BIO2 Seminar 2011

Biokemijski seminar

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.

Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

Seznam seminarjev

Ime in priimek	Naslov seminarja	Rok za oddajo	Rok za recenzijo	Datum predstavitve	Recenzent1	Recenzent2
Ula Štok	Tipping the mind	17.10.11	19.10.11	21.10.11	Maja Remškar	Mirjam Kmetič
Maša Mirković	The twisted way of things	17.10.11	19.10.11	21.10.11	Eva Knapič	Marko Radojković
Sara Draščič	On the spur of a whim	17.10.11	19.10.11	21.10.11	Matevž Merljak	Monika Škrjanc
Katra Koman	Protein of the 20th century	18.10.11	23.10.11	26.10.11	Ines Kerin	Veronika Jarc
Ana Dolinar	The juice of life	21.10.11	25.10.11	28.10.11	Tjaša Goričan	Andreja Bratovš
Urška Rauter	A green glow	21.10.11	25.10.11	28.10.11	Maša Mohar	Sandi Botonjić
Taja Karner	Throb	21.10.11	26.10.11	02.11.11	Karmen Hrovat	Tamara Marić
Rok Štemberger	Forbidden fruit	21.10.11	28.10.11	04.11.11	Špela Pohleven	Maja Grdadolnik
Maša Mohar	The tenuous nature of sex	21.10.11	28.10.11	04.11.11	Andreja Bratovš	Ines Kerin
Veronika Jarc	Our hollow architecture	21.10.11	28.10.11	04.11.11	Sabina Mavretič	Matevž Ambrožič
Mirjam Kmetič	Mint condition	26.10.11	02.11.11	09.11.11	Sandi Botonjić	Tina Gregorič
Janez Meden	The Japanese Horseshoe Crab and Deafness	28.10.11	01.12.11	20.1.12	Veronika Jarc	Ana Dolinar
Tjaša Flis	Life's tremors	28.10.11	04.11.11	11.11.11	Ana Dolinar	Špela Pohleven
Sandi Botonjić	Nature's junkie	28.10.11	04.11.11	11.11.11	Maša Mirković	Alenka Mikuž
Kaja Javoršek	A grey matter	02.11.11	09.11.11	16.11.11	Dominik Kert	Tjaša Flis
Rok Vene	A mind astray	04.11.11	11.11.11	18.11.11	Tamara Marić	Maja Remškar
Ines Šterbal	LTP1	04.11.11	11.11.11	18.11.11	Ula Štok	Rok Vene
Matja Zalar	Do it yourself	04.11.11	11.11.11	18.11.11	Monika Škrjanc	Matevž Merljak
Matevž Ambrožič	Of fidgets and food	09.11.11	16.11.11	23.11.11	Kaja Javoršek	Petra Malavašič
Matevž Merljak	Protein wars	12.12.11	19.12.11	20.1.12	Teja Banič	Urška Navodnik
Mitja Crček	When your day draws to an end	11.11.11	18.11.11	25.11.11	Marko Radojković	Andrej Vrankar
Dominik Kert	FOXP2, govoreči protein	11.11.11	18.11.11	25.11.11	Alja Zottel	Kaja Javoršek
Petra Malavašič	Going unnoticed	16.11.11	23.11.11	30.11.11	Maja Grdadolnik	Mitja Crček
Eva Knapič	Life's first breath	18.11.11	25.11.11	02.12.11	Mirjam Kmetič	Andrej Vrankar
Marko Radojković	Paint my thoughts	18.11.11	25.11.11	02.12.11	Sara Draščič	Urška Rode
Tjaša Goričan	Nerve regrowth: nipped by a no-go	18.11.11	25.11.11	02.12.11	Ana Remžgar	Ines Šterbal
Tina Gregorič	Grelin - hormon lakote	23.11.11	30.11.11	07.12.11	Janez Meden	Urška Rauter
Tamara Marić	The dark side of RNA	25.11.11	02.12.11	09.12.11	Dominik Kert	Rok Štemberger
Ana Remžgar	I'll have you for supper	25.11.11	02.12.11	09.12.11	Jana Verbančič	Eva Knapič
Maja Remškar	Questioning Colour	25.11.11	02.12.11	09.12.11	Katra Koman	Karmen Belšak
Andreja Bratovš	The power behind pain	30.11.11	07.12.11	14.12.11	Matevž Ambrožič	Teja Banič
Urška Navodnik	Darwin's dessert	02.12.11	09.12.11	16.12.11	Taja Karner	Karmen Hrovat
Jernej Mustar	Silent pain	02.12.11	09.12.11	16.12.11	Petra Malavašič	Jana Verbančič
Ines Kerin	A queen's dinner	02.12.11	09.12.11	16.12.11	Tjaša Flis	Iza Ogris
Alja Zottel	Sleepless nights	07.12.11	14.12.11	21.12.11	Ines Šterbal	Katra Koman
Alenka Mikuž	ZP3 in njegova vloga pri oploditvi jajčeca	09.12.11	16.12.11	23.12.11	Urška Rode	Janez Meden
Maja Grdadolnik	Otopetrin1 in regulacija kalcija pri sintezi statokonijev	09.12.11	16.12.11	23.12.11	Karmen Belšak	Ana Potočnik
Jana Verbančič	A balanced mind	09.12.11	16.12.11	23.12.11	Alenka Mikuž	Ana Remžgar
Karmen Hrovat	The thread of life	14.12.11	21.12.11	04.01.12	Iza Ogris	Taja Karner
Andrej Vrankar	The things we forget	16.12.11	23.12.11	06.01.12	Jernej Mustar	Maša Mohar
Teja Banič	Cool news	16.12.11	23.12.11	06.01.12	Sara Draščič	Jernej Mustar
Špela Pohleven	The making of crooked	16.12.11	23.12.11	06.01.12	Mitja Crček	Maša Mirković
Sabina Mavretič	A short story	21.12.11	04.01.12	11.01.12	Rok Vene	Alja Zottel
Karmen Belšak	Another dark horse	23.12.11	06.01.12	13.01.12	Urška Rauter	Tina Gregorič
Iza Ogris	Fat, wonderful fat.	23.12.11	06.01.12	13.01.12	Ana Potočnik	Matja Zalar
Monika Škrjanc	The greenest of us all[1]	23.12.11	06.01.12	13.01.12	Rok Štemberger	Tjaša Goričan
Ana Potočnik	Skin-deep[2]	04.01.12	11.01.12	18.01.12	Matja Zalar	Ula Štok
Urška Rode	Smart sweat	06.01.12	13.01.12	20.01.12	Urška Navodnik	Sabina Mavretič
Ime in priimek	Naslov seminarja	06.01.12	13.01.12	20.01.12

Gradivo za seminarje

Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/ username: bio2 password: samozame

Naloga

Vaša naloga za seminar je:
Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v ProteinSpotlight Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo!

V okviru seminarske naloge morate opraviti še naslednje naloge, katerih rešitve predložite na dodatni strani seminarske naloge, ki se ne šteje v kvoto obsega seminarja:

• sekvenca proteina in UniProt oznaka proteina
• slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana
• poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.

Za pripravo seminarja velja naslednje:

• Povzetek seminarja opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
• Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
• Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko.
• Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli vsakemu od recenzentov in docentu (docentu ga pošljite po e-pošti).
• Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.
• Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
• Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.
• Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
• Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!

Ocenjevanje seminarjev

Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo recenzentsko poročilo na spletu.

Mnenje o predstavitvi

Vsak posameznik mora oceniti seminar, tako da odda svoje mnenje najkasneje v šestih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja ne sme oddati.

Urejanje spletnih strani na wikiju

Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji (tule v angleščini in tu v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.

Citiranje virov

Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. Pravila, ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.
Citiranje knjig:
Priimek, I. Naslov. Kraj: Založba, letnica.
Priimek, I. Naslov: podnaslov. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.

Boyer, R. Temelji biokemije. Ljubljana: Študentska založba, 2005.
Glick BR in Pasternak JJ. Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo et al. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme in vivo, in vitro ipd.).

Citiranje člankov:
Priimek, I. Naslov. Naslov revije, letnica, letnik, številka, strani.
Lartigue C. et al. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.
Lartigue C. et al. (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis:
C. Lartigue et al. Science 317, 632 (2007)

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

Citiranje spletnih virov:
Priimek, I. Naslov dokumenta. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov
strangeguitars. On the brink of artificial life. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.