OTTER: Difference between revisions
No edit summary |
|||
| Line 1: | Line 1: | ||
OTTER (angl. ''Optimized Technique for swiTch Engineering and Ranking'') je projekt ekipe iz Singapurja, s katerim se je udeležila tekmovanja iGEM leta 2023. | ::OTTER (angl. ''Optimized Technique for swiTch Engineering and Ranking'') je projekt ekipe iz Singapurja, s katerim se je udeležila tekmovanja iGEM leta 2023. | ||
Cilj projekta je bil priprava orodja OTTER in visokozmogljive metode za karakterizacijo RNA-stikal SIGNAL (angl. ''Scalable Information Generation for Nucleic Acid Lineage Assessment Workflow''). Orodje OTTER ustvari zaporedje RNA-stikala in predvidi učinkovitost delovanja. S SIGNAL se eksperimentalno ovrednoti delovanje RNA-stikal. Za ta projekt so se odločili zaradi pomanjkanja orodij za napovedovanje interakcij RNA-RNA, ustvarjanja RNA-stikal in pomanjkanja zbirk podatkov o RNA-RNA interakcijah s katerimi bi lahko pripravili modele za napovedovanje interakcij RNA-RNA [1]. | Cilj projekta je bil priprava orodja OTTER in visokozmogljive metode za karakterizacijo RNA-stikal SIGNAL (angl. ''Scalable Information Generation for Nucleic Acid Lineage Assessment Workflow''). Orodje OTTER ustvari zaporedje RNA-stikala in predvidi učinkovitost delovanja. S SIGNAL se eksperimentalno ovrednoti delovanje RNA-stikal. Za ta projekt so se odločili zaradi pomanjkanja orodij za napovedovanje interakcij RNA-RNA, ustvarjanja RNA-stikal in pomanjkanja zbirk podatkov o RNA-RNA interakcijah s katerimi bi lahko pripravili modele za napovedovanje interakcij RNA-RNA [1]. | ||
== RNA-stikalo == | == RNA-stikalo == | ||
RNA-stikalo je del nekodirajočega dela mRNA, ki glede na prisotnost liganda uravnava ekspresijo gena. RNA-stikala tvorijo posebno sekundarno strukturo, ki je občutljiva na prisotnost liganda. Ob prisotnosti tega, se spremeni sekundarna struktura. RNA-stikala lahko uravnavajo iniciacijo, terminacijo in razpolovni čas transkripta. | ::RNA-stikalo je del nekodirajočega dela mRNA, ki glede na prisotnost liganda uravnava ekspresijo gena. RNA-stikala tvorijo posebno sekundarno strukturo, ki je občutljiva na prisotnost liganda. Ob prisotnosti tega, se spremeni sekundarna struktura. RNA-stikala lahko uravnavajo iniciacijo, terminacijo in razpolovni čas transkripta. | ||
== Literatura == | == Literatura == | ||
Revision as of 15:58, 18 May 2024
- OTTER (angl. Optimized Technique for swiTch Engineering and Ranking) je projekt ekipe iz Singapurja, s katerim se je udeležila tekmovanja iGEM leta 2023.
Cilj projekta je bil priprava orodja OTTER in visokozmogljive metode za karakterizacijo RNA-stikal SIGNAL (angl. Scalable Information Generation for Nucleic Acid Lineage Assessment Workflow). Orodje OTTER ustvari zaporedje RNA-stikala in predvidi učinkovitost delovanja. S SIGNAL se eksperimentalno ovrednoti delovanje RNA-stikal. Za ta projekt so se odločili zaradi pomanjkanja orodij za napovedovanje interakcij RNA-RNA, ustvarjanja RNA-stikal in pomanjkanja zbirk podatkov o RNA-RNA interakcijah s katerimi bi lahko pripravili modele za napovedovanje interakcij RNA-RNA [1].
RNA-stikalo
- RNA-stikalo je del nekodirajočega dela mRNA, ki glede na prisotnost liganda uravnava ekspresijo gena. RNA-stikala tvorijo posebno sekundarno strukturo, ki je občutljiva na prisotnost liganda. Ob prisotnosti tega, se spremeni sekundarna struktura. RNA-stikala lahko uravnavajo iniciacijo, terminacijo in razpolovni čas transkripta.
Literatura
[1] OTTER | NUS-Singapore. https://2023.igem.wiki/nus-singapore/
[2] C. M. Schmidt in C. D. Smolke: RNA Switches for Synthetic Biology. Cold Spring Harbor Perspectives in Biology. 2019, 11:a032532.
