BIO2 Povzetki seminarjev 2022

POVZETKI SEMINARJEV BIOKEMIJA 2022/23

Tinkara Korošec - Vpliv bakterijskega oponašanja evkariontskih signalnih molekul na človeka

S koevolucijo patogenov in njegovega gostitelja, sta oba razvila svoje obrambne mehanizme. Pri nekaterih patogenih je ta proces vodil v evolucijo efektorskih proteinov, ki imitirajo evkariontske proteine in manipulirajo gostiteljeve signalne poti. Ta pojav imenujemo imitacija molekul (angl. molecular mimicry). To so proteini, zelo podobni evkariontskim proteinom ali njihovim domenam. Poznamo štiri tipe imitacij. Podobnost v sekvenci, strukturne podobnosti, motivna imitacija in imitacija stične površine. Razvila se je preko enega od dveh mehanizmov; konvergentne evolucije ali horizontalnega genskega prenosa - HGT. Patogene bakterije lahko imitirajo GTPazni aktivirajoči protein – GAP. Ta pospešuje počasno hidrolizo GTP-ja na α-podenoti G-proteina v GDP, kar onesposobi G-protein. Slednji sodeluje pri signalizaciji preko GPCR-ja. Druga plat GTPaznih regulatorjev je, da so dovzetni za biokemijske abnormalnosti, ki so direktno povezane z boleznimi. Največji skupek imitiranih proteinov so odkrili v rodu Legionella. Med okužbo patogen spremeni namembnost gostiteljeve celice za optimizacijo pogojev, ki bakteriji omogočijo preživetje. Če se gostiteljske celice zdravijo, je tako okolje manj ugodno za bakterije in obolenje bo težje napredovalo. Z razumevanjem motivne imitacije preko SLiM-ov, ki jo uporabljajo bakterije med okužbo lahko razširimo spekter alternativ zdravljenja infekcij. S porastom rezistence na antibiotike, je porastla tudi potreba po novih antibiotičnih terapijah. Obetavna alternativa antibiotikom je ciljanje gostitelja, da ta ustvari neugodno okolje za patogen, s povzročanjem motenj v SLiM posredovanih interakcijah.

Pia Kristanc - Toksini kot inhibitorji ionskih kanalov

Toksini so sestavine živalskih strupov, ki na žrtev delujejo na različne načine. Njihov cilj so pogosto ionski kanali, saj tako lahko že majhna količina strupa močno vpliva na veliko različnih procesov. Toksini pogosto delujejo kot inhibitorji. Kanal lahko inhibirajo tako, da zmotijo mehanizem odpiranja in zapiranja ali pa se vežejo direktno v poro in tako zamašijo kanal. Ionski kanali so tudi zanimivi kot tarče za zdravila, vendar je zelo težko ustvariti takšna, ki bi uspešno ciljala točno določen ionski kanal. Znanstveniki so zato začeli raziskovati toksine kot potencialna biološka zdravila. Primer takšnega že potrjenega zdravila je zikonotid, ki se uporablja kot analgetik. Pridobljen je iz strupa stožčastega polža in deluje kot inhibitor od napetosti odvisnega kalcijevega kanala, ki se nahaja v živčevju. Toksin blokira kanalsko poro in tako onemogoči njegovo delovanje. Drug primer sta dva toksina, ki blokirata ionske kanale za zaznavanje kisline (ASIC). Pri teh je proton ligand, odgovoren za odprtje in zaprtje, zato je kanal direktno odvisen od pH okolja. Toksina, ki ga lahko inhibirata, sta mambalagin, pridobljen iz kače črne mambe, in π-heksatoksin-Hi1a, pridobljen iz avstralskega pajka. Prvi deluje kot analgetik, drugi pa izboljšuje posledice po ishemični kapi. Raziskovanje delovanja toksinov je pripomoglo k poznavanju delovanja ionskih kanalov, hkrati pa odpira možnosti za razvoj analgetikov, ki ne bi vsebovali opioidov.

Marcel Tušek - Pomembnost mitofagije

Mitofagija je specifičen proces, ki pomeni, da poteka avtofagija mitohondrija. Ta proces v celici je nastal evolucijsko. To lahko sklepamo po tem, da se aktivira v času pomanjkanja, kar je bilo preteklosti velikokrat prisotno, saj nismo vedno imeli dostopa do hrane. Poznamo tri vrste avtofagije. Celica ima dva procesa s katerima lahko uničuje visoko reaktivne kisikove radikale, ki nastanejo v času oksidativne fosforilacije. To sta mitofagija ter derivat NAC-a, saj obadva razgrajujeta te radikale. Razlika je, da NAC razgradi samo te radikale, medtem ko mitofagija pa kar celoten mitohondrij. Pri mitofagiji je trenutno znanih 32 proteinov, ki so specializirani samo za avtofagijo. Eden najpomembnejših izmed teh proteinov je Atg32, saj če on ni fosforiliran, mitofagija sploh ne more biti inducirana. Atg pomni, da je ta protein avtofagosomsko-povezan. Atg32 je transmembranski receptor, ki celici avtofagosomu sporoča, kam se naj veže. Najdemo ga na zunanji strani membrane mitohondrija. Pokazano je tudi bilo, da če Atg32 vežemo na peroksisome, jih je proces avtofagije sposoben razgraditi.