Značilnosti kromosomskih ogrodij - Revision history

LukaKrmpotić: /* Nehistonski proteini */

2014-04-22T16:41:18Z

Nehistonski proteini

← Older revision		Revision as of 16:41, 22 April 2014
Line 29:		Line 29:

	==Nehistonski proteini==		==Nehistonski proteini==
	Nehistonski kromosomski proteini (mednje spadajo Scaffold proteini, DNA polimeraze, Heterochromatin Protein 1, Polycomb in drugi) so fosforilirani in de-fosforilirani znotraj nespremenjenega jedra z dvema neodvisnima tipoma reakcij, to je z protein kinazno reakcijo ki premakne terminalno fosfatno skupino različnih nukleozid in deoksinukleozid trifosfat na serinske in treoninske ostanke nehistonskih proteinov, in fosfatazno reakcijo ki cepi te fosfoserinske in fosfotreoninske vezi in sprosti anorganski fosfat. Več eksperimentov potrjuje hipotezo da je fosforilacija in defosforilacija teh proteinov povezana z genskimi kontrolnimi mehanizmi, recimo fosforilirani nehistonski proteini so tkivno specifični, spremembe v njihovi fosforilaciji pa so povezane s spremembami v strukturi kromatina in aktivnostjo genov. Adicija fosforiliranih nehistonskih proteinov in vitro poveča sintezo RNA in fosforilirani nehistonski proteini se specifično vežejo na DNA.[11]		Nehistonski kromosomski proteini (mednje spadajo Scaffold proteini, DNA polimeraze, Heterochromatin Protein 1, Polycomb in drugi) so fosforilirani in de-fosforilirani znotraj nespremenjenega jedra z dvema neodvisnima tipoma reakcij, to je z protein kinazno reakcijo ki premakne terminalno fosfatno skupino različnih nukleozid in deoksinukleozid trifosfat na serinske in treoninske ostanke nehistonskih proteinov, in fosfatazno reakcijo ki cepi te fosfoserinske in fosfotreoninske vezi in sprosti anorganski fosfat. Več eksperimentov potrjuje hipotezo da je fosforilacija in defosforilacija teh proteinov povezana z genskimi kontrolnimi mehanizmi, recimo fosforilirani nehistonski proteini so tkivno specifični, spremembe v njihovi fosforilaciji pa so povezane s spremembami v strukturi kromatina in aktivnostjo genov. Adicija fosforiliranih nehistonskih proteinov in vitro poveča sintezo RNA in fosforilirani nehistonski proteini se specifično vežejo na DNA.[7]

	===Heterokromatin Protein 1===		===Heterokromatin Protein 1===

LukaKrmpotić: /* Viri: */

2014-04-22T16:41:06Z

Viri:

← Older revision		Revision as of 16:41, 22 April 2014
Line 53:		Line 53:
	[6] “Histone H1 Plays a Role in Heterochromatin Formation and VSG Expression Sit...: DiKUL - Digitalna knjižnica Univerze v Ljubljani.” [Online]. Available: http://eds.a.ebscohost.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/eds/pdfviewer/pdfviewer?sid=b14ae6ba-fc97-453a-b9db-854a4b9ef5ae%40sessionmgr4005&vid=8&hid=4205. [Accessed: 20-Apr-2014].		[6] “Histone H1 Plays a Role in Heterochromatin Formation and VSG Expression Sit...: DiKUL - Digitalna knjižnica Univerze v Ljubljani.” [Online]. Available: http://eds.a.ebscohost.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/eds/pdfviewer/pdfviewer?sid=b14ae6ba-fc97-453a-b9db-854a4b9ef5ae%40sessionmgr4005&vid=8&hid=4205. [Accessed: 20-Apr-2014].

	[7] ~~Pollard~~, ~~T.D~~, ~~Cell Biology~~. ~~Philadelphia: Saunders. pp. 200–203., 2007~~		[7] Lewis J. Kleinsmith, "Phosphorylation of Non-histone Proteins in the Regulation of Chromosome Structure and Function", Department of zooloqy, University of Michigan, Ann Arbor, Michigan.

	[8] James, T.C. & S.C Elgin (1986). "Identification of a nonhistone chromosomal protein associated with heterochromatin in Drosophila melanogaster and its gene". Mol. Cell. Biol. 6 (11): 3862–3872.		[8] James, T.C. & S.C Elgin (1986). "Identification of a nonhistone chromosomal protein associated with heterochromatin in Drosophila melanogaster and its gene". Mol. Cell. Biol. 6 (11): 3862–3872.
Line 60:		Line 60:

	[10] Portoso M, Cavalli G (2008). "The Role of RNAi and Noncoding RNAs in Polycomb Mediated Control of Gene Expression and Genomic Programming". In Morris KV. RNA and the Regulation of Gene Expression: A Hidden Layer of Complexity. Caister Academic Press. pp. 29–44.		[10] Portoso M, Cavalli G (2008). "The Role of RNAi and Noncoding RNAs in Polycomb Mediated Control of Gene Expression and Genomic Programming". In Morris KV. RNA and the Regulation of Gene Expression: A Hidden Layer of Complexity. Caister Academic Press. pp. 29–44.

	~~[11] Lewis J. Kleinsmith, "Phosphorylation of Non-histone Proteins in the Regulation of Chromosome Structure and Function", Department of zooloqy, University of Michigan, Ann Arbor, Michigan.~~

	[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]		[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

LukaKrmpotić: /* Centromer */

2014-04-22T16:40:32Z

Centromer

← Older revision		Revision as of 16:40, 22 April 2014
Line 26:		Line 26:
	Družina H1 se deli še v dve poddružini to sta H1F in H1H1. V H1F spadajo H1F0, H1FNT,H1FOO in H1FX. V družino H1H1 pa HIST1H1A, HIST1H1B, HIST1H1C, HIST1H1D, HIST1H1E in HIST1H1T. Histoni H1 imajo tridelno strukturo. Dolžina tega proteina je od 190 pa do 350 aminokislinskih ostankov. Histoni H1 so bazični zaradi velikega deleža lizina in arginina. S to lastnostjo se lahko lažje vežejo na kislo naravnano verigo DNA.[4][5][6]		Družina H1 se deli še v dve poddružini to sta H1F in H1H1. V H1F spadajo H1F0, H1FNT,H1FOO in H1FX. V družino H1H1 pa HIST1H1A, HIST1H1B, HIST1H1C, HIST1H1D, HIST1H1E in HIST1H1T. Histoni H1 imajo tridelno strukturo. Dolžina tega proteina je od 190 pa do 350 aminokislinskih ostankov. Histoni H1 so bazični zaradi velikega deleža lizina in arginina. S to lastnostjo se lahko lažje vežejo na kislo naravnano verigo DNA.[4][5][6]

	~~==Centromer==~~
	Centromer je sekvenca DNA ki med delitvijo celic deluje kot pritrjevalna točka za proteine ki povežejo kromosom na mitotsko vreteno. Ta povezava je ključna za enakomerno in urejeno razporeditev kromosomskih setov na hčerinske celice. Centromeri Saccharomyces cerevisiae so bili izolirani in proučeni. Sekvence ključne za funkcijo centromerov so dolge približno 130bp ter zelo bogate z A=T pari. Centromerne sekvence višjih evkariontov so mnogo daljše in, za razliko od tistih pri kvasovkah, imajo večinoma enostavne sekvence DNA, ki vsebujejo tisoče zaporednih kopij ene ali več sekvenc od 5 do 10bp, v enaki orientaciji. Precizna vloga enostavnih zaporedij DNA v funkciji centromera še ni znana.[7]

	==Nehistonski proteini==		==Nehistonski proteini==

LukaKrmpotić: /* Viri: */

2014-04-22T16:32:09Z

Viri:

← Older revision		Revision as of 16:32, 22 April 2014
Line 62:		Line 62:
	[10] Portoso M, Cavalli G (2008). "The Role of RNAi and Noncoding RNAs in Polycomb Mediated Control of Gene Expression and Genomic Programming". In Morris KV. RNA and the Regulation of Gene Expression: A Hidden Layer of Complexity. Caister Academic Press. pp. 29–44.		[10] Portoso M, Cavalli G (2008). "The Role of RNAi and Noncoding RNAs in Polycomb Mediated Control of Gene Expression and Genomic Programming". In Morris KV. RNA and the Regulation of Gene Expression: A Hidden Layer of Complexity. Caister Academic Press. pp. 29–44.

			[11] Lewis J. Kleinsmith, "Phosphorylation of Non-histone Proteins in the Regulation of Chromosome Structure and Function", Department of zooloqy, University of Michigan, Ann Arbor, Michigan.

	[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]		[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

LukaKrmpotić: /* Nehistonski proteini */

2014-04-22T16:28:37Z

Nehistonski proteini

← Older revision		Revision as of 16:28, 22 April 2014
Line 30:		Line 30:

	==Nehistonski proteini==		==Nehistonski proteini==
			Nehistonski kromosomski proteini (mednje spadajo Scaffold proteini, DNA polimeraze, Heterochromatin Protein 1, Polycomb in drugi) so fosforilirani in de-fosforilirani znotraj nespremenjenega jedra z dvema neodvisnima tipoma reakcij, to je z protein kinazno reakcijo ki premakne terminalno fosfatno skupino različnih nukleozid in deoksinukleozid trifosfat na serinske in treoninske ostanke nehistonskih proteinov, in fosfatazno reakcijo ki cepi te fosfoserinske in fosfotreoninske vezi in sprosti anorganski fosfat. Več eksperimentov potrjuje hipotezo da je fosforilacija in defosforilacija teh proteinov povezana z genskimi kontrolnimi mehanizmi, recimo fosforilirani nehistonski proteini so tkivno specifični, spremembe v njihovi fosforilaciji pa so povezane s spremembami v strukturi kromatina in aktivnostjo genov. Adicija fosforiliranih nehistonskih proteinov in vitro poveča sintezo RNA in fosforilirani nehistonski proteini se specifično vežejo na DNA.[11]

	===Heterokromatin Protein 1===		===Heterokromatin Protein 1===
	HP1 ~~so nehistonski proteini (mednje spadajo tudi Scaffold proteini, DNA polimeraze, Heterochromatin Protein 1, Polycomb in drugi~~) Družina heterokromatinskih proteinov je evolucijsko konzervativna, in ima pomembno funkcijo v celičnem jedru. Te funkcije vključujejo zaviranje izražanja genov z formacijo heterokromatina, transkripcijsko aktivacijo, regulacijo vezanja kohezijskih kompleksov na centromer, vzdrževanje heterokromatina, gensko represijo pri enem nukleosomu ter gensko represijo z heterokromatizacijo eukromatina. HP1 proteini so ključne enote heterokromatinskega pakiranja ki jih je veliko pri centromerih in telomerazah skoraj vseh evkariontskih kromosomov z izjemo kvasovk, kjer podobno vlogo igrajo drugi proteini (yeast-specific silencing complex of silent information regulation). HP1 je bil odkrit leta 1986.[8]		(HP1) Družina heterokromatinskih proteinov je evolucijsko konzervativna, in ima pomembno funkcijo v celičnem jedru. Te funkcije vključujejo zaviranje izražanja genov z formacijo heterokromatina, transkripcijsko aktivacijo, regulacijo vezanja kohezijskih kompleksov na centromer, vzdrževanje heterokromatina, gensko represijo pri enem nukleosomu ter gensko represijo z heterokromatizacijo eukromatina. HP1 proteini so ključne enote heterokromatinskega pakiranja ki jih je veliko pri centromerih in telomerazah skoraj vseh evkariontskih kromosomov z izjemo kvasovk, kjer podobno vlogo igrajo drugi proteini (yeast-specific silencing complex of silent information regulation). HP1 je bil odkrit leta 1986.[8]

	===Scaffold proteini===		===Scaffold proteini===
Line 37:		Line 39:

	===Polycomb-group proteins===		===Polycomb-group proteins===
	so proteini ki preoblikujejo kromatin tako da nastopi epigenetsko utišanje nekaterih genov. Naprimer v vinskih mušicah med embrionalnim razvojem ~~utišajo določene gene z preoblikovanjem kromatina~~.[10]		so proteini ki preoblikujejo kromatin tako da nastopi epigenetsko utišanje nekaterih genov. Naprimer v vinskih mušicah to naredijo med embrionalnim razvojem.[10]

	==Viri:==		==Viri:==

LukaKrmpotić: /* Viri: */

2014-04-20T21:40:10Z

Viri:

← Older revision		Revision as of 21:40, 20 April 2014
Line 54:		Line 54:
	[7] Pollard, T.D, Cell Biology. Philadelphia: Saunders. pp. 200–203., 2007		[7] Pollard, T.D, Cell Biology. Philadelphia: Saunders. pp. 200–203., 2007

	[9] James, T.C. & S.C Elgin (1986). "Identification of a nonhistone chromosomal protein associated with heterochromatin in Drosophila melanogaster and its gene". Mol. Cell. Biol. 6 (11): 3862–3872.		[8] James, T.C. & S.C Elgin (1986). "Identification of a nonhistone chromosomal protein associated with heterochromatin in Drosophila melanogaster and its gene". Mol. Cell. Biol. 6 (11): 3862–3872.

	[10] Shaw, A.S. and E.L. Filbert, Scaffold proteins and immune-cell signalling. Nat Rev Immunol, 2009. 9(1): p. 47–56.		[9] Shaw, A.S. and E.L. Filbert, Scaffold proteins and immune-cell signalling. Nat Rev Immunol, 2009. 9(1): p. 47–56.

	[8] Portoso M, Cavalli G (2008). "The Role of RNAi and Noncoding RNAs in Polycomb Mediated Control of Gene Expression and Genomic Programming". In Morris KV. RNA and the Regulation of Gene Expression: A Hidden Layer of Complexity. Caister Academic Press. pp. 29–44.		[10] Portoso M, Cavalli G (2008). "The Role of RNAi and Noncoding RNAs in Polycomb Mediated Control of Gene Expression and Genomic Programming". In Morris KV. RNA and the Regulation of Gene Expression: A Hidden Layer of Complexity. Caister Academic Press. pp. 29–44.


	[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]		[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

LukaKrmpotić: /* Viri: */

2014-04-20T21:39:55Z

Viri:

← Older revision		Revision as of 21:39, 20 April 2014
Line 53:		Line 53:

	[7] Pollard, T.D, Cell Biology. Philadelphia: Saunders. pp. 200–203., 2007		[7] Pollard, T.D, Cell Biology. Philadelphia: Saunders. pp. 200–203., 2007

			[9] James, T.C. & S.C Elgin (1986). "Identification of a nonhistone chromosomal protein associated with heterochromatin in Drosophila melanogaster and its gene". Mol. Cell. Biol. 6 (11): 3862–3872.

			[10] Shaw, A.S. and E.L. Filbert, Scaffold proteins and immune-cell signalling. Nat Rev Immunol, 2009. 9(1): p. 47–56.

			[8] Portoso M, Cavalli G (2008). "The Role of RNAi and Noncoding RNAs in Polycomb Mediated Control of Gene Expression and Genomic Programming". In Morris KV. RNA and the Regulation of Gene Expression: A Hidden Layer of Complexity. Caister Academic Press. pp. 29–44.


	[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]		[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

LukaKrmpotić: /* Nehistonski proteini */

2014-04-20T21:37:11Z

Nehistonski proteini

← Older revision		Revision as of 21:37, 20 April 2014
Line 31:		Line 31:
	==Nehistonski proteini==		==Nehistonski proteini==
	===Heterokromatin Protein 1===		===Heterokromatin Protein 1===
	HP1 so nehistonski proteini (mednje spadajo tudi Scaffold proteini, DNA polimeraze, Heterochromatin Protein 1, Polycomb in drugi) Družina heterokromatinskih proteinov je evolucijsko konzervativna, in ima pomembno funkcijo v celičnem jedru. Te funkcije vključujejo zaviranje izražanja genov z formacijo heterokromatina, transkripcijsko aktivacijo, regulacijo vezanja kohezijskih kompleksov na centromer, vzdrževanje heterokromatina, gensko represijo pri enem nukleosomu ter gensko represijo z heterokromatizacijo eukromatina. HP1 proteini so ključne enote heterokromatinskega pakiranja ki jih je veliko pri centromerih in telomerazah skoraj vseh evkariontskih kromosomov z izjemo kvasovk, kjer podobno vlogo igrajo drugi proteini (yeast-specific silencing complex of silent information regulation). HP1 je bil odkrit leta 1986.		HP1 so nehistonski proteini (mednje spadajo tudi Scaffold proteini, DNA polimeraze, Heterochromatin Protein 1, Polycomb in drugi) Družina heterokromatinskih proteinov je evolucijsko konzervativna, in ima pomembno funkcijo v celičnem jedru. Te funkcije vključujejo zaviranje izražanja genov z formacijo heterokromatina, transkripcijsko aktivacijo, regulacijo vezanja kohezijskih kompleksov na centromer, vzdrževanje heterokromatina, gensko represijo pri enem nukleosomu ter gensko represijo z heterokromatizacijo eukromatina. HP1 proteini so ključne enote heterokromatinskega pakiranja ki jih je veliko pri centromerih in telomerazah skoraj vseh evkariontskih kromosomov z izjemo kvasovk, kjer podobno vlogo igrajo drugi proteini (yeast-specific silencing complex of silent information regulation). HP1 je bil odkrit leta 1986.[8]

	===Scaffold proteini===		===Scaffold proteini===
	Scaffold proteini so regulatorji mnogih signalnih poti. Njihova funkcija ni točno določena, znano pa je da interagirajo z več členov signalne poti, in jih povezujejo v komplekse. V teh signalnih poteh regulirajo potovanje signala ter s povezovanjem v komplekse pomagajo pri lokalizaciji različnih komponent.		Scaffold proteini so regulatorji mnogih signalnih poti. Njihova funkcija ni točno določena, znano pa je da interagirajo z več členov signalne poti, in jih povezujejo v komplekse. V teh signalnih poteh regulirajo potovanje signala ter s povezovanjem v komplekse pomagajo pri lokalizaciji različnih komponent.[9]

	===Polycomb-group proteins===		===Polycomb-group proteins===
	so proteini ki preoblikujejo kromatin tako da nastopi epigenetsko utišanje nekaterih genov. Naprimer v vinskih mušicah med embrionalnim razvojem utišajo določene gene z preoblikovanjem kromatina.		so proteini ki preoblikujejo kromatin tako da nastopi epigenetsko utišanje nekaterih genov. Naprimer v vinskih mušicah med embrionalnim razvojem utišajo določene gene z preoblikovanjem kromatina.[10]

	==Viri:==		==Viri:==

LukaKrmpotić: /* Centromer */

2014-04-20T21:36:42Z

Centromer

← Older revision		Revision as of 21:36, 20 April 2014
Line 27:		Line 27:

	==Centromer==		==Centromer==
	Centromer je sekvenca DNA ki med delitvijo celic deluje kot pritrjevalna točka za proteine ki povežejo kromosom na mitotsko vreteno. Ta povezava je ključna za enakomerno in urejeno razporeditev kromosomskih setov na hčerinske celice. Centromeri Saccharomyces cerevisiae so bili izolirani in proučeni. Sekvence ključne za funkcijo centromerov so dolge približno 130bp ter zelo bogate z A=T pari. Centromerne sekvence višjih evkariontov so mnogo daljše in, za razliko od tistih pri kvasovkah, imajo večinoma enostavne sekvence DNA, ki vsebujejo tisoče zaporednih kopij ene ali več sekvenc od 5 do 10bp, v enaki orientaciji. Precizna vloga enostavnih zaporedij DNA v funkciji centromera še ni znana.		Centromer je sekvenca DNA ki med delitvijo celic deluje kot pritrjevalna točka za proteine ki povežejo kromosom na mitotsko vreteno. Ta povezava je ključna za enakomerno in urejeno razporeditev kromosomskih setov na hčerinske celice. Centromeri Saccharomyces cerevisiae so bili izolirani in proučeni. Sekvence ključne za funkcijo centromerov so dolge približno 130bp ter zelo bogate z A=T pari. Centromerne sekvence višjih evkariontov so mnogo daljše in, za razliko od tistih pri kvasovkah, imajo večinoma enostavne sekvence DNA, ki vsebujejo tisoče zaporednih kopij ene ali več sekvenc od 5 do 10bp, v enaki orientaciji. Precizna vloga enostavnih zaporedij DNA v funkciji centromera še ni znana.[7]

	==Nehistonski proteini==		==Nehistonski proteini==

LukaKrmpotić: /* Viri: */

2014-04-20T21:36:25Z

Viri:

← Older revision		Revision as of 21:36, 20 April 2014
Line 51:		Line 51:

	[6] “Histone H1 Plays a Role in Heterochromatin Formation and VSG Expression Sit...: DiKUL - Digitalna knjižnica Univerze v Ljubljani.” [Online]. Available: http://eds.a.ebscohost.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/eds/pdfviewer/pdfviewer?sid=b14ae6ba-fc97-453a-b9db-854a4b9ef5ae%40sessionmgr4005&vid=8&hid=4205. [Accessed: 20-Apr-2014].		[6] “Histone H1 Plays a Role in Heterochromatin Formation and VSG Expression Sit...: DiKUL - Digitalna knjižnica Univerze v Ljubljani.” [Online]. Available: http://eds.a.ebscohost.com.nukweb.nuk.uni-lj.si/eds/pdfviewer/pdfviewer?sid=b14ae6ba-fc97-453a-b9db-854a4b9ef5ae%40sessionmgr4005&vid=8&hid=4205. [Accessed: 20-Apr-2014].

			[7] Pollard, T.D, Cell Biology. Philadelphia: Saunders. pp. 200–203., 2007

	[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]		[[Category:SEM]] [[Category:BMB]]