Struktura kromatina

Seminarji pri predmetu Molekularna biologija bodo v študijskem letu 2013/14 namenjeni obravnavi strukture kromosomov oziroma kromatina, od strukturnih do regulatornih tem. Čeprav osnovno strukturo kromosomov že poznate, je sodobna molekularna biologija ves čas na sledi novim spoznanjem, ki nam omogočajo bolj podroben vpogled v delovanje in fleksibilnost kromatina.

V nadaljevanju so navedena nekatera izhodišča oz. naslovi referatov, ki jih bomo izvedli predvidoma konec aprila in v začetku maja. Naslove lahko v okviru danih izhodišč prilagodite, ne smete pa se bistveno odmakniti od tega, kar je predlagano. Preverite, ali se morebitne spremembe, ki jih želite vnesti, ne dotikajo teme koga drugega. Prekrivanja med referati naj bo čim manj.

Vsako temo obdelata dva ali največ trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. Razširjenega seminarja ni treba pripraviti v pisni obliki; napišete samo povzetek na wikiju in predstavite seminar v predavalnici.

Čeprav tema do neke mere sega na področje celične biologije, je predvsem molekularnobiološka. Zato izpostavite tiste elemente, ki so biokemijski, torej katere biološke molekule sodelujejo pri vzpostavljanju strukture kromatina, njegovi plastičnosti (kondenzacija, dekondenzacija) in dinamičnosti (aktivni/neaktivni kromatin) ter uravnavanju transkripcije. Če se srečate z zanimivimi molekularnobiološkimi tehnikami, jih poskusite na kratko razložiti, predvsem če so ključne za spoznanja, ki jih boste predstavili. Izhodišče, ki ga ni treba ponovno razlagati, je nukleosomska struktura evkariontskega kromatina ter osnovne stopnje kompaktiranja kromatina in razumevanje osnov dodatnega zvitja pri bakterijskem kromosomu.

Vse skupine morajo objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 17.4. opolnoči. Predstavitve seminarjev 1 - 4 bodo 23.4., 5 - 8 25.4., 9 - 12 7.5. in 13 - 16 9.5.2014. Vsaka skupina ima za predstavitev 14-18 minut časa, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki-strani uporabite zavihek 'discussion').

1. Značilnosti bakterijskih kromosomov
2. Medmolekulske interakcije znotraj nukleosomov
3. Značilnosti kromosomskih ogrodij
4. Kompaktiranje kromosomov
5. Proteini, ki stabilizirajo kondenzirane kromosome
6. Biokemijska struktura centromerov in njihove interakcije
7. Biokemijska struktura telomerov
8. Telomeraze
9. Kromatin in replikacija genoma / nukleosomi med replikacijo
10. Kromosomske domene in kontrolne regije lokusov (LCR)
11. Posttranslacijske modifikacije histonov in njihov pomen
12. Metilacijski vzorci na DNA: nastanek, dedovanje in pomen
13. Sestava in značilnosti preurejevalnih strojčkov
14. Ponavljajoča se zaporedja v genomu
15. Organizacija genov v kromatinu
16. Posebnosti kromosomov X in Y / bolezni, povezane s tema dvema kromosomoma

Skupine

Skupine za projektno nalogo - po 1 - 3 za vsako temo (skupine oblikujte do 31.3. opolnoči - imena in priimke vpišite v oklepaj za naslovom teme):

npr.: 1. Biokemijske značilnosti bakterijskih kromosomov (Janez Gorenc, Petra Novak)

1. Značilnosti bakterijskih kromosomov (Matic Kovačič, Marjeta Horvat, Rok Ipšek)
2. Medmolekulske interakcije znotraj nukleosomov (Boštjan Petrič, Vita Vidmar)
3. Značilnosti kromosomskih ogrodij (Aneja Tahirovič, Aljaž Omahna, Luka Krmpotić)
4. Kompaktiranje kromosomov (Tajda Buh, Maruša Prolič-Kalinšek)
5. Proteini, ki stabilizirajo kondenzirane kromosome (Toni Nagode, Simon Bolta, Tjaša Bensa)
6. Biokemijska struktura centromerov in njihove interakcije (Maja Zupančič, Alja Zgonc)
7. Biokemijska struktura telomerov (Tim Božič, Ema Guštin, Luka Kavčič)
8. Telomeraze (Urša Kapš, Mojca Kostanjevec, Katjuša Triplat)
9. Kromatin in replikacija genoma / nukleosomi med replikacijo (Jure Fabjan, Vid Jazbec, Mojca Juteršek)
10. Kromosomske domene in kontrolne regije lokusov (LCR) (Jakob Rupert, Jan Rozman, Domen Klofutar)
11. Posttranslacijske modifikacije histonov in njihov pomen (Peter Prezelj, Filip Mihalič, Eva Oblak Zvonar)
12. Metilacijski vzorci na DNA: nastanek, dedovanje in pomen (Rok Ferenc, Ana Cirnski, Vesna Radić)
13. Sestava in značilnosti preurejevalnih strojčkov (Petra Tavčar, Helena Jakše, Nika Strašek)
14. Ponavljajoča se zaporedja v genomu (Eva Vidak)
15. Organizacija genov v kromatinu (Jan Taškar)
16. Posebnosti kromosomov X in Y / bolezni, povezane s tema dvema kromosomoma (Sara Košenina, Ana Krišelj, Sabina Štukelj)

Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte naslednji oznaki:

Kako so bili urejeni seminarji lani, si lahko ogledate na strani Reprogramiranje celic.