproteinski filament, ki je nato še dodatno skondenziran v cilindričen virion. Okrog ni ovoja.		Družina ''Spiraviridae'' ima samo enega predstavnika ACV, ki ima obliko vzmeti. Krožna enoverižna DNA je prepletena tako, da nastane heliks. Skupaj s proteini tvori nukleoproteinski filament, ki je nato še dodatno spiralasto skondenziran v cilindričen virion. Okrog ni ovoja.

	Sferične viruse delimo v dve skupini. Okrogli ''Globuloviridae'' imajo okrog ovoj, ki vsebuje lipide. Druga družina so ''Portogloboviridae'', ki imajo DNA skondenzirano v spiralasto zvit filament, ki jo obdaja lipidna membrana, okrog katere je ikozaedrična kapsida. Na stičiščih ploskev so strukture, ki se med posameznimi vrstami razlikujejo in so verjetno pomembne za prepoznavanje gostitelja. Pod proteinsko kapsido imajo lipidni monosloj.		Sferične viruse delimo v dve skupini. Okrogli ''Globuloviridae'' imajo okrog ovoj, ki vsebuje lipide. Druga družina so ''Portogloboviridae'', ki imajo DNA skondenzirano v spiralasto zvit filament, ki jo obdaja lipidna membrana, okrog katere je ikozaedrična kapsida. Na stičiščih ploskev so strukture, ki se med posameznimi vrstami razlikujejo in so verjetno pomembne za prepoznavanje gostitelja. Pod proteinsko kapsido imajo lipidni monosloj.

Lbohorc: /* Morfologija */

2023-05-22T20:10:54Z

Morfologija

← Older revision		Revision as of 20:10, 22 May 2023
Line 18:		Line 18:
	Filamentni ali linearni virusi so najbolj pogosti virusi v ekstremnem geotermalnem okolju. Pri arhejah imajo, za razliko od bakterijskih in evkariontskih virusov, dvoverižno DNA. ''Lipothrixviridae'' so fleksibilni filamenti dolgi do 2000 nm. Vsak virion ima na koncu specifično strukturo. Zaradi majhne genetske podobnosti lahko viruse razdelimo v 4 skupine: alfa, beta, gama in delta. ''Rudiviridae'' so bolj paličasti, niso fleksibilni in nimajo ovoja. Rudivirusi imajo kontrolo nad razporeditvijo ligandov na površini, zato bi lahko bili uporabni kot nanodelci.		Filamentni ali linearni virusi so najbolj pogosti virusi v ekstremnem geotermalnem okolju. Pri arhejah imajo, za razliko od bakterijskih in evkariontskih virusov, dvoverižno DNA. ''Lipothrixviridae'' so fleksibilni filamenti dolgi do 2000 nm. Vsak virion ima na koncu specifično strukturo. Zaradi majhne genetske podobnosti lahko viruse razdelimo v 4 skupine: alfa, beta, gama in delta. ''Rudiviridae'' so bolj paličasti, niso fleksibilni in nimajo ovoja. Rudivirusi imajo kontrolo nad razporeditvijo ligandov na površini, zato bi lahko bili uporabni kot nanodelci.

	Družina Spiraviridae ima samo enega predstavnika ACV, ki ima obliko vzmeti. Krožna enoverižna DNA je prepletena tako, da nastane heliks. Skupaj s proteini tvori nukleoproteinski filament, ki je nato še dodatno skondenziran v cilindričen virion. Okrog ni ovoja.		Družina ''Spiraviridae'' ima samo enega predstavnika ACV, ki ima obliko vzmeti. Krožna enoverižna DNA je prepletena tako, da nastane heliks. Skupaj s proteini tvori nukleoproteinski filament, ki je nato še dodatno skondenziran v cilindričen virion. Okrog ni ovoja.

	Sferične viruse delimo v dve skupini. Okrogli ''Globuloviridae'' imajo okrog ovoj, ki vsebuje lipide. Druga družina so ''Portogloboviridae'', ki imajo DNA skondenzirano v spiralasto zvit filament, ki jo obdaja lipidna membrana, okrog katere je ikozaedrična kapsida. Na stičiščih ploskev so strukture, ki se med posameznimi vrstami razlikujejo in so verjetno pomembne za prepoznavanje gostitelja. Pod proteinsko kapsido imajo lipidni monosloj.		Sferične viruse delimo v dve skupini. Okrogli ''Globuloviridae'' imajo okrog ovoj, ki vsebuje lipide. Druga družina so ''Portogloboviridae'', ki imajo DNA skondenzirano v spiralasto zvit filament, ki jo obdaja lipidna membrana, okrog katere je ikozaedrična kapsida. Na stičiščih ploskev so strukture, ki se med posameznimi vrstami razlikujejo in so verjetno pomembne za prepoznavanje gostitelja. Pod proteinsko kapsido imajo lipidni monosloj.

Lbohorc: /* Morfologija */

2023-05-22T20:06:09Z

Morfologija

← Older revision		Revision as of 20:06, 22 May 2023
Line 18:		Line 18:
	Filamentni ali linearni virusi so najbolj pogosti virusi v ekstremnem geotermalnem okolju. Pri arhejah imajo, za razliko od bakterijskih in evkariontskih virusov, dvoverižno DNA. ''Lipothrixviridae'' so fleksibilni filamenti dolgi do 2000 nm. Vsak virion ima na koncu specifično strukturo. Zaradi majhne genetske podobnosti lahko viruse razdelimo v 4 skupine: alfa, beta, gama in delta. ''Rudiviridae'' so bolj paličasti, niso fleksibilni in nimajo ovoja. Rudivirusi imajo kontrolo nad razporeditvijo ligandov na površini, zato bi lahko bili uporabni kot nanodelci.		Filamentni ali linearni virusi so najbolj pogosti virusi v ekstremnem geotermalnem okolju. Pri arhejah imajo, za razliko od bakterijskih in evkariontskih virusov, dvoverižno DNA. ''Lipothrixviridae'' so fleksibilni filamenti dolgi do 2000 nm. Vsak virion ima na koncu specifično strukturo. Zaradi majhne genetske podobnosti lahko viruse razdelimo v 4 skupine: alfa, beta, gama in delta. ''Rudiviridae'' so bolj paličasti, niso fleksibilni in nimajo ovoja. Rudivirusi imajo kontrolo nad razporeditvijo ligandov na površini, zato bi lahko bili uporabni kot nanodelci.

	Sferične viruse delimo v dve skupini. Okrogli ''Globuloviridae'' imajo okrog ovoj, ki vsebuje lipide. Druga ~~skupina~~ so Portogloboviridae, ki imajo DNA skondenzirano v spiralasto zvit filament, ki jo obdaja lipidna membrana, okrog katere je ikozaedrična kapsida. Na stičiščih ploskev so strukture, ki se med posameznimi vrstami razlikujejo in so verjetno pomembne za prepoznavanje gostitelja. Pod proteinsko kapsido imajo lipidni monosloj.		Družina Spiraviridae ima samo enega predstavnika ACV, ki ima obliko vzmeti. Krožna enoverižna DNA je prepletena tako, da nastane heliks. Skupaj s proteini tvori nukleoproteinski filament, ki je nato še dodatno skondenziran v cilindričen virion. Okrog ni ovoja.

			Sferične viruse delimo v dve skupini. Okrogli ''Globuloviridae'' imajo okrog ovoj, ki vsebuje lipide. Druga družina so ''Portogloboviridae'', ki imajo DNA skondenzirano v spiralasto zvit filament, ki jo obdaja lipidna membrana, okrog katere je ikozaedrična kapsida. Na stičiščih ploskev so strukture, ki se med posameznimi vrstami razlikujejo in so verjetno pomembne za prepoznavanje gostitelja. Pod proteinsko kapsido imajo lipidni monosloj.

	''Pleolipoviridae'' so sferični pleomorfični virusi brez kapside. To so membranski vezikli iz lipidov gostitelja. V membrani sta dve vrsti transmembranskih proteinov – notranje in zunanje koničaste ("spike") proteine. Eden izmed predstavnikov te družine je HRPV1, ki je edini znan virus z enoverižno DNA, ki lahko okuži arheje.		''Pleolipoviridae'' so sferični pleomorfični virusi brez kapside. To so membranski vezikli iz lipidov gostitelja. V membrani sta dve vrsti transmembranskih proteinov – notranje in zunanje koničaste ("spike") proteine. Eden izmed predstavnikov te družine je HRPV1, ki je edini znan virus z enoverižno DNA, ki lahko okuži arheje.

Lbohorc: /* Genom */

2023-05-22T19:47:47Z

Genom

← Older revision		Revision as of 19:47, 22 May 2023
Line 27:		Line 27:

	== Genom ==		== Genom ==
	Vsi virusi arhej vsebujejo linearen ali krožen DNA genom. Virusi z linearnim genomom imajo različne oblike zaščite in replikacije terminalnih koncev DNA. To so npr. lasnične zanke, terminalne obrnjene ponovitve, kovalentno vezani terminalni proteini... Pri večini virusov je DNA dvoverižna. Izjemi sta ~~na primer~~ na primer spiravirus ACV, ki ima največji genom med virusi z enoverižno DNA, ter pleolipovirus HRPV1. V narodnem parku Yellowstone, kjer se nahaja veliko arhej, so sicer že odkrili RNA viruse, a še ne vedo, če so gostitelji le-teh arheje. Virusi, ki so specifični za arheje, imajo manjši genom kot cosmopolitan virusi. Razlog za to so najverjetneje različni življenjski stili oziroma strategije za replikacijo genoma.		Vsi virusi arhej vsebujejo linearen ali krožen DNA genom. Virusi z linearnim genomom imajo različne oblike zaščite in replikacije terminalnih koncev DNA. To so npr. lasnične zanke, terminalne obrnjene ponovitve, kovalentno vezani terminalni proteini... Pri večini virusov je DNA dvoverižna. Izjemi sta na primer spiravirus ACV, ki ima največji genom med virusi z enoverižno DNA, ter pleolipovirus HRPV1. V narodnem parku Yellowstone, kjer se nahaja veliko arhej, so sicer že odkrili RNA viruse, a še ne vedo, če so gostitelji le-teh arheje. Virusi, ki so specifični za arheje, imajo manjši genom kot cosmopolitan virusi. Razlog za to so najverjetneje različni življenjski stili oziroma strategije za replikacijo genoma.

	== Mehanizmi genomske replikacije ==		== Mehanizmi genomske replikacije ==

Lbohorc: /* Genom */

2023-05-22T19:47:15Z

Genom

← Older revision		Revision as of 19:47, 22 May 2023
Line 27:		Line 27:

	== Genom ==		== Genom ==
	Vsi vsebujejo linearen ali krožen DNA genom. Virusi z linearnim genomom imajo različne oblike zaščite in replikacije terminalnih koncev DNA. To so npr. lasnične zanke, terminalne obrnjene ponovitve, kovalentno vezani terminalni proteini... DNA ~~je večinoma~~ dvoverižna. ~~Izjema je pri~~ HRPV1 ~~iz družine pleolipoviridae~~. V narodnem parku Yellowstone, kjer se nahaja veliko arhej, so sicer že odkrili RNA viruse, a še ne vedo, če so gostitelji le-teh arheje. Virusi, ki so specifični za arheje, imajo manjši genom.		Vsi virusi arhej vsebujejo linearen ali krožen DNA genom. Virusi z linearnim genomom imajo različne oblike zaščite in replikacije terminalnih koncev DNA. To so npr. lasnične zanke, terminalne obrnjene ponovitve, kovalentno vezani terminalni proteini... Pri večini virusov je DNA dvoverižna. Izjemi sta na primer na primer spiravirus ACV, ki ima največji genom med virusi z enoverižno DNA, ter pleolipovirus HRPV1. V narodnem parku Yellowstone, kjer se nahaja veliko arhej, so sicer že odkrili RNA viruse, a še ne vedo, če so gostitelji le-teh arheje. Virusi, ki so specifični za arheje, imajo manjši genom kot cosmopolitan virusi. Razlog za to so najverjetneje različni življenjski stili oziroma strategije za replikacijo genoma.

	== Mehanizmi genomske replikacije ==		== Mehanizmi genomske replikacije ==

Lbohorc: /* Morfologija */

2023-05-22T19:36:28Z

Morfologija

← Older revision		Revision as of 19:36, 22 May 2023
Line 12:		Line 12:
	'''Virusi, ki so specifični za arheje''' <br>		'''Virusi, ki so specifični za arheje''' <br>

	Viruse vretenaste oblike delimo v tri družine. V družino ''Fuselloviridae'' spada 9 vrst. Na enem izmed koničastih koncev imajo kratka in tanka vlakna, s pomočjo katerih se pritrdijo na gostiteljske celice. Preko vlaken se lahko več virionov poveže v rozetaste agregate. Izjemi sta virusa SSV6 in ASV1, ki jih s svojimi debelejšimi vlakni ne moreta tvoriti. Družina ''Bicaudaviridae'' ima samo enega predstavnika ATV, ki ima ~~na obeh koncih repke~~, a se ~~ti razvijejo~~ ekstracelularno oziroma zunaj gostitelja. ~~Ima dva cevasta repka~~ s sidrasto strukturo na koncu. Z njunim razvojem se volumen viriona zmanjša za dve tretjini. Pri nastanku najverjetneje sodeluje protein P800, ki s strukturo spominja na intermediarne filamente. Virusi družine ''Salterprovirus'' so po obliki sicer podobni fusellovirusom, a so genetsko popolnoma drugačni.		Viruse vretenaste oblike delimo v tri družine. V družino ''Fuselloviridae'' spada 9 vrst. Na enem izmed koničastih koncev imajo kratka in tanka vlakna, s pomočjo katerih se pritrdijo na gostiteljske celice. Preko vlaken se lahko več virionov poveže v rozetaste agregate. Izjemi sta virusa SSV6 in ASV1, ki jih s svojimi debelejšimi vlakni ne moreta tvoriti. Družina ''Bicaudaviridae'' ima samo enega predstavnika ATV, ki ima dva repka, ki se razvijeta ekstracelularno oziroma zunaj gostitelja. To sta dve cevasti strukturi s sidrasto strukturo na koncu. Z njunim razvojem se volumen viriona zmanjša za dve tretjini. Pri nastanku najverjetneje sodeluje protein P800, ki s strukturo spominja na intermediarne filamente. Virusi družine ''Salterprovirus'' so po obliki sicer podobni fusellovirusom, a so genetsko popolnoma drugačni.

	Virusi, ki so na enem delu širši, na drugem pa se zožajo, z obliko spominjajo na steklenico ali kapljico. Delimo jih v tri družine. Predstavnik ''Ampullaviridae'' je ABV, ki je strukturno eden najbolj kompleksnih virusov na sploh. Na širšem delu je 20 rigidnih filamentov, katerih funkcija je še neznana. Ogrodje predstavljajo dodatno zviti nukleoproteinski filamenti v toroidni obliki, okrog pa je lipidni ovoj. Predstavnik družine ''Clavaviridae'' je APBV1, ki je nekoliko bolj bacilaste oblike. Vsebuje krožno dvoverižno DNA, ki je velika samo 5278 bp in tako predstavlja najmanjši genom znanih prokariontskih virusov z dvoverižno DNA. V družino ''Guttaviridae'' spada SNDV, ki ~~ima~~ obliko ~~panja~~. Površina je rebrasta, koničast konec pa pokrivajo tanka vlakna.		Virusi, ki so na enem delu širši, na drugem pa se zožajo, z obliko spominjajo na steklenico ali kapljico. Delimo jih v tri družine. Predstavnik ''Ampullaviridae'' je ABV, ki je strukturno eden najbolj kompleksnih virusov na sploh. Na širšem delu je 20 rigidnih filamentov, katerih funkcija je še neznana. Ogrodje predstavljajo dodatno zviti nukleoproteinski filamenti v toroidni obliki, okrog pa je lipidni ovoj. Predstavnik družine ''Clavaviridae'' je APBV1, ki je nekoliko bolj bacilaste oblike. Vsebuje krožno dvoverižno DNA, ki je velika samo 5278 bp in tako predstavlja najmanjši genom znanih prokariontskih virusov z dvoverižno DNA. V družino ''Guttaviridae'' spada SNDV, ki s svojo obliko spominja na panj. Površina je rebrasta, koničast konec pa pokrivajo tanka vlakna.

	Filamentni ali linearni virusi so najbolj pogosti virusi v ekstremnem geotermalnem okolju. ''Lipothrixviridae'' so fleksibilni filamenti dolgi do 2000 nm. Vsak virion ima na koncu specifično strukturo. Zaradi majhne genetske podobnosti lahko viruse razdelimo v 4 skupine: alfa, beta, gama in delta. ''Rudiviridae'' so bolj paličasti in nimajo ovoja. Rudivirusi imajo kontrolo nad razporeditvijo ligandov na površini, zato bi lahko bili uporabni kot nanodelci.		Filamentni ali linearni virusi so najbolj pogosti virusi v ekstremnem geotermalnem okolju. Pri arhejah imajo, za razliko od bakterijskih in evkariontskih virusov, dvoverižno DNA. ''Lipothrixviridae'' so fleksibilni filamenti dolgi do 2000 nm. Vsak virion ima na koncu specifično strukturo. Zaradi majhne genetske podobnosti lahko viruse razdelimo v 4 skupine: alfa, beta, gama in delta. ''Rudiviridae'' so bolj paličasti, niso fleksibilni in nimajo ovoja. Rudivirusi imajo kontrolo nad razporeditvijo ligandov na površini, zato bi lahko bili uporabni kot nanodelci.

	Sferične viruse delimo v dve skupini. Okrogli ''Globuloviridae'' imajo okrog ovoj, ki vsebuje lipide. Druga skupina so Portogloboviridae, ki imajo DNA skondenzirano v spiralasto zvit filament, ki jo obdaja lipidna membrana, okrog katere je ikozaedrična kapsida. Na stičiščih ploskev so strukture, ki se med posameznimi vrstami razlikujejo in so verjetno pomembne za prepoznavanje gostitelja. Pod proteinsko kapsido imajo lipidni monosloj.		Sferične viruse delimo v dve skupini. Okrogli ''Globuloviridae'' imajo okrog ovoj, ki vsebuje lipide. Druga skupina so Portogloboviridae, ki imajo DNA skondenzirano v spiralasto zvit filament, ki jo obdaja lipidna membrana, okrog katere je ikozaedrična kapsida. Na stičiščih ploskev so strukture, ki se med posameznimi vrstami razlikujejo in so verjetno pomembne za prepoznavanje gostitelja. Pod proteinsko kapsido imajo lipidni monosloj.

	''Pleolipoviridae'' so sferični pleomorfični virusi brez kapside. To so membranski vezikli iz lipidov gostitelja. V membrani sta dve vrsti transmembranskih proteinov – notranje in zunanje. Eden izmed predstavnikov te družine je HRPV1, ki je edini znan virus z enoverižno DNA, ki lahko okuži arheje.		''Pleolipoviridae'' so sferični pleomorfični virusi brez kapside. To so membranski vezikli iz lipidov gostitelja. V membrani sta dve vrsti transmembranskih proteinov – notranje in zunanje koničaste ("spike") proteine. Eden izmed predstavnikov te družine je HRPV1, ki je edini znan virus z enoverižno DNA, ki lahko okuži arheje.

	'''Cosmopolitan virusi'''		'''Cosmopolitan virusi'''

Patricija Kolander: /* Strukturna genomika */

2023-05-22T19:00:11Z

Strukturna genomika

← Older revision		Revision as of 19:00, 22 May 2023
Line 36:		Line 36:
	== Strukturna genomika ==		== Strukturna genomika ==

	Zaradi pomanjkanja podobnosti med znanimi proteini in proteini, ki jih kodirajo arhealni virusi, je določanje njihovih funkcij zahtevno. Več kot četrtina proteinov teh virusov, katerih struktura je bila določena s krio-EM, rentgensko kristalografijo ali pa z NMR spektroskopijo, nima znanih homologov. Znanstveniki domnevajo, da so ti proteini specifični za uravnavanje interakcij med virusom in gostiteljem, kot je npr. inaktivacija obrambnih mehanizmov arhej. Čeprav so mehanizmi transkripcije precej podobni tistim pri evkariontih, so številni transkripcijski faktorji, ki jih kodirajo arheje in njihovi virusi bolj podobni bakterijskim, kar potrjujejo raziskave struktur teh proteinov. Strukturi proteina velike kapside in penton proteina pri nekem torrivirusu STIV sta namreč homologni določenim proteinom ikozaedričnih virusov, ki okužujejo evkarionte in bakterije. Iz tega pa sledijo teorije, da STIV pripada stari virusni liniji, ki bi lahko nastala še pred ločitvijo organizmov v domene arhej, bakterij in evkariontov. Raziskave posebnih zvitij proteinov velike kapside, ki so prisotna le pri rudivirusih in lipotrixvirusih pa so vodile v njihovo združenje v nov red Ligamenvirales.		Zaradi pomanjkanja podobnosti med znanimi proteini in proteini, ki jih kodirajo arhealni virusi, je določanje njihovih funkcij zahtevno. Več kot četrtina proteinov teh virusov, katerih struktura je bila določena s krio-EM, rentgensko kristalografijo ali pa z NMR spektroskopijo, nima znanih homologov. Znanstveniki domnevajo, da so ti proteini specifični za uravnavanje interakcij med virusom in gostiteljem, kot je npr. inaktivacija obrambnih mehanizmov arhej. Čeprav so mehanizmi transkripcije precej podobni tistim pri evkariontih, so številni transkripcijski faktorji, ki jih kodirajo arheje in njihovi virusi bolj podobni bakterijskim, kar potrjujejo raziskave struktur teh proteinov. Strukturi proteina velike kapside in penton proteina pri nekem torrivirusu STIV sta namreč homologni določenim proteinom ikozaedričnih virusov, ki okužujejo evkarionte in bakterije. Iz tega pa sledijo teorije, da STIV pripada stari virusni liniji, ki bi lahko nastala še pred ločitvijo organizmov v domene arhej, bakterij in evkariontov. Raziskave posebnih zvitij proteinov velike kapside, ki so prisotna le pri rudivirusih in lipotrixvirusih, pa so vodile v njihovo združenje v nov red Ligamenvirales.

	== Funkcijska genomika ==		== Funkcijska genomika ==

Patricija Kolander: /* Genom */

2023-05-22T18:58:31Z

Genom

← Older revision		Revision as of 18:58, 22 May 2023
Line 27:		Line 27:

	== Genom ==		== Genom ==
	Vsi vsebujejo linearen ali krožen DNA genom. Virusi z linearnim genomom imajo različne oblike zaščite in replikacije terminalnih koncev DNA. To so npr. lasnične zanke, terminalne obrnjene ponovitve, kovalentno vezani terminalni proteini... DNA je večinoma dvoverižna. Izjema je pri HRPV1 iz družine pleolipoviridae. V ~~Yellowstonu~~, kjer se nahaja veliko arhej, so sicer že odkrili RNA viruse, a še ne vedo, če so gostitelji le-teh arheje. Virusi, ki so specifični za arheje, imajo manjši genom.		Vsi vsebujejo linearen ali krožen DNA genom. Virusi z linearnim genomom imajo različne oblike zaščite in replikacije terminalnih koncev DNA. To so npr. lasnične zanke, terminalne obrnjene ponovitve, kovalentno vezani terminalni proteini... DNA je večinoma dvoverižna. Izjema je pri HRPV1 iz družine pleolipoviridae. V narodnem parku Yellowstone, kjer se nahaja veliko arhej, so sicer že odkrili RNA viruse, a še ne vedo, če so gostitelji le-teh arheje. Virusi, ki so specifični za arheje, imajo manjši genom.

	== Mehanizmi genomske replikacije ==		== Mehanizmi genomske replikacije ==

Patricija Kolander: /* Morfologija */

2023-05-22T18:58:04Z

Morfologija

← Older revision		Revision as of 18:58, 22 May 2023
Line 18:		Line 18:
	Filamentni ali linearni virusi so najbolj pogosti virusi v ekstremnem geotermalnem okolju. ''Lipothrixviridae'' so fleksibilni filamenti dolgi do 2000 nm. Vsak virion ima na koncu specifično strukturo. Zaradi majhne genetske podobnosti lahko viruse razdelimo v 4 skupine: alfa, beta, gama in delta. ''Rudiviridae'' so bolj paličasti in nimajo ovoja. Rudivirusi imajo kontrolo nad razporeditvijo ligandov na površini, zato bi lahko bili uporabni kot nanodelci.		Filamentni ali linearni virusi so najbolj pogosti virusi v ekstremnem geotermalnem okolju. ''Lipothrixviridae'' so fleksibilni filamenti dolgi do 2000 nm. Vsak virion ima na koncu specifično strukturo. Zaradi majhne genetske podobnosti lahko viruse razdelimo v 4 skupine: alfa, beta, gama in delta. ''Rudiviridae'' so bolj paličasti in nimajo ovoja. Rudivirusi imajo kontrolo nad razporeditvijo ligandov na površini, zato bi lahko bili uporabni kot nanodelci.

	Sferične viruse delimo v dve skupini. Okrogli ''Globuloviridae'' imajo okrog ovoj, ki vsebuje lipide. Druga skupina so Portogloboviridae, ki imajo DNA ~~zgoščeno~~ v spiralasto zvit filament, ki jo obdaja lipidna membrana, okrog katere je ikozaedrična kapsida. Na stičiščih ploskev so strukture, ki se med posameznimi vrstami razlikujejo in so verjetno pomembne za prepoznavanje gostitelja. Pod proteinsko kapsido imajo lipidni monosloj.		Sferične viruse delimo v dve skupini. Okrogli ''Globuloviridae'' imajo okrog ovoj, ki vsebuje lipide. Druga skupina so Portogloboviridae, ki imajo DNA skondenzirano v spiralasto zvit filament, ki jo obdaja lipidna membrana, okrog katere je ikozaedrična kapsida. Na stičiščih ploskev so strukture, ki se med posameznimi vrstami razlikujejo in so verjetno pomembne za prepoznavanje gostitelja. Pod proteinsko kapsido imajo lipidni monosloj.

	''Pleolipoviridae'' so sferični pleomorfični virusi brez kapside. To so membranski vezikli iz lipidov gostitelja. V membrani sta dve vrsti transmembranskih proteinov – notranje in zunanje. Eden izmed predstavnikov te družine je HRPV1, ki je edini znan virus z enoverižno DNA, ki lahko okuži arheje.		''Pleolipoviridae'' so sferični pleomorfični virusi brez kapside. To so membranski vezikli iz lipidov gostitelja. V membrani sta dve vrsti transmembranskih proteinov – notranje in zunanje. Eden izmed predstavnikov te družine je HRPV1, ki je edini znan virus z enoverižno DNA, ki lahko okuži arheje.

Patricija Kolander: /* Mehanizmi genomske replikacije */

2023-05-22T18:57:41Z

Mehanizmi genomske replikacije

← Older revision		Revision as of 18:57, 22 May 2023
Line 31:		Line 31:
	== Mehanizmi genomske replikacije ==		== Mehanizmi genomske replikacije ==

	Procesi replikacije genoma arhealnih virusov so precej neraziskani. Poleg krožeče in dvosmerne replikacije genomi teh virusov nakazujejo na do sedaj še ne poznane mehanizme. Rudivirus SIRV2 je eden redkih primerov arhealnih virusov, pri katerem so bili mehanizmi replikacije genoma eksperimentalno raziskani in ne določeni s sklepanjem iz podobnosti drugih vrst virusov. Med drugim so bili določeni rezolvaza Hollidayjevega križa gp35, gp17, ki se veže na enoverižno DNA, nukleaza gp19 in Rep protein gp16, ki je homologen endonukleazam krožeče-replikacijskega mehanizma (RCRE). Pri tem procesu podvajanje virusne DNA poteka enosmerno, s krožno DNA kot končnim produktom in je eden najpogostejših načinov replikacije genoma pri arhealnih virusih. V prvih stopnjah replikacije protein gp1 interagira s homologom PCNA (proliferacijski jedrni antigen celic), ki jo kodira gostiteljska arheja, iz česar sledi organizacija celičnega replisoma na virusni DNA. SIRV2 ne kodira DNA polimeraze, zato se zanaša na enega od paralogov gostiteljske DNA polimeraze Dpo1. Raziskave so pokazale, da SIRV2 uporabi različne mehanizme replikacije in tvori razvejane intermediate, velike do 1200 kb, a natančni procesi, ki potekajo pri teh replikacijskih mehanizmih niso še bili raziskani.		Procesi replikacije genoma arhealnih virusov so precej neraziskani. Poleg krožeče in dvosmerne replikacije genomi teh virusov nakazujejo na do sedaj še ne poznane mehanizme. Rudivirus SIRV2 je eden redkih primerov arhealnih virusov, pri katerem so bili mehanizmi replikacije genoma eksperimentalno raziskani in ne določeni s sklepanjem iz podobnosti drugih vrst virusov. Med drugim so bili določeni rezolvaza Hollidayjevega križa gp35, gp17, ki se veže na enoverižno DNA, nukleaza gp19 in Rep protein gp16, ki je homologen endonukleazam krožeče-replikacijskega mehanizma (RCRE). Pri tem procesu podvajanje virusne DNA poteka enosmerno, s krožno DNA kot končnim produktom in je eden najpogostejših načinov replikacije genoma pri arhealnih virusih. V prvih stopnjah replikacije protein gp1 interagira s homologom PCNA (proliferacijski jedrni antigen celic), ki jo kodira gostiteljska arheja, iz česar sledi organizacija celičnega replisoma na virusni DNA. SIRV2 ne kodira DNA polimeraze, zato se zanaša na enega od paralogov gostiteljske DNA polimeraze Dpo1. Raziskave so pokazale, da SIRV2 uporabi različne mehanizme replikacije in tvori razvejane intermediate, velike do 1200 kb, a natančni procesi, ki potekajo pri teh replikacijskih mehanizmih, niso še bili raziskani.
	Virusi z manjšimi genomi (5-50 kb) so običajno sposobni uporabiti replisom gostitelja. Izjeme so ampulavirusi, salterprovirus His1, pleolipovirus His2 in MetSV. Za replikacijo DNA takih virusov so v virusnem genomu najpogosteje kodirane helikaze. Zapise za te helikse, med drugim tudi replikativne helikaze za vzdrževanje minikromosomov (MCM), so virusi večkrat neodvisno pridobili iz gostiteljev. Ostali virusi – holoarhealni sifovirusi in miovirusi oz. virusi z večjimi genomi (več kot 100 kb) pa kodirajo skoraj celoten replisom. Zapise za proteine replisoma so virusi tekom evolucije prevzeli od arhej, obstajajo pa tudi primeri, kjer je so arheje prevzele virusne zapise za replisom.		Virusi z manjšimi genomi (5-50 kb) so običajno sposobni uporabiti replisom gostitelja. Izjeme so ampulavirusi, salterprovirus His1, pleolipovirus His2 in MetSV. Za replikacijo DNA takih virusov so v virusnem genomu najpogosteje kodirane helikaze. Zapise za te helikse, med drugim tudi replikativne helikaze za vzdrževanje minikromosomov (MCM), so virusi večkrat neodvisno pridobili iz gostiteljev. Ostali virusi – holoarhealni sifovirusi in miovirusi oz. virusi z večjimi genomi (več kot 100 kb), pa kodirajo skoraj celoten replisom. Zapise za proteine replisoma so virusi tekom evolucije prevzeli od arhej, obstajajo pa tudi primeri, kjer so arheje prevzele virusne zapise za replisom.

	== Strukturna genomika ==		== Strukturna genomika ==