Bakteriofagi

Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2019/20 obravnavajo različne vidike bakteriofagov, od njihove zgradbe in delovanja, do vloge v okolju in izrabe za zdravljenje. Okvirni naslovi oz. teme so navedeni na prvem seznamu. Za orientacijo in splošno poznavanje tematike si oglejte prosojnice v spletni učilnici - 3. teden marca. V okviru posameznih glavnih poglavij lahko predlagate še kakšen seminar po lastni presoji (pošljite predlog po e-pošti!).

Vsako temo obdelajo praviloma trije študenti (lahko tudi dva, če pa bi kakšno temo na vsak način rad obdelal en sam, mi prej pišite, da se pogovorimo glede vsebine in obsega). Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja z vsaj 1200 besedami in ne več kot 1800 besedami in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1200-1800 besed), ki ste jih uporabili.

Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 24 h pred predstavitvijo svojega seminarja. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'. Predstavitev naj bo dolga 15-20 minut, temu pa bo sledila razprava (pribl. 5 minut). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite le malo splošnega uvoda, ki naj ima za nalogo, da umesti vašo temo v kontekst problematike bakteriofagov.

Predvidena umestitev seminarjev v semestru je razvidna iz spletne učilnice, a zaenkrat ni mogoče zagotovo reči, da ne bo kakšnih sprememb zaradi ukrepov proti širjenju koronavirusa.

Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev je ~10 % vprašanj na izpitu (oz. 10 % točk dobite za odgovore iz snovi seminarjev).

Spodnji seznam vključuje povezave do nekaterih preglednih člankov iz zadnjega obdobja, ki jih lahko uporabite za osnovo pri pripravi. Večinoma pa navedeni viri ne zadoščajo, da bi pripravili 15-minutni seminar, zato boste morali pregledati tudi nekaj primarnih virov (raziskovalnih člankov), ki jih boste poiskali sami oz. jih boste našli citirane v preglednih člankih. Vaši seminarji naj se osredotočijo na osnovno temo iz naslova in naj nimajo dolgih splošnih uvodov. Seminarji si bodo namreč sledili dokaj hitro en za drugim - predvidoma po 8 na teden), tako da boste osnove hitro osvojili in jih ni treba ponavljati.

Poglavja za seminarje so:

STRUKTURA IN DELOVANJE FAGOV
https://www.intechopen.com/books/bacteriophages-perspectives-and-future/bacteriophages-their-structural-organisation-and-function (poglavje, 2019)
1. Klasifikacija in splošna strukturna organizacija fagov
2. Struktura kapsid in prokapsid
3. Struktura konektorjev in repov
4. Adsorpcijski aparat bakteriofagov

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6416446/ (pregledni, 2019)
5. Zgradba kompleksa za odločanje med lizogenim in litičnim ciklom faga lambda

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6209105/ (pregledni, 2018)
6. Vzajemna regulacija med fagom in bakterijo na posttranskripcijski ravni

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1879625718300142?via%
(pregledni, 2018)
7. Sestavljanje fagnih delcev in vloga portalnega proteina

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1570963919301888?via%
(pregledni, 2020)
8. Fagni endolizini: mehanizem delovanja in možnosti za izboljšave

INTERAKCIJE in EKOLOGIJA

https://www.mdpi.com/1999-4915/11/6/567/htm (pregledni, 2019)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29523063
9. Interakcija faga z bakterijo

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0169409X19300031 (pregledni, 2019)
10. Interakcije fagov s človeškimi tkivi

https://www.mdpi.com/2076-0817/8/3/100/htm (pregledni, 2019)
11. Fagi v naravnih in umetnih okoljih (brez človeka - to je predhodna tema)

https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/08927014.2019.1613525 in https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32125643
(pregledni, 2019+2020)
12. Delovanje fagov na heterogene biofilme

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0966842X19300599?via%
(pregledni, 2019)
13. Fagi kot naravni rezervoar odpornosti proti antibiotikom

https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11274-013-1358-5 (pregledni, 2013)
14. Cianofagi

UPORABA BAKTERIOFAGOV

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fphar.2019.00513/full (pregledni, 2019)
15. Prednosti fagov za zdravljenje bakterijskih okužb
16. Uporaba fagov za zdravljenje okužb pri živalih in ljudeh
17. Tveganja pri uporabi fagov za zdravljenje

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5371805/
(pregledni, 2017 - samo kratko poglavje o uporabi na rastlinah)
18. Uporaba fagov proti bakterijskim okužbam rastlin

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0160412019305410 (pregledni, 2019)
19. Uporaba fagov za odstranjevanje patogenih bakterij v prsti

https://www.aimspress.com/fileOther/PDF/microbiology/microbiol-05-04-
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S095816691930093X?via%3Dihub
(pregledni, 2019 + 2020)
20. Uporaba fagov v boju proti patogenim bakterijam v živilih

https://www.mdpi.com/1999-4915/11/6/567/htm
in https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0958166919301296?via%3Dihub
(pregledni, 2019 + 2020)
21. Biotehnološka izraba fagov

---

Za seminar se prijavite tako, da se vpišete v oklepaj za naslovom seminarja, tako kot je prikazano pri izmišljenem ničtem seminarju. Seminarje bomo izvedli v enakem vrstnem redu, kot so navedeni zgoraj.

0. Analiza bakteriofagov v smrekovem gozdu (Jana Dolenc, Tilen Deželak, Sonja Mavrič)

1. Klasifikacija in splošna strukturna organizacija fagov
2. Struktura kapsid in prokapsid
3. Struktura konektorjev in repov
4. Adsorpcijski aparat bakteriofagov
5. Zgradba kompleksa za odločanje med lizogenim in litičnim ciklom faga lambda (Kim Glavič, Nastja Feguš, Nina Varda)
6. Vzajemna regulacija med fagom in bakterijo na posttranskripcijski ravni (Žiga Vičič, Dunia Sahir, Maja Globočnik)
7. Sestavljanje fagnih delcev in vloga portalnega proteina (Anja Konjc, Tina Logonder, Manca Osolin)
8. Fagni endolizini: mehanizem delovanja in možnosti za izboljšave (Tina Arnšek, Ana Babnik, Greta Junger)
9. Interakcija faga z bakterijo (Anastasija Nechevska, Marjeta Milostnik, Ana Vičič)
10.Interakcije fagov s človeškimi tkivi (Michelle Oletič, Nika Vegelj, Rebeka Dajčman)
11. Fagi v naravnih in umetnih okoljih (Lena Trnovec, Maja Kolar, Liza Praznik)
12. Delovanje fagov na heterogene biofilme
13. Fagi kot naravni rezervoar odpornosti proti antibiotikom (Žan Fortuna, Tevž Levstek, Lara Drinovec)
14. Cianofagi (Timotej Zgonik)
15. Prednosti fagov za zdravljenje bakterijskih okužb (Maša Gabrič, Maša Andoljšek, Vivian Nemanič)
16. Uporaba fagov za zdravljenje okužb pri živalih in ljudeh (Tim Nograšek, Jure Povšin, Sašo Jakob)
17. Tveganja pri uporabi fagov za zdravljenje (Maja Mahorič, Ana Potočnik, Maja Trifkovič)
18. Uporaba fagov proti bakterijskim okužbam rastlin (Tanja Janko, Špela Šubelj in Matic Krivec)
19. Uporaba fagov za odstranjevanje patogenih bakterij v prsti
20. Uporaba fagov v boju proti patogenim bakterijam v živilih (Tadej Uršič, Teo Nograšek, Oskar Nemec)
21. Biotehnološka izraba fagov

Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme na tem, drugem, seznamu povežite z novo wiki stranjo, ki bo vsebovala povzetek. Na koncu besedila povzetka (pod viri) v novo vrstico dodajte oznako: [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na strani Struktura kromatina (2013/14).

1. Herpesvirusi in sorodni dsDNA virusi (Veronika Razpotnik, Ines Medved, Andrej Ivanovski)