Tehnologija DNA

NOVO

Seminarji iz Tehnologije DNA se začnejo 1. oktobra 2018 ob 10:15 po urniku.
Zaradi predavanj pri prof. Djinović Carugo, ki bodo potekala strnjeno v oktobru,
bomo s predavanji iz tDNA začeli z zamikom. Prvo predavanje bo 29.10. ob 17. uri,
od 7.11. pa po urniku ob sredah ter dodatno ob ponedeljkih. Tabelo z urniki bom
objavil v spletni učilnici.

Podatki o predmetu

Izvedba predmeta	Predavanja: 45 ur, zimski semester 1. letnika magistrskega študija biokemije, laboratorijske vaje 15 h, seminarji 15 h.
Predavatelj	izr. prof. dr. Marko Dolinar; seminarje in vaje vodi doc. Vera Župunski
Urnik 2018/19	Ponedeljek 10:00-11:00 - seminar, sreda 11:00 do 14:00 - predavanja. Zaradi izvajanja predavanj prof. Djinovićeve v bloku (pon.-sreda) v oktobru, se bodo predavanja iz Tehnologije DNA začela šele 29. oktobra ob 17. uri in bodo delno potekala tudi v terminih predavanj pri predmetu Določanje 3D strukture proteinov - razpored bo razviden v spletni učilnici predmeta.
Govorilne ure	V času semestra vsako sredo od 16h do 17h in/ali po predhodnem dogovoru po telefonu (01) 479-8551; pisarna 2021 (lamela 2A, na koncu levega hodnika).
Izpitni roki 2018/19	zimsko izpitno obdobje: februar 2019 poletno izpitno obdobje: junij 2019 jesensko izpitno obdobje: avgust 2019 Na izpitni rok se prijavite samo, če ste prepričani, da ste se snov dobro naučili in ste jo sposobni tudi kritično uporabiti na primerih. Študentov, ki so prijavljeni, pa ne pridejo na izpit, ne odjavljam, odjave pred izpitom pa upoštevam - ne glede na razlog za odpoved - do trenutka, ko začnem deliti izpitne pole, tudi po e-pošti.
Študijska literatura	Bernard R. Glick, Jack J. Pasternak, Cheryl L. Paten: Molecular Biotechnology, Principles and applications of recombinant DNA, 4th edition, ASM Press, Washington, 2010 [ISBN 9781555814984] Par izvodov 2. izdaje je bilo naročenih za knjižnico (FKKT/CTK). Cena pri založbi je bila 57 USD. V knjigi je biotehnološki del razložen bolj obširno, kot je potrebno za ta predmet. Ti deli knjige predstavljajo učbenik pri izbirnem predmetu Molekularna biotehnologija. Študirate še lahko po 2. izdaji; tudi strani zgoraj, v opisu tem, se nanašajo na 2. izdajo, ki je na voljo v CTK in na Veterinarski fakulteti (piše v Cobissu). Pomožni učbenik: Sandy Primrose, Richard Twyman, Bob Old: Principles of Gene Manipulation, 6th edition, Blackwell Science, Oxford, 2001 (cena pri založbi je 29.50 GBP; moj osebni izvod si lahko sposodite za kakšen dan, če želite). Povezava zgoraj vas pripelje na domačo stran učbenika, kjer je tudi nekaj slikovnega gradiva in vprašanj za ponavljanje snovi (v glavnem so lahka). Ker idealnega učbenika ni, bo nekaj poglavij povzetih po drugih virih - te bom navedel na predavanjih in po možnosti sproti dopolnjeval na tej strani.
Cilji	Pričakujem, da boste po opravljenem izpitu znali razložiti postopke za analizo DNA (in RNA), načine iskanja interakcijskih partnerjev, postopke za uvajanje mutacij, posebne primere kloniranja in izražanja genov ter priprave rekombinantnih/transgenskih organizmov, da boste (z nekaj občutka za živi svet) zagovarjali svoje mnenje o etičnih in strokovnih vidikih genske tehnologije. Po opravljenem izpitu bi morali biti sposobni razumeti metodološki del dobro napisanega strokovnega članka s področja molekularne biologije, ki vključuje gensko-tehnološke pristope. Prav tako mislim, da bi študenti morali znati sami sestaviti zaporedje reakcij, ki so potrebne za izvedbo nekega poskusa s področja DNA-tehnologije.
Potek predavanj	Teme po datumih bodo navedene v spletni učilnici. Predavanja bodo po urniku, 3 podaljšane šolske ure s krajšo pavzo. V izpitnih obdobjih bodo skupaj trije pisni izpitni roki. Sledil bo kratek ustni zagovor za vse študente, ki bodo uspešno opravili pisni del.
Ocenjevanje Seminarji	Ob vsakem izpitnem vprašanju bo navedeno število točk, ki jih dobite za povsem pravilen odgovor, tako da se lahko bolj posvetite vprašanjem, ki prinašajo več točk. Tudi kriterij za ocenjevanje je znan vnaprej in je povsem aritmetičen. Sestavni del izpita je tudi kolokvij (običajno ima dve vprašanji z več podvprašanji) iz snovi vaj. Odgovori na vprašanja z vaj predstavljajo 25 % ocene izpita, preostalih 75 % pa dobite za odgovore iz snovi s predavanj. Pri tem ustni del šteje 1/4, pisni pa 3/4 ocene iz teorije. Skupaj izpit predstavlja 80 % končne ocene, preostalih 20 % pa seminar, pri katerem asistent upošteva tudi oceno za poročila z vaj. Kolokvij in izpit boste pisali sočasno in prestavljata celoto, torej ne morete popravljati ocene ločeno iz teorije in z vaj. Na ustni del izpita lahko pride samo, kdor zbere pri pisnem izpitu iz teorije vsaj 55 % vseh možnih točk, hkrati pa morate iz snovi vaj doseči najmanj 3/10 točk. Uspeh pri pisnem delu je osnova za končno oceno; na zagovoru lahko preverim manj tem, zato ta del šteje manj (25 % ocene iz teorije). Oceno z izpita je mogoče popraviti tako, kot to določa izpitni pravilnik. Ocene s komisijskega roka ni mogoče popravljati. Kriterij za ocene iz pisnega dela je: 55 % - 65 % za 6, 66 % - 74 % za 7, 75 % - 82 % za 8, 83 % - 90 % za 9, >90 % za 10. V Studis bo mogoče vpisovati samo še eno negativno oceno (5) ne glede na dosežene točke. Za vašo orientacijo pa je tu stari kriterij: 0 % - 11 % za 1, 12 % - 23 % za 2, 24 % - 34 % za 3, 35 % - 45 % za 4, 46 % - 55 % za 5. Seminarji bodo potekali v prvi polovici semestra. Termini seminarjev so ob ponedeljkih in delno ob torkih, podrobnejši urnik pa bo predstavila docentka na prvem terminu.

Sklopi predavanj

1. Uvod. Primerjava DNA-tehnologije in sintezne biologije: metode in cilji.
2. Mutageneza in proteinsko inženirstvo.
3. Izražanje na površini. Dvohibridni sistemi.
4. GS bakterije v agronomiji in postopki za genetsko spreminjanje rastlin.
5. GS rastline, GS hrana.
6. Transgenske živali. Tehnologija izbijanja genov. Utišanje genov z RNAi.
7. Uporaba rekombinantnih mikroorganizmov in biomase v biotehnologiji (seminar).
8. Kloniranje živali.
9. Določanje nukleotidnih zaporedij celotnih genomov. Genomike / proteomika.
10. Tehnologija mikromrež.
11. Forenzične analize na osnovi nukleinskih kislin.
12. Analize DNA v sistematiki in ekologiji.
13. Analize DNA v diagnostiki.
14. Rekombinantna DNA v medicini. Gensko zdravljenje.

15. Zakonsko urejanje dela z rekombinantno DNA.
16. Patentiranje DNA in novih tehnologij, povezanih z DNA (seminar).
17. Novi pristopi v DNA-tehnologiji.

Sklopi (zgoraj) in poglavja v učbeniku (Molecular Biotechnology, 4. izdaja):

1. --
2. 8. Directed mutagenesis and protein engineering (str. 290-324)
3. ni v knjigi
4. v skrajšani obliki tri poglavja: 15. Plant growth-promoting bacteria (str. 599-649), 16. Microbial insecticides (str. 652-682) in 18. Genetic engineering of plants: Methodology (str. 725-756)
5. 19. Engineering plants to overcome biotic and abiotic stress (str. 759-800) in 20. Engineering plant quality and proteins (str. 803-830)
6. 21. Transgenic animals (str. 845-870)
7. 17. Large scale production of proteins from recombinant microorganisms (str. 685-720)
8. 21. poglavje - zadnje strani (str. 870-890)
9. 5. Bioinformatics, genomics and proteomics (str. 146-190)
10. ibid.
11. ni v knjigi
12. ni v knjigi
13. 9. Molecular diagnostics (str. 345-375)
14. 11. Nucleic acids as therapetic agents (str. 426-456)

Nekatera izpitna vprašanja

1. (2) Kakšna je velikost genoma riža v primerjavi s človekovim?
2. (3) Naštej 3 primere uporabe mestno-specifične mutageneze?
3. (6) V blatu ob jezeru Turkana so našli mumificirani trupli dveh osebkov, enega odraslega in enega otroka. Kako bi na osnovi njune DNA ugotovili, ali gre za starša z otrokom ali ne? Opišite postopek po fazah!
4. (4) Opišite princip delovanja dvohibridnega sistema kvasovk na osnovi proteina Gal4!
5. (3) Kaj vse lahko usmerjeno spreminjamo pri sončnicah za večji hektarski donos in kvaliteto semen?
6. (4) Kako bi lahko detektirali točkovno mutacijo v genu za laktalbumin s pomočjo 3 začetnih oligonukleotidov in fluorescenčnim označevanjem produktov?
7. (2) Po katerem principu poteka ločevanje nastalih produktov pri avtomatskih sekvenatorjih DNA?

Mogoče vam bodo prav prišla stara izpitna vprašanja iz Tehnologije rekombinantne DNA (stari program)- tule so.

==================

Koristne povezave

• Kako čemu rečemo po slovensko? Biokemijski terminološki slovar pod okriljem Slovenskega biokemijskega društva
• Katedra za biokemijo Fakultete za kemijo in kem. tehnologijo Univerze v Ljubljani
• Razlage nekaterih osnovnih pojmov, novice, strani za študente in predavatelje s področja molekularne biologije, biotehnologije, tehnologije rekombinantne DNA: Access Excellence - tudi slikovno gradivo.
• Slovar biotehnoloških izrazov (vsi slovarji so v angleščini).
• Slovar genetskih izrazov