TBK2018-seminar

Temelji biokemije- seminar

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita. Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena. Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih. Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan tukaj.

Seznam seminarjev

Ime in priimek	Naslov seminarja	Povezava	Rok za oddajo	Rok za recenzijo	Datum predstavitve	Recenzent 1	Recenzent 2	Recenzent 3
Anna Scott	Moj naslov v slovenščini	http://www.bioscirep.org/content/36/1/e00291.long	28.10.	05.11.	07.11.	r1	r2	r3
Doroteja Armič	Pretvorba mišjih fibroblastov v pluripotentne matične celice s pomočjo tehnologije CRISPR	https://www.sciencedaily.com/releases/2018/01/180118162449.htm	27.02.	02.03.	05.03.	Martina Lokar	Liza Ulčakar	Zoja Siter
Valeriya Musina	Metalopeptid bakrov(II) fenantrolin tarčno onemogoči delovanje mitohondrijev v matičnih celicah raka dojke	https://www.sciencedaily.com/releases/2017/12/171213124751.htm	27.02.	02.03.	05.03.	Nika Boštic	Tiana Karmen Kokalj	Aljaž Bratina
Dea Simonič	Sprožilci avtoimunskih bolezni in vzroki za nekontrolirano širjenje le-teh po telesu	https://www.sciencedaily.com/releases/2017/08/170824141207.htm	27.02.	02.03.	05.03.	Sumeja Kudelić	Jernej Imperl	Anamarija Agnič
Neža Štremfelj	Delovanje inzulinskih receptorjev	https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180219103256.htm	27.02.	02.03.	05.03.	Luka Gnidovec	Matija Ruparčič	Simona Gorgievska
Gašper Komatar	Tvorba kompleksa receptorjev ApoER2, ephirinB2 in AMPAR, ki jih povezuje GRIP1, sodeluje pri tvorbi spomina	https://www.sciencedaily.com/releases/2017/10/171009093207.htm	06.03.	09.03.	12.03.	Lara Hrvatin	Tiana Karmen Kokalj	Matej Jereb
Marko Pavleković	Prehajanje imunskih celic, povzročiteljic multiple skleroze, skozi krvno-možgansko pregrado	https://www.sciencedaily.com/releases/2017/11/171121155811.htm	06.03.	09.03.	12.03.	Klementina Polanec	Meta Kodrič	Lara Drinovec
Laura Gašperšič	Alzheimerjeva bolezen: povrnitev zmožnosti pomnjenja z inhibicijo interakcije med Sp3 in HDAC2	https://www.sciencedaily.com/releases/2017/08/170808150001.htm	06.03.	09.03.	12.03.	Karmen Mlinar	Ana Menegalija	Maks Kumek
Rebeka Dajčman	Več mehanizmov poganja dinamiko kalcijevega signala okoli lasersko povzročene rane epitelija	https://www.sciencedaily.com/releases/2017/10/171003124646.htm	06.03.	09.03.	12.03.	Ula Nikolaja Ratajec	Andreja Marija Belič	Neža Blaznik
Maja Škof	Pomen S-proteinov pri prilagajanju koronavirusov na okolje.	https://www.sciencedaily.com/releases/2017/11/171127105937.htm	13.03.	16.03.	19.03.	Doroteja Armič	Barbara Jaklič	Liza Ulčakar
Tina Kolenc Milavec	Vezava kalcija na karboksilni konec α-sinukleina uravnava interakcije med sinaptičnimi vezikli	https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180219071758.htm	13.03.	16.03.	19.03.	Valeriya Musina	Eva Gartner	Jana Rajchevska
Tina Zavodnik	Disfunkcionalni mitohondriji s pomočjo ROS zavirajo translacijsko aktivnost	https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180202112629.htm	13.03.	16.03.	19.03.	Dea Simonič	Martina Lokar	Jernej Imperl
Tadej Medved	Identifikacija vezavnih mest proteinov WASP na aktinski ojedritveni kompleks Arp2/3	https://www.sciencedaily.com/releases/2018/03/180305130632.htm	13.03.	16.03.	19.03.	Neža Štremfelj	Nika Boštic	Matija Ruparčič
Bogdan Jovićević			20.03.	23.03.	26.03.	Laura Gašperšič	Lara Hrvatin	Ana Menegalija
Polona Kalan		https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180214111055.htm	20.03.	23.03.	26.03.	Rebeka Dajčman	Klementina Polanec	Andreja Marija Belič
Liza Praznik	Vpliv šaperono Skp in SurA na zvijanje proteinov FhuA v terciarno strukturo	https://www.sciencedaily.com/releases/2015/09/150907113757.htm	20.03.	23.03.	26.03.	Maja Škof	Karmen Mlinar	Barbara Jaklič
Anže Šumah	Razvoj genskega senzorja za uničevanje celic s pomanjkanjem proteina p53	https://www.sciencedaily.com/releases/2017/11/171114104201.htm	20.03.	23.03.	26.03.	Tina Kolenc Milavec	Ula Nikolaja Ratajec	Eva Gartner
Neža Žerjav	Dodajanje enega samega nukleotida omejuje aktivnost človeške telomeraze	https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180227142114.htm	03.04.	06.04.	09.04.	Tina Zavodnik	Doroteja Armič	Martina Lokar
Urša Štrancar	Predstavitev združitve avtofagosoma in lizosoma s pomočjo supermolekularnega para FRET	https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180219103254.htm	03.04.	06.04.	09.04.	Tadej Medved	Valeriya Musina	Nika Boštic
Zoja Siter			03.04.	06.04.	09.04.	Neža Žerjav	Dea Simonič	Sumeja Kudelić
Aljaž Bratina	Intrinzična destabilizacija ribosoma	https://www.sciencedaily.com/releases/2017/11/171120101314.htm	03.04.	06.04.	09.04.	Anastasija Nechevska	Neža Štremfelj	Luka Gnidovec
Anamarija Agnič	ATP-aza P4 s premeščanjem fosfolipidov uravnava uvihanost membrane	https://www.sciencedaily.com/releases/2018/03/180329141014.htm	10.04.	13.04.	16.04.	Bogdan Jovićević	Sumeja Kudelić	Lara Hrvatin
Simona Gorgievska	Optical tools to detect metabolic changes linked to disease	https://www.sciencedaily.com/releases/2018/03/180307161351.htm	10.04.	13.04.	16.04.	Polona Kalan	Marko Pavleković	Klementina Polanec
Matej Jereb	Gradnja človeške pluripotentne matične celice v funkcionalno skeletno mišično tkivo	https://www.sciencedaily.com/releases/2018/01/180109104707.htm	10.04.	13.04.	16.04.	Liza Praznik	Laura Gašperšič	Karmen Mlinar
Lara Drinovec	Tavrin pomaga obnoviti zaradi multiple skleroze poškodovane celice	https://www.sciencedaily.com/releases/2017/12/171208143024.htm	10.04.	13.04.	16.04.	Anže Šumah	Rebeka Dajčman	Ula Nikolaja Ratajec
Maks Kumek	Dinamični izvor sprememb specifčne toplote v encimsko kataliziranih reakcijah	https://www.sciencedaily.com/releases/2018/03/180321090854.htm	17.04.	20.04.	23.04.	Marko Pavleković	Maja Škof	Doroteja Armič
Neža Blaznik	Glikozilirana sialična kislina na protitelesu IgA inhibira virus influence tipa A	https://www.sciencedaily.com/releases/2018/04/180403111203.htm	17.04.	20.04.	23.04.	Urša Štrancar	Tina Kolenc Milavec	Valeriya Musina
Liza Ulčakar	Kombinirana DNA-RNA/antigen nanocepiva - učinkovita imunoterapevtska metoda	https://www.sciencedaily.com/releases/2017/11/171129163851.htm	17.04.	20.04.	23.04.	Zoja Siter	Tina Zavodnik	Dea Simonič
Anastasija Nechevska		https://www.sciencedaily.com/releases/2018/03/180319155730.htm	17.04.	20.04.	23.04.	Aljaž Bratina	Tadej Medved	Neža Štremfelj
Jernej Imperl	Optimizacija protimikrobnih peptidov s pomočjo virtualnih metod	https://www.sciencedaily.com/releases/2018/04/180416085922.htm	23.04.	26.04.	07.05.	Anamarija Agnič	Neža Žerjav	Luka Gnidovec
Matija Ruparčič	Od strupenih kompleksov do zlatih zrnc s Cupriavidus metallidurans	https://www.sciencedaily.com/releases/2018/01/180131095453.htm	23.04.	26.04.	07.05.	Simona Gorgievska	Anastasija Nechevska	Marko Pavleković
Tiana Karmen Kokalj	B-1a limfociti spodbujajo oligodendrogenezo med razvojem možganov	https://www.sciencedaily.com/releases/2018/03/180313091702.htm	23.04.	26.04.	07.05.	Matej Jereb	Bogdan Jovićević	Laura Gašperšič
Meta Kodrič	Naključna izboljšava bakterijskega encima za razgradnjo plastike	https://www.sciencedaily.com/releases/2018/04/180416155619.htm	23.04.	26.04.	07.05.	Lara Drinovec	Polona Kalan	Rebeka Dajčman
Ana Menegalija	METTL3 nova potencialna terapevtska tarča pri akutni mieloični levkemiji	https://www.sciencedaily.com/releases/2017/11/171127135838.htm	08.05.	11.05.	14.05.	Maks Kumek	Liza Praznik	Maja Škof
Andreja Marija Belič			08.05.	11.05.	14.05.	Neža Blaznik	Anže Šumah	Tina Kolenc Milavec
Barbara Jaklič	I-motif DNA strukture nastajajo tudi v jedrih človeških celic	https://www.sciencedaily.com/releases/2018/04/180423135054.htm	08.05.	11.05.	14.05.	Liza Ulčakar	Meta Kodrič	Tina Zavodnik
Eva Gartner	Vloga neobičajnega prohibitina pri regulaciji mitohondrijskega membranskega potenciala in razvoju malarije.	https://www.sciencedaily.com/releases/2018/04/180418111615.htm	08.05.	11.05.	14.05.	Gašper Komatar	Urša Štrancar	Tadej Medved
Martina Lokar	Mitohondrijska povratna signalizacija pri sesalcih je uravnavana s transkripcijskim kofaktorjem GPS2 preko direktne translokacije od mitohondrija do jedra	https://www.sciencedaily.com/releases/2018/03/180301144138.htm	15.05.	18.05.	21.05.	Jernej Imperl	Zoja Siter	Neža Žerjav
Nika Boštic	Oksidativni stres kontrolira apoptozo regulatornih celic T in njihovo zaviralno aktivnost ter odpornost na blokado PD-L1 v tumorjih	https://www.sciencedaily.com/releases/2017/10/171030154424.htm	15.05.	18.05.	21.05.	Matija Ruparčič	Aljaž Bratina	Anastasija Nechevska
Sumeja Kudelić	Kolaboranti alergijskih reakcij	https://www.sciencedaily.com/releases/2017/12/171221122927.htm	15.05.	18.05.	21.05.	Tiana Karmen Kokalj	Anamarija Agnič	Bogdan Jovićević
Luka Gnidovec	Fibrinogen aktivira BMP signalizacijo v oligodendrocitskih predhodnih celicah in inhibira remielinacijo	https://www.sciencedaily.com/releases/2017/11/171102124907.htm	15.05.	18.05.	21.05.	Meta Kodrič	Simona Gorgievska	Polona Kalan
Lara Hrvatin	Nihanje koncentracije, temperature in pH omogoča prebiotično sintezo nukleozidov	https://www.sciencedaily.com/releases/2018/01/180117131129.htm	22.05.	25.05.	28.05.	Ana Menegalija	Matej Jereb	Liza Praznik
Klementina Polanec	Knjižnica lantipeptidov v pomoč pri iskanju inhibitorja interakcije protein-protein	https://www.sciencedaily.com/releases/2018/03/180312115405.htm	22.05.	25.05.	28.05.	Andreja Marija Belič	Lara Drinovec	Anže Šumah
Karmen Mlinar	Učinkovito in vivo zdravljenje ALI s spiralnimi, amfipatičnimi, peptoidnimi posnemalci proteinov v pljučnem surfaktantu	https://www.sciencedaily.com/releases/2018/05/180501085533.htm	22.05.	25.05.	28.05.	Barbara Jaklič	Maks Kumek	Gašper Komatar
Ula Nikolaja Ratajec		https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180208141346.htm	22.05.	25.05.	28.05.	Eva Gartner	Neža Blaznik	Urša Štrancar
rezerva			29.05.	01.06.	04.06.

Naloga

• samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu ScienceDaily, ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2016. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
• članke na temo lahko iščete z Google učenjakom.
• naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
• Povzetek seminarja opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
• Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
• Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
• Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
• Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo tega obrazca.
• vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni tukaj.
• Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
• Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
• Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
• En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
• Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

Imena datotek

Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš! Poslati morate naslednje datoteke:

• TBK_2018_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor.docx
• TBK_2018_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
• TBK_2018_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
• TBK_2018_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2017_Guncar_Gregor.pptx
• TBK_2018_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2017_Guncar_Gregor_clanek.pdf

Ocenjevanje seminarjev

Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [recenzentsko poročilo] na spletu.

Mnenje o predstavitvi

Vsak posameznik mora oceniti seminar tako, da odda svoje mnenje najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja ne sme oddati.

Urejanje spletnih strani na wikiju

Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji (tule v angleščini in tu v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.

Faktor vpliva

Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v COBISS-u. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.
Citiranje knjig:
Priimek, I. Naslov. Kraj: Založba, letnica.
Priimek, I. Naslov: podnaslov. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.
Boyer, R. Temelji biokemije. Ljubljana: Študentska založba, 2005.
Glick BR in Pasternak JJ. Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo et al. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme in vivo, in vitro ipd.).
Citiranje člankov:
Priimek, I. Naslov. Naslov revije, letnica, letnik, številka, strani.
Lartigue C. et al. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.
Lartigue C. et al. (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:
C. Lartigue et al. Science 317, 632 (2007)
V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).
Citiranje spletnih virov:
Priimek, I. Naslov dokumenta. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov
strangeguitars. On the brink of artificial life. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.