Odgovor bakterij na tujo DNA

Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2018/19 obravnavajo odziv bakterijskih celic na tujo DNA, ki vstopi vanje, oziroma na okužbo z bakteriofagi. Okvirni naslovi oz. teme so navedeni na prvem seznamu. Za orientacijo in splošno poznavanje tematike si preberite pregledni članek v Nature Rev. Microbiol. iz leta 2010. V okviru posameznih poglavij znotraj osnovne teme lahko predlagate še kakšen seminar po lastni presoji (pošljite predlog po e-pošti!).

Vsako temo obdelajo praviloma trije študenti. Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja z vsaj 1200 besedami in ne več kot 1800 besedami in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1200 besed), ki ste jih uporabili.

Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 24 h pred predstavitvijo svojega seminarja. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'. Predstavitev naj bo dolga pribl. 20 minut (tolerančni okvir je 18-23 min.), temu pa bo sledila razprava, dolga 5-10 min. Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda.

Razpored seminarjev po datumih bo razviden iz spletne učilnice. Začetek seminarjev bo 8. aprila, na dve uri (ponedeljek, četrtek) pa so predvideni po trije seminarji.

Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev so 2-3 vprašanja od ~30, kolikor jih ima celoten izpit.

Poglavja za seminarje so:

Preprečevanje adsorpcije fagov na celično površino
1. Blokiranje receptorjev za fage
2. Proizvodnja zunajceličnega matriksa
3. Proizvodnja kompetitivnih inhibitorjev

Preprečevanje ponovne okužbe z istim fagom s preprečitvijo vstopa fagne DNA
4. Sistem Sie pri gramnegativnih bakterijah
5. Sistem Sie pri grampozitivnih bakterijah

Bakterijski restrikcijsko-modifikacijski sistem
6. Odkritje prvih restrikcijskih endonukleaz (npr. Nobelovo predavanje Hamiltona Smitha 1978 in njegov članek iz 1970)
7. Metilacijski sistem pri bakterijah
8. Struktura in mehanizem restriktaz tipa II
9. Prilagoditve fagov na bakterijske restrikcijsko-modifikacijske sisteme

Sistem CRISP/Cas proti fagom in plazmidom
10. Odkritje in opis regij CRISPR in Cas (do leta ~2002)
11. Odkritje izvora ponavljajočih se zaporedij (Mojica et al., 2005)
12. Odkritje vloge CRISPR/Cas pri omejevanju vnosa plazmidov (Marraffini&Sontheimer, 2008)
13. Mehanizem delovanja kompleksa Cascade in sistem CRISPR/Cas pri E. coli (Brouns et al., 2008)
14. Struktura in delovanje sistema CRISPR/Cas pri bakteriji Streptococcus pyogenes

Sistemi abortivne infekcije (Abi)
15. Sistem Rex pri bakteriji Escherichia coli
16. Bakterijski sistemi toksin-antitoksin, usmerjeni proti fagom

Kjer so ob temi navedeni članki, naj ti služijo kot osnova za iskanje dodatnih virov.

---

Za seminar se prijavite tako, da se vpišete v oklepaj za naslovom seminarja:

1. Blokiranje receptorjev za fage (Martina Lokar, Tina Kolenc Milavec, Urša Štrancar)
2. Proizvodnja zunajceličnega matriksa (Patricija Miklavc, Benjamin Malovrh, Vid Modic)
3. Proizvodnja kompetitivnih inhibitorjev[1] (Ajda Godec,Liza Ulčakar,Luka Gnidovec)
4. Sistem Sie pri gramnegativnih bakterijah (Anamarija Agnič, Aljaž Bratina, Anže Šumah)
5. Sistem Sie pri grampozitivnih bakterijah
6. Odkritje prvih restrikcijskih endonukleaz (Alen Šadl, Bor Klančnik, Andrej Špenko)
7. Metilacijski sistem pri bakterijah (Sumeja Kudelić, Maja Škof, Maks Kumek)
8. Struktura in mehanizem restriktaz tipa II (Meta Kodrič, Barbara Jaklič, Laura Gašperšič)
9. Prilagoditve fagov na bakterijske restrikcijsko-modifikacijske sisteme (Nika Boštic, Tadej Medved, Sonja Gabrijelčič)
10. Odkritje in opis regij CRISPR in Cas (do leta ~2002) (Eva Gartner, Neža Blaznik, Tina Zavodnik )
11. Odkritje izvora ponavljajočih se zaporedij (Mateja Špegel, Špela Friškovec Vončina, Anja Truden)
12. Odkritje vloge CRISPR/Cas pri omejevanju vnosa plazmidov (Urška Zagorc, Nika Mikulič Vernik, Anja Tavčar)
13. Mehanizem delovanja kompleksa Cascade in sistem CRISPR/Cas pri E. coli (Jernej Imperl, Klementina Polanec, Gašper Anton Komatar)
14. Struktura in delovanje sistema CRISPR/Cas pri bakteriji Streptococcus pyogenes (Lara Hrvatin, Doroteja Armič, Matija Ruparčič)
15. Sistem Rex pri bakteriji Escherichia coli (Karmen Mlinar, Marko Pavleković, Valeriya Musina)
16. Bakterijski sistemi toksin-antitoksin, usmerjeni proti fagom (Sanja Stanković, Karin Dobravc Škof, Neža Žerjav )

Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme na spodnjem seznamu povežite z novo wiki stranjo, ki bo vsebovala povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte oznaki: [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na primer na strani Struktura kromatina (2013/14).

1. Herpesvirusi in sorodni dsDNA virusi (Veronika Razpotnik, Ines Medved, Andrej Ivanovski)