Inženiring umetnih medvrstnih promotorjev z različnimi transkripcijskimi močmi: Difference between revisions
(→Uvod) |
(→Uvod) |
||
| Line 4: | Line 4: | ||
== Uvod == | == Uvod == | ||
Element UP predstavlja zaporedje DNA, ki je locirano med -45 in -60 bp navzgor od začetnega mesta transkripcije, na katerega se veže karboksilni konec α-podenote RNA-polimeraze. Ta vezava olajša prepoznavo promotorja s strani encima in poveča njegovo transkripcijsko aktivnost. Šest različnih zaporedij UP (UP1-6) so vstavili pred zapisom za promotor Pbs z namenom izboljšanja njegove moči. UP1, UP5 in UP6 izhajajo iz genov E. coli, in sicer rrnD, rybB in rpoE, UP2 je skupno zaporedje, medtem ko sta UP4 in UP6 umetno sintetizirana. Slednja sta pokazala največjo učinkovitost, saj se je z njunim vključevanjem aktivnost Pbs povečala za 40 % oz. 60 % [2]. Na osnovi UP4 in UP6 so pripravili knjižnico s splošnim zaporedjem 5′-NNANATGANGATCAAAAANANANNCNNNNN-3’ in knjižnico mutantov za pretočno citometrijo. Opredelili so trideset mutiranih UP zaporedij z aktivnostjo med 190-300 % glede na izhodiščni promotor, tri variante, ki so se izkazale kot najbolj učinkovite – UP-G1, UP-G2 in UP-G3 pa so uporabili za ustvarjanje medvrstnih promotorjev [2]. | Element UP predstavlja zaporedje DNA, ki je locirano med -45 in -60 bp navzgor od začetnega mesta transkripcije, na katerega se veže karboksilni konec α-podenote RNA-polimeraze. Ta vezava olajša prepoznavo promotorja s strani encima in poveča njegovo transkripcijsko aktivnost. Šest različnih zaporedij UP (UP1-6) so vstavili pred zapisom za promotor Pbs z namenom izboljšanja njegove moči. UP1, UP5 in UP6 izhajajo iz genov E. coli, in sicer rrnD, rybB in rpoE, UP2 je skupno zaporedje, medtem ko sta UP4 in UP6 umetno sintetizirana. Slednja sta pokazala največjo učinkovitost, saj se je z njunim vključevanjem aktivnost Pbs povečala za 40 % oz. 60 % [2]. | ||
Na osnovi UP4 in UP6 so pripravili knjižnico s splošnim zaporedjem 5′-NNANATGANGATCAAAAANANANNCNNNNN-3’ in knjižnico mutantov za pretočno citometrijo. Opredelili so trideset mutiranih UP zaporedij z aktivnostjo med 190-300 % glede na izhodiščni promotor, tri variante, ki so se izkazale kot najbolj učinkovite – UP-G1, UP-G2 in UP-G3 pa so uporabili za ustvarjanje medvrstnih promotorjev [2]. | |||
== Zaključek == | == Zaključek == | ||
Revision as of 00:05, 11 April 2025
Izhodiščni članek: Engineering artificial cross-species promoters with different transcriptional strengths
Uvod
Element UP predstavlja zaporedje DNA, ki je locirano med -45 in -60 bp navzgor od začetnega mesta transkripcije, na katerega se veže karboksilni konec α-podenote RNA-polimeraze. Ta vezava olajša prepoznavo promotorja s strani encima in poveča njegovo transkripcijsko aktivnost. Šest različnih zaporedij UP (UP1-6) so vstavili pred zapisom za promotor Pbs z namenom izboljšanja njegove moči. UP1, UP5 in UP6 izhajajo iz genov E. coli, in sicer rrnD, rybB in rpoE, UP2 je skupno zaporedje, medtem ko sta UP4 in UP6 umetno sintetizirana. Slednja sta pokazala največjo učinkovitost, saj se je z njunim vključevanjem aktivnost Pbs povečala za 40 % oz. 60 % [2]. Na osnovi UP4 in UP6 so pripravili knjižnico s splošnim zaporedjem 5′-NNANATGANGATCAAAAANANANNCNNNNN-3’ in knjižnico mutantov za pretočno citometrijo. Opredelili so trideset mutiranih UP zaporedij z aktivnostjo med 190-300 % glede na izhodiščni promotor, tri variante, ki so se izkazale kot najbolj učinkovite – UP-G1, UP-G2 in UP-G3 pa so uporabili za ustvarjanje medvrstnih promotorjev [2].
