BIO2 Seminar 2011
Biokemijski seminar
Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.
Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.
Seznam seminarjev- datumi in seznam recenzentov še niso dokončni!
Vpišite svoj izbrani naslov!!!
| Ime in priimek | Naslov seminarja | Rok za oddajo | Rok za recenzijo | Datum predstavitve | Recenzent1 | Recenzent2 |
| Ula Štok | Tipping the mind | 17.10.11 | 19.10.11 | 21.10.11 | Maja Remškar | Mirjam Kmetič |
| Maša Mirković | The twisted way of things | 17.10.11 | 19.10.11 | 21.10.11 | Eva Knapič | Marko Radojković |
| Sara Draščič | On the spur of a whim | 17.10.11 | 19.10.11 | 21.10.11 | Matevž Merljak | Monika Škrjanc |
| Katra Koman | Protein of the 20th century | 18.10.11 | 23.10.11 | 26.10.11 | Ines Kerin | Veronika Jarc |
| Ana Dolinar | The juice of life | 21.10.11 | 25.10.11 | 28.10.11 | Tjaša Goričan | Andreja Bratovš |
| Urška Rauter | A green glow | 21.10.11 | 25.10.11 | 28.10.11 | Maša Mohar | Sandi Botonjić |
| Taja Karner | Throb | 21.10.11 | 26.10.11 | 02.11.11 | Karmen Hrovat | Tamara Marić |
| Rok Štemberger | Forbidden fruit | 21.10.11 | 28.10.11 | 04.11.11 | Špela Pohleven | Maja Grdadolnik |
| Maša Mohar | The tenuous nature of sex | 21.10.11 | 28.10.11 | 04.11.11 | Andreja Bratovš | Ines Kerin |
| Veronika Jarc | Our hollow architecture | 21.10.11 | 28.10.11 | 04.11.11 | Sabina Mavretič | Matevž Ambrožič |
| Mirjam Kmetič | Mint condition | 26.10.11 | 02.11.11 | 09.11.11 | Sandi Botonjić | Tina Gregorič |
| Janez Meden | The Japanese Horseshoe Crab and Deafness | 28.10.11 | 01.12.11 | 20.1.12 | Veronika Jarc | Ana Dolinar |
| Tjaša Flis | Life's tremors | 28.10.11 | 04.11.11 | 11.11.11 | Ana Dolinar | Špela Pohleven |
| Sandi Botonjić | Nature\'s junkie | 28.10.11 | 04.11.11 | 11.11.11 | Maša Mirković | Alenka Mikuž |
| Kaja Javoršek | A grey matter | 02.11.11 | 09.11.11 | 16.11.11 | Dominik Kert | Tjaša Flis |
| Rok Vene | A mind astray | 04.11.11 | 11.11.11 | 18.11.11 | Tamara Marić | Maja Remškar |
| Ines Šterbal | One beer please | 04.11.11 | 11.11.11 | 18.11.11 | Ula Štok | Rok Vene |
| Matja Zalar | Do it yourself | 04.11.11 | 11.11.11 | 18.11.11 | Monika Škrjanc | Matevž Merljak |
| Matevž Ambrožič | Of fidgets and food | 09.11.11 | 16.11.11 | 23.11.11 | Kaja Javoršek | Petra Malavašič |
| Matevž Merljak | Protein wars | 11.11.11 | 18.11.11 | 25.11.11 | Teja Banič | Urška Navodnik |
| Mitja Crček | When your day draws to an end | 11.11.11 | 18.11.11 | 25.11.11 | Marko Radojković | Andrej Vrankar |
| Dominik Kert | Talking heads | 11.11.11 | 18.11.11 | 25.11.11 | Alja Zottel | Kaja Javoršek |
| Petra Malavašič | Going unnoticed | 16.11.11 | 23.11.11 | 30.11.11 | Maja Grdadolnik | Mitja Crček |
| Eva Knapič | Life\'s first breath | 18.11.11 | 25.11.11 | 02.12.11 | Mirjam Kmetič | Andrej Vrankar |
| Marko Radojković | Paint my thoughts | 18.11.11 | 25.11.11 | 02.12.11 | Sara Draščič | Urška Rode |
| Tjaša Goričan | Nerve regrowth: nipped by a no-go | 18.11.11 | 25.11.11 | 02.12.11 | Ana Remžgar | Ines Šterbal |
| Tina Gregorič | Gut feelings | 23.11.11 | 30.11.11 | 07.12.11 | Janez Meden | Urška Rauter |
| Tamara Marić | The dark side of RNA | 25.11.11 | 02.12.11 | 09.12.11 | Dominik Kert | Rok Štemberger |
| Ana Remžgar | I'll have you for supper | 25.11.11 | 02.12.11 | 09.12.11 | Jana Verbančič | Eva Knapič |
| Maja Remškar | Questioning Colour | 25.11.11 | 02.12.11 | 09.12.11 | Katra Koman | Karmen Belšak |
| Andreja Bratovš | The power behind pain | 30.11.11 | 07.12.11 | 14.12.11 | Matevž Ambrožič | Teja Banič |
| Urška Navodnik | Darwin\'s dessert | 02.12.11 | 09.12.11 | 16.12.11 | Taja Karner | Karmen Hrovat |
| Jernej Mustar | Silent pain | 02.12.11 | 09.12.11 | 16.12.11 | Petra Malavašič | Jana Verbančič |
| Ines Kerin | A queen\'s dinner | 02.12.11 | 09.12.11 | 16.12.11 | Tjaša Flis | Iza Ogris |
| Alja Zottel | Sleepless nights | 07.12.11 | 14.12.11 | 21.12.11 | Ines Šterbal | Katra Koman |
| Alenka Mikuž | Molecular chastity | 09.12.11 | 16.12.11 | 23.12.11 | Urška Rode | Janez Meden |
| Maja Grdadolnik | Ear of Stone | 09.12.11 | 16.12.11 | 23.12.11 | Tina Gregorič | Ana Potočnik |
| Jana Verbančič | A balanced mind | 09.12.11 | 16.12.11 | 23.12.11 | Alenka Mikuž | Ana Remžgar |
| Karmen Hrovat | The thread of life | 14.12.11 | 21.12.11 | 04.01.12 | Iza Ogris | Taja Karner |
| Andrej Vrankar | The things we forget | 16.12.11 | 23.12.11 | 06.01.12 | Jernej Mustar | Maša Mohar |
| Teja Banič | Cool news | 16.12.11 | 23.12.11 | 06.01.12 | Karmen Belšak | Jernej Mustar |
| Špela Pohleven | The making of crooked | 16.12.11 | 23.12.11 | 06.01.12 | Mitja Crček | Maša Mirković |
| Sabina Mavretič | A short story | 21.12.11 | 04.01.12 | 11.01.12 | Rok Vene | Sabina Mavretič |
| Karmen Belšak | Another dark horse | 23.12.11 | 06.01.12 | 13.01.12 | Urška Rauter | Sara Draščič |
| Iza Ogris | Love,love, love... | 23.12.11 | 06.01.12 | 13.01.12 | Ana Potočnik | Matja Zalar |
| Monika Škrjanc | The greenest of us all | 23.12.11 | 06.01.12 | 13.01.12 | Rok Štemberger | Tjaša Goričan |
| Ana Potočnik | Skin-deep | 04.01.12 | 11.01.12 | 18.01.12 | Matja Zalar | Ula Štok |
| Urška Rode | Naslov seminarja | 06.01.12 | 13.01.12 | 20.01.12 | Urška Navodnik | Alja Zottel |
| Ime in priimek | Naslov seminarja | 06.01.12 | 13.01.12 | 20.01.12 |
Gradivo za seminarje
NOVO Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/ username: bio2 password: samozame
Naloga
Vaša naloga za seminar je:
Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v ProteinSpotlight Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo!
V okviru seminarske naloge morate opraviti še naslednje naloge, katerih rešitve predložite na dodatni strani seminarske naloge, ki se ne šteje v kvoto obsega seminarja:
- sekvenca proteina in UniProt oznaka proteina
- slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana
- poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.
Za pripravo seminarja velja naslednje:
- Povzetek seminarja opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
- Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
- Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko.
- Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli vsakemu od recenzentov in docentu (docentu ga pošljite po e-pošti).
- Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.
- Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
- Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.
- Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
- Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!
Ocenjevanje seminarjev
Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo recenzentsko poročilo na spletu.
Mnenje o predstavitvi
Vsak posameznik mora oceniti seminar, tako da odda svoje mnenje najkasneje v šestih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja ne sme oddati.
Urejanje spletnih strani na wikiju
Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji (tule v angleščini in tu v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.
Citiranje virov
Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.
Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.
Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. Pravila, ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.
Citiranje knjig:
Priimek, I. Naslov. Kraj: Založba, letnica.
Priimek, I. Naslov: podnaslov. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.
Boyer, R. Temelji biokemije. Ljubljana: Študentska založba, 2005.
Glick BR in Pasternak JJ. Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo et al. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme in vivo, in vitro ipd.).
Citiranje člankov:
Priimek, I. Naslov. Naslov revije, letnica, letnik, številka, strani.
Lartigue C. et al. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 2007, letn. 317, str. 632-638.
Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.
Lartigue C. et al. (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 632-638.
Revija Science uporablja skrajšani zapis:
C. Lartigue et al. Science 317, 632 (2007)
V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).
Citiranje spletnih virov:
Priimek, I. Naslov dokumenta. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov
strangeguitars. On the brink of artificial life. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.
