BIO2 Seminar 2015

Biokemijski seminar

doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

Seznam seminarjev

Ime Priimek	poglavje	Naslov seminarja	Recenzent 1	Recenzent 2	Datum oddaje	Datum recenzije	Datum predstavitve
Kristjan Stibilj	12	[http://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php/BIO2_Povzetki_seminarjev_2015#Kristjan_Stibilj:_Inhibicija PI3k/AKT/mTOR signalne poti kot orožje proti raku	Lovro Kotnik	Blaž Lebar]	21/10/15	23/10/15	28/10/15
Tjaša Lukšič	12	Alternativno izrezovanje GPCR-jev s poudarkom na sekretinski družini	Karmen Žbogar	Aleksandra Uzar	21/10/15	23/10/15	28/10/15
Klara Kuret	12	Vpliv bakterijskih efektorjev na celični ubikvitinacijski sistem in rastlinski imunski odziv	Klara Lenart	Petra Hruševar	21/10/15	23/10/15	28/10/15
Rok Miklavčič	12	Preusmeritve signalnih poti preko TNFR1 v boju s patogeni	Katja Čop	Lovro Kotnik	28/10/15	30/10/15	04/11/15
Ema Gašperšič	12	PKC in njihov vpliv na raka ter Alzheimerjevo bolezen	Nejc Kejžar	Karmen Žbogar	28/10/15	30/10/15	04/11/15
Tadej Satler	12	PD-1 limfocitov in melanomskih celic	Neža Brezovar	Klara Lenart	28/10/15	30/10/15	04/11/15
Tina Šimunović	14-15	Pentoza-fosfatna pot, njena regulacija in povezava z rakom	Kristjan Stibilj	Katja Čop	04/11/15	06/11/15	11/11/15
Maja Zupanc	14-15	Kako dolge nekodirajoče RNA vplivajo na metabolizem	Tjaša Lukšič	Nejc Kejžar	04/11/15	06/11/15	11/11/15
Tilen Tršelič	14-15	PKM2 in njegova vloga pri razvoju rakavih celic	Klara Kuret	Dorotea Borković	04/11/15	06/11/15	11/11/15
Lara Jerman	16	Warburgov učinek: od raka do avtoimunosti	Rok Miklavčič	Neža Brezovar	11/11/15	13/11/15	18/11/15
Eva Rajh	16	Vpliv intermediatov Krebsovega cikla na modifikacije DNK in histonov ter vpliv na staranje	Ema Gašperšič	Kristjan Stibilj	11/11/15	13/11/15	18/11/15
Sara Tekavec	16	Mutacije encimov Krebsovega cikla in vpliv na razvoj ter rast tumorjev	Tadej Satler	Tjaša Lukšič	11/11/15	13/11/15	18/11/15
Fran Krstanović	17	L-Carnitine enhances exercise endurance capacity	Tina Šimunović	Klara Kuret	18/11/15	20/11/15	25/11/15
Elvira Boršić	17	Posledice spremenjenega metabolizma maščobnih kislin v kardiomiocitih	Maja Zupanc	Rok Miklavčič	18/11/15	20/11/15	25/11/15
Janja Krapež	17	Vpliv metabolizma maščobnih kisln na povišan krvni tlak v pljučnih arterijah	Tilen Tršelič	Ema Gašperšič	18/11/15	20/11/15	25/11/15
Janez Javornik	18		Lara Jerman	Tadej Satler	25/11/15	27/11/15	02/12/15
Miha Koprivnikar Krajnc	18	Pomanjkanje karbamoil-fosfat sintetaze	Eva Rajh	Tina Šimunović	25/11/15	27/11/15	02/12/15
Špela Malenšek	18	Leucinska in glutaminska regulacija mTORC1	Sara Tekavec	Maja Zupanc	25/11/15	27/11/15	02/12/15
Urša Kopač	19	Vpliv mutacij na delovanje ATP-sintaze s poudarkom na TMEM70	Fran Krstanović	Tilen Tršelič	02/12/15	04/12/15	09/12/15
Neža Koritnik	19	Uravnavanje koncentracije ROS in glutationilacija v mitohondriju	Dorotea Borković	Lara Jerman	02/12/15	04/12/15	09/12/15
Gašper Virant	19	Vpliv reaktivnih kisikovih spojin na dolžino življenske dobe	Elvira Boršić	Eva Rajh	02/12/15	04/12/15	09/12/15
Uroš Zavrtanik	20	RuBisCO aktivaza	Janja Krapež	Sara Tekavec	09/12/15	11/12/15	16/12/15
Simon Aleksič	20	Sinteza eksopolisaharidov v bakterijah in njihov vpliv na povečanje populacije celic imunskega odziva	Jaka Kos	Fran Krstanović	09/12/15	11/12/15	16/12/15
Matej Hvalec	20	Ostanek plastidov v heterotrofnih parazitih	Miha Koprivnikar Krajnc	Elvira Boršić	09/12/15	11/12/15	16/12/15
Urša Čerček	21	PCSK9: Nov način uravnavanja koncentracije LDL	Špela Malenšek	Janja Krapež	16/12/15	18/12/15	23/12/15
Katja Brezovar	21	Vloga biosinteze sfingolipidov pri fagocitozi Candide albicans	Urša Kopač	Jaka Kos	16/12/15	18/12/15	23/12/15
Gašper Žun	21	Biosinteza in biološka vloga terpenoidov s poudarkom na abscizinski kislini	Neža Koritnik	Miha Koprivnikar Krajnc	16/12/15	18/12/15	23/12/15
Blaž Lebar	22	Pomembna vloga glutamina v rakavih celicah	Gašper Virant	Špela Malenšek	23/12/15	03/01/16	06/01/16
Aleksandra Uzar	22	Regulacija in biosinteza nukleozidnih antibiotikov	Uroš Zavrtanik	Urša Kopač	23/12/15	03/01/16	06/01/16
Petra Hruševar	22	Serin in glicin ter njun vpliv na rakave celice	Simon Aleksič	Neža Koritnik	23/12/15	03/01/16	06/01/16
Dorotea Borković	23		Matej Hvalec	Gašper Virant	06/01/16	08/01/16	12/01/16
Jaka Kos	23		Katja Brezovar	Simon Aleksič	06/01/16	08/01/16	13/01/16
Klara Lenart	23	Ščitnični hormoni in njihov vpliv na metabolizem	Gašper Žun	Matej Hvalec	06/01/16	08/01/16	13/01/16
Lovro Kotnik	23		Urša Čerček	Uroš Zavrtanik	06/01/16	08/01/16	13/01/16
Katja Čop	23	Povezava med energijskim metabolizmom in plodnostjo pri ženskah	Blaž Lebar	Urša Čerček	13/01/16	15/01/16	20/01/16
Nejc Kejžar	23	Alternativno izrezovanje GPCR-jev s poudarkom na sekretinski družini	Aleksandra Uzar	Katja Brezovar	13/01/16	15/01/16	20/01/16
Neža Brezovar	23		Petra Hruševar	Gašper Žun	13/01/16	15/01/16	20/01/16

• številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada

Gradivo za predavanja

Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/ username: bio2 password: samozame

Naloga

Vaša naloga za seminar je:
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. TIBS. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni tukaj.

Za pripravo seminarja velja naslednje:

• Povzetek seminarja opišete na wikiju v 200 besedah (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
• Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
• Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko.
• Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo tega obrazca.
• Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni tukaj.
• Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo tega obrazca.
• Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
• Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja.
• Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
• Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

Imena datotek

Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:

• 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
• 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
• 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
• 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
• 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši
• 116_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, ki je napisan na novo in je bil prijavljen v shemo 50%

Ocenjevanje seminarjev

Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo recenzentsko poročilo na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

Mnenje o predstavitvi

Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

Urejanje spletnih strani na wikiju

Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji (tule v angleščini in tu v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.

Citiranje virov

Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. Pravila, ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.
Citiranje knjig:
Priimek, I. Naslov. Kraj: Založba, letnica.
Priimek, I. Naslov: podnaslov. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.

Boyer, R. Temelji biokemije. Ljubljana: Študentska založba, 2005.
Glick BR in Pasternak JJ. Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo et al. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme in vivo, in vitro ipd.).

Citiranje člankov:
Priimek, I. Naslov. Naslov revije, letnica, letnik, številka, strani.
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.
Lartigue C. et al. (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis:
C. Lartigue et al. Science 317, 632 (2007)

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

Citiranje spletnih virov:
Priimek, I. Naslov dokumenta. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov
strangeguitars. On the brink of artificial life. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.