Temelji biokemije 2023 - seminar

link title= Temelji biokemije- seminar =

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita. Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena. Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih. Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan tukaj.

Naloga

• samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu ScienceDaily, ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2020. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
• članke na temo lahko iščete z Google učenjakom.
• naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
• Povzetek seminarja opišete na wikiju v približno 200 besedah – najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
• Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
• Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1–2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
• Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
• Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo tega obrazca.
• vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni tukaj.
• Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
• Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
• Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
• En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
• Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

Imena datotek

Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate, poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš! Poslati morate naslednje datoteke:

• TBK_2021_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor.docx
• TBK_2021_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
• TBK_2021_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
• TBK_2021_Priimek_Ime.pdf za prezentacijo (PowerPoint -> Shrani kot PDF), npr TBK_2021_Guncar_Gregor.pdf
• TBK_2021_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2021_Guncar_Gregor_clanek.pdf

Ocenjevanje seminarjev

Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [recenzentsko poročilo] na spletu.

Mnenje o predstavitvi

Vsak posameznik mora oceniti seminar tako, da odda svoje mnenje najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja ne sme oddati.

Urejanje spletnih strani na wikiju

Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji (tule v angleščini in tu v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.

Faktor vpliva

Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v COBISS-u. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije, za katero želite izvedeti faktor vpliva, in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

Citiranje virov

Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.
Citiranje knjig:
Priimek, I. Naslov. Kraj: Založba, letnica.
Priimek, I. Naslov: podnaslov. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.
Boyer, R. Temelji biokemije. Ljubljana: Študentska založba, 2005.
Glick BR in Pasternak JJ. Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo et al. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme in vivo, in vitro ipd.).
Citiranje člankov:
Priimek, I. Naslov. Naslov revije, letnica, letnik, številka, strani.
Lartigue C. et al. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.
Lartigue C. et al. (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:
C. Lartigue et al. Science 317, 632 (2007)
V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).
Citiranje spletnih virov:
Priimek, I. Naslov dokumenta. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov
strangeguitars. On the brink of artificial life. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.

Ime in priimek	Naslov seminarja	Povezava	Rok za oddajo	Rok za recenzijo	Datum predstavitve	Recenzent 1	Recenzent 2	Recenzent 3
Anna Scott	Moj naslov v slovenščini	https://www.sciencedaily.com/releases/2019/02/190214100038.htm	05.03.	08.03.	11.03.	r1	r2	r3
Gašper Struna	Kako sistem toksin-antitoksin vpliva na odpornost bakterij na antibiotike	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210201144911.htm	05.03.	08.03.	11.03.	David Valte	Klara Kolenc	Boštjan Kramberger
Pia Špehar	Mehanizem delovanja proteina omogoča odpornost na zdravila proti raku	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201229080253.htm	05.03.	08.03.	11.03.	Sofija Stevanović	Gaja Starc	Nuša Brdnik
Tinkara Butara	Kako rastline zaznajo napad herbivorov	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210216133437.htm	05.03.	08.03.	11.03.	Klara Ažbe	Mark Loborec	Ema Kavčič
Pia Trošt	Barvna povezava v sposobnosti korale, da preživi višje temperature	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210221154616.htm	05.03.	08.03.	11.03.	Mia Kobal	Vanja Ivošević	Urša Štefan
Živa Urh	Zmanjšanje transkripcijske aktivnosti povzroči stresno pogojena jedrna kondenzacija NELF	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210210170104.htm	05.03.	08.03.	11.03.	Andraž Rotar	Petja Premrl	Maj Priveršek
Urša Zevnik	FOXO3, gen povezan z dolgoživostjo, ščiti možganske matične celice pred stresom	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210219155903.htm	12.03.	15.03.	18.03.	Gašper Struna	David Valte	Klara Kolenc
Nika Ferk	Formulacije na osnovi biomaterialov za boj proti virusnim nalezljivim boleznim	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210209113902.htm	12.03.	15.03.	18.03.	Pia Špehar	Sofija Stevanović	Gaja Starc
Nataša Vujović	Kako se HER2 pozitivne celice raka dojk izognejo terapijam, ki vključujejo T celice	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223135516.htm	12.03.	15.03.	18.03.	Tinkara Butara	Klara Ažbe	Mark Loborec
Thaler Nuša Kos	Hitra evolucija litičnih genov v enoverižnih RNA bakteriofagih	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210205121236.htm	12.03.	15.03.	18.03.	Pia Trošt	Mia Kobal	Vanja Ivošević
Sara Borišek	Dieta z visoko vsebnostjo maščob lahko prekomerno aktivira destruktivni protein NOX-2	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210302075358.htm	12.03.	15.03.	18.03.	Živa Urh	Andraž Rotar	Petja Premrl
Lana Bajec	Inhibicija encima 15-PGDH pomlajuje mišice in povečuje mišično moč	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201210145751.htm	19.03.	22.03.	25.03.	Urša Zevnik	Gašper Struna	David Valte
Leila Bohorč	Dokaz o obstoju različnih mehanizmov delovanja majhnih molekul, ki inhibirajo vstop filovirusov v celico	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210208134421.htm	19.03.	22.03.	25.03.	Nika Ferk	Pia Špehar	Sofija Stevanović
Špela Rapuš	Kako mikobakterije tvorijo membranske vezikle	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210114163907.htm	19.03.	22.03.	25.03.	Nataša Vujović	Tinkara Butara	Klara Ažbe
Pavletič Primož Šenica	Nov način preprečevanja širjenja malarije z gensko spremenjenimi komarji	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201103140613.htm	19.03.	22.03.	25.03.	Thaler Nuša Kos	Pia Trošt	Mia Kobal
Ivana Vukšinić	Sekvestracija žvepla v času pomanjkanja hranil pospeši nastanek mnogoceličnega organizma	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210224143527.htm	19.03.	22.03.	25.03.	Ela Kovač	Živa Urh	Andraž Rotar
Zarja Weingerl	Odkritje novih malih proteinov v Salmonelli in njihov vpliv na bakterijsko virulenco	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201216104643.htm	26.03.	29.03.	01.04.	Lana Bajec	Urša Zevnik	Gašper Struna
Teja Spruk	Bakterije, odporne na antibiotike: Fluorid kot rešitev	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210104141521.htm	26.03.	29.03.	01.04.	Leila Bohorč	Nika Ferk	Pia Špehar
Magdalena Ilievska	Spomin brez možganov - Kako enocelični sluzni kalup pametno sprejema odločitve brez centralnega živčnega sistema.	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223121643.htm	26.03.	29.03.	01.04.	Špela Rapuš	Nataša Vujović	Tinkara Butara
Metka Rus	Gensko spreminjanje jetrnih celic s pomočjo proteinskih nanodelcev z namenom zniževanja holesterola	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210301151545.htm	26.03.	29.03.	01.04.	Pavletič Primož Šenica	Thaler Nuša Kos	Pia Trošt
Pia Sotlar	Zdravljenje s sistemom za urejanje genoma, ki temelji na metodi CRISPR, uničuje rakave celice	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201118161129.htm	26.03.	29.03.	01.04.	Ivana Vukšinić	Ela Kovač	Živa Urh
Nik Vidmar	Molekularne superstrukture zmožne vstopati v nevrone in aktivirati nevronske receptorje	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210223110435.htm	02.04.	05.04.	08.04.	Zarja Weingerl	Lana Bajec	Urša Zevnik
Ana Maučec	Retrovirusne integracije v genom zarodnih celic prispevajo k povišani verjetnosti za razvoj raka pri gostitelju	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210226103805.htm	02.04.	05.04.	08.04.	Teja Spruk	Leila Bohorč	Nika Ferk
Neža Peternel	Prehrana lahko spremeni proces trimetilacije H3K4 v semenčicah in posledično vpliva na izražanje fenotipa pri potomcih	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210316132129.htm	02.04.	05.04.	08.04.	Magdalena Ilievska	Špela Rapuš	Nataša Vujović
Zoran Džon Ivanić	Reprogramiranje za povrnitev mladostne epigenetske informacije in vida	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201202114531.htm	02.04.	05.04.	08.04.	Metka Rus	Pavletič Primož Šenica	Thaler Nuša Kos
Pia Mencin	Povečana afiniteta hemoglobina do kisika ter okrepljen Bohrov učinek sta posledica prilagoditve pingvinov na vodno okolje	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210323103854.htm	02.04.	05.04.	08.04.	Pia Sotlar	Ivana Vukšinić	Ela Kovač
Marko Kovačić	Neselektivna avtofagija pospeši prilagajanje kvasovk Saccharomyces cerevisiae na aerobno dihanje v nefermentacijskem mediju	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/12/201210112157.htm	09.04.	12.04.	15.04.	Nik Vidmar	Zarja Weingerl	Lana Bajec
Karidia Kolbl	Mutacija na genu RORB pri zajčji vrsti "sauteur d'alfort" povzroča okvaro v gibanju	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210325150205.htm	09.04.	12.04.	15.04.	Ana Maučec	Teja Spruk	Leila Bohorč
Klara Razboršek	Kako molekularni šaperoni Hsp70 razgrajujejo proteinske agregate, povezane s Parkinsonovo boleznijo	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/11/201111122815.htm	09.04.	12.04.	15.04.	Neža Peternel	Magdalena Ilievska	Sara Borišek
Katja Resnik	Molekularna povezava med tveganjem za kolorektalni rak in Neu5Gc ter njegovimi serumskimi protitelesi	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/10/201022151749.htm	09.04.	12.04.	15.04.	Zoran Džon Ivanić	Metka Rus	Pavletič Primož Šenica
Simona Kocheva	Kako bakterije se upirajo antibiotikem	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210130092739.htm	09.04.	12.04.	15.04.	Pia Mencin	Pia Sotlar	Ivana Vukšinić
Miha Razdevšek	Epigenetske spremembe povezane z Alzheimerjevo boleznijo	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/09/200928152907.htm	16.04.	19.04.	22.04.	Marko Kovačić	Nik Vidmar	Zarja Weingerl
Janja Bohte	Visokoločljivostno kvantitativno profiliranje številčnosti in modificiranosti tRNA z mim-tRNAseq	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210226140455.htm	16.04.	19.04.	22.04.	Karidia Kolbl	Ana Maučec	Teja Spruk
Tea Amidović	Mozaicizem in obsežne mutacije človeške placente	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210310122521.htm	16.04.	19.04.	22.04.	Klara Razboršek	Neža Peternel	Magdalena Ilievska
Patricija Kolander	Jedrni kompleks DICER - circRNA povzroči deregulacijo mikro-RNA v celicah glioblastoma	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210108131103.htm	16.04.	19.04.	22.04.	Katja Resnik	Zoran Džon Ivanić	Metka Rus
Lev Jošt	Znanstveniki si predstavljajo strukturo ključnega encima, ki tvori trigliceride	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200311082935.htm	16.04.	19.04.	22.04.	Simona Kocheva	Pia Mencin	Pia Sotlar
Tina Zajec	Epigenetski regulator HP1a usmerja de novo prostorsko reorganizacijo genoma v zgodnjem embriu Drosophile	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210415114120.htm	30.04.	03.05.	06.05.	Miha Razdevšek	Marko Kovačić	Nik Vidmar
Tina Urh	Depolimerizacija kompostabilne plastike z nano-disperziranimi encimi	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210421124624.htm	30.04.	03.05.	06.05.	Janja Bohte	Karidia Kolbl	Ana Maučec
Žan Žnidar	Prisotnost sekvenc genoma mišjih virusov v ksenotransplantatih, pridobljenih iz pacienta	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210401123902.htm	30.04.	03.05.	06.05.	Tea Amidović	Klara Razboršek	Neža Peternel
Boštjan Kramberger	Načrtovanje poti zvitja modularnih proteinov na osnovi ovitih vijačnic	https://www.nature.com/articles/s41467-021-21185-5?fbclid=IwAR2jbjZ3amUYlXu2j8l94OQTS7ram6kTx9ZRekmN6ncmNCUyjsRuV3DF0mk	30.04.	03.05.	06.05.	Patricija Kolander	Katja Resnik	Zoran Džon Ivanić
Nuša Brdnik	Prostorsko omrežje ogrodnih proteinov v kamniti korali	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210408131455.htm	30.04.	03.05.	06.05.	Lev Jošt	Simona Kocheva	Pia Mencin
Ema Kavčič	Sinteza hondroitin sulfata v E. coli	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210302075412.htm	07.05.	10.05.	13.05.	Tina Zajec	Miha Razdevšek	Marko Kovačić
Urša Štefan	Utišanje retrotranspozonov LINE-1 kot karakteristika akutne mieloične levkemije	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210408153644.htm	07.05.	10.05.	13.05.	Tina Urh	Janja Bohte	Karidia Kolbl
Maj Priveršek	Delovanje antidepresivov omogoča njihova neposredna vezava na nevrotropični receptor TRKB	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/02/210218141716.htm	07.05.	10.05.	13.05.	Žan Žnidar	Tea Amidović	Klara Razboršek
Klara Kolenc			07.05.	10.05.	13.05.	Boštjan Kramberger	Patricija Kolander	Katja Resnik
Gaja Starc	Uporaba genetsko-epigenetskega tkivnega kartiranja plazemske DNA pri prenatalnih testiranjih, presaditvah in v onkologiji	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210323150723.htm	07.05.	10.05.	13.05.	Nuša Brdnik	Lev Jošt	Simona Kocheva
Mark Loborec	Dolgotrajna analgezija z usmerjeno in situ represijo NaV1.7 v miših	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210310150405.htm	14.05.	17.05.	20.05.	Ema Kavčič	Tina Zajec	Miha Razdevšek
Vanja Ivošević		https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210427094814.htm	14.05.	17.05.	20.05.	Urša Štefan	Tina Urh	Janja Bohte
Petja Premrl		https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210414154933.htm	14.05.	17.05.	20.05.	Maj Priveršek	Žan Žnidar	Tea Amidović
David Valte	Neravnovnovesje v količini celičnega pirimidina sproži od mDNK odvisno prirojeno imunost	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210430120346.htm	14.05.	17.05.	20.05.	Klara Kolenc	Boštjan Kramberger	Patricija Kolander
Sofija Stevanović	Delovanje in usoda konvencionalnih dendritičnih celic tipa 1 je pod nadzorom DC-SCRIPT proteina	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210402141745.htm	14.05.	17.05.	20.05.	Gaja Starc	Nuša Brdnik	Lev Jošt
Klara Ažbe	Kako bakterije Streptococcus pyogenes s pomočjo razgradnje arginina preživijo na koži	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/03/210331143115.htm	21.05.	24.05.	27.05.	Mark Loborec	Ema Kavčič	Tina Zajec
Mia Kobal		https://www.sciencedaily.com/releases/2021/04/210430093215.htm	21.05.	24.05.	27.05.	Vanja Ivošević	Urša Štefan	Tina Urh
Andraž Rotar	Ustvarjanje in karakterizacija dvoencimskega sistema za depolimerizacijo plastike	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/09/200928152913.htm	21.05.	24.05.	27.05.	Petja Premrl	Maj Priveršek	Žan Žnidar
Ela Kovač	Veganska prehrana pri otrocih preoblikuje metabolizem in vpliva na zmanjšan nivo esencialnih hranil	https://www.sciencedaily.com/releases/2021/01/210121132300.htm	21.05.	24.05.	27.05.	Sara Borišek	Špela Rapuš	Tinkara Butara