BIO2 Seminar 2011

Biokemijski seminar

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.

Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

Seznam seminarjev

Vpišite svoj izbrani naslov!!!

Ime in priimek	Naslov seminarja	Rok za oddajo	Rok za recenzijo	Datum predstavitve	Recenzent1	Recenzent2
Ula Štok	Tipping the mind	17.10.11	19.10.11	21.10.11
Maša Mirković	The twisted way of things	17.10.11	19.10.11	21.10.11
Sara Draščič	On the spur of a whim	17.10.11	19.10.11	21.10.11
Katra Koman	Protein of the 20th century	18.10.11	23.10.11	26.10.11
Iza Ogris	Love,love, love...	21.10.11	25.10.11	28.10.11
Ana Dolinar	The juice of life	21.10.11	25.10.11	28.10.11
Urška Rauter	A green glow	21.10.11	25.10.11	28.10.11
Taja Karner	Throb	21.10.11	26.10.11	02.11.11
Rok Štemberger	Forbidden fruit	21.10.11	28.10.11	04.11.11
Maša Mohar	The tenuous nature of sex	21.10.11	28.10.11	04.11.11
Veronika Jarc	Our hollow architecture	21.10.11	28.10.11	04.11.11
Mirjam Kmetič	Mint condition	26.10.11	02.11.11	09.11.11
Janez Meden	The Japanese Horseshoe Crab and Deafness	28.10.11	04.11.11	11.11.11
Tjaša Flis	Naslov seminarja	28.10.11	04.11.11	11.11.11
Sandi Botonjić	Naslov seminarja	28.10.11	04.11.11	11.11.11
Kaja Javoršek	Naslov seminarja	02.11.11	09.11.11	16.11.11
Rok Vene	Naslov seminarja	04.11.11	11.11.11	18.11.11
Ines Šterbal	Naslov seminarja	04.11.11	11.11.11	18.11.11
Matja Zalar	Do it yourself	04.11.11	11.11.11	18.11.11
Matevž Ambrožič	Moody wallpaper	09.11.11	16.11.11	23.11.11
Matevž Merljak	Naslov seminarja	11.11.11	18.11.11	25.11.11
Mitja Crček	When your day draws to an end	11.11.11	18.11.11	25.11.11
Dominik Kert	Naslov seminarja	11.11.11	18.11.11	25.11.11
Petra Malavašič	The man behind the molecular lung	16.11.11	23.11.11	30.11.11
Eva Knapič	Life's first breath	18.11.11	25.11.11	02.12.11
Marko Radojković	Paint my thoughts	18.11.11	25.11.11	02.12.11
Tjaša Goričan	Nerve regrowth: nipped by a no-go	18.11.11	25.11.11	02.12.11
Tina Gregorič	Gut feelings	23.11.11	30.11.11	07.12.11
Tamara Marić	The dark side of RNA	25.11.11	02.12.11	09.12.11
Ana Remžgar	Naslov seminarja	25.11.11	02.12.11	09.12.11
Maja Remškar	Questioning Colour	25.11.11	02.12.11	09.12.11
Andreja Bratovš	The power behind pain	30.11.11	07.12.11	14.12.11
Urška Navodnik	Darwin's dessert	02.12.11	09.12.11	16.12.11
Jernej Mustar	Silent pain	02.12.11	09.12.11	16.12.11
Ines Kerin	A queen's dinner	02.12.11	09.12.11	16.12.11
Alja Zottel	Sleepless nights	07.12.11	14.12.11	21.12.11
Alenka Mikuž	Molecular chastity	09.12.11	16.12.11	23.12.11
Maja Grdadolnik	Ear of Stone	09.12.11	16.12.11	23.12.11
Jana Verbančič	Hidden power	09.12.11	16.12.11	23.12.11
Petra Gorečan	Naslov seminarja	14.12.11	21.12.11	04.01.12
Karmen Hrovat	Naslov seminarja	16.12.11	23.12.11	06.01.12
Andrej Vrankar	The things we forget	16.12.11	23.12.11	06.01.12
Teja Banič	Cool news	16.12.11	23.12.11	06.01.12
Špela Pohleven	The making of crooked	21.12.11	04.01.12	11.01.12
Sabina Mavretič	A short story	23.12.11	06.01.12	13.01.12
Karmen Belšak	Another dark horse	23.12.11	06.01.12	13.01.12
Iza Ogris	Naslov seminarja	23.12.11	06.01.12	13.01.12
Monika Škrjanc	Naslov seminarja	04.01.12	11.01.12	18.01.12
Ime in priimek	Naslov seminarja	06.01.12	13.01.12	20.01.12
Ime in priimek	Naslov seminarja	06.01.12	13.01.12	20.01.12
Ime in priimek	Naslov seminarja	06.01.12	13.01.12	20.01.12

Gradivo za seminarje

NOVO Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/ username: bio2 password: samozame

Naloga

Vaša naloga za seminar je:
Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v ProteinSpotlight Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! V seminarsko nalogo mora biti vključeno:

• sekvenca proteina in SwissProt oznaka proteina
• slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana
• poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.

Za pripravo seminarja velja naslednje:

• Povzetek seminarja opišete na wikiju v približno 200 besedah, besedilo naj vsebuje sliko strukture proteina, ki jo sami narišete s programom PyMol - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
• Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
• Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko.
• Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
• Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.
• Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
• Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.
• Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
• Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!

Ocenjevanje seminarjev

Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [recenzentsko poročilo] na spletu.

Mnenje o predstavitvi

Vsak posameznik mora oceniti seminar, tako da odda svoje mnenje najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja ne sme oddati.

Urejanje spletnih strani na wikiju

Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji (tule v angleščini in tu v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.

Citiranje virov

Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. Pravila, ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.
Citiranje knjig:
Priimek, I. Naslov. Kraj: Založba, letnica.
Priimek, I. Naslov: podnaslov. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.

Boyer, R. Temelji biokemije. Ljubljana: Študentska založba, 2005.
Glick BR in Pasternak JJ. Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo et al. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme in vivo, in vitro ipd.).

Citiranje člankov:
Priimek, I. Naslov. Naslov revije, letnica, letnik, številka, strani.
Lartigue C. et al. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.
Lartigue C. et al. (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis:
C. Lartigue et al. Science 317, 632 (2007)

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

Citiranje spletnih virov:
Priimek, I. Naslov dokumenta. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov
strangeguitars. On the brink of artificial life. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.