Molekularna biologija plazmidov

Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2023/24 obravnavajo plazmide, ki jih sicer biokemiki poznamo predvsem kot vektorje v DNA-tehnologiji. Pregledali bomo njihovo klasifikacijo, načine podvojevanja in razporejanja v hčerinske celice, njihov prenos s konjugacijo, pomen pri širjenju odpornosti proti antibiotikom. Na koncu si bomo ogledali še nekaj primerov uporabe plazmidov na različnih biotehnoloških in medicinskih področjih. Okvirni naslovi tem so navedeni na spodnjem seznamu.

Vse teme temeljijo na preglednih člankih, kar pomeni, da obravnavajo zaključene teme, na katerih je bilo opravljenega že veliko dela. Zato praviloma vsako temo obdelajo po trije študenti. Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja z vsaj 1200 besedami in ne več kot 1800 besedami in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1200–1800 besed), ki ste jih uporabili. Če izjemoma seminar pripravita dva študenta, je obseg povzetka 1000-1500 besed, če je študent sam, pa 800-1200 besed.

Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 24 h pred predstavitvijo svojega seminarja. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'. Predstavitev naj bo dolga 15–20 minut, temu pa bo sledila razprava (pribl. 5 minut). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali, in vključite le malo splošnega uvoda, kjer je mogoče pa izpostavite ključne razlike v procesih med bakterijami, evkarionti in arhejami. Če seminar predstavljata dva študenta, imata na voljo 12-15 minut, če je študent sam, pa 8-10 minut.

Seminarske predstavitve bodo potekale med 24. aprilom in 15. majem 2024. V tem času ne bo klasičnih predavanj, torej bodo tako ponedeljkovi kot sredini termini namenjeni seminarjem.

Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev je ~10 % vprašanj na izpitu (oz. ~10 % točk dobite za odgovore iz snovi seminarjev).

Razdelitev seminarjev je potekala v okolju Google Drive, kjer so (bile) navedene povezave do izhodiščnih člankov, s katerimi lahko začnete iskanje literature. Večinoma navedeni viri ne zadoščajo, da bi pripravili kvaliteten 15-minutni seminar, zato boste morali pregledati tudi nekaj primarnih virov (raziskovalnih člankov), ki jih boste poiskali sami oz. jih boste našli citirane v preglednih člankih. Vaši seminarji naj se osredotočijo na osnovno temo iz naslova in naj nimajo dolgih splošnih uvodov. Seminarji si bodo namreč sledili dokaj hitro en za drugim, tako da boste osnove hitro osvojili in jih ni treba ponavljati.

Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme na spodnjem seznamu povežite z novo wiki stranjo, ki bo vsebovala povzetek. Na koncu besedila povzetka (pod viri) v novo vrstico dodajte oznako: [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]. Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na strani Molekularna biologija koronavirusov (2020/21).

Seznam tem in referenti:

24. april:

1. Klasifikacija plazmidov (Jan Hvalec, Tjaša Lešnik, Nika Makuc)
   
2. Replikacija plazmidov po mehanizmu téta (Nika Janc, Špela Puhov, Lara Ferjančič)
   
3. Replikacija plazmidov po principu kotalečega se kroga (Tinkara Robek, Lara Pajnhart, Tina Kosovel)
   

6. maj:

1. Interakcije plazmid - kromosom (Špela Longar, Tiara Pšeničnik, Anita Mulalić)
   
2. Razporejanje plazmidov v hčerinski celici (Karin Kunstelj, Brina Klinar, Nina Cankar)
   
3. Prenos plazmidov s konjugacijo med gramnegativnimi bakterijami (Lana Bajec, Vid Kozel, Domen Trontelj)
4. Konjugacijski prenos plazmidov pri bakteriji Bacillus subtilis (Mark Frantar, Simon Kristl, Andraž Snedec)
   
5. Modeli konjugacije med črevesnimi bakterijami (Peter Gričar Vintar, Maj Dular)
   

8. maj:

1. Širjenje odpornosti proti antibiotikom med talnimi bakterijami (Uma Jordan Ferbežar, Debora Kociper, Dan Kolnik)
   
2. Vloga plazmidov v bakterijski evoluciji (Klara Kolenc, Veronika Trobiš, Teja Mohar)
   
3. Pomen plazmida Ti za patogenost agrobakterij (Katarina Gomiršek, Blaž Čerenak, Igor Osterc)
   

13. maj:

1. Vloga plazmidov pri virulenčnosti klamidij (Nik Matek, Mark Varlamov, Anže Perc)
   
2. Kriptični plazmidi v človeških prebavilih (Nina Majerle, Jasna Čarman, Patricija Polutnik)
   
3. Vloga plazmidov pri kvarjenju piva, ki ga povzročajo mlečne bakterije (Hanna Habot, Vanja Vogrič, Jana Bregar)
   
4. Plazmidna DNA pri zdravljenju tumorjev (Anja Škarabot, Tonja Oman Sušnik, Zala Kramar)
   
5. Plazmidni replikoni v farmacevtski industriji (Jakob Urh Veler, Amber Bervar, Laura Hudobivnik)
   

15. maj:

1. Atipična sistema segregacije pri plazmidih z nizkim številom kopij (Ava Boštjančič)