Molekularna biologija

Predmet 2. letnika študijskega programa Biokemija. Izvaja se v poletnem semestru. Ima 45 h predavanj, 20 h semnarjev in 10 h laboratorijskih vaj, skupaj 5 kreditnih točk ECTS.

Nosilec predmeta: izr. prof. dr. Marko Dolinar. Temi Dinamika proteinske strukture in Povezava struktura - funkcija predava doc. dr. Gregor Gunčar.

Izpitni roki letos: 12.6., 2.7., 19.8. in 4.9. 2014.

Vaje se predvidoma začnejo 11. marca in trajajo 3 tedne (po 5 h).

Teme predavanj

1. Mehanizem podvojevanja DNA
2. Rekombinacija in popravljanje mutacij
3. Transkripcija in posttranskripcijski procesi
4. Genetski kod in tRNA
5. Ribosomi in translacija
6. Struktura kromosomov in organizacija genoma
7. Kontrola izražanja pri prokariontih
8. Kontrola izražanja pri evkariontih
9. Usmerjanje proteinov in posttranslacijske modifikacije
10. Razgradnja proteinov
11. *Dinamika proteinske strukture
12. *Primeri povezave med strukturo in delovanjem proteina
13. Virusi
14. Čutila

* predava G. Gunčar

Teme seminarjev

Seminarji bodo vključeni v termine predavanj, obdelali pa bomo poglavja, ki se navezujejo na snov predavanj oziroma jo dodatno ilustrirajo. Predvidoma trije tedni bodo namenjeni seminarjem, ki bodo z istega področja - temo določim vsako leto konec februarja. Isto temo bomo razdelali z več vidikov, delo pa bo potekalo v manjših skupinah. Skupine bodo predstavile svoja poglavja na spletu in s kratkim (ustrezno slikovno podprtim) nastopom v predavalnici.

Teme laboratorijskih vaj

Navodila za vaje boste dobili pred začetkom vaj, to bo predvidoma v mesecu aprilu. Teme bodo:

• Plazmidi in transformacija bakterijskih celic
• Laktozni operon in alfa-komplementacija
• Utišanje genov

Ocenjevanje

Ocena je sestavljena iz 10 % za seminar (pol za pisni del na wikiju, pol za predstavitev), 20 % za vaje in 70 % za teorijo. Čeprav ti deleži na videz niso usklajeni z deleži kontaktnih ur, del ocene iz teorije vključuje znanje s seminarskih predstavitev in bodo vprašanja vključena v zaključni izpit. Pol ocene iz vaj bo predstavljalo sodelovanje pri vajah in poročila z vaj, druge pol pa odgovori na vprašanja z vaj, ki bodo dodana zaključnemu izpitu. Popravljanje ocene je možno samo s ponovnim pisanjem izpita (ki vključuje seminarske teme in vprašanja z vaj). Pogoj za opravljen izpit je, da iz teorije dosežete najmanj 50 % točk, da ste pripravili seminar, bili na vseh vajah in ste oddali poročila z vaj. Zgornje meje med ocenami bodo: 9 točk 1, 19 točk 2, 29 točk 3, 39 točk 4, 49 točk 5, 59 točk 6, 69 točk 7, 78 točk 8, 87 točk 9. Če se kdo prijavi na izpit pa potem ne odjavi, ne vračam prijavnice, vas pa odjavim, če to odločitev sporočite do trenutka, ko dobite v roke izpitna vprašanja oziroma po e-pošti do razpisane ure izpita.

Primeri sestavljanja ocene:

Prvi primer: Seminar 8 (pisno 4 od 5 možnih, predstavitev 4 od 5 možnih), poročila z vaj 9 (od 10), vprašanja z vaj 7 (od 10), teorija vključno s seminarskimi temami 57 %. Ocena se sestavi takole: 8 + 9 + 7 + 57*0,7 = 63,9 točk od 100 možnih, kar pomeni končno oceno 7.

Drugi primer (zelo dober študent): Seminar 9, poročila 10, vprašanja z vaj 9, teorija 89 %: seštevek točk je 9 + 10 + 9 + 89*0,7 = 90,3, ocena 10.

Tretji primer (manj uspešen študent): Seminar 6, poročila 7, vaje 4, teorija 50 %: seštevek točk je 6 + 7 + 4 + 50*0,7 = 52, ocena 6.

Literatura

Voet & Voet: Biochemistry, 3. izdaja. Wiley, 2004. - Tema tega predmeta je 5. del knjige, poglavja 29-34. Temi, ki ju bo predstavil doc. Gunčar, sta opisani v poglavjih 8 in 9 iste knjige. Tema Čutila (obselali jo bomo, če bo to omogočal razpored predavanj) bo povzeta po učbeniku Berg, Tymoczko & Stryer: Biochemistry, 5. izdaja (Freeman, 2001). Učite se lahko tudi po novejših verzijah istih dveh učbenikov.

Lani so bile poskusno nekatere teme povzete po alternativnem učbeniku: Krebs, Goldstein & Kilpatrick: Lewin's Essential Genes, 3. izdaja. Jones & Bartlet, 2013. Tudi letos bom obdržal to prakso.