Nukleaza S1: Difference between revisions
No edit summary |
No edit summary |
||
| Line 2: | Line 2: | ||
Njena molska masa je ~31 kDa. Ob določanju aminokslinskega zaporedja nukleaze S1 je bilo potrjeno, da je [[monomer]], torej iz ene polipeptidne verige. Ta je dolga 267 aminokislinskih ostankov z N-glikoziliranim [[Asn]] na mestih 92 in 228. | Njena molska masa je ~31 kDa. Ob določanju aminokslinskega zaporedja nukleaze S1 je bilo potrjeno, da je [[monomer]], torej iz ene polipeptidne verige. Ta je dolga 267 aminokislinskih ostankov z N-glikoziliranim [[Asn]] na mestih 92 in 228. | ||
== Funkcije nukleaze S1 == | == Funkcije nukleaze S1 <sup>[[nukleaza S1#Viri|[1]]]</sup> == | ||
- Selektivno cepi enoverižno DNA in RNA, s petkrat večjo aktivnostjo na DNA<br /> | - Selektivno cepi enoverižno DNA in RNA, s petkrat večjo aktivnostjo na DNA<br /> | ||
- Odceplja enoverižne konce dvoverižni DNA (dsDNA) in tako tvori tope konce (to se rabi npr. pri sintezi cDNA iz mRNA<br /> | - Odceplja enoverižne konce dvoverižni DNA (dsDNA) in tako tvori tope konce (to se rabi npr. pri sintezi cDNA iz mRNA<br /> | ||
| Line 10: | Line 10: | ||
- Redko cepi tudi dsDNA (dvojna), če so prisotne zareze<br /> | - Redko cepi tudi dsDNA (dvojna), če so prisotne zareze<br /> | ||
Optimalni [[pH]] njenega delovanja je med 4.0 – 4.6, aktivira pa se ob prisotnosti Zn<sup>2+</sup> ionov <sup>[[nukleaza S1#Viri|[ | Optimalni [[pH]] njenega delovanja je med 4.0 – 4.6, aktivira pa se ob prisotnosti Zn<sup>2+</sup> ionov <sup>[[nukleaza S1#Viri|[2]]]</sup> (nukleazo S1 izolirano iz ''Neurospore crassa'' aktivirajo tudi Ca<sup>2+</sup> ioni).<br /> | ||
[[Inhibitorji]], ki zavirajo njeno aktivnost so: kovinski kelatorji – EDTA in citrati ter visoke koncentracije [[NaDS]] (SDS). Inhibira pa se lahko tudi v nizkih koncentracijah spojin, ki vsebujejo fosfate. Encim se deaktivira pri 10 minutnem segrevanju na 70°C, v prisotnosti EDTA (ta nase veže proste kovinske ione).<br /> | [[Inhibitorji]], ki zavirajo njeno aktivnost so: kovinski kelatorji – EDTA in citrati ter visoke koncentracije [[NaDS]] (SDS). Inhibira pa se lahko tudi v nizkih koncentracijah spojin, ki vsebujejo fosfate. Encim se deaktivira pri 10 minutnem segrevanju na 70°C, v prisotnosti EDTA (ta nase veže proste kovinske ione).<br /> | ||
Nukleazo S1 večinoma pridobivajo iz plesni ''[[Aspergillus Oryzae]]''.<br /> | Nukleazo S1 večinoma pridobivajo iz plesni ''[[Aspergillus Oryzae]]''.<br /> | ||
| Line 20: | Line 20: | ||
== Viri == | == Viri == | ||
* <sup>[1]</sup> [http://www.jbc.org/content/250/22/8848.full.pdf+html R C Wiegand, G N Godson and C M Radding: Specificity of the S1 nuclease from Aspergillus oryzae; The Journal of Biological Chemistry, 250, 8848-8855 / November, 1975.] | |||
* <sup>[ | * <sup>[2]</sup> [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC334256/ Jose A.Esteban, Margarita Salas and Luis Blanco: Activation of S1 nuclease at neutral pH; Nucleic Acids Research, Volume 20, Number 18: 4932 / September, 1992.] | ||
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC334256/pdf/nar00229-0225.pdf<br /> | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC334256/pdf/nar00229-0225.pdf<br /> | ||
http://www.jbc.org/content/250/22/8848<br /> | http://www.jbc.org/content/250/22/8848<br /> | ||
Revision as of 00:12, 3 January 2013
Encim nukleaza S1 je endonukleaza, ki katalizira cepitev fosfodiestrskih vezi med nukleinskimi kislinami. Pogosto se uporablja v laboratoriju pri molekularni biologiji. Njena molska masa je ~31 kDa. Ob določanju aminokslinskega zaporedja nukleaze S1 je bilo potrjeno, da je monomer, torej iz ene polipeptidne verige. Ta je dolga 267 aminokislinskih ostankov z N-glikoziliranim Asn na mestih 92 in 228.
Funkcije nukleaze S1 [1]
- Selektivno cepi enoverižno DNA in RNA, s petkrat večjo aktivnostjo na DNA
- Odceplja enoverižne konce dvoverižni DNA (dsDNA) in tako tvori tope konce (to se rabi npr. pri sintezi cDNA iz mRNA
- Mapiranje transkriptov (identificira 5' in 3' konce gena
- Linearizira dodatno zvite plazmide
- Specifično cepi antikodone tRNA
- Redko cepi tudi dsDNA (dvojna), če so prisotne zareze
Optimalni pH njenega delovanja je med 4.0 – 4.6, aktivira pa se ob prisotnosti Zn2+ ionov [2] (nukleazo S1 izolirano iz Neurospore crassa aktivirajo tudi Ca2+ ioni).
Inhibitorji, ki zavirajo njeno aktivnost so: kovinski kelatorji – EDTA in citrati ter visoke koncentracije NaDS (SDS). Inhibira pa se lahko tudi v nizkih koncentracijah spojin, ki vsebujejo fosfate. Encim se deaktivira pri 10 minutnem segrevanju na 70°C, v prisotnosti EDTA (ta nase veže proste kovinske ione).
Nukleazo S1 večinoma pridobivajo iz plesni Aspergillus Oryzae.
EC številka: 3.1.30.1
Alternativni imeni
- Deoksiribonukleaza S1
- Endonukleaza S1
Viri
- [1] R C Wiegand, G N Godson and C M Radding: Specificity of the S1 nuclease from Aspergillus oryzae; The Journal of Biological Chemistry, 250, 8848-8855 / November, 1975.
- [2] Jose A.Esteban, Margarita Salas and Luis Blanco: Activation of S1 nuclease at neutral pH; Nucleic Acids Research, Volume 20, Number 18: 4932 / September, 1992.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC334256/pdf/nar00229-0225.pdf
http://www.jbc.org/content/250/22/8848
KATALOGI RAZNIH PODJETIJ:
http://www.sigmaaldrich.com/etc/medialib/docs/Sigma/Datasheet/4/n5661dat.Par.0001.File.tmp/n5661dat.pdf
http://www.thermoscientificbio.com/uploadedFiles/Resources/EN032_TS_5.pdf
http://www.thermoscientificbio.com/dna-and-rna-modifying-enzymes/s1-nuclease/
http://www.worthington-biochem.com/nucs1/default.html
BAZE:
http://www.uniprot.org/uniprot/P24021
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1939022
